Output Results of CLIME (Clustering by Inferred Models of Evolution)

Output results of CLIME (CLustering by Inferred Models of Evolution)

Dataset: Num of genes in input gene set: 82 Total number of genes: 20834 Prediction LLR threshold: 0

The CLIME PDF output two sections: 1) Overview of Evolutionarily Conserved Modules (ECMs)

Top panel shows the predefined species tree.

Bottom panel shows the partition of input genes into Evolutionary Conserved Modules (ECMs), ordered by ECM strength (shown at right), and separated by horizontal lines.

Each row show one gene, where the phylogenetic profile indicates presence (blue) or absence (gray) of homologs in each species (column).

Gene symbols are shown at left. Gray color indicates that the gene is a paralog to a higher scoring gene within the same ECM (based on BLASTP E < 1e-3).

2) Details of each ECM and its expansion ECM+

Top panel shows the inferred evolutionary history on the predefined species tree. Branch color shows the gain event (blue) and loss events (red color, with brighter color indicating higher confidence in loss). Branches before the gain or after a loss are shown in gray.

Bottom panel shows the input genes that are within the ECM (blue/white rows) as well as all genes in the expanded ECM+ (green/gray rows). The ECM+ includes genes likely to have arisen under the inferred model of evolution relative to a background model, and scored using a log likelihood ratio (LLR).

PG indicates "paralog group" and are labeled alphabetically (i.e., A, B). The first gene within each paralog group is shown in black color. All other genes sharing sequence similarity (BLAST E < 1e-3) are assigned to the same PG label and displayed in gray. ECM 8 ECM 7 ECM 6 14 genes ECM 5 7 genes ECM 4 ECM 3 ECM 2 ECM 1 Protein C14orf166 TUBGCP2 ARFGEF2 FAM110A FAM110C FAM110B ERCC6L2 PTPN20A RASSF10 PPP1R42 CEP57L1 PDCD6IP CAMK2B CHMP1A NUDCD2 MVB12A TOPBP1 CC2D1A RUVBL1 AKAP11 RASSF1 CLASP2 CEP250 ZNF365 ALDOB MARK4 MCPH1 CRMP1 SLMAP MAPK1 SMEK2 SMEK1 KIF18A AJUBA BUB1B ABCA2 EXOC7 NUBP2 DAPK3 MTUS1 UBXN6 RBBP6 PDE4D SPAST PSKH1 TACC2 TACC1 CDC42 SPDL1 SCYL1 SEPT1 KRT18 FLOT1 LATS1 LATS2 LZTS2 BIRC6 KIFC1 KIF2B SNCG CLIC5 NEIL1 TRIP4 MLPH BOD1 RELB KPTN CDK1 BBS9 NEK7 NEK6 PAX2 RPS7 YES1 FSD1 PHF1 PTK2 ATF4 NINL CIR1 EVI5 FRY Overview ofEvolutionarilyConservedModules(ECMs)

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis K.lactis K.lactis A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii L.thermotolerans L.thermotolerans Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta S.mansoni S.mansoni B.malayi B.malayi C.briggsae C.briggsae C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens T.adhaerens S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis D.rerio D.rerio O.latipes O.latipes F.rubripes F.rubripes T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo O.anatinus O.anatinus M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens Strength 7.1 9.8 0.0 0.0 0.0 0.7 2.1 2.5 PG B B A A Protein C1orf106 RABEP2 MVB12A GMEB1 GMEB2 VWC2L VEGFA BANK1 DTHD1 THAP5 FGF22 FGF19 MLPH MFF ND6 9: basementmembrane|| 1: aggresome|| Num ofECMGenes:2.Predicted13.Strength:2.5 ECM 1,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi

2: lateendosomemembrane|| L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis 10: plateletalphagranulelumen|| C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila 3: microtubuleorganizingcenter|| P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus 11: proteinaceousextracellularmatrix|| O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus

4: corticalactincytoskeleton|| M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa

12: secretorygranule|| M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana

5: microtubuleplusend|| S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina 13: integraltomitochondrialmembrane|| P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis 6: stressfiber|| C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus 7: mitochondrialrespiratorychaincomplexI|| C.tropicalis C.tropicalis C.albicans

14: mitochondrialoutermembrane|| C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS 15: peroxisome C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex

8: earlyendosome|| A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.0 1.3 1.3 1.9 2.6 2.7 4.3 4.4 4.9 7.9 13.5 13.8 22.2 Notes 13 /1415 9 /101112 8 7 3 /456 1 /23 PG I I H H B G F E E D D A C B A Protein MRGPRX3 NCKAP5L NCR3LG1 LDLRAD4 TMEM123 TMEM169 SPATA2L RASSF10 PMEPA1 NCKAP5 TMEM60 NDUFB4 LYPD6B HSF2BP OR10T2 TICAM2 LILRA3 FANCA DAND5 GFRAL SMDT1 HSPB9 FNDC5 EPPK1 TSSC4 LYPD6 N4BP3 BTNL8 SMIM4 WISP2 WISP3 LZTS2 ITFG3 MED9 CD4 10: external side ofplasma membrane || 1: microtubule organizingcenter || Num ofECMGenes:2.Predicted117.Strength:2.1 ECM 2,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

3: spindle pole|| P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii

4: viralcapsid || S.bicolor S.bicolor 12: Fanconi anaemia nuclear complex || Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa

5: peroxisomal membrane || R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor 13: early endosome || L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum 6: mediator complex|| M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus

14: endoplasmic reticulum lumen || A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis 7: cytoplasmic vesiclemembrane || C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE 15: membrane raft || A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora 8: mitochondrial respiratory chaincomplex I || C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki

16: T cellreceptor complex || M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae 17: endosome membrane

9: anchored tomembrane || A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 7.7 7.8 7.8 7.8 7.9 7.9 8.2 8.2 8.3 8.4 8.5 8.5 8.6 8.9 9.1 9.3 9.7 9.9 10.3 10.3 10.5 10.7 11.1 13.9 14.4 15.1 15.8 16.7 17.1 17.5 21.4 23.3 24.2 Notes 17 10 /13141516 12 11 10 9 8 7 6 5 4 1 /3 1 /2 PG P P P O O C C N N M M L F B K J J Protein TNFSF13B GADD45B GADD45A LAPTM4B LAPTM4A PLEKHN1 FAM122A FAM107A C19orf12 CD164L2 ARGLU1 NDUFA1 COX7A1 TAPBPL VSTM2L C2orf42 GORAB VEGFB GFRA2 FBXO5 OR6B2 OR6B3 CRLF1 TSHZ3 CIDEB ITM2B ITM2A ITM2C NINJ1 NINJ2 NANS RBFA EBI3 IGF1 ND6 16: spindle 8: mitochondrial membrane || 1: mitochondrial respiratory chaincomplex I || Num ofECMGenes:2.Predicted117.Strength:2.1 ECM 2,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page2

9: endomembrane system || B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei 2: anchored tomembrane || P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi 10: growth cone || O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor

3: extrinsic tomembrane || Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata 11: lysosomal membrane || A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa

4: mitochondrial respiratory chain|| U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune

12: lysosome || C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum

13: endosome membrane || A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae

5: insulin-like growthfactor bindingprotein complex || A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae

14: Golgi-associated vesicle membrane || D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus 6: platelet alphagranulelumen || S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta 15: integral to organelle membrane ||

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

7: CRLF-CLCF1 complex || A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 3.6 3.6 3.7 3.7 3.7 3.7 3.9 4.0 4.1 4.1 4.3 4.4 4.4 4.4 4.7 4.8 4.8 4.9 4.9 5.1 5.1 5.6 5.7 6.1 6.3 6.3 6.4 6.4 6.5 6.9 6.9 6.9 6.9 7.1 7.6 Notes 16 13 /1415 11 /12 10 9 9 8 6 1 /8 7 5 /6 4 2 /3 1 PG R S S L L C F F R D Q Q TNFSF12-TNFSF13 Protein TMEM200A MSANTD3 TMEM211 FAM195A TNFSF13 CACNG4 CACNG5 PIK3AP1 SAMSN1 LYSMD2 OR5AP2 COBLL1 TDRD12 QSER1 GFRA1 GFRA3 NKPD1 LALBA SUSD3 COX16 CYR61 MBD5 MBD6 COBL OPTN NDNF CRB3 YAF2 PLP2 ATF4 TFPT FJX1 TMIE MFF 24: chromosome || 16: extrinsic to membrane || 11: alpha-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazolepropionic acidselective glutamate receptor complex || 1: mitochondrial membrane || Num ofECMGenes:2.Predicted117.Strength:2.1 ECM 2,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page3

2: actinfilament || B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia

26: postsynaptic membrane T.thermophila T.thermophila

3: axon || P.infestans P.infestans 18: microtubule organizing center || T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii 4: axonal growthcone || V.carteri V.carteri P.patens P.patens

6: dendrite || C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina 7: dendritic growthcone || 13: voltage-gated calcium channel complex || P.chrysogenum P.chrysogenum

20: mitochondrial outer membrane || A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris 8: ruffle || C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis 21: peroxisome || C.albicans C.albicans

9: cytoplasmic membrane-bounded vesicle || C.dubliniensis C.dubliniensis 14: anchored tomembrane ||

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae 22: tight junction || S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE

15: external side ofplasma membrane || B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex 23: extracellular matrix || A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus

10: trans-Golgi network || A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.0 1.2 1.2 1.4 1.4 1.4 1.4 1.5 1.7 1.7 1.7 1.9 2.2 2.3 2.4 2.4 2.5 2.5 2.5 2.6 2.6 2.6 2.7 2.7 2.7 2.9 3.0 3.0 3.1 3.1 3.2 3.3 3.3 3.3 3.4 Notes 11 /2526 24 24 23 22 15 19 /2021 8 18 17 14 /16 14 /1516 11 /1213 9 /10 2 /345678 1 PG T T B R K G Protein LOC728715 CDC42EP2 100510334 TMEM179 FASTKD2 PHYHIPL C16orf45 CACNG7 SPATA2 BTN2A2 PHYHIP C2orf47 DTHD1 CD164 8: microtubulecytoskeleton 1: endosome|| Num ofECMGenes:2.Predicted117.Strength:2.1 ECM 2,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page4

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi 2: endosomemembrane|| L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii 3: lysosomalmembrane|| P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor

4: lysosome|| Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis 5: alpha-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazolepropionicacidselective glutamatereceptorcomplex|| T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata 6: voltage-gatedcalciumchannelcomplex|| S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.1 0.1 0.1 0.2 0.3 0.4 0.4 0.4 0.4 0.5 0.6 0.6 0.7 0.9 Notes 7 /8 5 /6 1 /234 PG C F B B C C F E E D D C B B B A A Protein CTAGE15 FAM193B CTAGE1 CTAGE9 CTAGE6 CTAGE4 NDUFB3 ATF7IP2 MB21D1 BOD1L1 OR10R2 OR52R1 CEP250 SMIM15 ZMYM2 ZMYM4 ATF7IP OR4C3 CXXC5 CXXC4 OR5T2 TSHZ1 BOD1 LHFP 9: PMLbody 1: condensedchromosomekinetochore || Num ofECMGenes:2.Predicted22.Strength:0.7 ECM 3,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum 2: microtubuleorganizingcenter || P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays

3: centriole|| O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis

4: cilium|| T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium 5: microtubulebasalbody|| S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae 6: cytoplasmicmembrane-bounded vesicle|| A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora 7: cytoplasmicvesicle|| C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex

8: mitochondrialrespiratorychaincomplex I|| D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.6 0.6 0.9 1.0 1.2 1.5 1.5 1.9 1.9 2.0 2.6 3.3 3.3 5.5 5.5 5.8 6.4 7.2 7.2 7.2 7.5 12.2 Notes 9 8 6 /7 2 /345 1 /2 PG A A A Protein KIF18A CDC42 SCYL1 BIRC6 KIFC1 KIF2B EVI5 20: cis-Golginetwork|| 11: spindlemidzone|| 1: endosome|| Num ofECMGenes:7.Predicted0.Strength:0.0 ECM 4,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi 2: microtubuleorganizingcenter|| L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis 12: spindle|| T.gondii

21: COPIvesiclecoat|| T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum 13: caveola|| P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila 22: endoplasmicreticulum-Golgiintermediatecompartment P.infestans P.infestans

3: midbody|| T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae 14: kinetochoremicrotubule|| N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens Plants 4: spindlepole|| S.moellendorffii S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera

15: microtubuleassociatedcomplex|| P.trichocarpa P.trichocarpa 5: trans-Golginetwork|| R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana 6: apicalpartofcell|| S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum 16: microtubulecytoskeleton|| P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger Fungi

7: filopodium|| A.nidulans A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii 8: mitoticspindle|| 17: ruffle|| M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii

18: condensedchromosomekinetochore|| K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora 9: neuronprojection|| C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans 10: secretorygranule|| D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori 19: earlyendosome|| T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 2 /202122 2 /121519 2 /12151618 2 /1314151617 2 /12 2 /367891011 1 /2345 PG A A A A A A A A A Protein ERCC6L2 CAMK2B RUVBL1 MARK4 MAPK1 ABCA2 NUBP2 DAPK3 SPAST PSKH1 CDK1 NEK7 NEK6 YES1 28: MLL1complex|| 18: earlyendosome|| 9: sarcoplasmicreticulummembrane|| 1: ATP-bindingcassette(ABC)transportercomplex|| Num ofECMGenes:14.Predicted0.Strength:0.0 ECM 5,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

29: NuA4histoneacetyltransferasecomplex|| L.braziliensis L.braziliensis 19: focaladhesion|| T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax 10: spindlemidzone|| P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii 20: lateendosome|| P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila 2: cytoplasmicmembrane-boundedvesicle|| P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri 11: midbody|| O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri 30: nuclearmatrix|| P.patens P.patens 21: microtubulecytoskeleton|| S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata 12: spindlemicrotubule|| A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa 31: cytoplasmicvesicle|| R.communis R.communis T.trahens T.trahens 3: endosome|| D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa 22: perikaryon|| U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune 13: chromosome,centromericregion|| S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor 4: endosomemembrane|| S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana

32: spindle S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum

23: pseudopodium|| M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger Fungi A.nidulans 5: lysosomalmembrane|| A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis 24: neuronprojection|| C.posadasii C.posadasii 14: PMLbody|| P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis 15: axonpart|| C.albicans C.albicans

6: lysosome|| C.dubliniensis C.dubliniensis 25: nuclearspeck||

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus 16: caveola|| S.mikatae

7: microtubuleorganizingcenter|| S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica

26: spindlepole|| C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi 17: dendritecytoplasm||

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera

27: Ino80complex|| N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster 8: endocyticvesiclemembrane|| D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 7 3 /711213132 7 /27282930 7 /25 7 7 /26 7 /2526 7 /2124 7 /151617181920212223 7 /1314 7 /1112 7 /8910 7 1 /234567 PG F D G G F C A E E E A B E E D A A C B A A A A A A A A A Protein SLC26A1 SLC26A5 SLC26A3 SLC26A8 SLC26A4 EGFLAM CLEC4M FBXO16 GPR125 SEPT11 SEPT12 SEPT14 SEPT10 CSMD3 SLMAP OVGP1 MRPS2 DDAH2 DDAH1 PCSK7 THBS3 SEPT9 SEPT3 SEPT2 SEPT6 SEPT8 SEPT7 SEPT4 SEPT5 SEPT1 FURIN NEO1 GYS1 GYS2 MLX 38: interstitial matrix || 29: integral toGolgi membrane || 20: exocyst || 10: cilium axoneme || 1: microtubule organizingcenter || Num ofECMGenes:2.Predicted49.Strength:0.0 ECM 6,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei

21: Golgi cisterna || T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis 11: cleavage furrow ||

39: cortical actin cytoskeleton || T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata 30: axon || T.parva T.parva 2: septin complex || P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax 22: Golgi lumen || P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii

12: condensed chromosome kinetochore || P.tetraurelia P.tetraurelia 31: dendritic spine || T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum

3: prefoldin complex|| C.merolae

40: inclusion body C.merolae N.gruberi N.gruberi 23: membrane raft || O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii 32: synapse || S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana 4: sarcolemma ||

24: trans-Golgi network || L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera

33: basolateral plasma membrane || P.trichocarpa P.trichocarpa 13: microtubule cytoskeleton || R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa

5: smooth endoplasmicreticulum || U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea

25: trans-Golgi network transport vesicle || C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea

14: midbody || M.grisea N.crassa N.crassa

34: lateral plasma membrane || P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae 6: synaptic vesicle|| A.niger A.niger Fungi 15: spindle || A.nidulans A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica 26: external side of plasma membrane || P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae 16: stress fiber || 35: small ribosomal subunit || D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii

7: terminal button|| S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN 17: axon terminus || Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata

8: microtubule-based flagellum || S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae

36: transport vesicle || S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica 27: cilium || C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE 18: cell cortex || B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex 28: presynaptic membrane || A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus

37: basement membrane || A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori 9: actincytoskeleton || T.castaneum T.castaneum 19: cilium membrane || D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 3.7 3.7 4.0 4.3 4.3 5.3 5.4 5.8 6.4 7.7 8.0 8.4 9.1 9.5 9.6 10.1 10.1 10.2 10.2 12.3 12.4 12.7 16.9 17.6 18.8 19.3 19.4 19.4 19.4 19.6 23.2 24.6 31.8 Notes 40 18 /39 32 /3738 36 9 /16 35 33 /34 2 /16303132 29 2 /28 2 /111314151627 26 21 /22232425 2 /911121415181920 2 2 /61112141517 2 2 /910111213141516 8 2 2 /67 1 /345 1 /2 PG E H H F E F C E F F Protein SLC26A7 SLC26A2 SLC26A9 POLDIP2 SLC7A9 MAGT1 L1CAM KCNJ5 GGT7 GGT5 SDK1 PKD1 SDK2 MITF BOC DCC 17: endosome|| 10: motileprimarycilium|| 1: axon|| Num ofECMGenes:2.Predicted49.Strength:0.0 ECM 6,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page2

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia

2: growthconemembrane|| T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi

18: recyclingendosomemembrane L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis

11: polycystincomplex|| C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi 3: membraneraft|| P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana

12: T-tubule|| P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii 4: externalsideofplasmamembrane|| V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor 13: voltage-gatedpotassiumchannelcomplex|| Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis 5: presynapticmembrane|| C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum

14: oligosaccharyltransferasecomplex|| F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus

6: terminalbutton|| N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris

7: mitochondrialnucleoid|| C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii

15: growthcone|| M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii

16: anchoredtoexternalsideofplasmamembrane|| V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus 8: basolateralplasmamembrane|| S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum 9: cilium|| D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.1 0.1 0.1 0.5 0.8 1.5 1.7 2.1 2.2 2.6 3.6 3.6 3.6 3.7 3.7 3.7 Notes 8 /1718 16 16 1 /15 14 4 /1213 8 /91011 7 4 /56 1 /23 PG A A Protein CWC22 SMEK2 SMEK1 SRP68 PREP PTEN UFL1 10: catalyticstep2spliceosome|| 1: microtubuleorganizingcenter|| Num ofECMGenes:2.Predicted5.Strength:9.8 ECM 7,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

