Distinct Patterns of Epigenetic Marks and Transcription Factor Binding Sites Across Promoters of Sense-Intronic Long Noncoding Rnas

Supplementary data:

Distinct patterns of epigenetic marks and transcription factor binding sites across promoters of sense-intronic long noncoding RNAs

Sourav Ghosh, Satish Sati, Shantanu Sengupta and Vinod Scaria

J. Genet. 94, 17–25

Gencode V9 lncRNA gene : 11004 Known lncRNA : 1175 Novel lncRNA : 5898 Putative lncRNA : 3931

Min Max

Figure 1. Different histone modiﬁcations and TFBS site distribution patterns across the TSS of known, novel and putative lncRNA genes. Histone modiﬁcation peak summit count was calculated in the 100 bp sliding window within 5 kb upstream and downstream regions from TSS in H1 cell line. Peak summit count was further normalized by dividing each bin with the total number of genes in each category.

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25

Figure 2. RNA pol II and pol III occupancy around TSS, represented as heat maps. (a) RNA pol III peak summits of K562 cell types plotted across the TSS, 5 kb upstream and downstream in 100 bp nonoverlapping sliding window, for all protein coding, all long noncoding and lncRNA subclass genes. (b) RNA pol III peak summit count in 100bp non-overlapping sliding window, 5 kb upstream and downstream from the start site calculated for all protein-coding genes, lncRNA genes and lncRNA subclasses from GM12878 cell types. (c) RNA pol II peak summits calculated in 100 bp sliding window, 5 kb upstream and downstream from the TSS site was calculated for all protein coding, all lncRNA and lncRNA subclasses genes in GM12878 cell type. Count was normalized by dividing individual count with total number of genes in that category.

Figure 3. Distribution of different histone modiﬁcations across the TSS of antisense-intronic lncRNA genes. Different H1 cell line histone modiﬁcation peak summit count was calculated in 100 bp sliding widow, within 5 kb upstream and downstream region from TSS. The peak summit count was normalized in a similar manner by dividing each count with the total number of genes.

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25

GAS5

HOATAIR

Figure 4 (continues)

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 HULC

Malat1

Figure 4 (contd)

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25

PCGEM1

H19

Figure 4 (contd)

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 TUG1

UCA1

Figure 4 (contd)

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25

XIST

MEG3

Figure 4. Distribution of different histone modification marks and TFBS sites, across the promoter of 10 well-established lncRNA loci (GAS5, HOATAIR, HULC, MALAT1, PCGEM1, H19, TUG1, UCA1, XIST and MEG3). Different histone modification distributions are shown in UCSC genome browser by uploading the adult liver tissue wig files.

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25

Figure 5. Distribution of TFBS across the distal promoter region. Distribution of TFBS count in 100 bp sliding window, 20 kb upstream and downstream from the TSS was calculated for all protein-coding, lncRNA genes and lncRNA subclasses. The count was normalized by dividing the individual count with the total number of genes in that category. The count was plotted as heat map.

Figure 6. Distribution of H3K4me3 mark across the TSS of high-expressed and low-expressed protein coding and lncRNA gene in H1 cell line. H3K4me3 peak summit count was calculated across 5 kb upstream and downstream of TSS in 100 bp sliding window. Count was normalized by dividing the number of genes in each category. For protein-coding and lncRNA genes, the count was plotted as a line plot and the four subclass of lncRNA was plotted as heat map.

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 367640621059721320 368634955503 622053 OR4F29; 722513 OR4F16; 991496 AL669831.1; AGRN; 2115903 21441592115903 C1orf86; 2144159 C1orf86; 121444712469651337288 1227409 1260071 SCNN1D; 2143360 1342693 CPSF3L; MRPL20; 2143360 21456206241329 AL590822.1; 6845384 21456208064464 6269449 AL590822.1; 8921061 7827916 RPL22; 8086368 CAMTA1; 8939308 ERRFI1; ENO1; 11866207 11903201 CLCN6; 10003486 10045559 NMNAT1; 10003486 10045559 NMNAT1; 19230774 19283180 IFFO2; 20978270 20988000 DDOST; 22379120 22419437 CDC42; 22778344 22857650 ZBTB40; 23410516 23504301 LUZP1; 24197016 24285549 CNR2; 35447136 35450954 ZMYM6NB; 36038971 36060929 TFAP2E; 19166093 19186176 TAS1R2; 24382525 24438665 MYOM3; 19197926 19229275 ALDH4A1; 25568740 25594327 C1orf63; 26126667 26144713 SEPN1; 26145131 26159432 FAM54B; 26145212 26147288 AL020996.1; 26560691 26605299 CEP85; 27216979 27226962 GPATCH3; 28296855 28415207 EYA3; 28832455 28865708 RCC1; 32573639 32642169 KPNA6; 32930670 32953461 ZBTB8B; 33005028 33066591 ZBTB8A; 35178338 35325417 C1orf212; 35447134 35497569 ZMYM6; + − + + + − − − − − − − + − − + + − − + + − − − + + − − − − + + − + − − + + + + − − 536816714162990413 659930 740255 RP5-857K21.4; 991496 RP11-206L10.6; RP11-54O7.14; ENSG00000185097.2 ENSG00000197049.2 ENSG00000188157.8 chr1 chr1 chr1 329784 453948 RP4-669L17.4; ENSG00000235249.1 chr1 121060312529611337454 12158002143610 1254069 RP5-902P8.10;2143610 1339205 RP5-890O3.9;2143962 2144013 RP4-758J18.5; ENSG00000162572.142143962 2144013 RP11-181G12.5;6264900 2152175 ENSG00000127054.12 chr1 RP11-181G12.5; ENSG00000242485.17429003 2152175 ENSG00000162585.11 RP11-181G12.4; chr1 8066074 6265840 ENSG00000203301.2 RP11-181G12.4; chr1 chr1 8935847 7430331 ENSG00000162585.11 RP1-120G22.11; 8066784 ENSG00000203301.2 chr1 CAMTA1-IT1; chr1 8938066 ENSG00000116251.5 ERRFI1-IT1; chr1 ENO1-IT1; ENSG00000171735.12 chr1 chr1 ENSG00000116285.8 ENSG00000074800.8 chr1 chr1 11901074 11908136 NPPA-AS1; ENSG00000011021.17 chr1 10002981 10010032 RP11-84A14.4; ENSG00000173614.9 chr1 10043199 10044626 RP11-807G9.2; ENSG00000173614.9 chr1 19180707 19247618 RP13-279N23.2; ENSG00000169991.5 chr1 20969150 20978686 PINK1-AS1; ENSG00000244038.2 chr1 22385690 22390692 CDC42-IT1; ENSG00000070831.11 chr1 22843967 22846201 ZBTB40-IT1; ENSG00000184677.11 chr1 23346640 23414551 RP1-184J9.2; ENSG00000169641.9 chr1 24233601 24234375 RP11-4M23.3; ENSG00000188822.6 chr1 24382586 24410622 RP11-293P20.3; ENSG00000142661.12 chr1 35439957 35450914 RP11-244H3.1; ENSG00000243749.1 chr1 36057977 36059256 RP5-983H21.3; ENSG00000116819.6 chr1 19180707 19247618 RP13-279N23.2; ENSG00000179002.5 chr1 19180707 19247618 RP13-279N23.2; ENSG00000159423.11 chr1 25579798 25594376 RP11-335G20.5; ENSG00000117616.11 chr1 26140464 26150235 RP1-317E23.6; ENSG00000162430.12 chr1 26140464 26150235 RP1-317E23.6; ENSG00000117640.13 chr1 26143240 26146263 RP1-317E23.3; ENSG00000223474.2 chr1 26575392 26580855 RP11-231P20.3; ENSG00000130695.8 chr1 27218269 27219052 RP1-50O24.8; ENSG00000198746.7 chr1 28356225 28357423 EYA3-IT1; ENSG00000158161.11 chr1 28832492 28837404 SNHG3; ENSG00000180198.9 chr1 32636334 32642169 RP4-622L5.2; ENSG00000025800.8 chr1 32930658 33066393 RP1-27O5.3; ENSG00000215897.4 chr1 32930658 33066393 RP1-27O5.3; ENSG00000160062.9 chr1 35227027 35253698 RP1-34M23.5; ENSG00000163866.7 chr1 35439957 35450914 RP11-244H3.1; ENSG00000163867.11 chr1 lncRNA gene Protein-coding gene − + + + − − − − − − − + − − + + + + − − + + − − − + − − − + + − + − − + + + + − − − LncRNAs annotated with protein-coding genes. ENSG00000230021.1ENSG00000237491.2 chr1 ENSG00000242590.1 chr1 ENSG00000230415.1 chr1 ENSG00000240731.1 chr1 ENSG00000250188.1 chr1 ENSG00000243558.1 chr1 ENSG00000243558.1 chr1 ENSG00000234396.2 chr1 ENSG00000234396.2 chr1 ENSG00000226944.1 chr1 ENSG00000237402.1 chr1 ENSG00000225820.1 chr1 ENSG00000236269.1 chr1 ENSG00000228150.1 chr1 chr1 Table 1. Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000224813.1 chr1 chr. Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000241326.1 chr1 ENSG00000242349.1 chr1 ENSG00000117242.7 chr1 ENSG00000230068.1 chr1 ENSG00000237200.1 chr1 ENSG00000240553.1 chr1 ENSG00000232557.1 chr1 ENSG00000240284.1 chr1 ENSG00000225306.1 chr1 ENSG00000255275.1 chr1 ENSG00000255275.1 chr1 ENSG00000227985.1 chr1 ENSG00000255275.1 chr1 ENSG00000255054.2 chr1 ENSG00000255054.2 chr1 ENSG00000228172.1 chr1 ENSG00000225375.1 chr1 ENSG00000251020.1 chr1 ENSG00000237895.1 chr1 ENSG00000242125.1 chr1 ENSG00000250135.1 chr1 ENSG00000254553.1 chr1 ENSG00000254553.1 chr1 ENSG00000255811.1 chr1 ENSG00000241014.1 chr1 ENSG00000241014.1 chr1

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 75171170 75199092 CRYZ; 84330711 84464833 TTLL7; 53711217 53793742 LRP8; 70034081 70589164 LRRC7; 40723779 40759856 ZMPSTE24; 71868625 72748417 NEGR1; 4264221044686742 42801548 44820932 FOXJ3; ERI3; 74663926 75009666 RP11-653A5.2; 4514036445482071 45191263 45771881 C1orf228; ZSWIM5; 74663937 75010112 AC093158.1; 4615999646505812 46216322 46642160 IPP; PIK3R3; 75033795 75139422 C1orf173; 48998527 50489585 AGBL4; 78769568 79005434 PTGFR; 51701943 51739127 RNF11; 81771845 82458107 LPHN2; 51701943 51739127 RNF11; 84764049 84855640 SAMD13; 53308183 53360670 ZYG11A; 89990395 90063423 LRRC8B; 54598747 54619443 CDCP2; 9009863190098631 90398809 90398809 LRRC8C; LRRC8C; 54635333 54637997 AL357673.1; 94027347 94312706 BCAR3; 54638009 54665709 CYB5RL; 95448297 95538501 ALG14; 55007930 55104865 ACOT11; 9558289497543299 95663163 98386605 TMEM56; DPYD; 55074855 55089229 FAM151A; 55315300 55352921 DHCR24; 65886248 66107242 LEPR; 67218142 67244470 TCTEX1D1; 100549119 100598511 SASS6; 108918421 109013624 NBPF6; 108918421 109013624 NBPF6; 108918421 109013624 NBPF6; 100810584 100985833 CDC14A; + + + − − − + + + − + − − − − − + + + − + + + + − − + + − − − − + + + − − + − − + + 46641158 46642150 RP11-322N21.2; ENSG00000117461.10 chr1 40747986 40749177 RP1-39G22.5; ENSG00000084073.4 chr1 70385005 70386000 PIN1P1; ENSG00000033122.11 chr1 72259915 72302695 RP11-175G14.1; ENSG00000172260.8 chr1 42801057 42804047 RP11-223A3.1; ENSG00000198815.4 chr1 74933879 74935227 RP4-650F12.2; ENSG00000259030.1 chr1 4470908045190179 44709945 45191263 ERI3-IT1; RP4-678E16.4; ENSG00000198520.5 ENSG00000117419.9 chr1 chr1 74933879 74935227 RP4-650F12.2; ENSG00000116783.9 chr1 4576986346160356 45771290 46162747 AL359540.1; RP11-767N6.7; ENSG00000162415.6 ENSG00000197429.6 chr1 chr1 75018088 75218059 RP11-17E13.3; ENSG00000178965.9 chr1 49839873 49937757 AGBL4-IT1; ENSG00000186094.11 chr1 75018088 75218059 RP11-17E13.3; ENSG00000116791.9 chr1 78695283 78835149 RP11-183M13.1; ENSG00000122420.5 chr1 51730588 51731705 RP11-296A18.6; ENSG00000123091.4 chr1 81970784 81971981 RP5-837I24.6; ENSG00000117114.14 chr1 51731525 51732716 RP11-296A18.7; ENSG00000123091.4 chr1 84810361 84815622 RP11-376N17.4; ENSG00000203943.4 chr1 84444801 84449983 TTLL7-IT1; ENSG00000137941.11 chr1 53346888 53347402 RP4-631H13.2; ENSG00000203995.5 chr1 90050047 90062132 RP5-1007M22.3; ENSG00000197147.6 chr1 53757463 53757810 RP4-784A16.3; ENSG00000157193.10 chr1 54606897 54665746 RP11-446E24.4; ENSG00000157211.10 chr1 90095284 90141945 RP11-413E1.4; ENSG00000171488.9 chr1 54606897 54665746 RP11-446E24.4; ENSG00000248835.2 chr1 9025447394218480 90256051 94241000 RP5-943J3.1; RP11-488P3.1; ENSG00000171488.9 ENSG00000137936.11 chr1 chr1 54606897 54665746 RP11-446E24.4; ENSG00000215883.5 chr1 95448745 95492759 RP4-639F20.3; ENSG00000172339.7 chr1 55074863 55075796 RP11-240D10.2; ENSG00000162390.12 chr1 95585703 95604110 RP11-57H12.2; ENSG00000152078.5 chr1 55087150 55094111 RP11-240D10.4; ENSG00000162391.5 chr1 97859710 97885697 DPYD-IT1; ENSG00000188641.8 chr1 55314138 55316072 RP11-67L3.6; ENSG00000116133.6 chr1 65952089 65959871 RP4-630A11.3; ENSG00000116678.14 chr1 67240729 67241261 RP11-266I14.3; ENSG00000152760.4 chr1 108963311 108975806 RP11-131J3.1; ENSG00000186086.11 chr1 108918460 108953436 NBPF5; ENSG00000186086.11 chr1 108815565 108918572 RP11-483I13.4; ENSG00000186086.11 chr1 100810033 100810798 RP5-837M10.2; ENSG00000079335.13 chr1 100523546 100550027 RP4-714D9.2; ENSG00000156876.7 chr1 lncRNA gene Protein-coding gene + + − − + + − + + − − − − − − + + + + + − + + − − + − + − − − + + + + − + − − − + + ) contd ( Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000225627.1 chr1 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000228853.1 chr1 ENSG00000227527.1 chr1 ENSG00000233894.1 chr1 ENSG00000224698.1 chr1 ENSG00000233602.1ENSG00000248321.1 chr1 chr1 ENSG00000233894.1 chr1 ENSG00000246279.1ENSG00000230896.1 chr1 chr1 ENSG00000225495.1 chr1 ENSG00000250719.1ENSG00000225623.1 chr1 chr1 ENSG00000225495.1 chr1 ENSG00000237413.1 chr1 ENSG00000236434.1 chr1 ENSG00000227960.1 chr1 ENSG00000230272.1 chr1 ENSG00000249237.1 chr1 ENSG00000233061.1 chr1 ENSG00000242391.1 chr1 ENSG00000251289.1 chr1 ENSG00000225030.1 chr1 ENSG00000256407.1 chr1 ENSG00000230735.1 chr1 ENSG00000256407.1 chr1 ENSG00000231613.1ENSG00000230439.2 chr1 chr1 ENSG00000256407.1 chr1 ENSG00000250094.1 chr1 ENSG00000243967.3 chr1 ENSG00000240289.1 chr1 ENSG00000231992.1 chr1 ENSG00000188740.6 chr1 ENSG00000230728.1 chr1 ENSG00000223906.1 chr1 ENSG00000232542.1ENSG00000241073.1 chr1 chr1 ENSG00000244324.1 chr1 ENSG00000237852.1 chr1 ENSG00000227787.1 chr1 ENSG00000229359.1 chr1

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 111982512 111991998 WDR77; 119911402 119936753 HAO2; 153651113 153666468 NPR1; 110210644110230436 110252171110254877 110236367 GSTM2; 110260888 GSTM1; GSTM5; 110574199 110597263112313284 FAM40A; 112531777 KCND3; 119573839 119683294 WARS2; 151732119 151736040 MRPL9; 112938803112938803 113003786117057157 113003786 CTTNBP2NL; 117113661 CTTNBP2NL; CD58; 145209119 145291954 NOTCH2NL; 161511549 161600917 FCGR3A; 163080911 163187426 RGS5; 151512781151584541 151556059 151671567 TUFT1; SNX27; 169364108 169429907 C1orf114; 167599330 167675486 RCSD1; 151735445 151743808 OAZ3; 171810621 172387606 DNM3; 145289772145524891 145370303146032648 145543868 NBPF10; 146253110 ITGA10; WI2-3658N16.1; 154679902155107820 154842756 155111329 KCNN3; SLC50A1; 149675978149754245 149676609 149783928 AL358813.2; HIST2H2BF; 155305059155916645 155532598155916645 155966129 ASH1L; 157646271 155966129 ARHGEF2; 157963063 157670775 ARHGEF2; 158070052 FCRL3; KIRREL; 149754245150121373 149783928 150132260 HIST2H2BF; PLEKHO1; 159824106 159832447 VSIG8; 151023447 151032249 CDC42SE1; 159842154160007257 159869953 160040038 CCDC19; KCNJ10; 166026674167399877 166136206 167487847 FAM78B; CD247; 161736084 161933860 ATF6; + + + + + − − − + + − + − + + + − + + + + + − + − + − − − − − − + − + − − − − − − + − 111981260 111983986 RP11-552M11.4; ENSG00000116455.9 chr1 119911569 119912954 HAO2-IT1; ENSG00000116882.10 chr1 157644111 157646522 RP11-367J7.2; ENSG00000160856.14 chr1 110230450110230450 110318050110583793 110318050 RP4-735C1.4; 110617263 RP4-735C1.4; RP4-773N10.5; ENSG00000134184.6 ENSG00000134201.5 ENSG00000143093.9 chr1 chr1 chr1 110230450 110318050 RP4-735C1.4; ENSG00000213366.5 chr1 169411876 169429690 RP1-206D15.3; ENSG00000117477.8 chr1 112396384112957339 112399527112999440 112958909 KCND3-IT1;116971673 113006078 RP4-671G15.2;119590028 117105789 RP4-671G15.3; 119607408 ENSG00000171385.5 RP4-655J12.5; ENSG00000143079.7 WARS2-IT1; ENSG00000143079.7 chr1 chr1 ENSG00000116815.11 chr1 chr1 ENSG00000116874.7 chr1 155966114 155972355 RP11-336K24.6; ENSG00000116584.10 chr1 163117264166117019 163291684 166134332 RP11-267N12.3; RP11-9L18.3; ENSG00000143248.7 chr1 ENSG00000188859.5 chr1 167596622 167599911 RP3-455J7.4; ENSG00000198771.6 chr1 151584514151735860 151585839151738185 151741977 RP11-404E16.1; 151738865 RP11-98D18.3; ENSG00000143376.8 RP11-98D18.2; ENSG00000143436.6 chr1 ENSG00000143450.9 chr1 chr1 151512992 151534331 RP11-74C1.4; ENSG00000143367.10 chr1 171833327 171833827 DNM3-IT1; ENSG00000197959.8 chr1 153653277 153654268 RP11-354A16.2; ENSG00000169418.7 chr1 145209145145209145 145319796145541593 145319796 RP11-458D21.5;146093234 145542229 RP11-458D21.5;149672997 ENSG00000213240.6 146159102 RP11-315I20.3; ENSG00000163386.13 149677287 RP4-565E6.1; chr1 chr1 RP11-353N4.4; ENSG00000143127.7 ENSG00000232637.3 chr1 ENSG00000203815.2 chr1 chr1 154675205155108373 154680702155365801 155109607 RP11-274N19.2; 155366769 RP11-540D14.6; ENSG00000143603.11 ASH1L-IT1; ENSG00000169241.12 chr1 chr1 ENSG00000116539.6 chr1 149754433149757215 149783312 149764576 RP11-196G18.21; RP11-196G18.3; ENSG00000203814.5 ENSG00000203814.5 chr1 chr1 155955166 155976861 RP11-336K24.4;157995340159827690 ENSG00000116584.10 158000956 159842843 chr1 KIRREL-IT1; RP11-190A12.7; ENSG00000243284.1 ENSG00000183853.13 chr1 chr1 150131600151031995 150136916 151042801 RP11-458I7.4; RP11-316M1.11; ENSG00000023902.8 ENSG00000197622.7 chr1 chr1 159827690 159842843 RP11-190A12.7; ENSG00000213085.5 chr1 160010261161526080 160012085 161526868 RP11-226L15.4; RP11-5K23.5; ENSG00000177807.5167426620 chr1 ENSG00000203747.5 167427898 RP11-104L21.2; chr1 ENSG00000198821.6 chr1 161860623 161861986 RP11-456P18.2; ENSG00000118217.5 chr1 lncRNA gene Protein-coding gene + + + − + + − + + + − − + + − − + + + + + − + − + − − − − − − + − + − − − − − + + − − ) contd ( ENSG00000241720.1ENSG00000241720.1 chr1 ENSG00000258686.1 chr1 ENSG00000243960.1 chr1 chr1 Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000241720.1 chr1 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000250734.1ENSG00000249602.1 chr1 ENSG00000232937.1 chr1 chr1 ENSG00000233540.1 chr1 ENSG00000234437.1 chr1 ENSG00000232558.1ENSG00000249913.1 chr1 ENSG00000248201.1 chr1 ENSG00000230381.1 chr1 ENSG00000224238.1 chr1 ENSG00000230921.1 chr1 chr1 ENSG00000244484.1 chr1 ENSG00000255168.1ENSG00000255168.1 chr1 ENSG00000244619.1 chr1 ENSG00000227733.2 chr1 ENSG00000223759.1 chr1 chr1 ENSG00000250970.1ENSG00000250784.1 chr1 ENSG00000227773.1 chr1 chr1 ENSG00000242663.1ENSG00000233030.2 chr1 chr1 ENSG00000241471.1ENSG00000227010.1 chr1 ENSG00000241609.1 chr1 ENSG00000226520.1 chr1 ENSG00000256029.1 chr1 chr1 ENSG00000250661.1ENSG00000242557.1 chr1 chr1 ENSG00000256029.1 chr1 ENSG00000232536.1 chr1 ENSG00000250463.1ENSG00000224515.1 chr1 chr1 ENSG00000233411.1ENSG00000241666.1 chr1 chr1 ENSG00000229808.1ENSG00000232995.2 chr1 ENSG00000230898.1 chr1 chr1

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 235294949235530675 235491534 235612283 ARID4B; TBCE; 214530851 214725792 PTPN14; 234040679 234460262 SLC35F3; 214156524 214214596 PROX1; 231762561 232177018 DISC1; 214156524 214214596 PROX1; 228395831230838269 228566575 230850043 OBSCN; AGT; 212458782 212535200 PPP2R5A; 228395831 228566575 OBSCN; 212458782 212535200 PPP2R5A; 226819391227916240 226927024 227968927 ITPKB; SNAP47; 209959036210856555 209979465 211307457 IRF6; KCNH1; 226124298 226129189 LEFTY2; 206516198 206637783 SRGAP2; 224102741 226595780 PARP1; 206238872 206288647 C1orf186; 226033237 226070069 TMEM63A; 201977073 201986316 ELF3; 224102741 226595780 PARP1; 184356192 184598154 C1orf21; 224102741 226595780 PARP1; 182992597 183114727 LAMC1; 224102741 226595780 PARP1; 180941861 180992047 STX6; 224102741 226595780 PARP1; 177896701177896701 177995366 177995366 AL359075.1; AL359075.1; 224102741 226595780 PARP1; 177896701 177995366 AL359075.1; 224102741 226595780 PARP1; 175291935176432307 175712906 176814735 TNR; PAPPA2; 222988406 223179337 DISP1; 173900352174128548 173991435 174964445 RC3H1; RABGAP1L; 222791428 222841354 MIA3; 235824341235824341 236046940236712305 236046940 LYST; 236767804 LYST; HEATR1; − + − + + + + + − + + + − + − − − + − − − + − + − + − − − − − − − − − + + − + + − − − 226124111 226125257 RP4-559A3.6; ENSG00000143768.7 chr1 226124111 226125257 RP4-559A3.6; ENSG00000143799.7 chr1 211305930 211306716 KCNH1-IT1; ENSG00000143473.7 chr1 175507911 175525954 TNR-IT1; ENSG00000116147.10 chr1 235582830 235590298 RP11-293G6__A.2; ENSG00000116957.8 chr1 235333435 235334206 ARID4B-IT1; ENSG00000054267.15 chr1 214517515 214530958 RP11-176D17.3; ENSG00000152104.6 chr1 234397452 234410211 RP4-799P18.4; ENSG00000183780.8 chr1 214167446 214168426 PROX1-IT1; ENSG00000117707.8 chr1 230846444232061580 230931238 232080979 RP11-99J16__A.2; DISC1-IT1; ENSG00000135744.6 chr1 ENSG00000162946.14 chr1 214139237 214159496 RP11-478J18.2; ENSG00000117707.8 chr1 228544748 228546097 OBSCN-IT2; ENSG00000154358.13 chr1 212530760 212531695 RP11-384C4.2; ENSG00000066027.4 chr1 228454507 228455299 OBSCN-IT1; ENSG00000154358.13 chr1 212470790 212472921 RP11-384C4.6; ENSG00000066027.4 chr1 227931532 227934892 RP5-870F10.4; ENSG00000143740.9 chr1 226844341 226862768 ITPKB-IT1; ENSG00000143772.5 chr1 209960324 209961038 RP3-434O14.8; ENSG00000117595.6 chr1 206576565 206577294 RP11-421E17.3; ENSG00000163486.7 chr1 206288156 206306131 RP11-38J22.6; ENSG00000196533.6 chr1 226028584 226034223 RP11-285F7.2; ENSG00000196187.7 chr1 201980498 201984785 RP11-510N19.5; ENSG00000163435.10 chr1 226028584 226034223 RP11-285F7.2; ENSG00000143799.7 chr1 184377471 184381494 GS1-115G20.1; ENSG00000116667.7 chr1 225898670 225923976 RP11-145A3.2; ENSG00000143799.7 chr1 183107514 183110439 RP11-181K3.4; ENSG00000135862.4 chr1 225634945 225653045 RP11-496N12.6; ENSG00000143799.7 chr1 180913178 180945618 RP11-46A10.5; ENSG00000135823.9 chr1 224905206 224918364 RP11-3L21.2; ENSG00000143799.7 chr1 177975271 178007085 RP11-568K15.1; ENSG00000120341.10 chr1 177897923 178007142 SEC16B; ENSG00000120341.10 chr1 224802998 224803922 RP11-100E13.1; ENSG00000143799.7 chr1 177893091 177897620 RP4-798P15.2; ENSG00000120341.10 chr1 224396449 224400981 RP11-365O16.3; ENSG00000143799.7 chr1 176477904 176478979 RP4-652L8.1; ENSG00000116183.6 chr1 174866095 174867133 RABGAP1L-IT1; ENSG00000152061.16 chr1 222988364 223010726 RP11-452F19.3; ENSG00000154309.7 chr1 173978405 173985344 RC3H1-IT1; ENSG00000135870.7 chr1 222817657 222856105 RP11-378J18.5; ENSG00000154305.11 chr1 236002783236703394 236003482 236713580 LYST-IT2; RP11-385F5.4; ENSG00000119285.6 ENSG00000143669.8 chr1 chr1 235989882 235991238 LYST-IT1; ENSG00000143669.8 chr1 lncRNA gene Protein-coding gene + − − − + + − + + + + + − + + − − − + − − − + − + − + − − − − − − − − + + − + − + − − ) contd ( ENSG00000243533.1ENSG00000226135.1 chr1 chr1 ENSG00000244697.1 chr1 ENSG00000232686.1 chr1 ENSG00000228470.1 chr1 ENSG00000231272.1 chr1 ENSG00000223365.1 chr1 ENSG00000244137.1ENSG00000226758.1 chr1 chr1 ENSG00000236955.1 chr1 ENSG00000235732.2 chr1 ENSG00000229832.1 chr1 ENSG00000233181.1 chr1 ENSG00000234233.1ENSG00000230063.1 chr1 chr1 ENSG00000230005.1 chr1 ENSG00000228382.1 chr1 ENSG00000232222.1 chr1 ENSG00000248322.1 chr1 ENSG00000224900.1 chr1 ENSG00000248322.1 chr1 ENSG00000240754.1 chr1 ENSG00000242861.1 chr1 ENSG00000249007.1 chr1 ENSG00000242861.1 chr1 ENSG00000230470.1 chr1 ENSG00000226349.1 chr1 ENSG00000224468.1 chr1 ENSG00000234476.1 chr1 ENSG00000243155.1 chr1 ENSG00000229400.1 chr1 ENSG00000242193.4 chr1 ENSG00000254154.3 chr1 ENSG00000233384.1 chr1 ENSG00000233715.1 chr1 ENSG00000232628.1 chr1 ENSG00000230220.1 chr1 ENSG00000223525.1ENSG00000235628.1 chr1 chr1 ENSG00000228106.1 chr1 Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000236535.1 chr1 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000229463.1ENSG00000230325.1 chr1 chr1

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 319269635795745832799 3381653 3595547 TSSC1; 5841516 RP13-512J5.1; SOX11; 27851114 27874375 GPN1; 11817721 11967535 LPIN1; 79412357 80875905 CTNNA2; 74724644 74732192 LBX2; 73612886 73837920 ALMS1; 71503691 71662199 ZNF638; 70674412 70781325 TGFA; 70187226 70189397 ASPRV1; 69947923 70053596 ANXA4; 65537985 65659771 SPRED2; 71213068 71222075 TEX261; 63348518 64054977 WDPCP; 55401927 55459699 C2orf63; 47630108 47789450 MSH2; 37423631 37440868 AC007390.5; 47143296 47303276 TTC7A; 45147332 45149606 AC012354.1; 42560686 42596150 COX7A2L; 39892122 39945103 TMEM178; 39208537 39351486 SOS1; 85360533 85537511 TCF7L1; 85360533 85537511 TCF7L1; 27805897 27858041 ZNF512; 79412357 80875905 CTNNA2; 27505260 27600344 TRIM54; 27505260 27600344 TRIM54; 27265232 27293490 AGBL5; 20760208 20850849 HS1BP3; 237205505 238129359 RYR2; 240652873 240775449 GREM2; 242251689243651535 242687998243651535 244014381 PLD5; 244014381 AKT3; AKT3; 244571796 244615436 ADSS; 245014468 245027844 HNRNPU; 245912642246729746 246670614 246831886 SMYD3; CNST; 247901917 247902861 OR14K1; 247875045247886401 247876105 247887345 OR6F1; OR14A2; + − + + − − + − − − − + + + − − + + − + + + + + − − − − − − − + + + − − − − + + + + − 3302112 3305236 TSSC1-IT1; ENSG00000032389.8 chr2 35794035836352 3584463 5847791 AC108488.4; AC010729.1; ENSG00000255767.1 ENSG00000176887.5 chr2 chr2 71174670 71221879 AC007040.11; ENSG00000144043.7 chr2 39220117 39220998 SOS1-IT1; ENSG00000115904.7 chr2 27579113 27590489 AC074117.10; ENSG00000138100.8 chr2 11821586 11823454 AC106875.1; ENSG00000134324.7 chr2 79385500 79412649 AC011754.1; ENSG00000066032.13 chr2 74725815 74726494 AC005041.17; ENSG00000179528.10 chr2 73684230 73686609 ALMS1-IT1; ENSG00000116127.13 chr2 71601068 71602662 ZNF638-IT1; ENSG00000075292.11 chr2 70694517 70695627 TGFA-IT1; ENSG00000163235.11 chr2 70189395 70315686 AC136007.2; ENSG00000244617.1 chr2 69871557 70008692 AC092431.1; ENSG00000196975.9 chr2 65600834 65607819 AC012370.2; ENSG00000198369.5 chr2 63869589 63871172 AC016734.3; ENSG00000143951.11 chr2 55441523 55443262 AC012358.7; ENSG00000162994.11 chr2 47754676 47762338 AC138655.4; ENSG00000095002.7 chr2 37440610 37443336 AC007390.6; ENSG00000218739.4 chr2 47294961 47298343 AC073283.7; ENSG00000068724.10 chr2 45148216 45166338 AC012354.4; ENSG00000197735.3 chr2 42592810 42652228 AC006038.4; ENSG00000115944.9 chr2 39663778 39892483 AC007246.3; ENSG00000152154.5 chr2 27805913 27858041 RP11-158I13.2; ENSG00000198522.8 chr2 85514761 85519567 AC093162.2; ENSG00000152284.4 chr2 85413532 85414376 TCF7L1-IT1; ENSG00000152284.4 chr2 27805913 27858041 RP11-158I13.2; ENSG00000243943.4 chr2 79924972 80004227 AC096753.1; ENSG00000066032.13 chr2 27558409 27560670 AC109828.1; ENSG00000138100.8 chr2 27283906 27284683 AGBL5-IT1; ENSG00000084693.11 chr2 20790535 20792308 HS1BP3-IT1; ENSG00000118960.8 chr2 247875115 247887066 RP11-634B7.5; ENSG00000169214.2 chr1 247875115 247887066 RP11-634B7.5; ENSG00000241128.1 chr1 238025475 238091621 RP11-193H5.1; ENSG00000198626.9 chr1 240751822 240754048 RP11-467I20.6; ENSG00000180875.4 chr1 242366857243866159 242373825243956507 243904123 RP11-561I11.3; 243957702 RP11-370K11.1; ENSG00000180287.11 AKT3-IT1; ENSG00000117020.12 chr1 chr1 ENSG00000117020.12 chr1 244538402 244572894 RP11-518L10.2; ENSG00000035687.7 chr1 245003940 245018799 NCRNA00201; ENSG00000153187.11 chr1 246484965246769175 246485740 246771404 RP11-88N11.1; RP11-439E19.1; ENSG00000185420.13 ENSG00000162852.9 chr1 chr1 247803051 247910364 RP11-634B7.4; ENSG00000153230.4 chr1 lncRNA gene Protein-coding gene + + − + − + − − + − − − + − + + − − + + + + + + − − − − − − − + + + − + − − − + + + − ) contd ( ENSG00000250810.1 chr2 ENSG00000224879.1 chr2 ENSG00000258821.1 chr2 ENSG00000230002.1 chr2 ENSG00000258881.1ENSG00000237779.1 chr2 chr2 ENSG00000224606.1 chr2 ENSG00000179818.6 chr2 ENSG00000234198.2 chr2 ENSG00000232693.2 chr2 ENSG00000229920.1 chr2 ENSG00000203327.2 chr2 ENSG00000235760.3 chr2 ENSG00000229692.1 chr2 ENSG00000243788.2 chr2 ENSG00000225187.1 chr2 ENSG00000238204.1 chr2 ENSG00000225810.2 chr2 ENSG00000231312.2 chr2 ENSG00000259080.1 chr2 ENSG00000250117.1 chr2 ENSG00000231134.1 chr2 Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000237250.3 chr1 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000231440.1 chr1 ENSG00000232689.1ENSG00000232184.1 chr1 ENSG00000228939.1 chr1 chr1 ENSG00000240963.1 chr1 ENSG00000188206.5 chr1 ENSG00000230184.1ENSG00000225300.1 chr1 chr1 ENSG00000235749.1 chr1 ENSG00000234072.1ENSG00000259080.1 chr2 chr2 ENSG00000239395.1 chr1 ENSG00000234945.1 chr2 ENSG00000239395.1ENSG00000224885.1 chr1 chr2 ENSG00000242282.2ENSG00000242540.1 chr2 ENSG00000228496.1 chr2 chr2 ENSG00000229122.1 chr2 ENSG00000231948.2 chr2

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 98962618 99015064 CNGA3; 97308474 97370624 FER1L5; 111207418 111230511 LIMS3L; 111207418 111230511 LIMS3L; 111994581 111996624 AC108463.1; 113816215 113822325 IL36RN; 110656005 110679243 AC013271.1; 113341817 113346852 CHCHD5; 110300380 110371783 SEPT10; 113033171 113097640 ZC3H6; 220238268 220586393 DNPEP; 220238268 220586393 DNPEP; 217735495 217736362 AC007557.1; 217362912 217443903 RPL37A; 215275789 215443683 VWC2L; 213864429 214017151 IKZF2; 209224438 209719227 PTH2R; 160175490 160473203 BAZ2B; 208693027 208890284 PLEKHM3; 158851691 158992478 UPP2; 208394461 208468155 CREB1; 154333852 154335322 RPRM; 207938861 208031991 KLF7; 140988992 142889270 LRP1B; 189598882197831741 189654831 198175897 DIRC1; ANKRD44; 139259371 139331117 SPOPL; 178492797 178973081 PDE11A; 133429374 134326034 NCKAP5; 178092323 178257425 NFE2L2; 178092323 178257425 NFE2L2; 177001340 177039577 HOXD3; 107418056 107503564 ST6GAL2; 176992555 176994493 AC009336.1; 103035149 103069025 IL18RAP; 166845670 166930149 SCN1A; 103035149 103069025 IL18RAP; 228549926 228582728 SLC19A3; 162280843 162841792 SLC4A10; 101436614 101613291 NPAS2; 228474806 228498036 C2orf83; 162272605 162282381 TBR1; 220238268 220586393 DNPEP; − − + + + − + − − + + − − − − − + − − − + + − − + − − + − + − − + − + − + + + + − + − 98963458 98967603 AC092675.4; ENSG00000144191.7 chr2 97308474 97370622 AC068539.1; ENSG00000214272.3 chr2 111195880 111230652 AC108938.5; ENSG00000256671.3 chr2 111209478 111214643 RP13-1039J1.1; ENSG00000256671.3 chr2 111965353 112252677 AC068491.1; ENSG00000233488.2 chr2 198115582 198167243 ANKRD44-IT1; ENSG00000065413.12 chr2 113820097 113822959 AC016724.8; ENSG00000136695.9 chr2 110656009 110726134 LIMS3; ENSG00000256977.2 chr2 113346617 113372008 AC012442.5; ENSG00000125611.11 chr2 110352270 110363275 AC011753.5; ENSG00000186522.9 chr2 113089719 113091836 AC115115.2; ENSG00000188177.8 chr2 220346795 220381599 AC053503.11; ENSG00000123992.13 chr2 220289793 220290906 AC053503.6; ENSG00000123992.13 chr2 217559187 217858722 AC007563.5; ENSG00000223874.1 chr2 217364673 217394207 AC073321.5; ENSG00000197756.4 chr2 215374920 215401614 VWC2L-IT1; ENSG00000174453.5 chr2 213446081 213886269 AC093865.1; ENSG00000030419.11 chr2 209334575 209405138 AC019185.4; ENSG00000144407.5 chr2 160407008 160407977 RP11-542H1.1; ENSG00000123636.12 chr2 208733306 208734639 AC083900.1; ENSG00000178385.9 chr2 158984469 158990500 UPP2-IT1; ENSG00000007001.7 chr2 208461889 208464480 AC079767.2; ENSG00000118260.8 chr2 154278130 154449801 AC012501.2; ENSG00000177519.3 chr2 207985608 207986768 KLF7-IT1; ENSG00000118263.10 chr2 142888747 142895399 AC078882.1; ENSG00000168702.11 chr2 189463518 189704171 AC079613.1; ENSG00000174325.4 chr2 139326660 139331818 AC092620.2; ENSG00000144228.4 chr2 178817838 178876716 AC011998.1; ENSG00000128655.10 chr2 134189237 134191468 NCKAP5-IT1; ENSG00000176771.10 chr2 178148236 178257419 AC074286.1; ENSG00000116044.10 chr2 178107103 178111509 AC079305.1; ENSG00000116044.10 chr2 177015031 177015140 AC009336.2; ENSG00000128652.6 chr2 107439379 107441487 AC016994.1; ENSG00000144057.11 chr2 176986339 177001826 AC009336.21; ENSG00000175892.2 chr2 103055173 103056935 AC007278.3; ENSG00000115607.5 chr2 166929812 166984523 AC010127.4; ENSG00000144285.10 chr2 103050417 103051800 AC007278.2; ENSG00000115607.5 chr2 228549966 228551622 AC064853.4; ENSG00000135917.9 chr2 162280526 162285285 AC009487.5; ENSG00000144290.9 chr2 101439123 101463682 AC092168.2; ENSG00000170485.12 chr2 228481714 228482506 AC064853.2; ENSG00000042304.6 chr2 162280526 162285285 AC009487.5; ENSG00000136535.9 chr2 220489781 220491415 AC009955.8; ENSG00000123992.13 chr2 lncRNA gene Protein-coding gene − − − + + + − + − − + + − − − − − + − − − + + − − − + − − + + − − + − + − + + + + − + ) contd ( ENSG00000228973.1 chr2 ENSG00000227432.1 chr2 ENSG00000234638.1 chr2 ENSG00000236886.1 chr2 ENSG00000241836.1 chr2 ENSG00000224257.1 chr2 ENSG00000225332.2 chr2 ENSG00000251621.1 chr2 ENSG00000231896.1 chr2 ENSG00000257970.1 chr2 ENSG00000225111.1 chr2 ENSG00000237327.1 chr2 ENSG00000242128.1 chr2 ENSG00000227400.2 chr2 ENSG00000236977.1ENSG00000237892.1 chr2 chr2 ENSG00000244125.1 chr2 ENSG00000223523.1 chr2 ENSG00000241772.1 chr2 ENSG00000236664.1 chr2 ENSG00000232474.1 chr2 ENSG00000213963.2 chr2 ENSG00000249076.1 chr2 ENSG00000240428.3 chr2 ENSG00000257207.2ENSG00000255616.1 chr2 chr2 ENSG00000245460.2 chr2 ENSG00000243389.1 chr2 ENSG00000172965.6 chr2 ENSG00000230696.1 chr2 ENSG00000258079.1 chr2 ENSG00000248341.1 chr2 ENSG00000238250.1 chr2 ENSG00000237380.2 chr2 ENSG00000234389.1 chr2 ENSG00000249194.1 chr2 ENSG00000236525.1 chr2 ENSG00000240115.1 chr2 ENSG00000251621.1 chr2 ENSG00000232034.1 chr2 ENSG00000227987.1 chr2 Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000249715.3 chr2 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000236116.1 chr2

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 90222759022275 9404737 9404737 SRGAP3; SRGAP3; 11597544 11762220 VGLL4; 10004221 10052800 TMEM111; 46448654 46451014 CCRL2; 10289707 10327480 TATDN2; 4661604548473574 46623953 48481866 AC104304.1; CCDC51; 10289707 10327480 TATDN2; 49396578 49450431 RHOA; 10365707 10749716 ATP2B2; 49721380 49726934 MST1; 10365707 10749716 ATP2B2; 51851620 51864876 IQCF3; 1397875624158651 14124311 24536773 TPRXL; THRB; 51991470 52008032 PCBP4; 38164201 38178733 ACAA1; 5200252665342053 52017425 66024509 ABHD14B; MAGI1; 41288090 42003922 ULK4; 71003844 71633140 FOXP1; 44916100 44956482 TGM4; 88198893 88207118 C3orf38; 9378176097983088 9384738998001732 97984200 NSUN3; 98072698 98002676 OR5H6; 98109510 98073663 OR5H2; 98110475 OR5K4; OR5K3; 111260926 111384597 CD96; 233631174 233641278 KCNJ13; 115342171115528641 115440337115528641 117716095 GAP43; 117716095 LSAMP; LSAMP; 234263153236402733 234380750238875469 237035198 DGKD; 238969530 238951236 AGAP1; 239008054 UBE2F; SCLY; 230787018231090444 230877825 231223762 FBXO36; SP140; 128628709128628717 128721533128628709 128690173 KIAA1257; 128721533 RP11-723O4.6; KIAA1257; + + + + − − − + + − + − − − + + − + − − − − + − + − − − − − − − + + + − − + + + + + + 9391373 9440263 RP11-58B17.1; ENSG00000196220.9 chr3 9334272 9404987 RP11-380O24.1; ENSG00000196220.9 chr3 11761930 11766453 AC090939.1; ENSG00000144560.9 chr3 10048102 10052893 AC022007.5; ENSG00000125037.7 chr3 46451005 46454488 RP11-24F11.5; ENSG00000121797.8 chr3 10326103 10327430 GHRLOS2; ENSG00000157014.5 chr3 46622640 46658716 RP11-509I21.1; ENSG00000241186.2 chr3 48481762 48488060 RP11-24C3.2; ENSG00000164051.9 chr3 10327472 10334334 GHRLOS; ENSG00000157014.5 chr3 49402578 49404439 RHOA-IT1; ENSG00000067560.6 chr3 10607939 10612059 ATP2B2-IT1; ENSG00000157087.11 chr3 49721913 49722416 AC099668.5; ENSG00000173531.10 chr3 10667706 10668492 ATP2B2-IT2; ENSG00000157087.11 chr3 51851619 51853651 RP11-314A5.3; ENSG00000229972.3 chr3 51995228 52008047 ABHD14A-ACY1; ENSG00000090097.14 chr3 1397455324496627 13978989 24500925 RP11-271E2.1; THRB-IT1; ENSG00000180438.10 chr3 ENSG00000151090.12 chr3 51995228 52008047 ABHD14A-ACY1; ENSG00000114779.14 chr3 38144620 38164574 AP006309.4; ENSG00000060971.11 chr3 65858490 65940233 MAGI1-IT1; ENSG00000151276.15 chr3 41915024 41916531 ULK4-IT1; ENSG00000168038.6 chr3 71619406 71623608 FOXP1-IT1; ENSG00000114861.13 chr3 44940670 44942417 RP11-272D20.2; ENSG00000163810.7 chr3 88206039 88217879 RP11-373L8.2; ENSG00000179021.4 chr3 93795186 93800665 RP13-503K1.4; ENSG00000178694.4 chr3 9795249597952495 9817674297952495 98176742 RP11-325B23.2;97952495 98176742 RP11-325B23.2; 98176742 RP11-325B23.2; ENSG00000230301.3 RP11-325B23.2; ENSG00000197938.4 chr3 ENSG00000196098.2 chr3 ENSG00000206536.1 chr3 chr3 111011566 111261149 RP11-615J4.1; ENSG00000153283.7 chr3 115377380117391001 115380126117397540 117716439 RP11-326J18.1; 117409779 RP11-384F7.2; RP11-768G7.2; ENSG00000172020.8 ENSG00000185565.6 chr3 ENSG00000185565.6 chr3 chr3 234263220236414395 234301045238875656 236416210 AC019221.4;238875656 239008053 AGAP1-IT1; 239008053 RP11-526L8.1; RP11-526L8.1; ENSG00000077044.5 ENSG00000157985.12 ENSG00000184182.14 chr2 ENSG00000132330.12 chr2 chr2 chr2 230807444231067826 230809853233624856 231099681 FBXO36-IT1; 233632659 AC009950.1; AC064852.4; ENSG00000153832.7 ENSG00000079263.11 chr2 ENSG00000115474.6 chr2 chr2 128679210 128684200 AC112484.1; ENSG00000114656.6 chr3 128679210128719320 128684200 128720388 AC112484.1; RP11-723O4.8; ENSG00000187695.5 ENSG00000114656.6 chr3 chr3 lncRNA gene Protein-coding gene − − + + + + − + + − + − − + + − + − − − − + − − + − − − − − − + + + − − − + + + + + + ) contd ( ENSG00000206573.4ENSG00000206567.4 chr3 chr3 ENSG00000243637.1ENSG00000235529.1 chr2 ENSG00000258984.1 chr2 ENSG00000258984.1 chr2 ENSG00000254485.1 chr2 chr3 ENSG00000243565.1ENSG00000241409.1 chr2 chr2 Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000231534.1 chr2 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000256880.1ENSG00000250856.1 chr3 chr3 ENSG00000231177.4 chr3 ENSG00000251305.1 chr3 ENSG00000244380.1 chr3 ENSG00000240288.1 chr3 ENSG00000235908.1 chr3 ENSG00000236999.1 chr3 ENSG00000251469.1 chr3 ENSG00000224771.1 chr3 ENSG00000224792.2 chr3 ENSG00000254782.1 chr3 ENSG00000244030.1 chr3 ENSG00000250439.2ENSG00000224822.1 chr3 chr3 ENSG00000254782.1 chr3 ENSG00000239685.1 chr3 ENSG00000240256.1 chr3 ENSG00000204772.3 chr3 ENSG00000242094.1 chr3 ENSG00000235845.1 chr3 ENSG00000240310.1 chr3 ENSG00000244150.1 chr3 ENSG00000241596.1ENSG00000239268.2 chr3 ENSG00000241213.1 chr3 ENSG00000256880.1 chr3 chr3 ENSG00000243497.1 chr3 ENSG00000251088.1ENSG00000251088.1 chr3 ENSG00000251088.1 chr3 ENSG00000251088.1 chr3 ENSG00000241177.1 chr3 chr3

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 419604 492945 ZNF721; 8437867 8495258 METTL19; 8847931 8873543 HMX1; 1341054 1381837 KIAA1530; 1341054 1381837 KIAA1530; 1873151 1983934 WHSC1; 2451700 2464668 RP11-503N18.3; 2463947 2627047 RNF4; 4417469 4544073 STX18; 6910969 7034845 TBC1D14; 7042579 7044728 CCDC96; 8183799 8242830 SH3TC1; 17630929 17783135 FAM184B; 131181068 131221827 MRPL3; 193119866 193310900 ATP13A4; 171561139 171656505 TMEM212; 133464800 133497850 TF; 130569439 130735556 ATP2C1; 177990720 178562217 KCNMB2; 133794023134074716 133969689 134094321 RYK; AMOTL2; 181429714 181432221 SOX2; 138724648 139076065 MRPS22; 140660672 140698775 SLC25A36; 183852826 184402546 EIF2B5; 141205889 141334184 RASA2; 142168077142984064 142297668145782358 143567373 ATR; 146109208 145784156 SLC9A9; 146213778 AC107021.1; PLSCR2; 158449987 158547508 MFSD1; 194123401 194219093 ATP13A3; 149235022 149454501 WWTR1; 159943423 159945999 AC112641.1; 159974774 160117668 IFT80; 194995465 195163807 ACAP2; 160150233168801287 160203561 169381406 TRIM59; MECOM; 170136653 170578169 CLDN11; 195343316195343316 195467994 195467994 MUC20; MUC20; 195343316 195467994 MUC20; 196594727 196661585 SENP5; + − − + − + + − + − + + + + − − − − + − − + + − − − − + + + + + + − + + + + + − + − + 419224 467918 ABCA11P; ENSG00000182903.11 chr4 8483997 8514337 RP11-689P11.2; ENSG00000155275.13 chr4 8860441 8862553 RP13-582L3.4; ENSG00000215612.4 chr4 1350369 1351863 AC078852.1; ENSG00000163945.10 chr4 1352267 1353249 AC078852.2; ENSG00000163945.10 chr4 1976363 1976487 SCARNA22; ENSG00000109685.13 chr4 2428248 2452087 RP11-503N18.2; ENSG00000249428.1 chr4 2465524 2465851 RP11-503N18.4; ENSG00000063978.10 chr4 4477848 4483427 STX18-IT1; ENSG00000168818.5 chr4 6997068 7000685 AC097382.5; ENSG00000132405.14 chr4 7032281 7047958 RP11-367J11.2; ENSG00000173013.4 chr4 8242571 8243530 AC104650.2; ENSG00000125089.10 chr4 17632547 17634062 AC006160.8; ENSG00000047662.4 chr4 131197941 131198077 AC107027.2; ENSG00000114686.3 chr3 158450116 158501859 RP11-379F4.4; ENSG00000118855.12 chr3 130569627 130575067 RP11-39E3.6; ENSG00000017260.13 chr3 178136989 178175097 KCNMB2-IT1; ENSG00000197584.6 chr3 133784147 133794057 RP11-202A13.2; ENSG00000163785.7 chr3 133380842 133473420 TFP1; ENSG00000091513.10 chr3 180721562 181508734 RP11-4B14.2; ENSG00000181449.2 chr3 134070694 134075403 RPL39P5; ENSG00000114019.10 chr3 138823027 138844009 BPESC1; ENSG00000175110.7 chr3 184222901 184226187 EIF2B5-IT1; ENSG00000145191.6 chr3 140691586141243975 140692097 141244963 RP11-231L11.3; RASA2-IT1; ENSG00000114120.7 chr3 ENSG00000155903.6 chr3 193296601 193310879 RP11-175P19.2; ENSG00000127249.10 chr3 142184157 142191179 RP11-383G6.3; ENSG00000175054.10 chr3 194217053 194222232 AC108676.1; ENSG00000133657.9 chr3 143031909145781829 143033271146109150 145822991 RP13-635I23.3;149366784 146134390 RP11-274H2.2; ENSG00000181804.9 149367971 RP11-758I14.3; ENSG00000232013.1 WWTR1-IT1; chr3 ENSG00000163746.6 chr3 ENSG00000018408.10 chr3 chr3 159944270 159945841 RP11-431I8.1; ENSG00000180044.3 chr3 159945241 160167617 RP11-432B6.3; ENSG00000068885.10 chr3 195001452 195003470 ACAP2-IT1; ENSG00000114331.8 chr3 159945241 160167617 RP11-432B6.3; ENSG00000213186.3 chr3 169331298170374351 169341739 170379912 RP11-3K16.2; RP11-373E16.3; ENSG00000085276.13 ENSG00000013297.5 chr3 chr3 195351223 195356372 AC069213.1; ENSG00000176945.11 chr3 171612226 171613030 TMEM212-IT1; ENSG00000186329.5 chr3 195384933 195415733 SDHAP2; ENSG00000176945.11 chr3 195415518 195451630 AC069513.3; ENSG00000176945.11 chr3 196640757 196641313 AC127904.2; ENSG00000119231.6 chr3 lncRNA gene Protein-coding gene + + − − − − + + − + + + + − − − − + − − + + − − − − + + + + + + + + + + + − + − + + − ) contd ( Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000249179.1 chr3 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000258507.1 chr4 ENSG00000254360.1 chr4 ENSG00000249020.1 chr3 ENSG00000244351.1 chr3 ENSG00000242337.1 chr3 ENSG00000242808.1 chr3 ENSG00000214289.2 chr3 ENSG00000232416.2 chr3 ENSG00000227509.1 chr3 ENSG00000248773.1ENSG00000250170.1 chr3 chr3 ENSG00000236297.1 chr3 ENSG00000244327.1 chr3 ENSG00000244675.1 chr3 ENSG00000240888.1ENSG00000243415.2 chr3 ENSG00000241358.1 chr3 ENSG00000241985.1 chr3 chr3 ENSG00000244078.1 chr3 ENSG00000240207.1 chr3 ENSG00000248710.1 chr3 ENSG00000229325.1 chr3 ENSG00000248710.1 chr3 ENSG00000242795.2ENSG00000244738.1 chr3 chr3 ENSG00000249796.1 chr3 ENSG00000235943.1 chr3 ENSG00000215837.6 chr3 ENSG00000223941.1 chr3 ENSG00000242086.2 chr3 ENSG00000230732.1 chr3 ENSG00000254094.1 chr4 ENSG00000253399.1 chr4 ENSG00000249784.1 chr4 ENSG00000249391.1 chr4 ENSG00000248399.1 chr4 ENSG00000248221.1 chr4 ENSG00000187904.3 chr4 ENSG00000245748.1 chr4 ENSG00000249762.1 chr4 ENSG00000205959.3 chr4 ENSG00000251595.3 chr4

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 204872 218330 CCDC127; 9035138 9546187 SEMA5A; 9629109 9630463 TAS2R1; 7735625382347547 7770440683405743 82393082 SHROOM3; 83739814 83483510 RASGEF1B; 88081255 83822319 TMEM150C; 88224941 88141760 SEC31A; 88257762 88244058 KLHL8; 98105244 88312538 HSD17B13; 99064391 HSD17B11; C4orf37; 5424381054243810 5516143954243810 55161439 FIP1L1; 57896939 55161439 FIP1L1; 69056959 57976551 FIP1L1; 69092371 69083631 IGFBP7; 77135193 69111438 TMPRSS11BNL; 77172886 77232282 TMPRSS11B; 77232752 FAM47E; STBD1; 54243810 55161439 FIP1L1; 2025488336067620 2062218438628029 36246131 SLIT2; 38666430 ARAP2; AC021860.1; 3163951731639517 3211103738819804 32111037 PDZD2; 38821581 PDZD2; AC091435.1; 1056444221750777 1065030831639517 22853731 ANKRD33B; 32111037 CDH12; PDZD2; 101316498101316498 101801283101316498 101801283 EMCN; 103172198 101801283 EMCN; 106473777 103352415 EMCN; 106473777 106616835 SLC39A8; 106603784 106616835 ARHGEF38; 139949266 106817143 ARHGEF38; 144257915 140098372 INTS12; 159122756 144395721 ELF2; 183065140 159176563 GAB1; 184774584 183724177 TMEM144; 185676749 184938894 ODZ3; 187347700 185747972 STOX2; 187476721 ACSL1; MTNR1A; + − − − − − − − + + + − − − + + + + − − − − − − + + − − + + + + − − − + + − − − + − + 214013 217394 CTD-2083E4.4; ENSG00000164366.2 chr5 9519965 9523290 CTD-2201E9.2; ENSG00000112902.7 chr5 9629558 9903938 CTD-2143L24.1; ENSG00000169777.4 chr5 8238063383415939 8296539783814639 83417431 RP11-689K5.3;88140676 83822113 RP11-791G16.2;88238322 88161466 RP11-163O17.1; ENSG00000138670.1088238322 ENSG00000249242.2 88266362 RP11-476C8.3;98255786 chr4 ENSG00000138674.12 88266362 RP11-529H2.2; chr4 chr4 98554974 RP11-529H2.2; ENSG00000145332.8 RP11-681L8.1; ENSG00000170509.7 chr4 ENSG00000198189.6 chr4 ENSG00000163116.5 chr4 chr4 5452537554766038 5460332357896939 54783002 RP11-317M11.1;69049802 57931769 RP11-89B16.1;69049802 ENSG00000145216.11 69093787 RP11-738E22.2;77157422 chr4 69093787 RP11-453E17.3; ENSG00000145216.1177157422 ENSG00000163453.6 77177613 RP11-453E17.3;77558776 chr4 ENSG00000226894.2 77177613 RP11-67M24.5; chr4 ENSG00000185873.7 77565521 RP11-67M24.5; chr4 ENSG00000189157.8 AC107072.2; chr4 ENSG00000118804.7 chr4 chr4 ENSG00000138771.9 chr4 54459123 54470214 LNX1-AS2; ENSG00000145216.11 chr4 2039381235949843 2039647938614322 36075457 RP13-511O19.1;54362567 38666504 RP11-399D2.1; ENSG00000145147.13 54415745 RP11-617D20.1; chr4 LNX1-AS1; ENSG00000047365.6 ENSG00000196355.2 chr4 chr4 ENSG00000145216.11 chr4 3175432638736157 31754763 38845931 RP11-5N11.7; CTD-2127H9.1; ENSG00000133401.10 ENSG00000205783.4 chr5 chr5 31738376 31738767 RP11-5N11.3; ENSG00000133401.10 chr5 2213935631657325 22141577 31665174 RP11-855C21.1; RP11-5N11.2; ENSG00000154162.8 chr5 ENSG00000133401.10 chr5 10594938 10596322 ANKRD33B-IT1; ENSG00000164236.6 chr5 101581436 101596270 EMCN-IT3; ENSG00000164035.5 chr4 101699739101733412 101712392103339759 101735437 EMCN-IT2;106482748 103371167 EMCN-IT1;106616681 106491395 RP11-499E18.1;106667402 106629250 ARHGEF38-IT1; ENSG00000164035.5140036084 ENSG00000138821.8 106748329 RP11-311D14.2; ENSG00000164035.5 ENSG00000236699.3144345906 140036528 chr4 RP11-45L9.1; chr4 ENSG00000236699.3159091904 144347166 chr4 PPP1R14BP3; chr4 183066005 159124029 RP11-58H15.1; chr4 ENSG00000138785.10184908831 183111535 RP11-597D13.9; ENSG00000109381.13185719450 chr4 184909903 RP11-402C9.1; ENSG00000109458.4 ENSG00000164124.6187207248 chr4 185720200 RP11-739P1.2; chr4 187422151 RP11-701P16.1; ENSG00000218336.3 chr4 RP11-215A19.1; ENSG00000173320.4 chr4 ENSG00000151726.8 ENSG00000168412.5 chr4 chr4 chr4 lncRNA gene Protein-coding gene − − − − − − − + + − − − + + + + + − − + − − − − + + − − + + + + − − − + − − − − + + + ) contd ( ENSG00000251331.1ENSG00000227304.3 chr4 ENSG00000251022.1 chr4 ENSG00000250163.1 chr4 ENSG00000255723.1 chr4 ENSG00000255723.1 chr4 ENSG00000254044.1 chr4 ENSG00000250223.1 chr4 chr4 ENSG00000249341.1ENSG00000249706.1 chr4 ENSG00000250610.1 chr4 ENSG00000250026.1 chr4 ENSG00000250026.1 chr4 ENSG00000248325.1 chr4 ENSG00000248325.1 chr4 ENSG00000231335.1 chr4 chr4 ENSG00000248494.1 chr4 ENSG00000251160.1ENSG00000231160.3 chr4 ENSG00000250930.1 chr4 chr4 Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000248228.1 chr4 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000251219.1ENSG00000251636.1 chr4 ENSG00000248161.1 chr4 ENSG00000249885.1 chr4 ENSG00000249823.1 chr4 ENSG00000251175.1 chr4 ENSG00000179967.10 chr4 ENSG00000243175.1 chr4 ENSG00000248429.1 chr4 ENSG00000248266.1 chr4 ENSG00000248206.1 chr4 ENSG00000249138.1 chr4 ENSG00000251165.1 chr4 ENSG00000251328.1 chr4 chr5 ENSG00000249688.1ENSG00000249740.1 chr5 chr5 ENSG00000250001.1 chr5 ENSG00000249781.1 chr5 ENSG00000253104.1ENSG00000248624.1 chr5 ENSG00000249114.1 chr5 chr5 ENSG00000250841.1 chr5

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 40759481 40798476 AC008810.1; 4303933545259349 43043272 45696253 C5orf39; HCN1; 5523092355807394 5529077263256183 55902059 IL6ST; 65892176 63258334 AC022431.2; 79922047 66465423 HTR1A; 81267844 79950802 MAST4; 92953775 81572241 DHFR; 92953775 93447404 ATG10; 94982458 93447404 FAM172A; 94993786 FAM172A; RFESD; 95865525 96115299 CAST; 9586552596424779 96115299 96519354 CAST; CTD-2215E18.1; 131142683 131347936 ACSL6; 112043195112196885 112181936114460459 112228776 APC; 114516243 SRP19; TRIM36; 140767452 140892546 PCDHGB4; 140762467 140892546 PCDHGA7; 140753651 140892546 PCDHGA6; 140743898 140892546 PCDHGA5; 140739703 140892546 PCDHGB2; 140729828 140892546 PCDHGB1; 140723601 140892546 PCDHGA3; 140718539 140892546 PCDHGA2; 140710252 140892546 PCDHGA1; 139554227 139661637 C5orf32; 138702885 138720242 SLC23A1; 134368970 134691744 CTC-203F4.1; 134368970 134691744 CTC-203F4.1; 131527531 131631008 P4HA2; 127873706 128369335 SLC27A6; 126387463 126394687 C5orf63; 126383362 126394687 C5orf63; 123972608 124084500 ZNF608; 123972608 124084500 ZNF608; 140792743 140892546 PCDHGA10; 140787770 140892546 PCDHGB6; 140772381 140892546 PCDHGA8; 123972608 124084500 ZNF608; 121465208 121515312 ZNF474; + + + + + + + + + + − + + − − + − − − − − + + + − − − − − + − + − − + − + + + + + − + 40763860 40764548 PRKAA1; ENSG00000132356.7 chr5 4526682655240484 45268115 55240957 RP11-454E7.1; CTD-2031P19.4; ENSG00000164588.4 ENSG00000134352.14 chr5 chr5 43014516 43067521 CTD-2201E18.3; ENSG00000177721.3 chr5 5583241063253720 5583365365958159 63276870 AC022431.3;79926132 65958816 RP11-158J3.2;81287814 79927409 MAST4-IT1;93070508 ENSG00000225940.1 81288300 CTC-325J23.2;93196375 ENSG00000178394.3 93076829 ATG10-IT1;94993766 chr5 93199531 ENSG00000069020.12 chr5 RP11-185E12.2; ENSG00000228716.295297705 95020477 RP11-549J18.1; chr5 ENSG00000113391.12 chr5 95970220 CTD-2154I11.1; ENSG00000152348.9 ENSG00000113391.12 chr5 CTD-2337A12.1; ENSG00000175449.7 chr5 chr5 ENSG00000153113.17 chr5 chr5 95860971 95882222 RP11-432G16.1; ENSG00000153113.17 chr5 96519303 96772921 RP11-155G15.2; ENSG00000251606.1 chr5 131142816 131281391 AC034228.7; ENSG00000164398.8 chr5 124070311 124070868 RP11-436H11.5; ENSG00000168916.10 chr5 112162910 112203279 CTC-554D6.1; ENSG00000134982.11 chr5 112162910114484461 112203279 114485341 CTC-554D6.1; TRIM36-IT1; ENSG00000153037.7 ENSG00000152503.5 chr5 chr5 140805853 140808219 PCDHGB8P; ENSG00000253953.1 chr5 140805853 140808219 PCDHGB8P; ENSG00000253537.1 chr5 140805853 140808219 PCDHGB8P; ENSG00000253731.1 chr5 140805853 140808219 PCDHGB8P; ENSG00000253485.1 chr5 140805853 140808219 PCDHGB8P; ENSG00000253910.1 chr5 140805853 140808219 PCDHGB8P; ENSG00000254221.1 chr5 140805853 140808219 PCDHGB8P; ENSG00000254245.1 chr5 140805853 140808219 PCDHGB8P; ENSG00000081853.13 chr5 140805853 140808219 PCDHGB8P; ENSG00000204956.4 chr5 139579748 139582772 CTB-131B5.2; ENSG00000120306.5 chr5 138700366 138705406 CTB-43P18.1; ENSG00000170482.11 chr5 134456216 134475371 CTC-276P9.2; ENSG00000224186.3 chr5 134369072 134551255 CTC-349C3.1; ENSG00000224186.3 chr5 131528679 131529261 AC063976.6; ENSG00000072682.12 chr5 127999671 128078522 CTC-573M9.1; ENSG00000113396.8 chr5 126378250 126409184 AC004507.1; ENSG00000258953.1 chr5 126378250 126409184 AC004507.1; ENSG00000258898.1 chr5 124056705 124057375 RP11-43D2.5; ENSG00000168916.10 chr5 140805853 140808219 PCDHGB8P; ENSG00000253846.1 chr5 140805853 140808219 PCDHGB8P; ENSG00000253305.1 chr5 140805853 140808219 PCDHGB8P; ENSG00000253767.1 chr5 123984590 124036931 RP11-43D2.6; ENSG00000168916.10 chr5 121493063 121518353 CTC-441N14.4; ENSG00000164185.4 chr5 lncRNA gene Protein-coding gene + + + + + + + + + + + − + − + − + − − − − − + + − − − − − + − + − − + + + − + + + − + ) contd ( ENSG00000248449.1 chr5 ENSG00000248449.1 chr5 ENSG00000248449.1 chr5 ENSG00000248449.1 chr5 ENSG00000248449.1 chr5 ENSG00000248449.1 chr5 ENSG00000248449.1 chr5 ENSG00000248449.1 chr5 ENSG00000248449.1 chr5 ENSG00000248449.1 chr5 ENSG00000250069.1 chr5 ENSG00000249758.1 chr5 ENSG00000248753.1 chr5 ENSG00000239642.1 chr5 ENSG00000250513.1 chr5 ENSG00000248721.1 chr5 ENSG00000248634.1 chr5 ENSG00000164241.7 chr5 ENSG00000164241.7 chr5 ENSG00000251456.1 chr5 Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000249325.1 chr5 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000248449.1 chr5 ENSG00000248449.1 chr5 ENSG00000251117.1ENSG00000253518.1 chr5 chr5 ENSG00000177738.3 chr5 ENSG00000250647.1 chr5 ENSG00000234553.1ENSG00000248285.1 chr5 ENSG00000249057.1 chr5 ENSG00000249655.1 chr5 ENSG00000236447.2 chr5 ENSG00000250880.1 chr5 ENSG00000251023.1 chr5 ENSG00000251659.1 chr5 ENSG00000251314.1 chr5 chr5 ENSG00000249880.1 chr5 ENSG00000250487.1 chr5 ENSG00000251513.1ENSG00000258864.1 chr5 chr5 ENSG00000258864.1ENSG00000250472.1 chr5 ENSG00000250803.1 chr5 chr5

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 2663863 2751200 MYLK4; 2988221 3019996 NQO2; 3849620 3851551 FAM50B; 7107830 7252213 RREB1; 7881483 8026646 TXNDC5; 8013800 8064647 MUTED; 8015959 8102811 EEF1E1; 31132114 31148508 POU5F1; 31949801 31970458 C4A; 3167954831938868 31681842 31949228 AL662899.1; STK19; 26636518 26659980 ZNF322; 20402137 20493945 E2F3; 3136756131654726 31384016 31671221 MICA; ABHD16A; 13266774 13328776 TBC1D7; 1074797310748027 1093065612008995 10979553 TMEM14B; 12165232 SYCP2L; HIVEP1; 151121877 151152093 ATOX1; 166711804 167691162 ODZ2; 140797427140800762 140892546142149949 140891835 PCDHGB7; 143191726 142608576 PCDHGA11; 143550396 143200284 ARHGAP26; 145967936 143856944 HMHB1; 147260289 146464347 KCTD16; 147691982 147286101 AC011357.1; 147763498 147695485 C5orf46; 147830595 147822399 SPINK7; 148871760 148056798 FBXO38; 149493400 148931007 HTR4; 149546359 149535423 CSNK1A1; 149565107 PDGFRB; CDX1; 177664619178286954 178017556178322895 178315123 COL23A1; 179105629 178360213 ZNF354B; 179157926 ZFP2; CANX; 156822542 157002783 ADAM19; 169780491173472607 170163636175344876 173670504 KCNIP1; 176449697 175461683 AC011333.1; 176508190 THOC3; ZNF346; + − + + + + + + − − + + − − − + − − + + + − − + + + + − + + + − − + − − + − − − + + + 2749422 2765826 RP11-420G6.3; ENSG00000145949.8 chr6 2988201 2991400 RP1-90J20.7; ENSG00000124588.13 chr6 3832169 3857093 RP11-420L9.4; ENSG00000145945.5 chr6 7183316 7185520 RP11-405O10.2; ENSG00000124782.14 chr6 7881755 8064597 RP1-126E20.3; ENSG00000239264.2 chr6 7881755 8064597 RP1-126E20.3; ENSG00000188428.12 chr6 7881755 8064597 RP1-126E20.3; ENSG00000124802.6 chr6 31141512 31145676 PSORS1C3; ENSG00000204531.8 chr6 26634611 26637008 RP11-457M11.2; ENSG00000181315.6 chr6 31940158 31950598 XXbac-BPG116M5.15; ENSG00000244731.3 chr6 31940158 31950598 XXbac-BPG116M5.15; ENSG00000204344.9 chr6 31654739 31681849 LY6G6E; ENSG00000255552.2 chr6 31368479 31445283 HCP5; ENSG00000204520.7 chr6 20438052 20440409 E2F3-IT1; ENSG00000112242.9 chr6 31654739 31681849 LY6G6E; ENSG00000204427.7 chr6 1088201310882013 1088444712007903 10884447 RP11-637O19.2;13273623 12009089 RP11-637O19.2; 13283673 RP11-456H18.2; RP1-257A7.4; ENSG00000137210.7 ENSG00000153157.8 chr6 ENSG00000095951.11 chr6 chr6 ENSG00000145979.11 chr6 151145420 151145939 RP11-54C4.1; ENSG00000177556.7 chr5 140805853 140808219 PCDHGB8P; ENSG00000254122.1 chr5 140805853142572065 140808219142985193 142573731 PCDHGB8P;143748897 143208337 ARHGAP26-IT1;146293770 143764873 CTB-57H20.1;147265649 146299069 CTC-218H9.1;147693506 147266441 PPP2R2B; ENSG00000145819.10147809722 147695485 ENSG00000253873.1 CTC-327F10.5; chr5 148024250 147810370 RP11-373N22.4; ENSG00000158497.2 chr5 148872949 148025953 CTD-2283N19.1; ENSG00000183775.4149516867 148884233 chr5 HTR4-IT1;149563301 149535435 chr5 ENSG00000178776.4 CTB-89H12.4; ENSG00000145879.5 149563916 ENSG00000156475.13 AC005895.3; ENSG00000145868.12 chr5 AC005895.4; chr5 chr5 chr5 ENSG00000113712.10 ENSG00000164270.13 chr5 chr5 ENSG00000113721.7 ENSG00000113722.10 chr5 chr5 177865682 177870095 CTB-26E19.1; ENSG00000050767.11 chr5 178107232178107232 178366360179106033 178366360 RP11-281O15.3; 179121782 RP11-281O15.3; HMGB3P22; ENSG00000178338.6 ENSG00000198939.3 chr5 chr5 ENSG00000127022.9 chr5 156789623167148368 156887086 167156129 CTB-109A12.1; CTB-78F1.2; ENSG00000135074.11 chr5 ENSG00000145934.11 chr5 169816497173600104 169849848175333942 173608817 CTD-2270F17.1;176478715 175385541 CTC-229L21.1; 176479964 RP11-91H12.2; ZNF346-IT1; ENSG00000182132.8 ENSG00000170091.6 chr5 ENSG00000051596.5 chr5 chr5 ENSG00000113761.7 chr5 lncRNA gene Protein-coding gene + + + + + + + − − + + − − − + − − + + + − − + + + + − + + + − − − − + − − + − + + + − ) contd ( ENSG00000254729.1 chr6 ENSG00000254729.1 chr6 Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000248449.1 chr5 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000248449.1ENSG00000230789.1 chr5 ENSG00000249881.1 chr5 ENSG00000249605.1 chr5 ENSG00000249553.1 chr5 ENSG00000248362.1 chr5 ENSG00000254282.1 chr5 ENSG00000251330.2 chr5 ENSG00000253297.1 chr5 ENSG00000230551.3 chr5 ENSG00000253830.1 chr5 ENSG00000257938.1 chr5 ENSG00000213433.5 chr5 chr5 ENSG00000253718.1ENSG00000253718.1 chr5 ENSG00000225051.3 chr5 ENSG00000251499.1 chr5 chr6 ENSG00000251405.2ENSG00000253357.1 chr5 chr5 ENSG00000244041.1 chr6 ENSG00000253647.1ENSG00000254011.1 chr5 ENSG00000250820.1 chr5 ENSG00000251666.1 chr5 ENSG00000245688.1 chr5 chr5 ENSG00000238158.1 chr6 ENSG00000225092.1 chr6 ENSG00000259040.1 chr6 ENSG00000204528.3 chr6 ENSG00000259040.1 chr6 ENSG00000233631.1 chr6 ENSG00000206337.6 chr6 ENSG00000204422.7 chr6 ENSG00000259040.1 chr6 ENSG00000224707.1 chr6 ENSG00000204422.7 chr6 ENSG00000235051.1ENSG00000235051.1 chr6 ENSG00000229896.1 chr6 ENSG00000215022.2 chr6 chr6

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 8220115682201156 82462491 82462491 FAM46A; FAM46A; 32811913 3284736436555311 PSMB9; 36932613 PI16; 6239013964429876 6299613273331520 66417118 KHDRBS2; 73951037 73908574 EYS; 74020088 KCNQ5; KHDC1; 8539709186215214 8547423786267696 86303874 TBX18; 88299839 86353510 SNX14; 88377169 SYNCRIP; ORC3; 3212121832132360 3213401132627244 32136058 PPT2; 32636160 EGFL8; 32936437 HLA-DQB1; 3294928238136227 BRD2; 39867354 3860792440359325 39902290 BTBD9; 40359325 40555204 MOCS1; 41762107 40555204 LRFN2; 42714696 41863099 LRFN2; 44777054 42836296 USP49; 46620678 45345690 KIAA0240; 46655612 46649356 SUPT3H; 52226219 46672056 SLC25A27; 53362139 52272575 TDRD6; 53794780 53481768 PAQR8; 53794780 54131078 GCLC; 55921388 54131078 MLIP; 56258892 MLIP; COL21A1; 111620234 111804918 REV3L; 110501344 110575478 CDC40; 116575336 116759442 DSE; 116575336 116759442 DSE; 117639374 117923691 GOPC; 128289924 128841870 PTPRK; 143857982 144152322 PHACTR2; 144164481 144184949 LTV1; 122793062 123047518 PKIB; 124125286 125146803 NKAIN2; 127759551 127840500 C6orf174; 127761488128289924 127780536 128841870 KIAA0408; PTPRK; − − + − − − − − − + − + − + + + − + + + − − − − − + − + + + − + + − + + + − + + − − − 32811863 32814272 XXbac-BPG246D15.8; ENSG00000240065.2 chr6 39865116 39867847 RP11-61I13.2; ENSG00000124615.12 chr6 62340138 62390954 RP1-240B8.3; ENSG00000112232.6 chr6 6543873073340223 6544346073918593 73388282 RP11-69I22.3;82236819 73972919 KCNQ5-IT1;82434439 82244630 KHDC1L;85397069 82446070 RP1-300G12.2;86270033 85398465 RP5-991C6.4;86270033 ENSG00000188107.8 86270928 RP11-132M7.1;88360648 86270928 RP11-321N4.3; ENSG00000185760.10 chr6 88362932 RP11-321N4.3; chr6 ENSG00000112773.11 RP3-486L4.3; ENSG00000135314.8 chr6 ENSG00000112773.11 ENSG00000112837.10 chr6 chr6 ENSG00000135317.7 chr6 ENSG00000135316.12 chr6 chr6 ENSG00000135336.8 chr6 3212162232627663 32139755 32630227 XXbac-BPG300A18.12; XXbac-BPG254F23.6; ENSG00000241404.2 ENSG00000179344.11 chr6 chr6 32121622 32139755 XXbac-BPG300A18.12; ENSG00000221988.6 chr6 3293808036907863 3293859438141449 36912451 BRD2-IT1; 38145069 RP1-90K10.4;40469370 RP3-322I12.2;40484075 4047013241763707 40491672 RP11-121P10.1;42756998 41764356 RP3-462C17.1;45227825 ENSG00000164530.7 42759057 ENSG00000204256.6 RP11-298J23.6;46638181 ENSG00000183826.12 45228305 RP11-501I18.2;46638181 chr6 chr6 46655902 chr6 RP11-394I17.1; ENSG00000156564.852262356 46655902 RP11-446F17.3;53426087 ENSG00000156564.8 chr6 52262946 RP11-446F17.3; ENSG00000164663.853794820 53481969 RP1-304B14.3; chr6 53863688 ENSG00000112624.6 chr6 53862465 RP1-27K12.2;56196586 ENSG00000196284.9 53871950 chr6 RP11-411K7.1; ENSG00000153291.8 56196915 chr6 MLIP-IT1; ENSG00000180113.10 chr6 RP3-445N2.1; chr6 ENSG00000170915.8 ENSG00000001084.6 chr6 ENSG00000146147.9 chr6 chr6 ENSG00000124749.10 ENSG00000146147.9 chr6 chr6 111681844 111682810 REV3L-IT1; ENSG00000009413.10 chr6 110545499 110552835 RP11-315C6.3; ENSG00000168438.7 chr6 116575370 116576437 RP3-486I3.7; ENSG00000111817.11 chr6 116601362 116691436 RP1-93H18.1; ENSG00000111817.11 chr6 117772293 117774688 RP1-92C8.3; ENSG00000047932.9 chr6 128768789 128770446 RP1-86D1.3; ENSG00000152894.9 chr6 144128229 144165754 RP3-468K18.5; ENSG00000112419.9 chr6 144128229 144165754 RP3-468K18.5; ENSG00000135521.8 chr6 122907064 122910009 RP11-574H13.2; ENSG00000135549.8 chr6 124144385 124150430 RP11-374A22.1; ENSG00000188580.8 chr6 127759551 127840146 RP3-403A15.5; ENSG00000214338.6 chr6 127759551 127840146 RP3-403A15.5; ENSG00000189367.9 chr6 128752086 128753913 RP1-86D1.2; ENSG00000152894.9 chr6 lncRNA gene Protein-coding gene − − + − − − − − − + + + + − + + − + + + + − − − − − + − + + + − + + − + − + + − − − − ) contd ( ENSG00000243828.1ENSG00000233844.1 chr6 ENSG00000243501.4 chr6 ENSG00000226089.1 chr6 ENSG00000232031.1 chr6 ENSG00000233513.1 chr6 ENSG00000223998.1 chr6 ENSG00000223998.1 chr6 ENSG00000249719.1 chr6 ENSG00000244179.1 chr6 chr6 ENSG00000257065.1 chr6 ENSG00000258388.1ENSG00000241287.1 chr6 ENSG00000204261.4 chr6 chr6 Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000258388.1 chr6 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000229276.1ENSG00000237021.1 chr6 chr6 ENSG00000257065.1 chr6 ENSG00000223837.1ENSG00000232598.1 chr6 ENSG00000225874.1 chr6 ENSG00000240126.1 chr6 ENSG00000236075.1 chr6 ENSG00000226454.1 chr6 ENSG00000251403.1 chr6 ENSG00000236163.1 chr6 ENSG00000230554.1 chr6 ENSG00000242973.1 chr6 ENSG00000242973.1 chr6 ENSG00000231577.1 chr6 ENSG00000231683.2 chr6 ENSG00000236740.2 chr6 ENSG00000236996.1 chr6 ENSG00000227602.1 chr6 ENSG00000250686.1 chr6 chr6 ENSG00000240050.1 chr6 ENSG00000226181.1 chr6 ENSG00000240283.1 chr6 ENSG00000237321.1 chr6 ENSG00000255330.3 chr6 ENSG00000255330.3 chr6 ENSG00000228972.1ENSG00000182404.5 chr6 chr6

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 6836440 6866401 C7orf28B; 6713376 6715991 AC073343.1; 50233495659678 5112854 5821370 RBAK; RNF216; 3341080 4308632 SDK1; 2719156 2804759 AMZ1; 1855383 2272878 MAD1L1; 1585796 1600457 TMEM184A; 1036623 1177896 C7orf50; 30811033 30932002 FAM188B; 42956460 42971822 PSMA2; 2918618530174426 2955394430174426 3020237830323923 CHN2; 3020237830737601 C7orf41; 30407308 C7orf41; 3079721830893010 ZNRF2; 30893010 INMT; 3096513132535038 3096342734685709 AQP1; 3307851636552456 RP5-877J2.1; 3469977240174575 AVL9; 3676415441724712 AC005493.1; 4090036242948872 AOAH; 41742706 C7orf10; 42951904 INHBA; C7orf25; 27282164 27287047 EVX1; 1812657220176020 19036993 20257027 HDAC9; MACC1; 27210210 27219880 HOXA10; 54610018 54638773 VSTM2A; 27202926 27219632 RP1-170O19.20; 4315219844084232 43602938 44109055 HECW1; DBNL; 2245906327202057 22672544 27209269 STEAP1B; HOXA9; 149539777 149732749 TAB2; 150920999 151164799 PLEKHG1; 150920999 151164799 PLEKHG1; 157099063158402888 157530401 158520208 ARID1B; SYNJ2; 159590429 159693141 FNDC1; 166307330 166309725 SDIM1; 166822852 167319939 RPS6KA2; 168693512 168720434 DACT2; − + + + + + + + + + − − + − − + + − − + − − + + + + − − + − + + + + + + + − − − − − − 6833765 6836573 AC073343.11; ENSG00000146574.10 chr7 6703605 6748532 AC073343.13; ENSG00000198580.6 chr7 5702063 5720092 RNF216-IT1; ENSG00000011275.13 chr7 5013619 5080306 RNF216L; ENSG00000146587.12 chr7 3377521 3378233 RP11-30B1.1; ENSG00000146555.13 chr7 2804242 2815134 AC006028.10; ENSG00000174945.8 chr7 1881252 1881812 AC110781.5; ENSG00000002822.9 chr7 1583450 1585885 AC093734.13; ENSG00000164855.10 chr7 1094996 1098897 RP11-449P15.1; ENSG00000146540.9 chr7 22611226 22701411 AC002480.5; ENSG00000105889.10 chr7 42948872 42971773 RP11-111K18.1; ENSG00000106588.6 chr7 2916464930180486 2918631130197147 3018103330402016 AC005232.1; 3019915030791753 AC007036.4; 3045211830791753 AC007036.5; ENSG00000106069.12 3093169630791753 AC006027.2; ENSG00000180354.11 30931696 chr7 30791753 RP4-740D2.1; ENSG00000180354.11 30931696 chr7 33055671 RP4-740D2.1; ENSG00000180233.7 30931696 chr7 34386124 RP4-740D2.1; ENSG00000241644.2 3305650436637440 RP4-740D2.1; ENSG00000106125.14 chr7 34911194 chr7 40815157 AC083863.7; ENSG00000240583.5 chr7 3663972641706766 AC005688.1; ENSG00000250424.3 40824816 chr7 42948872 AOAH-IT1; ENSG00000105778.12 41744933 chr7 AC005160.3; ENSG00000214841.1 42971773 chr7 AC005027.3; ENSG00000136250.6 RP11-111K18.1; chr7 ENSG00000175600.10 ENSG00000136197.6 ENSG00000122641.9 chr7 chr7 chr7 chr7 27286987 27290112 RP1-170O19.19; ENSG00000106038.6 chr7 1812750619958604 18367381 20180076 AC010082.1; AC005062.2; ENSG00000048052.14 ENSG00000183742.6 chr7 chr7 27202219 27214799 RP1-170O19.21; ENSG00000253293.2 chr7 54624663 54639419 GS1-18A18.1; ENSG00000170419.6 chr7 27202219 27214799 RP1-170O19.21; ENSG00000257184.1 chr7 44104507 44105678 AC017116.11; ENSG00000136279.12 chr7 43157495 43202786 HECW1-IT1; ENSG00000002746.8 chr7 27202219 27214799 RP1-170O19.21; ENSG00000078399.10 chr7 149539062 149565208 RP1-111D6.3; ENSG00000055208.12 chr6 150921970 150926986 RP11-136K14.1; ENSG00000120278.9 chr6 150945813 150947222 RP11-136K14.2; ENSG00000120278.9 chr6 157099086 157099659 RP11-230C9.2; ENSG00000049618.14 chr6 158422139159661818 158423415 159664361 SYNJ2-IT1; FNDC1-IT1; ENSG00000078269.9 ENSG00000164694.12 chr6 chr6 166193757 166399984 AL590482.2; ENSG00000256391.1 chr6 166874151 166878871 RPS6KA2-IT1; ENSG00000071242.7 chr6 168700863 168702794 RP11-503C24.6; ENSG00000164488.6 chr6 lncRNA gene Protein-coding gene + − + + + + + + + + + − − + − − + + − − + − + − − + + + − − + + + + + + − + − − − − − ) contd ( ENSG00000181211.1 chr7 ENSG00000256646.3 chr7 ENSG00000243912.1ENSG00000230751.1 chr7 ENSG00000251660.1 chr7 ENSG00000244279.1 chr7 ENSG00000254959.1 chr7 ENSG00000254959.1 chr7 ENSG00000254959.1 chr7 ENSG00000254959.1 chr7 ENSG00000237059.1 chr7 ENSG00000197085.6 chr7 ENSG00000230539.1 chr7 ENSG00000227658.1 chr7 ENSG00000236310.1 chr7 ENSG00000256646.3 chr7 chr7 ENSG00000253324.1 chr7 ENSG00000240908.1ENSG00000243004.1 chr7 ENSG00000225541.1 chr7 chr7 ENSG00000257667.1 chr7 ENSG00000224223.1 chr7 ENSG00000226150.1 chr7 Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000228408.1 chr6 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000257667.1 chr7 ENSG00000239775.1 chr7 ENSG00000228010.1 chr7 ENSG00000232891.1 chr6 ENSG00000257667.1 chr7 ENSG00000237738.1 chr7 ENSG00000224029.1 chr6 ENSG00000229397.2 chr6 ENSG00000196204.7 chr7 ENSG00000233496.1ENSG00000235086.1 chr6 chr6 ENSG00000224593.1 chr7 ENSG00000256956.1 chr6 ENSG00000233202.1 chr7 ENSG00000232082.1 chr6 ENSG00000227990.1 chr7 ENSG00000224417.1 chr6 ENSG00000241181.1 chr7 ENSG00000257607.1 chr7

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 74112305 74306729 STAG3L2; 99933702 99965454 PILRB; 63506000 63538927 ZNF727; 7450836474807499 7476778875024337 74867509 GTF2IRD2B; 75040279 GATSL2; TRIM73; 66093868 66276446 KCTD7; 99798283 99869855 GATS; 76090993 76135312 AC005522.1; 7613974576139745 7664834076139745 7664834077646393 UPK3B; 7664834091500243 UPK3B; 7908289091828283 UPK3B; 9151003492076767 MAGI2; 9187548093220885 MTERF; 9208815093592074 KRIT1; 9354057798475556 GATAD1; 9363369499156029 GNGT1; 9861086699704693 BET1; 99205433 TRRAP; 99717464 ZNF655; TAF6; 110303110 111202573 IMMP2L; 106297211 106301442 C7orf74; 135611542 135613214 AC015987.1; 102004319 102067123 PRKRIP1; 143955700 143956815 OR2A7; 143963794 143966381 CTAGE8; 107384142 107401142 CBLL1; 145813453 148118090 CNTNAP2; 107384142 107401142 CBLL1; 126078652 126893348 GRM8; 128095894 128146656 METTL2B; 128095903 128098472 C7orf68; 128784712 128808671 TSPAN33; 135365985 135412952 SLC13A4; 135413096 135433594 FAM180A; 141607613 141806547 MGAM; 143140546 143141502 TAS2R60; 143174966 143175889 TAS2R41; 143657027143883176 143658108 143991230 OR2F1; ARHGEF35; 143883176 143991230 ARHGEF35; + + + − + − + + − − + − + + + + − − − + + − + + − + + − − + + + − − + + + + + − − − 66119525 66134842 RP4-756H11.3; ENSG00000243335.3 chr7 76112306 76151394 AC004980.12; ENSG00000091073.13 chr7 76112306 76151394 AC004980.12; ENSG00000243566.2 chr7 99933748 99938951 CTB-161A2.3; ENSG00000121716.11 chr7 63505821 63539697 RP11-3N2.13; ENSG00000257482.2 chr7 7485662175039605 74857439 75046066 AC004878.7; NSUN5P1; ENSG00000198750.7 ENSG00000178809.7 chr7 chr7 7410339174765876 74143187 74789332 AC083884.8; AC118138.2; ENSG00000160828.12 ENSG00000174428.11 chr7 chr7 99798276 99869837 AC005071.4; ENSG00000160844.6 chr7 7617867776531808 7625729978530591 7654850891321323 AC004980.7; 7862961491829328 AC007003.1; 9151000492086878 MAGI2-IT1; 91836171 ENSG00000243566.293520225 CTB-104F4.2; 92120924 ENSG00000243566.293594722 AC000120.7; chr7 9352291398610788 ENSG00000187391.12 AC007566.10; ENSG00000127989.8 chr7 9359770299195689 AC002076.10; chr7 98645863 ENSG00000001631.999712837 AC006378.3; chr7 ENSG00000157259.6 99208436 AC004893.11; ENSG00000127928.8 chr7 99724762 GS1-259H13.2; chr7 ENSG00000105829.6 RP11-506M12.1; chr7 ENSG00000196367.7 ENSG00000197343.5 ENSG00000106290.10 chr7 chr7 chr7 chr7 110364215 110365881 IMMP2L-IT1; ENSG00000184903.5 chr7 135611203 135617629 AC015987.1; ENSG00000236338.1 chr7 141611017 141611743 RP11-707F14.3; ENSG00000257335.2 chr7 102004609 102021080 RP11-163E9.2; ENSG00000128563.9 chr7 106012697 106372895 CTB-111H14.1; ENSG00000253276.1 chr7 143948357 144053274 RP4-798C17.6; ENSG00000244693.1 chr7 107383247 107384360 AC002467.5; ENSG00000105879.4 chr7 147368803 147370235 AC005518.2; ENSG00000174469.12 chr7 107383262 107385026 AC002467.7; ENSG00000105879.4 chr7 126720747 126730972 AC000364.1; ENSG00000179603.12 chr7 128095991 128109251 RP11-155G14.5; ENSG00000165055.10 chr7 128095991 128109251 RP11-155G14.5; ENSG00000135245.9 chr7 128808053 128809538 RP11-286H14.6; ENSG00000158457.4 chr7 135392889 135414006 AC091736.10; ENSG00000164707.9 chr7 135392889 135414006 AC091736.10; ENSG00000189320.4 chr7 141352181 141356610 RP5-894A10.2; ENSG00000257093.2 chr7 - 141356528 141401953 KIAA1147; 143104906 143220542 AC092214.10; ENSG00000185899.1 chr7 143104906 143220542 AC092214.10; ENSG00000221855.1 chr7 143651937 143694405 RP4-669B10.3; ENSG00000213215.1 chr7 143947138143948357 143953337 144053274 OR2A20P; RP4-798C17.6; ENSG00000213214.3 ENSG00000213214.3 chr7 chr7 143948357 144053274 RP4-798C17.6; ENSG00000243896.3 chr7 lncRNA gene Protein-coding gene + + + + − − + + − + − + + − + + + + − − − + + − + + − − − + + + − − + − + + + + − − − ) contd ( ENSG00000239969.1 chr7 ENSG00000226824.2 chr7 Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000214652.3 chr7 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000243797.1 chr7 ENSG00000249595.1ENSG00000223705.5 chr7 ENSG00000258840.1 chr7 chr7 ENSG00000232729.1ENSG00000230195.1 chr7 chr7 ENSG00000244479.1 chr7 ENSG00000241292.1 chr7 ENSG00000242294.1 chr7 ENSG00000258840.1 chr7 ENSG00000239521.2 chr7 ENSG00000230190.1 chr7 ENSG00000241764.1 chr7 ENSG00000205485.9ENSG00000231183.3 chr7 ENSG00000235751.3 chr7 ENSG00000242870.1 chr7 ENSG00000243107.1 chr7 ENSG00000244055.1 chr7 ENSG00000234695.1 chr7 ENSG00000241247.1 chr7 ENSG00000242687.2 chr7 ENSG00000244219.1 chr7 ENSG00000242798.1 chr7 chr7 ENSG00000228540.1 chr7 ENSG00000230206.1 chr7 ENSG00000240758.1 chr7 ENSG00000240758.1 chr7 ENSG00000240685.1 chr7 ENSG00000239652.1 chr7 ENSG00000239652.1 chr7 ENSG00000224746.1 chr7 ENSG00000244701.1ENSG00000244292.1 chr7 chr7 ENSG00000229153.1 chr7 ENSG00000229153.1 chr7 ENSG00000243583.1 chr7 ENSG00000170356.7ENSG00000244479.1 chr7 chr7 ENSG00000244479.1 chr7

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 564744 688106 ERICH1; 8097891 8102384 AC068020.1; 2792992 4852494 CSMD1; 1993155 2113475 MYOM2; 1922044 1955102 KBTBD11; 11225911 11296167 C8orf12; 30496117 30503581 GS1-211B7.1; 74332604 74659943 STAU2; 73976775 74036323 C8orf84; 6550032073449626 65711318 73850584 CYP7B1; KCNB2; 59717977 60031767 TOX; 31496902 32622548 NRG1; 56792372 56923939 LYN; 2624041426240414 2636315228205804 26363152 BNIP3L; 28347835 BNIP3L; FBXO16; 54764368 54871863 RGS20; 55471729 55682531 RP1; 1229462613947373 1242442322570769 1509584822570769 AC130352.1; 22857513 SGCZ; 22857513 PEBP4; PEBP4; 52730140 52811735 PCMTD1; 50822349 51706678 SNTG1; 3975979441391674 3978596342273993 41435887 IDO1; 42397069 RP11-360L9.4; SLC20A2; 3796276037962760 3800159438020839 3800159438268656 ASH2L; 3803424838585704 ASH2L; 38326352 LSM1; 38710546 FGFR1; TACC1; 94710789 94743755 FAM92A1; 31496902 32622548 NRG1; 93895865 93898013 AC117834.1; 31496902 32622548 NRG1; 74692332 74791145 UBE2W; 148959262149941005 148994393150709335 150020814 ZNF783; 156431057 150721586 ACTR3C; 157331750 156433348 AC010973.1; 158380480 C7orf13; PTPRN2; − − − + − + + + + + − + + + + − − − − + + + − − − + + − − + + + + + + − − − − − + + − 675188 675877 RP11-43A14.1; ENSG00000104714.8 chr8 8086117 8102387 RP11-556O5.3; ENSG00000173295.2 chr8 3230875 3232748 RP11-279L11.1; ENSG00000183117.10 chr8 2104674 2142690 RP11-1049H7.1; ENSG00000036448.5 chr8 1919563 1924610 RP11-439C15.2; ENSG00000176595.3 chr8 11197146 11225961 TDH; ENSG00000184608.4 chr8 54811569 54821517 AC113194.1; ENSG00000147509.9 chr8 74600924 74791089 RP11-463D19.2; ENSG00000040341.13 chr8 73996022 73998114 RP11-956J14.1; ENSG00000164764.10 chr8 65616331 65647016 RP11-1D12.1; ENSG00000172817.3 chr8 73644280 73664078 RP11-313C15.1; ENSG00000182674.5 chr8 59904279 59905497 RP11-328K2.1; ENSG00000198846.4 chr8 30501206 30501319 CTD-2373N4.1; ENSG00000253457.1 chr8 31883735 31996991 RP11-275E10.1; ENSG00000157168.13 chr8 56806154 56808276 RP11-318K15.2; ENSG00000254087.2 chr8 26280109 26281445 RP11-14I17.2; ENSG00000104765.9 chr8 2629800728273041 26300111 28277572 RP11-14I17.3; RP11-181B11.1; ENSG00000104765.9 ENSG00000214050.3 chr8 chr8 55466921 55474487 RP11-53M11.3; ENSG00000104237.5 chr8 12064280 12312147 AC087203.1; ENSG00000205873.2 chr8 1473656622752947 1473732822842109 22755326 CTD-2023J5.1; 22876848 RP11-87E22.1; ENSG00000185053.8 RP11-875O11.1; ENSG00000134020.6 ENSG00000134020.6 chr8 chr8 chr8 52808517 52808934 RP11-110G21.2; ENSG00000168300.9 chr8 51293575 51294835 RP11-759A9.1; ENSG00000147481.9 chr8 39771748 39773240 RP11-44K6.2; ENSG00000131203.8 chr8 4139790042392672 41402563 42393447 RP11-360L9.7; RP11-503E24.2; ENSG00000253133.1 ENSG00000168575.5 chr8 chr8 37979892 37979998 RP11-90P5.4; ENSG00000129691.10 chr8 3798079238023530 3798216938291865 3802363638657161 RP11-90P5.5; 38293182 RP11-90P5.7; 38659814 RPS20P22; ENSG00000129691.10 RP11-723D22.2; ENSG00000175324.5 chr8 ENSG00000147526.13 chr8 ENSG00000077782.14 chr8 chr8 94731802 94733395 RP11-10N23.2; ENSG00000188343.7 chr8 32298262 32300241 RP11-468C1.1; ENSG00000157168.13 chr8 93895212 93977873 CTD-3239E11.2; ENSG00000212999.1 chr8 32028898 32145082 RP11-669B22.1; ENSG00000157168.13 chr8 74600924 74791089 RP11-463D19.2; ENSG00000104343.14 chr8 148982372150004701 148994403150709302 150010334 RP4-800G7.2;156264890 150721586 AC005586.2;157531702 156433286 ATG9B; ENSG00000204946.5 157533148 AC073871.2; ENSG00000106526.6 AC006003.3; chr7 chr7 ENSG00000244291.1 ENSG00000248602.2 ENSG00000155093.13 chr7 chr7 chr7 lncRNA gene Protein-coding gene − − − − + − + + + + + − + + + − − − − + + + + − − − + + − − + + + + + + − − − − − + + ) contd ( ENSG00000258677.1 chr8 ENSG00000258677.1 chr8 ENSG00000237061.1 chr8 ENSG00000254330.1 chr8 ENSG00000253726.1 chr8 ENSG00000253222.1 chr8 ENSG00000254048.1 chr8 ENSG00000254172.1 chr8 ENSG00000253974.1 chr8 ENSG00000254325.1 chr8 ENSG00000253430.1 chr8 ENSG00000254362.1ENSG00000254370.1 chr8 chr8 ENSG00000251475.1ENSG00000254142.1 chr8 chr8 ENSG00000215248.3 chr8 ENSG00000255076.1ENSG00000253142.1 chr8 ENSG00000245025.2 chr8 chr8 ENSG00000253475.1 chr8 ENSG00000154316.10 chr8 ENSG00000253849.1 chr8 ENSG00000254945.1 chr8 ENSG00000253838.1 chr8 ENSG00000253174.1ENSG00000254165.1 chr8 chr8 ENSG00000253162.1 chr8 ENSG00000253437.1 chr8 ENSG00000240015.2ENSG00000253739.1 chr8 ENSG00000239218.2 chr8 ENSG00000253586.1 chr8 chr8 ENSG00000253854.1 chr8 ENSG00000254304.1 chr8 ENSG00000254049.1 chr8 ENSG00000253197.1 chr8 ENSG00000249498.1ENSG00000181652.10 chr7 ENSG00000182648.7 chr7 ENSG00000231515.1 chr7 ENSG00000254207.1 chr7 chr8 Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000244560.2 chr7 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000253696.1 chr8

