PREPARATION of PRIMER MIX (Solution) for STANDARD CONDITIONS
Total Page：16
File Type：pdf, Size：1020Kb
METABOCHIPS VERSION III PREPARATION OF PRIMER MIX (solution) FOR STANDARD CONDITIONS OO3
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 003 SIZE GSTT1 480 167 272 GSTM1 189 71 175 CYP2A6 (C+) 570 164 (266-267) TP53 114/130 111 213
H2O
SINGULEX Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 104 CYP1B1 885 +159 16 16 262-263-264
H2O 96
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 105 152-153- NAT1 741 +49 16 16 154-155
H2O 96
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 106 NAT2 618 +56 16 16 159-160-161
H2O 96
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 107 NAT2 413 +59 16 16 162-163-164
H2O 96
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 108 NAT1 354 +53 16 16 156-157-158
H2O 96
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 109 UGT1A7 472 +173N4 16 16 278-279
H2O 96
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 110 NAT1 452 +47 16 16 150-151
H2O 96
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 111 RAD54B 336 253 16 16 355
H2O 96
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 112 TP53 241 291 16 16 390
H2O 96
1 Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 113 HTR 598 260 16 16 362
H2O 96
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 114 XRCC2 127 293 16 16 392
H2O 96
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 115 MSH6 260 230 16 16 332
H2O 96
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 116 ADH1B 397 273 8 8 373
H2O 112
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 117 DIA4 390 78_3 16 16 182
H2O 96
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 118 IRS2 1038 +213 16 16 315
H2O 96
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 119 MDM2 +304 16 16 403
H2O 96
2 DUPLEX
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 207 ERCC1 285 17 16 16 120 CYP1A1 899 +132 8 8 235-236
H2O 80
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 209 GRPR 375 +35 16 16 138-139 CDKN2A 210 93 8 8 197
H2O 80
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 215* ADH2 107 64 16 16 167 GSTP1 252 70 8 8 173
H2O 80
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 219 XRCC9 202 88 8 8 192 TP53 296 110 16 16 212
H2O 80
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 220 APEX 207 +89 16 16 193-194 GSTA4 273 105 16 16 209
H2O 64
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 238 POLB 205 94 16 16 198 CYP1A1 546 139 8 8 242
H2O 80
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 239 EPHX1 226 +126 BIS 8 8 229-230 DRD2 461 24 16 16 127
H2O 80
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 241 ALDH2 589 +149 16 16 252-253 CYP1A2 233 143 16 16 246
H2O 64
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 244 CYP2E1 526 1 16 16 104 ERCC1 402 16 16 16 119
H2O 64
3 Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 245 DRD2 309 20 8 8 123 ALDH2 401 +147 16 16 250-251
H2O 80
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 247 PCNA 506 12 8 8 115 DAT1 286 44 32 32 147
H2O 48
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 248 ERCC4 195 99 8 8 203 ERCC1 525 15 32 32 118
H2O 48
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 249 ALDH2_2 134 F146_2 8 8 249 CYP2C19 174 108 16 16 210
H2O 80
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 252 OGG1 207 7 8 8 110 TPMT 657 170 20 20 275
H2O 72
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 253 XRCC2 189 84 16 16 188 CYP2A6 403 107 16 16 269-270
H2O 64
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 254 GSTM3 273 68(OLD) 16 16 171 NAT2 445 62 16 16 165
H2O 64
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 255 CYP2E1 413 +2 24 24 105-106 PCNA 568 +10 4 4 113-114
H2O 72
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 257 DRD2 592 +22 16 16 125-126-128 ERCC5 391 66 16 16 169
H2O 64
4 Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 258 ERCC5 392 67_2 8 8 170 ADH3 352 63_3 16 16 166
H2O 80
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 260 ERCC2 194 96(OLD) 16 16 200 CYP1A2 256 145 16 16 248
H2O 64
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 262 GSTP1 290 69 16 16 172 CYP1A1 204 +134 16 16 237-238
H2O 64
