UNIVERZA V MARIBORU FAKULTETA ZA NARAVOSLOVJE IN MATEMATIKO ODDELEK ZA BIOLOGIJO

DIPLOMSKO DELO

Nancy PAVLIČ

Maribor, 2016

UNIVERZA V MARIBORU FAKULTETA ZA NARAVOSLOVJE IN MATEMATIKO ODDELEK ZA BIOLOGIJO

Nancy PAVLIČ

FILOGENETSKA ANALIZA RODU BELONOGIH MIŠI, Z METODO GEOMETRIJSKE MORFOMETRIJE

Phylogenetic Analysis of Wood Mice, Apodemus with the Method of Geometric Morphometrics

DIPLOMSKO DELO

Mentor: Prof. dr. Franc JANŽEKOVIČ Somentor: Prof. dr. Boris KRYŠTUFEK

Maribor, 2016

IZJAVA O AVTORSTVU

Podpisana Nancy Pavlič, roj. 24.12.1983, študentka Filozofske fakultete ter Fakultete za naravoslovje in matematiko Univerze v Mariboru, dvopredmetnega študijskega programa Angleški jezik s književnostjo in biologija, izjavljam, da je diplomsko delo z naslovom Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije pri mentorju prof. dr. Francu Janžekoviču in somentorju prof. dr. Borisu Kryštufku, avtorsko delo. V diplomskem delu so uporabljeni viri in literatura korektno navedeni; teksti in druge oblike zapisov niso uporabljeni brez navedbe avtorjev.

Maribor,______

______

(podpis študentke)

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

IZVLEČEK

Namen diplomske naloge je bil izvedba morfometrične analize variabilnosti v mandibuli pri rodu Apodemus z metodami geometrijske morfometrije. Predvsem sem preverjala ali se bodo rezultati morfometričnega pristopa skladali z rezultati filogenetske analize na mitohondrijski DNK.

V diplomski nalogi sem analizirala variabilnost v obliki spodnje čeljustnice pri 22 vrstah rodu belonogih miši, Apodemus. V analizo sem vključila 22 vrst razdeljenih v 24 OTU-jev: A.agrarius, A. alpicola, A. argenteus, A. arianus, A. chevrieri, A. draco, A. epimelas, A.flavicollis, A. gurkha, A. hyrcanicus, A. ilex, A. latronum, A. mystacinus, A. pallipes, A. peniunsulae, A. ponticus, A. rusigeus, A. semotus, A. speciosus, A. sylvaticus-North, A. sylvaticus-South, A. uralensis-East, A. uralensis-West, in A. witherbyi.

Analizirala sem 99 primerkov rodu Apodemus, iz vsake vrste okrog 5 mandibul. Uporabila sem metodo geometrijske morfometrije in na labialni strani vsake mandibule določila 50 drsnih oslonilnih točk, s katerimi sem izvedla analizo njene oblike. Ugotovila sem, da vrsta A. gurkha močno odstopa v obliki mandibule, kar se sklada tudi z ugotovitvami mitohondrijske analize DNK. Prav tako sem ugotovila, da se morfometrični rezultati na nivoju rodov skladajo z molekularno filogenijo, na nivoju medvrstne variabinosti pa mandibule ne vsebujejo filetske informacije.

Ključne besede: Alysomys, Apodemus, Karstomys, Sylvaemus, mandibula, geometrijska morfometrija, filogenija

I

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Pavlič, N. Phylogenetic Analysis of Wood Mice, Apodemus with the Method of Geometric Morphometrics. Graduation thesis, University of Maribor, Faculty of Natural Sciences and Mathematics, Department of Biology, 2016

ABSTRACT

The subject of this Graduation thesis was the implementation of morphometric analysis of the variability of the Apodemus mandible with the method of geometric morphometrics. The aim was to determin whether the results of morphometric approach were consistent with the results of phylogenetic analysis on mitochondrial DNA.

I analyzed the variability in shape of the 22 Apodemus mandible species. In the analysis I have included 22 species distributed in 24 OTU's: A.agrarius, A. alpicola, A. argenteus, A. arianus, A. chevrieri, A. draco, A. epimelas, A.flavicollis, A. gurkha, A. hyrcanicus, A. ilex, A. latronum, A. mystacinus, A. pallipes, A. peniunsulae, A. ponticus, A. rusigeus, A. semotus, A. speciosus, A. sylvaticus-North, A. sylvaticus-South, A. uralensis-East, A. uralensis-West, and A. witherbyi.

I analyzed 99 specimens of the genus Apodemus. I used the method of geometric morphometics and determined 50 landmarks and semilandmarks on the labial side of each mandible. This was the basis for further analysis of mandibles shape. The results suggest that the species A. gurkha deviates significantly in the form of the mandible, which is consistent with the results of mitochondrial DNA analysis. The results also show that at the level of genera the morphometric results are consistent with molecular phylogeny but at the level of interspecies variability of the mandible they do not contain any phyletic information.

Key words: Alysomys, Apodemus, Karstomys, Sylvaemus, mandible, geometric morphometrics, phylogeny

II

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

KAZALO VSEBINE

1. UVOD ...... 1 1.1 Geometrijska morfometrija ...... 1 1.1.1 Oslonilna točka (LM – Landmark) ...... 3 1.1.2 Drsna oslonilna točka (SLM – Semilandmark) ...... 3 1.2 Filogenija ...... 4 1.3 Pregled taksonomije ...... 6 1.3.1 Red: Glodalci, Rodentia ...... 6 1.3.2 Družina: Prave miši in podgane, ...... 6 1.3.3 Rod: Belonoge miši, Apodemus (Kaup, 1829) ...... 7 1.3.4 Taksonomska uvrstitev rodu Apodemus: ...... 8 1.4 Opis taksonomskih vrst ...... 9 1.4.1 Rod: Belonoge miši, Apodemus ...... 9 1.4.1.1 Rod: Alysomys (Dukelski, 1829) ...... 9 1.4.1.2 Rod: Apodemus (Kaup, 1829) ...... 12 1.4.1.3 Rod: Genus 1 ...... 16 1.4.1.4 Rod: Genus 2 ...... 17 1.4.1.5 Rod: Karstomys (Martino, 1939) ...... 20 1.4.1.6 Rod: Sylvaemus (Ognev, 1924) ...... 23 1.5 Namen in hipoteze dela ...... 35 1.5.1 Namen dela ...... 35 1.5.2 Delovne hipoteze ...... 35 2. MATERIAL IN METODE DELA ...... 36 2.1 Material ...... 36 2.2 Metode dela ...... 40 2.2.1 Izbira in določanje oslonilnih točk ...... 40 2.2.2 Prokrustova analiza ...... 42 2.2.3 Primerjava oblike - Analiza glavnih komponent ...... 43 3. REZULTATI...... 45 3.1 Prokrustova analiza in analiza glavnih komponent ...... 45 3.2 Variabilnost med rodovi ...... 50 3.3 Filogenetska analiza ...... 53 4. DISKUSIJA ...... 59 5. POVZETEK ...... 61

III

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

6. ZAHVALA ...... 63 7. VIRI IN LITERATURA ...... 64 8. PRILOGE ...... 69

IV

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

KAZALO SLIK

Slika 1: Apodemus argenteus (Vir: EOL.org, 2016)...... 9 Slika 2: Zemljevid razširjenosti Apodemus argenteus (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus argenteus. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=42642)...... 9 Slika 3: Apodemus peninsulae (Vir: EOL.org, 2016)...... 10 Slika 4: Zemljevid razširjenosti Apodemus peninsulae (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus peninsulae. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1899)...... 10 Slika 5: Apodemus speciosus (Vir: EOL.org, 2016)...... 11 Slika 6: Zemljevid razširjenosti Apodemus speciosus (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus speciosus. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1903)...... 11 Slika 7: Apodemus agrarius (Vir: EOL.org, 2016)...... 12 Slika 8: Zemljevid razširjenosti Apodemus agrarius (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016.. Apodemus agrarius. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1888)...... 12 Slika 9: Apodemus alpicola (Vir: EOL.org, 2016)...... 14 Slika 10: Zemljevid razširjenosti Apodemus alpicola (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus alpicola. Pridobljeno 22.52016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1907).14 Slika 11: (Vir: EOL.org, 2016)...... 15 Slika 12: Zemljevid razširjenosti Apodemus chevrieri (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus chevrieri. Pridobljeno 22.5.2016 iz (http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1890)...... 15 Slika 13: Apodemus gurkha (Vir: EOL.org, 2016)...... 16 Slika 14: Zemljevid razširjenosti Apodemus gurkha (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus gurkha. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1894)...... 16 Slika 15: Apodemus draco (Vir: EOL.org, 2016)...... 17 Slika 16: Zemljevid razširjenosti Apodemus draco (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus draco. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1891)...... 17 Slika 17: Apodemus latronum (Vir: EOL.org, 2016)...... 18 Slika 18: Zemljevid razširjenosti Apodemus latronum (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus latronum. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1897)...... 18 Slika 19: Apodemus semotus (Vir: EOL.org, 2016)...... 19 Slika 20: Zemljevid razširjenosti Apodemus semotus (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus semotus. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1902)...... 19 Slika 21: Zemljevid razširjenosti Apodemus epimelas (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus epimelas. Pridobljeno 18.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=136816)...... 20 Slika 22: Apodemus mystacinus (Vir: EOL.org, 2016)...... 21 Slika 23: Zemljevid razširjenosti Apodemus mystacinus (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus mystacinus. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1898)...... 21 Slika 24: Apodemus flavicollis (Vir: EOL.org, 2016)...... 23

V

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Slika 25: Zemljevid razširjenosti Apodemus flavicollis (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus flavicollis. Pridobljeno 18.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1892)...... 23 Slika 26: Apodemus hyrcanicus (Vir: EOL.org, 2016)...... 25 Slika 27: Zemljevid razširjenosti Apodemus hyrcanicus (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus hyrcanicus. Pridobljeno 18.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1896)...... 25 Slika 28: Zemljevid razširjenosti Apodemus pallipes (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus pallipes. Pridobljeno 18.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1906)...... 26 Slika 29: Zemljevid razširjenosti Apodemus ponticus (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus ponticus. Pridobljeno 22.5.2015 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1900)...... 27 Slika 30: Zemljevid razširjenosti Apodemus rusiges (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus rusiges. Pridobljeno 18.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1901).28 Slika 31: Apodemus sylvaticus (Vir: EOL.org, 2016)...... 29 Slika 32: Zemljevid razširjenosti Apodemus sylvaticus (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus sylvaticus Pridobljeno 18.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1904)...... 29 Slika 33: Apodemus uralensis (Vir: EOL.org, 2016)...... 31 Slika 34: Zemljevid razširjenosti Apodemus uralensis (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus uralensis. Pridobljeno 18.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1905)...... 31 Slika 35: Apodemus witherbyi (Vir: EOL.org, 2016)...... 33 Slika 36: Zemljevid razširjenosti Apodemus witherbyi (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus witherbyi. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=135724)...... 33 Slika 37: Leva mandibula, medialno-lingvalno (A. sylvaticus). (Vir: Belšak, 2015)...... 38 Slika 38: Desna mandibula, labialno (A. sylvaticus) (Vir: Belšak, 2015)...... 39 Slika 39: Primer postavitve oslonilnih (LM - Landmark) in drsnih oslonilnih točk (SLM - Semilandmark) na mandibuli v programu TpsDig2: ...... 41 Slika 40: Prikaz Prokrustove analize (GPA) na primeru trikotnikov: začetno stanje, premik, rotacija in skaliranje konfiguracij koordinat.(Vir: Klenovšek, T. (2014a). Uporaba geometrijske morfometrije v biologiji: priročnik za začetnike. Maribor: Fakulteta za naravoslovje in matematiko)...... 42 Slika 41: Prokrustova poravnava točk; poravnane konfiguracije točk vseh objektov, ki sem jih vključila v analizo. Z rdečo barvo so zapisane številke točk, modra pika je centroid, modre točke predstavljajo povprečje celotnega vzorca, črne točke predstavljajo razpršenost posameznih konfiguracij okrog povprečja...... 46 Slika 42: Vektorji razpršenosti poravnanih točk okrog centroida...... 46 Slika 43: Delež (v %) razložene variabilnosti v obliki mandibule za posamezno glavno komponento. . 49 Slika 44: Projekcija 99 osebkov Apodemus na prvi dve glavni komponenti...... 49 Slika 45: Razsevni diagram na prvi dve glavni komponent, v katerem vsaka točka prikazuje en osebek. Rodovi so povezani s skupno elipso...... 50 Slika 46: Krivljenje mandibule, kot ga opisuje vrednost prve glavne komponente...... 51 Slika 47: Krivljenje mandibule, kot ga opisuje negativna vrednost druge glavne komponente, značilnost rodu Genus 1, oz. vrste A. gurkha, primerjaj s sliko 45...... 51 Slika 48: Dendrogram Prokrustovih razdalj med šestimi rodovi Apodemus...... 53

VI

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Slika 49: Dendrogram Prokrustovih razdalj med 24 vrstami oz. OTU-ji Apodemus...... 55

VII

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

KAZALO TABEL

Tabela 1: Pregled vrst in število mandibul vključenih v raziskavo...... 37 Tabela 2: Rezultati Proktustove poravnave; povprečne vrednosti centroidov 50-ih oslonilnih točk. .. 47 Tabela 3: Lastne vrednosti (Eigenvalues) in delež pojasnjene variance v analizi glavnih komponent. 48 Tabela 4: Velikost vzorcev mandibul v filogenetski analizi med novimi rodovi Apodemus...... 53 Tabela 5: Prokrustove razdalje med rodovi...... 54 Tabela 6: Velikost vzorcev v filogenetski analizi med vrstami oz. 24 OTU-ji rodu Apodemus...... 57 Tabela 7: Prokrustove razdalje med vrstami oz. 24 OTU-ji...... 58 Tabela 8: Seznam analiziranih vzorcev z navedeno državo in lokaliteto pridobljenega vzorca...... 69

VIII

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

KAZALO PRILOG

Priloga 1: Tabela 8 ...... 69

IX

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

1. UVOD

Poglavitni razlog za sistematizacijo in klasifikacijo živih bitij v skupine, je njihovo razlikovanje po velikosti in obliki telesa ter njihovih strukturah, kakor tudi iskanje sorodstvenih razmerij med vrstami. Za dokazovanje sorodnosti živih bitij in razumevanju njihove evolucije se dandanes uporabljajo predvsem molekularni izsledki in morfološke raziskave. Na morfološko variabilnost vplivajo različni biotski in abiotski dejavniki, kot so geografske razmere, ontogenetski razvoj, genetska divergenca, mutacije, poškodbe, bolezni in drugo.

V diplomski nalogi sem z metodo geometrijske morfometrije na mandibuli rodu Apodemus ugotavljala ali se izsledki naše filogenetske analize skladajo z izsledki genetske analize (mitohondrijska analiza DNK). Preverjala sem obliko mandibule ter ugotavljala sorodnost oz. ali katera vrsta posebej izstopa.

1.1 Geometrijska morfometrija

Izraz morfometrija (grško: »morph« pomeni oblika in »metron« meriti) označuje različne metode proučevanja variabilnosti v obliki in kovariabilnosti med spremenljivkami (Bookstein, 1991, v Klenovšek, 2014b).

Uporablja se za opisovanje in kasneje za statistično analizo razlik v obliki posameznih struktur ali organizmov med vzorci ali znotraj vzorcev ter za analizo sprememb v obliki organizmov ali posameznih struktur zaradi ontogenetskih, evolucijskih, ekoloških in drugih dejavnikov.

V šestdesetih in sedemdesetih letih 20. stoletja so biometriki začeli uporabljati multivariatne statistične analize za opisovanje variabilnosti v obliki organizmov. Kot morfološke spremenljivke so uporabljali predvsem enorazsežne meritve razdalj in dolžin ter kotov med strukturami. Ta pristop danes imenujemo tradicionalna (Marcus, 1990, v Klenovšek, 2014a) ali multivariatna (Blackith in Reyment, 1991, v Klenovšek 2014a) morfometrija. Enorazsežne meritve ne vsebujejo podatkov o geometrijskih odnosih med posameznimi meritvami, zato tradicionalna morfometrija ni najbolj učinkovit pristop za proučevanje razlik v obliki morfoloških struktur (Adams in sod., 2004, v Klenovšek, 2014a).

1

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

V poznih osemdesetih in zgodnjih devetdesetih letih 20. Stoletja je prišlo do napredka v merjenju in analiziranju morfoloških struktur. Novi pristopi so omogočili zajemanje geometrije morfoloških struktur in ohranjanje informacije o relativnih prostorskih razporeditvah podatkov skozi celotno analizo (Adams in sod., 2004, v Klenovšek, 2014a). Corti (1993, v Klenovšek, 2014a) je skupino novih metod poimenoval »geometrijska morfometrija«, ki sta jo Rohlf in Marcus (1993, v Klenovšek 2014a) označila kot »revolucijo v morfometriji«.

Geometrijska morfometrija je skupina pristopov za multivariatno statistično analizo podatkov v obliki kartezijskih koordinat pridobljenih z določanjem oslonilnih točk. »Geometrija« v besedni zvezi »geometrijska morfometrija« se nanaša na geometrijo Kendallovega prostora, v katerem vsaka točka predstavlja obliko neke konfiguracije točk v evklidskem prostoru, neodvisne od velikosti, položaja in orientacije. V Kendallovem prostoru lahko ocenimo povprečno obliko skupine konfiguracij točk in variabilnosti vzorca v obliki ocenimo z uporabo geometrije Procrustovih razdalj (Klenovšek, 2014a).

Multivariatni del geometrijske morfometrije se običajno odvija v linearnem prostoru, ki je tangenten na neevklidski prostor v bližini povprečne oblike. Ker metode geometrijske morfometrije ves čas analize v celoti ohranjajo vse informacije o relativnih prostorskih razmerjih med točkami, omogočajo vizualizacijo skupinskih in individualnih razlik, vizualizacijo variabilnosti vzorca in drugih rezultatov v prostoru (Slice 2007, v Klenovšek, 2014a). Prednosti te metode so tudi, da lahko rezultate prikažemo grafično in ne samo številčno v tabeli. Meritve lahko opravimo kjerkoli in kadarkoli na digitalnih fotografijah.

