DOCSLIB.ORG

Implantation Du Microbiote Et Mise En Place Des Fonctions Du Rumen Chez Le Veau De Race Laitière Et Effet De La Supplémentation En Levures Vivantes

Total Page：16

File Type：pdf, Size：1020Kb

Download full-text PDF Read full-text
Implantation Du Microbiote Et Mise En Place Des Fonctions Du Rumen Chez Le Veau De Race Laitière Et Effet De La Supplémentation En Levures Vivantes En vue de l’obtention du DOCTORAT DE L’UNIVERSITÉ DE TOULOUSE Délivré par : Institut National Polytechnique de Toulouse (INP Toulouse) Discipline ou spécialité : Pathologie, Toxicologie, Génétique et Nutrition Présentée et soutenue par : Mickael Rey Le : 15 novembre 2012 Titre : Implantation du microbiote et mise en place des fonctions du rumen chez le veau de race laitière et effet de la supplémentation en levures vivantes Ecole doctorale : Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingénieries (SEVAB) Unité de recherche : UMR 1289 INRA-INP/ENSAT-ENVT ‘TANDEM’ Directeur(s) de Thèse : Valérie Monteils Francis Enjalbert Rapporteurs : Evelyne Forano Véronique Julliand Membre(s) du jury: Evelyne Forano Véronique Julliand Gérard Fonty Valérie Monteils Francis Enjalbert 1 2 REMERCIEMENTS Ce manuscrit de thèse vient clôturer une belle expérience scientifique et humaine qui a été réalisée au sein de l’UMR 1289 TANDEM (Tissus Animaux, Nutrition, Digestion, Ecosystème, Métabolisme). Pour cela, je souhaiterai remercier toutes les personnes ayant contribué de près ou de loin à l’aboutissement de ce projet. Je tiens à remercier les personnes qui ont accepté de participer à mon jury de thèse : Evelyne Forano (Unité de Microbiologie, INRA, Clermont-Ferrand-Theix), Véronique Julliand (AgroSup Dijon, D2A2E, URANIE-USC INRA Nutrition du cheval athlète, Dijon), pour m’avoir fait l’honneur d’être rapporteurs de cette thèse. Mais aussi Gérard Fonty (Microorganismes : Génome et Environnement, CNRS, Aubière Cedex. France) pour avoir accepté de participer à ce jury et m’avoir fait l’honneur d’en être le président. Je tiens à remercier mes directeurs de thèse, Francis Enjalbert et Valérie Monteils pour leurs encadrements et leurs qualités scientifiques et pédagogiques qui m’ont permis de structurer mon travail au cours de ces trois années. Merci aussi pour m’avoir donné la chance de participer à ce nouveau projet de recherche et de m’avoir fait confiance pour le mener à bien. Je suis reconnaissant à la région Midi-Pyrénées et à l’INRA qui m’ont attribué une bourse pour réaliser ce projet. Je souhaite remercier la société Lesaffre Feed additives pour le financement de la 2ème expérimentation sur les veaux. Je tiens à remercier Monsieur Xavier Fernandez, Directeur de l’UMR TANDEM et Thierry Gidenne, animateur de l’équipe NED pour m’avoir accueilli au sein de leur équipe et permis de travailler dans leur laboratoire. Je souhaite aussi remercier les membres du comité de pilotage pour le temps qu’ils m’ont consacré et les discussions intéressantes qui ont permis d’améliorer ce travail de thèse : Cécile Martin (URH-DIMA INRA de Clermont-Ferrand Theix), Jérôme Hamelin (UR LBE INRA de Narbonne), Sylvie Combes (UMR TANDEM), Gérard Fonty (Microorganismes : Génome et Environnement, CNRS, Aubière Cedex. France) et Jean-Philippe Marden (Lesaffre Feed Additives). Ayant travaillé sur les 3 sites géographiques qui compose l’UMR TANDEM : - Je souhaite remercier tout le personnel qui travaille sur le site de l’Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse dont Annabelle Troegeler-Meynadier pour son aide scientifique et sa joie, Muhammad Kaleem et Yapo Magloire Yapi thésards dans la même galère et Asma 3 Zened pour sa joie de vivre, son oreille attentive et ses connaissances scientifiques sur de nombreux sujets. -Je souhaite remercier tout le personnel qui travaille sur le site INRA de Toulouse (site d’Auzeville-Tolozane) dont particulièrement Carole Bannelier, Véronique Tartié et Muriel Ségura pour m’avoir aidé dans l’analyse de nombreux échantillons de ce travail. Je tiens à remercier sincèrement Béatrice Gabinaud (traitement des échantillons en qPCR et en 454), Laurent Cauquil (pour son gros