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 470291470291 746105 746105 KANK1; KANK1; 479286951638636720863 48610646720863 5185668 RCL1; 6720863 7175648 INSL6; 8314246 7175648 KDM4C; 7175648 KDM4C; 10612723 KDM4C; PTPRD; 3824127 4348392 GLIS3; 37766975 37801434 EXOSC3; 95907995 96128683 C8orf38; 37879400 37904350 MCART1; 13105703 13279589 MPDZ; 21480841 21482312 IFNE; 37919131 38069210 SHB; 21802635 22032985 MTAP; 2180263532566787 22032985 32568619 MTAP; TIGD1L2; 34661877 34664045 CCL27; 34664160 34666109 RP11-195F19.5; 34957484 34984679 KIAA1045; 37422663 37436987 GRHPR; 37485932 37503694 POLR1E; 37510889 37588871 FBXO10; 37582643 37592639 TOMM5; 37510889 37588871 FBXO10; 37582643 37592639 TOMM5; 117962512 118188953 SLC30A8; 100025494103876528 100889808105391652 103990104 VPS13B; 105479281 KB-1507C5.2; DPYS; 106330920 106816760 ZFPM2; 107282473 107764922120885957 OXR1; 123793633 121063152131792547 123986750 DEPTOR; 141667999 132054672 ZHX2; 142217265 142012315 ADCY8; 142318404 PTK2; SLC45A4; 145618444 145634753 CPSF1; 143293441144766622 143484601144915764 144796068 TSNARE1; 144924200 ZNF707; NRBP2; 145721001 145730827 CTD-2517M22.14; − + + − + + + − − + − − − + − + + + + + + − + + + − − − − − − + + − − + − + + − − − − 547317 549531 RP11-31F19.1; ENSG00000107104.12 chr9 487774 495610 RP11-165F24.5; ENSG00000107104.12 chr9 4860454 4885917 RP11-125K10.4; ENSG00000120158.6 chr9 513197967165486780333 51642516902670 6727438 RP11-39K24.10;8700595 6785929 RP11-390F4.3; ENSG00000120210.5 6978859 RP11-390F4.7; 8701552 RP11-403H13.1; ENSG00000107077.12 chr9 RP11-134K1.3; ENSG00000107077.12 chr9 ENSG00000107077.12 chr9 chr9 ENSG00000153707.9 chr9 4070906 4071884 RP11-70J12.1; ENSG00000107249.15 chr9 32551142 32567003 C9orf133; ENSG00000241043.1 chr9 37588410 38068684 RP11-613M10.9; ENSG00000107371.7 chr9 95962265 95963624 RP11-347C18.3; ENSG00000156170.7 chr8 37588410 38068684 RP11-613M10.9; ENSG00000122696.8 chr9 13274509 13279186 RP11-272P10.2; ENSG00000107186.11 chr9 21455641 21559668 RP11-354P17.9; ENSG00000184995.6 chr9 37588410 38068684 RP11-613M10.9; ENSG00000107338.8 chr9 21803282 21813885 RP11-70L8.3; ENSG00000099810.12 chr9 21994790 22121096 CDKN2B-AS1; ENSG00000099810.12 chr9 34661900 34666026 RP11-195F19.30; ENSG00000213927.3 chr9 34661900 34666026 RP11-195F19.30; ENSG00000187186.10 chr9 34979685 34982541 RP11-392A14.7; ENSG00000122733.9 chr9 37432084 37433871 RP11-397D12.6; ENSG00000137106.11 chr9 37485959 37506561 RP11-405L18.1; ENSG00000137054.10 chr9 37512544 37592466 RP11-613M10.8; ENSG00000147912.8 chr9 37512544 37592466 RP11-613M10.8; ENSG00000175768.8 chr9 37588410 38068684 RP11-613M10.9; ENSG00000147912.8 chr9 37588410 38068684 RP11-613M10.9; ENSG00000175768.8 chr9 118140694 118142538 RP11-654G14.1; ENSG00000164756.8 chr8 100131580 100132809 CTD-2340D6.1; ENSG00000132549.13 chr8 103904104105342552 103905836106682219 105431140 KB-1507C5.3; 106691259 KB-1552D7.2; RP11-642D21.1; ENSG00000253320.1 ENSG00000147647.7 ENSG00000169946.9 chr8 chr8 chr8 107282481 107285002 RP11-395G23.3; ENSG00000164830.13 chr8 120879659123819985 120886728131904316 123828756 KB-1471A8.1;141742663 131905031 RP11-44N11.1;142262385 141742752 RP11-737F9.2; ENSG00000155792.5143328948 142263391 AC105235.1; ENSG00000178764.5 143329227 chr8 RP11-10J21.4; ENSG00000155897.5 chr8 CTD-3135A9.3; chr8 ENSG00000169398.14 ENSG00000022567.5 ENSG00000171045.10 chr8 chr8 chr8 145721763 145725663 CTD-2517M14.5; ENSG00000255182.1 chr8 144778324144915440 144780583145619364 144916233 RP11-429J17.2; 145619445 RP11-299M14.2; ENSG00000181135.11 AF205589.1; ENSG00000185189.11 chr8 chr8 ENSG00000071894.9 chr8 lncRNA gene Protein-coding gene + + − + + + − − + − − − + − + + + + + + + − − − − + − − + + − − + − − + + − + − − − − ) contd ( Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000253878.1 chr8 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000249864.1ENSG00000225489.1 chr9 ENSG00000236563.1 chr9 ENSG00000224972.1 chr9 ENSG00000235389.1 chr9 chr9 ENSG00000255872.3 chr9 ENSG00000253532.1 chr8 ENSG00000234740.1 chr9 ENSG00000171889.3 chr9 ENSG00000255872.3 chr9 ENSG00000253263.1ENSG00000254191.1 chr8 ENSG00000254141.1 chr8 chr8 ENSG00000233326.1 chr9 ENSG00000254615.1 chr8 ENSG00000240498.1 chr9 ENSG00000253622.1ENSG00000245330.2 chr8 ENSG00000253372.1 chr8 ENSG00000253259.1 chr8 ENSG00000254324.1 chr8 ENSG00000253307.1 chr8 ENSG00000253602.1 chr8 chr8 ENSG00000235453.3ENSG00000258409.1 chr9 chr9 ENSG00000258409.1 chr9 ENSG00000240825.1 chr9 ENSG00000226403.1ENSG00000230001.1 chr9 chr9 ENSG00000248411.1 chr8 ENSG00000181097.5ENSG00000255343.1 chr8 ENSG00000254849.1 chr8 chr8 ENSG00000250559.1 chr9 ENSG00000240336.1 chr9 ENSG00000256966.1 chr9 ENSG00000228115.1 chr9 ENSG00000243754.1 chr9 ENSG00000256966.1 chr9 ENSG00000255872.3 chr9 ENSG00000255872.3 chr9 ENSG00000255872.3 chr9

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 99711033 99775862 HIATL2; 90112143 90323548 DAPK1; 99959537 99961910 ZNF322P1; 99959537 99961910 ZNF322P1; 97488983 97849441 C9orf3; 97488983 97849441 C9orf3; 96214173 96328397 FAM120A; 91628060 91793682 SHC3; 84603687 84610171 FAM75D1; 77595936 77643339 C9orf41; 71736224 71870124 TJP2; 70971815 71145977 PGM5; 43089972 43133544 ANKRD20A3; 42368303 42411410 ANKRD20A2; 111629797 111696396 IKBKAP; 112137974 112260593 PTPN3; 112137974 112260593 PTPN3; 114287439 114340124 ZNF483; 115246722 115249484 C9orf147; 100000765 100140806 C9orf174; 100000765 100140806 C9orf174; 108006903 108201452 SLC44A1; 109625378 109775915 ZNF462; 130475772 130487152 PTRH1; 130475772 130487152 PTRH1; 130628759 130640022 AK1; 130647600 130667687 ST6GALNAC6; 131445703 131458679 SET; 128024073 128129486 GAPVD1; 129376722129986544 129463311 130155939 LMX1B; GARNL3; 132815705 132902448 GPR107; 134269480 134375584 PRRC2B; 134269480 134375584 PRRC2B; 127279888 127533589 NR6A1; 127714380 127905785 SCAI; 127019885 127115586 NEK6; 123970075 124095121 GSN; 124043046 124047808 C9orf31; 124584207 124855885 TTLL11; 125376948 125378026 OR1Q1; 125871779 126030855 STRBP; 127019885 127115586 NEK6; + + + + − − − − − + + + + − + − + + − − − − − + + + + + + + + − − − + + − + − − + − + 97662711 97667036 RP11-49O14.2; ENSG00000148120.9 chr9 99957633 99959969 RP11-498P14.3; ENSG00000188801.7 chr9 9966034899918175 99711867 99983538 RP11-330M2.7; RP11-498P14.2; ENSG00000196312.5 ENSG00000188801.7 chr9 chr9 97586554 97587055 RP11-49O14.3; ENSG00000148120.9 chr9 96301210 96322860 RP11-30L4.5; ENSG00000048828.11 chr9 9016836991703519 90169374 91724849 RP11-40C6.3; RP11-82L18.2; ENSG00000196730.8 ENSG00000148082.5 chr9 chr9 84558415 84610166 FAM75D3; ENSG00000214929.2 chr9 77624744 77630953 RP11-197P3.5; ENSG00000156017.8 chr9 71736209 71737148 RP11-265B8.4; ENSG00000119139.11 chr9 71041759 71044285 RP11-88I18.3; ENSG00000154330.6 chr9 43064966 43091857 RP11-327I22.2; ENSG00000132498.4 chr9 42410363 42474269 RP11-146D12.2; ENSG00000183148.4 chr9 111633250 111635485 NCRNA00298; ENSG00000070061.10 chr9 112137746 112141260 RP11-18A3.4; ENSG00000070159.7 chr9 112202342 112203532 RP11-397F23.2; ENSG00000070159.7 chr9 114336472 114337707 RP11-16L21.7; ENSG00000173258.8 chr9 115196096 115246906 RP11-32M23.4; ENSG00000230185.3 chr9 100000731 100059596 RP11-23J9.5; ENSG00000197816.8 chr9 100000779 100139569 RP11-23J9.4; ENSG00000197816.8 chr9 108148969 108158299 RP11-287A8.6; ENSG00000070214.10 chr9 109685634 109686455 RP11-508N12.4; ENSG00000148143.8 chr9 129986890130455257 130003594 130477926 RP13-225O21.3; RP11-56D16.2; ENSG00000136895.11 chr9 ENSG00000187024.8 chr9 130478259 130487111 RP11-56D16.8; ENSG00000187024.8 chr9 130630143 130649066 RP11-203J24.9; ENSG00000106992.13 chr9 130630143 130649066 RP11-203J24.9; ENSG00000160408.9 chr9 131448620 131449914 RP11-216B9.8; ENSG00000119335.11 chr9 128047877 128048998 RP11-65N13.7; ENSG00000165219.14 chr9 129403035 129403572 RP11-123K19.2; ENSG00000136944.11 chr9 132891870 132895515 RP11-88G17.2; ENSG00000148358.12 chr9 134361052 134361137 AL358781.2; ENSG00000130723.12 chr9 134365873 134365958 RP11-334J6.4; ENSG00000130723.12 chr9 127431666 127432491 RP11-348K2.2; ENSG00000148200.11 chr9 127885377 127886583 RP11-366O20.2; ENSG00000173611.11 chr9 127103208 127103792 RP11-101K10.8; ENSG00000119408.11 chr9 123970072 124027464 RP11-477J21.5; ENSG00000148180.9 chr9 124042141 124045008 RP11-477J21.6; ENSG00000235865.2 chr9 124646915 124725998 C9orf148; ENSG00000175764.10 chr9 125372194 125401964 RP11-64P14.7; ENSG00000165202.2 chr9 125871773 125877756 NCRNA00287; ENSG00000165209.14 chr9 127025155 127028088 RP11-121A14.3; ENSG00000119408.11 chr9 lncRNA gene Protein-coding gene − + + + + − − − − + + + + − + − + + − + − − − − + + + − + + + + + − − − + + − − + − + ) contd ( ENSG00000244202.1 chr9 ENSG00000254876.1 chr9 ENSG00000255036.1 chr9 ENSG00000242010.1 chr9 ENSG00000242631.1 chr9 ENSG00000230494.1 chr9 ENSG00000232755.1 chr9 ENSG00000242375.1 chr9 ENSG00000249044.1ENSG00000159712.9 chr9 chr9 ENSG00000236095.1 chr9 ENSG00000230815.1 chr9 ENSG00000234543.1 chr9 ENSG00000236709.1ENSG00000224945.1 chr9 chr9 ENSG00000186788.7 chr9 ENSG00000229587.1 chr9 ENSG00000227410.1 chr9 ENSG00000229019.1 chr9 ENSG00000176057.5 chr9 ENSG00000244210.1ENSG00000248666.1 chr9 chr9 ENSG00000242194.1 chr9 ENSG00000257524.1 chr9 ENSG00000257524.1 chr9 ENSG00000226602.1 chr9 ENSG00000228932.1 chr9 Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000240240.2 chr9 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000227452.1 chr9 ENSG00000238010.1 chr9 ENSG00000235284.1 chr9 ENSG00000231587.1 chr9 ENSG00000224644.1 chr9 ENSG00000229850.1 chr9 ENSG00000230396.1 chr9 ENSG00000251540.1 chr9 ENSG00000234236.1 chr9 ENSG00000244498.1 chr9 ENSG00000239593.1 chr9 ENSG00000237548.1 chr9 ENSG00000234156.1 chr9 ENSG00000236901.2 chr9 ENSG00000227200.1 chr9

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 695888 709947 C10orf108; 12280736186881 1779670 6277495 ADARB2; PFKFB3; 50117528 50143242 LRRC18; 11047259 11378666 CELF2; 11502509 11653753 USP6NL; 4719184447746936 4723973847746962 47763041 AGAP10; 47770871 ANXA8L2; 49272334 AL603965.1; 49348472 PTPN20C; 47191844 47239738 AGAP10; 48355024 4837386649360856 ZNF488; 49360856 4948294149654077 49482941 FRMPD2; 49654077 49864310 FRMPD2; 49892921 49864310 ARHGAP22; 50191001 ARHGAP22; WDFY4; 7223856472575717 7232820574451889 72640930 KIAA1274; 74647452 SGPL1; MCU; 5137139052065346 5173294152566322 52384795 TIMM23B; 52750945 52645435 SGMS1; 55562531 54058110 A1CF; 55562531 57387702 PRKG1; 64926981 57387702 PCDH15; 68685764 65225722 PCDH15; 68859588 JMJD1C; LRRTM3; 23983675 24836772 KIAA1217; 1362892715139179 1367286818834490 15148129 PRPF18; 18834490 18940551 RPP38; 22634399 18940551 NSUN6; 22743153 NSUN6; 23983675 SPAG6; 26986588 2483677233189247 27035727 KIAA1217; 45950035 33294720 PDSS1; 46090354 ITGB1; MARCH8; 47151363 47151848 AL391137.1; 47157983 47174093 ANXA8L1; 135285430 135448704 C9orf171; 135600965 135754164 AK8; 135820932 135867083 GFI1B; − + + − + − + − − − − + − + + + − + − − + − − − + + + − + + + − + + − − + + + − − − − 709498 712562 RP11-809C18.1; ENSG00000180525.8 chr10 6221120 6222152 RP11-414H17.8; ENSG00000170525.12 chr10 1403196 1403832 RP11-398B16.2; ENSG00000185736.11 chr10 49407711 49409697 RP11-13E1.3; ENSG00000170324.13 chr10 11072297 11072831 RP11-397O4.1; ENSG00000048740.10 chr10 11605186 11615495 RP11-89C21.2; ENSG00000148429.7 chr10 47011753 47174018 XXyac-YR14BB7.1; ENSG00000179251.3 chr10 47011753 47174018 XXyac-YR14BB7.1; ENSG00000150165.11 chr10 47228366 47241942 BMS1P2; ENSG00000204172.7 chr10 47213346 47243502 RP11-144G6.12; ENSG00000204172.7 chr10 4774239347742393 4774720048357926 47747200 C10orf43;49256241 48358600 C10orf43;49363368 49272430 RP11-463P17.3; 49364177 BMS1P7;49718568 RP11-13E1.5;49832049 ENSG00000165388.7 49719632 ENSG00000186807.950086067 49833138 RP11-541M12.5; ENSG00000215033.350092000 chr10 chr10 50086694 RP11-534L6.5; ENSG00000170324.13 chr10 50143258 RP11-563N6.6; ENSG00000126542.8 ENSG00000128805.9 chr10 RP11-523O18.7; chr10 chr10 ENSG00000128805.9 ENSG00000128815.11 ENSG00000165383.6 chr10 chr10 chr10 72307689 72316552 RP11-710A11.2; ENSG00000107719.7 chr10 7257732374461207 72577968 74463097 RP11-432J9.4; RP11-354E23.2; ENSG00000166224.12 ENSG00000156026.9 chr10 chr10 5173252352348409 5174180552582452 52349592 RP11-324H6.6;53062326 52584285 RP11-512N4.3;56624434 53066469 RP11-449O16.2;57007508 56628882 RP11-539E19.2; ENSG00000204152.565086093 57356993 RP11-264A11.1; ENSG00000198964.568812367 ENSG00000148584.8 chr10 65086670 RP11-168O22.1; chr10 ENSG00000185532.8 68814786 RP11-444I9.4; chr10 ENSG00000150275.12 RP11-344A5.1; chr10 ENSG00000150275.12 chr10 chr10 ENSG00000171988.12 ENSG00000198739.5 chr10 chr10 1362900615139236 1369792918802044 15181817 RP11-295P9.3;18940195 18834580 RP11-455B2.7;22650101 18948196 RP11-499P20.2;24536051 22701996 RP11-139J15.2;24604218 ENSG00000165630.8 24544975 RP11-301N24.3; ENSG00000152464.827006564 ENSG00000241058.1 24621071 chr10 PRINS;33247414 chr10 27007707 ENSG00000241058.1 RP11-429A24.4;46088878 chr10 ENSG00000077327.9 33249432 RP13-16H11.5; chr10 46090046 RP11-479G22.3; chr10 ENSG00000120549.10 RP11-358L16.2; chr10 ENSG00000148459.10 ENSG00000150093.13 ENSG00000120549.10 chr10 ENSG00000165406.9 chr10 chr10 chr10 135321285 135336859 RP11-738I14.4; ENSG00000188523.4 chr9 135644840 135645599 RP11-295G24.5; ENSG00000165695.5 chr9 135822456 135826943 RP11-295G24.4; ENSG00000165702.8 chr9 lncRNA gene Protein-coding gene + − − + + + − − − − − + − + + − + − − + − − − + + + + + + − − + + − − + + + + − − − − ) contd ( Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000227771.1 chr9 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000251079.2 chr10 ENSG00000244599.1ENSG00000244599.1 chr10 ENSG00000228865.1 chr10 ENSG00000243899.1 chr10 ENSG00000232462.1 chr10 ENSG00000248306.1 chr10 ENSG00000248682.1 chr10 ENSG00000251413.1 chr10 ENSG00000228403.1 chr10 ENSG00000241577.1 chr10 chr10 ENSG00000233104.1ENSG00000228673.1 chr10 chr10 ENSG00000224992.1 chr9 ENSG00000178440.4ENSG00000226561.1 chr10 ENSG00000229711.1 chr10 ENSG00000235279.1 chr10 ENSG00000236958.1 chr10 ENSG00000236744.1 chr10 ENSG00000226095.1 chr10 ENSG00000225299.1 chr10 ENSG00000227918.1 chr10 chr10 ENSG00000233800.2 chr9 ENSG00000242357.1 chr10 ENSG00000224502.1ENSG00000229206.1 chr10 chr10 ENSG00000233052.1 chr10 ENSG00000242629.1 chr10 ENSG00000239665.1ENSG00000241107.1 chr10 ENSG00000240291.1 chr10 ENSG00000152487.5 chr10 ENSG00000233451.1 chr10 ENSG00000238115.1 chr10 ENSG00000235229.1 chr10 ENSG00000235843.1 chr10 ENSG00000244336.2 chr10 ENSG00000242639.1 chr10 ENSG00000250469.1 chr10 chr10 ENSG00000250469.1 chr10 ENSG00000254929.1 chr10

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 81601114 81610632 FAM22E; 77191211 78318978 C10orf11; 8872794988854953 8873067288854953 8895122589622870 C10orf116; 8895122590639491 FAM35A; 8973168795753746 FAM35A; 90734910 PTEN; 96088149 STAMBPL1; PLCE1; 7494312074943120 7500862075006510 7500862075006946 DNAJC9; 7501245175006946 DNAJC9; 7503674275434033 MRPS16; 7503674275434033 C10orf103; 7545763975561669 C10orf103; 7545763975757872 AGAP5; 7557158975757872 AGAP5; 7587991875910960 NDST2; 75879918 VCL; 76469061 VCL; ADK; 88695297 88729238 MMRN2; 9616226196305547 9629568797454774 9637366297620305 TBC1D12; 9763702398064085 HELLS; 9779350798124363 ENTPD1; 9809832199609996 C10orf131; 98273675 DNTT; 99627782 TLL2; GOLGA7B; 118609023 118671297 ENO4; 114206756114710009 114578503 114927437 VTI1A; TCF7L2; 104221149 104239484 TMEM180; 120065401120967101 120101840 121215131 FAM204A; GRK5; 105253736 105352309 NEURL; 121652223125465729 121702014126307861 125699783 SEC23IP; 126432838 CPXM2; FAM53B; 102246399102267203 102289628102729215 102289757 SEC31B; 102767441 102747272 NDUFB8; 103986085 102790890 MRPL43; 104005289 103989346 PDZD7; 104142656 ELOVL3; GBF1; + − + + + + + + + + + + + − − − + + − − − + + + + + − + − − + + + + + − + − − − − + + 88873711 88875280 RP11-96C23.9; ENSG00000122376.6 chr10 88854266 888567468963844990692441 RP11-96C23.7; 8964018495868873 90699731 RP11-380G5.2; ENSG00000122376.6 95880864 RP11-399O19.5; chr10 RP11-162K11.4; ENSG00000171862.5 ENSG00000138134.7 ENSG00000138193.8 chr10 chr10 chr10 74998540 75003156 RP11-152N13.12; ENSG00000213551.3 chr10 7500710075007100 7500802675012549 7500802675032571 RP11-152N13.11; 7501410775432880 RP11-152N13.11; ENSG00000213551.3 7503469875434053 RP11-152N13.5; ENSG00000182180.9 75435692 chr10 75570442 RP11-537A6.7; ENSG00000236756.3 75490272 chr10 75764895 RP11-464F9.9; 7557155675788171 RP11-464F9.1; ENSG00000236756.3 chr10 7578767376185995 RP11-574K11.18; ENSG00000172650.7 75789962 chr10 77502498 RP11-417O11.5; ENSG00000166507.9 ENSG00000172650.7 76186461 RP11-417O11.6; chr10 ENSG00000035403.10 77503513 chr10 RP11-506B4.5; chr10 ENSG00000035403.10 chr10 RP11-367B6.2; chr10 ENSG00000156110.8 ENSG00000148655.8 chr10 chr10 8158645988725496 8160132888730498 88729158 RP11-182L21.2; 88769960 RP11-96C23.8; ENSG00000228570.2 AGAP11; ENSG00000173269.5 chr10 chr10 ENSG00000148671.7 chr10 9629409696337196 9629568597593265 9637099597593265 RP11-119K6.5; 9763351598053537 RP11-119K6.6; 9763351598133458 RP11-429G19.3; ENSG00000108239.6 9806645299625988 RP11-429G19.3; ENSG00000119969.10 ENSG00000138185.11 98135109 chr10 RP11-35J23.1; chr10 ENSG00000173088.7 99631337 chr10 RP11-35J23.5; RP11-459F3.6; chr10 ENSG00000107447.4 ENSG00000095587.7 chr10 ENSG00000155265.5 chr10 chr10 120068118 120069092 RP11-319I23.3; ENSG00000165669.7 chr10 118609094 118616135 RP11-539I5.2; ENSG00000188316.8 chr10 114843553 114846535 RP11-258A12.3; ENSG00000148737.11 chr10 114447364 114511234 RP11-25C19.1; ENSG00000151532.9 chr10 104221152 104230846 RP11-18I14.7; ENSG00000138111.7 chr10 120968043 120971272 RP11-567J24.4; ENSG00000198873.8 chr10 105308832 105310721 RP11-416N2.3; ENSG00000107954.6 chr10 121672907 121673914 RP11-198M6.5; ENSG00000107651.8 chr10 125673090126305649 125691113 126480296 RP11-285A18.2; RP11-12J10.3; ENSG00000121898.6 chr10 ENSG00000189319.9 chr10 102265385 102289638 RP11-411B6.6; ENSG00000075826.11 chr10 102265385102740264 102289638102762051 102745371 RP11-411B6.6;103973720 102767512 RP11-108L7.4;103973720 104016874 RP11-108L7.7; ENSG00000166136.10 104016874 RP11-242B12.5; ENSG00000055950.12 chr10 RP11-242B12.5; ENSG00000186862.11 chr10 ENSG00000119915.4 chr10 ENSG00000107862.4 chr10 chr10 lncRNA gene Protein-coding gene − + + + + + + + + + + + − − − + + − − − + + + + + − + − − + + + + + − + − − − − + + + ) contd ( ENSG00000243540.1 chr10 ENSG00000228485.1ENSG00000229304.1 chr10 chr10 ENSG00000248381.1 chr10 ENSG00000237996.1 chr10 ENSG00000240475.1ENSG00000237280.1 chr10 ENSG00000224745.1 chr10 ENSG00000180139.7 chr10 ENSG00000231575.1 chr10 ENSG00000240829.1 chr10 chr10 ENSG00000234221.1 chr10 ENSG00000226431.1 chr10 Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000244365.1 chr10 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000249376.1ENSG00000249376.1 chr10 ENSG00000227540.1 chr10 ENSG00000249393.1 chr10 ENSG00000251582.1 chr10 ENSG00000242288.3 chr10 ENSG00000243698.1 chr10 ENSG00000225761.1 chr10 ENSG00000226458.1 chr10 ENSG00000227539.1 chr10 ENSG00000228280.1 chr10 chr10 ENSG00000224428.2ENSG00000233165.1 chr10 ENSG00000151303.9 chr10 chr10 ENSG00000234677.1ENSG00000258539.1 chr10 chr10 ENSG00000244332.1ENSG00000240527.1 chr10 ENSG00000240527.1 chr10 ENSG00000229418.1 chr10 ENSG00000251063.1 chr10 ENSG00000239666.1 chr10 ENSG00000255339.2 chr10 chr10 ENSG00000255339.2ENSG00000236662.1 chr10 ENSG00000224915.1 chr10 ENSG00000259127.1 chr10 ENSG00000259127.1 chr10 ENSG00000243628.1 chr10 chr10

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 777578 784297 AP006621.5; 4115937 4223759 RRM1; 1773982 1785222 CTSD; 662752678174527846584 66338988040791 7818520 TAF10; 8703958 7847519 OR5P2; 9160372 8127659 OR5P3; 8736306 TUB; 9286937 RPL27A; DENND5A; 1874200 1913497 LSP1; 2150342 2182439 IGF2; 3818954 3847601 PGAP2; 3875757 4114439 STIM1; 5141849 5142847 OR52A4; 5274420 5667019 HBG2; 5289582 5526847 HBE1; 5344541 5345582 OR51B2; 5363744 5364809 OR51B5; 5451898 5489943 OR51I1; 5274420 5667019 HBG2; 61730066190560 6173818 6191638 AC022762.1; OR52B2; 18039111 18063973 TPH1; 1937227126210829 2014314427676440 26684835 NAV2; 27743605 ANO3; BDNF; 1841593518489883 18429972 18548779 LDHA; TSG101; 18260770 18270190 SAA2; 18252896 18258440 SAA4; 35965531 36253686 LDLRAD3; 35160417 35253949 CD44; 17809595 18034709 SERGEF; 31833939 32127301 RCN1; 1369021714464986 1375389314515329 14521573 FAR1; 14665181 COPB1; PSMA1; 1229762712695969 12380691 12966298 MICALCL; TEAD1; 126436721126630692 126480446129705325 126676758 METTL10; 135093135 129884119 ZRANB1; 135125841 PTPRE; TUBGCP2; + + − + − − − + − + + − + − + + − − + − − − − − + + − + + + − + + + − − − − − − − − − 781645 782105 AP006621.6; ENSG00000255284.1 chr11 1784239 1784979 AC068580.5; ENSG00000117984.8 chr11 772617577261758081585 79275028714904 7927502 RP11-494M8.4;9263995 8090920 RP11-494M8.4; 8718154 ENSG00000183303.2 RP11-236J17.5; 9267056 ENSG00000182334.1 RP11-152H18.3; chr11 ENSG00000166402.4 RP11-5L12.1; ENSG00000166441.8 chr11 chr11 chr11 ENSG00000184014.3 chr11 6629897 6631366 RP11-732A19.2; ENSG00000166337.5 chr11 1885407 1887897 AC051649.12; ENSG00000130592.9 chr11 2150351 2151194 AC132217.4; ENSG00000167244.11 chr11 3837982 3843130 AC090587.2; ENSG00000148985.14 chr11 3875842 3876629 AC090587.4; ENSG00000167323.5 chr11 42083705141894 4223885 5145743 RP11-23F23.2; AC113331.1; ENSG00000167325.8 ENSG00000248953.2 chr11 chr11 5326206 5526882 AC104389.28; ENSG00000196565.6 chr11 5326206 5526882 AC104389.28; ENSG00000213931.1 chr11 5326206 5526882 AC104389.28; ENSG00000184881.2 chr11 5326206 5526882 AC104389.28; ENSG00000242180.2 chr11 5326206 5526882 AC104389.28; ENSG00000167359.7 chr11 5593552 5646126 AC015691.13; ENSG00000196565.6 chr11 61293656129365 6206806 6206806 RP11-290F24.3; RP11-290F24.3; ENSG00000180909.1 ENSG00000255307.1 chr11 chr11 2621067027717859 26229894 27899195 CTD-2507G9.1; RP11-587D21.4; ENSG00000134343.7 ENSG00000176697.12 chr11 chr11 1852915519402031 18530367 19406561 RP11-613F22.8; NAV2-IT1; ENSG00000074319.6 chr11 ENSG00000166833.14 chr11 18427156 18428278 AC084117.3; ENSG00000134333.7 chr11 18252970 18270182 SAA2-SAA4; ENSG00000134339.4 chr11 18252970 18270182 SAA2-SAA4; ENSG00000148965.4 chr11 35993978 36010557 RP5-916O11.2; ENSG00000179241.7 chr11 18022089 18044478 RP1-59M18.2; ENSG00000129167.5 chr11 35234097 35235554 RP1-68D18.2; ENSG00000026508.11 chr11 1451532914515329 1454189018022089 14541890 RP11-140L24.4; 18044478 RP11-140L24.4; ENSG00000129083.8 RP1-59M18.2; ENSG00000129084.13 chr11 chr11 ENSG00000129158.5 chr11 32086458 32093719 RP1-17K7.1; ENSG00000049449.3 chr11 1232508012870342 1232976313690874 12870980 RP11-573E11.2; 13691696 RP11-47J17.1; ENSG00000133808.4 FAR1-IT1; ENSG00000187079.10 chr11 chr11 ENSG00000197601.7 chr11 126305649 126480296 RP11-12J10.3; ENSG00000203791.6 chr10 126605712129732962 126631450135108691 129734431 RP11-298J20.4; 135109481 RP11-4C20.4; ENSG00000019995.6 RP11-122K13.12; ENSG00000130640.8 ENSG00000132334.11 chr10 chr10 chr10 lncRNA gene Protein-coding gene + − + − + + − − + − + − + + − + − − − − − − + + − − + + + + − + + + − − − − − − − − − ) contd ( ENSG00000255243.1ENSG00000255496.1 chr11 ENSG00000254627.1 chr11 chr11 ENSG00000256588.1ENSG00000255270.1 chr11 chr11 ENSG00000256006.1 chr11 ENSG00000255071.1 chr11 ENSG00000255071.1 chr11 ENSG00000255256.1 chr11 ENSG00000255448.1 chr11 ENSG00000251194.2 chr11 Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000258539.1 chr10 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000249456.1ENSG00000227076.1 chr10 ENSG00000235245.1 chr10 ENSG00000255142.1 chr10 ENSG00000229512.1 chr11 chr11 ENSG00000256206.2ENSG00000256206.2 chr11 ENSG00000255448.1 chr11 chr11 ENSG00000254951.2ENSG00000254951.2 chr11 ENSG00000248332.2 chr11 ENSG00000254665.1 chr11 ENSG00000255097.1 chr11 chr11 ENSG00000249086.1 chr11 ENSG00000254983.1ENSG00000255067.1 chr11 ENSG00000254791.1 chr11 chr11 ENSG00000240801.1 chr11 ENSG00000250404.1 chr11 ENSG00000229368.1 chr11 ENSG00000254480.1ENSG00000205494.3 chr11 chr11 ENSG00000167355.3 chr11 ENSG00000167355.3 chr11 ENSG00000167355.3 chr11 ENSG00000167355.3 chr11 ENSG00000167355.3 chr11 ENSG00000239920.1 chr11 ENSG00000254444.1ENSG00000254444.1 chr11 ENSG00000254641.1 chr11 chr11

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 61100682 61116714 DAK; 45115564 45247734 PRDM11; 70116806 70230509 PPFIA1; 67118248 67124443 POLD4; 64011956 64014413 PPP1R14B; 61556435 61560274 C11orf10; 61008514 6101892961282785 PGA5; 61348620 SYT7; 60989688 61018929 PGA4; 60618413 60623444 GPR44; 58390146 58393198 CNTF; 58346584 58388515 ZFP91; 57520715 57587018 CTNND1; 57508825 57510529 C11orf31; 57520715 57587018 CTNND1; 57508825 57510529 C11orf31; 57480072 57508445 TMX2; 57416465 57429340 CLP1; 70313961 70963623 SHANK2; 70313961 70963623 SHANK2; 69924408 70035634 ANO1; 67806483 67818362 TCIRG1; 67131639 67141648 CLCF1; 64067863 64072242 C11orf20; 64058774 64072241 KCNK4; 44087475 44105772 ACCS; 43946892 43965888 C11orf96; 43577986 43878167 HSD17B12; 43380482 43516483 TTC17; 36317838 36486754 PRR5L; 66406088 66434153 RBM4; 65818200 65836779 SF3B2; 63766030 63933578 MACROD1; 63870660 63886645 FLRT1; 63753325 63769283 OTUB1; 63742079 63744015 COX8A; 62480102 62494821 HNRNPUL2; 62457747 62477317 BSCL2; 62342517 62359649 TUT1; 62342517 62359649 TUT1; 62327073 62342401 EEF1G; 61567098 61647626 FADS1; 61560109 61564716 FEN1; − + − + − + + + + + + + + − − + + − + + + + + + + + + + − + + − − + + + − − − − − − + 61111393 61120767 RP11-286N22.3; ENSG00000149476.9 chr11 67119043 67141055 AP003419.11; ENSG00000175505.9 chr11 43411833 43417045 RP11-484D2.4; ENSG00000052841.9 chr11 67119043 67141055 AP003419.11; ENSG00000175482.4 chr11 64014411 64016966 RP11-783K16.13; ENSG00000173457.6 chr11 61535973 61558075 RP11-467L20.9; ENSG00000134825.8 chr11 60994640 6101600561306988 CTD-2331C18.5; 61309731 RP11-794G24.1; ENSG00000256713.1 chr11 ENSG00000011347.5 chr11 60994640 61016005 CTD-2331C18.5; ENSG00000229183.3 chr11 60609279 60618554 RP11-804A23.4; ENSG00000183134.4 chr11 58346645 58392110 ZFP91-CNTF; ENSG00000242689.1 chr11 58346645 58392110 ZFP91-CNTF; ENSG00000186660.13 chr11 57509635 57560715 RP11-691N7.6; ENSG00000198561.8 chr11 57509635 57560715 RP11-691N7.6; ENSG00000211450.4 chr11 57480077 57559058 TMX2-CTNND1; ENSG00000198561.8 chr11 57480077 57559058 TMX2-CTNND1; ENSG00000211450.4 chr11 57480077 57559058 TMX2-CTNND1; ENSG00000213593.5 chr11 57405497 57420263 AP000662.4; ENSG00000172409.5 chr11 70412492 70417428 AP001271.5; ENSG00000162105.9 chr11 70323382 70323697 AP001271.3; ENSG00000162105.9 chr11 69975403 69995729 RP11-805J14.3; ENSG00000131620.12 chr11 67818207 67821229 RP11-802E16.3; ENSG00000110719.4 chr11 65820615 65820699 RP11-1167A19.14; ENSG00000087365.8 chr11 64059194 64072241 RP11-783K16.10; ENSG00000219435.2 chr11 64059194 64072241 RP11-783K16.10; ENSG00000182450.7 chr11 45168194 45236289 CTD-2560E9.2; ENSG00000019485.7 chr11 44093012 44093953 CTD-2609K8.3; ENSG00000110455.9 chr11 43942609 44022707 RP11-613D13.4; ENSG00000187479.4 chr11 43578308 43591945 AC023085.1; ENSG00000149084.7 chr11 36408071 36409800 RP11-514F3.5; ENSG00000135362.9 chr11 70166034 70167521 CTA-797E19.1; ENSG00000131626.10 chr11 66433507 66435845 RP11-658F2.8; ENSG00000173933.13 chr11 63885744 63886682 RP11-21A7A.3; ENSG00000133315.6 chr11 63803442 63871125 RP11-21A7A.2; ENSG00000126500.3 chr11 63742092 63755818 AP000721.4; ENSG00000167770.7 chr11 63742092 63755818 AP000721.4; ENSG00000176340.3 chr11 62457747 62494856 RP11-831H9.16; ENSG00000214753.2 chr11 62457747 62494856 RP11-831H9.16; ENSG00000168000.9 chr11 62357121 62357959 RP11-838H22.2; ENSG00000149016.11 chr11 62327075 62359003 RP11-864I4.1; ENSG00000149016.11 chr11 62327075 62359003 RP11-864I4.1; ENSG00000254772.4 chr11 61580975 61582121 RP11-467L20.7; ENSG00000149485.10 chr11 61563412 61564704 RP11-467L20.6; ENSG00000168496.2 chr11 lncRNA gene Protein-coding gene + − + − + − + + + + + + + + − − + + + − + + + + + + + + + − + − − + + + − − − − − − + ) contd ( ENSG00000257077.1 chr11 ENSG00000255720.1 chr11 ENSG00000256428.1 chr11 ENSG00000256220.1 chr11 ENSG00000256443.1 chr11 ENSG00000256220.1 chr11 ENSG00000256813.1 chr11 ENSG00000255073.3 chr11 ENSG00000255073.3 chr11 ENSG00000254732.1 chr11 ENSG00000254732.1 chr11 ENSG00000254462.1 chr11 ENSG00000254462.1 chr11 ENSG00000254462.1 chr11 ENSG00000254602.1 chr11 ENSG00000224119.1 chr11 ENSG00000227726.1 chr11 ENSG00000254484.1 chr11 ENSG00000255143.1 chr11 ENSG00000255031.1 chr11 ENSG00000256514.1 chr11 ENSG00000255013.1 chr11 ENSG00000257069.1 chr11 ENSG00000257069.1 chr11 ENSG00000214934.3 chr11 ENSG00000255165.1 chr11 ENSG00000254409.1 chr11 ENSG00000235661.2 chr11 ENSG00000254577.1 chr11 Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000255186.1 chr11 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000256514.1 chr11 ENSG00000258297.1 chr11 ENSG00000257086.1 chr11 ENSG00000256341.1 chr11 ENSG00000256824.1 chr11 ENSG00000256100.1 chr11 ENSG00000256100.1 chr11 ENSG00000234857.2 chr11 ENSG00000234857.2 chr11 ENSG00000254742.1 chr11 ENSG00000255508.3 chr11 ENSG00000255508.3 chr11 ENSG00000256914.1 chr11

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 94152895 94227074 MRE11A; 93394805 93463522 KIAA1731; 89057524 89322779 NOX4; 8268417582868030 82782965 82898493 RAB30; PCF11; 82534544 82681626 PRCP; 77532155 77629478 C11orf67; 77371041 77532063 RSF1; 77371041 77532063 RSF1; 75526212 75854239 UVRAG; 75470557 75512579 DGAT2; 75297963 75380165 MAP6; 75297963 75380165 MAP6; 7420489675145685 74380162 75236948 POLD3; GDPD5; 111656529 111750145 ALG9; 111782966 111789574 HSPB2; 111222977111656529 111326355111744780 111750145 POU2AF1; 111751967 ALG9; FDXACB1; 111957497 111990353 SDHD; 111788756111797868 111797596 111893308 C11orf52; DIXDC1; 116714118 116969137 SIK3; 112038095 112043282 TEX12; 112046190 112095422 BCO2; 113558272 113577095 TMPRSS5; 113603909 113644533 ZW10; 113603909 113644533 ZW10; 114270752 114284925 RBM7; 114310108 114321001 REXO2; 117298489 117688240 DSCAML1; 117672445 117699413 FXYD2; 117672445 117699413 FXYD2; 117707693117896084 117748201 117900578 FXYD6; AP002962.1; 118477155 118528741 PHLDB1; 119209652 119217383 C1QTNF5; 119209652 119217383 MFRP; 121986062122165646 121986923126071993 122172471 BLID; 126081587 RP11-716H6.1; RPUSD4; 121986062 121986923 AP001924.1; − + − − − − + − − + − + − − + + − + + − + − + − + + − − − − − + + − − − − − − + − − − 82891186 82895562 RP11-727A23.4; ENSG00000165494.5 chr11 74204411 74209578 AP001372.2; ENSG00000077514.3 chr11 94206074 94206736 RP11-685N10.1; ENSG00000020922.7 chr11 93454679 93455031 SCARNA9; ENSG00000166004.9 chr11 89279805 89322779 RP11-643G5.6; ENSG00000086991.8 chr11 82674723 82750157 RP11-659G9.3; ENSG00000137502.4 chr11 82674723 82750157 RP11-659G9.3; ENSG00000137509.5 chr11 77561650 77562557 RP11-91P24.5; ENSG00000087884.10 chr11 77449725 77450613 RSF1-IT1; ENSG00000048649.9 chr11 77428757 77429456 RSF1-IT2; ENSG00000048649.9 chr11 75625245 75626257 RP11-263C24.1; ENSG00000198382.4 chr11 75486949 75487974 CTD-2530H12.2; ENSG00000062282.8 chr11 75346928 75349632 CTD-2530H12.7; ENSG00000171533.6 chr11 7521798275307189 75219436 75308315 RP11-939C17.4; CTD-2530H12.8; ENSG00000158555.10 ENSG00000171533.6 chr11 chr11 113641115 113642413 RP11-667M19.2; ENSG00000086827.4 chr11 111783460 111797595 HSPB2-C11orf52; ENSG00000170276.4 chr11 111284967111657010 111288911111657010 111750149 RP11-794P6.1;111687938 111750149 RP11-108O10.8; 111699936 RP11-108O10.8; ENSG00000110777.7 ENSG00000086848.7 ALG9-IT1; ENSG00000255561.2 chr11 chr11 chr11 ENSG00000086848.7 chr11 111957627 112071394 AP002884.2; ENSG00000150783.5 chr11 111957627 112071394 AP002884.2; ENSG00000197580.7 chr11 111783460 111797595 HSPB2-C11orf52; ENSG00000149300.5 chr11 111886031111957627 111886848 112071394 RP11-708L7.6; AP002884.2; ENSG00000150764.9 chr11 ENSG00000204370.4 chr11 113560055 113657508 RP11-661I21.2; ENSG00000166682.6 chr11 113560055 113657508 RP11-661I21.2; ENSG00000086827.4 chr11 114271404 114314654 RP11-212D19.4; ENSG00000076053.6 chr11 114271404 114314654 RP11-212D19.4; ENSG00000076043.5 chr11 116756762117671559 116761437 117690134 AP000936.3; RP11-728F11.1; ENSG00000177103.8 ENSG00000160584.10 chr11 chr11 117671559 117690134 RP11-728F11.1; ENSG00000137731.7 chr11 117690878 117747382 RP11-728F11.6; ENSG00000137731.7 chr11 117690878117886487 117747382 117957508 RP11-728F11.6; RP11-652L8.2; ENSG00000137726.10 chr11 ENSG00000198230.3 chr11 118507338 118508815 AP002954.3; ENSG00000019144.11 chr11 119209652 119217368 RP11-334E6.11; ENSG00000223953.3 chr11 119209652 119217368 RP11-334E6.11; ENSG00000235718.3 chr11 122026130126078506 122293579 126078922 RP11-820L6.1; RP11-50B3.4; ENSG00000255015.1 ENSG00000165526.4 chr11 chr11 121899063 121987031 RP11-166D19.1; ENSG00000258574.1 chr11 121899063 121987031 RP11-166D19.1; ENSG00000258606.1 chr11 lncRNA gene Protein-coding gene + − − − − − + + − − − + − − + + − + + − + − − + + + − − − − + + − − − − − − + − − − − ) contd ( ENSG00000254445.1 chr11 ENSG00000254445.1 chr11 ENSG00000255428.1ENSG00000258529.1 chr11 ENSG00000258529.1 chr11 ENSG00000254450.1 chr11 chr11 ENSG00000255893.1 chr11 ENSG00000254911.1 chr11 ENSG00000254676.1ENSG00000255429.1 chr11 chr11 ENSG00000254698.1 chr11 ENSG00000254698.1 chr11 ENSG00000254691.1 chr11 ENSG00000255409.1 chr11 ENSG00000254985.1 chr11 ENSG00000255081.1 chr11 ENSG00000254826.1 chr11 ENSG00000254630.1 chr11 ENSG00000255292.1 chr11 ENSG00000255292.1 chr11 ENSG00000256850.1 chr11 Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000254837.1 chr11 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000254460.1ENSG00000255434.1 chr11 chr11 ENSG00000255334.1ENSG00000255292.1 chr11 chr11 ENSG00000256850.1 chr11 ENSG00000255090.1ENSG00000254694.1 chr11 chr11 ENSG00000256603.1 chr11 ENSG00000255663.1 chr11 ENSG00000255663.1 chr11 ENSG00000231865.1ENSG00000251594.1 chr11 chr11 ENSG00000251594.1 chr11 ENSG00000255245.1 chr11 ENSG00000255245.1ENSG00000255274.3 chr11 chr11 ENSG00000255176.1 chr11 ENSG00000259159.1 chr11 ENSG00000259159.1 chr11 ENSG00000255248.1 chr11 ENSG00000255248.1 chr11

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 673462 772945 NINJ2; 329789 372039 SLC6A13; 47141104714110 4798454 4798454 NDUFA9; NDUFA9; 6930711 6936586 GPR162; 207995220799522079952 28071152079952 2807115 CACNA1C; 3186521 2807115 CACNA1C; 2807115 CACNA1C; 3395730 CACNA1C; 4829507 TSPAN9; 48295074918342 4960277 4960277 GALNT8; 4960277 GALNT8; KCNA6; 1021243 1100356 RAD52; 501907364379236602522 50274226857170 6451280 KCNA1; 6641121 TNFRSF1A; 6937204 6876641 NCAPD2; 6982733 MLF2; 7096351 69490188290733 7023407 LEPREL2; 9809270 7178336 LRRC23; 8332642 C1S; 9848413 ZNF705A; CLEC2D; 11090005 113241721109000511544476 TAS2R14; 11324172 11653975 TAS2R14; PRB2; 12966250 12982915 DDX47; 12878865 12944400 APOLD1; 10977559 1132421210977559 PRR4; 11324212 PRR4; 10977559 11324212 PRR4; 10559983 10562356 KLRC4; 15773092 16035263 EPS8; 10524952 10544473 KLRK1; 15260717 15501609 RERG; 14956506 15059520 C12orf60; 131240373132284871 132206716132284871 133402414 NTM; 133402414 OPCML; OPCML; 131240373 132206716 NTM; 131240373131528207 132206716 131532850 NTM; C11orf39; 126293254 126873355 KIRREL3; + + + + + + + + + + + + − − − − − − − − + − − − − + − + − − − + − + − + + + + + + − + 695031 695652 RP5-1154L15.2; ENSG00000171840.7 chr12 362608 366465 RP11-283I3.4; ENSG00000010379.10 chr12 9811163 9814681 RP11-705C15.3; ENSG00000069493.9 chr12 2113832 2120558 RP5-1096D14.6; ENSG00000151067.14 chr12 5019113 5040527 RP3-377H17.1; ENSG00000111262.3 chr12 212737921575182378942 21296983258963 2158629 CACNA1C-IT1;4754662 2398103 CACNA1C-IT2;4766800 3260642 ENSG00000151067.14 CACNA1C-IT3;4766800 4757193 ENSG00000151067.14 TSPAN9-IT1; chr12 4948121 4853747 ENSG00000151067.14 RP11-500M8.4; chr12 4948121 4853747 RP11-234B24.6; chr12 ENSG00000011105.7 4951841 RP11-234B24.6; ENSG00000139180.5 4951841 ENSG00000139180.5 RP3-377H17.2; chr12 chr12 ENSG00000130035.2 RP3-377H17.2; chr12 ENSG00000130035.2 chr12 ENSG00000151079.6 chr12 chr12 1084464 1099207 RP11-359B12.1; ENSG00000002016.11 chr12 643793366194416859510 64476206933660 6619688 RP1-96H9.6;6933660 6860322 AC006064.2;6982553 6939136 RP4-761J14.5;7083816 6939136 U47924.11; ENSG00000067182.38328453 6993905 ENSG00000010292.7 U47924.11; ENSG00000089693.5 7096352 chr12 U47924.6; chr12 8341133 U47924.19; chr12 ENSG00000250510.2 RP11-266K4.7; ENSG00000110811.13 chr12 chr12 ENSG00000010626.10 ENSG00000196946.4 ENSG00000182326.9 chr12 chr12 chr12 1131868911318689 1132395211552315 11323952 RP11-785H5.2; 11639612 RP11-785H5.2; RP11-711K1.7; ENSG00000111215.5 ENSG00000212127.5 chr12 ENSG00000121335.9 chr12 chr12 11229368 11231770 TAS2R64P; ENSG00000212127.5 chr12 11229368 11231770 TAS2R64P; ENSG00000111215.5 chr12 11047767 11049551 RP11-144O23.18; ENSG00000111215.5 chr12 12878851 12982909 RP11-59H1.3; ENSG00000213782.3 chr12 12878851 12982909 RP11-59H1.3; ENSG00000178878.7 chr12 10524950 10562745 RP11-277P12.7; ENSG00000183542.4 chr12 10524950 10562745 RP11-277P12.7; ENSG00000213809.4 chr12 15265297 15267632 RERG-IT1; ENSG00000134533.2 chr12 15966427 15981208 RP11-6B19.2; ENSG00000151491.7 chr12 14994026 14997642 RP11-233G1.4; ENSG00000182993.3 chr12 132729140133229924 132729972 133235975 OPCML-IT2; OPCML-IT1; ENSG00000183715.8 ENSG00000183715.8 chr11 chr11 132154196 132154975 NTM-IT3; ENSG00000182667.9 chr11 131532025131850990 131533477 131854555 AP003039.3; NTM-IT2; ENSG00000255953.1 chr11 ENSG00000182667.9 chr11 131416556 131443494 NTM-IT1; ENSG00000182667.9 chr11 126790084 126810555 RP11-688I9.4; ENSG00000149571.6 chr11 lncRNA gene Protein-coding gene + + + + + + + + + + + − − − + − + − − − − − − − + − − + − + − + + + + + + − + − − − + ) contd ( ENSG00000256339.1 chr12 ENSG00000255661.1 chr12 ENSG00000256837.1ENSG00000256257.1 chr12 ENSG00000256721.1 chr12 ENSG00000256197.1 chr12 ENSG00000256381.1 chr12 ENSG00000255639.1 chr12 ENSG00000255639.1 chr12 ENSG00000255608.1 chr12 ENSG00000255608.1 chr12 ENSG00000255795.1 chr12 chr12 ENSG00000256712.1ENSG00000256712.1 chr12 ENSG00000255790.1 chr12 ENSG00000255661.1 chr12 chr12 ENSG00000250132.1ENSG00000203593.3 chr12 chr12 ENSG00000256274.1 chr12 ENSG00000256020.1 chr12 ENSG00000256274.1 chr12 ENSG00000255371.1ENSG00000254896.1 chr11 ENSG00000255746.1 chr11 chr12 ENSG00000256419.1 chr12 ENSG00000238262.1 chr11 ENSG00000255819.1 chr12 ENSG00000224795.1ENSG00000224700.1 chr11 chr11 ENSG00000251534.2ENSG00000256329.1 chr12 ENSG00000256541.1 chr12 ENSG00000256010.1 chr12 ENSG00000256010.1 chr12 ENSG00000240370.1 chr12 ENSG00000255896.1 chr12 ENSG00000256703.1 chr12 ENSG00000257027.1 chr12 ENSG00000255819.1 chr12 chr12 ENSG00000236082.1 chr11 Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000254938.1 chr11 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000256650.1 chr12 ENSG00000256953.1 chr12

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 58118981 58135940 AGAP2; 58156117 58161034 CYP27B1; 53399942 53435993 EIF4B; 57643392 57824788 R3HDM2; 52708085 52715182 KRT83; 57637236 57644976 STAC3; 52679697 52685318 KRT81; 57388230 57390468 GPR182; 50569571 50677353 LIMA1; 56556767 56583351 SMARCC2; 50569571 50677353 LIMA1; 56551945 56557280 MYL6; 50505762 50559203 C12orf62; 56546040 56551771 MYL6B; 48436681 48500091 SENP1; 56347889 56367099 PMEL; 42852140 42984157 PRICKLE1; 56151059 56221330 RP11-762I7.5; 42632249 42853517 PPHLN1; 56146247 56211540 SARNP; 40148823 40499891 SLC2A13; 55862984 55863922 OR6C70; 25562241 25801513 IFLTD1; 54694986 54745633 COPZ1; 22601517 22697480 KIAA0528; 54673977 54680872 HNRNPA1; 22216707 22589975 ST8SIA1; 54410715 54449814 HOXC4; 21284136 21392180 SLCO1B1; 54379629 54429145 HOXC5; 20968673 21245679 SLCO1B7; 54384408 54424607 HOXC6; 20968608 21243179 RP11-545J16.1; 54379629 54429145 HOXC5; 20963636 21243040 SLCO1B3; 53835525 53874945 PCBP2; 62102040 62672931 FAM19A2; 1928264819282648 19529334 19529334 PLEKHA5; PLEKHA5; 53835389 53840429 PRR13; 58162254 58166576 METTL1; 16500076 16762193 MGST1; 53551448 53575135 CSAD; + − − − − − + − − − + + + − − − − + − − − − + − + − + + + + + + + + + − + + + − + − − 58117572 58119448 RP11-571M6.8; ENSG00000135439.6 chr12 50611445 50614726 RP3-405J10.2; ENSG00000050405.7 chr12 21200113 21329829 RP11-125O5.2; ENSG00000134538.2 chr12 21200113 21329829 RP11-125O5.2; ENSG00000205754.6 chr12 21200113 21329829 RP11-125O5.2; ENSG00000257046.1 chr12 1941120521200113 19412877 21329829 RP11-684O24.1; RP11-125O5.2; ENSG00000052126.9 ENSG00000111700.8 chr12 chr12 53405880 53407705 RP11-983P16.2; ENSG00000063046.12 chr12 57643392 57690267 RP11-123K3.4; ENSG00000179912.14 chr12 52679697 52709719 RP11-259K21.3; ENSG00000170523.3 chr12 57643392 57690267 RP11-123K3.4; ENSG00000185482.3 chr12 52679697 52709719 RP11-259K21.3; ENSG00000205426.5 chr12 57390043 57392225 RP11-474N8.5; ENSG00000166856.1 chr12 56556143 56584068 RP11-977G19.5; ENSG00000139613.7 chr12 50579363 50585146 RP3-405J10.3; ENSG00000050405.7 chr12 56551234 56553431 RP11-603J24.18; ENSG00000092841.13 chr12 50552484 50556731 RP11-411N4.1; ENSG00000178449.2 chr12 56551234 56553431 RP11-603J24.18; ENSG00000196465.5 chr12 48448596 48449374 RP1-228P16.1; ENSG00000079387.9 chr12 56360622 56361258 RP11-973D8.4; ENSG00000185664.9 chr12 42879155 42883821 RP11-328C8.5; ENSG00000139174.6 chr12 56155334 56156412 RP11-762I7.4; ENSG00000257390.1 chr12 42853168 42859930 RP11-328C8.4; ENSG00000134283.12 chr12 56155334 56156412 RP11-762I7.4; ENSG00000205323.4 chr12 40223927 40229562 AC121336.2; ENSG00000151229.7 chr12 55828521 55979255 RP11-110A12.2; ENSG00000184954.4 chr12 25738928 25745862 RP11-685B13.2; ENSG00000152936.6 chr12 54670415 54738867 RP11-968A15.8; ENSG00000111481.5 chr12 22613453 22616848 RP11-359J14.2; ENSG00000111731.8 chr12 54670415 54738867 RP11-968A15.8; ENSG00000135486.11 chr12 22548022 22551009 RP11-73M14.1; ENSG00000111728.5 chr12 54427734 54427829 AC012531.2; ENSG00000198353.5 chr12 54427734 54427829 AC012531.2; ENSG00000172789.2 chr12 54385522 54385631 AC012531.1; ENSG00000197757.7 chr12 54385522 54385631 AC012531.1; ENSG00000172789.2 chr12 53835525 53861312 RP11-793H13.8; ENSG00000197111.7 chr12 62533780 62539424 RP11-769N19.2; ENSG00000198673.6 chr12 19300008 19307593 RP11-282K24.3; ENSG00000052126.9 chr12 53835525 53861312 RP11-793H13.8; ENSG00000205352.6 chr12 58158794 58162769 RP11-571M6.13; ENSG00000037897.12 chr12 16720345 16726874 RP11-424M22.3; ENSG00000008394.7 chr12 53551573 53570212 RP11-1136G11.7; ENSG00000139631.12 chr12 58158794 58162769 RP11-571M6.13; ENSG00000111012.4 chr12 lncRNA gene Protein-coding gene − − + − − − − + − − − + + + − − − − + − − − − + − + − + + + + + + + + + + − + + − + − ) contd ( ENSG00000257479.1 chr12 ENSG00000257499.1 chr12 ENSG00000257152.1 chr12 ENSG00000257475.1 chr12 ENSG00000258830.1 chr12 ENSG00000257540.1 chr12 ENSG00000258830.1 chr12 ENSG00000257540.1 chr12 ENSG00000258442.1 chr12 ENSG00000257531.1 chr12 ENSG00000258199.1 chr12 ENSG00000257298.1 chr12 ENSG00000257309.1 chr12 ENSG00000257291.1 chr12 ENSG00000257309.1 chr12 ENSG00000240399.1 chr12 ENSG00000258554.1 chr12 ENSG00000258068.1 chr12 ENSG00000257509.1 chr12 ENSG00000257225.1 chr12 ENSG00000257509.1 chr12 ENSG00000248865.1 chr12 ENSG00000258763.1 chr12 ENSG00000257009.1 chr12 ENSG00000258344.1 chr12 ENSG00000256973.1 chr12 ENSG00000258344.1 chr12 ENSG00000256714.1 chr12 ENSG00000258335.1 chr12 ENSG00000257062.1 chr12 ENSG00000258335.1 chr12 ENSG00000257062.1 chr12 ENSG00000257772.1 chr12 ENSG00000257062.1 chr12 ENSG00000257772.1 chr12 ENSG00000257006.1ENSG00000257062.1 chr12 chr12 ENSG00000257379.1 chr12 ENSG00000257880.1 chr12 ENSG00000253284.2 chr12 ENSG00000257379.1 chr12 ENSG00000257152.1 chr12 Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000256564.1 chr12 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 71441182 71512027 CTD-2021H9.3; 9407115194071151 94288616 94288616 CRADD; CRADD; 63952693 64062719 DPY19L2; 64238073 64541613 SRGAP1; 65004293 65091347 RASSF3; 65672423 65882024 MSRB3; 66516842 66524548 LLPH; 66517709 66563852 TMBIM4; 69201956 69239214 MDM2; 69235977 69365350 CPM; 70132461 70216984 RAB3IP; 70219084 70352877 C12orf28; 72056789 72074419 THAP2; 72079867 72097836 TMEM19; 92536286 92539673 BTG1; 92815307 92824778 AC063949.1; 96051583 96184930 NTN4; 96260826 96336752 CCDC38; 116395711 116715143 MED13L; 110890289 110907019 GPN3; 112856155 112947717 PTPN11; 119419300 119600856 SRRM4; 122755979123405498 122907179 123466196 CLIP1; ABCB9; 122715292 122751068 VPS33A; 122715292 122751068 VPS33A; 122692210 122712081 DIABLO; 122215664 122232261 RHOF; 122215664 122232261 RHOF; 122089024 122110537 MORN3; 121866902 122018920 KDM2B; 109535379109554400 109548797 109706031 UNG; ACACB; 121746048 121837699 ANAPC5; 106889736 107168696 RP11-144F15.1; 121675497 121736111 CAMKK2; 106889736 107168696 RP11-144F15.1; 123745528 123756881 CDK2AP1; 106631655 106698057 CKAP4; 123464333 123467456 ARL6IP4; 123459127 123464590 OGFOD2; 104382762 104457961 GLT8D2; − − − − − − − − − + + − + − − − − − + − − + − + + + + − − + − + + − + + − + + + − − − 64017568 64189498 RP11-415I12.3; ENSG00000177990.7 chr12 64272567 64273254 RP11-274J7.2; ENSG00000196935.4 chr12 65022124 65023756 RP11-338E21.2; ENSG00000153179.6 chr12 65675437 65680508 RP11-305O6.3; ENSG00000174099.6 chr12 66517697 66563765 RP11-745O10.4; ENSG00000139233.2 chr12 66517697 66563765 RP11-745O10.4; ENSG00000155957.10 chr12 69221898 69222333 RP11-611O2.1; ENSG00000135679.15 chr12 69235068 69237017 RP11-611O2.5; ENSG00000135678.6 chr12 70195449 70249143 AC025263.3; ENSG00000127328.17 chr12 70195449 70249143 AC025263.3; ENSG00000166268.5 chr12 7142790272067984 71498306 72092748 CTD-2021H9.2; RP11-293I14.2; ENSG00000258053.1 ENSG00000173451.2 chr12 chr12 72067984 72092748 RP11-293I14.2; ENSG00000139291.8 chr12 92537962 92539009 RP11-796E2.3; ENSG00000133639.3 chr12 92815307 92885703 CLLU1; ENSG00000257127.1 chr12 9420891294229943 9420988596081095 94231814 RP11-850P15.1; 96358916 RP11-887P2.6; ENSG00000169372.7 RP11-410A13.3; ENSG00000169372.7 chr12 ENSG00000074527.7 chr12 chr12 96081095 96358916 RP11-410A13.3; ENSG00000165972.8 chr12 110906085 110907073 RP11-478C19.5; ENSG00000111231.3 chr12 112931776 112934975 RP1-66E7.1; ENSG00000179295.10 chr12 116612307 116619100 RP11-115H15.2; ENSG00000123066.3 chr12 119438581 119439647 RP11-364C11.3; ENSG00000139767.4 chr12 123413548 123466196 RP11-197N18.4; ENSG00000150967.12 chr12 122830348 122837333 RP11-144J4.1; ENSG00000130779.13 chr12 122739619 122740275 RP11-512M8.6; ENSG00000139719.4 chr12 122692326 122750970 RP11-512M8.5; ENSG00000139719.4 chr12 122692326 122750970 RP11-512M8.5; ENSG00000184047.11 chr12 122217514 122241309 RP11-347I19.3; ENSG00000139725.2 chr12 121633051 122226808 AC084018.1; ENSG00000139725.2 chr12 121633051 122226808 AC084018.1; ENSG00000139714.8 chr12 109549023 109563369 RP11-443D10.3; ENSG00000076555.10 chr12 121633051 122226808 AC084018.1; ENSG00000089094.10 chr12 109541772 109545809 RP11-443D10.2; ENSG00000076248.4 chr12 121633051 122226808 AC084018.1; ENSG00000089053.7 chr12 107108702 107126844 RP11-482D24.3; ENSG00000257545.1 chr12 121633051 122226808 AC084018.1; ENSG00000110931.12 chr12 107074536 107078478 RP11-482D24.2; ENSG00000257545.1 chr12 123736575 123746030 RP11-282O18.3; ENSG00000111328.2 chr12 106639391 106640734 RP11-651L5.2; ENSG00000136026.9 chr12 123459867123459867 123467454 123467454 RP11-197N18.2; RP11-197N18.2; ENSG00000111325.12 ENSG00000182196.8 chr12 chr12 104424522 104426026 AC078819.1; ENSG00000120820.8 chr12 lncRNA gene Protein-coding gene − + − − − − − − − + − + − + − − − + − − − − − + + + + − − + − + + − + + − + + + − − − ) contd ( ENSG00000256028.1ENSG00000224665.2 chr12 chr12 ENSG00000198592.2 chr12 ENSG00000223456.2 chr12 ENSG00000256861.1 chr12 ENSG00000256861.1 chr12 ENSG00000256392.1 chr12 ENSG00000214271.2 chr12 ENSG00000214271.2 chr12 ENSG00000256139.1ENSG00000257760.1 chr12 chr12 ENSG00000258189.1 chr12 ENSG00000214271.2 chr12 ENSG00000256486.1 chr12 ENSG00000258337.1 chr12 ENSG00000214271.2 chr12 ENSG00000257918.1 chr12 ENSG00000256031.1 chr12 ENSG00000214271.2 chr12 ENSG00000257711.1 chr12 ENSG00000235423.2 chr12 Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000249753.2 chr12 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000224665.2 chr12 ENSG00000256571.1 chr12 ENSG00000225195.2 chr12 ENSG00000250280.2 chr12 ENSG00000228144.2 chr12 ENSG00000228144.2 chr12 ENSG00000256325.1 chr12 ENSG00000257181.1 chr12 ENSG00000258052.1 chr12 ENSG00000258052.1 chr12 ENSG00000257454.1ENSG00000258064.1 chr12 chr12 ENSG00000258064.1 chr12 ENSG00000257922.1 chr12 ENSG00000205056.6 chr12 ENSG00000257196.1ENSG00000258303.1 chr12 ENSG00000257293.1 chr12 chr12 ENSG00000257293.1 chr12 ENSG00000258355.1 chr12 ENSG00000197041.4 chr12

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 45911008 45915505 TPT1; 2053281021950263 2066596824895264 22033509 ZMYM2; 33006924 24895566 ZDHHC20; 33112970 AL359736.1; N4BP2L2; 3367730733677307 33859892 33859892 STARD13; STARD13; 4148229442846289 41495910 42897396 SUGT1P3; AKAP11; 44717679 44735393 RP11-478K15.4; 5027344776445187 5036705792050929 76457947 KPNA3; 96453834 93519490 AL359392.1; 98795434 96705736 GPC5; 99102455 99102023 UGGT2; 99853028 99230194 FARP1; 100038688 STK24; UBAC2; 19600141 19606766 RP11-301J16.2; 20248896 20357142 PSPC1; 111530887 111567416 ANKRD10; 101183801 101241782 A2LD1; 102375035 103054124 FGF14; 124456392 124499974 ZNF664; 107822318 108519083 FAM155A; 124773710 124800570 FAM101A; 125261606 125367214 SCARB1; 128751948 129192460 TMEM132C; 102104966 102371145 ITGBL1; 100258919 100549387 CLYBL; 129556270 130388211 TMEM132D; 129556270 130388211 TMEM132D; 129556270 130388211 TMEM132D; 130880682 131200826 RIMBP2; 130880682 131200826 RIMBP2; 131274145 131323811 STX2; 131438452 131626014 GPR133; 133200345 133413387 POLE; 133345495 133405444 GOLGA3; 133416937 133485772 CHFR; 133416937 133485772 CHFR; 133498047 133532892 ZNF605; 133707161 133736051 ZNF10; 133707570 133783698 ZNF268; + − − − − − − + − − + + − − − − − + + − + − + + − + + − − − − − − + − − − − − + − + − 21951116 21952013 ZDHHC20-IT1; ENSG00000180776.11 chr13 45911615 45911744 RP11-290D2.4; ENSG00000133112.12 chr13 20651665 20653696 ZMYM2-IT1; ENSG00000121741.10 chr13 2488986333066436 2489573633732724 33072629 C1QTNF9-AS1; 33738546 N4BP2L2-IT1; ENSG00000205850.6 STARD13-IT1; ENSG00000244754.3 chr13 ENSG00000133121.13 chr13 chr13 3376407841400485 33859873 41495885 RP11-81F11.3; RP11-471M10.1; ENSG00000133121.13 ENSG00000239827.2 chr13 chr13 4284846444720606 42851124 44732358 AKAP11-IT1; RP11-478K15.3; ENSG00000023516.7 ENSG00000139656.5 chr13 chr13 50351804 50354767 KPNA3-IT1; ENSG00000102753.5 chr13 7645284993136859 7645526396567601 93162347 RP11-332E3.2;98980972 96568330 GPC5-IT1;99155296 98985492 ENSG00000178734.4 UGGT2-IT1;99970408 99158256 FARP1-IT1; chr13 99971209 AL356423.1; ENSG00000179399.9 ENSG00000102595.12 UBAC2-IT1; chr13 ENSG00000152767.8 chr13 ENSG00000102572.9 chr13 ENSG00000134882.11 chr13 chr13 1952089520248764 19636858 20250024 PHF2P2; RP11-523H24.3; ENSG00000121390.12 chr13 ENSG00000187721.6 chr13 111547406 111551519 ANKRD10-IT1; ENSG00000088448.9 chr13 131112861 131200826 RP11-662M24.2; ENSG00000060709.8 chr12 101189577 101232371 RP11-151A6.4; ENSG00000134864.5 chr13 102945286 103054799 RP11-347N5.2; ENSG00000102466.10 chr13 124457788 124796476 RP11-522N14.1; ENSG00000179195.9 chr12 108440690 108487799 RP11-346C4.2; ENSG00000204442.1 chr13 124457788 124796476 RP11-522N14.1; ENSG00000178882.7 chr12 125343129 125362549 RP11-592O2.1; ENSG00000073060.9 chr12 128884523 128889359 RP11-553N19.1; ENSG00000181234.8 chr12 102369914 102375456 RP11-397O8.4; ENSG00000198542.6 chr13 100426279 100427543 CLYBL-IT1; ENSG00000125246.10 chr13 130005848 130007308 RP11-337L12.1; ENSG00000151952.10 chr12 130165972 130182772 RP11-174M13.2; ENSG00000151952.10 chr12 130336753 130339489 RP11-572C21.1; ENSG00000151952.10 chr12 130904080 130905564 RP11-117L5.4; ENSG00000060709.8 chr12 131295366 131297167 RP11-989F5.3; ENSG00000111450.9 chr12 131462107 131463313 RP11-243M5.1; ENSG00000111452.8 chr12 133398773 133424778 RP11-46H11.10; ENSG00000177084.9 chr12 133398773 133424778 RP11-46H11.10; ENSG00000090615.7 chr12 133398773 133424778 RP11-46H11.10; ENSG00000072609.10 chr12 133446310 133532890 RP11-46H11.5; ENSG00000072609.10 chr12 133446310 133532890 RP11-46H11.5; ENSG00000196458.5 chr12 133707454 133778956 CTD-2140B24.4; ENSG00000256223.1 chr12 133707454 133778956 CTD-2140B24.4; ENSG00000090612.14 chr12 lncRNA gene Protein-coding gene + − − − − + − − − + − + − − − + + − + + − + − + + − − − − − − − − + − − − − − + + − − ) contd ( ENSG00000236953.1ENSG00000240868.1 chr13 ENSG00000230905.1 chr13 ENSG00000230300.1 chr13 chr13 Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000255906.1 chr12 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000227248.1 chr13 ENSG00000249121.1ENSG00000168852.6 chr13 chr13 ENSG00000255906.1 chr12 ENSG00000229152.1 chr13 ENSG00000226176.1ENSG00000235285.1 chr13 chr13 ENSG00000246139.2 chr12 ENSG00000255137.1 chr13 ENSG00000257025.1 chr12 ENSG00000232584.1 chr13 ENSG00000224798.1 chr13 ENSG00000223458.1ENSG00000236240.1 chr13 ENSG00000237822.1 chr13 ENSG00000225318.1 chr13 ENSG00000250780.1 chr13 ENSG00000203341.3 chr13 ENSG00000233731.1 chr13 chr13 ENSG00000256085.1 chr12 ENSG00000243319.1 chr13 ENSG00000224356.1 chr13 ENSG00000256137.1 chr12 ENSG00000251536.2 chr12 ENSG00000256064.1 chr12 ENSG00000256725.1 chr12 ENSG00000256299.1 chr12 ENSG00000256204.1 chr12 ENSG00000257072.1 chr12 ENSG00000257072.1 chr12 ENSG00000257072.1 chr12 ENSG00000256429.1 chr12 ENSG00000256429.1 chr12 ENSG00000256825.3 chr12 ENSG00000256825.3 chr12 ENSG00000226057.2ENSG00000226352.1 chr13 chr13 ENSG00000230625.1 chr13

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 2115225921152336 2116876121152372 21167130 AL163636.2; 21168757 ANG; RNASE4; 58711549 58738730 PSMA3; 24658363 24682679 RP11-468E2.1; 58862634 58875419 TOMM20L; 59927081 59951148 C14orf149; 24678789 24683075 AL096870.1; 59971957 60043493 C14orf38; 24681945 24685276 MDP1; 19684782 19687529 AL589743.1; 20754387 20774153 TTC5; 24683302 24701558 NEDD8-MDP1; 20779527 20801471 CCNB1IP1; 21051051 21078043 RNASE11; 30045687 30661104 PRKD1; 21058352 21058982 AL163195.1; 35591052 35743271 KIAA0391; 35747839 35786699 PSMA6; 21492268 21504435 TPPP2; 36295524 36401531 BRMS1L; 21484922 21539031 NDRG2; 36295524 36401531 BRMS1L; 21569503 21571417 C14orf176; 36942493 36983034 SFTA3; 24658349 24682679 TM9SF1; 36985602 36990354 NKX2-1; 24658363 24682679 RP11-468E2.1; 37126773 37148920 PAX9; 24658349 24682679 TM9SF1; 37147636 37642071 SLC25A21; 42881776 42998091 RP11-214N1.1; 50091892 50101948 DNAAF2; 51324609 51411454 PYGL; 56955072 57117324 C14orf101; 58466453 58764857 C14orf37; 58741987 58742911 AL132989.1; 111766906 111958084 ARHGEF7; 112240638 112324955 RP11-65D24.2; 113344643 113541482 ATP11A; 113344643 113541482 ATP11A; 114747194 114898086 RASA3; + − + − + − − + − − + − − − − − − + + + + + + + − + + − − − − + − − + − − + + − − + 2115274621152746 21168735 21168735 AL163636.6; AL163636.6; ENSG00000214274.5 ENSG00000181784.11 chr14 chr14 21152746 21168735 AL163636.6; ENSG00000258818.1 chr14 59945992 60043549 RP11-701B16.2; ENSG00000126790.7 chr14 24678852 24685180 CHMP4A; ENSG00000254505.2 chr14 59945992 60043549 RP11-701B16.2; ENSG00000151838.5 chr14 24678852 24685180 CHMP4A; ENSG00000213920.3 chr14 19650018 19718563 AL589743.1; ENSG00000206197.2 chr14 20724717 20755899 CTD-2292M16.2; ENSG00000136319.6 chr14 24678852 24685180 CHMP4A; ENSG00000255526.1 chr14 20789322 20790303 RP11-203M5.4; ENSG00000100814.12 chr14 21052499 21077954 AL163195.3; ENSG00000173464.9 chr14 30421603 30766249 CTD-2251F13.1; ENSG00000184304.10 chr14 21052499 21077954 AL163195.3; ENSG00000258436.1 chr14 35591755 35786680 RP11-561B11.2; ENSG00000100890.9 chr14 21052499 21077954 AL163195.3; ENSG00000206171.1 chr14 – 21058439 21058882 RNASE12; 35591755 35786680 RP11-561B11.2; ENSG00000100902.6 chr14 21492331 21497430 AL161668.5; ENSG00000179636.10 chr14 36343063 36344509 RP11-317N8.3; ENSG00000100916.8 chr14 21510241 21514097 AL161668.12; ENSG00000165795.14 chr14 36367188 36532949 RP11-116N8.1; ENSG00000100916.8 chr14 21567096 21571883 RP11-998D10.8; ENSG00000258495.1 chr14 36942412 36988726 RP11-896J10.3; ENSG00000229415.5 chr14 24674523 24677129 RP11-468E2.2; ENSG00000100926.10 chr14 36942412 36988726 RP11-896J10.3; ENSG00000136352.13 chr14 24674523 24677129 RP11-468E2.2; ENSG00000254692.1 chr14 37126773 37132348 RP11-964E11.3; ENSG00000198807.7 chr14 24678852 24685180 CHMP4A; ENSG00000100926.10 chr14 37566267 37567768 RP11-537P22.2; ENSG00000183032.6 chr14 24678852 24685180 CHMP4A; ENSG00000254692.1 chr14 42832186 43172858 CTD-2307P3.1; ENSG00000258850.1 chr14 50096009 50096608 RP11-649E7.7; ENSG00000165506.10 chr14 51350294 51353947 RP11-218E20.6; ENSG00000100504.11 chr14 56981049 57018027 RP11-624J12.1; ENSG00000070269.9 chr14 58731380 58736399 CTD-2002H8.2; ENSG00000100567.8 chr14 58732083 58764852 RP11-349A22.5; ENSG00000139971.10 chr14 58732083 58764852 RP11-349A22.5; ENSG00000214840.1 chr14 58865275 58893843 RP11-517O13.1; ENSG00000196860.3 chr14 111774999 111796611 ARHGEF7-IT1; ENSG00000102606.11 chr13 113351145 113371989 RP11-144L2.1; ENSG00000068650.12 chr13 112248356 112294426 RP11-65D24.1; ENSG00000204398.4 chr13 113517894 113521222 AL356752.1; ENSG00000068650.12 chr13 114873044 114874295 RASA3-IT1; ENSG00000185989.9 chr13 lncRNA gene Protein-coding gene + + − + − − + − − + − − − − − − + − + + + + + + − + + − − − − + − − − + − − + + − − + ) contd ( Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000233644.1 chr13 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000215881.3 chr13 ENSG00000258782.1 chr14 ENSG00000237030.1 chr13 ENSG00000100931.11 chr14 ENSG00000258782.1 chr14 ENSG00000248470.1 chr13 ENSG00000232487.1 chr13 ENSG00000100931.11 chr14 ENSG00000225210.3 chr14 ENSG00000258768.1 chr14 ENSG00000100931.11 chr14 ENSG00000259085.1 chr14 ENSG00000259060.1 chr14 ENSG00000248975.2 chr14 ENSG00000259060.1 chr14 ENSG00000258790.1 chr14 ENSG00000259060.1 chr14 ENSG00000258790.1 chr14 ENSG00000259171.1ENSG00000259171.1 chr14 ENSG00000258604.1 chr14 chr14 ENSG00000259171.1 chr14 ENSG00000257272.1 chr14 ENSG00000258523.1 chr14 ENSG00000258342.1 chr14 ENSG00000232070.3 chr14 ENSG00000257520.1 chr14 ENSG00000258833.1 chr14 ENSG00000257520.1 chr14 ENSG00000258833.1 chr14 ENSG00000258621.1 chr14 ENSG00000100931.11 chr14 ENSG00000258827.1 chr14 ENSG00000100931.11 chr14 ENSG00000258394.1 chr14 ENSG00000258450.1 chr14 ENSG00000258398.1 chr14 ENSG00000258803.1 chr14 ENSG00000258682.1 chr14 ENSG00000257621.2 chr14 ENSG00000257621.2 chr14 ENSG00000258378.1 chr14

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 96671181 96730266 RP11-404P21.8; 67656110 67695267 FAM71D; 77582911 77725838 TMEM63C; 76618259 76720685 C14orf118; 76368479 76550928 IFT43; 74752126 74769759 ABCD4; 74486056 74549566 C14orf45; 74398204 74417117 FAM161B; 73945191 74025651 HEATR4; 73741815 73930348 NUMB; 73741815 73930348 NUMB; 71047974 71067384 MED6; 9726364197409916 9739805999947506 97411731 VRK1; 100001381 AL133168.2; CCNK; 70924217 70926622 ADAM21; 96671016 96710666 BDKRB2; 70989078 71001732 ADAM20; 96152754 96158967 TCL1B; 70838148 70883778 SYNJ2BP; 90261013 90421121 EFCAB11; 70792102 70826448 COX16; 90095265 90109015 RP11-944C7.1; 64550950 64804830 ESR2; 89591215 90085493 FOXN3; 62229075 62263146 SNAPC1; 88304164 88460009 GALC; 62162231 62214976 HIF1A; 78708734 80330762 NRXN3; 61447832 61550451 SLC38A6; 77564440 77583630 KIAA1737; 61201460 61436671 MNAT1; 77228532 77249354 VASH1; 59971957 60043493 C14orf38; 76618259 76720685 C14orf118; 104941015 105071096 RP11-614O9.3; 100704635100757448 100749129100842755 100772884 YY1; 104710541 100996640 SLC25A29; 104712473 WDR25; C14orf144; 105607318 105635161 JAG2; 105639275105952654 105647660 105955284 NUDT14; CRIP1; + + − + − − − − − + − + + − + + + + + + − + − − + − − − − + − + + + + + + + − + − − + 76669600 76673228 RP11-361H10.4; ENSG00000089916.11 chr14 76437267 76437930 RP11-270M14.5; ENSG00000119650.8 chr14 74755830 74761128 AC005519.4; ENSG00000119688.14 chr14 74498500 74549566 AC005484.5; ENSG00000119636.11 chr14 74362867 74404817 RP5-1021I20.5; ENSG00000156050.4 chr14 73983937 73987352 RP3-414A15.11; ENSG00000187105.2 chr14 73928952 73930331 RP1-240K6.4; ENSG00000133961.12 chr14 73768103 73769589 RP4-647C14.5; ENSG00000133961.12 chr14 71060031 71107921 CTD-2540L5.5; ENSG00000133997.7 chr14 9739770499978838 97409917 99979913 AL133168.3; RP11-688G15.3; ENSG00000090061.12 ENSG00000225163.3 chr14 chr14 97397704 97409917 AL133168.3; ENSG00000100749.3 chr14 96677197 96681155 RP11-404P21.5; ENSG00000258691.1 chr14 70918874 70924555 RP11-486O13.3; ENSG00000139985.4 chr14 96677197 96681155 RP11-404P21.5; ENSG00000168398.5 chr14 70892529 71014181 RP11-486O13.4; ENSG00000134007.2 chr14 96129593 96158967 RP11-1070N10.6; ENSG00000213231.6 chr14 70793069 70883701 RP11-718G2.3; ENSG00000213463.3 chr14 89878656 90421003 RP11-33N16.3; ENSG00000140025.11 chr14 70793069 70883701 RP11-718G2.3; ENSG00000133983.9 chr14 67656149 67667277 RP11-125H8.2; ENSG00000172717.9 chr14 89878656 90421003 RP11-33N16.3; ENSG00000258792.1 chr14 64796149 64805317 RP11-544I20.2; ENSG00000140009.14 chr14 89878656 90421003 RP11-33N16.3; ENSG00000053254.11 chr14 62200856 62242978 RP11-618G20.1; ENSG00000023608.4 chr14 88176763 88338635 RP11-1152H15.1; ENSG00000054983.10 chr14 62200856 62242978 RP11-618G20.1; ENSG00000100644.10 chr14 79666325 79667975 RP11-588P7.1; ENSG00000021645.12 chr14 77564654 77691805 RP11-463C8.4; ENSG00000165548.5 chr14 61346432 61449303 RP11-193F5.1; ENSG00000139974.11 chr14 77564654 77691805 RP11-463C8.4; ENSG00000198894.3 chr14 61346432 61449303 RP11-193F5.1; ENSG00000020426.6 chr14 77245295 77248592 RP11-488C13.7; ENSG00000071246.5 chr14 60007401 60031208 RP11-701B16.3; ENSG00000151838.5 chr14 76702160 76729817 RP11-361H10.3; ENSG00000089916.11 chr14 100730118 100731742 RP11-638I2.2; ENSG00000100811.5 chr14 105055358 105056184 RP11-614O9.1; ENSG00000189203.4 chr14 100746296100872936 100757793104689921 100873950 AL157871.2; 104754406 RP11-362L22.1; RP11-260M19.2; ENSG00000176473.9 ENSG00000197119.7 ENSG00000228032.1 chr14 chr14 chr14 105618531 105647531 RP11-44N21.4; ENSG00000184916.4 chr14 105618531 105647531 RP11-44N21.4; ENSG00000183828.8 chr14 105953536 105958604 AL928654.7; ENSG00000213145.5 chr14 lncRNA gene Protein-coding gene + + − + − − − − − − + − + + − + + + + + + − + − − − + − − − + − + + + + + + + − + − + ) contd ( ENSG00000258454.1 chr14 ENSG00000259027.1 chr14 ENSG00000258876.1 chr14 ENSG00000258559.1 chr14 ENSG00000259114.1 chr14 ENSG00000258891.1 chr14 ENSG00000258443.1 chr14 ENSG00000259147.1 chr14 ENSG00000259037.1ENSG00000257622.1 chr14 chr14 ENSG00000259014.1 chr14 ENSG00000258904.1ENSG00000259052.1 chr14 ENSG00000258620.1 chr14 ENSG00000258913.1 chr14 chr14 ENSG00000259115.1 chr14 ENSG00000258825.1ENSG00000258749.1 chr14 chr14 ENSG00000258825.1 chr14 ENSG00000258412.1 chr14 ENSG00000258801.1 chr14 ENSG00000258412.1 chr14 ENSG00000257759.2 chr14 ENSG00000259084.1 chr14 ENSG00000258644.1 chr14 ENSG00000259053.1 chr14 ENSG00000258644.1 chr14 ENSG00000237944.3 chr14 ENSG00000259053.1 chr14 ENSG00000214770.2 chr14 ENSG00000259053.1 chr14 ENSG00000258964.1 chr14 ENSG00000258807.1 chr14 ENSG00000258964.1 chr14 ENSG00000258419.1 chr14 ENSG00000259164.1 chr14 ENSG00000258892.1 chr14 ENSG00000259164.1 chr14 ENSG00000258892.1 chr14 ENSG00000258610.1 chr14 Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000258607.1 chr14 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000257622.1 chr14 ENSG00000257341.1 chr14

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 639357684429 679272 686347 RAB40C; Z84479.1; 1963133 2207069 SMG6; 20120612012061 2014861 2014861 RPS2; RPS2; 35661963575748 35719765402748 3599698 TAX1BP3; 5487832 P2RX5; NLRP1; 6069095 7763340 RBFOX1; 18411799 18441131 RP11-1212A22.2; 89979826 90002505 RP11-566K11.2; 70010291 70099851 RP11-419C5.2; 70010291 70099851 RP11-419C5.2; 68877509 69119083 TMCO7; 96831280 96831660 AC016251.1; 66788879 66835523 CCDC79; 93160673 93353114 FAM174B; 2888980430234258 28915787 30257122 ATP2A1; RP11-347C12.1; 59951345 59981733 BNIP2; 93160673 93353114 FAM174B; 6922283969222839 69349501 69239150 NOX5; SPESP1; 59930261 59949740 GTF2A2; 22490442 22547842 RP11-368J21.2; 4388622543891596 43991420 44020948 CKMT1A; STRC; 43885252 43988917 CKMT1B; 21845890 21892148 RP11-645C24.1; 21413548 21459888 NPIPL3; 18451943 18473188 RP11-1212A22.4; 42566440 42645864 GANC; 15198178 1522545818451943 NPIPP1; 18473188 RP11-1212A22.4; 30875128 32464722 CHRNA7; 14844670 15045931 NPIP; 2678869327216429 27184686 27778373 GABRB3; GABRG3; 14802801 15045901 RP11-719K4.1; 25200135 25245423 SNURF; 1480280114844670 15045901 15045931 RP11-719K4.1; NPIP; 105956192 105965912 C14orf80; − + − − + − − − + − − − + − − − + + − + + − + − − − + − − − + + − + + + + + + − − − + 640257684429 646448 685723 Z98883.2; C16orf13; ENSG00000197562.4 ENSG00000130731.10 chr16 chr16 2118776 2119309 AC130689.5; ENSG00000070366.7 chr17 2012974 2013107 AC005363.7; ENSG00000140988.8 chr16 2012335 2012467 AC005363.8; ENSG00000140988.8 chr16 3566357 3599488 RP11-48B14.2; ENSG00000213977.3 chr17 35663575402759 3599488 5404465 RP11-48B14.2; AC055839.1; ENSG00000083454.15 chr17 ENSG00000091592.8 chr17 6106976 6142955 RP11-509E10.1; ENSG00000078328.12 chr16 93331144 93331702 CTD-2313J17.2; ENSG00000185442.5 chr15 44019116 44039292 CATSPER2P1; ENSG00000242866.3 chr15 89978527 89981576 RP11-566K11.1; ENSG00000258947.1 chr16 70044654 70099848 RP11-106J23.2; ENSG00000226232.3 chr16 70010200 70099851 PDXDC2P; ENSG00000226232.3 chr16 69067578 69069945 RPS2P45; ENSG00000103047.1 chr16 96812001 96870577 AC016251.2; ENSG00000205148.1 chr15 66792202 66835523 AC044802.2; ENSG00000177461.6 chr16 93349000 93351797 CTD-2313J17.1; ENSG00000185442.5 chr15 30234230 30346694 RP11-347C12.2; ENSG00000198064.7 chr16 28897204 28936455 AC109460.2; ENSG00000196296.7 chr16 69222864 69349073 RP11-809H16.1; ENSG00000258484.1 chr15 69222864 69349073 RP11-809H16.1; ENSG00000255346.2 chr15 59936497 59964501 AC092755.4; ENSG00000140299.5 chr15 59936497 59964501 AC092755.4; ENSG00000140307.5 chr15 22448329 22503541 RP11-368J21.1; ENSG00000243716.5 chr16 43891590 43897099 AC011330.12; ENSG00000223572.3 chr15 21890659 21930477 RP11-645C24.2; ENSG00000185864.12 chr16 43891590 43897099 AC011330.12; ENSG00000237289.3 chr15 21458004 21531765 CTD-2547E10.2; ENSG00000169246.11 chr16 18458147 18495797 RP11-1212A22.3; ENSG00000233024.3 chr16 18428257 18488396 RP11-1212A22.1; ENSG00000214940.4 chr16 18428257 18488396 RP11-1212A22.1; ENSG00000233024.3 chr16 42640301 42704515 RP11-164J13.1; ENSG00000214013.4 chr15 15219099 15248421 PKD1P6; ENSG00000188599.12 chr16 31685046 31696932 AC104759.1; ENSG00000175344.9 chr15 15005408 15029565 RP11-958N24.1; ENSG00000183426.10 chr16 27667527 27673484 RP11-100M12.2; ENSG00000182256.8 chr15 15005408 15029565 RP11-958N24.1; ENSG00000224712.4 chr16 26902177 26903910 AC011196.3; ENSG00000166206.8 chr15 14995356 14996031 RP11-719K4.5; ENSG00000183426.10 chr16 25224704 25664609 UBE3A-AS1; ENSG00000214265.5 chr15 14995356 14996031 RP11-719K4.5; ENSG00000224712.4 chr16 105953536 105958604 AL928654.7; ENSG00000185347.12 chr14 lncRNA gene Protein-coding gene − − + − − − − + − + − − − − − + + + − − − + + − + − − − − + − + + + + − + + + − − + + ) contd ( ENSG00000236457.1ENSG00000257950.2 chr17 chr17 ENSG00000255773.1 chr16 ENSG00000255185.1 chr16 ENSG00000255066.1ENSG00000257180.1 chr16 chr16 ENSG00000255278.1 chr16 ENSG00000196696.6 chr16 ENSG00000250607.1ENSG00000249124.3 chr16 chr16 ENSG00000244378.1 chr16 ENSG00000247809.2 chr15 ENSG00000249961.2 chr16 ENSG00000258922.1 chr15 ENSG00000183604.8 chr16 ENSG00000137808.10ENSG00000258382.1 chr15 chr15 ENSG00000137808.10 chr15 ENSG00000245192.1 chr16 ENSG00000227161.1 chr15 ENSG00000205771.2ENSG00000227161.1 chr15 chr15 ENSG00000237296.5 chr16 ENSG00000240430.1 chr15 ENSG00000185710.5 chr16 ENSG00000180747.11 chr16 ENSG00000240430.1 chr15 ENSG00000254681.2 chr16 ENSG00000205746.5 chr16 ENSG00000205746.5 chr16 ENSG00000258461.1 chr15 ENSG00000250251.2 chr16 ENSG00000246638.1 chr15 ENSG00000183458.8 chr16 ENSG00000259152.1 chr15 ENSG00000183458.8 chr16 ENSG00000235518.2 chr15 ENSG00000257264.1 chr16 ENSG00000224078.3 chr15 Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000257341.1 chr14 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000257950.2ENSG00000170233.3 chr17 chr17 ENSG00000257264.1 chr16

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 7623039 7737058 DNAH2; 2896754 2944969 ZNF77; 40351186 40428725 STAT5B; 18601311 18639432 TRIM16L; 16284113 16286054 UBB; 46626232 46667634 HOXB3; 44594069 44657088 ARL17A; 43699267 43913193 CRHR1; 39775692 39943183 JUP; 35441923 35766902 ACACA; 26691378 26728046 SARM1; 26684646 26708716 TMEM199; 20739760 20799453 CCDC144NL; 19140690 19240028 EPN2; 18427880 18430160 FAM106A; 16832849 16875402 TNFRSF13B; 16592851 16707767 CCDC144A; 16318888 16340317 TRPV2; 15635570 15647766 TBC1D26; 15602891 15640874 ZNF286A; 10438391 10441173 AC005323.1; 73975301 73996667 AC040980.1; 64298944 64801114 PRKCA; 57697219 57773671 CLTC; 46684590 46710934 HOXB7; 46698518 46703839 HOXB9; 46688446 46692653 HOXB8; 46684590 46710934 HOXB7; 46652875 46657473 HOXB4; 46626232 46667634 HOXB3; 46671639 46682354 HOXB6; 46668619 46671323 HOXB5; 46652875 46657473 HOXB4; 12251032 12267546 AC022415.5; 73996987 74002078 CDK3; 12251032 12267546 AC022415.5; 12241300 12251222 ZNF20; 12154620 12167127 ZNF878; 12154620 12163754 AC022415.4; 12125547 12146556 ZNF433; 75084831 75213183 SEC14L1; − − + − − − + + − + + − − + + + + + + + + + + − − − − − − − − − + − − − − − + − − 7657638 7658294 RP11-199F11.1; ENSG00000183914.8 chr17 2915144 2917105 AC006277.2; ENSG00000175691.6 chr19 46632895 46682274 RP11-357H14.17; ENSG00000120093.6 chr17 44636196 44640161 AC138645.1; ENSG00000185829.9 chr17 43697976 43715325 AC126544.1; ENSG00000120088.9 chr17 40423352 40424701 AC003104.1; ENSG00000173757.4 chr17 39782579 39796451 KRT42P; ENSG00000173801.11 chr17 35500531 35501387 HMGB1P24; ENSG00000132142.13 chr17 26684670 26708716 CTB-96E2.3; ENSG00000004139.8 chr17 26684670 26708716 CTB-96E2.3; ENSG00000244045.3 chr17 20747401 20747792 AC126365.7; ENSG00000205212.3 chr17 19174706 19177701 EPN2-IT1; ENSG00000072134.9 chr17 18601367 18639432 AC026271.1; ENSG00000108448.12 chr17 18414535 18445234 AC107983.1; ENSG00000213077.5 chr17 16826229 16838153 TBC1D27; ENSG00000240505.2 chr17 16689803 16719854 AC022596.1; ENSG00000170160.10 chr17 16330788 16332033 AC093484.4; ENSG00000187688.8 chr17 16285881 16287220 AC093484.6; ENSG00000170315.6 chr17 15603055 15648092 AC005324.8-001; ENSG00000214946.7 chr17 15603055 15648092 AC005324.8-001; ENSG00000187607.9 chr17 10286461 10527704 AC005323.1; ENSG00000214970.1 chr17 73975312 74002080 TEN1; ENSG00000257949.1 chr17 64672475 64673522 AC006947.1; ENSG00000154229.6 chr17 57707431 57709331 CLTC-IT1; ENSG00000141367.5 chr17 46709837 46709938 AC103702.2; ENSG00000120087.6 chr17 46684989 46716647 RP11-357H14.19; ENSG00000170689.7 chr17 46684989 46716647 RP11-357H14.19; ENSG00000120068.4 chr17 46684989 46716647 RP11-357H14.19; ENSG00000120087.6 chr17 46656992 46659621 RP11-357H14.16; ENSG00000182742.5 chr17 46656992 46659621 RP11-357H14.16; ENSG00000120093.6 chr17 46632895 46682274 RP11-357H14.17; ENSG00000108511.7 chr17 46632895 46682274 RP11-357H14.17; ENSG00000120075.5 chr17 46632895 46682274 RP11-357H14.17; ENSG00000182742.5 chr17 73975312 74002080 TEN1; ENSG00000250506.1 chr17 12252621 12254137 CTC-359D24.3; ENSG00000257591.1 chr19 12242932 12267546 ZNF625; ENSG00000132010.9 chr19 12128703 12163782 CTD-2006C1.10; ENSG00000232371.1 chr19 12128703 12163782 CTD-2006C1.10; ENSG00000257446.1 chr19 74485424 74488575 AC015802.1;12128703 12163782 CTD-2006C1.10; ENSG00000129667.6 ENSG00000197647.7 chr17 chr19 - 74466976 74497508 RHBDF2; 75084755 75091068 NCRNA00338; ENSG00000129657.6 chr17 12242932 12267546 ZNF625; ENSG00000257591.1 chr19 lncRNA gene Protein-coding gene − − + − − − + + − + + − − + + + + + + + + + + − − − − − − − − − + − − − − − − − + − ) contd ( ENSG00000257487.1 chr17 ENSG00000257487.1 chr17 ENSG00000232300.1 chr17 ENSG00000204650.5 chr17 ENSG00000236194.1 chr17 ENSG00000214514.2 chr17 ENSG00000254982.1 chr17 ENSG00000258924.1 chr17 ENSG00000258924.1 chr17 ENSG00000227287.1 chr17 ENSG00000226966.1 chr17 ENSG00000240984.1 chr17 ENSG00000233327.3 chr17 ENSG00000128438.4 chr17 ENSG00000188933.5 chr17 ENSG00000239203.1 chr17 ENSG00000249281.1 chr17 ENSG00000255104.1 chr17 ENSG00000255104.1 chr17 ENSG00000249095.1 chr17 Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000240480.1 chr17 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000108504.9 chr17 ENSG00000229330.1 chr17 ENSG00000229507.1 chr17 ENSG00000258217.1 chr17 ENSG00000257574.1 chr17 ENSG00000257574.1 chr17 ENSG00000257574.1 chr17 ENSG00000257178.1 chr17 ENSG00000257178.1 chr17 ENSG00000257487.1 chr17 ENSG00000257487.1 chr17 ENSG00000108504.9 chr17 ENSG00000242615.1 chr19 ENSG00000213297.4 chr19 ENSG00000257355.1 chr19 ENSG00000257355.1 chr19 ENSG00000250233.1 chr17 ENSG00000253392.1ENSG00000257355.1 chr19 chr19 ENSG00000234912.2 chr17 ENSG00000213297.4 chr19