Poleg oslonilnih točk, lahko z geometrijsko morfometrijo analiziramo tudi podatke, ki smo jih dobili z orisom oblike ali površine objektov. Podatki so lahko dvo ali trirazsežni. Danes je geometrijska morfometrija standardna metoda za analizo oblik pridobljenih z oslonilnimi točkami (Adams in sod., 2013, v Klenovšek, 2014a) v raziskavah evolucije, razvojne biologije, filogeografije in sistematike (Klenovšek, 2014a).

2

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

1.1.1 Oslonilna točka (LM – Landmark)

Obliko objekta v geometrijski morfometriji opišemo s koordinatami oslonilnih točk v dvo- ali trirazsežnem prostoru. Oslonilne točke (angl. landmarks) so točke, ki jih postavljamo na točno določena mesta neposredno na objektih (ali na njihovih slikah) po določenih pravilih (Slice, 2007, v Klenovšek 2014b). Oslonilne točke z istim imenom morajo biti pri vseh objektih v vzorcu postavljene na homolognih strukturah (Klenovšek, 2014b). Prednosti te metode so, da lahko rezultate prikažemo grafično in ne samo številčno v tabeli. Meritve lahko opravimo kjerkoli in kadarkoli na digitalnih fotografijah.

1.1.2 Drsna oslonilna točka (SLM – Semilandmark)

Poleg oslonilnih točk poznamo tudi drsne oslonilne točke, katerih položaj je poljuben in poteka vzdolž krivine ter nam podajo informacijo o ukrivljenosti v dveh ali treh dimenzijah (Wikipedija: Morfometrija, 2016).

3

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

1.2 Filogenija

Filogenija je v biologiji shematska predstavitev evolucijske zgodovine in sorodnosti skupin organizmov (taksonov). Temelji na osnovni predpostavki, da novi taksoni (na primer vrste) nastajajo z razcepom skupnega prednika na dve evolucijski liniji, zato ima obliko drevesa, kjer od najstarejšega skupnega prednika nastajajo nove in nove razvejitve. Filogenetsko drevo je torej sestavljeno iz dveh osnovnih enot: vozlišča predstavljajo skupne prednike, veje pa njihove potomce, pri čemer razdalje med vejami ponazarjajo, kako blizu ali daljno sorodna sta si taksona. Filogenija je panoga biologije, ki se ukvarja s konstruiranjem teh dreves (filogenij) na podlagi znanih podatkov o lastnostih organizmov (znakov).

Neposredni materialni dokazi o poteku evolucije pogosto niso na voljo, zato biologi uporabljajo še eno temeljno predpostavko: če si dva taksona delita mnogo znakov, to pomeni, da sta si bolj sorodna, in obratno. Obstaja več teoretskih pristopov k interpretaciji sorodstvenih povezav na podlagi deljenih znakov, med katerimi danes prevladuje t. i. kladistični pristop, tako močno, da se v literaturi kladistika običajno obravnava kar kot sopomenka za filogenetiko. Kladistiki iščejo klade - naravne skupine, ki vključujejo skupnega prednika in vse njegove potomce. Pri tem pristopu so ključni kriterij za tvorjenje filogenetskega drevesa t. i. izpeljani znaki ali sinapomorfije. To so znaki, ki si jih delijo vsi pripadniki skupine in njihov skupni prednik, ne pa tudi pripadniki drugih skupin. Drevo, ki je rezultat filogenetske analize, je hipoteza o evoluciji in sorodnosti preučevanih taksonov, ki jo je možno preskušati z vključevanjem novih znakov, podatkov o izumrlih prednikih ipd.

V filogenetiki je »znak« splošen izraz, ki lahko vključuje marsikatero lastnost preučevanih skupin organizmov: morfologijo, razvojne in molekularne značilnosti idr. Natančnost razvrstitve se povečuje s številom vključenih znakov, pri tem pa število kombinacij znakov narašča eksponentno. Zato je filogenetika tesno povezana z razvojem računskih metod za obdelovanje podatkov in napredkom računalništva. To je posebej očitno v trenutni dobi vzpona molekularne biologije in kopičenja podatkov o genskem zapisu organizmov. Sodobna filogenetika v veliki meri temelji na primerjanju zaporedij DNK (molekularna filogenija), ki se dedujejo neposredno in zato veljajo za bolj zanesljiv znak od morfoloških in drugih znakov, ki so odvisni tudi od vpliva okolja na posamezen organizem. Če je znan podatek o hitrosti spreminjanja zaporedij, je lahko drevo »kalibrirano« - dolžine vej takega drevesa ponazarjajo čas od oddelitve od skupnega prednika (Wikipedija: Filogenija, 2016).

4

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Filogenija je uvrščanje organizmov, oz. vrst v sistematske kategorije, ki so zasnovane na sorodstvenih odnosih med vrstami. Znanstvenik filogenetik se skuša čim bolje približati poteku dogajanj v zgodovini razvoja in ga nato prikazati v obliki sistema. Pomanjkanje zgodovinskih dokazov (fosilov) skuša filogenetik nadomestiti z zbiranjem vseh drugih podatkov, ki jih dobi s teoretičnim ali s praktičnim proučevanjem bioloških lastnosti organizmv. Vsaka hipoteza, s katero skuša filogenetik rešiti problem, je podvržena strogim kriterijem in preverjanjem, ki jih mora uspešno zagovarjati in dokazovati. Zavedati pa se moramo, da je filogenetsko drevo le domneva, zato se lahko večkrat spremeni, če to narekujejo nove najdbe in novi dokazi (Svarog: Biologija, 2016).

Drevesa podobnosti, narejena na osnovi morfometrijskih podatkov (fenetska drevesa ali fenogrami) temeljijo na morfometrijskih razdaljah med skupinami in lahko predstavljajo orodje za raziskavo in vizualizacijo strukture variabilnosti v obliki med skupinami (Felsenstein, 2004, v Klenovšek 2014b). Fenetska drevesa so grafi sestavljeni iz vozlov in vej. Zunanji vozli (listi) predstavljajo operacijske taksonomske enote (OTU), dolžine vej in cepitve pa morfološke odnose med vozli. Med številnimi metodami konstrukcij dreves se uporabljajo: metoda neponderiranih aritmetičnih sredin (angl. UPGMA ‒ Unweighted Pair Group Method using Averages), metoda najmanjših kvadratov (angl. Least-squares), metoda združevanja sosedov (angl. NJ ‒ Neighbour-joining) in druge.

V današnjem času sta uveljavljena dva pristopa analize odnosov med filogenijo in morfologijo. S prvim lahko morfološke razdalje (v geometrijski morfometriji so to Prokrustove razdalje med skupinami, na katerih temeljijo fenetska drevesa) primerjamo s genetskimi razdaljami (npr. nukleotidnimi razdaljami) dobljenimi z molekularnimi analizami ter ugotavljamo statistično značilne razlike. Z omenjeno distančno metodo (oz. metodo razdalj) lahko strukturo filogenetskih in fenetskih dreves primerjamo tudi vizualno in ugotavljamo podobnosti ter razlike (Klenovšek, 2014b).

5

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

1.3 Pregled taksonomije

1.3.1 Red: Glodalci, Rodentia

Glodalci (Rodentia, iz latinščine »rodere« - gristi) so največja, najuspešnejša in najprilagodljivejša skupina sesalcev. Zajemajo več kot 1700 različnih vrst živali. Poseljujejo vso kopno, razen Antarktike, Nove Zelandije in še nekaterih tihomorskih otokov. Pri glodalcih srečamo največ življenjskih oblik med sesalci. Večina vrst je prilagojena življenju na tleh, najdemo pa jih tudi na drevju, v vodi in v zemlji. Talne živali so se specializirale za dolge skoke, zemeljske so se prilagodile življenju pod zemljo in oči so jim povsem zakrnele, drevesne so se specializirale v plezanju ali jadranju po zraku, vodni glodalci pa so se prilagodili z dobrim plavanjem. Živijo v skoraj vseh biomih: tropskem gozdu, savani, stepi, puščavi, gozdovih zmernih pasov, tajgi, tundri in visoko v gorah. Ker je za mnoge vrste značilna visoka stopnja rodnosti, so za glodalce pogosto značilna večletna populacijska nihanja (Belšak, 2015, cit. po Kryštufek, 1991).

Kot že samo ime nakazuje, glodalce najbolj označuje njihovo zobovje. V vsaki čeljustnici imajo samo en sekalec - t.i. glodač. Je ploščate, dletaste oblike in nikoli ne neha rasti. Podočnikov nimajo. Pri primitivnejših skupinah lahko srečamo še predmeljake, večina pa ima samo še po 3 meljake v vsaki čeljustnici ali manj. Glodalci so se prvič pojavili proti koncu geološke dobe paleocena (Belšak, 2015, cit. po Kryštufek, 1991).

1.3.2 Družina: Prave miši in podgane, Muridae

Muridae je velika in uspešna družina miši, podgan, skakačev in žvižgačev. Po nekaterih ocenah naj bi zajemala okoli 700 različnih vrst živali. Razvoj družine naj bi se začel v Afriki in jugovzhodni Aziji, od koder naj bi jih človek raznosil po vsem svetu (Belšak, 2015, cit. po Kryštufek, 1991). Gre za majhne sesalce. Dolžina živali variira od afriške pritlikave miši, ki zraste le do 4 cm, vse do skoraj pol metra dolgih podgan. Vse živali te družine imajo odličen voh in sluh. Poseljujejo skoraj vse habitate. Najdemo jih po gozdovih, poljih, travnikih, preko puščav do gorskih verig.

6

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Spadajo med herbivore (rastlinojedci) ali omnivore (vsejedci), saj jim močne čeljusti in ostri sekalci, ki rastejo vse življenje, omogočajo jesti raznovrstno hrano. Razmnoževanje je med najuspešnejšimi med sesalci. Mladiče lahko imajo po večkrat na leto, že od 20 do 40 dni po parjenju, odvisno od vrste. Zaradi hitrega razvoja se mladiči običajno skotijo neporaščeni in slepi, čeprav tudi tukaj poznamo izjeme, npr. bodičaste miši, pri katerih so mladiči že ob skotitvi odlakani. Samice so godne za parjenje že nekaj dni po kotitvi (Belšak, 2015).

1.3.3 Rod: Belonoge miši, Apodemus (Kaup, 1829)

Rod Apodemus obsega okrog 22 vrst belonogih miši, vključuje majhne do srednje velike miši z dolžino trupa od 65 do 120 mm. Imajo majhno podolgovato glavo in dolg gobček, brez posebnih modifikacij. Rep je razmeroma dolg, zmerno dlakav, na koncu pogosto s šopi dlak. Kožuh je običajno gost in mehak, načeloma temno rjave do sive barve, z rumeno-rjavimi do belimi lisami, ki so značilne za posamezne vrste. Uhlji so razmeroma veliki, merijo od 9 do 16 mm. Ker so prilagojene za skakanje, imajo razmeroma dolg zadnji par nog. Stopala in dlani so, razen v bližini pet, gola. Na sprednjih nogah imajo po štiri prste, na zadnjih pet. Ker se glodalci klasificirajo v veliki meri tudi po čeljustih in zobovju, je za ta rod značilno, da imajo prvi zgornji meljaki (kočniki) po štiri korenine (Belšak, 2015, cit. po Kryštufek in Vohralik, 2009).

Belonoga miš poseljuje zmerna in subtropska območja palearktične Evrazije in Severne Afrike. V Evropi živi 10 vrst, v Sloveniji najdemo 3 živeče vrste: dimasto miš, rumenogrlo miš ter navadno belonogo miš.

V svoji diplomski nalogi bom obravnavala spodaj naštete nove podrodove in vrste.

7

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

1.3.4 Taksonomska uvrstitev rodu Apodemus:

Kraljestvo: Živali, Animalia Deblo: Strunarji, Chordata Poddeblo: Vretenčarji, Vertebrata Razred: Sesalci, Mammalia Red: Glodalci, Rodentia Družina: Prave miši in podgane, Muridae Rod: Belonoge miši, Apodemus Rod: Alysomys Vrsta: Apodemus argenteus – Majhna japonska poljska miš (ang. Small Japanese Field Mouse) Vrsta: Apodemus peninsulae – Korejska poljska miš (ang. Korean Field Mouse) Vrsta: Apodemus speciosus – Velika japonska poljska miš (ang. Large Japanese Field Mouse) Rod: Apodemus Vrsta: Apodemus agrarius – Dimasta (ognjena) poljska miš (ang. Striped field mouse) Vrsta: Apodemus alpicola – Alpska poljska miš (ang. Alpine Field Mouse) Vrsta: Apodemus chevrieri – Chevrierjeva poljska miš (ang. Chevrier's Field Mouse) Rod: Genus 1 Vrsta: Apodemus gurkha – Nepalska poljska miš (ang. Nepalese Field Mouse) Rod: Genus 2 Vrsta: Apodemus draco – Južno kitajska poljska miš (ang. South China Field Mouse) vključuje vrsto: Apodemus ilex Vrsta: Apodemus latronum – Sečuanska poljska miš (ang. Sichuan Field Mouse/Large-eared Field Mouse) Vrsta: Apodemus semotus – Tajvanska poljska miš (ang. Taiwan Field Mouse) Rod: Karstomys Vrsta: Apodemus epimelas – Zahodno kraška poljska miš (ang. Western Broad-toothed Field Mouse) Vrsta: Apodemus mystacinus – Vzhodno kraška poljska miš (ang. Eastern Broad-toothed Field Mouse) Rod: Sylvaemus Vrsta: Apodemus arianus – Perzijska poljska miš (ang. Persian Field Mouse) Vrsta: Apodemus flavicollis – Rumenogrla poljska miš (ang. Yellow-necked Field Mouse) Vrsta: Apodemus hyrcanicus – Hirkanijska poljska miš (ang. Hyrcanian Field Mouse) Vrsta: Apodemus pallipes – Himalajska poljska miš/Wardova poljska miš (ang. Himalayan Field Mouse/Ward's Field Mouse) Vrsta: Apodemus ponticus – Kavkaška poljska miš/Poljska miš Črnega morja. (ang. Caucasus Field Mouse/Black Sea Field Mouse) Vrsta: Apodemus rusiges – Kašmirska poljska miš (ang. Kashmir Field Mouse) Vrsta: Apodemus sylvaticus – Navadna belonoga poljska miš (ang. Common Field Mouse/ Long-tailed Field Mouse) Vrsta: Apodemus uralensis – Ravninska poljska miš/Uralska poljska miš (ang. Ural Field Mouse/Herb Field Mouse) Vrsta: Apodemus witherbyi – Stepska poljska miš/Witherbyjeva poljska miš (ang. Steppe Field Mouse)

8

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

1.4 Opis taksonomskih vrst

1.4.1 Rod: Belonoge miši, Apodemus

1.4.1.1 Rod: Alysomys (Dukelski, 1829)

a) Apodemus argenteus (Temminck, 1845) Slovensko ime: Majhna japonska poljska miš Angleško ime: Small Japanese Field Mouse

Slika 1: Apodemus argenteus (Vir: EOL.org, 2016).

Slika 2: Zemljevid razširjenosti Apodemus argenteus (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus argenteus. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=42642).

Habitat in razširjenost: To pol drevesno vrsto najdemo od nižine do alpskih območij. Preferira starejše gozdove z debelo plastjo listov. Najdemo jo samo na Japonskem, do 2500 m nadmorske višine .

(Povzeto po: Kaneko, Y. & Ishii, N. 2008. Apodemus argenteus. The IUCN Red List of Threatened Species, 2008.)

9

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

b) Apodemus peninsulae (Thomas, 1907) Slovensko ime: Korejska poljska miš Angleško ime: Korean Field Mouse

Slika 3: Apodemus peninsulae (Vir: EOL.org, 2016).

Slika 4: Zemljevid razširjenosti Apodemus peninsulae (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus peninsulae. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1899). Telesne značilnosti: Odrasla miš v telo meri od 76-125 mm, z repom skoraj enake dolžine (75-112 mm).

Življenje in razmnoževanje: Poleti aktivna v mraku in ponoči, jeseni in pozimi pa tudi podnevi. Za rove uporablja korenine. Razmnoževati se začne ob taljenju snega pa vse do zamrznitve. Po navadi imajo 3 legla, s 5-6 mladiči.

Prehrana: Hrani se s koreninami, zrnjem, semeni, jagodami, oreški in žuželkami.

Habitat in razširjenost: Vrsta naseljuje vlažna območja mešanih gozdov, območja gozd-stepa, travnata področja, obdelovalne površine in alpskih gozdov do gora (4000 m nadmorske višine). Najpogosteje se pojavlja v mešanih gozdovih s košato rastjo. Razširjena je po vsej severovzhodni Aziji, vključno z ruskim Daljnjim vzhodom, severno Kitajsko, Korejskim polotokom in otokoma Sahalin (Rusija) in Hokaido (Japonska). Je relativno pogosta vrsta, razen na otoku Hokaido, kjer prevladuje A. speciosus. A. peninsulae ni mogoče najti na korejskem otoku Jeju. (Povzeto po: Batsaikhan, A., Tinnin, D., Lhagvasuren, B. & Sukhchuluun, G. 2008. Apodemus peninsulae. The IUCN Red List of Threatened Species, 2008.)

10

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

c) Apodemus speciosus (Temminck, 1845) Slovensko ime: Velika japonska poljska miš Angleško ime: Large Japanese Field Mouse

Slika 5: Apodemus speciosus (Vir: EOL.org, 2016).

Slika 6: Zemljevid razširjenosti Apodemus speciosus (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus speciosus. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1903).

