Quick viewing(Text Mode)

Supplementary Tables Table Name Supplementary Table 4.1

Supplementary Tables Table name

Supplementary Table 4.1 Regression associations between LKB1 loss signature and inhibitors in GDSC study

Supplementary Table 4.2 Regression associations between LKB1 loss signature and inhibitors in CTRP study

Supplementary Table 4.3 Regression associations between LKB1 loss signature and inhibitors in CCLE study Supplementary Table 4.1 Regression associations between LKB1 loss signature and inhibitors in GDSC study Linear regression parameters GDSC Study compound Reported target Observations Estimate (IC50 log2) Std. Error t-value P-Value Trametinib MAP2K1 (MEK1), MAP2K2 (MEK2) 755 -1.65 0.2 -8.08 2.67E-15 17-AAG HSP90 717 -1.18 0.15 -7.66 5.98E-14 RDEA119 (rescreen) MAP2K1 (MEK1), MAP2K2 (MEK2) 745 -1.06 0.14 -7.38 4.40E-13 PD-0325901 MAP2K1 (MEK1), MAP2K2 (MEK2) 708 -1.12 0.15 -7.27 9.61E-13 RDEA119 MAP2K1 (MEK1), MAP2K2 (MEK2) 707 -1.09 0.16 -6.94 8.98E-12 CI-1040 MAP2K1 (MEK1), MAP2K2 (MEK2) 709 -0.53 0.13 -4.09 4.71E-05 BMS-754807 IGF1R 756 -0.5 0.14 -3.44 0.00062 rTRAIL TR10A (DR4), TR10B (DR5) 778 -0.38 0.12 -3.3 0.001 FH535 unknown 757 -0.28 0.1 -2.71 0.0068 OSI-906 IGF1R 756 -0.32 0.13 -2.56 0.011 Afatinib (rescreen) ERBB2, EGFR 773 -0.34 0.13 -2.54 0.011 VX-11e ERK 787 -0.3 0.12 -2.48 0.013 Afatinib ERBB2, EGFR 715 -0.28 0.12 -2.35 0.019 AZD6244 MAP2K1 (MEK1), MAP2K2 (MEK2) 808 -0.3 0.14 -2.22 0.027 Cetuximab EGFR 738 -0.17 0.08 -2.02 0.043 BMS-536924 IGF1R 815 -0.22 0.12 -1.92 0.055 Bryostatin 1 PRKC 756 -0.14 0.07 -1.83 0.067 Erlotinib EGFR 332 -0.32 0.18 -1.76 0.079 716 -0.22 0.13 -1.71 0.088 B Microtubules 760 -0.24 0.16 -1.51 0.13 Lapatinib ERBB2, EGFR 358 -0.23 0.17 -1.4 0.16 AZ628 BRAF 364 -0.37 0.28 -1.36 0.18 DNA crosslinker 761 -0.15 0.13 -1.11 0.27 GW 441756 NTRK1 715 -0.1 0.09 -1.11 0.27 AKT inhibitor VIII AKT1, AKT2, AKT3 767 -0.05 0.09 -0.64 0.52 DNA damage 753 -0.13 0.2 -0.63 0.53 XAV 939 TNKS1 (tankyrase-1) 777 -0.04 0.07 -0.56 0.58 Thapsigargin sarco-endoplasmic reticulum Ca2+-ATPases 747 -0.1 0.17 -0.55 0.58 NVP-TAE684 ALK 370 -0.07 0.23 -0.3 0.76 QS11 ARFGAP 760 -0.03 0.12 -0.22 0.83 SB590885 BRAF 699 -0.02 0.1 -0.18 0.86 HG-5-88-01 EGFR, ADCK4 400 -0.01 0.14 -0.06 0.95 CP724714 ERBB2 787 0 0.08 -0.01 1 Retinioic acid X family agonist 751 0 0.09 0.04 0.97 GSK-650394 SGK3 751 0.02 0.14 0.11 0.91 AS601245 JNK 757 0.03 0.1 0.29 0.77 Gefitinib EGFR 712 0.03 0.09 0.3 0.76 LY317615 PRKCB (PKCbeta) 784 0.05 0.14 0.32 0.75 Embelin XIAP 761 0.03 0.09 0.32 0.75 Dabrafenib BRAF 736 0.06 0.17 0.36 0.72 DNA synthesis 712 0.05 0.14 0.36 0.72 DNA intercalating 760 0.05 0.14 0.36 0.72 BIRB 0796 p38, JNK2 707 0.04 0.08 0.48 0.63 Microtubules 770 0.07 0.14 0.49 0.62 CCT007093 PPM1D 781 0.03 0.06 0.53 0.6 Bleomycin (50 uM) DNA damage 793 0.12 0.17 0.68 0.5 JQ12 HDAC 766 0.11 0.14 0.77 0.44 Farnesyl-transferase (FNTA) 759 0.11 0.14 0.82 0.41 GSK-1904529A IGF1R 760 0.05 0.06 0.83 0.41 DNA replication 755 0.2 0.23 0.87 0.38 JNK-9L JNK 769 0.08 0.09 0.91 0.36 PF-4708671 RPS6KB1 (p70S6KA) 772 0.08 0.08 1.03 0.3 GDC0941 (rescreen) PI3K 752 0.12 0.11 1.11 0.27 AZD-0530 SRC, ABL1 371 0.2 0.17 1.16 0.25 Elesclomol HSP70 717 0.19 0.16 1.16 0.25 CCT018159 HSP90 764 0.11 0.09 1.18 0.24 KIN001-055 JAK3, MNK1 787 0.11 0.09 1.22 0.22 PLX4720 BRAF 715 0.14 0.12 1.23 0.22 PLX4720 (rescreen) BRAF 776 0.13 0.1 1.3 0.19 AUY922 HSP90 753 0.18 0.14 1.36 0.18 Supplementary Table 4.1 Regression associations between LKB1 loss signature and inhibitors in GDSC study RO-3306 CDK1 717 0.12 0.09 1.37 0.17 SB 216763 GSK3A, GSK3B 645 0.12 0.09 1.39 0.16 JW-7-52-1 MTOR 352 0.39 0.28 1.39 0.16 Pyrimethamine Dihydrofolate reductase (DHFR) 363 0.33 0.22 1.49 0.14 Dasatinib ABL, SRC, KIT, PDGFR 362 0.53 0.36 1.5 0.14 HG-5-113-01 LOK, LTK, TRCB, ABL(T315I) 400 0.16 0.11 1.5 0.13 TGX221 PI3Kbeta 362 0.26 0.17 1.51 0.13 PHA-665752 MET 371 0.21 0.14 1.54 0.12 MK-2206 AKT1, AKT2 693 0.2 0.13 1.6 0.11 Sorafenib PDGFRA, PDGFRB, KDR, KIT, FLT3 365 0.32 0.2 1.62 0.11 A-770041 SRC family 365 0.43 0.26 1.69 0.092 EHT 1864 Rac GTPases 784 0.13 0.08 1.7 0.09 Proteasome 362 0.41 0.23 1.74 0.082 AS605240 PI3Kgamma 782 0.25 0.14 1.75 0.08 TW 37 BCL2, BCL2L1 781 0.18 0.1 1.78 0.075 MG-132 Proteasome 363 0.39 0.22 1.8 0.073 BMN-673 PARP1 774 0.29 0.16 1.8 0.072 (5Z)-7-Oxozeaenol MAP3K7 (TAK1) 775 0.22 0.12 1.83 0.067 MLN4924 