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 52114781 52150151 SIGLEC5; 1505230115121539 1505326015160291 15134083 OR7C2; 15197791 15166900 CCDC105; 15218214 15199032 CASP14; 15636144 15225789 OR1I1; 15726029 15663127 SYDE1; 15751695 15740448 CYP4F22; 15783567 15773634 CYP4F8; 15838834 15807984 CYP4F3; 15852203 15839862 CYP4F12; 15904761 15853153 OR10H2; 16059818 15905892 OR10H3; 16124067 16060768 OR10H5; 16178317 16152945 OR10H4; 16222490 16213813 AC004790.1; 16244838 16244443 TPM4; 16296235 16269344 RAB8A; 16308665 16302855 HSH2D; 16435651 16346156 FAM32A; 16438337 AP1M1; KLF2; 1660720516124067 1663216318307594 16152945 C19orf44; 19256377 18314839 AC004790.1; 19287712 19303400 RAB3A; 23945807 19303400 MEF2B; 35485688 24010937 MEF2BNB; 35896509 35517375 RPSAP58; 36103646 35907742 GRAMD1A; 36203830 36116251 AC002511.1; 36203830 36207940 HAUS5; 36494209 36207940 ZBTB32; 36500023 36499695 ZBTB32; 37902062 36505145 C19orf46; 45910591 37958339 ALKBH6; 48799714 45982086 ZNF569; 48825130 ERCC1; CCDC114; 5343172854573201 5346607654610320 54584634 ZNF321P; 54619055 TARM1; TFPT; 5214582353005099 5215005453430388 53015407 SIGLEC14; 53466164 ZNF578; ZNF816; + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + − − − + + + + + + − − − − − − − − − − + − 1505024615050246 1674890515050246 16748905 AC020911.1;15050246 16748905 AC020911.1;15050246 16748905 AC020911.1;15050246 16748905 AC020911.1;15050246 16748905 AC020911.1; ENSG00000160994.215050246 16748905 AC020911.1; ENSG00000105141.315050246 16748905 chr19 AC020911.1; ENSG00000094661.215050246 16748905 chr19 AC020911.1; ENSG00000105137.715050246 16748905 chr19 AC020911.1; ENSG00000171954.515050246 16748905 chr19 AC020911.1; ENSG00000186526.615050246 16748905 chr19 AC020911.1; ENSG00000186529.715050246 16748905 chr19 AC020911.1; ENSG00000186204.815050246 16748905 chr19 AC020911.1; ENSG00000171942.315050246 16748905 chr19 AC020911.1; ENSG00000171936.115050246 16748905 chr19 AC020911.1; ENSG00000172519.815050246 16748905 chr19 AC020911.1; ENSG00000176231.115050246 16748905 chr19 AC020911.1; ENSG00000167459.9 16748905 chr19 AC020911.1; ENSG00000167460.9 chr19 AC020911.1; ENSG00000167461.6 chr19 ENSG00000196684.6 chr19 ENSG00000105058.6 chr19 ENSG00000072958.3 chr19 ENSG00000127528.4 chr19 chr19 15050246 16748905 AC020911.1; ENSG00000127529.7 chr19 1612609718313148 1613872319256376 18314845 AC004790.2;19256376 19302937 AC068499.6;23945746 19302937 MEF2BNB-MEF2B;35500023 24016116 MEF2BNB-MEF2B; ENSG00000213999.735897487 35501430 RP11-255H23.2; ENSG00000167459.9 ENSG00000254901.136103665 35900395 AC020907.6; ENSG00000105649.3 chr19 36195429 36116251 chr19 AC002511.1; chr19 36195461 36205962 ENSG00000205246.4 chr19 AC002115.6;36499540 36204444 AD000671.1;36499540 chr19 36505137 AC002314.3; ENSG00000089351.737957641 36505137 AC002116.5; ENSG00000205786.245976341 37960165 chr19 AC002116.5; ENSG00000249115.248807338 45978414 chr19 ENSG00000011590.8 AC008806.2;52133354 48825151 chr19 AC138128.1; ENSG00000011590.8 52148798 chr19 CTC-241F20.2; ENSG00000181392.9 chr19 AC018755.13; ENSG00000239382.4 chr19 ENSG00000196437.5 chr19 ENSG00000012061.9 ENSG00000105479.10 chr19 chr19 ENSG00000105501.5 chr19 chr19 15050246 16748905 AC020911.1; ENSG00000105072.3 chr19 5457807754617086 54579813 54617594 AC012314.2; AC012314.6; ENSG00000248385.2 ENSG00000105619.8 chr19 chr19 53430388 53445854 ZNF816-ZNF321P; ENSG00000221874.4 chr19 5213335452956829 5214879853430388 53016982 AC018755.13; 53445854 AC010506.1; ZNF816-ZNF321P; ENSG00000254415.2 ENSG00000180257.8 ENSG00000258405.1 chr19 chr19 chr19 lncRNA gene Protein-coding gene + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + − − − + + + + + + − − − − − − + − − − + − − ) contd ( ENSG00000246896.2ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000246896.2 chr19 chr19 Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000246896.2 chr19 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000205396.5ENSG00000250638.1 chr19 ENSG00000064489.15 chr19 ENSG00000064489.15 chr19 ENSG00000233836.3 chr19 ENSG00000253950.2 chr19 ENSG00000205188.4 chr19 ENSG00000089336.6 chr19 ENSG00000239352.1 chr19 ENSG00000241762.1 chr19 ENSG00000248101.2 chr19 ENSG00000248101.2 chr19 ENSG00000240185.1 chr19 ENSG00000248000.2 chr19 ENSG00000248146.1 chr19 ENSG00000258669.1 chr19 chr19 ENSG00000249182.1ENSG00000231374.1 chr19 chr19 ENSG00000258669.1ENSG00000241600.2 chr19 ENSG00000213801.4 chr19 ENSG00000213801.4 chr19 chr19

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 814358 826922 FAM110A; 8112824 8949003 PLCB1; 1093906 1149022 PSMF1; 14228071451386 1448417 1472233 NSFL1C; SIRPB2; 24422802462463 24514992632791 25053482632791 SNRPB; 2639039 ZNF343; 2639039 NOP56; NOP56; 62681189 62703700 TCEA2; 31175281 31196695 RP11-410N8.4; 43595115 43708600 STK4; 34114799 34117481 C20orf173; 62290756 62330051 TNFRSF6B; 62289163 62328416 AL353715.1; 62189439 62205592 RP4-697K14.7; 57570240 57582302 CTSZ; 57264187 57294294 NPEPL1; 57264187 57294294 NPEPL1; 57226328 57254582 STX16; 49620193 49639666 KCNG1; 44994688 45061704 ELMO2; 44650329 44688789 SLC12A5; 32581452 32696114 RALY; 44034697 44039250 DBNDD2; 43990577 44005438 SYS1; 30795683 30826470 POFUT1; 30102231 30157370 HM13; 36130816 36156333 BLCAP; 23016057 23017314 SSTR4; 58208735 58220579 ZNF154; 13976015 16033842 MACROD2; 33866714 33872788 EIF6; 58053208 58071207 AC003682.1; 10015689 10037410 ANKRD5; 33703160 33865928 EDEM2; 54844456 54850421 LILRA4; 19161284 19191703 C21orf91; 32951041 33099198 ITCH; 54818353 54824409 LILRA5; 10906201 11029719 TPTE; 32868074 32899608 AHCY; 62887048 62926855 PCMTD2; + + + − − + + + − − + + + + + + + + + − + − − + − − − − + + + − − + + − − − + − − − + 826100 837992 RP11-276A18.2; ENSG00000125898.7 chr20 1146924 1160596 RP4-545L17.7; ENSG00000125818.10 chr20 1433765 1454487 RP4-776F14.3; ENSG00000088833.11 chr20 14337652447858 1454487 2489553 RP4-776F14.3; RP4-734P14.4; ENSG00000196209.6 ENSG00000125835.12 chr20 chr20 24478582637270 24895532637585 26373408229351 RP4-734P14.4; 26376569966736 SNORD56; 8237564 SNORD57; ENSG00000088876.7 10023864 RP5-997K18.1; RP5-839B4.8; chr20 ENSG00000101361.9 ENSG00000182621.11 ENSG00000101361.9 ENSG00000132623.10 chr20 chr20 chr20 chr20 31169765 31181702 RP11-410N8.1; ENSG00000204393.3 chr20 62688156 62688437 RP13-152O15.5; ENSG00000171703.12 chr20 62290653 62330037 RTEL1; ENSG00000243509.2 chr20 62290653 62330037 RTEL1; ENSG00000258366.2 chr20 62198794 62199958 RP4-697K14.12; ENSG00000130589.11 chr20 57572451 57573051 RP4-543J19.8; ENSG00000101160.8 chr20 57285851 57286689 RP11-261P9.4; ENSG00000215440.7 chr20 57226490 57290466 STX16-NPEPL1; ENSG00000215440.7 chr20 57226490 57290466 STX16-NPEPL1; ENSG00000124222.15 chr20 49620194 49624577 RP5-955M13.3; ENSG00000026559.8 chr20 45042867 45087915 RP5-981L23.1; ENSG00000062598.12 chr20 44650415 44656438 RP11-465L10.7; ENSG00000124140.7 chr20 32668955 32669754 RP1-64K7.4; ENSG00000125970.7 chr20 43991840 44039250 SYS1-DBNDD2; ENSG00000244274.3 chr20 43991840 44039250 SYS1-DBNDD2; ENSG00000204070.5 chr20 30822717 30824519 RP11-392M18.5; ENSG00000101346.6 chr20 43706477 43708618 RP1-211D12.3; ENSG00000101109.7 chr20 30150969 30151879 HM13-IT1; ENSG00000101294.11 chr20 36120874 36137633 RP11-425M5.5; ENSG00000166619.7 chr20 23012179 23019873 RP4-753D10.3; ENSG00000132671.4 chr20 34108569 34117481 RP3-477O4.5; ENSG00000125975.8 chr20 58208735 58220562 AC003006.1; ENSG00000179909.9 chr19 14535030 14609554 NCRNA00227; ENSG00000172264.12 chr20 33805628 33867846 MT1P3; ENSG00000242372.2 chr20 58053208 58071231 ZNF550; ENSG00000251369.2 chr19 33805628 33867846 MT1P3; ENSG00000088298.7 chr20 54820182 54848439 AC008984.2; ENSG00000239961.1 chr19 19135632 19164840 NCRNA00285; ENSG00000154642.6 chr21 33038735 33042357 ITCH-IT1; ENSG00000078747.7 chr20 54820182 54848439 AC008984.2; ENSG00000187116.9 chr19 10996026 11098980 BAGE2; ENSG00000166157.11 chr21 32822646 32868979 RP4-785G19.5; ENSG00000101444.7 chr20 62921738 62944485 NCRNA00266-1; ENSG00000203880.6 chr20 lncRNA gene Protein-coding gene + + + + − − + + + − − + + + + + + + + − + − + − − + − − − + + + + + − − − − − + − − − ) contd ( ENSG00000149656.4 chr20 ENSG00000237371.1 chr20 ENSG00000026036.16 chr20 ENSG00000026036.16 chr20 ENSG00000241624.1 chr20 ENSG00000249313.1 chr20 ENSG00000254419.1 chr20 ENSG00000254995.4 chr20 ENSG00000254995.4 chr20 ENSG00000248832.1 chr20 ENSG00000215452.3 chr20 ENSG00000250917.1 chr20 ENSG00000240742.1 chr20 ENSG00000229472.1 chr20 ENSG00000254806.1 chr20 ENSG00000228156.1 chr20 ENSG00000254806.1 chr20 ENSG00000243952.1 chr20 ENSG00000240848.1 chr20 ENSG00000243473.1ENSG00000258950.1 chr20 chr20 ENSG00000235313.1 chr20 ENSG00000235167.1 chr20 ENSG00000251390.1 chr20 ENSG00000258950.1ENSG00000256566.1 chr20 chr20 ENSG00000234646.1 chr20 ENSG00000242507.2 chr20 ENSG00000249233.2 chr19 ENSG00000256566.1ENSG00000229686.1 chr20 ENSG00000226572.1 chr20 ENSG00000225479.1 chr20 ENSG00000243961.1 chr20 chr20 ENSG00000227927.1 chr20 ENSG00000126005.9 chr20 ENSG00000105132.8 chr19 ENSG00000126005.9 chr20 ENSG00000248166.1 chr19 ENSG00000240770.1 chr21 ENSG00000231795.1 chr20 Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000248166.1 chr19 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000187172.10 chr21

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 19165801 19639690 CHODL; 19641433 19858197 TMPRSS15; 30428126 30446118 CCT8; 30566392 31009660 BACH1; 30566392 31009660 BACH1; 30566392 31009660 BACH1; 30566392 31009660 BACH1; 34947783 34961014 DONSON; 35445524 35515334 MRPS6; 35445870 35478559 SLC5A3; 36160098 37357047 RUNX1; 37406839 37451687 SETD4; 37406839 37451687 SETD4; 37692487 37758446 MORC3; 38123493 38362536 HLCS; 39529128 39673748 KCNJ15; 38437942 43816955 TMPRSS3; 42733870 45746674 MX2; 38437942 43816955 TMPRSS3; 38437942 43816955 TMPRSS3; 38437942 43816955 TMPRSS3; 38437942 43816955 TMPRSS3; 3843794238437942 43816955 43816955 TMPRSS3; TMPRSS3; 38437942 43816955 TMPRSS3; 38437942 43816955 TMPRSS3; 38437942 43816955 TMPRSS3; 38437942 43816955 TMPRSS3; 38437942 43816955 TMPRSS3; 38437942 43816955 TMPRSS3; 38437942 43816955 TMPRSS3; 40556102 40693485 BRWD1; 40928369 41034816 B3GALT5; 38437942 43816955 TMPRSS3; 41382926 42219065 DSCAM; 38437942 43816955 TMPRSS3; 38437942 43816955 TMPRSS3; 42539728 42648524 BACE2; 38437942 43816955 TMPRSS3; 38437942 43816955 TMPRSS3; 38996789 39288749 KCNJ6; 38437942 43816955 TMPRSS3; 39323728 39493454 DSCR4; + − − + + + + − + + − − − + − + − + − − − − − − − − − − − − − − + − − − − + − − − − − 40110825 40140898 NCRNA00114; ENSG00000160183.8 chr21 19165805 19183162 AL109761.5; ENSG00000154645.8 chr21 19849676 19858917 AL109763.1; ENSG00000154646.4 chr21 30430394 30431977 AF129075.5; ENSG00000156261.7 chr21 30565801 30660526 NCRNA00189; ENSG00000156273.10 chr21 30723955 30734215 BACH1-IT1; ENSG00000156273.10 chr21 30744821 30745886 BACH1-IT2; ENSG00000156273.10 chr21 30868367 30872706 BACH1-IT3; ENSG00000156273.10 chr21 34931848 34950669 AP000304.2; ENSG00000159147.12 chr21 35445892 35732332 AP000318.2; ENSG00000243927.1 chr21 35445892 35732332 AP000318.2; ENSG00000198743.5 chr21 37085437 37105240 AF015720.3; ENSG00000159216.12 chr21 37426162 37481988 AP000688.1; ENSG00000185917.9 chr21 37441940 37498938 AP000688.14; ENSG00000185917.9 chr21 37732928 37734338 AP000692.9; ENSG00000159256.8 chr21 38176285 38178585 HLCS-IT1; ENSG00000159267.9 chr21 39578250 39580738 DSCR10; ENSG00000157551.12 chr21 42948062 42953246 AP006748.1; ENSG00000160183.8 chr21 43099341 43117496 NCRNA00111; ENSG00000183486.7 chr21 43131680 43135935 C21orf129; ENSG00000160183.8 chr21 38559967 38566227 AP001432.11; ENSG00000160183.8 chr21 39089405 39091872 KCNJ6-IT1; ENSG00000160183.8 chr21 39609139 39610123 AP001434.2; ENSG00000160183.8 chr21 39695557 39705343 AP001422.3; ENSG00000160183.8 chr21 40249215 40328392 AF064858.6; ENSG00000160183.8 chr21 40285093 40287072 AP001044.2; ENSG00000160183.8 chr21 40346355 40349700 AF064858.7; ENSG00000160183.8 chr21 40360633 40378079 AF064858.8; ENSG00000160183.8 chr21 40378574 40383255 AF064858.11; ENSG00000160183.8 chr21 40400461 40401053 AF064858.10; ENSG00000160183.8 chr21 40589019 40591731 BRWD1-IT1; ENSG00000160183.8 chr21 40589019 40591731 BRWD1-IT1; ENSG00000185658.8 chr21 41002198 41098012 AF064860.5; ENSG00000183778.12 chr21 41987304 42002693 DSCAM-IT1; ENSG00000160183.8 chr21 41987304 42002693 DSCAM-IT1; ENSG00000171587.10 chr21 42513427 42520060 NCRNA00323; ENSG00000160183.8 chr21 42548249 42558715 AL773572.7; ENSG00000160183.8 chr21 42552024 42552553 NCRNA00228; ENSG00000182240.9 chr21 42813321 42814669 AP001610.5; ENSG00000160183.8 chr21 42931052 42934885 AP001610.9; ENSG00000160183.8 chr21 39089405 39091872 KCNJ6-IT1; ENSG00000157542.7 chr21 39378846 39382920 DSCR4-IT1; ENSG00000160183.8 chr21 39378846 39382920 DSCR4-IT1; ENSG00000184029.5 chr21 lncRNA gene Protein-coding gene + − − + + + + − + + − − − + − + + − − − − − − − − − − − − − − + − − − − + − − − − − − ) contd ( Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000244676.1 chr21 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000228708.1 chr21 ENSG00000231125.1 chr21 ENSG00000215533.4 chr21 ENSG00000248476.1 chr21 ENSG00000228817.1 chr21 ENSG00000234293.1 chr21 ENSG00000240368.1 chr21 ENSG00000214955.4 chr21 ENSG00000214955.4 chr21 ENSG00000230794.1 chr21 ENSG00000251481.1 chr21 ENSG00000230212.2 chr21 ENSG00000228107.1 chr21 ENSG00000237646.1 chr21 ENSG00000227702.1 chr21 ENSG00000236384.2 chr21 ENSG00000228677.1 chr21 ENSG00000233213.1 chr21 ENSG00000226012.1 chr21 ENSG00000231231.1 chr21 ENSG00000223806.2ENSG00000205622.4 chr21 chr21 ENSG00000234035.1 chr21 ENSG00000232837.1 chr21 ENSG00000235888.1 chr21 ENSG00000237721.1 chr21 ENSG00000237609.1 chr21 ENSG00000237373.1 chr21 ENSG00000237373.1 chr21 ENSG00000225330.1 chr21 ENSG00000233756.1 chr21 ENSG00000233756.1 chr21 ENSG00000226496.1 chr21 ENSG00000225745.4 chr21 ENSG00000224388.1 chr21 ENSG00000228318.1 chr21 ENSG00000232806.1 chr21 ENSG00000223400.1 chr21 ENSG00000233213.1 chr21 ENSG00000223608.1 chr21 ENSG00000223608.1 chr21 ENSG00000233316.3 chr21

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 42733870 45746674 MX2; 29279580 29453475 ZNRF3; 45748827 45759285 C21orf2; 42733870 45746674 MX2; 29901868 29951205 THOC5; 47063608 47362368 PCBP3; 42733870 45746674 MX2; 30279144 31521442 MTMR3; 47655047 47706211 MCM3AP; 38437942 43816955 TMPRSS3; 47878812 47989926 DIP2A; 43218385 43299591 PRDM15; 1615730617660194 16157938 17739125 AP000525.1; CECR1; 4273387042733870 4574667443916128 45746674 MX2; 44001550 MX2; SLC37A1; 1827041818317094 1850732518270418 18507325 XXbac-B461K10.4; 18317094 18507325 MICAL3; 18834061 18507325 XXbac-B461K10.4; 18839322 MICAL3; AC008132.13; 42733870 45746674 MX2; 20099389 20104915 TRMT2A; 43916128 44001550 SLC37A1; 20783528 20850170 KLHL22; 42733870 45746674 MX2; 21477050 21482352 POM121L7; 44299754 44427677 NDUFV3; 23950639 23974508 C22orf43; 42733870 45746674 MX2; 24407642 24574596 CABIN1; 42733870 45746674 MX2; 24863206 24924358 UPB1; 42733870 45746674 MX2; 24951471 24978020 SNRPD3; 42733870 45746674 MX2; 24979718 25024972 GGT1; 45138975 45194151 PDXK; 24979718 25024972 GGT1; 4273387042733870 45746674 45746674 MX2; MX2; 42733870 45746674 MX2; + + − + − + + + − − + − − − + + + − − − − + + − + − + − + − + + + + + + + + + + + + + 4391611843916118 43918313 43918313 AP001625.4; AP001625.4; ENSG00000183486.7 ENSG00000160190.8 chr21 chr21 45621173 45622579 AP001057.1; ENSG00000183486.7 chr21 43136596 43137740 NCRNA00112; ENSG00000183486.7 chr21 29388709 29414608 ZNRF3-IT1; ENSG00000183579.10 chr22 45748827 45750104 AP001062.8; ENSG00000160226.10 chr21 43159533 43161468 AP001615.9; ENSG00000183486.7 chr21 29909878 29931379 CTA-256D12.11; ENSG00000100296.9 chr22 47170542 47172900 AL133492.3; ENSG00000183570.9 chr21 43290742 43292163 AP001619.3; ENSG00000183486.7 chr21 30635183 30636527 RP1-102K2.6; ENSG00000100330.10 chr22 47671463 47674047 AP001469.9; ENSG00000160294.5 chr21 43294865 43297722 AP001619.2; ENSG00000160183.8 chr21 47882384 47889219 DIP2A-IT1; ENSG00000160305.12 chr21 43294865 43297722 AP001619.2; ENSG00000141956.8 chr21 16147979 16193004 AP000525.8; ENSG00000206252.1 chr22 43429303 43445033 NCRNA00318; ENSG00000183486.7 chr21 1773774918465971 1774762318465971 18466385 CECR3;18487036 18466385 XXbac-B476C20.14;18487036 18490074 XXbac-B476C20.14; ENSG00000093100.1218837631 18490074 XXbac-B476C20.13; ENSG00000243156.2 chr22 18848562 XXbac-B476C20.13; ENSG00000093100.12 chr22 AC008103.5; ENSG00000243156.2 chr22 ENSG00000093072.9 chr22 chr22 ENSG00000182356.5 chr22 43928734 43929771 AP001625.5; ENSG00000183486.7 chr21 20098344 20099398 AC006547.8; ENSG00000099899.9 chr22 43928734 43929771 AP001625.5; ENSG00000160190.8 chr21 20829490 20829598 KLHL22-IT1; ENSG00000099910.12 chr22 44373890 44376488 AP001630.1; ENSG00000183486.7 chr21 21468896 21478740 KB-1592A4.15; ENSG00000239511.1 chr22 44373890 44376488 AP001630.1; ENSG00000160194.10 chr21 23974071 23981128 AP000346.2; ENSG00000189269.7 chr22 44783212 44786446 AP001046.6; ENSG00000183486.7 chr21 24497652 24499317 KB-318B8.7; ENSG00000099991.11 chr22 44866481 44873773 NCRNA00319; ENSG00000183486.7 chr21 24912476 24914354 AP000355.2; ENSG00000100024.9 chr22 44885189 44887178 AP001048.4; ENSG00000183486.7 chr21 24951977 25006498 KB-1995A5.13; ENSG00000100028.6 chr22 45141573 45152146 AP001052.9; ENSG00000183486.7 chr21 24951977 25006498 KB-1995A5.13; ENSG00000100031.14 chr22 45141573 45152146 AP001052.9; ENSG00000160209.12 chr21 24994021 24995365 AP000356.2; ENSG00000100031.14 chr22 45595372 45596336 AP001056.1; ENSG00000183486.7 chr21 45670696 45671403 AP001059.5; ENSG00000183486.7 chr21 lncRNA gene Protein-coding gene + − + − + + + − − + − − + − − − − − + + + + − + − + − + − + + + + + + + + + + + + + + ) contd ( Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000232401.1 chr21 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000236883.1 chr21 ENSG00000234208.1 chr22 ENSG00000231820.1 chr21 ENSG00000236545.1 chr21 ENSG00000232530.1 chr22 ENSG00000239415.1 chr21 ENSG00000227698.1 chr21 ENSG00000223692.1 chr21 ENSG00000227698.1 chr21 ENSG00000206195.4 chr22 ENSG00000237232.2 chr21 ENSG00000241832.1ENSG00000235445.1 chr22 ENSG00000235445.1 chr22 ENSG00000234913.1 chr22 ENSG00000234913.1 chr22 ENSG00000161103.6 chr22 chr22 ENSG00000239930.1ENSG00000239930.1 chr21 ENSG00000231867.1 chr21 chr21 ENSG00000243762.1 chr22 ENSG00000231867.1 chr21 ENSG00000255156.1 chr22 ENSG00000248623.1 chr21 ENSG00000197210.6 chr22 ENSG00000248623.1 chr21 ENSG00000211683.2 chr22 ENSG00000225637.1 chr21 ENSG00000232545.1 chr22 ENSG00000188660.3 chr21 ENSG00000228923.1 chr22 ENSG00000223975.1 chr21 ENSG00000256511.1 chr22 ENSG00000241238.1 chr21 ENSG00000256511.1 chr22 ENSG00000241238.1 chr21 ENSG00000230947.2 chr22 ENSG00000237604.1 chr21 ENSG00000235786.1 chr22 ENSG00000232124.1ENSG00000232010.1 chr21 chr21 ENSG00000241728.1 chr21

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 17338942137557 17619742137557 24208462404455 ASMT; 2420846 DHRSX; 2419008 DHRSX; ZBED1; 38093011 38172563 TRIOBP; 39101728 39134304 GTPBP1; 3951617240297086 3954867940742507 40369725 CBX7; 40766595 40764823 GRAP2; 42475695 40806122 ADSL; 42522501 42532261 SGSM3; 42556019 42540472 C22orf32; 45277042 42611448 CYP2D6; 46449749 45405880 TCF20; 46971909 46509808 PHF21B; 49808176 47075688 MIRLET7BHG; 49808176 50051190 GRAMD4; 51007290 50051190 C22orf34; 51017378 51017899 C22orf34; 51039884 CPT1B; CHKB; 3077380830279144 3081776030279144 31521442 RNF215; 30279144 31521442 MTMR3; 30279144 31521442 MTMR3; 31521442 MTMR3; MTMR3; 15706953 15805747 CA5B; 13752832 13787480 OFD1; 3027914431460091 3152144231835349 31500610 MTMR3; 31795509 31892094 SMTN; 31795509 31924726 EIF4ENIF1; 33561991 31924726 DRG1; 34318829 DRG1; LARGE; 1739354317818171 17754114 17879457 NHS; RAI2; 3356199135796056 3431882937764000 35820495 LARGE; 38077680 37823505 MCM5; 38089483 ELFN2; Z83844.2; 3861529838686697 3866904038686697 38794527 TMEM184B; 39101728 38794527 CSNK1E; 39134304 CSNK1E; GTPBP1; + − + + + + − − − + + − − − − + − + + + + + − − − + + + − + + − + − − + − + + − − − + 1746639 1755356 RP13-297E16.3; ENSG00000196433.6 chrX 22523362405023 22544512405023 2407012 DHRSX-IT1; 2407012 RP11-325D5.3; RP11-325D5.3; ENSG00000169084.8 ENSG00000169084.8 ENSG00000214717.4 chrX chrX chrX 34119818 34120898 CTA-282F2.4; ENSG00000133424.14 chr22 39130735 39134995 RP3-508I15.19; ENSG00000100226.11 chr22 39532704 39537189 RP4-742C19.8; ENSG00000100307.8 chr22 4035640140761043 4036068740761043 40786467 RP3-370M22.8;42486937 40786467 RP5-1042K10.13;42532442 42533614 RP5-1042K10.13; ENSG00000100351.11 ENSG00000239900.442610853 42535938 RP4-669P10.18; ENSG00000100359.14 chr22 45396446 42739622 RP4-669P10.16; chr22 46449585 chr22 45399500 ENSG00000183172.6 Z83851.2;46999595 46453090 ENSG00000100197.15 RP4-753M9.1;49965912 chr22 47003264 RP6-109B7.3; chr22 50006305 49969074 AL021392.1;51007298 ENSG00000056487.11 50009364 RP1-29C18.9; ENSG00000100207.1351007298 ENSG00000197182.8 51021394 chr22 RP1-29C18.8; chr22 51021394 CHKB-CPT1B; ENSG00000075240.12 chr22 ENSG00000188511.8 CHKB-CPT1B; chr22 ENSG00000188511.8 ENSG00000205560.8 chr22 ENSG00000100288.15 chr22 chr22 chr22 30770930 30773862 RP1-130H16.16; ENSG00000099999.9 chr22 3088778930994296 3088879131318295 31002674 RP4-539M6.14;31365643 31328436 RP1-56J10.8; 31374831 MORC2-AS1; ENSG00000100330.10 TUG1; chr22 ENSG00000100330.10 ENSG00000100330.10 chr22 chr22 ENSG00000100330.10 chr22 15693055 15721472 CA5BP1; ENSG00000169239.8 chrX 13785519 13785984 GS1-526D21.5; ENSG00000046651.9 chrX 3149786231497862 3150074331832963 31500743 RP3-412A9.10;31850237 31835893 RP3-412A9.10;31857650 31860190 RP11-247I13.7; ENSG00000100330.1033562373 31860190 RP11-247I13.11; ENSG00000183963.12 chr22 33617737 RP11-247I13.8; ENSG00000184708.11 chr22 ENSG00000185721.6 RP1-302D9.4; chr22 ENSG00000185721.6 chr22 ENSG00000133424.14 chr22 chr22 17546558 17605281 RP1-60N8.1; ENSG00000188158.9 chrX 17819784 17855852 RP3-389A20.4; ENSG00000131831.11 chrX 3579613537735624 3580600138082421 37823505 CTA-286B10.7;38082421 38170137 RP1-63G5.5; 38170137 ENSG00000100297.7 NOL12; NOL12; chr22 ENSG00000166897.9 chr22 ENSG00000256872.1 ENSG00000100106.14 chr22 chr22 38616982 38618939 RP1-5O6.6; ENSG00000198792.7 chr22 3873176738783923 3879493439130730 38784862 RP3-449O17.1; 39134770 RP1-5O6.4; RP3-508I15.18; ENSG00000213923.5 chr22 ENSG00000100226.11 ENSG00000213923.5 chr22 chr22 lncRNA gene Protein-coding gene + − + + + + − − − + + − − − − + − + + + + − − − + + + + − + + − − + − + − + + − − − + ) contd ( ENSG00000233899.1 chr22 ENSG00000225528.1ENSG00000254994.1 chr22 ENSG00000254994.1 chr22 ENSG00000237037.3 chr22 ENSG00000232710.1 chr22 ENSG00000249331.1 chr22 ENSG00000230922.1 chr22 ENSG00000241990.1 chr22 ENSG00000249879.1 chr22 ENSG00000213279.2 chr22 ENSG00000235111.1 chr22 ENSG00000254413.4 chr22 ENSG00000254413.4 chr22 ENSG00000249358.1 chr22 chrX Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000241528.1 chr22 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000181123.3ENSG00000223831.1 chr22 ENSG00000235989.2 chr22 ENSG00000253352.2 chr22 chr22 ENSG00000223571.1ENSG00000248421.1 chrX ENSG00000248421.1 chrX ENSG00000225374.1 chrX chrX ENSG00000186312.5 chrX ENSG00000248603.1ENSG00000248603.1 chr22 ENSG00000240529.1 chr22 ENSG00000240591.1 chr22 ENSG00000224623.1 chr22 ENSG00000244472.1 chr22 ENSG00000232081.1 chr22 chr22 ENSG00000235834.1 chrX ENSG00000248906.1 chrX ENSG00000240293.1ENSG00000243902.1 chr22 ENSG00000100101.12 chr22 ENSG00000100101.12 chr22 chr22 ENSG00000251267.1 chr22 ENSG00000244627.1ENSG00000229955.1 chr22 ENSG00000244491.1 chr22 ENSG00000230149.2 chr22 chr22

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 9293012 9344176 AC006156.2; 2709527 2734997 RPS4Y1; 208755720875572354455 2370846 2370846 DHRSX; 2369008 DHRSX; ZBED1; 1683894 1711974 ASMT; 51149767 51151687 CXorf67; 20708557 20750849 HSFY1; 20893326 20935621 HSFY2; 23544840 23613732 CYorf17; 19930978 19988416 CXorf23; 24072833 24096088 EIF2S3; 28605516 29974840 IL1RAPL1; 30671476 30748725 GK; 30671476 30748725 GK; 37208583 38546928 RP5-972B16.2; 53220503 53254604 KDM5C; 24454970 24564028 RBMY1J; 37208583 38546928 RP5-972B16.2; 53458206 53461320 HSD17B10; 62854847 63005426 ARHGEF9; 78003206 78012591 LPAR4; 119727865 119746334 MCTS1; 118533023 118588441 SLC25A43; 113818551 114144624 HTR2C; 131211021 131262048 FRMD7; 151899293152599613 151903184 152618384 MAGEA12; ZNF275; 151301782 151307033 MAGEA10; 148558521 148615470 IDS; 148558521 148615470 IDS; 148558521 148615470 IDS; 148558521 148615470 IDS; 128913894 128929177 SASH3; 147582139 148082193 AFF2; 146993469 147032645 FMR1; 108866929108872579 108868393109437414 108976632 KCNE1L; 109683461 ACSL4; AMMECR1; 140677562 140678899 SPANXA2; 107037451 107037912 NCBP2L; − + + − − − − − + + − + − − − − − + + + + + + − + + + + + + − − − − + + − − + + − 9334896 9342768 FAM197Y3; ENSG00000225516.2 chrY 235502323550232722771 2357012 2357012 RP11-325D5.3; 2800041 RP11-325D5.3; AC006157.2; ENSGR0000169084.8 ENSGR0000214717.4 chrY chrY ENSG00000129824.9 chrY 1696639 1705356 RP13-297E16.3; ENSGR0000196433.6 chrY 2202336 2204451 DHRSX-IT1; ENSGR0000169084.8 chrY 51139363 51208513 RP11-348F1.2; ENSG00000187690.2 chrX 20653626 20709584 AC022486.1; ENSG00000172468.9 chrY 20934594 20990548 AC007379.5; ENSG00000169953.10 chrY 23557034 23563448 RBMY2EP; ENSG00000183146.3 chrY 24455006 24462352 RBMY2FP; ENSG00000226941.3 chrY 19931267 19934282 RP11-24O6.2; ENSG00000173681.10 chrX 24091379 24095525 RP11-479I1.4; ENSG00000130741.5 chrX 28960167 28960685 RP1-146A15.1; ENSG00000169306.5 chrX 30689752 30690283 GS1-484O17.5; ENSG00000198814.7 chrX 30716324 30740049 RP11-242C19.2; ENSG00000198814.7 chrX 37765400 37808658 AL121578.2; ENSG00000250349.3 chrX 53241590 53243861 KDM5C-IT1; ENSG00000126012.7 chrX 38080644 38082920 RP13-43E11.1; ENSG00000250349.3 chrX 53459670 53459979 RP3-339A18.6; ENSG00000072506.8 chrX 62890076 62891382 ARHGEF9-IT1; ENSG00000131089.9 chrX 78003228 78010503 RP11-475D8.1; ENSG00000147145.7 chrX 119745184 119754929 RP4-655L22.2; ENSG00000232119.2 chrX 118556880 118557510 RP3-404F18.5; ENSG00000077713.12 chrX 113992533 113995378 HTR2C-IT1; ENSG00000147246.5 chrX 152617487 152625568 LL0XNC01-37G1.1; ENSG00000063587.11 chrX 151895976 151903136 CSAG4; ENSG00000213401.4 chrX 151282526 151306993 MAGEA5; ENSG00000124260.6 chrX 148614831 148622358 AF011889.4; ENSG00000010404.13 chrX 148614547 148615418 AF011889.6; ENSG00000010404.13 chrX 148593039 148607803 AF011889.2; ENSG00000010404.13 chrX 148564621 148614672 AF011889.5; ENSG00000010404.13 chrX 128928970 128930939 RP4-753P9.3; ENSG00000122122.8 chrX 147628399 147628918 AFF2-IT1; ENSG00000155966.9 chrX 108867473109548648 108877915 109550449 RP1-136J15.3; AMMECR1-IT1; ENSG00000068366.14 ENSG00000101935.5 chrX chrX 147028461 147029103 FMR1-IT1; ENSG00000102081.9 chrX 107020963 107037689 RP5-820B18.3; ENSG00000170935.4 chrX 108867473 108877915 RP1-136J15.3; ENSG00000176076.6 chrX 140590843 140738057 CXorf18; ENSG00000203926.4 chrX lncRNA gene Protein-coding gene + − − − − − + + + − + − − − − − − + + + + + − + + + + + − − − + + + − − + + − + ) contd ( ENSG00000251510.1 chrY ENSG00000248395.1 chrY ENSG00000230066.1 chrY ENSG00000242300.1 chrY ENSGR0000248421.1ENSGR0000248421.1 chrY ENSG00000251037.1 chrY chrY ENSG00000243040.1 chrY ENSGR0000249358.1 chrY ENSGR0000223571.1 chrY ENSG00000243768.1 chrX ENSG00000242599.2 chrX ENSG00000242520.3 chrX ENSG00000241769.2 chrX ENSG00000243604.1 chrX ENSG00000238039.1 chrX ENSG00000251646.1 chrX - 131234662 131261900 RP1-305B16.2; ENSG00000165694.5 chrX ENSG00000241489.2 chrX ENSG00000240143.1 chrX ENSG00000244439.1 chrX ENSG00000237903.1 chrX ENSG00000223444.1 chrX ENSG00000223516.1 chrX Table 1 Sense lncRNA ENSG-IDENSG00000242500.1 chrX chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000240556.1 chrX ENSG00000237994.1 chrX ENSG00000229331.1 chrX ENSG00000241886.1 chrX ENSG00000234018.1 chrX ENSG00000235262.1 chrX ENSG00000243736.1ENSG00000224142.1 chrX chrX ENSG00000236337.1 chrX ENSG00000226679.1 chrX ENSG00000226530.1 chrX ENSG00000233250.1 chrX ENSG00000231729.1 chrX ENSG00000250534.1 chrX ENSG00000249615.1 chrX ENSG00000243736.1 chrX ENSG00000226574.1 chrX

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 9711790 9789172 PIK3CD; 1109264 1133315 TTLL10; 25674152985732 27062803569084 33551853569084 TTC34; 36527653569084 PRDM16; 36527653569084 TP73; 36527656265535 TP73; 36527656484848 TP73; 62813596845384 TP73; 6521430 RNF207; 7827916 ESPN; CAMTA1; 2522078 2564481 MMEL1; 2487078 2497061 TNFRSF14; 2398898 2436969 PLCH2; 9982171 10003465 LZIC; 84124578921061 8877702 89393089908334 RERE; 9908334 ENO1; 9970394 9970394 CTNNBIP1; CTNNBIP1; 13372881337288 13426931353800 13426931656277 MRPL20; 13571491656277 MRPL20; 1677431 RP4-758J18.6; 16774312398898 SLC35E2; SLC35E2; 2436969 PLCH2; 68453846845384 78279167844380 78279168412457 CAMTA1; 7905237 CAMTA1; 8877702 PER3; RERE; 1981909 2116834 PRKCZ; 1112667511126675 11159938 11159938 EXOSC10; EXOSC10; 11166592 11322608 MTOR; 11821844 11849642 C1orf167; 11866207 11903201 CLCN6; 11905766 11908402 NPPA; 10516579 10532583 DFFA; 15573768 15726858 FHAD1; 13801445 13840543 LRRC38; 1557376815853308 15726858 15918874 FHAD1; DNAJC16; 1402669314925200 14151560 15444539 PRDM2; KAZN; − + + + + + + + + − + − − − + − − − − + − − + − − − − − + + + + − + + + + − − + + + + 2113233 2115828 RP11-181G12.2; ENSG00000067606.11 chr1 1108436 1114935 RP11-465B22.6; ENSG00000162571.9 chr1 7501156 7501614 RP4-549F15.1; ENSG00000171735.12 chr1 25640073049491 25680593575502 30502733628764 RP13-436F16.1; 35853363652548 RP1-163G9.2; 36308623652739 ENSG00000215912.5 RP5-1092A11.5; 36639006264900 RP5-1092A11.2; ENSG00000142611.10 ENSG00000078900.9 36544396503094 chr1 TP73-AS1; ENSG00000078900.9 62658407068436 chr1 RP5-1092A11.3; chr1 6507066 RP1-120G22.11; chr1 ENSG00000078900.9 7074339 RP1-202O8.2; ENSG00000158286.8 ENSG00000078900.9 RP11-334N17.1; chr1 ENSG00000187017.10 chr1 chr1 ENSG00000171735.12 chr1 chr1 2564007 2568059 RP13-436F16.1; ENSG00000142606.10 chr1 2481359 2488470 RP3-395M20.8; ENSG00000157873.11 chr1 2424876 2425918 RP3-395M20.3; ENSG00000149527.10 chr1 88659198938894 88671109739858 89399539908376 RP4-633I8.4; 97476329961518 ENO1-AS1; 9910212 RP11-558F24.4; 9962174 ENSG00000142599.13 RP11-84A14.5; ENSG00000171608.9 RP11-84A14.2; ENSG00000074800.8 chr1 ENSG00000178585.10 chr1 ENSG00000178585.10 chr1 chr1 chr1 13349021335799 13374261355625 13374261656054 RP4-758J18.2; 13580711663993 RP4-758J18.3; 1663343 RP4-758J18.7; ENSG00000242485.1 16674142423739 RP1-283E3.3; ENSG00000242485.1 RP1-283E3.8; chr1 ENSG00000235098.4 2424697 chr1 ENSG00000215790.2 RP3-395M20.2; chr1 ENSG00000215790.2 chr1 ENSG00000149527.10 chr1 chr1 7442548 7449814 RP3-453P22.2; ENSG00000171735.12 chr1 78703028484705 7887402 8494898 RP3-467L1.4; RP5-1115A15.1; ENSG00000142599.13 ENSG00000049246.8 chr1 chr1 11159732 11162157 RP4-635E18.6; ENSG00000171824.9 chr1 11128528 11133154 RP4-635E18.7; ENSG00000171824.9 chr1 11203955 11209594 MTOR-AS1; ENSG00000198793.7 chr1 11837134 11839676 RP11-56N19.5; ENSG00000215910.3 chr1 11882854 11883337 RP5-934G17.2; ENSG00000011021.17 chr1 11901074 11908136 NPPA-AS1; ENSG00000175206.6 chr1 10518612 10519395 RP5-1113E3.3; ENSG00000160049.6 chr1 10002981 10010032 RP11-84A14.4; ENSG00000162441.6 chr1 15653176 15670372 RP3-467K16.2; ENSG00000142621.14 chr1 15660662 15661960 RP3-467K16.7; ENSG00000142621.14 chr1 1383971514104760 13842765 14105625 RP4-597A16.2; RP5-1177E19.2; ENSG00000162494.5 ENSG00000116731.15 chr1 chr1 15912631 15930121 RP4-680D5.2; ENSG00000116138.7 chr1 15442448 15478960 C1orf126; ENSG00000189337.10 chr1 lncRNA gene Protein-coding gene + − − − − − − − − + − + + + + − − + + − + + + + + + + + − − − − − − − + + − + − − − − ) contd ( ENSG00000237728.1 chr1 ENSG00000237058.1ENSG00000226286.1 chr1 ENSG00000227589.1 chr1 ENSG00000235131.1 chr1 ENSG00000227372.4 chr1 ENSG00000244553.1 chr1 ENSG00000226944.1 chr1 ENSG00000231868.1 chr1 ENSG00000237365.1 chr1 chr1 ENSG00000237058.1 chr1 ENSG00000238164.2 chr1 ENSG00000230337.1ENSG00000225602.1 chr1 chr1 ENSG00000226849.1 chr1 ENSG00000203469.2 chr1 ENSG00000229393.1 chr1 ENSG00000177553.6 chr1 ENSG00000228423.1ENSG00000230679.1 chr1 ENSG00000231789.1 chr1 ENSG00000223989.1 chr1 ENSG00000234374.1 chr1 ENSG00000228150.1 chr1 chr1 ENSG00000224870.2ENSG00000239298.1 chr1 ENSG00000225905.1 chr1 ENSG00000227775.1 chr1 ENSG00000244250.1 chr1 ENSG00000182873.4 chr1 ENSG00000224387.1 chr1 chr1 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000205231.1 chr1 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000236997.1 chr1 ENSG00000225126.1ENSG00000236266.1 chr1 ENSG00000232912.1 chr1 chr1 ENSG00000242349.1 chr1 ENSG00000236045.1 chr1 ENSG00000229350.1ENSG00000227612.1 chr1 chr1 ENSG00000237301.1 chr1 ENSG00000175147.7ENSG00000233485.1 chr1 chr1

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 21543740 21671997 ECE1; 21069154 21113816 HP1BP3; 20959948 20978004 PINK1; 27992572 27998729 IFI6; 20617412 20681387 VWA5B1; 27730730 27816669 WASF2; 20512578 20522541 UBXN10; 2675877327561007 26797785 27635110 DHDDS; WDTC1; 20140523 20141771 RNF186; 26496362 26498551 ZNF593; 19542158 19578046 KIAA0090; 26187701 26197744 PAQR7; 18434240 18704977 IGSF21; 26145131 26159432 FAM54B; 17733256 17766220 RCC2; 26126667 26144713 SEPN1; 17312453 17338423 ATP13A2; 26145212 26147288 AL020996.1; 17300997 17307330 MFAP2; 25943959 26112698 MAN1C1; 17196254 17198668 BX284668.1; 25226002 25291612 RUNX3; 1645083216524349 16482582 16539140 EPHA2; ARHGEF19; 24829387 24863506 RCAN3; 16330731 16335302 C1orf64; 24645812 24690972 GRHL3; 16174359 16266955 SPEN; 2438252524382525 24438665 24438665 MYOM3; MYOM3; 24069645 24088549 TCEB3; 16068917 16074477 TMEM82; 23907985 23967058 MDS2; 16062900 16067891 SLC25A34; 23345941 23410182 KDM1A; 16062900 16067891 SLC25A34; 23037332 23241818 EPHB2; 28285973 28294607 XKR8; 16010827 16061264 PLEKHM2; 21543740 21671997 ECE1; 28261504 28285668 SMPDL3B; − − + − + − + + + − + − − + + − + − − − + − − − − + + + + − − + + + + + + + + + − + 21592575 21593744 RP3-329E20.2; ENSG00000117298.10 chr1 21069480 21070455 RP5-930J4.4; ENSG00000127483.12 chr1 20969150 20978686 PINK1-AS1; ENSG00000158828.5 chr1 27995979 27996787 RP11-288L9.4; ENSG00000126709.10 chr1 20620704 20649680 RP4-745E8.2; ENSG00000158816.10 chr1 2763325727783709 27634278 27786093 RP11-4K3__A.2; RP4-752I6.1; ENSG00000142784.10 chr1 ENSG00000158195.6 chr1 20510735 20512979 RP3-340N1.5; ENSG00000162543.5 chr1 26789247 26793773 RP3-476K8.3; ENSG00000117682.10 chr1 20140860 20145995 RP11-91K11.2; ENSG00000178828.5 chr1 26496438 26498312 RP11-96L14.7; ENSG00000142684.7 chr1 19536995 19567198 RP1-43E13.2; ENSG00000127463.8 chr1 26186104 26189911 RP1-125I3.2; ENSG00000182749.5 chr1 18493423 18505840 AL359738.1; ENSG00000117154.6 chr1 26143240 26146263 RP1-317E23.3; ENSG00000117640.13 chr1 17733256 17733878 RP1-20B21.4; ENSG00000179051.9 chr1 26143240 26146263 RP1-317E23.3; ENSG00000162430.12 chr1 17305421 17331586 RP1-37C10.3; ENSG00000159363.13 chr1 26140464 26150235 RP1-317E23.6; ENSG00000223474.2 chr1 17305421 17331586 RP1-37C10.3; ENSG00000117122.9 chr1 25971035 25985602 RP1-187B23.1; ENSG00000117643.9 chr1 1652434917197440 16524852 17200587 ARHGEF19-AS1; RP11-108M9.3; ENSG00000142632.10 chr1 ENSG00000196690.2 chr1 25287836 25289588 RP11-84D1.1; ENSG00000020633.13 chr1 16481706 16483824 RP11-276H7.2; ENSG00000142627.9 chr1 24863138 24865371 RP4-594I10.2; ENSG00000117602.6 chr1 16332655 16333166 RP11-5P18.5; ENSG00000183888.4 chr1 2439326424620477 24410055 24648420 RP11-293P20.4; RP11-10N16.3; ENSG00000142661.12 ENSG00000158055.11 chr1 chr1 24367343 24413289 RP11-293P20.2; ENSG00000142661.12 chr1 16160560 16174642 RP11-169K16.9; ENSG00000065526.5 chr1 24086872 24104777 RP5-886K2.3; ENSG00000011007.7 chr1 16066546 16076391 RP11-169K16.4; ENSG00000162460.6 chr1 23940283 23945957 AL451000.1; ENSG00000197880.4 chr1 16066546 16076391 RP11-169K16.4; ENSG00000162461.7 chr1 23346640 23414551 RP1-184J9.2; ENSG00000004487.10 chr1 16049214 16063391 RP11-288I21.1; ENSG00000162461.7 chr1 23162206 23163342 RP11-69E9.1; ENSG00000133216.11 chr1 28265386 28286704 RP11-460I13.2; ENSG00000158156.7 chr1 16049214 16063391 RP11-288I21.1; ENSG00000116786.7 chr1 21619783 21626267 RP5-1071N3.1; ENSG00000117298.10 chr1 28265386 28286704 RP11-460I13.2; ENSG00000130768.8 chr1 lncRNA gene Protein-coding gene + + − − + − − + − − + − + + − − + − + + + − + + + + − − + − + − − − − − − − − − − + ENSG00000231105.1 chr1 ENSG00000236936.1 chr1 ENSG00000203394.2 chr1 ENSG00000227050.1 chr1 ENSG00000117242.7 chr1 ENSG00000225886.1 chr1 ENSG00000226664.1 chr1 ENSG00000240397.1ENSG00000241169.1 chr1 chr1 ENSG00000225986.1 chr1 ENSG00000225891.1 chr1 ENSG00000235434.1 chr1 ENSG00000236782.1 chr1 ENSG00000230424.1 chr1 ENSG00000236528.1 chr1 ENSG00000230035.1 chr1 ENSG00000228172.1 chr1 ENSG00000227751.1 chr1 ENSG00000228172.1 chr1 ENSG00000226526.1 chr1 ENSG00000255054.2 chr1 ENSG00000226526.1 chr1 ENSG00000233478.1 chr1 ENSG00000234166.1ENSG00000228549.1 chr1 chr1 ENSG00000229162.1 chr1 ENSG00000227959.1 chr1 ENSG00000231779.1 chr1 ENSG00000233078.1 chr1 ENSG00000230703.1ENSG00000232298.1 chr1 chr1 ENSG00000225315.1 chr1 ENSG00000179743.2 chr1 ENSG00000236810.1 chr1 ENSG00000224459.1 chr1 ENSG00000247296.1 chr1 ENSG00000224459.1 chr1 ENSG00000240553.1 chr1 ENSG00000237938.1 chr1 ENSG00000225952.1 chr1 ENSG00000227050.1 chr1 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000237938.1 chr1 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 31184124 31196434 MATN1; 32117848 32169920 COL16A1; 28832455 28865708 RCC1; 28879597 28905051 TRNAU1AP; 41972036 42501596 HIVEP3; 4321200643232940 43232755 43264127 LEPRE1; C1orf50; 35225342 35229325 GJB4; 29474255 29508499 SRSF4; 29519385 29557454 MECR; 35246790 35251970 GJB3; 31769842 31837783 ZCCHC17; 35178338 35325417 C1orf212; 32256023 32281652 SPOCD1; 35734568 35887659 ZMYM4; 32372022 32410457 PTP4A2; 36038971 36060929 TFAP2E; 32479430 32526451 KHDRBS1; 36185819 36235568 CLSPN; 3253763232665987 32568467 32670988 TMEM39B; CCDC28B; 32671236 32674288 IQCC; 38259474 38266809 MANEAL; 32757687 32799236 HDAC1; 3832636939328636 38412729 39347289 INPP5B; MYCBP; 32827798 32829913 TSSK3; 39330175 39347289 GJA9; 39351479 39407471 RHBDL2; 33065773 33116504 ZBTB8OS; 33473585 33546597 AK2; 3954698839957318 39952789 39991607 MACF1; BMP8A; 40026488 40042462 PABPC4; 33789224 33896653 PHC2; 40089825 40105617 HEYL; 40361098 40367928 MYCL1; 33789224 33896653 PHC2; 40942887 40962015 ZNF642; 33979609 34631443 CSMD2; 40974413 40982228 DEM1; 4097441341827594 40982228 41849262 DEM1; FOXO6; + + − − + − + − − + + − − − + − + + + − + + + − + − + − − − + − + − − − − − + − + + + 42001114 42001539 RP11-486B10.3; ENSG00000127124.9 chr1 31190940 31199674 RP5-1166H10.2; ENSG00000162510.5 chr1 28905050 28909495 SNHG12; ENSG00000180098.5 chr1 28835514 28837109 AL513497.1; ENSG00000180198.9 chr1 43221886 43222881 RP5-994D16.7; ENSG00000117385.10 chr1 35227027 35253698 RP1-34M23.5; ENSG00000189433.5 chr1 29479001 29479503 RP11-242O24.5; ENSG00000116350.9 chr1 43241484 43242461 RP5-994D16.9; ENSG00000164008.7 chr1 29550445 29551328 RP11-467D18.2; ENSG00000116353.8 chr1 35227027 35253698 RP1-34M23.5; ENSG00000188910.6 chr1 31805914 31819646 RP11-266K22.2; ENSG00000121766.10 chr1 32121710 32125539 RP11-73M7.6; ENSG00000084636.11 chr1 35316295 35317156 RP5-997D16.2; ENSG00000163866.7 chr1 32254731 32256923 RP11-84A19.3; ENSG00000134668.7 chr1 35824423 35831678 RP4-765A10.2; ENSG00000146463.7 chr1 32398621 32399576 RP4-534N18.2; ENSG00000184007.10 chr1 36035414 36043330 RP4-728D4.2; ENSG00000116819.6 chr1 32517892 32539075 RP11-277A4.4; ENSG00000121774.11 chr1 32517892 32539075 RP11-277A4.4; ENSG00000121775.12 chr1 36204990 36209177 RP11-435D7.3; ENSG00000092853.8 chr1 32670370 32672415 RP4-622L5.7; ENSG00000160050.10 chr1 38265392 38266551 RP11-109P14.9; ENSG00000185090.10 chr1 32670370 32672415 RP4-622L5.7; ENSG00000160051.7 chr1 38326369 38327252 RP11-109P14.10; ENSG00000204084.6 chr1 32786799 32788162 RP4-811H24.3; ENSG00000116478.7 chr1 39325672 39385068 RP5-864K19.4; ENSG00000214114.4 chr1 32826871 32829879 RP4-811H24.6; ENSG00000162526.5 chr1 39325672 39385068 RP5-864K19.4; ENSG00000131233.8 chr1 32930658 33066393 RP1-27O5.3; ENSG00000176261.10 chr1 39325672 39385068 RP5-864K19.4; ENSG00000158315.6 chr1 39715510 39723321 RP11-420K8.1; ENSG00000127603.16 chr1 33452676 33498070 RP1-117O3.2; ENSG00000004455.11 chr1 39987952 40011859 RP11-69E11.4; ENSG00000183682.7 chr1 33780296 33791644 RP11-415J8.3; ENSG00000134686.11 chr1 40030832 40038875 RP11-15J6.1; ENSG00000090621.8 chr1 40099088 40099575 RP1-144F13.3; ENSG00000163909.6 chr1 33815953 33828846 RP11-415J8.5; ENSG00000134686.11 chr1 40363417 40364770 RP1-118J21.5; ENSG00000116990.9 chr1 40958829 40974333 RP11-656D10.3; ENSG00000187815.5 chr1 34334554 34351059 AL121980.1; ENSG00000121904.12 chr1 40980133 40980729 RP11-656D10.5; ENSG00000164002.7 chr1 40981426 40982846 RP11-656D10.6; ENSG00000164002.7 chr1 41840676 41841341 RP11-399E6.4; ENSG00000204060.4 chr1 lncRNA gene Protein-coding gene − − + − + − + − + − + + + − + − − − + − − − + − + − + + + − + − + + + + + − + − − − + ) contd ( ENSG00000197989.8 chr1 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000245178.1 chr1 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000234866.1 chr1 ENSG00000227637.1 chr1 ENSG00000228452.1 chr1 ENSG00000237934.1 chr1 ENSG00000255811.1 chr1 ENSG00000186056.4 chr1 ENSG00000229044.1 chr1 ENSG00000235790.1 chr1 ENSG00000230163.1 chr1 ENSG00000254545.1 chr1 ENSG00000227409.1 chr1 ENSG00000228634.1 chr1 ENSG00000239636.1 chr1 ENSG00000203325.3 chr1 ENSG00000203325.3 chr1 ENSG00000232335.1 chr1 ENSG00000224066.1 chr1 ENSG00000233728.1 chr1 ENSG00000224066.1 chr1 ENSG00000230955.1 chr1 ENSG00000235359.1 chr1 ENSG00000228436.1 chr1 ENSG00000225828.1 chr1 ENSG00000228436.1 chr1 ENSG00000254553.1 chr1 ENSG00000228436.1 chr1 ENSG00000226438.1 chr1 ENSG00000236065.2 chr1 ENSG00000182109.3 chr1 ENSG00000225313.1 chr1 ENSG00000228060.1 chr1 ENSG00000225903.1 chr1 ENSG00000233246.1 chr1 ENSG00000236546.1 chr1 ENSG00000238287.1 chr1 ENSG00000231163.1 chr1 ENSG00000227278.1 chr1 ENSG00000238186.1 chr1 ENSG00000255811.1 chr1 ENSG00000229901.1 chr1 ENSG00000230881.1 chr1

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 53711217 53793742 LRP8; 44115829 44171186 KDM4A; 53711217 53793742 LRP8; 53711217 53793742 LRP8; 4328279543282795 4331066043282795 4331066043849588 ERMAP; 4331066043886428 ERMAP; 43855479 ERMAP; 43918321 MED8; SZT2; 4899852748998527 5048958550513686 5048958550905150 AGBL4; 5066945851752930 AGBL4; 5142593551819935 ELAVL4; 5181078851819935 FAF1; 5198500052254863 TTC39A; 5198500052485803 EPS15; 5234447752497775 EPS15; 5252184353527854 NRD1; 5249948853552855 TXNDC12; 5355117453662101 KTI12; 53608289 PODN; 53679869 SLC1A7; CPT2; 47681963 47697892 TAL1; 5524538555315300 55266940 55352921 TTC22; DHCR24; 55007930 55104865 ACOT11; 43916824 43919660 HYI; 4417149544171495 4439683144870866 4439683145205490 ST3GAL3; 4511739645240923 ST3GAL3; 4523343946505812 RNF220; 4524445146505812 KIF2C; 46642160 RPS8; 46642160 PIK3R3; PIK3R3; 4664074547098409 4665163047124366 4713953947124366 TSPAN1; 47184824 ATPAF1; 47184824 KIAA0494; KIAA0494; 5464971454692190 5468660355074855 54879152 MRPL37; 55089229 SSBP3; FAM151A; 4753316047603107 47583991 47615413 CYP4Z1; CYP4A22; + + + − + − − + − − − − − − − + − + − − − − + − + − + + + + + − − − + − − − + − − + + 46641158 46642150 RP11-322N21.2; ENSG00000117472.4 chr1 4330260343307569 4331203343850784 4331205843913447 RP11-342M1.2; 43854826 RP11-342M1.3; 43914315 ENSG00000164010.9 RP1-92O14.6; ENSG00000164010.9 SZT2-AS1; chr1 ENSG00000159479.12 chr1 chr1 ENSG00000198198.8 chr1 43300352 43312093 RP11-342M1.4; ENSG00000164010.9 chr1 4972308350639978 4973495750927141 5064154051795326 RP11-141A19.2; 5093682251927393 RP11-567C20.2; 51800996 ENSG00000186094.1151983981 RP5-850O15.3; 51929088 ENSG00000162374.1252259721 RP11-275F13.1; chr1 5202730152499063 RP11-253A20.1; ENSG00000185104.13 chr1 52264173 ENSG00000085831.1152499063 RP11-191G24.1; 52509951 ENSG00000085832.12 chr1 53535610 RP4-657D16.3; chr1 52509951 ENSG00000085832.1253580248 RP11-91A18.4; chr1 5355117453676128 RP11-91A18.4; ENSG00000078618.13 chr1 5358428153733607 RP11-334A14.5; ENSG00000117862.6 53679447 chr1 RP11-334A14.8; ENSG00000198841.3 53734273 ENSG00000174348.9 RP5-1024G6.2; chr1 ENSG00000162383.7 RP4-784A16.1; chr1 chr1 ENSG00000157184.5 chr1 ENSG00000157193.10 chr1 chr1 49513988 49653257 RP11-141A19.1; ENSG00000186094.11 chr1 47691469 47696422 RP1-18D14.7; ENSG00000162367.6 chr1 55352548 55353674 RP11-67L3.5; ENSG00000116133.6 chr1 55258558 55260578 RP11-67L3.2; ENSG00000006555.6 chr1 55087150 55094111 RP11-240D10.4; ENSG00000162390.12 chr1 4391959844165436 43922666 44173809 RP11-506B15.6; RP11-184I16.2; ENSG00000178922.11 ENSG00000066135.8 chr1 chr1 53753696 53755378 RP4-784A16.2; ENSG00000157193.10 chr1 4417506344964642 4419301445224709 4496900545224709 RP11-184I16.4; 4524148246512490 AL596225.1; 4524148246599043 ENSG00000126091.15 RP11-269F19.2; 46514040 RP11-269F19.2; 46604753 chr1 ENSG00000142945.8 ENSG00000187147.10 RP4-533D7.4; ENSG00000142937.7 RP4-533D7.5; chr1 chr1 ENSG00000117461.10 chr1 ENSG00000117461.10 chr1 chr1 44165436 44173809 RP11-184I16.2; ENSG00000126091.15 chr1 53770208 53773134 RP4-784A16.4; ENSG00000157193.10 chr1 4713750047137500 4713926647139708 47139266 ATPAF1-AS1; 47157770 ATPAF1-AS1; RP11-8J9.4; ENSG00000123472.7 ENSG00000159658.5 chr1 ENSG00000159658.5 chr1 chr1 5475107855074863 54753044 55075796 RP5-997D24.3; RP11-240D10.2; ENSG00000157216.10 ENSG00000162391.5 chr1 chr1 54606897 54665746 RP11-446E24.4; ENSG00000116221.9 chr1 4756232547562325 47644943 47644943 RP1-18D14.3; RP1-18D14.3; ENSG00000186160.4 ENSG00000162365.7 chr1 chr1 lncRNA gene Protein-coding gene − − + − − + − + + + + + + + − + − + + + + + + − + − − − − + + − − + + + + + + − − − − ) contd ( ENSG00000241784.1ENSG00000228192.2 chr1 ENSG00000229431.1 chr1 ENSG00000229372.1 chr1 chr1 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000243153.1 chr1 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000230114.1ENSG00000237337.1 chr1 ENSG00000225767.1 chr1 ENSG00000228298.1 chr1 ENSG00000238140.1 chr1 ENSG00000227070.1 chr1 ENSG00000231730.1 chr1 ENSG00000223390.1 chr1 ENSG00000223390.1 chr1 ENSG00000232993.1 chr1 ENSG00000235563.1 chr1 ENSG00000236723.1 chr1 ENSG00000234578.1 chr1 chr1 ENSG00000229846.1 chr1 ENSG00000242396.1 chr1 ENSG00000237453.1 chr1 ENSG00000229348.1ENSG00000236200.1 chr1 chr1 ENSG00000228838.1 chr1 ENSG00000229444.1ENSG00000250809.1 chr1 ENSG00000225721.1 chr1 ENSG00000225721.1 chr1 ENSG00000226957.1 chr1 ENSG00000227857.1 chr1 ENSG00000250719.1 chr1 chr1 ENSG00000236200.1 chr1 ENSG00000232762.1 chr1 ENSG00000186118.6ENSG00000186118.6 chr1 ENSG00000228237.1 chr1 chr1 ENSG00000225632.1ENSG00000240289.1 chr1 ENSG00000230728.1 chr1 chr1 ENSG00000256407.1 chr1 ENSG00000225506.2ENSG00000225506.2 chr1 ENSG00000226252.1 chr1 chr1

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 7559411975594119 75627218 75627218 LHX8; LHX8; 68511645 68517314 DIRAS3; 55446465 55457966 TMEM61; 68939835 68962904 DEPDC1; 84764049 84855640 SAMD13; 57394883 57431813 C8B; 68939835 68962904 DEPDC1; 57460451 59012406 DAB1; 70034081 70589164 LRRC7; 84964008 84972248 GNG5; 57460451 59012406 DAB1; 70610488 70671303 LRRC40; 57460451 59012406 DAB1; 70671365 70718735 SRSF11; 57460451 59012406 DAB1; 70820488 70851022 HHLA3; 57460451 59012406 DAB1; 71318036 71513491 PTGER3; 57460451 59012406 DAB1; 71528974 71546980 ZRANB2; 59762467 60233347 FGGY; 71868625 72748417 NEGR1; 61330931 61928465 NFIA; 71868625 72748417 NEGR1; 61330931 61928465 NFIA; 74663926 75009666 RP11-653A5.2; 62208149 62629592 INADL; 74663937 75010112 AC093158.1; 63788730 63790797 FOXD3; 75198836 75232362 TYW3; 64239693 64647181 ROR1; 75033795 75139422 C1orf173; 65713902 65881552 DNAJC6; 77747736 78025651 AK5; 66258197 66840259 PDE4B; 78354198 78409580 NEXN; 67278568 67390570 WDR78; 81771845 82458107 LPHN2; 68167149 68299150 GNG12; 81771845 82458107 LPHN2; 68564142 68698803 WLS; + − + − − − + − − − − + − + − − − − + − + − + + + + + + + − + + + + + + − + − + − − 84863514 UOX; ENSG00000203943.4 chr1 1111 8483 58525811 58545946 RP11-393I23.4; ENSG00000173406.10 chr1 61405911 61436448 RP4-668G5.1; ENSG00000162599.10 chr1 77811731 77815270 RP11-375A5.1; ENSG00000154027.14 chr1 55446623 55457947 RP11-12C17.2; ENSG00000143001.4 chr1 68944812 68949222 RP4-694A7.2; ENSG00000024526.11 chr1 57429559 57462430 RP5-1103B4.3; ENSG00000021852.8 chr1 68962359 69004310 RP4-694A7.4; ENSG00000024526.11 chr1 57429559 57462430 RP5-1103B4.3; ENSG00000173406.10 chr1 70479665 70496905 RP11-181B18.1; ENSG00000033122.11 chr1 84971974 85031877 SPATA1; ENSG00000174021.6 chr1 57457023 57480373 RP6-239D12.1; ENSG00000173406.10 chr1 70612804 70617628 RP4-677H15.2; ENSG00000066557.5 chr1 57852248 57853122 RP6-102O10.1; ENSG00000173406.10 chr1 70684272 70686706 RP4-677H15.4; ENSG00000116754.9 chr1 58326215 58333170 RP4-737A23.2; ENSG00000173406.10 chr1 70825245 70826120 RP11-180O5.2; ENSG00000197568.9 chr1 58343974 58346412 RP4-737A23.3; ENSG00000173406.10 chr1 71413062 71417176 RP3-333A15.1; ENSG00000050628.14 chr1 71514538 71532867 RP11-108P2.1; ENSG00000132485.8 chr1 60220419 60254854 RP4-782L23.2; ENSG00000172456.11 chr1 71867530 71873407 RP11-316C12.2; ENSG00000172260.8 chr1 72036639 72039241 RP11-82L20.1; ENSG00000172260.8 chr1 61714617 61719182 RP5-833A20.1; ENSG00000162599.10 chr1 74807263 74844486 RP11-439H8.4; ENSG00000259030.1 chr1 62580420 62584681 RP4-537K17.2; ENSG00000132849.13 chr1 74807263 74844486 RP11-439H8.4; ENSG00000116783.9 chr1 63786555 63790112 RP4-792G4.2; ENSG00000187140.4 chr1 75018088 75218059 RP11-17E13.3; ENSG00000162623.9 chr1 64560125 64636980 RP11-24J23.2; ENSG00000185483.6 chr1 75055419 75087403 RP4-612J11.1; ENSG00000178965.9 chr1 65745139 65772204 RP5-1044H5.1; ENSG00000116675.10 chr1 7559351575595659 75598743 75598261 RP11-510C10.2; RP11-510C10.3; ENSG00000162624.8 ENSG00000162624.8 chr1 chr1 66508183 66516401 RP11-397C12.1; ENSG00000184588.13 chr1 78347033 78355224 C1orf118; ENSG00000162614.13 chr1 67292625 67294241 RP11-342H21.2; ENSG00000152763.11 chr1 81979565 82023387 RP5-837I24.2; ENSG00000117114.14 chr1 68297986 68668670 RP11-518D3.1; ENSG00000172380.5 chr1 82051626 82091398 RP5-837I24.4; ENSG00000117114.14 chr1 6829798668297986 68668670 68668670 RP11-518D3.1; RP11-518D3.1; ENSG00000162595.4 ENSG00000116729.9 chr1 chr1 lncRNA gene Protein-coding gene − + + + + − + + + + − + − + + + + − + − + − − − − − − − + − − − − − − + − + − + + − ) contd ( Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000233271.1 chr1 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000236341.1 chr1 ENSG00000234264.1 chr1 ENSG00000236341.1 chr1 ENSG00000237919.1 chr1 ENSG00000122432.11 chr1 ENSG00000231229.1 chr1 ENSG00000231835.1 chr1 ENSG00000227935.1 chr1 ENSG00000228988.1 chr1 ENSG00000226759.1 chr1 ENSG00000226088.1 chr1 ENSG00000230363.1 chr1 ENSG00000235782.1 chr1 ENSG00000235038.1 chr1 ENSG00000235079.1 chr1 ENSG00000226883.1 chr1 ENSG00000227126.1 chr1 ENSG00000237928.1 chr1 ENSG00000231985.1 chr1 ENSG00000237853.1 chr1 ENSG00000237324.2 chr1 ENSG00000225771.1 chr1 ENSG00000237324.2 chr1 ENSG00000230798.1 chr1 ENSG00000225495.1 chr1 ENSG00000223949.1 chr1 ENSG00000234497.1 chr1 ENSG00000229294.1 chr1 ENSG00000224127.1ENSG00000224149.1 chr1 ENSG00000233099.1 chr1 chr1 ENSG00000227466.1 chr1 ENSG00000235927.1 chr1 ENSG00000231080.1 chr1 ENSG00000234953.2 chr1 ENSG00000232284.2 chr1 ENSG00000236676.1 chr1 ENSG00000232284.2ENSG00000232284.2 chr1 chr1 ENSG00000240520.1 chr1 ENSG00000233589.1 chr1

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 93811445 93828149 DR1; 95699711 95712781 RWDD3; 97543299 98386605 DPYD; 8947236089724633 8948854989990395 8973854490457722 GBP3; 90063423 GBP5; 90494097 LRRC8B; 94027347 ZNF326; 94614544 9431270695285898 9474062495448297 BCAR3; 95360802 ARHGAP29; 95538501 SLC44A3; ALG14; 97543299 98386605 DPYD; 85018804 85040163 CTBS; 8573193185784168 8574377187012761 8604404687380331 BCL10; 8704643789149905 DDAH1; 87634887 CLCA4; 89301938 HS2ST1; PKN2; 93645476 93744287 CCDC18; 95582894 95663163 TMEM56; 99355806 99470588 AL161744.1; 111489807111833484 111506701 111863188 LRIF1; CHIA; 110881128 110889299 RBM15; 108113782 108507766 VAV3; 110082494 110091028 GPR61; 112084840 112259313 RAP1A; 110158726 110174673 AMPD2; 110276554 110284384 GSTM3; 110292702 110306649 EPS8L3; 110602616 110613234 ALX3; 110602616 110613234 ALX3; 110693108 110744824 SLC6A17; 110693108 110744824 SLC6A17; 110943871 110950564 HBXIP; 100435345100503653 100492535100810584 100548933 SLC35A3; 101455179 100985833 HIAT1; 101455179 101491644 CDC14A; 101491644 DPH5; 109255279 DPH5; 109358520 109285365109944419 109506106 FNDC7; 109969062 AKNAD1; PSMA5; − − − + + + + − − + − + − − − − + + + + − + + + − − − + − − + − + + + − − − − + + + − 8972626590048800 8973543790467706 9009845393727743 RP4-620F22.2; 90468748 RP5-1007M22.2; 9381158294057756 RP11-302M6.4; ENSG00000154451.10 ENSG00000197147.694713464 RP4-717I23.3; chr1 94071130 ENSG00000162664.1095302304 chr1 9471504895527152 RP5-1033H22.2; chr1 ENSG00000122483.13 9532098295628775 RP11-148B18.1; ENSG00000137936.11 chr1 95533101 RP11-465K1.2; ENSG00000137962.8 95699538 chr1 RP11-313A24.1; ENSG00000143036.12 RP11-57H12.3; chr1 ENSG00000172339.7 chr1 ENSG00000152078.5 chr1 chr1 98262477 98263622 DPYD-AS2; ENSG00000188641.8 chr1 85742398 85913807 RP11-131L23.1; ENSG00000142867.6 chr1 8574239887036864 8591380787409368 8715888689003196 RP11-131L23.1; 8741042589488180 RP4-651E10.4; ENSG00000153904.12 89150887 RP4-604K5.2; 89515726 chr1 RP11-76N22.2; ENSG00000016602.8 AL160008.1; ENSG00000153936.11 chr1 ENSG00000065243.13 chr1 chr1 ENSG00000117226.6 chr1 93727743 93811582 RP4-717I23.3; ENSG00000117505.795708781 chr1 95729610 RP11-57H12.5; ENSG00000122481.12 chr1 97561479 97788511 DPYD-AS1; ENSG00000188641.8 chr1 84971974 85031877 SPATA1; ENSG00000117151.7 chr1 99469832 99614408 RP5-896L10.1; ENSG00000117598.7 chr1 111486089 111495470 RP11-96K19.2; ENSG00000121931.11 chr1 111860222 111866603 RP5-1125M8.2; ENSG00000134216.14 chr1 110082528 110086459 RP5-1160K1.8; ENSG00000156097.7 chr1 112142277 112151345 RP5-836N10.1; ENSG00000116473.10 chr1 110171039 110172927 RP5-1160K1.6; ENSG00000116337.11 chr1 110230450 110318050 RP4-735C1.4; ENSG00000134202.6 chr1 110230450 110318050 RP4-735C1.4; ENSG00000198758.6 chr1 110583793 110617263 RP4-773N10.5; ENSG00000156150.5 chr1 110600962 110605177 RP4-773N10.4; ENSG00000156150.5 chr1 110708808 110715111 RP5-1028L10.1; ENSG00000197106.5 chr1 110720265 110721341 RP5-1028L10.2; ENSG00000197106.5 chr1 110828997110950147 110881793 110961033 RP5-1074L1.1; RP11-225L12.2; ENSG00000162775.9 ENSG00000134248.8 chr1 chr1 100523546100927955 100550027101461029 100951553 RP4-714D9.2;101491409 101461816 RP5-837M10.4;108507065 101552821 RP11-421L21.2; ENSG00000156875.9 108537229 ENSG00000079335.13 RP11-421L21.3;109399839 ENSG00000117543.13 RP11-356N1.1; chr1 chr1 109965123 ENSG00000117543.13 109401146 chr1 109968162 chr1 ENSG00000134215.11 RP11-475E11.5; AL356735.1; chr1 ENSG00000162641.13 chr1 ENSG00000143106.7 chr1 100433939 100435420 RP5-884G6.2; ENSG00000117620.7109276878 chr1 109278894 RP11-293A10.3; ENSG00000143107.4 chr1 lncRNA gene Protein-coding gene + − − − + + − + − + + + − − − + − − + + + − − + + + + + − − − − − − + + + + − − − + + ) contd ( ENSG00000232825.1 chr1 ENSG00000237568.1ENSG00000231999.2 chr1 ENSG00000232236.1 chr1 ENSG00000223745.1 chr1 chr1 ENSG00000224093.1ENSG00000231363.1 chr1 ENSG00000237416.2 chr1 ENSG00000230427.1 chr1 ENSG00000226026.1 chr1 chr1 ENSG00000235777.1 chr1 ENSG00000223653.1 chr1 ENSG00000223653.1ENSG00000236915.1 chr1 ENSG00000224198.1 chr1 ENSG00000237505.1 chr1 ENSG00000247275.1 chr1 chr1 ENSG00000223745.1 chr1 ENSG00000228852.1 chr1 ENSG00000232878.1 chr1 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000122432.11 chr1 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000241073.1ENSG00000228086.1 chr1 ENSG00000235795.1 chr1 ENSG00000233184.1 chr1 ENSG00000230489.1 chr1 chr1 ENSG00000203897.3ENSG00000250110.1 chr1 ENSG00000254942.1 chr1 chr1 ENSG00000228084.1 chr1 ENSG00000232971.1 chr1 ENSG00000229283.1ENSG00000231346.1 chr1 chr1 ENSG00000228703.1 chr1 ENSG00000241720.1 chr1 ENSG00000241720.1 chr1 ENSG00000258686.1 chr1 ENSG00000258634.1 chr1 ENSG00000227091.1 chr1 ENSG00000235526.1 chr1 ENSG00000227963.1ENSG00000224699.1 chr1 chr1 ENSG00000232811.1 chr1

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 116519119 116612675 SLC22A15; 114304454114356433 114355098114356433 114414381 RSBN1; 114420790 114414381 PTPN22; 114437370 114430169 PTPN22; 114471814 114447823 BCL2L15; 115828539 114520426 AP4B1; 115880857 HIPK1; NGF; 112313284 112531777113454469 KCND3; 113499635 SLC16A1; 116915290117544382 116952883119573839 117579167 ATP1A1; 119683294 CD101; WARS2; 112223252 112298446113215763 C1orf183; 113243368 MOV10; 151313116151313116 151319833 151319833 RFX5; RFX5; 120837272120926979 120855681 120935937 FAM72B; FCGR1B; 152004982152184558 152020383152274651 152196669 S100A11; 152297679 HRNR; FLG; 120926979144339738 120935937144339738 144521058 FCGR1B; 144521058 AL592284.1; AL592284.1; 144836157 145076186 PDE4DIP; 144836157145477085 145076186145507598 145501669 PDE4DIP; 146032648 145511444 LIX1L; 147228332 146253110 RBM8A; 147245484 WI2-3658N16.1; GJA5; 149398877149754227 149400542 149764074 HIST2H3PS2; FCGR1A; 149754227150521884 149764074150521897 150533413 FCGR1A; 150573327 150524367 ADAMTSL4; 150602088 AL356356.1; ENSA; 150933059 150947479 CERS2; 151030234 151040970 MLLT11; 151674880 151689290 CELF3; 151735445 151743808 OAZ3; 151742583151818220 151763892 151826173 TDRKH; THEM5; − − − − − + − + − − + + − + − + − − − − − + + − − + + − − − + + + + − − + − − − + − − 114355001114399257 114371793114399257 114443859 RP5-1073O3.2;114399257 114443859 RP5-1073O3.5;114466622 114443859 RP5-1073O3.5; ENSG00000134242.10115825655 114472114 RP5-1073O3.5; ENSG00000134242.10 chr1 116556434 115910693 RP5-1073O3.7; ENSG00000188761.7 chr1 116560326 RP4-663N10.1; ENSG00000134262.8 chr1 RP11-159M11.2; ENSG00000163349.15 chr1 ENSG00000134259.3 chr1 ENSG00000163393.8 chr1 chr1 114355001 114371793 RP5-1073O3.2; ENSG00000081019.9 chr1 116916755117568104 116917283119683019 117602112 RP4-655J12.3; 119818596 RP11-27K13.3; RP11-418J17.1; ENSG00000163399.10 ENSG00000134256.8 chr1 ENSG00000116874.7 chr1 chr1 112451958113236310 112453553113499037 113239243 KCND3-AS1; 113544813 RP11-426L16.3; RP11-31F15.1; ENSG00000171385.5 ENSG00000155363.12 chr1 ENSG00000155380.7 chr1 chr1 112282463 112290420 RP4-773A18.4; ENSG00000197852.7 chr1 120835810 120838343 RP11-439A17.7; ENSG00000188610.7 chr1 120906609120924841 120935761 120933000 RP11-439A17.10; RP11-439A17.9; ENSG00000198019.7 ENSG00000198019.7 chr1 chr1 151967007152161827 152015250152161827 152339163 AL591893.1; 152339163 RP1-14N1.2; RP1-14N1.2; ENSG00000163191.5 ENSG00000197915.5 chr1 ENSG00000143631.9 chr1 chr1 144275918144456138 144341756 144521970 BX248398.1; AL592284.1; ENSG00000231360.2 ENSG00000231360.2 chr1 chr1 144858174 144865800 RP4-791M13.4; ENSG00000178104.13 chr1 144874945 144878163 RP4-791M13.5; ENSG00000178104.13 chr1 145486272145486272 145508262146086591 145508262 RP11-315I20.1;147229426 146088636 RP11-315I20.1;149400063 147230517 AL049742.2; ENSG00000152022.6 149429580 RP11-433J22.2; ENSG00000131795.7 chr1 RP5-998N21.7; chr1 ENSG00000143140.6 ENSG00000232637.3 ENSG00000203818.5 chr1 chr1 chr1 149754433149757215 149783312 149764576 RP11-196G18.21; RP11-196G18.3; ENSG00000150337.9 ENSG00000150337.9 chr1 chr1 150521040150521040 150530949150565059 150530949 RP11-54A4.2;150945599 150590027 RP11-54A4.2; 150948010 AL356356.4; ENSG00000143382.8 RP11-316M1.3; ENSG00000225996.2 chr1 ENSG00000143418.13 ENSG00000143420.12 chr1 chr1 chr1 151031995 151042801 RP11-316M1.11; ENSG00000213190.2 chr1 151313124151319443 151314442151673502 151320503 RP11-126K1.8; 151680862 RP11-126K1.6; RP11-98D18.1; ENSG00000143390.13 ENSG00000143390.13 chr1 ENSG00000159409.9 chr1 chr1 151735860 151741977 RP11-98D18.3; ENSG00000143450.9 chr1 151763280 151766878 RP11-98D18.9; ENSG00000182134.11 chr1 151814353 151822861 AL450992.2; ENSG00000196407.6 chr1 lncRNA gene Protein-coding gene + + + + − + − + − − + − + − + + + + + − − + + + − − + + + − − − − + + − + + + − + + + ) contd ( ENSG00000231128.1ENSG00000226167.1 chr1 ENSG00000226167.1 chr1 ENSG00000226167.1 chr1 ENSG00000235527.2 chr1 ENSG00000228035.1 chr1 ENSG00000237993.1 chr1 chr1 ENSG00000231128.1 chr1 ENSG00000229895.1ENSG00000236137.1 chr1 ENSG00000231365.1 chr1 ENSG00000236933.1 chr1 chr1 ENSG00000237556.1ENSG00000225075.1 chr1 ENSG00000226419.1 chr1 chr1 ENSG00000234998.1ENSG00000233029.2 chr1 chr1 ENSG00000237975.1ENSG00000237975.1 chr1 chr1 ENSG00000235398.1ENSG00000236943.1 chr1 ENSG00000255148.1 chr1 chr1 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000227811.2 chr1 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000254913.1 chr1 ENSG00000234222.1ENSG00000234222.1 chr1 ENSG00000249788.1 chr1 ENSG00000234482.1 chr1 ENSG00000230186.1 chr1 chr1 ENSG00000242663.1ENSG00000233030.2 chr1 chr1 ENSG00000237781.1ENSG00000237781.1 chr1 ENSG00000248003.1 chr1 ENSG00000231073.1 chr1 chr1 ENSG00000242557.1 chr1 ENSG00000224645.1ENSG00000237976.1 chr1 ENSG00000227045.1 chr1 chr1 ENSG00000249602.1 chr1 ENSG00000203288.3 chr1 ENSG00000234614.1ENSG00000229021.2 chr1 chr1

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 156611182 156629324 BCAN; 163080911 163187426 RGS5; 161122566161551101 161128646161551101 161648444 UFC1; 161648444 FCGR2B; FCGR2B; 165171104165171104 165325952 165325952 LMX1A; LMX1A; 155916645 155966129 ARHGEF2; 155657751 155708803 DAP3; 155579979 155718153 MSTO1; 155579979 155718153 MSTO1; 155305059 155532598 ASH1L; 155290687 155300905 RUSC1; 164524821 164854300 PBX1; 155278539 155290457 FDPS; 163236366 163325554 NUF2; 155278539 155290457 FDPS; 162039564 162353321 NOS1AP; 155178490 155183614 MTX1; 161040785 161059389 PVRL4; 155165379 155178842 THBS3; 160914815 160924589 ITLN2; 155006300 155023406 DCST1; 160648536 160681641 CD48; 154540257 154552502 CHRNB2; 160510885 160549306 CD84; 154521053 154531504 UBE2Q1; 160187254 160254920 RP11-574F21.3; 154377669 154441926 IL6R; 160185505 160254920 DCAF8; 153700543 153746555 INTS3; 160175127 160185166 PEA15; 153700543 153746555 INTS3; 160007257 160040038 KCNJ10; 153606525 153618782 CHTOP; 159409512 159410600 OR10J1; 153507075 153508720 S100A6; 159141399 159173103 CADM3; 152381719 152386739 CRNN; 158449668 158450675 OR10R2; 152321213 152332482 FLG2; 157646271 157670775 FCRL3; 165513244 165533198 LRRC52; − + + + − + − + + + + + + + + + − − − + − + − − − + − + + + − + + − + − + − + − − − + 155961181 155971578 RP11-336K24.5; ENSG00000116584.10 chr1 163117264 163291684 RP11-267N12.3; ENSG00000143228.8 chr1 161123550 161129139 RP11-297K8.2; ENSG00000143222.7 chr1 155679889 155680354 RP11-243J18.2; ENSG00000132676.10 chr1 155679889 155680354 RP11-243J18.2; ENSG00000125459.9 chr1 155579339 155580171 RP11-29H23.4; ENSG00000125459.9 chr1 155531833 155533735 RP11-29H23.1; ENSG00000116539.6 chr1 155286654 155293967 RUSC1-AS1; ENSG00000160753.11 chr1 163131465 163182813 RP11-267N12.1; ENSG00000143248.7 chr1 164738353 164743878 RP11-506O24.1; ENSG00000185630.11 chr1 155286654 155293967 RUSC1-AS1; ENSG00000160752.10 chr1 155279829 155280381 RP11-21N7.2; ENSG00000160752.10 chr1 161607438161641768 161608218162286642 161644614 RP11-474I16.1; 162287584 RP11-25K21.1; ENSG00000072694.13 RP11-565P22.2; ENSG00000072694.13 chr1 ENSG00000198929.8 chr1 chr1 155180942 155183610 RP11-263K19.6; ENSG00000173171.9 chr1 161054255 161057361 RP11-544M22.8; ENSG00000143217.6 chr1 155166659 155175286 RP11-263K19.4; ENSG00000169231.8 chr1 160902255 160919712 RP11-544M22.1; ENSG00000158764.6 chr1 155017667 155018594 RP11-307C12.11; ENSG00000163357.6 chr1 160643136 160653612 RP11-404F10.2; ENSG00000117091.5 chr1 154551541 154552139 RP11-61L14.6; ENSG00000160716.4 chr1 160506863 160541248 RP11-528G1.2; ENSG00000066294.10 chr1 154526085 154527493 RP11-61L14.2; ENSG00000160714.5 chr1 160231534 160232568 RP11-574F21.2; ENSG00000258465.1 chr1 154374804 154379040 RP11-350G8.5; ENSG00000160712.8 chr1 160231534 160232568 RP11-574F21.2; ENSG00000132716.11 chr1 153723459 153724652 RP11-216N14.9; ENSG00000143624.9 chr1 160171989 160178659 RP11-536C5.7; ENSG00000162734.8 chr1 153719327 153723703 RP11-216N14.8; ENSG00000143624.9 chr1 160032278 160049611 RP11-536C5.2; ENSG00000177807.5 chr1 153615538 153618305 RP1-178F15.3; ENSG00000160679.8 chr1 159315956 159438858 RP11-550P17.5; ENSG00000196184.7 chr1 153506079 153507591 BX470102.3; ENSG00000197956.4 chr1 159165775 159172177 CTA-134P22.2; ENSG00000162706.8 chr1 152346430 152417932 RP1-91G5.3; ENSG00000143536.6 chr1 158444244 158464676 RP11-144L1.4; ENSG00000198965.3 chr1 152161827 152339163 RP1-14N1.2; ENSG00000143520.5 chr1 156616299 156631216 RP11-284F21.7; ENSG00000132692.12 chr1 157661552 157666249 RP11-367J7.3; ENSG00000160856.14 chr1 165179864165185217 165182327165446078 165188341 RP11-38C18.2; 165551392 RP11-38C18.3; RP11-280O1.2; ENSG00000162761.10 ENSG00000162761.10 chr1 ENSG00000162763.3 chr1 chr1 lncRNA gene Protein-coding gene + − − − + + − + − − − − − − − − − + + + − + − + + + − + − − − + − − + − + − + − + + − ) contd ( ENSG00000229953.1 chr1 ENSG00000224276.1 chr1 ENSG00000227673.1 chr1 ENSG00000227673.1 chr1 ENSG00000232519.1 chr1 ENSG00000235919.2 chr1 ENSG00000224702.1 chr1 ENSG00000225855.2 chr1 ENSG00000232892.1 chr1 ENSG00000233693.1 chr1 ENSG00000225855.2 chr1 ENSG00000232995.2 chr1 ENSG00000229691.1 chr1 ENSG00000224985.1 chr1 ENSG00000231813.1ENSG00000234211.1 chr1 ENSG00000227094.1 chr1 chr1 ENSG00000236263.1 chr1 ENSG00000228917.1 chr1 ENSG00000231064.1 chr1 ENSG00000198358.4 chr1 ENSG00000232093.1 chr1 ENSG00000228863.1 chr1 ENSG00000233875.1 chr1 ENSG00000234425.1 chr1 ENSG00000229780.1 chr1 ENSG00000228606.1 chr1 ENSG00000228013.1 chr1 ENSG00000228606.1 chr1 ENSG00000233222.2 chr1 ENSG00000227741.1 chr1 ENSG00000243613.1 chr1 ENSG00000225279.1 chr1 ENSG00000233059.1 chr1 ENSG00000228560.1 chr1 ENSG00000238279.1 chr1 ENSG00000225670.1 chr1 ENSG00000227415.1 chr1 ENSG00000236656.1 chr1 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000237975.1 chr1 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000227217.1 chr1 ENSG00000238022.1ENSG00000237463.1 chr1 chr1

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 175911248 176176629 RFWD2; 171154347 171181822 FMO2; 171154347 171181822 FMO2; 165696032 165738417 TMCO1; 165631453 165668100 ALDH9A1; 175291935 175712906178062864 TNR; 178448644 RASAL2; 174128548 174964445 RABGAP1L; 198607801200593024 198726545 200639126 PTPRC; DDX59; 197473878 197744826 DENND1B; 166026674167022073 166136206167778625 167059868 FAM78B; 169101769 167883453 GPA33; 169631245 169337205 ADCY10; 169890467 169823221 NME7; 170501270 170054349 C1orf112; 170522974 KIFAP3; GORAB; 165796768 165880855 UCK2; 179068462179334855 179198819179712298 179523870 ABL2; 179809102 179785333 AXDND1; 180199442 179846934 FAM163A; 180882290 180244188 TOR1AIP2; 180941695 180920750 LHX4; 180882290 180949868 KIAA1614; 182808439 180920750 AL162431.1; 183441351 182856886 KIAA1614; 183605208 183567381 DHX9; 185703683 183897666 SMG7; 186412698 186160085 RGL1; 190066792 186430254 HMCN1; 197170592 190446759 PDC; 197447585 FAM5C; CRB1; 178062864 178448644 RASAL2; 171217638 171255117 FMO1; 173009100173469603 173020103173578700 173572233 TNFSF18; 173578700 173639001 SLC9A11; 173837220 173639001 ANKRD45; 173866494 ANKRD45; ZBTB37; 171810621 172387606 DNM3; 174128548 174964445 RABGAP1L; − − − − + + + − − − − − − + − + + − + + − + + + + + + + + − − + + + + − − − − + + + + 165865116 165869592 RP11-525G13.2; ENSG00000143179.7 chr1 178326311 178333230 RP4-765C7.1; ENSG00000075391.11 chr1 171137243 171220933 RP1-45C12.1; ENSG00000094963.9 chr1 171137243 171220933 RP1-45C12.1; ENSG00000010932.11 chr1 171168383 171196927 RP1-127D3.4; ENSG00000094963.9 chr1 165738166 165744413 RP11-466F5.8; ENSG00000143183.10 chr1 165667987 165679205 RP11-466F5.5; ENSG00000143149.8 chr1 175986413 175987896 RP11-492I21.1; ENSG00000143207.14 chr1 178060643 178063119 RP11-21M7.1; ENSG00000075391.11 chr1 175276354 175304595 RP3-518E13.2; ENSG00000116147.10 chr1 174904084 174923398 RP1-102G20.5; ENSG00000152061.16 chr1 200638635 200663378 RP11-92G12.3; ENSG00000118197.8 chr1 198626682 198636190 RP11-553K8.5; ENSG00000081237.12 chr1 197726449 197731095 RP11-448G4.4; ENSG00000213047.6 chr1 167021788167789644 167027779169279903 167790462 RP11-102C16.3;169732070 169291717 RP1-313L4.3;169993218 ENSG00000143167.7 169733789 RP4-800F24.1;170429594 169993824 RP1-117P20.3; chr1 ENSG00000143199.11 170501788 ENSG00000143156.9 RP11-332H17.1; chr1 ENSG00000000460.11 RP11-576I22.2; ENSG00000075945.8 chr1 chr1 ENSG00000120370.7 chr1 chr1 166050420 166056720 RP11-375H19.2; ENSG00000188859.5 chr1 179512336179785319 179518057179836662 179787326 RP11-545A16.1;180238788 179846917 RP11-12M5.3;180913178 ENSG00000162779.14 180243887 AL359853.2;180913178 180945618 chr1 RP5-1180C10.2; ENSG00000143340.6180918835 180945618 RP11-46A10.5;182806325 ENSG00000121454.3 180924023 ENSG00000169905.7 chr1 RP11-46A10.5;183430009 182808726 ENSG00000135835.6 RP11-46A10.4;183723553 chr1 chr1 183441400 ENSG00000234237.2 AL355999.1;186145946 183724072 chr1 ENSG00000135835.6 RP11-74N20.1;186420213 186146434 chr1 RP11-444D13.1;190234028 186420881 chr1 ENSG00000135829.11 ENSG00000116698.16 GS1-174L6.4;197407106 ENSG00000143344.9 190331400 RP11-295K2.3; chr1 chr1 197416599 RP11-547I7.1; chr1 ENSG00000143341.7 ENSG00000116703.12 RP11-75C23.1; chr1 ENSG00000162670.7 chr1 ENSG00000134376.8 chr1 chr1 179070798 179074885 RP11-177A2.4; ENSG00000143322.15 chr1 173524390173524390 173581911173604912 173581911 RP3-436N22.3;173833038 173606273 RP3-436N22.3; 173838020 ENSG00000162753.9 RP11-360D2.1; ENSG00000183831.6 GAS5; chr1 ENSG00000183831.6 chr1 chr1 ENSG00000185278.8 chr1 172745045 173033155 RP1-15D23.2; ENSG00000120337.7 chr1 172109461 172113934 DNM3-AS1; ENSG00000197959.8 chr1 174084438 174129142 RP11-160H22.5; ENSG00000152061.16 chr1 lncRNA gene Protein-coding gene − + + + − − + − + − + + + − + − − + − − + − − − − − − − − + + − + + − − + + + − + − − ) contd ( ENSG00000236364.1 chr1 ENSG00000224358.1 chr1 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000215838.3 chr1 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000228686.2 chr1 ENSG00000226585.1 chr1 ENSG00000224687.1 chr1 ENSG00000229218.1 chr1 ENSG00000232257.1 chr1 ENSG00000229933.1 chr1 ENSG00000227907.1ENSG00000232194.1 chr1 ENSG00000235575.1 chr1 ENSG00000230704.1 chr1 ENSG00000232959.1 chr1 ENSG00000231407.1 chr1 ENSG00000231424.1 chr1 chr1 ENSG00000203307.2 chr1 ENSG00000238030.1ENSG00000229407.1 chr1 ENSG00000245778.1 chr1 ENSG00000230124.1 chr1 ENSG00000243155.1 chr1 ENSG00000243155.1 chr1 ENSG00000232586.1 chr1 ENSG00000247330.1 chr1 ENSG00000232860.2 chr1 ENSG00000227554.1 chr1 ENSG00000224691.1 chr1 ENSG00000229739.1 chr1 ENSG00000225811.1 chr1 ENSG00000230260.1 chr1 ENSG00000224901.1 chr1 chr1 ENSG00000228449.1 chr1 ENSG00000231424.1 chr1 ENSG00000225243.1 chr1 ENSG00000238272.1ENSG00000238272.1 chr1 ENSG00000232113.1 chr1 ENSG00000234741.2 chr1 chr1 ENSG00000224228.1 chr1 ENSG00000230630.1 chr1 ENSG00000229531.1 chr1 ENSG00000227373.1 chr1