Življenje, razmnoževanje in prehrana: Vrsta se prehranjuje predvsem ponoči, da se izogne plenilcem. A. speciosus se ne zadržuje na osvetljenih predelih in hrano raje nese v gnezdo, medtem ko A. argenteus reagira na svetlobo drugače, zaradi drugačne velikosti telesa. Takšne spremembe v vedenju omogočajo izpolnjevanje specifičnih ekoloških niš. Hranijo se s semeni, še posebej jeseni in pozimi skladiščijo želod in orehe, ki obsegajo 13-100 % njihove hrane. To pomeni, da so učinkoviti raznašalci semen. Povečane zaloge hrane imajo vpliv na povečano prezimitev osebkov, zimsko razmnoževanje in gostoto populacije.

Habitat in razširjenost: Najdemo jo na vseh japonskih otokih. Vrsta se pojavlja od morske gladine do gorskih območjih. Zadržuje se pod zemljo, najdemo pa jo v gozdovih, travnikih in njivah (tudi na riževih poljih). Čeprav zavzema isto ekološko nišo kot A. argenteus, vrsti naseljujeta različne mikrohabitate - A. argenteus preferira goste krošnje, medtem ko A. speciosus preferira odprte sekundarne gozdove.

(Povzeto po: Kaneko, Y. & Ishii, N. 2008. Apodemus speciosus. The IUCN Red List of Threatened Species, 2008.)

11

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

1.4.1.2 Rod: Apodemus (Kaup, 1829)

a) Apodemus agrarius (Pallas, 1771) Slovensko ime: Dimasta (ognjena) poljska miš Angleško ime: Striped field mouse

Slika 7: Apodemus agrarius (Vir: EOL.org, 2016).

Slika 8: Zemljevid razširjenosti Apodemus agrarius (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016.. Apodemus agrarius. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1888).

Telesne značilnosti: Dimasto miš prepoznamo po izrazito rdeče - rjavem hrbtu, po katerem se vleče temna, približno 4 mm široka temna vzdolžna proga. Trebuh je siv in ostro omejen od barve hrbta. Dlaka je ščetinasta, Rep je skoraj gol in krajši kot telo. Ima manjše oči in uhlje ter krajše stopalo.

Življenje in razmnoževanje: Čez poletje je aktivna ponoči, čez zimo pa podnevi in ponoči. Teče zelo hitro, pogosto pleza po vejevju ali koplje plitve rove. Živi v manjših družinskih tropih. Samica je breja 3-5 krat na leto, povprečno ima 6 mladičev na gnezdo.

Prehrana: Za razliko od drugih miši se ne prehranjuje z zelenimi deli rastlin, popkov, poganjkov, vendar le s semeni in plodovi ter koreninami, zato spomladi v glavnem živi le od živalske hrane - žuželk, mehkužcev, mrhovine, včasih se loti tudi žab.

12

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Habitat in razširjenost: Življenjski prostor so predvsem predeli južne in vzhodne Evrope ter vzhodne Azije. Zadržuje se na gozdnih robovih, v grmovjih, na poljskih mejah, travnikih, v parkih, vrtovih, močvirjih in obrežjih rek, preferira vlažne habitate. Zime pogosto preživijo v hlevih in skednjih, v gorah živijo do 900 m nadmorske višine.

(Povzeto po: Kaneko, Y., Kryštufek, B., Zagarondnyuk, I., Vohralík, V., Batsaikhan, N., Avirmed, D. & Sukhchuluun, G. 2008. Apodemus agrarius. The IUCN Red List of Threatened Species, 2008.)

13

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

b) Apodemus alpicola (Heinrich, 1952) Slovensko ime: Alpska poljska miš Angleško ime: Alpine Field Mouse

Slika 9: Apodemus alpicola (Vir: EOL.org, 2016).

Slika 10: Zemljevid razširjenosti Apodemus alpicola (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus alpicola. Pridobljeno 22.52016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1907). Prehrana: Spomladi se v glavnem hrani z žuželkami, kasneje pa tui s sadeži in semeni rastlin.

Habitat in razširjenost: Je endemična vrsta v Alpah (Francija, Švica, Nemčija, Italija in Avstrija ). Ustrezajo ji skalne razpoke in grušč z bližino vode in trave. Najdemo jo lahko v gozdovih na 500-2100 m nadmorske višine.

(Povzeto po: Bertolino, S., Meinig, H. & Spitzenberger, F. 2008. Apodemus alpicola. The IUCN Red List of Threatened Species, 2008.)

14

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

c) Apodemus chevrieri (Milne-Edwards, 1868) Slovensko ime: Chevrierjeva poljska miš Angleško ime: Chevrier's Field Mouse

Slika 11: (Vir: EOL.org, 2016).

Slika 12: Zemljevid razširjenosti Apodemus chevrieri (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus chevrieri. Pridobljeno 22.5.2016 iz (http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1890). Prehrana: Njena prehrana je sestavljena predvsem iz semen in včasih žuželk.

Habitat in razširjenost: Ta vrsta se pojavlja na kmetijskih območjih, travnatih poljih in odprtih gozdnih habitatih. Aktivna je podnevi. Najdemo jo samo na Kitajskem.

(Povzeto po: Smith, A.T. & Johnston, C.H. 2008. Apodemus chevrieri. The IUCN Red List of Threatened Species, 2008.)

15

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

1.4.1.3 Rod: Genus 1

a) Apodemus gurkha (Thomas, 1924) Slovensko ime: Nepalska poljska miš Angleško ime: Nepalese Field Mouse

Slika 13: Apodemus gurkha (Vir: EOL.org, 2016).

Slika 14: Zemljevid razširjenosti Apodemus gurkha (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus gurkha. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1894). Habitat in razširjenost: Je nočna in kopenska vrsta, pojavlja se v zmernem višavju, v iglastih gozdovih in rododendronu. Ta vrsta je endemična v Nepalu, kjer jo najdemo samo na sedmih lokacijah (Gurkha, Maharigaon, Gorapani, Takucha, Larjung, Chitare in Zgornjem Ulleri) v centralnem Nepalu. To zavzema razpon nadmorske višine od 2.400 m do 3.500 m.

(Povzeto po: Molur, S. & Nameer, P.O. 2008. Apodemus gurkha. The IUCN Red List of Threatened Species, 2008.)

16

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

1.4.1.4 Rod: Genus 2

a) Apodemus draco (Barrett-Hamilton, 1900) Slovensko ime: Južno Kitajska poljska miš Angleško ime: South China Field Mouse

Vključuje vrsto: b) Apodemus ilex (Thomas, 1922)

Slika 15: Apodemus draco (Vir: EOL.org, 2016).

Slika 16: Zemljevid razširjenosti Apodemus draco (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus draco. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1891). Apodemus draco kompleks vključuje A. draco, A. ilex in A. oresta, ki naseljujejo gorska območja Kitajske, Burme in Indije. Ti taksoni so bili obravnavani kot tri veljavne vrste, podvrste ene same vrste, oz. sinonim za Apodemus draco v različnih verzijah taksonomskih popravkov.

Habitat in razširjenost: Naseljuje gozdne habitate in večino dneva preživi v rovih, aktivna je ponoči. V Južni Aziji se pojavlja v tropskih zimzelenih in gorskih deževnih gozdovih, kjer jo najdemo ob potokih tudi na visoki nadmorski višini.

(Povzeto po: Lunde, D. & Molur, S. 2008. Apodemus draco. The IUCN Red List of Threatened Species, 2008.)

17

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

c) Apodemus latronum (Thomas, 1911) Slovensko ime: Sečuanska poljska miš Angleški naslov: Sichuan Field Mouse/ Large-eared Field Mouse

Slika 17: Apodemus latronum (Vir: EOL.org, 2016).

Slika 18: Zemljevid razširjenosti Apodemus latronum (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus latronum. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1897). Habitat in razširjenost: Na Kitajskem ta vrsta naseljuje alpske gozdove in bližnje travnike (Smith in Xie, 2008). V Burmi je prisotna v različnih nižjih montanskih habitatih. Je nočna vrsta in ima majhno toleranco do človekovih motenj. Najdemo jo v Sečuanskih provincah na Kitajskem, Tibetu, v Indiji in Burmi.

(Povzeto po: Lunde, D., Aplin, K., Musser, G. & Frost, A. 2008. Apodemus latronum. The IUCN Red List of Threatened Species, 2008.)

18

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

d) Apodemus semotus (Thomas, 1908) Slovenko ime: Tajvanska poljska miš Angleško ime: Taiwan Field Mouse

Slika 19: Apodemus semotus (Vir: EOL.org, 2016).

Slika 20: Zemljevid razširjenosti Apodemus semotus (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus semotus. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1902). Življenje in razmnoževanje: Razmnožuje se čez celo leto, poudarjeno v obdobju april-maj in september-oktober. V leglu je od 2-6 mladičev. Pri vrsti je izrazit spolni dimorfizem, samci so na splošno večji od samice (samci: 25,6 ± 0,5 g, samice: 23,8 ± 0,5 g). Podatki markiranja kažejo, da je njihova življenjska doba v divjini manj kot 1 leto.

Prehrana: So vsejedi, hranijo se z rastlinami, žuželkami in gobami.

Habitat in razširjenost: Vrsto je endemična v Tajvanu, najdemo jo predvsem v montanskih območjih med 1.400 m do 3.000 m nadmorske višine. Naseljuje različne habitatne tipe, kot so naravni ali umetni gozdovi, travniki, kmetije in kampi.

(Povzeto po: Smith, A.T. & Johnston, C.H. 2008. Apodemus semotus. The IUCN Red List of Threatened Species, 2008.)

19

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

1.4.1.5 Rod: Karstomys (Martino, 1939) a) Apodemus epimelas (Nehring, 1902) Slovensko ime: Zahodno kraška poljska miš Angleško ime: Western Broad - toothed Field Mouse

Slika 21: Zemljevid razširjenosti Apodemus epimelas (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus epimelas. Pridobljeno 18.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=136816).

A. epimelas z območja jugovzhodne Evrope je sorodna vrsti A. mystacinus, ki je sicer razširjena še bolj na jugovzhod Evrope (Turčija z okolico).

Habitat in razširjenost: Naseljuje skalnata območja z redko rastjo - travo in grmičevjem (Storch 1999). Apodemus epimelas je endemična v zahodnem in južnem Balkanu, kjer jo najdemo na Hrvaškem, v zahodni Bosni in Hercegovini, na jugu Srbije in Črne gore, Albanije, Makedonije, v zahodni Bolgariji in Grčiji. Prav tako jo najdemo na jadranskih otokih Korčuli in Mljetu (Storch 1999, Wilson in Reeder, 2005). Pojavlja se od višine morske gladine do vsaj 1.600 m nadmorske višine (Storch 1999).

(Povzeto po: Kryštufek, B., Vohralík, V. & Mitsain, G. 2008. Apodemus epimelas. The IUCN Red List of Threatened Species, 2008.)

20

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

b) Apodemus mystacinus (Danford & Alston, 1877) Slovensko ime: Vzhodno kraška poljska miš Angleško ime: Eastern Broad-toothed Field Mouse

Slika 22: Apodemus mystacinus (Vir: EOL.org, 2016).

Slika 23: Zemljevid razširjenosti Apodemus mystacinus (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus mystacinus. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1898).

Vrsta A. mystacinus je bila razdeljena na dve ločeni vrsti : A. mystacinus in A. epimelas (Wilson in Reeder 2005).

Telesne značilnosti: Kraška miš je največja vrsta iz rodu Apodemus. Rep je daljši od dolžine telesa, poraščen s šopi dlačic, na koncu ima do 4 mm dolg šop dlak. Telo je dokaj vitko, uhlji so podolgovati in dolgi, zadnja noga je daljša in ožja v primerjavi z ostalimi vrstami. Imajo relativno kratke kremplje, dolge le do 2,4 mm. Oči so relativno velike. Dlaka je na otip svilnato gladka, dolga od 7 do 9 mm, posamezne dlake merijo tudi do 10 mm. Po trebuhu zrastejo dlake le do 4,5 mm. Srsti so zelo dolge, najdaljše od vseh vrst iz tega rodu. Zrastejo kar do neverjetnih 43 mm (Belšak, 2015, cit. po Kryštufek, Vohralík, 2009). Hrbet živali je načeloma siv do rjav (lahko geografsko variira do rumeno-rjave in temnejše barve dlake). Vzdolž hrbtenice poteka precej razločna temna do črna črta, ki se proti repu pri nekaterih primerkih nekoliko razširi. Boki, gobček in za ušesi je pri nekaterih osebkih rumeno-rjave barve, pri drugih sivo. Trebuh je snežno bel ali sivih odtenkov. Barva hrbta in trebuha se ob straneh dobro ločita. Uhlji so sivi, noge bele in rep razločno dvobarven - belkast na spodnji strani, in siv ali rjav na zgornji (Belšak, 2015, cit. po Kryštufek, Vohralík, 2009).

21

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Življenje in razmnoževanje: Je nočna žival, čeprav ni aktivna skozi vso noč (običajno takoj po sončnem zahodu nekaj ur in sredi noči okrog 3. ure). Hrano išče v radiju od 8 do 15 m. Brloge si izkoplje pod skalami in med drevesnimi koreninami (Belšak, 2015, cit. po Kryštufek, Vohralík, 2009). Plenijo jih najpogosteje različne vrste sov, tudi manjše zveri. Razmnoževanje poteka od zgodnjega aprila pa vse do poznega oktobra. Brejost traja od 23 do 26 dni, velikost legla je običajno do 5 mladičev. Samice lahko kotijo do štirikrat letno. Pričakovana življenjska doba je do 8 mesecev (Belšak, 2015, cit. po Kryštufek, Vohralík, 2009).

Prehrana: Hrani se z žuželkami, polži, ličinkami, sadeži, semeni, popki, zrni, borovimi semeni, želodom, rožičevimi stroki.

Habitat in razširjenost: Ustrezajo ji mešani gozdovi z gosto podrastjo, veliko kamenja ali skal, se pa znajdejo tudi v nižjih gozdovih in ob rekah. Najdemo jo tudi v sadovnjakih, vinogradih, oljčnih nasadih in vrtovih, pogosto se zateče tudi v stavbe in človeška bivališča (Belšak, 2015, cit. po Kryštufek, Vohralík, 2009). Apodemus mystacinus se pojavlja na nekaterih Egejskih otokih, proti vzhodu pa preko Turčije in Gruzije do Izraela, Libanona, severozahodne Jordanije, Sirije in severnega Iraka (Wilson in Reeder 2005). Pojavlja se do nadmorske višine 2.700 m.

(Povzeto po: Amori, G., Hutterer, R., Kryštufek, B., Yigit, N., Mitsain, G. & Muñoz, L.J.P. 2008. Apodemus mystacinus. The IUCN Red List of Threatened Species, 2008.)

22

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

1.4.1.6 Rod: Sylvaemus (Ognev, 1924)

a) Apodemus flavicollis (Melchior, 1834) Slovensko ime: Rumenogrla poljska miš Angleško ime: Yellow - necked Field Mouse

Vključuje vrsto: b) Apodemus arianus (Blanford, 1881) Slovensko ime: Perzijska poljska miš

Angleško ime: Persian Field Mouse Slika 24: Apodemus flavicollis (Vir: EOL.org, 2016).

Slika 25: Zemljevid razširjenosti Apodemus flavicollis (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus flavicollis. Pridobljeno 18.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1892). Telesne značilnosti: Rumenogrla miš je naš največji predstavnik iz rodu belonogih miši. Podobna je navadni belonogi miši A. sylvaticus, od katere pa se loči po značilni rumeni barvi dlake na grlu ter po nekoliko večjih ušesih. Kot samostojna vrsta je bila priznana šele leta 1894. Kožuh je zgoraj temno rdeče-rjav, trebuh je snežno bel z značilno rumeno-oranžno prečno progo na prsih. Pri mladičih prevladujejo sivkasti toni. Ima velike oči, dolge uhlje in stopalo. Rep je običajno enako dolg kot telo, končuje ga kratek šop dlak. Kožuh je mehak, dlaka je lahko dolga do 7 mm, po hrbtu lahko posamezne dlake zrastejo tudi do 9 mm. Po trebuhu je dolžina dlake od 4 do 5 mm. Mlade živali so bolj sive barve, tudi po trebuhu. Kot že samo ime pove, ima na predelu vratu liso rumene dlake, česar nima nobena druga miš iz tega rodu (Belšak 2015, cit. po Kryštufek, 1991).

Življenje in razmnoževanje: Aktivna je ponoči in v mraku, dobro pleza, gnezdi med koreninami, v duplih ali gnezdilnicah, tudi pod zemljo. Življenjska doba v naravi je do največ 18 mesecev, saj druge zime ne preživi. Plenijo jih ujede in manjše zveri. Razmnožuje se v toplejših mesecih leta, v Sloveniji od marca do oktobra, redko tudi pozimi. Samica je breja od 23 do 26 dni. Povprečno skoti 5 mladičev (Belšak, 2015, cit. po Kryštufek, 1991).

23

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Prehrana: Zbira zimsko zalogo hrane. Njena hrana je pretežno rastlinska, zlasti semena, plodovi, cvetovi, sadje, listje, mah. Jé pa tudi ličinke, žuželke in ostale nevretenčarje.

Habitat in razširjenost: Najbolj ji ustreza gozdni rob suhih, toplih, listnatih, mešanih pa tudi iglastih gozdov, v Alpah živi tudi v gozdu. Najdemo jo lahko v skoraj v vseh habitatih, tudi na grmičevnatih področjih, razen na odprtih poljih, kjer nima kritja pred plenilci. Njena prostorska razporeditev na velikih gozdnih površinah je povezana s produktivnostjo in prostorsko razporeditvijo gozdnega drevja, ki proizvede največ semen, predvsem hrasta in leske. Razširjena v zahodni Evraziji, v višje ležečih predelih južne Evrope, njen areal pa na sever sega vse do Skandinavije in Velike Britanije. Pri nas je splošno razširjena do zgornje gozdne meje.

