Τυποποίηση Στελεχών Legionella Pneumophila Από Περιβαλλοντικά

Total Page:16

File Type:pdf, Size:1020Kb

Τυποποίηση Στελεχών Legionella Pneumophila Από Περιβαλλοντικά ΒΙΟΠΟΛΙΣ, 41500 Λάρισα Τηλ. 2410685701-2 Fax. 2410685546 www.med.uth.gr [email protected] Τυποποίηση στελεχών Legionella pneumophila από περιβαλλοντικά δείγματα και συρροές κρουσμάτων με Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry (MALDI- TOF MS) Μαρία Αποστόλου Κυρίτση Ιατρός Μικροβιολόγος-Βιοπαθολόγος MSc στη Μοριακή Ιατρική Υπεβλήθη για την εκπλήρωση μέρους των απαιτήσεων για την απόκτηση του Διδακτορικού διπλώματος Λάρισα, Νοέμβριος 2019 Τυποποίηση στελεχών Legionella pneumophila από περιβαλλοντικά δείγματα και συρροές κρουσμάτων με Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time-of- Σελίδα 1 Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS) Institutional Repository - Library & Information Centre - University of Thessaly 08/10/2021 07:30:09 EEST - 170.106.203.34 Στους γονείς μου, Απόστολο και Ευθυμία Στο σύζυγό μου, Θανάση Στα παιδιά μου, Γιάννη και Απόστολο ©2019 Μαρία Κυρίτση Τυποποίηση στελεχών Legionella pneumophila από περιβαλλοντικά δείγματα και συρροές κρουσμάτων με Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time-of- Σελίδα 2 Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS) Institutional Repository - Library & Information Centre - University of Thessaly 08/10/2021 07:30:09 EEST - 170.106.203.34 Η διδακτορική διατριβή υλοποιήθηκε στα πλαίσια του Επιχειρησιακού Προγράμματος «Ανάπτυξη ανθρώπινου δυναμικού, εκπαίδευση και δια βίου μάθηση» με τη συγχρηματοδότηση του Ευρωπαϊκού Κοινωνικού Ταμείου (ΕΚΤ) με τίτλο «Υποστήριξη ερευνητών με έμφαση στους νέους ερευνητές» Τυποποίηση στελεχών Legionella pneumophila από περιβαλλοντικά δείγματα και συρροές κρουσμάτων με Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time-of- Σελίδα 3 Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS) Institutional Repository - Library & Information Centre - University of Thessaly 08/10/2021 07:30:09 EEST - 170.106.203.34 Η έγκριση της διδακτορικής διατριβής από το Τμήμα Ιατρικής της Σχολής Επιστημών Υγείας του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας δεν υποδηλώνει αποδοχή των απόψεων του συγγραφέα (σύμφωνα με τις διατάξεις του άρθρου 202, παράγραφος 2, του Ν. 5343/1932). Τυποποίηση στελεχών Legionella pneumophila από περιβαλλοντικά δείγματα και συρροές κρουσμάτων με Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time-of- Σελίδα 4 Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS) Institutional Repository - Library & Information Centre - University of Thessaly 08/10/2021 07:30:09 EEST - 170.106.203.34 Εγκρίθηκε από τα μέλη της επταμελούς εξεταστικής επιτροπής (1η 18.09.2019 Γενική Συνέλευση Τμήματος Ιατρικής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας) 1ος Εξεταστής Δρ. Χρήστος Χατζηχριστοδούλου (Επιβλέπων) Καθηγητής, Τμήμα Ιατρικής, Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας 2ος Εξεταστής Δρ. Σπυρίδων Πουρνάρας Καθηγητής, Ιατρική Σχολή, Εθνικό Μετσόβειο Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών 3ος Εξεταστής Δρ. Ανδρέας