Mise En Place De Modèle De Microbiotes Intestinal Et Cutané in Vitro Pour L’Étude De Leur Interaction Avec Les Xénobiotiques Florine Écale
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Mise en place de modèle de microbiotes intestinal et cutané in vitro pour l’étude de leur interaction avec les xénobiotiques Florine Écale To cite this version: Florine Écale. Mise en place de modèle de microbiotes intestinal et cutané in vitro pour l’étude de leur interaction avec les xénobiotiques. Biochimie [q-bio.BM]. Université de Poitiers, 2021. Français. NNT : 2021POIT2258. tel-03261834 HAL Id: tel-03261834 https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-03261834 Submitted on 16 Jun 2021 HAL is a multi-disciplinary open access L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est archive for the deposit and dissemination of sci- destinée au dépôt et à la diffusion de documents entific research documents, whether they are pub- scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, lished or not. 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THESE Pour l’obtention du Grade DOCTEUR DE L’UNIVERSITE DE POITIERS (Faculté des Sciences Fondamentales et Appliquées) (Diplôme National – Arrêté du 25 mai 2016) Ecole Doctorale : Chimie Ecologie Géosciences Agrosciences « Théodore Monod » Secteur de Recherche : Biochimie, Biologie Moléculaire Présentée par : Florine Ecale ************************ Mise en place de modèles de microbiotes intestinal et cutané in vitro pour l’étude de leur interaction avec les xénobiotiques ************************ Directeurs de Thèse : Marie-Hélène RODIER, Professeur des Universités - Praticien Hospitalier, Poitiers, HDR Alexandre CREPIN, Maître de Conférences, Université Poitiers ************************ Soutenue le 12 février 2021 devant la Commission d’Examen ************************ JURY Rapporteurs : Laurence DELHAES, Professeur des Universités - Praticien Hospitalier, Bordeaux, HDR Vincent THOMAS, Responsable du projet de recherche Microbiome, BIOASTER, HDR Examinateurs : Stéphanie BLANQUET-DIOT, Maître de Conférences, HDR, Université Clermont Auvergne Jean-Marc BERJEAUD, Professeur des Universités, Poitiers, HDR Marie-Hélène RODIER, Professeur des Universités - Praticien Hospitalier, Poitiers, HDR Alexandre CREPIN, Maître de Conférences, Université Poitiers Je suis de ceux qui pensent que la science est d'une grande beauté. Un scientifique dans son laboratoire est non seulement un technicien : il est aussi un enfant placé devant des phénomènes naturels qui l'impressionnent comme des contes de fées Marie Curie (1867 – 1934) Remerciements Ce travail de thèse a été réalisé au sein du laboratoire Ecologie et Biologie des Interactions, dans l’équipe de Microbiologie De l’Eau en collaboration avec l’entreprise Eurofins Discovery Cerep. Je tiens à remercier Manilduth Ramnath, manager du projet, Benoit Fouchaq, initiateur du projet et Jean-Marc Berjeaud, chef d’équipe puis directeur du laboratoire et coordinateur scientifique du projet pour m’avoir fait confiance pour ce travail. Je souhaite remercier Laurence Delhaes et Vincent Thomas de me faire l’honneur d’être rapporteurs de ce travail de thèse. Je remercie également Stéphanie Blanquet et Jean-Marc Berjeaud, pour me faire l’honneur d’être jury de ces travaux. Je tiens à remercier sincèrement, Marie-Hélène Rodier et Alexandre Crépin, mes directeurs de thèse sans qui tout ce travail n’aurait pas été aussi agréable. Marie-Hélène, je ne vous connaissais pas bien avant de commencer ma thèse, juste en tant que chef d’équipe. J’ai appris à connaitre une chercheuse et une femme formidable. Vos multiples fonctions ont fait que vous n’étiez pas tout le temps présente au laboratoire mais quand même toujours disponible pour moi quand il le fallait. Notre bureau commun nous a permis de nous rapprocher et d’apprendre un peu plus à nous connaitre. Un petit glissement de tête sur le côté de nos ordinateurs et une discussion scientifique ou personnelle émergeait. Je vous remercie pour tout ce que vous avez fait pour moi et vous souhaite le meilleur pour la retraite : les champignons, la broderie, la maison de campagne ou juste ne rien faire. Alexandre, on a démarré ce projet de thèse sans trop savoir comment ça allait se passer avec un nouveau sujet pour le laboratoire. Tout n’a pas toujours été facile mais on y est arrivé ! Tu as toujours été disponible pour moi-même quand je me suis posé des questions parfois bizarres. Tu m’as aussi laissé faire mes propres choix tout en me conseillant et je t’en remercie. Je pense que c’est de cette manière qu’on apprend et qu’on avance. Je suis fière d’avoir été ta première doctorante. Je sors de cette expérience grandie et tout cela c’est grâce à vous deux. Merci ! Jean-Marc, je crois que sans vous, Erwan et Alexandre E, je ne serais pas là. Je vous suis reconnaissante de m’avoir fait confiance pour ce stage de L3 qui m’a fait comprendre que je voulais travailler dans le monde de la recherche. Je suis arrivée dans un laboratoire rempli de bonne humeur où il fait bon vivre et je n’ai plus voulu partir. Je voudrais encore vous remercier d’avoir pensé à moi et de m’avoir fait confiance pour lancer un nouveau projet au laboratoire avec cette thèse. Manil, je te remercie pour m’avoir fait confiance dans ce projet et pour ta bonne humeur lors de nos réunions. Grâce à ce projet j’ai acquis de nouvelles compétences et ce fut un réel plaisir de travailler sur ce beau projet. Aziz, malgré le peu de temps que tu as passé au laboratoire, tu as grandement fait avancer le projet. Tu t’es investi pour finir tes dernières manips avant de partir et je t’en remercie. Après ton départ tu as toujours été réactif pour répondre aux nombreuses questions que je me suis posée sur la métagénomique. Merci pour tes réponses claires. Je te souhaite le meilleur pour l’avenir. Stéphanie, tu es arrivée dans mon projet au milieu de ma thèse mais ton arrivée a été une véritable bouffée d’air frais pour moi tant sur le plan professionnel que personnel. Tu m’as tellement aidé pour la culture des anaérobies, sans toi je n’aurais pas pu tout faire. Je ne t’en remercierai jamais assez. On en a passé du temps autour de cette enceinte (au bureau aussi d’ailleurs) à refaire le monde et après mon départ je te confie mon jouet. Ta soif d’apprendre et d’aider est admirable. Steven m’avait prévenu et il n’avait pas tort ! Surtout ne change pas, garde ta bonne humeur à toute épreuve, elle est tellement agréable ! Tu vas vraiment me manquer, j’espère retrouver une collègue en or comme toi un jour. Nicolas, l’acquisition des données de spectrométrie de masse n’a pas été une mince affaire pour les parabènes mais vous avez toujours été présent pour recommencer et recommencer encore. Merci beaucoup ! Jérôme, je voudrais te remercier pour tout le travail que tu as fourni sur les analyses en spectrométrie de masse pour les échantillons du microbiote intestinal. Il y en avait beaucoup (beaucoup), mais promis c’est presque terminé ! Merci pour tes petits mots d’encouragements sur la fin de cette thèse, c’est toujours agréable. Julien, sans toi je ne rédigerais pas ces remerciements de thèse. Je voudrais te remercier d’avoir donné sa chance à la petite étudiante de L3 assise par terre devant les TP qui n’avait pas de stage et d’avoir réitéré l’expérience plusieurs années de suite. Il fallait être un peu fou ^^. Plusieurs années sont passées depuis et je t’en suis toujours aussi reconnaissante. Merci de m’avoir fortement conseillé de choisir le master recherche dans lequel je me suis épanouie et qui m’a permis d’arriver là où j’en suis actuellement. Tu m’as transmis cette passion que tu portes pour la recherche. C’est assez difficile de coucher sur le papier toute la gratitude que je te porte, alors un seul mot MERCI ! Clément, tellement de chose à te dire. La vague de départ de 2019, nous a mis un petit coup au moral à tous les deux. Mais on a su surmonter ça ! On a passé des heures à papoter en salle de pause, sur ces merveilleux fauteuils verts tout moches ! Nos goûters / apéros me manquent déjà. Notre dernier paquet de cacahuètes remonte à quelques jours avant l’annonce du premier confinement, ça fait beaucoup trop longtemps ! Ta maison (et le PLB) a été notre QG pour grands nombres de nos soirées jeux, raclettes, sushi, apéros dinatoires, pizzas et j’en passe. Tout cela va drôlement me manquer. Ton aide avec les méandres de word, R et insckape a été plus que précieuse pour moi. Grâce à toi maintenant je suis capable de naviguer en solo pour beaucoup de taches ^^ Prends soin de toi, je te souhaite le meilleur pour la suite et de t’épanouir comme tu le mérites. Steven, mon cher enquiquineur préféré. Je sais que j’ai été une personne récalcitrante et j’en suis très fière ! Maintenant, je m’ennuie sans toi mais bon j’ai Dropi pour me tenir compagnie ! Tu sais depuis que tu es parti il n’y a plus personne pour combler les blancs à table et on se surprend tous à penser à toi dans ces moments-là. Donc tu vois même à des milliers de kilomètres et un océan qui nous séparent on pense toujours à toi. Je ne pourrais jamais te remercier assez pour les bons moments qu’on a passé ensemble, tu as grandement participé à la bonne humeur qui régnait dans notre petit groupe. Yoann et Lena, merci d’avoir égayé mes longues soirées en solo avec vos invitations à partager un bon repas. Je sais que je peux toujours compter sur vous, merci beaucoup. Lena, merci pour ces sorties, soirées à parler de tout et de rien.