NEDD8-activating enzyme 610 0.28 0.15 1.84 0.066 AMG-706 VEGFR, RET, c-KIT, PDGFR 717 0.15 0.08 1.89 0.06 WH-4-023 SRC family, ABL 362 0.6 0.31 1.93 0.055 BMS-509744 ITK 365 0.3 0.16 1.94 0.053 Microtubules 365 0.54 0.28 1.94 0.053 PF-562271 FAK 754 0.18 0.09 2.01 0.044 Bicalutamide ANDR (androgen receptor) 823 0.15 0.07 2.09 0.037 A-443654 AKT1, AKT2, AKT3 364 0.43 0.2 2.11 0.035 Roscovitine CDKs 358 0.31 0.15 2.13 0.034 GDC0941 PI3K (class 1) 708 0.29 0.13 2.15 0.032 WZ-1-84 BMX 364 0.33 0.15 2.16 0.031 PD-0332991 CDK4, CDK6 693 0.32 0.14 2.23 0.026 GW843682X PLK1 365 0.59 0.26 2.24 0.026 FR-180204 ERK 787 0.17 0.07 2.28 0.023 NSC-87877 PTPN6 (SHP-1), PTPN11 (SHP-2) 766 0.17 0.07 2.29 0.022 XMD11-85h BRSK2, FLT4, MARK4, PRKCD, RET, SPRK1 399 0.23 0.1 2.29 0.022 S-Trityl-L-cysteine KIF11 363 0.52 0.22 2.33 0.02 YK 4-279 RNA helicase A 676 0.28 0.12 2.36 0.019 KIN001-135 IKKE 364 0.22 0.09 2.36 0.019 BI-2536 PLK1, PLK2, PLK3 364 0.55 0.23 2.37 0.019 JNK Inhibitor VIII JNK 715 0.16 0.07 2.38 0.018 MS-275 HDAC 362 0.54 0.22 2.42 0.016 OSU-03012 PDPK1 (PDK1) 759 0.26 0.11 2.43 0.015 Phenformin AAPK1 (AMPK) agonist 779 0.39 0.16 2.48 0.013 Salubrinal GADD34-PP1C 360 0.4 0.16 2.53 0.012 Obatoclax Mesylate BCL2, BCL2L1, MCL1 754 0.37 0.15 2.54 0.011 MP470 PDGFR 782 0.33 0.13 2.54 0.011 NU-7441 PRKDC (DNAPK) 713 0.21 0.08 2.6 0.0096 Nutlin-3a MDM2 717 0.31 0.12 2.61 0.0093 VX-680 AURKA, AURKB, AURKC, FLT3, ABL1, JAK2 359 0.77 0.29 2.66 0.0081 FTI-277 Farnesyl transferase (FNTA) 769 0.17 0.06 2.71 0.0069 CEP-701 FLT3, JAK2, NTRK1, RET 715 0.36 0.13 2.75 0.0062 AG-014699 PARP1, PARP2 782 0.23 0.08 2.75 0.006 Midostaurin KIT 770 0.3 0.11 2.78 0.0055 DMOG Prolyl-4-Hydroxylase 767 0.34 0.12 2.8 0.0053 Bosutinib SRC, ABL, TEC 717 0.33 0.12 2.84 0.0047 CGP-60474 CDK1,CDK2,CDK5,CDK7,CDK9 364 0.52 0.18 2.87 0.0044 QL-VIII-58 MTOR, ATR 401 0.42 0.15 2.87 0.0043 TOP2 770 0.48 0.17 2.87 0.0042 MPS-1-IN-1 MPS1 785 0.33 0.12 2.88 0.0041 SB52334 ALK5 786 0.31 0.11 2.9 0.0038 BAY 61-3606 SYK 757 0.37 0.13 2.91 0.0037 DNA crosslinker 716 0.31 0.1 2.95 0.0033 EKB-569 EGFR 786 0.42 0.14 2.96 0.0032 Supplementary Table 4.1 Regression associations between LKB1 loss signature and inhibitors in GDSC study JQ1 BRD4 828 0.39 0.13 2.98 0.0029 GNF-2 ABL [T315I] 362 0.38 0.13 2.99 0.0029 Sunitinib PDGFRA, PDGFRB, KDR, KIT, FLT3 364 0.74 0.24 3.03 0.0027 Pazopanib VEGFR, PDGFRA, PDGFRB, KIT 757 0.35 0.11 3.11 0.002 Parthenolide NFKB1 364 0.56 0.18 3.19 0.0015 Imatinib ABL, KIT, PDGFR 371 0.49 0.15 3.2 0.0015 JNJ-26854165 MDM2 779 0.27 0.08 3.21 0.0014 ZM-447439 AURKB 685 0.38 0.12 3.23 0.0013 AZD7762 CHEK1, CHEK2 716 0.43 0.13 3.23 0.0013 LAQ824 HDAC 761 0.33 0.1 3.27 0.0011 Crizotinib MET, ALK 370 0.55 0.17 3.27 0.0012 ABT-888 PARP1, PARP2 716 0.21 0.06 3.29 0.001 LFM-A13 BTK 759 0.21 0.06 3.31 0.00097 PAC-1 CASP3 agonist 750 0.35 0.11 3.32 0.00095 KU-55933 ATM 715 0.29 0.09 3.34 0.0009 Rapamycin MTOR 332 1.03 0.31 3.34 0.00093 NVP-BHG712 EPHB4 787 0.47 0.14 3.35 0.00084 KIN001-266 MAP3K8 (COT) 787 0.33 0.09 3.51 0.00047 GW-2580 CSF1R (cFMS) 787 0.21 0.06 3.56 0.0004 ATRA Retinoic acid and X receptor agonist 707 0.41 0.12 3.57 0.00038 YM155 BIRC5 (Survivin) 762 0.75 0.2 3.66 0.00027 XMD8-92 MAP2K5 (ERK5) 400 0.42 0.11 3.75 0.0002 IOX2 EGLN1 787 0.23 0.06 3.8 0.00015 THZ-2-49 CDK9 785 0.73 0.19 3.83 0.00014 CMK RSK 364 0.67 0.17 3.84 0.00015 NVP-BEZ235 PI3K (Class 1) and MTORC1/2 709 0.41 0.11 3.84 0.00013 YM201636 FYV1 787 0.41 0.11 3.87 0.00012 ABT-869 VEGFR and PDGFR family 787 0.33 0.08 3.92 9.60E-05 PARP1, PARP2 807 0.34 0.09 3.95 8.67E-05 FMK RSK 702 0.28 0.07 3.95 8.44E-05 5- DNA 783 0.59 0.15 3.96 8.15E-05 XL-880 MET 784 0.47 0.12 3.97 7.86E-05 Z-LLNle-CHO g-secretase 364 0.72 0.18 3.98 8.32E-05 XMD8-85 MAP2K5 (ERK5) 359 0.68 0.17 4 7.71E-05 CGP-082996 CDK4 364 0.65 0.16 4.12 4.64E-05 KIN001-102 AKT1 785 0.53 0.13 4.14 3.92E-05 BMS-345541 IKBKB 786 0.42 0.1 4.16 3.58E-05 Axitinib PDGFR, KIT, VEGFR 715 0.49 0.12 4.19 3.13E-05 Shikonin unknown 767 0.47 0.11 4.2 3.02E-05 BMS-708163 g-secretase 830 0.27 0.06 4.2 2.94E-05 PFI-1 BRD2, BRD3, BRD4 790 0.38 0.09 4.2 2.92E-05 QL-XII-61 BTK 378 0.58 0.14 4.22 3.03E-05 SNX-2112 HSP90 780 0.77 0.18 4.24 2.49E-05 AZD8055 MTORC1/2 709 0.42 0.1 4.28 2.14E-05 Nilotinib ABL 687 0.54 0.13 4.31 1.89E-05 CHIR-99021 GSK3B 828 0.36 0.08 4.31 1.82E-05 Microtubules 716 0.56 0.13 4.31 1.85E-05 SL 