travail de traitement des données du 454 et l’appui technique sur R) et Sylvie Combes avec qui j’ai travaillé sur les techniques de biologie moléculaire et qui m’ont apporté toutes les connaissances et les notions essentielles qu’ils avaient sur ces techniques, leurs joies, leurs soutiens et permis de travailler dans de bonnes conditions tout au long de ce travail. Ce fut un plaisir et un enrichissement de travailler avec vous tous. Je tiens aussi à remercier Valérie Lozano et Viviane Batailler pour leur aide administrative. Viviane a su m’apporter pendant toute la durée de la thèse sa bonne humeur, son oreille attentive et de bons conseils. -Je souhaite remercier tout le personnel qui travaille sur le site de l’Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse ou j’ai passé la majorité de mes 3 ans de thèse pour leurs aides et leurs bonnes humeurs. Que de bons moments en votre compagnie. Un grand merci à : Hélène Manse pour m’avoir transmis tous les conseils et aides essentielles pour l’analyse en laboratoire ; Nathalie Marty-Gasset pour sa joie de vivre, ses blagues toujours des plus recherchées et les grands moments de rires même derrière la blouse quand il fait très chaud ; Michel Bouilliet-Oudot pour ses visites dans le bureau et sa joie de vivre ; Stéphane Seidlinger pour son rire communicatif ; Alain Auvergne pour ses réflexions scientifiques et mais aussi ses nombreuses visites dans le bureau ; Zulma Vitezica pour sa bonne humeur et son accent tout aussi joyeux ; Caroline Molette qui est toujours là pour aider les autres, avec le sourire, les bons repas, les taquineries et Corine Bayourthe pour son aide scientifique et le temps passé à mes côtés pour m’aider dans mon travail, les repas toujours d’un régal digne d’un restaurant 3 étoiles et délicieux, ses rires et taquineries. Un grand merci à tout le personnel du Domaine de Borret : (station expérimentale) Caroline Dufresne, Anaïs Segaillat et plus particulièrement un très grand merci à Brigitte Santacruz qui m’ont aidé lors des expérimentations sur les veaux, pour la mise en place et la prise des échantillons souvent très contraignants. Je remercie la plateforme génomique de l’INRA (Génopole Toulouse/Midi-Pyrénées, Castanet-Tolosan) pour leur connaissance dans l’analyse du pyroséquençage sur leur site. Un grand merci à tous les stagiaires du bureau central comme Valérie Degand et Nina Munster (mes stagiaires) que j’ai torturé mais grâce à qui ce travail de thèse a pu avancer, 4 mais aussi tous les autres qui sont passés à un moment donné dans ce bureau comme Carole, Viviana, Marco, Madonna, Anaïs… et les thésard qui sont dans la même galère Sahar Awde et Yohanna François. Je remercie aussi Katia Julian avec qui j’ai partagé de très bons moments. Je remercie également tous les anciens doctorants qui sont passés par l’UMR 1289 TANDEM durant ces 3 années de thèse. Enfin je souhaite remercier ceux grâce à qui cette thèse n’aurait pas pu se passer aussi bien, qui m’ont soutenu, épaulé pendant ces 3 années et ceux avec qui j’ai partagé les mauvais et surtout les meilleurs moments (Karaoké, repas, rigolade en tous genres) : Julien Arroyo, Christine Julien et particulièrement Corinne Pautot. Un très grand MERCI, je n’y serais jamais arrivé sans vous et vous serez toujours avec moi ou que je sois et je vous dois beaucoup. Je remercie aussi ma famille, ma moitié et Marie-Laure ainsi que les autres amis qui me sont proches pour m’avoir supporté, épaulé… et avoir participé à ce travail pendant ces 3 années de thèse. Merci cela n’a pas été facile pour vous de me supporter. En tous cas merci à tous pour ces 3 années qui m’ont permis d’apprendre beaucoup intellectuellement (scientifiquement ou pas) et émotionnellement. Je ne vous oublierai pas. 5 6 PUBLICATIONS SCIENTIFIQUES ET COMMUNICATIONS ISSUES DE LA THESE Publications dans des revues à comité de lecture de rang A Articles au cours de la thèse Article 1: Rey M., Enjalbert F., and Monteils V. (2012). Establishment of ruminal enzyme activities and fermentation capacity in dairy calves from birth through weaning. J. Dairy Sci. 95 :1500–1512. Article 2: