MUSÉUM NATIONAL D’HISTOIRE NATURELLE École Doctorale Sciences de la Nature et de l’Homme – ED 227 Année 2019 N° attribué par la bibliothèque |_|_|_|_|_|_|_|_|_|_|_|_| THÈSE Pour obtenir le grade de DOCTEUR DU MUSÉUM NATIONAL D’HISTOIRE NATURELLE Spécialité : Écologie et Biodiversité Présentée et soutenue publiquement par Mathilde DELAUNAY Le vendredi 10 mai 2019 Comment faciliter l’identification de l’entomofaune ? Construction, évaluation et amélioration de clés d’identification numériques Sous la direction de : Régine VIGNES-LEBBE, Professeure, SU Romain NATTIER, Maître de Conférences, MNHN JURY : M. BEISEL Jean-Nicolas Professeur, Université de Strasbourg, France Rapporteur M. CASTELLA Emmanuel Maître d’Enseignement et de Recherche, Université de Genève, Suisse Rapporteur Mme CHARPIN Marie Maître de Conférences, Université Clermont Auvergne, Clermont-Ferrand, France Examinatrice Mme DAJOZ Isabelle Professeure, Université Paris Diderot, Paris, France Examinatrice M. DUBUISSON Jean-Yves Professeur, Sorbonne Université, Paris, France Examinateur Mme TURCATI Laure Ingénieure de Recherche, Sorbonne Université, Paris, France Examinatrice M. NATTIER Romain Maître de Conférences, Muséum national d’Histoire naturelle, Paris, France Directeur de thèse Mme VIGNES-LEBBE Régine Professeure, Sorbonne Université, Paris, France Directrice de thèse Remerciements Mes plus sincères remerciements vont en premier lieu à mes directeurs, Romain et un doctorat, ce travail varié, Régine,prenant, sans passionnant, qui je n’aurais formateur. jamais Jeeu l’opportunité de réaliser salue vos immenses qualités d’encadrants, que les circonstances particulières de cette thèse ont malheureusement mises à l’épreuve. Merci de m’avoir à tout moment soutenue, motivée, accompagnée, donné d’excellents conseils scientifiquesVous êtes super. et personnels, d’avoir supporté les retards dans le travail, de n’avoir jamais lâché. à la RégionMerci Ile- deà l’OPIE-France d’avoir et à son été dispositif un partenaire PICRI depour choix le financement pour la réalisation de ce doctorat. de ce travail. Merci Un grand merci aux membres de mon comité de thèse : Michel Brulin, Claire David, Samuel Jolivet, Laurent Pelozuelo et Philippe Usseglio-Polatera. Vos avis éclairés et vos suggestions toujours pertinentes ont apporté beaucoup à ce travail de recherche. Un grand merci également aux membres de mon jury, pour vous être investis dans Beaucoup de spécialités scientifiques sont représentées dans ce jury et l’évaluation de ma thèse. j’espère satisfaire les attentes de chacun. accueillieJ’espère depuisgarder mon tout des premier liens avec stage le en Muséum 2009, et après qui a unema placethèse, toute cet établissement particulière dans qui monm’a inant sur terre : cœur. Ce lieu de connaissancesLe etJardin d’histoire des Plantes, s’intéresse l à ce qu’il y aHerbier de plus et fasc la cantine sont ma laseconde biodiversité maison. et Jel’évolution. suis très e bâtiment de l’ reconnaissanteersonnes d’avoir formidables pu y travailler qui y travaillent. pendant toutes ces années et d’avoir Jeeu remercie l’occasion d’y côtoyer les et ples équipes BIPEM et LIS accompagnée dans monl’UMR travail. ISYEB Un grand merci à pour m’avoir si bien accueillie et Machon et Jérôme Sueur, qui ont été particulièrementl’école doctorale compréhensifs 227, en particulier Nathalie gentillesse. et d’une immense Je garderai un excellent souvenir de mes quelques passages à la DRIEE. Merci Claire et Jean-Luc pour les sessions de terrain formatrices et parfois épiques ! Ça peut être sacrément dangereux les suivis de biodiversité à disposition de ces centaines de ! Un grand merci au laboratoire d’hydrobiologie pour la mise Je remercie vivement Sylvainspécimens Bouquin, d’éphémères. expert en Xper (haha). Sans toi aucune analyse ! Merci pour ton efficacité et ta réactivité. n’auraitMerci été possible à Colin Fontaine, Nicolas Deguines et Mathieu de Flores pour les données et les informations relatives au programme Spipoll. Je lui souhaite encore des décennies de succès ! Merci à Anne-Caroline Prévot-Jul des sciences humaines et sociales et conseilléliard pouret à Marine une partie Levé de pour mon m’avoir travail. ouverte au monde Merci à Armelle Caron pour son accompagnement jusque pendant mon doctorat. Le mastère PPSE a été une révélation personnelle et orientera ma carrière professionnelle. Un immense merci à mes stagiaires : Aurélia Dubois, Mathieu Faure-Brac et Paola Campos. -encadrer des étudiants impliqués, appliqués, et passionnés. Trois J’aipersonnalités eu la chance riches de à coqui je souhaite une très belle réussite dans la recherche, les sciences !). naturellesMerci et laà Guillaumeprotection Doucet,de la biodiversité Jacques Le (c’est Doaré déjà et Alexandre très bien parti Ruffoni pour leur expertise sur les odonates et plécoptères. Un très