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 201159953 201198080 IGFN1; 201592411 201796102 NAV1; 201592411 201796102 NAV1; 201592411 201796102 NAV1; 211649864 211666259 RD3; 211916799 212004114 LPGAT1; 201008642 201081694 CACNA1S; 217804666 218045038 SPATA17; 204586298 204654861 LRRN2; 219347186 219386207 LYPLAL1; 205197304205350506 205242471 205425082 TMCC2; LEMD1; 201452658 201478584 CSRP1; 220701568 220837803 MARK1; 205350506 205425082 LEMD1; 205681947 205719404 NUCKS1; 205882176 205912588 SLC26A9; 201798269 201853422 IPO9; 206136916 206155151 FAM72A; 206516198 206637783 SRGAP2; 201865580 201915716 LMOD1; 206808881 206857764 DYRK3; 201951500 201975275 RNPEP; 207669492 207813992 CR1; 201977073 201986316 ELF3; 209848765 209849733 G0S2; 202559724 202679545 SYT2; 209859510 209908295 HSD11B1; 202559724 202679545 SYT2; 203059782203059782 203136533204100190 203136533 ADORA1; 204121307 ADORA1; ETNK2; 204100190 204121307 ETNK2; 212458782 212535200 PPP2R5A; 204190349 204329044 PLEKHA6; 212797789 212800120 FAM71A; 204372515 204380945 PPP1R15B; 215796236 216596738 USH2A; 204391756 204463852 PIK3C2B; 215796236 216596738 USH2A; 204586298 204654861 LRRN2; 215796236 216596738 USH2A; 217600334 217804424 GPATCH2; − + − + + + − − + − + − + − + + + + − + + + + + − + − − + + − − − + − + − − − − − − − 8.3; ENSG00000042781.8 chr1 1111A 201191241 201192251 RP11-567E21.3; ENSG00000163395.12 chr1 211665597 211666259 RP11-359E8.3; ENSG00000198570.5 chr1 203113092 203122028 RP11-335O13.8; ENSG00000163485.11 chr1 204110536 204112137 RP11-74C13.3; ENSG00000143845.9 chr1 201004224 201012201 RP11-168O16.2; ENSG00000081248.6 chr1 217954540 217958462 RP11-415L24.1; ENSG00000162814.5 chr1 204633000 204633741 RP11-23I7.1; ENSG00000170382.7 chr1 219259944 219347303 RP11-135J2.4; ENSG00000143353.7 chr1 205202949 205205995 RP11-383G10.5; ENSG00000133069.10 chr1 205342380 205356568 RP11-576D8.2; ENSG00000186007.5 chr1 201476369 201502736 RP11-134G8.7; ENSG00000159176.8 chr1 220835813 220836458 RP11-322F10.2; ENSG00000116141.10 chr1 205425057 205438152 RP11-576D8.4; ENSG00000186007.5 chr1 201642233 201643272 RP11-25B7.1; ENSG00000134369.10 chr1 205685228 205719310 AC119673.1; ENSG00000069275.11 chr1 201657387 201798687 RP11-90L20.3; ENSG00000134369.10 chr1 205904256 205904896 RP4-681L3.2; ENSG00000174502.14 chr1 201657387 201798687 RP11-90L20.3; ENSG00000198700.5 chr1 206135293 206137828 RP11-312O7.2; ENSG00000196550.5 chr1 201692422 201706634 RP11-90L20.2; ENSG00000134369.10 chr1 206552219 206554954 RP11-421E17.1; ENSG00000163486.7 chr1 201862970 201869106 RP11-307B6.3; ENSG00000163431.10 chr1 206807994 206808967 RP11-343H5.6; ENSG00000143479.11 chr1 201969222 201979481 RP11-465N4.4; ENSG00000176393.6 chr1 207725270 207726324 RP11-78B10.2; ENSG00000203710.5 chr1 201969222 201979481 RP11-465N4.4; ENSG00000163435.10 chr1 209834709 209897470 RP1-28O10.1; ENSG00000123689.5 chr1 202573396 202574421 RP11-569A11.1; ENSG00000143858.7 chr1 209834709 209897470 RP1-28O10.1; ENSG00000117594.4 chr1 202601556 202602039 RP11-569A11.2; ENSG00000143858.7 chr1 203096387 203097082 RP11-335O13.7; ENSG00000163485.11 chr1 204100190 204101094 RP11-74C13.4; ENSG00000143845.9 chr1 212003188 212027045 RP11-552D8.1; ENSG00000123684.8 chr1 212472837 212505055 RP11-384C4.7; ENSG00000066027.4 chr1 204246133 204247076 RP11-203F10.5; ENSG00000143850.5 chr1 212797626 212800113 RP11-338C15.5; ENSG00000162771.5 chr1 204346978 204404974 RP11-739N20.2; ENSG00000158615.7 chr1 216059924 216074806 RP5- 204346978 204404974 RP11-739N20.2; ENSG00000133056.8 chr1 216245807 216260259 RP11-22M7.2; ENSG00000042781.8 chr1 204595903 204598840 RP11-430C7.5; ENSG00000170382.7 chr1 216367393 216377708 RP5-1099E6.3; ENSG00000042781.8 chr1 217665317 217667625 RP11-361K17.2; ENSG00000092978.5 chr1 lncRNA gene Protein-coding gene + − + − − − + + − + − + − + − − − − + − − − − − + − + + − − + + + − + − + + + + + + + ) contd ( Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000234132.1 chr1 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000234070.1 chr1 ENSG00000229821.1 chr1 ENSG00000228063.1 chr1 ENSG00000225063.1 chr1 ENSG00000226235.1 chr1 ENSG00000224536.1 chr1 ENSG00000225782.1 chr1 ENSG00000224717.1 chr1 ENSG00000236390.1 chr1 ENSG00000247614.1 chr1 ENSG00000231871.1 chr1 ENSG00000227687.1 chr1 ENSG00000231871.1 chr1 ENSG00000229874.1 chr1 ENSG00000235121.1 chr1 ENSG00000233501.1 chr1 ENSG00000223774.1 chr1 ENSG00000237605.1 chr1 ENSG00000234678.1 chr1 ENSG00000236911.1 chr1 ENSG00000234678.1 chr1 ENSG00000227591.1 chr1 ENSG00000226862.1 chr1 ENSG00000227591.1 chr1 ENSG00000225620.1 chr1 ENSG00000223649.1 chr1 ENSG00000234775.1 chr1 ENSG00000224671.1ENSG00000234555.1 chr1 chr1 ENSG00000229258.1 chr1 ENSG00000230550.1 chr1 ENSG00000234915.1 chr1 ENSG00000231691.1 chr1 ENSG00000235862.2 chr1 ENSG00000226330.1 chr1 ENSG00000229242.1 chr1 ENSG00000226330.1 chr1 ENSG00000233620.1 chr1 ENSG00000240219.1 chr1 ENSG00000236292.1 chr1 ENSG00000228153.1 chr1 ENSG00000229841.1 chr1

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 221051699222731244 221059124222841355 222763275 HLX; 224102741 222886552 TAF1A; 224102741 226595780 AIDA; 224415036 226595780 PARP1; 224622362 224518089 PARP1; 224622362 224928251 NVL; 224102741 224928251 CNIH3; 224102741 226595780 CNIH3; 226595780 PARP1; PARP1; 225997794224102741 226033260224102741 226595780 EPHX1; 226332380 226595780 PARP1; 226819391 226374431 PARP1; 227177566 226927024 ACBD3; 227177566 227506175 ITPKB; 228595641 227506175 CDC42BPA; 229456758 228604562 CDC42BPA; 230193536 229479041 TRIM17; 230417870 C1orf96; GALNT2; 243287730243651535 243418708 244014381 CEP170; AKT3; 230193536230883130 230417870231297858 230937749 GALNT2; 231664287 231357302 CAPN9; 234040679 231702270 TRIM67; 234040679 234460262 TSNAX; 234040679 234460262 SLC35F3; 234509202 234460262 SLC35F3; 234740015 234519795 SLC35F3; 236681300 234745271 C1orf31; 236681300 236716281 IRF2BP2; 236716281 LGALS8; 239549865 LGALS8; 239549865 240078750239549865 240078750 CHRM3; 240177648 240078750 CHRM3; 240177648 240655529 CHRM3; 240652873 240655529 FMN2; 240931554 240775449 FMN2; 242251689 241520530 GREM2; 243287730 242687998 RGS7; 243418708 PLD5; CEP170; + − − − − − + + − − + − − − − − − − − + − − + + + + + + + + − + + + + + + + − − − − 240341139 240342944 RP11-567G24.3; ENSG00000155816.14 chr1 221006105 221053482 HLA-AS1; ENSG00000136630.10 chr1 222763167222817657 222766374224183659 222856105 RP11-378J18.3;224407315 224198309 RP11-378J18.5;224407315 224415745 RP11-504P24.4;224802998 ENSG00000143498.12 224415745 RP11-365O16.6;224905206 ENSG00000186063.8 224803922 chr1 RP11-365O16.6; ENSG00000143799.7224954602 224918364 RP11-100E13.1; ENSG00000143799.7 chr1 225888306 224961043 RP11-3L21.2; chr1 ENSG00000143748.13 225939945 chr1 RP11-449J1.1; ENSG00000143786.3 chr1 RP11-145A3.1; chr1 ENSG00000143786.3 ENSG00000143799.7 ENSG00000143799.7 chr1 chr1 chr1 226274582226335704 226277993226335704 226342772 RP11-396C23.2;226856598 226342772 RP11-275I14.4;227179841 226864046 RP11-275I14.4; ENSG00000143799.7227366034 227180907 ITPKB-AS1;228595082 ENSG00000143799.7 227371145 chr1 RP5-1087E8.3;229455150 ENSG00000182827.8 228597395 RP11-1B20.1; chr1 230394440 229458834 RP11-245P10.4; chr1 230416058 ENSG00000143772.5 230404229 ENSG00000143776.12 RP4-803J11.2; 230417639 RP5-956O18.2; chr1 ENSG00000143776.12 ENSG00000162931.7 chr1 RP5-956O18.3; chr1 ENSG00000154429.6 chr1 ENSG00000143641.7 ENSG00000143641.7 chr1 chr1 chr1 243327940 243332747 RP11-261C10.4; ENSG00000143702.10 chr1 243708834 243711631 RP11-269F20.1; ENSG00000117020.12 chr1 230846444231319844 230931238231658134 231323373 RP11-99J16__A.2;234086184 231664302 RP5-1097F14.3; ENSG00000135773.8234348352 234086853 RP11-295G20.2;234404329 234350834 RP11-488L4.1; chr1 ENSG00000119283.11234508553 234408246 RP4-799P18.2; ENSG00000116918.8234742754 chr1 234509339 RP4-799P18.3;236686369 234745229 ENSG00000183780.8 chr1 RP5-827C21.4;236703394 236687808 ENSG00000183780.8 RP4-781K5.2;238025475 chr1 236713580 ENSG00000183780.8 LGALS8-AS1;239867192 chr1 ENSG00000168275.9 238091621 RP11-385F5.4;240061316 chr1 239882419 RP11-193H5.1; ENSG00000168264.6240078739 chr1 240063172 ENSG00000116977.13 RP11-343J24.1; 240080255 ENSG00000116977.13 chr1 RP11-35L17.2; chr1 240563971 ENSG00000116996.5 RP11-35L17.3; chr1 240693752 ENSG00000133019.7 240564423240928857 chr1 240694162 ENSG00000133019.7 RP11-177F11.1; chr1 242372565 ENSG00000133019.7 240931980 RP11-467I20.2;243299200 chr1 242374129 - RP11-80B9.1; ENSG00000155816.14 chr1 243303890 RP11-561I11.2; ENSG00000180875.4 chr1 RP11-261C10.5; 238045705 ENSG00000182901.11 chr1 238054094 ENSG00000180287.11 ENSG00000143702.10 chr1 ZP4; chr1 chr1 lncRNA gene Protein-coding gene − + + + + + − − + + + + + + + + + + − − + + − − − − − − − + − − + − − − − − + + + + ) contd ( Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000257551.1 chr1 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000225265.1ENSG00000244697.1 chr1 ENSG00000185495.6 chr1 ENSG00000237101.1 chr1 ENSG00000237101.1 chr1 ENSG00000233384.1 chr1 ENSG00000229400.1 chr1 ENSG00000225334.1 chr1 ENSG00000227496.1 chr1 ENSG00000242861.1 chr1 chr1 - 226028584 226034223 RP11-285F7.2; ENSG00000143819.8 chr1 ENSG00000225518.1ENSG00000234478.1 chr1 ENSG00000234478.1 chr1 ENSG00000228548.1 chr1 ENSG00000233706.1 chr1 ENSG00000228625.1 chr1 ENSG00000231563.1 chr1 ENSG00000237481.1 chr1 ENSG00000227006.1 chr1 ENSG00000224407.1 chr1 chr1 ENSG00000236031.1 chr1 ENSG00000244137.1ENSG00000235710.3 chr1 ENSG00000233461.1 chr1 ENSG00000234453.1 chr1 ENSG00000233332.1 chr1 ENSG00000236244.1 chr1 ENSG00000231663.1 chr1 ENSG00000228830.1 chr1 ENSG00000223776.4 chr1 ENSG00000230325.1 chr1 ENSG00000237250.3 chr1 ENSG00000233355.1 chr1 ENSG00000234601.1 chr1 ENSG00000231979.1 chr1 ENSG00000233735.1 chr1 ENSG00000233519.1 chr1 ENSG00000224359.1 chr1 ENSG00000226919.1 chr1 ENSG00000224525.1 chr1 ENSG00000227230.1 chr1 ENSG00000232085.1 chr1 chr1

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 946554 1371385 SNTG2; 279565 288851 FAM150B; 667335946554 677439 1371385 TMEM18; SNTG2; 946554 1371385 SNTG2; 9628615 9695921 ADAM17; 8818975 8824583 ID2; 7057523 7208417 RNF144A; 7057523 7208417 RNF144A; 3751453 3836122 DCDC2C; 3705785 3750261 ALLC; 3642426 3692048 COLEC11; 35923833622795 3606206 3628509 RNASEH1; RPS7; 3501693 3523507 ADI1; 3383446 3488865 TTC15; 1792885 2335032 MYT1L; 1792885 2335032 MYT1L; 1181772111817721 11967535 11967535 LPIN1; LPIN1; 10710892 1083010116080686 NOL10; 20191872 1608712924299396 20212455 MYCN; 24392509 MATN3; AC008073.6; 2439793824425733 2442371825166505 24583583 C2orf84; 25194963 ITSN2; DNAJC27; 245318287 245866428 KIF26B; 244998624 245008359 FAM36A; 244515937 244552965 C1orf100; 245318287 245866428 KIF26B; 245318287 245866428 KIF26B; 245912642 246670614 SMYD3; 247670360 247740992 C1orf150; 246939531 246952963 RP11-439E19.8; 245912642 246670614 SMYD3; 247670360 247740992 C1orf150; 247751662 247752615 OR2G2; 248721784 248722797 OR2T29; 247886401 247887345 OR14A2; 247875045 247876105 OR6F1; 247835320 247836365 OR13G1; 247768856 247769838 OR2G3; − − + + + − + + + + + + + − + − + − + − + + + + − − + + − + − − + + − − − − − + − + + 286419 301515 AC079779.4; ENSG00000189292.9 chr2 677186 697371 AC092159.2; ENSG00000151353.10 chr2 3616113 3622828 AC108488.1; ENSG00000171863.8 chr2 1153996 1156110 AC114808.2; ENSG00000172554.7 chr2 9645574 9652541 RP11-400L8.2; ENSG00000151694.7 chr2 8806766 8821993 AC011747.7; ENSG00000115738.5 chr2 7202858 7218011 AC019048.1; ENSG00000151692.9 chr2 7052408 7058813 AC017076.4; ENSG00000151692.9 chr2 3750175 3751743 AC010907.5; ENSG00000214866.3 chr2 3750175 3751743 AC010907.5; ENSG00000151360.5 chr2 3650987 3651832 AC010907.2; ENSG00000118004.12 chr2 3606082 3609324 AC108488.3; ENSG00000171865.5 chr2 3523046 3526968 AC142528.1; ENSG00000182551.7 chr2 3485013 3486180 AC114810.5; ENSG00000171853.10 chr2 2323004 2330882 AC009232.2; ENSG00000186487.11 chr2 1344816 1350340 AC108462.1; ENSG00000172554.7 chr2 1828184 1832439 AC093390.1; ENSG00000186487.11 chr2 1054819 1064027 AC114808.3; ENSG00000172554.7 chr2 11881123 11885427 AC012456.4; ENSG00000134324.7 chr2 11861745 1186434816061159 AC012456.3; 16082371 MYCNOS; ENSG00000134324.7 chr2 ENSG00000134323.9 chr2 10729292 10744956 AC092687.5; ENSG00000115761.11 chr2 2018997824388753 20203971 24397874 AC079145.4; AC008073.7; ENSG00000132031.8 ENSG00000219626.4 chr2 chr2 24422708 24424567 AC008073.9; ENSG00000186453.8 chr2 2443725025194259 24444385 25262563 AC009228.1; AC013267.2; ENSG00000198399.8 ENSG00000115137.7 chr2 chr2 245778075 245778447 RP11-522M21.2; ENSG00000162849.9 chr1 245369746 245397803 RP11-62I21.1; ENSG00000162849.9 chr1 245003940 245018799 NCRNA00201; ENSG00000203667.5 chr1 244538402 244572894 RP11-518L10.2; ENSG00000173728.6 chr1 245837034 245839780 RP11-522M21.3; ENSG00000162849.9 chr1 246196853 246198905 RP11-83A16.1; ENSG00000185420.13 chr1 246271928 246277168 RP11-36N20.1; ENSG00000185420.13 chr1 247728941 247804156 RP11-978I15.10; ENSG00000169224.8 chr1 247687981 247690054 RP11-978I15.9; ENSG00000169224.8 chr1 246939315 246955687 RP11-439E19.3; ENSG00000223519.2 chr1 247728941 247804156 RP11-978I15.10; ENSG00000177489.1 chr1 247728941 247804156 RP11-978I15.10; ENSG00000177476.2 chr1 248712057 248727140 RP11-438F14.3; ENSG00000182783.3 chr1 247803051 247910364 RP11-634B7.4; ENSG00000241128.1 chr1 247803051 247910364 RP11-634B7.4; ENSG00000169214.2 chr1 247803051 247910364 RP11-634B7.4; ENSG00000197437.2 chr1 lncRNA gene Protein-coding gene + − − − + − − + − − − − − − − + + − + − − − − − + + + − + + − − + − − + + + + + + − − ) contd ( ENSG00000234818.1 chr2 ENSG00000203643.3ENSG00000230790.2 chr2 ENSG00000233718.1 chr2 ENSG00000227210.1 chr2 ENSG00000232642.1 chr2 ENSG00000223754.1 chr2 chr2 ENSG00000239300.1 chr2 ENSG00000235092.1 chr2 ENSG00000223884.1 chr2 ENSG00000228203.1 chr2 ENSG00000224661.1 chr2 ENSG00000224661.1 chr2 ENSG00000247886.1ENSG00000237370.1 chr2 chr2 ENSG00000234171.1 chr2 ENSG00000235078.1 chr2 ENSG00000225234.1 chr2 ENSG00000225619.1 chr2 ENSG00000238224.1 chr1 ENSG00000232192.1 chr1 ENSG00000188206.5 chr1 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000240963.1 chr1 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000232057.1 chr2 ENSG00000242628.1ENSG00000224165.1 chr2 chr2 ENSG00000231612.1 chr1 ENSG00000235096.1 chr1 ENSG00000226876.1 chr1 ENSG00000236817.1 chr1 ENSG00000227135.1 chr1 ENSG00000227953.2 chr1 ENSG00000236817.1 chr1 ENSG00000236817.1 chr1 ENSG00000228643.1 chr2 ENSG00000224521.1 chr1 ENSG00000235749.1 chr1 ENSG00000235749.1 chr1 ENSG00000235749.1 chr1 ENSG00000233296.1 chr2 ENSG00000235403.1ENSG00000236665.1 chr2 chr2 ENSG00000233553.1 chr2

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 38294116 38337044 CYP1B1; 28112808 28561768 BRE; 31133333 31378068 GALNT14; 47630108 47789450 MSH2; 25600067 25896503 DTNB; 37869032 37965611 CDC42EP3; 47747910 47798078 KCNK12; 27070615 27173219 DPYSL5; 38150330 38294285 FAM82A1; 48016455 48132932 FBXO11; 27193480 27250064 MAPRE3; 38789120 38830728 HNRPLL; 27193480 27250064 MAPRE3; 38893052 38968379 GALM; 27265232 27293490 AGBL5; 39024871 39103075 DHX57; 27265232 27293490 AGBL5; 39476407 39664453 MAP4K3; 27505260 27600344 TRIM54; 40339286 40838193 SLC8A1; 27548716 27579868 GTF3C2; 42396490 42559688 EML4; 27548716 27579868 GTF3C2; 43393800 43823185 THADA; 27587219 27593353 EIF2B4; 45168902 45173216 SIX3; 27848506 27851879 CCDC121; 45878484 46415129 PRKCE; 28615315 28640179 FOSL2; 45878484 46415129 PRKCE; 28680012 28866654 PLB1; 45878484 46415129 PRKCE; 29415640 30144432 ALK; 46717889 46769696 ATP6V1E2; 29415640 30144432 ALK; 46768945 46810260 RHOQ; 32582096 32843966 BIRC6; 47043836 47086146 AC016722.2; 33661391 33789817 RASGRP3; 47129009 47168994 MCFD2; 37428755 37458856 CEBPZ; 47143296 47303276 TTC7A; 47272677 47403740 CALM2; + − − − + + − + − − + + + − + − + − − + − − − + − + + + + + + − − − + − + + + − − + − 27579113 27590489 AC074117.10; ENSG00000115207.8 chr2 27579113 27590489 AC074117.10; ENSG00000115211.10 chr2 30113237 30115220 AC106870.1; ENSG00000171094.11 chr2 33780114 33788614 AC020594.5; ENSG00000152689.13 chr2 47713153 47715691 AC138655.6; ENSG00000095002.7 chr2 25643986 25650512 AC104699.1; ENSG00000138101.13 chr2 37827279 37873841 AC006369.2; ENSG00000163171.6 chr2 47754676 47762338 AC138655.4; ENSG00000184261.3 chr2 27173176 27232675 AC013472.4; ENSG00000157851.12 chr2 38177477 38263484 AC016689.1; ENSG00000115841.15 chr2 48132817 48134949 AC079807.2; ENSG00000138081.15 chr2 27173176 27232675 AC013472.4; ENSG00000084764.6 chr2 38302791 38408997 CYP1B1-AS1; ENSG00000138061.7 chr2 38828740 38829320 AC011247.3; ENSG00000143889.10 chr2 27207644 27237480 AC013472.3; ENSG00000084764.6 chr2 38895830 38898563 AC074366.3; ENSG00000143891.12 chr2 27272551 27273132 AGBL5-AS1; ENSG00000084693.11 chr2 39088862 39090275 AC018693.6; ENSG00000163214.14 chr2 27293340 27294641 OST4; ENSG00000084693.11 chr2 39663778 39892483 AC007246.3; ENSG00000011566.8 chr2 27505301 27526416 AC013413.1; ENSG00000138100.8 chr2 40146833 40482349 AC007254.3; ENSG00000183023.12 chr2 27558409 27560670 AC109828.1; ENSG00000115207.8 chr2 42370378 42397441 AC083949.1; ENSG00000143924.14 chr2 43456712 43460533 AC010883.5; ENSG00000115970.12 chr2 45167293 45169012 AC012354.5; ENSG00000138083.3 chr2 27805913 27858041 RP11-158I13.2; ENSG00000176714.9 chr2 45901840 45902615 U51244.2; ENSG00000171132.9 chr2 28530558 28533326 AC093690.1; ENSG00000158019.14 chr2 28607276 28617539 AC104695.3; ENSG00000075426.7 chr2 46305154 46305967 AC017006.2; ENSG00000171132.9 chr2 28856148 28887406 AC074011.2; ENSG00000163803.8 chr2 46393928 46395117 AC017006.3; ENSG00000171132.9 chr2 46726870 46728417 RP11-417F21.2; ENSG00000250565.2 chr2 30122463 30130065 AC106870.2; ENSG00000171094.11 chr2 46795395 46807377 RP11-417F21.1; ENSG00000119729.6 chr2 31209805 31214292 AC009305.1; ENSG00000158089.10 chr2 32602699 32604667 AL133245.1; ENSG00000115760.9 chr2 47079159 47080635 AC016722.3; ENSG00000239332.1 chr2 47126414 47135817 AC016722.4; ENSG00000180398.7 chr2 37440610 37443336 AC007390.6; ENSG00000115816.8 chr2 47262418 47267663 AC093732.1; ENSG00000068724.10 chr2 47294961 47298343 AC073283.7; ENSG00000143933.11 chr2 lncRNA gene Protein-coding gene + + + − − + − + + − − − + − + − + + − + + + − + − − − − − − + + + − + − − − + + − + − ) contd ( Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000224220.1 chr2 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000235760.3 chr2 ENSG00000230286.1 chr2 ENSG00000235848.1 chr2 ENSG00000233230.1 chr2 ENSG00000230286.1 chr2 ENSG00000232973.3 chr2 ENSG00000235586.1 chr2 ENSG00000205500.4 chr2 ENSG00000232518.1 chr2 ENSG00000231636.1 chr2 ENSG00000225284.1 chr2 ENSG00000228474.1 chr2 ENSG00000231312.2 chr2 ENSG00000248793.1 chr2 ENSG00000227028.1 chr2 ENSG00000234945.1 chr2 ENSG00000224875.2 chr2 ENSG00000234072.1 chr2 ENSG00000234936.1 chr2 ENSG00000234072.1 chr2 ENSG00000236502.1 chr2 ENSG00000259080.1 chr2 ENSG00000228481.1 chr2 ENSG00000223522.1 chr2 ENSG00000229951.1 chr2 ENSG00000232696.1 chr2 ENSG00000230730.1 chr2 ENSG00000231336.1 chr2 ENSG00000230737.1 chr2 ENSG00000253515.1 chr2 ENSG00000197644.2 chr2 ENSG00000250116.2 chr2 ENSG00000234579.1 chr2 ENSG00000230046.1 chr2 ENSG00000226548.1 chr2 ENSG00000237133.1 chr2 ENSG00000228925.1 chr2 ENSG00000243788.2 chr2 ENSG00000233845.1 chr2 ENSG00000236213.1 chr2 ENSG00000225187.1 chr2 ENSG00000236558.2 chr2

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 56411258 56613308 CCDC85A; 62115859 62374382 COMMD1; 7116301271163012 71192555 71192555 ATP6V1B1; ATP6V1B1; 5409120454683422 5419797754683422 54896812 PSME4; 54683422 54896812 SPTBN1; 54950636 54896812 SPTBN1; 55514978 55199157 SPTBN1; 55647057 EML6; 60678302 CCDC88A; 61293006 6078070262095224 61391960 BCL11A; 62115939 KIAA1841; 62900986 CCT4; 62900986 6327362264319786 63273622 EHBP1; 64858755 64371588 EHBP1; 66660584 64977449 PELI1; 66660584 66799891 SERTAD2; 66660584 66799891 MEIS1; 68592305 66799891 MEIS1; 69688532 68624585 MEIS1; 69901481 PLEK; AAK1; 6994792370314585 7005359670523107 70316332 ANXA4; 70834750 70529222 PCBP1; 70995357 FAM136A; ADD2; 7120551071213068 7121262671291474 71222075 ANKRD53; 73169165 71306935 TEX261; 73518058 73302747 NAGK; 74153953 73520833 SFXN5; 74588281 74186088 EGR4; 74724644 74619214 DGUOK; 75696428 74732192 DCTN1; 75696428 75796848 LBX2; 76974845 75796848 FAM176A; 79384132 77820445 FAM176A; 79412357 79386879 LRRTM4; 79412357 80875905 REG3A; 80875905 CTNNA2; CTNNA2; 8673055486737547 86948245 86850151 VPS24; RNF103-VPS24; 79412357 80875905 CTNNA2; − + + + + − + − + − + + + − − + + + + − + + − − + + + − + − − + − − − − − − + + − − + 71168947 71175740 AC007040.7; ENSG00000116039.673511662 chr2 73518113 AC010913.1; ENSG00000135625.6 chr2 7117467071174670 71221879 71221879 AC007040.11; AC007040.11; ENSG00000116039.6 ENSG00000144031.7 chr2 chr2 5474318554772505 5476783454888148 54773814 AC092839.3;54974240 54889929 AC092839.4;55535967 54975541 AC093110.3;56401875 55541797 ENSG00000115306.10 AC104781.1; 56412905 ENSG00000115306.10 AC012358.8; chr2 61368732 ENSG00000115306.10 AC007743.1; chr2 62095567 61372104 ENSG00000214595.6 chr2 62296582 62113217 ENSG00000115355.11 AC016747.3; chr2 62374016 ENSG00000055813.4 AC107081.5; chr2 63271057 AC018462.2;64370373 chr2 63275775 ENSG00000162929.964871746 64479993 ENSG00000115484.10 AC009501.4;66653867 chr2 64873832 ENSG00000173163.6 AC074289.1; chr2 66666220 66660602 AC007365.3;66666575 chr2 66668968 ENSG00000115504.9 AC092669.5;68588346 66668968 ENSG00000197329.6 AC092669.4;69871557 chr2 68592716 ENSG00000179833.3 AC092669.1; chr2 70008692 ENSG00000143995.11 AC015969.3; chr2 ENSG00000143995.11 AC092431.1; chr2 ENSG00000143995.11 chr2 ENSG00000115956.9 chr2 ENSG00000115977.13 chr2 chr2 60722821 60727099 AC009970.1;63053199 63085573 ENSG00000119866.15 AC007098.1; chr2 ENSG00000115504.9 chr2 54197975 54307601 AC008280.5; ENSG00000068878.10 chr2 7018939570528583 7031568670914274 70529204 AC136007.2; 70918956 AC022201.5; AC007395.3; ENSG00000169564.571221640 ENSG00000035141.371229661 chr2 71229884 ENSG00000075340.1573181268 chr2 71291873 AC007040.6; chr2 73193366 AC007040.8;74174769 AC012366.1;74612613 74208568 ENSG00000144043.774729722 74621009 ENSG00000124357.7 AC073046.4;75701579 chr2 74731744 ENSG00000144040.8 AC005041.9;75767865 chr2 75709705 RP11-523H20.2;77213091 chr2 75769832 ENSG00000114956.14 AC007099.2;79385500 ENSG00000179528.10 77236917 ENSG00000204843.7 AC007099.1; chr2 79720842 79412649 chr2 AC079117.1;80255138 chr2 79727970 ENSG00000115363.9 AC011754.1; 80257677 ENSG00000115363.9 AC010975.1; chr2 ENSG00000176204.9 AC016716.2; chr2 ENSG00000172016.11 chr2 ENSG00000066032.13 chr2 ENSG00000066032.13 chr2 chr2 70016684 70026080 AC019206.1; ENSG00000196975.9 chr2 86789198 86845889 AC015971.2; ENSG00000249884.3 chr2 86789198 86845889 AC015971.2; ENSG00000115561.10 chr2 80802238 80843663 AC008067.2; ENSG00000066032.13 chr2 lncRNA gene Protein-coding gene − − − − + − − + − − + + − − − − + + − + − + + − + − + + − + + + + + + − − − − − − + + ) contd ( ENSG00000228108.1ENSG00000234943.2 chr2 ENSG00000238018.1 chr2 ENSG00000231334.1 chr2 ENSG00000240401.2 chr2 ENSG00000233251.2 chr2 chr2 ENSG00000212978.4ENSG00000236498.1 chr2 ENSG00000229839.2 chr2 chr2 ENSG00000231609.1ENSG00000225889.2 chr2 ENSG00000226756.1 chr2 ENSG00000226819.1 chr2 ENSG00000230749.2 chr2 ENSG00000244522.1 chr2 ENSG00000203395.2 chr2 ENSG00000234198.2 chr2 ENSG00000248894.1 chr2 chr2 ENSG00000233953.1 chr2 ENSG00000226605.1 chr2 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000239235.3 chr2 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000179818.6ENSG00000233849.1 chr2 ENSG00000235035.1 chr2 ENSG00000239322.1 chr2 chr2 ENSG00000228384.2ENSG00000236469.1 chr2 ENSG00000246813.1 chr2 ENSG00000246432.1 chr2 ENSG00000237883.1 chr2 ENSG00000237737.1 chr2 ENSG00000257702.1 chr2 ENSG00000237293.1 chr2 ENSG00000231172.1 chr2 ENSG00000234653.1 chr2 ENSG00000224879.1 chr2 ENSG00000229385.1 chr2 ENSG00000224731.1 chr2 ENSG00000237031.1 chr2 chr2 ENSG00000258881.1ENSG00000258881.1 chr2 chr2 ENSG00000228363.1 chr2 ENSG00000228363.1 chr2

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 8683051688856259 8685098988856259 8892709495691422 RNF103; 8892709495691422 EIF2AK3; 9571973796850597 EIF2AK3; 9571973797258907 MAL; 9687456397541620 MAL; 9730852498947852 STARD7; 97684175 KIAA1310; 98972468 FAM178B; AC092675.3; 111490150 111875799 ACOXL; 111207418 111230511 LIMS3L; 113914902 113960814 PSD4; 113973574113973574 114036527 114036527 PAX8; PAX8; 115199876 116603328 DPP10; 115199876 116603328 DPP10; 115199876 116603328 DPP10; 118673054 118771709 CCDC93; 118673054 118771709 CCDC93; 119699742 119752236 MARCO; 119981384 120023228 STEAP3; 122484521 122494499 MKI67IP; 106361354 106510730 NCK2; 100163718 100759201 AFF3; 128193783 128284462 IWS1; 107007564 107084832 RGPD3; 106709759 106810795 UXS1; 101436614 101613291 NPAS2; 128293378 128395304 MYO7B; 107418056 107503564 ST6GAL2; 101436614 101613291 NPAS2; 109065017 109125871 GCC2; 101618177 101640494 RPL31; 109150857 109303702 LIMS1; 101624079 101869328 TBC1D8; 102681004 102796334 IL1R1; 105654441 105716418 MRPS9; 105654441 105716418 MRPS9; 105880871 105946491 TGFBRAP1; 105974169 106054960 FHL2; 105974169 106054960 FHL2; 120197419 120282070 SCTR; 120770581 120936695 EPB41L5; − − − + + − − − − − + − − − − + + − + + + + + + − − − + − + + + + + − − − − − + + − + 86789198 86845889 AC015971.2; ENSG00000239305.2 chr2 8883823888927057 8887512895690938 8893133795717140 AC104134.2; 9569245496874154 AC062029.1; 9571892197308474 AC103563.8; ENSG00000172071.6 9690835997584843 AC103563.9; ENSG00000172071.6 9737062298963458 AC012307.3; chr2 ENSG00000172005.6 97591573 AC068539.1; chr2 ENSG00000172005.6 98967603 AC092636.1; chr2 ENSG00000084090.9 AC092675.4; chr2 ENSG00000114982.12 chr2 ENSG00000168754.9 chr2 ENSG00000222000.3 chr2 chr2 113929112 113932937 AC016683.5; ENSG00000125637.10 chr2 111206819111855922 111208641 111873165 RP13-1039J1.3; AC096670.3; ENSG00000256671.3 chr2 ENSG00000153093.13 chr2 106471199 106473633 AC009505.2; ENSG00000071051.9 chr2 101589110 101593623 AC016738.3; ENSG00000170485.12 chr2 113969099 114024587 AC016683.6; ENSG00000125618.12 chr2 113998307115586009 113998987 115591125 RP11-65I12.1; AC068542.1; ENSG00000125618.12 chr2 ENSG00000175497.11 chr2 115591407 115593165 AC068542.2; ENSG00000175497.11 chr2 115888512 115918920 AC066593.1; ENSG00000175497.11 chr2 118617003 118692518 HTR5BP; ENSG00000125633.6 chr2 118753186 118754186 AC009303.1; ENSG00000125633.6 chr2 119706882 119710559 RP11-77A13.1; ENSG00000019169.8 chr2 122407226 122485784 AC018737.1; ENSG00000155438.6 chr2 100721381 100723966 AC092667.2; ENSG00000144218.12 chr2 128225153 128247366 AC010976.2; ENSG00000163166.8 chr2 106795998 106800253 AC018878.3; ENSG00000115652.10 chr2 128317620 128322364 AC010976.1; ENSG00000169994.12 chr2 107450920 107457663 AC016994.2; ENSG00000144057.11 chr2 106998562 107010027 PLGLA; ENSG00000153165.12 chr2 101610138 101618706 AC016738.4; ENSG00000170485.12 chr2 109123971 109150652 AC012487.2; ENSG00000135968.13 chr2 101610138 101618706 AC016738.4; ENSG00000071082.5 chr2 109293251 109295057 AC010095.5; ENSG00000169756.12 chr2 101768122 101771872 AC013722.2; ENSG00000204634.8 chr2 102789081 102798568 AC007271.3; ENSG00000115594.7 chr2 105552869 105654954 AC010884.1; ENSG00000135972.4 chr2 105713510 105719402 AC104655.2; ENSG00000135972.4 chr2 105940667 105946986 AC012360.4; ENSG00000135966.7 chr2 105990550 105992540 AC108058.1; ENSG00000115641.13 chr2 105992323 105995298 AC012360.6; ENSG00000115641.13 chr2 120001998 120006647 AC016736.2; ENSG00000115107.14 chr2 120234024 120244922 AC013275.2; ENSG00000080293.5 chr2 120932461 120974120 AC012363.4; ENSG00000115109.9 chr2 lncRNA gene Protein-coding gene − + + + − − + + + + + + + − − + + − − − − + − + + − − + − − − − − + + + + + − − + − + ) contd ( Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000228363.1 chr2 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000225420.1ENSG00000234028.2 chr2 ENSG00000233850.1 chr2 ENSG00000231062.1 chr2 ENSG00000204685.5 chr2 ENSG00000249715.3 chr2 ENSG00000246515.1 chr2 ENSG00000227987.1 chr2 ENSG00000230393.1 chr2 chr2 ENSG00000231731.2 chr2 ENSG00000233339.1 chr2 ENSG00000230140.1 chr2 ENSG00000250457.1 chr2 ENSG00000227294.1 chr2 ENSG00000240935.2 chr2 ENSG00000223947.1 chr2 ENSG00000214184.3 chr2 ENSG00000223947.1 chr2 ENSG00000228763.1 chr2 ENSG00000246943.1 chr2 ENSG00000234174.1ENSG00000189223.7 chr2 chr2 ENSG00000227574.2ENSG00000204581.2 chr2 chr2 ENSG00000226925.1 chr2 ENSG00000258395.1ENSG00000231538.1 chr2 chr2 ENSG00000224509.1 chr2 ENSG00000235717.1 chr2 ENSG00000231851.1 chr2 ENSG00000235026.1 chr2 ENSG00000235319.1 chr2 ENSG00000125631.7 chr2 ENSG00000243840.1 chr2 ENSG00000238273.2 chr2 ENSG00000235066.1 chr2 ENSG00000235522.1 chr2 ENSG00000259094.1 chr2 ENSG00000229867.1 chr2 ENSG00000231013.1 chr2 ENSG00000224789.1 chr2 ENSG00000236859.1 chr2

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 135596117 135659604 ACMSD; 130831108 130886795 POTEF; 131513008131594489 131525707133402337 131804836 FAM123C; 133429374 133429152 ARHGEF4; 133429374 134326034 LYPD1; 133429374 134326034 NCKAP5; 134326034 NCKAP5; 135675805 NCKAP5; 136545410 135716912136664247 136594750 CCNT2; 143848931 136743670 LCT; 143848931 144525921 DARS; 143848931 144525921 ARHGAP15; 143848931 144525921 ARHGAP15; 144525921 ARHGAP15; ARHGAP15; 161993419162272605 162092732162848751 162282381 TANK; 162931052 TBR1; DPP4; 130737235 130740311130896860 RAB6C; 131278770 130902707 131285579 CCDC74B; CFC1B; 131328402 131341734 AC140481.2; 145121063148602086 145282147149632819 148688393 ZEB2; 150426148 149883273 ACVR2A; 151857734 150444330 KIF5C; 152689290 151905288 MMADHC; 154728426 152955593 AC023469.1; 157180944 155310361 CACNB4; 159027593 157198860 GALNT13; 159313476 159313265 NR4A2; 160175490 159539391 CCDC148; 160175490 160473203 PKP4; 161993419 160473203 BAZ2B; 162092732 BAZ2B; TANK; 143848931143848931 144525921143848931 144525921 ARHGAP15; 144703321 144525921 ARHGAP15; 145090135 ARHGAP15; GTDC1; 163027194163227917 163101661165510134 163695240 FAP; 165944032 165700189 KCNH7; 166060577 COBLL1; SCN3A; + + − − − − + + − − + + + + + + + − − + − − + + − + + − − − + − − + − − + + + − − − − 111154 AC009299.2; ENSG00000136560.8 chr2 131513452 AC140481.8; ENSG00000178171.6 chr2 1111 13150 134311886 134315798 AC011243.1; ENSG00000176771.10 chr2 131341122 131348036 AC140481.4; ENSG00000183292.8 chr2 131588551133418099 131594567133673130 133424563 AC133785.1;134022540 133689067 AC010974.3; 134042334 AC016909.1;135493034 ENSG00000136002.12 AC010890.1;135493034 135676280 ENSG00000150551.9 chr2 136577761 135676280 ENSG00000176771.10 AC016725.4;136742746 chr2 136580657 ENSG00000176771.10 AC016725.4; chr2 143919647 136774099 AC011893.3; chr2 144052990 143929741 ENSG00000153086.9 AC093391.2;144053155 144238358 ENSG00000082258.8 RP11-190J23.1;144276436 chr2 144329674 ENSG00000115850.4 AC096558.1;144398325 chr2 144355571 ENSG00000115866.6 ENSG00000075884.8 RP11-570L15.2; chr2 144413748 RP11-570L15.1; chr2 ENSG00000075884.8 chr2 ENSG00000075884.8 AC092652.1; ENSG00000075884.8 chr2 chr2 chr2 ENSG00000075884.8 chr2 162279170162929766 162280088163018280 162931679 AC009487.4; 163029255 AC008063.2; AC007750.5; ENSG00000136535.9 ENSG00000197635.5 chr2 ENSG00000078098.8 chr2 chr2 130724165130865257 130738039130887194 130867314 AC079776.7;131273570 130896990 AC018804.3; 131284264 AC018804.4; ENSG00000222014.4 AC013269.3; ENSG00000196604.7 chr2 ENSG00000152076.13 chr2 ENSG00000152093.3 chr2 chr2 148656970149635630 148660525150443710 149643156 AC009480.3;151839020 150704747 AC105402.4;152954842 151859988 AC144449.1;155292365 152965716 ENSG00000121989.10 AC023469.2;157193084 155313950 ENSG00000168280.11 AC079790.2; chr2 159023162 157198632 ENSG00000168288.7 AC009227.2; chr2 159514849 159092681 ENSG00000222031.1 AC074099.1;160242878 chr2 159591514 ENSG00000182389.12 AC069146.2;160471807 chr2 160261143 ENSG00000144278.10 AC005042.4; chr2 161952742 160473593 ENSG00000153234.9 AC008277.1; chr2 162079296 162016735 ENSG00000153237.12 AC009506.1; chr2 162 ENSG00000144283.15 AC009313.1; chr2 ENSG00000123636.12 chr2 ENSG00000123636.12 chr2 ENSG00000136560.8 chr2 chr2 144433734144524189 144498863144694640 144533642 RP11-434H14.1;145275982 144721723 CTD-2252P21.1; ENSG00000075884.8 145278683 AC016910.1; ENSG00000075884.8 ZEB2-AS1; chr2 chr2 ENSG00000121964.9 ENSG00000169554.8 chr2 chr2 163625446165697259 163654482165848494 165705844 AC007740.1; 165947803 AC019181.2; AC013463.2; ENSG00000184611.7 ENSG00000082438.10 chr2 ENSG00000153253.10 chr2 chr2 lncRNA gene Protein-coding gene − + + + + − − + + − − − − − − + + − + + − − − − − + + + − + + − + + − − − − + + + + + ) contd ( ENSG00000233221.2ENSG00000230065.1 chr2 ENSG00000233729.1 chr2 ENSG00000226953.2 chr2 ENSG00000223430.1 chr2 ENSG00000224043.3 chr2 ENSG00000224043.3 chr2 ENSG00000226806.1 chr2 ENSG00000231890.1 chr2 ENSG00000257284.1 chr2 ENSG00000228655.2 chr2 ENSG00000257640.1 chr2 ENSG00000258268.1 chr2 ENSG00000231758.2 chr2 chr2 ENSG00000224076.1ENSG00000230918.1 chr2 ENSG00000236841.1 chr2 chr2 ENSG00000224087.1ENSG00000223760.3 chr2 ENSG00000225819.1 chr2 ENSG00000232408.1 chr2 chr2 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000225449.1 chr2 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000229797.1 chr2 ENSG00000223911.1ENSG00000231079.1 chr2 ENSG00000231969.1 chr2 ENSG00000228064.1 chr2 ENSG00000225214.1 chr2 ENSG00000224675.1 chr2 ENSG00000245949.1 chr2 ENSG00000227480.2 chr2 ENSG00000204380.2 chr2 ENSG00000223642.1 chr2 ENSG00000224152.1 chr2 ENSG00000224467.1 chr2 ENSG00000235724.1 chr2 chr2 ENSG00000257277.1ENSG00000257226.1 chr2 ENSG00000232377.1 chr2 ENSG00000238057.2 chr2 chr2 ENSG00000237750.2ENSG00000233255.1 chr2 ENSG00000236283.1 chr2 chr2

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 175936978 176033110 ATF2; 175424300 175547644 WIPF1; 175612320 175629200 CHRNA1; 174219548175424300 174233725 175547644 CDCA7; WIPF1; 187558698 187630685 FAM171B; 173940163 174132738 AC013461.1; 181831975181831975 181941312183943287 181941312 UBE2E3; 186603355 183964733 UBE2E3; 186603355 186698017 DUSP19; 187454790 186698017 FSIP2; 187545628 FSIP2; ITGAV; 173420101 173489823 PDK1; 173600002 173917621 RAPGEF4; 179390716 179695529 TTN; 173292082 173371181 ITGA6; 179296141 179316239 PRKRA; 179390716 179695529 TTN; 173292082 173371181 ITGA6; 178257372 178408564 AGPS; 178479026178492797 178483694 178973081 TTC30A; PDE11A; 171669723 171717661 GAD1; 173292082 173371181 ITGA6; 178092323 178257425 NFE2L2; 171034655 171511662 MYO3B; 178077291 178086111 HNRNPA3; 171034655 171511662 MYO3B; 177053307 177055688 HOXD1; 168675182169312759 168727366171034655 169631644 B3GALT1; 171511662 CERS6; MYO3B; 177001340 177039577 HOXD3; 167744997 168116263 XIRP2; 177001340 177039577 HOXD3; 167051695 167232503 SCN9A; 176994422 176997423 HOXD8; 189896622 190044605 COL5A2; 166713985 166810353 TTC21B; 176987088 176989853 HOXD9; 188207856188328957 188313187 188430487 CALCRL; TFPI; − − − + − + + + + + + + + + + − + − − + + − − + + − + + + + + + + + + + − + − − + − − 175411869 175639555 AC018890.6; ENSG00000138435.10 chr2 175411869 175639555 AC018890.6; ENSG00000115935.11 chr2 174031174 174146764 MLK7-AS1; ENSG00000091436.12 chr2 171199982 171207621 AC012594.1; ENSG00000071909.12 chr2 171197596 171200021 AC068280.1; ENSG00000071909.12 chr2 176032632 176033250 AC096649.2; ENSG00000115966.11 chr2 175439955 175452454 AC010894.5; ENSG00000115935.11 chr2 174203068 174220936 AC092573.3; ENSG00000144354.9 chr2 187506066 187560014 AC017101.10; ENSG00000144369.7 chr2 181844154 181844817 AC104076.3; ENSG00000170035.9 chr2 181940778183948133 181970695186584601 183973247 AC068196.1;186648418 186605206 AC064871.3;187506066 186664878 AC007966.1; ENSG00000170035.9 187560014 AC008174.3; ENSG00000162999.8 AC017101.10; chr2 ENSG00000188738.8 chr2 ENSG00000188738.8 ENSG00000138448.6 chr2 chr2 chr2 173345568 173421324 AC093818.1; ENSG00000152256.8 chr2 173541869 173600934 AC018712.3; ENSG00000091428.11 chr2 179501287 179578965 AC010680.1; ENSG00000155657.16 chr2 173345568 173421324 AC093818.1; ENSG00000091409.10 chr2 179278666 179303866 AC009948.5; ENSG00000180228.8 chr2 179387554 179484941 AC009948.3; ENSG00000155657.16 chr2 173328990 173330750 AC078883.3; ENSG00000091409.10 chr2 178148236 178257419 AC074286.1; ENSG00000018510.7 chr2 178467817 178483300 AC073834.3; ENSG00000197557.4 chr2 178563157 178588017 AC012499.1; ENSG00000128655.10 chr2 171672803 171674547 AC007405.8; ENSG00000128683.8 chr2 173292502 173293331 AC078883.4; ENSG00000091409.10 chr2 178129087 178130243 AC079305.10; ENSG00000116044.10 chr2 171494879 171551884 AC007277.3; ENSG00000071909.12 chr2 178020350 178077390 AC079305.8; ENSG00000170144.12 chr2 177037923 177053686 AC009336.23; ENSG00000128645.10 chr2 168671284 168797654 AC016723.4; ENSG00000172318.3 chr2 169628463 169642939 AC009475.2; ENSG00000172292.9 chr2 177037923 177053686 AC009336.23; ENSG00000128652.6 chr2 167980414 167997465 RP11-786A6.1; ENSG00000163092.14 chr2 176986339 177001826 AC009336.21; ENSG00000128652.6 chr2 166938041 167158294 AC010127.3; ENSG00000169432.10 chr2 176986339 177001826 AC009336.21; ENSG00000175879.7 chr2 189959789 189960884 AC133106.2; ENSG00000204262.6 chr2 166790367 166806401 AC010127.5; ENSG00000123607.10 chr2 176986339 177001826 AC009336.21; ENSG00000128709.9 chr2 187867947 188419390 AC007319.1; ENSG00000064989.8 chr2 187867947 188419390 AC007319.1; ENSG00000003436.10 chr2 lncRNA gene Protein-coding gene + + + + − + − − − − − − − − − − + − + + − − + + − − + − − − − − − − − − − + − + + − + ) contd ( ENSG00000237380.2 chr2 ENSG00000229750.1 chr2 ENSG00000237798.1 chr2 ENSG00000236449.1 chr2 ENSG00000224063.1 chr2 ENSG00000236391.2 chr2 ENSG00000236449.1 chr2 ENSG00000227227.1 chr2 ENSG00000238133.2 chr2 ENSG00000236153.1 chr2 ENSG00000238171.1ENSG00000224643.1 chr2 ENSG00000226747.2 chr2 ENSG00000231646.1 chr2 ENSG00000227227.1 chr2 chr2 ENSG00000225205.1 chr2 ENSG00000228016.1 chr2 ENSG00000234483.1 chr2 ENSG00000225205.1 chr2 ENSG00000223960.1 chr2 ENSG00000237298.1 chr2 ENSG00000232788.1 chr2 ENSG00000213963.2 chr2 ENSG00000237655.1 chr2 ENSG00000229941.1 chr2 ENSG00000235934.1 chr2 ENSG00000226963.1 chr2 ENSG00000222043.2 chr2 ENSG00000213981.3 chr2 ENSG00000229337.1 chr2 ENSG00000231898.2 chr2 ENSG00000224189.2 chr2 ENSG00000235335.2 chr2 ENSG00000227617.2ENSG00000244445.1 chr2 chr2 ENSG00000224189.2 chr2 ENSG00000254552.1 chr2 ENSG00000237380.2 chr2 ENSG00000236107.2 chr2 ENSG00000237380.2 chr2 ENSG00000228073.1 chr2 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000224490.1 chr2 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000224063.1 chr2

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 192109911 192290115 MYO1B; 190611386191511472 190627953 191557492 OSGEPL1; NAB1; 211052663211295973 211090215214149113 211342376 ACADL; 215275225 LANCL1; SPAG16; 214149113 215275225 SPAG16; 202937978202937978 203062585 203062585 AC079354.1; AC079354.1; 217122588 217236750 MARCH4; 191829084191894302 191885686 192016322 STAT1; STAT4; 191745553 191830278 GLS; 206546562206858445 206662857206858445 206951027 NRP2; 206986149 206951027 INO80D; 207308263 207024327 INO80D; 208394461 207485851 NDUFS1; 208445355 208468155 ADAM23; 208490652 CREB1; METTL21A; 204192942 204301606 ABI2; 217277137217277137 217347776 217347776 SMARCAL1; SMARCAL1; 192699028 192711981 SDPR; 209100951210885435 209130798 211036107 IDH1; C2orf67; 192813769192813769 193060435197063977 193060435 TMEFF2; 197831741 197458416 TMEFF2; 198669426 198175897 HECW2; 198669426 199437305 ANKRD44; 198669426 199437305 PLCL1; 199437305 PLCL1; PLCL1; 200134223201675317 200335989201773696 201688569 SATB2; 201843216 201828403 BZW1; 201980827 201936394 ORC2; 202029033 FAM126B; CFLAR; 200134223 200335989 SATB2; 215275789 215443683 VWC2L; 215796266215796266 216003151217122588 216003151 ABCA12; 217236750 ABCA12; MARCH4; + + − − − + − + + + − − − + + − + + + − − − − − − − + + + − − + − + − − + − + + − − − 211189483 211333970 AC007970.1; ENSG00000115365.7 chr2 217250011 217277419 AC098820.2; ENSG00000138375.8 chr2 192711279 192901485 AC098617.2; ENSG00000168497.4 chr2 209119971 209120905 AC016697.3; ENSG00000138413.9 chr2 192711279 192901485 AC098617.2; ENSG00000144339.7 chr2 211036242 211095107 AC006994.2; ENSG00000115361.3 chr2 215114764 215548970 AC107218.3; ENSG00000144451.13 chr2 215114764 215548970 AC107218.3; ENSG00000174453.5 chr2 215825116 215826786 AC072062.1; ENSG00000144452.10 chr2 190627430 190630282 RP11-455J20.2; ENSG00000128694.7 chr2 203043383204193182 203044114 204193949 AC079354.5; RP11-363J17.1; ENSG00000182329.6 ENSG00000138443.10 chr2 chr2 202978349 202981781 AC079354.3; ENSG00000182329.6 chr2 217168048 217186460 AC069155.1; ENSG00000144583.4 chr2 191886252192093891 191897040 192110898 AC067945.4; AC092614.2; ENSG00000138378.13 ENSG00000128641.12 chr2 chr2 191882680 191883805 AC067945.2; ENSG00000115415.13 chr2 191541670191745523 191573442 191746785 AC006460.2; AC005540.3; ENSG00000138386.12 ENSG00000115419.8 chr2 chr2 206854309206949329 206865582206980271 206951288 AC007679.3;207471221 206987047 AC007383.3;208104588 207474536 AC007383.4;208461889 ENSG00000114933.10 208394519 AC010731.2; ENSG00000114933.10 208464480 chr2 AC007879.5; ENSG00000023228.8 chr2 AC079767.2; ENSG00000114948.7 chr2 ENSG00000118260.8 chr2 ENSG00000144401.9 chr2 chr2 206624221 206628730 AC007362.3; ENSG00000118257.11 chr2 217343753 217363484 AC098820.3; ENSG00000138375.8 chr2 210895457 210929080 AC007038.7; ENSG00000144445.10 chr2 192787272197124748 192895368198062715 197128928 AC098617.1;199052526 198063997 AC020571.3;199164087 199056245 AC013264.2;199417919 ENSG00000144339.7 199239821 AC109589.1;200190033 ENSG00000138411.5 199637080 AC005235.1; chr2 ENSG00000065413.12 200194085 AC019330.1; chr2 ENSG00000115896.10 chr2 RP11-486F17.1; ENSG00000115896.10 chr2 ENSG00000119042.11 ENSG00000115896.10 chr2 chr2 chr2 214431233 214492419 AC114499.1; ENSG00000144451.13 chr2 201645218201827986 201676565201827986 201873825 AC007163.6;202005007 201873825 AC005037.3; 202022515 AC005037.3; ENSG00000082153.12 CFLAR-AS1; ENSG00000115942.4 chr2 ENSG00000155744.4 ENSG00000003402.12 chr2 chr2 chr2 200322423 200341658 AC017096.1; ENSG00000119042.11 chr2 215887270217124318 215903765 217130853 AC072062.3; AC012513.6; ENSG00000144452.10 ENSG00000144583.4 chr2 chr2 lncRNA gene Protein-coding gene + − − − − + − + + − − + + + − − + + − − + + + + + + − − − + + − − − + + − + − + + + + ) contd ( Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000253559.1 chr2 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000231903.1ENSG00000256458.1 chr2 chr2 ENSG00000235042.1 chr2 ENSG00000231858.1ENSG00000227542.1 chr2 chr2 ENSG00000233766.1 chr2 ENSG00000230686.1 chr2 ENSG00000228509.1ENSG00000235852.1 chr2 chr2 ENSG00000225610.1ENSG00000227946.1 chr2 ENSG00000231955.1 chr2 ENSG00000228577.1 chr2 ENSG00000223725.1 chr2 ENSG00000242128.1 chr2 ENSG00000231908.1 chr2 chr2 ENSG00000225216.1 chr2 ENSG00000232485.2 chr2 ENSG00000233766.1 chr2 ENSG00000229127.1ENSG00000231294.1 chr2 chr2 ENSG00000232452.1ENSG00000229056.1 chr2 ENSG00000231621.1 chr2 ENSG00000237035.1 chr2 ENSG00000236653.1 chr2 ENSG00000225421.1 chr2 ENSG00000257045.1 chr2 chr2 ENSG00000234281.1ENSG00000236738.2 chr2 ENSG00000197585.5 chr2 chr2 ENSG00000230408.2ENSG00000183308.6 chr2 ENSG00000183308.6 chr2 ENSG00000226312.2 chr2 ENSG00000222035.1 chr2 chr2 ENSG00000225953.2 chr2 ENSG00000197585.5 chr2 ENSG00000229267.1 chr2 ENSG00000227769.2ENSG00000231092.1 chr2 ENSG00000233581.1 chr2 chr2

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 219135115 219211516 PNKD; 220114433 220142892 TUBA4A; 234545100 234681951 UGT1A10; 217362912 217443903 RPL37A; 220238268 220586393 DNPEP; 234580499 234681946 UGT1A9; 217277137 217347776 SMARCAL1; 223725652 223809357 ACSL3; 234590584 234681945 UGT1A7; 217536828 217560248 IGFBP5; 224822121 224832431 MRPL44; 217724181 217724787 TNP1; 228029281 228179508 COL4A3; 217735495 217736362 AC007557.1; 228189867 228222550 MFF; 218148742 218621316 DIRC3; 231032009 231090444 SP110; 218664512 218867718 TNS1; 231032009 231090444 SP110; 218899683 218955304 RUFY4; 231032009 231090444 SP110; 219221579 219232822 C2orf62; 231280657 231408805 SP100; 219221579 219232822 C2orf62; 231772033 231825781 GPR55; 219824377 219826876 CDK5R2; 232825955 233209060 DIS3L2; 219867568 219906249 CCDC108; 233243244 233247599 ALPP; 220154345 220174370 PTPRN; 233414762 233448354 EIF4E2; 220238268 220586393 DNPEP; 233562009 233725285 GIGYF2; 220283099 220291461 DES; 234526291 234681956 UGT1A8; 220299568 220363009 SPEG; 234545100 234681951 UGT1A10; 220363589 220371710 GMPPA; 234580499 234681946 UGT1A9; 220378892 220403494 ACCN4; 234590584 234681945 UGT1A7; 234600253 234681946 UGT1A6; 234526291 234681956 UGT1A8; + + − + + + + − + − + + + − − − − + − + + + + − + + − − + − + − + + + + + + + + + + + 220117965 220136910 TUBA4B; ENSG00000127824.9 chr2 234651396 234652661 DNAJB3; ENSG00000242515.1 chr2 217343753 217363484 AC098820.3; ENSG00000197756.4 chr2 220551709 220579408 AC009502.4; ENSG00000123992.13 chr2 234651396 234652661 DNAJB3; ENSG00000241119.1 chr2 217347755 217351919 AC098820.4; ENSG00000138375.8 chr2 223782105 223784081 AC097461.4; ENSG00000123983.9 chr2 234651396 234652661 DNAJB3; ENSG00000244122.2 chr2 217559187 217858722 AC007563.5; ENSG00000115461.4 chr2 224830418 224832423 AC073641.2; ENSG00000135900.3 chr2 217559187 217858722 AC007563.5; ENSG00000118245.2 chr2 228085768 228189917 AC097662.2; ENSG00000169031.13 chr2 217735164 217738655 AC007563.1; ENSG00000223874.1 chr2 228085768 228189917 AC097662.2; ENSG00000168958.15 chr2 218147462 218200843 AC009492.1; ENSG00000231672.2 chr2 230990026 231032210 AC093171.1; ENSG00000135899.11 chr2 218843430 218857338 AC010136.2; ENSG00000079308.11 chr2 231036839 231038822 AC009950.2; ENSG00000135899.11 chr2 218923878 218930452 CXCR2P1; ENSG00000188282.8 chr2 231067826 231099681 AC009950.1; ENSG00000135899.11 chr2 219191612219191612 219222689 219222689 AC021016.8; AC021016.8; ENSG00000127838.9 ENSG00000158428.3 chr2 chr2 231385309 231444721 AC010149.4; ENSG00000067066.11 chr2 219231388 219232558 AC021016.6; ENSG00000158428.3 chr2 231773567 231774817 AC012507.4; ENSG00000135898.5 chr2 219809351 219826625 AC097468.7; ENSG00000171450.4 chr2 232843198 232880430 AC105461.1; ENSG00000144535.14 chr2 219866937 219880443 AC097468.4; ENSG00000181378.8 chr2 233244345 233246384 AC068134.8; ENSG00000163283.6 chr2 220163724 220168852 AC114803.3; ENSG00000054356.6 chr2 233445658 233449247 AC073254.1; ENSG00000135930.9 chr2 220253218 220268355 AC053503.4; ENSG00000123992.13 chr2 233624856 233632659 AC064852.4; ENSG00000204120.9 chr2 220289793 220290906 AC053503.6; ENSG00000175084.7 chr2 234602080 234617345 AC114812.8; ENSG00000242366.1 chr2 220346795 220381599 AC053503.11; ENSG00000072195.9 chr2 234602080 234617345 AC114812.8; ENSG00000242515.1 chr2 220346795 220381599 AC053503.11; ENSG00000144591.11 chr2 234602080 234617345 AC114812.8; ENSG00000241119.1 chr2 220346795 220381599 AC053503.11; ENSG00000072182.8 chr2 234602080 234617345 AC114812.8; ENSG00000244122.2 chr2 234602080 234617345 AC114812.8; ENSG00000167165.11 chr2 234651396 234652661 DNAJB3; ENSG00000242366.1 chr2 lncRNA gene Protein-coding gene − + − − − − + − + − − − + + + + − + − − − − + − − + − + + − + − − − − − − − − − − − − ) contd ( Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000232485.2 chr2 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000227802.1 chr2 ENSG00000241520.1 chr2 ENSG00000234193.1 chr2 ENSG00000227802.1 chr2 ENSG00000236886.1 chr2 ENSG00000228802.1 chr2 ENSG00000236886.1 chr2 ENSG00000236432.2 chr2 ENSG00000236295.1 chr2 ENSG00000236432.2 chr2 ENSG00000233143.1 chr2 ENSG00000231578.1 chr2 ENSG00000223923.1 chr2 ENSG00000225963.1 chr2 ENSG00000229754.1 chr2 ENSG00000243565.1 chr2 ENSG00000237281.1ENSG00000237281.1 chr2 chr2 ENSG00000235419.1 chr2 ENSG00000225062.1 chr2 ENSG00000230385.1 chr2 ENSG00000235024.1 chr2 ENSG00000227033.1 chr2 ENSG00000224090.1 chr2 ENSG00000224516.1 chr2 ENSG00000243910.3ENSG00000230432.1 chr2 chr2 ENSG00000237126.1 chr2 ENSG00000229525.1 chr2 ENSG00000241409.1 chr2 ENSG00000234638.1 chr2 ENSG00000224814.1 chr2 ENSG00000227432.1 chr2 ENSG00000224814.1 chr2 ENSG00000227432.1 chr2 ENSG00000224814.1 chr2 ENSG00000227432.1 chr2 ENSG00000224814.1 chr2 ENSG00000227308.1 chr2 ENSG00000224814.1 chr2 ENSG00000227802.1 chr2 ENSG00000227802.1 chr2

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 238279 451090 CHL1; 238279 451090 CHL1; 681168868116886811688 7783215 7783215 GRM7; 7783215 GRM7; GRM7; 9022275 9404737 SRGAP3; 9022275 9404737 SRGAP3; 5163905 5222596 ARL8B; 8543393 8609805 LMCD1; 45350325020801 4889524 5027008 ITPR1; BHLHE40; 2140497 3099645 CNTN4; 2140497 3099645 CNTN4; 234600253 234681946 UGT1A6; 241938255242254515 242034983242498136 242293442 SNED1; 242513546 SEPT2; BOK; 241938255 242034983 SNED1; 234621638 234681945 UGT1A5; 242641450242673994 242668893242673994 242708231 ING5; 242716240 242708231 D2HGDH; 242749920 242743623 D2HGDH; 242836136 242758739 GAL3ST2; 242844702 NEU4; AC131097.4; 234627424 234681945 UGT1A4; 234637754 234681945 UGT1A3; 234526291234545100 234681956234580499 234681951 UGT1A8; 234590584 234681946 UGT1A10; 234600253 234681945 UGT1A9; 234621638 234681946 UGT1A7; 234627424 234681945 UGT1A6; 234637754 234681945 UGT1A5; 234826043 234681945 UGT1A4; 237232794 234928166 UGT1A3; 237993955 237416185 TRPM8; 239146908 238009109 IQCA1; 239152679 239149303 COPS8; 239335383 239198743 HES6; 241858202 239360891 PER2; 241858202 241932728 ASB1; 241932728 AC104809.3; AC104809.3; − + + + − + + + + + + + + + + + + + + + − + + + + + + + + + + + + + + + − + − − + + + 237441 239024 CHL1-AS2; ENSG00000134121.5 chr3 405053 427478 CHL1-AS1; ENSG00000134121.5 chr3 9234177 9236137 SRGAP3-AS2; ENSG00000196220.9 chr3 667337669343197561428 6847136 6935709 GRM7-AS3; 7602020 GRM7-AS2; GRM7-AS1; ENSG00000196277.10 ENSG00000196277.10 chr3 ENSG00000196277.10 chr3 chr3 9055807 9057663 SRGAP3-AS1; ENSG00000196220.9 chr3 5198590 5229014 AC026202.3; ENSG00000134108.7 chr3 7994492 8653610 AC087859.1; ENSG00000071282.7 chr3 47908764938493 4793274 5021646 EGOT; AC018816.4; ENSG00000134107.4 ENSG00000150995.12 chr3 chr3 3081345 3102829 CNTN4-AS1; ENSG00000144619.10 chr3 2152093 2185925 CNTN4-AS2; ENSG00000144619.10 chr3 234651396 234652661 DNAJB3; ENSG00000167165.11 chr2 242290755242483818 242292519 242498392 AC005104.3; BOK-AS1; ENSG00000168385.12 chr2 ENSG00000176720.3 chr2 241955016 242003533 AC005237.4; ENSG00000162804.9 chr2 241949462 241950161 AC093585.6; ENSG00000162804.9 chr2 234651396 234652661 DNAJB3; ENSG00000240224.1 chr2 242674130242694208 242674913242740331 242695155 AC114730.8;242749407 242741322 AC114730.7;242823514 242753111 AC114730.5; ENSG00000180902.11 243020873 AC114730.3; ENSG00000180902.11 chr2 AC131097.3; ENSG00000154252.11 chr2 ENSG00000204099.6 chr2 ENSG00000216921.3 chr2 chr2 242664030 242665108 AC114730.11; ENSG00000168395.10 chr2 234651396 234652661 DNAJB3; ENSG00000244474.1 chr2 234651396 234652661 DNAJB3; ENSG00000243135.1 chr2 234662951234662951 234663991234662951 234663991 AC114812.5;234662951 234663991 AC114812.5;234662951 234663991 AC114812.5; ENSG00000242515.1234662951 234663991 AC114812.5; ENSG00000241119.1234662951 234663991 chr2 AC114812.5; ENSG00000244122.2234854790 234663991 chr2 AC114812.5; ENSG00000167165.11237299717 234864079 chr2 AC114812.5; ENSG00000240224.1237968077 chr2 237301031 AC005538.5; ENSG00000244474.1239140325 237994460 chr2 AC019068.2; ENSG00000243135.1239140325 239164274 chr2 AC105760.2; ENSG00000144481.12239335718 239164274 chr2 AC096574.4; ENSG00000132321.11241894034 chr2 239336370 AC096574.4; ENSG00000198612.6241920932 chr2 241906868 AC016999.2; ENSG00000144485.6 241925489 chr2 AC104809.4; ENSG00000132326.7 chr2 AC104809.2; ENSG00000065802.7 chr2 ENSG00000226321.3 chr2 ENSG00000226321.3 chr2 chr2 234662951 234663991 AC114812.5; ENSG00000242366.1 chr2 lncRNA gene Protein-coding gene + − − − − + − − − − − − − − − − − − − + − − − − − − − − − − − − − − − + − + + − − − − ) contd ( ENSG00000228723.1 chr3 ENSG00000226258.2ENSG00000237665.1 chr3 ENSG00000236202.1 chr3 ENSG00000227110.2 chr3 chr3 ENSG00000224808.1 chr3 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000227802.1 chr2 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000233912.1 chr3 ENSG00000223374.1ENSG00000234235.1 chr2 chr2 ENSG00000225521.1 chr2 ENSG00000227802.1 chr2 ENSG00000235947.1ENSG00000235831.2 chr3 chr3 ENSG00000215692.2ENSG00000234793.1 chr2 ENSG00000215023.2 chr2 ENSG00000224272.2 chr2 ENSG00000233806.2 chr2 ENSG00000224318.1 chr2 chr3 ENSG00000235351.1 chr2 ENSG00000227802.1 chr2 ENSG00000234661.1 chr3 ENSG00000237990.1 chr3 ENSG00000227802.1 chr2 ENSG00000227588.2 chr3 ENSG00000178836.6ENSG00000178836.6 chr2 ENSG00000178836.6 chr2 ENSG00000178836.6 chr2 ENSG00000178836.6 chr2 ENSG00000178836.6 chr2 ENSG00000178836.6 chr2 ENSG00000237581.1 chr2 ENSG00000232893.1 chr2 ENSG00000227252.1 chr2 ENSG00000225057.2 chr2 ENSG00000225057.2 chr2 ENSG00000229915.1 chr2 ENSG00000233392.1 chr2 ENSG00000223991.1 chr2 ENSG00000229996.1 chr2 chr2 ENSG00000178836.6 chr2

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 9987226 9994078 PRRT3; 902227594045269404526 94047379439299 9428475 SRGAP3; 9428475 THUMPD3; 9520924 THUMPD3; SETD5; 9022275 9404737 SRGAP3; 11597544 11762220 VGLL4; 11034410 11080933 SLC6A1; 10004221 10052800 TMEM111; 10327359 10334631 GHRL; 1259851312938719 12625212 13114617 MKRN2; IQSEC1; 10327359 10334631 GHRL; 1352122414186647 1354791614444076 14220283 HDAC11; 14530857 XPC; SLC6A6; 42530791 42579059 VIPR1; 15468862 15484120 EAF1; 14716606 14814541 C3orf20; 4264210642695176 42690227 42709072 NKTR; ZBTB47; 16844159 17132094 PLCL2; 14860469 14975895 FGD5; 17199899 18486309 TBC1D5; 14989091 15095107 NR2C2; 18386864 18487080 SATB1; 15296360 15382875 SH3BP5; 20202085 20227784 SGOL1; 2145991521459915 2241481223847394 22414812 ZNF385D; 23932807 ZNF385D; UBE2E1; 24158651 24536773 THRB; 29322473 30051886 RBMS3; 29322473 30051886 RBMS3; 29322473 30051886 RBMS3; 3169938232726637 3211907235680437 3281536737493606 OSBPL10; 35835988 CNOT10; 37865005 ARPP21; ITGA9; 37493606 37865005 ITGA9; 38080696 38165516 DLEC1; 3849534240428647 38524948 40470110 ACVR2B; ENTPD3; − − − + + + − − − + − − + + − + + + + + + + + − + − − − − − + − + + + − + + + + + + + 933427293913739391373 94049879989088 9440263 RP11-380O24.1; 9440263 RP11-58B17.1; 9996471 ENSG00000134077.10 RP11-58B17.1; PRRT3-AS1; ENSG00000134077.10 chr3 ENSG00000168137.11 chr3 chr3 ENSG00000163704.7 chr3 9298443 9299191 SRGAP3-AS4; ENSG00000196220.9 chr3 9258579 9261192 SRGAP3-AS3; ENSG00000196220.9 chr3 11760915 11770134 AC090939.2; ENSG00000144560.9 chr3 11047784 11060910 SLC6A1-AS1; ENSG00000157103.6 chr3 10028577 10048674 AC034193.5; ENSG00000125037.7 chr3 10326103 10327430 GHRLOS2; ENSG00000157017.11 chr3 1259526713054481 12602519 13057307 MKRN2-AS1; AC069271.1; ENSG00000075975.11 ENSG00000144711.8 chr3 chr3 10327472 10334334 GHRLOS; ENSG00000157017.11 chr3 1351848214186320 13521553 14189784 HDAC11-AS1; AC093495.4; ENSG00000163517.10 chr3 ENSG00000154767.9 chr3 42572388 42574098 VIPR1-AS1; ENSG00000114812.8 chr3 15480576 15482101 EAF1-AS1; ENSG00000144597.9 chr3 1453061914806459 14583588 14808947 GRIP2; AC090957.2; ENSG00000131379.5 ENSG00000131389.12 chr3 chr3 4264345542643455 42695880 42695880 RP4-613B23.1; RP4-613B23.1; ENSG00000114857.13 ENSG00000114853.8 chr3 chr3 17084268 17085684 PLCL2-AS1; ENSG00000154822.10 chr3 14961854 14989931 AC090937.2; ENSG00000154783.6 chr3 18031515 18037036 AC132807.1; ENSG00000131374.9 chr3 14961854 14989931 AC090937.2; ENSG00000177463.11 chr3 18486516 18568819 AC144521.1; ENSG00000182568.10 chr3 15295691 15306000 AC087590.3; ENSG00000131370.11 chr3 20215736 20227919 SGOL1-AS1; ENSG00000129810.10 chr3 2158430821984058 2162145123845515 22021320 ZNF385D-AS1; 23848396 ZNF385D-AS2; ENSG00000151789.5 UBE2E1-AS1; ENSG00000151789.5 chr3 ENSG00000170142.7 chr3 chr3 24535578 24541502 AC012087.2; ENSG00000151090.12 chr3 29305685 29332217 RBMS3-AS3; ENSG00000144642.15 chr3 29657466 29684300 RBMS3-AS2; ENSG00000144642.15 chr3 29968302 29975647 RBMS3-AS1; ENSG00000144642.15 chr3 3174555032772127 3176314435691689 3277894637786923 OSBPL10-AS1; 35693453 CNOT10-AS1; 37795488 ENSG00000144645.9 ARPP21-AS1; AC093415.3; ENSG00000182973.13 chr3 ENSG00000172995.12 chr3 ENSG00000144668.7 chr3 chr3 37795180 37903271 AC093415.2; ENSG00000144668.7 chr3 38144620 38164574 AP006309.4; ENSG00000008226.15 chr3 3849251840355293 38496311 40494820 RP11-216F19.1; ENTPD3-AS1; ENSG00000114739.8 ENSG00000168032.4 chr3 chr3 lncRNA gene Protein-coding gene + − − − + + + − + + + + − + − − − − − − − − + − + + + + + − + − − − + − − − − − − − − ) contd ( ENSG00000180385.4 chr3 ENSG00000254485.1ENSG00000206573.4 chr3 ENSG00000206573.4 chr3 ENSG00000230082.1 chr3 chr3 ENSG00000231177.4 chr3 ENSG00000235830.1 chr3 ENSG00000225526.1ENSG00000246066.1 chr3 chr3 ENSG00000240288.1 chr3 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000227929.2 chr3 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000224386.1 chr3 ENSG00000244502.2ENSG00000228242.1 chr3 chr3 ENSG00000232287.2 chr3 ENSG00000144596.7ENSG00000230172.1 chr3 chr3 ENSG00000230084.1ENSG00000230084.1 chr3 chr3 ENSG00000226441.1 chr3 ENSG00000225733.1 chr3 ENSG00000226238.1 chr3 ENSG00000225733.1 chr3 ENSG00000228956.1 chr3 ENSG00000224660.1 chr3 ENSG00000237485.1 chr3 ENSG00000249786.1 chr3 ENSG00000225542.1ENSG00000223351.1 chr3 ENSG00000223791.1 chr3 chr3 ENSG00000228791.1 chr3 ENSG00000235904.1 chr3 ENSG00000203506.2 chr3 ENSG00000235593.1 chr3 ENSG00000232490.2ENSG00000251224.1 chr3 ENSG00000230830.1 chr3 ENSG00000243525.1 chr3 chr3 ENSG00000235257.2 chr3 ENSG00000239685.1 chr3 ENSG00000229589.1ENSG00000223797.1 chr3 chr3 ENSG00000232354.1 chr3

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 46411633 46417697 CCR5; 52321105 52329272 GLYCTK; 4332800444481262 4346625644596685 44519162 SNRK; 44619715 44635665 ZNF445; 44626380 44641186 ZNF167; 44690219 44689963 ZNF660; 44626380 44702283 ZNF197; 45429998 44689963 ZNF35; 45596886 45590913 ZNF197; 45730548 45727830 LARS2; 45786901 LIMD1; SACM1L; 4273415542734155 4281474542734155 42744319 CCDC13; 42734155 42814745 HHATL; 42798669 42814745 CCDC13; 42850906 42846023 CCDC13; 42850938 42949597 HIGD1A; 42850938 43097363 CCBP2; 43120724 43097363 KRBOX1; 43147568 KRBOX1; C3orf39; 5284699152847298 5286549554156574 52874278 ITIH4; 55108584 MUSTN1; CACNA2D3; 4726951648481667 4732494148701364 48485616 KIF9; 48782030 48723797 CCDC72; 48956254 48885279 NCKIPSD; 48956254 49023815 PRKAR2A; 49027319 49023815 ARIH2; 49460379 49044587 ARIH2; 49591922 49466759 P4HTM; 49924435 49708978 NICN1; 49924435 49941299 BSN; 49946302 49941299 MST1R; 50126341 49967606 MST1R; 50192478 50156454 MON1A; 50378541 50226508 RBM5; 51843797 50384283 SEMA3F; 51843797 51937386 ZMYND10; 51907737 51937386 IQCF1; 52005442 51911141 IQCF1; 52015212 IQCF5; ABHD14A; + − + + + + + + + + + − − − − − + + + − − − + − + − − + + + − + − − − + + − − − − + + 43391136 43393454 SNRK-AS1; ENSG00000163788.9 chr3 4448242444598849 4448694644598849 44727145 AC134943.1;44598849 44727145 RP11-944L7.4;44598849 44727145 RP11-944L7.4;44658620 44727145 RP11-944L7.4;45525466 44666289 ENSG00000185219.10 ENSG00000196345.6 RP11-944L7.4;45720535 45551037 ENSG00000144792.5 ZNF197-AS1;45720535 chr3 45730626 chr3 ENSG00000186448.9 LARS2-AS1;46406446 45730626 chr3 ENSG00000169981.6 RP11-697K23.1; 46448550 chr3 RP11-697K23.1; ENSG00000186448.9 chr3 RP11-24F11.2; ENSG00000144791.5 ENSG00000011376.5 chr3 ENSG00000211456.5 chr3 chr3 ENSG00000160791.11 chr3 chr3 4274414542774067 4274612042812104 42788260 HHATL-AS1;42812104 42815127 CCDC13-AS1;42846696 42815127 RP11-70C1.1;42846696 42893920 RP11-70C1.1;42975744 ENSG00000010282.9 42893920 ENSG00000244607.1 RP11-70C1.3;43128971 42978277 RP11-70C1.3; chr3 ENSG00000244607.1 43129560 chr3 RP11-141M3.3; ENSG00000181061.9 RP11-136C24.2; chr3 ENSG00000144648.8 chr3 ENSG00000240747.2 ENSG00000240747.2 chr3 ENSG00000144647.5 chr3 chr3 chr3 42744145 42746120 HHATL-AS1; ENSG00000244607.1 chr3 5285795152857951 5285933054908632 52859330 ITIH4-AS1; 54935282 ITIH4-AS1; CACNA2D3-AS1; ENSG00000157445.9 ENSG00000055955.10 ENSG00000243696.2 chr3 chr3 chr3 47205987 47285546 RP11-447D11.2; ENSG00000088727.8 chr3 4848176248701209 4848806048885005 48706607 RP11-24C3.2;49017351 48889414 RP11-148G20.1;49022482 49021418 PRKAR2A-AS1;49022482 49027421 RP13-131K19.1;49460379 ENSG00000232112.3 ENSG00000213672.3 49027421 RP13-131K19.2;49677916 ENSG00000114302.11 49461864 RP13-131K19.2;49936735 chr3 chr3 ENSG00000177479.14 49679202 chr3 NICN1-AS1;49941278 ENSG00000177479.14 49941190 chr3 BSN-AS1;49941278 ENSG00000178467.12 49954370 chr3 CTD-2330K9.2;50153455 49954370 chr3 CTD-2330K9.3;50153455 50193518 ENSG00000145029.6 CTD-2330K9.3;50378537 50193518 ENSG00000164078.7 RP11-493K19.3;51851619 50383128 ENSG00000164078.7 ENSG00000164061.4 chr3 RP11-493K19.3;51907612 chr3 51853651 ENSG00000164077.9 ZMYND10-AS1;51907612 ENSG00000003756.11 chr3 chr3 51909783 RP11-314A5.3;51995228 ENSG00000001617.7 chr3 51909783 chr3 IQCF5-AS1;52322596 ENSG00000004838.9 52008047 IQCF5-AS1; chr3 52333083 ENSG00000173389.10 ABHD14A-ACY1; chr3 GLYCTK-AS1; chr3 ENSG00000248487.3 ENSG00000173389.10 ENSG00000214681.2 chr3 chr3 ENSG00000168237.12 chr3 chr3 lncRNA gene Protein-coding gene + − − − − − − − − − + + + + + − − − + − + + − + − + + − − − + − + + + − − + + + + − − ) contd ( ENSG00000227398.2 chr3 ENSG00000245865.1ENSG00000236869.1 chr3 ENSG00000236869.1 chr3 ENSG00000236869.1 chr3 ENSG00000236869.1 chr3 ENSG00000233509.2 chr3 ENSG00000232455.2 chr3 ENSG00000230530.1 chr3 ENSG00000230530.1 chr3 ENSG00000223552.1 chr3 chr3 ENSG00000239799.1 chr3 ENSG00000230970.1ENSG00000173811.6 chr3 ENSG00000225611.1 chr3 ENSG00000225611.1 chr3 ENSG00000235288.1 chr3 ENSG00000235288.1 chr3 ENSG00000206552.4 chr3 ENSG00000227245.1 chr3 ENSG00000234617.1 chr3 chr3 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000230970.1 chr3 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000239799.1ENSG00000243715.1 chr3 chr3 ENSG00000244380.1ENSG00000228350.1 chr3 ENSG00000224424.6 chr3 ENSG00000235236.1 chr3 ENSG00000223343.1 chr3 ENSG00000223343.1 chr3 ENSG00000235261.1 chr3 ENSG00000235120.1 chr3 ENSG00000230698.1 chr3 ENSG00000228008.1 chr3 ENSG00000228008.1 chr3 ENSG00000235016.1 chr3 ENSG00000235016.1 chr3 ENSG00000235058.1 chr3 ENSG00000224792.2 chr3 ENSG00000235455.1 chr3 ENSG00000235455.1 chr3 ENSG00000254782.1 chr3 ENSG00000242797.1 chr3 chr3

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 57611184 57678816 FAM116A; 5799412758549844 5815798258549844 5861333758619673 FLNB; 5861333758703092 FAM107A; 5865257561547243 FAM107A; 5903581061547243 FAM3D; 6228328862304648 C3orf67; 6228328863213991 PTPRG; 6232188863213991 PTPRG; 6360259763805038 C3orf14; 6360259763819546 SYNPR; 6383431263996225 SYNPR; 6384957963996225 C3orf49; 6400965864079543 THOC7; 6400965864079543 PSMD6; 64253655 PSMD6; 64253655 PRICKLE2; PRICKLE2; 5549974355542336 5552397356761446 56502391 WNT5A; 57113357 ERC2; ARHGEF3; 6407954364079543 6425365564501333 6425365564501333 PRICKLE2; 6467367665342053 PRICKLE2; 6467367669068978 ADAMTS9; 6602450971003844 ADAMTS9; 6910148473431584 MAGI1; 7163314085008132 TMF1; 7367409185008132 FOXP1; 8611794497851542 PDZRN3; 8611794498216756 CADM2; 9785248398239976 CADM2; 9824191098451080 OR5H1; 98312567 CLDND1; 98540045 CPOX; ST3GAL6; 113251143 113348425 SIDT1; 111393523 111565294 PLCXD2; 113953483 113956425 ZNF80; 113005777 113160457 WDR52; 113465664 113530903 ATP6V1A; 112721287 112738708 C3orf17; 110788918 110994410 PVRL3; 101498046 101547073 FAM55C; 108677086 108836989 MORC1; + − − − − + + + + + + − − − − − − − − − − − − − − − − − − − + + + − − + + + + − + − + 5814827458558471 5815636358592807 5856004658592807 FLNB-AS1; 5862016758810163 RP11-475O23.2; 5862016762246540 RP11-475O23.3; 59004819 ENSG00000168309.1262247498 RP11-475O23.3; ENSG00000136068.10 62248415 ENSG00000168309.1262247498 RP11-147N17.1; chr3 62355005 ENSG00000198643.263263815 chr3 RP11-204J18.2; chr3 62355005 ENSG00000163689.1363409272 RP11-204J18.3; chr3 6326619063727969 ENSG00000144724.13 RP11-204J18.3; chr3 6353572763846321 ENSG00000144724.13 AC099545.2; chr3 6381312163989698 ENSG00000114405.6 SYNPR-AS1; chr3 6384749563997640 AC136289.1; 6399782464053640 chr3 ENSG00000163630.6 THOC7-AS1; 6400192264084949 ENSG00000163630.6 RP11-245J9.2; 64088807 chr3 ENSG00000163632.8 RP11-245J9.4; 64086798 chr3 ENSG00000163634.7 RP11-129B22.1; ENSG00000163636.6 chr3 PRICKLE2-AS1; ENSG00000163636.6 chr3 ENSG00000163637.6 chr3 ENSG00000163637.6 chr3 chr3 chr3 55521727 55522336 WNT5A-AS1; ENSG00000114251.8 chr3 64089146 64091732 PRICKLE2-AS2; ENSG00000163637.6 chr3 5564463156974068 5564713257614537 56994882 RP11-58O15.1; 57640645 ARHGEF3-AS1; RP11-755B10.2; ENSG00000187672.8 ENSG00000163947.7 ENSG00000174839.8 chr3 chr3 chr3 6417322064547014 6418664164670585 6457299565879491 PRICKLE2-AS3; 6499714369063272 ADAMTS9-AS1; ENSG00000163637.6 6591097271338920 ADAMTS9-AS2; ENSG00000163638.9 6909781273672719 MAGI1-AS1; chr3 ENSG00000163638.9 7135500485849137 CTD-2013N24.2; chr3 7367465886041333 FOXP1-AS1; chr3 ENSG00000144747.9 8587720097818752 ENSG00000151276.15 PDZRN3-AS1; 8607715798241414 CADM2-AS2; chr3 chr3 9786697898241414 ENSG00000114861.13 CADM2-AS1; ENSG00000121440.9 9824417898433174 RP11-343D2.11; chr3 ENSG00000175161.8 98244178 RP11-227H4.5; chr3 ENSG00000175161.8 98451495 ENSG00000231192.1 RP11-227H4.5; chr3 ST3GAL6-AS1; ENSG00000080822.11 chr3 chr3 ENSG00000080819.2 chr3 ENSG00000064225.8 chr3 chr3 111395583 111396280 PLCXD2-AS1; ENSG00000240891.2 chr3 113933160 113955051 RP11-553L6.2; ENSG00000174255.5 chr3 113122838 113152839 WDR52-AS1; ENSG00000206530.4 chr3 113465719 113466255 RP11-271C24.2; ENSG00000114573.4 chr3 113307595 113309036 SIDT1-AS1; ENSG00000072858.6 chr3 112738379 112902148 RP11-572M11.4; ENSG00000163608.9 chr3 110612555 110790400 PVRL3-AS1; ENSG00000177707.6 chr3 101542637 101543842 RP11-49I4.3; ENSG00000144815.9 chr3 108820303 108829189 MORC1-AS1; ENSG00000114487.5 chr3 lncRNA gene Protein-coding gene − + + + + − − − − − − + + + + + + + + + + + + + + + + + + + − − − + + − − − − − + + − ) 1111.1 chr3 contd ( ENSG00000239453.1 chr3 ENSG00000244161.1ENSG00000243384.1 chr3 ENSG00000244383.1 chr3 ENSG00000244383.1 chr3 ENSG00000242428.1 chr3 ENSG00000243077.1 chr3 ENSG00000241472.1 chr3 ENSG00000241472.1 chr3 ENSG00000256819.1 chr3 ENSG00000241359.1 chr3 ENSG00000224479.1 chr3 ENSG00000240549.2 chr3 ENSG00000239653.1 chr3 ENSG00000243410.1 chr3 ENSG0000024 chr3 ENSG00000241572.1 chr3 ENSG00000241490.1 chr3 ENSG00000243849.1 chr3 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000244586.1 chr3 chr Strand Start Stop Gene nameENSG00000241101.1 ENSG-ID chr3 chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000240777.2ENSG00000240198.1 chr3 ENSG00000239801.1 chr3 chr3 ENSG00000226017.2ENSG00000241158.1 chr3 ENSG00000241684.1 chr3 ENSG00000240175.1 chr3 ENSG00000244513.1 chr3 ENSG00000244203.2 chr3 ENSG00000239677.1 chr3 ENSG00000241648.1 chr3 ENSG00000239519.1 chr3 ENSG00000249225.1 chr3 ENSG00000248839.1 chr3 ENSG00000248839.1 chr3 ENSG00000239445.1 chr3 ENSG00000249474.1 chr3 chr3 ENSG00000242659.1 chr3 ENSG00000240766.1ENSG00000240057.1 chr3 chr3 ENSG00000239314.1 chr3 ENSG00000242242.1 chr3

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 114056941 114866118 ZBTB20; 133118839 133194066 BFSP2; 114056941 114866118 ZBTB20; 114056941 114866118 ZBTB20; 114056941 114866118 ZBTB20; 114056941 114866118 ZBTB20; 115528641 117716095 LSAMP; 115528641 117716095 LSAMP; 115528641 117716095 LSAMP; 115528641 117716095 LSAMP; 115528641 117716095 LSAMP; 125648118 125655882 ALG1L; 118619404 118864915 IGSF11; 118930579119013220 118959950119421869 119139561 B4GALT4; 119485949 ARHGAP31; C3orf15; 139654027139654027 140286919140770244 140286919 CLSTN2; 140867453 CLSTN2; SPSB4; 125822412125822412 125916837127783625 125916837 ALDH1L1; 128181282 127872757 ALDH1L1; 128198270 128186091 RUVBL1; 129033615 128212028 DNAJB8; 130569439 129035120 GATA2; 130745694 130735556 H1FX; 130745694 131069309 ATP2C1; 132276986 131069309 NEK11; 132276986 132441303 NEK11; 132757235 132441303 NPHP3; 133116636 NPHP3; TMEM108; 136537489136665072 136574734139171726 136729927 TMEM22; 139236276 139199589 IL20RB; 139279022 139258671 RBP2; 139171726 139396859 RBP1; 139654027 139199589 NMNAT3; 140286919 RBP2; CLSTN2; 125725198125725198 125820404 125820404 SLC41A3; SLC41A3; 123328896123328896 123603178124480795 123603178 MYLK; 124606674 MYLK; ITGB5; + + + − − − − − − + + + − − + − + + − − − − + + − − − − − − − − − − − − − − − − − + + 114070658 114107825 ZBTB20-AS1; ENSG00000181722.11 chr3 133148113 133174620 RP11-91K8.1; ENSG00000170819.4 chr3 114172440 114238979 RP11-197K3.1; ENSG00000181722.11 chr3 114403427 114406456 ZBTB20-AS2; ENSG00000181722.11 chr3 114591961 114595361 ZBTB20-AS3; ENSG00000181722.11 chr3 114819270 114821908 ZBTB20-AS4; ENSG00000181722.11 chr3 116078871 116088937 LSAMP-AS1; ENSG00000185565.6 chr3 116271320 116287111 LSAMP-AS2; ENSG00000185565.6 chr3 116428626 116442428 LSAMP-AS3; ENSG00000185565.6 chr3 116640278 116651085 LSAMP-AS4; ENSG00000185565.6 chr3 117509520 117512612 RP11-768G7.3; ENSG00000185565.6 chr3 118661920 118667071 IGSF11-AS1; ENSG00000144847.8 chr3 118945333 119009513 B4GALT4-AS1; ENSG00000121578.8 chr3 119033140119462986 119041607 119468040 ARHGAP31-AS1; RP11-169N13.4; ENSG00000031081.5 ENSG00000183833.11 chr3 chr3 140179842 140181667 RP11-68L1.1; ENSG00000158258.10 chr3 140224453 140227631 RP11-13L2.2; ENSG00000158258.10 chr3 125898908127794653 125929012128182437 127797899 ALDH1L1-AS2;128208055 128191160 RUVBL1-AS1;129034235 128221191 ENSG00000144908.9 DNAJB8-AS1;130618258 129045068 RP11-475N22.4;130772161 ENSG00000175792.6 130648820 chr3 RP13-685P2.5;131043936 ENSG00000179407.3 130791183 ENSG00000179348.7 RP11-39E3.3; chr3 132440594 131100319 RP11-265F19.1; chr3 132440594 ENSG00000184897.4 chr3 132593067 RP11-933H2.4;132964950 132546850 ENSG00000017260.13 NCRNA00119; ENSG00000114670.8 chr3 132976032 RP11-39E4.1; chr3 ENSG00000114670.8 chr3 RP11-402L6.1; ENSG00000113971.13 chr3 chr3 ENSG00000113971.13 ENSG00000144868.9 chr3 chr3 125822483 125826912 ALDH1L1-AS1; ENSG00000144908.9 chr3 136560568136677967 136580896139108657 136701038 RP11-85F14.5;139108657 139302161 IL20RB-AS1;139108657 139302161 RP11-319G6.1;139185272 ENSG00000168917.8 139302161 RP11-319G6.1;140168277 139185637 ENSG00000174564.8 RP11-319G6.1; chr3 ENSG00000114113.2 140179193 RP11-319G6.3; ENSG00000114115.5 chr3 RP11-68L1.2; chr3 ENSG00000163864.10 chr3 ENSG00000114113.2 chr3 ENSG00000158258.10 chr3 chr3 125775766125803063 125777071 125814192 RP11-158I23.1; RP11-124N2.1; ENSG00000114544.10 ENSG00000114544.10 chr3 chr3 123304389123408491 123363415124500002 123411254 MYLK-AS1;125635463 124506604 MYLK-AS2; 125648867 ITGB5-AS1; RP11-666A20.1; ENSG00000065534.13 ENSG00000065534.13 chr3 ENSG00000189366.5 ENSG00000082781.5 chr3 chr3 chr3 lncRNA gene Protein-coding gene + − + + + + + − − − + + − − + + − − + + + + − − + + + + + + + + + + + + − − + + + + ) contd ( Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000241560.1 chr3 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000250433.1ENSG00000251270.1 chr3 chr3 - 140833966 140843024 RP11-231L11.1; ENSG00000175093.4 chr3 ENSG00000246022.2ENSG00000239608.1 chr3 ENSG00000242049.1 chr3 ENSG00000244300.2 chr3 ENSG00000206417.4 chr3 ENSG00000250592.1 chr3 ENSG00000250129.1 chr3 ENSG00000250608.1 chr3 ENSG00000248724.1 chr3 ENSG00000240962.1 chr3 ENSG00000251011.1 chr3 ENSG00000249993.1 chr3 chr3 ENSG00000242290.1 chr3 ENSG00000239213.1ENSG00000249407.1 chr3 ENSG00000248932.1 chr3 ENSG00000248932.1 chr3 ENSG00000248932.1 chr3 ENSG00000248790.1 chr3 ENSG00000249290.1 chr3 ENSG00000251058.1 chr3 chr3 ENSG00000241295.1 chr3 ENSG00000239946.1 chr3 ENSG00000242767.1 chr3 ENSG00000240922.1 chr3 ENSG00000241397.1 chr3 ENSG00000243197.1 chr3 ENSG00000242385.1 chr3 ENSG00000242816.1 chr3 ENSG00000239877.1 chr3 ENSG00000248607.1ENSG00000250012.1 chr3 ENSG00000250218.1 chr3 chr3 ENSG00000240254.1 chr3 ENSG00000241155.1ENSG00000239994.1 chr3 ENSG00000239523.1 chr3 ENSG00000250174.1 chr3 ENSG00000244286.1 chr3 ENSG00000171084.11 chr3 chr3