Rey M., Enjalbert F., Combes S., Cauquil L., Bouchez O., and Monteils V. Establishment of ruminal bacterial community in dairy calves from birth to weaning using high throughput 454 GS FLX pyrosequencing (en preparation, Applied and Environmental Microbiology). Article 3: Rey M., Enjalbert F., Combes S., Cauquil L., Bouchez O., and Monteils V. Establishment of protozoal and archaeal communities in the rumen of dairy calves from birth to weaning (en preparation, Applied and Environmental Microbiology). Article 4: Rey M., Monteils V., Bayourthe C., Marden J-P.M. and Enjalbert F. Effects of live yeast (Saccharomyces cerevisiae) supplementation on pre- and post-weaning ruminal enzyme activities and fermentation capacity in dairy calves weanied at 60 days (en preparation, Journal of Dairy Science). Article 5: Rey M., Enjalbert F., Combes S., Cauquil L., Bouchez O., Marden J-P.M. and Monteils V. Effect of live yeast (Saccharomyces cerevisiae) supplementation on pre- and post-weaning ruminal microbiota (bacteria, archaea and protozoa) in dairy calves weaned at 60 days (en preparation, Journal of Dairy Science). 7 Communications en congrès scientifiques Congrès Internationaux 1-Rey M., Enjalbert F., Cauquil L., Combes S. and Monteils V. (2011). Evolution of bacterial diversity in the rumen in dairy calves from birth to weaning using a high throughput 454 GS FLX pyrosequencing. In Advences in Animal Biosciences Volume 2 Part 2. Proceedings of the 8th International Symposium on the Nutrition of Herbivores (ISNH8). September 2011, p. 252. Aberystwyth UK. (oral communication). 2- Rey M., Enjalbert F., Cauquil L., Bouchez O, Combes S. and Monteils V. (2012). Establishment of archaea in the rumen of dairy calves from birth to weaning using 454 GS FLX pyrosequencing. IIXth INRA-Rowett Symposium on Gut Microbiology. Clermont- Ferrand, France (Poster). Journées scientifiques 3- Rey M., Enjalbert F. and Monteils V. (2010). Evolution des paramètres physico- chimiques et fermentaires dans le rumen du veau de la naissance au sevrage.
Load more

Recommended publications
  • Methanothermus Fervidus Type Strain (V24S)
    UC Davis UC Davis Previously Published Works Title Complete genome sequence of Methanothermus fervidus type strain (V24S). Permalink https://escholarship.org/uc/item/9367m39j Journal Standards in genomic sciences, 3(3) ISSN 1944-3277 Authors Anderson, Iain Djao, Olivier Duplex Ngatchou Misra, Monica et al. Publication Date 2010-11-20 DOI 10.4056/sigs.1283367 Peer reviewed eScholarship.org Powered by the California Digital Library University of California Standards in Genomic Sciences (2010) 3:315-324 DOI:10.4056/sigs.1283367 Complete genome sequence of Methanothermus fervidus type strain (V24ST) Iain Anderson1, Olivier Duplex Ngatchou Djao2, Monica Misra1,3, Olga Chertkov1,3, Matt Nolan1, Susan Lucas1, Alla Lapidus1, Tijana Glavina Del Rio1, Hope Tice1, Jan-Fang Cheng1, Roxanne Tapia1,3, Cliff Han1,3, Lynne Goodwin1,3, Sam Pitluck1, Konstantinos Liolios1, Natalia Ivanova1, Konstantinos Mavromatis1, Natalia Mikhailova1, Amrita Pati1, Evelyne Brambilla4, Amy Chen5, Krishna Palaniappan5, Miriam Land1,6, Loren Hauser1,6, Yun-Juan Chang1,6, Cynthia D. Jeffries1,6, Johannes Sikorski4, Stefan Spring4, Manfred Rohde2, Konrad Eichinger7, Harald Huber7, Reinhard Wirth7, Markus Göker4, John C. Detter1, Tanja Woyke1, James Bristow1, Jonathan A. Eisen1,8, Victor Markowitz5, Philip Hugenholtz1, Hans-Peter Klenk4, and Nikos C. Kyrpides1* 1 DOE Joint Genome Institute, Walnut Creek, California, USA 2 HZI – Helmholtz Centre for Infection Research, Braunschweig, Germany 3 Los Alamos National Laboratory, Bioscience Division, Los Alamos, New Mexico, USA 4 DSMZ - German Collection of Microorganisms and Cell Cultures GmbH, Braunschweig, Germany 5 Biological Data Management and Technology Center, Lawrence Berkeley National Laboratory, Berkeley, California, USA 6 Oak Ridge National Laboratory, Oak Ridge, Tennessee, USA 7 University of Regensburg, Archaeenzentrum, Regensburg, Germany 8 University of California Davis Genome Center, Davis, California, USA *Corresponding author: Nikos C.
