DOCSLIB.ORG

POLSKIE TOWARZYSTWO BIOCHEMICZNE Postępy Biochemii

Total Page：16

File Type：pdf, Size：1020Kb

Download full-text PDF Read full-text

Load more

POLSKIE TOWARZYSTWO BIOCHEMICZNE Postępy Biochemii http://rcin.org.pl WSKAZÓWKI DLA AUTORÓW Kwartalnik „Postępy Biochemii” publikuje artykuły monograficzne omawiające wąskie tematy, oraz artykuły przeglądowe referujące szersze zagadnienia z biochemii i nauk pokrewnych. Artykuły pierwszego typu winny w sposób syntetyczny omawiać wybrany temat na podstawie możliwie pełnego piśmiennictwa z kilku ostatnich lat, a artykuły drugiego typu na podstawie piśmiennictwa z ostatnich dwu lat. Objętość takich artykułów nie powinna przekraczać 25 stron maszynopisu (nie licząc ilustracji i piśmiennictwa). Kwartalnik publikuje także artykuły typu minireviews, do 10 stron maszynopisu, z dziedziny zainteresowań autora, opracowane na podstawie najnow­ szego piśmiennictwa, wystarczającego dla zilustrowania problemu. Ponadto kwartalnik publikuje krótkie noty, do 5 stron maszynopisu, informujące o nowych, interesujących osiągnięciach biochemii i nauk pokrewnych, oraz noty przybliżające historię badań w zakresie różnych dziedzin biochemii. Przekazanie artykułu do Redakcji jest równoznaczne z oświadczeniem, że nadesłana praca nie była i nie będzie publikowana w innym czasopiśmie, jeżeli zostanie ogłoszona w „Postępach Biochemii”. Autorzy artykułu odpowiadają za prawidłowość i ścisłość podanych informacji. Autorów obowiązuje korekta autorska. Koszty zmian tekstu w korekcie (poza poprawieniem błędów drukarskich) ponoszą autorzy. Artykuły honoruje się według obowiązujących stawek. Autorzy otrzymują bezpłatnie 25 odbitek swego artykułu; zamówienia na dodatkowe odbitki (płatne) należy zgłosić pisemnie odsyłając pracę po korekcie autorskiej. Redakcja prosi autorów o przestrzeganie następujących wskazówek: Forma maszynopisu: maszynopis pracy i wszelkie załączniki należy nadsyłać w dwu egzem­ plarzach. Maszynopis powinien być napisany jednostronnie, z podwójną interlinią, z marginesem ok. 4 cm po lewej i ok. 1 cm po prawej stronie; nie może zawierać więcej niż 60 znaków w jednym wierszu nie więcej niż 30 wierszy na stronie zgodnie z Normą Polską. Układ maszynopisu: strona okładkowa nienumerowana zawiera imiona i nazwisko(a) auto- ra(ów), adres(y) Zakład(ów) w języku polskim i angielskim, w których pracują autorzy, adres pocztowy, na który autorzy życzą sobie otrzymywać korespondencję, adres prywatny, telefon miejsca pracy, tytuł artykułu (w języku polskim i angielskim), oraz — w prawym dolnym rogu — liczbę stron, liczbę rycin, wzorów i tabel oraz skrót tytułu (nie więcej niż 25 znaków drukarskich). Strona tytułowa (1) imiona (w pełnym brzmieniu) i nazwisko(a) autora(ów), tytuł pracy w języku polskim i angielskim, rzeczowy spis treści w języku polskim i angielskim, tytuł nau­ kowy autora(ów) i jego (ich) miejsce(a) pracy, wykaz skrótów stosowanych w pracy. Strona 2 i następne obejmują tekst pracy do spisu piśmiennictwa włącznie, tabele, spis rycin, wzorów oraz tytuły i objaśnienia do rycin na stronach końcowych. Dla przejrzystości tekstu obowiązuje podział artykułu na rozdziały i podrozdziały, których tytuły winny rzeczowo informować o przedstawianych treściach. Rzeczowy spis treści publi­ kujemy bezpośrednio po tytule pracy. Rozdziały numerujemy liczbami rzymskimi, a podroz­ działy odpowiednią rzymską i arabską (np. 1-1.). Tytułów podrozdziałów nie wydzielonych z tekstu nie trzeba numerować. W tekście nie należy stosować żadnych podkreśleń ani rozstrze­ lonego druku. Ewentualne sugestie autorskie co do charakteru czcionki drukarskiej należy zaznaczyć ołówkiem na marginesie maszynopisu. W przypadku umieszczenia w tekście liter alfabetu greckiego należy na marginesie wpisać ołówkiem ich fonetyczne brzmienie. Tabele i ryciny numerujemy cyframi arabskimi a wzory rzymskimi. W tekście nie należy umieszczać żadnych tablic, rycin czy wzorów, lecz w żądanym miejscu pozostawić wolny wiersz i zazna­ czyć: Tabela 1, Ryc. 1, Wzór I itp. Numerację wzoru w tekście należy podawać po nazwie związku, np. klas glutaminowy (I). Redakcja prosi autorów o zwrócenie szczególnej uwagi na poprawność językową tekstu a także na ścisłość i jasność sformułowań, unikanie gwary laboratoryjnej oraz o niewprowa- dzanie do tekstu tworzonych doraźnie skrótów, nawet jeśli niektóre z nich bywają używane w pracach obcojęzycznych. Redakcja zastrzega sobie możność skrócenia tekstu i wprowadzania poprawek nie wpływa­ jących na treść pracy. Piśmienictwo: w artykule należy cytować prace oryginalne z ostatnich kilku lat oraz najważniejsze artykuły przeglądowe omawiając przedstawioną dziedzinę z uwzględnieniem http://rcin.org.pl POLSKIE TOWARZYSTWO BIOCHEMICZNE Postępy Biochemii KWARTALNIK to m 31 z e s z y t 1 1985 Wydane z pomocg finansową Postbah 31 (1) Polskiej Akademii Nauk (1-216) (1985) Państwowe Wydawnictwo Naukowe http://rcin.org.pl