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 160117062 160152750 SMC4; 159733811 159749210 CTD-2049J23.3; 150643950 150690786 CLRN1; 159943423 159945999 AC112641.1; 140947568 141013748 ACPL2; 150643950 150690786 CLRN1; 160212783 160283376 KPNA4; 141043055 141168634 ZBTB38; 151451704 151479127 AADACL2; 141594966142315229 141645356 142432506 ATP1B3; PLS1; 151531825 151546272 AADAC; 151591431 151599665 SUCNR1; 142984064 143567373 SLC9A9; 151961617 152183569 MBNL1; 142984064 143567373 SLC9A9; 153202284 153220486 C3orf79; 145787227 145881440 PLOD2; 153838792 153975616 ARHGEF26; 145782358 145784156 AC107021.1; 154741913 154901497 MME; 146294342 146324003 PLSCR5; 147103833 147124647 ZIC4; 155093369 155462856 PLCH1; 155093369 155462856 PLCH1; 148508889 148577974 CPB1; 148747914 148804341 HLTF; 155755490 156256545 KCNAB1; 148583043 148614983 CPA3; 149036285 149052201 TM4SF18; 155755490 156256545 KCNAB1; 149086809 149095652 TM4SF1; 156391024 156424559 TIPARP; 149235022 149454501 WWTR1; 156977531 157251408 VEPH1; 149682691 149768575 PFN2; 157823644158414681 158263519 158450485 RSRC1; RARRES1; 149682691 149768575 PFN2; 158680024159706537 159615155 159713806 IQCJ-SCHIP1; IL12A; 150377672 150421758 FAM194A; 150458914 150481264 SIAH2; + + − − + − + + + + + + − + − + − + + + − − − − + + + − − + − + − − − + − − + + + − − 148804119 148820610 HLTF-AS1; ENSG00000071794.10 chr3 158450116 158501859 RP11-379F4.4; ENSG00000118849.5 chr3 159631189159631189 159943086 159943086 CTD-2049J23.2; CTD-2049J23.2; ENSG00000168811.2 ENSG00000242107.1 chr3 chr3 159945241 160167617 RP11-432B6.3; ENSG00000180044.3 chr3 140986195 141085979 RP11-438D8.2; ENSG00000155893.6 chr3 150570271 150798513 CLRN1-AS1; ENSG00000163646.6 chr3 150608423 150756605 RP11-166N6.2; ENSG00000163646.6 chr3 159945241 160167617 RP11-432B6.3; ENSG00000113810.10 chr3 140986195 141085979 RP11-438D8.2; ENSG00000177311.6 chr3 151469231 151645963 RP11-454C18.2; ENSG00000197953.5 chr3 160283235 160287036 KRT8P12; ENSG00000186432.4 chr3 141637094 141637863 ATP1B3-AS1; ENSG00000069849.6 chr3 151469231 151645963 RP11-454C18.2; ENSG00000114771.8 chr3 142373626 142375587 PLS1-AS1; ENSG00000120756.8 chr3 151469231 151645963 RP11-454C18.2; ENSG00000198829.4 chr3 143061088 143065913 SLC9A9-AS1; ENSG00000181804.9 chr3 152175548 152214602 RP11-362A9.3; ENSG00000152601.13 chr3 143100180 143101003 SLC9A9-AS2; ENSG00000181804.9 chr3 153102898 153697975 RP11-23D24.2; ENSG00000237787.2 chr3 145781829 145822991 RP11-274H2.2; ENSG00000152952.7 chr3 153742190 153839121 ARHGEF26-AS1; ENSG00000114790.8 chr3 145784131 145786972 RP11-274H2.3; ENSG00000232013.1 chr3 154876530 154901074 MME-AS1; ENSG00000196549.6 chr3 146307389 146308112 PLSCR5-AS1; ENSG00000231213.2 chr3 147104754 147105240 ZIC4-AS1; ENSG00000174963.13 chr3 155166973 155175542 PLCH1-AS1; ENSG00000114805.12 chr3 155203592 155204910 PLCH1-AS2; ENSG00000114805.12 chr3 148568720 148677899 RP11-680B3.2; ENSG00000153002.7 chr3 155933349 155945672 KCNAB1-AS2; ENSG00000169282.13 chr3 148568720 148677899 RP11-680B3.2; ENSG00000163751.3 chr3 149002569 149051440 RP11-206M11.7; ENSG00000163762.2 chr3 156158946 156164694 KCNAB1-AS1; ENSG00000169282.13 chr3 149095565 149104370 TM4SF1-AS1; ENSG00000169908.5 chr3 156389651 156392167 TIPARP-AS1; ENSG00000163659.8 chr3 149374807 149379151 WWTR1-AS1; ENSG00000018408.10 chr3 156893012 157099054 RP11-550I24.2; ENSG00000197415.7 chr3 149694542 149697142 RP11-651P23.5; ENSG00000070087.9 chr3 158263009 158288855 RP11-538P18.2; ENSG00000174891.8 chr3 149757001 149931513 RP11-167H9.4; ENSG00000070087.9 chr3 159483176 159486401 RP11-192K2.2; ENSG00000250588.2 chr3 150421351 150437933 RP11-103G8.2; ENSG00000163645.9 chr3 150479724 150480325 SIAH2-AS1; ENSG00000181788.3 chr3 lncRNA gene Protein-coding gene − + + − − − + − − − − + − + − + − − − + + + + − − − + − + + − + + + − + + − + − − − + ) contd ( Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000249417.1 chr3 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000243273.1 chr3 ENSG00000248710.1 chr3 ENSG00000249417.1 chr3 ENSG00000242908.2 chr3 ENSG00000229320.3 chr3 ENSG00000244124.1 chr3 ENSG00000242908.2 chr3 ENSG00000239641.1 chr3 ENSG00000242908.2 chr3 ENSG00000240012.1 chr3 ENSG00000243305.1 chr3 ENSG00000244493.1 chr3 ENSG00000240456.2 chr3 ENSG00000243415.2 chr3 ENSG00000243069.1 chr3 ENSG00000240032.1 chr3 ENSG00000240666.1 chr3 ENSG00000241457.1 chr3 ENSG00000241202.1 chr3 ENSG00000239508.1 chr3 ENSG00000242925.1 chr3 ENSG00000240521.1 chr3 ENSG00000240596.1 chr3 ENSG00000240521.1 chr3 ENSG00000244468.1 chr3 ENSG00000242370.1 chr3 ENSG00000239718.1 chr3 ENSG00000240541.2 chr3 ENSG00000243926.1 chr3 ENSG00000241313.2 chr3 ENSG00000243176.1 chr3 ENSG00000242791.2 chr3 ENSG00000243150.1 chr3 ENSG00000243944.1 chr3 ENSG00000240207.1ENSG00000241211.1 chr3 chr3 ENSG00000240137.1 chr3 ENSG00000248710.1 chr3 ENSG00000244040.1ENSG00000244040.1 chr3 chr3 ENSG00000244265.1 chr3 ENSG00000239265.1 chr3

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 171561139 171656505 TMEM212; 173114074 174004434 NLGN1; 168801287169684423 169381406169684423 169716161 MECOM; 169716161 SEC62; SEC62; 191859684 192485553 FGF12; 183415606183547173 183530413183637722 183602721 YEATS2; 183814852 183735803 PARL; 183824783 ABCC5; HTR3E; 170136653 170578169171757418 CLDN11; 172119455 FNDC3B; 191859684 192485553 FGF12; 183852826 184402546 EIF2B5; 187871072 188608460 LPP; 174156363174156363 175523428174156363 175523428 NAALADL2; 176737143 175523428 NAALADL2; 176737143 176915261 NAALADL2; 177990720 176915261 TBL1XR1; 177990720 178562217 TBL1XR1; 179512746 178562217 KCNMB2; 179512746 179754841 KCNMB2; 180320646 179754841 PEX5L; 180701497 180588793 PEX5L; 182733006 180707562 CCDC39; 182833863 DNAJC19; MCCC1; 192992579 193096632 ATP13A5; 184907503185764097 184999778 185828107 EHHADH; ETV5; 186935942187439165 187009810 187463515 MASP1; BCL6; 188665003 189043093 TPRG1; 183205319 183273477 KLHL6; 186353758186378005 186370930186435065 186396029 FETUB; 186560463 186461743 HRG; 186915274 186576252 KNG1; 186919253 ADIPOQ; RTP1; 188665003 189043093 TPRG1; 190917030 190983404 OSTN; 189674517 189840226 LEPREL1; 191859684 192485553 FGF12; − + + − + − − + + + + − + + + + + + − − + + − − − − − − − − − − + − + + + + + + + − − 192232811 192234362 FGF12-AS2; ENSG00000114279.7 chr3 187009011 187015708 AC007920.1; ENSG00000127241.11 chr3 169165655169657141 169194840169696324 169684522 RP11-641D5.2; 169703503 RP11-379K17.4; SEC62-AS1; ENSG00000085276.13 ENSG00000008952.10 chr3 chr3 ENSG00000008952.10 chr3 183525552 183526729 YEATS2-AS1; ENSG00000163872.10 chr3 183602712183724126 183606237183812906 183729207 RP11-315J22.5; 183822966 ABCC5-AS1; HTR3E-AS1; ENSG00000175193.8 chr3 ENSG00000114770.11 ENSG00000186038.5 chr3 chr3 170458140 170459154 RP11-373E16.4; ENSG00000013297.5 chr3 171594142171758836 171618530 171760763 TMEM212-AS1; AC069259.1; ENSG00000186329.5 chr3 ENSG00000075420.8 chr3 192234620 192239187 FGF12-AS3; ENSG00000114279.7 chr3 184264502 184274706 EIF2B5-AS1; ENSG00000145191.6 chr3 173628288 173638586 NLGN1-AS1; ENSG00000169760.13 chr3 174797097174952651 174833032175490933 174988885 NAALADL2-AS3;176762649 175494121 NAALADL2-AS2; ENSG00000177694.9176908453 176765711 NAALADL2-AS1; ENSG00000177694.9177919838 176912093 TBL1XR1-AS1; chr3 ENSG00000177694.9178244293 178103205 AC078799.1; chr3 179593164 178578193 RP11-33A14.1; chr3 ENSG00000177565.10179616017 179599397 RP11-385J1.2;180397872 chr3 179639683 PEX5L-AS1; ENSG00000177565.10180707558 ENSG00000197584.6 180418237 PEX5L-AS2;182734043 chr3 180775032 ENSG00000197584.6 CCDC39-AS1; chr3 182735420 RP11-436A20.3; ENSG00000114757.13 chr3 MCCC1-AS1; ENSG00000114757.13 chr3 ENSG00000145075.7 ENSG00000205981.2 chr3 chr3 chr3 ENSG00000078070.6 chr3 193025033 193032151 ATP13A5-AS1; ENSG00000187527.6 chr3 184880659 184909743 RP11-29A1.3; ENSG00000113790.5 chr3 187461474188280026 187463208 188286454 RP11-211G3.2; LPP-AS1; ENSG00000113916.13 chr3 ENSG00000145012.8 chr3 188659504 188665428 TPRG1-AS1; ENSG00000188001.5 chr3 183266523 183270114 KLHL6-AS1; ENSG00000172578.7 chr3 185796959186359299 185798736 186383496 ETV5-AS1; RP11-134F2.2; ENSG00000090512.7 ENSG00000244405.3 chr3 chr3 186359299186452559 186383496186569675 186463919 RP11-134F2.2;186914878 186573912 RP11-573D15.8; 186925417 ADIPOQ-AS1; ENSG00000113905.4 RP11-208N14.4; ENSG00000113889.6 chr3 ENSG00000181092.5 chr3 ENSG00000175077.5 chr3 chr3 188956475 188958383 TPRG1-AS2; ENSG00000188001.5 chr3 189838753 189862635 LEPREL1-AS1; ENSG00000090530.5 chr3 190931080 190952394 OSTN-AS1; ENSG00000188729.2 chr3 191955826 192000886 FGF12-AS1; ENSG00000114279.7 chr3 lncRNA gene Protein-coding gene + − − − + + − − − − + − − − − − + + − − + + + + + + + + − − + + − − − − − + − + − + + ) contd ( ENSG00000239219.1ENSG00000240373.1 chr3 chr3 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000241479.1 chr3 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000234371.5ENSG00000223882.1 chr3 ENSG00000238020.1 chr3 chr3 ENSG00000239739.1 chr3 ENSG00000234717.1ENSG00000228676.3 chr3 chr3 ENSG00000226709.1 chr3 ENSG00000230215.1 chr3 ENSG00000228213.1 chr3 ENSG00000230292.1ENSG00000226779.1 chr3 ENSG00000225552.1 chr3 ENSG00000231310.2 chr3 ENSG00000245372.1 chr3 ENSG00000223930.1 chr3 ENSG00000237978.1 chr3 ENSG00000243799.1 chr3 ENSG00000244302.1 chr3 ENSG00000243187.1 chr3 ENSG00000243341.1 chr3 ENSG00000243368.1 chr3 chr3 ENSG00000236508.1 chr3 ENSG00000223358.1 chr3 ENSG00000223401.1ENSG00000224563.1 chr3 chr3 ENSG00000234076.1 chr3 ENSG00000242522.1 chr3 ENSG00000234197.1ENSG00000236524.1 chr3 chr3 ENSG00000236524.1ENSG00000197099.2 chr3 ENSG00000226482.1 chr3 ENSG00000198491.3 chr3 ENSG00000197522.3 chr3 chr3 ENSG00000230115.1 chr3 ENSG00000233885.1 chr3 ENSG00000225764.1 chr3 ENSG00000233308.1 chr3 ENSG00000231383.2 chr3 ENSG00000230126.1 chr3

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 699537 764428 PCGF3; 699537 764428 PCGF3; 699537 764428 PCGF3; 619373 664571 PDE6B; 9236111 9237700 RP11-1286E23.10; 9255104 9256696 RP11-1286E23.14; 9250356 9251948 RP11-1286E23.13; 9245605 9247197 RP11-1286E23.12; 9221878 9223470 RP11-1286E23.7; 9217131 9218723 RP11-1286E23.6; 9212383 9213975 RP11-1286E23.5; 9212383 9228214 RP11-1286E23.8; 8437867 8495258 METTL19; 7967039 8160559 ABLIM2; 7043626 7058368 TADA2B; 6910969 7034845 TBC1D14; 4417469 4544073 STX18; 2939660 2965112 NOP14; 9264598 9266190 RP11-1286E23.16; 2271309 2420390 ZFYVE28; 9259850 9261442 RP11-1286E23.15; 2073645 2243848 POLN; 1205236 1243741 CTBP1; 193119866 193310900 ATP13A4; 193310933 193415612 OPA1; 194123401 194219093 ATP13A3; 194308402 194354418 TMEM44; 194308402 194354418 TMEM44; 194361517 194393206 LSG1; 194789008 194991896 C3orf21; 194789008 194991896 C3orf21; 195343316 195467994 MUC20; 195590235 195638816 TNK2; 195941093 196014828 PCYT1A; 195975101 196045170 TCTEX1D2; 196042953 196065374 TM4SF19; 196074533 196159345 UBXN7; 196662273 196669468 NCBP2; 196715492 196756687 MFI2; 196769431 197026171 DLG1; 197518097 197615307 LRCH3; 197687071 197770591 LMLN; + + + + + + + + + − + + − − + − + − + − + − − + + − − − − − + − − − − − − − − + + + 716064 717823 RP11-1191J2.4; ENSG00000185619.13 chr4 756175 775637 RP11-440L14.1; ENSG00000185619.13 chr4 758275 758862 AC139887.4; ENSG00000185619.13 chr4 647012 649434 RP11-1191J2.2; ENSG00000133256.8 chr4 2297311 2320816 RP11-478C1.7; ENSG00000159733.9 chr4 9181486 9383121 AC108519.1; ENSG00000248920.1 chr4 9181486 9383121 AC108519.1; ENSG00000250844.1 chr4 9181486 9383121 AC108519.1; ENSG00000223569.1 chr4 9181486 9383121 AC108519.1; ENSG00000249104.1 chr4 9181486 9383121 AC108519.1; ENSG00000227551.1 chr4 9181486 9383121 AC108519.1; ENSG00000233136.1 chr4 9181486 9383121 AC108519.1; ENSG00000231396.1 chr4 9181486 9383121 AC108519.1; ENSG00000232399.2 chr4 8455137 8456669 RP11-689P11.3; ENSG00000155275.13 chr4 8068255 8069451 RP11-1258F18.1; ENSG00000163995.13 chr4 7032281 7047958 RP11-367J11.2; ENSG00000173011.10 chr4 7032281 7047958 RP11-367J11.2; ENSG00000132405.14 chr4 4543858 4639631 RP11-323F5.2; ENSG00000168818.5 chr4 2936626 2963465 RP11-520M5.5; ENSG00000087269.10 chr4 9181486 9383121 AC108519.1; ENSG00000249811.1 chr4 9181486 9383121 AC108519.1; ENSG00000250745.1 chr4 2141400 2142785 RP11-317B7.3; ENSG00000130997.11 chr4 1203908 1212363 AC092535.2; ENSG00000159692.11 chr4 193271002 193272877 ATP13A4-AS1; ENSG00000127249.10 chr3 193336398 193345126 OPA1-AS1; ENSG00000198836.4 chr3 194208183 194239008 AC046143.7; ENSG00000133657.9 chr3 194304740 194310989 AC046143.5; ENSG00000145014.13 chr3 194353652 194366130 AC046143.3; ENSG00000145014.13 chr3 194353652 194366130 AC046143.3; ENSG00000041802.6 chr3 194815317 194816786 AC106705.2; ENSG00000173950.10 chr3 194868600 194873519 AC011325.1; ENSG00000173950.10 chr3 195382436 195384798 AC069513.4; ENSG00000176945.11 chr3 195634947 195638128 AC124944.2; ENSG00000061938.12 chr3 195977420 195978525 AC069257.8; ENSG00000161217.6 chr3 195977420 195978525 AC069257.8; ENSG00000213123.4 chr3 196045201 196052441 TM4SF19-AS1; ENSG00000145107.10 chr3 196158256 196159401 UBXN7-AS1; ENSG00000163960.7 chr3 196666748 196669405 NCBP2-AS1; ENSG00000114503.6 chr3 196726331 196731615 MFI2-AS1; ENSG00000163975.7 chr3 197025123 197030618 AC092937.2; ENSG00000075711.14 chr3 197557556 197558167 AC055764.1; ENSG00000186001.8 chr3 197765192 197766105 LMLN-AS1; ENSG00000185621.7 chr3 lncRNA gene Protein-coding gene − − − − − − − − − − + − − + + − + − + − + + − + + − + + + + − + + + + + + + + − − − ) contd ( ENSG00000226350.1 chr4 ENSG00000226350.1 chr4 ENSG00000226350.1 chr4 ENSG00000226350.1 chr4 ENSG00000226350.1 chr4 ENSG00000226350.1 chr4 ENSG00000226350.1 chr4 ENSG00000226350.1 chr4 ENSG00000226350.1 chr4 ENSG00000251186.1 chr4 ENSG00000251460.1 chr4 ENSG00000245748.1 chr4 ENSG00000245748.1 chr4 ENSG00000247708.2 chr4 ENSG00000249673.1 chr4 ENSG00000226350.1 chr4 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000225473.1 chr3 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000224855.1 chr3 ENSG00000251148.1 chr4 ENSG00000233058.1 chr3 ENSG00000250623.1 chr4 ENSG00000249592.1 chr4 ENSG00000231770.1 chr3 ENSG00000246629.1 chr4 ENSG00000233799.1 chr4 ENSG00000229334.1 chr3 ENSG00000229334.1 chr3 ENSG00000233303.1 chr3 ENSG00000230266.1 chr3 ENSG00000229178.1 chr3 ENSG00000224614.1 chr3 ENSG00000228028.1 chr3 ENSG00000228028.1 chr3 ENSG00000235897.1 chr3 ENSG00000225822.2 chr3 ENSG00000225578.1 chr3 ENSG00000228109.1 chr3 ENSG00000227375.1 chr3 ENSG00000234136.1 chr3 ENSG00000232832.1 chr3 ENSG00000248416.1 chr4 ENSG00000242686.1 chr4

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 9341129 9342721 USP17L5; 97727779772777 10056560 10056560 SLC2A9; SLC2A9; 9364855 9366447 RP11-1396O13.11; 9355364 9356956 RP11-1396O13.9; 9350619 9352211 RP11-1396O13.8; 9345874 9347466 RP11-1396O13.7; 9336384 9337976 RP11-1396O13.5; 9331637 9333229 RP11-1396O13.4; 9326891 9328483 AC116655.1; 9274090 9274640 RP11-1286E23.18; 9269345 9270937 RP11-1286E23.17; 1757881520730239 17609595 21950422 LAP3; KCNIP4; 16503164 16900432 LDB2; 16162128 16229033 TAPT1; 1500429815341442 1507177715341442 15447790 CPEB2; 16162128 15447790 C1QTNF7; 16229033 C1QTNF7; TAPT1; 47487305 47595503 ATP10D; 2073023920730239 2195042223756664 21950422 KCNIP4; 23756664 23905712 KCNIP4; 25749055 23905712 PPARGC1A; 25863452 25865382 PPARGC1A; 26859300 25931435 SEL1L3; 30722037 27027003 C4orf52; 36067620 31144728 STIM2; 36283244 36246131 PCDH7; 37455563 36347378 ARAP2; 38665817 37625117 DTHD1; 39046451 38702663 C4orf19; 39500375 39128477 KLF3; 39552541 39529931 KLHL5; 40058446 39640710 UGDH; 40425272 40159872 C4orf34; 40812044 40632892 N4BP2; 41258430 41218731 RBM47; 41361624 41270472 APBB2; 41702061 UCHL1; LIMCH1; 4174609946250444 41750987 46477247 PHOX2B; GABRA2; + − − − − − + + + − + + + + + + + + + + + − − − − − + + + − + + + + − − + − − + + − − 9924438 9925770 RP13-560N11.1; ENSG00000109667.7 chr4 9181486 9383121 AC108519.1; ENSG00000228856.3 chr4 9181486 9383121 AC108519.1; ENSG00000231637.3 chr4 9181486 9383121 AC108519.1; ENSG00000231051.3 chr4 9181486 9383121 AC108519.1; ENSG00000235780.3 chr4 9181486 9383121 AC108519.1; ENSG00000227140.3 chr4 9181486 9383121 AC108519.1; ENSG00000229579.3 chr4 9181486 9383121 AC108519.1; ENSG00000230430.3 chr4 9181486 9383121 AC108519.1; ENSG00000232264.3 chr4 9181486 9383121 AC108519.1; ENSG00000250913.2 chr4 9181486 9383121 AC108519.1; ENSG00000248933.1 chr4 39114297 39128438 RP11-360F5.1; ENSG00000109790.11 chr4 21306165 21318108 RP11-120A1.1; ENSG00000185774.9 chr4 17589090 17616194 AC006160.5; ENSG00000002549.7 chr4 16402053 16513810 RP11-446J8.1; ENSG00000169744.8 chr4 1500656615359765 1542953816180562 15421656 RP11-665G4.1;16228286 16184743 RP11-484O2.1; 16259810 RP11-452J21.2; ENSG00000163145.8 AC006427.1; ENSG00000163145.8 chr4 ENSG00000169762.11 chr4 chr4 ENSG00000169762.11 chr4 1000810615006566 10011349 15429538 RP11-448G15.1; RP11-665G4.1; ENSG00000109667.7 ENSG00000137449.10 chr4 chr4 2158371921699073 2161535123562546 21720649 RP11-556G22.3;23781213 23770275 RP11-556G22.2;25771888 ENSG00000185774.9 23784183 RP11-380P13.1;25866503 ENSG00000185774.9 25775199 RP13-497K6.1;26861428 chr4 25871172 ENSG00000109819.4 RP11-302F12.10;30777879 chr4 26862221 RP13-494C23.1; ENSG00000109819.4 ENSG00000091490.636245738 chr4 30795592 RP11-293A21.1;36312812 36275842 ENSG00000250317.3 chr4 RP11-619J20.1; chr4 37589709 ENSG00000109689.10 36394032 RP11-431M7.3;38614322 chr4 37590497 ENSG00000169851.9 chr4 RP11-431M7.2; 38666504 ENSG00000047365.6 RP11-36B15.1;39529639 chr4 ENSG00000197057.4 RP11-617D20.1;39529639 39596327 chr4 ENSG00000154274.1040044537 ENSG00000109787.8 39596327 chr4 RP11-814P23.1;40428136 chr4 40058819 RP11-814P23.1;40814796 chr4 40429602 ENSG00000109814.7 RP11-333E13.4;41222091 40828168 ENSG00000163683.6 RP11-588L15.2;41690875 chr4 41258744 ENSG00000078177.8 RP11-632F7.3; chr4 41694814 ENSG00000163694.10 RP11-124A7.2; chr4 RP11-227F19.5; chr4 ENSG00000163697.11 ENSG00000154277.8 chr4 ENSG00000064042.12 chr4 chr4 4639227247558748 46435205 47562276 RP11-436F23.1; AC092597.3; ENSG00000151834.11 chr4 ENSG00000145246.8 chr4 41750310 41826136 RP11-227F19.1; ENSG00000109132.5 chr4 lncRNA gene Protein-coding gene + − + − − + + + − + − − − − − − − − − − + + + + + − − − + − − − − + + − + + − − + + − ) contd ( ENSG00000250243.2ENSG00000250092.2 chr4 chr4 ENSG00000249502.1 chr4 ENSG00000248138.1 chr4 ENSG00000249252.1ENSG00000251379.1 chr4 ENSG00000249234.1 chr4 ENSG00000225917.2 chr4 chr4 ENSG00000250413.1ENSG00000249252.1 chr4 chr4 ENSG00000249219.1 chr4 ENSG00000226350.1 chr4 ENSG00000226350.1 chr4 ENSG00000226350.1 chr4 ENSG00000226350.1 chr4 ENSG00000226350.1 chr4 ENSG00000226350.1 chr4 ENSG00000226350.1 chr4 ENSG00000226350.1 chr4 ENSG00000226350.1 chr4 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000226350.1 chr4 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000248343.1ENSG00000250137.1 chr4 ENSG00000249453.1 chr4 ENSG00000250541.1 chr4 ENSG00000251009.2 chr4 ENSG00000240005.1 chr4 ENSG00000249678.1 chr4 ENSG00000247193.2 chr4 ENSG00000251438.1 chr4 ENSG00000248936.1 chr4 ENSG00000231160.3 chr4 ENSG00000249207.1 chr4 ENSG00000249348.1 chr4 ENSG00000249348.1 chr4 ENSG00000205794.3 chr4 ENSG00000250893.1 chr4 ENSG00000250906.1 chr4 ENSG00000251173.1 chr4 ENSG00000249216.1 chr4 ENSG00000250467.1 chr4 chr4 ENSG00000249330.1ENSG00000248254.1 chr4 chr4

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 81105033 81125483 PRDM8; 89647106 90032549 FAM13A; 73146686 73434516 ADAMTS3; 88571459 88585513 DMP1; 6905695970065669 69083631 70080449 TMPRSS11BNL; UGT2B11; 88529681 88538062 DSPP; 86936276 87515284 MAPK10; 68918916 68995598 TMPRSS11F; 85590704 85887544 WDFY3; 68775103 68829858 TMPRSS11A; 85590704 85887544 WDFY3; 68686594 68749750 TMPRSS11D; 83821837 83841438 THAP9; 68605046 68620078 GNRHR; 82009837 82136218 PRKG2; 66185281 66536213 EPHA5; 80146848 80247204 NAA11; 62066976 62938184 LPHN3; 78078304 78354542 CCNG2; 62066976 62938184 LPHN3; 77356253 77704406 SHROOM3; 57896939 57976551 IGFBP7; 77356253 77704406 SHROOM3; 57843888 57897334 POLR2B; 76922428 76928641 CXCL9; 57259528 57301781 PPAT; 76862103 76912115 SDAD1; 56212276 56239263 SRD5A3; 75858305 75975325 PARM1; 55944644 55991756 KDR; 75858305 75975325 PARM1; 5432546854325468 5456757254325468 54567572 LNX1; 54567572 LNX1; LNX1; 75480629 75490486 AREGB; 91048686 92523064 FAM190A; 53739149 54232242 SCFD2; 75174190 75181024 EPGN; 90645250 90759466 SNCA; 48807229 48863834 OCIAD1; 74979891 75168816 MTHFD2L; 90645250 90759466 SNCA; − − + − − + − − − − − − + − + − − − + + + + − + + − − − + + − + − − − + + − + − + + − 1111323 RP11-377G16.2; ENSG00000152784.9 chr4 85724411 85731544 RP11-147K21.1; ENSG00000163625.11 chr4 81104434 8 77678113 77679627 RP11-359D14.2; ENSG00000138771.9 chr4 75881184 75895572 RP11-44F21.3; ENSG00000169116.7 chr4 53811816 53824254 RP11-752D24.2; ENSG00000184178.11 chr4 89630940 89651254 RP11-496N17.2; ENSG00000138640.10 chr4 73188745 73196468 RP11-373J21.1; ENSG00000156140.4 chr4 88489187 88655108 RP11-742B18.1; ENSG00000152592.9 chr4 70047818 70082484 RP11-704M14.1; ENSG00000213759.4 chr4 88489187 88655108 RP11-742B18.1; ENSG00000152591.8 chr4 69048010 69078188 FTLP10; ENSG00000226894.2 chr4 87039065 87141079 RP11-778J15.1; ENSG00000109339.14 chr4 68566998 68946670 RP11-453E17.1; ENSG00000198092.5 chr4 85887538 85932430 NCRNA00247; ENSG00000163625.11 chr4 68566998 68946670 RP11-453E17.1; ENSG00000187054.10 chr4 68566998 68946670 RP11-453E17.1; ENSG00000153802.7 chr4 83814639 83822113 RP11-163O17.1; ENSG00000168152.7 chr4 68566998 68946670 RP11-453E17.1; ENSG00000109163.6 chr4 82086094 82114549 RP11-100N20.1; ENSG00000138669.5 chr4 66535679 66563747 RP11-807H7.1; ENSG00000145242.9 chr4 79892902 80229952 RP11-438E5.1; ENSG00000156269.4 chr4 62937470 63031272 RP11-84A1.3; ENSG00000150471.9 chr4 78315645 78415440 RP11-625I7.1; ENSG00000138764.9 chr4 62285964 62293939 RP11-798L4.1; ENSG00000150471.9 chr4 77679707 77723117 RP11-359D14.3; ENSG00000138771.9 chr4 57975928 58071676 RP11-12A1.1; ENSG00000163453.6 chr4 57896939 57931769 RP11-738E22.2; ENSG00000047315.10 chr4 76901943 76927095 RP11-630D6.5; ENSG00000138755.5 chr4 57276808 57289623 AC068620.1; ENSG00000128059.4 chr4 76901943 76927095 RP11-630D6.5; ENSG00000198301.7 chr4 56230138 56251747 RP11-148K14.2; ENSG00000128039.6 chr4 75919087 75960034 RP11-44F21.2; ENSG00000169116.7 chr4 55919227 55958701 RP11-530I17.1; ENSG00000128052.8 chr4 54362567 54415745 LNX1-AS1; ENSG00000072201.8 chr4 5445912354525375 54470214 54603323 LNX1-AS2; RP11-317M11.1; ENSG00000072201.8 ENSG00000072201.8 chr4 chr4 75418301 75514664 AC142293.3; ENSG00000205595.3 chr4 92029174 92033941 AC004054.1; ENSG00000184305.9 chr4 75144014 75196255 AC097470.1; ENSG00000182585.5 chr4 90757559 90763129 RP11-67M1.1; ENSG00000145335.11 chr4 48854025 48862220 RP11-702A23.1; ENSG00000109180.10 chr4 75144014 75196255 AC097470.1; ENSG00000163738.13 chr4 90472507 90647654 RP11-115D19.1; ENSG00000145335.11 chr4 lncRNA gene Protein-coding gene + + − + − + + + + + + + − + − + + + − − − − + − − + + + − − + − + + + − − + − + − − + ) contd ( ENSG00000251095.1 chr4 ENSG00000251531.1 chr4 ENSG00000248019.2 chr4 ENSG00000250877.1 chr4 ENSG00000249001.1 chr4 ENSG00000250696.1 chr4 ENSG00000249001.1 chr4 ENSG00000250426.1 chr4 ENSG00000250062.1 chr4 ENSG00000248049.2 chr4 ENSG00000180769.4 chr4 ENSG00000248049.2 chr4 ENSG00000251260.1 chr4 ENSG00000248049.2 chr4 ENSG00000251022.1 chr4 ENSG00000248049.2 chr4 ENSG00000248719.1 chr4 ENSG00000251059.1 chr4 ENSG00000250846.2 chr4 ENSG00000249307.1 chr4 ENSG00000248692.1 chr4 ENSG00000249036.1 chr4 ENSG00000205682.2 chr4 ENSG00000224218.1 chr4 ENSG00000245067.2 chr4 ENSG00000233860.1 chr4 ENSG00000250610.1 chr4 ENSG00000245928.2 chr4 ENSG00000223357.2 chr4 ENSG00000245928.2 chr4 ENSG00000249700.1 chr4 ENSG00000248165.1 chr4 ENSG00000250646.1 chr4 ENSG00000249717.1 chr4 ENSG00000250930.1 chr4 ENSG00000248494.1ENSG00000249341.1 chr4 chr4 ENSG00000249942.1 chr4 ENSG00000248984.1 chr4 ENSG00000248115.1 chr4 ENSG00000251531.1 chr4 ENSG00000247775.2 chr4 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000248256.1 chr4 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 1111939 DDIT4L; 1111939 DDIT4L; 93225550 94695707 GRID2; 9322555098105244 9469570799182535 9906439199391518 GRID2; 99365012 C4orf37; 99579780 RAP1GDS1; TSPAN5; 101107027 10 113739265114821440 114309884 114900883 ANK2; ARSJ; 113739265 114309884 ANK2; 101107027 10 113739265 114309884 ANK2; 113739265 114309884 ANK2; 113460492113558120 113558151 113578748 C4orf21; LARP7; 113434672 113437328 NEUROG2; 110354928 110461612 SEC24B; 106067032106603784 106200973 106817143 TET2; INTS12; 120980577121956768 120988229 121994176 MAD2L1; NDNF; 102332443103715540 102995969103715540 103790053 BANK1; 104507188 103790053 UBE2D3; 105389469 104640973 UBE2D3; 105416058 TACR3; CXXC4; 120415550 120550146 PDE5A; 100869243 100871545 H2AFZ; 100044808100123795 100078949100197524 100140694 ADH4; 100484918 100212185 ADH6; 100545156 ADH1A; MTTP; 123533783139085251 123542224140640419 139163503 IL21; 141075338 SLC7A11; MAML3; 106629935106815932 106768885106815932 106925184 GSTCD; 107842959 106925184 NPNT; 108745719 108204963 NPNT; 108852525 108836203 DKK2; 108852525 108874613 SGMS2; 108968701 108874613 CYP2U1; 109090112 CYP2U1; LEF1; + − − − − + − − − − + − − − + + − − + + − − + + − + − − − − + + − − + + + − + + + − 136662 RP11-588P8.1; ENSG00000145358.2 chr4 93754836 93759993 RP11-428L21.1; ENSG00000152208.7 chr4 94239774 94240937 RP11-703C10.1; ENSG00000152208.7 chr4 9828807799172839 9841131599417515 99182781 RP11-18N21.2; 99431086 RP11-323J4.1; ENSG00000163116.5 RP11-724M22.1; ENSG00000138698.9 ENSG00000168785.3 chr4 chr4 chr4 101111190 101 106092511 106099220 AC004069.3; ENSG00000168769.7 chr4 114864412 114865476 RP11-26P13.2; ENSG00000180801.10 chr4 120988113 121337921 RP11-679C8.2; ENSG00000164109.8 chr4 114135137 114138326 AC004057.1; ENSG00000145362.11 chr4 113900746 113993118 RP11-650J17.1; ENSG00000145362.11 chr4 113952443 113955707 RP11-650J17.2; ENSG00000145362.11 chr4 113567632113801616 113571207 113803486 RP11-148B6.1; RP11-119H12.6; ENSG00000174720.11 ENSG00000145362.11 chr4 chr4 100871163 101116256 RP11-15B17.1; ENSG00000145358.2 chr4 113436541 113468037 RP11-402J6.1; ENSG00000138658.11 chr4 100871163 101116256 RP11-15B17.1; ENSG00000164032.7 chr4 113436541 113468037 RP11-402J6.1; ENSG00000178403.3 chr4 110268631 110354973 RP11-264J9.1; ENSG00000138802.6 chr4 106616681106667402 106629250 106748329 RP11-311D14.2; RP11-45L9.1; ENSG00000138785.10 chr4 ENSG00000138780.9 chr4 121992584123540138 122001631 123610311 RP11-647P12.1; AC053545.3; ENSG00000173376.9 chr4 ENSG00000138684.3 chr4 102898051103698194 102958060103749212 103720732 RP11-498M5.2;104469902 103765232 AC018797.1;105412122 104545691 ENSG00000153064.7 RP11-10L12.4; 105618749 RP11-297P16.3; chr4 ENSG00000109332.15 AC004053.1; ENSG00000109332.15 ENSG00000169836.4 chr4 chr4 chr4 ENSG00000168772.9 chr4 120375946 120473180 RP11-33B1.1; ENSG00000138735.11 chr4 100010008100010008 100222513100010008 100222513 RP11-696N14.1;100515956 100222513 RP11-696N14.1; ENSG00000198099.4 100547070 RP11-696N14.1; ENSG00000172955.13 RP11-766F14.1; chr4 ENSG00000187758.3 chr4 ENSG00000138823.7 chr4 chr4 138978618141049169 139099331 141055719 RP11-725C19.1; RP11-392B6.1; ENSG00000151012.9 ENSG00000196782.7 chr4 chr4 106848217106924474 106853879108179857 106943635 RP11-710F7.2;108784635 108223027 RP11-710F7.3;108784635 108899955 RP11-713M6.2; ENSG00000168743.8108857187 108899955 RP11-286E11.1; ENSG00000168743.8109088681 108862411 ENSG00000155011.4 chr4 RP11-286E11.1; 109177992 ENSG00000164023.10 chr4 RP11-286E11.2; ENSG00000155016.12 chr4 RP11-558N14.1; chr4 ENSG00000155016.12 chr4 ENSG00000138795.5 chr4 chr4 lncRNA gene Protein-coding gene + − + + − + + + + − + + + − + − − − − + + − − + − + + + + − + + + + − − + − − − + − ) contd ( ENSG00000249823.1ENSG00000251175.1 chr4 chr4 ENSG00000250344.1ENSG00000227145.1 chr4 chr4 ENSG00000251309.1ENSG00000250009.1 chr4 ENSG00000246560.2 chr4 ENSG00000251577.1 chr4 ENSG00000245384.1 chr4 ENSG00000251586.1 chr4 chr4 ENSG00000249304.1ENSG00000245958.2 chr4 chr4 ENSG00000250938.1 chr4 ENSG00000196656.6 chr4 ENSG00000249710.1 chr4 ENSG00000248152.1 chr4 ENSG00000249373.2 chr4 ENSG00000249532.1ENSG00000251126.1 chr4 chr4 ENSG00000245322.2 chr4 ENSG00000249509.1 chr4 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000248627.1 chr4 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000250908.1 chr4 ENSG00000251620.1ENSG00000214559.3 chr4 ENSG00000251523.1 chr4 ENSG00000246090.2 chr4 ENSG00000246090.2 chr4 ENSG00000246090.2 chr4 ENSG00000248676.1 chr4 ENSG00000245322.2 chr4 chr4 ENSG00000249509.1 chr4 ENSG00000250033.1ENSG00000250698.1 chr4 chr4 ENSG00000250740.1ENSG00000249635.1 chr4 ENSG00000251081.1 chr4 ENSG00000245293.2 chr4 ENSG00000245293.2 chr4 ENSG00000249604.1 chr4 ENSG00000232021.2 chr4 ENSG00000247950.2 chr4 chr4

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 151185594 151936879 LRBA; 141178440 141303710 SCOC; 170907748174089904 170954182174089904 174245118 MFAP3L; 174245118 GALNT7; GALNT7; 169013666169418217 169108893169418217 169849608 ANXA10; 170015407 169849608 PALLD; 170192256 PALLD; SH3RF1; 156263810157681606 156298122157681606 157892546 MAP9; 159045626 157892546 PDGFC; 159236463 159094470 PDGFC; 162305049 159574524 FAM198B; 162305049 163085187 RXFP1; 164031225 163085187 FSTL5; 164088073 FSTL5; NAF1; 156129781156263810 156138230 156298122 NPY2R; MAP9; 144498455144498455 144621828144917257 144621828 FREM3; 145030457 145061844 FREM3; 145567173 145061904 GYPB; 146402346 145666423 GYPA; 146402346 146479231 HHIP; 146539415 146479231 SMAD1; 146678779 146581187 SMAD1; 147627790 146859787 MMAA; 148999913 147867034 ZNF827; 149365850 TTC29; 152591656 NR3C2; 153539784 152682175 153601317 PET112; TMEM154; 153857504154631277 153900848155702365 154681387 FHDC1; 155749965 RNF175; RBM46; 141541919142944313 141677274142944313 143768585 TBC1D9; 144434616 143768585 INPP4B; 144434616 144478639 INPP4B; 144478639 SMARCA5; SMARCA5; 174446120 174451380 HAND2; 175750819176554085 175899331 176923815 ADAM29; GPM6A; − + + + + + − − − − − + − − − + − − − − − + + + + − − − − − − + − + + − − − + + − + − 157762511 157763388 RP11-154F14.2;159411918 159431060 ENSG00000145431.5 RP11-781M16.2; chr4 ENSG00000171509.10 chr4 176711458 176733340 RP11-806K15.1; ENSG00000150625.12 chr4 174053079174243357 174090803 174250845 RP11-10K16.1; RP11-798M19.3; ENSG00000109586.6 ENSG00000109586.6 chr4 chr4 169569047169750070 169569738170122945 169754088 RP11-610J23.1;170902898 170141500 RP11-635L1.3; 170914957 RP11-327O17.2; ENSG00000129116.13 RP11-6E9.4; ENSG00000129116.13 chr4 ENSG00000154447.10 chr4 chr4 ENSG00000198948.6 chr4 157852970159091904 157854283 159124029 RP11-612J15.2;162300105 RP11-597D13.9;162943885 162309569 ENSG00000145431.5164029937 162968719 ENSG00000164125.9 RP11-234O6.2;168867825 164041117 chr4 RP11-497K21.1; 169034482 chr4 RP11-563E2.2; ENSG00000168843.9 ENSG00000168843.9 RP11-310I9.1; chr4 ENSG00000145414.4 chr4 ENSG00000109511.5 chr4 chr4 156226164156275368 156267711 156281613 RP11-27G13.2; AC097467.2; ENSG00000164114.13 chr4 ENSG00000164114.13 chr4 152595635 152599045 RP11-164P12.3; ENSG00000059691.7 chr4 144621410144874788 144786225144874788 145047512 RP13-578N3.3;145564074 145047512 RP11-673E1.4;146418225 145582509 RP11-673E1.4;146435767 ENSG00000183090.5 146424123 RP11-291L15.2;146563488 ENSG00000250361.2 146438270 RP11-301H24.3; chr4 146754270 ENSG00000170180.14 146571776 ENSG00000164161.5 RP11-301H24.4; chr4 147855153 146760732 chr4 ENSG00000170365.5 RP11-557J10.4;149067622 147866623 chr4 ENSG00000170365.5 RP11-181K12.2;151500241 149130031 chr4 RP11-292D4.2; ENSG00000151611.8 151502697 chr4 ENSG00000151612.10 RP11-76G10.1;153587520 chr4 RP11-1336O20.2; chr4 ENSG00000137473.12 153591259 ENSG00000151623.9 ENSG00000198589.6 chr4 RP11-768B22.2; chr4 chr4 ENSG00000170006.7 chr4 154641479155675908 154648874156127681 155703025 RP11-153M7.5; 156130179 RP11-21G20.3; RP11-92A5.2; ENSG00000145428.10 ENSG00000151962.3 chr4 ENSG00000185149.5 chr4 chr4 141633322 141637235 RP11-102N12.2; ENSG00000109436.7 chr4 141204880 141294514 RP11-425I13.3; ENSG00000153130.12 chr4 143435599143487172 143440136144434625 143582103 RP11-223C24.2;144476235 144435788 RP11-223C24.1;144480625 144476736 ENSG00000109452.7 SMARCA5-AS1; 144570458 ENSG00000109452.7 RP11-481K16.2; ENSG00000153147.4 chr4 GUSBP5; chr4 ENSG00000153147.4 chr4 chr4 ENSG00000183090.5 chr4 153855672 153857989 AC093599.1; ENSG00000137460.4 chr4 174448421 174512475 RP11-471J12.1; ENSG00000164107.6 chr4 175898722 175900532 RP13-577H12.2; ENSG00000168594.10 chr4 lncRNA gene Protein-coding gene − − + − − + + + + + − + + + − + + + + + + − − − − + + + + + + − − + − + + − − + − − + ) contd ( ENSG00000245213.2ENSG00000248774.1 chr4 ENSG00000237125.3 chr4 chr4 ENSG00000249623.1ENSG00000249609.1 chr4 ENSG00000251171.1 chr4 ENSG00000249955.1 chr4 chr4 ENSG00000248629.1ENSG00000250235.1 chr4 ENSG00000248429.1 chr4 ENSG00000249901.1 chr4 ENSG00000249568.1 chr4 ENSG00000249419.1 chr4 ENSG00000250027.1 chr4 ENSG00000248601.1 chr4 chr4 ENSG00000250910.1ENSG00000223424.1 chr4 chr4 ENSG00000251455.1 chr4 ENSG00000246448.2ENSG00000248828.1 chr4 ENSG00000248828.1 chr4 ENSG00000248890.1 chr4 ENSG00000250582.1 chr4 ENSG00000250902.1 chr4 ENSG00000248356.1 chr4 ENSG00000251687.1 chr4 ENSG00000248764.1 chr4 ENSG00000250354.1 chr4 ENSG00000249690.1 chr4 chr4 ENSG00000248571.1ENSG00000245623.1 chr4 chr4 ENSG00000249309.1ENSG00000249041.1 chr4 ENSG00000250538.1 chr4 chr4 ENSG00000248335.1 chr4 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000196951.5 chr4 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000251248.1ENSG00000249806.1 chr4 ENSG00000245112.2 chr4 ENSG00000248924.1 chr4 ENSG00000236296.2 chr4 chr4 ENSG00000250431.1 chr4 ENSG00000249106.1 chr4

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 473425 524447 SLC9A3; 9035138 9546187 SEMA5A; 9035138 9546187 SEMA5A; 7396321 7830194 ADCY2; 5140443 5320417 ADAMTS16; 1877541 1887350 IRX4; 9035138 9546187 SEMA5A; 31193857 31329253 CDH6; 38258511 38465123 EGFLAM; 2175077724487209 22853731 24645087 CDH12; 31639517 CDH10; 31639517 3211103731639517 32111037 PDZD2; 31639517 32111037 PDZD2; 34656342 32111037 PDZD2; 35617946 34832732 PDZD2; 35814713 RAI14; SPEF2; 3619269436606457 36242381 36688436 NADKD1; SLC1A3; 1022644210441636 1025000910564442 10472141 FAM173B; 13690440 10650308 ROPN1L; 15500305 13944652 ANKRD33B; 16067248 15939900 DNAH5; 16067248 16180871 FBXL7; 16473147 16180871 MARCH11; 19473060 16617167 MARCH11; 21750777 20575982 FAM134B; 22853731 CDH18; CDH12; 177241115 177253396 SPCS3; 178649911 178911904 RP11-389E17.1; 183065140183065140 183724177183065140 183724177 ODZ3; 184020446 183724177 ODZ3; 186285032 184241930 ODZ3; 186506598 186317053 WWC2; 186506598 186877806 LRP2BP; 186506598 186877806 SORBS2; 187187099 186877806 SORBS2; 189060573 187210835 SORBS2; 189068897 F11; TRIML1; 177604689178230990 177713881 178284097 VEGFC; NEIL3; − − + + − + + + + − − − − + + − − − + + + + + + + + − + + − + + − + + − + − − − − − − 478238 480999 CTD-2228K2.7; ENSG00000066230.6 chr5 9511445 9518198 CTD-2201E9.1; ENSG00000112902.7 chr5 9363387 9422593 CTD-2201E9.4; ENSG00000112902.7 chr5 9001886 9046052 CTD-2215L10.1; ENSG00000112902.7 chr5 7707915 7749878 RP11-711G10.1; ENSG00000078295.10 chr5 5142251 5176327 CTD-2297D10.1; ENSG00000145536.10 chr5 1884080 1884763 CTD-2194D22.3; ENSG00000113430.5 chr5 36221157 36222004 CTD-2320O4.2; ENSG00000152620.8 chr5 2455412731094084 24613331 31267717 RP11-116O11.1;31744095 RP11-152K4.2;31747751 31744558 ENSG00000040731.632103551 31748185 RP11-5N11.5;34656517 ENSG00000113361.8 chr5 32122047 RP11-5N11.6;35678586 34657355 chr5 CTD-2152M20.2; ENSG00000133401.10 35827120 CTD-2024P10.1; ENSG00000133401.10 ENSG00000133401.10 chr5 CTD-2113L7.1; chr5 ENSG00000039560.9 chr5 ENSG00000152582.8 chr5 chr5 31741940 31742434 RP11-5N11.4; ENSG00000133401.10 chr5 3666631638282366 36725297 38291088 CTD-2353F22.1; EGFLAM-AS4; ENSG00000079215.8 ENSG00000164318.12 chr5 chr5 1044140210627372 1044190413860447 10628337 ROPN1L-AS1;15602298 13897880 ANKRD33B-AS1;16129287 15607457 CTB-51A17.1;16180347 ENSG00000164236.6 ENSG00000145491.7 16141711 CTD-2350J17.1;16616035 16185694 chr5 RP11-19O2.1; chr5 20305674 ENSG00000039139.8 16630078 ENSG00000183580.8 RP11-19O2.2;21616371 20331565 RP11-260E18.1;22142461 chr5 chr5 ENSG00000183654.7 21779631 RP11-420O16.1; ENSG00000183654.7 22152465 RP11-804N13.1; ENSG00000154153.9 chr5 ENSG00000145526.6 PMCHL1; chr5 chr5 ENSG00000154162.8 chr5 chr5 ENSG00000154162.8 chr5 10248437 10250027 CTD-2256P15.1; ENSG00000150756.8 chr5 183619055183693718 183629195184154781 183695084 RP11-18D7.3;186291879 184161787 RP11-18D7.2;186509063 186312082 RP11-451F20.4;186587039 ENSG00000218336.3 186515157 RP11-714G18.1;186839294 ENSG00000218336.3 186596571 RP11-301L8.2; ENSG00000151718.11 chr4 187207248 186840614 ENSG00000109771.11 RP11-626E13.1; chr4 chr4 189061976 187422151 RP11-45I20.1; chr4 ENSG00000154556.13 189064533 RP11-215A19.1; ENSG00000154556.13 chr4 RP11-366H4.3; chr4 ENSG00000154556.13 ENSG00000088926.8 chr4 ENSG00000184108.3 chr4 chr4 182795591 183066402 AC108142.1; ENSG00000218336.3 chr4 177590772 177627299 RP11-313E19.2; ENSG00000150630.2 chr4 177229419 177241609178264158 RP11-87F15.2;178650792 178278186 178829090 RP11-376O6.2; ENSG00000129128.8 RP11-162G9.1; chr4 ENSG00000109674.3 ENSG00000231171.3 chr4 chr4 lncRNA gene Protein-coding gene + + − − − − − + + + + − − + − + − − − − − − + − + + − − − − − − − + − + + + + + + + + ) contd ( ENSG00000251370.1 chr5 ENSG00000248537.1 chr5 ENSG00000250619.1 chr5 ENSG00000250761.1 chr5 ENSG00000250866.1 chr5 ENSG00000248816.1ENSG00000248694.1 chr4 ENSG00000251128.1 chr4 ENSG00000250410.1 chr4 ENSG00000233110.1 chr4 ENSG00000235902.1 chr4 ENSG00000235149.1 chr4 ENSG00000251165.1 chr4 ENSG00000247130.2 chr4 ENSG00000225138.2 chr4 chr5 ENSG00000177822.3 chr4 ENSG00000251294.1ENSG00000254138.1 chr5 chr5 ENSG00000248378.1ENSG00000250164.1 chr5 ENSG00000250764.1 chr5 ENSG00000250234.1 chr5 ENSG00000248969.1 chr5 ENSG00000245711.2 chr5 chr5 ENSG00000248813.1 chr5 ENSG00000249116.1 chr5 ENSG00000248388.1 chr4 ENSG00000249084.1ENSG00000251504.1 chr4 chr4 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000248980.1 chr4 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000250155.1ENSG00000248730.1 chr5 chr5 ENSG00000250600.1ENSG00000250106.1 chr5 ENSG00000251423.1 chr5 ENSG00000250250.1 chr5 ENSG00000250981.1 chr5 ENSG00000250448.1 chr5 ENSG00000246214.1 chr5 ENSG00000249854.1 chr5 ENSG00000253766.1 chr5 ENSG00000168967.10 chr5 chr5 ENSG00000248968.1 chr5

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 56111401 56191979 MAP3K1; 6878811968788119 68853931 68853931 OCLN; 72112139 OCLN; 72212560 TNPO1; 3825851138258511 3846512338258511 38465123 EGFLAM; 38258511 38465123 EGFLAM; 38465123 EGFLAM; EGFLAM; 54552073 54603550 DHX29; 5239151252856463 52405893 52979168 MOCS2; NDUFS4; 52285156 52390609 ITGA2; 52083730 52252327 ITGA1; 52083774 52099880 PELO; 52083730 52252327 ITGA1; 68856035 68890550 GTF2H2C; 44303646 44389808 FGF10; 65435799 65479443 SREK1; 43602791 43707507 NNT; 5826486560169658 5981794760453536 60240900 PDE4D; 60933535 60458301 ERCC8; 60933535 61047590 C5orf43; 61047590 C5orf64; 65892176 C5orf64; 68389473 66465423 68426896 MAST4; SLC30A5; 43486803 43515247 C5orf34; 58264865 59817947 PDE4D; 4303933543486803 43043272 43515247 C5orf39; C5orf34; 58264865 59817947 PDE4D; 43065278 43192123 ZNF131; 57878048 58155213 RAB3C; 41730167 41870621 OXCT1; 57878048 58155213 RAB3C; 38820766 38823298 AC091435.2; 74807581 74896969 POLK; 5620508756215429 5622135956775846 56267502 C5orf35; 56778636 MIER3; ACTBL2; 38475065 38608456 LIFR; 7292198374632154 73237818 74657929 RP11-428C6.1; HMGCR; − − + + + + + + + + − + + + − − − + + + + − − − − − + + − + + + + − − + + + + − + + + 43511160 43521913 RP11-159F24.6; ENSG00000172244.3 chr5 52965911 52968075 CTD-2188H20.1; ENSG00000164258.7 chr5 66297211 66299781 MAST4-AS1; ENSG00000069020.12 chr5 54529762 54591029 RP11-506H20.1; ENSG00000067248.5 chr5 52405672 52410956 CTD-2366F13.1; ENSG00000164172.13 chr5 52228249 52286108 CTD-2175A23.1; ENSG00000164171.5 chr5 52228249 52286108 CTD-2175A23.1; ENSG00000213949.3 chr5 51971027 52083860 CTD-2288O8.1; ENSG00000152684.10 chr5 51971027 52083860 CTD-2288O8.1; ENSG00000213949.3 chr5 6879004068790040 6900634172090232 69006341 GUSBP3; 72112392 GUSBP3; CTD-2631K10.1; ENSG00000083312.11 ENSG00000197822.6 chr5 ENSG00000183474.10 chr5 chr5 44388834 44414091 RP11-473L15.2; ENSG00000070193.4 chr5 65439984 65440623 AC025442.3;68773299 68798293 ENSG00000153914.10 RP11-241G9.3; chr5 ENSG00000197822.6 chr5 43575425 43603332 RP11-159F24.1; ENSG00000112992.10 chr5 5978354060213317 5984348460457897 60215400 PART1;60954301 60527867 AC104113.3;61028601 60994259 CTC-436P18.1; 61031496 RP11-2O17.2; ENSG00000049167.8 CTD-2170G1.2;68408939 ENSG00000188725.3 ENSG00000113448.11 68432221 ENSG00000178722.8 chr5 ENSG00000178722.8 chr5 chr5 CTC-498J12.3; chr5 chr5 ENSG00000145740.13 chr5 59317076 59328847 CTD-2254N19.1; ENSG00000113448.11 chr5 4304167743484061 43045492 43509458 AC025171.1; RP11-159F24.3; ENSG00000172244.3 ENSG00000177721.3 chr5 chr5 58335588 58359330 RP11-266N13.2; ENSG00000113448.11 chr5 43014516 43067521 CTD-2201E18.3; ENSG00000172262.6 chr5 58142712 58159241 CTD-2176I21.2; ENSG00000152932.6 chr5 41870132 41871059 CTD-2062O1.3; ENSG00000083720.7 chr5 58037408 58112926 RP11-479O16.1; ENSG00000152932.6 chr5 38736157 38845931 CTD-2127H9.1; ENSG00000205785.4 chr5 74894307 74895205 CTC-366B18.2; ENSG00000122008.11 chr5 5623713456690887 56242979 56829251 AC016644.1; CTD-2023N9.1; ENSG00000169067.2 ENSG00000155545.14 chr5 chr5 56195868 56206541 AC008937.3; ENSG00000155542.6 chr5 3834544638399916 3834665338425138 38403515 EGFLAM-AS3;38461029 38427478 EGFLAM-AS2;38556888 38468441 ENSG00000164318.12 EGFLAM-AS1; 38671318 ENSG00000164318.12 CTD-2263F21.1; chr5 ENSG00000164318.12 CTD-2196P11.1; chr5 ENSG00000164318.12 chr5 ENSG00000113594.5 chr5 chr5 74615980 74632739 CTD-2235C13.2; ENSG00000113161.10 chr5 73073864 73082316 CTC-575I10.1; ENSG00000214944.5 chr5 56137843 56157991 AC008937.2; ENSG00000095015.5 chr5 lncRNA gene Protein-coding gene − + + − − − − − − − − + − − − − + + + − − − + + + + + − − + − − − + + − − − − − + − − ) contd ( ENSG00000237705.1 chr5 ENSG00000250854.1ENSG00000251307.1 chr5 chr5 ENSG00000247796.2 chr5 ENSG00000249899.1 chr5 ENSG00000249899.1 chr5 ENSG00000248898.1 chr5 ENSG00000248898.1 chr5 ENSG00000253203.2ENSG00000253203.2 chr5 ENSG00000249085.1 chr5 ENSG00000249293.1 chr5 chr5 ENSG00000248464.1 chr5 ENSG00000253744.1ENSG00000229666.1 chr5 chr5 ENSG00000249295.1 chr5 ENSG00000248092.2 chr5 ENSG00000152931.6ENSG00000233847.1 chr5 ENSG00000251279.1 chr5 ENSG00000248529.1 chr5 ENSG00000251575.2 chr5 chr5 ENSG00000248664.1 chr5 ENSG00000248554.1 chr5 ENSG00000248935.1 chr5 ENSG00000215068.3ENSG00000249492.1 chr5 chr5 ENSG00000247345.2 chr5 ENSG00000177738.3 chr5 ENSG00000248733.1 chr5 ENSG00000248668.1 chr5 ENSG00000248475.1 chr5 ENSG00000249740.1 chr5 ENSG00000248881.1 chr5 ENSG00000235635.1ENSG00000250961.1 chr5 chr5 ENSG00000225230.1 chr5 ENSG00000248572.1ENSG00000249491.1 chr5 ENSG00000251257.1 chr5 ENSG00000244968.2 chr5 chr5 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000249071.1 chr5 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000247372.2 chr5

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 95726119 95769847 PCSK1; 76011868 76031606 F2R; 87485450 87565293 TMEM161B; 83236373 83680611 EDIL3; 82767284 82878122 VCAN; 81267844 81572241 ATG10; 8025649180529104 80525975 80562216 RASGRF2; CKMT2; 80256491 80525975 RASGRF2; 98104354 98134347 RGMB; 80256491 80525975 RASGRF2; 9586552596096521 96115299 96143803 CAST; ERAP1; 7940705079783788 79551898 79838382 SERINC5; FAM151B; 9518793695220802 95195837 95297775 C5orf27; ELL2; 7636789778985700 7638314879287134 79096063 ZBED3; 79379110 CMYA5; THBS4; 95049226 95160087 RHOBTB3; 76367897 76383148 ZBED3; 9403944694987885 94620279 95034415 MCTP1; SPATA9; 94039446 94620279 MCTP1; 7537899775699074 7564976475699074 76003957 SV2C; 76003957 IQGAP2; IQGAP2; 92919043 92930321 NR2F1; 75378997 75649764 SV2C; 88013975 88199922 MEF2C; 75378997 75649764 SV2C; 88013975 88199922 MEF2C; 111478138 111755013 EPB41L4A; 111478138 111755013 EPB41L4A; 110405760110427414 110413722110559351 110469906 TSLP; 110830584 WDR36; CAMK4; 110559351 110830584 CAMK4; 110831731110998318 110848288 111333161 STARD4; C5orf13; 110998318 111333161 C5orf13; 108083523 108532542 FER; − − + + + + + + + + + + + + − + − + + − − − − − + + + − − − − + + + + + + − + − − − − 79778112 79783882 CTD-2015H6.3; ENSG00000152380.5 chr5 87564712 87732502 CTC-358I24.1; ENSG00000164180.8 chr5 83680245 83786583 CTD-2269F5.1; ENSG00000164176.8 chr5 82827171 82877139 CTC-348L14.1; ENSG00000038427.11 chr5 8049991581368874 80597379 81369521 CTC-281B15.1; ATG10-AS1; ENSG00000131730.11 chr5 ENSG00000152348.9 chr5 80499915 80597379 CTC-281B15.1; ENSG00000113319.7 chr5 80409204 80410671 CTD-2193P3.2; ENSG00000113319.7 chr5 9612048198105322 96121703 98109173 CTD-2260A17.1; CTC-463N11.3; ENSG00000164307.7 ENSG00000174136.7 chr5 chr5 80243516 80256726 CTC-459I6.1; ENSG00000113319.7 chr5 9529770595297705 9597022096076783 95970220 CTD-2337A12.1; 96078402 CTD-2337A12.1; ENSG00000118985.10 CTC-506B8.1; ENSG00000175426.6 chr5 chr5 ENSG00000153113.17 chr5 7907017179348197 7911201379424184 79379477 CTC-431G16.2; 79439706 CTD-2201I18.1; ENSG00000164309.10 CTC-458I2.2; ENSG00000113296.10 chr5 chr5 ENSG00000164300.10 chr5 95171647 95188425 AC008592.4; ENSG00000236882.3 chr5 76382565 76462734 CTC-564N23.3; ENSG00000132846.5 chr5 9499376695036953 95020477 95067999 CTD-2154I11.1; CTD-2154I11.2; ENSG00000145757.11 ENSG00000164292.7 chr5 chr5 94314855 94316597 CTC-558O19.1; ENSG00000175471.13 chr5 7590243375987264 7590479575987264 7601204076369706 CTD-2236F14.1; 76012040 CTD-2384B11.2; ENSG00000145703.10 76370345 CTD-2384B11.2; ENSG00000145703.10 chr5 CTC-564N23.2; ENSG00000181104.6 chr5 ENSG00000132846.5 chr5 chr5 94124494 94129304 CTC-484P3.3; ENSG00000175471.13 chr5 75581367 75607287 RP11-466P24.6; ENSG00000122012.8 chr5 92746995 92921354 RP11-65F13.2; ENSG00000175745.7 chr5 75465910 75470170 RP11-466P24.2; ENSG00000122012.8 chr5 88179145 88762215 CTC-454M9.1; ENSG00000081189.9 chr5 75377771 75380011 CTC-235G5.3; ENSG00000122012.8 chr5 87972036 88018648 CTC-467M3.1; ENSG00000081189.9 chr5 110411896 110427813 CTC-551A13.2; ENSG00000134987.6 chr5 110411896 110427813 CTC-551A13.2; ENSG00000145777.10 chr5 111248205111496223 111353006 111499973 CTD-2192A1.1; NCRNA00219; ENSG00000134986.9 ENSG00000129595.7 chr5 chr5 111509267 111511245 CTC-459M5.1; ENSG00000129595.7 chr5 110601507 110605787 AC010468.2; ENSG00000152495.6 chr5 110613215 110638265 CTC-499J9.1; ENSG00000152495.6 chr5 110847924 111075423 CTC-426B10.1; ENSG00000164211.8 chr5 110847924 111075423 CTC-426B10.1; ENSG00000134986.9 chr5 108153742 108166491 CTD-2197I11.1; ENSG00000151422.8 chr5 lncRNA gene Protein-coding gene + + − − − − − − − − − − + − − − + + + − + + − − + − + + − + − − − + + − − − + − + + + ) contd ( ENSG00000245864.2 chr5 ENSG00000247828.2 chr5 ENSG00000250320.1 chr5 ENSG00000249835.2 chr5 ENSG00000247572.2ENSG00000248192.1 chr5 chr5 ENSG00000247572.2 chr5 ENSG00000250383.1 chr5 ENSG00000253613.1ENSG00000249318.1 chr5 chr5 ENSG00000253613.1 chr5 ENSG00000249772.1 chr5 ENSG00000248268.1 chr5 ENSG00000248734.1ENSG00000246763.2 chr5 chr5 ENSG00000249042.1ENSG00000251450.1 chr5 chr5 ENSG00000246859.2 chr5 ENSG00000251314.1ENSG00000251314.1 chr5 ENSG00000249180.1 chr5 chr5 ENSG00000246859.2ENSG00000250095.1 chr5 chr5 ENSG00000250258.1ENSG00000249825.1 chr5 ENSG00000251675.1 chr5 chr5 ENSG00000251409.1 chr5 ENSG00000250802.2 chr5 ENSG00000251659.1ENSG00000250240.1 chr5 chr5 ENSG00000249545.1 chr5 ENSG00000249713.1ENSG00000225407.3 chr5 ENSG00000225407.3 chr5 ENSG00000250615.1 chr5 chr5 ENSG00000249175.1 chr5 ENSG00000250348.1 chr5 ENSG00000237187.3 chr5 ENSG00000254893.2 chr5 ENSG00000248309.1 chr5 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000248127.1 chr5 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000224032.2 chr5 ENSG00000250882.1 chr5

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 111478138111478138 111755013 111755013 EPB41L4A; EPB41L4A; 112357796112768251 112824527113696666 112770728 MCC; 114914339 113832321 TSSK1B; 114914339 114961876 KCNN2; 114949205 114961858 TICAM2; 115140430 114968689 TMED7-TICAM2; 115420688 115152651 TMED7; 115779312 115748459 CDO1; 115779312 115910630 COMMD10; 118373467 115910630 SEMA6A; 118584833 SEMA6A; DMXL1; 131142683131142683 131347936131142683 131347936 ACSL6; 131347936 ACSL6; ACSL6; 131891711 131980313 RAD50; 131991955132028368 131996802 132073330 IL13; KIF3A; 132532147 132948255 FSTL4; 121465208 121515312 ZNF474; 123972608 124084500 ZNF608; 121465208 121515312 ZNF474; 123972608 124084500 ZNF608; 121647049 121799914 SNCAIP; 123972608 124084500 ZNF608; 121647049 121799914 SNCAIP; 123972608 124084500 ZNF608; 121647049 121799914 SNCAIP; 123972608 124084500 ZNF608; 122358945122424816 122372436 122523745 PPIC; PRDM6; 123972608 124084500 ZNF608; 125695824 125832186 GRAMD3; 126984736 126994322 CTXN3; 128795958 129074376 ADAMTS19; 128795958 129074376 ADAMTS19; 129240165 129522327 CHSY3; 131527531 131631008 P4HA2; 131630136131705444 131679899131746328 131731306 SLC22A4; 131746328 131811736 SLC22A5; 131811736 C5orf56; C5orf56; + − − − − − + − − − − + − − + − + − + − + − + − + − − + − + + + + + − − − − + + + + + 111527717 111545836 CTC-459M5.2; ENSG00000129595.7 chr5 111563980 111593006 RP11-526F3.1; ENSG00000129595.7 chr5 112658725112658725 112772871113824694 112772871 CTD-2201G3.1;114937754 114004107 CTD-2201G3.1; ENSG00000171444.12114937754 114956356 RP11-492A10.1; ENSG00000212122.3114937754 chr5 114956356 AC010226.4; ENSG00000080709.9115150892 114956356 AC010226.4; chr5 115638051 115152356 AC010226.4; chr5 115783243 ENSG00000243414.4 115639831 AC026449.1;115910178 ENSG00000251201.4 115843972 CTC-339F2.2; chr5 118342042 ENSG00000134970.13 115927094 CTB-118N6.3; chr5 ENSG00000129596.4 118406585 chr5 CTB-118N6.2; ENSG00000145781.4 CTB-161M19.4; ENSG00000092421.12 chr5 chr5 ENSG00000092421.12 chr5 ENSG00000172869.10 chr5 chr5 131966281 131999964 AC004041.2; ENSG00000169194.5 chr5 132024373132496130 132057275 132560105 AC004237.1; CTB-49A3.2; ENSG00000131437.9 ENSG00000053108.11 chr5 chr5 121464457 121490551 CTC-441N14.2; ENSG00000164185.4 chr5 124052884 124053638 RP11-43D2.3; ENSG00000168916.10 chr5 121490191 121491710 CTC-441N14.1; ENSG00000164185.4 chr5 124056778 124057382 RP11-43D2.4; ENSG00000168916.10 chr5 121656986 121659053 CTD-2544H17.1; ENSG00000064692.12 chr5 124064524 124065086 RP11-436H11.2; ENSG00000168916.10 chr5 121705457 121719263 CTD-2280E9.1; ENSG00000064692.12 chr5 124065403 124065848 RP11-436H11.3; ENSG00000168916.10 chr5 121772192 121814782 CTC-210G5.1; ENSG00000064692.12 chr5 124068940 124069465 RP11-436H11.4; ENSG00000168916.10 chr5 122371966 122390362 RP11-359P5.1; ENSG00000168938.5 chr5 124073092 124073698 RP11-436H11.6; ENSG00000168916.10 chr5 122422943 122425994 AC106786.1; ENSG00000061455.9 chr5 125769197 125826063 RP11-517I3.1; ENSG00000155324.4 chr5 126987385 126999721 CTC-548H10.2; ENSG00000205279.4 chr5 128795252 128796382 RP11-346A9.1; ENSG00000145808.4 chr5 128836054 129241610 CTC-575N7.1; ENSG00000145808.4 chr5 128836054 129241610 CTC-575N7.1; ENSG00000198108.3 chr5 131339285131347141 131342715131520569 131348892 AC034228.3; 131528501 AC034228.2; AC063976.4; ENSG00000164398.8 ENSG00000164398.8 chr5 ENSG00000072682.12 chr5 chr5 131280101 131303913 AC034228.4; ENSG00000164398.8 chr5 131646978 131705608 AC034220.3; ENSG00000197208.5 chr5 131646978131755108 131705608131804579 131762406 AC034220.3;131966281 131808735 AC116366.5; 131999964 AC116366.6; ENSG00000197375.7 AC004041.2; ENSG00000197536.6 chr5 ENSG00000197536.6 chr5 ENSG00000113522.9 chr5 chr5 lncRNA gene Protein-coding gene + + + + + + − + + + + − + + − − + − + − + − + − + + + − − − − − − + + + + − − − − − − ) contd ( ENSG00000230612.1ENSG00000248245.1 chr5 chr5 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000251187.1 chr5 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000251076.1ENSG00000232633.3 chr5 ENSG00000232633.3 chr5 ENSG00000246316.3 chr5 ENSG00000249249.1 chr5 ENSG00000249249.1 chr5 ENSG00000249249.1 chr5 ENSG00000248017.1 chr5 ENSG00000250015.1 chr5 ENSG00000248445.1 chr5 ENSG00000249167.1 chr5 ENSG00000249494.1 chr5 ENSG00000247311.2 chr5 chr5 ENSG00000249610.1 chr5 ENSG00000250843.1 chr5 ENSG00000249621.1 chr5 ENSG00000250206.1 chr5 ENSG00000249916.1 chr5 ENSG00000250530.1 chr5 ENSG00000250328.1 chr5 ENSG00000251274.1 chr5 ENSG00000249996.1 chr5 ENSG00000249643.1 chr5 ENSG00000223652.2ENSG00000250005.1 chr5 chr5 ENSG00000250602.1 chr5 ENSG00000248799.1 chr5 ENSG00000249421.1 chr5 ENSG00000251680.1 chr5 ENSG00000251680.1 chr5 ENSG00000223548.1ENSG00000231585.1 chr5 ENSG00000237714.1 chr5 chr5 ENSG00000234758.1 chr5 ENSG00000233006.1 chr5 ENSG00000223442.1 chr5 ENSG00000233006.1ENSG00000238160.1 chr5 ENSG00000234290.1 chr5 ENSG00000223442.1 chr5 chr5

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 145583113 145718814 RBM27; 139487362139739787 139496321 139754722 PURA; SLC4A9; 132532147132532147 132948255132532147 132948255 FSTL4; 134362615 132948255 FSTL4; 134368970 134370503 FSTL4; 134368970 134691744 PITX1; 134779908 134691744 CTC-203F4.1; 134906373 134788089 CTC-203F4.1; 135548999 134914969 TIFAB; 135548999 135701225 CXCL14; 135701225 TRPC7; TRPC7; 148651434148521046 148721365148651434 148640105 AFAP1L1; 148721365 ABLIM3; AFAP1L1; 140894583140894583 140998622141000443 140998622 DIAPH1; 141337893 141016437 DIAPH1; 141689992 141369856 HDAC3; 141971743 141706020 RNF14; 142077617 SPRY4; FGF1; 137203480 137223540 MYOT; 142149949145463949 142608576 145483932 ARHGAP26; PLAC8L1; 137223657137273649 137278436137273649 137387650 PKD2L2; 137667624 137387650 FAM13B; 137946656 137685416 FAM13B; 138282409 138270723 FAM53C; 138677276 138629246 CTNNA1; 138705406 SIL1; PAIP2; 145492601 145562223 LARS; 139026884139226364 139063467 139422884 CXXC5; NRG2; 145718587145967936 145720083146967990 146464347 POU4F3; 147260289 147162338 AC011357.1; 147286101 JAKMIP2; C5orf46; 147647743 147665817 SPINK13; 147691982 147695485 SPINK7; 147700766 147719412 SPINK9; 148521046 148640105 ABLIM3; + + − − − − + + − − − − + + + − − − + − − + + − + − − + + − + − + + − + − − − + + + + 148543518 148656339 RP11-331K21.1; ENSG00000157510.9 chr5 139750476140937878 139780952 140944830 CTC-329D1.2; CTD-2024I7.13; ENSG00000113073.9 ENSG00000131504.10 chr5 chr5 139452442 139488215 CTB-131B5.4; ENSG00000185129.4 chr5 132592184132723465 132611669134369072 132724241 CTB-49A3.4;134374528 134551255 CTB-3M24.3;134460070 134375737 CTC-349C3.1;134786303 134466939 CTC-276P9.1; ENSG00000053108.11134895267 134794387 ENSG00000053108.11 CTC-276P9.3; chr5 135549736 ENSG00000069011.10 134970564 CTB-138E5.1; chr5 135639445 135557847 ENSG00000224186.3 chr5 CTC-321K16.1;137150022 135651788 ENSG00000224186.3 CTB-28J9.3; chr5 137225025 ENSG00000255833.1 CTB-28J9.2; ENSG00000145824.8 chr5 RP11-381K20.2; chr5 chr5 ENSG00000069018.11 ENSG00000120729.5 ENSG00000069018.11 chr5 chr5 chr5 132579456 132584473 CTB-49A3.5; ENSG00000053108.11 chr5 148596086148596086 148656368 148656368 AC012613.2; AC012613.2; ENSG00000173210.14 ENSG00000157510.9 chr5 chr5 140997981140997981 141006048141350202 141006048 AC008781.7;141704858 141362252 AC008781.7;141704858 142051566 AC005740.5;142239169 142051566 AC005592.2; ENSG00000131504.10 142248487 AC005592.2; ENSG00000171720.4 chr5 ARHGAP26-AS1; ENSG00000013561.13 chr5 ENSG00000187678.7 ENSG00000145819.10 chr5 ENSG00000113578.13 chr5 chr5 chr5 137150022 137225025 RP11-381K20.2; ENSG00000078795.12 chr5 145478969145478969 145499975 145499975 RP11-118M9.3; RP11-118M9.3; ENSG00000173261.4 ENSG00000133706.12 chr5 chr5 137368463137374888 137372955137682716 137375668 RP11-325L7.1;138080123 137685330 RP11-325L7.2;138348336 138088998 RP11-256P1.1;138700366 ENSG00000031003.6 138386892 AC034243.1;139028584 ENSG00000031003.6 138705406 CTB-46B19.2; chr5 ENSG00000120709.6 139029313 CTB-43P18.1; chr5 CTD-3224K15.2; ENSG00000044115.14 chr5 ENSG00000120725.7 chr5 ENSG00000171604.7 ENSG00000120727.6 chr5 chr5 chr5 145686661 145756526 CTC-359M8.1; ENSG00000091009.6 chr5 139227875 139235974 CTB-35F21.4; ENSG00000158458.14 chr5 145686661145942789 145756526146939557 145996567 CTC-359M8.1;147266675 147041572 CTB-99A3.1;147647870 147267267 AC126775.1; ENSG00000091010.4 147763346 CTC-327F10.4; RP11-373N22.3; ENSG00000156475.13 chr5 ENSG00000176049.10 ENSG00000178776.4 chr5 ENSG00000214510.5 chr5 chr5 chr5 147647870 147763346 RP11-373N22.3; ENSG00000145879.5 chr5 147647870 147763346 RP11-373N22.3; ENSG00000204909.3 chr5 148543518 148656339 RP11-331K21.1; ENSG00000173210.14 chr5 lncRNA gene Protein-coding gene − + − + + + − − + + + + − + − − + + − + + − − + + + + − − + − − − + − + + + − − − − − ) contd ( ENSG00000249637.1ENSG00000246422.2 chr5 chr5 ENSG00000250244.1ENSG00000250409.1 chr5 ENSG00000250513.1 chr5 ENSG00000249082.1 chr5 ENSG00000248482.1 chr5 ENSG00000249639.1 chr5 ENSG00000250167.1 chr5 ENSG00000248211.1 chr5 ENSG00000250947.1 chr5 ENSG00000250159.1 chr5 chr5 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000249478.1 chr5 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000253406.1ENSG00000253406.1 chr5 chr5 ENSG00000228737.1ENSG00000228737.1 chr5 ENSG00000254099.1 chr5 ENSG00000231185.2 chr5 ENSG00000231185.2 chr5 ENSG00000226272.1 chr5 chr5 ENSG00000250159.1 chr5 ENSG00000251556.1ENSG00000251556.1 chr5 chr5 ENSG00000246323.2ENSG00000250260.1 chr5 ENSG00000249971.1 chr5 ENSG00000253404.1 chr5 ENSG00000249593.2 chr5 ENSG00000249758.1 chr5 ENSG00000250635.1 chr5 chr5 ENSG00000250025.1 chr5 ENSG00000250692.1ENSG00000245146.2 chr5 chr5 ENSG00000250025.1ENSG00000250407.1 chr5 ENSG00000248255.1 chr5 ENSG00000251320.1 chr5 ENSG00000247199.3 chr5 chr5 ENSG00000247199.3 chr5 ENSG00000247199.3 chr5 ENSG00000248647.2 chr5 ENSG00000248647.2 chr5

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 166711804166711804 167691162166711804 167691162 ODZ2; 166711804 167691162 ODZ2; 166711804 167691162 ODZ2; 167691162 ODZ2; ODZ2; 166711804166711804 167691162166711804 167691162 ODZ2; 167691162 ODZ2; ODZ2; 151121877 151152093 ATOX1; 158584417158741791 158637061 158757895 RNF145; IL12B; 159990127159990127 160279221 160279221 ATP10B; ATP10B; 160974069 161129599 GABRA6; 162887175 162918947 HMMR; 168088745 168728133 SLIT3; 148724993148750887 148734146 148783765 GRPEL2; IL17B; 169805168169780491 169816681 170163636 KCNMB1; KCNIP1; 159614374 159665742 FABP6; 168088745 168728133 SLIT3; 149865381149980642 149937773 150038782 NDST1; SYNPO; 169780491 170163636 KCNIP1; 168088745168088745 168728133169064251 168728133 SLIT3; 169510386 SLIT3; DOCK2; 150040436 150058927 MYOZ3; 151040657 151066726153570290 SPARC; 155297354 153800544 156194499 GALNT10; SGCD; 156512843156569944 156569880 156682201 HAVCR2; ITK; 156693089156693089 156822606156802749 156822606 CYFIP2; 156811947 CYFIP2; AC008676.1; 156887027156693089 156901725 156822606 NIPAL4; CYFIP2; 156802749156822542 156811947 157002783 AC008676.1; ADAM19; 158122924158122924 158526788 158526788 EBF1; EBF1; − − − − + + + + + + + − + − − + + + + + − + + + − − + + − − + + − + + + + + + + − − − 161114353 161116414 RP11-348M17.2; ENSG00000145863.6 chr5 160112358 160119896 CTC-529G1.1; ENSG00000118322.8 chr5 151133553 151146808 CTB-113P19.3; ENSG00000177556.7 chr5 162910071 162921064 RP11-80G7.1; ENSG00000072571.13 chr5 167364722167392192 167380474167512334 167394091 CTC-353G13.1;167656588 167614724 CTB-77H17.1;168081518 167659362 ENSG00000145934.11 CTB-178M22.1; 168094766 CTB-178M22.2; chr5 ENSG00000145934.11 ENSG00000145934.11 CTC-558O2.2; chr5 ENSG00000145934.11 chr5 chr5 ENSG00000184347.10 chr5 148727679 148737205 RP11-394O4.4; ENSG00000164284.10 chr5 148751737 148754679 RP11-394O4.3; ENSG00000127743.5 chr5 169816497 169849848 CTD-2270F17.1; ENSG00000145936.3 chr5 169910810 169913411 CTB-147C13.1; ENSG00000182132.8 chr5 158636929 158675804 CTB-11I22.1; ENSG00000145860.5 chr5 158737941159622751 158789842 159631833 AC008697.1; CTB-127C13.1; ENSG00000113302.4 ENSG00000170231.11 chr5 chr5 160040880 160066190 CTC-348L5.1; ENSG00000118322.8 chr5 166714325 166721278 CTB-180C19.1; ENSG00000145934.11 chr5 166723239166733278 166730377167080233 166736875 CTC-286N12.1; 167087486 CTB-105L4.2; ENSG00000145934.11 CTB-78F1.1; chr5 ENSG00000145934.11 chr5 ENSG00000145934.11 chr5 168133572 168147889 CTC-558O2.1; ENSG00000184347.10 chr5 149855094 149865531 CTC-367J11.1; ENSG00000070614.9 chr5 170066162 170108441 CTC-265N9.1; ENSG00000182132.8 chr5 168420005 168422682 CTB-174D11.2; ENSG00000184347.10 chr5 168440232169199970 168465003 169206369 CTB-174D11.1; CTB-37A13.1; ENSG00000184347.10 chr5 ENSG00000134516.10 chr5 149987990150050220 149994916 150051952 CTB-140J7.2; CTC-345K18.2; ENSG00000171992.8 ENSG00000164591.9 chr5 chr5 151056506 151104343 CTB-113P19.1; ENSG00000113140.6 chr5 153708997 153825410 CTB-157D17.1; ENSG00000164574.11 chr5 156131069 156166823 CTC-340I23.2; ENSG00000170624.8 chr5 156531799 156541911 CTB-120L21.1; ENSG00000135077.4 chr5 156626253156687132 156651390 156693635 CTB-4E7.1; CTC-248O19.1; ENSG00000055163.14 ENSG00000113263.8 chr5 chr5 156789623156789623 156887086 156887086 CTB-109A12.1; CTB-109A12.1; ENSG00000055163.14 ENSG00000204823.3 chr5 chr5 156789623 156887086 CTB-109A12.1; ENSG00000172548.10 chr5 156802749 156811958 CTB-47B11.3; ENSG00000055163.14 chr5 156802749 156811958 CTB-47B11.3; ENSG00000204823.3 chr5 156992972158410014 156996106 158411797 AC106801.1; CTD-2363C16.1; ENSG00000164330.11 ENSG00000135074.11 chr5 chr5 158412814 158414207 CTD-2363C16.2; ENSG00000164330.11 chr5 lncRNA gene Protein-coding gene − − − − − + − + − + + − + + − − − − − + − − + + − − − + + − − + + − − − − − − − + + + ) contd ( ENSG00000251018.2 chr5 ENSG00000253660.1ENSG00000253947.1 chr5 ENSG00000253925.1 chr5 ENSG00000253978.1 chr5 ENSG00000254192.1 chr5 chr5 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000253618.1 chr5 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000253865.1 chr5 ENSG00000253858.1 chr5 ENSG00000249738.2ENSG00000247699.2 chr5 chr5 ENSG00000253687.1 chr5 ENSG00000254391.1ENSG00000253403.1 chr5 chr5 ENSG00000254365.1 chr5 ENSG00000254297.1ENSG00000253527.1 chr5 ENSG00000254187.1 chr5 chr5 ENSG00000254042.1 chr5 ENSG00000254333.1 chr5 ENSG00000253591.1 chr5 ENSG00000248965.1 chr5 ENSG00000248222.1ENSG00000253269.1 chr5 chr5 ENSG00000253852.1ENSG00000250309.2 chr5 chr5 ENSG00000253647.1 chr5 ENSG00000249035.2 chr5 ENSG00000245275.2 chr5 ENSG00000254163.1 chr5 ENSG00000253921.1 chr5 ENSG00000254246.1 chr5 ENSG00000253980.1ENSG00000253653.1 chr5 chr5 ENSG00000251405.2ENSG00000251405.2 chr5 chr5 ENSG00000251405.2 chr5 ENSG00000248544.2 chr5 ENSG00000248544.2 chr5 ENSG00000253519.1ENSG00000253811.1 chr5 chr5 ENSG00000253456.1ENSG00000253256.1 chr5 chr5

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 485133 693117 EXOC2; 4115923 4135831 ECI2; 3118608 3153812 BPHL; 7268539 7347679 SSR1; 6588341 6655216 LY86; 4706345 4955785 CDYL; 2988221 3019996 NQO2; 2765648 2786927 WRNIP1; 1624041 2245926 GMDS; 11183531 11382581 NEDD9; 10980992 11044547 ELOVL2; 10873456 10882174 GCM2; 10492456 10629601 GCNT2; 10393419 10419892 TFAP2A; 179345911 179499118 RNF130; 172068269 172118543 NEURL1B; 172195093 172198198 DUSP1; 170190354 170241051 GABRP; 178392096 178423207 GRM6; 172385732172571445 172396774 172591390 RPL26L1; BNIP1; 178977559179105584 179037027 179107975 RUFY1; CBY3; 173472607 173670504 AC011333.1; 173472607 173670504 AC011333.1; 180620924180620924 180632293180649499 180632293 TRIM7; 180662809 TRIM7; TRIM41; 175344876 175461683 THOC3; 180663909 180675096 GNB2L1; 175487692175773064 175559261175773064 175788971 FAM153B; 176830205 175788971 KIAA1191; 176873446 176869902 KIAA1191; 176873446 176883283 GRK6; 176910395 176883283 PRR7; 176928908 176924607 PRR7; 177134982 176938275 PDLIM7; 177433406 177210399 DOK3; 177482560 FAM153A; FAM153C; 180681417 180688119 TRIM52; 178138593 178157703 ZNF354A; 177664619 178017556 COL23A1; + − − − + − + − + + + − + − − − − + − − + + − − + + − + + + − − − − + + + − − − + − − 524171 525581 RP1-20B11.2; ENSG00000112685.8 chr6 2244111 2245808 AL158139.1; ENSG00000112699.6 chr6 7276264 7299105 RP11-69L16.4; ENSG00000124783.8 chr6 6346698 6622977 LY86-AS1; ENSG00000112799.3 chr6 4774760 4775642 RP3-430A16.1; ENSG00000153046.12 chr6 4135657 4146287 RP3-400B16.4; ENSG00000198721.8 chr6 3138628 3153296 RP1-40E16.11; ENSG00000137274.8 chr6 2989960 2999368 RP1-90J20.8; ENSG00000124588.13 chr6 2749422 2765826 RP11-420G6.3; ENSG00000124535.10 chr6 11173685 11259332 RP3-510L9.1; ENSG00000111859.12 chr6 11043993 11078459 RP1-62D2.3; ENSG00000197977.3 chr6 10511269 10514779 RP11-360O19.4; ENSG00000111846.11 chr6 10882013 10884447 RP11-637O19.2; ENSG00000124827.6 chr6 10409573 10416679 RP1-290I10.6; ENSG00000137203.6 chr6 172117457 172124723 CTB-79E8.2; ENSG00000214357.4 chr5 172571165 172572042 CTC-209H22.3; ENSG00000113734.12 chr5 172381789 172386395 CTC-308K20.1; ENSG00000037241.3 chr5 172189983 172204777 RP11-779O18.3; ENSG00000120129.4 chr5 170174051 170215654 CTC-455F18.1; ENSG00000094755.11 chr5 178396391179022905 178417117 179030742 RP11-281O15.4; RP11-1379J22.2; ENSG00000113262.9 ENSG00000176783.9 chr5 chr5 173483063 173483588 RP11-619L12.3; ENSG00000170091.6 chr5 179106033 179121782 HMGB3P22; ENSG00000204659.4 chr5 173508509 173513562 RP11-619L12.4; ENSG00000170091.6 chr5 179390615 179391419 CTC-563A5.2; ENSG00000113269.7 chr5 175399614 175412859 RP11-91H12.3; ENSG00000051596.5 chr5 180622496180651646 180630103180673523 180657685 CTC-338M12.6; 180699168 CTC-338M12.7; ENSG00000146054.13 CTC-338M12.4; ENSG00000146063.13 chr5 ENSG00000204628.7 chr5 chr5 180618924 180621429 CTC-338M12.5; ENSG00000146054.13 chr5 175551213 175558464 RP11-844P9.1; ENSG00000182230.7 chr5 180673523 180699168 CTC-338M12.4; ENSG00000183718.3 chr5 175774944175781209 175780587176865504 175783171 RP11-843P14.2;176865504 176874700 RP11-843P14.1;176875053 176874700 ENSG00000122203.10 RP11-1334A24.4;176921996 176879142 ENSG00000122203.10 RP11-1334A24.4; chr5 176921996 ENSG00000198055.6 176930648 AC145098.1; chr5 177109295 ENSG00000131188.6 176930648 RP11-1334A24.6; chr5 177433441 177140970 RP11-1334A24.6; chr5 ENSG00000196923.9 177446907 RP11-1101H11.1; ENSG00000131188.6 ENSG00000146094.9 AC136940.1; chr5 ENSG00000170074.13 chr5 chr5 chr5 ENSG00000204677.5 chr5 177777868 177779251 RP11-1259L22.1; ENSG00000050767.11 chr5 178107232 178366360 RP11-281O15.3; ENSG00000169131.6 chr5 lncRNA gene Protein-coding gene − + − − + − + + − − + − + + + − + + − + + + − − − + + + − + + − + − − + − − − + + + + ) contd ( ENSG00000204758.3 chr5 ENSG00000253736.1 chr5 ENSG00000253445.1 chr5 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000253348.1 chr5 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000244945.1 chr5 ENSG00000247925.2 chr6 ENSG00000230314.1 chr6 ENSG00000253172.1ENSG00000253244.1 chr5 chr5 ENSG00000225051.3 chr5 ENSG00000253447.1 chr5 ENSG00000249412.1 chr5 ENSG00000250801.1 chr5 ENSG00000250900.2ENSG00000247049.2 chr5 ENSG00000233937.2 chr5 chr5 ENSG00000250222.1 chr5 ENSG00000251458.1 chr5 ENSG00000233937.2 chr5 ENSG00000250909.1ENSG00000251414.1 chr5 ENSG00000246334.2 chr5 ENSG00000246334.2 chr5 ENSG00000248342.1 chr5 ENSG00000248996.1 chr5 ENSG00000248996.1 chr5 ENSG00000249849.1 chr5 ENSG00000255684.1 chr5 chr5 ENSG00000235051.1 chr6 ENSG00000229950.1ENSG00000237685.1 chr6 chr6 ENSG00000238221.1 chr6 ENSG00000216863.4 chr6 ENSG00000236336.1 chr6 ENSG00000254821.1 chr6 ENSG00000228170.1 chr6 ENSG00000224846.1 chr6 ENSG00000251499.1 chr6 ENSG00000230433.1 chr6 ENSG00000246005.1 chr6 ENSG00000253698.1 chr5 ENSG00000254035.1 chr5 ENSG00000253718.1 chr5

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 32811913 32847364 PSMB9; 32116136 32122150 PRRT1; 31674640 31685581 LY6G6F; 36322419 36356164 ETV7; 31626075 31628549 C6orf47; 36164521 36200567 BRPF3; 31497996 31510225 DDX39B; 33588522 33664351 ITPR3; 3090874931497996 30921998 31514385 DPCR1; ATP6V1G2-DDX39B; 33218049 3323982433551515 VPS52; 33556803 GGNBP1; 32916390 32938493 HLA-DMA; 30294256 3031458730667584 TRIM39; 30685666 MDC1; 30070674 30080883 TRIM31; 3235924132627244 3237951132808494 32636160 BTNL2; 32812986 32812480 HLA-DQB1; 32821755 PSMB8; TAP1; 30026676 30032686 ZNRD1; 29690552 29706305 HLA-F; 32135989 32145873 AGPAT1; 28539407 28583989 SCAND3; 24804513 25042238 FAM65B; 31982539 32003195 C4B; 20534688 21232635 CDKAL1; 20100935 20212670 MBOAT1; 31949801 31970458 C4A; 17393447 17558023 CAP2; 16737085 16761721 AL137003.1; 31847536 31865464 EHMT2; 16299343 16761722 ATXN1; 31730576 31732628 C6orf26; 15245734 15522252 JARID2; 31707797 31732628 MSH5-C6orf26; 13358062 13487787 GFOD1; 38684335 38998301 DNAH8; 3167468131707725 31685695 31732622 XXbac-BPG32J3.19; MSH5; 12717893 13288645 PHACTR1; 38136227 38607924 BTBD9; 36358328 36410666 PXT1; + − − + − + + − − + − + − + − − − − − + + − − − − + + − + + − − − + + + − + + + + − − 36114475 36164982 RP1-179N16.6; ENSG00000096070.14 chr6 33217311 33222766 HCG25; ENSG00000223501.3 chr6 32811863 3281427232811863 32814272 XXbac-BPG246D15.8; XXbac-BPG246D15.8; ENSG00000204264.4 ENSG00000168394.9 chr6 chr6 31654739 31681849 LY6G6E; ENSG00000204424.8 chr6 36354608 36359771 RP1-50J22.4; ENSG00000010030.9 chr6 31626106 31628498 C6orf47-AS1; ENSG00000204439.2 chr6 31510081 31510915 DDX39B-AS1; ENSG00000198563.8 chr6 33599094 33601413 AL139044.1; ENSG00000096433.5 chr6 31510081 31510915 DDX39B-AS1; ENSG00000254870.1 chr6 33553883 33561115 NCRNA00336; ENSG00000204188.3 chr6 30913756 30922639 HCG21; ENSG00000168631.6 chr6 30670844 30680961 MDC1-AS1; ENSG00000137337.9 chr6 32938080 32938594 BRD2-IT1; ENSG00000204257.8 chr6 30258571 30294927 HCG18; ENSG00000204599.9 chr6 32846948 32847625 PPP1R2P1; ENSG00000240065.2 chr6 30073017 30082501 XXbac-BPG250I8.13; ENSG00000204616.4 chr6 32627657 32628506 HLA-DQB1-AS1; ENSG00000179344.11 chr6 29968788 30029417 ZNRD1-AS1; ENSG00000066379.10 chr6 32358287 32361463 HCG23; ENSG00000204290.5 chr6 29694378 29716826 HLA-F-AS1; ENSG00000204642.7 chr6 32121622 32139755 XXbac-BPG300A18.12; ENSG00000204310.5 chr6 28555155 28559524 RP5-1186N24.3; ENSG00000232040.2 chr6 32121622 32139755 XXbac-BPG300A18.12; ENSG00000204314.6 chr6 25042067 25056892 RP3-425P12.5; ENSG00000111913.10 chr6 20756334 20800925 RP3-348I23.2; ENSG00000145996.7 chr6 32000490 32004035 C4B-AS1; ENSG00000224389.3 chr6 20212318 20294706 RP11-239H6.2; ENSG00000172197.9 chr6 17501598 17511496 AL034372.1; ENSG00000112186.6 chr6 31967753 31971298 C4A-AS1; ENSG00000244731.3 chr6 16761369 16762883 RP1-151F17.1; ENSG00000215019.1 chr6 31851538 31851831 EHMT2-AS1; ENSG00000204371.6 chr6 16761369 16762883 RP1-151F17.1; ENSG00000124788.12 chr6 31732087 31733365 C6orf26-AS1; ENSG00000228727.3 chr6 15248046 15248865 RP11-560J1.1; ENSG00000008083.8 chr6 31732087 31733365 C6orf26-AS1; ENSG00000255152.3 chr6 13486526 13487084 GFOD1-AS1; ENSG00000145990.4 chr6 38890805 38920875 RP1-207H1.3; ENSG00000124721.12 chr6 31732087 31733365 C6orf26-AS1; ENSG00000204410.9 chr6 13273623 13283673 RP1-257A7.4; ENSG00000112137.11 chr6 38449468 38450307 BTBD9-AS1; ENSG00000183826.12 chr6 31654739 31681849 LY6G6E; ENSG00000250641.1 chr6 36354608 36359771 RP1-50J22.4; ENSG00000179165.7 chr6 lncRNA gene Protein-coding gene + − + + − + − + − + − + + − + + − + + − + − + + + + − − + − − + + + − − − + − − − + − ) contd ( ENSG00000204422.7 chr6 ENSG00000224666.2 chr6 ENSG00000204422.7 chr6 ENSG00000224666.2 chr6 ENSG00000227198.1 chr6 ENSG00000246982.2 chr6 ENSG00000234006.1 chr6 ENSG00000246981.1 chr6 ENSG00000234006.1 chr6 ENSG00000197251.3 chr6 ENSG00000232940.1 chr6 ENSG00000233529.1 chr6 ENSG00000224328.1 chr6 ENSG00000223837.1 chr6 ENSG00000231074.2 chr6 ENSG00000204261.4ENSG00000204261.4 chr6 ENSG00000234515.1 chr6 chr6 ENSG00000231226.1 chr6 ENSG00000223534.1 chr6 ENSG00000204623.4 chr6 ENSG00000228962.1 chr6 ENSG00000214922.3 chr6 ENSG00000258388.1 chr6 ENSG00000246350.1 chr6 ENSG00000258388.1 chr6 ENSG00000229313.1 chr6 ENSG00000233848.1 chr6 ENSG00000229776.1 chr6 ENSG00000227803.1 chr6 ENSG00000251392.1 chr6 ENSG00000233627.2 chr6 ENSG00000229931.1 chr6 ENSG00000237080.1 chr6 ENSG00000229931.1 chr6 ENSG00000235663.1 chr6 ENSG00000235488.1 chr6 ENSG00000235663.1 chr6 ENSG00000237786.1 chr6 ENSG00000231150.1 chr6 ENSG00000235663.1 chr6 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000215022.2 chr6 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000226533.1 chr6