    [Show full text]
  • Variations in the Two Last Steps of the Purine Biosynthetic Pathway in Prokaryotes
    GBE Different Ways of Doing the Same: Variations in the Two Last Steps of the Purine Biosynthetic Pathway in Prokaryotes Dennifier Costa Brandao~ Cruz1, Lenon Lima Santana1, Alexandre Siqueira Guedes2, Jorge Teodoro de Souza3,*, and Phellippe Arthur Santos Marbach1,* 1CCAAB, Biological Sciences, Recoˆ ncavo da Bahia Federal University, Cruz das Almas, Bahia, Brazil 2Agronomy School, Federal University of Goias, Goiania,^ Goias, Brazil 3 Department of Phytopathology, Federal University of Lavras, Minas Gerais, Brazil Downloaded from https://academic.oup.com/gbe/article/11/4/1235/5345563 by guest on 27 September 2021 *Corresponding authors: E-mails: [email protected]fla.br; [email protected]. Accepted: February 16, 2019 Abstract The last two steps of the purine biosynthetic pathway may be catalyzed by different enzymes in prokaryotes. The genes that encode these enzymes include homologs of purH, purP, purO and those encoding the AICARFT and IMPCH domains of PurH, here named purV and purJ, respectively. In Bacteria, these reactions are mainly catalyzed by the domains AICARFT and IMPCH of PurH. In Archaea, these reactions may be carried out by PurH and also by PurP and PurO, both considered signatures of this domain and analogous to the AICARFT and IMPCH domains of PurH, respectively. These genes were searched for in 1,403 completely sequenced prokaryotic genomes publicly available. Our analyses revealed taxonomic patterns for the distribution of these genes and anticorrelations in their occurrence. The analyses of bacterial genomes revealed the existence of genes coding for PurV, PurJ, and PurO, which may no longer be considered signatures of the domain Archaea. Although highly divergent, the PurOs of Archaea and Bacteria show a high level of conservation in the amino acids of the active sites of the protein, allowing us to infer that these enzymes are analogs.
    [Show full text]
  • Taxonomy and Ecology of Methanogens
    View metadata, citation and similar papers at core.ac.uk brought to you by CORE provided by Horizon / Pleins textes FEMS Microbiology Reviews 87 (1990) 297-308 297 Pubfished by Elsevier FEMSRE 00180 Taxonomy and ecology of methanogens J.L. Garcia Laboratoire de Microbiologie ORSTOM, Université de Provence, Marseille, France Key words: Methanogens; Archaebacteria; Taxonomy; Ecology 1. INTRODUCTION methane from CO2 using alcohols as hydrogen donors; 2-propanol is oxidized to acetone, and More fhan nine reviews on taxonomy of 2-butanol to 2-butanone. Carbon monoxide may methanogens have been published during the last also be converted into methane; most hydro- decade [l-91, after the discovery of the unique genotrophic species (60%) will also use formate. biochemical and genetic properties of these Some aceticlastic species are incapable of oxidiz- organisms led to the concept of Archaebacteria at ing H,. The aceticlastic species of the genus the end of the seventies. Moreover, important Methanosurcina are the most metabolically diverse economic factors have ,placed these bacteria in the methanogens, whereas the obligate aceticlastic limelight [5], including the need to develop alter- Methanosaeta (Methanothrix) can use only acetate. native forms of energy, xenobiotic pollution con- The taxonomy of the methanogenic bacteria trol, the enhancement of meat yields in the cattle has been extensively revised in the light of new industry, the distinction between biological and information based on comparative studies of 16 S thermocatalytic petroleum generation, and the rRNA oligonucleotide sequences, membrane lipid global distribution of methane in the earth's atmo- composition, and antigenic fingerprinting data. sphere. The phenotypic characteristics often do not pro- vide a sufficient means of distinguishing among taxa or determining the phylogenetic position of a 2.
