A Mon Cher Papa Et Ma Chère Maman, a Mes Sœurs, Ghania, Dalila Et Kaissa, a Mes Frères Smaïl Et Khaled, a Ma Tante Marie-Jo Et Mon Oncle Mohand, Qui Me Sont Chers…

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A Mon Cher Papa Et Ma Chère Maman, a Mes Sœurs, Ghania, Dalila Et Kaissa, a Mes Frères Smaïl Et Khaled, a Ma Tante Marie-Jo Et Mon Oncle Mohand, Qui Me Sont Chers… A mon cher Papa et ma chère Maman, A mes sœurs, Ghania, Dalila et Kaissa, A mes frères Smaïl et Khaled, A ma tante Marie-Jo et mon oncle Mohand, Qui me sont chers… Ce travail a été réalisé au Laboratoire de Différenciation et Communication Neuronale et Neuroendocrine (DC2N), Inserm 1239, dirigé par le Docteur Youssef Anouar sous la direction du Docteur Jérôme Leprince. Je tiens à remercier la Région Normandie pour l’aide financière qui m’a été octroyée durant la préparation de ma thèse de doctorat, ce qui m'a permis de l’effectuer dans les meilleures conditions. Ce travail n’aurait pas pu être conduit à son terme sans l’aide généreuse de plusieurs organismes : - L’institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) - L’Université de Rouen-Normandie - L’Institut de Recherche et de l’’Innovation Biomédicale (IRIB) - La Plate-Forme Régionale de Recherche en Imagerie Cellulaire de Normandie (PRIMACEN) Monsieur le Dr Frédéric Bihel, Chargé de Recherche CNRS, me fait l’honneur d’être Rapporteur de ce travail. Mesurant pleinement la faveur qu’il m’accorde, je tiens à lui témoigner l’expression de mon profond respect. Monsieur le Dr Xavier Iturrioz, Chargé de Recherche INSERM, a accepté la charge d’être Rapporteur de ce mémoire. Je tiens à le remercier très sincèrement de l’intérêt qu’il témoigne ainsi à nos recherches. Monsieur le Dr Nicolas Chartrel, Directeur de Recherche INSERM, a accepté de participer à ce jury. Je le remercie très sincèrement de l’intérêt qu’il manifeste pour ces travaux. Madame le Dr Agnès Delmas, Directeur de Recherche CNRS, me fait l’honneur de siéger dans ce jury en dépit de ses nombreuses responsabilités. Conscient de la faveur qu’elle m’accorde, je lui sais gré d’avoir bien voulu examiner les travaux présentés dans ce mémoire. Madame le Pr Jana Sopkova-de Oliveira Santos, Professeur au CERMN à Caen, a volontiers accepté d’examiner ce mémoire. Je la remercie vivement de sa présence aujourd’hui. J’aimerais en tout premier lieu remercier mon directeur de thèse, le Docteur Jérôme Leprince, Chargé de Recherche INSERM, pour m’avoir appris à être autonome tout au long de ce travail de recherche. Je lui sais gré de m’avoir fait partager ses connaissances en chimie et de m’avoir encouragée tout au long de cette thèse. Je le remercie aussi pour sa patience et sa gentillesse à mon égard, ainsi que pour la relecture finale méticuleuse de chacun des chapitres de ma thèse, ce qui sans aucun doute permis de préciser mon propos. Aussi, je souhaite lui témoigner ma profonde reconnaissance. Je tiens à exprimer toute ma reconnaissance au Docteur Hubert Vaudry, Directeur de Recherche INSERM, pour sa disponibilité et les conseils avisés qu’il m’a donnés tout au long de cette thèse. Il n’a pas cessé, par ses compétences, sa rigueur et ses encouragements, de stimuler ce travail de recherche. Qu’il me soit permis ici de lui témoigner ma sincère admiration. Je tiens à exprimer ma profonde gratitude au Docteur David Vaudry pour m’avoir accueillie dans son équipe et m'avoir fournie tous les moyens nécessaires à la réalisation de ce travail. Son insistance à vouloir présenter mes travaux de recherche s'avère très utile pour moi aujourd’hui. Je tiens également à manifester ma reconnaisance au Docteur Youssef Anouar pour l'accueil et les conditions de travail privilégiées qui m’ont été offertes et sa bienveillance à mon égard. J’adresse aussi mes remerciements à Benjamin Lefranc, pour tout le travail de synthèse peptidique, ses explications précieuses en chimie, sa gentillesse, ses encouragements, et