Τσακάλωφ Αναπληρωτής Καθηγητής, Τμήμα Ιατρικής, Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας 4ος Εξεταστής Δρ. Ευθυμία Πετεινάκη Καθηγήτρια, Τμήμα Ιατρικής, Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας 5ος Εξεταστής Δρ. Ματθαίος Σπελέτας Καθηγητής, Τμήμα Ιατρικής, Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας 6ος Εξεταστής Δρ. Γεώργιος Ραχιώτης Αναπληρωτής Καθηγητής, Τμήμα Ιατρικής, Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας 7ος Εξεταστής Δρ. Κωνσταντίνος Παπαγιαννίτσης Επίκουρος Καθηγητής, Τμήμα Ιατρικής, Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας Τυποποίηση στελεχών Legionella pneumophila από περιβαλλοντικά δείγματα και συρροές κρουσμάτων με Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time-of- Σελίδα 5 Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS) Institutional Repository - Library & Information Centre - University of Thessaly 08/10/2021 07:30:09 EEST - 170.106.203.34 ΕΥΧΑΡΙΣΤΙΕΣ Αισθάνομαι την ανάγκη να εκφράσω τις ευχαριστίες μου σε όλους όσοι συνέβαλαν στην πραγματοποίηση της παρούσας διδακτορικής διατριβής. Ευχαριστώ θερμά το Διευθυντή του Εργαστηρίου Υγιεινής & Επιδημιολογίας του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας, και επιβλέποντα της διατριβής, καθηγητή κ. Χρήστο Χατζηχριστοδούλου για την πολύτιμη βοήθειά του, τη συνεχή επιστημονική καθοδήγηση και τη συμπαράσταση μέχρι το τέλος του πονήματος. Θα ήθελα να εκφράσω τη βαθιά ευγνωμοσύνη μου στο πρόσωπό του όχι μόνο για την ευκαιρία που μου έδωσε να εκπονήσω την παρούσα διατριβή, αλλά και για τη συνολική του συμβολή στην εκπαίδευσή μου στο πεδίο της Δημόσιας Υγείας και Επιδημιολογίας, από τη λήξη της ειδικότητάς μου μέχρι και σήμερα. Ιδιαίτερες ευχαριστίες στα μέλη της τριμελούς συμβουλευτικής επιτροπής: στον καθηγητή Κλινικής Μικροβιολογίας κ. Σπυρίδωνα Πουρνάρα για τη βοήθεια και την αμέριστη συμπαράστασή του, καθώς και στον αναπληρωτή καθηγητή Κλινικής Χημείας κ. Ανδρέα Τσακάλωφ που με την άριστη επιστημονική του κατάρτιση στον τομέα της φασματομετρίας μαζών συνέβαλε στην επιτυχή ολοκλήρωση της μελέτης. Ευχαριστώ θερμά τα μέλη της επταμελούς εξεταστικής επιτροπής καθηγήτρια κα Ευθυμία Πετεινάκη, καθηγητή κ. Ματθαίο Σπελέτα, αναπληρωτή καθηγητή κ. Γεώργιο Ραχιώτη και επίκουρο καθηγητή κ. Κωνσταντίνο Παπαγιαννίτση για τις σημαντικές υποδείξεις τους, οι οποίες βελτίωσαν την τελική εικόνα του πονήματος. Θα ήταν παράλειψή μου να μην ευχαριστήσω την Δρ. Ιουλιάννα Κρίστο, Βιοχημικό, για την πολύτιμη βοήθειά της και την άψογη συνεργασία καθ’ όλη τη διάρκεια της διατριβής καθώς και την κα Φωτεινή Κολοκυθοπούλου, Βιολόγο, για την έμπρακτη βοήθειά της. Κλείνοντας, ευχαριστώ θερμά όλο το προσωπικό του Εργαστηρίου Υγιεινής & Επιδημιολογίας του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας για την βοήθεια, ανοχή και στήριξή τους όλο το διάστημα της εκπόνησης της διδακτορικής διατριβής. Μαρία Κυρίτση Τυποποίηση στελεχών Legionella pneumophila από περιβαλλοντικά δείγματα και συρροές κρουσμάτων με Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time-of- Σελίδα 6 Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS) Institutional