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 263 XRCC1 175 83 16 16 187 CYP2A6 334 166 16 16 271
H2O 64
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 264 ERCC1 259 18 8 8 121 CYP2E1 386 4_5 16 16 107
H2O 80
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 265 Old oligos Old oligos DAT1 245 46 4 4 149 GSTM1 189 71 16 16 174
H2O 88
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 266 EPHX1 210 128-BIS 16 16 231 ERCC1 153 14BIS 16 16 117
H2O 64
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 267 TPMT 694 171 16 16 276 CYP1A1 232 +136 16 16 239-240
H2O 64
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 268 DRD2 405 21 16 16 124 MGMT 293 +76 16 16 180-181
H2O 64
5 Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 269 XRCC3 183 85 16 16 189 APEX 208 91 16 16 195
H2O 64
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 270 LIG4 454 +220 16 16 322-323 MLH1 303 225 16 16 327
H2O 64
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 271 MDR1 325 224 16 16 326 CDK7 214 209 16 16 311
H2O 64
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 272 CYP3A4 430 155 16 16 258 ATM 361 178 16 16 283
H2O 64
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 273 PMS2 841 247 16 16 349 ANCG2 1165 300 16 16 399
H2O 64
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 274 ATM 372 177 4 4 282 RECQL 289 256 16 16 358
H2O 88
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 275 TP53BP2 599 263 4 4 365 CYP2C18/19 1061 296 16 16 395
H2O 88
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 276 XRCC3 686 294 16 16 393 CDA 1102 297 16 16 396
H2O 64
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 277 PARP 425 241 16 16 343 DRD4 360 30 16 16 133
H2O 64
6 Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 278 RB1 363 254 16 16 356 RB1 313 255 16 16 357
H2O 64
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 279 DRD4 553 33 16 16 136 GSTT1 346 284 16 16 384
H2O 64
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 280 PARP 363 +244 8 8 346-347 CYP1A2 596 141 8 8 244
H2O 96
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 281 TP53BP2 599 264 8 8 (366) LIG3 419 286 8 8 386
H2O 96
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 282 NBS1 391 235 16 16 337 MYH 234 232 4 4 334
H2O 88
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 283 NOD2 228 237 16 16 339 TP53BP1 316 261 16 16 363
H2O 64
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 284 TP53BP1 294 262 8 8 364 ATM 451 179 16 16 285
H2O 80
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 285 XRCC5 435 268 16 16 370 CDKN1A 338 275 16 16 375
H2O 64
7 TRIPLEX
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 309 COMT 130 42 16 16 145 XRCC1 183 81 16 16 185 CYP1A1 349 138 16 16 241
H2O 32
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 311 GSTT2 279 72 16 16 176 XRCC1 127 82 16 16 186 ERCC2 193 97 16 16 201
H2O 32
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 316 COMT 236 +37 16 16 140-141 MGMT 200 +74 8 8 178-179 DIA4 159 79 16 16 183
H2O 48
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 317 MTHFR 516 168 8 8 273 MTHFR 163 169 16 16 274 TPMT 373 172 16 16 277
H2O 48
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 319 CYP2E1 361 +5 16 16 108-109 SOD2 164 28 16 16 131 CYP1A2 243 144 16 16 247
H2O 32
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 320 ATM 441 +175 16 16 280-281 BARD1 154 182 16 16 287 BRCA1 364 186 16 16 290
H2O 32
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 321 BRCA2 323 193 16 16 297 CCNH 399 203 16 16 306 CDKN1B 267 205 16 16 307
H2O 32
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 322 BRCA2 364 194 16 16 298 CASP8 315 196 16 16 300 CASP9 234 199 16 16 302
H2O 32
8 Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 323 NOD2 294 238 16 16 340 PARP 417 240 16 16 342 CCND1 350 202 16 16 305
H2O 32
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 324 LIG1 406 219 16 16 321 MDR1 252 222 16 16 324 LIG1 201 +216 16 16 318-319
H2O 32
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 325 ATM 351 181 16 16 286 BRCA1 405 189 4 4 293 CASP3 247 195 16 16 299
H2O 56
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 326 BRCA1 409 190 16 16 294 BRCA2 362 192 4 4 296 CASP8 301 197 16 16 301
H2O 56