0101-1 RSK, AURKB, PIM3 706 0.28 0.07 4.31 1.85E-05 SGC0946 Q8TEK3 (DOT1L) 768 0.21 0.05 4.35 1.53E-05 GSK269962A ROCK1, ROCK2 818 0.52 0.12 4.37 1.40E-05 Lenalidomide TNFA 717 0.31 0.07 4.44 1.05E-05 AC220 FLT3 786 0.41 0.09 4.49 8.29E-06 VX-702 p38 713 0.34 0.07 4.58 5.54E-06 Cyclopamine SMO 358 0.64 0.14 4.66 4.55E-06 piperlongumine Increases ROS levels 786 0.37 0.08 4.68 3.43E-06 TOP1 715 0.72 0.15 4.68 3.43E-06 CH5424802 ALK 784 0.44 0.09 4.72 2.79E-06 PXD101, #N/A 765 0.76 0.16 4.73 2.66E-06 BX-795 TBK1, PDPK1, IKK, AURKB, AURKC 716 0.53 0.11 4.74 2.58E-06 AT-7519 CDK9 783 0.8 0.17 4.79 1.97E-06 TAK-715 p38a 787 0.47 0.1 4.8 1.90E-06 AZD6482 PI3Kbeta 826 0.52 0.11 4.8 1.87E-06 Supplementary Table 4.1 Regression associations between LKB1 loss signature and inhibitors in GDSC study HG-6-64-1 BRAFV600E, TAK, MAP4K5 765 0.67 0.14 4.81 1.86E-06 SN-38 TOP1 788 0.67 0.14 4.82 1.75E-06 ZG-10 IRAK1 400 0.61 0.12 4.87 1.64E-06 UNC1215 LMBL3 769 0.23 0.05 4.94 9.47E-07 Temsirolimus MTOR 706 0.71 0.14 5.01 6.77E-07 XL-184 VEGFR, MET, RET, KIT, FLT1, FLT3, FLT4, Tie2,AXL 787 0.56 0.11 5.03 6.07E-07 AR-42 HDAC 778 0.72 0.14 5.04 5.79E-07 EX-527 SIRT1 784 0.28 0.06 5.06 5.23E-07 Vismodegib SMO 716 0.38 0.07 5.14 3.53E-07 Dihydrofolate reductase (DHFR) 715 0.8 0.15 5.24 2.12E-07 Tamoxifen ER 786 0.34 0.06 5.29 1.57E-07 SB-505124 TGFR1 (ALK5) 786 0.4 0.08 5.32 1.36E-07 WZ3105 CLK2, CNSK1E, FLT3, ULK1 787 0.75 0.14 5.33 1.28E-07 TL-2-105 CRAF 787 0.59 0.11 5.34 1.20E-07 QL-XII-47 BTK, BMX 784 0.8 0.15 5.34 1.19E-07 ZSTK474 PI3K 785 0.75 0.14 5.35 1.17E-07 Ruxolitinib JAK1, JAK2, TYK2 785 0.42 0.08 5.4 8.76E-08 PD-173074 FGFR1, FGFR3 716 0.51 0.09 5.47 6.22E-08 KIN001-244 PDPK1 (PDK1) 787 0.59 0.11 5.56 3.75E-08 NSC-207895 MDM4 781 0.68 0.12 5.63 2.54E-08 AP-24534 ABL 769 0.77 0.14 5.67 2.01E-08 TPCA-1 IKK 787 0.79 0.14 5.72 1.53E-08 HDAC inhibitor Class I, IIa, IIb, IV 717 0.57 0.1 5.73 1.46E-08 VNLG/124 HDAC, RAR 784 0.48 0.08 5.75 1.27E-08 PHA-793887 CDK-pan 787 0.98 0.17 5.78 1.09E-08 CUDC-101 HDAC, EGFR 771 0.86 0.15 5.88 6.14E-09 SB-715992 KIF11 785 0.87 0.15 5.94 4.31E-09 UNC0638 G9a(EHMT2), GLP(EHMT1) 827 0.7 0.12 5.94 4.09E-09 Y-39983 ROCK 787 0.68 0.11 5.96 3.76E-09 ABT-263 BCL2, BCL2L1, BCL2L2 716 1.03 0.17 6.14 1.37E-09 CX-5461 RNA Pol I 785 1.03 0.17 6.17 1.11E-09 Masitinib KIT 786 0.67 0.11 6.23 7.77E-10 OSI-930 KIT, VEGFR, PDGFR 786 0.55 0.09 6.25 6.69E-10 T0901317 LXR 780 0.54 0.09 6.28 5.47E-10 DNA akylating agent 768 0.42 0.07 6.29 5.20E-10 GSK2126458 PI3K, MTOR 787 0.93 0.15 6.31 4.53E-10 NPK76-II-72-1 PLK3 787 0.9 0.14 6.34 3.83E-10 AICAR AAPK1 (AMPK) agonist 707 0.71 0.11 6.35 3.84E-10 FK866 NAMPT 762 1.61 0.25 6.37 3.31E-10 IPA-3 PAK1, PAK2, PAK3 759 0.85 0.13 6.38 3.09E-10 KIN001-260 IKK 786 0.64 0.1 6.42 2.29E-10 CAY10603 HDAC6 782 0.92 0.14 6.43 2.27E-10 THZ-2-102-1 CDK7 775 1.41 0.21 6.64 6.07E-11 NG-25 MAP3K7 (TAK1) 787 0.96 0.14 6.77 2.45E-11 GSK429286A ROCK2 786 0.67 0.1 6.79 2.15E-11 I-BET 151 #N/A 785 0.97 0.14 6.82 1.76E-11 TL-1-85 MAP3K7 (TAK1) 787 0.94 0.14 6.89 1.12E-11 KIN001-236 TIE2 787 0.57 0.08 6.9 1.05E-11 XMD14-99 EPHB3, CAMK1 787 0.58 0.08 6.92 9.49E-12 CP466722 ATM 786 0.79 0.11 6.92 9.36E-12 Genentech Cpd 10 AURKA, AURKB 787 1.01 0.15 6.95 7.64E-12 GSK1070916 AURKB 765 1.31 0.18 7.2 1.46E-12 STF-62247 stimulates autophagy 785 0.58 0.08 7.24 1.09E-12 PIK-93 PI4K, PI3K 787 1.02 0.14 7.27 8.58E-13 XMD15-27 CAMK2B, CLK2, DYRK1A, MAST1, STK39 787 0.52 0.07 7.29 7.37E-13 TG101348 JAK2 787 0.93 0.13 7.32 5.96E-13 GSK690693 AKT 785 1.06 0.14 7.34 5.51E-13 Zibotentan, ZD4054 #N/A 787 0.35 0.05 7.38 4.18E-13 BIX02189 MAP2K5 (MEK5) 787 0.75 0.1 7.48 1.96E-13 OSI-027 MTORC1/2 782 1.4 0.19 7.52 1.46E-13 Tubastatin A HDAC6 784 0.83 0.11 7.53 1.44E-13 CAL-101 PI3Kdelta 787 0.81 0.11 7.67 5.26E-14 Supplementary Table 4.1 Regression associations between LKB1 loss signature and inhibitors in GDSC study AV-951 VEGFR 786 0.5 0.06 7.73 3.37E-14 QL-XI-92 DDR1 787 0.86 0.1 8.21 9.21E-16 PI-103 PI3Ka, PRKDC (DNAPK) 779 1.59 0.19 8.27 5.68E-16 JW-7-24-1 LCK 787 1.02 0.12 8.34 3.27E-16 XMD13-2 RIPK 786 0.92 0.11 8.65 2.91E-17 QL-X-138 MNK2, PRKDC (DNAPK), MTOR, BTK, JAK3 776 1.18 0.14 8.68 2.37E-17 BX-912 PDPK1 (PDK1) 785 1.32 0.15 8.84 6.07E-18 KIN001-270 CDK9 787 0.65 0.07 8.88 4.57E-18 Supplementary Table 4.2 Regression associations between LKB1 loss signature and inhibitors in CTRP study