RADA REDAKCYJNA Przewodniczący: A. Legocki (Poznań) Zastępca: I. Szumiel (Warszawa) Sekretarz: B. Grzelakowska-Sztabert (Warszawa) Członkowie: S. Angielski (Gdańsk), M. Chorąży (Gliwice), E. Czuryło (Warszawa), M. Fikus (Warszawa), E. Gąsior (Lublin), J. Gregorczyk (Szczecin), M. Gumińska (Kraków), D. Hulanicka (Warszawa), W. Jachym- czyk (Warszawa), J. Kwiatkowska (Wrocław), S. Lewak (Warszawa), W. Mejbaum-Katzenellenbogen (Wrocław), A. Morawiecki (Wrocław), J. Pawełkiewicz (Poznań), K. Raczyńska-Bojanowska (Warszawa), L. Wojtczak (Warszawa), Z. Zielińska (Warszawa) REDAKTOR NACZELNY Z. Zielińska ZASTĘPCA REDAKTORA NACZELNEGO D. Hulanicka SEKRETARZ REDAKCJI J. Tępińska CZŁONKOWIE REDAKCJI: B. Czartoryska (Warszawa), A. Jerzmanowski (W arsza­ wa), J. Skangiel-Kramska (Warszawa), J. Zborowski (Warszawa) Adres Redakcji Polskie Towarzystwo Biochemiczne ul. Freta 16, 00-227 Warszawa PAŃSTWOWE WYDAWNICTWO NAUKOWE — WARSZAWA 1985 Nakład 2010 Oddano do składania 30.VIII.84 r. Ark. wyd. 13,75; ark. druk. 13,5 Podpisano do druku w lipcu 1985 r. Papier druk. sat. kl. IV 71 g. 70X100 Druk ukończono w październiku 1985 r. Zam. 6843/12/84 Cena zł 120,— Drukarnia im. Rewolucji Październikowej, Warszawa http://rcin.org.pl W osiemdziesiątą rocznicę urodzin profesora BRONISŁAWA FILIPOWICZA wieloletniego kierownika Katedry Chemii Ogólnej i Fizjologicznej Akademii Medycznej w Łodzi wybitnego popularyzatora biochemii członka założyciela Polskiego Towarzystwa Biochemicznego, Prezesa Towarzystwa w latach 1961— 1963, przewodniczącego Rady Redakcyjnej kwartalnika „Postępy Biochemii” w latach 1963— 1973 i członka Honorowego Towarzystwa Zeszyt „POSTĘPÓW BIOCHEMII” dedykuje POLSKIE TOWARZYSTWO BIOCHEMICZNE http://rcin.org.pl http://rcin.org.pl Post. Blochem., 31, 5—28, (1985) ARTYKUŁY KRYSTYNA BOGUCKA *> Współczesne poglądy na mechanizm sprzężenia energetycznego w mitochondriach New concepts of energy coupling mechanism in mitochondria Spis treści L Wstęp II. Podstawowe założenia teorii chemiosmotycznej III. Koncepcje zlokalizowanego sprzężenia III-l. Hipoteza Williamsa III-2. Konieczność modyfikacji teorii chemiosmotycznej III-2.2. Współzależność wartości A(Ih+ i szybkości przepływu przez szlak łań­ cucha oddechowego i syntezy ATP III-2.2. Brak równowagi między potencjałem fosforylacyjnym (AGP) a A ¡xh+ w stanie spoczynkowym mitochondriów III-2.3. Bezpośrednia interakcja pompy redoks z pompą protonową w kom­ pleksie enzymatycznym syntetazy ATP bez udziału A[Ih+. Dane uzyskane przez zastosowanie ».podwójnego inhibitora” III-2.4. A (Ïh+ nie jest główną determinantą szybkości oddychania mitochondriów w stanie spoczynkowym Hipoteza „poślizgu molekularnego” pomp protonowych III-3. Współczesne hipotezy zlokalizowanego sprzężenia Uwagi końcowe Contents I. Introduction II. Essential assumptions of chemiosmofic theory III. Conceptions of localized coupling IU-1. William’s hypothesis III-2. A modification chemiosmotic theory is necessary III-2.1. Limited correlation between A[Ïh+ and fluxes HI-2.2. Imbalance of phosphate potential (AGP) and Ap.H+ at mitochondrial resting state III-2.3. Direct interaction between redox proton pump and proton pump in ATP synthetase, as revealed by dual inhibitor titrations HI-2.4. The respiratory rate is not determined exclusively by A(lii+ under the resting state conditions Hypothesis of molecular slipping of proton pumps HI-3. New hypothesis of localized coupling Concluding remarks * Dr; Zakład Biochemii Komórki, Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenc­ kiego, PAN, ul. Pasteura 3, 02-093 Warszawa. http://rcin.org.pl 6 K . BO G U CKA [2] I. Wstęp Wyjaśnienie molekularnego mechanizmu oksydacyjnej fosforylacji ADP w bakteriach, mitochondriach i chloroplastach jest jednym z naj­ bardziej interesujących problemów współczesnej biochemii. Podstawą tego mechanizmu jest sprzężenie energetyczne między transportem elek­ tronów w łańcuchu oddechowym a syntetazą ATP. W celu przybliżenia czytelnikowi mechanizmu przekształcania swobod­ nej energii utleniania NADH w procesie oksydacyjnej fosforylacji można posłużyć się proponowanym przez Clelanda (1) schematem reakcji enzymatycznej z więcej niż jednym substratem i produktem. l / > 0 2 NADH2 NAD® H20 Pn ADP ATP n i ii E E-NAD H20 Ex E~P E Pn-ADP E ATP E Schemat 1. Przekształcenie swobodnej energii utleniania NADH w procesie oksyda­ cyjnej fosforylacji. Zgodnie z teorią chemicznego sprzężenia rozwijaną w latach pięćdzie­ siątych (2, 3) różnica między formą E i Ex polega na tym, że forma Ex posiada dodatkowe wiązanie chemiczne z wysokim poziomem swobodnej energii hydrolizy i może być traktowana jako wysokoenergetyczny po­ średnik oksydacyjnej fosforylacji. Natomiast według teorii W i 11 i a m s a (4, 5) rolę Ex spełnia proton przenoszony lokalnie między łańcuchem od­ dechowym a syntetazą ATP. Teoria chemiosmotycznego sprzężenia
Recommended publications
  • KO Kidney.Xlsx