pour m’avoir supportée dans notre bureau toutes ces années ponctuées de fous rires fréquents. Merci, Benjamin, pour tous les mouchoirs que tu m’as fournis quand je pleurais (il faut bien remplir les stocks). C’était un vrai plaisir que d’avoir travaillé au côté d’une personne comme toi et d’avoir partagé mon bureau avec toi! Ça y est, tu peux prendre mon bureau maintenant et t'arranger ton grand bureau, tant attendu. Je remercie chaleureusement le Docteur Christophe Dubessy, pour m’avoir initiée à l’utilisation de la flexstation, pour ses nombreux conseils si précieux, ses encouragements tout au long de ma thèse, sa gentillesse, et ses qualités pédagogiques qui m’ont permis de mieux appréhender la biologie cellulaire, en particulier à mon arrivée au laboratoire. Ce travail doit beaucoup à toute l’équipe 2, avec qui j’ai eu beaucoup de plaisir à travailler. Un grand merci à Magalie Basille, Malika Skiba, Julien Chuquet, Olivier Wurtz le « Marseillais », Marjorie Gras et Delphine Burel. Je tiens à remercier également les Docteurs Nicolas Chartrel, Marie Picot et Gaëtan Prévost et à leur témoigner ma sincère reconnaissance pour leur aide précieuse, leur savoir- faire, leur disponibilité et les heures passées à discuter autour du 26RFa. Qu’ils trouvent ici l’expression de ma sincère reconnaissance. Mes remerciements s’adressent aussi à Huguette L., Catherine B., Magalie B., Laurence D., pour leur gentillesse, leur disponibilité, et pour tous les services qu’elles m’ont rendus au cours des années passées dans l’Unité. Merci à ses adorables mamans du laboratoire. J’ai apprécié l’aide régulière que m’ont apportée, Sabrina M., Laurence M. et Catherine B. Une attention particulière pour toi Catherine ; sans toi, je ne serais jamais arrivée à destination lors des congrès. Merci pour ta gentillesse et ton sourire qui te caractérisent. Les résultats présentés dans ce mémoire doivent également à la contribution de plusieurs personnes : les Professeurs Ronan Bureau, Jana Sopkova-de Oliveira Santos du CERMN à Caen, le Docteur Laure Guilhaudis et le professeur Isabelle Ségalas-Milazzo de l’IRCOF à Rouen et le Professeur Olivier Lesouhaitier du LMSM à Evreux. Je tiens à exprimer mon amitié à tous les doctorants du laboratoire, les anciens et les nouveaux, et en particulier, ma wjeh eleft préférée, Rhita, pour tous les fous rires au bureau, pour son amitié, sa gentillesse et sa disponibilité. Je remercie aussi mon duo d’IUFM préféré, Aurélien et Roxane, pour leur gentillesse, leur aide, et toutes les heures passées devant mon ordinateur pour trouver une solution à mes nombreux problèmes durant ma rédaction, et pour tous les repas partagés quasi quotidiennement pendant 3 ans et demie. Les rapports humains dont j’ai profités à leur côté ont fait naître de réels liens d’amitié qui à mes yeux n’ont pas de prix. Je remercie également zézette (Auriane) pour tous ces moments partagés au laboratoire, pour son sourire et son humour décapant (tu étais aussi mon rayon de soleil). Je joins à mes remerciements Ophélita pour sa gentillesse et pour ses plaisanteries qui m’ont toujours fait rire même dans les moments les plus difficiles. Tu es une personne géniale, j’ai beaucoup de chance d’avoir une amie comme toi. Je ne peux remercier les doctorants du laboratoire sans évoquer Benjamin P., pour sa gentillesse, sa bonne humeur et ses chocolats.... Pstt : jamais je n’oublierai la façon dont tu m’as accueillie ! Merci aussi à notre adorable Paulo, pour sa bonne humeur et sa gentillesse, à notre stagiaire Michaël, qui est arrivé plus récemment au laboratoire et qui est une personne entière et sincère qui gagne à être connue; merci pour ta folie et tous les moments de fous rires passés au laboratoire, j’espère que tu auras ta thèse au laboratoire, tu le mérites amplement. Mes pensées amicales vont également vers, Julita (ma miss blonde), Alexandre N., Julien W., Jane, Pierre-Michael, Matthieu, Vadim, Alexis, Abdallah, Hugo, Sarah, Alexandre