    [Show full text]
  • Hydrogen Stress and Syntrophy of Hyperthermophilic Heterotrophs and Methanogens
    University of Massachusetts Amherst ScholarWorks@UMass Amherst Doctoral Dissertations Dissertations and Theses July 2018 HYDROGEN STRESS AND SYNTROPHY OF HYPERTHERMOPHILIC HETEROTROPHS AND METHANOGENS Begum Topcuoglu University of Massachusetts Amherst Follow this and additional works at: https://scholarworks.umass.edu/dissertations_2 Part of the Environmental Microbiology and Microbial Ecology Commons, and the Microbial Physiology Commons Recommended Citation Topcuoglu, Begum, "HYDROGEN STRESS AND SYNTROPHY OF HYPERTHERMOPHILIC HETEROTROPHS AND METHANOGENS" (2018). Doctoral Dissertations. 1299. https://doi.org/10.7275/11912692.0 https://scholarworks.umass.edu/dissertations_2/1299 This Open Access Dissertation is brought to you for free and open access by the Dissertations and Theses at ScholarWorks@UMass Amherst. It has been accepted for inclusion in Doctoral Dissertations by an authorized administrator of ScholarWorks@UMass Amherst. For more information, please contact [email protected]. HYDROGEN STRESS AND SYNTROPHY OF HYPERTHERMOPHILIC HETEROTROPHS AND METHANOGENS A Dissertation Presented by BEGÜM D. TOPÇUOĞLU Submitted to the Graduate School of the University of Massachusetts Amherst in partial fulfillment of the requirements for the degree of DOCTOR OF PHILOSOPHY May 2018 Microbiology © Copyright by Begüm Topçuoğlu 2018 All Rights Reserved HYDROGEN STRESS AND SYNTROPHY OF HYPERTHERMOPHILIC HETEROTROPHS AND METHANOGENS A Dissertation Presented by BEGÜM D. TOPÇUOĞLU Approved as to style and content by: ____________________________________
    [Show full text]
  • Validation of the Publication of New Names and New Combinations Previously Effectively Published Outside the IJSB List No
    INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC BACTERIOLOGY, OCt. 1986, p. 573-576 Vol. 36, No. 4 0020-7713/86/040573-04$~2.OO/O Copyright 0 1986, International Union of Microbiological Societies Validation of the Publication of New Names and New Combinations Previously Effectively Published Outside the IJSB List No. 22t The purpose of this announcement is to effect the valid publication of the following new names and new combinations under the procedufe described previously (Int. J. Syst. Bacteriol. 27(3):iv, 1977). Authors and other individuals wishing to have new names and/or combinations included in future lists should send the pertinent reprint or a photocopy thereof to the IJSB for confirmation that all of the other requirements for valid publication have been met. It should be noted that the date of valid publication of these new names and combinations is the date of publication of this list, not the date of the original publication of the names and combinations. The authors of the new names and combinations are as given below, arid these authors’ names will be included in the author index of the present issue and in the volume author index in this issue of the IJSB. Inclusion of a name on these lists validates the name and thereby makes it available in bacteriological nomenclature. The, inclusion of a name on this list is not to be construed as taxonomic acceptance of the taxon to which the name is applied. Indeed, some of these names may, in time, be shown to be synonyms, or the organism may be transferred to another genus, thus necessitating the creation of a new combination.
    [Show full text]
  • Hyperthermophilic Microorganisms
    FEMS Microbiology Reviews 75 (1990) 117-124 Published by Elsevier FEMSRE 00133 Hyperthermophilic microorganisms K.O. Steuer, G. Fiala, G. Huber, R. Huber and A. Segerer Lehrstuhl für Mikrobiologie, Universität Regensburg, Regensburg, F.R.G. Key words: Hyperthermophiles; Taxonomy 1. INTRODUCTION 7 to 9) rich in NaCl. Also man-made hot environ• ments such as the boiling outflows of geothermal The most extremely thermophilic living beings power plants are suitable environments for hyper• known to date are bacteria growing at tempera• thermophiles [9]. Submarine hydrothermal systems tures between 80 and 110 °C [1-3]. Some of them are slightly acidic to alkaline (pH 5 to 8.5) and are so well adapted to the high temperatures that normally contain high amounts of NaCl and SO4 ~ they do not even grow below 80 ° C [4]. As a rule, due to the presence of sea water (Table 1). Due to non of these hyperthermophilic bacteria are able the low solubility of oxygen at high temperatures to grow at 60 ° C or below. Hyperthermophiles are and the presence of reducing gases, most biotopes occurring mainly within the archaebacterial king• of hyperthermophiles are anaerobic. Within con• dom [5]; some of them are also present within the tinental solfataric fields, oxygen is only present eubacteria [6,7]. Due to their existence within within the upper acidic layer which appears phylogenetically highly divergent groups, the lack ochre-coloured due to the existence of ferric iron of closely related mesophiles, and their biotopes [8]. existing already since the Archean age, hyperther• Although not growing below 60 °C, hyperther• mophiles may have adapted to the hot environ• mophiles are able to survive at low temperatures ment already billions of years ago.