    KO Kidney.Xlsx

    Supplemental Table 18: Dietary Impact on the CGL KO Kidney Sulfhydrome DR/AL Accession Molecular Cysteine Spectral Protein Name Number Alternate ID Weight Residues Count Ratio P‐value Ig gamma‐2A chain C region, A allele P01863 (+1) Ighg 36 kDa 10 C 5.952 0.03767 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein M Q9D0E1 (+1) Hnrnpm 78 kDa 6 C 5.000 0.00595 Phospholipase D3 O35405 Pld3 54 kDa 8 C 4.167 0.04761 Ig kappa chain V‐V region L7 (Fragment) P01642 Gm10881 13 kDa 2 C 2.857 0.01232 UPF0160 protein MYG1, mitochondrial Q9JK81 Myg1 43 kDa 7 C 2.333 0.01613 Copper homeostasis protein cutC homolog Q9D8X1 Cutc 29 kDa 7 C 10.333 0.16419 Corticosteroid‐binding globulin Q06770 Serpina6 45 kDa 3 C 10.333 0.16419 28S ribosomal protein S22, mitochondrial Q9CXW2 Mrps22 41 kDa 2 C 7.333 0.3739 Isoform 3 of Agrin A2ASQ1‐3 Agrn 198 kDa 2 C 7.333 0.3739 3‐oxoacyl‐[acyl‐carrier‐protein] synthase, mitochondrial Q9D404 Oxsm 49 kDa 11 C 7.333 0.3739 Cordon‐bleu protein‐like 1 Q3UMF0 (+3)Cobll1 137 kDa 10 C 5.833 0.10658 ADP‐sugar pyrophosphatase Q9JKX6 Nudt5 24 kDa 5 C 4.167 0.15819 Complement C4‐B P01029 C4b 193 kDa 29 C 3.381 0.23959 Protein‐glutamine gamma‐glutamyltransferase 2 P21981 Tgm2 77 kDa 20 C 3.381 0.23959 Isochorismatase domain‐containing protein 1 Q91V64 Isoc1 32 kDa 5 C 3.333 0.10588 Serpin B8 O08800 Serpinb8 42 kDa 11 C 2.903 0.06902 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A0 Q9CX86 Hnrnpa0 31 kDa 3 C 2.667 0.5461 Proteasome subunit beta type‐8 P28063 Psmb8 30 kDa 5 C 2.583 0.36848 Ig kappa chain V‐V region MOPC 149 P01636 12 kDa 2 C 2.583 0.36848
  • Structural Insights Into Histone Modifying Enzymes