Linear regression parameters CTRP Study compound Reported target Observations Estimate (IC50 log2) Std. Error t-value P-Value PD318088 MAP2K1;MAP2K2 632 -1.15 0.21 -5.49 5.79E-08 selumetinib MAP2K1;MAP2K2 615 -1.15 0.22 -5.24 2.24E-07 austocystin D 559 -1.22 0.28 -4.4 1.30E-05 trametinib MAP2K1;MAP2K2 303 -1.86 0.44 -4.24 3.01E-05 MI-2 MEN1 299 -0.44 0.12 -3.57 0.00042 VAF-347 AHR 394 -0.34 0.11 -2.98 0.003 erlotinib EGFR;ERBB2 621 -0.45 0.16 -2.86 0.0044 GW-405833 CNR2 616 -0.19 0.07 -2.8 0.005 GDC-0879 BRAF 613 -0.38 0.14 -2.8 0.005 fluorouracil TYMS 623 -0.34 0.12 -2.73 0.006 valdecoxib PTGS2 598 -0.24 0.09 -2.67 0.008 lapatinib EGFR;ERBB2 585 -0.4 0.16 -2.6 0.01

BRD-K24690302 HDAC1 618 -0.24 0.09 -2.54 0.011 necrostatin-7 622 -0.22 0.09 -2.52 0.012 RO4929097 APH1A;NCSTN;PSEN1;PSENEN 296 -0.26 0.11 -2.38 0.018 linsitinib IGF1R;INSR 616 -0.28 0.12 -2.37 0.018 compound 1B 602 -0.42 0.18 -2.35 0.019 PD 153035 EGFR 436 -0.33 0.14 -2.33 0.02 BMS-754807 IGF1R 625 -0.38 0.16 -2.31 0.021 SCH-79797 F2R 628 -0.3 0.13 -2.3 0.022 trifluoperazine DRD2 584 -0.14 0.06 -2.29 0.022 hyperforin TRPC6 602 -0.31 0.14 -2.26 0.024 KHS101 TACC3 595 -0.19 0.09 -2.18 0.03 SR8278 NR1D1 65 -0.71 0.33 -2.16 0.035 erismodegib 610 -0.17 0.08 -2.12 0.034 neuronal differentiation inducer III 622 -0.23 0.11 -2.01 0.045 tanespimycin HSP90AA1 623 -0.41 0.21 -2 0.046 linifanib FLT1;FLT3;KDR 626 -0.2 0.1 -1.9 0.058 BRD-K85133207 HDAC1 615 -0.16 0.08 -1.89 0.059 BRD-K45681478 606 -0.23 0.12 -1.88 0.06 BRD-K71781559 592 -0.18 0.1 -1.86 0.064 BMS-536924 IGF1R;INSR 607 -0.24 0.13 -1.85 0.065 QS-11 ARFGAP1 182 -0.37 0.2 -1.85 0.066 gefitinib AKT1;EGFR 614 -0.32 0.17 -1.85 0.065 SZ4TA2 BCL2L1 302 -0.18 0.1 -1.79 0.074 GSK4112 NR1D1 624 -0.12 0.07 -1.79 0.074 brefeldin A ARF1 605 -0.37 0.21 -1.74 0.082 dabrafenib BRAF 303 -0.52 0.31 -1.72 0.087 318 -0.17 0.1 -1.63 0.1 COL-3 444 -0.2 0.12 -1.63 0.1 Supplementary Table 4.2 Regression associations between LKB1 loss signature and inhibitors in CTRP study

MLN2480 ARAF;BRAF;RAF1 302 -0.25 0.15 -1.62 0.11 dinaciclib CDK1;CDK2;CDK5;CDK9 304 -0.68 0.42 -1.62 0.11 CDK1;CDK2;CDK4;CDK6 300 -0.48 0.3 -1.62 0.11 PDMP UGCG 595 -0.1 0.07 -1.56 0.12 HDAC1;HDAC2;HDAC3;HDAC6;HDAC8 616 -0.21 0.14 -1.55 0.12 BRD-K34099515 175 -0.31 0.21 -1.51 0.13 StemRegenin 1 AHR 614 -0.1 0.07 -1.5 0.13 afatinib EGFR;ERBB2 571 -0.3 0.2 -1.45 0.15 marinopyrrole A MCL1 398 -0.17 0.12 -1.4 0.16 BMS-345541 IKBKB 604 -0.1 0.08 -1.34 0.18 SB-525334 TGFBR1 617 -0.14 0.1 -1.34 0.18 CBB-1007 KDM1A 302 -0.12 0.09 -1.33 0.19 BRD1835 EZH2 611 -0.11 0.09 -1.27 0.2 RITA MDM2;TP53 610 -0.29 0.23 -1.27 0.2

BRD-K41597374 619 -0.08 0.06 -1.24 0.22 NVP-TAE684 ALK 609 -0.18 0.15 -1.23 0.22 BRD-K63431240 625 -0.17 0.14 -1.21 0.23 tacedinaline HDAC1;HDAC2;HDAC3;HDAC6;HDAC8 430 -0.13 0.11 -1.19 0.23 lomeguatrib MGMT 625 -0.07 0.06 -1.18 0.24 fulvestrant ESR1;GPER1 166 -0.21 0.18 -1.17 0.24 JW-480 NCEH1 614 -0.08 0.07 -1.16 0.25 belinostat HDAC1;HDAC2;HDAC3;HDAC6;HDAC8 303 -0.24 0.21 -1.14 0.25 spautin-1 USP10;USP13 614 -0.13 0.12 -1.11 0.27 ML006 S1PR3 612 -0.1 0.09 -1.11 0.27 MK-0752 APH1A;NCSTN;PSEN1;PSENEN 614 -0.08 0.07 -1.1 0.27 SR1001 RORA;RORC 613 -0.08 0.07 -1.07 0.28 BRD-K51831558 EZH2 300 -0.1 0.1 -1.07 0.29 BRD-K29313308 HDAC3 609 -0.11 0.1 -1.06 0.29 NVP-ADW742 IGF1R 604 -0.13 0.12 -1.04 0.3 VER-155008 HSPA1A;HSPA1B;HSPA1L 623 -0.09 0.09 -1.04 0.3 etomoxir CPT1A 619 -0.07 0.06 -1.03 0.3 WAY-362450 NR1H4 626 -0.08 0.07 -1.02 0.31 TPCA-1 IKBKB 621 -0.12 0.12 -1 0.32 Mdivi-1 DNM1 616 -0.08 0.09 -0.96 0.34 BRD-K80183349 HDAC1;HDAC2 615 -0.09 0.09 -0.95 0.34 ML203 PKM 614 -0.09 0.1 -0.93 0.35 BRD-K99006945 303 -0.28 0.3 -0.92 0.36 SR-II-138A EIF4A2;EIF4E;EIF4G1 631 -0.18 0.2 -0.92 0.36 crizotinib ALK;MET 614 -0.1 0.11 -0.88 0.38 BRD-K09587429 551 -0.06 0.06 -0.88 0.38 skepinone-L MAPK14 301 -0.11 0.13 -0.85 0.39 istradefylline ADORA2A 295 -0.08 0.09 -0.83 0.4 Supplementary Table 4.2 Regression associations between LKB1 loss signature and inhibitors in CTRP study

BRD-A86708339 297 -0.21 0.26 -0.81 0.42 nutlin-3 MDM2 608 -0.09 0.11 -0.81 0.42 MI-1 MEN1 559 -0.05 0.07 -0.79 0.43 myriocin SPTLC1;SPTLC2;SPTLC3 166 -0.19 0.25 -0.78 0.43 vorinostat HDAC1;HDAC2;HDAC3;HDAC6;HDAC8 599 -0.09 0.11 -0.78 0.44 prochlorperazine DRD2 610 -0.06 0.08 -0.78 0.44 BIBR-1532 TERT 623 -0.07 0.09 -0.76 0.45 CR-1-31B EIF4A2;EIF4E;EIF4G1 614 -0.17 0.23 -0.75 0.45 Compound 23 citrate 603 -0.07 0.09 -0.75 0.45 KH-CB19 CLK1;CLK4 423 -0.07 0.1 -0.74 0.46 O-6-benzylguanine MGMT 296 -0.08 0.1 -0.74 0.46 CAY10594 PLD2 607 -0.05 0.07 -0.7 0.48 PAC-1 CASP3 589 -0.06 0.09 -0.7 0.49 cimetidine HRH2 184 -0.09 0.13 -0.69 0.49