grand merci à Michel Brulin, puits de science sur les éphémères. Merci pour tout !), vos le temps que vous m’avez accordé, votre envoi d’une collection de référence (quel luxe anecdotes passionnantes et nos discussions interminablesslightly à base !de Je vous‘’touffe souhaite de filaments encore trachéens’’de nombreuses et de années branchies de passion ‘’vraiment et de très pouvoir très mener àasymétriques’’ bien tous vos projets. Je remercie le groupe Perla, ainsi que tous les photographes amateurs et professionnels (notamment sur Flickr) pour leurs images dans les clés m’avoir autorisée à utiliser ses superbes clichés de larves d’identification. Merci également à Christophe Brochard pour d’odonates.Un grand merci aux testeuses et testeurs de la clé des odonates. Il en faut du monde pour mener à bien un projet de thèse ! Merci pour votre temps, votre enthousiasme et votre patience. Les amis du bureau. Il est en passé du monde en quatre ans dans cette grande salle Cosson ! Vous avez tous été une compagnie fantastique, chaque départ fut un déchirement. Pour ceux qui étaient là sur la fin de ma thèse : vous avez été mon ancre, ma bouée ! Vous êtes fantastiques ! À mon tour de quitter le bureau, pleine de nostalgie et de gratitude pour des collègues aussi adorables qui sont également pour la plupart devenus de vrais amis. Les séjours à Barcelone et Trouville resteront de formidables souvenirs. En : Anaëlle, Camille, Émeline, Felipe, Gladys, Jéromine, Julie, Karen, Kévin,espérant Lauriane, n’oublier Laurie, personne Lucie, Lucile, Mathieu, Michèle, Oudomphone, Patricia, Simon, Tian, Wafa. Un merci tout particulier à Catherine G., Micaela N. et Valérie A. The Oxford people: you rock! Gemma, James, John, Marie, and everybody else! Love you! Une tendre pensée naturaliste pour Timarcha, toutes les Timarchiennes et tous les Timarchiens ! En particulier Catherine, Isaure, Paul, Romain, et tous les autres membres du bureauplus ! pendant toutes ces années. En espérant fêter les 50 ans de l’association et même encore Attention, on passe aux copains. : Laetitia et Nico : Honnêtement,Je remercie sans vousdu fond je ne du serais cœur pas arrivée au bout. Vous êtes des amis très très précieux. Tipoulpe a un air encore plus satisfait quand il pense à vous. Lucie : Partenairees de bureau, de Timarcha, ! Je te souhaite de Mada, plein je de t’ai bonheur, connue en avec Chine les et cheveuxailleurs. jusqu’auxChar fess , c’est : direUnique, si ça dateirremplaçable, je suis tellement contente que tu sois rentréelichou ! d’amour Rémi : Je te kiffe :-) Ninon : THE Ninon.espèce Merci d’INTJ pour tous ces déjeuners à la cantine et pour tout le reste depuis si longtemps. Heureusement tu vas re- ! Morgane et Perrine : Je vous kiffe, cantine-buddiestraverser l’Atlantique et bien trèsplus bientôt ! Loukiiiiiiii !!! Perrine, aventures sur la route, sur la mer, dans les airs ! j’espèreFrançois suivre : Je pense encore à toi longtemps mon Clarac tes qui te pèles les miches là-haut. Hâte de te revoir et de faire du navion. Houda INCROYABL: TonE. soutien et ton écoute ont été irremplaçables. L’Afrique du Sud c’était Lucas stylé ce : Avoue Legender je n’ai (presque) !!!! que des bons goûts musicaux. C’était concert à deux. Et l’Afrique du Sud Boris : Merci pour ton accueil en Québécoisie. Elle est cool ta ville. Mich-Mich probablement: La de légende quoi faire absolue. plein de Ces stats remerciements débiles. sont tellement longs qu’il y a Malcolm : Une autre légende. Vivent les montages ultra cool, les gifs intempestifs et les réponses en 2 syllabes. Paul : Col !! Basilic, Ragnagna & muuuuultipass ! oc’ d’ENFP Comment tu fais pour me supporter depuis si Raphi,longtemps mon ?! Mercigrand pourfrère TOUT. de cœur. Je te love + + + Éli, Florian Agnès,Guibert, Alix, Jérémy, Aurélie, Kévin, Ben, Laura, Camille, Lou, Chaaaaaaarles, Louma, Ludwik, Dim Marc, ‘’comme Marta, les Rémi slips’’, L., NéotSéverin, Tifenn, Thomas, Rineau et al. Et tous mes autres groupes-, Victorche, Wahid… -frères VAVE !!! sœurs et groupes ! Un lien pareil c’est pour la vie. Je remercie Antoine, mes parents et mes grands-parents, ainsi que le reste de ma famille, pour leur amour et leur soutien inconditionnels depuis toujours. Je vous aime. Do, tu mérites un livre entier de remerciements. Ta présence depuis toutes ces années est la chose la plus précieuse dans ma vie. Je t’aime grand comme ça, et même encore beaucoup plus. À Clément Pour toujours dans mon cœur et dans ma vie, frérot ♥ Table des matières Préambule : contexte de la thèse ........................................................................................................................................ 2 Chapitre 1 Introduction .....................................................................................................................................................