Repository - Library & Information Centre - University of Thessaly 08/10/2021 07:30:09 EEST - 170.106.203.34 ΣΥΝΤΟΜΟ ΒΙΟΓΡΑΦΙΚΟ ΣΗΜΕΙΩΜΑ Μαρία Αποστόλου Κυρίτση, Βιοπαθολόγος, M.D., M. Sc. E-mail: [email protected] και [email protected] ΠΑΡΟΥΣΑ ΘΕΣΗ ΕΡΓΑΣΙΑΣ Τεχνική Υπεύθυνη του Μικροβιολογικού Τμήματος και του Τμήματος Μοριακής Επιδημιολογίας του Εργαστηρίου Υγιεινής & Επιδημιολογίας του Τμήματος Ιατρικής, του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας. Τεχνική Υπεύθυνη του Μικροβιολογικού Τμήματος και του Τμήματος Μοριακής Επιδημιολογίας του Περιφερειακού Εργαστηρίου Δημόσιας Υγείας (ΠΕΔΥ) Θεσσαλίας. ΕΡΕΥΝΗΤΙΚΑ ΕΝΔΙΑΦΕΡΟΝΤΑ Τυποποίηση μικροοργανισμών με φασματομετρία μαζών. Πρωτεομική Μικροβίωμα (περιβαλλοντικών και κλινικών δειγμάτων) ΣΠΟΥΔΕΣ-ΕΚΠΑΙΔΕΥΣΗ 1997-2003: Τμήμα Ιατρικής, Σχολή Επιστημών Υγείας, Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας: Πτυχίο Ιατρικής 2005-2007: Τμήμα Ιατρικής, Σχολή Επιστημών Υγείας, Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας: Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Σπουδών «Κλινικές Εφαρμογές της Μοριακής Ιατρικής» 2006-2011: Πανεπιστημιακό Γενικό Νοσοκομείο Λάρισας, Εργαστήριο Μικροβιολογίας & Βιοπαθολογίας: Ειδικότητα Ιατρικής Βιοπαθολογίας 2011: Απόκτηση ειδικότητας Ιατρικής Βιοπαθολογίας 2016: Τμήμα Ιατρικής, Σχολή Επιστημών Υγείας, Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας, Εργαστήριο Υγιεινής & Επιδημιολογίας: Υποψήφια διδάκτορας με θέμα: «Τυποποίηση στελεχών Legionella pneumophila από περιβαλλοντικά δείγματα και συρροές κρουσμάτων με Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS)», Επιβλέπων: Χρήστος Χατζηχριστοδούλου, καθηγητής Υγιεινής & Επιδημιολογίας Τυποποίηση στελεχών Legionella pneumophila από περιβαλλοντικά δείγματα και συρροές κρουσμάτων με Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time-of- Σελίδα 7 Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS) Institutional Repository - Library & Information Centre - University of Thessaly 08/10/2021 07:30:09 EEST - 170.106.203.34 ΕΠΑΓΓΕΛΜΑΤΙΚΗ ΕΜΠΕΙΡΙΑ 2011-2016: Μικροβιολόγος στο Μικροβιολογικό Τμήμα του Εργαστηρίου Υγιεινής & Επιδημιολογίας του Τμήματος Ιατρικής, του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας. Μικροβιολόγος στο Μικροβιολογικό Τμήμα του Περιφερειακού Εργαστηρίου Δημόσιας Υγείας (ΠΕΔΥ) Θεσσαλίας. 2014-σήμερα: Τεχνική Υπεύθυνη του Τμήματος Μοριακής Επιδημιολογίας του Εργαστηρίου Υγιεινής & Επιδημιολογίας του Τμήματος Ιατρικής, του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας. Τεχνική Υπεύθυνη του Τμήματος Μοριακής Επιδημιολογίας του Περιφερειακού Εργαστηρίου Δημόσιας Υγείας (ΠΕΔΥ) Θεσσαλίας. 2016-σήμερα: Τεχνική Υπεύθυνη του Μικροβιολογικού Τμήματος του Εργαστηρίου Υγιεινής & Επιδημιολογίας του Τμήματος Ιατρικής, του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας. Τεχνική Υπεύθυνη του Μικροβιολογικού Τμήματος του Περιφερειακού Εργαστηρίου Δημόσιας Υγείας (ΠΕΔΥ) Θεσσαλίας. ΜΕΛΟΣ ΕΠΙΣΤΗΜΟΝΙΚΩΝ ΕΤΑΙΡΕΙΩΝ Μέλος της Ελληνικής Μικροβιολογικής Εταιρείας (από το 2006) Μέλος της Ευρωπαϊκής Εταιρείας Κλινικής Μικροβιολογίας και Λοιμωδών Νοσημάτων (European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases- ESCMID) (από το 2008) Μέλος της SHIPSAN Association (από το 2018) Μέλος της Εταιρείας Δημόσιας Υγείας και Περιβαλλοντικής Υγιεινής (ΕΔΥΠΥ) Μέλος της ESCMID ομάδας μελέτης για τις λοιμώξεις από Legionella (ESCMID Study Group for Legionella Infections-ESGLI) (από το Μάρτιο του 2019) ΔΗΜΟΣΙΕΥΣΕΙΣ ΣΕ ΔΙΕΘΝΗ ΠΕΡΙΟΔΙΚΑ: 12 ΑΝΑΚΟΙΝΩΣΕΙΣ ΣΕ ΕΛΛΗΝΙΚΑ ΣΥΝΕΔΡΙΑ: 9 ΑΝΑΚΟΙΝΩΣΕΙΣ ΣΕ ΔΙΕΘΝΗ ΣΥΝΕΔΡΙΑ: 3 ΠΡΟΣΚΕΚΛΗΜΕΝΗ ΟΜΙΛΗΤΡΙΑ ΣΕ ΕΛΛΗΝΙΚΑ ΣΥΝΕΔΡΙΑ/ΗΜΕΡΙΔΕΣ: 4 Τυποποίηση στελεχών Legionella pneumophila από περιβαλλοντικά δείγματα και συρροές κρουσμάτων με Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time-of- Σελίδα 8 Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS) Institutional Repository - Library & Information Centre - University of Thessaly 08/10/2021 07:30:09 EEST - 170.106.203.34 ΧΟΡΗΓΙΕΣ-ΥΠΟΤΡΟΦΙΕΣ Ειδικό Πρόγραμμα Ελέγχου για τον Ιό του Δυτικού Νείλου και την Ελονοσία, Ενίσχυση της Επιτήρησης στην Ελληνική Επικράτεια (01/01/2012-31/12/2013). Υπουργείο Υγείας & Κοινωνικής Αλληλεγγύης, Συγχρηματοδότηση
Recommended publications
  • Immunoproteomic Identification of Biomarkers for Diagnosis of Legionellosis
    Immunoproteomic identification of biomarkers for diagnosis of legionellosis Submitted in total fulfilment of the requirements for the degree of Doctor of philosophy by Kaylass Poorun Department of Chemistry and Biotechnology Faculty of Science, Engineering and Technology Swinburne University of Technology Australia 2014 Abstract Abstract Legionellosis, a disease with significant mortality and morbidity rates, is considered to be the second most frequent cause of severe community-acquired pneumonia. It is difficult to distinguish from other types of pneumonia due to similar clinical manifestations. Several studies have demonstrated the inadequacies of current diagnostic tests for confirming Legionella infections. This study was aimed at identifying biomarkers that can be used in an improved test. A comparative proteomic analysis, using DIGE, was carried out between L. pneumophila ATCC33152 and L. longbeachae NSW150 and D4968 isolates. While many homologous proteins were found to be commonly expressed, numerous others were identified to be differentially expressed under similar in vitro conditions suggesting that the two species have different lifestyles and infection strategies. The bacterial immunoglobulin domain containing protein, found to share sequence homology to Type V secretion proteins intimin and invasin, is not known to be present in Legionella. Human sera containing antibodies against Legionella from a set of blind samples were identified by ELISA. Downstream analyses revealed that diverse immunogens may be responsible for eliciting immune response in different Legionella species which in turn show little to no congeneric cross-reactivity. To the best of our knowledge, this is a unique finding not previously reported. Several serological diagnostic tests currently in use do not include many Legionella species in their testing panel, which may be a reason for many Legionella species being under-reported.