    [Show full text]
  • Quantitative Detection of Culturable Methanogenic Archaea Abundance in Anaerobic Treatment Systems Using the Sequence-Specific Rrna Cleavage Method
    The ISME Journal (2009) 3, 522–535 & 2009 International Society for Microbial Ecology All rights reserved 1751-7362/09 $32.00 www.nature.com/ismej ORIGINAL ARTICLE Quantitative detection of culturable methanogenic archaea abundance in anaerobic treatment systems using the sequence-specific rRNA cleavage method Takashi Narihiro1, Takeshi Terada1, Akiko Ohashi1, Jer-Horng Wu2,4, Wen-Tso Liu2,5, Nobuo Araki3, Yoichi Kamagata1,6, Kazunori Nakamura1 and Yuji Sekiguchi1 1Institute for Biological Resources and Functions, National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST), Tsukuba, Ibaraki, Japan; 2Division of Environmental Science and Engineering, National University of Singapore, Singapore and 3Department of Civil Engineering, Nagaoka National College of Technology, Nagaoka, Japan A method based on sequence-specific cleavage of rRNA with ribonuclease H was used to detect almost all known cultivable methanogens in anaerobic biological treatment systems. To do so, a total of 40 scissor probes in different phylogeny specificities were designed or modified from previous studies, optimized for their specificities under digestion conditions with 32 methanogenic reference strains, and then applied to detect methanogens in sludge samples taken from 6 different anaerobic treatment processes. Among these processes, known aceticlastic and hydrogenotrophic groups of methanogens from the families Methanosarcinaceae, Methanosaetaceae, Methanobacter- iaceae, Methanothermaceae and Methanocaldococcaceae could be successfully detected and
    [Show full text]
  • Interactions Between Anaerobic Fungi and Methanogens in the Rumen and Their Biotechnological Potential in Biogas Production from Lignocellulosic Materials
    microorganisms Review Interactions between Anaerobic Fungi and Methanogens in the Rumen and Their Biotechnological Potential in Biogas Production from Lignocellulosic Materials Yuqi Li 1 , Zhenxiang Meng 1, Yao Xu 1, Qicheng Shi 1, Yuping Ma 1, Min Aung 1,2, Yanfen Cheng 1,* and Weiyun Zhu 1 1 Laboratory of Gastrointestinal Microbiology, National Center for International Research on Animal Gut Nutrition, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, China; [email protected] (Y.L.); [email protected] (Z.M.); [email protected] (Y.X.); [email protected] (Q.S.); [email protected] (Y.M.); [email protected] (M.A.); [email protected] (W.Z.) 2 Department of Animal Nutrition, University of Veterinary Science, Nay Pyi Taw 15013, Myanmar * Correspondence: [email protected]; Tel.: +86-25-84395523 Abstract: Anaerobic fungi in the digestive tract of herbivores are one of the critical types of fiber- degrading microorganisms present in the rumen. They degrade lignocellulosic materials using unique rhizoid structures and a diverse range of fiber-degrading enzymes, producing metabolic products such as H2/CO2, formate, lactate, acetate, and ethanol. Methanogens in the rumen utilize some of these products (e.g., H2 and formate) to produce methane. An investigation of the interac- tions between anaerobic fungi and methanogens is helpful as it provides valuable insight into the microbial interactions within the rumen. During the last few decades, research has demonstrated that anaerobic fungi stimulate the growth of methanogens and maintain methanogenic diversity. Meanwhile, methanogens increase the fiber-degrading capability of anaerobic fungi and stimulate Citation: Li, Y.; Meng, Z.; Xu, Y.; Shi, metabolic pathways in the fungal hydrogenosome.