    Structural Insights Into Histone Modifying Enzymes

    Wayne State University Wayne State University Theses January 2019 Structural Insights Into Histone Modifying Enzymes Shruti Amle Wayne State University, [email protected] Follow this and additional works at: https://digitalcommons.wayne.edu/oa_theses Part of the Biochemistry Commons, and the Molecular Biology Commons Recommended Citation Amle, Shruti, "Structural Insights Into Histone Modifying Enzymes" (2019). Wayne State University Theses. 693. https://digitalcommons.wayne.edu/oa_theses/693 This Open Access Embargo is brought to you for free and open access by DigitalCommons@WayneState. It has been accepted for inclusion in Wayne State University Theses by an authorized administrator of DigitalCommons@WayneState. STRUCTURAL INSIGHTS INTO HISTONE MODIFYING ENZYMES by SHRUTI AMLE THESIS Submitted to the Graduate School of Wayne State University, Detroit, Michigan in partial fulfillment of the requirements for the degree of MASTER OF SCIENCE 2019 MAJOR: BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY Approved By: _________________________________________ Advisor Date _________________________________________ _________________________________________ _________________________________________ i ACKNOWLEDGEMENTS Writing this thesis has been extremely captivating and gratifying. I take this opportunity to express my deep and sincere acknowledgements to the number of people for extending their generous support and unstinted help during my entire study. Firstly, I would like to express my respectful regards and deep sense of gratitude to my advisor, Dr. Zhe Yang. I am extremely honored to study and work under his guidance. His vision, ideals, timely motivation and immense knowledge had a deep influence on my entire journey of this career. Without his understanding and support, it would not have been possible to complete this research successfully. I also owe my special thanks to my committee members: Dr.
  • Sulfite Dehydrogenases in Organotrophic Bacteria : Enzymes

    Sulfite Dehydrogenases in Organotrophic Bacteria : Enzymes

    Sulfite dehydrogenases in organotrophic bacteria: enzymes, genes and regulation. Dissertation zur Erlangung des akademischen Grades des Doktors der Naturwissenschaften (Dr. rer. nat.) an der Universität Konstanz Fachbereich Biologie vorgelegt von Sabine Lehmann Tag der mündlichen Prüfung: 10. April 2013 1. Referent: Prof. Dr. Bernhard Schink 2. Referent: Prof. Dr. Andrew W. B. Johnston So eine Arbeit wird eigentlich nie fertig, man muss sie für fertig erklären, wenn man nach Zeit und Umständen das möglichste getan hat. (Johann Wolfgang von Goethe, Italienische Reise, 1787) DANKSAGUNG An dieser Stelle möchte ich mich herzlich bei folgenden Personen bedanken: . Prof. Dr. Alasdair M. Cook (Universität Konstanz, Deutschland), der mir dieses Thema und seine Laboratorien zur Verfügung stellte, . Prof. Dr. Bernhard Schink (Universität Konstanz, Deutschland), für seine spontane und engagierte Übernahme der Betreuung, . Prof. Dr. Andrew W. B. Johnston (University of East Anglia, UK), für seine herzliche und bereitwillige Aufnahme in seiner Arbeitsgruppe, seiner engagierten Unter- stützung, sowie für die Übernahme des Koreferates, . Prof. Dr. Frithjof C. Küpper (University of Aberdeen, UK), für seine große Hilfsbereitschaft bei der vorliegenden Arbeit und geplanter Manuskripte, als auch für die mentale Unterstützung während der letzten Jahre! Desweiteren möchte ich herzlichst Dr. David Schleheck für die Übernahme des Koreferates der mündlichen Prüfung sowie Prof. Dr. Alexander Bürkle, für die Übernahme des Prüfungsvorsitzes sowie für seine vielen hilfreichen Ratschläge danken! Ein herzliches Dankeschön geht an alle beteiligten Arbeitsgruppen der Universität Konstanz, der UEA und des SAMS, ganz besonders möchte ich dabei folgenden Personen danken: . Dr. David Schleheck und Karin Denger, für die kritische Durchsicht dieser Arbeit, der durch und durch sehr engagierten Hilfsbereitschaft bei Problemen, den zahlreichen wissenschaftlichen Diskussionen und für die aufbauenden Worte, .
  • Structural Properties of the Nickel Ions in Urease: Novel Insights Into the Catalytic and Inhibition Mechanisms