BMS-195614 RARA;RARB;RARG 620 -0.05 0.08 -0.69 0.49 FSC231 PICK1 182 -0.09 0.12 -0.69 0.49 ML029 591 -0.04 0.06 -0.68 0.5 bardoxolone methyl 546 -0.08 0.13 -0.66 0.51 HC-067047 TRPV4 598 -0.05 0.08 -0.66 0.51 SCH-529074 TP53 576 -0.05 0.08 -0.64 0.52 ML258 BCL2L10 621 -0.05 0.08 -0.64 0.53 BRD-K11533227 HDAC1;HDAC2 579 -0.08 0.13 -0.63 0.53 BRD-K16147474 559 -0.04 0.06 -0.61 0.54 PF-543 SPHK1 616 -0.04 0.07 -0.59 0.55 BRD-A02303741 DOT1L 577 -0.06 0.1 -0.58 0.56 PF-573228 PTK2 621 -0.06 0.1 -0.58 0.56 ML083 PKM 611 -0.05 0.08 -0.58 0.56 588 -0.07 0.12 -0.57 0.57 Bax channel blocker BAX 556 -0.04 0.08 -0.57 0.57 C6-ceramide MAPK1;PPP2CA;UGCG 627 -0.05 0.09 -0.55 0.58 neratinib EGFR;ERBB2 622 -0.11 0.2 -0.55 0.58 AZ-3146 TTK 603 -0.07 0.13 -0.55 0.58 sildenafil PDE5A 608 -0.05 0.09 -0.55 0.59 gossypol BCL2;BCL2L1;LDHA;LDHB;LDHC 602 -0.05 0.09 -0.53 0.59 brivanib FLT1;KDR 611 -0.06 0.11 -0.53 0.59 semagacestat APH1A;NCSTN;PSEN1;PSENEN 627 -0.05 0.09 -0.53 0.6 BRD-K37390332 597 -0.04 0.08 -0.51 0.61 BRD-K97651142 600 -0.12 0.24 -0.5 0.62 oligomycin A ATP5L2 609 -0.18 0.36 -0.5 0.62 methotrexate DHFR 588 -0.15 0.3 -0.5 0.62 SB-743921 KIF11 623 -0.16 0.32 -0.5 0.62 BRD-K34485477 180 -0.08 0.16 -0.47 0.64 Supplementary Table 4.2 Regression associations between LKB1 loss signature and inhibitors in CTRP study

SB-431542 TGFBR1 615 -0.04 0.08 -0.47 0.64 BRD-K09344309 138 -0.11 0.23 -0.46 0.65 BRD-K96431673 182 -0.06 0.14 -0.41 0.68 BRD-K28456706 HNF4A 605 -0.04 0.11 -0.4 0.69 TW-37 BCL2;BCL2L1 602 -0.05 0.13 -0.4 0.69 NSC30930 SRD5A2 623 -0.03 0.08 -0.36 0.72 AZD8055 MTOR 627 -0.07 0.2 -0.36 0.72 BRD-K27986637 182 -0.05 0.14 -0.35 0.73 BRD-K78574327 180 -0.05 0.13 -0.34 0.73 KU-0063794 MTOR 617 -0.05 0.13 -0.34 0.73 KU-55933 ATM 612 -0.02 0.08 -0.33 0.74 ETP-46464 ATM;ATR 430 -0.06 0.17 -0.33 0.74 AZD7545 PDK2 615 -0.04 0.12 -0.32 0.75 PF-750 FAAH 573 -0.03 0.11 -0.32 0.75

CI-976 ACAT1 602 -0.03 0.11 -0.31 0.76 BRD-K61166597 596 -0.05 0.17 -0.31 0.76 CIL55 265 -0.04 0.15 -0.3 0.76 BRD-K17060750 619 -0.03 0.09 -0.3 0.77 sotrastaurin PRKCB 427 -0.03 0.09 -0.28 0.78 WZ4002 EGFR 432 -0.03 0.13 -0.27 0.78 JW-55 TNKS 142 -0.05 0.2 -0.27 0.79 ibrutinib BTK 435 -0.06 0.23 -0.26 0.8 BRD-K04800985 618 -0.02 0.07 -0.25 0.8 BRD-K42260513 EZH2 296 -0.03 0.14 -0.25 0.8 BRD-A94377914 HDAC1;HDAC2;HDAC3;HDAC6;HDAC8 322 -0.03 0.13 -0.25 0.8 ciclopirox RRM1 623 -0.03 0.11 -0.24 0.81 LBH-589 HDAC1;HDAC2;HDAC3;HDAC6;HDAC8 622 -0.04 0.19 -0.2 0.84 tosedostat ANPEP;LAP3;NPEPPS 591 -0.03 0.13 -0.2 0.84 DNMT1 604 -0.02 0.09 -0.2 0.84 necrostatin-1 RIPK1 608 -0.02 0.08 -0.19 0.85 pyrazolanthrone MAPK10;MAPK8;MAPK9 630 -0.01 0.08 -0.19 0.85 palmostatin B LYPLA1 425 -0.02 0.11 -0.19 0.85 bafilomycin A1 ATP6V0A1 65 -0.11 0.58 -0.19 0.85 BRD-K88742110 HDAC8 614 -0.02 0.1 -0.18 0.86 abiraterone CYP17A1 133 -0.03 0.18 -0.16 0.88 birinapant DIABLO;XIAP 621 -0.03 0.22 -0.13 0.89 ciclosporin PPID 600 -0.02 0.12 -0.13 0.9 322 -0.01 0.11 -0.13 0.9 BYL-719 PIK3CA 432 -0.02 0.18 -0.12 0.9 BRD-K30748066 CDK9 62 -0.08 0.68 -0.12 0.9 627 -0.03 0.24 -0.12 0.91 pitstop2 CLTA;CLTB;CLTC;CLTCL1 423 -0.01 0.11 -0.1 0.92 Supplementary Table 4.2 Regression associations between LKB1 loss signature and inhibitors in CTRP study

vandetanib EGFR;KDR 606 -0.01 0.13 -0.1 0.92 968 181 -0.01 0.15 -0.08 0.93 SNS-032 CDK16;CDK17;CDK2;CDK7;CDK9;CDKL5 585 -0.02 0.2 -0.08 0.94 BRD-K96970199 179 -0.01 0.14 -0.08 0.94 FGIN-1-27 TSPO 178 -0.01 0.14 -0.07 0.94 L-685458 APH1A;NCSTN;PSEN1;PSENEN 628 -0.01 0.09 -0.06 0.95 GW-843682X PLK1;PLK3 594 -0.01 0.17 -0.06 0.95 BRD-K90370028 302 0 0.09 -0.04 0.97 gemcitabine CMPK1;RRM1;TYMS 558 -0.01 0.31 -0.03 0.97 vorapaxar F2R 616 0 0.08 0.01 0.99 SJ-172550 MDM2;TP53 613 0 0.07 0.01 0.99 VU0155056 PLD1;PLD2 614 0 0.08 0.01 0.99 blebbistatin MYH1;MYH2 175 0 0.15 0.02 0.98 ABT-199 BCL2 386 0.01 0.19 0.04 0.97

BRD-K02492147 542 0 0.07 0.04 0.97 BRD-A05715709 IDH1 288 0.01 0.1 0.05 0.96 BRD8958 EP300 598 0.01 0.11 0.06 0.95 KU-60019 ATM 623 0.01 0.09 0.07 0.95 GSK-J4 KDM6A;KDM6B 66 0.04 0.55 0.07 0.94 BRD9876 607 0.01 0.15 0.07 0.94 dexamethasone NR3C1 605 0.01 0.14 0.09 0.93 KU 0060648 PRKDC 620 0.01 0.12 0.09 0.93 myricetin 612 0.01 0.09 0.1 0.92 BRD-K52037352 547 0.01 0.08 0.1 0.92 BRD-K02251932 592 0.01 0.09 0.11 0.91 Merck60 HDAC1;HDAC2 620 0.01 0.13 0.11 0.91 bexarotene RXRA;RXRB;RXRG 608 0.01 0.11 0.11 0.91 phloretin SLC5A1 612 0.01 0.08 0.12 0.91 betulinic acid 604 0.01 0.12 0.12 0.9 PLX-4720 BRAF 616 0.02 0.11 0.14 0.89 POLA1 585 0.01 0.1 0.14 0.89 CAY10576 IKBKE 585 0.01 0.09 0.15 0.88 NSC 74859 STAT3 600 0.01 0.1 0.15 0.88 CD-437 RARG 616 0.02 0.14 0.16 0.88 AGK-2 SIRT2 618 0.01 0.09 0.16 0.88 PYR-41 UBA1 597 0.01 0.06 0.17 0.87 BRD-K86535717 182 0.03 0.16 0.18 0.86 Ko-143 ABCG2 619 0.02 0.08 0.19 0.85 N9-isopropylolomoucine CCNB1;CDK1;CDK5;CDK5R1 598 0.02 0.09 0.22 0.82 PF-3758309 PAK4 303 0.08 0.33 0.23 0.82 BI-2536 PLK1 624 0.07 0.27 0.24 0.81 BCL-LZH-4 303 0.02 0.08 0.24 0.81 Supplementary Table 4.2 Regression associations between LKB1 loss signature and inhibitors in CTRP study