M., Lisa, et Fanny. Je remercie également nos post-doc Damien, Maria Del Mar, Lina, Tareq, Audrey et Kasia et les stagiaires, en particulier Liza et Fayrouz pour leur disponibilité, leur sympathie et tous les bons moments que nous avons partagés ensemble. Je remercie tout particulièrement, mon ami Mahmoud, mon ours préféré (très gourmant). Qu’auraient été mes journées au labo sans toi ? Je ne me le demande même pas. Merci pour l‘amitié qui nous a unis au laboratoire et en dehors, pour ta gentillesse, ta bonne humeur, ta présence, et pour m’avoir accompagnée au laboratoire très tard le soir, je ne pourrai jamais te remercier autant que tu le mérites. J’ai beaucoup de chance de t’avoir comme ami. A ma grande sœurette, Mouna ; merci pour ton soutien, pour le bon temps qu’on a partagé et pour nos longues discussions sur le 26RFa. Merci à Fatima, Seyma, Ilhem et Ifat mes copines exceptionnelles ; sans elles cette thèse ne serait pas ce qu'elle est. Merci à ma chère copine Amira Doudou, à Meriem Atlaoui, à Mimi Bel, et Imen ABBas à mon cher Sahoul Karr et à mon ami l'unique, Ahmad Ali Ahmad, Karim, et Salah. Merci à toutes ces personnes que j’ai croisées sur mon chemin dès mon arrivée en France, vous étiez là malgré les milliers de kilomètres qui nous séparaient, vous n’avez pas cessé de m’encourager et de me soutenir. A Maria Isabelle Roth, mon amie exceptionnelle, merci pour ta capacité à me rendre le sourire dans toutes les situations, par des petits riens qui font tellement tout et pour tous les bons moments partagés avec toi. La liste étant trop longue pour être nominale, je voudrais également remercier tous les autres membres de laboratoire, anciens et nouveaux, pour leur bienveillance à mon égard, et en particulier mes collègues, David A., Luca, Dorthe, Maïté, Loubna, Estelle, Céline, Isabelle, Sylvie, Michaël, Hélène, Pierrick, Marine D., Christine, Isabelle, Martine, Marie-Christine, Fabrice, Estelle et ma compatriote Algérienne, l’adorable Saloua pour sa gentillesse.
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    marine drugs Article Transcriptome Profiling of the Pacific Oyster Crassostrea gigas Visceral Ganglia over a Reproduction Cycle Identifies Novel Regulatory Peptides Emilie Réalis-Doyelle 1,†, Julie Schwartz 1,Cédric Cabau 2, Lorane Le Franc 1, Benoit Bernay 3, Guillaume Rivière 1, Christophe Klopp 2 and Pascal Favrel 1,* 1 UMR BOREA, UNICAEN, MNHN, CNRS-8067, IRD-207, Normandie Université, Sorbonne Université, Esplanade de la Paix, 14032 Caen, France; [email protected] (E.R.-D.); [email protected] (J.S.); [email protected] (L.L.F.); [email protected] (G.R.) 2 Plateforme Sigenae, BP 52627, UR875 Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse, INRAE, 31326 Castanet-Tolosan, France; [email protected] (C.C.); [email protected] (C.K.) 3 PROTEOGEN Core Facility SF 4206 ICORE, UNICAEN, Esplanade de la Paix, 14032 Caen, France; [email protected] * Correspondence: [email protected] † Correspondence address: UMR CARTEL, INRAE/USMB, 74203 Thonon-Les-Bains, France. Abstract: The neuropeptides involved in the regulation of reproduction in the Pacific oyster (Cras- sostrea gigas) are quite diverse. To investigate this diversity, a transcriptomic survey of the visceral ganglia (VG) was carried out over an annual reproductive cycle. RNA-seq data from 26 samples corresponding to VG at different stages of reproduction were de novo assembled to generate a specific Citation: Réalis-Doyelle, E.; reference transcriptome of the oyster nervous system and used to identify differentially expressed Schwartz, J.; Cabau, C.; Le Franc, L.; transcripts. Transcriptome mining led to the identification of novel neuropeptide precursors (NPPs) Bernay, B.; Rivière, G.; Klopp, C.; related to the bilaterian Eclosion Hormone (EH), crustacean female sex hormone/Interleukin 17, Favrel, P.
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