    Structural Properties of the Nickel Ions in Urease: Novel Insights Into the Catalytic and Inhibition Mechanisms

    Coordination Chemistry Reviews 190–192 (1999) 331–355 www.elsevier.com/locate/ccr Structural properties of the nickel ions in urease: novel insights into the catalytic and inhibition mechanisms Stefano Ciurli a,*, Stefano Benini b, Wojciech R. Rypniewski b, Keith S. Wilson c, Silvia Miletti a, Stefano Mangani d a Institute of Agricultural Chemistry, Uni6ersity of Bologna, Viale Berti Pichat 10, I-40127 Bologna, Italy b European Molecular Biology Laboratory, c/o DESY, Notkestraße 85, D-22603 Hamburg, Germany c Department of Chemistry, Uni6ersity of York, Heslington, York YO15DD, UK d Department of Chemistry, Uni6ersity of Siena, Pian dei Mantellini 44, I-53100 Siena, Italy Accepted 13 March 1999 Contents Abstract.................................................... 331 1. Biological background ......................................... 332 2. Spectroscopic investigations of the urease active site structure .................. 333 3. Crystallographic studies of the native enzyme ............................ 334 4. Crystallographic studies of urease mutants.............................. 341 5. Crystallographic studies of urease–inhibitor complexes ...................... 345 6. Crystallographic study of a transition state analogue bound to urease.............. 348 7. A novel proposal for the urease mechanism ............................. 350 References .................................................. 353 Abstract This work provides a comprehensive critical summary of urease spectroscopy, crystallogra- phy, inhibitor binding, and site-directed
  • Discovery of an Alternate Metabolic Pathway for Urea Synthesis in Adult Aedes Aegypti Mosquitoes

    Discovery of an Alternate Metabolic Pathway for Urea Synthesis in Adult Aedes Aegypti Mosquitoes

    Discovery of an alternate metabolic pathway for urea synthesis in adult Aedes aegypti mosquitoes Patricia Y. Scaraffia*†‡, Guanhong Tan§, Jun Isoe*†, Vicki H. Wysocki*§, Michael A. Wells*†, and Roger L. Miesfeld*† Departments of §Chemistry and *Biochemistry and Molecular Biophysics and †Center for Insect Science, University of Arizona, Tucson, AZ 85721-0088 Edited by Anthony A. James, University of California, Irvine, CA, and approved December 4, 2007 (received for review August 27, 2007) We demonstrate the presence of an alternate metabolic pathway We previously reported that mosquitoes dispose of toxic for urea synthesis in Aedes aegypti mosquitoes that converts uric ammonia through glutamine (Gln) and proline (Pro) synthesis, acid to urea via an amphibian-like uricolytic pathway. For these along with excretion of ammonia, uric acid, and urea (20). By studies, female mosquitoes were fed a sucrose solution containing using labeled isotopes and mass spectrometry techniques (21), 15 15 15 15 15 NH4Cl, [5- N]-glutamine, [ N]-proline, allantoin, or allantoic we have recently determined how the N from NH4Cl is acid. At 24 h after feeding, the feces were collected and analyzed incorporated into the amide side chain of Gln, and then into Pro, in a mass spectrometer. Specific enzyme inhibitors confirmed that in Ae. aegypti (22). In the present article we demonstrate that the 15 15 15 mosquitoes incorporate N from NH4Cl into [5- N]-glutamine nitrogen of the amide group of Gln contributes to uric acid and use the 15N of the amide group of glutamine to produce synthesis in mosquitoes and, surprisingly, that uric acid can be 15 labeled uric acid.
  • Supplementary Table S1. Table 1. List of Bacterial Strains Used in This Study Suppl

    Supplementary Table S1. Table 1. List of Bacterial Strains Used in This Study Suppl