(Povzeto po: Amori, G., Hutterer, R., Kryštufek, B., Yigit, N., Mitsain, G. & Palomo, L.J. 2008. Apodemus flavicollis. The IUCN Red List of Threatened Species, 2008.)

24

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

c) Apodemus hyrcanicus (Vorontsov Boyeskorov & Mezhzherin, 1992) Slovensko ime: Hirkanijska poljska miš Angleško ime: Hyrcanian Field Mouse

Slika 26: Apodemus hyrcanicus (Vir: EOL.org, 2016).

Slika 27: Zemljevid razširjenosti Apodemus hyrcanicus (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus hyrcanicus. Pridobljeno 18.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1896). Habitat in razširjenost: Razširjena je v nizko gorskih širokolistnih gozdovih vzhodnega Kavkaza, v regiji Talysh JV Azerbajdžana, nato se širi proti vzhodu ob obali Kaspijskega morja prek Irana in morebiti v JZ Turkmenistan. Višinski razpon je od morske gladine do 2.000 m nadmorske višine. Samo v nižinah okoli južne meje Kaspijskega morja.

(Povzeto po: Tsytsulina, K. 2008. Apodemus hyrcanicus. The IUCN Red List of Threatened Species, 2008.)

25

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016 d) Apodemus pallipes (Barrett-Hamilton 1900) Slovensko ime: Himalajska poljska miš/Wardova poljska miš Angleško ime: Himalayan Field Mouse/Ward's Field Mouse

Slika 28: Zemljevid razširjenosti Apodemus pallipes (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus pallipes. Pridobljeno 18.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1906). Habitat in razširjenost: Vrsta je bila zabeležena v gozdovih iglavcev in rododendrona, z visoko nadmorsko višino. Razširjenost se razteza skozi Pamir in bližnja gorska območja v srednji in južni Aziji. Razširjena je od južnem Kirgizistanu na severu, skozi večino Tadžikistana do Afganistana in severnega Pakistana, severozahodne Indije in centralnega Nepala, s samo 1 omembo iz jugozahodne Xizang na Kitajskem (Musser in Molur et al. 2005, Carlton 2005, Smith in Xie 2008). Nahaja se na nadmorski višini od 1.465 m do 3.965 m.

(Povzeto po: Molur, S. 2008. Apodemus pallipes. The IUCN Red List of Threatened Species, 2008.)

26

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016 e) Apodemus ponticus (Sviridenko, 1936) Slovensko ime: Kavkaška poljska miš/Poljska miš Črnega morja Angleško ime: Caucasus Field Mouse/Black Sea Field Mouse

Slika 29: Zemljevid razširjenosti Apodemus ponticus (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus ponticus. Pridobljeno 22.5.2015 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1900).

Življenje in razmnoževanje. Večinoma nočne živali. Razmnožuje se v toplem letnem času, število mladičev v leglu je 5-6.

Prehrana: Hrani se s semeni, žiti, oreški in žuželkami. Shranjuje oreške in ostalo hrano.

Habitat in razširjenost: Habitat in ekologija je podobna A. flavicollis. Naseljujejo mešane gozdove, gozdne stepe, travnata polja in košato podrast. Za rove z gnezdi in oskrbne celice uporablja korenine dreves. Endemična na Kavkazu (južna Rusija, Gruzija, Armenija, Azerbajdžan).

(Povzeto po: Tsytsulina, K. 2008. Apodemus ponticus. The IUCN Red List of Threatened Species, 2008.)

27

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016 f) Apodemus rusiges (Miller, 1913) Slovensko ime: Kašmirska poljska miš Angleško ime: Kashmir Field Mouse

Slika 30: Zemljevid razširjenosti Apodemus rusiges (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus rusiges. Pridobljeno 18.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1901). Habitat in razširjenost: Je nočna in kopenska živali, živi v gorskih gozdovih, grmiščih in traviščih v hribovitem in skalnatem gorovju, na sub alpinskih travnikih in grmičevju ter iglastih gozdovih. Ta vrsta je endemična, vendar zelo razširjena v Himalaji severovzhodnega Pakistana (Baltistan in okrožje Hazara) in severozahodni Indiji (Jammu in Kašmir), na višinskem območju od 1.980 do 3.350 m nadmorske višine.

(Povzeto po: Molur, S. & Nameer, P.O. 2008. Apodemus rusiges. The IUCN Red List of Threatened Species, 2008.)

28

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

g) Apodemus sylvaticus (Linnaeus, 1758) Slovensko ime: Navadna belonoga miš Angleško ime: Common Field Mouse/ Long-tailed Field Mouse

Slika 31: Apodemus sylvaticus (Vir: EOL.org, 2016).

Slika 32: Zemljevid razširjenosti Apodemus sylvaticus (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus sylvaticus Pridobljeno 18.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1904). Telesne značilnosti: Telo je zgoraj rumenkasto rjavo sivo, trebuh je sivo-bel, včasih rumenkast ali rjavkast, noge ima bele. Barve med seboj niso ostro ločene ampak nežno prehajajo iz ene v drugo. Rep je dolg, oči in uhlji veliki. Rep pokriva redka dlaka, ki se na koncu združi v kratek (od 1,9 do 2,4 mm) šop. Kožuh je na otip mehak. Dlaka na hrbtu je dolga do 7 mm, redke dlake lahko celo do 9 mm. Na trebuhu dlaka meri le do 3 mm. Imajo izredno dolge srsti, tudi do 33 mm (Belšak, 2015, cit. po Kryštufek, Vohralík, 2009). Dolžina trupa 7,5-11 cm, dolžina repa 7-11 cm, masa 20-30 g.

Življenje in razmnoževanje: Aktivna je ponoči in v mraku, dobro skače in pleza, koplje rove z gnezdom in shrambo, naseli tudi opuščene rove krtov in dupla. Plenijo jo sove, čuki, tudi druge ujede in manjše zveri (Belšak, 2015, cit. po Kryštufek, Vohralík, 2009). Brejost traja od marca do oktobra, vsakič od 21 do 23 dni. Tudi ta vrsta skoti povprečno 5 mladičev (Belšak, 2015, cit. po Kryštufek, 1991).

29

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Prehrana: Hrani se s plodovi in semeni drevesnih vrst, semeni zelišč, zelenimi rastlinami, cvetovi, popki, listjem, mahom, občasno tudi z žuželkami. S sadeži in oreški se hrani po navadi poleti in jeseni, ko le-ti dozorijo.

Habitat in razširjenost: Navadna belonoga miš je evritopna vrsta, najdemo jo lahko povsod. Je zelo prilagodljiva vrsta, ki naseljuje široko paleto pol-naravnih habitatov, vključno z vsemi vrstami gozdov, močvirij, step, suhih sredozemskih grmičevnatih pokrajin in peščenih sipin. Najdemo jo tudi v številnih umetnih habitatih, vključno z mestnimi parki, vrtovi, pašniki, njivami in gozdnimi nasadi. Bolj ji ustrezajo odprti habitati, visoka trava in grmičevje med polji ali vzdolž rek. Kot vse miši, tudi ta jeseni rada zaide v stavbe in človeška bivališča (Belšak, 2015, cit. po Kryštufek, Vohralík, 2009). Razširjena v po vsej Evropi (z izjemo Finske in severnih delov Skandinavije, Baltika in Rusije), Mali Aziji in delih Severne Afrike (Panteleyev 1998, Montgomery 1999, Wilson in Reeder 2005). V Afriki se pojavlja v Atlaškem gorovju in severno, po celotni priobalni ravnini. Prisotna je na večini otokov, vključno z Britanskim otočjem, Islandijo in številnimi sredozemskimi otoki: na primer Egejski otoki, Grčija, Italija, tudi Sardinija in Korzika. Pojavlja se od gladine morja, pa do 3.300 m nadmorske višine v Atlaškem gorovju. Pri nas je splošno razširjena do višine 1000 m. V submediteranskih območjih Slovenije dominira nad rumenogrlo mišjo.

(Povzeto po: Schlitter, D., van der Straeten, E., Amori, G., Hutterer, R., Kryštufek, B., Yigit, N. & Mitsain, G. 2008. Apodemus sylvaticus. The IUCN Red List of Threatened Species, 2008.)

30

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

h) Apodemus uralensis (Pallas, 1811) Slovensko ime: Ravninska poljska miš/ Uralska poljska miš Angleško ime: Ural Field Mouse/ Herb Field Mouse/ Pygmy Field Mouse

Slika 33: Apodemus uralensis (Vir: EOL.org, 2016).

Slika 34: Zemljevid razširjenosti Apodemus uralensis (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus uralensis. Pridobljeno 18.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1905). Telesne značilnosti: Gre za najmanjšega predstavnika. Rep je relativno kratek, običajno enak dolžini telesa. Uhlji so zmerno dolgi, oči precej majhne (premer okrog 4 mm). Srsti imajo dolge le do kakih 28 mm. Dlaka je mehka, po hrbtu dolga do 6,6 mm, po trebuhu le do 4 mm (Belšak, 2015, cit. Po Kryštufek, Vohralík, 2009). Hrbet je temno, lesno rjave barve, nekoliko temnejša barva je tudi na področju med ušesi in očmi. Boki so svetlejše barve kot hrbet, včasih tudi rumeno-rjave ali sive. Barva trebuha je sivkasta do (redko) belkasta. Stopala so rjava ali siva, rep je dvobarven (zgoraj rjave, spodaj sive do bele barve). Prsni del je večinsko enako obarvan kot trebuh, le pri nekaterih živalih te vrste z območja vzhodnih obal Črnega morja, se na tem delu pojavlja rumenkasta lisa (Belšak, 2015, cit. Po Kryštufek, Vohralík, 2009).

Življenje in razmnoževanje: Ravninska miš je izrazito nočna žival. Plenijo jo sove in manjše zveri (Belšak, 2015, cit. po Kryštufek, Vohralík, 2009). Razmnožuje se od maja do septembra. Ima do 7 mladičev v leglu, kar je več kot ostale vrste na področju turške Anatolije (Belšak, 2015, cit. po Kryštufek, Vohralík, 2009).

31

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Prehrana: Hrani se predvsem s semeni trav in plevela, tudi z zelenimi deli rastlin, malo manj ji teknejo žuželke.

Habitat in razširjenost: Najraje ima gozdni rob in odprte habitate, ki mejijo na gozd. Ugajajo ji predvsem suhe in vlažne gozdnate površine. Živi lahko v listnatih, iglastih ali mešanih gozdovih, v katerih je podrast iz Vakcinija in Rododendrona bolj zaželena. V Anatoliji in Kavkazu se pojavlja ob potokih v gozdu z gostim grmičevjem (Storch, 1999). V Evropi jo najdemo v različnih habitatih, vključno z njivami, suhimi travniki in vlažnimi gozdovi. V višjih predelih si išče zatočišča pod skalami, v razpokah in v nizkem rastju. Najdena je bila tudi na pašnikih z visokim grmičevjem, le nekaj metrov nad morjem (Belšak, 2015, cit. po Kryštufek, Vohralík, 2009).

(Povzeto po: Kryštufek, B., Sozen, M. & Bukhnikashvili, A. 2008. Apodemus uralensis. The IUCN Red List of Threatened Species, 2008.)

32

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

i) Apodemus witherbyi (Thomas, 1902) Slovensko ime: Stepska poljska miš/ Witherbyjeva poljska miš Angleško ime: Steppe Field Mouse

Slika 35: Apodemus witherbyi (Vir: EOL.org, 2016).

Slika 36: Zemljevid razširjenosti Apodemus witherbyi (Vir: The IUCN Red List of Threatened Species, 2016. Apodemus witherbyi. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=135724). Telesne značilnosti: Za to vrsto so značilni veliki uhlji in velike oči (od 4,1 do 4,9 mm premera). Srsti so dolge (od 26 do 33 mm). Rep je včasih daljši od dolžine telesa, konča se s krajšim šopom dlak. Kožuh je mehak. Dlaka po hrbtu zraste do 7 mm, posamezne dlake vmes so daljše, do 9 mm. Po trebuhu dlaka zraste do 4 mm (Belšak, 2015, cit. po Kryštufek, Vohralík, 2009). Hrbet živali je svetlo rumeno-rjave barve ali lesno rjave barve. Osebki, ki so prerasli juvenilno fazo, vendar še niso povsem odrasli, imajo kožuh sivkasto obarvan (podobno kot A. mystacinus). Trebuh je pri odraslih živalih običajno bele do snežno bele barve, pri nekaterih s sivkastimi podtoni. Na območju bokov rjavkasta barva na hrbtu nežno prehaja v sivo, do belo na trebuhu. Stopala so običajno bolj bleda, skoraj bela. Rep je dvobarven, zgoraj temno rjav in spodaj bel do siv. Med prvima nogama imajo rumeno-rjavo liso. (Belšak, 2015, cit. po Kryštufek, Vohralík, 2009).

Življenje in razmnoževanje: Je nočno aktivna žival. Povprečno imajo 4,5 mladičev na leglo. Sušna in vroča poletja prav nič ne zmotijo njihovega razmnoževalnega cikla (Belšak, 2015, cit. po Kryštufek, Vohralík, 2009).

Prehrana: Hrani se z žuželkami, zelenimi rastlinami, spomladi ji teknejo tudi popki in cvetovi. S sadeži in oreški se hrani po navadi poleti in jeseni, ko le-ti dozorijo. Plenijo jih ujede in manjše zveri.

33

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Habitat in razširjenost: Stepska miš je evritopna vrsta. Živi praktično povsod, kjer ji okolje omogoča vsaj malo zatočišča. Najdemo jo lahko tako med raztresenim grmičevjem in skalami kot tudi v nizkih ali visokih gozdovih z redkimi ali gostimi krošnjami. A. witherbyi se pojavlja na planjavah, gorskih in stepskih planotah in visokogorskih polpuščavah (v puščavskih depresijah je ne najdemo), vzhodno od reke Dnepr v južni Ukrajini, preko Kavkaza, jugovzhodno do zahodno-osrednjega Pakistana (verjetno se pojavlja v Afganistanu in severnem Iraku, vendar zapisi ne obstajajo). V sredozemski regiji se pojavlja v Grčiji (Rodos), v Anatolski turški stepi, Siriji, Izraelu, Libanonu in Jordaniji. Pojavlja se vsaj do višine 2.100 m.

(Povzeto po: Bukhnikashvili, A., Shenbrot, G. & Sozen, M. 2008. Apodemus witherbyi. The IUCN Red List of Threatened Species, 2008.)

34

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

1.5 Namen in hipoteze dela

1.5.1 Namen dela

Namen dela je bil s pomočjo geometrijske morfometrije analizirati variabilnosti spodnje čeljustnice pri 24 različnih OTU -j ih belonogih miši, rodu Apodemus. Analizirala sem labialno stran desne čeljustnice pri vrstah A.agrarius, A. alpicola, A. argenteus, A. arianus, A. chevrieri, A. draco, A. epimelas, A.flavicollis, A. gurkha, A. hyrcanicus, A. ilex, A. latronum, A. mystacinus, A. pallipes, A. peniunsulae, A. ponticus, A. rusigeus, A. semotus, A. speciosus, A. sylvaticus-North, A. sylvaticus-South, A. uralensis-East, A. uralensis-West, in A. witherbyi iz različnih regij ter s tem poskušala ugotoviti in boljše razumeti različnosti in sorodstvena razmerja obravnavanih vrst. Prav tako sem preverjala ali morfometrijske lastnosti mandibule vsebujejo filogenetsko informacijo, slednje sem ugotavljala s primerjanjem filogenetskih odnosov na podlagi morfometričnih znakov z mitohondrijsko analizo DNK opisanih vrst.

1.5.2 Delovne hipoteze

Predpostavila sem da: o obstaja variabilnost v mandibuli med različnimi vrstami rodu Apodemus; o bo vrsta A. gurkha izstopala, saj izstopa tudi pri analizi DNK rezultatov; o bodo rezultati morfometrične analize sovpadali s filogenetskimi rezultati analize DNK.

35

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

2. MATERIAL IN METODE DELA

2.1 Material

V diplomski nalogi sem analizirala fotografije 99 spodnjih čeljustnic, 22 vrst razdeljenih v 24 OTU-jev rodu Apodemus (tabela 8, priloga 1), iz vsake vrste okrog 5 mandibul. Vzorci spodnjih čeljustnic so last različnih muzejskih in študijskih zbirk, fotografiranje materiala je bilo opravljeno na lokaciji sami, podatkov o vzorcih pa so povzeti po muzejskih katalogih (inventarne številke, podatek o rodu in vrsti ter lokaliteti nabranega materiala). Fotografije je prispeval somentor prof. dr. Boris Kryštufek.

Primer čeljustnice z opisom posameznih delov je predstavljen na sliki 37 (leva mandibula, lingvalna stran) in 38 (desna mandibula, labialna stran). Sama sem analizirala mandibule z labialne strani.

Seznam muzejskih in študijskih zbirk: BMNH – Britanski prirodoslovni muzej (British Museum of Natural History), Velika Britanija Krakow – Univerza Krakow, Poljska NHMW – Dunajski prirodoslovni muzej (Naturhistorisches Museum Wien), Avstrija NMBiH – Zemaljski muzej Bosne i Hercegovine, Bosna in Hercegovina Novosibirsk – SZM: Siberian Zoological Museum, Institute for Systematics and Ecology of , Russian Academy of Sciences, Siberian Branch, Novosibirsk, Rusija OZUZ – Oddelek za zoologijo Univerze v Zagrebu, Hrvaška PMS – Prirodoslovni muzej Slovenije, Slovenija SMF – Frankfurtski raziskovalni inštitut in prirodoslovni muzej Senckenberg (The Senckenberg Research Institute and Natural History Museum in Frankfurt am Main), Nemčija VV – Zasebna zbirka dr.Vladimirja Vohralika, Češka ZFMK – Zoološki raziskovalni muzej Koenig (Zoologisches Forschungsmuseum Alexander Koenig), Nemčija ZIN – Muzej zoološkega inštituta Ruske akademije znanosti (The Museum of the Zoological Institute of the Russian Academy of Sciences), Rusija

36

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Podroben seznam materiala analiziranih vzorcev z inventarno številko, navedeno državo in lokaliteto pridobljenega vzorca je predstavljen v tabeli 8, prilogi 1. V tabeli 2 navajam pregled vrst glede na rod in OTU ter število mandibul, vključenih v raziskavo.