11: spliceosomalcomplex T.parva T.parva 2: cellprojection|| P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum 3: internalsideofplasmamembrane|| C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

4: myelinsheathadaxonalregion|| D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus 5: neuronprojection|| A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris 6: PMLbody|| C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii 7: Schmidt-Lantermanincisure|| A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans

8: ribosome|| D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura

9: signalrecognitionparticle,endoplasmicreticulumtargeting|| A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.7 1.9 2.3 5.3 7.6 Notes 10 /11 8 /9 2 /34567 1 1 PG A A Protein TACC2 TACC1 1: intermediatefilamentcytoskeleton|| Num ofECMGenes:2.Predicted0.Strength:7.1 ECM 8,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

2: microtubulecytoskeleton|| P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens 3: microtubuleorganizingcenter

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 3 1 /23 PG Protein PTK2 1: cellcortex|| Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 9,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

3: lamellipodium|| P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus 4: microtubuleorganizingcenter O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 /234 PG Protein LATS2 1: microtubuleorganizingcenter|| Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 10,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 2: spindlepole P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 /2 PG D D H H B G F E E D D C C C B A A A A LOC100507699 Protein ATP6V1C2 ATP6V1C1 SMARCA2 PAPOLG PAPOLB PAPOLA MAP3K5 TBC1D9 TRIM21 COPG2 COPG1 GSPT2 CTPS2 CTPS1 DDX23 PRPF8 TRNT1 UFD1L RPS16 LATS1 TAF1L HIPK2 HIPK1 CHD6 UBA1 EML4 DTD1 ABL1 TSR3 RPL5 TAF9 PIGA IARS UNG 33: SCF ubiquitin ligase complex 24: COPI vesicle coat || 16: cytosolic small ribosomal subunit || 10: U5 snRNP || 1: microtubule organizingcenter || Num ofECMGenes:1.Predicted137 ECM 11,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi

11: apical part ofcell || L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii

25: Cajal body || T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 2: spindle pole|| P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax 17: small ribosomal subunit || P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi

12: cytoplasmic vesicle || P.berghei P.berghei 26: MLL1 complex || P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana

3: cytosolic largeribosomal subunit|| P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri 27: PCAF complex || P.patens P.patens 18: intermediate filament cytoskeleton || S.moellendorffii Plants S.moellendorffii 13: proton-transporting two-sector ATPase complex || S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa

28: pre-snoRNP complex || R.communis R.communis

4: ribonucleoprotein complex || T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune 19: nBAF complex || C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum

29: STAGA complex || F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea 14: proton-transporting V-typeATPase, V1domain || N.crassa N.crassa

5: actincytoskeleton || P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus

20: npBAF complex || N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii

30: transcription factor TFIID complex || C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum

6: nuclear membrane|| T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae 21: nuclear chromatin || D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE

15: glycosylphosphatidylinositol-N-acetylglucosaminyltransferase (GPI-GnT) complex || A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii 7: nuclear speck||

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata 22: SWI/SNF complex || 31: transcription factor TFTC complex || S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis

8: PMLbody || S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex

23: WINAC complex || A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis 9: catalytic step2spliceosome || B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura 32: cytoplasmic mRNA processing body || A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 4.5 4.8 5.3 6.5 6.5 7.0 7.7 7.9 8.2 8.9 9.0 9.0 9.0 9.2 9.4 9.7 9.8 10.0 11.2 11.4 11.7 12.5 12.5 12.5 12.9 13.4 15.1 15.3 15.7 15.8 17.4 18.9 22.8 23.3 Notes 30 14 9 /10 4 /3233 25 /262728293031 24 24 18 /1920212223 16 /17 15 11 /121314 7 /910 7 /8 5 /6 3 /4 1 /2 PG P P O O D N M M M A F L L F K D J I F A F RSL24D1P11 Protein SLC25A25 TMEM30A ATP6V1H ATAD2B KDELR1 KDELR3 LONRF2 RAD23A ZFAND4 YEATS4 WRNIP1 VPS13D RNF135 INPP5K INPP5E TRIM25 DTYMK CNOT7 CNOT8 UBE4B ASCC3 652215 POLD2 LRRC6 UBL4B UHRF2 CDKL2 CDK13 PUS7L UTP18 ISG15 CHD1 XRN1 PUS7 17: cilium axoneme || 8: nuclear speck || 1: proteasome complex || Num ofECMGenes:1.Predicted137 ECM 11,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page2

9: ubiquitin ligase complex || L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis 18: Golgi cisterna membrane || T.gondii T.gondii Protists C.hominis 2: nuclear heterochromatin || C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila

10: cis-Golgi network || P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum 19: CCR4-NOT complex || P.tricornutum C.merolae

3: NuA4histone acetyltransferase complex || C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa 11: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment || B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana 20: cytoplasmic mRNA processing body L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa 4: nuclear matrix|| U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea

5: intermediate filamentcytoskeleton || N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri

12: cilium || A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum 13: neuron projection || Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis 6: vacuolar proton-transporting V-typeATPase, V1domain || L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii 14: ruffle ||

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus

15: ruffle membrane || S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis 16: trans-Golgi network || B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum 7: nuclear cyclin-dependent proteinkinaseholoenzyme complex || D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 2.3 2.3 2.4 2.4 2.4 2.4 2.5 2.5 2.5 2.5 2.6 2.7 2.7 2.7 3.0 3.0 3.1 3.1 3.1 3.4 3.4 3.4 3.5 3.7 3.7 3.7 3.7 3.7 3.7 3.7 3.8 3.9 4.0 4.2 4.3 Notes 19 /20 17 /18 13 /141516 12 10 /11 9 7 /8 6 5 3 /4 2 1 PG Q Q F F F F F T T S S R R Q K N Q I Protein LOC81691 ARFGEF2 ARFGEF1 RNF113A PIK3C2B H2BFWT ISG20L2 RFPL4B VPS13C IQSEC3 TRIM62 WDR34 PSMD4 H2BFM SPAG6 PCGF1 SENP3 NAA50 ELAC1 ASF1A ASF1B ZC3H4 TRIM4 TRIM5 MCM6 HINT1 KRR1 HCN2 XRN2 LSM2 RPS5 PSD3 STX2 UBD ATR 38: cytoplasmic vesicle || 29: PcG protein complex || 21: cytoplasmic mRNA processing body || 11: postsynaptic density || 1: aggresome || Num ofECMGenes:1.Predicted137 ECM 11,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page3

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi

2: inhibitory synapse|| L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists

39: dendritic spine || C.hominis C.hominis 12: chromatin || 30: chromosome || C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum 22: MLL1 complex || P.chabaudi P.chabaudi P.berghei 3: postsynaptic membrane || P.berghei P.yoelii P.yoelii

13: chromatin remodeling complex || P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila 31: PML body || T.thermophila 40: microtubule organizing center || P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri 23: cytosolic small ribosomal subunit || C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens 32: XYbody ||

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor

4: trans-Golgi network || Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus 14: nuclear membrane || M.truncatula M.truncatula 41: recycling endosome || 33: nuclear matrix || V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus

5: basolateral plasmamembrane || M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis 24: ribonucleoprotein complex || C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune 34: small nuclear ribonucleoprotein complex ||

15: nucleosome || C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor

42: symmetric synapse || S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus

16: axoneme || A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus 6: cell-cell junction||

25: axon || A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans 43: endocytic vesicle || U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum

17: cilium || T.melanosporum T.melanosporum

26: dendritic shaft || Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris 35: asymmetric synapse || C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii

7: membrane raft|| M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis 18: flagellum || C.tropicalis 44: proteasome accessory complex || C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii

27: synapse || K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora 8: midbody || C.glabrata

36: axonemal microtubule || C.glabrata

19: microtubule cytoskeleton || S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus

28: voltage-gated potassium channel complex || S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta 9: transport vesicle||

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS 45: proteasome complex C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus

37: cytoplasmic membrane-bounded vesicle || A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis

20: MCM complex || B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster

10: catalytic step2spliceosome || D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.3 1.4 1.4 1.5 1.5 1.5 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.7 1.7 1.7 1.8 1.9 2.0 2.0 2.0 2.0 2.0 2.0 2.0 2.0 2.0 2.1 2.2 2.2 2.2 2.2 2.3 2.3 2.3 2.3 Notes 44 /45 43 24 4 /3536373839404142 4 /3334 30 /3132 29 25 /262728 23 /24 22 21 20 16 /171819 15 14 /15 13 12 3 /411 1 10 5 /6789 2 /34 1 PG J A G F F V V U U Protein MAP3K12 SUPT16H MYO18A MRE11A MRPS12 POLR3F ZBTB17 TRIM35 TRIM11 KMT2A SHMT1 SHMT2 DDX3Y TOP3A RABL6 UBTD1 UBTD2 DUS3L NOL10 MLLT1 RPL15 SF3A2 SF3A3 AIMP1 AKTIP COPA NACA PCNA NOS3 LSM3 SDSL RPS9 GPI 34: small ribosomal subunit || 25: MLL1 complex || 17: DNA replication factor C complex|| 9: spliceosomal complex || 1: FHFcomplex || Num ofECMGenes:1.Predicted137 ECM 11,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page4

26: chromosome || L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis

10: cytosolic smallribosomal subunit|| C.parvum C.parvum

35: aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex || B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax

18: nuclear replicationfork || P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi 3: DNA-directedRNA polymeraseIIIcomplex|| P.berghei P.berghei 27: PML body || P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri 28: small nuclear ribonucleoprotein complex || C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri 11: ribonucleoprotein complex ||

19: PCNA-p21 complex || P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana

36: transport vesicle L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera 4: microtubulecytoskeleton || P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum 20: COPI vesiclecoat|| A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus

12: ribosome || M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune

29: apical part ofcell || S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum 5: mitochondrialintermembrane space|| 13: chromosome, telomeric region|| F.graminearum F.graminearum

21: actomyosin || M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri 30: caveola || A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans 22: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment || U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum 31: endocytic vesiclemembrane || Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris

14: condensed nuclearchromosome || C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii

6: mitochondrialnucleoid || M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus

32: cytosolic large ribosomal subunit || S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae 7: catalyticstep2 spliceosome|| S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki 15: Mre11 complex|| M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta ABSENCE

23: myosin complex|| S.mansoni S.mansoni B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori 16: nuclear chromatin|| T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster

8: nuclearspeck || D.pseudoobscura D.pseudoobscura

24: histone methyltransferase complex|| A.gambiae A.gambiae 33: mitochondrial ribosome || A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.0 0.0 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.3 0.4 0.5 0.5 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.7 0.7 0.7 0.8 0.9 1.0 1.0 1.0 1.0 1.1 1.1 1.1 1.2 1.2 Notes 35 /36 33 /34 12 /32 7 29 /3031 26 7 /928 26 /27 24 /25 21 /2223 20 4 /171819 13 /141516 10 /1112 7 /89 4 /56 3 1 /2 PG B E E E G E E F F E E E E E B E D D D C A C C B A Protein HSD11B1L RABGGTA 100510614 TUBGCP3 TUBGCP2 EIF4E1B LRRTM2 LRRC8C LRRTM4 RAD23A LRRC8E POLR3F RPL27A LRRIQ4 IGFALS INPP5K INPP5E TRIM21 MYSM1 GGPS1 INPP5J SHOC2 RNGTT EIF4E2 TRMT5 NOL10 GNAI3 GNAI2 LRIG3 EIF4E NOS1 CHD1 CPN2 BGN LUM 34: extracellular matrix || 27: chromatin remodeling complex || 19: mRNA cap binding complex || 11: polar microtubule || 1: cytoplasmic microtubule || Num ofECMGenes:1.Predicted455 ECM 12,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

35: fibrillar collagen || C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum

2: microtubule organizingcenter || B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata

20: RNA-induced silencing complex || T.parva T.parva P.knowlesi

28: extrinsic to internal side of plasma membrane || P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum

13: DNA-directed RNA polymerase IIIcomplex || P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila

36: Golgi lumen || P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii 3: spindle pole|| V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii 21: dendritic spine || 37: lysosomal lumen || S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus

4: cilium axoneme || M.truncatula 29: heterotrimeric G-protein complex || M.truncatula V.vinifera V.vinifera 14: dendritic shaft || P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens

22: photoreceptor inner segment || D.discoideum D.discoideum

38: proteinaceous extracellular matrix || A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium

5: Golgicisterna membrane || S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea 15: growth cone || L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa 30: membrane raft || P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus 23: sarcolemma || A.fumigatus A.fumigatus

16: cytoplasmic mRNA processing body || N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus

39: proteasome complex || A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger 6: neuron projection|| A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii 31: midbody || P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum 24: sarcoplasmic reticulum || Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus 7: ruffle || 40: transport vesicle ||

32: zymogen granule || C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii 17: cytoplasmic stress granule || K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN 8: rufflemembrane || Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora 25: postsynaptic membrane || C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae

41: ribonucleoprotein complex || S.paradoxus S.paradoxus 33: cytosolic large ribosomal subunit || S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE

9: trans-Golgi network || B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex

18: eukaryotic translation initiation factor 4Fcomplex || D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus

26: protein phosphatase type 1 complex || A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura 42: SCF ubiquitin ligase complex A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti Metazoa 10: centriole || C.quinquefasciatus C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 11.7 11.7 11.8 11.8 12.0 12.3 12.3 12.5 12.6 12.7 12.8 12.8 12.8 13.0 13.4 13.5 13.8 13.8 13.8 13.8 14.1 14.1 14.1 14.3 15.0 15.0 15.0 15.5 16.6 17.0 17.7 18.3 18.3 22.1 Notes 16 /4142 23 /3436373840 39 34 /35363738 33 28 /29303132 28 /293031 27 25 26 25 21 /222324 19 19 16 /17181920 7 /1415 13 10 /1112 6 /789 4 /5 1 /23 PG S E B R Q E P E B B O N B M B J E L F F K E J E B I I H PPAN-P2RY11 RSL24D1P11 Protein METTL21B SLC25A25 SMARCA2 PPP2R1A PPP2R1B STAMBP LRRC4B ZFAND4 YEATS4 WRNIP1 ZSWIM2 LRRC18 TRIM25 MYO7A ASCC3 GNA14 PCGF1 UHRF2 UBL4B CDKL2 TMTC1 PUS7L DDX23 RNF41 VPS11 TAF1L GNAQ LRIG2 ISG15 SLIT2 RER1 PUS7 OMD 34: nuclear matrix || 25: early endosome || 18: heterotrimeric G-protein complex || 10: melanosome || 1: catalytic step2spliceosome || Num ofECMGenes:1.Predicted455 ECM 12,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page2

11: myosin complex || L.major L.major

35: nuclear heterochromatin || L.braziliensis L.braziliensis 26: intermediate filament cytoskeleton || T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata 2: U5snRNP || T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi

19: nuclear membrane || P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei

12: photoreceptor connecting cilium || P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila

3: PcGprotein complex || P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana 36: endocytic vesicle || P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri 27: nBAF complex ||

20: chromosome, centromeric region || C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon 4: Golgilumen || 37: endosome || A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana

13: photoreceptor inner segment || L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula 28: npBAF complex || V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus 38: HOPS complex || 5: lysosomal lumen|| S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis 21: microtubule cytoskeleton || C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea 29: nuclear chromatin || L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum 14: photoreceptor outer segment || F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea 39: late endosome membrane 6: proteinaceous extracellular matrix|| N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus 22: protein phosphatase type 2A complex ||

30: SWI/SNF complex || A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris 15: stereocilium || C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii

7: integral toGolgimembrane || S.stipitis S.stipitis 31: WINAC complex || L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii 16: synapse ||

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN

23: transcription factor TFIID complex || Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae 32: presynaptic membrane || S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica

17: extrinsic to internal sideof plasma membrane || C.owczarzaki 8: cellcortex || C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus

9: lysosomal membrane || A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori

33: NuA4 histone acetyltransferase complex || B.mori 24: cleavage furrow || T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 7.4 7.4 7.4 7.4 7.4 7.4 7.4 7.4 7.5 7.5 7.6 7.9 7.9 8.0 8.2 8.2 8.3 8.4 8.4 8.5 8.6 8.9 9.0 9.2 9.4 9.4 9.5 9.6 9.8 10.1 10.2 10.5 11.0 11.0 11.4 Notes 9 /36373839 35 33 /34 32 26 /2728293031 24 /25 23 20 /2122 17 /18 17 /1819 8 /910111213141516 7 4 /56 3 1 /2 PG V Y a d c R E b b B a Z Z Z Y E B E X W B V U T E Protein TMEM30A ATP6V1H RNF113A SLC27A5 SLC36A4 MAP3K5 ATAD2B KDELR1 KDELR3 LONRF2 AKR1A1 LRRC10 TBC1D9 VPS13C VPS13D RNF135 IQSEC3 ZNF598 CNOT8 CNOT7 652215 POLD2 LRRC6 CDK13 DERL1 LSM10 PRPF8 UTP18 HINT1 SLIT1 XRN2 LSM2 XRN1 STX2 UBD 25: membrane raft || 17: CCR4-NOT complex || 10: nuclear cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex || 1: myofibril || Num ofECMGenes:1.Predicted455 ECM 12,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page3

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei

2: catalytic step2spliceosome || T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major

26: midbody || L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis 18: cytoplasmic mRNA processing body || C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum 27: transport vesicle P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila 3: nuclear speck|| P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus

11: Cajal body || O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri

19: aggresome || P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii

4: U5snRNP || S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana 12: U7 snRNP || L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera 20: inhibitory synapse || P.trichocarpa P.trichocarpa 5: earlyendosome || R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa 13: basal plasma membrane || U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor 6: integral toendoplasmicreticulum membrane || S.pombe S.pombe 21: postsynaptic membrane || B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus

14: cilium || N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis

22: trans-Golgi network || C.posadasii C.posadasii

15: cis-Golgi network || P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii 7: lateendosome || S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii 23: basolateral plasma membrane || 16: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment || K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata 8: intermediate filamentcytoskeleton || S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum 24: cell-cell junction || P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster 9: vacuolar proton-transporting V-typeATPase, V1domain || D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 5.9 6.0 6.0 6.0 6.0 6.0 6.1 6.1 6.1 6.1 6.1 6.2 6.2 6.2 6.2 6.2 6.3 6.3 6.3 6.3 6.4 6.4 6.7 6.8 6.8 6.8 6.9 7.1 7.1 7.2 7.2 7.2 7.3 7.3 7.3 Notes 19 2 23 /24252627 20 /2122 19 17 /18 15 /16 14 6 /13 11 /12 3 /10 9 8 5 /67 2 /34 1 PG h k c c j B i B B h B g g E f f e e c K Protein LOC81691 RHOBTB2 ARFGEF1 ARFGEF2 PIK3C2B H2BFWT ISG20L2 RFPL4B TRIM62 MYO1B WDR45 WDR34 PSMD4 H2BFM SPAG6 LRRC4 SENP3 ELAC1 NAA50 ASF1B ASF1A ZC3H4 RPL36 TRIM4 TRIM5 HIPK2 MCM6 WIPI1 HCN2 KRR1 EML4 RPS5 PSD3 PIGK ATR 45: clathrin-coated vesicle || 37: recycling endosome || 28: chromosome || 20: cytoplasmic mRNA processing body || 10: chromatin remodeling complex || 1: GPI-anchor transamidase complex|| Num ofECMGenes:1.Predicted455 ECM 12,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page4