    Supplementary Material Supplementary Tables: Supplementary Table S1. Table 1. List of bacterial strains used in this study Supplementary Table S2. List of plasmids used in this study Supplementary Table 3. List of primers used for mutagenesis of P. intermedia Supplementary Table 4. List of primers used for qRT-PCR analysis in P. intermedia Supplementary Table 5. List of the most highly upregulated genes in P. intermedia OxyR mutant Supplementary Table 6. List of the most highly downregulated genes in P. intermedia OxyR mutant Supplementary Table 7. List of the most highly upregulated genes in P. intermedia grown in iron-deplete conditions Supplementary Table 8. List of the most highly downregulated genes in P. intermedia grown in iron-deplete conditions Supplementary Figures: Supplementary Figure 1. Comparison of the genomic loci encoding OxyR in Prevotella species. Supplementary Figure 2. Distribution of SOD and glutathione peroxidase genes within the genus Prevotella. Supplementary Table S1. Bacterial strains Strain Description Source or reference P. intermedia V3147 Wild type OMA14 isolated from the (1) periodontal pocket of a Japanese patient with periodontitis V3203 OMA14 PIOMA14_I_0073(oxyR)::ermF This study E. coli XL-1 Blue Host strain for cloning Stratagene S17-1 RP-4-2-Tc::Mu aph::Tn7 recA, Smr (2) 1 Supplementary Table S2. Plasmids Plasmid Relevant property Source or reference pUC118 Takara pBSSK pNDR-Dual Clonetech pTCB Apr Tcr, E. coli-Bacteroides shuttle vector (3) plasmid pKD954 Contains the Porpyromonas gulae catalase (4)
  • Type of the Paper (Article

    Type of the Paper (Article

    Supplementary Material A Proteomics Study on the Mechanism of Nutmeg-induced Hepatotoxicity Wei Xia 1, †, Zhipeng Cao 1, †, Xiaoyu Zhang 1 and Lina Gao 1,* 1 School of Forensic Medicine, China Medical University, Shenyang 110122, P. R. China; lessen- [email protected] (W.X.); [email protected] (Z.C.); [email protected] (X.Z.) † The authors contributed equally to this work. * Correspondence: [email protected] Figure S1. Table S1. Peptide fraction separation liquid chromatography elution gradient table. Time (min) Flow rate (mL/min) Mobile phase A (%) Mobile phase B (%) 0 1 97 3 10 1 95 5 30 1 80 20 48 1 60 40 50 1 50 50 53 1 30 70 54 1 0 100 1 Table 2. Liquid chromatography elution gradient table. Time (min) Flow rate (nL/min) Mobile phase A (%) Mobile phase B (%) 0 600 94 6 2 600 83 17 82 600 60 40 84 600 50 50 85 600 45 55 90 600 0 100 Table S3. The analysis parameter of Proteome Discoverer 2.2. Item Value Type of Quantification Reporter Quantification (TMT) Enzyme Trypsin Max.Missed Cleavage Sites 2 Precursor Mass Tolerance 10 ppm Fragment Mass Tolerance 0.02 Da Dynamic Modification Oxidation/+15.995 Da (M) and TMT /+229.163 Da (K,Y) N-Terminal Modification Acetyl/+42.011 Da (N-Terminal) and TMT /+229.163 Da (N-Terminal) Static Modification Carbamidomethyl/+57.021 Da (C) 2 Table S4. The DEPs between the low-dose group and the control group. Protein Gene Fold Change P value Trend mRNA H2-K1 0.380 0.010 down Glutamine synthetase 0.426 0.022 down Annexin Anxa6 0.447 0.032 down mRNA H2-D1 0.467 0.002 down Ribokinase Rbks 0.487 0.000
  • Progress Toward Understanding the Contribution of Alkali Generation in Dental Biofilms to Inhibition of Dental Caries

    Progress Toward Understanding the Contribution of Alkali Generation in Dental Biofilms to Inhibition of Dental Caries

    International Journal of Oral Science (2012) 4, 135–140 ß 2012 WCSS. All rights reserved 1674-2818/12 www.nature.com/ijos REVIEW Progress toward understanding the contribution of alkali generation in dental biofilms to inhibition of dental caries Ya-Ling Liu1, Marcelle Nascimento2 and Robert A Burne1 Alkali production by oral bacteria is believed to have a major impact on oral microbial ecology and to be inibitory to the initiation and progression of dental caries. A substantial body of evidence is beginning to accumulate that indicates the modulation of the alkalinogenic potential of dental biofilms may be a promising strategy for caries control. This brief review highlights recent progress toward understanding molecular genetic and physiologic aspects of important alkali-generating pathways in oral bacteria, and the role of alkali production in the ecology of dental biofilms in health and disease. International Journal of Oral Science (2012) 4, 135–140; doi:10.1038/ijos.2012.54; published online 21 September 2012 Keywords: arginine; biofilm; dental caries; microbial ecology; urea INTRODUCTION via the arginine deiminase system (ADS).15–18 Urea is provided con- Dental biofilms, the microbial communities that colonize the surfaces tinuously in salivary secretions and gingival exudates at concentra- of the teeth, exist in a dynamic equilibrium with host defenses and are tions roughly equivalent to those in serum, which range from about 3 generally compatible with the integrity of the tissues they colonize.1–4 to10 mmol?L21 in healthy humans. Urea is rapidly converted to A strong correlation is evident between the compositional and meta- ammonia and CO2 by bacterial ureases (Figure 1), which are produced bolic changes of the dental biofilms and the transition from oral health by a small subset of oral bacteria that includes Streptococcus salivarius, 2,5 to disease states, including dental caries and periodontal disease.
  • Supplementary Table S4. FGA Co-Expressed Gene List in LUAD