Tabela 1: Pregled vrst in število mandibul vključenih v raziskavo.

OTU Rod Vrsta Število mandibul 1 Apodemus A. agrarius 8 2 Sylvaemus A. alpicola 4 3 Alysomys A. argenteus 6 4 Sylvaemus A. arianus 7 5 Apodemus A. chevrieri 3 6 Genus 2 A. draco 3 7 Karstomys A. epimelas 5 8 Sylvaemus A. flavicollis 3 9 Genus 1 A. gurkha 3 10 Sylvaemus A. hyrcanicus 1 11 Genus 2 A. ilex 1 12 Genus 2 A. latronum 1 13 Sylvaemus A. pallipes 7 14 Alysomys A. peniunsulae 8 15 Sylvaemus A rusigeus 1 16 Genus 2 A. semotus 1 17 Alysomys A. speciosus 8 18 Sylvaemus A. sylvaticus-North 2 19 Sylvaemus A. sylvaticus-South 4 20 Sylvaemus A. uralensis-East 4 21 Sylvaemus A. uralensis-West 4 22 Sylvaemus A. witherbyi 4 23 Karstomys A. mystacinus 6 24 Sylvaemus A. ponticus 5

OTU (Operational Taxonomic Unit) ‒ skupina osebkov, ki se v določeni raziskavi uporablja kot taksonomska enota (lahko na nivoju populacije ali skupine populacij, filogenetske skupine, vrste, rodu itd.).

37

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Slika 37: Leva mandibula, medialno-lingvalno (A. sylvaticus). (Vir: Belšak, 2015). 1 - angularni izrastek 2 - spodnječeljustična glava (kondila) 3 - koronoidni izrastek 4 - sklep kondile 5 - zgornja vdolbina mandibule pod koronoidnim izrastkom 6 - spodnja vdolbina mandibule med angularnim in kondilarnim izrastkom 7 - vdolbina na kondili (fosa) 8 - greben med kondilo in meljaki (rama) 9 - luknjica na kondilarnem izrastku za živce in žile (foramen) 10 - vdolbina na spodnjem delu mandibule, pod meljaki 11 - milohioidna linija pod meljaki 12 - izrastek pod sekalcem

38

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Slika 38: Desna mandibula, labialno (A. sylvaticus) (Vir: Belšak, 2015). 1 - angularni izrastek 2 - spodnječeljustnična glava (kondila) 3 - koronoidni izrastek 4 - sklep kondile 5 - zgornja vdolbina mandibule pod koronoidnim izrastkom 6 - spodnja vdolbina mandibule med angularnim in kondilarnim izrastkom 7 - vdolbina kjer se pripenja mišica žvekalka 8 - zgornja izboklina pod meljaki 9 - spodnja izboklina pod meljaki 10 - luknjica na sprednjem delu mandibule za živce in žile 11 - izboklina korenine sekalca

39

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

2.2 Metode dela

Z metodami tradicionalne morfometrije velikost in obliko objektov merimo in opišemo z linearnimi dolžinami ali razdaljami med strukturami (npr. dolžino lobanje, medočesna razdalja). Meritve običajno opravljamo na objektu samem s kljunastim merilom. Pri geometrijski morfometriji ne merimo z merilom, ampak na objektu določamo točke, s katerimi opišemo obliko objekta v dvorazsežnem (2D) ali trirazsežnem (3D) prostoru (Klenovšek, 2014a). Sama sem za analizo uporabila fotografije mandibul, na katerih sem določala oslonilne točke, torej sem izvajala morfometrijsko analizo v 2D prostoru.

Oslonilne točke (angl. landmarks) so točke, ki jih postavljamo na točno določena mesta na bioloških objektih (ali na njihovih slikah) po določenih pravilih (Slice, 1998, v Klenovšek 2014a). Oslonilne točke z istim imenom morajo biti pri vseh objektih v vzorcu postavljene na enakem mestu, t.j. homolognih strukturah (Klenovšek, 2014a).

2.2.1 Izbira in določanje oslonilnih točk

Oslonilne točke so v geometrijski morfometriji osnova vseh analiz in vizualizacij morfološke variabilnosti, zato je izbira točk zelo pomemben korak. V pomoč pri izbiri so lahko znanstveni članki, ki z geometrijsko morfometrijo analizirajo iste strukture istih ali čim bolj sorodnih vrst. Pomembno je, da so oslonilne točke dobro definirane, kar pomeni, da so jasno vidne, nedvoumne in jih lahko najdemo na vseh osebkih v vzorcu. Točke morajo biti tudi informativne, kar pomeni, da bistveno prispevajo k opisu oblike objekta. Število točk je kompromis med čim bolj natančnim opisom oblike objekta, ki zahteva veliko število točk, in zanesljivostjo statističnih analiz, ki omejuje število oslonilnih točk glede na velikost vzorca. Na simetričnih strukturah lahko točke določimo samo na eni polovici. S tem se izognemo podvajanju oz. prevelikemu številu točk (Klenovšek, 2014a).

Vsi objekti znotraj analize morajo imeti:

- isto število oslonilnih točk; - isti vrstni red oslonilnih točk; - ista anatomska mesta oslonilnih točk.

40

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Geometrijsko morfometrijo sem izvedla s pomočjo programov tpsDig2 (Rohlf, 2016), tpsUtil (Rohlf, 2016), tpsRelw (Rohlf, 2016) in MorphoJ (Klingenberg, 2011).

Meritve sem izvajala na fotografijah spodnje čeljustnice belonogih miši (slika 39), ki so bile položene na milimetrski papir, kar je omogočalo skaliranje fotografij posnetih v različnih pogojih. Analizirala sem desne mandibule, fotografirane iz zunanje (labialne) strani.

Najprej sem 99 dvodimenzionalnih fotografij spodnjih čeljustnic, posnetih lateralno digitizirala (potočkala), kar pomeni, da sem vsakemu vzorcu določila skupno 50 oslonilnih točk (Slika 39); 7 je bilo oslonilnih točk, ostale so bile drsne oslonilne točke. Točke sem določala na desni polovici spodnje čeljusti, saj je leva polovica simetrična. To sem delala ločeno po skupinah – vrstah. Vsako točko opisujeta dve koordinati v dvodimenzionalnem prostoru. Oslonilne točke sem določala v programu TpsDig2w32 (Rohlf, 2016) iz skupine TPS programov.

Slika 39: Primer postavitve oslonilnih (LM - Landmark) in drsnih oslonilnih točk (SLM - Semilandmark) na mandibuli v programu TpsDig2:

LM – oslonilna točka SLM – drsna oslonilna točka 1 spodnji rob alveole sekalca 2 do 19 spodnja krivina 20 vrh kotnega podaljška 21 do 29 zadnja krivina 30 zadnji rob sp. čeljustnične glave 32 do 39 krivina koronoidnega podaljška 31 vrh kavljastega podaljška 42 do 49 krivina diasteme 40 rob kavljastega podaljška in alveole meljaka 41 rob alveole m1 50 zgornji rob alveole sekalca

41

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Ko sem vsem vzorcem določila točke, sem preverila, če so vse zahteve glede postavitve točk izpolnjene. Za preverjanje napak meritev, torej pravilnosti postavitve točk sem uporabila program tpsRelw32 (Rohlf, 2016). Nato sem vse meritve združila v eno datoteko in tako pripravila material za nadaljnjo obdelavo.

S programom tpsUtil32 (Rohlf, 2016) sem drsne oslonilne točke transformirala v oslonilne točke s pomočjo rutine sliders file, s čimer sem uredila razlikovanje med oslonilnimi točkami in drsnimi oslonilnimi točkami. S programom tpsRelw sem nato poravnala drsne oslonilne točke po krivini - to je bila kombinacija osnovnih meritev in sliders file, kot rezultat pa sem dobila poravnane točke (slika 41).

2.2.2 Prokrustova analiza

Vse konfiguracije točk, ki jih določimo na posameznih objektih, moramo poravnati s Prokrustovo analizo (angl. GPA – Generalized Procrustes Analysis). GPA izloči razlike med objekti, nastale med procesom digitizacije tako, da konfiguracije točk premakne v skupno izhodišče, zavrti in nato skalira (slika 40), tako da je vsota kvadratov razlik med točkami na koncu v vzorcu minimalna (Rohlf and Slice, 1990 v Klenovšek, 2014a). GPA tudi razdeli morfološko variabilnost na velikost in obliko, ki ju v geometrijski morfometriji analiziramo ločeno. Mi smo uporabili prorama MorphoJ (Klingenberg, 2011) in TpsRelw (Rohlf, 2016).

SKALIRANJE

Slika 40: Prikaz Prokrustove analize (GPA) na primeru trikotnikov: začetno stanje, premik, rotacija in skaliranje konfiguracij koordinat.(Vir: Klenovšek, T. (2014a). Uporaba geometrijske morfometrije v biologiji: priročnik za začetnike. Maribor: Fakulteta za naravoslovje in matematiko).

42

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Z GPA konfiguracije oslonilnih točk objektov poravnamo v skupni koordinatni sistem, t.i. Kendallov oblikovni prostor (angl. Kendall shape space); imenovan tudi oblikovni prostor (angl. morphospace). Kendallov prostor je osnovna konstrukcija geometrijske morfometrije, v katerem vsak osebek predstavlja eno samo točko. Posamezna točka v oblikovnem prostoru torej s svojim položajem v celoti opiše oblikovne značilnosti osebka, ki ga predstavlja. Razporeditev točk v tem prostoru pa kaže na odnose med oblikami posameznih osebkov. Razdalje med točkami v Kendallovem prostoru so Prokrustove razdalje (angl. Procrustes distance).

Dobljene meritve sem poravnala v isti izhodiščni položaj s Prokrustovo analizo v programu MorphoJ (Klingenberg, 2011). Rezultat posplošene Prokrustove analize so ločene informacije o velikosti in o obliki objektov. Velikost objektov je zajeta v centroidni velikosti (angl. Centroid size), obliko objektov pa povzemajo Prokrustove koordinate. Ker je število Prokrustovih koordinat veliko (enaka dvakratniku števila oslonilnih točk zmanjšanem za tri) sem izvedla redukcijo oblikovnih spremenljivk s pomočjo Analize glavnih komponent.

2.2.3 Primerjava oblike - Analiza glavnih komponent

Oblika je v geometrijski morfometriji ločena od velikosti. GPA konfiguracije točk objektov standardizira na isto velikost, premakne v skupno izhodišče in zavrti, tako da je vsota kvadratov razlik med točkami na koncu v vzorcu minimalna. Ves čas analize se tudi ohranjajo vse informacije o relativnih prostorskih razmerjih med točkami, kar omogoča vizualizacijo skupinskih in individualnih razlik, vizualizacijo variabilnosti vzorca in drugih rezultatov v prostoru.

Oblikovne spremenljivke, ki jih po GPA ter projekciji v linearni prostor dobimo iz oslonilnih točk, lahko vpeljemo v analizo glavnih komponent (angl. PCA – Principal Component Analysis). Analiza glavnih komponent (PCA) transformira oblikovni prostor tako, da prvih nekaj glavnih komponent (PC - principal components) opiše največje razlike v obliki med objekti. PCA iz večjega števila spremenljivk oblikuje nove spremenljivke, t. i. glavne komponente, ki opišejo skupno varianco prvotne množice podatkov. Ker prve glavne komponente razložijo največji del skupne variance, lahko za prikaz variabilnosti oblike v

43

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016 vzorcu uporabimo razsevne diagrame prvih nekaj (do pet) glavnih komponent. Na razsevnih diagramih vsaka točka predstavlja konfiguracijo točk točno določenega objekta (v rezultatih imenovanega osebek). Relativni položaji točk (označeni z elipsami, množicami osebkov posamezne vrste) v razsevnem diagramu predstavljajo odnose v obliki med osebki posameznih vrst (vsaka elipsa predstavlja eno vrsto osebkov in je označena s svojo barvo). Razsevne diagrame lahko uporabimo tudi za iskanje osamelcev v vzorcu in jih izključimo iz analize (Klenovšek, 2014). Analiza glavnih komponent omogoča povzeti podatke s čim manjšo izgubo informacij tako, da zmanjša razsežnost podatkov (Metoda glavnih komponent, 2015).

44

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

3. REZULTATI

Rezultate morfometričnih meritev sem razdelila v tri poglavja. Najprej bom predstavila rezultate Prokrustove analize in analize glavnih komponent, na to pa še rezultate medvrstne variabilnosti. Kot zadnje poglavje rezultatov, navajam rezultate filogenetske analize.

3.1 Prokrustova analiza in analiza glavnih komponent

S programom MorphoJ sem najprej izvedla Prokroustovo analizo (angl. GPA – Generalized Procrustes Analysis), ki je izločila razlike med objekti, nastale med procesom digitalizacije, tako da je bila konfiguracija točk premaknjena v skupno izhodišče, zavrtena in nato skalirana, tako da je vsota kvadratov razlik med točkami v vzorcu na koncu minimalna (Rohlf in Slice, 1990, v Klenovšek, 2014). Morfometrične imformacije o mandibuli so bile razstavljene na dva vidika: velikost, ki je zajeta v centroidni velikosti (CS – centroid size) in obliko, katero povzemajo Prokrustove koordinate.

Ker je število Prokrustovih koordinat veliko (enaka dvakratniku števila oslonilnih točk zmanjšanem za tri) sem izvedla redukcijo oblikovnih spremenljivk s pomočjo Analize glavnih komponent. To pomeni, da so nosilke oblikovne informacije glavne komponente. Skupno število glavnih komponent je 96, prvih 20 glavnih komponent pa razloži 98,5% morfometrične variabilnosti v obliki mandibule (tabela 3), vsa variabilnost pa je predstavljena na sliki 43. Razporeditev 99 osebkov na prvi dve glavni komponenti je predstavljena na sliki 44, kjer vidimo, da so posamezni osebki agregirani znotraj enotnega morfo prostora. Vrednosti centroidov 50 oslonilnih točk so predstavljene na sliki 41 in v tabeli 2.

45

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Slika 41: Prokrustova poravnava točk; poravnane konfiguracije točk vseh objektov, ki sem jih vključila v analizo. Z rdečo barvo so zapisane številke točk, modra pika je centroid, modre točke predstavljajo povprečje celotnega vzorca, črne točke predstavljajo razpršenost posameznih konfiguracij okrog povprečja.

Slika 42: Vektorji razpršenosti poravnanih točk okrog centroida.

46

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Tabela 2: Rezultati Proktustove poravnave; povprečne vrednosti centroidov 50-ih oslonilnih točk.

Oslonilna točka Os 1 (x) Os 2 (y) 1 0,20846531 -0,00834625 2 0,19333880 -0,02405627 3 0,17738375 -0,03577438 4 0,16008754 -0,04545835 5 0,14155322 -0,05117275 6 0,12048232 -0,05348403 7 0,09864953 -0,05500299 8 0,07711958 -0,05432470 9 0,05555517 -0,05148745 10 0,03396747 -0,04826886 11 0,01257320 -0,04689198 12 -0,00853254 -0,04876180 13 -0,02986647 -0,05476221 14 -0,05128661 -0,06358017 15 -0,07344686 -0,07302566 16 -0,09604618 -0,08143169 17 -0,11820079 -0,08690893 18 -0,13858901 -0,08680389 19 -0,15478211 -0,07699570 20 -0,16394303 -0,06149668 21 -0,14931772 -0,05619808 22 -0,13394589 -0,04836833 23 -0,12463683 -0,03458467 24 -0,12423381 -0,01730113 25 -0,13069292 -0,00071087 26 -0,14190873 0,01377089 27 -0,15592535 0,02650024 28 -0,17174400 0,03712791 29 -0,18816810 0,04495439 30 -0,20560360 0,04930919 31 -0,11638865 0,11433918 32 -0,09960008 0,11403530 33 -0,08459668 0,10860898 34 -0,07031196 0,09943461 35 -0,05591866 0,08857069 36 -0,04122391 0,07714378 37 -0,02626284 0,06598521 38 -0,01054342 0,05586328 39 0,00566759 0,04789791 40 0,02238198 0,04260641

47

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

41 0,09958090 0,04217202 42 0,10757820 0,03039249 43 0,11680850 0,01928498 44 0,13081529 0,01220157 45 0,14754213 0,01179439 46 0,16407830 0,01635009 47 0,17931722 0,02373747 48 0,19227716 0,03312628 49 0,20388707 0,04246852 50 0,21660650 0,04752204

Tabela 3: Lastne vrednosti (Eigenvalues) in delež pojasnjene variance v analizi glavnih komponent.

Glavna komponenta Lastne vrednosti Varianca % Kumulativni delež % 1. 0,00076340 29,475 29,475 2. 0,00054687 21,115 50,590 3. 0,00031368 12,111 62,701 4. 0,00023640 9,127 71,828 5. 0,00013300 5,135 76,963 6. 0,00012693 4,901 81,864 7. 0,00009618 3,713 85,577 8. 0,00008145 3,145 88,722 9. 0,00006071 2,344 91,066 10. 0,00003875 1,496 92,562 11. 0,00003447 1,331 93,893 12. 0,00002809 1,085 94,978 13. 0,00002041 0,788 95,766 14. 0,00001653 0,638 96,404 15. 0,00001334 0,515 96,919 16. 0,00001097 0,424 97,343 17. 0,00000919 0,355 97,697 18. 0,00000879 0,339 98,037 19. 0,00000591 0,228 98,265 20. 0,00000579 0,223 98,488

48

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Slika 43: Delež (v %) razložene variabilnosti v obliki mandibule za posamezno glavno komponento.

Slika 44: Projekcija 99 osebkov Apodemus na prvi dve glavni komponenti.