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 83602117 83775560 UBE2CBP; 76311225 76427997 SENP6; 71122644 71270877 FAM135A; 8539709186267696 8547423788384790 86353510 TBX18; 88411927 SYNCRIP; AKIRIN2; 7407827874171301 7410485674225473 74218959 OOEP; 74405508 74233520 MTO1; 76005626 74538040 EEF1A1; 76005626 76203496 CD109; 76005626 76203496 FILIP1; 76203496 FILIP1; FILIP1; 3976014239760142 3987264841514164 39872648 DAAM2; 41651716 41570122 DAAM2; 41762107 41703997 FOXP4; 41902671 41863099 TFEB; 43149913 42018095 USP49; 43543887 43192325 CCND3; 43968317 43586701 CUL9; 46517541 43972887 POLH; 46820249 46620523 C6orf223; 47445525 46922680 CYP39A1; 51480098 47594999 GPR116; 53362139 51952423 CD2AP; 53794780 53481768 PKHD1; 54131078 GCLC; MLIP; 9014288990352218 9034355390636248 90529442 ANKRD6; 91006627 MDN1; BACH2; 6442987664429876 6641711870924764 66417118 EYS; 71012786 EYS; 71998506 COL9A1; 73331520 7201197373331520 73908574 OGFRL1; 73951037 73908574 KCNQ5; 74020088 KCNQ5; KHDC1; 5417265756322785 5425495056951642 56819426 TINAG; 57037124 57035105 DST; 64429876 57049735 ZNF451; 66417118 BAG2; EYS; − − − − − + − + − − − + + + + − − − + + + − − + − − + + − − − − − + + + + − + − + + − 39865116 39867847 RP11-61I13.2; ENSG00000146122.12 chr6 53911717 53912392 MLIP-AS1; ENSG00000146147.9 chr6 71122531 71123653 RP11-462G2.2; ENSG00000082269.12 chr6 8539922386340107 8541925288410228 86340841 RP11-132M7.3; 88411243 RP1-3J17.3; AKIRIN2-AS1; ENSG00000112837.10 chr6 ENSG00000135334.7 ENSG00000135316.12 chr6 chr6 83642320 83648396 RP11-445L13__B.3; ENSG00000118420.12 chr6 7420174874233341 7420246574405258 74280319 RP11-505P4.6;75994730 74405854 RP11-505P4.7;76067008 76006283 RP11-553A21.3;76164660 76096096 RP1-234P15.4;76320674 ENSG00000135297.10 76168616 RP11-415D17.3; ENSG00000156508.12 76321661 ENSG00000156535.8 chr6 RP11-415D17.4; chr6 RP11-474L11.5; ENSG00000118407.9 chr6 ENSG00000118407.9 ENSG00000118407.9 chr6 chr6 ENSG00000112701.12 chr6 chr6 4146259141688134 4151635941836360 41701770 RP11-328M4.2;41997791 41837469 RP11-298J23.5;43181539 41999120 RP5-973N23.4;43555967 43191598 RP11-533O20.2;43963460 ENSG00000137166.10 43559099 RP3-330M21.5;46556001 ENSG00000112561.12 44042389 chr6 RP3-337H4.8;46871208 ENSG00000164663.8 46575916 chr6 ENSG00000112576.8 RP5-1120P11.1;47495926 46876815 RP3-347E1.2;51470063 ENSG00000112659.8 chr6 47496397 chr6 RP3-365O12.2;53367983 51487682 ENSG00000170734.7 RP11-385F7.2; ENSG00000181577.10 chr6 53371717 RP3-335N17.2; chr6 chr6 ENSG00000146233.3 RP1-27K12.4; ENSG00000069122.12 ENSG00000198087.7 chr6 chr6 ENSG00000170927.9 chr6 ENSG00000001084.6 chr6 chr6 39856566 39865156 RP11-61I13.3; ENSG00000146122.12 chr6 9038318890659835 90385502 90662905 RP1-122O8.7; RP3-512E2.2; ENSG00000112159.6 ENSG00000112182.9 chr6 chr6 90270594 90276763 RP11-16C18.3; ENSG00000135299.11 chr6 6619120870932461 66191981 70951859 RP5-1018A4.3;71961061 RP1-149L1.1;73437950 7203778773844526 73438464 RP11-154D6.1;73972938 ENSG00000188107.8 73853237 KCNQ5-AS2;74079427 74011124 ENSG00000112280.11 KCNQ5-AS1; chr6 74080628 RP11-398K22.12; ENSG00000119900.6 chr6 OOEP-AS1; ENSG00000185760.10 chr6 ENSG00000135314.8 ENSG00000185760.10 chr6 chr6 chr6 ENSG00000203907.5 chr6 65087688 65122672 RP11-349P19.1; ENSG00000188107.8 chr6 5423013356708800 5423197556979709 56728876 RP11-124I4.2;56979709 57037194 RP11-472M19.2;64516729 57037194 RP11-203B9.4; 64532535 RP11-203B9.4; ENSG00000137251.9 ENSG00000151914.12 RP11-59D5__B.2; chr6 ENSG00000112200.11 chr6 ENSG00000188107.8 ENSG00000112208.8 chr6 chr6 chr6 lncRNA gene Protein-coding gene + + + − + − + − + + + − − − + + + − − − + + − + + − − + + + + − − − − + + + − + − − + ) contd ( ENSG00000228290.1ENSG00000236016.1 chr6 ENSG00000224345.1 chr6 ENSG00000237027.1 chr6 chr6 ENSG00000227215.1 chr6 ENSG00000223821.1ENSG00000229862.1 chr6 ENSG00000231652.1 chr6 ENSG00000225793.1 chr6 ENSG00000237174.1 chr6 ENSG00000238156.1 chr6 ENSG00000217488.2 chr6 chr6 ENSG00000240126.1ENSG00000234753.1 chr6 ENSG00000231102.1 chr6 ENSG00000227516.1 chr6 ENSG00000223946.1 chr6 ENSG00000245261.1 chr6 ENSG00000203362.2 chr6 ENSG00000237686.1 chr6 ENSG00000228402.1 chr6 ENSG00000225730.1 chr6 ENSG00000225515.1 chr6 ENSG00000228689.1 chr6 ENSG00000249379.1 chr6 ENSG00000235050.1 chr6 chr6 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000235033.2 chr6 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000228124.1ENSG00000226455.1 chr6 chr6 ENSG00000230672.1ENSG00000253809.1 chr6 ENSG00000224349.2 chr6 ENSG00000232295.1 chr6 ENSG00000232868.1 chr6 ENSG00000229154.1 chr6 ENSG00000229852.2 chr6 ENSG00000231332.1 chr6 chr6 ENSG00000228231.1ENSG00000231441.1 chr6 ENSG00000226803.1 chr6 ENSG00000226803.1 chr6 ENSG00000236345.1 chr6 ENSG00000232120.1 chr6 chr6

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 9696947199845927 9700315299880190 99873207 KIAA0776; 99969604 PNISR; USP45; 111620234111877657 111804918111877657 111927481 REV3L; 111927481 TRAF3IP2; TRAF3IP2; 107811162 107981357 SOBP; 112429963112429963 112576141114254192 112576141 LAMA4; 114254192 114332472 LAMA4; 114376750 114332472 HDAC2; 116421999 114664209 HDAC2; 116566855 HS3ST5; NT5DC1; 116782533116816152 116784934119134618 116866773 FAM26F; 119280928 119256327 BET3L; 119470552 MCM9; FAM184A; 133561736 133853258 EYA4; 133065009133561736 133084598 133853258 VNN2; EYA4; 132269316 132272513 CTGF; 130334844 130462594 L3MBTL3; 129204286 129837714 LAMA2; 128289924 128841870 PTPRK; 109814059 110012420 AKD1; 128289924 128841870 PTPRK; 109169619 109295186 ARMC2; 127439749128289924 127518910 128841870 RSPO3; PTPRK; 108362613 108487058 OSTM1; 126102307 126252266 NCOA7; 105725440 105850959 PREP; 126068810 126082415 HEY2; 125283862 125413779 RNF217; 105175968 105307794 HACE1; 125283862 125413779 RNF217; 100832891 100912805 SIM1; 135281516 135424194 HBS1L; 123537483 123958238 TRDN; 100367786 100442114 MCHR2; 135238528 135271260 ALDH8A1; 122764493 122907269 SERINC1; 133561736 133853258 EYA4; + − + − + + − − − − − − − − + − − − + + − − + + − + + − + − − − − − + − − + − − − − + 96806250 96969545 RP3-443E24.1; ENSG00000014123.9 chr6 9987279899968569 99879249 99979716 RP11-98I9.4; RP1-199J3.3; ENSG00000132424.10 ENSG00000123552.12 chr6 chr6 111804714111921078 111919505 111923498 TRAF3IP2-AS1; TRAF3IP2-AS2; ENSG00000056972.13 ENSG00000056972.13 chr6 chr6 111804714 111919505 TRAF3IP2-AS1; ENSG00000009413.10 chr6 112475967112557797 112479534114260792 112627885 RP1-142L7.5;114290865 114261212 RP11-506B6.6;114290865 114792869 RP11-544L8__B.2;116565350 114792869 RP3-399L15.3; ENSG00000112769.12 ENSG00000196591.7 116565891 ENSG00000112769.12 RP3-399L15.3; chr6 RP3-486I3.5; chr6 chr6 ENSG00000196591.7 ENSG00000249853.3 chr6 ENSG00000178425.7 chr6 chr6 126119002 126140004 RP1-293L8.5; ENSG00000111912.13 chr6 116813460119255950 116818255119255950 119352706 RP11-259P20.1; 119352706 RP11-351A11.1; RP11-351A11.1; ENSG00000173626.5 ENSG00000111877.12 chr6 ENSG00000111879.14 chr6 chr6 116781902 116784855 RP1-93H18.6; ENSG00000188820.8 chr6 133773995 133777743 RP1-283K11.2; ENSG00000112319.13 chr6 133756215 133760602 RP1-283K11.3; ENSG00000112319.13 chr6 133073814 133075090 VNN2-AS1; ENSG00000112303.9 chr6 132272086 132398533 RP11-69I8.3; ENSG00000118523.5 chr6 130454555 130463972 RP11-73O6.3; ENSG00000198945.3 chr6 129800760 129802555 RP1-69D17.3; ENSG00000196569.6 chr6 128826270 128827421 RP1-86D1.4; ENSG00000152894.9 chr6 109809109 109830496 RP5-919F19.5; ENSG00000155085.9 chr6 128821672 128822321 RP1-86D1.5; ENSG00000152894.9 chr6 109244179 109245306 RP11-249L21.5; ENSG00000118690.8 chr6 128349031 128406393 RP11-103C16.2; ENSG00000152894.9 chr6 126698801 127440994 AL356534.1; ENSG00000146374.9 chr6 108444719 108480596 RP3-429G5.3; ENSG00000081087.10 chr6 107831007 107832925 RP1-67A8.3; ENSG00000112320.6 chr6 125899713 126070332 RP11-624M8.1; ENSG00000135547.4 chr6 105726891 105729630 RP3-355L5.4; ENSG00000085377.8 chr6 125329901 125330635 RP11-510H23.3; ENSG00000146373.10 chr6 105278973 105293693 RP11-809N15.2; ENSG00000085382.7 chr6 125230239 125284185 RP11-510H23.1; ENSG00000146373.10 chr6 135376171 135381688 CTA-212D2.2; ENSG00000112339.10 chr6 100874994 100885360 RP1-121G13.2; ENSG00000112246.5 chr6 123760757 123790075 RP11-532N4.2; ENSG00000186439.7 chr6 100441820 100524287 RP11-14I4.3; ENSG00000152034.5 chr6 135262530 135263588 RP11-349J5.2; ENSG00000118514.9 chr6 122907064 122910009 RP11-574H13.2; ENSG00000111897.5 chr6 133823390 133832866 RP11-704J17.5; ENSG00000112319.13 chr6 lncRNA gene Protein-coding gene − − − + + − + + + + + + + − + − + + + − + − + − − − + − + − + + + − + + + + + + + + − ) contd ( ENSG00000227954.1 chr6 ENSG00000234567.1 chr6 ENSG00000223542.1 chr6 ENSG00000234484.1 chr6 ENSG00000227220.1 chr6 ENSG00000227678.1 chr6 ENSG00000231889.2ENSG00000255389.1 chr6 ENSG00000237234.1 chr6 ENSG00000226440.1 chr6 ENSG00000226099.1 chr6 ENSG00000228624.2 chr6 ENSG00000228624.2 chr6 ENSG00000236326.1 chr6 ENSG00000244158.1 chr6 chr6 ENSG00000231889.2 chr6 ENSG00000233351.1 chr6 ENSG00000227112.1 chr6 ENSG00000223537.1 chr6 ENSG00000224733.1 chr6 ENSG00000230290.1 chr6 ENSG00000227945.1 chr6 ENSG00000248650.2 chr6 ENSG00000225174.1 chr6 ENSG00000232131.1 chr6 ENSG00000234206.1 chr6 ENSG00000237742.1 chr6 ENSG00000231628.1 chr6 ENSG00000229819.1 chr6 ENSG00000227535.1 chr6 ENSG00000236548.1 chr6 ENSG00000232876.1 chr6 ENSG00000228082.1 chr6 ENSG00000235535.1 chr6 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000233797.1 chr6 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000228506.1ENSG00000228439.1 chr6 ENSG00000229315.1 chr6 chr6 ENSG00000240056.2 chr6 ENSG00000234117.1ENSG00000253194.1 chr6 ENSG00000253194.1 chr6 ENSG00000240283.1 chr6 chr6

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 139561198 139613276 TXLNB; 150204511 150219238 RAET1E; 151186685151186685 151423023 151423023 MTHFD1L; MTHFD1L; 147525508 147708707 STXBP5; 146185381 146285559 SHPRH; 144606837 145174170 UTRN; 144261437 144385735 PLAGL1; 143857982 144152322 PHACTR2; 143816614 143832827 FUCA2; 143381633 143661441 AIG1; 143072604 143266338 HIVEP2; 143072604 143266338 HIVEP2; 158244281 158366109 SNX9; 142379467 142409936 NMBR; 157099063 157530401 ARID1B; 139456249 139501939 HECA; 152442819152442819 152958936153308497 152958936 SYNE1; 153552455 153323820 SYNE1; 155153831 153668623 MTRF1L; 155578857 AL590867.1; TIAM2; 138743180 139013708 NHSL1; 152442819 152958936 SYNE1; 138188351 138204449 TNFAIP3; 149887410150070579 149912884 150132556 C6orf72; 150238014 PCMT1; 150920999 150244257 151164799 RAET1G; PLEKHG1; 151977826 152450754 ESR1; 136878185 137113656 MAP3K5; 149539777 149732749 TAB2; 135604670136172834 135830219136172834 136516712 AHI1; 136516712 PDE7B; PDE7B; 149068464 149398126 UST; 135604670 135830219 AHI1; 149068464 149398126 UST; 135502453 135540311 MYB; 158244281158733692 158366109 158932860 SNX9; TULP4; 148593440 148873186 SASH1; 158244281 158366109 SNX9; + − + − + − + − − + − + − + − − − + + − − + + + − − + + + + − + − + + + − + + + + + + 150211239 150240644 RP11-244K5.1;152134411 ENSG00000203722.3 152135314 chr6 RP3-443C4.2; ENSG00000091831.15 chr6 150118392150211239 150119308 150240644 RP11-350J20.5; RP11-244K5.1; ENSG00000120265.12 ENSG00000164520.7 chr6 chr6 147163702 147525750 RP11-497D6.4; ENSG00000164506.9 chr6 146136377 146204575 RP11-545I5.3; ENSG00000146414.10 chr6 144632835 144654437 RP1-91J24.3; ENSG00000152818.12 chr6 144324037 144329867 AL109755.1; ENSG00000118495.12 chr6 143875462 143883168 RP11-436I24.1; ENSG00000112419.9 chr6 143824531 143827475 RP1-20N2.6; ENSG00000001036.8 chr6 143415171 143420782 RP1-45I4.2; ENSG00000146416.10 chr6 143109260 143115223 RP1-67K17.4; ENSG00000010818.4 chr6 143069580 143074896 RP1-67K17.3; ENSG00000010818.4 chr6 158250175 158251605 RP11-52J3.3; ENSG00000130340.9 chr6 142409370 142410356 RP11-137J7.2; ENSG00000135577.4 chr6 157428861 157440840 RP1-137K2.2; ENSG00000049618.14 chr6 139592499 139608444 RP11-445F6.2; ENSG00000164440.10 chr6 152867068153304885 152868109153625730 153310358 RP11-133I21.2;155574273 153630117 RP1-101K10.6; 155577858 ENSG00000131018.15 RP11-475C16.2; ENSG00000112031.11 RP11-477D19.2; chr6 ENSG00000213121.2 chr6 ENSG00000146426.12 chr6 chr6 139480299 139560442 RP1-225E12.2; ENSG00000112406.4 chr6 152723533 152726101 RP3-398G3.5; ENSG00000131018.15 chr6 139013685 139018425 RP11-390P2.4; ENSG00000135540.7 chr6 151409239 151549582 RP1-292B18.4; ENSG00000120254.10 chr6 150971908151376033 150973161 151377193 RP11-136K14.3; RP1-292B18.3;152701681 ENSG00000120278.9 152702699 ENSG00000120254.10 chr6 RP3-398G3.3; chr6 ENSG00000131018.15 chr6 138178423 138188841 RP11-356I2.4; ENSG00000118503.9 chr6 149896841 149897260 RP1-12G14.6; ENSG00000055211.7 chr6 136364990136415853 136393965136950310 136546733 RP13-143G15.3; 136969137 RP13-143G15.4; ENSG00000171408.8 RP3-325F22.3; ENSG00000171408.8 chr6 ENSG00000197442.7 chr6 chr6 149564435 149565137 RP1-111D6.2; ENSG00000055208.12 chr6 135818489 135842287 RP11-94K8.1; ENSG00000135541.15 chr6 149348836 149353709 RP11-162J8.3; ENSG00000111962.7 chr6 135622706 135628296 RP3-388E23.2; ENSG00000135541.15 chr6 158818917 158819593 RP11-732M18.2; ENSG00000130338.8 chr6 149276764 149285820 RP11-162J8.2; ENSG00000111962.7 chr6 135516221 135517133 MYB-AS1; ENSG00000118513.13 chr6 158306146 158313818 RP3-403L10.3; ENSG00000130340.9 chr6 148558721 148604544 RP11-631F7.1; ENSG00000111961.11 chr6 158293603 158296242 RP11-52J3.2; ENSG00000130340.9 chr6 lncRNA gene Protein-coding gene − + − + − + − + − + − + − + + + − − − + + + − − − + − − + − − − − + − + − + − − − − − ) contd ( ENSG00000224658.1 chr6 ENSG00000233452.1 chr6 ENSG00000235652.1 chr6 ENSG00000225311.1 chr6 ENSG00000246840.1 chr6 ENSG00000235740.1 chr6 ENSG00000229036.1 chr6 ENSG00000225752.1 chr6 ENSG00000237851.1 chr6 ENSG00000229502.1 chr6 ENSG00000233138.1 chr6 ENSG00000234361.1 chr6 ENSG00000236822.1 chr6 ENSG00000233044.1 chr6 ENSG00000226571.1 chr6 ENSG00000233464.1ENSG00000227627.1 chr6 ENSG00000237312.1 chr6 ENSG00000235381.1 chr6 chr6 ENSG00000231329.1 chr6 ENSG00000226193.1 chr6 ENSG00000225177.1 chr6 ENSG00000223701.1 chr6 ENSG00000223598.1ENSG00000233823.1 chr6 chr6 ENSG00000231760.1ENSG00000223701.1 chr6 chr6 ENSG00000226599.1ENSG00000232290.1 chr6 chr6 ENSG00000234577.1 chr6 ENSG00000237499.1 chr6 ENSG00000237502.1 chr6 ENSG00000227844.1ENSG00000237596.1 chr6 ENSG00000234263.1 chr6 chr6 ENSG00000225924.1 chr6 ENSG00000231028.3 chr6 ENSG00000236591.1 chr6 ENSG00000234084.1 chr6 ENSG00000238019.1 chr6 ENSG00000227660.1 chr6 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000236703.1 chr6 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000236324.1 chr6

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 192969588834588834 300711 767287 FAM20C; 767287 PRKAR1B; PRKAR1B; 1191707 1200395 ZFAND2A; 10366231036623 11778961036623 C7orf50; 11778961606966 1177896 C7orf50; C7orf50; 1610641 PSMG3; 1084212 1098897 GPR146; 1878222 1889567 AC110781.3; 2719156 2804759 AMZ1; 2945775 3083579 CARD11; 2767746 2883958 GNA12; 3341080 4308632 SDK1; 3341080 4308632 SDK1; 5346421 5465045 TNRC18; 5346421 5465045 TNRC18; 5470966 5553429 FBXL18; 5515429 5520173 AC092171.1; 6617065 6629005 ZDHHC4; 672806467937407680342 6746620 6838996 ZNF12; 8043689 RSPH10B2; AC006465.3; 7680342 8043689 AC006465.3; 7680342 8043689 AC006465.3; 8008425 8133902 GLCCI1; 8152814 8302317 ICA1; 8152814 8302317 ICA1; 8152814 8302317 ICA1; 1141006411410064 11871824 11871824 THSD7A; THSD7A; 1418467415650837 15014402 15726437 DGKB; MEOX2; 12610203 12693228 SCIN; 160769300163148164 160876014166822852 163736524 SLC22A3; 167271582 167319939 PACRG; 168396921 167369612 RPS6KA2; 169615875 168445769 RP11-514O12.4; 169654139 KIF25; THBS2; 160592093 160698670 SLC22A2; 159186773 159240444 EZR; + − − − − − − − + + − − + − + + − − − + − − − + + − − − − + − + + + + + − − − + − − 182935601595642822 194180 605256 AC093627.12; 648119 AC147651.5; AC147651.4; ENSG00000177706.8 ENSG00000188191.8 chr7 ENSG00000188191.8 chr7 chr7 1114086 1117672 AC091729.7; ENSG00000146540.9 chr7 11204991199662 1121814 1204903 AC091729.8; AC091729.9; ENSG00000146540.9 ENSG00000178381.6 chr7 chr7 1609709 1629262 AC093734.11; ENSG00000157778.4 chr7 1068661 1083527 AC073957.15; ENSG00000146540.9 chr7 1094996 1098897 RP11-449P15.1;1881252 ENSG00000164849.6 1881812 chr7 AC110781.5; ENSG00000176349.7 chr7 2757467 2762622 AC006028.9; ENSG00000174945.8 chr7 2983669 2986725 AC004906.3; ENSG00000198286.5 chr7 2804242 2815134 AC006028.10; ENSG00000146535.8 chr7 3303664 3342084 AC073316.1; ENSG00000146555.13 chr7 3682447 3683416 AC011284.3; ENSG00000146555.13 chr7 5459458 5460398 AC093620.5; ENSG00000182095.9 chr7 5459477 5462753 AC092171.2; ENSG00000182095.9 chr7 5515435 5519442 AC092171.4; ENSG00000155034.13 chr7 5515435 5519442 AC092171.4; ENSG00000203571.3 chr7 6618196 6628605 AC079742.4; ENSG00000136247.10 chr7 6703605 6748532 AC073343.13; ENSG00000164631.13 chr7 68337657778165 6836573 7781786 AC073343.11; AC007161.4; ENSG00000169402.10 chr7 ENSG00000219545.4 chr7 7989484 7990340 AC009473.1; ENSG00000219545.4 chr7 7997814 8009534 AC006042.7; ENSG00000219545.4 chr7 7997814 8009534 AC006042.7; ENSG00000106415.8 chr7 8153655 8156191 AC006042.6; ENSG00000003147.13 chr7 8301863 8302451 AC007009.1; ENSG00000003147.13 chr7 8301894 8384146 AC007128.1; ENSG00000003147.13 chr7 11232993 11559802 AC004538.3; ENSG00000005108.8 chr7 11446582 11453705 AC004160.4; ENSG00000005108.8 chr7 15707572 15721605 AC005550.3; ENSG00000106511.5 chr7 14853756 14856190 AC006150.1; ENSG00000136267.9 chr7 12609751 12611017 AC005281.2; ENSG00000006747.10 chr7 163463589167317186 163475193167317186 167318323 RP1-257A15.1;168393502 167318323 RP11-514O12.2;169613349 168397757 RP11-514O12.2; 169639660 NCRNA00300; ENSG00000112530.7 XXyac-YX65C7_A.2; ENSG00000071242.7 ENSG00000249141.1 chr6 ENSG00000186340.9 chr6 ENSG00000125337.12 chr6 chr6 chr6 160874460 160932156 LPAL2; ENSG00000146477.4 chr6 160693649 160697162 RP1-276N6.2; ENSG00000112499.7 chr6 159239043 159241625 RP11-507C10.5; ENSG00000092820.13 chr6 lncRNA gene Protein-coding gene + − + + + − + + − + − + + − + − − + + + + + − − + + + + − + − − − − − + + + + + + − ) contd ( ENSG00000230487.3 chr7 ENSG00000240093.1ENSG00000229380.1 chr7 ENSG00000237181.1 chr7 ENSG00000225146.1 chr7 chr7 ENSG00000225437.1ENSG00000231654.1 chr6 ENSG00000231654.1 chr6 ENSG00000229921.2 chr6 ENSG00000226445.1 chr6 chr6 ENSG00000257607.1 chr7 ENSG00000226291.1ENSG00000229043.1 chr7 chr7 ENSG00000227990.1 chr7 ENSG00000224079.1 chr7 ENSG00000213071.5 chr6 ENSG00000228246.1 chr7 ENSG00000230234.1 chr6 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000233893.1 chr6 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000237070.1 chr7 ENSG00000233202.1 chr7 ENSG00000236708.1 chr7 ENSG00000237286.1 chr7 ENSG00000236510.1 chr7 ENSG00000241269.1 chr7 ENSG00000188365.3 chr7 ENSG00000230733.2 chr7 ENSG00000230733.2 chr7 ENSG00000232581.1 chr7 ENSG00000228010.1 chr7 ENSG00000226150.1ENSG00000234718.3 chr7 chr7 ENSG00000234141.1 chr7 ENSG00000233108.1 chr7 ENSG00000233108.1 chr7 ENSG00000227719.1 chr7 ENSG00000244239.1 chr7 ENSG00000229970.2 chr7 ENSG00000226323.1 chr7 ENSG00000230333.1 chr7 ENSG00000230435.1ENSG00000225606.1 chr7 chr7

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 27221129 27224842 HOXA11; 30811033 30932002 FAM188B; 32535038 33078516 AVL9; 16130817 16460947 ISPD; 27180671 27183287 HOXA5; 33053742 33102409 NT5C3; 16130817 16460947 ISPD; 27185015 27192217 HOXA6; 34697851 34917944 NPSR1; 16685756 16746148 BZW2; 27193335 27197555 HOXA7; 17338246 17385776 AHR; 2720205727202926 27209269 27219632 HOXA9; RP1-170O19.20; 18126572 19036993 HDAC9; 27210210 27219880 HOXA10; 18126572 19036993 HDAC9; 27233122 27239725 HOXA13; 19060614 19157295 TWIST1; 2728216427565061 27287047 27702614 EVX1; HIBADH; 19184405 19185044 FERD3L; 27778950 27880938 TAX1BP1; 20176020 20257027 MACC1; 27870192 28220362 JAZF1; 22459063 22672544 STEAP1B; 29034847 29235067 CPVL; 22459063 22672544 STEAP1B; 29034847 29235067 CPVL; 22765503 22771621 IL6; 29034847 29235067 CPVL; 23719749 23742868 C7orf46; 29186185 29553944 CHN2; 26331541 26413949 SNX10; 29959719 30029905 SCRN1; 27132612 27135615 HOXA1; 30050203 30066300 FKBP14; 27139721 27142430 HOXA2; 30067020 30170096 PLEKHA8; 27145816 27192200 HOXA3; 27168126 27170418 HOXA4; 2714581627168126 27192200 27170418 HOXA3; HOXA4; + − − − − − + + − + − − + − + − − − + − − + − − − − − − + − + + + − − − − + − + − − − 16250113 16310229 AC004741.3; ENSG00000214960.5 chr7 29119900 29122143 AC005162.4; ENSG00000106066.8 chr7 26411764 26416321 AC004540.4; ENSG00000086300.11 chr7 27169596 27195542 RP1-170O19.2; ENSG00000106004.4 chr7 32956427 32982788 RP9P; ENSG00000105778.12 chr7 33055671 33056504 AC083863.7; ENSG00000122643.13 chr7 16308874 16310229 AC004741.4; ENSG00000214960.5 chr7 27169596 27195542 RP1-170O19.2; ENSG00000106006.5 chr7 34386124 34911194 AC005688.1; ENSG00000187258.8 chr7 16735496 16759523 AC073333.8; ENSG00000136261.10 chr7 27169596 27195542 RP1-170O19.2; ENSG00000122592.6 chr7 17319458 17338981 AC003075.4; ENSG00000106546.8 chr7 27208238 27211534 RP1-170O19.6; ENSG00000078399.10 chr7 27208238 27211534 RP1-170O19.6; ENSG00000257184.1 chr7 18468685 18470361 AC010082.2; ENSG00000048052.14 chr7 27208238 27211534 RP1-170O19.6; ENSG00000253293.2 chr7 18931719 18939056 AC004744.3; ENSG00000048052.14 chr7 27224137 27228912 HOXA11-AS1; ENSG00000005073.5 chr7 19152097 19153894 AC003986.6; ENSG00000122691.8 chr7 2723819427281048 27246878 27286848 HOTTIP; RP1-170O19.16; ENSG00000106038.6 ENSG00000106031.5 chr7 chr7 27655593 27667109 AC007130.1; ENSG00000106049.3 chr7 19183916 19185876 AC003986.5; ENSG00000146618.3 chr7 27773014 27780014 AC004549.6; ENSG00000106052.8 chr7 20181539 20193154 AC007001.4; ENSG00000183742.6 chr7 28219941 28281515 AC005017.1; ENSG00000153814.7 chr7 22602956 22613615 AC002480.3; ENSG00000105889.10 chr7 29040587 29049868 AC005162.3; ENSG00000106066.8 chr7 22629324 22631241 AC002480.4; ENSG00000105889.10 chr7 22765014 22767239 AC073072.5; ENSG00000136244.7 chr7 29164649 29186311 AC005232.1; ENSG00000106066.8 chr7 23719814 23720405 AC006026.13; ENSG00000188732.6 chr7 29239156 29248586 AC004593.3; ENSG00000106069.12 chr7 30028216 30065276 AC007285.6; ENSG00000136193.10 chr7 27135266 27139773 HOTAIRM1; ENSG00000105991.7 chr7 30028216 30065276 AC007285.6; ENSG00000106080.6 chr7 27135266 27139773 HOTAIRM1; ENSG00000105996.5 chr7 30109274 30114731 AC007285.7; ENSG00000106086.12 chr7 27147396 27173921 AC004080.12; ENSG00000105997.15 chr7 30836307 30843026 AC004691.5; ENSG00000106125.14 chr7 27147396 27173921 AC004080.12; ENSG00000197576.8 chr7 27169596 27195542 RP1-170O19.2; ENSG00000105997.15 chr7 27169596 27195542 RP1-170O19.2; ENSG00000197576.8 chr7 lncRNA gene Protein-coding gene + + + + + − − + − + + − + − + + + − + + − + + + + + + − + − − − + + + + − + − + − + + ) contd ( Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000229688.2 chr7 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000237059.1 chr7 ENSG00000241044.1 chr7 ENSG00000254369.2 chr7 ENSG00000197085.6 chr7 ENSG00000235837.1 chr7 ENSG00000254369.2 chr7 ENSG00000237773.1 chr7 ENSG00000253187.2 chr7 ENSG00000253187.2 chr7 ENSG00000225000.1 chr7 ENSG00000253187.2 chr7 ENSG00000226522.1 chr7 ENSG00000240990.4 chr7 ENSG00000232821.1 chr7 ENSG00000243766.2ENSG00000253405.1 chr7 chr7 ENSG00000233400.1 chr7 ENSG00000229533.1 chr7 ENSG00000229893.1 chr7 ENSG00000228598.1 chr7 ENSG00000234336.1 chr7 ENSG00000232759.1 chr7 ENSG00000228093.2 chr7 ENSG00000232949.1 chr7 ENSG00000229452.1 chr7 ENSG00000179428.2 chr7 ENSG00000243912.1 chr7 ENSG00000234286.1 chr7 ENSG00000235669.1 chr7 ENSG00000225792.1 chr7 ENSG00000227014.1 chr7 ENSG00000233429.4 chr7 ENSG00000227014.1 chr7 ENSG00000233429.4 chr7 ENSG00000231519.1 chr7 ENSG00000253552.2 chr7 ENSG00000229263.1 chr7 ENSG00000253552.2 chr7 ENSG00000205763.9 chr7 ENSG00000254369.2 chr7 ENSG00000254369.2 chr7 ENSG00000254369.2 chr7

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 73442119 73484237 ELN; 7613974576673038 7664834077646393 76958850 UPK3B; 79082890 AC007000.1; MAGI2; 3619275836893961 3634115239017598 3748885239017598 EEPD1; 3953269439605975 ELMO1; 3953269439663082 POU6F2; 3964991940174575 POU6F2; 3974772341724712 C7orf36; 4090036243152198 RALA; 4174270643152198 C7orf10; 4360293843966037 INHBA; 43602938 HECW1; 43993166 HECW1; UBE2D4; 62809239 62812151 AC006455.1; 44040488 44049721 SPDYE1; 64330550 64391344 ZNF273; 4404048844102326 4404972147735328 4410518650135632 SPDYE1; 4801917850526134 PGAM2; 50199426 HUS1; 50633154 C7orf72; DDC; 65552756 65617228 AC068533.7; 5108390954819943 51384515 54827667 COBL; SEC61G; 65579591 65619555 CRCP; 55086714 55324313 EGFR; 6567018665670186 65885530 65885530 TPST1; TPST1; 66093868 66276446 KCTD7; 6620572066767608 66276423 66786513 RABGEF1; STAG3L4; 72349936 72421979 POM121; 73150424 73153197 ABHD11; 7407199474807499 7417502674807499 7486750974988429 GTF2I; 7486750975024337 GATSL2; 7502465775528518 GATSL2; 7504027976090993 STAG3L1; 75616173 TRIM73; 76135312 POR; AC005522.1; 76239303 76256578 POMZP3; + + − + − + + + + + − + + + + + + + − − + − + − − + + + + + + + + − + + − − + + + + − 50181136 50182419 AC020743.2; ENSG00000164500.6 chr7 54827118 54872621 RP11-745C15.2; ENSG00000132432.9 chr7 7660199676875657 7660627877976459 76887440 AC005522.7; 77988775 CCDC146; RPL13AP17; ENSG00000243566.2 ENSG00000135205.8 chr7 ENSG00000187391.12 chr7 chr7 3703740139023843 3705323539444197 3905315139649209 AC009196.1; 3944594539739940 AC011292.2; 3964988940577726 AC005483.3; 39742895 ENSG00000155849.1041733514 AC004837.4; 40586527 ENSG00000106536.1243278665 AC004837.5; chr7 41818986 ENSG00000106536.1243548327 AC004988.1; chr7 43288867 ENSG00000241127.343980494 AC005027.4; chr7 43562141 ENSG00000006451.3 AC004692.4; 44058774 chr7 ENSG00000175600.10 AC011738.4; chr7 ENSG00000122641.9 POLR2J4; chr7 ENSG00000002746.8 chr7 ENSG00000002746.8 chr7 chr7 ENSG00000078967.6 chr7 36268889 36270716 AC007327.5; ENSG00000122547.6 chr7 6278705264348905 62814704 64350478 RP5-905H7.9; RP11-797H7.5; ENSG00000230000.1 ENSG00000198039.7 chr7 chr7 43980494 44058774 POLR2J4; ENSG00000136206.3 chr7 65584590 65593711 RP5-1132H15.1; ENSG00000249319.1 chr7 4404364544104507 4404746547801074 44105678 AC004951.6; 4780637050599457 AC017116.11;50934444 AC019066.3; 50611161 ENSG00000136206.3 ENSG00000164708.5 51088749 AC018705.5; chr7 ENSG00000136273.7 RP4-724E13.2; chr7 chr7 ENSG00000132437.12 ENSG00000106078.12 chr7 chr7 65584590 65593711 RP5-1132H15.1; ENSG00000241258.2 chr7 55247443 55256627 RP5-1091E12.1; ENSG00000146648.10 chr7 65841031 65866325 NCRNA00174; ENSG00000169902.8 chr7 6587413066274980 65955046 66309813 GS1-124K5.2; RP11-792A8.2; ENSG00000169902.8 ENSG00000243335.3 chr7 chr7 66274980 66309813 RP11-792A8.2; ENSG00000154710.9 chr7 66752528 66767894 PMS2P4; ENSG00000106610.9 chr7 7241883273150728 72425329 73152026 NSUN5P2; ABHD11-AS2; ENSG00000106077.13 ENSG00000196313.7 chr7 chr7 73473906 73476614 CTB-51J22.1; ENSG00000049540.11 chr7 7410339174855312 7414318774862851 7486423375021229 AC083884.8; 7486384775021229 AC004878.2; 7502470875616155 AC004878.8; 75024708 ENSG00000077809.776103904 AC006014.8; 75623977 ENSG00000198750.7 AC006014.8; 76108173 chr7 ENSG00000198750.7 TMEM120A; chr7 ENSG00000205583.8 DTX2; chr7 ENSG00000178809.7 ENSG00000127948.9 chr7 chr7 chr7 ENSG00000091073.13 chr7 76178677 76257299 AC004980.7; ENSG00000146707.9 chr7 lncRNA gene Protein-coding gene − + + − − − − − + − − − − − − − − − + + − + + − + − − − − − − − + − − + + − − − − + − ) contd ( ENSG00000250990.1ENSG00000231322.1 chr7 chr7 ENSG00000224101.1ENSG00000233854.1 chr7 ENSG00000224122.1 chr7 ENSG00000231951.1 chr7 ENSG00000228554.1 chr7 ENSG00000203446.2 chr7 ENSG00000224116.2 chr7 ENSG00000228680.1 chr7 ENSG00000231638.1 chr7 ENSG00000214783.4 chr7 chr7 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000229679.1 chr7 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000189316.3 chr7 ENSG00000214783.4 chr7 ENSG00000234185.1 chr7 ENSG00000228434.1ENSG00000239775.1 chr7 ENSG00000146666.4 chr7 ENSG00000228005.1 chr7 ENSG00000226122.1 chr7 ENSG00000228204.1 chr7 chr7 ENSG00000234185.1 chr7 ENSG00000234707.2ENSG00000224057.1 chr7 chr7 ENSG00000179406.6 chr7 ENSG00000226587.1 chr7 ENSG00000230189.2ENSG00000230583.2 chr7 chr7 ENSG00000230583.2 chr7 ENSG00000067601.6 chr7 ENSG00000106133.12ENSG00000214738.2 chr7 chr7 ENSG00000232415.1 chr7 ENSG00000232729.1ENSG00000224804.4 chr7 ENSG00000254977.1 chr7 ENSG00000146722.7 chr7 ENSG00000146722.7 chr7 ENSG00000189077.6 chr7 ENSG00000250614.1 chr7 chr7 ENSG00000205485.9ENSG00000225703.1 chr7 chr7

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 11118 MUC3A; 92116334 92157845 PEX1; 93514709 93520303 TFPI2; 92234235 92465908 CDK6; 92097695 92100738 ERVW-1; 91741473 91808845 LRRD1; 91741465 91772266 CYP51A1; 90095738 90839905 CDK14; 89874488 89940377 C7orf63; 89796904 89870091 STEAP2; 99815864 99819113 PVRIG; 89783689 89794143 STEAP1; 99775186 99819111 STAG3; 87900207 87936206 STEAP4; 99724317 99726118 MBLAC1; 87834433 87856308 SRI; 99717236 99723134 CNPY4; 86781677 86825646 DMTF1; 99520892 99527243 GJC3; 86273230 86494200 GRM3; 99520892 99527243 GJC3; 86273230 86494200 GRM3; 98625061 98741723 SMURF1; 81575760 82073114 CACNA2D1; 97920963 98030380 AC093799.1; 79998891 80308593 CD36; 96634860 96640351 DLX6; 77646393 79082890 MAGI2; 96634860 96640351 DLX6; 77646393 79082890 MAGI2; 94536514 94925727 PPP1R9A; 77646393 79082890 MAGI2; 93592074 93633694 BET1; 100032905100032905 100034188100181605 100034188 C7orf47; 100199800 100198740 C7orf47; 100424442 100205798 FBXO24; 100547187 100464631 PCOLCE; 100612904 1006 SLC12A9; 102073553 100662230 102097268 MUC12; ORAI2; 102453308102453308 102715286 102715286 FBXL13; FBXL13; − − − − − − + + + + − − + + + + + + + + − + − + + − + − + − − − + + − + − + − − − − 89511667 89840949 AC002064.3; ENSG00000157214.8 chr7 89511667 89840949 AC002064.3; ENSG00000164647.4 chr7 93520225 93522913 AC002076.10; ENSG00000105825.7 chr7 92465797 92546501 AC002454.1; ENSG00000105810.5 chr7 92086878 92120924 AC007566.10; ENSG00000127980.10 chr7 92086878 92120924 AC007566.10; ENSG00000242950.1 chr7 91763918 91810039 CTB-161K23.1; ENSG00000240720.3 chr7 91763918 91810039 CTB-161K23.1; ENSG00000001630.10 chr7 90219933 90226667 AC002456.2; ENSG00000058091.12 chr7 89895348 89899530 AC002064.4; ENSG00000105792.15 chr7 99798276 99869837 AC005071.4; ENSG00000213413.2 chr7 99798276 99869837 AC005071.4; ENSG00000066923.11 chr7 87861326 87921781 AC003991.3; ENSG00000127954.7 chr7 99712837 99724762 RP11-506M12.1; ENSG00000214309.3 chr7 87845975 87848541 CTB-167B5.1; ENSG00000075142.9 chr7 99712837 99724762 RP11-506M12.1; ENSG00000166997.3 chr7 86780739 86781736 AC005076.5; ENSG00000135164.13 chr7 99527015 99546243 RP4-604G5.1; ENSG00000176402.5 chr7 86413542 86415986 AC005009.2; ENSG00000198822.6 chr7 99517494 99522910 AC011904.1; ENSG00000176402.5 chr7 86404397 86405338 AC005009.1; ENSG00000198822.6 chr7 98610788 98645863 AC004893.11; ENSG00000198742.5 chr7 81638493 81659271 AC006145.4; ENSG00000153956.10 chr7 97935795 97937162 BAIAP2L1; ENSG00000006453.9 chr7 80000833 80003755 AC004862.6; ENSG00000135218.13 chr7 96635695 96637022 CTA-300E22.1; ENSG00000006377.9 chr7 79082198 79100524 MAGI2-AS3; ENSG00000187391.12 chr7 96594839 96643377 AC004774.6; ENSG00000006377.9 chr7 78638304 78641593 MAGI2-AS2; ENSG00000187391.12 chr7 94784517 94843644 AC002429.5; ENSG00000158528.7 chr7 78569166 78570211 MAGI2-AS1; ENSG00000187391.12 chr7 93598754 93640425 AC006378.2; ENSG00000105829.6 chr7 100032880100033827 100034133100187025 100036127 RP11-758P17.2;100187025 100201829 RP11-758P17.3;100434936 100201829 ENSG00000160813.2 RP13-530H6.2;100606878 100450238 ENSG00000160813.2 RP13-530H6.2;100657601 chr7 100611410 ENSG00000106336.8 RP11-126L15.4;102067265 chr7 100660889 ENSG00000106333.8 RP11-395B7.2; ENSG00000146828.11 102075227 chr7 RP11-395B7.4; chr7 chr7 ENSG00000169894.13 RP11-514P8.2; ENSG00000205277.5 chr7 ENSG00000160991.10 chr7 chr7 102613969102670551 102629303 102671801 RP11-645N11.2; RP11-645N11.3; ENSG00000161040.11 ENSG00000161040.11 chr7 chr7 lncRNA gene Protein-coding gene + + + + + + − − + + − − − − − − − − − − + − + − − + − + − + + + − − + − + − + + + + ) contd ( ENSG00000236861.2 chr7 ENSG00000234695.1 chr7 ENSG00000237819.1 chr7 ENSG00000244055.1 chr7 ENSG00000244055.1 chr7 ENSG00000188693.7 chr7 ENSG00000188693.7 chr7 ENSG00000223969.1 chr7 ENSG00000234459.1 chr7 ENSG00000241357.1ENSG00000240211.1 chr7 ENSG00000224729.4 chr7 ENSG00000224729.4 chr7 ENSG00000236305.1 chr7 ENSG00000225946.1 chr7 ENSG00000227053.1 chr7 ENSG00000239480.1 chr7 ENSG00000230257.1 chr7 chr7 ENSG00000227646.3 chr7 ENSG00000239521.2 chr7 ENSG00000227646.3 chr7 ENSG00000239521.2 chr7 ENSG00000228113.1 chr7 ENSG00000242798.1 chr7 ENSG00000254003.1 chr7 ENSG00000242798.1 chr7 ENSG00000224046.1 chr7 ENSG00000237640.1 chr7 ENSG00000233073.1 chr7 ENSG00000245883.1 chr7 ENSG00000231255.1 chr7 ENSG00000242687.2 chr7 ENSG00000223770.1 chr7 ENSG00000255056.2 chr7 ENSG00000232667.1 chr7 ENSG00000248849.1 chr7 ENSG00000234456.2 chr7 ENSG00000231764.2 chr7 ENSG00000226978.1 chr7 ENSG00000236197.1 chr7 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000251276.1 chr7 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000236226.1 chr7

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 111846643 111983151 ZNF277; 111366168 111846466 DOCK4; 112756773 112758668 AC073346.2; 113726382 114333827 FOXP2; 115850547 115898837 TES; 115927434 116148595 CAV2; 104751151 105039755 SRPK2; 115850547 115898837 TES; 115927434 116148595 CAV2; 103112231 103629963 RELN; 116164839116593292 116201233116593953 116870157 CAV1; 116593292 116738860 ST7; 116593953 116870157 ST7OT4; 116738860 ST7; ST7OT4; 116916685 116963343 WNT2; 117105838 117308719 CFTR; 117105838 117308719 CFTR; 117350705119913722 117514193 120390385 CTTNBP2; KCND2; 130126046 130146133 MEST; 129804555 129847610 TMEM209; 129658126 129691291 ZC3HC1; 128502880 128505898 ATP6V1F; 128828713 128853386 SMO; 128470431 128499328 FLNC; 107301080 107358254 SLC26A4; 126986844 127071978 ZNF800; 106685094 106802256 PRKAR2B; 126078652 126893348 GRM8; 104654626 104754808 MLL5; 124462440 124570037 POT1; 131808091 132333447 PLXNA4; 103969104 104549001 LHFPL3; 123670973 123673523 TMEM229A; 130794855 131181395 MKLN1; 102993177 103086624 SLC26A5; 123207064 123277951 ASB15; 130794855 131181395 MKLN1; 123092454 123175131 IQUB; 121958481 122526813 CADPS2; 121958481 122526813 CADPS2; 121941448 121950745 FEZF1; + − − + + − + + − + + + − + − + − + + − − + − + − + + + + + + − + + − − − + − + − + − 111968244 112049678 AC004112.4; ENSG00000198839.5 chr7 111448572 111461829 AC003077.1; ENSG00000128512.13 chr7 112740718 112786385 RP11-736E3.1; ENSG00000214194.4 chr7 114054299 114059930 AC073626.2; ENSG00000128573.17 chr7 115877983 115967950 AC073130.3; ENSG00000135269.12 chr7 115877983 115967950 AC073130.3; ENSG00000105971.9 chr7 115878312 116139600 AC002066.1; ENSG00000135269.12 chr7 115878312 116139600 AC002066.1; ENSG00000105971.9 chr7 116182772 116192023 AC006159.5; ENSG00000105974.7 chr7 116592500116592500 116594388116712126 116594388 ST7-AS1;116712126 116786534 ST7-AS1; 116786534 ST7-AS2; ST7-AS2; ENSG00000004866.13 ENSG00000214188.4 chr7 ENSG00000004866.13 chr7 ENSG00000214188.4 chr7 chr7 116940915 116962290 AC002465.2; ENSG00000105989.4 chr7 117200787 117204730 AC000111.3; ENSG00000001626.8 chr7 117244845 117287469 AC000111.6; ENSG00000001626.8 chr7 117329767 117356025 AC004240.2; ENSG00000077063.6 chr7 130126898 130131013 MESTIT1; ENSG00000106484.8 chr7 129813558 129845201 RP11-775D22.3; ENSG00000146842.11 chr7 129648694 129666391 RP11-306G20.1; ENSG00000091732.11 chr7 128849616 128853386 RP11-286H14.8; ENSG00000128602.5 chr7 128502505 128550773 KCP; ENSG00000128524.4 chr7 128490216 128502680 RP11-309L24.2; ENSG00000128591.11 chr7 107297075 107302596 AC078937.4; ENSG00000091137.6 chr7 126990182 126991577 AC000123.4; ENSG00000048405.5 chr7 106717671 106774178 CTA-360L10.1; ENSG00000005249.6 chr7 104944724 104947089 RP4-778K6.3; ENSG00000135250.12 chr7 126855181 126869975 AC000099.1; ENSG00000179603.12 chr7 104653872 104654768 RP11-325F22.4; ENSG00000005483.13 chr7 124569927 124819369 RP11-3B12.1; ENSG00000128513.8 chr7 131945620 131956028 AC018643.4; ENSG00000221866.5 chr7 104379044 104444554 RP11-203P23.1; ENSG00000187416.7 chr7 103085654 103154454 CTB-107G13.1; ENSG00000189056.8 chr7 123672259 124035172 RP5-921G16.1; ENSG00000234224.1 chr7 130994503 131012981 AC018642.1; ENSG00000128585.11 chr7 103085654 103154454 CTB-107G13.1; ENSG00000170615.10 chr7 123224913 123265011 RP11-390E23.3; ENSG00000146809.7 chr7 130626519 130794935 AC058791.2; ENSG00000128585.11 chr7 123096683 123099910 RP11-332K15.1; ENSG00000164675.6 chr7 122062056 122067495 RP5-1101C3.1; ENSG00000081803.10 chr7 121968523 122019000 RP11-560I19.6; ENSG00000081803.10 chr7 120386792121943712 120392568 121950131 RP4-797C5.2; RP11-560I19.4; ENSG00000184408.5 ENSG00000128610.7 chr7 chr7 lncRNA gene Protein-coding gene − − + + + − − − − − + − − − + − − + + − − + + − − + + − − − − − + − + + − + − + + − + ) contd ( ENSG00000246011.1ENSG00000231721.2 chr7 chr7 ENSG00000240571.1 chr7 ENSG00000244036.1 chr7 ENSG00000225457.1 chr7 ENSG00000243230.1 chr7 ENSG00000224595.1 chr7 ENSG00000226851.1 chr7 ENSG00000135253.8 chr7 ENSG00000243243.1 chr7 ENSG00000225572.1 chr7 ENSG00000242902.1 chr7 ENSG00000243243.1 chr7 ENSG00000233705.1 chr7 ENSG00000224138.1 chr7 ENSG00000237813.2 chr7 ENSG00000243193.1 chr7 ENSG00000242154.1 chr7 ENSG00000236340.1 chr7 ENSG00000237813.2 chr7 ENSG00000239569.1 chr7 ENSG00000224897.2 chr7 ENSG00000225144.1 chr7 ENSG00000235427.1 chr7 ENSG00000226869.2 chr7 ENSG00000234715.1 chr7 ENSG00000242593.1 chr7 ENSG00000236753.1 chr7 ENSG00000227199.1ENSG00000227199.1 chr7 ENSG00000226367.1 chr7 ENSG00000226367.1 chr7 ENSG00000238202.1 chr7 chr7 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000234715.1 chr7 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000230442.1 chr7 ENSG00000232524.1 chr7 ENSG00000232661.1 chr7 ENSG00000228276.1 chr7 ENSG00000083622.8 chr7 ENSG00000227601.1 chr7 ENSG00000240499.1 chr7 ENSG00000231295.1ENSG00000230316.2 chr7 chr7

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 142941186 142967947 GSTK1; 135611509 135662101 MTPN; 151125921 151137899 CRYGN; 135365985 135412952 SLC13A4; 134868590 134896316 WDR91; 132469629 132766848 CHCHD3; 131808091 132333447 PLXNA4; 143929004 143929936 OR2A42; 143883176 143991230 ARHGEF35; 143318043 143427502 FAM115C; 143087382 143105985 EPHA1; 142977050 142985141 TMEM139; 142568956 142583507 TRPV6; 141438121 141487722 SSBP1; 141408153 141431071 WEE2; 141250989 141355044 AGK; 140390577 140422590 NDUFB2; 140372953 140396061 ADCK2; 137559725 137686813 CREB3L2; 136912088 137028611 PTN; 136553416 136705002 CHRM2; 150754297 150773614 SLC4A2; 150725510 150744869 ABCB8; 150688083 150711676 NOS3; 150065879 150109558 ZNF775; 150065879 150109558 ZNF775; 150065278 150071133 REPIN1; 149570057 149577787 ATP6V0E2; 145813453 148118090 CNTNAP2; 144052381 144077725 ARHGEF5; 144015218 144016150 OR2A1; 143963794 143966381 CTAGE8; 143955700 143956815 OR2A7; 155266901 155326557 CNPY1; 153584182 154685995 DPP6; 150935850 150974982 SMARCD3; 151072995 151107813 WDR86; 153584182 154685995 DPP6; 153584182 154685995 DPP6; 151722759 151819425 GALNT11; 151253210 151574210 PRKAG2; 151253210 151574210 PRKAG2; − − − − − − + − + + − + + + + + − − − + + + + + + + + + + + − − − − − + + + + − − − 135611203 135617629 AC015987.1; ENSG00000105887.10 chr7 150946411 150951476 RP5-1070G24.2; ENSG00000082014.11 chr7 151106247 151110440 RP4-555L14.5; ENSG00000187260.9 chr7 151124769 151136210 RP4-555L14.4; ENSG00000127377.4 chr7 135392861 135412258 AC091736.11; ENSG00000164707.9 chr7 134883153 134884924 AC009542.2; ENSG00000105875.9 chr7 132515453 132534353 AC009518.8; ENSG00000106554.7 chr7 132037093 132052735 AC011625.1; ENSG00000221866.5 chr7 143891951 143977640 RP4-545C24.1; ENSG00000243896.3 chr7 143891951 143977640 RP4-545C24.1; ENSG00000212807.1 chr7 143891951 143977640 RP4-545C24.1; ENSG00000213214.3 chr7 143339348 143534026 RP11-61L23.2; ENSG00000170379.15 chr7 143104906 143220542 AC092214.10; ENSG00000146904.4 chr7 142952357 142984473 AC073342.12; ENSG00000178826.6 chr7 142952357 142984473 AC073342.12; ENSG00000197448.9 chr7 142573589 142590199 RP11-114L10.2; ENSG00000165125.12 chr7 141404138 141438146 RP5-894A10.5; ENSG00000106028.6 chr7 141404138 141438146 RP5-894A10.5; ENSG00000214102.3 chr7 141352181 141356610 RP5-894A10.2; ENSG00000006530.10 chr7 140395136 140396877 RP4-726N20.2; ENSG00000090266.7 chr7 140395136 140396877 RP4-726N20.2; ENSG00000133597.5 chr7 137638094 137642712 AC022173.2; ENSG00000182158.9 chr7 137003339 137011700 AC078842.4; ENSG00000105894.7 chr7 150771829 150773617 RP11-148K1.12; ENSG00000164889.8 chr7 150725868 150726841 RP11-148K1.10; ENSG00000197150.7 chr7 150709302 150721586 ATG9B; ENSG00000164867.5 chr7 150076943 150080973 RP4-584D14.6; ENSG00000196456.4 chr7 150060866 150069679 RP4-584D14.5; ENSG00000196456.4 chr7 150060866 150069679 RP4-584D14.5; ENSG00000214022.6 chr7 149564786 149577699 RP4-751H13.6; ENSG00000171130.11 chr7 146778026 146794701 AC006004.1; ENSG00000174469.12 chr7 143948357 144053274 RP4-798C17.6; ENSG00000050327.8 chr7 143948357 144053274 RP4-798C17.6; ENSG00000221970.1 chr7 143891951 143977640 RP4-545C24.1; ENSG00000244693.1 chr7 155302978 155311318 AC008060.5; ENSG00000146910.7 chr7 154630098 154657193 RP11-476H24.1; ENSG00000130226.12 chr7 153789286 153793128 AC006019.4; ENSG00000130226.12 chr7 153721094 153758033 AC006019.3; ENSG00000130226.12 chr7 151817086 151818802 RP5-981O7.2; ENSG00000178234.7 chr7 151574127 151576299 RP11-796I2.2; ENSG00000106617.8 chr7 151503744 151507558 RP13-452N2.1; ENSG00000106617.8 chr7 lncRNA gene Protein-coding gene + + + + + + + + − + − − + − − − − − + + + − − − − − − − − − − + + + + − − − − + + ) contd ( ENSG00000224746.1 chr7 ENSG00000223388.1 chr7 ENSG00000231794.1 chr7 ENSG00000227197.1 chr7 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000223436.1 chr7 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000244198.1 chr7 ENSG00000244198.1 chr7 ENSG00000244198.1 chr7 ENSG00000253882.2 chr7 ENSG00000229153.1 chr7 ENSG00000231840.1 chr7 ENSG00000231840.1 chr7 ENSG00000224970.1 chr7 ENSG00000228775.3 chr7 ENSG00000228775.3 chr7 ENSG00000244701.1 chr7 ENSG00000240889.1 chr7 ENSG00000240889.1 chr7 ENSG00000237243.1 chr7 ENSG00000231114.1 chr7 ENSG00000234352.1 chr7 - 136468822 136866518 AC009264.1; ENSG00000181072.7 chr7 ENSG00000243018.1 chr7 ENSG00000244151.1 chr7 ENSG00000243433.1 chr7 ENSG00000181652.10 chr7 ENSG00000239377.1 chr7 ENSG00000240449.1 chr7 ENSG00000240449.1 chr7 ENSG00000204934.6 chr7 ENSG00000236795.1 chr7 ENSG00000244479.1 chr7 ENSG00000244479.1 chr7 ENSG00000244198.1 chr7 ENSG00000227365.1 chr7 ENSG00000243836.1 chr7 ENSG00000241456.1 chr7 ENSG00000236408.1 chr7 ENSG00000233363.1 chr7 ENSG00000203335.3 chr7 ENSG00000229591.1 chr7 ENSG00000239911.1 chr7 ENSG00000242048.1 chr7

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 564744 688106 ERICH1; 62641136264113 6501144 6501144 MCPH1; MCPH1; 6728097 6735544 DEFB1; 1449531 1656642 DLGAP2; 8097891 8102384 AC068020.1; 170394417721421922044 1734738 1906807 CLN8; 1955102 ARHGEF10; KBTBD11; 8993765 9009084 PPP1R3B; 11203257 11205011 AF131216.5; 1135151011994677 11422113 11996586 BLK; USP17L2; 1838481118384811 18942240 18942240 PSD3; PSD3; 1058290910622473 10697357 10697394 CTD-2135J3.4; PINX1; 22402499 22433301 SORBS3; 22298332 22398652 PPP3CC; 1203597212168471 1205246912282913 12175825 FAM86B1; 12294626 12293915 DEFB130; 12940870 12424423 FAM86B2; 13424352 13373167 AC130352.1; 13947373 13425796 DLC1; 17501304 15095848 C8orf48; 17721889 17658426 SGCZ; 17721889 17767874 MTUS1; 17913934 17767874 FGL1; 17942494 FGL1; ASAH1; 1926167220103676 19615540 20161474 CSGALNACT1; LZTS1; 1038305610581278 10411676 10697357 PRSS55; SOX7; 156432975 156469824 RNF32; 156432975 156469824 RNF32; 156432975 156469824 RNF32; 156786745 156803370 MNX1; 157331750 158380480 PTPRN2; 157331750 158380480 PTPRN2; 157331750158820866 158380480 158937649 PTPRN2; VIPR2; − − − + + + + − + − − − + − + − − − − − − − − − + − − − − − − + − + + − + + + + + − 687651 1087777 CTD-3212A4.1; ENSG00000104714.8 chr8 1513675 1570583 RP11-666I19.2; ENSG00000198010.6 chr8 8093525 8102189 RP11-556O5.4; ENSG00000173295.2 chr8 1710156 1712668 CTD-2336O2.1; ENSG00000182372.6 chr8 8998934 9002945 RP11-10A14.3; ENSG00000173281.4 chr8 64759966693076 6565730 6742798 CTD-2541M15.1; GS1-24F4.2; ENSG00000147316.8 chr8 ENSG00000164825.3 chr8 177431319207366261072 1784348 1922803 AC019257.1; 6264663 RP11-439C15.4; RP11-115C21.2; ENSG00000176595.3 ENSG00000104728.11 ENSG00000147316.8 chr8 chr8 chr8 11197146 11225961 TDH; ENSG00000255020.1 chr8 11413760 11415531 RP11-148O21.4; ENSG00000136573.6 chr8 11973284 12008698 FAM66D; ENSG00000223443.2 chr8 10586824 10628902 CTD-2135J3.3; ENSG00000254093.3 chr8 10586824 10628902 CTD-2135J3.3; ENSG00000258724.1 chr8 22398358 22402918 RP11-582J16.4; ENSG00000120896.9 chr8 22398358 22402918 RP11-582J16.4; ENSG00000120910.10 chr8 1205197612064280 1205378912064280 12312147 AC145124.2;12394588 12312147 AC087203.1;13196083 12523137 AC087203.1;13415166 13200263 ENSG00000186523.9 AC068587.3;14018806 13462119 ENSG00000232948.1 RP11-10C8.2;17561497 chr8 14022868 ENSG00000145002.8 RP11-145O15.3;17739552 chr8 17563696 ENSG00000205873.2 RP11-3G21.1;17763265 chr8 ENSG00000164741.9 ENSG00000164743.4 17740170 RP11-326L2.1;17942377 chr8 17773919 RP11-156K13.2;18578415 chr8 chr8 ENSG00000185053.8 17953903 RP11-156K13.3; ENSG00000129422.9 ENSG00000104760.11 18591915 CTD-2547L16.1; chr8 ENSG00000104760.11 chr8 chr8 RP11-161I2.1;20133284 ENSG00000104763.12 chr8 chr8 20147969 ENSG00000156011.11 RP11-563N12.1; chr8 ENSG00000061337.10 chr8 1884678919536083 18858462 19546445 RP11-420B22.1; RP11-1105O14.1; ENSG00000156011.11 ENSG00000147408.10 chr8 chr8 10586824 10628902 CTD-2135J3.3; ENSG00000171056.6 chr8 10340388 10405095 RP11-981G7.4; ENSG00000184647.6 chr8 156264890 156433286 AC073871.2; ENSG00000105982.12 chr7 156446879 156450387 AC005534.8; ENSG00000105982.12 chr7 156461646 156469257 AC005534.9; ENSG00000105982.12 chr7 156799001 156799826 RP5-1121A15.4; ENSG00000130675.8 chr7 157647221 157658784 AC011899.9; ENSG00000155093.13 chr7 157820065 157823820 AC011899.10; ENSG00000155093.13 chr7 158330187 158332571 AC078942.1; ENSG00000155093.13 chr7 158799213 158822886 AC004863.6; ENSG00000106018.8 chr7 lncRNA gene Protein-coding gene − + + − + − − + − + + + − + − + + + + + + + − + + + + + + − + + − − + − + − − − + − ) contd ( Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000182648.7 chr7 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000248896.2ENSG00000154316.10 chr8 ENSG00000255518.1 chr8 chr8 ENSG00000251034.1 chr8 ENSG00000224903.1 chr7 ENSG00000255052.2 chr8 ENSG00000225666.1 chr7 ENSG00000255495.1ENSG00000215248.3 chr8 ENSG00000215248.3 chr8 ENSG00000247397.2 chr8 ENSG00000253932.1 chr8 ENSG00000255069.1 chr8 ENSG00000254575.1 chr8 ENSG00000253168.1 chr8 ENSG00000253215.1 chr8 ENSG00000254054.1 chr8 ENSG00000245281.2 chr8 ENSG00000187229.3 chr8 chr8 ENSG00000253733.1ENSG00000251034.1 chr8 chr8 ENSG00000253335.1ENSG00000253270.1 chr8 chr8 ENSG00000235029.1 chr7 ENSG00000233038.1 chr7 ENSG00000231980.1 chr7 ENSG00000225365.1 chr7 ENSG00000253267.1 chr8 ENSG00000231419.2ENSG00000237647.3 chr7 chr8 ENSG00000253981.1 chr8 ENSG00000253982.1 chr8 ENSG00000254340.1 chr8 ENSG00000249898.3ENSG00000245857.2 chr8 chr8 ENSG00000230340.2ENSG00000253764.1 chr8 ENSG00000246089.2 chr8 chr8 ENSG00000248896.2ENSG00000248896.2 chr8 chr8 ENSG00000253649.1 chr8

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 38001167 38008783 STAR; 28747911 28922281 HMBOX1; 3975979439792133 3978596339759794 39873910 IDO1; 39785963 IDO2; IDO1; 28625178 28747759 INTS9; 38758753 38831428 PLEKHA2; 2817450328205804 2820087228457986 28347835 PNOC; 28613116 FBXO16; EXTL3; 38585704 38710546 TACC1; 2624041427590835 2636315227727399 27630170 BNIP3L; 27850244 CCDC25; SCARA5; 38268656 38326352 FGFR1; 24298443 24384483 ADAM7; 38243725 38267045 LETM2; 24298443 24384483 ADAM7; 38132544 38239790 WHSC1L1; 2415155324241798 24216531 24263526 ADAM28; ADAMDEC1; 3802083938132544 38034248 38239790 LSM1; WHSC1L1; 23154702 23282841 LOXL2; 23047965 23082639 TNFRSF10A; 23047965 23082639 TNFRSF10A; 3043583530435835 3051576830891317 30515768 GTF2E2; 37278859 31031285 GTF2E2; 37411701 WRN; RP11-150O12.1; 22877646 22926692 TNFRSF10B; 3001381330241944 30041156 30429778 DCTN6; RBPMS; 2240249922545172 2243330122570769 22550815 SORBS3; 22570769 22857513 EGR3; 22844930 22857513 PEBP4; 22877712 PEBP4; RHOBTB2; 49623348 49647870 EFCAB1; 2892479629952914 29120641 30034724 KIF13B; LEPROTL1; 4138672542552519 41402565 42592550 GINS4; CHRNB3; + + + − + + − + + + − − − + + + − + + − − − − − − − − + − − + + + − − − + − + − + + + 3976129439761294 3985276739775595 39852767 RP11-44K6.3; 39778409 RP11-44K6.3; RP11-44K6.4; ENSG00000131203.8 ENSG00000188676.8 chr8 ENSG00000131203.8 chr8 chr8 28655659 28656986 RP11-662B19.2; ENSG00000104299.9 chr8 38827879 38830530 CTD-2544N14.3; ENSG00000169499.9 chr8 2810758028304781 2819677228553718 28313419 RP11-380I10.4; 28558981 RP11-181B11.2; CTD-2172A10.1; ENSG00000168081.4 ENSG00000214050.3 ENSG00000012232.4 chr8 chr8 chr8 38702384 38703957 RP11-723D22.3; ENSG00000147526.13 chr8 2759085527761998 27613943 27767827 RP11-16P20.3; RP11-597M17.1; ENSG00000147419.12 ENSG00000168079.11 chr8 chr8 38279407 38283614 RP11-350N15.4; ENSG00000077782.14 chr8 2434782526236775 24372342 26240469 RP11-561E1.1; SDAD1P1; ENSG00000069206.10 chr8 ENSG00000104765.9 chr8 38258054 38259201 RP11-350N15.3; ENSG00000165046.8 chr8 24153327 24769586 RP11-624C23.1; ENSG00000069206.10 chr8 38193499 38195069 RP11-513D5.2; ENSG00000147548.10 chr8 2415332724153327 24769586 24769586 RP11-624C23.1; RP11-624C23.1; ENSG00000042980.8 ENSG00000134028.10 chr8 chr8 38133406 38134198 RP11-513D5.5; ENSG00000147548.10 chr8 23193684 23223638 RP11-177H13.2; ENSG00000134013.10 chr8 38006259 38021290 RP11-90P5.2; ENSG00000175324.5 chr8 23081984 23088439 RP11-1149O23.3; ENSG00000104689.5 chr8 38006259 38021290 RP11-90P5.2; ENSG00000147465.6 chr8 23046792 23048188 RP11-1149O23.2; ENSG00000104689.5 chr8 3045443130501206 3045504931024594 30501319 CTD-2373N4.5;37337607 31034683 CTD-2373N4.1; 37338327 ENSG00000197265.4 RP11-363L24.3; ENSG00000197265.4 RP11-150O12.2; chr8 ENSG00000165392.5 ENSG00000253161.1 chr8 chr8 chr8 22925742 22941132 RP11-875O11.2; ENSG00000120889.8 chr8 30239635 30242917 CTD-3107M8.4; ENSG00000157110.11 chr8 22423510 22424684 RP11-582J16.3; ENSG00000120896.9 chr8 2254766322547663 2265612922735485 22656129 RP11-459E5.1;22842109 22745535 RP11-459E5.1; 22876848 RP11-87E22.2; ENSG00000179388.7 RP11-875O11.1; ENSG00000134020.6 chr8 ENSG00000134020.6 ENSG00000008853.12 chr8 chr8 chr8 28779448 28922453 AC091558.1; ENSG00000147421.11 chr8 2896809030034070 2899824630034070 30038404 CTD-2647L4.1; 30038404 RP11-51J9.4; RP11-51J9.4; ENSG00000197892.8 chr8 ENSG00000104660.13 ENSG00000104671.3 chr8 chr8 41397900 41402563 RP11-360L9.7; ENSG00000147536.6 chr8 4256072649502961 42577089 49700220 RP11-412B14.1; AC026904.1; ENSG00000147432.2 chr8 ENSG00000034239.5 chr8 lncRNA gene Protein-coding gene − − − − + − − + − − + + + − − − − + − − + + + + + + + + − + + − − + + + − − + − − − + ) contd ( ENSG00000253939.1ENSG00000253939.1 chr8 ENSG00000254287.1 chr8 ENSG00000253174.1 chr8 chr8 ENSG00000254034.1ENSG00000247743.1 chr8 chr8 ENSG00000253645.1 chr8 ENSG00000253690.1ENSG00000253567.1 chr8 ENSG00000246339.3 chr8 chr8 ENSG00000253829.1 chr8 ENSG00000253875.1ENSG00000253397.1 chr8 chr8 ENSG00000255201.1 chr8 ENSG00000253643.1ENSG00000228451.3 chr8 chr8 ENSG00000254981.1 chr8 ENSG00000253535.1 chr8 ENSG00000254898.1 chr8 ENSG00000253535.1ENSG00000253535.1 chr8 chr8 ENSG00000255487.1 chr8 ENSG00000253837.1 chr8 ENSG00000253356.1 chr8 ENSG00000246582.2 chr8 ENSG00000253356.1 chr8 ENSG00000253930.1 chr8 ENSG00000253112.1ENSG00000254172.1 chr8 ENSG00000253961.1 chr8 ENSG00000253388.1 chr8 chr8 ENSG00000246130.1 chr8 ENSG00000254109.1 chr8 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000254230.1 chr8 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000253125.1ENSG00000253125.1 chr8 ENSG00000248738.2 chr8 ENSG00000245025.2 chr8 chr8 ENSG00000254129.1ENSG00000253708.1 chr8 ENSG00000253708.1 chr8 chr8 ENSG00000255101.1ENSG00000233858.3 chr8 chr8

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 63161150 63912211 NKAIN3; 5223213853023399 5272200553023399 53373519 PXDNL; 53373519 ST18; ST18; 8237057682390654 8237381482437216 82395498 FABP9; 82443613 FABP4; FABP12; 5302339954138284 53373519 54164257 ST18; OPRK1; 6886435370584568 69149265 70747299 PREX2; SLCO5A1; 5601494957335949 56438714 57359293 XKR4; PENK; 70584568 70747299 SLCO5A1; 5890706858907068 5911683859717977 59116838 FAM110B; 61429416 60031767 FAM110B; 61591337 61536186 TOX; 61779465 RAB2A; CHD7; 72109668 72274467 EYA1; 61969717 62414204 CLVS1; 6392763865492814 6395173067782984 65496181 GGH; 68334360 67834283 BHLHE22; 68334360 68658620 C8orf45; 68658620 CPA6; CPA6; 7344962674206847 73850584 74237516 KCNB2; RDH10; 61969717 62414204 CLVS1; 74332604 74659943 STAU2; 74332604 74659943 STAU2; 75233365 75401107 GDAP1; 7551201075736772 7573554875896750 75767264 RP11-758M4.1; 77593454 75946793 PI15; 77779520 CRISPLD1; ZFHX4; 75512010 75735548 RP11-758M4.1; 7942837480870571 79517502 81143467 PKIA; TPD52; 81882526 82024303 PAG1; 8188252682192598 8202430382352561 82197012 PAG1; 82359758 FABP5; PMP2; − − − − − − − − + − + − − + + − + + − + − + + − − + + + + − − + + + + + + + − − − + − 75711019 75779174 RP11-758M4.4; ENSG00000137558.3 chr8 75711019 75779174 RP11-758M4.4; ENSG00000254349.1 chr8 5217024853063380 5223367853106922 53067452 RP11-401H2.1;53207015 53112140 RP11-26M5.3; 53214502 RP11-26M5.2; ENSG00000147485.8 RP11-1023P17.2; ENSG00000147488.7 chr8 ENSG00000147488.7 ENSG00000147488.7 chr8 chr8 chr8 82351671 82434053 RP11-157I4.4; ENSG00000205186.2 chr8 8235167182433853 82434053 82445510 RP11-157I4.4; RP11-257P3.3; ENSG00000170323.4 ENSG00000197416.4 chr8 chr8 68994439 69007316 RP11-403D15.2; ENSG00000046889.12 chr8 5409013156429799 54155243 56433536 RP11-162D9.3; RP11-628E19.2; ENSG00000082556.5 ENSG00000206579.5 chr8 chr8 7062562570746346 70631957 70767206 RP11-102F4.2; RP11-159H10.3; ENSG00000137571.5 ENSG00000137571.5 chr8 chr8 5735836658943893 57464626 58945241 RP11-17A4.2; RP11-1112C15.2; ENSG00000169122.7 ENSG00000181195.4 chr8 chr8 72067692 72116458 RP11-326E22.1; ENSG00000104313.12 chr8 5900400160031599 5901885361464516 60033905 RP11-648L3.2;61721294 61465595 RP11-25K19.1;62177183 61722165 RP11-91I20.4; ENSG00000169122.7 62204598 RP11-33I11.2; ENSG00000198846.4 RP11-787D18.2; chr8 ENSG00000104388.9 chr8 ENSG00000171316.6 ENSG00000177182.6 chr8 chr8 chr8 73787094 73793975 RP11-1145L24.1; ENSG00000182674.5 chr8 62212723 62213628 RP11-787D18.1; ENSG00000177182.6 chr8 63936931 63937853 RP11-659E9.4; ENSG00000137563.6 chr8 6548686367833919 6549444568256069 67838633 RP11-21C4.1;68644822 68404082 SNHG6; 68647900 AC011037.1; ENSG00000180828.1 RP11-396J6.1; chr8 ENSG00000165078.7 ENSG00000165078.7 ENSG00000178460.12 chr8 chr8 chr8 7420994674332239 74268696 74353761 RP11-434I12.2; RP11-181D18.2; ENSG00000121039.5 ENSG00000040341.13 chr8 chr8 63385776 63386828 RP11-577N1.1; ENSG00000185942.6 chr8 74582676 74645132 RP11-463D19.1; ENSG00000040341.13 chr8 75259992 75262285 CTD-2320G14.2; ENSG00000104381.8 chr8 75521933 75545555 RP11-730G20.1; ENSG00000254349.1 chr8 7593866377403435 7594169579338338 77595513 RP11-300E4.2; 79470738 RP11-65D13.1; RP11-594N15.2; ENSG00000121005.4 ENSG00000091656.9 ENSG00000171033.8 chr8 chr8 chr8 8103508781949199 81039905 81953066 RP11-92K15.1; RP11-172E10.1; ENSG00000076554.9 ENSG00000076641.3 chr8 chr8 81970758 81979979 RP11-1149M10.1; ENSG00000076641.3 chr8 8219210682351671 82193681 82434053 RP11-363E6.3; RP11-157I4.4; ENSG00000164687.6 ENSG00000147588.6 chr8 chr8 lncRNA gene Protein-coding gene + + + + + + − + − + + + − + − + − − − − − + − − + + − + − + − − − − − − − + + + − + + ) contd ( ENSG00000254314.1ENSG00000253551.1 chr8 ENSG00000253924.1 chr8 chr8 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000253664.1 chr8 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000253859.2ENSG00000253374.1 chr8 chr8 ENSG00000254687.1ENSG00000254357.1 chr8 chr8 ENSG00000254557.1ENSG00000246528.2 chr8 chr8 ENSG00000254254.1ENSG00000253523.1 chr8 chr8 ENSG00000254031.1 chr8 ENSG00000253116.1ENSG00000167912.5 chr8 ENSG00000255321.1 chr8 ENSG00000254432.1 chr8 ENSG00000254222.1 chr8 chr8 ENSG00000253784.1 chr8 ENSG00000253711.1 chr8 ENSG00000253121.1 chr8 ENSG00000254102.1ENSG00000245910.2 chr8 ENSG00000245424.1 chr8 ENSG00000255130.1 chr8 ENSG00000255206.1 chr8 chr8 ENSG00000250295.2ENSG00000253302.1 chr8 chr8 ENSG00000254050.1 chr8 ENSG00000254538.1 chr8 ENSG00000253596.1 chr8 ENSG00000254080.1 chr8 ENSG00000253706.1ENSG00000254238.1 chr8 ENSG00000253661.1 chr8 ENSG00000254266.1 chr8 chr8 ENSG00000253706.1 chr8 ENSG00000254205.1ENSG00000254060.1 chr8 chr8 ENSG00000254177.1 chr8 ENSG00000254027.1ENSG00000253859.2 chr8 ENSG00000253859.2 chr8 chr8

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 82711816 82755101 SNX16; 9590799596257147 9612868397238148 9628142998656407 C8orf38; 9724786299037079 C8orf37; 9874099899413631 UQCRB; 99058697 MTDH; 99955055 RPL30; STK3; 8608946086285665 8612938786376081 8636126986999552 E2F5; 8639369387354967 CA3; 8716645787566205 CA2; 8749064987878670 ATP6V0D2; 8775590389044237 WWP1; 8862744791634223 CNGB3; 8934025491803778 CNBD1; 9180386091803778 MMP16; 9197163692006024 TMEM64; 9197163692967203 NECAB1; 9205329293895758 NECAB1; 9311551494710789 TMEM55A; 9402990194741584 RUNX1T1; 9474375595499921 C8orf83; 9475324595731931 FAM92A1; 9556575795907995 RBM12B; 95806064 KIAA1429; 96128683 DPY19L4; C8orf38; 101585116 101675643 SNX31; 104512976105351315 105268322105602961 105368917 RIMS2; 106431488 TM7SF4; RP11-127H5.1; 100025494 100889808 VPS13B; 100025494 100889808102504660 VPS13B; 102698771 102681954102698771 103137135 GRHL2; 103264501 103137135 NCALD; 103425069 NCALD; UBR5; 103838585103838585 103906092104033291 103906092 AZIN1; 104145191 104085279 AZIN1; 104153703 ATP6V1C1; C8orf56; 104152938104310661 104242533 104345094 BAALC; FZD6; 104152938 104242533 BAALC; − + + + + − − + − − + + + + + − + − − + + − − − + − − + + + + − + − − − − − + − + + + 87111194 87166454 CTD-3118D11.2; ENSG00000147614.3 chr8 82704058 82727949 RP13-923O23.6; ENSG00000104497.9 chr8 9608396096216684 9610015297247655 9682236498703444 RP11-320N21.2; 9725026299053954 KB-1047C11.2; ENSG00000156170.7 9871166499615481 KB-1043D8.6; 99056349 ENSG00000156172.5 KB-1907C4.2; chr8 99618568 KB-1208A12.3; ENSG00000156467.5 chr8 KB-1205A7.2; ENSG00000147649.5 ENSG00000156482.6 chr8 chr8 ENSG00000104375.11 chr8 chr8 8635408086354080 86377144 8637714487345503 RP11-317J10.2;87719775 RP11-317J10.2; 87355543 ENSG00000164879.588554214 87777251 ENSG00000104267.489339065 CTD-2284J15.1; chr8 8876794691658669 RP11-386D6.1; ENSG00000123124.8 chr8 8974936391818702 AF121898.3; 9166882691968167 ENSG00000170289.8 RP11-586K2.1; chr8 9187146892028816 RP11-68L18.1; 91997485 chr8 ENSG00000176571.792988136 ENSG00000156103.11 RP11-662G23.1; 9203088393895212 RP11-122A3.2; ENSG00000180694.9 chr8 ENSG00000123119.7 chr8 9298964694225531 GS1-251I9.3; 93977873 chr8 94745444 ENSG00000123119.7 GS1-5L10.1; chr8 9471266195545856 CTD-3239E11.2; ENSG00000155099.3 94746250 chr8 95803871 RP11-163D8.1; ENSG00000205133.7 95546619 ENSG00000079102.1296079036 RP11-10N23.4; chr8 95806064 ENSG00000188343.7 RP11-267M23.3; chr8 chr8 96085410 ENSG00000183808.7 KB-1608C10.2; ENSG00000164944.7 chr8 RP11-320N21.1; chr8 ENSG00000156162.12 chr8 ENSG00000156170.7 chr8 chr8 86089757 86090385 RP11-219B4.3; ENSG00000133740.6 chr8 105342552106155088 105431140 106200834 KB-1552D7.2; RP11-574O7.1; ENSG00000164935.2 ENSG00000253350.1 chr8 chr8 104495626 104513904 RP11-1C8.4; ENSG00000176406.15 chr8 100103966 100106288 CTD-2340D6.2; ENSG00000132549.13 chr8 100808843 100811415 RP11-402L5.1; ENSG00000132549.13 chr8 101630809102473405 101632221102698775 102504727 KB-1083B1.1;102996660 102701321 KB-1562D12.1;103251622 103006905 KB-1107E3.1; ENSG00000174226.4 103265561 ENSG00000083307.5 AP001206.1; KB-431C1.4; chr8 ENSG00000104490.12 chr8 chr8 ENSG00000104490.12 ENSG00000104517.7 chr8 chr8 103904104104032415 103905836104133260 104033656 KB-1507C5.3;104169218 104145194 KB-1639H6.2; 104311000 KB-1639H6.4; ENSG00000155096.8 RP11-318M2.2; ENSG00000155097.7 chr8 ENSG00000236939.2 ENSG00000164929.12 chr8 chr8 chr8 103866683 103868303 KB-1254G8.1; ENSG00000155096.8 chr8 104169218104240653 104311000 104241542 RP11-318M2.2; RP11-318M2.3; ENSG00000164930.6 ENSG00000164929.12 chr8 chr8 lncRNA gene Protein-coding gene + − − − + + − + + − − − − − + − + + − − + + + − + + − − − − + − + + + + − + − + − − − ) contd ( Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000253334.1 chr8 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000254191.1ENSG00000254041.1 chr8 chr8 ENSG00000253773.1ENSG00000254224.1 chr8 ENSG00000254071.1 chr8 ENSG00000245970.2 chr8 ENSG00000253911.1 chr8 ENSG00000253562.1 chr8 chr8 ENSG00000253549.1ENSG00000253549.1 chr8 ENSG00000253675.1 chr8 ENSG00000254231.1 chr8 ENSG00000254115.1 chr8 ENSG00000253500.1 chr8 ENSG00000253553.1 chr8 ENSG00000246792.2 chr8 ENSG00000254251.1 chr8 ENSG00000253250.1 chr8 ENSG00000253358.1 chr8 ENSG00000253576.1 chr8 ENSG00000253197.1 chr8 ENSG00000246662.2 chr8 ENSG00000253722.1 chr8 ENSG00000254315.1 chr8 ENSG00000254307.1 chr8 ENSG00000245080.3 chr8 ENSG00000254248.1 chr8 chr8 ENSG00000254208.1 chr8 ENSG00000253539.1 chr8 ENSG00000253740.1ENSG00000254024.1 chr8 ENSG00000253629.1 chr8 ENSG00000251530.1 chr8 ENSG00000246263.2 chr8 chr8 ENSG00000253263.1ENSG00000254236.1 chr8 ENSG00000250929.2 chr8 ENSG00000247081.2 chr8 chr8 ENSG00000253385.1 chr8 ENSG00000247081.2ENSG00000253851.1 chr8 chr8 ENSG00000253477.1 chr8

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 110975874116420724 110988076 116821899 KCNV1; TRPS1; 110253148 110346614 NUDCD1; 120007691120428546 120118821120885957 120436593 COLEC10; 121547985 121063152 NOV; 122624356 121825513 DEPTOR; 124025458 122653680 SNTB1; 124191200 124054663 HAS2; 124657767 124222314 DERL1; 124864227 124665190 FAM83A; 124864227 125132302 KLHL38; 124864227 125132302 FER1L6; 124864227 125132302 FER1L6; 125132302 FER1L6; FER1L6; 106330920106330920 106816760 106816760 ZFPM2; ZFPM2; 143866296143915663 143868008 143997922 LY6D; GML; 143845752 143859640 LYNX1; 125500726126036502 125551699126103921 126104082 TATDN1; 127564687 126379362 KIAA0196; 127564687 127570638 NSMCE2; 128427133 127570638 FAM84B; 128959126 128429455 FAM84B; 128960591 POU5F1B; TMEM75; 107282473109213445 107764922109619079 109447562 OXR1; 109799844 EIF3E; TMEM74; 130853716131792547 131029375133787618 132054672 FAM49B; 135490031 133861052 ADCY8; 135725292 PHF20L1; ZFAT; 130853716 131029375 FAM49B; 130853716 131029375 FAM49B; 140742586142127377 141468678142217265 142205907 TRAPPC9; 142402093 142318404 DENND3; 143751726 142441620 SLC45A4; 143764142 PTP4A3; PSCA; 143781529143808621 143786545 143818345 LY6K; C8orf55; − − + + + − − − + − + + + + + + − + − − − + − − + − − + − − − − + − − − − + − + + + + 110986172116521829 110987010 116523552 RP11-696P8.2; AF178030.2; ENSG00000164794.3 ENSG00000104447.6 chr8 chr8 110310827 110328742 RP11-122A21.2; ENSG00000120526.6 chr8 130902711 130914004 RP11-473O4.4; ENSG00000153310.12 chr8 120432150120884718 120474590121773493 120886723 RP11-775B15.2;122651533 121789072 KB-1471A8.2;124014800 122656933 ENSG00000136999.4 RP11-713M15.1;124213412 124042991 AC104233.1;124626465 ENSG00000155792.5 ENSG00000172164.9 chr8 124214983 RP11-557C18.3;124936999 124670810 RP11-539E17.4;124996378 chr8 chr8 124938173 ENSG00000136986.4 ENSG00000170961.5 CTD-2552K11.2;125048251 125053023 ENSG00000147689.12 RP11-245A18.1;125058314 ENSG00000175946.8 chr8 125052709 chr8 FER1L6-AS1; chr8 125183763 ENSG00000214814.2 RP11-959I15.4; chr8 RP11-959I15.3; ENSG00000214814.2 chr8 ENSG00000214814.2 ENSG00000214814.2 chr8 chr8 chr8 120075181 120081021 RP11-278I4.2; ENSG00000184374.2 chr8 106792474107532702 107072752 107669776 RP11-152P17.2; RP11-649G15.2; ENSG00000169946.9 ENSG00000164830.13 chr8 chr8 106674580 106697993 RP11-642D21.2; ENSG00000169946.9 chr8 143915554 143916356 RP11-706C16.5; ENSG00000104499.2 chr8 143866790 143893536 RP11-706C16.8; ENSG00000167656.4 chr8 143844534 143847845 RP11-706C16.7; ENSG00000180155.14 chr8 126052926126360438 126057231127569141 126363658 RP11-6D1.5;127570120 127569678 RP11-550A5.2;128302062 127725660 RP11-103H7.5;128806779 128494384 ENSG00000164961.10 RP11-89K10.1; ENSG00000156831.3 129113499 RP11-382A18.1; ENSG00000168672.3 chr8 chr8 PVT1; ENSG00000168672.3 ENSG00000212993.2 chr8 chr8 chr8 ENSG00000256655.1 chr8 125500751 125503884 RP11-158K1.3; ENSG00000147687.11 chr8 109238429109593291 109239773 109638996 RP11-35G22.1; RP11-790J24.1; ENSG00000104408.5 ENSG00000164841.4 chr8 chr8 131947655133850375 131961911135610314 133856543 RP11-737F9.1;140923482 135612932 AF230666.2; 140928864 AC015599.1; ENSG00000155897.5 RP11-284H18.1; ENSG00000129292.15 chr8 ENSG00000167632.10 ENSG00000066827.9 chr8 chr8 chr8 130952102 130961640 RP11-473O4.3; ENSG00000153310.12 chr8 130844547 130856750 RP11-473O4.5; ENSG00000153310.12 chr8 142136143142288327 142140060142400039 142302961 RP11-809O17.1;143738874 142402674 RP11-10J21.5; 143763386 ENSG00000105339.6 CTD-3064M3.4; JRK; ENSG00000022567.5 chr8 ENSG00000184489.7 chr8 chr8 ENSG00000167653.4 chr8 143783670143808701 143808391 143809108 CTD-2292P10.4; CTD-2292P10.2; ENSG00000160886.8 ENSG00000130193.7 chr8 chr8 lncRNA gene Protein-coding gene − − + + + − + − − − − + + − − − − − + + − + + − + + + + + + − + + + + + − + − − − − + ) contd ( ENSG00000253398.1ENSG00000253531.1 chr8 ENSG00000248318.1 chr8 ENSG00000248690.2 chr8 ENSG00000253607.1 chr8 ENSG00000204949.4 chr8 ENSG00000253286.1 chr8 ENSG00000254000.1 chr8 ENSG00000181171.5 chr8 ENSG00000254249.1 chr8 ENSG00000253868.1 chr8 ENSG00000253106.1 chr8 chr8 ENSG00000255402.1ENSG00000227170.1 chr8 ENSG00000254278.1 chr8 chr8 ENSG00000251003.2ENSG00000253582.1 chr8 chr8 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000253420.1 chr8 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000253728.1 chr8 ENSG00000253715.1 chr8 ENSG00000253167.1ENSG00000254431.1 chr8 ENSG00000254010.1 chr8 ENSG00000254286.1 chr8 ENSG00000246228.2 chr8 ENSG00000249859.2 chr8 chr8 ENSG00000253754.1ENSG00000253949.1 chr8 ENSG00000250267.2 chr8 chr8 ENSG00000253992.1ENSG00000223697.1 chr8 ENSG00000248492.1 chr8 ENSG00000253574.1 chr8 chr8 ENSG00000253720.1 chr8 ENSG00000254317.1ENSG00000254263.1 chr8 chr8 ENSG00000253210.1ENSG00000254197.1 chr8 ENSG00000244998.1 chr8 ENSG00000234616.3 chr8 chr8 ENSG00000253741.1ENSG00000253806.1 chr8 ENSG00000253196.1 chr8 chr8

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 470291 746105 KANK1; 214854214854 465259 465259 DOCK8; DOCK8; 27204693824127 2844241 KIAA0020; 4348392 GLIS3; 20153422621834 21936243824127 2654480 SMARCA2; VLDLR; 3824127 4348392 GLIS3; 4348392 GLIS3; 83142468314246 10612723 10612723 PTPRD; PTPRD; 479286956290256413151 4861064 5776557 RCL1; 6507054 KIAA1432; 8314246 UHRF2; 10612723 PTPRD; 32552997 32573160 NDUFB6; 12685439 12710274 TYRP1; 32629452 32635667 TAF1L; 12775020 12822130 C9orf150; 33104080 33167354 B4GALT1; 14081842 14398982 NFIB; 16416404 16870841 BNC2; 16416404 16870841 BNC2; 16416404 16870841 BNC2; 19288622 19374275 DENND4C; 20658308 20995954 KIAA1797; 21967751 21995300 CDKN2A; 22002902 22009280 CDKN2B; 23690102 23826335 ELAVL2; 26947037 27062928 IFT74; 2732520732540542 27529779 32552551 MOBKL2B; TOPORS; 145654165 145669827 TONSL; 144099399144386554 144105249144656955 144442149 LY6E; 144661867 144660819 TOP1MT; 144766622 144681711 NAPRT1; 144798429 144796068 EEF1D; 145133529 144804628 ZNF707; 145515280 145135550 MAPK15; 145538385 EXOSC4; 145703352 HSF1; 145754563 145727504 145911194 PPP1R16A; ARHGAP39; − − + + + − − − + + − − − + − − − + + + + + − + + + − + − + − − − − − + + − − − + − − 673817 685555 RP11-130C19.3; ENSG00000107104.12 chr9 267966454304 273002 456358 RP11-59O6.3; RP11-165F24.3; ENSG00000107099.9 ENSG00000107099.9 chr9 chr9 204190024227022840592 20460233875584 2622373 RP11-264I13.2;3898642 2844073 RP11-125B21.2;4299390 3878809 AL589675.1; ENSG00000080503.14 3901248 ENSG00000147852.9 RP11-252M18.3; chr9 4306046 C9orf70; ENSG00000107249.15 chr9 RP11-358M14.2; ENSG00000080608.8 chr9 ENSG00000107249.15 chr9 chr9 ENSG00000107249.15 chr9 571902164151458858130 57202448936079 6449558 RP11-207C16.4;9799423 8862255 RP11-307L3.4; 8963077 ENSG00000107036.7 RP11-75C9.1; 9803784 RP11-75C9.2; ENSG00000147854.11 chr9 RP11-527D15.1; chr9 ENSG00000153707.9 ENSG00000153707.9 ENSG00000153707.9 chr9 chr9 chr9 4850299 4850373 RP11-125K10.5; ENSG00000120158.6 chr9 32551142 32567003 C9orf133; ENSG00000165264.6 chr9 32551142 32567003 C9orf133; ENSG00000197579.3 chr9 12700100 12814344 RP11-3L8.3; ENSG00000107165.7 chr9 32633452 32648683 RP11-555J4.4; ENSG00000122728.6 chr9 12700100 12814344 RP11-3L8.3; ENSG00000153714.5 chr9 33166973 33179981 RP11-326F20.5; ENSG00000086062.7 chr9 14317084 14357907 RP11-120J1.1; ENSG00000147862.9 chr9 16473186 16476235 RP11-183I6.2; ENSG00000173068.10 chr9 16625674 16626388 RP11-62F24.1; ENSG00000173068.10 chr9 16726812 16727522 RP11-62F24.2; ENSG00000173068.10 chr9 19291335 19292577 RP11-146N23.4; ENSG00000137145.13 chr9 20683303 20684687 RP11-4E23.2; ENSG00000188352.7 chr9 21994790 22121096 CDKN2B-AS1; ENSG00000147889.10 chr9 21994790 22121096 CDKN2B-AS1; ENSG00000147883.8 chr9 23693628 23721789 RP11-315I14.3; ENSG00000107105.9 chr9 26955778 26956293 RP11-337A23.3; ENSG00000096872.10 chr9 27391732 27397561 RP11-298E2.2; ENSG00000120162.8 chr9 144791177 144795754 RP11-429J17.4; ENSG00000181135.11 chr8 145721763 145725663 CTD-2517M14.5; ENSG00000160972.5 chr8 144063155 144099854 RP11-273G15.2; ENSG00000160932.6 chr8 144432342144655660 144432448144661806 144659567 RP5-1118A7.3; 144662840 RP11-661A12.9;144800416 RP11-661A12.7; ENSG00000184428.7145132905 144801061 ENSG00000147813.11145538253 145134168 ENSG00000104529.12 RP11-429J17.5; chr8 chr8 145660602 145538801 CTD-3065J16.9; chr8 145665354 GS1-393G12.12; ENSG00000181085.10145809424 ENSG00000178896.6 AC084125.4; chr8 145811872 ENSG00000185122.5 chr8 CTD-2517M22.9; chr8 ENSG00000160949.11 ENSG00000147799.7 chr8 chr8 lncRNA gene Protein-coding gene − − + + + + − − − + + + − − − − + + − − − − + + + − − + − + + + + + − − + + + − + + + ) contd ( ENSG00000236199.1ENSG00000236404.2 chr9 ENSG00000234656.2 chr9 ENSG00000236724.1 chr9 ENSG00000237009.2 chr9 ENSG00000228322.1 chr9 ENSG00000228165.1 chr9 chr9 ENSG00000248411.1 chr8 ENSG00000227914.1 chr9 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000247317.3 chr8 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000253296.1ENSG00000255050.1 chr8 ENSG00000254741.1 chr8 ENSG00000254574.1 chr8 ENSG00000254548.1 chr8 ENSG00000255224.1 chr8 ENSG00000254690.1 chr8 ENSG00000232600.2 chr8 chr8 ENSG00000255456.1ENSG00000235880.1 chr8 ENSG00000227155.1 chr9 chr9 ENSG00000225408.1ENSG00000233367.1 chr9 ENSG00000225706.1 chr9 ENSG00000234021.1 chr9 ENSG00000230920.1 chr9 ENSG00000235448.1 chr9 chr9 ENSG00000223440.1 chr9 ENSG00000235448.1 chr9 ENSG00000233554.1 chr9 ENSG00000225472.1 chr9 ENSG00000231756.1 chr9 ENSG00000230694.1 chr9 ENSG00000234779.1 chr9 ENSG00000232978.1 chr9 ENSG00000227071.1 chr9 ENSG00000240498.1 chr9 ENSG00000240498.1 chr9 ENSG00000230810.1 chr9 ENSG00000234676.1 chr9 ENSG00000237734.1 chr9 ENSG00000235453.3ENSG00000235453.3 chr9 chr9

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 41321107 41327364 FAM75A4; 77112281 77302117 RORB; 66553273 66555928 RP11-262H14.4; 43089972 43133544 ANKRD20A3; 40700291 40706537 FAM75A3; 37800499 37867663 DCAF10; 86582998 86595569 HNRNPK; 86451613 86536342 KIF27; 86451613 86536342 KIF27; 86354336 86444431 GKAP1; 37753804 37778969 RG9MTD3; 86274878 86323118 UBQLN1; 37650997 37746901 FRMPD1; 85857905 86153461 FRMD3; 36833272 37034476 PAX5; 7979226980037995 80036457 80263223 VPS13A; GNA14; 79226292 79521003 PRUNE2; 36833272 37034476 PAX5; 35749203 35758572 RGP1; 35609530 35646807 CD72; 35609530 35646807 CD72; 77595936 77643339 C9orf41; 74298282 74431606 TMEM2; 35088685 35096591 PIGO; 73149949 74061820 TRPM3; 34664160 34666109 RP11-195F19.5; 73149949 74061820 TRPM3; 34551430 34590121 CNTFR; 72658497 72841886 MAMDC2; 34521038 34523039 ENHO; 72658497 72841886 MAMDC2; 34086522 34127397 DCAF12; 72045204 72287222 APBA1; 33921691 34048947 UBAP2; 33817565 33920402 UBE2R2; 97321002 97356075 FBP2; 95607874 95640304 ZNF484; 71320575 71624092 PIP5K1B; 70971815 71145977 PGM5; 33750515 33799230 PRSS3; 70971815 71145977 PGM5; 86890372 86955672 SLC28A3; + − − + + − − − − + − + − − + − − − + − − + − − − − − − − + − + − − − + − − + + + + − 80071211 80141613 RP11-466A17.1; ENSG00000156049.6 chr9 35642511 35643514 RP11-331F9.3; ENSG00000137101.6 chr9 74381169 74383463 AL671309.1; ENSG00000135048.9 chr9 66523532 66553911 RP11-262H14.3; ENSG00000170161.5 chr9 43102670 43113467 RP11-327I22.4; ENSG00000132498.4 chr9 41313945 41323179 RP11-95K23.3; ENSG00000234214.2 chr9 40704468 40713709 RP11-395E19.5; ENSG00000147926.9 chr9 37588410 38068684 RP11-613M10.9; ENSG00000122741.11 chr9 86587148 86590692 RP11-575L7.8; ENSG00000165119.11 chr9 86473883 86482797 RP11-575L7.4; ENSG00000165115.9 chr9 86444571 86452779 RP11-575L7.2; ENSG00000165115.9 chr9 37588410 38068684 RP11-613M10.9; ENSG00000165275.5 chr9 86432881 86443087 AL354733.1; ENSG00000165113.8 chr9 86322509 86328293 RP11-522I20.3; ENSG00000135018.9 chr9 37588410 38068684 RP11-613M10.9; ENSG00000070601.5 chr9 85891291 85894414 RP11-439K3.3; ENSG00000172159.10 chr9 37002694 37008037 RP11-297B17.3; ENSG00000196092.7 chr9 79791672 79792910 RP11-470P4.2; ENSG00000197969.6 chr9 36856552 36861372 RP11-344B23.2; ENSG00000196092.7 chr9 35756709 35757937 RP11-112J3.15; ENSG00000107185.8 chr9 35646267 35647096 RP11-331F9.4; ENSG00000137101.6 chr9 79379352 79402485 PCA3; ENSG00000106772.11 chr9 77567884 77611209 RP11-197P3.4; ENSG00000156017.8 chr9 77100467 77114043 RP11-171A24.3; ENSG00000198963.5 chr9 35096375 35098138 RP11-182N22.8; ENSG00000165282.8 chr9 73340956 73345772 RP11-141J10.2; ENSG00000083067.15 chr9 34665662 34681295 RP11-195F19.9; ENSG00000187186.10 chr9 73322963 73327779 RP11-141J10.1; ENSG00000083067.15 chr9 34568013 34582827 RP11-296L22.4; ENSG00000122756.10 chr9 72768050 72790804 RP11-195E11.3; ENSG00000165072.9 chr9 34521525 34524239 RP11-296L22.8; ENSG00000168913.5 chr9 72702213 72728782 RP11-195E11.2; ENSG00000165072.9 chr9 34084330 34096676 RP11-537H15.3; ENSG00000198876.7 chr9 72087382 72109429 RP11-470P21.2; ENSG00000107282.4 chr9 33983643 33984662 RP11-176F3.8; ENSG00000137073.14 chr9 33909913 33911120 RP11-176F3.7; ENSG00000107341.4 chr9 97320996 97330312 RP11-342C23.4; ENSG00000130957.4 chr9 71437319 71458191 RP11-203L2.4; ENSG00000107242.11 chr9 71012849 71014187 RP11-88I18.2; ENSG00000154330.6 chr9 33785948 33799911 RP11-133O22.6; ENSG00000010438.11 chr9 95571670 95650975 ANKRD19P; ENSG00000127081.9 chr9 70970105 70972768 RP11-561O23.6; ENSG00000154330.6 chr9 86893134 86905046 RP11-380F14.2; ENSG00000197506.6 chr9 lncRNA gene Protein-coding gene − + + − + − + + + − + + − + + + − + − + + + + + − + + + + + − + − + + + − + − − − + − ) contd ( ENSG00000224958.1 chr9 ENSG00000234665.1 chr9 ENSG00000237587.1 chr9 ENSG00000231391.1 chr9 ENSG00000235283.2 chr9 ENSG00000233262.1 chr9 ENSG00000255872.3 chr9 ENSG00000235298.1 chr9 ENSG00000231616.1 chr9 ENSG00000226877.1 chr9 ENSG00000255872.3 chr9 ENSG00000245608.1 chr9 ENSG00000254473.1 chr9 ENSG00000255872.3 chr9 ENSG00000237529.1 chr9 ENSG00000250850.2 chr9 ENSG00000231373.1 chr9 ENSG00000232998.1 chr9 ENSG00000258885.1 chr9 ENSG00000228843.1 chr9 ENSG00000231393.1ENSG00000227933.1 chr9 chr9 ENSG00000225937.1 chr9 ENSG00000203321.2 chr9 ENSG00000244846.1ENSG00000224825.1 chr9 chr9 ENSG00000234181.1 chr9 ENSG00000223966.1 chr9 ENSG00000230074.1 chr9 ENSG00000232086.1 chr9 ENSG00000237159.1 chr9 ENSG00000204706.6 chr9 ENSG00000230729.1 chr9 ENSG00000237778.1 chr9 ENSG00000228352.1 chr9 ENSG00000229312.1 chr9 ENSG00000235983.1 chr9 ENSG00000230925.1 chr9 ENSG00000231806.1 chr9 ENSG00000236733.1 chr9 ENSG00000233178.1 chr9 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000235481.1 chr9 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000187984.7 chr9

