Thesis Reference
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Thesis Investigating the subsurface biosphere of a hypersaline environment - the Dead Sea (Levant) THOMAS, Camille Abstract In the framework of the Dead Sea Deep Drilling Project, a geomicrobiological investigation has taken place to understand the extent and characteristics of life in the hypersaline sediment of the Dead Sea. The DNA recovered in the ICDP cores suggests that different microbial assemblages are associated with particular sedimentary facies, regardless of their depth and in situ salinity. Since this facies are controlled by changes in the evaporation-precipitation ratio in the region, our data suggest that subsurface microbial assemblages are themselves highly influenced by climatic variations at the time of sedimentation. In particular, humid periods allow the development of varied metabolisms such as sulfate reduction, methanogenesis and potentially anaerobic methane oxidation, deeply influencing the carbon and sulfur cycles of the lake, and subsequently allowing the formation of diagenetic Fe-S minerals. These results reveal the importance of considering microbial impact on archives retrieved from lacustrine drilling project, even in extreme environments. Reference THOMAS, Camille. Investigating the subsurface biosphere of a hypersaline environment - the Dead Sea (Levant). Thèse de doctorat : Univ. Genève, 2015, no. Sc. 4769 URN : urn:nbn:ch:unige-737244 DOI : 10.13097/archive-ouverte/unige:73724 Available at: http://archive-ouverte.unige.ch/unige:73724 Disclaimer: layout of this document may differ from the published version. 1 / 1 UNIVERSITE DE GENEVE FACULTE DES SCIENCES Département des sciences de la Terre Professeur D. Ariztegui Investigating the Subsurface Biosphere of a Hypersaline Environment – The Dead Sea (Levant) THESE présentée à la Faculté des sciences de l’Université de Genève pour obtenir le grade de Docteur ès sciences, mention sciences de la Terre par Camille Thomas de Dijon (France) Thèse N° 4769 GENEVE Atelier de reprographie ReproMail 2015 This thesis was accomplished with the financial support of the Swiss National Science Foundation through grants 200021-132529 and 200020-149221/1 at the Earth Science Department of the University of Geneva, Geneva, Switzerland Remerciements S’il est vrai que la thèse peut parfois décourager un doctorant du monde de la recherche, j’ai peur que pour moi elle ne l’ait rendu difficilement remplaçable. Les opportunités qui m’ont été offertes, les rencontres que j’y ai faites et la confiance qui m’a été accordée ont certainement contribué à faire de moi ce que je suis aujourd’hui et je serai toujours reconnaissant envers ces personnes qui m’ont accompagné pendant ces quatre années. En particulier, je remercie mon directeur de thèse, qui m’a fait confiance, qui m’a toujours incité à étendre mes connaissances, a soutenu chacune de mes initiatives et a su me tirer vers le haut et me redonner confiance lors des moments de doute et de remise en question. Daniel est un scientifique formidable, un superviseur disponible et attentif, un collègue altruiste et juste, bref un directeur de thèse exceptionnel. Sans lui, cette thèse serait bien évidemment différente, et moi-même je le serais. Merci Daniel. Je tiens aussi à remercier mon collègue et collaborateur Danny Ionescu. Danny taught me a lot, chaperoned me in the field of microbial ecology and shared a lot with me. He also involved much of his time in the writing of the articles, and I am grateful of all he did for me. I hope to continue working with him. And of course, I thank Mina, whom I know was always present in the background when Danny was reviewing my work on Sunday nights… I learnt a lot during this PhD, I thus want to thank all the people who shared their knowledge in the lab with me, from Emanuela Reo, Franck Lejzerowicz, Laure Apothéloz-Perret-Gentil, Jan Pawlowski, to Stefan “Zwiebel” Thiele, Muriel Pacton, Arnauld Vinçon-Laugier et bien sûr Vincent Grossi, qui m’a accompagné lors de mon master, et avec qui j’ai toujours plaisir à travailler et (essayer d’) apprendre. Je remercie aussi ceux qui m’ont aidé un jour aiguillé ou conseillé, je pense notamment à Christophe Dupraz, à Robert Moritz, à Pilar Junier, à Kurt Hanselmann, ainsi qu’à Véronique Gardien, dont les recommandations ont certainement contribuées à mon engagement dans cette thèse. Merci également à Jean-Michel Jaquet et Christos Kanellopoulos pour leur confiance. Je remercie aussi tous les gens dont j’ai croisé la route au cours de ces années et avec qui j’ai partagé sciences, rires et bières. Notamment les étudiants de l’université d’Osnabrück, les compagnons microbiologistes et pédologues de Neuchâtel et Lausanne, les vacanciers géologues abonnés aux cours CUSO… I also wish to thank my colleagues remotely or closely linked to the Dead Sea