49

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

3.2 Variabilnost med rodovi

Taksonomija rodu Apodemus je na podlagi analize mitohondrijske DNK predmet revizije, v kateri ugotavljajo, da bo sedanji rod razdeljen v 6 novih podrodov: Alysomys, Apodemus, Genus 1, Genus 2, Karstomys in Sylvaemus.

V luči nove taksonomije rodu Apodemus sem preverjala ali se morfometrija mandibul sklada z rezultati genetske analize. V nadaljevanju najprej podajam rezultate geometrijske morfometrije in jih primerjam z rezultati genetske analize.

V morfometrično analizo oblike mandibule sem kot odvisne spremenljivke vključila prvih pet glavnih komponent, ki razlagajo 77 % variabilnosti, neodvisna spremenljivka pa je bilo 6 novih rodov apodemusov. Projekcija osebkov na prvi dve glavni komponenti in njihovo povezovanje je predstavljeno na sliki 45. Na projekciji rodov na prvi dve glavni komponenti vidimo, da se samo vzdolž druge glavne komponente jasno razlikuje rod, ki smo ga poimenovali Genus 1 , ki vključuje samo vrsto A. gurkha. Ta ugotovitev se lepo sklada z rezultati mitohondrijske DNK, ki vrsto A. gurkha izpostavi kot bazično vrsto.

Slika 45: Razsevni diagram na prvi dve glavni komponent, v katerem vsaka točka prikazuje en osebek. Rodovi so povezani s skupno elipso.

50

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Slika 46: Krivljenje mandibule, kot ga opisuje vrednost prve glavne komponente.

Slika 47: Krivljenje mandibule, kot ga opisuje negativna vrednost druge glavne komponente, značilnost rodu Genus 1, oz. vrste A. gurkha, primerjaj s sliko 45.

Sliki 46 in 47 prikazujeta povprečne vrednosti oslonilnih točk z vektorji, ki predstavljajo spreminjanje oblike mandibule. Spremembe oblike vzdolž prve in druge PC prikazuje razlike v obliki od povprečne do izbrane vrednosti na posamezni PC osi. Modre točke predstavljajo povprečno obliko na izbrani PC osi, modre črte (vektorji) pa kažejo velikost in smer spremembe v obliki od povprečja do izbrane vrednosti PC, ki smo jo določili s skalarjem. Daljši kot je vektor, večja je sprememba v obliki, smer vektorja pa nakazuje smer spremembe.

51

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Iz slike 46 je razvidno, da se najmanj spreminjajo točke od 26-30, saj imajo najkrajše vektorje ali le-ti manjkajo, na podlagi česar lahko sklepamo, da se na tem delu mandibule med vrstami najmanj razlikujejo. Enako opazimo pri točkah od 10-13, na zajedi spodnje krivine mandibule, kar nakazuje enak sklep. Nasprotno se vektorji od točke 14-20 daljšajo v smeri do angularnega izrastka in naprej okoli njega do spodnje vdolbine mandibule med angularnim in kondilarnim izrastkom (točke od 21-24), kar nakazuje izrazito podaljševanje angularnega izrastka mandibule v levo. Krajšanje in ožanje mandibule nakazujejo točke od 1-9, od sekalca v smeri zajede spodnje krivine mandibule, saj so vektorji na tem mestu usmerjeni v levo in navzgor proti telesu mandibule. Podaljševanje in tudi širjenje mandibule pa zasledimo pri točkah od 31-40, od koronoidnega izrastka proti meljakom, kjer so vektorji obrnjeni izrazito desno, kar nakazuje pomikanje meljakov naprej, in pri točkah od 41-50, kjer se vektorji obračajo v desno (41-45) in navzgor (46-50) ter s tem nakazujejo krajšanje diasteme.

Iz slike 47 je razvidno, da se najmanj spreminjajo točke 10-16 saj imajo najkrajše vektorje, zato lahko sklepamo, da se zajeda na spodnji krivini mandibule ne razlikuje veliko od drugih vrst. Opazimo lahko obrat vektorjev na zajedi spodnje krivine mandibule (točke 10,11,12) kar nakazuje, da se iz točke 11 mandibula začne podaljševati v obe smeri (v levo iz točke 12 in v desno iz točke 10). Točke 1-6, 18-30, 31-40 ter 41-43 imajo najdaljše vektorje, torej lahko sklepamo da tukaj prihaja do večjih razlik v primerjavi z mandibulami drugih vrst. Opazimo podaljševanje kosti na spodnji krivini proti sekalcu (točke 1-7). Vektorji so na spodnji vdolbini mandibule med angularnim in kondilarnim izrastkom pomaknjeni izrazito v levo (točke 25-30), kar kaže na podaljševanje čeljustnice v to smer. Prav tako opazimo daljšanje vektorjev na angularnem izrastku navzgor proti kondilu (točke17-24) kar nakazuje ožanje spodnje vdolbine mandibule med angularnim in kondilarnim izrastkom. Opazimo tudi spremembe v obliki koronoidnega izrastka, ki nakazuje podaljševanje proti meljakom (točke 31-36) in nato proti telesu mandibule, ki nakazuje ožanje mandibule (točke 37-40). V krivini diasteme od meljakov navzdol proti sekalcu, se vektorji najprej daljšajo proti telesu mandibule (točke 41-43), kar nakazuje da se meljaki pomikajo nazaj, diastema se veča, vektorji pa se začnejo spet krajšati v smeri proti sekalcu, kar nakazuje manjše sprememembe v mandibuli na tem delu. (točke 44- 48).

Kot razvidno iz slike 47, ki prikazuje značilno krivljenje mandibule, kot ga opisuje negativna vrednost druge glavne komponente, za rod Genus1, vrste A. gurkha, se meljaki pomikajo nazaj, diastema se veča, koronoidni izrastek se podaljšuje proti meljakom, prav tako se podaljšuje tudi

52

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016 kost na spodnji krivini proti sekalcu. Vdolbina mandibule med angularnim in kondilarnim izrastkom se pomika izrazito v levo, kar kaže na podaljševanje čeljustnice v to smer, prav tako lahko opazimo podaljševanje mandibule v obe smeri na zajedi spodnje krivine. Telo čeljustnice se diagonalno podaljšuje in vertikalno krajša, čeljustnica se oža.

3.3 Filogenetska analiza

Prokrustove razdalje sem vključila v filogenetsko analizo kjer sem izvedla dva izračuna morfološke podobnost. V prvem koraku sem ugotavljala razdalje med šestimi rodovi, v drugem pa med 24 OTU-ji. Rezultati so prikazani v dendrogramih ( sliki 48 in 49) in tabelah (tabela 4, 5, 6, 7).

Slika 48: Dendrogram Prokrustovih razdalj med šestimi rodovi Apodemus.

Tabela 4: Velikost vzorcev mandibul v filogenetski analizi med novimi rodovi Apodemus.

Skupina Rod Št. vzorcev 1. Alysomys 22 2. Apodemus 11 3. Genus 1 3 4. Genus 2 6 5. Karstomys 11 6. Sylvaemus 46

53

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Tabela 5: Prokrustove razdalje med rodovi.

Rod Alysomys Apodemus Genus 1 Genus 2 Karstomys Sylvaemus Alysomys 0 Apodemus 0,0302 0 Genus 1 0,0467 0,0541 0 Genus 2 0,0418 0,0409 0,0436 0 Karstomys 0,0439 0,0286 0,0632 0,037 0 Sylvaemus 0,028 0,031 0,0644 0,0484 0,0332 0

Razdaljo med enotami smo merili s Prokrustovimi razdaljami. Iz rezultatov dendrograma med šestimi rodovi Apodemus lahko sklepamo, da sta si najbolj sorodna rodova Alysomys in Sylvaemus ter Apodemus in Karstomys, vsi skupaj pa tvorijo skupen klad, ki se nadalje povezuje z rodom Genus 2, kar pomeni da si je z njim najbolj soroden. Najbolj izstopa rod Genus 1, s katerim so povezani vsi ostali rodovi, vendar so prav tako z njim najmanj sorodni, ker so od njega najbolj oddaljeni.

Na dendrogramu rodov (slika 48) razlikujemo 3 glavne veje. Prvo vejo tvori rod Genus 1, ki po pričakovanjih odstopa, saj smo že v okviru prejšnjih analiz ugotovili da je bazična vrsta in se posledično najbolj razlikuje od vseh ostalih vrst. Edina vrsta, ki jo uvrščamo v rod Genus 1 je A. gurkha, katera je endemična le na nekaj področjih Nepala, kar pojasnjuje njeno razlikovanje v primerjavi z vsemi ostalimi vrstami. Drugo vejo tvori rod Genus 2, ki prav tako odstopa, njegove vrste pa so razširjene predvsem na območju Kitajske in Tajvana. Tretja veja se cepi na dve posamezni veji, ena od njiju povezuje rodova Karstomys in Apodemus ter rodova Sylvaemus in Alysomys. Vrste rodu Karstomys so razširjene na področju Balkana, Grčije, Turčije, rod Apodemus pa vključuje vrste živeče na področjih južne, srednje in vzhodne Evrope ter vzhodne Azije in Kitajske. Rod Sylvaemus vključuje veliko vrst, razširjenih na področjih celotne Evrope in Evrazije do Atlaškega gorovja ter na področju severne Afrike. Rod Alysomys vključuje vrste, ki so razširjene po vsej severovzhodni Aziji, vključno z Daljnjim Vzhodom in Korejo ter Japonsko.

Dendrogram odnosov med rodovi povzema filogenetsko informacijo, kar pomeni da so si rodovi, kot prikazano na sliki 48, med seboj najbolj sorodni, oz. v primeru rodu Genus 1, najmanj sorodni.

54

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Tabela 4 prikazuje število obravnavanih vzorcev posameznega rodu, iz katere lahko razberemo, da se število vzorcev glede na rod precej razlikuje. Največ vzorcev smo imeli iz rodu Sylvaemus (46), najmanj pa iz rodu Genus 1 (3) in Genus 2 (6). Iz rodov Apodemus in Karstomys smo obravnavali 11 vzorcev, iz rodu Alysomys pa 22.

Tabela 5 prikazuje rezultate prokrustovih razdalj med rodovi, ki nakazujejo medsebojno sorodnost, kar sem opisala že s pomočjo dendrograma Prokrustovih razdalj med šestimi rodovi Apodemus (Slika 48). Iz tabele 5 je razvidno, da sta najbolj sorodna rodova Alysomys in Sylvaemus, najmanj pa Genus 1 in Sylvaemus.

Slika 49: Dendrogram Prokrustovih razdalj med 24 vrstami oz. OTU-ji Apodemus.

Rezultati dendrograma med štiriindvajsetimi vrstami oz. OTU-ji, prikazujejo podobnost v obliki mandibule med vrstami oz. razlike med njimi. Povezave med vrstami nakazujejo koliko so mandibule različnih vrst med seboj podobne, torej če sta dve vrsti med seboj tesno povezani z vejo, to pomeni, da imata bolj podobno obliko in mandibule. Iz dendrograma lahko razberemo, da so medsebojno najbolj podobne mandibule vrste A. agrarius in A. chevrieri, ki se nadalje povezujeta z A. peninsulae in dalje z A. pallipes. Te vrste tvorijo 1. klad, kar pomeni da so si med seboj najbolj podobne v obliki. Nadalje sta si najbližje A. ponticus in A. sylvaticus- South, ki se povezujeta z A. arianus, vse skupaj pa se povezujejo z A. witherbyi in nadalje z A.

55

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016 flavicollis. Omenjene vrste skupaj z medsebojno povezanima A. epimelas in A. mystacinus tvorijo 2. klad, ki je skupaj s 1. kladom povezan z vejo, torej so si mandibule omenjenih vrst med seboj najbolj podobne. Naslednja skupina nakazuje, da so si po obliki najbližje A. alpicola in A. uralensis-West ter A. speciosus in A. uralensis-East, ki se povezujeta z A. sylvaticus-North, vse skupaj pa se povezuje s prej omenjenima A. alpicola in A. uralensis-West, ki skupaj tvorijo 3. klad. Le-ta se z vejo enakovredno povezuje s kladoma 1. in 2. Vsi trije kladi so s skupno vejo povezani z vrsto A. latronum, ter se nadalje povezujejo z A. rusigeus. Vse naštete vrste se z vejo povezujejo s 4. kladom, katerega tvorijo najbližje povezane vrste A. draco in A. gurkha, ki se nadalje povezujeta z A. semotus ter A. argenteus in A. ilex, ki se povezujeta z vsemi tremi. Vse zgoraj naštete vrste so s skupno vejo povezane z A. hyrcanicus, katera ima najdaljšo Prokrustovo razdaljo z vsemi ostalimi vrstami, kar pomeni da se v primerjavi z njimi najbolj razlikuje v obliki. Na dendrogramu je lepo vidno, da ima 2. klad najmanjše in hkrati najbolj enakomerne Prokrustove razdalje, v 1. kladu se razdalje enakomerno večajo, v 3. kladu pa vidimo veliko razliko med Prokrustovimi razdaljami, kar nakazuje večje razlike med vrstami, 4. klad pa ima največje Prokrustove razdalje, kar nakazuje največje razlike med posameznimi vrstami.

Na dendrogramu vrst razlikujemo 5 glavnih vej, ki se nato cepijo na manjše veje. Opazimo da od vseh vrst najbolj izstopa vrsta A. hyrcanicus, ki zase tvori prvo glavno vejo, ki se cepi dalje in iz nje izhajajo vse nadaljnje veje. Ker je vrsta A. hyrcanicus zastopana le z 1 vzorcem (tabela 6), je lahko to vzrok odstopanja. Opazimo, da vrste, ki so prav tako zastopane s samo 1 ali manjšim številom vzorcev, izstopajo in tvorijo posamezne veje. Od opaženega vzorca odstopanj pa se razlikuje vrsta A. argenteus, ki je zastopana s 6 vzorci in ima prav tako večje odstopanje od ostalih vrst, ki tvorijo precej homogen klad.

Žal dendrogram na nivoju vrst ne vsebuje filogenetske informacije, kot jo vsebuje dendrogram na nivoju rodov. Oblikovne lastnosti vrst izkazujejo precejšnjo raznolikost v mandibuli, vendar ta morfološka različnost ni posledica evolucijske sorodnosti temveč drugih dejavnikov. Vsled teh ugotovitev bodo potrebne nadaljnje raziskave, usmerjenje v iskanje vzrokov morfološke raznolikosti.

56

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Tabela 6 prikazuje število obravnavanih vzorcev posamezne vrste iz katere lahko razberemo, da smo imeli največ vzorcev vrste A. agrarius, A. peninsulae in A. speciosus (8) in najmanj vzorcev vrste A. hyrcanicus, A. ilex, A. latronum, A. rusigeus in A. semotus (1). Iz vrst A. arianus in A. pallipes smo obravnavali 7 vzorcev, iz vrst A. argenteus in A. mystacinus 6 vzorcev, iz vrst A. epimelas in A. ponticus 5 vzorcev, iz vrst A. alpicola, A. sylvaticus-South, A. uralensis-East, A. uralensis-West in A. witherbyi 4 vzorce, iz vrst A. chevrieri, A. draco, A. flavicollis in A. gurkha, 3 vzorce ter iz vrste A. sylvaticus-North 2 vzorca.

Tabela 6: Velikost vzorcev v filogenetski analizi med vrstami oz. 24 OTU-ji rodu Apodemus.

OTU Vrsta Št. vzorcev 1. A. agrarius 8 2. A. alpicola 4 3. A. argenteus 6 4. A. arianus 7 5. A. chevrieri 3 6. A. draco 3 7. A. epimelas 5 8. A. flavicollis 3 9. A. gurkha 3 10. A. hyrcanicus 1 11. A. ilex 1 12. A. latronum 1 13. A. mystacinus 6 14. A. pallipes 7 15. A. peninsulae 8 16. A. ponticus 5 17. A. rusigeus 1 18. A. semotus 1 19. A. speciosus 8 20. A. sylvaticus-North 2 21. A. sylvaticus-South 4 22. A. uralensis-East 4 23. A. uralensis-West 4 24. A. witherbyi 4

Tabela 7 prikazuje rezultate Prokrustovih razdalj med vrstami oz. 24 OTU-ji, ki nakazujejo medsebojno podobnost v obliki in kar sem opisala s pomočjo dendrograma Prokrustovih razdalj med 24 OTU-ji Apodemus (slika 49). Iz tabele 7 je razvidno, da se najmanj razlikujeta vrsti A. ponticus in A. sylvaticus-North, najbolj pa A. hyrcanicus in A. rusigeus.

57

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Tabela 7: Prokrustove razdalje med vrstami oz. 24 OTU-ji.