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 327 MDR1 529 223 2 2 325 MSH2 198 226 16 16 328 MSH3 248 227 16 16 329
H2O 60
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 328 DRD4 360 +278 16 16 378-379 GSTM3 411 +282 16 16 382-383 MDM2 260 287 16 16 387
H2O 32
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 330 CDKN1A 392 274 16 16 374 ANCG2 596 299 16 16 398 AHR 355 303 16 16 402
H2O 32
9 Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 331 RAD9 348 248 4 4 350 RAD23 278 249 16 16 351 SULT1A2 391 258 4 4 360
H2O 80
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 332 ADH1B 244 272 16 16 372 ERCC2 334 281 4 4 381 GSTT2 394 285 4 4 385
H2O 80
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 333 MSH3 198 229 16 16 331 MYH 169 233 8 8 335 NOD2 494 236 16 16 338
H2O 48
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 334 MTHFR 584 289 4 4 388 CDA 453 298 16 16 397 CDKN2A 254 +276 8 8 376-377
H2O 72
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 335 NBS1 360 234 4 4 336 PARP 410 +242 2 2 344-345 MSH3 276/255 228 16 16 330
H2O 84
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 336 ATM 193 180 16 16 284 CHEK2 245 210 8 8 312 XRCC5 354 271 8 8 371
H2O 64
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 337 NT5E 582 301 8 8 400 CDK7 201 208 16 16 310 EPHX1 374 280 8 8 380
H2O 64
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 338 NOD2 380 239 16 16 341 RAD51 210 +250 8 8 352-353 RAD52 273 252 16 16 354
H2O 48
10 Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 339 CYP2C9 252 129 16 16 232 PARP 431 246 16 16 348 BARD1 348 +183 16 16 288-289
H2O 32
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 340 GSTA4 244 103 8 8 207 XPC 400 266 8 8 368 XRCC4 489 267 16 16 369
H2O 64
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 341 TERT 403 259 16 16 361 XPA 291 265 16 16 367 ATR 122 302 16 16 401
H2O 32
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 342 MSH6 265 231-2 8 8 333 SULT1A2 421 257 4 4 359 XRCC3 128 295 16 16 394
H2O 72
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 343 BRCA1 409 187 16 16 291 POLB 193 290 16 16 389 XRCC2 117 292 16 16 391
H2O 32
11 QUADRUPLEX
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 401 SULT1A1 333 +26 4 4 129-130 COMT 162 +39 8 8 142-143 GSTA2 689 73 32 32 177 CYP2C9 248 +130 16 16 233-234
H2O 8
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 402 BRCA1 295 188 16 16 292 BRCA2 250 191 16 16 295 CASP10 144 200 16 16 303 CCND1 416 201 16 16 304
H2O 0
Multiplex number SIZE (BP) PCR Primer F Primer R Assay ID 403 CDKN2B 546 +206 16 16 308-309 FANCD2 501 211 16 16 313 GADD45A 250 212 4 4 314 LIG1 312 218 16 16 320
H2O 24
12 PCR METABOCHIPS PROTOCOLE PCR
PREPARATION OF DRIED PRIMERS.
Calculated for 10 tubes: In a new 1.5 ml Eppendorf Tube, put 80µL of primer mix and add 20 µL of H2O. By robot, each time, you can set 12 different multiplex PCRs for 8 different subjects in a 96-well plate. Use the program called: This will aliquote 10µL of primers in a 96-well plate corresponding to 12 different multiplex PCRs in 12 columns. The 8 raws will have the same set of PCRs. The program will prepare 3 identical plates.
13 PCR WITH DRIED PRIMERS. MULTIPLEX PCRs STANDARD (Final volume 20µl). (Protocol P0)
USE PLATES WITH DRIED PRIMERS ALREADY PREPARED (see protocol).
Buffer BD10X: 2 µL dNTPs (2mM) 25%U: 2 µL MgCl2 (25mM): 2.4 µL (final concentration: 3 mM)
HOT FIRE (5U/µL): 0.2 µL
DNA 1 µL (30ng)
H2O: Adjust to final mix of 20 µL (Ex. 12.4 µL)
Final volume: 20 µL
Thermocycler (GAN Machine): HF3
95º C 15’ min
20 cycles: 95º C 1 min 68º C 30” sec - 1 C/cycle 72º C 1.5 min
20 cycles: 95º C 1 min 51º C 30” sec 72º C 1.5 min
72º C 10’ min 4º C forever
Agarose gel: 2% ou 3%:
14
PRIMERS NOT DRIED. MULTIPLEX PCRs STANDARD (Final volume 20µl). (Protocol P0)
Buffer BD 10X: 2 µL dNTPs (2mM), 25% dUTP: 2 µL MgCl2 (25mM): 2.4 µL (final concentration: 3 mM) Primer mix (see protocol): 8 µL
HOT FIRE (5U/µL): 0.2 µL
DNA 1 µL (20ng)
H2O: Adjust to final mix of 20 µL (Ex. 4.4 µL)
Final volume: 20 µL
Thermocycler (GAN Machine): HF3
95º C 15’ min
20 cycles: 95º C 1 min 68º C 30” sec - 1 C/cycle 72º C 1.5” min
20 cycles: 95º C 1 min 51º C 30” sec 72º C 1.5 min
72º C 10’ min 4º C forever
Agarose gel: 2%
15