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 9748898397861336 9784944198637900 9807999198997588 C9orf3; 9877684299252523 FANCC; 9906443499690592 C9orf102; 99382112 HSD17B3; 99704572 CDC14B; FAM22G; 116207011 116360018 RGS3; 119187504 120177348 ASTN2; 119187504 120177348 ASTN2; 118916083 119164601 PAPPA; 118916083 119164601 PAPPA; 118916083 119164601 PAPPA; 117904097 118164923 DEC1; 115142217 115234690 HSDL2; 114659046 114697649 UGCG; 114312002 114362135 PTGR1; 112403068 112713755 PALM2; 123940415 123985292 RAB14; 123970075 124095121 GSN; 123970075 124095121 GSN; 124329336 124547809 DAB2IP; 125390858 125391852 OR1B1; 126141933 126692431 DENND1A; 100000765 100140806 C9orf174; 130469268 130478281 C9orf117; 126141933 126692431 DENND1A; 100263462 100364023 TMOD1; 130469268 130478281 C9orf117; 126773889 126795442 LHX2; 100395908 100436030 NCBP1; 130478345 130493879 TTC16; 127019885 127115586 NEK6; 100745638101569981 100778225 101612363 ANP32B; GALNT12; 127279888 127533589 NR6A1; 102668915 102732618 STX17; 127279888 127533589 NR6A1; 104235453 104295819 C9orf125; 128199672 128469513 MAPKAP1; 107543283109625378 107690518 109775915 ABCA1; ZNF462; 129677053 129985445 RALGPS1; 130374540 130457460 STXBP1; − − − + + + + + + − + − + − − + + − + + − + + + + + + + + + + − + + − − − − − + + + + 9787599098520892 9787674399008744 9863825999265149 RP11-80I15.4; 9901267599660348 C9orf130; 99265812 RP11-240L7.4; ENSG00000158169.6 99711867 RP11-172F4.5; ENSG00000130948.5 RP11-330M2.7; chr9 ENSG00000182150.9 ENSG00000081377.12 ENSG00000188152.6 chr9 chr9 chr9 chr9 97690833 97697228 RP11-54O15.3; ENSG00000148120.9 chr9 119330728 119348607 RP11-67K19.3; ENSG00000148219.12 chr9 119266562 119324572 RP11-264C15.2; ENSG00000148219.12 chr9 119050897 119080968 RP11-45A16.4; ENSG00000182752.7 chr9 119048108 119051048 RP11-45A16.3; ENSG00000182752.7 chr9 118969286 118970488 RP11-58C3.2; ENSG00000182752.7 chr9 118014817 118016530 RP11-445L6.3; ENSG00000173077.10 chr9 116332470 116352299 RP11-168K11.2; ENSG00000138835.17 chr9 101609511 101634560 RP11-92C4.3; ENSG00000119514.5 chr9 115196096 115246906 RP11-32M23.4; ENSG00000119471.10 chr9 114680537 114681204 RP11-570D4.2; ENSG00000148154.5 chr9 114336472 114337707 RP11-16L21.7; ENSG00000106853.11 chr9 109737114112522640 109865269 112534323 RP11-508N12.2; RP11-406O23.2; ENSG00000148143.8 ENSG00000243444.3 chr9 chr9 123970072 124027464 RP11-477J21.5; ENSG00000119396.6 chr9 124042141 124045008 RP11-477J21.6; ENSG00000148180.9 chr9 124053715 124057566 AL513122.1; ENSG00000148180.9 chr9 124337170 124338493 RP11-524G24.2; ENSG00000136848.12 chr9 125372194 125401964 RP11-64P14.7; ENSG00000171484.3 chr9 126254163 126255435 RP11-230L22.4; ENSG00000119522.11 chr9 100000046 100000960 RP11-498P14.5; ENSG00000197816.8 chr9 130455257 130477926 RP11-56D16.2; ENSG00000160401.9 chr9 126498716 126514220 RP11-417B4.2; ENSG00000119522.11 chr9 100275319 100278620 RP11-244N9.6; ENSG00000136842.8 chr9 130478259 130487111 RP11-56D16.8; ENSG00000160401.9 chr9 126793903 126794803 RP11-85O21.5; ENSG00000106689.5 chr9 100396797 100398333 RP11-244N9.4; ENSG00000136937.7 chr9 130478259 130487111 RP11-56D16.8; ENSG00000167094.10 chr9 127021529 127023435 RP11-121A14.2; ENSG00000119408.11 chr9 100748833 100749938 RP11-535C21.3; ENSG00000136938.7 chr9 127420746 127460910 MIR181A2HG; ENSG00000148200.11 chr9 102677359 102692178 RP11-60I3.4; ENSG00000136874.6 chr9 127532402 127535206 RP11-175D17.3; ENSG00000148200.11 chr9 104230721 104243784 RP11-490D19.6; ENSG00000165152.4 chr9 128329858 128335302 RP11-12A16.3; ENSG00000119487.11 chr9 107689834 107691173 RP11-217B7.2; ENSG00000165029.11 chr9 129976314 129984186 RP13-225O21.2; ENSG00000136828.13 chr9 130455257 130477926 RP11-56D16.2; ENSG00000136854.12 chr9 lncRNA gene Protein-coding gene + + − + − − − − + − + + − + + − − − − + − − − − − − − − + − − − + + − + + + − − − − − ) contd ( ENSG00000244498.1 chr9 ENSG00000230894.1 chr9 ENSG00000239593.1 chr9 ENSG00000229105.1 chr9 ENSG00000248233.1 chr9 ENSG00000244757.1 chr9 ENSG00000229854.1 chr9 ENSG00000226604.2 chr9 ENSG00000234156.1 chr9 ENSG00000224684.1 chr9 ENSG00000237336.1 chr9 ENSG00000229065.1ENSG00000175611.6 chr9 ENSG00000232283.1 chr9 ENSG00000234687.1 chr9 ENSG00000249044.1 chr9 ENSG00000203279.2 chr9 chr9 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000224764.1 chr9 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000230826.1 chr9 ENSG00000228174.1 chr9 ENSG00000242194.1 chr9 ENSG00000234921.1 chr9 ENSG00000231521.1 chr9 ENSG00000234692.1 chr9 ENSG00000242194.1 chr9 ENSG00000235204.1 chr9 ENSG00000236896.1 chr9 ENSG00000237073.1 chr9 ENSG00000224020.1 chr9 ENSG00000238264.1ENSG00000254571.1 chr9 chr9 ENSG00000251540.1 chr9 ENSG00000236643.1 chr9 ENSG00000225376.1 chr9 ENSG00000203564.2 chr9 ENSG00000227068.1 chr9 ENSG00000226334.1 chr9 ENSG00000224644.1 chr9 ENSG00000228487.1 chr9 ENSG00000230782.1ENSG00000232939.1 chr9 chr9 ENSG00000248666.1 chr9 ENSG00000248666.1 chr9

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 320130 735683 DIP2C; 320130 735683 DIP2C; 320130 735683 DIP2C; 10648471085848 1071799 1095110 IDI2; IDI1; 1228073 1779670 ADARB2; 140119087 140120763 C9orf169; 140500106 140509812 ARRDC1; 140145713 140147934 C9orf173; 139607022139690790 139618502139694818 139704494 FAM69B; 139942550 139735639 KIAA1984; 139956581 139948497 C9orf86; 139956581 139965040 ENTPD2; 139965040 C9orf140; 140122018 C9orf140; 140124090 RNF224; 139388896139553308 139440314 139567130 NOTCH1; EGFL7; 134735494135937365 134955295135973107 135947248 MED27; 136028340 136039301 CEL; 136039332 RALGDS; GBGT1; 138898383 138987131 NACC2; 134378289 134399193 POMT1; 136897963138391830 136933657 138396519 BRD3; MRPS2; 133777825134000948 133814673134000948 134110057 FIBCD1; 134110057 NUP214; NUP214; 136501482 136524466 DBH; 130702858130830480 130742812131217466 130871524 FAM102A; 131266979 131263239 SLC25A25; 131492065 131304567 ODF2; 131857073 131534693 GLE1; 131937835 131873468 ZER1; 132399171 131940540 CRAT; 132427920 132404444 IER5L; 132649466 132484875 ASB6; 132649466 132805473 PRRX2; 132805473 FNBP1; FNBP1; 136325089 136335970 C9orf7; 130577291 130617035 ENG; − − − + + + + + − − − + + − + − + − − − + − + − + + + − + + + − − − − + − − + − − − − 709498 712562 RP11-809C18.1; ENSG00000151240.9 chr10 674578 677195 RP11-809C18.3; ENSG00000151240.9 chr10 483501 487110 RP11-490E15.2; ENSG00000151240.9 chr10 1068606 1090138 IDI2-AS1; ENSG00000148377.5 chr10 10686061568832 1090138 1599179 IDI2-AS1; NCRNA00168; ENSG00000185736.11 ENSG00000067064.6 chr10 chr10 139952115 139956913140118567 RP11-229P13.22;140118567 140122265 ENSG00000186193.7 140122265 BX255925.1; BX255925.1; chr9 ENSG00000197191.3 ENSG00000233198.2 chr9 chr9 138395119 138398293 RP11-426A6.5; ENSG00000122140.6 chr9 131291180 131314689 RP11-216B9.6; ENSG00000119392.10 chr9 140503038 140506038 AL365502.1; ENSG00000197070.9 chr9 139698379139698379 139703300139947226 139703300 RP11-216L13.8; 139947826 RP11-216L13.8;139957987 ENSG00000213213.6 RP11-229P13.15; 139959033 ENSG00000196642.8 ENSG00000054179.6 chr9 RP11-229P13.23;140144671 chr9 ENSG00000186193.7 chr9 140147949 BX255925.2; chr9 ENSG00000197768.6 chr9 139543062139615818 139554873 139622636 RP11-251M1.1; SNHG7; ENSG00000172889.10 chr9 ENSG00000165716.5 chr9 135946515136028340 135947247136028340 136029645 RP11-326L24.4; 136029645 RP11-326L24.7; ENSG00000170835.9 RP11-326L24.7; ENSG00000160271.9 ENSG00000148288.7 chr9 chr9 chr9 139437333 139438287 RP11-413M3.4; ENSG00000148400.9 chr9 134907273 134952977 RP11-32B11.2; ENSG00000160563.8 chr9 138900082 138901544 AL355574.1; ENSG00000148411.3 chr9 134012047134065297 134042795134391945 134069592 RP11-544A12.4; 134397616 RP11-544A12.8; ENSG00000126883.11 RP11-334J6.6; ENSG00000126883.11 chr9 chr9 ENSG00000130714.10 chr9 136919412 136923927 RP11-374P20.4; ENSG00000169925.9 chr9 130853248131231236 130856736 131235291 RP11-379C10.4;131486724 RP11-339B21.9;131860133 ENSG00000148339.8 131495473131939050 ENSG00000136811.9 131862545 RP11-545E17.3;132402755 chr9 131972827 RP11-247A12.1;132475175 chr9 132403561 ENSG00000160445.6 RP11-247A12.2;132677198 ENSG00000095321.10 132480914 RP11-483H20.4;132695815 ENSG00000188483.6 132677715 chr9 RP11-483H20.6; chr9 133809238 ENSG00000148331.7 132698820 RP11-409K20.8; ENSG00000167157.8 chr9 133820907 RP11-409K20.6; ENSG00000187239.10 chr9 RP11-83J21.3; ENSG00000187239.10 chr9 chr9 chr9 ENSG00000130720.6 chr9 136519708 136522435 NCRNA00118; ENSG00000123454.5 chr9 130702574 130703231 RP11-203J24.8; ENSG00000167106.6 chr9 130578345 130584799 RP11-228B15.4; ENSG00000106991.8 chr9 136333982 136335880 RP13-100B2.4; ENSG00000160325.9 chr9 lncRNA gene Protein-coding gene + + + + − − − + + + − − − − − − + + + + − + − − − + − − − + + + + − + + + − + + − + + ) contd ( ENSG00000232656.3 chr10 ENSG00000242357.1 chr10 ENSG00000225140.1 chr10 ENSG00000233021.2 chr10 ENSG00000244951.1 chr9 ENSG00000228544.1ENSG00000228544.1 chr9 ENSG00000236394.1 chr9 ENSG00000229257.1 chr9 ENSG00000231864.1 chr9 ENSG00000244769.1 chr9 ENSG00000244769.1 chr9 ENSG00000256529.1 chr9 chr9 ENSG00000228401.2ENSG00000233016.1 chr9 chr9 ENSG00000228947.1ENSG00000227677.1 chr9 ENSG00000227677.1 chr9 ENSG00000227898.1 chr9 chr9 ENSG00000227512.1 chr9 ENSG00000230940.1 chr9 ENSG00000226706.1ENSG00000251337.1 chr9 chr9 ENSG00000236986.1ENSG00000246851.1 chr9 ENSG00000230289.1 chr9 chr9 ENSG00000235138.1 chr9 ENSG00000230536.1ENSG00000225951.1 chr9 ENSG00000228395.1 chr9 ENSG00000223478.1 chr9 ENSG00000234055.1 chr9 ENSG00000204055.4 chr9 ENSG00000234789.1 chr9 ENSG00000236024.1 chr9 ENSG00000225425.1 chr9 ENSG00000230684.1 chr9 ENSG00000236658.1 chr9 chr9 ENSG00000225756.1 chr9 ENSG00000227218.1 chr9 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000225032.1 chr9 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000232656.3ENSG00000205696.4 chr10 chr10

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 7745232 7791483 ITIH2; 6186881 6277495 PFKFB3; 6052652 6104333 IL2RA; 5931535 5979556 FBXO18; 5726801 5805703 C10orf18; 5566924 5568225 CALML3; 5566924 5568225 CALML3; 5029967 5060207 AKR1C2; 5029967 5060207 AKR1C2; 4934796 5022159 AKR1C1; 3179920 3215003 PITRM1; 11047259 11378666 CELF2; 11047259 11378666 CELF2; 11047259 11378666 CELF2; 11865338 11914276 C10orf47; 12110971 12165224 DHTKD1; 1223796413480484 1229258813685706 13570974 CDC123; 13685706 14504141 BEND7; 14504141 FRMD4A; FRMD4A; 14560556 14816896 FAM107B; 1949277919492779 2007933020105168 20079330 C10orf112; 20569286 C10orf112; PLXDC2; 1368570613685706 1450414113685706 14504141 FRMD4A; 14504141 FRMD4A; FRMD4A; 1488016315137384 1491374015144583 15139318 HSPA14; 15253642 15210692 C10orf111; 16632610 15413061 NMT2; 17270258 16859527 FAM171A1; 17360382 17279592 RSU1; 17686124 17496386 VIM; 18098352 17757913 ST8SIA6; 18240768 18200091 STAM; 18429606 18332221 MRC1; 18429606 18830798 SLC39A12; 18429606 18830798 CACNB2; 18830798 CACNB2; CACNB2; 2106890223556124 2146311623983675 23633774 NEBL; 24836772 C10orf67; KIAA1217; + + + + + − + + + + + − − − + + − − + − − + + + − − − + − − − − + − + + + + + + − − + 7757565 7758692 RP11-264C14.3; ENSG00000151655.12 chr10 6239575 6244656 RP11-414H17.5; ENSG00000170525.12 chr10 6067941 6078390 RP11-536K7.5; ENSG00000134460.9 chr10 5979079 5987863 RP11-536K7.3; ENSG00000134452.12 chr10 5754177 5786030 RP11-336A10.2; ENSG00000108021.13 chr10 5566939 5567705 RP11-116G8.5; ENSG00000178363.3 chr10 5556207 5568209 RP11-116G8.4; ENSG00000178363.3 chr10 5038045 5039572 RP11-499O7.7; ENSG00000151632.11 chr10 5033750 5034174 RP11-69D4.5; ENSG00000151632.11 chr10 5017974 5018398 RP11-69D4.3; ENSG00000187134.7 chr10 3183864 3204580 RP11-298E9.3; ENSG00000107959.9 chr10 11117094 11140436 RP1-33E13.1; ENSG00000048740.10 chr10 11052127 11053082 RP1-251M9.3; ENSG00000048740.10 chr10 11210885 11213339 RP3-323N1.2; ENSG00000048740.10 chr10 11891612 11936699 RP11-401F24.4; ENSG00000148426.6 chr10 14116283 14129604 RP11-397C18.2; ENSG00000151474.13 chr10 12124194 12125895 RP11-348G8.3; ENSG00000181192.7 chr10 1228762713570516 1228984413629006 13572262 RP11-186N15.3;13752415 13697929 RP11-214D15.2; 13754054 ENSG00000151465.7 RP11-295P9.3; ENSG00000165626.11 RP11-295P9.6; chr10 chr10 ENSG00000151474.13 ENSG00000151474.13 chr10 chr10 1999925720359734 20017479 20380713 RP11-354E11.2; RP11-575A19.2; ENSG00000204740.5 ENSG00000120594.9 chr10 chr10 14033815 1404952514694741 RP11-142M10.2; 14703690 ENSG00000151474.13 RP11-7C6.1; chr10 ENSG00000065809.8 chr10 13771383 13798200 RP11-353M9.1; ENSG00000151474.13 chr10 1488563015139236 1488674715139236 15181817 RP11-398C13.4;15279491 15181817 RP11-455B2.7;16763436 15283766 ENSG00000187522.8 RP11-455B2.7;17275324 16765207 RP11-25G10.2;17428935 ENSG00000176236.4 17276832 chr10 RP11-197M22.2;17737708 ENSG00000152465.11 17455502 RP11-124N14.3;18151816 chr10 ENSG00000148468.11 ENSG00000148484.12 17742231 chr10 RP11-414K1.3;18290715 18154400 chr10 ENSG00000026025.8 chr10 RP11-390B4.3;18523097 18299491 RP11-457D2.3;18802044 ENSG00000148488.9 18550123 chr10 RP11-110H10.2;18820778 ENSG00000136738.8 18834580 chr10 RP11-109I13.2;19579152 ENSG00000120586.4 18822265 ENSG00000148482.6 RP11-499P20.2; chr10 19580409 ENSG00000165995.14 chr10 RP11-383B4.4; chr10 ENSG00000165995.14 RP11-49L2.1; chr10 ENSG00000165995.14 chr10 chr10 ENSG00000204740.5 chr10 2363288624536208 23634110 24540350 RP11-371A19.2; RP11-183E9.3; ENSG00000179133.7 ENSG00000120549.10 chr10 chr10 21462943 21463977 RP11-565H13.2; ENSG00000078114.13 chr10 lncRNA gene Protein-coding gene − − − − − − + − − − + + + − − − + + − − − + + + + + + − + + + + − + − − − − − − − + − ) contd ( ENSG00000228027.1 chr10 ENSG00000237986.1 chr10 ENSG00000227546.1 chr10 ENSG00000230322.1 chr10 ENSG00000213994.3 chr10 ENSG00000225778.1 chr10 ENSG00000229664.1 chr10 ENSG00000229098.1 chr10 ENSG00000232807.1 chr10 ENSG00000228302.1ENSG00000227175.1 chr10 ENSG00000239665.1 chr10 ENSG00000225112.1 chr10 ENSG00000234091.1 chr10 chr10 ENSG00000226647.1 chr10 ENSG00000256462.1 chr10 ENSG00000205488.3 chr10 ENSG00000224251.1 chr10 ENSG00000226198.1 chr10 ENSG00000224115.1 chr10 ENSG00000233968.1ENSG00000238246.1 chr10 ENSG00000231920.1 chr10 chr10 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000237399.1 chr10 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000229751.1ENSG00000235410.1 chr10 ENSG00000236495.1 chr10 chr10 ENSG00000235177.1ENSG00000241107.1 chr10 ENSG00000241107.1 chr10 ENSG00000232739.1 chr10 ENSG00000225213.1 chr10 ENSG00000234961.1 chr10 ENSG00000204832.5 chr10 ENSG00000229190.1 chr10 ENSG00000235637.1 chr10 ENSG00000226083.1 chr10 ENSG00000235020.1 chr10 ENSG00000240291.1 chr10 ENSG00000225527.1 chr10 ENSG00000227734.1 chr10 chr10 ENSG00000224215.1ENSG00000228508.1 chr10 chr10

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 55562531 57387702 PCDH15; 55562531 57387702 PCDH15; 52750945 54058110 PRKG1; 52750945 54058110 PRKG1; 45406648 45432450 TMEM72; 44139307 44144304 ZNF32; 44139307 44144304 ZNF32; 44139307 44144304 ZNF32; 52750945 54058110 PRKG1; 38091751 38147034 ZNF248; 52065346 52384795 SGMS1; 35415719 35501886 CREM; 50663414 50747584 ERCC6; 33466420 33625190 NRP1; 50339199 50342053 FAM170B; 33466420 33625190 NRP1; 50226490 50323554 VSTM4; 33189247 33294720 ITGB1; 49892921 50191001 WDFY4; 32556679 32667726 EPC1; 49892921 50191001 WDFY4; 32556679 32667726 EPC1; 49892921 50191001 WDFY4; 32556679 32667726 EPC1; 47191844 47239738 AGAP10; 32556679 32667726 EPC1; 31607747 31821599 ZEB1; 4695276247083534 46971400 47088320 SYT15; PPYR1; 30895152 30918691 LYZL2; 46897641 46939148 FAM35B; 29746267 30025710 SVIL; 45869661 45941561 ALOX5; 28821422 28909928 WAC; 45495923 45500774 ZNF22; 61788159 62493248 ANK3; 27961803 28034778 MKX; 26726706 26856732 APBB1IP; 45406648 45432450 TMEM72; 61005890 61122939 FAM13C; 25463991 25891155 GPR158; 45454855 45490172 RASSF4; 55562531 57387702 PCDH15; − − + + + − − − + − − + − − − − − − + − + − + − − − + − + − + − + + + − − + + − + + − 47011753 47174018 XXyac-YR14BB7.1; ENSG00000204174.2 chr10 28811581 28821672 RP11-164A7.1; ENSG00000095787.14 chr10 57228087 57228982 RP11-598C10.2; ENSG00000150275.12 chr10 56245990 56415811 RP11-257I14.1; ENSG00000150275.12 chr10 53990519 54073888 RP11-573I11.2; ENSG00000185532.8 chr10 53004654 53005566 RP11-40C11.2; ENSG00000185532.8 chr10 45306472 45455137 RP11-18M11.2; ENSG00000187783.7 chr10 44141390 44143467 ZNF32OS2; ENSG00000169740.8 chr10 44139320 44140495 ZNF32OS1; ENSG00000169740.8 chr10 44124265 44170151 C10orf44; ENSG00000169740.8 chr10 52822339 52828313 RP11-96B5.3; ENSG00000185532.8 chr10 38146668 38148038 RP11-162G10.5; ENSG00000198105.7 chr10 52232574 52234006 RP11-512N4.2; ENSG00000198964.5 chr10 35386934 35415948 RP11-297A16.2; ENSG00000095794.14 chr10 50627323 50680949 RP11-123B3.2; ENSG00000225830.5 chr10 33608520 33609590 RP11-90B22.2; ENSG00000099250.10 chr10 50329884 50359592 RP11-507P23.3; ENSG00000172538.6 chr10 33500205 33502732 RP11-342D11.2; ENSG00000099250.10 chr10 50192609 50226942 RP11-523O18.1; ENSG00000165633.6 chr10 33247773 33371030 RP11-462L8.1; ENSG00000150093.13 chr10 50184597 50186927 RP11-523O18.5; ENSG00000128815.11 chr10 32636325 32663416 RP11-135A24.2; ENSG00000120616.11 chr10 50092000 50143258 RP11-523O18.7; ENSG00000128815.11 chr10 32635427 32636107 RP11-135A24.4; ENSG00000120616.11 chr10 50042957 50044714 RP11-563N6.4; ENSG00000128815.11 chr10 32570614 32571757 RP11-166N17.3; ENSG00000120616.11 chr10 47186203 47192185 RP11-144G6.4; ENSG00000204172.7 chr10 32555217 32558039 RP11-166N17.1; ENSG00000120616.11 chr10 31596658 31608810 ZEB1-AS1; ENSG00000148516.14 chr10 46951472 46966835 RP11-38L15.3; ENSG00000204176.7 chr10 30918477 30918992 RP11-14C22.5; ENSG00000151033.6 chr10 46937463 46951699 RP11-38L15.2; ENSG00000165874.6 chr10 29698331 29776674 RP11-534G20.3; ENSG00000197321.8 chr10 45940018 45948569 RP11-67C2.2; ENSG00000012779.5 chr10 45497679 45567036 RP11-285G1.8; ENSG00000165512.4 chr10 61815632 61820501 RP11-388P9.2; ENSG00000151150.13 chr10 28033715 28056723 RP11-360I20.2; ENSG00000150051.7 chr10 26853755 26855838 AL160287.1; ENSG00000077420.9 chr10 45395062 45415668 RP11-285G1.2; ENSG00000187783.7 chr10 61041907 61042595 RP11-443O13.3; ENSG00000148541.8 chr10 25447001 25465205 RP11-80K21.1; ENSG00000151025.8 chr10 45306472 45455137 RP11-18M11.2; ENSG00000107551.13 chr10 57265979 57272977 RP11-598C10.1; ENSG00000150275.12 chr10 lncRNA gene Protein-coding gene + + + − − − + + + − + + − + + + + + + − + − + − + − + + − + + − + − − − + + − − + − − ) contd ( ENSG00000228048.1 chr10 ENSG00000223800.1 chr10 ENSG00000234173.1 chr10 ENSG00000236671.1 chr10 ENSG00000224812.1 chr10 ENSG00000231132.1 chr10 ENSG00000224812.1 chr10 ENSG00000230565.1 chr10 ENSG00000226245.1 chr10 ENSG00000223910.1 chr10 ENSG00000223502.1 chr10 ENSG00000236514.1 chr10 ENSG00000225303.1 chr10 ENSG00000230534.1 chr10 ENSG00000235939.1 chr10 ENSG00000228832.1 chr10 ENSG00000234736.1 chr10 ENSG00000238258.1 chr10 ENSG00000226576.1 chr10 ENSG00000229656.2 chr10 ENSG00000233665.1 chr10 ENSG00000229327.1 chr10 ENSG00000241577.1 chr10 ENSG00000233825.1 chr10 ENSG00000237241.1 chr10 ENSG00000226842.1 chr10 ENSG00000250469.1ENSG00000224919.1 chr10 chr10 ENSG00000227253.1 chr10 ENSG00000237036.2 chr10 ENSG00000231187.2 chr10 ENSG00000236181.1 chr10 ENSG00000229227.1 chr10 ENSG00000224597.3 chr10 ENSG00000231964.1 chr10 ENSG00000254635.1 chr10 ENSG00000226937.1 chr10 ENSG00000232682.1 chr10 ENSG00000230500.1 chr10 ENSG00000246873.1 chr10 ENSG00000234504.1 chr10 ENSG00000236556.1 chr10 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000233642.1 chr10 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 77191211 78318978 C10orf11; 77191211 78318978 C10orf11; 77191211 78318978 C10orf11; 6316640164133951 6321320864564516 64431771 TMEM26; 64926981 64568238 ZNF365; 67679719 65225722 ADO; 70320413 69455927 JMJD1C; 70980059 70454239 CTNNA3; 70980059 71027315 TET1; 71962587 71027315 HKDC1; 72575717 71993667 HKDC1; 72972327 72640930 PPA1; 73156691 73062621 SGPL1; 74127098 73575702 UNC5B; 74766975 74385899 CDH23; 74927924 74856732 MICU1; 75006946 75004262 P4HA1; 75013517 75036742 FAM149B1; 75013517 75119452 C10orf103; 75135203 75119452 TTC18; 75173834 TTC18; ANXA7; 62629196 62761198 RHOBTB1; 7955054980828792 79686378 81076285 DLG5; ZMIZ1; 78637355 79398353 KCNMA1; 7519618675257296 7525578275404639 75385711 PPP3CB; 75434033 75415830 USP54; 75545383 75457639 SYNPO2L; 75572259 75561551 AGAP5; 75572259 75634343 KIAA0913; 75757872 75634343 CAMK2G; 75910960 75879918 CAMK2G; 76585340 76469061 VCL; 76585340 76792380 ADK; 77039484 76792380 KAT6B; 77161664 KAT6B; ZNF503; 7863735578637355 7939835378637355 79398353 KCNMA1; 78637355 79398353 KCNMA1; 78637355 79398353 KCNMA1; 79398353 KCNMA1; KCNMA1; − + + − − + + + − + + + − − + + − − − − − + − − − − − + − − + + + + − + + + − − − − − 74831101 74833766 RP11-344N10.2; ENSG00000122884.775141191 75143254 chr10 RP11-537A6.9; ENSG00000138279.10 chr10 79114162 79136371 RP11-619F23.2; ENSG00000156113.13 chr10 6409934764553322 6413488665035906 64565647 AC024597.1;68812367 65041994 RP11-436D10.3;70451421 68814786 RP11-444I9.3;70975089 70452698 ENSG00000181915.3 RP11-344A5.1;71025098 ENSG00000138311.11 70992246 RP11-119F7.4;71968555 71027904 chr10 ENSG00000171988.12 chr10 RP11-227H15.4;72622528 ENSG00000183230.9 71969331 RP11-227H15.5;72976981 chr10 ENSG00000138336.7 72626426 ENSG00000156510.9 RP11-367H5.7;73267910 chr10 72977969 ENSG00000156510.9 RP11-432J9.5;74261504 chr10 73271630 chr10 RP11-790G19.2; ENSG00000180817.6 74262714 chr10 NCRNA00223;74998540 ENSG00000166224.12 ENSG00000107731.8 RP11-167P22.3;75007100 chr10 7500315675012549 chr10 ENSG00000107736.13 75008026 chr10 RP11-152N13.12; ENSG00000107745.1075032571 75014107 chr10 RP11-152N13.11; ENSG00000138286.8 chr10 75034698 RP11-152N13.5; ENSG00000236756.3 RP11-537A6.7; chr10 ENSG00000156042.11 chr10 ENSG00000156042.11 chr10 chr10 63212397 63227351 RP11-809M12.1; ENSG00000196932.7 chr10 62732875 62786178 RP11-322C8.2; ENSG00000072422.11 chr10 80703085 80828817 RP11-202P11.1; ENSG00000108175.11 chr10 79542624 79551665 RP13-39P12.3; ENSG00000151208.10 chr10 7525528375413858 7526494075413858 75434477 RP11-137L10.6;75556276 75434477 RP11-464F9.19;75573276 75561157 ENSG00000166348.12 RP11-464F9.19;75601591 75574495 RP11-574K11.16; ENSG00000166317.575855924 chr10 75606370 RP11-574K11.5; ENSG00000172650.776266273 ENSG00000214655.5 75862185 chr10 RP11-574K11.8;76762813 76287606 ENSG00000148660.13 chr10 RP11-178G16.2;76783233 chr10 76784932 ENSG00000148660.13 RP11-46O21.2;77029577 chr10 76784009 ENSG00000035403.10 RP11-77G23.2;77190329 chr10 77133258 RP11-77G23.5; ENSG00000156110.8 chr10 77191346 RP11-399K21.6; ENSG00000156650.7 RP11-399K21.10; chr10 ENSG00000156650.7 ENSG00000165655.12 chr10 ENSG00000148655.8 chr10 chr10 chr10 75255283 75264940 RP11-137L10.6; ENSG00000107758.9 chr10 78042428 78044842 RP11-369F10.3; ENSG00000148655.8 chr10 78197166 78198533 RP11-369F10.2; ENSG00000148655.8 chr10 7866458378737456 7870922178907410 78738351 RP11-443A13.3;79073699 78909858 RP11-443A13.5; 79075452 ENSG00000156113.13 RP11-180I22.2; ENSG00000156113.13 RP11-328K22.1; chr10 ENSG00000156113.13 chr10 ENSG00000156113.13 chr10 chr10 78647802 78663848 RP11-443A13.2; ENSG00000156113.13 chr10 lncRNA gene Protein-coding gene − − + + − − − + − − − + + − − + + + + + − + + + + − + + − − − − + − + − − + + + + + + ) contd ( ENSG00000239604.2ENSG00000238280.1 chr10 ENSG00000230677.1 chr10 ENSG00000225299.1 chr10 ENSG00000228088.1 chr10 ENSG00000229261.1 chr10 ENSG00000231748.1 chr10 ENSG00000230620.1 chr10 ENSG00000237998.1 chr10 ENSG00000237512.1 chr10 ENSG00000223817.1 chr10 ENSG00000226163.1 chr10 ENSG00000237768.1 chr10 ENSG00000244365.1 chr10 ENSG00000249376.1 chr10 ENSG00000227540.1 chr10 ENSG00000249393.1 chr10 ENSG00000233144.1 chr10 ENSG00000221817.2 chr10 chr10 ENSG00000237233.1 chr10 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000227244.1 chr10 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000224596.1 chr10 ENSG00000228748.1 chr10 ENSG00000221817.2ENSG00000234606.1 chr10 ENSG00000234606.1 chr10 ENSG00000236370.1 chr10 ENSG00000224195.1 chr10 ENSG00000229990.1 chr10 ENSG00000228726.1 chr10 ENSG00000232342.1 chr10 ENSG00000234149.1 chr10 ENSG00000227186.1 chr10 ENSG00000226051.2 chr10 ENSG00000236842.1 chr10 chr10 ENSG00000232704.1 chr10 ENSG00000230575.1 chr10 ENSG00000227323.1ENSG00000226911.1 chr10 ENSG00000225497.1 chr10 ENSG00000224500.1 chr10 ENSG00000225652.1 chr10 chr10 ENSG00000236467.1 chr10

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 99116115 99161127 RRP12; 81142081 81205383 ZCCHC24; 89511269 89601100 ATAD1; 91190051 91316398 SLC16A12; 81697496 81742370 SFTPD; 9695395797454774 9698868597620305 9763702397709744 C10orf129; 9779350797803151 ENTPD1; 9779244197951458 C10orf131; 9782062798757795 CC2D2B; 9803133398757795 CCNJ; 9894568399092255 BLNK; 99052413 SLIT1; 9909445899179228 ARHGAP19; 99624757 FRAT2; 99185831 99790585 AL355490.1; CRTAC1; 8183840283635070 8185231383635070 84746723 C10orf57; 84746723 NRG3; NRG3; 9069483190973326 90751147 9117438291342745 ACTA2; 91342745 LIPA; 9140521595753746 9140521595753746 PANK1; 9608814995753746 PANK1; 9608814995753746 PLCE1; 96088149 PLCE1; 96088149 PLCE1; PLCE1; 8735931288727949 8812625088810243 8873067288985205 GRID1; 8885462789419370 C10orf116; 88994912 GLUD1; 89507462 FAM22A; PAPSS2; 102889257102986733 102897545103544200 102989551 TLX1; 103578696 LBX1; MGEA5; 100007447101635334 100028007101948055 101769676 LOXL4; 101992050 101989376 DNMBP; 102288829 102027437 CHUK; 102729275 102309763 CWF19L1; 102756375 102745628 HIF1AN; 102889257 102767593 SEMA4G; 102897545 LZTS2; TLX1; + − − − − + + + + + − − − − − − − − − − − + + + + − + + + − − − − − + + + + − + − + + 81142084 81169030 RP11-342M3.5; ENSG00000165424.6 chr10 9698800097512963 9699090197512963 9784999597512963 RP11-310E22.4; 9784999597512963 RP11-429G19.2; ENSG00000173124.9 9784999597963330 RP11-429G19.2; ENSG00000138185.11 9784999598862513 RP11-429G19.2; chr10 ENSG00000173088.7 97963885 chr10 98862513 RP11-429G19.2; ENSG00000188649.6 9886350499094321 RP11-44D15.2; chr10 ENSG00000107443.10 9886350499160872 RP11-453E2.2; chr10 99102960 chr10 ENSG00000095585.1099160872 RP11-453E2.2; 9917928199625988 ENSG00000187122.9 RP11-452K12.4; chr10 99179281 ENSG00000213390.4 RP11-452K12.7; ENSG00000181274.5 99631337 chr10 RP11-452K12.7; ENSG00000052749.9 chr10 RP11-459F3.6; chr10 ENSG00000224474.2 chr10 ENSG00000095713.9 chr10 chr10 8166465481806616 8171009283983969 8183866883988741 MBL1P; 83988935 RP11-369J21.5; 83992676 RP11-202D18.2; ENSG00000133678.9 C10orf100; ENSG00000185737.6 ENSG00000133661.9 chr10 chr10 chr10 ENSG00000185737.6 chr10 9069244191043394 9069973191215821 9105188291352504 RP11-399O19.5; 9122789791405039 RP11-149I23.3; ENSG00000107796.7 9135258495841707 RP11-168O10.6; 91410424 ENSG00000107798.1195984917 RP11-80H5.8; chr10 ENSG00000152779.11 9586854296039763 RP11-80H5.2; chr10 95987045 chr10 96042918 RP11-429H9.4; ENSG00000152782.11 96043218 RP11-391J2.3; ENSG00000152782.11 chr10 96046828 ENSG00000138193.8 RP11-76P2.2; chr10 RP11-76P2.3; ENSG00000138193.8 chr10 ENSG00000138193.8 chr10 ENSG00000138193.8 chr10 chr10 8736515088725496 8736626388854266 8872915888963610 RP11-93H12.2; 8885674689369920 RP11-96C23.8; 89102369 ENSG00000182771.1189577685 RP11-96C23.7; 89419760 ENSG00000148671.7 RP11-322M19.1; chr10 89605369 ENSG00000148672.6 RP11-57C13.3; ENSG00000184923.6 chr10 CFL1P1; chr10 ENSG00000198682.7 chr10 chr10 ENSG00000138138.8 chr10 100011780 100016332 RP11-34A14.3; ENSG00000138131.3 chr10 102896232102989351 102899468103570752 102992362 RP11-31L23.3; 103571371 RP11-324L3.3; ENSG00000107807.8 RP11-190J1.7; ENSG00000138136.5 chr10 ENSG00000198408.7 chr10 chr10 101686767101949793 101718138101989424 101950504 DNMBP-AS1;102265385 101993757 RP11-316M21.7;102740264 102289638 RP11-316M21.6; ENSG00000107554.10 ENSG00000213341.4102762051 102745371 RP11-411B6.6; ENSG00000095485.11102849078 chr10 102767512 RP11-108L7.4; chr10 chr10 102901023 ENSG00000166135.6 RP11-108L7.7; ENSG00000095539.10 RP11-108L7.11; chr10 ENSG00000107816.11 chr10 ENSG00000107807.8 chr10 chr10 lncRNA gene Protein-coding gene + + + − − − − − + + + + + + + + + + + − − − − − + − − − + + + + + − − − − + − + − − + ) contd ( ENSG00000257638.1ENSG00000229793.1 chr10 chr10 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000235426.1 chr10 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000226688.1ENSG00000226688.1 chr10 ENSG00000226688.1 chr10 ENSG00000226688.1 chr10 ENSG00000233789.1 chr10 ENSG00000234855.1 chr10 ENSG00000234855.1 chr10 ENSG00000225850.1 chr10 ENSG00000231970.1 chr10 ENSG00000231970.1 chr10 ENSG00000239666.1 chr10 ENSG00000230928.1 chr10 chr10 ENSG00000227695.1ENSG00000236308.1 chr10 ENSG00000227492.1 chr10 ENSG00000255339.2 chr10 ENSG00000236662.1 chr10 ENSG00000224915.1 chr10 ENSG00000236311.1 chr10 ENSG00000226740.1 chr10 chr10 ENSG00000242600.2ENSG00000230091.1 chr10 ENSG00000229458.2 chr10 ENSG00000225738.2 chr10 chr10 ENSG00000180139.7ENSG00000232110.1 chr10 ENSG00000234452.1 chr10 ENSG00000235344.1 chr10 ENSG00000232936.1 chr10 ENSG00000232913.1 chr10 ENSG00000228553.1 chr10 ENSG00000241714.1 chr10 ENSG00000229130.2 chr10 ENSG00000234026.1 chr10 chr10 ENSG00000234942.1ENSG00000233165.1 chr10 ENSG00000240475.1 chr10 ENSG00000223482.1 chr10 ENSG00000196566.2 chr10 ENSG00000223820.5 chr10 chr10

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 111967363 112047123 MXI1; 112257596 112271302 DUSP5; 112631565114133776 112659764114133776 114188138 PDCD4; 114206756 114188138 ACSL5; 114710009 114578503 ACSL5; 115438942 114927437 VTI1A; 118430703 115490662 TCF7L2; 118502085 CASP7; HSPA12A; 118609023 118671297 ENO4; 119000604119301955 119038941119302779 119309441 SLC18A2; 119764427 119307679 EMX2; 119764427 119806114 AC005871.1; 119806114 RAB11FIP2; RAB11FIP2; 104209574104590288 104216054105206543 104597290 C10orf95; 105213144 105212660 CYP17A1; 105253736 105218645 CALHM2; 106071894 105352309 CALHM1; 106400859 106098162 NEURL; 107024993 ITPRIP; SORCS3; 103585731103585731 103603677103989943 103603677 KCNIP2; 104001231 KCNIP2; PITX3; 131265448131633547 131566271132890654 131762538 MGMT; 133109984 EBF3; TCERG1L; 128593978128593978 129250781129705325 129250781 DOCK1; 129884119 DOCK1; PTPRE; 125465729126150403 125699783126307861 126306457 CPXM2; 126630692 126432838 LHPP; 127265091 126676758 FAM53B; 127408084 127371713 ZRANB1; 127408084 127452712 C10orf122; 127585108 127452712 C10orf137; 127698161 C10orf137; FANK1; 120789228120967101 120793854121410882 121215131 NANOS1; 123499939 121437331 GRK5; 123688316 BAG3; ATE1; − − − − + − + + + − − − + + + + + + − + + − − + + + − − + + + − + − + − + + + + + + − 498B4.5; ENSG00000165868.7 chr10 − 118999111 119001434 RP11-501J20.5; ENSG00000165646.7 chr10 111967608 111968349 RP11-549L6.3; ENSG00000119950.14 chr10 112257757 112258300 RP11-525A16.4; ENSG00000138166.4 chr10 112629626 112631991 RP11-313D6.4; ENSG00000150593.11 chr10 114166052114172053 114169252114431571 114179765 RP11-324O2.3;114710405 114437578 RP11-324O2.4;115470440 114711634 ENSG00000197142.6 RP11-25C19.3;118429614 115479091 ENSG00000197142.6 RP11-57H14.2;118592512 chr10 118432250 ENSG00000151532.9 RP11-211N11.5; chr10 118609716 ENSG00000148737.11 RP11 ENSG00000165806.12 chr10 RP11-539I5.1; chr10 chr10 ENSG00000188316.8 chr10 119232726119232726 119304579119776998 119304579 EMX2OS;119805790 119804868 EMX2OS; 119969663 RP11-354M20.3; CASC2; ENSG00000107560.6 ENSG00000170370.8 ENSG00000258614.1 chr10 chr10 chr10 ENSG00000107560.6 chr10 128811765 128814220 RP11-223P11.2; ENSG00000150760.8 chr10 104592478105212603 104594273105212603 105222452 CYP17A1OS;105239360 105222452 RP11-225H22.4;106083127 105277150 RP11-225H22.4; ENSG00000148795.4 ENSG00000138172.6106424368 106086762 RP11-225H22.5; ENSG00000185933.6 106425974 RP11-127L20.3; chr10 chr10 ENSG00000107954.6 RP11-483B5.3; chr10 ENSG00000148841.10 chr10 chr10 ENSG00000156395.8 chr10 103596053103973720 103599032104209595 104016874 AC010789.1; 104216051 RP11-242B12.5; AL121928.1; ENSG00000107859.5 ENSG00000120049.12 chr10 chr10 ENSG00000120055.4 chr10 131702617132893481 131703216 132894040 RP11-234G16.2; RP11-462G8.3; ENSG00000108001.8 ENSG00000176769.9 chr10 chr10 103578835 103588536 RP11-190J1.10; ENSG00000120049.12 chr10 131498980 131499526 RP11-109A6.2; ENSG00000170430.9 chr10 128823205129727640 128824687 129732781 RP11-223P11.3; RP11-4C20.3; ENSG00000150760.8 chr10 ENSG00000132334.11 chr10 125536186126305649 125537265126392194 126480296 RP11-391M7.3;126633773 126402489 RP11-12J10.3;127262940 ENSG00000121898.6 126635001 RP11-464O2.2;127389005 127267014 RP11-298J20.3; ENSG00000107902.9 chr10 127433296 127408135 ENSG00000189319.9 RP11-118H17.1;127660757 ENSG00000019995.6 127439035 chr10 RP11-383C5.4; ENSG00000175018.8 chr10 127661695 RP11-383C5.7; chr10 ENSG00000107938.12 RP11-295J3.2; chr10 ENSG00000107938.12 chr10 ENSG00000203780.5 chr10 chr10 120789351121094144 120790661121430230 121095542 RP11-498J9.4;123687827 121484200 RP11-79M19.2; 123711480 RP11-179H18.8; ENSG00000188613.5 ENSG00000198873.8 RP11-500G22.2; ENSG00000151929.5 chr10 ENSG00000107669.12 chr10 chr10 chr10 lncRNA gene Protein-coding gene + + + − + − − − + + + − + + + − − − − − − + − − − − − − + + + − + − + − − − − − − − + ) contd ( ENSG00000203886.4ENSG00000234699.1 chr10 ENSG00000234699.1 chr10 ENSG00000235470.1 chr10 ENSG00000228261.1 chr10 ENSG00000226387.1 chr10 ENSG00000228417.1 chr10 chr10 ENSG00000225461.1 chr10 ENSG00000248959.1ENSG00000259127.1 chr10 ENSG00000245773.2 chr10 chr10 ENSG00000203497.2 chr10 ENSG00000234440.1ENSG00000230098.1 chr10 chr10 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000226009.1 chr10 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000237224.1 chr10 ENSG00000232934.1ENSG00000233346.1 chr10 ENSG00000233340.1 chr10 ENSG00000233547.1 chr10 ENSG00000234393.1 chr10 ENSG00000232767.1 chr10 ENSG00000225302.1 chr10 chr10 ENSG00000225936.1 chr10 ENSG00000223528.1ENSG00000232259.1 chr10 chr10 ENSG00000229847.2ENSG00000229847.2 chr10 ENSG00000231104.1 chr10 ENSG00000177640.11 chr10 chr10 ENSG00000231138.1ENSG00000258539.1 chr10 ENSG00000233334.1 chr10 ENSG00000226899.1 chr10 ENSG00000237675.1 chr10 ENSG00000224023.5 chr10 ENSG00000236991.1 chr10 ENSG00000233409.1 chr10 ENSG00000232935.1 chr10 chr10 ENSG00000230139.1ENSG00000236426.1 chr10 ENSG00000224489.1 chr10 ENSG00000226864.1 chr10 chr10

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 842808 867116 TSPAN4; 832843 839831 CD151; 826144 831991 EFCAB4A; 818902 825573 PNPLA2; 644233 706715 DEAF1; 554855 560779 C11orf35; 448268 491393 PTDSS2; 307631 315272 IFITM2; 167784 207428 BET1L; 167784 207428 BET1L; 4115937 4223759 RRM1; 12442961575274 1284402 1593150 MUC5B; DUSP8; 1605572 1606513 KRTAP5-1; 1618409 1619524 KRTAP5-2; 56179465617955 5665628 5665628 TRIM34; TRIM6-TRIM34; 1773982 1785222 CTSD; 196850823974072425745 2005752 2418627 MRPL23; 2444275 CD81; TRPM5; 6128914 6130065 OR56B4; 2465914 2870221 KCNQ1; 534496154106075423827 53736765443341 5411664 OR51B6; 5474638 5424777 OR51M1; 5509915 5444436 OR51J1; 5602107 5475707 OR51Q1; 5510979 OR51I2; 5603114 OR52D1; OR52B6; 29656613248883 3013607 NAP1L4; 3875757 3253616 MRGPRE; 4114439 STIM1; 24659143022152 2870221 KCNQ1; 3360491 3078843 CARS; 3400448 ZNF195; 5617339 5634188 TRIM6; 132890654133918175 133109984134351324 133998313 TCERG1L; 134884433 134596984 JAKMIP3; 135121979 134945179 INPP5A; 135160650 135166033 GPR123; 135166187 ZNF511; PRAP1; + + − + + + − − − − + + − − + + − + + − − + + + + + + + + + + + + + + − − + + − − + + 856880 859795 RP11-1391J7.1; ENSG00000214063.6 chr11 823634 832883 AP006621.8; ENSG00000177697.12 chr11 823634 832883 AP006621.8; ENSG00000177685.10 chr11 823634 832883 AP006621.8; ENSG00000177666.11 chr11 665910 678391 RP11-754B17.1; ENSG00000177030.10 chr11 557595 560107 RP11-496I9.1; ENSG00000185522.4 chr11 462930 463899 RP13-317D12.3; ENSG00000174915.7 chr11 310139 311141 RP11-326C3.7; ENSG00000185201.10 chr11 203623 205470 RP11-304M2.5; ENSG00000177951.12 chr11 129279 186136 RP11-304M2.3; ENSG00000177951.12 chr11 1263526 1269227 RP11-532E4.2; ENSG00000117983.12 chr11 1592583 1620414 RP13-25N22.1; ENSG00000184545.6 chr11 1592583 1620414 RP13-25N22.1; ENSG00000205869.2 chr11 1592583 1620414 RP13-25N22.1; ENSG00000205867.2 chr11 559355255935526129365 5646126 5646126 AC015691.13; 6206806 AC015691.13; RP11-290F24.3; ENSG00000258659.1 ENSG00000258588.1 ENSG00000180919.3 chr11 chr11 chr11 1781578 1783716 AC068580.6; ENSG00000117984.8 chr11 2004467 2011150 AC051649.7; ENSG00000214026.6 chr11 234997924257452696556 2399222 2429138 AC129929.5; 2721224 AC124057.5; KCNQ1OT1; ENSG00000110651.6 ENSG00000070985.8 chr11 ENSG00000053918.10 chr11 chr11 2861365 2882798 AC013791.10; ENSG00000053918.10 chr11 532620653262065326206 55268825326206 5526882 AC104389.28;5326206 5526882 AC104389.28;5326206 5526882 AC104389.28; ENSG00000176239.65593552 5526882 AC104389.28; ENSG00000184698.35593552 chr11 5526882 AC104389.28; ENSG00000184321.1 chr11 5646126 AC104389.28; ENSG00000167360.4 chr11 5646126 AC015691.13; ENSG00000187918.3 chr11 AC015691.13; ENSG00000181609.5 chr11 ENSG00000187747.2 chr11 ENSG00000121236.13 chr11 chr11 29656683247291 2966753 AC131971.3;3875548 3254068 AC109309.4; ENSG00000205531.6 3876739 AC090587.5; chr11 ENSG00000184350.7 chr11 ENSG00000167323.5 chr11 30506243357951 3062490 CTD-2544D21.1;4158346 3361860 ENSG00000110619.12 RP5-1173A5.1; chr11 4159487 ENSG00000005801.11 RP11-23F23.1; chr11 ENSG00000167325.8 chr11 132897968133994729 132903660134596683 133999466 RP11-462G8.2;134898748 134598269 RP11-140A10.3;135159258 ENSG00000176769.9 134900201 RP11-288G11.3; ENSG00000188385.7135159258 135164230 RP13-439H18.4; ENSG00000068383.12 chr10 135164230 chr10 RP11-122K13.7; ENSG00000197177.8 chr10 RP11-122K13.7; ENSG00000198546.9 chr10 ENSG00000165828.8 chr10 chr10 lncRNA gene Protein-coding gene − + − + − − − + + + − − + + − − − − − + − − + − − + − − − − − − − − − − + + − − + + − ) contd ( ENSG00000255177.1 chr11 ENSG00000233930.3 chr11 ENSG00000250397.2 chr11 ENSG00000233930.3 chr11 ENSG00000255108.1 chr11 ENSG00000255108.1 chr11 ENSG00000255108.1 chr11 ENSG00000233930.3 chr11 ENSG00000255158.1 chr11 ENSG00000254815.1 chr11 ENSG00000235027.1 chr11 ENSG00000255237.1 chr11 ENSG00000254910.1 chr11 ENSG00000254559.1 chr11 ENSG00000235010.1ENSG00000234531.2 chr10 ENSG00000256925.1 chr10 ENSG00000226699.1 chr10 ENSG00000226699.1 chr10 ENSG00000255229.1 chr10 chr11 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000223835.1 chr10 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000239920.1ENSG00000254444.1 chr11 chr11 ENSG00000226416.1 chr11 ENSG00000238184.1ENSG00000230483.1 chr11 ENSG00000258492.1 chr11 chr11 ENSG00000229414.2 chr11 ENSG00000167355.3ENSG00000167355.3 chr11 ENSG00000167355.3 chr11 ENSG00000167355.3 chr11 ENSG00000167355.3 chr11 ENSG00000167355.3 chr11 ENSG00000239920.1 chr11 ENSG00000239920.1 chr11 chr11 ENSG00000224636.2 chr11 ENSG00000224513.2 chr11 ENSG00000228661.1 chr11 ENSG00000239920.1 chr11 ENSG00000247473.1 chr11 ENSG00000254592.1 chr11 ENSG00000255276.1 chr11

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 111177.1; 61498406624961 6150706 6632102 AC ILK; 6624961 6632102 ILK; 6634000 6640692 TPP1; 6642554 6677085 DCHS1; 6642554 6677085 DCHS1; 7260099 7490273 SYT9; 7506619 7532608 OLFML1; 7534529 7678358 PPFIBP2; 7749632 7750935 OR10AB1P; 8040791 8127659 TUB; 8714898 8932498 ST5; 8714898 8932498 ST5; 8968841 8986558 TMEM9B; 9041071 9159661 SCUBE2; 9406169 9469673 IPO7; 9481866 9550071 ZNF143; 9800214 10315754 SBF2; 9800214 10315754 SBF2; 9800214 10315754 SBF2; 1129242311292423 1164355212115543 11643552 GALNTL4; 12285334 GALNTL4; MICAL2; 10578513 10633236 LYVE1; 10594638 10715535 MRVI1; 10818597 10830657 EIF4G2; 10833621 10880343 ZBED5; 10833621 10880343 ZBED5; 12695969 12966298 TEAD1; 12695969 12966298 TEAD1; 15987995 16761138 SOX6; 16799842 17035990 PLEKHA7; 18627948 18656338 SPTY2D1; 18725852 18747777 IGSF22; 18749475 18814268 PTPN5; 18955360 18961054 MRGPRX1; 19203578 19232120 CSRP3; 19245610 19263389 E2F8; 19372271 20143144 NAV2; 19372271 20143144 NAV2; 19372271 20143144 NAV2; 19372271 20143144 NAV2; 19372271 20143144 NAV2; + + − − − − − − − + + + − − − − − − − − + + + + + + − − − + + + + + − − − − + + − − − 9511189 9514557 CTD-2371O3.3; ENSG00000166478.5 chr11 6129365 6206806 RP11-290F24.3; ENSG00000180913.2 chr11 6624872 6625650 RP11-732A19.8; ENSG00000166333.9 chr11 6629897 6631366 RP11-732A19.2; ENSG00000166333.9 chr11 6640021 6640995 RP11-732A19.9; ENSG00000166340.9 chr11 6642682 6643553 RP11-732A19.5; ENSG00000166341.5 chr11 6651834 6656439 RP11-732A19.6; ENSG00000166341.5 chr11 7448497 7533746 CTD-2516F10.2; ENSG00000170743.11 chr11 7448497 7533746 CTD-2516F10.2; ENSG00000183801.3 chr11 7590097 7593277 CTD-2516F10.4; ENSG00000166387.6 chr11 7726175 7927502 RP11-494M8.4; ENSG00000176716.2 chr11 8056993 8061265 RP11-236J17.6; ENSG00000166402.4 chr11 8714904 8718154 RP11-152H18.3; ENSG00000166444.12 chr11 8790325 8831778 RP11-318C2.1; ENSG00000166444.12 chr11 8986222 8999074 RP11-318C2.5; ENSG00000175348.6 chr11 9025709 9086701 RP11-467K18.2; ENSG00000175356.8 chr11 9779839 9832866 RP11-540A21.3; ENSG00000133812.10 chr11 9860690 9950810 RP11-1H15.2; ENSG00000133812.10 chr11 1137397311591631 11374854 11595329 RP11-567I13.1; RP11-483L5.1; ENSG00000110328.5 ENSG00000110328.5 chr11 chr11 10562819 10621479 RP11-58H20.3; ENSG00000133800.4 chr11 10562819 10621479 RP11-58H20.3; ENSG00000072952.11 chr11 10804860 10823172 RP11-685M7.5; ENSG00000110321.9 chr11 10830844 10844478 RP11-685M7.3; ENSG00000236287.3 chr11 10879806 10928349 CTD-2003C8.1; ENSG00000236287.3 chr11 1228297312843982 12284720 12845214 RP11-265D17.2; RP11-47J17.3; ENSG00000133816.8 ENSG00000187079.10 chr11 chr11 12942733 12944472 RP11-47J17.2; ENSG00000187079.10 chr11 16044736 16053061 CTD-3096P4.1; ENSG00000110693.11 chr11 17035545 17074583 RP11-466H18.2; ENSG00000166689.9 chr11 18621334 18631802 RP11-504G3.1; ENSG00000179119.9 chr11 18728084 18762115 RP11-1081L13.4; ENSG00000179057.9 chr11 18728084 18762115 RP11-1081L13.4; ENSG00000110786.13 chr11 18956532 18961268 RP11-583F24.8; ENSG00000170255.6 chr11 19218322 19302973 RP11-428C19.4; ENSG00000129170.4 chr11 19218322 19302973 RP11-428C19.4; ENSG00000129173.6 chr11 19524219 19528776 NAV2-AS5; ENSG00000166833.14 chr11 19532437 19541443 NAV2-AS4; ENSG00000166833.14 chr11 20000245 20002883 NAV2-AS3; ENSG00000166833.14 chr11 20065392 20070849 NAV2-AS2; ENSG00000166833.14 chr11 20141230 20142178 NAV2-AS1; ENSG00000166833.14 chr11 10170739 10186656 RP11-748C4.1; ENSG00000133812.10 chr11 lncRNA gene Protein-coding gene − − + + + + + + − − − + + + + + + + + − − − − − − + + + − − − − − + + + + − + + + + ) contd ( Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000254444.1 chr11 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000254400.1 chr11 ENSG00000177112.3 chr11 ENSG00000255125.1 chr11 ENSG00000246308.1 chr11 ENSG00000247271.2 chr11 ENSG00000255351.1ENSG00000255462.1 chr11 ENSG00000254680.1 chr11 ENSG00000254688.1 chr11 chr11 ENSG00000203258.3 chr11 ENSG00000254878.1 chr11 ENSG00000184669.6 chr11 ENSG00000247595.2 chr11 ENSG00000254966.1 chr11 ENSG00000254966.1 chr11 ENSG00000255244.1 chr11 ENSG00000255308.1 chr11 ENSG00000255308.1 chr11 ENSG00000255043.1 chr11 ENSG00000254622.1 chr11 ENSG00000254542.1 chr11 ENSG00000254641.1 chr11 ENSG00000254453.1 chr11 ENSG00000254894.1 chr11 ENSG00000255680.1 chr11 ENSG00000255390.1 chr11 ENSG00000255410.1 chr11 ENSG00000251364.2 chr11 ENSG00000251364.2 chr11 ENSG00000254864.1 chr11 ENSG00000254951.2 chr11 ENSG00000254921.1 chr11 ENSG00000254665.1 chr11 ENSG00000255159.1 chr11 ENSG00000254860.1 chr11 ENSG00000253973.2 chr11 ENSG00000254397.1 chr11 - 9451903 9455033 CTD-2371O3.2; ENSG00000205339.5 chr11 ENSG00000255180.1 chr11 ENSG00000246273.2 chr11 ENSG00000255476.1 chr11 ENSG00000254865.1 chr11 ENSG00000177112.3 chr11

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 2069111720691117 21597227 21597227 NELL1; NELL1; 45115564 45247734 PRDM11; 45115564 45247734 PRDM11; 2221472222359643 2230490322359643 22401049 ANO5; 22835345 22401049 SLC17A6; 26210829 22851845 SLC17A6; 27062272 26684835 SVIP; 27387508 27149356 ANO3; 27676440 27494322 BBOX1; 30406040 27743605 LGR4; 30406040 30608419 BDNF; 30964749 30608419 MPPED2; 31531297 31391357 MPPED2; 31833939 31805546 DCDC1; 31833939 32127301 ELP4; 31833939 32127301 RCN1; 32409321 32127301 RCN1; 33098734 32457176 RCN1; 33563618 33183917 WT1; 33695648 CSTF3; C11orf41; 3371980735160417 3375799135272753 35253949 CD59; 35272753 35441610 CD44; 36317838 35441610 SLC1A2; 36317838 36486754 SLC1A2; 40135753 36486754 PRR5L; 43333513 41481323 PRR5L; 43380482 43366079 LRRC4C; 43380482 43516483 API5; 43577986 43516483 TTC17; 43902361 43878167 TTC17; 43946892 43941816 HSD17B12; 44585977 43965888 ALKBH3; 44585977 44641913 C11orf96; 44748015 44641913 CD82; 44953972 CD82; TSPAN18; 4590720245950871 4592801646878419 46142985 MAPK8IP1; 46940193 PHF21A; LRP4; 4526185245670427 45307870 45687172 SYT13; CHST1; + + + + + − + + − − − − − + + + + − − + − + − − + + − + + + + + + + + + + + − − + − − 32118689 32126637 RP1-65P5.3; ENSG00000049449.3 chr11 20691971 20692843 RP11-701I24.3; ENSG00000165973.13 chr11 2128160722282755 2128411622305276 22283802 RP11-670N15.1;22382759 22359791 CTD-3064C13.1;22850926 22383840 ENSG00000165973.13 CTD-2140G10.2;26307258 22966939 ENSG00000171714.10 CTD-2140G10.4;27068733 chr11 ENSG00000091664.6 26309554 RP11-17A1.3;27493276 chr11 ENSG00000091664.6 27241660 RP11-430L3.1;27528385 chr11 27503980 RP11-1L12.3;30447099 chr11 27719721 ENSG00000198168.4 RP11-159H22.2;30605677 ENSG00000134343.7 30450815 AC104563.1;31327232 30652055 chr11 ENSG00000205213.8 ENSG00000129151.4 RP4-710M3.2;31658875 chr11 31336095 RP5-1024C24.1;32057527 31789501 chr11 chr11 ENSG00000176697.12 RP1-296L11.1;32074389 ENSG00000066382.11 32062864 ENSG00000066382.11 Z83001.1; chr11 32074806 chr11 RP1-17K7.2;32457064 chr11 ENSG00000188682.7 RP1-17K7.3;33183203 3248031533686766 chr11 33213144 WT1-AS; ENSG00000049449.3 ENSG00000109911.13 33718247 RP11-348A11.4; ENSG00000049449.3 chr11 RP4-541C22.5; chr11 ENSG00000176102.6 chr11 ENSG00000110427.9 ENSG00000184937.8 chr11 chr11 chr11 3373098135231890 3373156835303360 35236532 RP4-541C22.4;35440604 35307556 RP1-68D18.4;36342708 35442549 RP1-68D18.3;36446997 ENSG00000085063.10 36344990 RP4-683L5.1;41416145 36447672 ENSG00000026508.11 chr11 RP11-514F3.4;43350298 41448054 ENSG00000110436.6 RP11-219O3.2;43350298 chr11 43380846 ENSG00000110436.6 RP11-63C8.1;43400432 ENSG00000135362.9 43380846 chr11 RP11-484D2.2;43851259 ENSG00000135362.9 43407221 chr11 RP11-484D2.2;43930842 chr11 43902276 ENSG00000148948.3 RP11-484D2.5;43965337 chr11 ENSG00000166181.8 43942494 RP11-613D13.5;44626058 ENSG00000052841.9 43968756 chr11 RP11-613D13.7;44627720 chr11 ENSG00000052841.9 44626887 ENSG00000149084.7 RP11-613D13.8;44740942 chr11 44629651 ENSG00000166199.8 RP11-58K22.5;45168194 chr11 44758242 chr11 ENSG00000187479.4 RP11-58K22.4; 45236289 chr11 RP11-45A12.2; ENSG00000085117.7 chr11 AC103681.1; ENSG00000085117.7 chr11 ENSG00000157570.7 chr11 ENSG00000019485.7 chr11 chr11 45927492 45928012 RP11-618K13.2; ENSG00000121653.6 chr11 4613812946867963 46138869 46895947 RP11-702F3.1; RP11-411D10.1; ENSG00000135365.11 ENSG00000134569.5 chr11 chr11 4523736645275435 4525684345673079 45276200 CTD-2560E9.3; 45674241 CTD-2560E9.5; RP11-495O11.1; ENSG00000019485.7 ENSG00000019505.3 ENSG00000175264.3 chr11 chr11 chr11 lncRNA gene Protein-coding gene − − − − − + − − + + + + + − − − − + + − + − + + − − + − − − − − − − − − − + + − + + − ) contd ( Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000254906.1 chr11 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000255167.1ENSG00000255372.1 chr11 ENSG00000254768.1 chr11 ENSG00000254540.1 chr11 ENSG00000246225.2 chr11 ENSG00000254819.1 chr11 ENSG00000254560.1 chr11 ENSG00000254862.1 chr11 ENSG00000245573.3 chr11 ENSG00000255480.1 chr11 ENSG00000254489.1 chr11 ENSG00000255525.1 chr11 ENSG00000228061.1 chr11 ENSG00000254584.1 chr11 ENSG00000254836.1 chr11 ENSG00000255252.1 chr11 ENSG00000183242.7 chr11 ENSG00000247151.2 chr11 ENSG00000255202.1 chr11 ENSG00000254549.1 chr11 chr11 ENSG00000255443.1ENSG00000255004.1 chr11 ENSG00000255542.1 chr11 ENSG00000254566.1 chr11 ENSG00000255060.1 chr11 ENSG00000255132.1 chr11 ENSG00000254907.1 chr11 ENSG00000254907.1 chr11 ENSG00000255340.1 chr11 ENSG00000246250.2 chr11 ENSG00000244926.2 chr11 ENSG00000244953.1 chr11 ENSG00000254693.1 chr11 ENSG00000255092.1 chr11 ENSG00000255032.1 chr11 ENSG00000246343.1 chr11 chr11 ENSG00000254653.1ENSG00000247675.2 chr11 chr11 ENSG00000254664.1ENSG00000254497.1 chr11 ENSG00000255091.1 chr11 ENSG00000255498.1 chr11 chr11

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 61116226 61129771 CYBASC3; 48002110 48192393 PTPRJ; 61520114 61555990 C11orf9; 61520114 61555990 C11orf9; 5741256057510990 5741741757510990 57519253 YPEL4; 57791353 57519253 BTBD18; 58601542 57949088 BTBD18; 58672871 58671688 OR9Q1; 58672871 58811000 GLYATL2; 58910221 58811000 GLYATL1; 59404189 58922512 GLYATL1; 59480929 59436471 FAM111A; 59480929 59573354 PATL1; 60609544 59573354 STX3; 60609544 60618554 STX3; 60618554 CCDC86; CCDC86; 5709345957228022 57103351 57245007 SSRP1; RTN4RL2; 6267615163340667 6268927963391559 63384355 CHRM1; 63439393 PLA2G16; ATL3; 4695824047236493 4718593647290712 47260767 C11orf49; 47428683 47357945 DDB2; 47438047 MADD; SLC39A13; 6068134660681346 6069091560691935 60690915 TMEM109; 60704631 TMEM109; 61447905 TMEM132A; 61514473 DAGLA; 6197614062009682 6198140862104920 62012280 SCGB2A1; 62104920 62160882 SCGB1D2; 62172575 62160882 ASRGL1; 62201016 62190667 ASRGL1; 62201016 62323719 SCGB1A1; 62369690 62323719 AHNAK; 62475130 62380237 AHNAK; 62599814 62476673 EML3; 62609281 GNG3; WDR74; 6376603063766030 6393357863870660 63933578 MACROD1; 63886645 MACROD1; FLRT1; − − − + − + + + − + + + + + − + − − − + + + + + + + − + + + + + + + + − − − + − − − + 61111393 61120767 RP11-286N22.3; ENSG00000162144.4 chr11 58701116 58826132 RP11-142C4.6; ENSG00000166840.8 chr11 57811582 57827610 RP11-659P15.1; ENSG00000186509.3 chr11 5748007757509635 57559058 57560715 TMX2-CTNND1;58645775 RP11-691N7.6;58684488 ENSG00000233436.2 58660445 58696162 RP11-780O24.1;58897606 ENSG00000233436.2 chr11 RP11-780O24.2;59383902 58910488 ENSG00000156689.259520488 chr11 59407334 ENSG00000166840.8 AP001258.4;59561584 59522448 chr11 AP000442.1;60603469 59562189 chr11 AP000640.10;60609279 60610438 AP000640.8; ENSG00000166801.11 60618554 RP11-804A23.2; ENSG00000166889.11 chr11 ENSG00000166900.10 RP11-804A23.4; chr11 ENSG00000110104.5 chr11 ENSG00000166900.10 ENSG00000110104.5 chr11 chr11 chr11 5709307757243966 5709543257405497 57245007 RP11-872D17.4; 57420263 RP11-624G17.3; ENSG00000149136.3 AP000662.4; ENSG00000186907.3 chr11 chr11 ENSG00000166793.6 chr11 6338378063405149 63389143 63426434 RP11-697H9.3; RP11-697H9.2; ENSG00000176485.6 ENSG00000184743.8 chr11 chr11 4724176947292208 4724330247404699 47293661 RP11-17G12.2;48035958 47430741 RP11-17G12.3; 48037407 RP11-750H9.5; ENSG00000134574.7 AC103828.1; ENSG00000110514.13 chr11 ENSG00000165915.9 chr11 ENSG00000149177.7 chr11 chr11 47144655 47152352 RP11-390K5.3; ENSG00000149179.8 chr11 6068594160685941 60692869 60692869 RP11-881M11.4;61513965 RP11-881M11.4;61513965 61525127 ENSG00000110108.3 61525127 ENSG00000006118.9 RP11-467L20.10; chr11 RP11-467L20.10; ENSG00000134780.5 chr11 ENSG00000124920.9 chr11 chr11 60680638 60681524 RP11-881M11.1; ENSG00000110108.3 chr11 61535973 61558075 RP11-467L20.9; ENSG00000124920.9 chr11 6198089961980899 6202802162104383 62028021 RP11-703H8.9;62158988 62105562 RP11-703H8.9;62189317 62160844 RP11-703H8.7;62304784 ENSG00000124939.4 62194196 CTD-2531D15.5;62313471 ENSG00000124935.3 62309490 CTD-2531D15.4;62373633 chr11 ENSG00000162174.8 62315171 ENSG00000162174.8 RP11-864I4.3;62457747 chr11 62373877 ENSG00000149021.2 RP11-864I4.4;62599706 chr11 chr11 62494856 RP11-831H9.3;62677018 chr11 62601515 ENSG00000124942.7 RP11-831H9.16; 62685833 ENSG00000124942.7 RP11-727F15.9; ENSG00000149499.6 chr11 ENSG00000162188.5 AP000438.2; chr11 ENSG00000133316.9 chr11 chr11 chr11 ENSG00000168539.3 chr11 6384916263885744 63854647 63886682 RP11-21A7A.4; RP11-21A7A.3; ENSG00000133315.6 ENSG00000126500.3 chr11 chr11 63803442 63871125 RP11-21A7A.2; ENSG00000133315.6 chr11 lncRNA gene Protein-coding gene + + − + − − − + − − − − + − + + + + − − − − − − − + − − − − − − − − − + + + − + + + − ) contd ( ENSG00000254462.1ENSG00000254732.1 chr11 ENSG00000255146.1 chr11 ENSG00000254717.1 chr11 ENSG00000255523.1 chr11 ENSG00000255240.1 chr11 ENSG00000245571.2 chr11 ENSG00000255139.1 chr11 ENSG00000254477.1 chr11 ENSG00000255453.1 chr11 ENSG00000255959.1 chr11 ENSG00000256813.1 chr11 ENSG00000256944.1 chr11 chr11 ENSG00000254662.1ENSG00000255301.1 chr11 ENSG00000254602.1 chr11 chr11 ENSG00000203520.3ENSG00000256789.1 chr11 ENSG00000256824.1 chr11 chr11 ENSG00000256897.1ENSG00000256746.1 chr11 ENSG00000255197.1 chr11 ENSG00000254879.1 chr11 chr11 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000255520.1 chr11 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000256196.1ENSG00000256196.1 chr11 ENSG00000255720.1 chr11 ENSG00000124915.6 chr11 ENSG00000124915.6 chr11 chr11 ENSG00000256428.1 chr11 ENSG00000254404.1ENSG00000254404.1 chr11 ENSG00000255118.1 chr11 ENSG00000255126.1 chr11 ENSG00000255446.1 chr11 ENSG00000250659.2 chr11 ENSG00000257058.1 chr11 ENSG00000254964.1 chr11 ENSG00000234857.2 chr11 ENSG00000256690.1 chr11 ENSG00000257002.1 chr11 chr11 ENSG00000256481.1ENSG00000256341.1 chr11 chr11

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 64011956 64014413 PPP1R14B; 7011680670116806 7023050970116806 70230509 PPFIA1; 70116806 70230509 PPFIA1; 70230509 PPFIA1; PPFIA1; 71139239 71163914 DHCR7; 6399341363997750 63998158 64001758 NUDT22; 64373646 DNAJC4; 64373646 6449066064856796 64490660 NRXN2; 64883875 64879332 NRXN2; 65142663 64885170 C11orf2; 65554493 65151172 ZNHIT2; 65554493 65564690 SLC25A45; 66024765 65564690 OVOL1; 66024765 66035331 OVOL1; 66024765 66035331 KLC2; 66036004 66035331 KLC2; 66045661 66044963 KLC2; 66036004 66052772 RAB1B; 66081958 66044963 CNIH2; 66097713 66084515 RAB1B; 66104804 66104311 CD248; 66234216 66112596 RIN1; 66244808 BRMS1; PELI3; 6624748466432469 6627713067165654 66445392 DPP3; 67195931 67188654 RBM4B; 67370351 67202872 PPP1CA; 67820326 67374177 RPS6KB2; 68771863 67888736 C11orf72; 68816350 68780877 CHKA; 69924408 68858072 MRGPRF; 70049269 70035634 TPCN2; 70053496 ANO1; FADD; 7024451070313961 7028269070313961 70963623 CTTN; 70313961 70963623 SHANK2; 70963623 SHANK2; SHANK2; 7129295671498556 71318487 71512282 AP000867.1; FAM86C1; 71290760 71314399 KRTAP5-11; 71498556 71512282 FAM86C1; + + − − − + − − + + + + + + + + − − − + + − − + − − − + + + + + + + + − − − − + − − + 71159720 71163203 RP11-660L16.2; ENSG00000172893.10 chr11 71511587 71515691 CTD-2313N18.4; ENSG00000158483.11 chr11 6399668664013436 6400182464413871 64015689 RP11-783K16.14;64418767 64427153 RP11-783K16.5;64878186 ENSG00000110011.9 64423783 AP001092.4;64884629 64879167 AP001092.5; ENSG00000173457.665134909 chr11 64884930 AP003068.9;65556522 65142770 chr11 AP003068.12;65563417 ENSG00000110076.13 65558339 RP11-867O8.5;66027038 ENSG00000110076.13 65564690 chr11 RP11-770G2.4;66032248 ENSG00000149823.3 66029305 chr11 ENSG00000174276.5 RP11-770G2.5;66035106 ENSG00000162241.8 66033137 RP11-755F10.3;66037303 chr11 ENSG00000172818.5 66035600 chr11 RP11-867G23.1;66037303 chr11 ENSG00000172818.5 66045996 RP11-867G23.2;66044250 ENSG00000174996.7 chr11 66045996 RP11-867G23.3; ENSG00000174996.766080324 chr11 66044963 RP11-867G23.3; ENSG00000174996.7 chr11 66101965 66086708 chr11 RP11-867G23.4; ENSG00000174903.966101965 66107346 chr11 RP11-867G23.13; ENSG00000174871.666240961 66107346 chr11 RP11-867G23.12; ENSG00000174903.9 ENSG00000174807.3 66247704 chr11 RP11-867G23.12; ENSG00000174791.6 chr11 CTD-3074O7.5; chr11 ENSG00000174744.9 chr11 ENSG00000174516.10 chr11 chr11 63996686 64001824 RP11-783K16.14; ENSG00000149761.3 chr11 6624096166433507 6624770467180162 66435845 CTD-3074O7.5;67198838 67181038 RP11-658F2.8;67372992 67202870 AP003419.15;67818207 ENSG00000254986.2 67374113 AP003419.16;68779899 67821229 ENSG00000173914.5 RP11-655M14.12; chr11 68857484 68785913 ENSG00000172531.9 RP11-802E16.3;70033894 ENSG00000184224.3 chr11 68858431 ENSG00000175634.8 AP003071.1;70052397 70034615 chr11 RP11-554A11.3; ENSG00000110721.670128473 chr11 70053496 chr11 ANO1-AS1;70170977 70209474 chr11 RP11-805J14.5; ENSG00000162341.970204304 ENSG00000172935.7 70173315 AP000487.6;70218352 70204783 chr11 CTA-797E19.2;70218352 chr11 ENSG00000168040.4 70244594 ENSG00000131620.12 AP000487.4;70477199 70244594 AP000487.5; chr11 70492270 chr11 ENSG00000131626.10 ENSG00000131626.10 70481595 AP000487.5;70708895 70493667 chr11 chr11 SHANK2-AS1; ENSG00000131626.10 70711220 SHANK2-AS2; ENSG00000131626.10 chr11 SHANK2-AS3; ENSG00000085733.11 ENSG00000162105.9 chr11 ENSG00000162105.9 chr11 chr11 ENSG00000162105.9 chr11 chr11 71505409 71524905 CTD-2313N18.5; ENSG00000158483.11 chr11 71314250 71319086 RP11-684B2.4; ENSG00000187811.3 chr11 71314250 71319086 RP11-684B2.4; ENSG00000204571.3 chr11 lncRNA gene Protein-coding gene − + + + − + + − − − − − − − − + + + − − − + + − + + + − − − − − − − − + + + + − − + + ) contd ( ENSG00000256116.1ENSG00000256940.1 chr11 ENSG00000237410.1 chr11 ENSG00000228732.1 chr11 ENSG00000254501.1 chr11 ENSG00000255173.1 chr11 ENSG00000255478.1 chr11 ENSG00000255120.1 chr11 ENSG00000255404.1 chr11 ENSG00000254461.1 chr11 ENSG00000254855.1 chr11 ENSG00000254762.1 chr11 ENSG00000245156.1 chr11 ENSG00000245156.1 chr11 ENSG00000254452.1 chr11 ENSG00000254458.1 chr11 ENSG00000254756.1 chr11 ENSG00000254756.1 chr11 ENSG00000255517.1 chr11 ENSG00000255517.1 chr11 chr11 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000256116.1 chr11 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000258297.1ENSG00000255698.1 chr11 ENSG00000255949.1 chr11 ENSG00000255119.1 chr11 ENSG00000255031.1 chr11 ENSG00000256508.1 chr11 ENSG00000249137.2 chr11 ENSG00000254902.1 chr11 ENSG00000254721.1 chr11 ENSG00000254604.1 chr11 ENSG00000255539.1 chr11 ENSG00000254495.1 chr11 ENSG00000246889.2 chr11 ENSG00000246889.2 chr11 ENSG00000226627.1 chr11 ENSG00000236262.1 chr11 ENSG00000171671.6 chr11 ENSG00000254682.1 chr11 chr11 ENSG00000248671.2ENSG00000254978.1 chr11 chr11 ENSG00000255562.1ENSG00000255562.1 chr11 chr11

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 73111532 73309234 FAM168A; 7239611472396114 72504644 72504644 ARAP1; ARAP1; 72396114 72504644 ARAP1; 76571911 76737841 ACER3; 74811608 74917594 SLCO2B1; 7246577473019334 7250521373087309 73080136 STARD10; 73108519 ARHGEF17; RELT; 7338693873386938 7347218273587744 73472182 RAB6A; 73661364 73638790 RAB6A; 73681411 PAAF1; DNAJB13; 7200346972003469 7214569272003469 72145692 CLPB; 72003469 72145692 CLPB; 72287185 72145692 CLPB; 72385635 CLPB; PDE2A; 7157655571713910 7163970071900602 71791739 RP11-849H4.2; 71907345 NUMA1; FOLR1; 7636856876493295 76381791 76509198 LRRC32; 76777979 TSKU; 77532155 76837201 77629478 CAPN5; C11orf67; 7394684674041363 7402270274165886 74109518 P4HA3; 74165886 74178774 PGM2L1; 74202757 74178774 KCNE3; 74518784 74204778 KCNE3; 74660245 LIPT2; 74975226 XRRA1; 75273101 7506287375297963 75283828 ARRB1; 75470557 75380165 SERPINH1; 75470557 75512579 MAP6; 75526212 75512579 DGAT2; 75526212 75854239 DGAT2; 75897369 75854239 UVRAG; 75921803 UVRAG; WNT11; 7753215577726761 7762947877726761 77757237 C11orf67; 77757237 KCTD14; KCTD14; − − − + + − − − − + + − − − − − − − + − + + + + + − − − − − − + − + − + + + + − − − 73116342 73121727 RP11-809N8.4; ENSG00000054965.6 chr11 72411519 72416652 ARAP1-AS2; ENSG00000186635.9 chr11 74204411 74209578 AP001372.2; ENSG00000175536.675511922 chr11 75514460 RP11-535A19.1; ENSG00000062282.8 chr11 7246637472466374 7247733873018280 72477338 STARD10-AS1;73106604 73020406 STARD10-AS1; 73107481 ENSG00000186635.9 RP11-800A3.7; ENSG00000214530.2 RP11-809N8.2; chr11 ENSG00000110237.3 chr11 ENSG00000054967.7 chr11 chr11 7343339473471608 7343373973594907 73472115 RP11-456I15.2;73674702 73597748 RP11-707G14.1;74022407 73681332 ENSG00000175582.13 RP11-707G14.6; 74035750 ENSG00000175582.13 RP11-167N4.2; chr11 ENSG00000175575.8 RP11-632K5.3; chr11 ENSG00000187726.4 chr11 ENSG00000149380.7 chr11 chr11 7206239172065560 7206425472121760 72074599 RP11-45F15.1;72295616 72123123 RP11-45F15.2;72354281 72299023 RP11-7N14.1; ENSG00000162129.7 72370451 RP11-169D4.2; ENSG00000162129.7 RP11-31L22.3; chr11 ENSG00000162129.7 chr11 ENSG00000186642.8 ENSG00000186642.8 chr11 chr11 chr11 - 72287185 72385635 PDE2A; 72396120 72404853 ARAP1-AS1; ENSG00000186635.9 chr11 7158949971725337 7159560771874366 71731956 CTD-2313N18.7;72013183 71920285 RP11-849H4.4; ENSG00000254469.1 72014009 RP11-807H22.7; AP000593.7; ENSG00000137497.12 chr11 ENSG00000110195.7 chr11 chr11 ENSG00000162129.7 chr11 7649362576666461 7649410676834749 76689663 RP11-21L23.3;77540700 76837201 CTD-2547H18.1;77577458 77583308 RP11-689N19.3; ENSG00000182704.5 ENSG00000078124.6 77581137 RP11-91P24.7; ENSG00000149260.8 RP11-91P24.6; chr11 chr11 ENSG00000087884.10 chr11 ENSG00000087884.10 chr11 chr11 7410859474108594 7419678774166393 74196787 RP11-702H23.4; 74167870 RP11-702H23.4;74587331 ENSG00000165434.4 RP11-702H23.6;74810217 74631067 ENSG00000175538.674975333 chr11 ENSG00000175538.6 74851193 RP11-147I3.1;75282944 chr11 74976214 CTD-2562J17.2;75294241 chr11 75283832 CTD-2562J17.9;75469500 ENSG00000166435.10 75305710 ENSG00000137491.9 RP11-939C17.2; 75479692 ENSG00000137486.12 chr11 CTD-2530H12.4;75514476 chr11 ENSG00000149257.8 CTD-2530H12.1; chr11 75848359 ENSG00000171533.6 7552645175901769 ENSG00000062282.8 chr11 75848775 RP11-535A19.2;76368100 chr11 75906115 CTD-2011F17.2; chr11 76374910 ENSG00000198382.4 RP11-619A14.2; ENSG00000198382.4 AP001189.4; chr11 ENSG00000085741.6 chr11 chr11 ENSG00000137507.7 chr11 7772676177733979 77727541 77734767 RP11-7I15.3; RP11-7I15.4; ENSG00000151364.11 ENSG00000151364.11 chr11 chr11 lncRNA gene Protein-coding gene + + − − + + + + − − + + + + + + + + + − + − − − − − + + + + + − + − + − − − − + + + + ) contd ( ENSG00000255709.1ENSG00000255709.1 chr11 ENSG00000257038.1 chr11 ENSG00000256928.1 chr11 ENSG00000256448.1 chr11 chr11 ENSG00000245148.2 chr11 ENSG00000255928.1ENSG00000256034.1 chr11 ENSG00000247629.2 chr11 ENSG00000255847.1 chr11 ENSG00000246211.2 chr11 chr11 ENSG00000256739.1ENSG00000255672.1 chr11 ENSG00000256403.1 chr11 ENSG00000256633.1 chr11 ENSG00000255808.1 chr11 chr11 ENSG00000256007.1 chr11 ENSG00000251143.1ENSG00000204971.3 chr11 ENSG00000255843.1 chr11 chr11 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000225805.3 chr11 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000255100.1ENSG00000254988.1 chr11 ENSG00000254808.1 chr11 ENSG00000254459.1 chr11 ENSG00000255449.1 chr11 chr11 ENSG00000254631.1ENSG00000254631.1 chr11 ENSG00000254928.1 chr11 ENSG00000254837.1 chr11 ENSG00000241170.2 chr11 ENSG00000255395.1 chr11 ENSG00000254963.1 chr11 ENSG00000254969.1 chr11 ENSG00000255326.1 chr11 ENSG00000247867.2 chr11 ENSG00000254814.1 chr11 ENSG00000255507.1 chr11 ENSG00000255421.1 chr11 ENSG00000254933.1 chr11 ENSG00000236304.1 chr11 chr11 ENSG00000254829.1ENSG00000254675.1 chr11 chr11

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 7772801777882295 7779091177926343 7789986878147007 RP11-7I15.5; 7812939477926343 KCTD21; 7828591978147007 GAB2; 7812939478363876 NARS2; 7828591978363876 GAB2; 7915199278363876 NARS2; 7915199282904754 ODZ4; 7915199282904754 ODZ4; 8297173682970139 ODZ4; 8297173683166055 ANKRD42; 8299745083166055 ANKRD42; 8533896683166055 CCDC90B; 8533896685566144 DLG2; 8533896686152150 DLG2; 8563106486502101 DLG2; 8638367887846431 CCDC83; 8666388688237744 ME3; 87908635 PRSS23; 88799113 RAB38; GRM5; 9208526292085262 9262961894277006 9262961894277017 FAT3; 9435458794439597 FAT3; 9428306394439597 PIWIL4; 9460991894898704 FUT4; 9460991896123153 AMOTL1; 94965705 AMOTL1; 96240738 SESN3; JRKL; 111222977111338251 111326355 111383079 POU2AF1; BTG4; 101981192 102104154 YAP1; 109292846 109299840 C11orf87; 100558384 100861656 ARHGAP42; 101322295 101743293 TRPC6; 102267063 102341115 TMEM123; 102447566 102496063 MMP20; 102641234 102651359 MMP10; 102660651 102668891 MMP1; 102706532 102714534 MMP3; 103777914 104035107 PDGFD; 105946228 105969437 AASDHPPT; 107879459 107978503 CUL5; 107992243 108018503 ACAT1; − − − − − − − − − + + − − − − + − + − − + + + + + + − + + − − + − + − − − − − − + + + 77733979 77734767 RP11-7I15.4; ENSG00000259112.1 chr11 7785081778035804 7788502378035804 7815509578099107 RP11-705O3.1; 7815509578244222 RP11-452H21.1; 7810345178460295 RP11-452H21.1; ENSG00000188997.3 ENSG00000033327.8 7826961178803893 RP11-452H21.2; ENSG00000137513.5 78467525 chr11 78902603 RP11-843A23.1; chr11 ENSG00000033327.8 7880904882902071 RP11-673F18.1; chr11 ENSG00000137513.5 7890420582920473 CTD-2337I7.1; chr11 82904836 ENSG00000149256.1082997171 RP11-802F5.1; chr11 8292442183354645 RP11-727A23.5; chr11 ENSG00000149256.10 8313455984431869 RP11-727A23.7; ENSG00000149256.10 chr11 ENSG00000137494.8 8343643384647733 RP11-727A23.10; chr11 ENSG00000137494.8 8451174485627545 RP11-160H12.2; ENSG00000137500.5 chr11 8466674986142632 CTD-2537O9.1; chr11 ENSG00000150672.11 85634725 chr11 86603256 AP000857.3; 86333909 ENSG00000150672.11 chr11 87831759 RP11-90K17.2; 8663607988237744 RP11-317J19.1; chr11 87849003 RP11-736K20.5; ENSG00000150672.11 ENSG00000150676.7 88257222 ENSG00000151376.10 RP11-164N3.3; chr11 ENSG00000150687.6 chr11 RP11-657K20.2; chr11 ENSG00000123892.6 chr11 ENSG00000168959.9 chr11 chr11 92133357 92141342 RP11-675M1.2; ENSG00000165323.11 chr11 9248189894278496 9250003394278496 9447352194278496 RP11-203F8.1; 9447352194607217 RP11-867G2.8; 9447352194883703 RP11-867G2.8; ENSG00000165323.11 9465868696180296 RP11-867G2.8; ENSG00000134627.7 chr11 94967268 RP11-856F16.2; ENSG00000196371.2 96239990 chr11 RP11-712B9.2; ENSG00000166025.12 ENSG00000166025.12 chr11 RP11-49K4.1; chr11 chr11 ENSG00000149212.6 ENSG00000183340.5 chr11 chr11 111320593 111322036 RP11-794P6.3; ENSG00000110777.7 chr11 111381325 111384610 AP002008.1; ENSG00000137707.9 chr11 109225812 109454633 RP11-708B6.2; ENSG00000185742.6 chr11 100554893 100558686 CTD-2383M3.1; ENSG00000165895.12 chr11 101455026 101465887 RP11-748H22.1; ENSG00000137672.8 chr11 102100582102323650 102101653 102332739 RP11-864G5.3; RP11-315O6.1; ENSG00000137693.8 ENSG00000152558.10 chr11 chr11 102477647 102498801 RP11-817J15.2; ENSG00000137674.3 chr11 102617699 102707497 RP11-725K16.4; ENSG00000166670.5 chr11 102617699 102707497 RP11-725K16.4; ENSG00000196611.4 chr11 102617699 102707497 RP11-725K16.4; ENSG00000149968.7 chr11 103816276 103817274 RP11-617B3.2; ENSG00000170962.8 chr11 105956717 105972702 RP11-677I18.3; ENSG00000149313.6 chr11 107975801 107992411 RP11-144G7.2; ENSG00000166266.9 chr11 107975801 107992411 RP11-144G7.2; ENSG00000075239.9 chr11 lncRNA gene Protein-coding gene + + + + + + + + + − − + + + + − + − + + − − − − − − + − − + + + − + + + + + + − − − − ) contd ( Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000254675.1 chr11 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000246174.2ENSG00000254420.1 chr11 ENSG00000254420.1 chr11 ENSG00000254649.1 chr11 ENSG00000255084.1 chr11 ENSG00000254563.1 chr11 ENSG00000255345.1 chr11 ENSG00000254885.1 chr11 ENSG00000247137.2 chr11 ENSG00000254551.1 chr11 ENSG00000255234.1 chr11 ENSG00000255311.1 chr11 ENSG00000254787.1 chr11 ENSG00000255555.1 chr11 ENSG00000255005.1 chr11 ENSG00000254733.1 chr11 ENSG00000255471.1 chr11 ENSG00000255241.1 chr11 ENSG00000255082.1 chr11 ENSG00000254705.1 chr11 chr11 ENSG00000255506.1ENSG00000255929.1 chr11 ENSG00000255929.1 chr11 ENSG00000255929.1 chr11 ENSG00000256469.1 chr11 ENSG00000245552.2 chr11 ENSG00000255679.1 chr11 ENSG00000248027.1 chr11 chr11 ENSG00000255208.1 chr11 ENSG00000256523.1 chr11 ENSG00000254506.1 chr11 ENSG00000254422.1ENSG00000255337.1 chr11 chr11 ENSG00000256916.1 chr11 ENSG00000255282.2 chr11 ENSG00000255282.2 chr11 ENSG00000255282.2 chr11 ENSG00000255548.1 chr11 ENSG00000254433.1 chr11 ENSG00000255467.1 chr11 ENSG00000255467.1 chr11 ENSG00000255028.1 chr11

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 111385510 111407756 C11orf88; 111749659 111756699 C11orf1; 111779289 111794446 CRYAB; 116714118 116969137 SIK3; 117704434117947753 117708507118307205 RP11-728F11.4; 117992605118398187 TMPRSS4; 118397539118401756 MLL; 118401912118620034 TTC36; 118417995118868852 TMEM25; 118661858118889142 DDX6; 118886501118914899 CCDC84; 118896164119494120 TRAPPC4; 118927940 HYOU1; 119599794 PVRL1; 112013974112038095 112034840112831997 IL18; 112043282112831997 TEX12; 113149158113280318 NCAM1; 113149158113650469 NCAM1; 113346413113668596 DRD2; 113651222113930315 CLDN25; 113746292114128509 USP28; 114121398115039938 ZBTB16; 114184007115039938 NNMT; 115375675115039938 CADM1; 115375675115039938 CADM1; 115375675116706467 CADM1; 115375675 CADM1; 116708666 APOA1; 117689158117689158 117691436 RP11-728F11.3; 117691436 RP11-728F11.3; 126293254 126873355 KIRREL3; 126173647 126215644 DCPS; 126293254126293254 126873355 126873355 KIRREL3; KIRREL3; 121322912122165646 121504387122943035 122172471 SORL1; 123065989 RP11-716H6.1; 124622026 CLMP; 124636394 124632186124753587 124670569 ESAM; 126152960 124768396 C11orf61; 126168740 ROBO4; TIRAP; 128555046 128683161 FLI1; 124609829 124617869 NRGN; − + − − + + + + + + + − + + − − + − − + − − − + + − − + + + − + − + + − − − − − − + + 111384768 111397480 RP11-794P6.6; ENSG00000183644.9 chr11 111657010111783460 111750149 RP11-108O10.8; 111797595 HSPB2-C11orf52; ENSG00000137720.3 ENSG00000109846.3 chr11 chr11 111957627 112071394 AP002884.2; ENSG00000150782.7 chr11 117690878 117747382 RP11-728F11.6; ENSG00000254528.1 chr11 117886487118382626 117957508118382626 RP11-652L8.2; 118401809118382626 RP11-770J1.3; 118401809118575316 RP11-770J1.3; 118401809118874452 RP11-770J1.3; 118620973 ENSG00000137648.12118894824 AP002954.4; 118875603 chr11 ENSG00000118058.14118914899 RP11-110I1.11; 118901616 ENSG00000172425.6 chr11 119479135 SLC37A4; 118916205 ENSG00000149582.10 RP11-110I1.6; chr11 119529994 chr11 RP11-196E1.3; ENSG00000186166.2 ENSG00000110367.5 chr11 chr11 ENSG00000149428.12 ENSG00000196655.5 ENSG00000110400.5 chr11 chr11 chr11 112035920112830002 112043329113140254 RP11-356J5.4; 112834182113276043 RP11-629G13.1; 113144623113560055 RP11-839D17.2; 113282839113688799 RP11-159N11.3; 113657508 ENSG00000150783.5 ENSG00000149294.11114081338 RP11-661I21.2; 113693180 ENSG00000149294.11 chr11 114081338 RP11-667M19.10; chr11 114227293 ENSG00000149295.9 chr11 115045697 RP11-64D24.2; 114227293115204296 RP11-64D24.2; 115046044 ENSG00000228607.2 ENSG00000048028.7 chr11 115234348 RP11-713B9.1; 115210981 chr11 chr11 115267474 AP000462.3; 115248649 ENSG00000109906.8116706833 AP000462.2; 115268376 ENSG00000166741.3 chr11 116706833 AP000462.1; 116726445 ENSG00000182985.8 chr11 AP006216.12; 116726445 chr11 AP006216.12; ENSG00000182985.8 ENSG00000182985.8 chr11 ENSG00000182985.8 chr11 ENSG00000118137.5 chr11 ENSG00000160584.10 chr11 chr11 117671559117690878 117690134 RP11-728F11.1; 117747382 RP11-728F11.6; ENSG00000254844.1 ENSG00000254844.1 chr11 chr11 126413842 126480843 AP000741.1; ENSG00000149571.6 chr11 126872805128561575 126875953 128565918 NCRNA00288; RP11-744N12.2; ENSG00000149571.6 ENSG00000151702.10 chr11 chr11 124629025 124635832 RP11-677M14.3; ENSG00000149564.7 chr11 121318040122165898 121323722123059510 122178727 RP11-730K11.1;124614530 123098985 RP11-716H6.2; 124616233 CTD-2216M2.1; ENSG00000137642.7124670346 RP11-677M14.2-001;124753587 124704383 ENSG00000154146.6 ENSG00000255015.1 chr11 ENSG00000166250.7126162817 124757685 RP11-677M14.7; chr11 chr11 126210853 126164149 RP11-664I21.5; chr11 126225482 RP11-712L6.7; ENSG00000120458.5 AP001318.3; chr11 ENSG00000154133.8 ENSG00000150455.8 chr11 chr11 ENSG00000110063.4 chr11 126810642 126814984 RP11-688I9.1; ENSG00000149571.6 chr11 lncRNA gene Protein-coding gene + + + − − + − − − − − + − − + + − + + − + + − − − + + − − − + − + − − + + + + + + − − ) contd ( ENSG00000254960.1 chr11 ENSG00000257271.1 chr11 ENSG00000218109.3ENSG00000254703.1 chr11 chr11 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000254980.1 chr11 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000250073.2 chr11 ENSG00000255274.3ENSG00000255435.2 chr11 ENSG00000255435.2 chr11 ENSG00000255435.2 chr11 ENSG00000255422.1 chr11 ENSG00000254428.1 chr11 ENSG00000137700.10 chr11 ENSG00000255114.1 chr11 ENSG00000254561.1 chr11 ENSG00000246790.2 chr11 ENSG00000255219.1 chr11 ENSG00000254710.1 chr11 ENSG00000255045.1 chr11 chr11 ENSG00000245498.2ENSG00000254568.1 chr11 ENSG00000254905.1 chr11 ENSG00000247445.1 chr11 chr11 ENSG00000258529.1ENSG00000254445.1 chr11 chr11 ENSG00000255292.1ENSG00000254638.1 chr11 ENSG00000247416.2 chr11 ENSG00000227487.3 chr11 ENSG00000256757.1 chr11 ENSG00000256850.1 chr11 ENSG00000256452.1 chr11 ENSG00000256947.1 chr11 ENSG00000256947.1 chr11 ENSG00000256558.1 chr11 ENSG00000256972.1 chr11 ENSG00000255580.1 chr11 ENSG00000256315.1 chr11 ENSG00000235910.1 chr11 ENSG00000235910.1 chr11 chr11 ENSG00000251594.1ENSG00000255245.1 chr11 ENSG00000255245.1 chr11 chr11