    [Show full text]
  • Post. Mikrobiol. 4-2013.Indb
    POLSKIE TOWARZYSTWO MIKROBIOLOGÓW Kwartalnik Tom 52 Zeszyt 2•2013 KWIECIE¡ – CZERWIEC CODEN: PMKMAV 52 (2) Advances in Microbiology 2013 POLSKIE TOWARZYSTWO MIKROBIOLOGÓW Kwartalnik Tom 52 Zeszyt 3•2013 LIPIEC – WRZESIE¡ CODEN: PMKMAV 52 (3) Advances in Microbiology 2013 POLSKIE TOWARZYSTWO MIKROBIOLOGÓW Kwartalnik Tom 52 Zeszyt 4•2013 PAèDZIERNIK – GRUDZIE¡ CODEN: PMKMAV 52 (4) Advances in Microbiology 2013 Index Copernicus ICV = 9,52 (2012) Impact Factor ISI = 0,151 (2012) Punktacja MNiSW = 15,00 (2012) http://www.pm.microbiology.pl RADA REDAKCYJNA JACEK BIELECKI (Uniwersytet Warszawski), RYSZARD CHRÓST (Uniwersytet Warszawski), JERZY DŁUGOŃSKI (Uniwersytet Łódzki), DANUTA DZIERŻANOWSKA (Centrum Zdrowia Dziecka), EUGENIA GOSPODAREK (Collegium Medicum UMK w Bydgoszczy), JERZY HREBENDA (Uniwersytet Warszawski), WALERIA HRYNIEWICZ (Narodowy Instytut Leków), MAREK JAKÓBISIAK (Warszawski Uniwersytet Medyczny), ANDRZEJ PASZEWSKI (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN), ANDRZEJ PIEKAROWICZ (Uniwersytet Warszawski), ANTONI RÓŻALSKI (Uniwersytet Łódzki), ALEKSANDRA SKŁODOWSKA (Uniwersytet Warszawski), BOHDAN STAROŚCIAK (Warszawski Uniwersytet Medyczny), BOGUSŁAW SZEWCZYK (Uniwersytet Gdański), ELŻBIETA TRAFNY (Wojskowy Instytut Higieny i Epidemiologii), STANISŁAWA TYLEWSKA-WIERZBANOWSKA (Państwowy Zakład Higieny), GRZEGORZ WĘGRZYN (Uniwersytet Gdański), PIOTR ZIELENKIEWICZ (Uniwersytet Warszawski) REDAKCJA JACEK BIELECKI (redaktor naczelny), JERZY HREBENDA (zastępca), BOHDAN STAROŚCIAK (sekretarz), MARTA BRZÓSTKOWSKA (korekta tekstów angielskich)
    [Show full text]
  • Life Above the Boiling Point of Water? by K.O
    49 Rccd. RH., Richardson, D.L., Warr, SRC, and Stewart, 61 Ventosa, A., Quesada, E., Rodriguez-Valera, F., and Ramos-Cor- WD. P., Carbohydrate accumulation and osmotic stress in cyano- menzana, A., Numerical taxonomy of moderately halophilic Gram- bacteria. J. gen. Microbiol. 7.?0(1984) 14. negative rods. J. gen. Microbiol. 128 (1982) 1959 1968. 50 Reistad, R , On the composition and nature of the bulk protein of 62 Villar, M., de Ruiz Holgado, A. P., Sanchez, J. J., Trueco, R. E., and extremely halophilic bacteria. Archs Microbiol. 7/(1970) 353-360. Oliver, G., Isolation and characterization of Pediococcus halophilus 51 Rodriguez-Valera, F., Juez, G., and Kushner, D. J., Halobacterium from salted anchovies (Engraulis anchoita). Appl. envir. Microbiol. nwdiJcnana spec.nov., a new carbohydrate-utilizing extreme halo- 49(1985)664-666. philc. Syst. appl. Microbiol. 4 (1983) 369 381. 63 Visentin, L.P., Chow, C, Matheson. A. T., Yaguchi, M., and Rollin, 52 Ross, H N. M., and Grant, W. D., Nucleic acid studies on halophilic F., Halobacterium cutirubrum ribosomes. Properties of the ribosomal archaebacteria. J. gen. Microbiol. 131 (1985) 165 173. proteins and ribonucleic acid. Biochem. J. 130 (1972) 103 110. 53 Schleiden, M.J., Das Salz. Verlag Wilhelm Engelmann, Leipzig 64 Volcani, B. E., Studies on the microflora of the Dead Sea. Doctoral 1875. thesis, Hebrew Univ., Jerusalem, 1940. 54 Schuh, W , PulT, II., Galinski, li. A., and Triiper, H. G., Die Kristall- 65 Vreeland, R. H., Litchfield, C. D., Martin, E. L., and Elliot, E., Halo• sirukiur des Lctoin. einer neuen osmoregulatorisch wirksamen Ami• mónos elongata, a new genus and species of extremely salt-tolerant nosäure.