11: chromatin || P.knowlesi P.vivax

2: integral toendoplasmicreticulum membrane || P.vivax P.falciparum P.falciparum 30: XYbody || 21: MLL1 complex || P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana 39: nuclear matrix || P.tricornutum P.tricornutum 12: nuclear membrane || C.merolae C.merolae 31: asymmetric synapse || 47: pre-autophagosomal structure || N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri 22: cytosolic small ribosomal subunit || C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa 40: small nuclear ribonucleoprotein complex || B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana 13: nucleosome || L.japonicus L.japonicus M.truncatula

3: brush border || M.truncatula 32: axonemal microtubule || V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens

48: pre-autophagosomal structure membrane D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis 14: axoneme || 23: ribonucleoprotein complex || C.neoformans C.neoformans

4: cellperiphery || P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe

33: cytoplasmic membrane-bounded vesicle || B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum

15: cilium || M.grisea M.grisea 41: endocytic vesicle || N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum 5: filopodium || A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus

24: axon || A.oryzae A.oryzae 16: flagellum || A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis

6: myosin complex|| C.posadasii C.posadasii

42: proteasome accessory complex || P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum

25: dendritic shaft || Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris

17: microtubule cytoskeleton || C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii 34: cytoplasmic vesicle || S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis 7: postsynaptic density ||

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii

26: synapse || K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus 43: proteasome complex || S.mikatae S.mikatae 18: cytosolic large ribosomal subunit || 35: dendritic spine || S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus

27: voltage-gated potassium channel complex || S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis

8: postsynaptic membrane || S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus

36: microtubule organizing center || P.humanus A.mellifera A.mellifera 44: autophagic vacuole membrane || N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti 19: MCM complex || 9: trans-Golgi network || C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 5.1 5.1 5.2 5.2 5.2 5.3 5.3 5.3 5.3 5.4 5.4 5.4 5.4 5.4 5.5 5.5 5.5 5.6 5.6 5.6 5.7 5.7 5.7 5.8 5.8 5.8 5.8 5.8 5.8 5.8 5.8 5.8 5.8 5.8 5.9 Notes 9 /4445464748 42 /43 23 41 9 /3940 9 /3132333435363738 28 /2930 24 /252627 22 /23 21 20 19 18 14 /151617 8 13 12 /13 11 10 7 /89 3 /456 1 /2 PG H p p p p p p p p p p p B K o B E n B m l l Protein ATP6V1C1 MYO18A MRE11A TRIM35 TRIM11 ARMC3 CCNB2 CCNB1 CCNA2 CCNA1 CCND2 CCND1 KMT2A CCNE2 CCNE1 DDX3Y TOP3A CNTD2 RABL6 UBTD1 UBTD2 GSPT2 PDCL3 DUS3L SF3A2 SF3A3 AKTIP CCNO COPA PODN NACA SUOX PCNA RPS9 CCNI 32: chromatin || 24: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment || 16: condensed nuclear chromosome || 9: spliceosomal complex || 1: apical part ofcell|| Num ofECMGenes:1.Predicted455 ECM 12,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page5

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi

33: nuclear membrane || L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis 2: cytoplasmic vesicle || T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis

10: mitochondrial intermembrane space || C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi

17: Mre11 complex || P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei

34: female pronucleus || P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila 3: proton-transporting two-sector ATPasecomplex || P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae

25: myosin complex || C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus 18: nuclear chromatin || O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens 11: proteinaceous extracellular matrix ||

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii 35: male pronucleus || S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata

26: COPI vesicle coat || A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula

19: DNA replication factor C complex || V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum 36: condensed nuclear chromosome outer kinetochore || A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus

4: proton-transporting V-type ATPase,V1domain || M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium 27: histone methyltransferase complex || S.commune S.commune 12: cytosolic small ribosomal subunit || C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina 20: microtubule cytoskeleton || P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii 28: MLL1 complex || 13: ribonucleoprotein complex || P.nodorum P.nodorum 5: FHFcomplex ||

37: spindle pole || T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii 21: nuclear replication fork || M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis 6: HOPS complex || 29: chromosome || 38: small nuclear ribonucleoprotein complex K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora 14: ribosome || C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae 22: PCNA-p21 complex || S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica 30: PML body || 7: catalytic step2spliceosome || C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE 15: chromosome, telomeric region || B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus 31: cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex || A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis 23: actomyosin || B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti 8: nuclear speck||

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 4.2 4.2 4.2 4.2 4.2 4.2 4.2 4.2 4.2 4.2 4.2 4.2 4.2 4.2 4.3 4.3 4.3 4.3 4.3 4.4 4.4 4.4 4.4 4.5 4.6 4.6 4.7 4.7 4.7 4.7 4.8 4.8 4.9 5.0 5.0 Notes 7 /938 20 36 /37 34 /35 20 31 31 /3233 31 29 /30 27 /28 26 23 /2425 19 /202122 15 /161718 12 /1314 11 10 7 /89 5 /6 1 /234 PG F O n s s s s s s s s s s s s s s s B E Q r r r q E p Protein HIST1H4G HIST1H4H HIST1H4D HIST1H4C HIST1H4B HIST1H4A HIST2H4B HIST2H4A HIST1H4K HIST1H4E HIST1H4F HIST1H4L HIST1H4J MAP3K12 SUPT16H HIST1H4I PAPOLG PAPOLB PAPOLA HIST4H4 LRRTM3 MRPS12 ZBTB17 CCNB3 GNA11 PDCL2 MLLT1 RPL15 AIMP1 PPAN NOS3 LSM3 PES1 ESF1 GPI 18: extrinsic to internal side of plasma membrane || 10: ribosome || 1: postsynaptic membrane || Num ofECMGenes:1.Predicted455 ECM 12,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page6

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi 11: mitochondrial ribosome || L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum 2: chromosome || B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia 19: heterotrimeric G-protein complex 12: small ribosomal subunit || T.thermophila T.thermophila 3: apical part ofcell|| P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays 4: caveola || O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata 13: aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex || A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa

5: endocytic vesiclemembrane || R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa 6: actincytoskeleton || P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus

14: transport vesicle || N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum

7: nucleosome || T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii 15: condensed chromosome || D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis 8: catalytic step2spliceosome ||

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae

16: PeBoW complex || S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi LOSS 9: cytosolic largeribosomal subunit|| C.briggsae C.briggsae C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera

17: preribosome, large subunit precursor || N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 3.7 3.7 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.9 3.9 3.9 3.9 3.9 3.9 3.9 3.9 3.9 3.9 3.9 3.9 3.9 3.9 3.9 3.9 3.9 4.0 4.0 4.0 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 Notes 18 /19 15 /1617 13 /14 11 /12 9 /10 8 6 /7 6 /7 3 /45 2 1 PG E L w w w a B h E B i d w E B v v u B t t t t Protein HMGB3P27 100508670 100294376 100510744 ABHD17A GTF2H2D GTF2H2C SETD1A LRRC40 VPS13A RPL13A GTF2H2 HMGB2 RFWD3 RPTOR KMT2D 653881 SSRP1 HSDL1 RPS18 EP300 TRIM3 HINT2 PUM1 PUM2 NME5 WIPI2 HCN1 LRG1 BBS4 LTN1 IARS ITPA GP5 FBL 35: pericentriolar material || 26: Set1C/COMPASS complex || 19: autophagic vacuole || 10: Cajal body || 1: holoTFIIH complex|| Num ofECMGenes:1.Predicted455 ECM 12,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page7

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi

11: granular component || L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii 2: dendrite || Protists

20: autophagic vacuole membrane || C.hominis C.hominis C.parvum 36: PML body C.parvum B.bovis B.bovis

27: condensed chromosome || T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi 3: lysosome || P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii 12: cytoplasmic stress granule || P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi 4: TORC1 complex|| O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri 21: pre-autophagosomal structure membrane || 28: BBSome || C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata 13: early endosome || A.thaliana

29: centriolar satellite || A.thaliana

5: histone methyltransferase complex|| L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis

14: chromosome || C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium

30: centriole || S.commune S.commune 22: cytosolic large ribosomal subunit || C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea 6: cytosolic smallribosomal subunit|| N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina 31: cilium membrane || 15: axon || P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans 16: chromatin || U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii

23: large ribosomal subunit || P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum 32: microtubule basal body || Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii 17: histone acetyltransferase complex || 7: ribosome || S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN

8: smallribosomal subunit || Z.rouxii

24: ribonucleoprotein complex || Z.rouxii V.polyspora V.polyspora 33: motile cilium || C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE 18: protein-DNA complex || B.malayi B.malayi LOSS 34: nonmotile primary cilium || C.briggsae C.briggsae C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex

9: boxC/D snoRNPcomplex || A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus

25: nuclear speck || A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 3.1 3.1 3.1 3.1 3.1 3.1 3.1 3.1 3.1 3.2 3.2 3.2 3.2 3.2 3.3 3.3 3.3 3.4 3.4 3.4 3.5 3.5 3.5 3.5 3.5 3.5 3.6 3.6 3.7 3.7 3.7 3.7 3.7 3.7 3.7 Notes 36 28 /29303132333435 14 27 5 /142526 22 /2324 19 /2021 16 /1718 2 /15 14 13 12 9 /1011 6 /78 5 2 /34 1 PG y y E T o E i q g E B g x x g g g j G E E E E E LOC100288562 LOC100289085 REXO1L11P REXO1L10P Protein PRKAR2A REXO1L1 RPL26L1 CHRAC1 ZMYND8 SNAPC4 RPUSD4 PHLPP2 SLC2A8 SLC2A6 ZBTB41 LINGO1 PSMC2 FEM1C 651921 ATAD5 AKR7L LRCH1 GSPT1 PTRH2 RXFP1 REV3L LATS1 RPL26 UBA1 TBCE PAN2 FNTA RPL5 PIGA SSB 15: cAMP-dependent protein kinase complex || 9: synaptic vesicle || 1: chromosome || Num ofECMGenes:1.Predicted455 ECM 12,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page8

10: glycosylphosphatidylinositol-N-acetylglucosaminyltransferase (GPI-GnT) complex || L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei 16: T-tubule || P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum 3: proteasome accessorycomplex || C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus

17: large ribosomal subunit O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

11: chromatin accessibility complex || U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum

5: microtubule organizingcenter || F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger Fungi

12: epsilon DNA polymerase complex || A.nidulans A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris 6: spindle pole|| C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii

7: microtubule associatedcomplex || K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii

13: cytosolic large ribosomal subunit || V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus 8: cytoplasmic vesiclemembrane || A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum 14: ribonucleoprotein complex || D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 2.5 2.5 2.5 2.5 2.5 2.5 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.7 2.7 2.7 2.7 2.8 2.8 2.8 2.8 2.8 2.8 2.8 2.8 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 3.0 3.0 3.0 3.0 3.0 3.0 Notes 13 17 14 15 /16 13 /14 11 /12 10 8 /9 7 5 /6 3 /4 1 /2 PG U x ~ ~ } E | | B E B { E T z z M M STON1-GTF2A1L Protein ANKRD13B METAP1D AKR1B10 DPAGT1 TRMT2A SUPT6H METTL1 SLC2A9 DIAPH1 GMPPB TRIM22 DAAM2 FBXW9 SNRPB BRCA1 ABCC2 EIF2B3 MAK16 TRMT1 DERL2 CHPT1 ZNRF2 ZNRF1 SF3B2 HIPK1 PMM2 PMM1 MDN1 BUB1 NMT2 NMT1 ABL1 IBTK INF2 33: nuclear envelope || 25: focal adhesion || 15: spliceosomal complex || 9: condensed chromosome kinetochore || 1: endosome || Num ofECMGenes:1.Predicted455 ECM 12,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page9

26: gamma-tubulin ring complex || L.braziliensis L.braziliensis

34: early endosome || T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum 16: U12-type spliceosomal complex || B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva

3: synaptic vesiclemembrane || P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum 10: condensed nuclear chromosome, centromeric region || P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia 35: late endosome || T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae 27: ribonucleoprotein complex || N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii

17: U7 snRNP || V.carteri V.carteri

4: endosome membrane || P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii

36: mitotic spindle || S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula 18: Cajal body || V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa

28: ruffle || R.communis R.communis T.trahens T.trahens

37: ruffle membrane D.discoideum D.discoideum 11: kinetochore || 5: lysosomal membrane || A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans 19: nuclear speck || 29: ubiquitin ligase complex || P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana 12: catalytic step 2spliceosome || S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa 6: presynaptic membrane || P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum 20: PML body || A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae 30: actin cytoskeleton || A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii 21: BRCA1-A complex || P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum

13: histone pre-mRNA 3'endprocessing complex || Y.lipolytica Y.lipolytica

7: eukaryotic translationinitiation factor2B complex || P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis

31: nuclear membrane || L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii 22: BRCA1-BARD1 complex || K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae

32: integral toendoplasmic reticulum membrane || S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE 14: small nuclear ribonucleoprotein complex || B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS 23: chromosome ||

8: intercellular canaliculus || C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti

24: filamentous actin || A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.9 1.9 1.9 2.0 2.0 2.1 2.1 2.1 2.1 2.1 2.1 2.2 2.2 2.2 2.2 2.2 2.3 2.3 2.3 2.3 2.3 2.3 2.3 2.3 2.4 2.4 2.4 2.4 2.4 2.4 2.4 2.4 2.4 2.5 2.5 Notes 36 /37 32 /3435 12 /1516 33 30 32 30 /31 21 /2223242526272829 19 /20 18 /19 12 /1314151617 9 /1011 8 2 7 4 /56 1 /23 PG T T T E B L E B B P L E w w Protein HMGB1P40 HMGB1P40 100508832 RTN4RL2 POLR2G AKR1C2 AKR1B1 AKR1D1 AKR1C4 TXNL4B TXNL4A EFTUD1 ZC3H7B LRRC58 RPL10L DIAPH2 TRIML1 WHSC1 DAAM1 EIF4G1 TOP2A HCFC2 CDC27 RPS16 RPL10 TTC37 CDIPT YIPF5 ECM2 CAPS NOX5 SPEN EPN3 EPN1 RNF2 34: membrane raft || 26: clathrin-coated vesicle || 18: DNA-directed RNA polymerase II, core complex || 9: Golgi cisterna membrane || 1: earlyendosome || Num ofECMGenes:1.Predicted455 ECM 12,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page10

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major 35: eukaryotic translation initiation factor 4Fcomplex || 2: stress fiber || L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum 27: anaphase-promoting complex ||

10: chromosome || B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum

3: transcriptional repressor complex|| P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila 19: centriole || P.infestans P.infestans 11: nuclear membrane || T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii 28: spindle || V.carteri V.carteri

20: nuclear chromosome || P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays 36: spliceosomal complex O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon 12: MLL1 complex || A.lyrata A.lyrata 4: cytosolic largeribosomal subunit|| A.thaliana

29: spindle microtubule || A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum

21: nucleoid || A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa 13: nuclear body || U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune 30: cytosolic small ribosomal subunit || C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe 22: synaptonemal complex || B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum 5: Skicomplex || F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea

14: PcG protein complex || N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae

6: transcriptionally activechromatin || A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis 23: interstitial matrix || C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum 31: small ribosomal subunit || T.melanosporum T.melanosporum

15: PRC1 complex || Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis 24: proteinaceous extracellular matrix ||

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii

16: sex chromatin || K.waltii K.waltii 7: endoplasmic reticulumexit site||

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii 32: anchored to plasma membrane || V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis

17: ubiquitin ligase complex || S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum 25: coated pit || P.humanus P.humanus

8: ERtoGolgi transportvesicle || A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis

33: external side of plasma membrane || B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.7 1.7 1.7 1.8 1.8 1.8 1.8 1.8 1.8 1.9 1.9 1.9 1.9 1.9 1.9 Notes 36 36 35 32 /3334 30 /31 27 /2829 26 25 23 /24 19 /202122 18 12 /1314151617 10 /11 7 /89 5 /6 4 4 3 2 1 PG { B u Z B c c E T T Protein SUMO2P7 TRMT10B TRMT10A TRMT10C NOTCH3 KDELR2 AKR1C3 AKR1C2 GOT1L1 H2AFB1 H2AFB3 H2AFB2 VAMP8 ABCC3 XRCC3 TMED9 TMED4 TMED2 RBM15 GLRX5 DNAL1 H2AFV CPSF1 RPLP1 H2AFZ RPS20 NAT10 STX16 NME7 GOT1 GOT2 CHD6 PSD4 RNF4 PSD 22: trans-Golgi network transport vesicle || 17: COPI-coated vesicle membrane || 9: secretory granule membrane || 1: ruffle || Num ofECMGenes:1.Predicted455 ECM 12,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page11

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis 2: trans-Golgi network || T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata 10: SNARE complex || T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi 18: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment || P.vivax P.vivax

3: cytosolic largeribosomal subunit|| P.falciparum P.falciparum

23: cis-Golgi network || P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae 11: cytosolic small ribosomal subunit || N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri 24: microtubule cytoskeleton || P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa

4: mRNA cleavageandpolyadenylation specificity factorcomplex || B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens

19: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane || D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus 12: nuclear nucleosome || S.punctatus S.punctatus 25: PML body || M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum 26: axon terminus || F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa

13: transcriptionally active chromatin || P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans 5: earlyendosome || 27: lysosome U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis

20: Golgi cisterna membrane || S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus 6: lateendosome membrane || 14: nucleosome || C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus 15: Barr body || S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica

21: zymogen granule membrane || C.owczarzaki C.owczarzaki

7: lysosomal membrane || M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS 16: COPI-coated vesicle || C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura 8: recycling endosome || A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.1 1.1 1.1 1.1 1.1 1.1 1.2 1.2 1.2 1.2 1.2 1.2 1.2 1.2 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.3 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 Notes 26 /27 24 /25 23 18 /1922 16 /1718192021 12 /13 14 /15 14 12 /13 10 11 5 /678910 4 3 2 1 /2 PG M W B N E B } T B E i B S T E HSPE1-MOB4 RNASEH2A Protein METTL21A SLC38A4 KCNAB2 LRSAM1 EXOSC2 PSMD13 PDZRN3 AKR1C1 TRMT1L SH3RF2 HADHB COPG1 COPG2 WDR74 UBE4A RBM25 SETD2 UFD1L TRNT1 RPS13 RNF43 VPS18 PRIM1 COQ3 CLIP3 DHPS PGLS HCN3 TMX2 NSD1 TAF9 TRIO TPI1 34: pre-snoRNP complex || 25: mitochondrial nucleoid || 18: proteasome complex || 10: late endosome membrane || 1: earlyendosome membrane || Num ofECMGenes:1.Predicted455 ECM 12,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page12