OTU 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24

1 0

2 0,0513 0

3 0,0455 0,0673 0

4 0,0398 0,0531 0,0568 0

5 0,0259 0,0408 0,0464 0,0292 0

6 0,0415 0,072 0,0472 0,0499 0,0388 0

7 0,0374 0,0616 0,0571 0,0263 0,0343 0,0383 0

8 0,0492 0,0448 0,0552 0,0401 0,0305 0,0486 0,0452 0

9 0,0546 0,0758 0,0515 0,0781 0,057 0,0444 0,07 0,0659 0

10 0,0861 0,0922 0,0806 0,0734 0,0803 0,0915 0,0804 0,0881 0,1107 0

11 0,0685 0,0914 0,0467 0,0739 0,0678 0,063 0,0743 0,076 0,0758 0,0619 0

12 0,0624 0,0739 0,0715 0,0602 0,0529 0,0453 0,0562 0,0566 0,067 0,1162 0,0978 0

13 0,0311 0,0647 0,0435 0,0315 0,0329 0,0343 0,0285 0,0464 0,06 0,0865 0,0669 0,0543 0

14 0,0412 0,0455 0,0564 0,045 0,0326 0,0424 0,0411 0,0404 0,0537 0,0993 0,0869 0,0409 0,0443 0

15 0,035 0,0338 0,0546 0,049 0,0293 0,0514 0,0529 0,0452 0,0543 0,087 0,077 0,061 0,0509 0,0361 0

16 0,0432 0,0506 0,0563 0,0231 0,0273 0,0455 0,0316 0,0254 0,069 0,0819 0,0761 0,056 0,0329 0,0405 0,0473 0 0,0644 17 0,0791 0,0865 0,0803 0,0689 0,0805 0,0834 0,0573 0,0803 0,124 0,1087 0,0774 0,0782 0,063 0,0645 0,0682 0

18 0,0739 0,1003 0,0587 0,0896 0,0754 0,0544 0,0809 0,0758 0,0568 0,1175 0,0672 0,0819 0,0675 0,0829 0,0848 0,0813 0,0966 0

19 0,0516 0,0428 0,0595 0,0565 0,0387 0,055 0,0627 0,0388 0,0568 0,1016 0,0845 0,0569 0,0551 0,0396 0,0323 0,0473 0,0432 0,0801 0

20 0,054 0,041 0,0754 0,0441 0,0401 0,0639 0,053 0,0409 0,0785 0,1028 0,0982 0,0573 0,0545 0,0399 0,0432 0,0409 0,0558 0,0987 0,0401 0

21 0,0378 0,0484 0,0566 0,0231 0,023 0,0466 0,0345 0,0282 0,0699 0,0803 0,0735 0,0573 0,0337 0,0423 0,0412 0,0195 0,0691 0,082 0,0449 0,036 0

22 0,0512 0,0453 0,0613 0,0516 0,0367 0,0508 0,0542 0,031 0,059 0,0975 0,0823 0,0553 0,0522 0,0353 0,0373 0,0414 0,0398 0,0804 0,0245 0,0353 0,0383 0

23 0,0487 0,0261 0,0564 0,0444 0,0345 0,064 0,0555 0,0321 0,0715 0,0869 0,0821 0,0687 0,0544 0,0415 0,0361 0,0395 0,0544 0,0914 0,0325 0,0394 0,0385 0,0339 0

24 0,0436 0,0395 0,0526 0,0251 0,0312 0,0586 0,039 0,034 0,0762 0,0772 0,0776 0,0638 0,0413 0,0402 0,0449 0,0277 0,0704 0,092 0,0496 0,0417 0,0296 0,0455 0,0285 0

58

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

4. DISKUSIJA

Razvoj živih bitij je v veliki meri genetsko pogojen. Posamezne vrste živali se med seboj bolj ali manj razlikujejo, odvisno od sorodnosti. Včasih razlike opazimo že na prvi pogled, včasih so potrebne podrobnejše analize. V svoji diplomi sem se osredotočila na analizo mandibule rodu belonogih miši, Apodemus.

Namen diplomskega dela je bil primerjanje mandibul različnih vrst belonogih miši v obliki. Mandibula je primerna struktura za proučevanje razlik med posameznimi vrstami živali, saj se razvija ločeno od zgornje čeljustnice, ki se razvija skupaj z lobanjo. Razvoj teh je v veliki meri genetsko pogojen, medtem ko se mandibula razvija in spreminja tudi zaradi evolucijskih in okoljskih dejavnikov (Jojič in sod., 2012, v Belšak 2015). Iz specializiranosti in adaptacij mandibule tako lahko sklepamo na življenjski prostor živali, hrano, rastlinstvo, podnebje itd. Vzporedno z naštetim se žival spreminja in prilagaja na življenje, kar imenujemo evolucija (Belšak, 2015).

Do sedaj smo vse vrste uvrščali v enotni rod Apodemus, vendar se na podlagi analize mitohondrijske DNK posameznih vrst poraja potreba po reviziji taksonomije rodu Apodemus. Ugotavljamo, da bo sedanji rod razdeljen v 6 novih podrodov: Alysomys, Apodemus, Genus 1, Genus 2, Karstomys in Sylvaemus, sama pa sem preverjala ali se morfometrija mandibul sklada z rezultati genetske analize. Preverjala sem variabilnost v velikosti in obliki mandibule.

Ugotovila sem, da prihaja do razlik v obliki mandibule, rezultati pa so pokazali, da izstopa rod, ki smo ga poimenovali Genus 1 in vključuje samo vrsto A. gurkha. Ta ugotovitev se sklada z rezultati mitohondrijske DNK, ki vrsto A. gurkha izpostavi kot bazično vrsto.

Značilno krivljenje mandibule, kot ga opisuje negativna vrednost druge glavne komponente, za rod Genus1, vrste A. gurkha, prikazuje, da se meljaki pomikajo nazaj, diastema se veča, koronoidni izrastek se podaljšuje proti meljakom, prav tako se podaljšuje tudi kost na spodnji krivini proti sekalcu. Vdolbina mandibule med angularnim in kondilarnim izrastkom se pomika izrazito v levo, kar kaže na podaljševanje čeljustnice v to smer, prav tako lahko opazimo podaljševanje mandibule v obe smeri na zajedi spodnje krivine. Telo čeljustnice se diagonalno podaljšuje in vertikalno krajša, čeljustnica se oža.

59

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

V današnjem času sta uveljavljena dva pristopa analize odnosov med filogenijo in morfologijo. S prvim lahko morfološke razdalje (v geometrijski morfometriji so to Prokrustove razdalje med skupinami, na katerih temeljijo fenetska drevesa) primerjamo s genetskimi razdaljami (npr. nukleotidnimi razdaljami) dobljenimi z molekularnimi analizami ter ugotavljamo statistično značilne razlike. Z omenjeno distančno metodo (oz. metodo razdalj) lahko strukturo filogenetskih in fenetskih dreves primerjamo tudi vizualno in ugotavljamo podobnosti ter razlike (Klenovšek, 2014b).

Rezultati analize morfološke podobnosti na nivoju rodov so na grafu pokazali , da rod Genus 1, kamor uvrščamo vrsto A. gurkha močno odstopa v obliki mandibule, kar se sklada tudi z ugotovitvami mitohondrijske analize DNK, ki je bila podlaga za primerjavo naših izsledkov filogenetske analize.

Dendrogram odnosov med rodovi povzema filogenetsko informacijo, ki prikazuje kateri rodovi so med seboj najbolj oz. najmanj sorodni. Ugotavljam, da sta si najbolj sorodna rodova Alysomys in Sylvaemus ter Apodemus in Karstomys, vsi skupaj pa tvorijo skupen klad, ki se nadalje povezuje z rodom Genus 2, kar pomeni da si je z njim najbolj soroden. Najbolj izstopa rod Genus 1, s katerim so povezani vsi ostali rodovi, vendar so prav tako z njim najmanj sorodni, ker so od njega najbolj oddaljeni.

Žal pa dendrogram na nivoju vrst ne vsebuje filogenetske informacije. Oblikovne lastnosti vrst izkazujejo precejšnjo raznolikost v mandibuli, vendar ta morfološka različnost ni posledica evolucijske sorodnosti. Glede na to, da je rod Genus 1 in s tem njegova edina vrsta A. gurkha endemična le na manjšem območju Nepala, bi lahko njene morfološke značilnosti pripisali tudi okoljskim dejavnikom.

60

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

5. POVZETEK

V diplomski nalogi sem izvedla morfometrično analizo variabilnosti na mandibuli rodu Apodemus z metodami geometrijske morfometrije. Želela sem ugotoviti ali se bodo rezultati morfometričnega pristopa skladali z rezultati filogenetske analize na mitohondrijski DNK.

Analizirala sem 99 primerkov spodnje desne čeljustnice rodu Apodemus, ki so izvirali iz Evrope in Azije, pridobljenih pa so bili iz različnih muzejskih zbirk. Moja naloga je bila analizirati variabilnost v obliki spodnje čeljustnice pri 22 vrstah rodu belonogih miši, Apodemus razdeljenih v 24 OTU-jev. Uporabila sem metodo geometrijske morfometrije in na labialni strani vsake mandibule določila 50 drsnih oslonilnih točk, s katerimi sem izvedla analizo oblike.

Geometrijsko morfometrijo sem izvedla s pomočjo programov tpsDig2 (Rohlf, 2016), tpsUtil (Rohlf, 2016), tpsRelw (Rohlf, 2016) in MorphoJ (Klingenberg, 2011).

Najprej sem izvedla Prokrustovo analizo, Prokrustove koordinate pa sem vključila v analizo glavnih komponent. To pomeni, da so nosilke informacij o oblikovni variabilnosti čeljustnice bile glavne komponente. Prvih 20 glavnih komponent je skupno razložilo 98,5% morfometrične variabilnosti v obliki mandibule. Razporeditev 99 osebkov na prvi dve glavni komponenti pa je pokazala, da so posamezni osebki agregirani znotraj enotnega morfo prostora kjer ni vidnih izoliranih skupin. . V morfometrično analizo oblike mandibule sem kot odvisne spremenljivke vključila prvih pet glavnih komponent, ki razlagajo 77 % variabilnosti, neodvisna spremenljivka pa je bilo 6 novih rodov apodemusov. Projekcija rodov na prvi dve glavni komponenti je pokazala, da se samo vzdolž druge glavne komponente jasno razlikuje rod, ki smo ga poimenovali Genus 1 in vključuje samo vrsto A. gurkha. Ta ugotovitev se sklada z rezultati mitohondrijske DNK, ki vrsto A. gurkha izpostavi kot bazično vrsto.

Prokrustove razdalje sem vključila v filogenetsko analizo kjer sem izvedla dva izračuna morfološke podobnost. V prvem koraku sem ugotavljala razdalje med šestimi rodovi, v drugem pa med 24 OTU-ji.

61

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Rezultati analize na nivoju rodov so na grafu pokazali , da rod Genus 1, kamor uvrščamo vrsto A. gurkha močno odstopa v obliki mandibule, kar se sklada tudi z ugotovitvami mitohondrijske analize DNK, ki je bila podlaga za primerjavo naših izsledkov filogenetske analize.

Rezultat na nivoju vrst žal ne vsebuje filetske informacije. Oblikovne lastnosti vrst izkazujejo precejšnjo raznolikost v mandibuli, vendar ta morfološka različnost ni posledica evolucijske sorodnosti temveč drugih dejavnikov. Vsled teh ugotovitev bodo potrebne nadaljnje raziskave, usmerjenje v iskanje vzrokov morfološke raznolikosti.

Glede na dobljene rezultate zaključujem, da od šestih novih podrodov Apodemus, po obliki mandibule najbolj izstopa rod Genus 1 in njegova edina vrsta A. gurkha. S tem potrdim predhodno postavljene hipoteze:

 da obstaja variabilnost v mandibuli pri različnih vrstah in rodu Apodemus;  da bo vrsta A. gurkha izstopala, saj izstopa tudi pri analizi DNK rezultatov;  bodo rezultati morfometrične analize sovpadali s filogenetskimi rezultati analize DNK.

62

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

6. ZAHVALA

Iskreno se zahvaljujem svojemu mentorju, red. prof. dr. Francu Janžekoviču, za odlično mentorstvo, strokovno svetovanje in pomoč pri izdelavi diplomskega dela. Hvala za Vaš čas, podporo in potrpežljivost. Hvala tudi somentorju prof. dr. Borisu Kryštufku.

Posebna zahvala tudi Sari, za vso pomoč, vzpodbudo, vztrajnost in podporo.

63

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

7. VIRI IN LITERATURA

Amori, G., Hutterer, R., Kryštufek, B., Yigit, N., Mitsain, G. & Muñoz, L.J.P. (2008). Apodemus mystacinus. The IUCN Red List of Threatened Species 2008: e.T1898A8770676. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK.2008.RLTS.T1898A8770676.en.

Amori, G., Hutterer, R., Kryštufek, B., Yigit, N., Mitsain, G. & Palomo, L.J. (2008). Apodemus flavicollis. The IUCN Red List of Threatened Species 2008: e.T1892A8699693. Pridobljeno iz 18.5.2016 http://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK.2008.RLTS.T1892A8699693.en.

Apodemus (2016). Wikipedia. Pridobljeno 16.8.2016 iz https://en.wikipedia.org/wiki/Apodemus.

Apodemus agrarius (2016). The IUCN Red List of Threatened Species. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1888.

Apodemus alpicola (2016). The IUCN Red List of Threatened Species. Pridobljeno 22.52016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1907.

Apodemus argenteus (2016). The IUCN Red List of Threatened Species Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=42642.

Apodemus chevrieri (2016). The IUCN Red List of Threatened Species. Pridobljeno 22.5.2016 iz (http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1890.

Apodemus draco (2016). The IUCN Red List of Threatened Species. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1891.

Apodemus epimelas (2016). The IUCN Red List of Threatened Species. Pridobljeno 18.5 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=136816.

Apodemus flavicollis (2016). The IUCN Red List of Threatened Species. Pridobljeno 18.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1892.

Apodemus gurkha (2016). The IUCN Red List of Threatened Species. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1894.

Apodemus hyrcanicus (2016). The IUCN Red List of Threatened Species. Pridobljeno 18.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1896.

Apodemus latronum (2016). The IUCN Red List of Threatened Species. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1897.

Apodemus mystacinus (2016). The IUCN Red List of Threatened Species. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1898.

64

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Apodemus pallipes (2016). The IUCN Red List of Threatened Species. Pridobljeno 18.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1906.

Apodemus peninsulae (2016). The IUCN Red List of Threatened Species. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1899.

Apodemus ponticus (2016). The IUCN Red List of Threatened Species. Pridobljeno 18.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1900.

Apodemus rusiges (2016). The IUCN Red List of Threatened Species. Pridobljeno 18.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1901.

Apodemus semotus (2016). The IUCN Red List of Threatened Species. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1902.

Apodemus speciosus (2016). The IUCN Red List of Threatened Species. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1903.

Apodemus sylvaticus (2016). The IUCN Red List of Threatened Species. Pridobljeno 18.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1904.

Apodemus uralensis (2016) The IUCN Red List of Threatened Species. Pridobljeno 18.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=1905.

Apodemus witherbyi (2016). The IUCN Red List of Threatened Species. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://maps.iucnredlist.org/map.html?id=135724.

Batsaikhan, A., Tinnin, D., Lhagvasuren, B. & Sukhchuluun, G. (2008). Apodemus peninsulae. The IUCN Red List of Threatened Species 2008: e.T1899A8774397. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK.2008.RLTS.T1899A8774397.en.

Belšak, J. (2015). Velikost, oblika in modularna organizacija spodnje čeljustnice pri belonogih miših, Apodemus: primerjava med vrstami : Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko.

Bertolino, S., Meinig, H. & Spitzenberger, F. (2008). Apodemus alpicola. The IUCN Red List of Threatened Species 2008: e.T1907A8809263. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK.2008.RLTS.T1907A8809263.en.

Biologija (2016). Svarog. Pridobljeno 18.5.2016 iz http://mss.svarog.si/biologija/MSS/index.php?page_id=11534.

Bukhnikashvili, A., Shenbrot, G. & Sozen, M. (2008). Apodemus witherbyi. The IUCN Red List of Threatened Species 2008: e.T135724A4193379. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK.2008.RLTS.T135724A4193379.en.

Dimasta miš (2016). Wikipedia. Pridobljeno 18.5.2016 iz https://sl.wikipedia.org/wiki/Dimasta_mi%C5%A1.

EOL, Encyclopedia of Life. Pridobljeno 18.5.2016 iz http://eol.org.

65

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Filogenija (2016). Wikipedia. Pridobljeno 16.5.2016 iz https://sl.wikipedia.org/wiki/Filogenija.

Grilanc, M. (2014). Morfometrična analiza mandibul pri rodu podgan, Rattus (Fischer 1803). Maribor: Diplomska naloga, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko.

Janžekovič, F. (2001). Filogenetska in taksonomska vrednost lobanjskih in zobnih parametrov pri belonogih miših, Apodemus Kaup 1829 (Mammalia: Muridae). Doktorska disertacija. Ljubljana.

Janžekovič, F., Klenovšek, T., Kryštufek, B. (2007). Uporaba metod geometrijske morfometrije in multivariatne statistike v bioloških raziskavah filogenije in ontogenije. ROSUS 2007: računalniška obdelava slik in njihova uporaba v Sloveniji: zbornik 2. strokovne konference. Maribor: Fakulteta za elektrotehniko, računalništvo in informatiko, Inštitut za računalništvo.

Kaneko, Y. & Ishii, N. (2008). Apodemus argenteus. The IUCN Red List of Threatened Species 2008: e.T42642A10739337. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK.2008.RLTS.T42642A10739337.en.

Kaneko, Y. & Ishii, N. (2008). Apodemus speciosus. The IUCN Red List of Threatened Species 2008: e.T1903A8786785. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK.2008.RLTS.T1903A8786785.en.

Kaneko, Y., Kryštufek, B., Zagarondnyuk, I., Vohralík, V., Batsaikhan, N., Avirmed, D. & Sukhchuluun, G. (2008). Apodemus agrarius. The IUCN Red List of Threatened Species,2008: e.T1888A8654207. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK.2008.RLTS.T1888A8654207.en.

Klenovšek, T. (2014). a Uporaba geometrijske morfometrije v biologiji: priročnik za začetnike. Maribor: Fakulteta za naravoslovje in matematiko. b Variabilnost lobanje dinarske voluharice Dinaromys bogdanovi (Rodentia: Cricetidae): spolni dimorfizem, alometrija in filogenija. Doktorska disertacija. Maribor.

Klingenberg, C. P. (2011). MorphoJ:an integrated software package for geometric morphometrics. Molecular Ecology Resources 11: 353 – 357.

Kryštufek, B. (1991). Sesalci Slovenije. Ljubljana: Prirodoslovni muzej.

Kryštufek, B., Sozen, M. & Bukhnikashvili, A. 2008. Apodemus uralensis. The IUCN Red List of Threatened Species 2008: e.T1905A8801937. Pridobljeno 18.5.2016 iz http://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK.2008.RLTS.T1905A8801937.en.