BRD-K33514849 66 0.08 0.32 0.24 0.81 mitomycin 618 0.05 0.21 0.26 0.8 bosutinib ABL1;SRC 606 0.03 0.12 0.26 0.8 HBX-41108 USP7 436 0.04 0.14 0.26 0.79 EX-527 SIRT1 602 0.03 0.11 0.27 0.78 isoliquiritigenin 173 0.04 0.13 0.28 0.78 UNC0321 EHMT2 625 0.02 0.06 0.28 0.78 BRD-K14844214 600 0.02 0.09 0.28 0.78 apicidin HDAC1;HDAC2;HDAC3;HDAC6;HDAC8 631 0.04 0.15 0.29 0.77 BRD-K13999467 609 0.02 0.07 0.3 0.77 nakiterpiosin 615 0.05 0.15 0.3 0.76 SU11274 MET 616 0.04 0.12 0.3 0.76 zebularine DNMT1 623 0.03 0.1 0.31 0.76 docetaxel 282 0.15 0.48 0.32 0.75

tivantinib MET 301 0.07 0.21 0.32 0.75 ML312 SCARB1 177 0.05 0.17 0.32 0.75 BRD-K51490254 HDAC6;HDAC8 600 0.03 0.1 0.33 0.74 tigecycline 320 0.05 0.16 0.34 0.73 LY-2157299 TGFBR1 178 0.05 0.16 0.35 0.73 Repligen 136 HDAC3 584 0.04 0.11 0.35 0.73 thalidomide CRBN 301 0.04 0.12 0.36 0.72 RAF265 BRAF;KDR 485 0.06 0.17 0.36 0.72 BRD-K44224150 182 0.07 0.2 0.36 0.72 BRD-K66532283 HDAC1;HDAC2 584 0.04 0.11 0.36 0.72 cyanoquinoline 11 MAP3K8 316 0.04 0.11 0.38 0.7 XL765 MTOR;PIK3CA; 611 0.03 0.09 0.38 0.7 leptomycin B XPO1 635 0.1 0.27 0.39 0.7 pifithrin-alpha 610 0.04 0.09 0.41 0.68 PARP1;PARP2 632 0.04 0.08 0.45 0.65 BIRB-796 MAPK11;MAPK11;MAPK14 565 0.04 0.09 0.47 0.64 AT-406 XIAP 395 0.07 0.15 0.47 0.64 ISOX HDAC6 617 0.05 0.12 0.47 0.64 PHA-793887 CDK1;CDK2;CDK4;CDK5;CDK7;CDK9 624 0.08 0.16 0.48 0.63 618 0.05 0.1 0.48 0.63 JW-74 428 0.05 0.1 0.49 0.63 ELCPK 310 0.08 0.15 0.49 0.62 579 0.05 0.1 0.49 0.62 BRD-K50799972 608 0.04 0.09 0.49 0.62 CID-5951923 KLF5 608 0.04 0.08 0.49 0.62 cytarabine hydrochloride 624 0.11 0.22 0.5 0.62 neopeltolide 168 0.32 0.62 0.52 0.61 tamoxifen ESR1;ESR2 610 0.06 0.1 0.54 0.59 Supplementary Table 4.2 Regression associations between LKB1 loss signature and inhibitors in CTRP study

BRD-K48334597 183 0.09 0.15 0.57 0.57 elocalcitol VDR 603 0.06 0.11 0.57 0.57 BRD-K19103580 606 0.04 0.06 0.58 0.56 LRRK2-IN-1 DCLK1;LRRK2 430 0.08 0.13 0.62 0.54 BRD-A71883111 IDH1 619 0.05 0.08 0.63 0.53 GANT-61 615 0.06 0.1 0.65 0.51 BRD-K30019337 185 0.09 0.13 0.65 0.51 OSI-027 MTOR 628 0.08 0.12 0.67 0.5 narciclasine RHOA 586 0.13 0.19 0.68 0.5 NVP-BEZ235 MTOR;PIK3CA;PIK3CB;PIK3CD;PIK3CG 445 0.14 0.21 0.69 0.49 pandacostat HDAC1;HDAC2;HDAC3;HDAC6;HDAC8 604 0.05 0.07 0.71 0.48 OSI-930 KDR;KIT 530 0.08 0.11 0.72 0.47 importazole KPNB1 578 0.11 0.14 0.73 0.47 16-beta-bromoandrosterone 605 0.07 0.09 0.73 0.47

itraconazole 603 0.07 0.1 0.73 0.46 AA-COCF3 FAAH;PLA2G4A;PLA2G4B;PLA2G4C;PLA2G4D 604 0.13 0.18 0.75 0.45 WZ8040 EGFR 554 0.1 0.14 0.76 0.45 NSC19630 WRN 431 0.09 0.12 0.76 0.45 R428 AXL 438 0.09 0.12 0.78 0.44 BRD-K27224038 184 0.12 0.15 0.78 0.44 TGX-221 PIK3CB 618 0.08 0.1 0.81 0.42 BRD-K55116708 580 0.13 0.16 0.81 0.42 triptolide 618 0.1 0.12 0.82 0.42 MK-1775 WEE1 607 0.13 0.16 0.84 0.4 navitoclax BCL2;BCL2L1;BCL2L2 619 0.17 0.2 0.86 0.39 BRD-M00053801 BCL2 384 0.14 0.17 0.86 0.39 staurosporine 178 0.15 0.17 0.87 0.38 GDC-0941 PIK3CA;PIK3CB;PIK3CD;PIK3CG 631 0.14 0.15 0.88 0.38 DNMT1 626 0.13 0.14 0.91 0.36 paclitaxel 605 0.29 0.32 0.92 0.36 canertinib EGFR;ERBB2 606 0.2 0.21 0.93 0.35 ruxolitinib JAK1;JAK2 617 0.07 0.08 0.95 0.34 saracatinib ABL1;SRC 626 0.14 0.15 0.95 0.34 SKI-II SPHK1 606 0.07 0.07 0.95 0.34 A-804598 P2RX7 430 0.08 0.09 0.96 0.34 purmorphamine SMO 595 0.11 0.11 0.96 0.34 BRD-K64610608 608 0.09 0.09 1.01 0.31 tubastatin A HDAC6 319 0.12 0.12 1.01 0.31 I-BET151 BRD2;BRD3;BRD4 626 0.15 0.15 1.01 0.31 BRD-K75293299 181 0.14 0.14 1.03 0.3 tacrolimus PPP3CA;PPP3CB;PPP3CC;PPP3R1;PPP3R2 596 0.08 0.08 1.04 0.3 BRD-K84807411 185 0.16 0.15 1.04 0.3 Supplementary Table 4.2 Regression associations between LKB1 loss signature and inhibitors in CTRP study

BRD-K33199242 621 0.08 0.08 1.06 0.29 BEC ARG1;ARG2 181 0.13 0.13 1.06 0.29 HLI 373 MDM2 608 0.07 0.07 1.06 0.29 KX2-391 SRC 614 0.27 0.25 1.07 0.29 BRD-K29086754 177 0.22 0.21 1.08 0.28 BRD1812 607 0.1 0.09 1.08 0.28 IPR-456 PLAUR 621 0.08 0.07 1.1 0.27 PF-4800567 hydrochloride CSNK1D;CSNK1E 300 0.11 0.1 1.1 0.27 bleomycin A2 585 0.23 0.2 1.1 0.27 nilotinib ABL1;BCR;KIT 609 0.18 0.16 1.11 0.27 VX-680 AURKA;AURKB;AURKC 67 0.77 0.69 1.11 0.27 GSK1059615 MTOR;PIK3CA;PIK3CB;PIK3CD;PIK3CG 402 0.16 0.14 1.12 0.26 QW-BI-011 EHMT2 180 0.15 0.13 1.12 0.26 BRD-K41334119 183 0.17 0.15 1.12 0.26