3: membrane raft|| P.infestans P.infestans

36: transcription factor TFIIDcomplex || T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi

12: chromosome || O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri

20: ribonuclease H2 complex || C.reinhardtii C.reinhardtii

27: cytosolic small ribosomal subunit || V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor 4: recycling endosomemembrane || Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana 13: exosome (RNase complex) || L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis 37: transcription factor TFTCcomplex || T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum

21: neuromuscular junction || A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans 28: ribosome || P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune

5: trans-Golgi network || C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe

14: nuclear speck || B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa 29: ubiquitin ligase complex || P.anserina P.anserina

22: membrane part || P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus 38: COPI vesicle coat N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus 6: trans-Golgi networkmembrane || A.oryzae A.oryzae

15: alpha DNA polymerase:primase complex || A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum 23: mitochondrial envelope || Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris

30: nuclear envelope || C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE 7: actinfilament || A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora

31: Cajal body || V.polyspora 24: mitochondrial fatty acid beta-oxidation multienzyme complex || C.glabrata C.glabrata 16: juxtaparanode region ofaxon || S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica 8: earlyendosome || C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE 32: MLL1 complex || B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis

9: HOPS complex || B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum 17: proteasome accessory complex || D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura 33: PCAF complex || A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.7 0.7 0.7 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.9 0.9 0.9 0.9 0.9 0.9 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.1 1.1 1.1 1.1 Notes 38 38 31 /3233343536 37 30 29 27 /28 23 /242526 22 21 20 17 /1819 16 15 14 12 13 12 7 /891011 1 /23456 PG L m m X B E E E E T E k E E Protein ANKRD62 ALDH1B1 ALDH1A1 ALDH9A1 TBC1D31 MAPRE3 MAPRE2 KCNAB3 UBQLN3 ASNSD1 POLR2F COASY SUMO3 KDM6A DTYMK CMTR2 CYB5B CYB5A NARFL 652022 SREK1 PLCG2 PLCG1 CERS5 CUL4A PLCD4 PLCD1 ESYT1 DGKA NARF CUL2 PFKL LNX2 TLR9 IPO7 26: nuclear lamina || 17: ruffle || 10: nuclear membrane || 1: basolateral plasmamembrane || Num ofECMGenes:1.Predicted455 ECM 12,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page13

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis 18: signalosome || T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major

27: nuclear lumen || L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists 11: 6-phosphofructokinase complex || C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 2: earlyphagosome ||

19: mitochondrial outer membrane || P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei

28: CIA complex P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae

3: endolysosome membrane || N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri 12: Cul4A-RING ubiquitin ligase complex || C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor 20: microtubule cytoskeleton || Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa 4: endosome || R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans 21: cytoplasmic microtubule || 13: Cul4-RING ubiquitin ligasecomplex || P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune 5: endosome membrane || C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus 22: midbody ||

6: lysosome || A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii 14: Cul2-RING ubiquitin ligasecomplex || C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris 23: histone methyltransferase complex || 7: nuclear pore|| C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii

8: kinetochore || K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae 15: lamellipodium || S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki 9: DNA-directed RNApolymerase II,corecomplex || 24: spliceosomal complex || M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum 16: neuron projection || P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae 25: lamin filament || A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.4 0.4 0.4 0.5 Notes 28 25 /2627 24 23 19 21 /22 20 19 19 15 /161718 14 12 /13 11 10 9 8 7 1 /23456 PG Protein VBP1 1: prefoldincomplex Num ofECMGenes:1.Predicted455 ECM 12,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page14

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.0 Notes 1 PG J J J J J J D I H C G F E E D A A C B A B A A A Protein PRKAR2B PRKAR2A ANKRD45 ARFGEF1 ARFGEF2 TATDN2 VPS13A VPS13C SEL1L2 IQSEC3 TRIM21 ERCC3 NARFL ATAD5 CSE1L DDX23 REV3L NAT10 DIEXF PIAS4 PIAS3 PIAS2 PIAS1 ZMIZ2 ZMIZ1 MDN1 NARF XPOT KRR1 PSD4 PSD3 ESF1 TAF9 IPO7 PSD 43: synapse || 34: SCF ubiquitin ligase complex || 26: STAGA complex || 17: chromosome || 9: trans-Golgi network || 1: asymmetric synapse || Num ofECMGenes:1.Predicted405 ECM 13,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei

44: nuclear replicationfork T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major 18: zeta DNA polymerase complex || L.braziliensis L.braziliensis 27: transcription factor TFIID complex || T.gondii T.gondii Protists 10: nuclear matrix ||

2: axonemal microtubule || C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 35: membrane raft || P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia 11: small nuclear ribonucleoprotein complex || T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana

3: cytoplasmic membrane-bounded vesicle || P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae 19: cAMP-dependent protein kinase complex || 36: holo TFIIH complex || N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri 28: transcription factor TFTC complex || C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

4: cytoplasmic vesicle || S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis 20: T-tubule || 29: lamin filament || C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana 38: catalytic step 2spliceosome || S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum 13: postsynaptic membrane || 21: ruffle || M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa

5: dendritic spine|| P.anserina P.anserina 30: nuclear lamina || P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus 22: Cajal body || A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii 6: microtubule organizingcenter || P.nodorum P.nodorum 31: nuclear lumen || T.melanosporum T.melanosporum 14: postsynaptic density || 39: U5 snRNP || Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris

23: MLL1 complex || C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis 40: nuclear speck ||

K.lactis K.lactis PRESENCE 32: CIA complex || A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN

24: PCAF complex || Z.rouxii Z.rouxii 15: nuclear pore || V.polyspora V.polyspora C.glabrata

7: recycling endosome || C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica 33: cytoplasmic mRNA processing body || 41: PML body || C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE

16: ribonucleoprotein complex || B.malayi 25: pre-snoRNP complex || B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum 8: symmetric synapse|| P.humanus P.humanus

42: dendrite || A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 9.8 10.7 10.7 10.7 10.7 10.7 10.7 11.3 11.4 11.6 11.7 11.7 11.7 11.9 12.3 12.4 12.4 12.7 12.9 13.8 13.8 13.8 14.7 14.9 15.0 15.4 15.5 16.1 17.6 17.8 18.2 18.4 18.5 29.9 Notes 44 40 10 /41 42 /43 40 /41 40 15 38 /39 36 /37 19 /35 16 /3334 32 29 /3031 15 22 /232425262728 9 9 /21 19 /20 17 /18 16 15 9 /1314 9 /1213 9 /1011 1 /23456789 PG G O T T S A G R G Q G P O N M L F G K G RSL24D1P11 Protein SLC25A25 TMEM30A ATP6V1H MAP3K5 LONRF2 RAD23A ZFAND4 TATDN3 YEATS4 TBC1D9 WRNIP1 RNF135 TRIM25 SDAD1 ASCC3 FBXO8 UHRF2 UBL4B CDKL2 PFDN5 PUS7L PRPF8 VPS53 UTP18 TAF1L ISG15 SIRT1 CHD1 XRN1 PTEN PUS7 GZF1 PIGO ISCU 25: trans-Golgi network || 17: nuclear euchromatin || 9: NuA4 histone acetyltransferase complex || 1: transcription factorTFIID complex|| Num ofECMGenes:1.Predicted405 ECM 13,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page2

2: cellprojection || P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi

10: nuclear matrix || P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae 27: vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain ||

19: nuclear inner membrane || N.gruberi N.gruberi 3: internal sideofplasmamembrane || O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii

11: endosome membrane || V.carteri V.carteri P.patens P.patens

12: GARP complex || D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus 4: myelin sheathadaxonal region|| S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana

28: prefoldin complex B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum 13: chromatin silencing complex || F.graminearum 21: catalytic step 2 spliceosome || F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri 5: neuron projection|| A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica

14: ESC/E(Z) complex || P.pastoris P.pastoris 22: nuclear speck || C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii 6: PMLbody || M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii 7: Schmidt-Lanterman incisure ||

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN 23: U5 snRNP || Z.rouxii Z.rouxii 15: nuclear chromatin || V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis 24: intermediate filament cytoskeleton || S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans 16: nuclear envelope || D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum 8: proteasome complex || P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 6.6 6.9 6.9 7.0 7.0 7.0 7.0 7.1 7.2 7.2 7.3 7.4 7.4 7.5 7.5 7.5 7.6 7.6 7.6 7.6 7.6 7.7 7.7 7.7 7.7 7.7 7.8 8.0 8.1 8.1 8.2 8.2 8.5 8.8 9.2 Notes 28 27 25 /26 24 21 /2223 18 6 /1314151617181920 11 /12 9 /10 8 2 /34567 1 PG G G b b a a Z Z R Y X P W W V V G U U U B O Protein LOC81691 DYNC2H1 RNF113A H2BFWT ATAD2B ISG20L2 KDELR3 KDELR1 SUPT5H RFPL4B VPS13D INPP5K INPP5E WDR34 H2BFM SPAG6 CNOT8 CNOT7 652215 LRRC6 SENP3 NAA50 ELAC1 ASF1A ASF1B CDK13 TRIM5 MCM6 HINT1 PGM3 EML4 XRN2 LSM2 STX2 UBD 26: nucleosome || 17: membrane raft || 9: trans-Golgi network || 1: nuclear cyclin-dependent proteinkinaseholoenzyme complex || Num ofECMGenes:1.Predicted405 ECM 13,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page3

27: nuclear membrane || L.major L.major

18: midbody || L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists 10: cilium axoneme || C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum 19: transport vesicle || P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii

28: axoneme || P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila 11: Golgi cisterna membrane || P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus 2: nuclear speck|| O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii 29: flagellum || 20: apical part of cell || V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata

12: CCR4-NOT complex || A.thaliana A.thaliana 3: cilium ||

30: microtubule cytoskeleton || L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa 21: dynein complex || R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus 4: cis-Golgi network|| S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune 13: cytoplasmic mRNA processing body || C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe 22: motile primary cilium ||

31: MCM complex || B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea 5: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment || N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae

32: DSIF complex || A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii 23: catalytic step 2 spliceosome || C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum 14: aggresome || Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii 33: MLL1 complex S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis 15: basolateral plasma membrane ||

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN 24: chromatin || Z.rouxii Z.rouxii 6: neuron projection|| V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis 25: chromatin remodeling complex || S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS 7: ruffle || C.elegans C.elegans

16: cell-cell junction || D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori

8: rufflemembrane || T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 5.6 5.7 5.7 5.7 5.7 5.8 5.8 5.9 6.0 6.0 6.0 6.0 6.0 6.0 6.0 6.0 6.0 6.1 6.2 6.2 6.2 6.2 6.3 6.3 6.3 6.3 6.4 6.4 6.4 6.4 6.4 6.4 6.4 6.5 6.6 Notes 33 13 32 31 3 /282930 26 /27 26 25 24 14 23 10 /202122 15 /16171819 14 12 /13 10 /11 6 /789 4 /5 3 1 /2 PG G d G G c c B G G L C G Protein ATP6V1C1 PIK3C2B MYO18A MRE11A POLR3F VPS13B TRIM35 TRIM11 TRIM62 PSMD4 KMT2A TOP3A PCGF1 RABL6 UBTD1 UBTD2 GSPT2 DUS3L NOL10 ZC3H4 SF3A2 SF3A3 AKTIP TRIM4 HIPK2 COPA NACA PCNA PELO HCN2 XAB2 RPS9 RPS5 PIGG ATR 34: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment || 26: condensed nuclear chromosome || 18: FHF complex || 10: XY body || 1: axon || Num ofECMGenes:1.Predicted405 ECM 13,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page4

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia

2: dendritic shaft|| T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei

11: endocytic vesicle || T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major 19: HOPS complex || L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 3: synapse || P.knowlesi P.knowlesi

27: Mre11 complex || P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi 12: proteasome accessory complex || P.berghei P.berghei 20: DNA-directed RNA polymerase III complex || P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans 4: voltage-gated potassium channelcomplex || T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae

35: myosin complex || C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus 28: nuclear chromatin || O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata

13: proteasome complex || A.lyrata

36: COPI vesicle coat || A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula

29: DNA replication factor C complex || V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa

21: catalytic step 2 spliceosome || R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus 5: cytosolic smallribosomal subunit|| S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium 37: histone methyltransferase complex || S.commune 14: apical part ofcell || S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa

22: nuclear speck || P.anserina P.anserina 30: microtubule cytoskeleton || P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri 15: cytoplasmic vesicle || A.flavus A.flavus 6: ribonucleoprotein complex || A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii 38: MLL1 complex || 23: spliceosomal complex || P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii 31: nuclear replication fork || M.guilliermondii M.guilliermondii

16: proton-transporting two-sector ATPase complex || S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans 7: PcGprotein complex || C.dubliniensis C.dubliniensis 39: small nuclear ribonucleoprotein complex

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN 24: ribosome || Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae 32: PCNA-p21 complex || S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki

8: chromosome || M.brevicollis M.brevicollis 25: chromosome, telomeric region || S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus

17: proton-transporting V-typeATPase, V1domain || A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis 33: actomyosin || 9: PMLbody || B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 4.4 4.4 4.5 4.5 4.5 4.5 4.5 4.6 4.6 4.6 4.6 4.6 4.7 4.7 4.8 4.9 4.9 5.0 5.0 5.0 5.1 5.2 5.2 5.3 5.3 5.4 5.4 5.5 5.5 5.6 5.6 5.6 5.6 5.6 5.6 Notes 21 /2339 37 /38 36 8 /9 33 /3435 29 /303132 25 /262728 5 /624 21 21 /2223 20 18 /19 14 /151617 12 /13 11 8 /910 7 5 /6 1 /234 PG Y G j i i h g G f f f f G G Q e e e N O I Protein 100510744 TUBGCP2 MAP3K12 GTF2H2C GTF2H2D SUPT16H PAPOLG PAPOLB PAPOLA MRPS12 GTF2H2 ZBTB17 RPTOR KMT2D 653881 DDX3Y SSRP1 HSDL1 MLLT1 RPS18 RPL15 AIMP1 TRIM3 HINT2 PUM2 PUM1 NME5 NOS3 RSG1 CHD2 LSM3 PES1 ITPA FBL GPI 26: box C/D snoRNP complex || 18: dendrite || 11: small ribosomal subunit || 1: cilium || Num ofECMGenes:1.Predicted405 ECM 13,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page5

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis 2: microtubule basalbody || T.brucei T.brucei

19: lysosome || T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum

12: aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex || B.bovis B.bovis

27: Cajal body || T.annulata T.annulata T.parva T.parva

20: TORC1 complex || P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi

3: chromosome || P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans 28: granular component || P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi

21: histone methyltransferase complex || O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri

4: apical part ofcell|| C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon

29: cytoplasmic stress granule || A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana

13: transport vesicle || L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera

5: caveola || P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus

22: cytosolic small ribosomal subunit || M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans 6: endocytic vesiclemembrane || P.chrysosporium P.chrysosporium

14: condensed chromosome || S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor 30: early endosome S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae

7: catalytic step2spliceosome || A.niger A.niger Fungi 23: cytoplasmic microtubule || 15: PeBoW complex || A.nidulans A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus 16: preribosome, large subunit precursor || C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE 24: microtubule organizing center ||

8: cytosolic largeribosomal subunit|| A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans

17: holo TFIIH complex || D.pulex D.pulex 25: spindle pole || A.pisum A.pisum

9: ribosome || P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti Metazoa

10: mitochondrial ribosome || C.quinquefasciatus C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 3.6 3.6 3.6 3.7 3.7 3.7 3.7 3.7 3.7 3.8 3.8 3.9 3.9 3.9 3.9 3.9 3.9 3.9 4.0 4.0 4.0 4.0 4.0 4.1 4.1 4.2 4.2 4.3 4.3 4.3 4.3 4.3 4.3 4.3 4.4 Notes 30 3 29 26 /2728 23 /2425 9 /1122 21 18 /1920 17 14 /1516 12 /13 10 /11 8 /9 7 4 /56 3 1 /2 PG G b b m m b b g l l l H k O H H H j j j G G C V LOC100288562 LOC100289085 PPAN-P2RY11 REXO1L10P REXO1L11P Protein HMGB3P27 100508670 TUBGCP3 ABHD17A REXO1L1 SLC36A4 CHRAC1 ZMYND8 EIF4E1B SETD1A PHLPP2 SLC2A8 SLC2A6 RPL13A HMGB2 RFWD3 INPP5J PSMC2 FEM1C EIF4E2 PTRH2 LATS1 EP300 EIF4E UBA1 HCN1 LRG1 FNTA PIGA IARS 34: chromatin accessibility complex || 26: eukaryotic translation initiation factor 4F complex || 19: proteasome complex || 11: ribonucleoprotein complex || 1: dendritic shaft|| Num ofECMGenes:1.Predicted405 ECM 13,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page6

35: epsilon DNA polymerase complex P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum

3: ruffle || P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans 27: RNA-induced silencing complex || T.pseudonana T.pseudonana

13: histone methyltransferase complex || P.tricornutum P.tricornutum 4: axon || C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri 21: spindle pole || C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens 5: dendrite ||

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus

22: microtubule associated complex || M.truncatula M.truncatula 6: chromatin || V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa 28: centriole || R.communis R.communis T.trahens T.trahens

14: nuclear speck || D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis

7: histone acetyltransferase complex|| C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium

29: polar microtubule || S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana

15: Set1C/COMPASS complex || S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea

23: mRNA cap binding complex || N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri 30: spindle || A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii 8: protein-DNA complex || C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum 31: cytoplasmic vesicle membrane || 16: condensed chromosome || T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae

24: cytoplasmic mRNA processing body || D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis 9: cytosolic largeribosomal subunit||

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora

17: PML body || C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae 32: synaptic vesicle || S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta 25: cytoplasmic stress granule || S.mansoni S.mansoni ABSENCE

18: proteasome accessory complex || B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex

10: large ribosomal subunit || A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus 33: glycosylphosphatidylinositol-N-acetylglucosaminyltransferase (GPI-GnT) complex || A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 2.9 2.9 3.0 3.0 3.0 3.0 3.0 3.0 3.0 3.0 3.0 3.0 3.0 3.0 3.0 3.1 3.1 3.1 3.2 3.2 3.2 3.2 3.3 3.3 3.3 3.3 3.3 3.3 3.3 3.3 3.4 3.5 3.5 3.5 3.5 Notes 34 /35 33 31 /32 28 /2930 23 /24252627 23 23 22 20 /21 18 /19 17 16 12 12 /131415 9 /1011 6 /78 4 /5 1 /23 PG s r r H H O q q G O G H p p o o n n d Q b STON1-GTF2A1L Protein ANKRD13B METAP1D RPL26L1 SNAPC4 TRMT2A ZBTB41 IGFALS GMPPB TRIM22 SNRPB AGAP3 BRCA1 ABCC2 EIF2B3 MAK16 TMTC1 TRMT1 GSPT1 CHPT1 ZNRF2 ZNRF1 RPL26 HIPK1 PMM1 PMM2 SLIT2 BUB1 TBCE NMT1 NMT2 PAN2 ABL1 RPL5 IBTK 34: nuclear membrane 24: PML body || 16: spliceosomal complex || 10: presynaptic membrane || 1: cytosolic largeribosomal subunit|| Num ofECMGenes:1.Predicted405 ECM 13,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page7

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi

25: BRCA1-A complex || L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum 17: U12-type spliceosomal complex || 11: eukaryotic translation initiation factor 2Bcomplex || B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi

2: ribonucleoprotein complex || P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei 26: BRCA1-BARD1 complex || P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii

18: U7 snRNP || V.carteri V.carteri P.patens P.patens 3: cellperiphery || S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays

27: chromosome || O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana 12: intercellular canaliculus || L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula 19: condensed chromosome kinetochore || V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa

4: largeribosomal subunit || R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus 28: filamentous actin || S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor 13: catalytic step 2spliceosome || S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum 5: endosome || M.grisea M.grisea

29: focal adhesion || N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum 20: condensed nuclear chromosome, centromeric region || A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger 6: lysosome || A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis

30: gamma-tubulin ring complex || C.posadasii C.posadasii

14: histone pre-mRNA 3'endprocessing complex || P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae

7: synaptic vesiclemembrane || D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora 31: ruffle || C.glabrata C.glabrata 21: kinetochore || S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae

8: endosome membrane || S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis 32: ubiquitin ligase complex || 15: small nuclear ribonucleoprotein complex || S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS 22: Cajal body || C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori

9: lysosomal membrane || T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura

23: nuclear speck || A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti 33: actin cytoskeleton || C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 2.3 2.3 2.3 2.3 2.4 2.4 2.4 2.4 2.4 2.4 2.4 2.4 2.5 2.5 2.5 2.5 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.6 2.7 2.7 2.7 2.7 2.7 2.7 2.7 2.8 2.8 2.9 2.9 Notes 33 33 /34 2 /2526272829303132 23 /24 22 /23 19 /2021 13 /1415161718 12 11 8 /910 5 /67 1 4 3 1 /2 PG w w s G H H H H C G M v v u j j t t t t t G m Protein HMGB1P40 HMGB1P40 100508832 100510614 RHOBTB2 RAPGEF3 POLR2G LRRTM2 LRRC8C LRRTM4 SUPT6H ZC3H7B SLC2A9 RPL10L DIAPH1 DIAPH2 WHSC1 DAAM1 DAAM2 GGPS1 SHOC2 TOP2A HCFC2 CDC27 DERL2 RPL10 SF3B2 CDIPT CAPS SPEN NOS1 EPN1 EPN3 RNF2 INF2 34: anaphase-promoting complex || 24: MLL1 complex || 17: chromosome || 9: photoreceptor inner segment || 1: nuclear envelope|| Num ofECMGenes:1.Predicted405 ECM 13,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page8

25: nuclear body || L.braziliensis L.braziliensis 2: catalytic step2spliceosome || T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata

10: sarcolemma || T.parva T.parva 35: spindle || P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei 26: PcG protein complex || P.yoelii P.yoelii

19: cAMP-dependent protein kinase complex || P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans 36: spindle microtubule || T.pseudonana T.pseudonana

11: sarcoplasmic reticulum || P.tricornutum P.tricornutum C.merolae 3: spliceosomal complex || C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor

27: PRC1 complex || S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon

37: clathrin-coated vesicle || A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus

12: stress fiber || M.truncatula M.truncatula 4: U12-type spliceosomalcomplex || V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis

20: endomembrane system || T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum 28: sex chromatin || A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans 13: mitotic spindle || P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune 38: coated pit C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum 29: ubiquitin ligase complex || F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea 5: earlyendosome ||

21: postsynaptic membrane || N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum

14: ruffle membrane || A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis 6: integral toendoplasmicreticulum membrane || C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum

30: centriole || T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica 15: transcriptional repressor complex || P.pastoris P.pastoris 22: protein phosphatase type 1 complex || C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans 31: nuclear chromosome || C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica 16: cytosolic large ribosomal subunit || 7: lateendosome || C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis

23: DNA-directed RNA polymerase II, core complex || M.brevicollis 32: nucleoid || S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera

33: synaptonemal complex || N.vitripennis N.vitripennis 8: dendritic spine|| B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.8 1.8 1.8 1.8 1.8 1.8 1.8 1.9 1.9 1.9 1.9 1.9 1.9 1.9 2.0 2.0 2.0 2.0 2.0 2.1 2.1 2.1 2.1 2.1 2.1 2.1 2.1 2.1 2.1 2.1 2.1 2.2 2.2 2.2 2.3 Notes 38 37 34 /3536 30 /313233 24 /2526272829 23 21 22 21 19 /20 17 /18 16 16 15 13 /14 12 5 8 /91011 5 /67 2 /34 1 PG G h U { { { G G H y y z z z y y y u o H D G x Protein SMARCA2 TRMT10B TRMT10A TRMT10C NOTCH3 KDELR2 LRRC8E H2AFB2 H2AFB1 H2AFB3 ZSWIM2 EFTUD1 TRIML1 EIF4G1 VAMP8 RNGTT XRCC3 TMED2 TMED9 TMED4 RBM15 GLRX5 DNAL1 H2AFV CPSF1 H2AFZ RPS20 RPS16 STX16 IPO11 NME7 NOX5 CHD6 RNF4 TPI1 31: PML body 24: trans-Golgi network transport vesicle || 16: intermediate filament cytoskeleton || 9: secretory granule membrane || 1: cytosolic smallribosomal subunit|| Num ofECMGenes:1.Predicted405 ECM 13,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page9

2: smallribosomal subunit || P.vivax P.vivax 17: nBAF complex || P.falciparum P.falciparum

25: COPI-coated vesicle || P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae 11: mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex || N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus

18: npBAF complex || O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri 3: eukaryotic translationinitiation factor4F complex || P.patens P.patens 26: COPI-coated vesicle membrane ||

27: Golgi cisterna membrane || P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor 20: SWI/SNF complex || S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum

4: nuclear pore|| F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea 12: nucleosome || N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae 21: WINAC complex || 28: zymogen granule membrane || A.niger A.niger 5: earlyendosome || A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii 13: Barr body || C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis 14: nuclear nucleosome || 22: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment || 6: lateendosome membrane || L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE

29: cis-Golgi network || A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae

15: transcriptionally active chromatin || S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki 7: lysosomal membrane || M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta 30: microtubule cytoskeleton || S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum

23: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane || D.melanogaster D.melanogaster

8: recycling endosome || D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.3 1.3 1.3 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.4 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.5 1.6 1.6 1.6 1.6 1.7 1.7 1.7 1.7 1.8 Notes 30 /31 29 22 /2325262728 22 /2324 16 /1718192021 14 /15 14 /15 12 /13 12 1 10 11 5 /678910 4 3 1 /2 PG o ~ ~ Q G } } Q G X Q H | K G C O G RNASEH2A Protein KCNAB2 EXOSC2 PSMD13 PDZRN3 RPL27A SH3RF2 PTP4A1 ZNF362 ZNF470 ZNF648 MYSM1 DTYMK COPG1 COPG2 WDR74 CWC22 DNAH6 UBE4A RBM25 SETD2 UFD1L TRNT1 RPS13 RNF43 GNAI2 GNAI3 PRIM1 COQ3 DHPS HCN3 TMX2 CPN2 NSD1 TRIO 25: cytosolic small ribosomal subunit || 17: cilium axoneme || 9: internal side ofplasma membrane || 1: chromosome || Num ofECMGenes:1.Predicted405 ECM 13,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page10

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum 2: exosome (RNasecomplex) || L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis 18: neuromuscular junction || T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi

10: spindle || P.vivax P.vivax 26: ribosome || P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans 3: alphaDNA polymerase:primase complex || T.pseudonana T.pseudonana 19: extrinsic to internal side of plasma membrane || 11: juxtaparanode region ofaxon || P.tricornutum P.tricornutum C.merolae

27: ubiquitin ligase complex || C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

28: COPI vesicle coat || P.trichocarpa P.trichocarpa 12: chromatin remodeling complex || R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum

4: nuclear speck|| A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis 20: heterotrimeric G-protein complex || C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe 29: nuclear envelope S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum

5: proteasome accessorycomplex || S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina

13: catalytic step 2spliceosome || P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans

21: membrane raft || U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris 6: proteasome complex || C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis 14: spliceosomal complex || S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus

22: midbody || C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora

7: proteasome regulatoryparticle || C.glabrata C.glabrata 23: zymogen granule || S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus

15: ribonuclease H2complex || S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex

24: cytosolic large ribosomal subunit || A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori 8: earlyendosome || T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura 16: axonemal dyneincomplex || A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.8 0.9 0.9 0.9 0.9 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.1 1.1 1.1 1.1 1.1 1.1 1.1 1.1 1.2 1.2 1.2 1.2 1.2 Notes 29 28 28 27 25 /26 24 19 /202122 19 /20212223 18 16 /17 15 13 /14 12 11 8 /910 5 /67 4 3 1 2 1 PG S G k x | H H H H Protein HSD11B1L RABGGTA ANKRD62 TBC1D31 KCNAB3 UBQLN3 POLR2F LRRIQ4 COASY SUMO3 CCNB3 CCND1 CCNB2 CCNB1 CCNA2 CCNA1 CCND2 CMTR2 CYB5B CYB5A XRCC2 CCNE2 CCNE1 652022 CERS5 CUL4A CNTD2 DGKA CCNO NEMF CUL2 PFKL LNX2 CCNI LUM 17: Cul4A-RING ubiquitin ligase complex || 9: microtubule cytoskeleton || 1: extracellular matrix|| Num ofECMGenes:1.Predicted405 ECM 13,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page11

10: female pronucleus || B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum

18: Cul4-RING ubiquitin ligase complex || P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia 3: Golgilumen || T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum

11: male pronucleus || C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens

4: lysosomal lumen|| P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata

12: condensed nuclear chromosome outer kinetochore || A.thaliana A.thaliana 19: Cul2-RING ubiquitin ligase complex || L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis

5: proteinaceous extracellular matrix|| T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea 20: mitochondrial outer membrane N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus 6: chromatin || A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus 13: spindle pole || A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum

7: cyclin-dependent protein kinaseholoenzyme complex|| T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae 14: kinetochore || D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN 15: DNA-directed RNA polymerase II,core complex || Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS

8: nuclear membrane|| C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti Metazoa 16: 6-phosphofructokinase complex || C.quinquefasciatus C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.4 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.6 0.6 0.6 0.6 0.6 0.7 Notes 20 20 20 19 17 /18 16 8 15 14 7 9 12 /13 10 /11 9 7 6 /78 1 /2345 PG H H H G G G | MPHOSPH10 Protein LOC642574 LOC642574 100508128 TRAPPC5 DNAJC13 MAPRE3 MAPRE2 PDZRN4 AKR7A3 DUSP21 VPS33A VPS26A VPS26B RPL23A TRIM10 SREK1 LRCH3 JADE1 BIRC3 BIRC2 18: lateendosome|| 10: TORC2complex|| 1: microtubulecytoskeleton|| Num ofECMGenes:1.Predicted405 ECM 13,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page12

19: lateendosomemembrane|| L.braziliensis L.braziliensis 11: TRAPPcomplex|| T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum

2: cytoplasmicmicrotubule|| B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia 12: CD40receptorcomplex|| T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana

20: lysosomalmembrane|| P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus 3: midbody|| O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon 4: spliceosomalcomplex|| 13: internalsideofplasmamembrane || A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus 21: histoneacetyltransferasecomplex L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium 5: retromercomplex|| S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana

14: chromosome|| S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus 6: endosome|| N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger 15: smallnucleolarribonucleoprotein complex|| A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum

7: endosomemembrane|| T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN

8: vesicle|| Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae 16: earlyendosome|| S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica

9: cytosoliclargeribosomalsubunit || C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum

17: HOPScomplex|| P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 Notes 21 16 /17181920 14 /15 12 /13 11 9 /10 5 /678 5 4 2 /3 1 PG E E E E E E E E E E E E E E E E E C C D D D C C C B A A LOC100506545 HIST1H2BM HIST1H2BG HIST1H2BO HIST1H2BH HIST1H2BD HIST1H2BC HIST1H2BB HIST1H2BA HIST3H2BB HIST1H2BN HIST1H2BE HIST2H2BE Protein HIST1H2BF HIST2H2BF HIST1H2BJ HIST1H2BI LDHAL6A TRMT10B TRMT10A TRMT10C H2AFB3 H2AFB2 H2AFB1 TMTC3 H2AFV TRNT1 H2AFZ VPS35 NMD3 PCNA NAPA NAPB XRN2 RPS7 17: Barr body || 9: aggresome || 1: 90Spreribosome || Num ofECMGenes:1.Predicted79 ECM 14,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi 18: extrinsic to plasma membrane 10: DNA replication factor Ccomplex || L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis 2: cytosolic smallribosomal subunit|| T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae 11: microtubule cytoskeleton || N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus 3: microtubule organizingcenter || O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

12: nuclear replication fork || P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum

4: ribonucleoprotein complex || A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum

13: PCNA-p21 complex || F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum

5: ribosome || A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii 14: nuclear nucleosome || 6: small-subunit processome || P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii

15: transcriptionally active chromatin || K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii 7: endosome || V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis

8: synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex || S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera 16: nucleosome || N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 8.0 8.0 8.0 8.0 8.0 8.0 8.0 8.0 8.0 8.0 8.0 8.0 8.0 8.0 8.0 8.0 8.0 8.3 8.6 9.5 9.6 10.2 10.2 10.2 10.2 10.2 10.2 10.2 10.2 13.2 14.8 17.7 17.7 19.8 Notes 16 16 16 16 16 16 /18 16 16 16 16 16 16 16 /17 16 14 /15 14 /15 10 /111213 9 8 8 7 1 /23456 PG J J G H E E I F B H G F E E E RSL24D1P11 HIST1H2BK Protein HIST1H2BL 100510546 100507927 H2BFWT UBXN2B NOTCH1 CAPNS1 RPL35A NFKBID TRIM60 PSMD4 H2BFM ASNA1 LRRC6 CDKL2 PPM1J PHF5A RPLP2 RPS14 RPL18 UTP18 RPL13 TRIM5 HINT1 EMG1 LSM3 XRN1 RER1 IFT80 STX5 NIP7 GPI SRI 25: catalytic step 2spliceosome 19: MAML1-RBP-Jkappa- ICN1 complex || 10: microtubule basalbody || 1: nucleosome || Num ofECMGenes:1.Predicted79 ECM 14,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page2

11: intermediate filament cytoskeleton || B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum 20: cytoplasmic mRNA processing body || P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae 3: cytosolic ribosome|| N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens 12: nuclear matrix || S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata

21: proteasome accessory complex || A.thaliana A.thaliana

4: integral toGolgimembrane || L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis

13: nuclear speck || T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe 14: U12-type spliceosomal complex ||

5: sarcoplasmic reticulummembrane || B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum

22: proteasome complex || F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii

23: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane || P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica 15: U2 snRNP || P.pastoris P.pastoris 6: vesicle || C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis 7: Zdisc ||

K.lactis K.lactis PRESENCE 16: cilium || A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus 8: cytosolic smallribosomal subunit|| S.mikatae S.mikatae

17: nuclear membrane || S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera

18: acrosomal vesicle || N.vitripennis N.vitripennis 24: SNARE complex || B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura

9: cilium axoneme || A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.6 0.7 1.4 1.6 1.6 1.8 1.9 2.3 2.5 2.5 2.5 2.5 2.6 2.8 3.0 3.0 3.0 3.1 3.5 3.9 3.9 4.2 4.4 4.8 4.9 5.2 5.3 5.5 5.6 6.3 7.2 7.6 8.0 8.0 8.0 Notes 25 2 23 /24 21 /22 20 18 /19 1 1 /17 2 16 12 /131415 2 11 9 /10 8 5 /67 4 2 /3 1 1 PG I K K K K Protein 100510744 GTF2H2C GTF2H2D GTF2H2 653881 RPL15 AIMP1 HINT2 HCN1 FBL 9: axon|| 1: cytosoliclargeribosomalsubunit|| Num ofECMGenes:1.Predicted79 ECM 14,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page3

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia

10: dendrite T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi

2: ribosome|| P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana

3: aminoacyl-tRNAsynthetasemultienzymecomplex|| P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

5: holoTFIIHcomplex|| A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae 6: boxC/DsnoRNPcomplex|| D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae 7: Cajalbody|| S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans

8: granularcomponent|| D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.1 0.2 0.2 0.2 0.4 0.4 0.4 0.4 0.5 0.6 Notes 9 /10 6 /78 5 3 /4 1 /2 PG A F F B D E E B B D D D B C D B A C B B B B B B A Protein LOC81691 DYNC1H1 PPP1R42 SLC2A13 ISG20L2 DNAH11 DNAH10 DNAH12 PNPLA6 PNPLA7 PDE11A LRRC46 WDR34 DNAH3 ABCC2 DNAH9 DNAH8 DNAH5 DNAH7 DNAH1 DNAH6 SPAG6 CYB5B CYB5A TOP3A PDE3A PDE3B PDE9A PDE6C DNAL1 COQ3 HCN2 PGS1 18: PMLbody || 10: mitochondrial membrane || 1: manchette|| Num ofECMGenes:1.Predicted32 ECM 15,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi 2: microtubulecytoskeleton || 19: cytoplasmic dyneincomplex || L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis 11: nuclear membrane|| T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia

3: microtubuleorganizing center|| T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans

20: axoneme || T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae 12: intercellular canaliculus || N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii

21: flagellum || S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus 4: axonemaldynein complex|| M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera 13: perikaryon || P.trichocarpa P.trichocarpa 22: axon || R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans 23: dendritic shaft|| P.chrysosporium P.chrysosporium

14: ruffle membrane|| S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe

5: ciliumaxoneme || B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum 24: synapse || A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus

15: guanyl-nucleotide exchange factorcomplex || N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger

6: dyneincomplex || A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis 25: voltage-gated potassium channelcomplex C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis 7: cilium|| L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii 8: microtubule-based flagellum|| L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii

16: mitochondrial outermembrane || V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum

9: lysosomalmembrane || P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori 17: chromosome || T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.0 0.2 0.3 0.4 0.6 0.6 0.6 0.6 1.0 1.1 1.3 1.6 1.6 2.0 2.1 2.2 4.8 5.0 5.0 5.1 5.3 5.5 5.8 6.1 8.3 8.5 9.2 11.2 11.7 15.0 15.0 21.5 Notes 22 /232425 2 /72021 19 17 /18 16 16 4 /5 5 /6 15 14 13 4 /5 12 4 /5 9 /1011 4 /58 4 /5 4 /57 4 /56 5 /6 4 /5 1 /23 PG Protein VPS13A IQSEC3 SNRPB ERCC4 RBBP6 OXA1L ATAD5 FIP1L1 NAT10 DPH6 15: smallnuclearribonucleoproteincomplex|| 9: chromosome,telomericregion|| 1: chromosome|| Num ofECMGenes:1.Predicted9 ECM 16,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum 2: microtubuleorganizingcenter|| L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 10: nuclearchromosome,telomericregion|| P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei 16: spliceosomalcomplex|| P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum 3: inhibitorysynapse|| P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor

17: U12-typespliceosomalcomplex|| Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon 11: nucleotide-excisionrepaircomplex|| A.lyrata A.lyrata 4: postsynapticmembrane|| A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea 5: trans-Golginetwork||

18: U7snRNP L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum 12: mRNAcleavageandpolyadenylationspecificityfactorcomplex || F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae 6: integraltomitochondrialmembrane|| A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN 7: mitochondrialmembrane|| Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata

13: catalyticstep2spliceosome|| C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex 8: mitochondrialrespiratorychain|| A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori 14: histonepre-mRNA3'endprocessingcomplex|| T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.2 2.3 3.2 3.3 3.9 3.9 4.0 5.2 6.9 Notes 13 /1415161718 12 9 /1011 6 /78 3 /45 1 /2 PG Protein TRIM72 SF3B5 TRIP4 1: microtubuleorganizingcenter|| Num ofECMGenes:1.Predicted2 ECM 17,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 2: U12-typespliceosomalcomplex|| P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii 3: cytoplasmicvesiclemembrane|| S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium 4: sarcolemma S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.5 2.1 Notes 3 /4 2 1 PG A A A Protein NUDCD3 NUDCD2 SF3B5 NUDC 1: condensedchromosomekinetochore|| Num ofECMGenes:1.Predicted3 ECM 18,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum 2: microtubuleorganizingcenter|| P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays

3: spindlepole|| O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum 4: U12-typespliceosomalcomplex A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.1 0.1 4.1 Notes 4 1 /23 PG K K K K K K K J I H G G G G F E D C B A B B A JMJD7-PLA2G4B Protein EBNA1BP2 ALDH16A1 AKR1B10 SDR42E1 SLC27A2 PDCD6IP CLCNKB CLCNKA PTPN23 PHGDH GRHPR WDR52 PPME1 TMED7 CLCN7 CLCN6 CLCN5 CLCN4 CLCN3 LARP4 CTBP2 CTBP1 SNX30 DPP10 GNAS PGM5 ADH6 ALG2 REV1 DPP9 LNX1 IPO9 GCA FAP 43: vesicle membrane|| 33: internal side ofplasma membrane || 25: peroxisomal matrix || 18: integral to endoplasmic reticulum membrane || 10: microtubule basalbody || 1: melanosome || Num ofECMGenes:1.Predicted95 ECM 19,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum 2: microtubule organizingcenter || L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii 44: apical partofcell|| Protists

26: transcriptional repressor complex || C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum

11: extrinsic to internal sideof plasma membrane || B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax 34: sarcolemma || P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia 19: integral to peroxisomal membrane || T.thermophila T.thermophila 45: endosome membrane || P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana

3: nuclear pore|| P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi 35: stress fiber || O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii 27: synapse || V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays

4: invadopodium membrane || O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon 12: heterotrimeric G-protein complex || 46: cytoplasmic vesicle || A.lyrata 36: Z disc || A.lyrata A.thaliana A.thaliana

28: cell-cell adherens junction || L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula

20: peroxisomal membrane || V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum 37: lysosome || A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium 5: lamellipodium || P.chrysosporium 47: lysosomal membrane || S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe 38: early endosome || B.fuckeliana B.fuckeliana 29: costamere || S.sclerotiorum 13: intrinsic to membrane || S.sclerotiorum 21: COPI vesicle coat || F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum 6: lamellipodium membrane || A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus 48: chloride channelcomplex 30: dystrophin-associated glycoprotein complex || A.oryzae A.oryzae

39: early endosome membrane || A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii 22: COPII vesicle coat || C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii 14: ruffle || P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii

7: cilium || M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis 15: trans-Golgi network membrane || L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis 23: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment ||

K.lactis K.lactis PRESENCE

40: late endosome || A.gossypii A.gossypii 8: cytoplasmic membrane-bounded vesicle || K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata

31: focal adhesion || S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki

41: late endosome membrane || M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta ABSENCE 16: transport vesicle || S.mansoni S.mansoni B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex 32: intercalated disc || A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori

9: endosome || T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura

17: endoplasmic reticulum lumen || A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti 24: endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane || Metazoa

42: transport vesicle membrane || C.quinquefasciatus C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 5.7 5.9 6.0 6.3 6.3 6.3 6.3 6.3 6.3 6.3 6.6 6.7 6.7 6.9 7.2 7.2 8.1 8.4 8.5 8.6 8.6 8.6 8.6 8.8 8.9 9.2 9.3 9.4 9.9 10.4 11.0 14.2 16.8 18.3 Notes 48 48 46 /47 45 44 /45 39 /41 38 /3940414243 37 28 /2930313233343536 26 /27 26 25 21 /222324 17 /181920 11 /1213141516 7 /8910 4 /56 3 1 /2 PG E E E H E E F A D D O N M O N D L M I H H E L D TMED7-TICAM2 Protein LOC729468 CYP21A1P 100287382 LRSAM1 CYP1B1 LRRC66 SLC9A6 FBXL15 KDM2B ADH1C ADH1B ADH1A CAND2 NSDHL ABCC3 RHPN2 RBM28 SPHK2 GNA14 GNA11 UCHL1 SCAF8 ESYT3 ESYT2 VAT1L GNAQ PGM1 GNAZ SVOP GCH1 ADH4 ADH7 PDK3 SV2A 18: recycling endosome membrane || 9: synaptic vesicle membrane || 1: nuclear matrix|| Num ofECMGenes:1.Predicted95 ECM 19,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page2

10: cytoplasmic vesicle || T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi 19: lysosomal membrane || P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila 3: extrinsic tointernalside ofplasmamembrane || P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi 11: nuclear membrane || O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii 20: actin cytoskeleton || V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula 12: lipid particle || V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis 21: microtubule cytoskeleton T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus 4: heterotrimeric G-protein complex|| S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium 13: synaptic vesicle || S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus 14: SCF ubiquitin ligase complex || A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus 5: nuclear envelope|| A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii 6: cell-cell junction|| S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis

15: membrane part || C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata 7: neuromuscular junction || S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae

16: PcG protein complex || S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera 8: presynaptic activezone || N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori

17: early endosome membrane || T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.7 1.7 1.7 1.7 1.7 1.7 1.7 1.7 1.7 1.9 1.9 2.0 2.0 2.3 2.4 2.4 2.4 2.6 2.8 2.9 2.9 2.9 3.1 3.1 3.2 3.5 3.7 3.9 3.9 4.2 4.4 4.9 5.0 5.1 5.6 Notes 21 20 19 3 /411 3 /4 17 /18 16 15 14 2 3 /4 9 /13 12 10 /11 6 /789 3 /45 1 /2 PG J R R C E Q Q D D M P P P J J B P P P P Protein ALDH3B1 ALDH1L1 PIKFYVE MTHFD2 CYB5D2 CHMP5 LAMA3 ACCSL GNAT3 GNAT1 PRELP ZADH2 LRRC2 CCBL1 ALDH2 CCBL2 CLIP4 ACCS WIPI1 WIPI2 NENF SNX7 DPP4 GPT2 GPT TAT 25: pre-autophagosomal structure|| 17: autophagicvacuole|| 9: photoreceptorconnectingcilium || 1: endocyticvesicle|| Num ofECMGenes:1.Predicted95 ECM 19,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page3

18: autophagicvacuolemembrane || C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva

26: trans-Golginetwork || P.knowlesi P.knowlesi 10: photoreceptorinnersegment || P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana 3: invadopodiummembrane|| P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri 27: peroxisome || 19: pre-autophagosomalstructuremembrane || C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii

11: photoreceptoroutersegment || S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus 28: cytoplasmicvesicle membrane|| L.japonicus

4: lamellipodium|| M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans

5: lamellipodiummembrane|| P.chrysosporium P.chrysosporium 12: photoreceptoroutersegmentmembrane || S.commune S.commune 20: basementmembrane|| C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum 29: cytoplasmicvesicle || M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae 21: laminin-1complex|| 6: membraneraft|| A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii

30: earlyendosome membrane|| P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica 13: extracellularmatrix|| Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii

7: extrinsictointernalsideofplasma membrane|| M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus

22: laminin-5complex|| L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii 14: Golgilumen|| V.polyspora V.polyspora 31: lateendosome membrane|| C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae

23: clathrin-coatedvesicle|| S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE 15: lysosomallumen|| B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex 8: heterotrimericG-proteincomplex || A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera

32: vesiclemembrane N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum 24: endosomemembrane|| D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae 16: proteinaceousextracellularmatrix || A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.0 0.0 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.7 0.8 0.9 1.0 1.4 1.4 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 1.6 Notes 6 /2429303132 28 27 24 18 /1923242526 20 /2122 17 /1819 13 /141516 7 /81011 7 /89101112 1 /23456 PG C B B C B B A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A Protein 100510540 100508571 SLC2A12 RABEPK KLHDC2 DNAH12 PDE10A PDE11A CNGA2 DNAH1 PDE3A PDE3B PDE6C PDE5A PDE2A PDE6A PDE1B PDE1A PDE1C PDE6B PDE8A PDE9A PDE8B PDE7B PDE7A PDE4C PDE4B PDE4A PDE4D VPS18 18: lateendosome membrane|| 10: ciliumaxoneme || 1: microtubuleorganizing center|| Num ofECMGenes:1.Predicted29 ECM 20,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

19: lysosomalmembrane T.annulata T.annulata T.parva T.parva 2: rufflemembrane || P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii

12: axonemaldynein complex|| P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae 3: primarycilium || N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon

4: perikaryon|| A.lyrata A.lyrata 13: endomembrane system|| A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus

5: membraneraft || S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea 14: intracellularcyclic nucleotideactivatedcationchannel complex|| L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum 6: presynapticmembrane || M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum

7: guanyl-nucleotide exchangefactorcomplex|| T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii

15: actinfilament || K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis 9: endosomemembrane || N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster 17: HOPScomplex || D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.0 0.3 1.3 1.4 2.5 2.5 3.9 4.4 4.4 13.2 16.7 17.4 19.6 20.5 26.6 26.6 26.6 26.6 26.6 26.6 29.3 30.0 30.0 39.2 39.2 39.2 39.2 39.2 39.2 Notes 15 /16171819 14 13 10 /1112 10 /11 8 /9 7 5 /6 4 2 3 2 1 PG D D A C C B B A Protein 100290337 NUDCD3 LMAN1L TOPBP1 TRIM21 UGGT2 OTUD3 CLCN2 ZNRF1 ZNRF2 NUDC RAG1 DDB1 24: SCFubiquitinligasecomplex 17: endosome|| 9: dendrite|| 1: chromosome|| Num ofECMGenes:1.Predicted12 ECM 21,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

18: lysosome|| L.infantum L.infantum 2: condensednuclearchromosome|| L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva

11: Cul4A-RINGubiquitinligasecomplex|| P.knowlesi P.knowlesi

19: synapticvesiclemembrane|| P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae 3: malegermcellnucleus|| N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii 20: endoplasmicreticulumlumen|| S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa

12: Cul4B-RINGubiquitinligasecomplex|| B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula

4: microtubuleorganizingcenter|| V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium 21: endoplasmicreticulum-Golgiintermediatecompartment|| S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum

13: Cul4-RINGubiquitinligasecomplex|| F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea 5: PMLbody|| N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger Fungi 6: spindlepole|| A.nidulans A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii 7: endoplasmicreticulum-Golgiintermediatecompartmentmembrane || 14: endosomemembrane|| S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus

22: cytoplasmicmRNAprocessingbody|| C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae

15: lysosomalmembrane|| S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans

23: ribonucleoproteincomplex|| D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori

16: presynapticmembrane|| T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti 8: chloridechannelcomplex||

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.1 0.1 0.8 2.2 2.5 2.5 2.5 3.0 3.0 3.8 5.2 5.5 Notes 22 /2324 20 /21 17 /1819 14 /1516 11 /1213 8 /910 7 1 /23456 PG A A A A Protein MTHFD2 JARID2 KDM4D KDM5C KDM4E BUB1B UBXN1 COX18 GCH1 PDK1 8: dendrite|| 1: anaphase-promotingcomplex|| Num ofECMGenes:1.Predicted9 ECM 22,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

2: condensedchromosomekinetochore|| T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi

10: cytoplasmicvesicle|| P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii 11: nuclearmembrane|| S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays

3: condensedchromosomeouterkinetochore|| O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus 12: pyruvatedehydrogenasecomplex|| S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum

4: kinetochore|| M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus

13: integraltomitochondrialinnermembrane|| A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans 5: microtubuleorganizingcenter|| U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii 6: spindlemidzone||

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora

14: ESC/E(Z)complex|| C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE 7: Cdc48p-Npl4p-Ufd1pAAAATPasecomplex|| B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex 15: histonemethyltransferasecomplex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.1 1.1 1.1 1.1 1.3 1.7 2.2 3.3 8.8 Notes 14 /15 13 12 10 /11 7 /89 1 /23456 PG A A Protein CLASP1 CLASP2 9: kinetochore|| 1: cellcortex|| Num ofECMGenes:1.Predicted1 ECM 23,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

10: spindlemicrotubule L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae

3: cytoplasmicmicrotubule|| N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN

7: trans-Golginetwork|| Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS

8: corticalmicrotubulecytoskeleton|| C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 30.8 Notes 1 /2348910 1 /234567 PG A A A A A A Protein DPYSL5 DPYSL3 DPYSL4 DPYSL2 CRMP1 USH2A DPYS 12: stereociliumbundle|| 1: dendrite|| Num ofECMGenes:1.Predicted6 ECM 24,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

3: spindle|| P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri 4: growthcone|| P.patens P.patens

5: terminalbutton|| V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune

6: cellbody|| C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina

7: exocyticvesicle|| P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum 8: filamentousactin|| Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii

9: lamellipodium|| K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.3 50.2 51.8 54.2 57.7 64.8 Notes 10 /111213 1 4 /6789 1 /45 1 /23 PG Protein EPB41L5 EXOC7 KERA RMI1 10: rufflemembrane 1: centriolarsatellite|| Num ofECMGenes:1.Predicted3 ECM 25,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

2: exocyst|| T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum 3: growthconemembrane|| P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens Plants 4: microtubuleorganizingcenter|| S.moellendorffii S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans 5: Golgilumen|| P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa

6: lysosomallumen|| P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum 7: proteinaceousextracellularmatrix|| T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae

8: extrinsictomembrane|| S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis

9: focaladhesion|| B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 2.0 9.0 26.4 Notes 8 /910 5 /67 1 /234 PG E E D D C C B B A A A Protein DHFRL1 NPEPL1 GMPPB ALDOC ALDOA ALDOB EIF2B3 CTPS2 CTPS1 DHFR LAP3 8: Iband|| 1: centriolarsatellite|| Num ofECMGenes:1.Predicted10 ECM 26,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis 9: plateletalphagranulelumen|| T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis

2: lysosome|| T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi 3: microtubuleorganizingcenter|| P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia 10: axon|| T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus

11: eukaryotictranslationinitiationfactor2Bcomplex O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa 4: roughendoplasmicreticulummembrane|| B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum

5: smoothendoplasmicreticulummembrane|| M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis

6: actincytoskeleton|| C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus

7: extracellularvesicularexosome|| S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.2 1.2 1.7 1.7 4.9 4.9 5.1 5.1 46.3 46.3 Notes 11 10 6 /789 1 /2345 PG B A A A A B A A B B A A A A A A A A A A A B B B A A A A A A B A A A Protein ARHGEF25 ARHGEF19 ARHGEF4 ARHGEF5 RAPGEF1 PLEKHA7 SPATA13 TGFB1I1 ABLIM3 PDLIM7 PDLIM5 FBLIM1 HMHA1 AJUBA LMX1A LIMD1 LIMS2 LIMS1 TRIP6 LMO1 LMO2 LMO3 LMO4 LPXN LDB3 LHX4 FHL3 FHL2 FHL5 WTIP BCR PXN ZYX TES LPP 20: postsynaptic membrane || 10: actin cytoskeleton || 1: cell-cell junction|| Num ofECMGenes:1.Predicted124 ECM 27,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

21: microtubule associated complex || B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi 12: Z disc || P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae 13: filopodium || N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri 3: focaladhesion || C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens 22: cell-cell adherens junction || P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa

14: ruffle membrane || B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus

4: lamellipodium || M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa 23: ruffle ||

15: RNA-induced silencing complex || U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium 5: microtubule organizingcenter || S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana 24: cell projection || S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger 25: podosome || Fungi 16: pseudopodium || A.nidulans A.nidulans

6: cellcortex || U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii

26: myofibril || M.guilliermondii M.guilliermondii 7: stress fiber || S.stipitis S.stipitis L.elongisporus 17: extracellular matrix || L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN 27: sarcomere || Z.rouxii Z.rouxii

8: adherens junction|| V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus 18: nuclear matrix || S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis 28: endosome S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS

9: interleukin-1 receptorcomplex || C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera 19: postsynaptic density || N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 10.2 11.0 11.4 11.4 11.8 12.7 12.9 13.1 13.4 14.5 15.0 16.6 16.6 16.9 16.9 16.9 16.9 16.9 17.0 17.0 17.0 17.3 17.6 17.8 21.9 22.4 23.4 23.9 24.5 27.5 28.4 29.5 29.8 49.1 Notes 28 26 /27 3 /2425 3 /71023 3 /722 3 /4621 10 /121920 3 /1718 12 /16 7 /12 3 2 /3815 3 14 4 /1314 3 /101112 3 3 /9 3 2 /8 3 /67 1 /2345 PG B D A A A A C B B B B B B B B B A D A A A B A A C C C C C B B B B RALGAPA1 RALGAPA2 Protein ARHGAP32 ARHGAP17 ARHGAP29 ARHGEF17 ARHGEF16 PRICKLE2 PRICKLE3 PRICKLE1 ARHGAP6 PLEKHG6 PLEKHG1 SIPA1L3 SIPA1L2 AMIGO1 ABLIM1 PDLIM3 DNMBP ZNF831 LMX1B SKAP1 PREX2 ZFPM1 TIAM1 CRIP2 SIPA1 HUS1 NCF1 LHX8 LHX6 LHX3 NET1 TSC2 GMIP 20: postsynaptic membrane || 11: actin cytoskeleton || 1: NADPH oxidasecomplex || Num ofECMGenes:1.Predicted124 ECM 27,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page2