Kryštufek, B., Vohralík, V. & Mitsain, G. (2008). Apodemus epimelas. The IUCN Red List of Threatened Species 2008: e.T136816A4343121. Pridobljeno iz 18.5.2016 http://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK.2008.RLTS.T136816A4343121.en.

Large Japanese Field Mouse (2016). Wikipedia. Pridobljeno 18.5.2016 iz https://en.wikipedia.org/wiki/Large_Japanese_field_mouse.

66

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Liu,Q. (2012). Phylogeographic Study of Apodemus ilex (Rodentia: Muridae) in Southwest China. PLOS ONE. Pridobljeno 25.5.2016 iz http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0031453.

Lunde, D., Aplin, K., Musser, G. & Frost, A. (2008). Apodemus latronum. The IUCN Red List of Threatened Species 2008: e.T1897A8763733. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK.2008.RLTS.T1897A8763733.en.

Lunde, D. & Molur, S. (2008). Apodemus draco. The IUCN Red List of Threatened Species 2008: e.T1891A8681272. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK.2008.RLTS.T1891A8681272.en.

Molur, S. (2008). Apodemus pallipes. The IUCN Red List of Threatened Species 2008: e.T1906A8803094. Pridobljeno 18.5.2016 iz http://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK.2008.RLTS.T1906A8803094.en.

Molur, S. & Nameer, P.O. (2008). Apodemus gurkha. The IUCN Red List of Threatened Species 2008: e.T1894A8726424. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK.2008.RLTS.T1894A8726424.en.

Molur, S. & Nameer, P.O. (2008). Apodemus rusiges. The IUCN Red List of Threatened Species 2008: e.T1901A8777295. Pridobljeno 18.5.2016 http://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK.2008.RLTS.T1901A8777295.en.

Morfometrija (2016). Wikipedia. Pridobljeno 16.5.2016 iz https://en.wikipedia.org/wiki/Morphometrics.

Perhoč, I. (2015). Morfometrična analiza mandibul pri skakačih, rod Allactaga (Rodentia: Dipodidae). Maribor: Fakulteta za naravoslovje in matematiko.

Rohlf, F. J. (2005). tpsRelw, Version 1.42; tpsDig, Version 2.05. Suny at Stony Brook, New York.

Rumenogrla miš (2016). Wikipedia. Pridobljeno 16.5.2016 iz https://sl.wikipedia.org/wiki/Rumenogrla_mi%C5%A1.

Schlitter, D., van der Straeten, E., Amori, G., Hutterer, R., Kryštufek, B., Yigit, N. & Mitsain, G. 2008. Apodemus sylvaticus. The IUCN Red List of Threatened Species 2008: e.T1904A8791394. Pridobljeno 18.5.2016 iz http://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK.2008.RLTS.T1904A8791394.en.

Smith, A.T. & Johnston, C.H. (2008). Apodemus chevrieri. The IUCN Red List of Threatened Species 2008: e.T1890A8672685.) Pridobljeno 22.5.2016 iz http://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK.2008.RLTS.T1890A8672685.en.

Smith, A.T. & Johnston, C.H. (2008). Apodemus semotus. The IUCN Red List of Threatened Species 2008: e.T1902A8781488. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK.2008.RLTS.T1902A8781488.en.

67

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

Taiwan Field Mouse (2016). Wikipedia. Pridobljeno 18.5.2016 iz https://en.wikipedia.org/wiki/Taiwan_field_mouse.

The IUCN Red List of Threatened Species (2016). Pridobljeno 16.5.2016 iz http://www.iucnredlist.org/.

Tsytsulina, K. (2008). Apodemus ponticus. The IUCN Red List of Threatened Species 2008: e.T1900A8774675. Pridobljeno 22.5.2016 iz http://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK.2008.RLTS.T1900A8774675.en.

Tsytsulina, K. (2008). Apodemus hyrcanicus. The IUCN Red List of Threatened Species 2008: e.T1896A8753428. Pridobljeno 18.5.2016 iz http://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK.2008.RLTS.T1896A8753428.en.

Za zdrav gozd (2016). Pridobljeno 16.5.2016 iz http://www.zdravgozd.si/prirocnik/zapis.aspx?idso=795.

68

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

8. PRILOGE

Priloga 1: Tabela 8

Tabela 8: Seznam analiziranih vzorcev z navedeno državo in lokaliteto pridobljenega vzorca.

Slika Coll. No. Genus Species OTU Country Locality 1,'BMNH_6.12.6 (2).JPG' BMNH 6.12.6.74 Apodemus agrarius 1 Korea Mingyong, 110mi SE Soeul 2,'BMNH_8.2.8 (2).JPG' BMNH 8.2.8.29 Apodemus agrarius 1 China Shantung, nr Chefoo 3,'Krakow_8418 (5).JPG' Krakow 8418 Apodemus agrarius 1 N Korea Tongdok 4,'PMS_719 (5).JPG' PMS 719 Apodemus agrarius 1 CRO Rastušje, Slavonski brod 5,'PMS_7963 (5).JPG' PMS 7963 Apodemus agrarius 1 Macedonia Dojran, Ačikot 6,'PMS_7979 (5).JPG' PMS 7979 Apodemus agrarius 1 Macedonia Dojran, Ačikot 7,'PMS_18815 (6).JPG' PMS 18815 Apodemus agrarius 1 Romania Iasi County, Osoi 8,'ZFMK_2011-871 Hsiaoling, Kirin Prov.= Jilin (4).JPG' ZFMK 2011_871 Apodemus agrarius 1 China prov., SiaolingnHo River 9,'ZFMK_ 73- 185(2).JPG' ZFMK 73_185 Sylvaemus alpicola 2 Italy Gran Paradiso 10,'ZFMK_62_73 (8).JPG' ZFMK 62_73 Sylvaemus alpicola 2 Liechtenstein 11,'ZFMK_73-197 (6).JPG' ZFMK 73_197 Sylvaemus alpicola 2 Italy Gran Paradiso 12,'ZFMK_73-199 (6).JPG' ZFMK 73_199 Sylvaemus alpicola 2 Italy Gran Paradiso 13,'SMF_18212 Hiwa-Machi, Hiba-Gun, (5).JPG' SMF 18212 Alysomys argenteus 3 Japan Hiroshima Pref. 14,'SMF_18213 Hiwa-Machi, Hiba-Gun, (8).JPG' SMF 18213 Alysomys argenteus 3 Japan Hiroshima Pref. 15,'SMF_81827 Nachi, Wakayama Pref., (10).JPG' SMF 81827 Alysomys argenteus 3 Japan Honshu 16,'ZFMK_58-356 (2).JPG' ZFMK 58_356 Alysomys argenteus 3 Japan Hiroshima 17,'ZFMK_2011- 894 (2).JPG' ZFMK 2011-894 Alysomys argenteus 3 Japan Honshu, pref. Yamanashi 18,'ZIN_72233 (7).JPG' ZIN 72233 Alysomys argenteus 3 Japan Honshu, Mt Fuji 19,'NMW_63721 (9).JPG' NMW 63721 Sylvaemus arianus 4 20,'PMS_7029 (7).JPG' PMS 7029 Sylvaemus arianus 4 Israel Mt. Carmel 21,'PMS_10683 (6).JPG' PMS 10683 Sylvaemus arianus 4 Zonguldak, 8 km NW Yenice 22,'PMS_10701 (5).JPG' PMS 10701 Sylvaemus arianus 4 Turkey Zonguldak, 8 km NW Yenice 23,'PMS_11177 (5).JPG' PMS 11177 Sylvaemus arianus 4 Turkey Prov. Antalya, Ikizce 24,'PMS_11514 (5).JPG' PMS 11514 Sylvaemus arianus 4 Turkey Ayvacik, Behram 25,'PMS_18499 (6).JPG' PMS 18499 Sylvaemus arianus 4 Lebanon Chouf Cedar Reserve 26,'BMNH_11.2.1.1 80.JPG' BMNH 11.2.1.180 Apodemus chevrieri 5 China S Kansu, Wenhsien 27,'BMNH_11-9-8- Wei-choe, on Si-ho River, 58 (4).JPG' BMNH 11-9-8-58 Apodemus chevrieri 5 China W Sechwan 28,'BMNH_13-9- 13-11 (5).JPG' BMNH 13-9-13-11 Apodemus chevrieri 5 China Wa Shan, W Sechwan

69

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

29,'BMNH_15-2-1- 5 (6).JPG' BMNH 15-2-1-5 Genus 2 draco 6 Burma Wulaw Pass 30,'BMNH_21-12- Aranachal Pradesh, Dreyi, 5-58 (7).JPG' BMNH 21-12-5-58 Genus 2 draco 6 India Mehmi Hills 31,'SMF_69585 w Yun-nan, Lui-shui, (6).JPG' SMF 69585 Genus 2 draco 6 China Pian-ma 32,'PMS_678 (5).JPG' PMS 678 Karstomys epimelas 7 Macedonia Mt. Galičica 33,'PMS_6432 (4).JPG' PMS 6432 Karstomys epimelas 7 Greece Epirus, Konitsa, Armata 34,'PMS_16455 (9).JPG' PMS 16455 Karstomys epimelas 7 CRO Split, Malačka 35,'PMS_16458 (5).JPG' PMS 16458 Karstomys epimelas 7 CRO Split, Malačka 36,'PMS_23458 (5).JPG' PMS 23458 Karstomys epimelas 7 CRO Split, Malačka 37,'PMS_5675 (6).JPG' PMS 5675 Sylvaemus flavicollis 8 BiH Mt. Osječenica 38,'PMS_9792 Maiella Mts, 6 km E, (6).JPG' PMS 9792 Sylvaemus flavicollis 8 Italy 1.5 km S Caramanico 39,'PMS_10917 Bavaria, Garmisch (6).JPG' PMS 10917 Sylvaemus flavicollis 8 Germany Partenkirchen 40,'NMW_31169 (6).JPG' NMW 31169 Genus 1 gurkha 9 Nepal Kholdi Ghar 41,'ZFMK_84-1075 Mustang distr, (6).JPG' ZFMK 84-1075 Genus 1 gurkha 9 Nepal Purana Marpha 42,'ZFMK_84-1112 Dolpa distr., Dolpa, Ringmo (10).JPG' ZFMK 84-1112 Genus 1 gurkha 9 Nepal pri jezeru Phaksumda 43,'VV_I-68 (6).JPG' VV I-68 Sylvaemus hyrcanicus 10 11km W Asalem, prov. Gilan 44,'BMNH_22.9.1 (2).JPG' BMNH 22.9.1.122 Genus 2 ilex 11 China Mekong Valley 45,'BMNH_11.2.1 (2).JPG' BMNH 11.2.1.156 Genus 2 latronum 12 China W Szechuan, Tatsienlu

46,'2005_144a.JPG' PMS 2005_144 Karstomys mystacinus 23 Turčija Antalya, Ciglikara

47,'2005_146a.JPG' PMS 2005_146 Karstomys mystacinus 23 Turčija Antalya, Ciglikara

48,'2005_177a.JPG' PMS 2005_177 Karstomys mystacinus 23 Turčija Antalya, Ciglikara

49,'10344a.JPG' PMS 10344 Karstomys mystacinus 23 Turčija Elazig, Herput, Buzluk

50,'10345a.JPG' PMS 10345 Karstomys mystacinus 23 Turčija Elazig, Herput, Buzluk

51,'10366a.JPG' PMS 10366 Karstomys mystacinus 23 Turčija Icel, Korykos 52,'BMNH_75-276 Sandgah, Keha Lungpa, (4).JPG' BMNH 75-276 Sylvaemus pallipes 13 Nepal NE Dhaulagiri 53,'BMNH_7.12.16 (2).JPG' BMNH 7.12.16.1 Sylvaemus pallipes 13 India Saspul, Ladak 54,'PMS_7099 (5).JPG' PMS 7099 Sylvaemus pallipes 13 Nepal Pisang 55,'PMS_7100 (6).JPG' PMS 7100 Sylvaemus pallipes 13 Nepal Pisang 56,'PMS_7101 (5).JPG' PMS 7101 Sylvaemus pallipes 13 Nepal Pisang 57,'PMS_7102 (6).JPG' PMS 7102 Sylvaemus pallipes 13 Nepal Thorong La 58,'PMS_5341 (7).JPG' PMS 5341 Sylvaemus pallipes 13 Pakistan Čakpo 59,'BMNH_7.2.5 (2).JPG' BMNH 7.2.5.42 Alysomys peniunsulae 14 Russia Sakhalin, Darine 60,'BMNH_6.12.6 (2).JPG' BMNH 6.12.6.45 Alysomys peniunsulae 14 Korea Mingyong, 110mi SE Soeul 61,'Krakow_8111 (2).JPG' Krakow 8111 Alysomys peniunsulae 14 N Korea Mjohingsan

70

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

62,'Krakow_8201 (2).JPG' Krakow 8201 Alysomys peniunsulae 14 N Korea Oniupiong 63,'Novosibirsk- 54680 (11).JPG' Novosibirsk 54680 Alysomys peniunsulae 14 Russia Altaj, Teleckoe Ezero 64,'PMS_21613 (5).JPG' PMS 21613 Alysomys peniunsulae 14 Russia Teleckoe Ezero 65,'PMS_21614 (5).JPG' PMS 21614 Alysomys peniunsulae 14 Russia Teleckoe Ezero 66,'ZIN_96541 (7).JPG' ZIN 96541 Alysomys peniunsulae 14 Russia Amurska oblast

67,'63717a.JPG' NHMW 63717 Sylvaemus ponticus 24

68,'63718a.JPG' NHMW 63718 Sylvaemus ponticus 24

69,'63719b.JPG' NHMW 63719 Sylvaemus ponticus 24

70,'63720a.JPG' NHMW 63720 Sylvaemus ponticus 24

71,'63721a.JPG' NHMW 63721 Sylvaemus ponticus 24 72,'BMNH_14-7- 10-202 (4).JPG' BMNH 14-7-10-202 Sylvaemus rusigeus 15 India Phurkia 73,'BMNH_12-11- 23-34 (4).JPG' BMNH 12-11-23-34 Genus 2 semotus 16 Taiwn Mt. Orizan, C Formosa 74,'SMF_49484 (6).JPG' SMF 49484 Alysomys speciosus 17 Japan Hokkaido, Naganuma 75,'SMF_49485 (6).JPG' SMF 49485 Alysomys speciosus 17 Japan Hokkaido, Naganuma 76,'BMNH_6.1.4 (2).JPG' BMNH 6.1.4.219 Alysomys speciosus 17 Japan Hokkaido, Aoyama 77,'Novosibirsk- Kunašir (2).JPG' Novosibirsk Alysomys speciosus 17 Russia Kunašir 78,'SMF_18217 Hiwa-Machi, Hiba-Gun, (5).JPG' SMF 18217 Alysomys speciosus 17 Japan Hiroshima Pref. 79,'SMF_18218 Hiwa-Machi, Hiba-Gun, (7).JPG' SMF 18218 Alysomys speciosus 17 Japan Hiroshima Pref. T.Hanaoka, Hashibara, 80,'ZFMK_2011- Kawakishi, Suwa, Nagano 896 (4).JPG' ZFMK 2011-896 Alysomys speciosus 17 Japan distr. 81,'ZIN_71467 (7).JPG' ZIN 71467 Alysomys speciosus 17 Russia Kunašir, Lake Lagunoe 82,'PMS_5970 sylvaticus- (7).JPG' PMS 5970 Sylvaemus North 18 Norway Oslo 83,'PMS_5973 sylvaticus- (8).JPG' PMS 5973 Sylvaemus North 18 Norway Oslo 84,'PMS_8156 sylvaticus- (5).JPG' PMS 8156 Sylvaemus South 19 Czech Rep Brno 85,'PMS_9845 sylvaticus- Maiella Mts, 6 km E, 1.5 km (5).JPG' PMS 9845 Sylvaemus South 19 Italy S Caramanico 86,'PMS_9978 sylvaticus- (5).JPG' PMS 9978 Sylvaemus South 19 Spain Asturia 87,'PMS_17907.JP sylvaticus- G' PMS 17907 Sylvaemus South 19 Greece Crete, Askifous, S of Vrysses 88,'PMS_10129 uralensis- (6).JPG' PMS 10129 Sylvaemus East 20 Kirgizija Nookatskyi Aktala 89,'PMS_10142 uralensis- (6).JPG' PMS 10142 Sylvaemus East 20 Kirgizija Nookatskyi Mazarsay 90,'PMS_10146 uralensis- (5).JPG' PMS 10146 Sylvaemus East 20 Kirgizija Nookatskyi Mazarsay 91,'PMS_20337 uralensis- Altai republic, Aktash, (6).JPG' PMS 20337 Sylvaemus East 20 Rusija Ceybekkoly 92,'PMS_11270 uralensis- (6).JPG' PMS 11270 Sylvaemus West 21 Turkey Topcam 93,'PMS_18901 uralensis- (6).JPG' PMS 18901 Sylvaemus West 21 Hungary Gyula, Ujkigos 94,'PMS_21192 uralensis- (5).JPG' PMS 21192 Sylvaemus West 21 Russia Samara, Samarska luka

71

Pavlič, N. Filogenetska analiza rodu belonogih miši, Apodemus z metodo geometrijske morfometrije. Diplomsko delo, Univerza v Mariboru, Fakulteta za naravoslovje in matematiko, Oddelek za biologijo, 2016

95,'PMS_21425 uralensis- (5).JPG' PMS 21425 Sylvaemus West 21 Russia Samara, Samarska luka 96,'PMS_2005-156 (5).JPG' PMS 2005_156 Sylvaemus witherbyi 22 Turkey Ciglikara 97,'PMS_2005-168 (8).JPG' PMS 2005_168 Sylvaemus witherbyi 22 Turkey Ciglikara 98,'PMS_10822 (6).JPG' PMS 10822 Sylvaemus witherbyi 22 Turkey Manisa, 10km NE Bardakci 99,'PMS_10844 (7).JPG' PMS 10844 Sylvaemus witherbyi 22 Turkey Canakkale, Kaz Daglari

72