salermide SIRT1;SIRT2 419 0.2 0.17 1.13 0.26 BRD-K35604418 MCL1 616 0.13 0.11 1.13 0.26 3-Cl-AHPC NR0B2 625 0.17 0.15 1.15 0.25 indisulam CA9 583 0.17 0.15 1.15 0.25 JQ-1 BRDT 625 0.19 0.17 1.16 0.25 cucurbitacin I 596 0.23 0.2 1.16 0.25 ZSTK474 PIK3CB;PIK3CD;PIK3CG 617 0.2 0.17 1.16 0.25 FQI-2 628 0.18 0.15 1.19 0.23 GSK461364 PLK1 593 0.33 0.27 1.2 0.23 temozolomide 616 0.08 0.06 1.22 0.22 pevonedistat NAE1 612 0.24 0.19 1.22 0.22 isoevodiamine 615 0.14 0.12 1.23 0.22 TG-100-115 PIK3CD;PIK3CG 619 0.09 0.07 1.23 0.22 FQI-1 326 0.19 0.15 1.24 0.22 CIL55A 321 0.15 0.12 1.24 0.22 ABT-737 BCL2;BCL2L1;BCL2L2 575 0.22 0.18 1.24 0.22 temsirolimus MTOR 327 0.33 0.26 1.28 0.2 YK 4-279 DHX9;ERG;ETV1 625 0.14 0.11 1.31 0.19 cabozantinib FLT3;KDR;MET;RET 604 0.16 0.12 1.31 0.19 isonicotinohydroxamic acid HDAC6 414 0.15 0.12 1.32 0.19 PRL-3 inhibitor I PTP4A3 608 0.11 0.08 1.33 0.18 IU1 USP14 611 0.09 0.07 1.35 0.18 NPC-26 593 0.16 0.12 1.35 0.18 BRD4132 606 0.16 0.12 1.35 0.18 fingolimod S1PR1 616 0.1 0.07 1.37 0.17 AT13387 HSP90AA1 299 0.5 0.36 1.37 0.17 Compound 1541A CASP3;CASP6;CASP7 594 0.12 0.09 1.38 0.17 KW-2449 AURKA;FLT3 616 0.16 0.12 1.38 0.17 Supplementary Table 4.2 Regression associations between LKB1 loss signature and inhibitors in CTRP study

BIX-01294 EHMT2 606 0.13 0.09 1.39 0.17 PRIMA-1-Met TP53 307 0.26 0.19 1.4 0.16 MK-2206 AKT1 587 0.2 0.14 1.45 0.15 NVP-BSK805 JAK2 616 0.13 0.09 1.46 0.15 avrainvillamide NPM1 434 0.16 0.11 1.46 0.15 serdemetan MDM2 588 0.16 0.11 1.46 0.14 BRD8899 STK33 616 0.11 0.07 1.52 0.13 UNC0638 EHMT1;EHMT2 614 0.17 0.11 1.52 0.13 LE-135 RARB 612 0.15 0.1 1.54 0.13 GSK2636771 PIK3CB 444 0.18 0.11 1.54 0.12 rigosertib PIK3CA;PIK3CB;PLK1 600 0.38 0.25 1.54 0.12 BRD-K70511574 PLK1 614 0.26 0.16 1.56 0.12 ouabain ATP1A1 624 0.39 0.25 1.57 0.12 BRD-K01737880 62 0.82 0.52 1.57 0.12

BRD-K66453893 613 0.16 0.1 1.58 0.12 sunitinib FLT1;FLT3;KDR;KIT;PDGFRA;PDGFRB 614 0.15 0.1 1.58 0.11 ML311 MCL1 628 0.2 0.12 1.63 0.1 quizartinib FLT3 613 0.17 0.1 1.64 0.1 BRD-K49290616 179 0.2 0.12 1.64 0.1 SNX-2112 HSP90AA1;HSP90B1 630 0.38 0.23 1.65 0.1 635 0.47 0.29 1.65 0.1 masitinib KIT;PDGFR;PDGFR 606 0.13 0.08 1.65 0.1 CD-1530 RARG 581 0.22 0.13 1.67 0.1 curcumin 619 0.14 0.08 1.68 0.093 NVP-231 CERK 615 0.19 0.11 1.7 0.09 BRD-K48477130 293 0.18 0.1 1.7 0.091 pifithrin-mu HSPA1A;HSPA1B;HSPA1L;TP53 623 0.15 0.09 1.7 0.09 ML334 diastereomer KEAP1;NFE2L2 428 0.18 0.11 1.7 0.089 sitagliptin DPP4 170 0.26 0.15 1.71 0.089 AZD1480 JAK1;JAK2 292 0.25 0.15 1.71 0.088 epigallocatechin-3-monogallate 566 0.19 0.11 1.72 0.086 AC55649 RARB 612 0.14 0.08 1.73 0.083 BRD6340 623 0.1 0.06 1.74 0.082 Ch-55 RARA;RARB;RARG 615 0.25 0.14 1.74 0.082 sorafenib BRAF;FLT3;KDR;RAF1 614 0.2 0.12 1.74 0.082 PLX-4032 BRAF 615 0.23 0.13 1.77 0.077 AM-580 RARA 604 0.27 0.15 1.78 0.075 parthenolide 584 0.28 0.16 1.79 0.074 darinaparsin 328 0.17 0.1 1.8 0.072 CHM-1 612 0.23 0.13 1.81 0.072 ML320 GSK3B 600 0.25 0.14 1.81 0.07 tipifarnib-P2 FNTA 332 0.37 0.2 1.82 0.069 Supplementary Table 4.2 Regression associations between LKB1 loss signature and inhibitors in CTRP study

fumonisin B1 CERS1;CERS2;CERS3;CERS4;CERS5;CERS6 623 0.15 0.08 1.84 0.067 TOP2A;TOP2B 321 0.44 0.24 1.84 0.066 SGX-523 MET 619 0.16 0.08 1.85 0.064 RARA;RARB;RARG 607 0.24 0.13 1.87 0.061 sirolimus MTOR 621 0.4 0.21 1.89 0.06 ML031 S1PR2 552 0.2 0.11 1.92 0.056 silmitasertib CSNK2A1;CSNK2A2 595 0.27 0.14 1.92 0.056 doxorubicin TOP2A 626 0.35 0.18 1.92 0.056 tamatinib SYK 609 0.25 0.13 1.92 0.055 IC-87114 PIK3CD 628 0.18 0.09 1.92 0.055 NSC23766 RAC1;TIAM1;TRIO 610 0.23 0.12 1.93 0.054 TG-101348 JAK2 619 0.2 0.1 1.94 0.052 ML050 GPER1 616 0.13 0.07 1.95 0.051 pluripotin MAPK1;RASAL1 624 0.34 0.17 1.96 0.05

ceranib-2 ACER1;ACER2;ACER3;ASAH1;ASAH2; 626 0.29 0.15 1.96 0.05 AZD7762 CHEK1;CHEK2 625 0.3 0.15 1.97 0.05 MGCD-265 FLT1;FLT3;KDR;MET 627 0.21 0.11 1.97 0.05 GSK-3 inhibitor IX 602 0.25 0.12 2.04 0.042 GSK525762A BRD2;BRD3;BRD4 625 0.27 0.13 2.06 0.04 etoposide TOP2A 620 0.3 0.14 2.06 0.04 barasertib AURKB 606 0.44 0.21 2.06 0.039 BRD9647 614 0.18 0.08 2.11 0.036 PIK-93 PIK3CG 606 0.22 0.1 2.12 0.034 MG-132 PSMB1;PSMB2;PSMB5;PSMD1;PSMD2 235 0.27 0.13 2.13 0.034 PF-184 IKBKB 602 0.23 0.1 2.16 0.031 triazolothiadiazine PDE4A;PDE4B;PDE4D 627 0.46 0.21 2.16 0.031 SRT-1720 SIRT1 588 0.25 0.11 2.2 0.028 tipifarnib-P1 FNTA 616 0.28 0.12 2.28 0.023 foretinib KDR;MET 615 0.35 0.15 2.28 0.023 SB-225002 CXCR2 631 0.27 0.12 2.29 0.022 AZD4547 FGFR1;FGFR2;FGFR3 579 0.36 0.15 2.33 0.02 PRIMA-1 TP53 583 0.32 0.14 2.36 0.019 regorafenib BRAF;KDR;KIT;RET 601 0.31 0.13 2.36 0.019 omacetaxine mepesuccinate 443 0.56 0.23 2.42 0.016 imatinib ABL1;BCR;KIT 614 0.26 0.11 2.43 0.015 RG-108 DNMT1 618 0.24 0.1 2.43 0.015 CAL-101 PIK3CD 616 0.24 0.1 2.43 0.015 olaparib PARP1;PARP2 621 0.28 0.11 2.44 0.015 momelotinib JAK1;JAK2 596 0.27 0.11 2.45 0.015 MLN2238 PSMB5 622 0.39 0.16 2.49 0.013 B02 RAD51 611 0.25 0.1 2.51 0.012 parbendazole 626 0.57 0.23 2.51 0.012 Supplementary Table 4.2 Regression associations between LKB1 loss signature and inhibitors in CTRP study