21: checkpoint clamp complex || B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii

13: Z disc || P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans

3: caveola || T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri 14: nuclear membrane || 22: axon || C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens 4: cytoskeletal part||

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon 23: cleavage furrow || A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa 15: transcriptional repressor complex || R.communis R.communis

5: dendrite || T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis 24: spindle pole || U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune

6: growth cone|| C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa

25: Golgi stack || N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum

16: cell-cell junction || A.clavatus A.clavatus 7: TSC1-TSC2 complex || A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii

26: synapse || C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica

17: tight junction || P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae

8: endomembrane system || D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis

27: apicolateral plasma membrane || S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii 18: endosome membrane ||

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae 9: cellcortex || S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta 28: lateral plasma membrane

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS 19: postsynaptic density || 10: extracellular matrix || C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 5.8 5.9 6.0 6.2 6.2 6.2 6.3 6.6 6.8 6.8 7.2 7.6 8.1 8.1 8.1 8.1 8.1 8.1 8.3 8.3 8.6 8.7 9.1 9.2 9.4 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.5 9.6 9.8 9.8 9.9 Notes 14 /2728 25 /26 23 /24 22 21 9 /11181920 17 16 15 14 11 11 /13 11 /12 9 /10 8 3 /4567 1 /2 PG F B B B B B A B B B B B B B B B B B C C C C E B B A E A A B A B B Protein RASGEF1B ARHGAP18 ARHGAP33 ARHGAP30 ARHGAP21 RAP1GAP2 ARHGEF37 ARHGEF10 ARHGEF11 RACGAP1 RAP1GAP RASGRF1 ARHGEF9 ARHGEF3 PLEKHG3 GARNL3 SIPA1L1 PHLDB1 SH3GL3 SH3GL2 ABLIM2 ZNF524 ZNF219 KNDC1 RASA1 CD2AP CSRP3 MCF2L SYNE2 PREX1 FNBP1 TIAM2 LHX1 LHX5 FHL1 37: nuclear membrane || 29: early endosome membrane || 20: cell cortex || 10: cytoplasmic vesicle membrane || 1: lamellipodium || Num ofECMGenes:1.Predicted124 ECM 27,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page3

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi

21: coated pit || L.infantum L.infantum

2: actincytoskeleton || L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists 38: nuclear outer membrane || C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata 30: intrinsic tointernal side of plasma membrane || T.parva T.parva

11: filopodium || P.knowlesi P.knowlesi

22: cytoplasmic membrane-bounded vesicle || P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii 3: intermediate filamentcytoskeleton || P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum 12: growth cone || C.merolae 39: sarcoplasmic reticulum || C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa 13: acrosomal vesicle || B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana 31: filopodium membrane || A.thaliana 23: lysosome || L.japonicus L.japonicus

4: Zdisc || M.truncatula M.truncatula V.vinifera

40: sarcoplasmic reticulum membrane || V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus 5: dendritic spine|| M.globosa M.globosa 24: filamentous actin || U.maydis U.maydis 14: centralspindlin complex || C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea 32: focal adhesion || L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea 6: postsynaptic density || N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina

25: ruffle || P.chrysogenum P.chrysogenum 41: SUN-KASH complex A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri 15: cleavage furrow || 33: lamellipodium membrane || A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans

26: early endosome || U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum 7: postsynaptic membrane || T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii 16: midbody || M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis 27: late endosome || 34: mitochondrial part || C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii 17: mitotic spindle ||

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii 8: dendrite || V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae 28: clathrin-coated endocytic vesicle membrane || S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica 35: nuclear envelope || C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis 9: guanyl-nucleotide exchange factorcomplex || S.rosetta S.rosetta ABSENCE 18: spindle midzone || S.mansoni S.mansoni B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori 36: nuclear lumen || T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura

19: neuron projection || A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.0 1.1 1.2 1.2 1.2 1.3 1.7 1.8 1.9 1.9 1.9 2.0 2.1 2.5 2.6 2.6 2.6 2.9 2.9 3.3 3.3 3.3 3.3 3.3 3.5 3.5 4.3 4.3 4.4 4.7 4.9 5.1 5.2 5.3 5.3 Notes 4 /313233343536 /3738394041 25 /30 29 28 26 /27 2 /2425 22 20 /212223 12 /19 13 /1415161718 1 /1112 10 8 /9 5 /67 4 2 /3 1 PG A B B B B B B B B B B B E F B B B B B Protein RASGEF1C ARHGAP23 RASGEF1A RAPGEFL1 ARHGEF1 RALGPS2 RALGPS1 RAPGEF5 RALGDS FNBP1L SH3D21 ZNF217 LMCD1 TMED1 SYDE2 RGL3 RGL1 RGL4 RGL2 NF1 8: endoplasmicreticulum-Golgiintermediate compartmentmembrane|| 1: cytoplasmicmembrane-boundedvesicle|| Num ofECMGenes:1.Predicted124 ECM 27,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page4

2: cellcortex|| P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus 3: axon|| O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii 9: extracellularmatrix V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays

4: dendrite|| O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis 5: intrinsictointernalsideofplasmamembrane|| T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger Fungi 6: histonedeacetylasecomplex|| A.nidulans A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii

7: endoplasmicreticulum-Golgiintermediatecompartment|| K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.2 0.2 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.7 0.8 0.8 0.9 0.9 0.9 0.9 0.9 0.9 Notes 9 7 /8 6 3 /45 1 /2 1 PG A A Protein FRYL FRY 1: microtubuleorganizingcenter|| Num ofECMGenes:1.Predicted1 ECM 28,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 2: spindlepole P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 49.7 Notes 1 /2 PG Protein SLC35C1 SCAF11 KCNQ1 UBXN6 GSTA4 1: microtubuleorganizingcenter|| Num ofECMGenes:1.Predicted4 ECM 29,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 2: basolateralplasmamembrane|| P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens 3: earlyendosome|| S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis

4: lateendosome|| T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe 5: lysosome|| B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus

6: sarcolemma|| N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica 7: voltage-gatedpotassiumchannelcomplex|| P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 2.3 2.3 4.6 7.2 Notes 2 /345678 1 PG A A A A A Protein 100129898 MATN2 MATN4 GSTA3 SYAP1 FBLN2 FLOT1 GAS6 OIT3 11: extracellularmatrix|| 1: caveola|| Num ofECMGenes:1.Predicted8 ECM 30,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

12: proteinaceousextracellularmatrix|| C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum 3: endosome|| P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae

4: flotillincomplex|| N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii

13: nuclearenvelope|| V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana 5: melanosome|| L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa

14: endoplasmicreticulumlumen|| R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa

6: membraneraft|| U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa 7: microtubuleorganizingcenter|| P.anserina P.anserina

15: Golgilumen|| P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii

16: plateletalphagranulelumen P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii 8: sarcolemma|| M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii 9: signalosome|| V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE 10: basementmembrane|| B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.2 1.0 2.3 3.3 3.9 7.2 9.0 16.3 Notes 14 /1516 11 /12 13 10 /1112 1 /23456789 PG A A Protein RASSF1 PDZD8 1: microtubulecytoskeleton|| Num ofECMGenes:1.Predicted1 ECM 31,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

2: microtubuleorganizingcenter|| B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii 3: spindlepole V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.2 Notes 1 /23 PG D G F F F F F F E D D D D D D D C C B B A A A A A A C1GALT1C1 Protein CACNA2D2 CATSPER3 HS3ST3A1 HS3ST3B1 WBSCR17 GALNT12 GALNT18 GALNT15 GALNT11 SULT1A2 SULT2B1 SULT2A1 SULT1C4 SULT1B1 SULT1E1 MTHFSD GALNT3 GALNT9 GALNT7 COL6A5 SLC8A1 SLC8A3 P4HA1 CLIC6 CLIC3 CLIC2 CLIC1 CLIC4 CLIC5 NEIL1 MBD4 KLC4 ISPD ND2 30: chromosome || 21: transport vesicle || 10: microvillus || 1: actincytoskeleton || Num ofECMGenes:1.Predicted54 ECM 32,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum 11: midbody || L.major L.major 31: chromatin || L.braziliensis L.braziliensis 22: mitochondrial respiratory chain complex I || 2: cellcortex || T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi

12: nuclear matrix || P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum 32: endoplasmic reticulum lumen || P.chabaudi P.chabaudi 3: chloride channelcomplex || P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi

13: brush border || O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens Plants 23: voltage-gated calcium channel complex || S.moellendorffii S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays 4: microtubule organizingcenter ||

33: kinesin complex || O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana

14: nuclear envelope || A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus

34: Golgi cisterna membrane M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium 15: nuclear membrane || S.commune S.commune

5: stereocilium || C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe 24: collagen || B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus 6: apical part ofcell|| A.fumigatus A.fumigatus 25: extracellular matrix || N.fischeri N.fischeri 16: dendritic spine || A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica

7: cell-cell junction|| P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae 17: sarcolemma || D.hansenii D.hansenii

26: acrosomal vesicle || M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN 8: cytoplasmic vesiclemembrane || 18: intercalated disc || Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus 27: CatSper complex || S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi 19: T-tubule ||

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum

28: cilium || P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera 9: microtubule cytoskeleton || N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum

20: Z disc || D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae

29: flagellar membrane || A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 4.1 4.7 5.0 5.0 5.5 5.9 6.6 6.7 6.7 6.7 6.7 6.7 6.7 8.1 8.2 8.8 9.2 10.3 10.3 10.3 10.3 10.3 10.3 10.3 11.0 11.0 12.4 22.9 29.9 35.2 66.7 69.9 82.7 99.8 Notes 34 33 32 31 4 /30 26 /272829 24 /25 15 23 22 21 16 /17181920 16 /17 3 3 3 3 /131415 1 /36789101112 1 /2345 PG D D C C C C C C D G D C G E D Protein CACNA2D1 CATSPER2 GALNT16 GALNT10 SLC18B1 CTNND1 GALNT2 GALNT1 GALNT6 HS3ST6 HS3ST4 HS3ST2 HS3ST1 ERLIN1 NDST4 NDST3 NDST2 P4HA3 P4HA2 SGSH 10: Golgicisternamembrane|| 1: sarcoplasmicreticulum|| Num ofECMGenes:1.Predicted54 ECM 32,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page2

3: voltage-gatedcalciumchannelcomplex|| P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum

12: Golgistack|| C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa 13: integraltoGolgimembrane || B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera

4: endoplasmicreticulumlumen|| P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune

14: CatSpercomplex|| C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea

5: cell-celladherensjunction|| N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus 15: cilium|| A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum 16: flagellarmembrane Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris

6: cell-celljunction|| C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii 7: lamellipodium|| V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE 8: midbody|| B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori 9: Golgilumen|| T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.1 0.4 0.5 0.9 1.1 1.1 1.1 1.1 1.1 1.1 1.3 2.7 2.8 3.2 3.4 3.4 3.4 3.8 4.1 4.1 Notes 14 /1516 10 /1213 11 10 4 9 5 /678 4 1 /23 PG D D C C B B B B A A Protein HS3ST3A1 HS3ST3B1 C14orf159 ABHD14B MYBPC3 SDHAF1 GATSL1 FBXO21 FBXO31 SLC8A3 UBIAD1 HEBP2 CNTN1 S100G CLIC1 CLIC4 CLIC5 CLIC6 NEIL2 NEIL1 RNLS 20: nuclearmembrane|| 10: stereocilium|| 1: chromosome|| Num ofECMGenes:1.Predicted20 ECM 33,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum 2: microtubuleorganizingcenter || 11: apicalpartofcell|| L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists 21: anchoredtomembrane|| C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei

12: cell-celljunction|| P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum 3: spindlemicrotubule|| P.tricornutum 22: Aband|| C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens Plants 13: cytoplasmicvesiclemembrane || S.moellendorffii S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor 23: sarcomere|| Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata

4: SCFubiquitinligasecomplex || A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis 24: striatedmusclemyosinthickfilament || T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium 14: microtubulecytoskeleton|| S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana 5: chloridechannelcomplex|| S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri

25: ubiquitinligasecomplex|| A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger 15: microvillus|| A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii

6: dendriticspine|| P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii

16: midbody|| M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis 26: basolateralplasmamembrane C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis 7: sarcolemma||

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN 17: nuclearmatrix|| Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae

8: actincytoskeleton|| S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE 18: brushborder|| B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis 9: cellcortex|| B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster

19: nuclearenvelope|| D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.3 0.5 0.8 0.9 0.9 1.1 1.3 1.4 1.5 3.9 3.9 4.3 4.9 7.0 7.2 10.0 10.5 12.4 23.4 24.1 Notes 26 25 22 /2324 21 5 /181920 5 /811121314151617 2 /58910 6 /7 5 4 3 1 /2 PG Protein MCPH1 1: microtubuleorganizingcenter Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 34,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

2: microtubuleorganizingcenter|| T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens 3: nuclearspeck

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 /23 PG D D C D C B C B A A A Protein 100510311 DYNC2LI1 ZC2HC1A ZC2HC1B CCDC104 CCDC176 UNC119B C15orf26 TMEM67 CC2D2B CC2D2A CLUAP1 CXorf30 UNC119 CXorf22 TTC21B LZTFL1 TRIM67 OSCP1 PDE6D RABL5 CEP76 CEP41 TTC26 RIBC2 PIBF1 MKS1 BBS2 BBS7 BBS1 BBS5 BBS9 B9D1 B9D2 IQCH 10: primary cilium || 1: BBSome || Num ofECMGenes:1.Predicted71 ECM 37,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei

2: cilium membrane || T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major

11: basal plasma membrane || L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum 3: microtubule organizingcenter || P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana

12: centriole || T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii 13: cilium basal body || S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays

4: microtubule basalbody || O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum

14: apical part ofcell || A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans 5: motile cilium || P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea 15: axonemal dyneincomplex || N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina 6: ciliary transition zone || P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica

7: cytoplasmic vesiclemembrane || P.pastoris P.pastoris 16: cytoplasmic microtubule || C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae 17: motile primary cilium S.cerevisiae S.cerevisiae

8: TCTN-B9D complex || S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis 9: cilium axoneme || B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 11.4 11.9 12.4 12.5 12.9 13.0 13.0 13.1 13.3 14.3 14.7 15.1 15.2 15.3 15.7 15.9 16.6 17.3 17.3 17.4 17.5 17.7 18.1 19.4 19.6 19.6 20.2 21.9 25.7 25.9 26.0 28.4 28.9 30.9 Notes 9 4 /91014151617 12 10 /1213 11 4 /8 4 /68 4 /689 10 4 /89 2 /478 6 1 /245 1 /2 1 /2 1 /24 1 /23 PG G G F F F F F F E E Protein CATSPER1 AGTPBP1 TRAF3IP1 KIAA1841 KIAA1751 KIAA0556 KIAA1279 ZMYND12 FAM221A FAM221B C16orf93 C20orf26 MCOLN3 AXDND1 CCDC40 CCDC81 SPAG16 COL7A1 PLXNB3 TECPR2 LRRC56 TTC30B TTC30A C8orf37 AGBL2 AGBL4 AGBL1 AGBL5 AGBL3 RTDR1 IFT140 TTC29 ACAN IFT57 IFT46 10: lysosomal lumen || 1: cilium axoneme || Num ofECMGenes:1.Predicted71 ECM 37,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page2

2: flagellar axoneme|| L.braziliensis L.braziliensis

11: proteinaceous extracellular matrix || T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii

3: microtubule basalbody || P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri

12: CatSper complex || C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa 4: microtubule-based flagellum || B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera

13: cilium || P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans 14: flagellar membrane || P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea

5: motile primary cilium || C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus 15: dendrite terminus || N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae 6: cilium basal body|| A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae

16: basement membrane || D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis 7: photoreceptor connecting cilium|| L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus

17: endoplasmic reticulum lumen S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE 8: extracellular matrix|| B.malayi B.malayi

9: Golgilumen || A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.6 1.6 1.7 2.5 2.5 2.6 2.7 2.8 2.9 3.1 3.5 3.5 3.8 4.0 4.2 5.0 5.3 5.7 6.5 6.7 6.7 6.7 7.0 7.3 8.1 8.1 8.2 8.2 8.3 8.4 8.7 9.3 9.4 9.8 9.9 Notes 13 13 13 8 /1617 3 /715 12 /1314 8 /91011 1 /67 3 /45 1 /2 PG Protein KIFAP3 CEP95 1: spindlepole|| Num ofECMGenes:1.Predicted71 ECM 37,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page3

3: kinesinIIcomplex|| C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata

4: spindlemicrotubule A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.0 1.0 Notes 2 /34 1 PG Protein PLXNB1 HS3ST1 KCNA2 AXIN2 INTS1 NINL 9: postsynapticdensity|| 1: microtubuleorganizingcenter|| Num ofECMGenes:1.Predicted5 ECM 38,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

10: juxtaparanoderegionofaxon|| C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 2: integratorcomplex|| P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi

3: nuclearmembrane|| O.lucimarinus O.lucimarinus

11: voltage-gatedpotassiumchannelcomplex|| O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus

4: Golgilumen|| M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans 5: beta-catenindestructioncomplex|| P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune 12: semaphorinreceptorcomplex C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii 6: cellcortex|| C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis 7: cytoplasmicmembrane-boundedvesicle|| L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans 8: cytoplasmicmicrotubule|| D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.3 1.7 3.3 4.5 5.6 Notes 12 10 /11 5 /6789 4 2 /3 1 PG A A Protein GPR115 GPR111 MTUS1 1: microtubuleorganizingcenter|| Num ofECMGenes:1.Predicted2 ECM 39,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 2: spindle P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.1 6.6 Notes 1 /2 PG B A C C B A A A A Protein 100289853 C14orf166 MTSS1L MTSS1 GPLD1 ITGAV ITGA6 ITGA8 SHE SHF 9: phagocyticvesicle|| 1: microtubuleorganizingcenter|| Num ofECMGenes:1.Predicted9 ECM 40,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

10: actincytoskeleton|| T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 2: tRNA-splicingligasecomplex|| P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila

11: endocyticvesicle|| P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens 3: alpha8-beta1integrincomplex||

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa 12: ruffle B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis

4: apicalpartofcell|| C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum 5: integrincomplex|| A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica 6: cytoplasmicpart|| P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii 7: proteinaceousextracellularmatrix||