    [Show full text]
  • MT 2017 21412338 8035.Pdf (4.332Mb)
    Deanship of Graduate Studies Al-Quds University Molecular Identification and Sequence Based Typing of Legionella pneumophila in Environmental and Clinical Samples in Palestine Mahmod Jameel Ishaq Amro M. Sc. Thesis Jerusalem – Palestine 1438Hijri/ 2017AD Molecular Identification and Sequence Based Typing of Legionella pneumophila in Environmental and Clinical Samples in Palestine Prepared By: Mahmod Jameel Ishaq Amro B. Sc: Medical Technology, Al-Quds University- Jerusalem Supervisor: Dr. Dina M. Bitar A thesis submitted in partial fulfillment of requirements for the degree of Master of Biochemistry and Molecular Biology / Faculty of Medicine -Al-Quds-University. 1438Hijri/2017AD Dedication To my mother and father… To my dear wife, Alya'… To my daughter, Reem… To my family… To my friends… To my teachers… To all the people who supported, and encouraged me. Mahmod Jameel Ishaq Amro I Acknowledgment First and foremost, I want to thank Allah for giving me the strength to persevere through this endeavor. I would like to express my deepest gratitude and appreciation to every person who contributed and made this research work possible. This research thesis was done under the supervision of Dr. Dina M. Bitar from the Faculty of Medicine, Al-Quds University- Jerusalem. My deepest gratitude, appreciation and respect are sent to my supervisor Dr. Dina M. Bitar for her enthusiasm, her inspiration and her great efforts to explain things clearly and simply. I am grateful for her endurance and for her editing suggestions and precise sense of language, which contributed to the final copy. Also, I want to thank her for giving me the opportunity to join her research project.
    [Show full text]
  • Identification Et Caractérisation De Composés Produits Par Des Bactéries Environnementales Pour La Lutte Biologique Contre Legionella Pneumophila Marie-Hélène Corre
    Identification et caractérisation de composés produits par des bactéries environnementales pour la lutte biologique contre Legionella pneumophila Marie-Hélène Corre To cite this version: Marie-Hélène Corre. Identification et caractérisation de composés produits par des bactéries environ- nementales pour la lutte biologique contre Legionella pneumophila. Chimie analytique. Université de Poitiers, 2018. Français. NNT : 2018POIT2309. tel-02461235 HAL Id: tel-02461235 https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02461235 Submitted on 30 Jan 2020 HAL is a multi-disciplinary open access L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est archive for the deposit and dissemination of sci- destinée au dépôt et à la diffusion de documents entific research documents, whether they are pub- scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, lished or not. The documents may come from émanant des établissements d’enseignement et de teaching and research institutions in France or recherche français ou étrangers, des laboratoires abroad, or from public or private research centers. publics ou privés. THESE Pour l’obtention du Grade de DOCTEUR DE L’UNIVERSITE DE POITIERS FACULTE DES SCIENCES FONDAMENTALES ET APPLIQUEES (Diplôme National - Arrêté du 25 mai 2016) Ecole Doctorale : Gay Lussac – Sciences pour l'environnement Secteur de Recherche : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Identification et caractérisation de composés produits par des
    [Show full text]
  • The Legionella Type II Secretion Paradigm