    Supplementary Table S4. FGA Co-Expressed Gene List in LUAD

    Supplementary Table S4. FGA co-expressed gene list in LUAD tumors Symbol R Locus Description FGG 0.919 4q28 fibrinogen gamma chain FGL1 0.635 8p22 fibrinogen-like 1 SLC7A2 0.536 8p22 solute carrier family 7 (cationic amino acid transporter, y+ system), member 2 DUSP4 0.521 8p12-p11 dual specificity phosphatase 4 HAL 0.51 12q22-q24.1histidine ammonia-lyase PDE4D 0.499 5q12 phosphodiesterase 4D, cAMP-specific FURIN 0.497 15q26.1 furin (paired basic amino acid cleaving enzyme) CPS1 0.49 2q35 carbamoyl-phosphate synthase 1, mitochondrial TESC 0.478 12q24.22 tescalcin INHA 0.465 2q35 inhibin, alpha S100P 0.461 4p16 S100 calcium binding protein P VPS37A 0.447 8p22 vacuolar protein sorting 37 homolog A (S. cerevisiae) SLC16A14 0.447 2q36.3 solute carrier family 16, member 14 PPARGC1A 0.443 4p15.1 peroxisome proliferator-activated receptor gamma, coactivator 1 alpha SIK1 0.435 21q22.3 salt-inducible kinase 1 IRS2 0.434 13q34 insulin receptor substrate 2 RND1 0.433 12q12 Rho family GTPase 1 HGD 0.433 3q13.33 homogentisate 1,2-dioxygenase PTP4A1 0.432 6q12 protein tyrosine phosphatase type IVA, member 1 C8orf4 0.428 8p11.2 chromosome 8 open reading frame 4 DDC 0.427 7p12.2 dopa decarboxylase (aromatic L-amino acid decarboxylase) TACC2 0.427 10q26 transforming, acidic coiled-coil containing protein 2 MUC13 0.422 3q21.2 mucin 13, cell surface associated C5 0.412 9q33-q34 complement component 5 NR4A2 0.412 2q22-q23 nuclear receptor subfamily 4, group A, member 2 EYS 0.411 6q12 eyes shut homolog (Drosophila) GPX2 0.406 14q24.1 glutathione peroxidase
  • Nfletffillfl Sm of Nuelieotfl Dles

    Nfletffillfl Sm of Nuelieotfl Dles

    Nfletffillflsm of Nuelieotfl dles ucleotides \f consistof a nitrogenousbase, a | \ pentose and a phosphate. The pentose sugaris D-ribosein ribonucleotidesof RNAwhile in deoxyribonucleotides(deoxynucleotides) of i Aspariaie--'N.,,,t .J . DNA, the sugaris 2-deoxyD-ribose. Nucleotides t participate in almost all the biochemical processes/either directly or indirectly.They are the structuralcomponents of nucleicacids (DNA, Y RNA), coenzymes, and are involved in tne Glutamine regulationof severalmetabolic reactions. Fig. 17.1 : The sources of individuat atoms in purine ring. (Note : Same colours are used in the syntheticpathway Fig. lZ.2). n T. C4, C5 and N7 are contributedby glycine. Many compoundscontribute to the purine ring of the nucleotides(Fig.t7.l). 5. C6 directly comes from COr. 1. purine N1 of is derivedfrom amino group It should be rememberedthat purine bases of aspartate. are not synthesizedas such,but they are formed as ribonucleotides. The purines 2. C2 and Cs arise from formate of N10- are built upon a formyl THF. pre-existing ribose S-phosphate. Liver is the major site for purine nucleotide synthesis. 3. N3 and N9 are obtainedfrom amide group Erythrocytes,polymorphonuclear leukocytes and of glutamine. brain cannot producepurines. 388 BIOCHEMISTF|Y m-gg-o-=_ |l Formylglycinamide ribosyl S-phosphate Kn H) Glutam H \-Y OH +ATt OH OH Glutame cl-D-Ribose-S-phosphate + ADP orr-l t'1 PRPPsYnthetase ,N o"t*'] \cH + Hrcl-itl HN:C-- O EO-qn2-O.- H -NH l./ \l KH H) I u \.]_j^/ r,\-iEl-/^\-td Ribose5-P II Formylglycinamidineribosyl-s-phosphate
  • The Metabolic Serine Hydrolases and Their Functions in Mammalian Physiology and Disease Jonathan Z