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera

8: externalsideofplasmamembrane|| N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 2.9 4.3 11.1 11.1 Notes 10 /1112 5 5 /89 6 /7 3 /45 1 /2 PG A A Protein CC2D1B CC2D1A SDHC 1: microtubuleorganizingcenter|| Num ofECMGenes:1.Predicted2 ECM 41,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 2: mitochondrialrespiratorychaincomplexII P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 1.1 3.9 Notes 2 1 PG Protein KPTN 1: actincytoskeleton|| Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 42,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

2: growthcone|| T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei 3: microtubuleorganizingcenter|| P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon

4: stereocilium A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

2: intermediatefilament|| T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans 3: keratinfilament|| T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays 4: microtubuleorganizingcenter O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 /234 PG B B A A A Protein 100510323 100510232 GATAD2A FCER1A COL4A5 OR52A5 CREB1 DEF8 FSD1 ATF1 10: externalsideofplasmamembrane 1: cleavagefurrow|| Num ofECMGenes:1.Predicted9 ECM 44,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

2: microtubuleorganizingcenter|| L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae 3: nuclearspeck|| N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon

4: NuRDcomplex|| A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa 5: basallamina|| U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea 6: collagentypeIV|| M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis 7: endoplasmicreticulumlumen|| C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii 8: neuromuscularjunction|| V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum 9: nucleareuchromatin|| P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 2.1 2.2 3.5 3.5 3.5 3.5 5.1 8.6 8.6 Notes 10 9 5 /678 3 /4 1 /2 PG Protein PAX2 1: centriolarsatellite|| Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 45,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

2: microtubuleorganizingcenter|| T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi 3: protein-DNAcomplex O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 /23 PG A A A Protein NFATC1 GREB1 NOL11 RELA RELB 1: microtubuleorganizingcenter|| Num ofECMGenes:1.Predicted4 ECM 46,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 2: nuclearchromatin P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 3.0 3.4 6.3 17.7 Notes 2 1 PG Protein CEP57L1 1: microtubuleorganizingcenter Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 47,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 PG A A A A Protein 100508707 AGTRAP GPR137 INO80E SMPD5 SMPD5 FOLR4 FOLR3 FOLR2 FOLR1 SPDL1 1: condensedchromosomeouterkinetochore|| Num ofECMGenes:1.Predicted10 ECM 48,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

2: microtubuleorganizingcenter|| P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata 3: spindlepole|| A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus

4: cytoplasmicvesiclemembrane|| M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus

5: anchoredtomembrane|| A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis 6: extrinsictomembrane|| C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.5 1.7 3.0 3.0 3.4 4.2 4.2 4.2 4.2 5.0 Notes 7 6 5 5 4 1 /23 PG Protein AKAP11 1: microtubuleorganizingcenter Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 49,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 PG D G G G G A F E D C B B A A A Protein TMEM211 GLYATL2 SPATA2L C16orf87 CACNG4 HAVCR2 LYSMD2 UQCR11 OR5AP2 TAPBPL LYPD6B FBRSL1 C2CD2L CT45A6 CT45A4 CT45A3 CT45A2 CT45A1 TICAM2 GFRAL AKAP6 GFRA2 GFRA3 GFRA1 COX16 FABP6 AUTS2 CD79A N4BP3 LYPD6 WISP3 MED9 DOK7 CRB3 ATF4 15: mediator complex || 9: multivesicular body || 1: microtubule organizingcenter || Num ofECMGenes:1.Predicted117 ECM 50,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii 16: calcium channel complex || Protists 10: alpha-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazolepropionic acidselective glutamate receptor complex || C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 2: anchored tomembrane || P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae 17: nuclear envelope || N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri 3: extrinsic tomembrane || C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana 18: nuclear outer membrane || L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis 4: external sideofplasma membrane || T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor

19: sarcoplasmic reticulum || S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum 11: endocytic vesiclemembrane || F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus

5: respiratory chain|| A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii

20: cytoplasmic vesicle membrane || C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica 12: voltage-gated calcium channel complex || P.pastoris P.pastoris

6: neuromuscular junction || C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora 21: mitochondrial membrane C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus 7: Bcellreceptor complex || S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis

13: endosome membrane || S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera

8: membrane raft|| N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae

14: tight junction || A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 8.6 8.7 8.8 9.0 9.0 10.1 10.1 10.8 11.6 11.6 11.6 11.6 11.6 11.9 12.0 12.1 12.4 12.5 12.6 13.6 13.8 13.8 13.9 14.6 14.6 15.8 16.4 16.4 17.1 21.5 26.3 29.8 33.5 33.5 Notes 21 20 16 /171819 15 14 13 10 /1112 4 /789 2 6 5 2 /3 2 /34 2 /3 1 PG K J I I F F E C F G F F E H E F Protein TNFSF13B 100509058 MRGPRX3 ANAPC15 TMEM130 PHYHIPL CACNG2 CACNG7 CACNG5 MYEOV2 NCCRP1 PTGFRN MMS22L NDUFA1 OR5AS1 HSF2BP OR51D1 GOLIM4 PHYHIP METRN OR6K6 OR6B2 OR6B3 SMIM4 WISP2 CD164 OR5I1 ITFG3 FADD PERP SOST TCN2 KTN1 IGF1 ND6 24: endocytic vesicle || 15: cell body || 7: platelet alpha granule lumen || 1: alpha-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazolepropionic acid selectiveglutamate receptorcomplex || Num ofECMGenes:1.Predicted117 ECM 50,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page2

25: Golgi cisterna membrane || T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata 8: voltage-gated calcium channel complex || T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum 26: Golgi lumen ||

17: membrane raft || C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa 9: endosome || O.sativa

27: extracellular matrix || B.distachyon B.distachyon A.lyrata

18: neuron projection || A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa

2: postsynaptic density || R.communis R.communis T.trahens T.trahens

10: endosome membrane || D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis

28: desmosome C.neoformans C.neoformans

19: FACT complex || P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum 3: postsynaptic membrane || F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa

11: lysosomal membrane || N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum

20: MCM complex || A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii

4: mitochondrial membrane || P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum

21: nuclear replication fork || Y.lipolytica Y.lipolytica 12: lysosome || P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE 13: anaphase-promoting complex || A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii 5: mitochondrial respiratory chaincomplex I || V.polyspora V.polyspora

22: endocytic vesicle membrane || C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex 14: CD95 death-inducing signaling complex || D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis

23: cis-Golgi network || B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura

6: insulin-like growthfactor bindingprotein complex || A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 3.1 3.1 3.2 3.2 3.2 3.5 3.6 3.7 3.9 4.1 4.3 4.3 4.4 4.5 4.6 4.7 4.8 4.9 5.1 5.8 5.8 6.0 6.3 6.4 6.5 6.5 6.8 7.0 7.2 7.3 7.3 7.4 7.6 7.7 8.4 Notes 28 27 10 /23242526 1 /822 19 /2021 14 /15161718 13 9 /101112 1 /8 6 /7 5 4 /5 1 /23 PG M M J F F L G F L F F K Protein 100510525 CD200R1L LDLRAD4 FAM162B ARL14EP METRNL PMEPA1 NDUFB4 CARD14 OR10H5 OR10H2 OR10H1 BTN3A3 GPR151 THAP10 OR10T2 CT45A5 C2orf42 C9orf16 IGFBP4 CRHBP COX6C CDCA4 QSER1 LAMP3 CNPY1 PANX2 BAMBI BTNL8 OR1J2 MEA1 RBFA EPN2 GIF XK 11: varicosity || 1: alveolar lamellarbodymembrane || Num ofECMGenes:1.Predicted117 ECM 50,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page3

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi

12: endosome || L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi 2: lysosomal membrane ||

13: microvillus || P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae 14: early endosome membrane || N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii 3: gapjunction || V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus

4: aggresome || M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis 15: mitochondrial respiratory chain complex I T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis

5: axonterminus || C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina 6: dendrite || P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii 7: dense core granule|| C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans

8: multivesicular body || C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

9: perikaryon || M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera 10: secretory granule|| N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.5 0.6 0.6 0.6 0.7 0.7 0.8 0.8 1.0 1.0 1.0 1.0 1.1 1.1 1.2 1.4 1.6 1.7 1.7 1.8 1.8 1.9 1.9 1.9 2.0 2.1 2.1 2.2 2.2 2.3 2.3 2.8 2.8 3.0 3.1 Notes 15 14 12 /13 5 /67891011 4 3 1 /2 PG P P H H F O O N N TNFSF12-TNFSF13 LOC100507421 Protein TMEM178B TNFSF13 MANBAL AMOTL2 COBLL1 OR13F1 C2orf47 MBD5 MBD6 COBL RBP4 12: externalsideofplasmamembrane 1: actinfilament|| Num ofECMGenes:1.Predicted117 ECM 50,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page4

2: axon|| L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata

3: axonalgrowthcone|| T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi

4: cellcortex|| O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon 5: dendrite|| A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum 6: dendriticgrowthcone|| A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa 7: ruffle|| P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae

8: chromosome|| A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii 9: cytoplasmicvesicle|| M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

L.thermotolerans L.thermotolerans GAIN Z.rouxii Z.rouxii V.polyspora V.polyspora C.glabrata C.glabrata S.bayanus S.bayanus 10: recyclingendosome|| S.mikatae S.mikatae S.cerevisiae S.cerevisiae S.paradoxus S.paradoxus S.arctica S.arctica C.owczarzaki C.owczarzaki M.brevicollis M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera

11: tightjunction|| A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.0 0.0 0.0 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.3 0.3 0.4 Notes 12 9 /1011 8 8 1 /234567 PG E A A A G G F F F E E D D C C B B B B A Protein TMEM178A KIAA1549 TMEM102 FAM110B COL26A1 KCNMB4 KCNMB3 KCNMB1 TRIM16L CRYBB3 CRYBB2 CRYBA4 CRYBA2 PTGER1 BTN3A1 PRR14L ZNF365 IGFBP6 HOMEZ TRIM69 TRIM14 PRRG3 PRRG2 PRRG1 IL17RD IL17RA CLDN7 LECT1 WISP1 EMID1 IFFO2 EDAR IL17F STC2 STC1 9: nuclear speck 1: microtubule organizingcenter || Num ofECMGenes:1.Predicted56 ECM 51,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 2: lateral plasma membrane || P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii 3: tightjunction || V.carteri V.carteri P.patens P.patens

6: endoplasmic reticulumlumen || P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis 7: voltage-gated potassium channelcomplex || L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex 8: endomembrane system || A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 3.3 3.3 4.1 5.2 5.2 5.2 5.2 5.2 5.2 5.2 5.2 5.2 5.2 5.2 5.2 5.2 5.2 5.2 5.2 5.2 5.2 5.2 5.2 5.2 5.2 5.2 5.2 5.2 5.2 5.2 5.2 5.2 5.2 5.2 Notes 7 1 9 8 7 7 5 /6 5 4 2 /3 1 PG J J I H I H Protein TRAF3IP2 KIAA0753 FAM187B FAM134B SLC48A1 ENDOD1 MS4A4A CKAP2L FBXO46 SLAIN1 MACC1 CKAP2 NXPE1 LYVE1 MSMP ODF1 CLPS LYG2 LYG1 NDP LTA TNF 10: endosomemembrane|| 1: externalsideofplasmamembrane || Num ofECMGenes:1.Predicted56 ECM 51,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page2

11: lysosomalmembrane|| C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi

2: membraneraft|| P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae 12: outerdensefiber C.merolae N.gruberi N.gruberi

3: phagocyticcup|| O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

S.moellendorffii Plants S.moellendorffii S.bicolor S.bicolor Z.mays Z.mays O.sativa O.sativa B.distachyon B.distachyon A.lyrata A.lyrata A.thaliana A.thaliana 4: recyclingendosome|| L.japonicus L.japonicus M.truncatula M.truncatula V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune

5: cis-Golginetwork|| C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri 6: cytoplasmicmicrotubule|| A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus

7: microtubulecytoskeleton|| C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

8: spindlepole|| M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis

9: extracellularmatrix|| B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.2 0.2 0.3 0.4 1.1 1.1 1.2 1.2 1.2 1.5 2.2 2.6 3.1 3.2 3.3 3.3 3.3 3.3 3.3 3.3 3.3 3.3 Notes 12 10 /11 9 6 /78 5 1 /234 PG Protein FAM110C 1: microtubuleorganizingcenter|| Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 52,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 2: spindlepole P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 /2 PG E A A A G G F F F E E D D C C B B B B A Protein TMEM178A KIAA1549 TMEM102 COL26A1 KCNMB4 KCNMB3 KCNMB1 TRIM16L CRYBB3 CRYBB2 CRYBA4 CRYBA2 PTGER1 BTN3A1 PRR14L IGFBP6 ZNF365 HOMEZ TRIM69 TRIM14 PRRG3 PRRG2 PRRG1 IL17RD IL17RA CLDN7 LECT1 WISP1 EMID1 IFFO2 EDAR IL17F STC2 STC1 NDP 9: nuclear speck || 1: microtubule organizingcenter || Num ofECMGenes:1.Predicted55 ECM 53,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

10: extracellular matrix L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 2: lateral plasma membrane || P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii 3: tightjunction || V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 3.4 3.4 3.4 4.2 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 5.3 Notes 7 10 9 8 7 7 5 /6 5 4 2 /3 1 PG J J I H I H Protein TRAF3IP2 KIAA0753 FAM187B FAM134B SLC48A1 ENDOD1 MS4A4A CKAP2L FBXO46 SLAIN1 MACC1 CKAP2 NXPE1 LYVE1 MSMP ODF1 CLPS LYG2 LYG1 LTA TNF 10: lysosomalmembrane|| 1: cis-Golginetwork|| Num ofECMGenes:1.Predicted55 ECM 53,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page2

11: outerdensefiber C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus

3: membraneraft|| O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

7: microtubulecytoskeleton|| C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

8: spindlepole|| M.brevicollis S.rosetta S.rosetta

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.briggsae C.briggsae LOSS C.elegans C.elegans D.pulex D.pulex A.pisum A.pisum P.humanus P.humanus A.mellifera A.mellifera N.vitripennis N.vitripennis

9: endosomemembrane|| B.mori B.mori T.castaneum T.castaneum D.melanogaster D.melanogaster D.pseudoobscura D.pseudoobscura A.gambiae A.gambiae A.aegypti A.aegypti

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.5 1.2 1.2 1.6 2.3 2.8 3.2 3.3 3.4 3.4 3.4 3.4 3.4 3.4 3.4 Notes 11 9 /10 6 /78 2 /345 1 PG Protein FAM110A 1: microtubuleorganizingcenter|| Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 54,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 2: spindlepole P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major 2: microtubuleorganizingcenter|| L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum 3: spindle C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 /23 PG C C B B A A LOC100506514 LOC100288814 MARCKSL1 Protein LOC646543 KIAA0101 FAM196A FAM196B PTPN20A BCL2L15 C17orf58 TCP10L2 RNASE7 MS4A18 MS4A18 BRICD5 BAALC FOXP1 PTTG1 TCP10 SRGN IFNB1 IL12A IL19 IL24 1: microtubuleorganizingcenter || Num ofECMGenes:1.Predicted23 ECM 56,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva 2: interleukin-12complex|| P.knowlesi P.knowlesi P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri 3: mastcellgranule|| C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

4: plateletalphagranulelumen || V.vinifera V.vinifera P.trichocarpa P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum

5: zymogengranule M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR 0.7 0.9 1.4 1.7 2.0 2.4 2.7 2.9 4.2 4.2 4.5 4.5 4.5 4.5 4.5 4.5 5.0 5.0 5.0 5.0 6.4 12.7 12.7 Notes 3 /45 2 1 PG Protein CHMP1A 1: condensednuclearchromosome|| Num ofECMGenes:1.Predicted0 ECM 57,Geneset"microtubuleorganizingcenter",Page1

Prokaryotes Prokaryotes Last CommonAncestor E.cuniculi E.cuniculi E.histolytica E.histolytica E.dispar E.dispar G.lamblia G.lamblia T.vaginalis T.vaginalis T.brucei T.brucei T.cruzi T.cruzi L.infantum L.infantum L.major L.major L.braziliensis L.braziliensis T.gondii T.gondii Protists C.hominis C.hominis C.parvum C.parvum B.bovis B.bovis T.annulata T.annulata T.parva T.parva P.knowlesi P.knowlesi 2: earlyendosome|| P.vivax P.vivax P.falciparum P.falciparum P.chabaudi P.chabaudi P.berghei P.berghei P.yoelii P.yoelii P.tetraurelia P.tetraurelia T.thermophila T.thermophila P.infestans P.infestans T.pseudonana T.pseudonana P.tricornutum P.tricornutum C.merolae C.merolae N.gruberi N.gruberi 3: endomembranesystem|| O.lucimarinus O.lucimarinus O.tauri O.tauri C.reinhardtii C.reinhardtii V.carteri V.carteri P.patens P.patens

4: endosomemembrane|| P.trichocarpa R.communis R.communis T.trahens T.trahens D.discoideum D.discoideum A.macrogynus A.macrogynus S.punctatus S.punctatus M.globosa M.globosa U.maydis U.maydis C.neoformans C.neoformans P.chrysosporium P.chrysosporium S.commune S.commune C.cinerea C.cinerea L.bicolor L.bicolor S.pombe S.pombe B.fuckeliana B.fuckeliana

5: microtubuleorganizingcenter|| S.sclerotiorum S.sclerotiorum F.graminearum F.graminearum M.grisea M.grisea N.crassa N.crassa P.anserina P.anserina P.chrysogenum P.chrysogenum A.clavatus A.clavatus A.fumigatus A.fumigatus N.fischeri N.fischeri A.flavus A.flavus A.oryzae A.oryzae A.niger A.niger A.nidulans Fungi A.nidulans U.reesii U.reesii C.immitis C.immitis C.posadasii C.posadasii P.nodorum P.nodorum T.melanosporum T.melanosporum Y.lipolytica Y.lipolytica 6: nuclearmatrix P.pastoris P.pastoris C.lusitaniae C.lusitaniae D.hansenii D.hansenii M.guilliermondii M.guilliermondii S.stipitis S.stipitis L.elongisporus L.elongisporus C.tropicalis C.tropicalis C.albicans C.albicans C.dubliniensis C.dubliniensis

K.lactis K.lactis PRESENCE A.gossypii A.gossypii K.waltii K.waltii

S.mansoni S.mansoni ABSENCE B.malayi B.malayi

C.quinquefasciatus Metazoa C.quinquefasciatus B.floridae B.floridae T.adhaerens

T.adhaerens 0 Log-likelihood RatioScale S.purpuratus S.purpuratus H.magnipapillata H.magnipapillata 10 N.vectensis N.vectensis C.intestinalis C.intestinalis

D.rerio D.rerio 20 O.latipes O.latipes

F.rubripes F.rubripes 30 T.nigroviridis T.nigroviridis X.tropicalis X.tropicalis 40 G.gallus G.gallus M.gallopavo M.gallopavo

O.anatinus O.anatinus 50 M.domestica M.domestica S.scrofa S.scrofa 60 M.musculus M.musculus C.familiaris C.familiaris B.taurus B.taurus H.sapiens H.sapiens LLR Notes 1 /23456