    REVIEW White and Cianciotto, Microbial Genomics 2019;5 DOI 10.1099/mgen.0.000273 Assessing the impact, genomics and evolution of type II secretion across a large, medically important genus: the Legionella type II secretion paradigm Richard C. White† and Nicholas P. Cianciotto* Abstract The type II secretion system (T2SS) plays a major role in promoting bacterial survival in the environment and in human hosts. One of the best characterized T2SS is that of Legionella pneumophila, the agent of Legionnaires’ disease. Secreting at least 25 proteins, including degradative enzymes, eukaryotic-like proteins and novel effectors, this T2SS contributes to the ability of L. pneumophila to grow at low temperatures, infect amoebal and macrophage hosts, damage lung tissue, evade the immune system, and undergo sliding motility. The genes encoding the T2SS are conserved across the genus Legionella, which includes 62 species and >30 pathogens in addition to L. pneumophila. The vast majority of effectors associated with L. pneumophila are shared by a large number of Legionella species, hinting at a critical role for them in the ecology of Legionella as a whole. However, no other species has the same repertoire as L. pneumophila, with, as a general rule, phylogenetically more closely related species sharing similar sets of effectors. T2SS effectors that are involved in infection of a eukaryotic host(s) are more prevalent throughout Legionella, indicating that they are under stronger selective pressure. The Legionella T2SS apparatus is closest to that of Aquicella (another parasite of amoebae), and a significant number of L. pneumophila effectors have their closest homologues in Aquicella.
    [Show full text]
  • Problematika Bakterií Rodu Legionella Ve Vodách Bakalářská Práce
    Univerzita Hradec Králové Přírodovědecká fakulta Katedra biologie Problematika bakterií rodu Legionella ve vodách Bakalářská práce Autor: Karolína Stuchlíková Studijní program: B1501 Biologie Studijní obor: Systematická biologie a ekologie Vedoucí práce: Ing. Vladimír Dvořák, Ph.D. Oponent práce: RNDr. Vladimír Klaban Hradec Králové 2018 Prohlášení Prohlašuji, že jsem tuto bakalářskou práci vypracovala sama a uvedla veškeré použité prameny a literaturu. V Hradci Králové dne ………………… ..………………….……… Karolína Stuchlíková Poděkování Touto cestou bych chtěla poděkovat Ing. Vladimíru Dvořákovi, Ph.D. za vstřícnost, odborné vedení, cenné rady a připomínky při vedení mé bakalářské práce. Dále bych ráda poděkovala mé rodině a blízkým, kteří mě podporovali nejen během psaní bakalářské práce, ale i po celou dobu studia a bez kterých by tato práce nikdy nevznikla. Také děkuji firmě EMPLA AG spol. s r. o. za poskytnutí pracovních podmínek pro vypracování praktické části bakalářské práce. Anotace STUCHLÍKOVÁ, K. Problematika bakterií rodu Legionella ve vodách. Hradec Králové, 2018. Bakalářská práce na Přírodovědecké fakultě Univerzity Hradec Králové. Vedoucí bakalářské práce Vladimír Dvořák. 66 s. Bakalářská práce se věnuje problematice bakterií rodu Legionella ve vodách. Cílem práce je na základě literární rešerše podat všeobecné poznatky o výskytu, charakteristických znacích, rozmnožování a nebezpečnosti rodu. Dále se práce věnuje epidemiologické situaci v České republice, zdravotním rizikům a prevenci před bakteriální nákazou. Dále jsou zde popsány a prakticky ověřeny možnosti laboratorní diagnostiky. Klíčová slova voda, bakterie, Legionella Annotation STUCHLÍKOVÁ, K. Problems of Legionella bacteria in water. Hradec Králové, 2018. Bachelor Thesis at Faculty of Science University of Hradec Králové. Thesis Supervisor Vladimír Dvořák. 66 p. Bachelor thesis is focused on problem of bacteria Legionella in water.
    [Show full text]