project. Those that helped logistically and humanly to the core opening parties, namely Stefi, Florian, Romain… Also those that contributed to great scientific and social exchanges, Elan, Gilad, Orit, Nicolas, Elisa, Yossi, Ittai, Moti, Adi, Yael E and Yael K, Ron, Daniel, Norbert, Achim, Markus, and of course Ina. Je remercie également les membres de l’unige: Fred, François, Jacqueline, Elisabeth, Christine, Elias, Rossana, Guy, Sébastien, Georges et Eric, pour leur gentillesse et leur disponibilité. Merci à la team Corse, ceux qui ont partagés la dureté du sol sous la tente, le froid des nuits Cortenaise, les griffures du maquis, la brulure du soleil printanier, la houle méditerranéenne, les vents hurlants de Nonza, la faune agressive, la flore i cracheuse. Antonio, Elme, et bien sûr Chloé vous étiez là et vous avez survécu. Merci d’avoir tenu le coup et d’avoir fait de ces moments d’adversité des souvenirs impérissables. Merci aussi à Monique maman locale et réconfort incarné. Enfin merci à Mario également pour tous ces moments, pour sa bonté, son sourire, tout ce que tu transmets aux étudiants et personnes qui t’entourent. J’en viens à la longue liste des collègues et amis de l’université de Genève, qui ont fait de ces années de thèse des moments inoubliables, autant dans l’adversité que dans la fête. Mes collègues du hip-hop bureau Jay Rag et SmArTy MaRtY qui ont amené et maintenu le groove, la vibe et le swag au bureau. Je remercie aussi Aurèle, pour le temps qu’il ma consacré, les connaissances (innombrables) qu’il a voulu partager avec moi, et les grands moments passés ensemble, au labo, dans le bureau, sur le terrain et en vacances ! Merci à mes amies et (gossip) girls préférées, Lina, Mélanie, Cristina, Katrina. Vous me manquez. Merci à leur pendant masculin Camille, toujours prêt pour partager les meilleures nouvelles scientifiques et people du moment. A celui qui a partagé ma vie, qui m’a nourri et blanchi pendant deux années. Merci Valentin pour tout ! Merci à Stéphanie Girardclos pour ses conseils, ses grandes discussions (son whisky). Merci à mon équipier gagnant Cyril Chelle-Michou. Merci à notre adversaire Nicolas Saintilan. La victoire est belle car l’adversaire est beau. Aux surhommes géologiques, Arnoud, Gabriel, Aymeric. A la squadra azzurra Federico, Eduardo, et à celle qui gagne, Haseeb, Mortaza. Merci Agathe pour les tête-à-tête à balayage électronique. Merci Noel, Hosseini, Chen Chen, merci les frenchies Vincent, Bertrand, merci les bahamiennes Erika, Jennifer, merci Tiago, merci Neda, merci Paula, merci les petits nouveaux Luis et Ines. Merci les maraichers, Alexandra, Roelant, Sylvain, Jerôme, Matar, Chadia et tous ceux que j’oublie. J’en rajoute encore, Laure, Stéphane, Julien, Marie, Camille, Basti, Chia-i, Hervé, Alexia, Maria, Christian. Merci aussi aux étudiants, qui ont contribué à mon bien être ici. Si j’ai envie de continuer aujourd’hui, c’est aussi parce qu’ils sont géniaux. Merci aux volées corses, aux membres de l’AEST (Antoine en particulier), et à tous ceux qui ont participé de près ou de loin à la vie maraichère : la Yourghurteria, le Volt, le Lys, le Trulli, le MacSorleys, la Ferblanterie, Kendrick, Frank, Jonsi, Thom, Beth and Geoff, tous. Il y a quelques personnes clés qui ont contribué à ce que j’ai pu entreprendre dans la géologie. Merci Lydie Prieur, pour m’avoir conseillé puis soutenu. Je suis fier aujourd’hui d’avoir été votre étudiant, et de pouvoir vous montrer quelques résultats géologiques ET biologiques. I also wish to thank Salik and Minik Rosing, who have somehow, changed the course of my short geology career. Enfin merci à Fabrice Cordey et Nicolas Olivier, qui m’ont fait confiance pendant mon master et qui ont contribué à mon entrée dans la recherche. Leur patience, leurs conseils et leur soutien m’ont permis d’entreprendre cette thèse avec confiance et optimisme. J’en viens au privé. Merci à tous mes amis, ceux de Lyon, d’Islande, du Danemark et surtout ceux de Dijon. Mes meilleurs amis à qui je n’ai pas pu consacrer beaucoup de temps au milieu de tout cela. J’ai aussi pu faire cette thèse car je sais que vous êtes à mes côtés. En particulier, merci Antoine, merci Caroline, merci Fabien, merci Mathilde C., merci Mathilde S., merci Maxime, merci Olivier. ii Je remercie aussi toute ma famille, qui m’a toujours soutenu. En particulier, merci à ma mère et mon père de croire en moi, et d’être fantastiques. Merci également à mes sœurs Juliette et Léa pour qui je n’ai pas beaucoup été là ces derniers temps, mais qui m’aident et m’équilibrent. J’espère leur apporter autant que ce qu’elles me donnent. Enfin, je terminerai par celle à qui j’ai certainement volé le plus de temps, et celle qui a dû faire plus de sacrifices que tous les autres. Merci Marie de m’avoir soutenu, merci de m’avoir accompagné, et merci pour ce que tu amènes dans ma vie.