cytochalasin B 619 0.27 0.11 2.52 0.012 ML239 620 0.25 0.1 2.52 0.012 simvastatin HMGCR 581 0.32 0.13 2.54 0.011 AZD6482 PIK3CB;PIK3CD 624 0.29 0.11 2.55 0.011 SN-38 TOP1 559 0.58 0.23 2.56 0.011 BMS-270394 RARG 620 0.22 0.08 2.57 0.01 NSC632839 USP13;USP5 619 0.26 0.1 2.58 0.01 TOP1 627 0.55 0.21 2.62 0.009 MST-312 TERT 610 0.23 0.09 2.62 0.009 KPT185 XPO1 442 0.72 0.25 2.85 0.0046 Compound 7d-cis XPO1 556 0.32 0.11 2.85 0.0045 bortezomib PSMB1;PSMB2;PSMB5;PSMD1;PSMD2 618 0.28 0.1 2.86 0.0044 NSC48300 TASP1 621 0.27 0.09 2.91 0.0038 alisertib AURKA;AURKB 615 0.59 0.2 2.92 0.0036

cerulenin FASN;HMGCS1 614 0.28 0.1 2.97 0.0031 BRD-K92856060 599 0.3 0.1 2.98 0.003 lovastatin HMGCR 625 0.45 0.15 3 0.0028 CIL70 323 0.38 0.13 3.02 0.0027 WP1130 UCHL5;USP14;USP5;USP9X 605 0.26 0.08 3.05 0.0024 necrosulfonamide 412 0.42 0.14 3.06 0.0023 CHIR-99021 GSK3B 609 0.32 0.1 3.06 0.0023 pazopanib FLT1;FLT3;KDR;KIT;PDGFRB 619 0.35 0.11 3.08 0.0022 daporinad NAMPT 558 1.02 0.33 3.12 0.0019 tivozanib FLT1;FLT3;KDR 613 0.37 0.12 3.12 0.0019 obatoclax BCL2;BCL2L1;MCL1 625 0.44 0.14 3.18 0.0015 AT7867 AKT1;AKT2;AKT3;RPS6KB2 600 0.37 0.12 3.19 0.0015 BRD-K26531177 572 0.33 0.1 3.21 0.0014 SMER-3 CUL1;SKP1 542 0.68 0.21 3.24 0.0013 tandutinib FLT3;KIT 612 0.38 0.12 3.27 0.0011 methylstat KDM3A;KDM4A;KDM4B;KDM4C;KDM4D 427 0.4 0.12 3.32 0.00096 cediranib FLT1;FLT4;KDR 302 0.6 0.18 3.36 0.00089 piperlongumine 619 0.31 0.09 3.37 0.00081 STF-31 NAMPT 604 0.72 0.21 3.37 0.00081 YM-155 BIRC5 569 0.66 0.2 3.37 0.00079 nintedanib FGFR1;FGFR2;FGFR3;FLT1;FLT3;KDR;PDGFR 602 0.47 0.14 3.41 0.0007 607 0.43 0.12 3.49 0.00053 CIL56 314 0.57 0.16 3.49 0.00056 BRD-K71935468 592 0.48 0.14 3.49 0.00052 niclosamide STAT3 615 0.5 0.14 3.56 0.00039 avicin D 296 0.8 0.22 3.67 0.00029 NSC95397 CDC25A;CDC25B;CDC25C 567 0.36 0.1 3.7 0.00024 CAY10618 NAMPT 625 0.96 0.25 3.76 0.00019 Supplementary Table 4.2 Regression associations between LKB1 loss signature and inhibitors in CTRP study

CIL41 324 0.4 0.11 3.76 0.0002 BRD-K94991378 569 0.54 0.14 3.83 0.00014 DBeQ VCP 612 0.39 0.1 3.85 0.00013 PL-DI 607 0.41 0.1 3.89 0.00011 PX-12 TXN 609 0.36 0.09 3.93 9.65E-05 fluvastatin HMGCR 610 0.58 0.15 3.96 8.52E-05 LY-2183240 FAAH 613 0.43 0.11 4.04 5.94E-05 BRD-K34222889 617 0.5 0.12 4.16 3.65E-05 axitinib FLT1;FLT3;KDR;KIT;PDGFR;PDGFR 615 0.55 0.13 4.19 3.14E-05 GMX-1778 NAMPT 619 0.8 0.18 4.32 1.84E-05 erastin SLC7A11;VDAC1;VDAC2 625 0.78 0.18 4.39 1.36E-05 Ki8751 KDR;KIT;PDGFRA 600 0.64 0.15 4.43 1.10E-05 dasatinib EPHA2;KIT;LCK;SRC;YES1 626 1.07 0.24 4.46 9.90E-06 lenvatinib FLT1;FLT3;KDR;KIT;PDGFR;PDGFR 619 0.6 0.13 4.59 5.44E-06

PI-103 MTOR;PIK3CA; 620 0.84 0.18 4.62 4.61E-06 SID 26681509 CTSL1 561 0.5 0.1 4.92 1.15E-06 manumycin A FNTA;FNTB 616 0.57 0.11 5.02 6.93E-07 CCT036477 619 0.37 0.07 5.72 1.67E-08 ML210 604 1.81 0.29 6.35 4.19E-10 1S,3R-RSL-3 GPX4 626 2.03 0.26 7.74 3.95E-14 ML162 620 1.87 0.23 8.28 7.62E-16 Supplementary Table 4.3 Regression associations between LKB1 loss signature and inhibitors in CCLE study Linear regression parameters CCLE Study compound Reported target Observations Estimate (IC50 log2) Std. Error t-value P-Value PD-0325901 MEK 487 -2.63 0.36 -7.23 1.84E-12 AZD6244 MEK 487 -2.26 0.32 -7.14 3.46E-12 17-AAG HSP90 487 -0.47 0.19 -2.43 0.015 Erlotinib EGFR 487 -0.53 0.22 -2.41 0.016 PLX4720 RAF 480 -0.46 0.19 -2.39 0.017 Lapatinib EGFR 488 -0.57 0.25 -2.3 0.022 AEW541 IGF1R 487 -0.53 0.28 -1.88 0.061 RAF265 RAF 445 -0.48 0.34 -1.44 0.15 LBW242 XIAP 487 -0.15 0.19 -0.77 0.44 HDAC 484 -0.02 0.04 -0.6 0.55 Paclitaxel TUBB1 487 -0.1 0.31 -0.32 0.75 AZD0530 ABL 298 0.03 0.27 0.12 0.9 TAE684 ALK 488 0.05 0.31 0.15 0.88 Nutlin-3 MDM2 488 0.02 0.11 0.22 0.82 Nilotinib ABL 405 0.2 0.23 0.86 0.39 ZD-6474 EGFR 480 0.33 0.28 1.16 0.25 PF2341066 c-MET 488 0.4 0.24 1.62 0.11 PHA-665752 c-MET 487 0.25 0.15 1.72 0.087 TOP2 303 0.32 0.17 1.92 0.056 TKI258 FGFR 488 0.54 0.27 1.99 0.047 Sorafenib RTK 487 0.41 0.19 2.18 0.03 Topotecan TOP2 488 0.7 0.24 2.96 0.0032 PD-0332991 CDK4 417 0.71 0.24 3.02 0.0027 L-685458 GS 475 0.69 0.2 3.54 0.0004

Top View