    The Metabolic Serine Hydrolases and Their Functions in Mammalian Physiology and Disease Jonathan Z

    REVIEW pubs.acs.org/CR The Metabolic Serine Hydrolases and Their Functions in Mammalian Physiology and Disease Jonathan Z. Long* and Benjamin F. Cravatt* The Skaggs Institute for Chemical Biology and Department of Chemical Physiology, The Scripps Research Institute, 10550 North Torrey Pines Road, La Jolla, California 92037, United States CONTENTS 2.4. Other Phospholipases 6034 1. Introduction 6023 2.4.1. LIPG (Endothelial Lipase) 6034 2. Small-Molecule Hydrolases 6023 2.4.2. PLA1A (Phosphatidylserine-Specific 2.1. Intracellular Neutral Lipases 6023 PLA1) 6035 2.1.1. LIPE (Hormone-Sensitive Lipase) 6024 2.4.3. LIPH and LIPI (Phosphatidic Acid-Specific 2.1.2. PNPLA2 (Adipose Triglyceride Lipase) 6024 PLA1R and β) 6035 2.1.3. MGLL (Monoacylglycerol Lipase) 6025 2.4.4. PLB1 (Phospholipase B) 6035 2.1.4. DAGLA and DAGLB (Diacylglycerol Lipase 2.4.5. DDHD1 and DDHD2 (DDHD Domain R and β) 6026 Containing 1 and 2) 6035 2.1.5. CES3 (Carboxylesterase 3) 6026 2.4.6. ABHD4 (Alpha/Beta Hydrolase Domain 2.1.6. AADACL1 (Arylacetamide Deacetylase-like 1) 6026 Containing 4) 6036 2.1.7. ABHD6 (Alpha/Beta Hydrolase Domain 2.5. Small-Molecule Amidases 6036 Containing 6) 6027 2.5.1. FAAH and FAAH2 (Fatty Acid Amide 2.1.8. ABHD12 (Alpha/Beta Hydrolase Domain Hydrolase and FAAH2) 6036 Containing 12) 6027 2.5.2. AFMID (Arylformamidase) 6037 2.2. Extracellular Neutral Lipases 6027 2.6. Acyl-CoA Hydrolases 6037 2.2.1. PNLIP (Pancreatic Lipase) 6028 2.6.1. FASN (Fatty Acid Synthase) 6037 2.2.2. PNLIPRP1 and PNLIPR2 (Pancreatic 2.6.2.
  • Dissimilation of Cysteate Via 3-Sulfolactate Sulfo-Lyase and a Sulfate Exporter in Paracoccus Pantotrophus NKNCYSA

    Dissimilation of Cysteate Via 3-Sulfolactate Sulfo-Lyase and a Sulfate Exporter in Paracoccus Pantotrophus NKNCYSA

    Microbiology (2005), 151, 737–747 DOI 10.1099/mic.0.27548-0 Dissimilation of cysteate via 3-sulfolactate sulfo-lyase and a sulfate exporter in Paracoccus pantotrophus NKNCYSA Ulrike Rein,1 Ronnie Gueta,1 Karin Denger,1 Ju¨rgen Ruff,1 Klaus Hollemeyer2 and Alasdair M. Cook1 Correspondence 1Department of Biology, The University, D-78457 Konstanz, Germany Alasdair Cook 2Institute of Biochemical Engineering, Saarland University, Box 50 11 50, D-66041 [email protected] Saarbru¨cken, Germany Paracoccus pantotrophus NKNCYSA utilizes (R)-cysteate (2-amino-3-sulfopropionate) as a sole source of carbon and energy for growth, with either nitrate or molecular oxygen as terminal electron acceptor, and the specific utilization rate of cysteate is about 2 mkat (kg protein)”1. The initial degradative reaction is catalysed by an (R)-cysteate : 2-oxoglutarate aminotransferase, which yields 3-sulfopyruvate. The latter was reduced to 3-sulfolactate by an NAD-linked sulfolactate dehydrogenase [3?3 mkat (kg protein)”1]. The inducible desulfonation reaction was not detected initially in cell extracts. However, a strongly induced protein with subunits of 8 kDa (a) and 42 kDa (b) was found and purified. The corresponding genes had similarities to those encoding altronate dehydratases, which often require iron for activity. The purified enzyme could then be shown to convert 3-sulfolactate to sulfite and pyruvate and it was termed sulfolactate sulfo-lyase (Suy). A high level of sulfite dehydrogenase was also induced during growth with cysteate, and the organism excreted sulfate. A putative regulator, OrfR, was encoded upstream of suyAB on the reverse strand. Downstream of suyAB was suyZ, which was cotranscribed with suyB.