    [Show full text]
  • Universidad Autónoma De Nuevo León Facultad De Ciencias Biológicas Diversidad Y Potencial Biotecnológico Del Dominio Archaea
    UNIVERSIDAD AUTÓNOMA DE NUEVO LEÓN FACULTAD DE CIENCIAS BIOLÓGICAS DIVERSIDAD Y POTENCIAL BIOTECNOLÓGICO DEL DOMINIO ARCHAEA EN CUATRO CIÉNEGAS, COAHUILA Por NAHUI OLIN MEDINA CHÁVEZ COMO REQUISITO PARCIAL PARA OBTENER EL GRADO DE DOCTOR EN CIENCIAS CON ORIENTACIÓN EN BIOTECNOLOGÍA DICIEMBRE, 2019 DIVERSIDAD Y POTENCIAL BIOTECNOLÓGICO DEL DOMINIO ARCHAEA EN CUATRO CIÉNEGAS, COAHUILA DIVERSIDAD Y POTENCIAL BIOTECNOLÓGICO DEL DOMINIO ARCHAEA EN CUATRO CIÉNEGAS, COAHUILA AGRADECIMIENTOS A mis padres, Richard y Rosa Por su gran amor siempre y en todo momento, haciéndome feliz todos los días por tenerlos a mi lado. Gracias por sus enseñanzas y consejos que he recibido de ustedes toda mi vida y que me han permitido seguir en esta. Por los besos y abrazos infinitos Por compartirme su gusto por las cosas extraordinarias Por cuidarme y protegerme de adversidades y enfermedades Por compartir su visión de la vida y la familia que lo es todo. Por alentarme a realizar el doctorado y apoyarme cada segundo de él. Por darme una vida en la que puedo disfrutar ustedes, mi hermana, Jake, Nina, Lilu y más recientemente de Rooney peluchin. Los amo más de lo que pueden imaginar A mi hermana, Olin. Por tu amor incondicional, por tu compañía física y mental. Por ser no sólo mi hermana, sino mi mejor amiga y confidente, my partner in crime, the ying to my yang, my ride or die forever. Te amo emana A mi asesora, Susana Quien sin antecedentes decidió creer en mí y en compartir la locura de estudiar el enigmático tercer dominio de la vida conmigo. Por apoyarme cuando no me aceptaron en el programa de maestría ―porque la Astrobiología no era una línea de investigación del programa‖.
    [Show full text]
  • Methanogenic Archaea and Consortia
    Methanogenic Archaea and Consortia Kevin R. Sowers University of Maryland Biotechnology Institute Extremophile Research: Theory & Techniques 2003 Archaea Crenarchaeota Euryarchaeota Halophiles Methanobacterium Methanobrevibacter Methanoplanus Methanothermus Methanospirillum Methanosarcina Hyperthermophiles Methanolobus Methanohalophilus Methanosaeta Methanococcus Methanopyrus Bacteria Eukarya Alessandro Volta Volta Experiment Historical Overview •• 1776 1776 VoltaVolta described described “combustible“combustible air”air” •• 1806 1806 HenryHenry lamp lamp gasgas == methanemethane •• 1869 1869 Becamp Becamp methanogenesis methanogenesis biologicalbiological •• 1936 1936 BarkerBarker “isolated” “isolated” M.M. omelianskii omelianskii •• 1947 1947 Kluyver Kluyver first first truetrue isolatesisolates •• 1950 1950 Hungate Hungate anaerobic anaerobic techniquetechnique •• 1977 1977 Woese Woese described described “archaebacteria”“archaebacteria” Phylogeny of Methanogens Methanococcales Methanobacteriales Methanosarcinales Methanomicrobiales Methanopyrales Boone et al., 1993 Substrates Used by Orders of Methanogenic Archaea •• Methanobacteriales Methanobacteriales H H22,HCOOH,H,HCOOH,H22/Me,/Me, 2P,2B,CP2P,2B,CP •• Methanococcales Methanococcales H H22,HCOOH,HCOOH •• Methanomicrobiales Methanomicrobiales HH22,HCOOH,E,P,2P,2B,CP,HCOOH,E,P,2P,2B,CP •• Methanopyrales Methanopyrales H H22 •• Methanosarcinales Methanosarcinales H H22,CH,CH33COOH,CH33OH,MMA, DMA,TMA,DMS Characteristics •• psychrophiles psychrophiles (-2.5 (-2.5 OC) - thermophiles
    [Show full text]