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 175931 287626 IQSEC3; 175931 287626 IQSEC3; 175931 287626 IQSEC3; 175931 287626 IQSEC3; 299243 323736 SLC6A12; 299243 323736 SLC6A12; 673462 772945 NINJ2; 673462 772945 NINJ2; 2904119 2914576 FKBP4; 2904119 2914576 FKBP4; 1901123 2028002 CACNA2D4; 8834196 8935691 RIMKLB; 70744907085348 70799887085348 7125814 PHB2; 7125814 LPCAT3; LPCAT3; 72822947341281 7311541 7371170 CLSTN3; PEX5; 6980099 6998522 SPSB2; 7242183 7261869 C1RL; 89750689102640 90395979220260 9163356 A2ML1; 9268825 KLRG1; A2M; 34905153490515 37031393900213 37031394382938 PRMT8; 39826084382938 PRMT8; 44145164724677 PARP11; 44145164829507 CCND2; 47582136554033 CCND2; 49602776647541 AKAP3; 65608846679249 GALNT8; 6665239 CD27; 6716642 IFFO1; CHD4; 2921788 2968957 ITFG2; 1099675 160509020799522079952 ERC1; 2079952 28071152079952 2807115 CACNA1C; 2807115 CACNA1C; 2807115 CACNA1C; CACNA1C; 130542851 130587247 C11orf44; 131240373 132206716 NTM; 131240373 132206716 NTM; 131240373 132206716 NTM; 134020014 134095348 NCAPD3; + − − − − + + − + − − + − − − + + + + + + + + + + + + + − + + + − − − + − + − + + + + 111181.8 chr12 111181.8 chr12 215690 221016 RP11-598F7.3; ENSG00000120645.7 chr12 246577 258335 RP11-598F7.4; ENSG00000120645.7 chr12 273830 275487 RP11-598F7.5; ENSG00000120645.7 chr12 276022 291565 RP11-598F7.6; ENSG00000120645.7 chr12 302202 303296 RP11-283I3.1; ENSG00000 312808 314189 RP11-283I3.2; ENSG00000 699799 700435 RP5-1154L15.1; ENSG00000171840.7 chr12 740057 772872 RP11-218M22.1; ENSG00000171840.7 chr12 2027117 2032033 RP5-1096D14.3; ENSG00000151062.8 chr12 7260648 7275097 ABC12-49244600F4.3; ENSG00000139178.5 chr12 72816757319270 72837948928815 7341665 RP11-273B20.1; 8983543 RP11-273B20.3; A2ML1-AS1; ENSG00000139182.9 ENSG00000139197.5 chr12 chr12 ENSG00000166532.10 chr12 70799447079944 70959217083816 7095921 EMG1; 7096352 EMG1; U47924.19; ENSG00000215021.3 ENSG00000111684.6 ENSG00000111684.6 chr12 chr12 chr12 91397719217773 9149162 9220651 RP11-259O18.4; RP11-436I9.2; ENSG00000139187.5 chr12 ENSG00000175899.9 chr12 35718843592880 35727523980900 36019754357931 RP11-476M19.3; 40195044361901 AC005908.1; 43853504754662 RP11-664D1.1; 43842314915708 RP11-264F23.3; ENSG00000111218.7 47571936548167 RP11-264F23.4; chr12 49178076652670 RP11-500M8.4; ENSG00000111218.7 65607336687788 ENSG00000111224.8 RP11-234B24.4; ENSG00000118971.3 66540976982553 AC005840.1; chr12 chr12 ENSG00000118971.3 6693905 RP5-940J5.8; chr12 ENSG00000111254.2 6993905 AC006064.1; chr12 ENSG00000130035.2 U47924.6; chr12 chr12 ENSG00000139193.3 ENSG00000010295.13 chr12 ENSG00000111642.8 chr12 chr12 ENSG00000111671.5 chr12 8928815 8983543 A2ML1-AS1; ENSG00000166535.14 chr12 2906302 2913104 RP4-816N1.7; ENSG00000004478.5 chr12 2906043 2922068 RP4-816N1.6; ENSG00000111203.7 chr12 23297032712516 23326452777666 27166062785167 CACNA1C-AS4; 27813862906043 CACNA1C-AS3; 2800366 CACNA1C-AS2; 2922068 CACNA1C-AS1; ENSG00000151067.14 RP4-816N1.6; ENSG00000151067.14 chr12 ENSG00000151067.14 chr12 ENSG00000151067.14 chr12 chr12 ENSG00000004478.5 chr12 1489226 1500668 RP5-951N9.1; ENSG00000082805.12 chr12 130434325 130628495 AP003486.1; ENSG00000175728.2 chr11 131372653 131410761 AP003025.2; ENSG00000182667.9 chr11 131532025 131533477 AP003039.3; ENSG00000182667.9 chr11 131747574 131767002 AP004372.1; ENSG00000182667.9 chr11 134048719 134056061 RP11-700F16.3; ENSG00000151503.7 chr11 lncRNA gene Protein-coding gene + − − − + + + − + − − + − − + − − + + + − − − − − − − + − − − − + + + + + − − − − − − ) contd ( ENSG00000205885.3 chr12 ENSG00000256967.1ENSG00000255572.1 chr12 ENSG00000256661.1 chr12 chr12 ENSG00000126749.7ENSG00000126749.7 chr12 ENSG00000255896.1 chr12 chr12 ENSG00000257105.1ENSG00000245105.1 chr12 chr12 ENSG00000256691.1ENSG00000249143.1 chr12 ENSG00000256862.1 chr12 ENSG00000256164.1 chr12 ENSG00000255920.1 chr12 ENSG00000256381.1 chr12 ENSG00000256988.1 chr12 ENSG00000215039.2 chr12 ENSG00000245667.2 chr12 ENSG00000247853.2 chr12 ENSG00000240370.1 chr12 chr12 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000255658.1 chr11 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000256661.1 chr12 ENSG00000258092.1 chr12 ENSG00000237654.1 chr11 ENSG00000258325.1 chr12 ENSG00000224795.1 chr11 ENSG00000238117.1 chr11 ENSG00000255348.1 chr11 ENSG00000256948.1 chr12 ENSG00000249695.2 chr12 ENSG00000256694.1 chr12 ENSG00000256540.1 chr12 ENSG00000255671.1 chr12 ENSG00000256577.1 chr12 ENSG00000255825.1 chr12 ENSG00000177406.4 chr12 ENSG00000256706.1ENSG00000256025.1 chr12 ENSG00000256769.1 chr12 ENSG00000256271.1 chr12 ENSG00000246627.2 chr12 ENSG00000258325.1 chr12 chr12 ENSG00000249028.2 chr12

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 26111962 26232825 RASSF8; 15260717 15501609 RERG; 27676364 27848497 PPFIBP1; 14978503 14996429 ART4; 27485787 27576241 ARNTL2; 14765576 14849519 GUCY2C; 27126128 27167367 TM7SF3; 14765576 14849519 GUCY2C; 26490342 26986131 ITPR2; 14656595 14721283 PLBD1; 26490342 26986131 ITPR2; 14656595 14721283 PLBD1; 26274924 26452223 SSPN; 13127798 13153207 HEBP1; 26274924 26452223 SSPN; 13093709 13105081 GPRC5D; 26274924 26452223 SSPN; 13127798 13153207 HEBP1; 13093709 13105081 GPRC5D; 12813825 12849141 GPR19; 2496429525173936 25102393 25261268 BCAT1; LRMP; 12628829 12715317 DUSP16; 24964295 25102393 BCAT1; 10524952 10544473 KLRK1; 23682440 24103966 SOX5; 10365057 10375727 GABARAPL1; 21950335 22094336 ABCC9; 10365057 10375727 GABARAPL1; 21917889 21928515 KCNJ8; 10323141 10344400 C12orf59; 21788276 21910791 LDHB; 10163226 10171218 CLEC12B; 20522179 20837315 PDE3A; 10103915 10168330 CLEC12A; 18836103 18890991 PLCZ1; 10103915 10168330 CLEC12A; 27932953 27955973 KLHDC5; 16701307 16763528 LMO3; 10005583 10022735 CLEC2B; 27932953 27955973 KLHDC5; 15773092 16035263 EPS8; 27849428 27850566 REP15; − + − + − − − − − − − + − + − + − − + − − + − − − − + − + − + − + + + − + + − − + − + 15304857 15308217 RERG-AS1; ENSG00000134533.2 chr12 27699983 27705706 RP11-709A23.1; ENSG00000110841.8 chr12 14994026 14997642 RP11-233G1.4; ENSG00000111339.5 chr12 27542722 27599558 RP11-165P7.1; ENSG00000029153.10 chr12 14818589 14910897 RP11-174G6.1; ENSG00000070019.3 chr12 27124519 27132515 RP11-421F16.3; ENSG00000064115.6 chr12 14720684 14772689 RP11-695J4.2; ENSG00000070019.3 chr12 26776302 26802412 RP11-666F17.1; ENSG00000123104.7 chr12 14720684 14772689 RP11-695J4.2; ENSG00000121316.5 chr12 26471886 26574395 RP11-513G19.1; ENSG00000123104.7 chr12 14683085 14686163 RP11-502N13.2; ENSG00000121316.5 chr12 26383752 26472653 RP11-283G6.5; ENSG00000123096.6 chr12 13152812 13157764 RP11-392P7.3; ENSG00000013583.4 chr12 26364097 26488789 RP11-283G6.4; ENSG00000123096.6 chr12 13080661 13106891 RP11-392P7.6; ENSG00000111291.4 chr12 26278088 26279550 RP11-283G6.3; ENSG00000123096.6 chr12 13080660 13137579 RP11-392P7.8; ENSG00000013583.4 chr12 13080660 13137579 RP11-392P7.8; ENSG00000111291.4 chr12 2524980226092262 25253914 26112698 RP11-713N11.4; RP11-877E17.2; ENSG00000118308.10 ENSG00000123094.9 chr12 chr12 12821916 12838009 RP11-180M15.3; ENSG00000183150.3 chr12 25102097 25113092 RP11-662I13.2; ENSG00000060982.10 chr12 12638287 12644515 RP11-253I19.3; ENSG00000111266.4 chr12 24983355 24989492 RP11-625L16.3; ENSG00000060982.10 chr12 10516368 10551105 RP11-277P12.20; ENSG00000213809.4 chr12 23790907 23791421 RP11-437F6.1; ENSG00000134532.10 chr12 10370462 10372350 RP11-656E20.4; ENSG00000139112.6 chr12 21980144 22040891 RP11-729I10.2; ENSG00000069431.6 chr12 10366760 10367360 RP11-656E20.5; ENSG00000139112.6 chr12 21912914 21919639 RP11-59N23.1; ENSG00000121361.2 chr12 10331631 10342707 RP11-656E20.3; ENSG00000165685.4 chr12 21815247 21912966 RP11-59N23.3; ENSG00000111716.8 chr12 10167839 10183205 RP11-133L14.5; ENSG00000256660.1 chr12 20514666 20523196 RP11-284H19.1; ENSG00000172572.6 chr12 10167839 10183205 RP11-133L14.5; ENSG00000172322.8 chr12 18867729 18890812 RP11-361I14.2; ENSG00000139151.10 chr12 10100736 10105935 AC091814.3; ENSG00000172322.8 chr12 27951574 27953641 RP11-860B13.3; ENSG00000087448.5 chr12 16720345 16726874 RP11-424M22.3; ENSG00000048540.9 chr12 10019626 10022407 RP11-290C10.1; ENSG00000110852.4 chr12 27932754 27934000 RP11-860B13.1; ENSG00000087448.5 chr12 15933002 15935054 RP11-6B19.1; ENSG00000151491.7 chr12 27849321 27863703 RP11-1060J15.4; ENSG00000174236.2 chr12 lncRNA gene Protein-coding gene − + − + − + + + + + + + − + − + − + + − − + + + + + + − + − + − + − − − + − − + + − + ) contd ( ENSG00000255565.1 chr12 ENSG00000256377.1 chr12 ENSG00000255660.1 chr12 ENSG00000248100.2 chr12 ENSG00000256339.1 chr12 ENSG00000245311.2 chr12 ENSG00000214772.2 chr12 ENSG00000247903.1 chr12 ENSG00000256751.1 chr12 ENSG00000234428.2 chr12 ENSG00000256751.1 chr12 ENSG00000255968.1 chr12 ENSG00000255649.1 chr12 ENSG00000255750.1 chr12 ENSG00000183935.2 chr12 ENSG00000256234.1 chr12 ENSG00000256893.1 chr12 ENSG00000256894.1 chr12 ENSG00000247498.2 chr12 ENSG00000247498.2 chr12 ENSG00000258449.1ENSG00000246695.3 chr12 chr12 ENSG00000257004.1 chr12 ENSG00000255921.1 chr12 ENSG00000255670.1 chr12 ENSG00000256482.1 chr12 ENSG00000245648.1 chr12 ENSG00000256473.1 chr12 ENSG00000245856.3 chr12 ENSG00000257022.1 chr12 ENSG00000255958.1 chr12 ENSG00000255644.1 chr12 ENSG00000255895.1 chr12 ENSG00000256615.1 chr12 ENSG00000256803.1 chr12 ENSG00000256879.1 chr12 ENSG00000256803.1 chr12 ENSG00000255648.1 chr12 ENSG00000231560.1 chr12 ENSG00000256512.1 chr12 ENSG00000256564.1 chr12 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000255882.1 chr12 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000256747.1 chr12

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 28111017 28125638 PTHLH; 28286182 28732883 CCDC91; 29302036 29493913 FAR2; 50184929 50222533 NCKAP5L; 47473386 47630443 FAM113B; 2965375731226779 29937692 31257725 TMTC1; DDX11; 50231573 50236912 BCDIN3D; 48103517 48119350 ENDOU; 32259769 32536567 BICD1; 31535157 31744031 DENND5B; 50344524 50352664 AQP2; 48128455 48164823 RAPGEF3; 34175216 34182629 ALG10; 48176505 48226915 HDAC7; 39040624 39301232 CPNE8; 48235320 48336831 VDR; 4001996940590546 40302102 40763087 C12orf40; LRRK2; 48413554 48419165 RP1-228P16.5; 40787197 40964632 MUC19; 48733791 48745197 ZNF641; 44229770 44783545 TMEM117; 42852140 42984157 PRICKLE1; 41582250 41968392 PDZRN4; 48876286 48890295 C12orf54; 45408455 45444882 DBX2; 44122410 44152620 PUS7L; 49159975 49182820 ADCY6; 45609770 45834187 ANO6; 49388932 49393092 DDN; 46751972 46766650 SLC38A2; 49388932 49393092 DDN; 47473386 47630443 FAM113B; 49396057 49412980 PRKAG1; 49483204 49488602 DHH; 49412758 49453557 MLL2; 49582519 49667116 TUBA1C; 49521565 49525180 TUBA1B; 49582519 49667116 TUBA1C; 49687035 49692465 PRPH; 49717019 49725514 TROAP; 49962001 50038449 PRPF40B; − + + − + − + − − + − + − + − − − + + − + − + − + + − − − + − − − + − − − + − + + + + Strand Start Stop Gene name chr 28111450 28122746 RP11-993B23.3; ENSG00000087494.10 chr12 31173697 31226781 RP11-551L14.5; ENSG00000013573.11 chr12 40579811 40617605 AC079630.4; ENSG00000188906.9 chr12 28316231 28343299 RP11-967K21.1; ENSG00000123106.6 chr12 29433351 29470781 RP11-996F15.2; ENSG00000064763.5 chr12 50222325 50234926 RP11-70F11.6; ENSG00000167566.11 chr12 47599681 47610239 RP11-493L12.2; ENSG00000179715.7 chr12 29672664 29682907 RP11-310I24.1; ENSG00000133687.10 chr12 50222325 50234926 RP11-70F11.6; ENSG00000186666.4 chr12 48099868 48136077 RP1-197B17.3; ENSG00000111405.4 chr12 32257051 32260462 RP11-843B15.2; ENSG00000151746.8 chr12 31742857 31768600 DENND5B-AS1; ENSG00000170456.10 chr12 50345295 50356707 RP11-469H8.6; ENSG00000167580.3 chr12 48099868 48136077 RP1-197B17.3; ENSG00000079337.10 chr12 34175216 34199352 RP11-847H18.2; ENSG00000139133.2 chr12 48220637 48231681 RP5-1057I20.2; ENSG00000061273.12 chr12 39300253 39303394 RP11-396F22.1; ENSG00000139117.9 chr12 48276432 48295308 RP11-89H19.1; ENSG00000111424.6 chr12 40223927 40229562 AC121336.2; ENSG00000180116.10 chr12 48405087 48419252 RP1-228P16.4; ENSG00000257955.1 chr12 40789655 40837649 RP11-115F18.1; ENSG00000205592.6 chr12 48744728 48836194 RP11-370I10.6; ENSG00000167528.8 chr12 42853168 42859930 RP11-328C8.4; ENSG00000139174.6 chr12 41803269 41867312 RP11-413B19.2; ENSG00000165966.10 chr12 48877070 48894744 RP11-722P11.4; ENSG00000177627.5 chr12 4463817745444684 44657765 45496890 RP11-46I1.1; RP11-478B9.1; ENSG00000139173.4 ENSG00000185610.6 chr12 chr12 44130431 44134870 RP11-210N13.1; ENSG00000129317.10 chr12 49159977 49161106 RP11-579D7.2; ENSG00000174233.7 chr12 45566847 45609824 PLEKHA8P1; ENSG00000177119.11 chr12 49388933 49390117 RP11-386G11.3; ENSG00000181418.7 chr12 46765246 46767561 RP11-474P2.2; ENSG00000134294.9 chr12 49392150 49412988 RP11-386G11.5; ENSG00000181418.7 chr12 47529281 47532153 RP11-23J18.1; ENSG00000179715.7 chr12 49392150 49412988 RP11-386G11.5; ENSG00000181929.6 chr12 49483991 49487095 RP11-386G11.8; ENSG00000139549.2 chr12 49392150 49412988 RP11-386G11.5; ENSG00000167548.10 chr12 49627352 49658539 RP11-977B10.2; ENSG00000167553.9 chr12 49521565 49541652 RP11-386G11.10; ENSG00000123416.9 chr12 49658939 49667089 RP11-161H23.5; ENSG00000167553.9 chr12 49686414 49718359 RP11-161H23.9; ENSG00000135406.8 chr12 49686414 49718359 RP11-161H23.9; ENSG00000135451.8 chr12 49970623 49971288 RP11-133N21.10; ENSG00000110844.8 chr12 lncRNA gene Protein-coding gene − − + − + + + − − + − + − + + + − + − − + + − − − + + + − + + + − + + + − + − − − + − ) contd ( ENSG00000247934.3 chr12 ENSG00000257176.1 chr12 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000257042.1 chr12 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID ENSG00000257456.1 chr12 ENSG00000258057.1 chr12 ENSG00000257433.1 chr12 ENSG00000257530.1 chr12 ENSG00000245614.2ENSG00000255867.1 chr12 chr12 ENSG00000257588.1 chr12 ENSG00000257433.1 chr12 ENSG00000245482.2 chr12 ENSG00000257488.1 chr12 ENSG00000257718.1 chr12 ENSG00000205537.2 chr12 ENSG00000248865.1 chr12 ENSG00000257985.1 chr12 ENSG00000225342.1ENSG00000258167.1 chr12 chr12 ENSG00000257735.1 chr12 ENSG00000257225.1 chr12 ENSG00000257228.1 chr12 ENSG00000258121.1 chr12 ENSG00000257947.1ENSG00000257319.1 chr12 chr12 ENSG00000257896.1 chr12 ENSG00000257653.1 chr12 ENSG00000134297.6 chr12 ENSG00000258283.1 chr12 ENSG00000258096.1 chr12 ENSG00000257913.1 chr12 ENSG00000258352.1 chr12 ENSG00000257913.1 chr12 ENSG00000247774.2 chr12 ENSG00000257346.1 chr12 ENSG00000257913.1 chr12 ENSG00000258101.1 chr12 ENSG00000258017.1 chr12 ENSG00000258232.1 chr12 ENSG00000258334.1 chr12 ENSG00000258334.1 chr12 ENSG00000258057.1 chr12 ENSG00000257964.1 chr12

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 52817854 52828309 KRT75; 52979373 52995322 KRT72; 53001354 53012343 KRT73; 53083410 53097247 KRT77; 52668459 52702598 KRT86; 52771596 52779436 KRT84; 52787715 52800139 KRT82; 52643084 52702947 AC021066.1; 52668459 52702598 KRT86; 52643084 52702947 AC021066.1; 52668459 52702598 KRT86; 52643084 52702947 AC021066.1; 52643084 52702947 AC021066.1; 54366910 54371427 HOXC11; 52626304 52662180 KRT7; 53551448 53575135 CSAD; 53689075 53693234 PFDN5; 53693470 53700961 C12orf10; 53835525 53874945 PCBP2; 50355653 50359434 AQP5; 50344524 50352664 AQP2; 50523575 50561288 CERS5; 50569571 50677353 LIMA1; 52463030 52471278 C12orf44; 52626304 52662180 KRT7; 53399942 53435993 EIF4B; 53440753 53458156 TENC1; 53901640 54020199 ATF7; 53901640 54020199 ATF7; 54332535 54340328 HOXC13; 54378849 54384063 HOXC10; 54379629 54429145 HOXC5; 54384408 54424607 HOXC6; 54388679 54397121 HOXC9; 54379629 54429145 HOXC5; 54384408 54424607 HOXC6; 54388679 54397121 HOXC9; 54558529 54582778 SMUG1; 54624724 54673955 CBX5; 54624724 54673955 CBX5; 54685895 54694905 NFE2; 54756229 54758271 GPR84; 54762917 54785082 ZNF385A; − − − − − − + + + + + + + + + + + + + − − + + + + + − − − + + + + + + + + − − − − − − 54329112 54333427 AC012531.10; ENSG00000123364.3 chr12 52995251 53009089 RP11-641A6.2; ENSG00000170486.6 chr12 52995251 53009089 RP11-641A6.2; ENSG00000186049.4 chr12 53086389 53090572 RP11-641A6.3; ENSG00000189182.5 chr12 52774244 52796191 RP3-416H24.4; ENSG00000161849.3 chr12 52774244 52796191 RP3-416H24.4; ENSG00000161850.2 chr12 52801364 52822278 RP11-1020M18.10; ENSG00000170454.5 chr12 52700400 52702155 RP11-845M18.6; ENSG00000258832.1 chr12 52679697 52709719 RP11-259K21.3; ENSG00000170442.6 chr12 52679697 52709719 RP11-259K21.3; ENSG00000258832.1 chr12 52700400 52702155 RP11-845M18.6; ENSG00000170442.6 chr12 52668431 52672940 RP11-845M18.7; ENSG00000258832.1 chr12 52668431 52672940 RP11-845M18.7; ENSG00000170442.6 chr12 52644250 52652651 RP11-845M18.1; ENSG00000170442.6 chr12 53692449 53694098 RP11-680A11.5; ENSG00000123349.8 chr12 53692449 53694098 RP11-680A11.5; ENSG00000139637.8 chr12 53863570 53864527 RP11-793H13.9; ENSG00000197111.7 chr12 50345295 50356707 RP11-469H8.6; ENSG00000161798.5 chr12 50348422 50349908 RP11-469H8.8; ENSG00000167580.3 chr12 50552484 50556731 RP11-411N4.1; ENSG00000139624.8 chr12 50613387 50623767 RP3-405J10.4; ENSG00000050405.7 chr12 52470625 52475868 RP11-1100L3.7; ENSG00000123395.9 chr12 52638832 52641232 RP3-416H24.1; ENSG00000135480.8 chr12 52644250 52652651 RP11-845M18.1; ENSG00000135480.8 chr12 53408380 53448222 RP11-983P16.4; ENSG00000063046.12 chr12 53408380 53448222 RP11-983P16.4; ENSG00000111077.10 chr12 53553370 53554784 RP11-1136G11.8; ENSG00000139631.12 chr12 53902047 53902749 RP11-793H13.4; ENSG00000170653.12 chr12 53907768 53911392 RP11-793H13.3; ENSG00000170653.12 chr12 54356092 54368740 HOTAIR; ENSG00000123388.4 chr12 54377234 54379303 AC012531.14; ENSG00000180818.4 chr12 54388992 54390569 AC012531.16; ENSG00000172789.2 chr12 54388992 54390569 AC012531.16; ENSG00000197757.7 chr12 54388992 54390569 AC012531.16; ENSG00000180806.4 chr12 54392806 54393794 AC012531.17; ENSG00000172789.2 chr12 54392806 54393794 AC012531.17; ENSG00000197757.7 chr12 54392806 54393794 AC012531.17; ENSG00000180806.4 chr12 54556923 54562379 RP11-834C11.8; ENSG00000123415.9 chr12 54656399 54672847 RP11-968A15.2; ENSG00000094916.8 chr12 54670415 54738867 RP11-968A15.8; ENSG00000094916.8 chr12 54670415 54738867 RP11-968A15.8; ENSG00000123405.9 chr12 54747445 54891472 RP11-753H16.3; ENSG00000139572.3 chr12 54747445 54891472 RP11-753H16.3; ENSG00000161642.13 chr12 lncRNA gene Protein-coding gene + + + + + + − − − − − − − − − − + − − − + + − − − − − + + − − − − − − − − + + + + + + ) contd ( ENSG00000257495.1 chr12 ENSG00000257495.1 chr12 ENSG00000257700.1 chr12 ENSG00000257337.1 chr12 ENSG00000258253.1 chr12 ENSG00000258253.1 chr12 ENSG00000257500.1 chr12 ENSG00000257829.1 chr12 ENSG00000257540.1 chr12 ENSG00000257540.1 chr12 ENSG00000257829.1 chr12 ENSG00000257830.1 chr12 ENSG00000257830.1 chr12 ENSG00000135477.7 chr12 ENSG00000257605.1 chr12 ENSG00000257605.1 chr12 ENSG00000258351.1 chr12 ENSG00000257117.1 chr12 ENSG00000251151.1 chr12 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000257588.1 chr12 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000257378.1 chr12 ENSG00000257291.1 chr12 ENSG00000257256.1 chr12 ENSG00000257663.1 chr12 ENSG00000257671.1 chr12 ENSG00000135477.7 chr12 ENSG00000257337.1 chr12 ENSG00000257808.1 chr12 ENSG00000257550.1 chr12 ENSG00000249641.2 chr12 ENSG00000228630.1 chr12 ENSG00000250133.1 chr12 ENSG00000250133.1 chr12 ENSG00000250133.1 chr12 ENSG00000250451.1 chr12 ENSG00000250451.1 chr12 ENSG00000250451.1 chr12 ENSG00000248576.1 chr12 ENSG00000257596.1 chr12 ENSG00000258344.1 chr12 ENSG00000258344.1 chr12 ENSG00000258137.1 chr12 ENSG00000258137.1 chr12

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 56511943 56516278 ZC3H10; 56119107 56123491 CD63; 56321103 56347811 DGKA; 56495115 56503073 RP11-603J24.9; 56511943 56516278 ZC3H10; 56512034 56538457 ESYT1; 54789045 54813244 ITGA5; 64238073 64541613 SRGAP1; 56512034 56538457 ESYT1; 54849734 54867386 GTSF1; 64238073 64541613 SRGAP1; 56546040 56551771 MYL6B; 54756229 54758271 GPR84; 64238073 64541613 SRGAP1; 56551945 56557280 MYL6; 54762917 54785082 ZNF385A; 56551945 56557280 MYL6; 54789045 54813244 ITGA5; 5666064256665483 56664750 56694176 COQ10A; CS; 54849734 54867386 GTSF1; 56679700 56709843 RP11-977G19.10; 54891495 54937726 NCKAP1L; 56703626 56710120 CNPY2; 55845998 55846936 OR6C2; 5667970057522276 56709843 57607134 RP11-977G19.10; LRP1; 55886147 55887100 OR6C68; 58003963 58017959 ARHGEF25; 55944983 55946028 OR6C4; 5808773858213710 5811534058937907 58240522 OS9; 62860597 59206842 CTDSP2; 62991363 RP11-362K2.2; MON2; 55968199 55969128 OR2AP1; 6299553164173583 6299721464173583 64203338 C12orf61; 64203338 TMEM5; TMEM5; 56214744 56224608 DNAJC14; 56229217 5623675056360553 MMP19; 56366568 CDK2; 56401443 56432219 IKZF4; 56498103 56509935 PA2G4; − + + + − + + + − + + − + − + − − − + − + − + + + + + + − + + − − + + − − + + + + + + 54747445 54891472 RP11-753H16.3; ENSG00000161638.6 chr12 64432342 64491398 RP11-196H14.2; ENSG00000196935.4 chr12 56513817 56523403 RP11-603J24.5; ENSG00000135482.2 chr12 56512752 56513723 RP11-603J24.6; ENSG00000139641.7 chr12 54747445 54891472 RP11-753H16.3; ENSG00000170627.5 chr12 64502543 64514269 RP11-196H14.4; ENSG00000196935.4 chr12 5651381756544580 56523403 56552004 RP11-603J24.5; RP11-603J24.14; ENSG00000139641.7 ENSG00000196465.5 chr12 chr12 54747576 54860769 RP11-753H16.5; ENSG00000139572.3 chr12 64540168 64541637 RP11-196H14.3; ENSG00000196935.4 chr12 56544580 56552004 RP11-603J24.14; ENSG00000092841.13 chr12 54747576 54860769 RP11-753H16.5; ENSG00000161642.13 chr12 56556143 56584068 RP11-977G19.5; ENSG00000092841.13 chr12 54747576 54860769 RP11-753H16.5; ENSG00000161638.6 chr12 56661577 56663888 RP11-977G19.14; ENSG00000135469.9 chr12 54747576 54860769 RP11-753H16.5; ENSG00000170627.5 chr12 5669392656693926 56708592 56708592 RP11-977G19.11; RP11-977G19.11; ENSG00000062485.12 ENSG00000144785.4 chr12 chr12 54936895 54937889 RP11-1049A21.2; ENSG00000123338.8 chr12 56693926 56708592 RP11-977G19.11; ENSG00000257727.1 chr12 55828521 55979255 RP11-110A12.2; ENSG00000179695.1 chr12 56702652 56703233 RP11-977G19.12; ENSG00000144785.4 chr12 55828521 55979255 RP11-110A12.2; ENSG00000205327.2 chr12 5753840358005901 57541402 58011848 RP11-545N8.3; AC025165.8; ENSG00000123384.9 chr12 ENSG00000240771.1 chr12 55828521 55979255 RP11-110A12.2; ENSG00000179626.3 chr12 58087915 58115293 RP11-571M6.7; ENSG00000135506.11 chr12 55828521 55979255 RP11-110A12.2; ENSG00000179615.1 chr12 5823087558959743 5823652862876129 59175529 RP11-620J15.1;62996532 62878712 RP11-767I20.1; 63007855 ENSG00000175215.5 RP11-863H1.1; RP11-631N16.2; ENSG00000258231.1 chr12 ENSG00000061987.9 ENSG00000221949.2 chr12 chr12 chr12 56122888 56124467 RP11-644F5.11; ENSG00000135404.6 chr12 6401756864202625 64189498 64215936 RP11-415I12.3; RP11-415I12.5; ENSG00000118600.6 ENSG00000118600.6 chr12 chr12 56223529 56230030 AC023055.2; ENSG00000135392.10 chr12 56223529 56230030 AC023055.2; ENSG00000123342.11 chr12 56347469 5634788456423433 RP11-973D8.3; 56435590 RP11-603J24.4; ENSG00000065357.14 chr12 ENSG00000123411.10 chr12 56360622 56361258 RP11-973D8.4; ENSG00000123374.6 chr12 56498398 56507689 RP11-603J24.17; ENSG00000257411.1 chr12 56498398 56507689 RP11-603J24.17; ENSG00000170515.7 chr12 56512752 56513723 RP11-603J24.6; ENSG00000135482.2 chr12 lncRNA gene Protein-coding gene + − − + − − − + − − + − + − + + + − + − + − − − − − − + − − + + − − − + + − − − − − − ) contd ( Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000258137.1 chr12 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000258317.1 chr12 ENSG00000258137.1 chr12 ENSG00000255817.1 chr12 ENSG00000258317.1ENSG00000257809.1 chr12 chr12 ENSG00000258086.1 chr12 ENSG00000255629.1 chr12 ENSG00000257809.1 chr12 ENSG00000258086.1 chr12 ENSG00000258199.1 chr12 ENSG00000258086.1 chr12 ENSG00000258260.1 chr12 ENSG00000258086.1 chr12 ENSG00000257303.1ENSG00000257303.1 chr12 chr12 ENSG00000257824.1 chr12 ENSG00000257303.1 chr12 ENSG00000258763.1 chr12 ENSG00000257740.1 chr12 ENSG00000258763.1 chr12 ENSG00000259125.1ENSG00000224713.1 chr12 chr12 ENSG00000258763.1 chr12 ENSG00000257342.1 chr12 ENSG00000258763.1 chr12 ENSG00000257953.1ENSG00000257259.1 chr12 ENSG00000257568.1 chr12 ENSG00000257354.1 chr12 chr12 ENSG00000258056.1 chr12 ENSG00000249753.2ENSG00000255850.1 chr12 ENSG00000255886.1 chr12 chr12 ENSG00000182796.8 chr12 ENSG00000182796.8 chr12 ENSG00000258862.1 chr12 ENSG00000257449.1 chr12 ENSG00000258554.1 chr12 ENSG00000257553.1 chr12 ENSG00000257553.1 chr12 ENSG00000258345.1 chr12 ENSG00000258345.1 chr12

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 6621791166217911 66360075 66360075 HMGA2; HMGA2; 68042118 68059186 DYRK2; 64660763 64784471 C12orf56; 6500429365672423 65091347 65882024 RASSF3; MSRB3; 6651684266517709 6652454866582659 66563852 LLPH; 66648402 TMBIM4; 68548548 IRAK3; 68595131 6855352769080514 68619601 IFNG; 69201956 69136785 IL26; 69742121 69239214 NUP107; 70219084 69748014 MDM2; 70636774 70352877 LYZ; 70219084 70748773 C12orf28; 70910630 70352877 CNOT2; 71833550 71031220 C12orf28; 72332626 71980090 PTPRB; 72580398 LGR5; TPH2; 8165204589981828 82153332 90103077 PPFIA2; ATP2B1; 7248104674931551 7305942275433857 74935223 TRHDE; 75669759 75603648 ATXN7L3B; 75874460 75784708 KCNC2; 76419227 75897633 CAPS2; 76419227 76427712 GLIPR1; 77252495 76427712 PHLDA1; 77252495 77272840 PHLDA1; 78224685 77272840 CSRP2; 79257773 78606790 CSRP2; 79257773 79845788 NAV3; 79968759 79845788 SYT1; 80167343 80084877 SYT1; 80167343 80329240 PAWR; 80167343 80329240 PPP1R12A; 80799774 80329240 PPP1R12A; 80799774 81074013 PPP1R12A; 81331594 81074013 PTPRQ; 81652045 81650533 PTPRQ; 82153332 ACSS3; PPFIA2; − + + + + − − + + − − + + + + + + − + + − − + + − − + − − − − + + + − − − − + + + − 64616117 64790845 RPS11P6; ENSG00000185306.6 chr12 6504784065860600 6504879966151800 66036152 RP11-338E21.3;66328557 66220777 RP11-230G5.2;66524531 66342259 ENSG00000153179.6 RPSAP52;66524531 66528229 ENSG00000174099.6 RP11-366L20.3;66645525 chr12 66528229 RP11-745O10.2;68052771 66651214 ENSG00000149948.9 chr12 RP11-745O10.2;68383225 ENSG00000139233.2 68064699 ENSG00000149948.9 RP11-335I12.2;68383225 ENSG00000155957.10 chr12 68628466 RP11-335O4.3;69068151 chr12 68628466 chr12 ENSG00000090376.4 chr12 GS1-410F4.2;69235068 69081535 ENSG00000127334.10 GS1-410F4.2;69746949 69237017 chr12 RP11-637A17.2;70297813 chr12 ENSG00000111537.4 69748005 RP11-611O2.5;70297813 ENSG00000111536.4 ENSG00000111581.5 70637140 RP11-1143G9.4;70340323 chr12 70637140 ENSG00000135679.15 RP11-611E13.2;70861860 chr12 chr12 ENSG00000090382.2 70340861 RP11-611E13.2;71976073 chr12 70932859 ENSG00000166268.5 RP11-611E13.3;72439929 chr12 71977632 ENSG00000111596.7 RP11-588H23.3; chr12 72451157 ENSG00000166268.5 RP11-186F10.2; ENSG00000127329.9 chr12 RP11-89M22.3; chr12 ENSG00000139292.7 chr12 ENSG00000139287.7 chr12 chr12 8177182189954906 81866733 89987798 RP11-315E17.1; RP11-981P6.1; ENSG00000139220.10 chr12 ENSG00000070961.10 chr12 72647288 72668687 AC087886.1; ENSG00000072657.4 chr12 7493192575414749 7493241375628520 75438573 RP11-56G10.2;75877904 75692288 RP11-81K13.1;76424274 75883600 ENSG00000253719.2 RP11-560G2.1;76426438 76425158 ENSG00000166006.8 RP11-585P4.5;77252003 76427677 chr12 ENSG00000180881.14 RP11-290L1.3;77271973 77261963 chr12 RP11-290L1.2;78445961 ENSG00000139278.5 chr12 77274132 RP11-461F16.4; ENSG00000139289.779354038 78485517 RP11-461F16.3; chr12 ENSG00000139289.779734985 79439424 ENSG00000175183.5 chr12 RP11-136F16.1;80083924 79897176 ENSG00000175183.5 chr12 RP11-390N6.1;80083924 80172231 chr12 ENSG00000067798.8 RP1-78O14.1;80217558 80172231 chr12 ENSG00000067715.9 RP11-530C5.1;80328681 80219276 chr12 RP11-530C5.1;80849275 ENSG00000067715.9 80334448 chr12 ENSG00000177425.6 RP11-530C5.2;80977462 80852604 ENSG00000058272.10 RP11-84G21.1;81488154 chr12 80987480 chr12 ENSG00000058272.10 RP11-288D9.1;81664454 chr12 81519624 ENSG00000058272.10 RP11-272K23.3; chr12 81706201 ENSG00000139304.7 RP11-543H12.1; chr12 ENSG00000139304.7 RP11-121G22.3; ENSG00000111058.3 chr12 chr12 ENSG00000139220.10 chr12 chr12 lncRNA gene Protein-coding gene − − − − + + − − + + − − − − − − + − − + + − − + + − + + + + − − − + + + + − − − + + ) contd ( ENSG00000256314.1ENSG00000250748.2 chr12 ENSG00000241749.2 chr12 ENSG00000256083.1 chr12 ENSG00000239335.4 chr12 ENSG00000239335.4 chr12 ENSG00000256072.1 chr12 ENSG00000235872.2 chr12 ENSG00000255733.1 chr12 ENSG00000255733.1 chr12 ENSG00000247363.2 chr12 ENSG00000257181.1 chr12 ENSG00000257764.1 chr12 ENSG00000257815.1 chr12 ENSG00000257815.1 chr12 ENSG00000257241.1 chr12 ENSG00000258168.1 chr12 ENSG00000257761.1 chr12 ENSG00000258115.1 chr12 ENSG00000236333.2 chr12 chr12 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000243024.2 chr12 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000258302.1 chr12 ENSG00000257386.1ENSG00000257434.1 chr12 ENSG00000254451.2 chr12 ENSG00000257497.1 chr12 ENSG00000257453.1 chr12 ENSG00000257839.1 chr12 ENSG00000257445.1 chr12 ENSG00000257910.1 chr12 ENSG00000258225.1 chr12 ENSG00000257191.1 chr12 ENSG00000257894.1 chr12 ENSG00000258048.1 chr12 ENSG00000258048.1 chr12 ENSG00000258044.1 chr12 ENSG00000257557.1 chr12 ENSG00000257424.1 chr12 ENSG00000257429.1 chr12 ENSG00000258026.1 chr12 ENSG00000257467.1 chr12 ENSG00000258162.1 chr12 chr12

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 94071151 94288616 CRADD; 9129939992536286 9134895392813870 92539673 C12orf12; 92821924 BTG1; CLLU1OS; 9356814293963590 93575608 93977263 RP11-511B23.3; 94542499 SOCS2; 94542499 9470145196051583 94701451 PLXNC1; 96196875 96184930 PLXNC1; 96252706 96217085 NTN4; 96337071 96297606 RP11-536G4.1; 96196875 96362370 SNRPF; 96394606 96217085 AMDHD1; 96394606 96437298 RP11-536G4.1; 96588160 96437298 LTA4H; 98909290 96663613 LTA4H; 99120235 98944157 ELK3; 99120235 100378432 TMPO; 100378432 ANKS1B; ANKS1B; 101111304 101522419 ANO4; 101111304 101522419 ANO4; 106457118 106533811 NUAK1; 102271129102271129 102405908 102405908 DRAM1; DRAM1; 106976685 107156581 RFX4; 105629065 105789875 C12orf75; 105413568 105478355 ALDH1L2; 104849073 105155792 CHST11; 104609557 104744061 TXNRD1; 104323885 104347423 HSP90B1; 104235229 104238442 RP11-650K20.3; 104164231 104234975 NT5DC3; 103981051 104160505 STAB2; 103981051 104160505 STAB2; 103981051 104160505 STAB2; 103545620 103562087 RP11-552I14.1; 102467967 102513902 NUP37; 101962131 102079796 MYBPC1; 108126643 108155049 PRDM4; 107712190 108053419 BTBD11; 107385142 107487607 CRY1; 100592900 100635643 ACTR6; 106976685 107156581 RFX4; + − + + − + + + + − + + + + + + − + − + − − − + + + + + + + − + + + + − − + + − − − + 111144.5111144.5 chr12 111145.3 chr12 chr12 91311800 91342446 RP11-916O13.1; ENSG00000197651.3 chr12 9253934992815307 92583436 92885703 RP11-796E2.4; CLLU1; ENSG00000133639.3 chr12 ENSG00000205057.3 chr12 9339719193936239 9360945594101567 93965544 RP11-511B23.2;94561782 94131599 RP11-887P2.1;94665926 ENSG00000258171.1 94579820 RP11-887P2.5;96043031 94670971 ENSG00000120833.8 chr12 RP11-74K11.2;96081095 96067775 ENSG00000169372.7 RP11-1105G2.4;96081095 chr12 ENSG00000136040.4 96358916 PGAM1P5;96081095 ENSG00000136040.4 chr12 96358916 RP11-410A13.3;96189123 chr12 96358916 chr12 RP11-410A13.3;96390299 ENSG00000258292.1 96252617 RP11-410A13.3;96419101 ENSG00000074527.7 ENSG00000139343.6 96405267 chr12 RP11-536G4.2;96616575 ENSG00000139344.3 96421749 chr12 chr12 RP11-256L6.3;98906751 ENSG00000258292.1 96617751 chr12 RP11-256L6.2;99325460 98910200 ENSG00000 RP11-394J1.2;99487137 chr12 99370434 ENSG00000 RP11-181C3.2; 99498789 RP11-473C19.1; ENSG00000 ENSG00000120802.8 RP11-406H4.1; ENSG00000185046.11 chr12 chr12 ENSG00000185046.11 chr12 108003811 108011498 RP11-128P10.1; ENSG00000151136.10 chr12 107108702 107126844 RP11-482D24.3; ENSG00000111783.7 chr12 106496941107074536 106499943 107078478 RP11-114F10.3; RP11-482D24.2; ENSG00000074590.8 ENSG00000111783.7 chr12 chr12 105698645 105720795 RP11-474B16.1; ENSG00000235162.3 chr12 105466264 105467799 RP11-61E11.1; ENSG00000136010.9 chr12 104852873 104862733 AC079316.1; ENSG00000171310.6 chr12 104656092 104674500 RP11-818F20.5; ENSG00000198431.10 chr12 104237527 104323989 RP11-642P15.1; ENSG00000166598.7 chr12 104237527 104323989 RP11-642P15.1; ENSG00000257327.1 chr12 104213388 104215863 RP11-650K20.2; ENSG00000111696.7 chr12 104140093 104162636 RP11-341G23.4; ENSG00000136011.9 chr12 104062353 104063184 RP11-341G23.3; ENSG00000136011.9 chr12 104048558 104051773 RP11-341G23.2; ENSG00000136011.9 chr12 103474728 103572453 RP11-328J6.1; ENSG00000257860.1 chr12 102317188102348776 102318497102457133 102356168 RP11-512N21.3; 102468598 RP11-554E23.2; ENSG00000136048.9 RP11-554E23.4; ENSG00000136048.9 chr12 ENSG00000075188.3 chr12 chr12 102040498 102053748 RP11-755O11.2; ENSG00000196091.7 chr12 108130332 108153745 RP11-864J10.4; ENSG00000110851.7 chr12 101432198 101432872 RP11-350G24.1; ENSG00000151572.12 chr12 101246109 101253040 RP11-263E1.1; ENSG00000151572.12 chr12 100566974 100593561 RP11-175P13.3; ENSG00000075089.5 chr12 107487076 107517092 RP11-797M17.1; ENSG00000008405.6 chr12 lncRNA gene Protein-coding gene − + − − + − − − − + − − − − − − + − + − + + + − − − − − − − + − − − − + + − − + + − + ) contd ( ENSG00000257918.1 chr12 ENSG00000257438.1ENSG00000257711.1 chr12 chr12 ENSG00000257642.1 chr12 ENSG00000257886.1 chr12 ENSG00000245335.1 chr12 ENSG00000257732.1 chr12 ENSG00000214198.3 chr12 ENSG00000214198.3 chr12 ENSG00000257754.1 chr12 ENSG00000257681.1 chr12 ENSG00000257766.1 chr12 ENSG00000257737.1 chr12 ENSG00000257703.1 chr12 ENSG00000257202.1ENSG00000258308.1 chr12 ENSG00000257222.1 chr12 chr12 ENSG00000257514.1 chr12 ENSG00000258136.1 chr12 ENSG00000258007.1 chr12 ENSG00000245904.2ENSG00000205056.6 chr12 chr12 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000196243.4 chr12 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000257579.1 chr12 ENSG00000257325.1 chr12 ENSG00000257322.1ENSG00000246985.2 chr12 ENSG00000258274.1 chr12 ENSG00000258035.1 chr12 ENSG00000258172.1 chr12 ENSG00000257150.1 chr12 ENSG00000257293.1 chr12 ENSG00000257293.1 chr12 ENSG00000257293.1 chr12 ENSG00000258343.1 chr12 ENSG00000257878.1 chr12 ENSG00000257715.1 chr12 ENSG00000258177.1 chr12 ENSG00000257167.2 chr12 ENSG00000257458.1 chr12 ENSG00000258039.2 chr12 ENSG00000257489.1 chr12 chr12 ENSG00000257548.1 chr12

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 116395711 116715143 MED13L; 111890018 112037480 ATXN2; 117348761117890817 117470180117890817 118406788 FBXW8; 118406788 KSR2; KSR2; 121124672121148238 121139667 121161443 MLEC; UNC119B; 112279782112464500 112334343112597992 112546826 MAPKAPK5; 113344582 112819896 NAA25; 113376157 113369991 C12orf51; 113416200 113411054 OAS1; 113623331 113449528 OAS3; 113900694 113630173 OAS2; 114254543 113909877 C12orf52; 114791736 114404176 LHX5; 114846247 RBM19; TBX5; 110152033110906169 110208312 110928190 C12orf34; C12orf24; 119419300119616447 119600856119772517 119658936 SRRM4; 119978852 HSPB8; CCDC60; 122326637 122356203 PSMD9; 122277433 122326517 HPD; 122150658 122220907 TMEM120B; 121866902 122018920 KDM2B; 121746048 121837699 ANAPC5; 122150658 122220907 TMEM120B; 122064455 122080583 ORAI1; 121837844 121868389 RNF34; 121647660 121671909 P2RX4; 121416346 121441746 HNF1A; 121078355 121105127 CABP1; 120907653 120936296 DYNLL1; 109826524 109893328 MYO1H; 120648250 120703574 PXN; 109460894 109525831 USP30; 122688090 122693499 B3GNT4; 120105558 120119435 PRKAB1; 109015686 109027735 SELPLG; 122457328 122499948 BCL7A; 120031264 120079363 TMEM233; 122326692 122359376 RP11-87C12.2; + − + − − + + + + + − − + + + + − − + + + + − − − − + + + − + + − + + + − + + + + + + 117415247 117425142 RP11-231I16.1; ENSG00000174989.7 chr12 117890817118327259 117894791 118328813 RP11-227B21.2; RP11-465L8.1; ENSG00000171435.8 ENSG00000171435.8 chr12 chr12 121134927121159310 121137344 121161442 RP11-173P15.3; RP11-173P15.5; ENSG00000110917.3 ENSG00000175970.6 chr12 chr12 112277571 112280706 AC003029.1; ENSG00000089022.8 chr12 112501713112694604 112503559113345433 112696895 RP1-267L14.3;113345433 113455556 RP3-521E19.2;113345433 113455556 ENSG00000111300.5 RP1-71H24.1;113623429 113455556 ENSG00000173064.5 RP1-71H24.1; chr12 113909808 113629966 RP1-71H24.1; ENSG00000089127.7 chr12 114370374 113918286 RP11-545P7.4; ENSG00000111331.7114845996 114375060 chr12 RP11-82C23.2; ENSG00000111335.8116398992 114850636 chr12 ENSG00000139405.8 RP11-780K2.1; ENSG00000089116.1 116400538 chr12 RP11-385N17.1; chr12 ENSG00000122965.6 RP11-493P1.2; ENSG00000089225.14 chr12 chr12 chr12 ENSG00000123066.3 chr12 110171971110906085 110211313112037302 110907073 AC007834.3; 112038060 RP11-478C19.5; RP11-686G8.2; ENSG00000204856.7 ENSG00000139438.5 ENSG00000204842.8 chr12 chr12 chr12 119825792 120105884 RP11-768F21.1; ENSG00000111725.5 chr12 119468844 119554766 RP11-364C11.2; ENSG00000139767.4 chr12 119619853119825792 119621064119825792 120105884 RP11-64B16.4; 120105884 RP11-768F21.1; ENSG00000152137.2 RP11-768F21.1; ENSG00000183273.2 ENSG00000224982.2 chr12 chr12 chr12 122337854 122338900 RP11-87C12.4; ENSG00000110801.8 chr12 122294165 122294965 RP11-7M8.2; ENSG00000158104.5 chr12 122217514 122241309 RP11-347I19.3; ENSG00000188735.7 chr12 122018697 122031409 RP13-941N14.1; ENSG00000089094.10 chr12 121829765 121837662 RP11-711D18.2; ENSG00000089053.7 chr12 121633051 122226808 AC084018.1; ENSG00000188735.7 chr12 121633051 122226808 AC084018.1; ENSG00000182500.7 chr12 121633051 122226808 AC084018.1; ENSG00000170633.11 chr12 121633051 122226808 AC084018.1; ENSG00000135124.9 chr12 121406416 121418768 HNF1A-AS1; ENSG00000135100.8 chr12 121067908 121079394 RP11-728G15.1; ENSG00000157782.5 chr12 120928131 120933743 RP11-18C24.6; ENSG00000088986.6 chr12 109883215 109885302 RP11-256L11.3; ENSG00000174527.4 chr12 120639094 120650941 RP1-278C19.3; ENSG00000089159.10 chr12 109490155 109491757 RP11-117B7.1; ENSG00000135093.7 chr12 122692326 122750970 RP11-512M8.5; ENSG00000176383.8 chr12 109022463 109035094 RP11-689B22.2; ENSG00000110876.8 chr12 122445340 122457920 RP11-87C12.5; ENSG00000110987.4 chr12 122337854 122338900 RP11-87C12.4; ENSG00000256950.1 chr12 lncRNA gene Protein-coding gene − − + − + + − − − − − + + − − − − + + − − − − + + + + − − − + − − + − − − + − − − − − ) contd ( ENSG00000257020.1 chr12 ENSG00000257020.1 chr12 ENSG00000256811.1 chr12 ENSG00000256392.1 chr12 ENSG00000256742.1 chr12 ENSG00000258435.1 chr12 ENSG00000214271.2 chr12 ENSG00000214271.2 chr12 ENSG00000214271.2 chr12 ENSG00000214271.2 chr12 ENSG00000257279.1 chr12 ENSG00000255686.1ENSG00000256071.1 chr12 ENSG00000257095.1 chr12 chr12 ENSG00000256364.1ENSG00000256569.1 chr12 ENSG00000241388.2 chr12 chr12 ENSG00000234608.1 chr12 ENSG00000258323.1ENSG00000257494.1 chr12 ENSG00000257452.1 chr12 ENSG00000257452.1 chr12 ENSG00000257452.1 chr12 ENSG00000257286.1 chr12 ENSG00000257935.1 chr12 ENSG00000257359.1 chr12 ENSG00000255399.1 chr12 ENSG00000258034.1 chr12 chr12 ENSG00000256008.1 chr12 ENSG00000255650.1ENSG00000257760.1 chr12 ENSG00000258099.1 chr12 chr12 ENSG00000248008.2 chr12 ENSG00000255655.1 chr12 ENSG00000255857.1 chr12 ENSG00000256262.1 chr12 ENSG00000256861.1 chr12 ENSG00000248636.2 chr12 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000257221.1 chr12 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000255856.1 chr12 ENSG00000256609.1ENSG00000248636.2 chr12 ENSG00000248636.2 chr12 chr12

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 1960014120248896 19606766 20357142 RP11-301J16.2; PSPC1; 2039762221547171 20437776 21635718 ZMYM5; LATS2; 21946717 21949350 AL136219.1; 23902965 24007841 SACS; 21950263 22033509 ZDHHC20; 28494157 28500368 PDX1; 24304328 24463558 MIPEP; 29598748 30077892 MTUS2; 24462240 24476794 C1QTNF9B; 29598748 30077892 MTUS2; 24734861 24896096 SPATA13; 24734861 24896096 SPATA13; 24881304 24896673 C1QTNF9; 2499506427131840 2508694827640293 27263085 PARP4; 27746033 WASF3; USP12; 132195626 132284282 SFSWAP; 131438452 131626014 GPR133; 131438452 131626014 GPR133; 131274145 131323811 STX2; 129556270130880682 130388211 131200826 TMEM132D; RIMBP2; 129556270 130388211 TMEM132D; 124808961 125052135 NCOR2; 124155660 124192948 TCTN2; 124069078 124083116 TMED2; 123717463 123742506 C12orf65; 123468027 123634562 PITPNM2; 123405498 123466196 ABCB9; 123464333 123467456 ARL6IP4; 123459127 123464590 OGFOD2; 123349882 123380991 VPS37B; 133416937 133485772 CHFR; 123199303 123201439 HCAR3; 132680924 132905935 GALNT9; 123185840 123187890 HCAR2; 132680924 132905935 GALNT9; 123104824 123215390 HCAR1; 132434505 132565005 EP400; 122755979 122907179 CLIP1; 132413745 132428406 PUS1; + + + − − − − − + + + − − + + − − − − − − − − − − − − − − + − + + − + − + + + + − + − 23993110 24002818 SACS-AS1; ENSG00000151835.9 chr13 19601977 19602841 RP11-301J16.7; ENSG00000187721.6 chr13 2025283020417276 20253837 20417812 PSPC1-AS1; ZMYM5-AS1; ENSG00000121390.12 ENSG00000132950.14 chr13 chr13 2157929621947808 21592261 21950797 LATS2-AS1; ZDHHC20-AS1; ENSG00000215570.2 ENSG00000150457.6 chr13 chr13 21947808 21950797 ZDHHC20-AS1; ENSG00000180776.11 chr13 28403906 28495541 RP11-438F9.2; ENSG00000139515.5 chr13 24463028 24471402 RP11-45B20.3; ENSG00000027001.7 chr13 29813516 29824691 MTUS2-AS2; ENSG00000132938.13 chr13 24463028 24471402 RP11-45B20.3; ENSG00000205863.4 chr13 30051033 30061887 MTUS2-AS1; ENSG00000132938.13 chr13 24826887 24828577 SPATA13-AS1; ENSG00000182957.8 chr13 24889863 24895736 C1QTNF9-AS1; ENSG00000182957.8 chr13 24889863 24895736 C1QTNF9-AS1; ENSG00000240654.1 chr13 24993688 24995180 RP11-169O17.5; ENSG00000102699.5 chr13 2721258627736992 27215501 27743272 WASF3-AS1; USP12-AS1; ENSG00000132970.8 ENSG00000152484.9 chr13 chr13 132241511 132242592 RP11-495K9.5; ENSG00000061936.4 chr12 131515115 131520032 RP11-76C10.2; ENSG00000111452.8 chr12 131143286 131145039 RP11-662M24.1; ENSG00000060709.8 chr12 131474683 131478521 RP11-76C10.5; ENSG00000111452.8 chr12 131295151 131296983 RP11-989F5.1; ENSG00000111450.9 chr12 129693146 129697207 RP11-669N7.3; ENSG00000151952.10 chr12 129594174 129597839 RP11-669N7.2; ENSG00000151952.10 chr12 124997768 124999359 RP11-83B20.1; ENSG00000196498.8 chr12 124192149 124192933 RP11-338K17.8; ENSG00000168778.7 chr12 124066767 124069662 RP11-486O12.2; ENSG00000086598.4 chr12 123736575 123746030 RP11-282O18.3; ENSG00000130921.3 chr12 123565931 123569291 RP11-197N18.7; ENSG00000090975.8 chr12 123459867 123467454 RP11-197N18.2; ENSG00000150967.12 chr12 123413548 123466196 RP11-197N18.4; ENSG00000182196.8 chr12 123413548 123466196 RP11-197N18.4; ENSG00000111325.12 chr12 123349882 123351568 RP11-463O12.3; ENSG00000139722.2 chr12 133464428 133465169 RP11-46H11.12; ENSG00000072609.10 chr12 123171672 123200526 RP11-324E6.6; ENSG00000255398.2 chr12 132853935 132855447 RP13-895J2.3; ENSG00000182870.8 chr12 123171672 123200526 RP11-324E6.6; ENSG00000182782.6 chr12 132851977 132854915 RP13-895J2.2; ENSG00000182870.8 chr12 123171672 123200526 RP11-324E6.6; ENSG00000196917.4 chr12 132562348 132565005 RP13-820C6.2; ENSG00000183495.8 chr12 122880089 122885404 RP11-450K4.1; ENSG00000130779.13 chr12 132409281 132413896 RP11-417L19.4; ENSG00000177192.8 chr12 lncRNA gene Protein-coding gene − − − + + + + + − − − + + − − + + + + + + + + + + + + + + − + + − − + − − − − + − + − ) contd ( ENSG00000255992.1 chr12 ENSG00000255933.1 chr12 ENSG00000256810.1 chr12 ENSG00000256151.1 chr12 ENSG00000256343.1ENSG00000256250.1 chr12 chr12 ENSG00000256699.1 chr12 ENSG00000249196.2 chr12 ENSG00000214650.2 chr12 ENSG00000255839.1 chr12 ENSG00000247373.2 chr12 ENSG00000235423.2 chr12 ENSG00000251497.2 chr12 ENSG00000224665.2 chr12 ENSG00000256028.1 chr12 ENSG00000256028.1 chr12 ENSG00000226619.1 chr13 ENSG00000256152.1 chr12 ENSG00000237644.1ENSG00000223576.1 chr13 chr13 ENSG00000236617.2 chr12 ENSG00000256249.1 chr12 ENSG00000233851.1ENSG00000227146.1 chr13 chr13 ENSG00000256542.1 chr12 ENSG00000256249.1 chr12 ENSG00000227146.1 chr13 ENSG00000256943.1 chr12 ENSG00000256249.1 chr12 ENSG00000229558.1 chr13 ENSG00000257000.1 chr12 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000257097.1 chr12 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000205861.7 chr13 ENSG00000236758.1 chr13 ENSG00000205861.7 chr13 ENSG00000179141.3 chr13 ENSG00000227213.1 chr13 ENSG00000240868.1 chr13 ENSG00000240868.1 chr13 ENSG00000238179.1 chr13 ENSG00000237001.1ENSG00000232162.1 chr13 ENSG00000247381.1 chr13 chr13

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 45911008 45915505 TPT1; 52611093 52703214 NEK5; 48627459 48669267 MED4; 78109809 78219398 SCEL; 4740751348510622 47471169 48612125 HTR2A; SUCLA2; 7619457077618792 7643400477618792 77901185 LMO7; 77901185 MYCBP2; MYCBP2; 46627321 46679161 CPB2; 75858808 76056250 TBC1D4; 70274726 70682591 KLHL1; 4378765443787654 4436104444717679 44361044 ENOX1; 45007655 44735393 ENOX1; 45151283 RP11-478K15.4; 45967451 TSC22D1; 45992590 SLC25A30; 66876967 67804468 PCDH9; 4179082542614176 41837742 42830714 MTRF1; DGKH; 66876967 67804468 PCDH9; 41763969 41768702 KBTBD7; 66876967 67804468 PCDH9; 39261266 39460074 FREM2; 66876967 67804468 PCDH9; 37418968 37494902 SMAD9; 5270677560239717 5273399660239717 60738119 NEK3; 60738119 DIAPH3; DIAPH3; 35516424 36247159 NBEA; 80055287 80130210 NDFIP2; 52158644 52334135 WDFY2; 3260543733677307 3287079433677307 33859892 FRY; 33859892 STARD13; STARD13; 79888876 79980612 RBM26; 5128514451483814 5141807551928213 51544592 DLEU7; 52028400 RNASEH2B; INTS6; 50656307 51298199 DLEU1; 31506840 31549639 C13orf26; 79173227 79177695 POU4F1; 50656307 51298199 DLEU1; − + − − + − − − − − − − − − − − − − + − − − + − − − − − − + + + + − − − − + − + + − + 44118054 4412219245011343 ENOX1-AS1; 45053768 FILIP1LP1; ENSG00000120658.8 chr13 ENSG00000102804.9 chr13 79152611 79181231 RP11-52L5.4; ENSG00000152192.4 chr13 4857552548651273 48576688 48654127 SUCLA2-AS1; MED4-AS1; ENSG00000136143.7 chr13 ENSG00000136146.8 chr13 7764964977654646 7766191178173890 77655325 MYCBP2-AS1; 78180686 MYCBP2-AS2; SCEL-AS1; ENSG00000005810.12 ENSG00000005810.12 chr13 chr13 ENSG00000136155.11 chr13 47426278 47430434 HTR2A-AS1; ENSG00000102468.5 chr13 76203370 76206271 LMO7-AS1; ENSG00000136153.13 chr13 46669028 46687467 CPB2-AS1; ENSG00000080618.8 chr13 75949647 75950209 TBC1D4-AS1; ENSG00000136111.8 chr13 44716682 4481301045915480 RP11-478K15.2; 45965872 XXyac-R12DG2.2; ENSG00000139656.5 ENSG00000133112.12 chr13 chr13 45992297 45994506 XXyac-YMR12DG2.1; ENSG00000174032.11 chr13 70681345 70705678 ATXN8OS; ENSG00000150361.7 chr13 4261786344032601 42618383 44033259 RP11-187A9.3; ENOX1-AS2; ENSG00000102780.11 chr13 ENSG00000120658.8 chr13 67565018 67576139 PCDH9-AS4; ENSG00000184226.10 chr13 41707075 41810822 AL354696.2; ENSG00000120662.10 chr13 67551564 67559908 PCDH9-AS3; ENSG00000184226.10 chr13 41707075 41810822 AL354696.2; ENSG00000120696.7 chr13 67433130 67489163 PCDH9-AS2; ENSG00000184226.10 chr13 39395935 39401707 FREM2-AS1; ENSG00000150893.9 chr13 6058688560718832 6061849166878003 60727639 DIAPH3-AS1; 66897693 DIPAH3-AS2; PCDH9-AS1; ENSG00000139734.11 ENSG00000139734.11 chr13 chr13 ENSG00000184226.10 chr13 37423503 37424183 SMAD9-AS1; ENSG00000120693.9 chr13 5270302752703027 52706855 52706855 AL139082.1; AL139082.1; ENSG00000197168.6 ENSG00000136098.10 chr13 chr13 3369671333851690 3369779735621967 33855471 STARD13-AS1; 35623401 STARD13-AS2; NBEA-AS1; ENSG00000133121.13 ENSG00000133121.13 chr13 chr13 ENSG00000172915.12 chr13 80051499 80055366 NDFIP2-AS1; ENSG00000102471.9 chr13 5145651452028283 5148484852195049 52124128 RNASEH2B-AS1; 52197358 RP11-550E22.3; WDFY2-AS1; ENSG00000136104.10 chr13 ENSG00000102786.9 chr13 ENSG00000139668.5 chr13 32599451 32605776 FRY-AS1; ENSG00000073910.13 chr13 31547426 31551760 RP11-252M21.6; ENSG00000175664.5 chr13 79980444 79997090 RBM26-AS1; ENSG00000139746.9 chr13 51381992 51423145 DLEU7-AS1; ENSG00000186047.8 chr13 51095069 51101585 RP11-175B12.2; ENSG00000176124.6 chr13 50601269 50699856 DLEU2; ENSG00000176124.6 chr13 lncRNA gene Protein-coding gene + + + + + − + − + + + + + + + + − + + + + + + − + + + + + + + + − − − + − − − + + − − ) contd ( ENSG00000231607.2 chr13 ENSG00000234377.1 chr13 ENSG00000227848.1ENSG00000229111.1 chr13 chr13 ENSG00000236051.1ENSG00000229521.1 chr13 ENSG00000224347.1 chr13 chr13 ENSG00000224517.1 chr13 ENSG00000228444.1 chr13 ENSG00000235903.1 chr13 ENSG00000225203.1 chr13 ENSG00000233821.1ENSG00000227258.1 chr13 ENSG00000225727.1 chr13 ENSG00000170919.9 chr13 chr13 ENSG00000251015.1 chr13 ENSG00000230223.1 chr13 ENSG00000231530.1ENSG00000238189.1 chr13 chr13 ENSG00000233840.1 chr13 ENSG00000244848.1 chr13 ENSG00000225263.1 chr13 ENSG00000244848.1 chr13 ENSG00000228842.1 chr13 ENSG00000225350.1 chr13 ENSG00000227528.1ENSG00000223815.1 chr13 ENSG00000234527.1 chr13 chr13 ENSG00000236711.1 chr13 ENSG00000245521.1ENSG00000245521.1 chr13 chr13 ENSG00000233226.1ENSG00000236581.1 chr13 ENSG00000225474.1 chr13 chr13 ENSG00000232132.1 chr13 ENSG00000233672.1ENSG00000236778.1 chr13 ENSG00000226830.1 chr13 chr13 ENSG00000237637.1 chr13 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000238185.1 chr13 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000227354.1 chr13 ENSG00000237152.1 chr13 ENSG00000229323.1 chr13

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 111165374 COL4A2; 21152336 21167130 ANG; 21152372 21168757 RNASE4; 20811741 20826064 PARP2; 20811741 20826064 PARP2; 20937113 20945253 PNP; 21152259 21168761 AL163636.2; 92050929 93519490 GPC5; 92050929 93519490 GPC5; 93879095 95055812 GPC6; 21457929 21465189 METTL17; 1955336519684782 1959007819983559 1968752920754387 POTEG; 20020272 AL589743.1; 20774153 POTEM; TTC5; 93879095 95055812 GPC6; 9608585898795434 9623190699102455 99102023 CLDN10; 99230194 FARP1; STK24; 20914570 20923264 OSGEP; 99445741 99738879 DOCK9; 2105105121058352 2107804321058439 21058982 RNASE11; 21058882 AL163195.1; RNASE12; 111766906 111958084 ARHGEF7; 111766906 111958084 ARHGEF7; 114110134114110134 114145267 114145267 DCUN1D2; DCUN1D2; 113777128 113803843 F10; 113978544 114018446 GRTP1; 113344643 113541482 ATP11A; 113548692 113754053 MCF2L; 114523524 114567046 GAS6; 106118216 106143383 DAOA; 110958159 100258919100258919 100549387100258919 100549387 CLYBL; 100549387 CLYBL; CLYBL; 100741269 101182686 PCCA; 101706130 102068843 NALCN; 102375035102375035 103054124 103054124 FGF14; FGF14; 109248500 109860355 MYO16; 109248500 109860355 MYO16; + + + + − + + + + + + − − − + + − − + + + + + − − + − + + + − − − + + − − − + + + + + 111160526 COL4A2-AS1; ENSG00000134871.12 chr13 21161639 21175279 RP11-903H12.3; ENSG00000214274.5 chr14 21161639 21175279 RP11-903H12.3; ENSG00000181784.11 chr14 20811207 20811844 AL355075.1; ENSG00000129484.9 chr14 21161639 21175279 RP11-903H12.3; ENSG00000258818.1 chr14 92992047 92992856 GPC5-AS2; ENSG00000179399.9 chr13 93353642 93373867 GPC5-AS1; ENSG00000179399.9 chr13 94470677 94488397 GPC6-AS2; ENSG00000183098.5 chr13 21463996 21467322 RP11-84C10.4; ENSG00000165792.11 chr14 19562689 19566731 CTD-2311B13.5; ENSG00000222036.3 chr14 1967048020006913 1968600220773889 20010958 AL589743.2; 20774970 RP11-244H18.1; CTD-2292M16.7; ENSG00000187537.8 ENSG00000206197.2 ENSG00000136319.6 chr14 chr14 chr14 94806447 94840245 GPC6-AS1; ENSG00000183098.5 chr13 20812392 20815047 RP11-203M5.2; ENSG00000129484.9 chr14 9613169899087659 9618616499229498 99088094 CLDN10-AS1; 99231084 FARP1-AS1; STK24-AS1; ENSG00000134873.4 ENSG00000152767.8 chr13 ENSG00000102572.9 chr13 chr13 2091946420942948 20920077 20945248 RP11-203M5.7; RP11-203M5.8; ENSG00000092094.5 ENSG00000198805.6 chr14 chr14 99484338 99486883 DOCK9-AS1; ENSG00000088387.12 chr13 2105580321055803 2107529621055803 21075296 RP11-14J7.6; 21075296 RP11-14J7.6; RP11-14J7.6; ENSG00000173464.9 ENSG00000258436.1 chr14 ENSG00000206171.1 chr14 chr14 111154922 111796652 111797080 ARHGEF7-AS1; ENSG00000102606.11 chr13 114110944 114116670 DCUN1D2-AS1; ENSG00000150401.10 chr13 101116694 101133411 PCCA-AS1; ENSG00000175198.9 chr13 106111404 106158030 DAOA-AS1; ENSG00000182346.10 chr13 111766621 111768922 ARHGEF7-AS2; ENSG00000102606.11 chr13 114005988 114016183 GRTP1-AS1; ENSG00000139835.8 chr13 113399763 113409007 ATP11A-AS1; ENSG00000068650.12 chr13 113621823 113623138 MCF2L-AS1; ENSG00000126217.14 chr13 113782469 113783194 F10-AS1; ENSG00000126218.7 chr13 114123216114518603 114130450 114542321 DCUN1D2-AS2; GAS6-AS1; ENSG00000150401.10 chr13 ENSG00000183087.9 chr13 100342335100378501 100343225100504884 100379745 CLYBL-AS2; 100609401 CLYBL-AS1; AL137139.2; ENSG00000125246.10 ENSG00000125246.10 chr13 ENSG00000125246.10 chr13 chr13 101360579 101711638 RP11-430M15.1; ENSG00000102452.10 chr13 102369914 102375456 RP11-397O8.4; ENSG00000102466.10 chr13 103019889 103026016 FGF14-AS1; ENSG00000102466.10 chr13 109753609 109754267 MYO16-AS2; ENSG00000041515.9 chr13 109816250 109853831 MYO16-AS1; ENSG00000041515.9 chr13 lncRNA gene Protein-coding gene − − − − − + + − − − − − + + − − + + − − − − − + + − + − − − + + + − − + + + − − − − − ) contd ( Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000232885.1 chr13 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000258451.1 chr14 ENSG00000235984.1 chr13 ENSG00000258451.1 chr14 ENSG00000227352.1 chr13 ENSG00000225083.1 chr13 ENSG00000227608.1 chr13 ENSG00000224394.1 chr13 ENSG00000258471.1 chr14 ENSG00000232684.1 chr13 ENSG00000235280.1 chr13 ENSG00000231882.1 chr13 ENSG00000233613.1ENSG00000233695.1 chr13 chr13 ENSG00000258252.1 chr14 ENSG00000228294.2ENSG00000258276.1 chr14 ENSG00000258459.1 chr14 ENSG00000259001.1 chr14 chr14 ENSG00000236520.1 chr13 ENSG00000254846.1 chr14 ENSG00000223392.1ENSG00000231194.1 chr13 ENSG00000224418.1 chr13 chr13 ENSG00000258515.1ENSG00000258908.1 chr14 chr14 ENSG00000229918.1ENSG00000227659.1 chr13 ENSG00000234303.1 chr13 ENSG00000255768.1 chr13 chr13 ENSG00000258573.1ENSG00000258573.1 chr14 ENSG00000258573.1 chr14 ENSG00000258451.1 chr14 chr14 ENSG00000234650.1 chr13 ENSG00000233009.1 chr13 ENSG00000232584.1 chr13 ENSG00000234445.1 chr13 ENSG00000232307.1 chr13 ENSG00000229938.1 chr13 ENSG00000236242.1 chr13 ENSG00000232814.1 chr13 ENSG00000235875.1 chr13

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 2345611023825611 23479375 23834961 C14orf93; EFS; 35451163 35498773 SRP54; 2338972023415437 2339879423415479 23426370 PRMT5; 23451467 HAUS4; RP11-298I3.5; 24028774 2403727924407940 AP1G2; 24422964 24409196 24438483 AL136419.1; DHRS4; 2148492221510385 21539031 21512393 NDRG2; RNASE7; 2198923223025534 2200535023235731 23027939 SALL2; 23241007 AE000662.92; OXA1L; 23881947 2390492724037244 MYH7; 24048009 JPH4; 2467490325075686 24677568 25078905 TSSK4; GZMH; 2924191029241910 29282493 29282493 C14orf23; C14orf23; 34393437 3493198035221937 EGLN3; 35344382 35344853 35344738 BAZ1A; RP11-73E17.1; 3629552436985602 36401531 36990354 BRMS1L; NKX2-1; 21484922 21539031 NDRG2; 2155820521558205 21572881 21572881 ZNF219; ZNF219; 25100160 25103473 GZMB; 3004568730045687 3066110431028329 30661104 PRKD1; 31091318 31089269 PRKD1; 31343720 31205018 G2E3; 31760994 31364271 SCFD1; 31760994 31889788 COCH; 31803518 31889788 HEATR5A; 31915242 31926647 HEATR5A; 31959162 31926716 RP11-176H8.1; 31959162 32330430 C14orf126; 32545320 32330430 NUBPL; 32798479 32628934 NUBPL; 33300567 ARHGAP5; 35030300 AKAP6; 35099389 SNX6; − − − − − − + + − + − + + − − + − + + − − − + + − − − − − − − + + + − − − − + + + + − 2338866523398818 2339261023398818 23424771 AL132780.10;23451907 23424771 RP11-298I3.1; 23468287 RP11-298I3.1; ENSG00000100462.11 RP11-298I3.4; ENSG00000092036.12 chr14 ENSG00000259132.1 chr14 ENSG00000100802.10 chr14 chr14 2382561523884548 23826212 23884895 RP11-124D2.3; CTD-2201G16.1; ENSG00000100842.8 ENSG00000092054.11 chr14 chr14 2403030624030306 2403728224407940 24037282 RP11-66N24.3;24407940 24423406 RP11-66N24.3;24674523 24423406 C14orf167; ENSG00000213983.525064929 24677129 C14orf167; ENSG00000092051.10 25126980 RP11-468E2.2; chr14 chr14 RP11-104E19.1; ENSG00000197775.1 ENSG00000139908.10 ENSG00000157326.13 ENSG00000100450.6 chr14 chr14 chr14 chr14 2148493121492331 2148592121510241 21497430 RP11-998D10.2;21558546 21514097 AL161668.5;21567096 21560491 ENSG00000165795.14 AL161668.12;21989234 21571883 RP11-998D10.7; chr14 23025205 21990794 RP11-998D10.8; ENSG00000165795.1423171820 ENSG00000165799.4 23025956 ENSG00000165804.9 AE000658.22; chr14 23235771 ENSG00000165804.9 AE000662.93; chr14 chr14 CTD-2555K7.2; chr14 ENSG00000165821.6 ENSG00000259003.1 ENSG00000155463.7 chr14 chr14 chr14 25064929 25126980 RP11-104E19.1; ENSG00000100453.7 chr14 2925269729269290 2925499330122015 29299410 RP11-966I7.2; 30127122 RP11-966I7.3; CTD-2503I6.1; ENSG00000186960.6 ENSG00000186960.6 ENSG00000184304.10 chr14 chr14 chr14 3040995130907198 3044941831204132 31042835 RP11-269C4.2;31345385 31291908 RP11-1103G16.1;31717834 31359014 RP11-159L20.2; ENSG00000184304.1031889492 ENSG00000092140.10 31771945 RP11-829H16.3;31889492 chr14 31922089 chr14 ENSG00000092108.15 RP11-596D21.1;31889492 31922089 ENSG00000100473.10 CTD-2213F21.2; chr14 32022564 31922089 ENSG00000129493.10 CTD-2213F21.2; chr14 32027713 32027704 ENSG00000129493.10 CTD-2213F21.2; chr14 32544625 32030540 ENSG00000203546.3 CTD-2213F21.4; chr14 32842543 32545999 ENSG00000129480.8 CTD-2213F21.3;34509303 chr14 32887180 ENSG00000151413.12 RP11-431H16.2;35025980 chr14 34528506 ENSG00000151413.12 RP11-320M16.2; chr14 35343549 35030504 ENSG00000100852.8 RP11-1007I4.1; chr14 35343549 ENSG00000151320.6 35345665 RP11-671J11.4; chr14 35345665 RP11-73E17.2; ENSG00000129521.8 chr14 RP11-73E17.2; ENSG00000129515.14 chr14 ENSG00000198604.5 chr14 ENSG00000258508.1 chr14 chr14 35390064 3545173836988483 RP11-85K15.2; 36992221 NKX2-1-AS1; ENSG00000100883.7 chr14 ENSG00000136352.13 chr14 36288430 36295971 RP11-317N8.5; ENSG00000100916.8 chr14 lncRNA gene Protein-coding gene + + + + + + + + − − − + + + − + + + − − + − − + + − − − + + + + − − − − + + + + − + − ) contd ( ENSG00000237054.1ENSG00000257285.1 chr14 ENSG00000257285.1 chr14 ENSG00000258457.1 chr14 chr14 ENSG00000259018.1ENSG00000258444.1 chr14 chr14 ENSG00000258727.1ENSG00000258727.1 chr14 ENSG00000215256.2 chr14 ENSG00000215256.2 chr14 ENSG00000258833.1 chr14 ENSG00000258657.1 chr14 ENSG00000258657.1 chr14 chr14 ENSG00000258604.1ENSG00000258523.1 chr14 ENSG00000258714.1 chr14 ENSG00000232070.3 chr14 ENSG00000257096.1 chr14 ENSG00000259054.1 chr14 ENSG00000258458.1 chr14 chr14 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000258575.1 chr14 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000257056.2ENSG00000257748.1 chr14 ENSG00000257120.1 chr14 chr14 ENSG00000257904.1ENSG00000257636.1 chr14 ENSG00000258558.1 chr14 ENSG00000258525.1 chr14 ENSG00000257831.1 chr14 ENSG00000250365.2 chr14 ENSG00000250365.2 chr14 ENSG00000250365.2 chr14 ENSG00000258196.1 chr14 ENSG00000257155.1 chr14 ENSG00000258655.1 chr14 ENSG00000258580.1 chr14 ENSG00000258897.1 chr14 ENSG00000259135.1 chr14 ENSG00000258738.1 chr14 ENSG00000258738.1 chr14 ENSG00000258704.1 chr14 chr14 ENSG00000253563.2 chr14 ENSG00000258938.1 chr14

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 39501123 39578850 SEC23A; 58711549 58738730 PSMA3; 59951161 59971429 JKAMP; 51186481 51297839 NIN; 3712677337147636 3714892037147636 37642071 PAX9; 37642071 SLC25A21; SLC25A21; 6165427761654277 6201769461995846 62017694 PRKCH; 62124682 PRKCH; RP11-47I22.4; 38065052 38510647 TTC6; 51324609 51411454 PYGL; 38065052 38510647 TTC6; 51338878 51371688 ABHD12B; 38065052 3851064739644387 TTC6; 39703106 39652422 39819627 PNN; RP11-407N17.3; 5132460951441980 51411454 51562779 PYGL; TRIM9; 3973448845366498 3985615650043390 45376460 CTAGE5; 50065408 C14orf28; RPS29; 5195581852292913 5219744553106634 52446060 FRMD6; 53241912 53162618 GNG2; 55738021 53258386 ERO1L; 55738021 55828636 GNPNAT1; 56955072 55828636 FBXO34; 58030640 57117324 FBXO34; 58448912 C14orf101; SLC35F4; 5008748950159823 50090198 50219870 MGAT2; KLHDC1; 58466453 5876485758765103 C14orf37; 58875212 58840605 58894332 ARID4A; TIMM9; 5077904450785952 5080227650796310 50802276 ATP5S; 50885219 50883179 RP11-247L20.2; 50885219 51027844 CDKL1; 51027844 MAP4K5; MAP4K5; 60712470 60765805 PPM1A; 6086318761438169 60982261 61448076 C14orf39; TRMT5; + − − + + + + − + + + + + − − − + + − + + − − + + + − + + − + + − + + − − − + + − − − 45368111 45381066 RP11-857B24.5; ENSG00000179476.3 chr14 37116288 37128006 RP11-964E11.2; ENSG00000198807.7 chr14 3725784937278076 3727636838365265 37297934 RP11-81F13.1; 38371577 RP11-81F13.2; RP11-138H18.2; ENSG00000183032.6 ENSG00000183032.6 ENSG00000139865.11 chr14 chr14 chr14 6200422662004226 62012005 62012005 RP11-47I22.1; RP11-47I22.1; ENSG00000027075.9 ENSG00000258989.1 chr14 chr14 61764882 61789536 RP11-902B17.1; ENSG00000027075.9 chr14 51314840 51332377 RP11-218E20.2; ENSG00000100504.11 chr14 38472318 38474052 CTD-2058B24.3; ENSG00000139865.11 chr14 51350294 51353947 RP11-218E20.6; ENSG00000131969.10 chr14 38503492 38663486 CTD-2058B24.2; ENSG00000139865.11 chr14 51378944 51380076 RP11-218E20.5; ENSG00000100504.11 chr14 3957234439644089 3957301639735624 39645084 RP11-545M17.1;39735624 39736265 RP11-407N17.4; ENSG00000100934.9 39736265 RP11-407N17.5; ENSG00000100941.4 RP11-407N17.5; chr14 ENSG00000258941.1 chr14 ENSG00000150527.11 chr14 chr14 5155567551921230 51558006 52066670 RP11-1140I5.1; RP11-255G12.5; ENSG00000100505.9 ENSG00000139926.11 chr14 chr14 50053297 50053596 RN7SL1; ENSG00000213741.4 chr14 5243372153107557 5243651853241955 53108284 RP11-463J10.3;55729485 53244458 RP11-841O20.2;55792552 55738793 ENSG00000186469.4 RP11-589M4.1;57099962 55806219 ENSG00000197930.8 RP11-665C16.6;58045350 57115376 chr14 ENSG00000100522.4 RP11-665C16.5;58731380 chr14 58048038 ENSG00000178974.4 RP11-1085N6.2; 58736399 ENSG00000178974.4 chr14 RP11-409I10.2;58836741 chr14 ENSG00000070269.9 CTD-2002H8.2; chr14 58862359 ENSG00000151812.9 chr14 ENSG00000139971.10 RP11-517O13.3; chr14 chr14 ENSG00000032219.14 chr14 5008753350174385 5009019850793244 50175510 RP11-649E7.5; 50794627 RP11-831F12.2; RP11-247L20.4; ENSG00000168282.3 ENSG00000197776.3 ENSG00000125375.10 chr14 chr14 chr14 58732083 5876485258865275 RP11-349A22.5;59945992 5889384360706839 60043549 ENSG00000100567.8 RP11-517O13.1; 60715483 RP11-701B16.2; chr14 ENSG00000100575.8 CTD-2184C24.2; ENSG00000050130.12 chr14 ENSG00000100614.13 chr14 chr14 5079324450863731 5079462750915525 50865063 RP11-247L20.4;50958330 50923460 RP11-247L20.3;51288598 50959289 ENSG00000258447.1 RP11-406H23.2; 51290219 ENSG00000100490.5 RP11-406H23.3; chr14 ENSG00000012983.6 RP11-286O18.1; chr14 ENSG00000012983.6 chr14 ENSG00000100503.16 chr14 chr14 60981837 61021634 RP11-1042B17.3; ENSG00000179008.4 chr14 61346432 61449303 RP11-193F5.1; ENSG00000126814.6 chr14 lncRNA gene Protein-coding gene − + + − − − + − − − + + − − − + − − + − + + − − − + + − − − − − + − − − + + + + + + − ) contd ( Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000258661.1 chr14 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000258690.1ENSG00000258601.1 chr14 ENSG00000259091.1 chr14 chr14 ENSG00000258926.1ENSG00000258926.1 chr14 chr14 ENSG00000258696.1 chr14 ENSG00000258398.1 chr14 ENSG00000259048.1 chr14 ENSG00000258745.1 chr14 ENSG00000258651.1ENSG00000259083.1 chr14 ENSG00000258940.1 chr14 ENSG00000258940.1 chr14 chr14 ENSG00000259055.1ENSG00000258537.1 chr14 chr14 ENSG00000258949.1ENSG00000258486.1 chr14 chr14 ENSG00000259007.1ENSG00000258757.1 chr14 ENSG00000259049.1 chr14 ENSG00000258413.1 chr14 ENSG00000258455.1 chr14 ENSG00000258428.1 chr14 ENSG00000259039.1 chr14 ENSG00000258682.1 chr14 chr14 ENSG00000258658.1 chr14 ENSG00000258377.1ENSG00000258400.1 chr14 ENSG00000259071.1 chr14 chr14 ENSG00000257621.2 chr14 ENSG00000258378.1ENSG00000258782.1 chr14 ENSG00000254718.2 chr14 chr14 ENSG00000259071.1ENSG00000258857.1 chr14 ENSG00000259113.1 chr14 ENSG00000258528.1 chr14 ENSG00000258843.1 chr14 ENSG00000258687.1 chr14 chr14 ENSG00000258670.1 chr14 ENSG00000258892.1ENSG00000247287.2 chr14 chr14

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 74111578 74165604 DNAL1; 75548822 75594047 NEK9; 70838148 70883778 SYNJ2BP; 61995846 62124682 RP11-47I22.4; 7559817375705319 75643334 75735986 TMED10; RP11-293M10.1; 70924217 70926622 ADAM21; 62037258 62125414 RP11-47I22.3; 71374122 71582099 PCNX; 62162231 62214976 HIF1A; 71787166 72207946 SIPA1L1; 62162231 62214976 HIF1A; 72315323 73030654 RGS6; 62453803 62568431 SYT16; 73525144 73588122 RBM25; 64063757 64108579 WDR89; 73704205 73741348 PAPLN; 64854749 64926725 MTHFD1; 73704205 73741348 PAPLN; 64970430 65000408 ZBTB1; 73741815 73930348 NUMB; 65002623 65009955 HSPA2; 73945191 74025651 HEATR4; 65016620 65056098 C14orf50; 73945191 74025651 HEATR4; 65472892 65569413 MAX; 74077649 74086592 ACOT6; 66974125 67648520 GPHN; 66974125 67648520 GPHN; 74181825 74256988 C14orf43; 68286496 69196935 RAD51B; 74318674 74398981 RP5-1021I20.4; 68286496 69196935 RAD51B; 74353320 74399214 ZNF410; 68286496 69196935 RAD51B; 74523553 74551196 ALDH6A1; 69658228 69709075 EXD2; 74964873 75079306 LTBP2; 69658228 69709075 EXD2; 74964873 75079306 LTBP2; 69725994 69821183 GALNTL1; 75469614 75476292 EIF2B2; 70510934 70655787 SLC8A3; − − + − − + + + + + + + + + − + + + + − + − + − − + + + + − + + + + + − + − + − + + − 75726114 75738653 RP11-293M10.2; ENSG00000258740.1 chr14 75593856 75603633 RP11-950C14.7; ENSG00000119638.7 chr14 70833571 70839810 RP11-718G2.4; ENSG00000213463.3 chr14 62023031 62037371 RP11-47I22.2; ENSG00000258989.1 chr14 75593856 75603633 RP11-950C14.7; ENSG00000170348.4 chr14 70892529 71014181 RP11-486O13.4; ENSG00000139985.4 chr14 62023031 62037371 RP11-47I22.2; ENSG00000232774.3 chr14 71394182 71693933 RP1-292L20.1; ENSG00000100731.10 chr14 62147759 62162541 RP11-618G20.4; ENSG00000100644.10 chr14 71759435 71788531 RP1-261D10.2; ENSG00000197555.5 chr14 62182276 62217815 RP11-618G20.2; ENSG00000100644.10 chr14 73019288 73061833 RP3-514A23.2; ENSG00000182732.11 chr14 62536236 62547872 RP11-355I22.5; ENSG00000139973.11 chr14 73525139 73526123 RP11-109N23.4; ENSG00000119707.9 chr14 64065592 64065966 CTD-2302E22.2; ENSG00000140006.7 chr14 73710726 73712687 RP4-647C14.2; ENSG00000100767.9 chr14 64889653 64915275 CTD-2555O16.2; ENSG00000100714.9 chr14 73738890 73740789 RP4-647C14.3; ENSG00000100767.9 chr14 64980872 65007086 RP11-973N13.4; ENSG00000126804.9 chr14 73929129 73943880 RP1-240K6.3; ENSG00000133961.12 chr14 64980872 65007086 RP11-973N13.4; ENSG00000126803.7 chr14 73957669 73960096 C14orf169; ENSG00000187105.2 chr14 65019412 65063254 RP11-973N13.3; ENSG00000165807.3 chr14 73989561 73997314 RP3-414A15.2; ENSG00000187105.2 chr14 65548752 65560930 RP11-840I19.3; ENSG00000125952.13 chr14 74083412 74100644 RP3-414A15.10; ENSG00000205669.2 chr14 66679528 66976112 RP11-72M17.1; ENSG00000171723.11 chr14 74164806 74167054 RP4-693M11.3; ENSG00000119661.7 chr14 67435755 67436533 RP11-862P13.1; ENSG00000171723.11 chr14 74254063 74269973 RP5-1021I20.1; ENSG00000156030.8 chr14 68591721 68596913 CTD-2566J3.1; ENSG00000182185.12 chr14 74362867 74404817 RP5-1021I20.5; ENSG00000258653.1 chr14 69093883 69095162 CTD-2325P2.4; ENSG00000182185.12 chr14 74362867 74404817 RP5-1021I20.5; ENSG00000119725.10 chr14 69150128 69152282 CTD-2325P2.3; ENSG00000182185.12 chr14 74498500 74549566 AC005484.5; ENSG00000119711.8 chr14 69649737 69680809 RP11-363J20.1; ENSG00000081177.12 chr14 74964886 74967501 RP3-449M8.3; ENSG00000119681.7 chr14 69705883 69727284 RP11-363J20.2; ENSG00000081177.12 chr14 75018884 75026751 CTD-2207P18.1; ENSG00000119681.7 chr14 69705883 69727284 RP11-363J20.2; ENSG00000100626.10 chr14 75471422 75475184 RP11-950C14.3; ENSG00000119718.5 chr14 70653840 70696904 RP11-486O13.2; ENSG00000100678.14 chr14 lncRNA gene Protein-coding gene + − + − − + − − − − − − − + − − − − + − + − + + − − − − + − − − − − + − + − + − − + + ) contd ( Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000250548.2 chr14 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000259138.1 chr14 ENSG00000257759.2 chr14 ENSG00000250548.2 chr14 ENSG00000258820.1 chr14 ENSG00000257692.2 chr14 ENSG00000258777.1 chr14 ENSG00000259146.1 chr14 ENSG00000258667.1 chr14 ENSG00000258871.1 chr14 ENSG00000258842.1 chr14 ENSG00000258813.1 chr14 ENSG00000258800.1 chr14 ENSG00000258376.1 chr14 ENSG00000258824.1 chr14 ENSG00000258944.1 chr14 ENSG00000259116.1 chr14 ENSG00000251393.2 chr14 ENSG00000259116.1 chr14 ENSG00000255242.1 chr14 ENSG00000259076.1 chr14 ENSG00000258695.1 chr14 ENSG00000259118.1 chr14 ENSG00000258603.1 chr14 ENSG00000258561.1 chr14 ENSG00000258660.1 chr14 ENSG00000258490.1 chr14 ENSG00000259065.1 chr14 ENSG00000258837.1 chr14 ENSG00000258891.1 chr14 ENSG00000259038.1 chr14 ENSG00000258891.1 chr14 ENSG00000258623.1 chr14 ENSG00000259114.1 chr14 ENSG00000258957.1 chr14 ENSG00000258579.1 chr14 ENSG00000258520.1 chr14 ENSG00000258425.1 chr14 ENSG00000258520.1 chr14 ENSG00000258646.1 chr14 ENSG00000258422.1 chr14 ENSG00000259138.1 chr14 ENSG00000258889.1 chr14

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 96671181 96730266 RP11-404P21.8; 76044960 76129557 AC007182.1; 9617630496671016 96180533 96710666 TCL1A; BDKRB2; 8830416488471468 8846000988932122 88478419 GALC; 88932122 89021077 GPR65; 89591215 89021077 PTPN21; 89591215 90085493 PTPN21; 89591215 90085493 FOXN3; 89883698 90085493 FOXN3; 89591215 89886137 FOXN3; 90862846 90085493 RP11-33N16.1; 91006932 90874605 FOXN3; 91006932 91282823 CALM1; 91006932 91282823 TTC7B; 91006932 91282823 TTC7B; 93403259 91282823 TTC7B; 94385240 93582665 TTC7B; 94395954 ITPK1; FAM181A; 7609996876424442 7642142176618259 76449334 TTLL5; 76776957 76720685 TGFB3; 77228532 76968178 C14orf118; 77228532 77249354 ESRRB; 77597613 77249354 VASH1; 78708734 77609077 VASH1; 78708734 80330762 ZDHHC22; 78708734 80330762 NRXN3; 78708734 80330762 NRXN3; 78708734 80330762 NRXN3; 78708734 80330762 NRXN3; 78708734 80330762 NRXN3; 78708734 80330762 NRXN3; 80663873 80330762 NRXN3; 81421333 80854100 NRXN3; 81641796 81612646 DIO2; 85994943 81687721 TSHR; 85995730 GTF2A1; RP11-497E19.2; 9490880194929054 9491912795552565 94946026 SERPINA11; 95999840 95624347 SERPINA9; 96011061 DICER1; GLRX5; + − + + − + − − − − − + − + − − − − − + + − + + + + − + + + + + + + + − + − + − − − + 9110898291141462 9111523891163677 91142638 RP11-1078H9.5; 91165718 RP11-661G16.1; ENSG00000165914.8 RP11-661G16.2; ENSG00000165914.8 chr14 ENSG00000165914.8 chr14 chr14 79713011 79715366 RP11-588P7.2; ENSG00000021645.12 chr14 76041231 76045931 FLVCR2; ENSG00000119686.5 chr14 96178084 96223993 RP11-164H13.1; ENSG00000100721.6 chr14 9669976896699768 96700438 96700438 RP11-404P21.1; RP11-404P21.1; ENSG00000168398.5 ENSG00000258691.1 chr14 chr14 88277326 88304683 RP11-804L24.2; ENSG00000054983.10 chr14 8847713188965678 8848195589017941 88981433 RP11-300J18.2;89816629 89018837 RP11-507K2.2;89821404 89831043 ENSG00000140030.4 RP11-507K2.3;89866339 89822915 RP11-356K23.1; ENSG00000070778.889878656 89875813 chr14 RP11-356K23.2; ENSG00000070778.890042560 ENSG00000053254.11 90421003 chr14 RP11-33N16.2;90868867 ENSG00000053254.11 90043821 chr14 chr14 RP11-33N16.3;91033839 90871579 chr14 CTD-2303B20.1; ENSG00000053254.11 91036320 RP11-471B22.2; ENSG00000258920.1 ENSG00000053254.11 chr14 RP11-1078H9.2; ENSG00000198668.6 chr14 chr14 93533797 ENSG00000165914.894371076 chr14 93538497 chr14 94393412 ITPK1-AS1; C14orf86; ENSG00000100605.10 chr14 ENSG00000140067.5 chr14 7628084576437267 7631404176620530 76437930 RP11-270M14.4;76961706 76673228 RP11-270M14.5;77240627 ENSG00000119685.12 77193055 RP11-361H10.2;77248083 ENSG00000119699.3 77247861 chr14 RP11-187O7.3;77564654 ENSG00000089916.11 77253067 RP11-488C13.6; chr14 78745915 77691805 chr14 RP11-488C13.5; ENSG00000119715.1079161664 ENSG00000071246.5 78749719 RP11-463C8.4;79169958 chr14 ENSG00000071246.5 79164465 RP11-332E19.2;79210741 chr14 79176277 RP11-232C2.3; ENSG00000177108.579538475 chr14 79220221 ENSG00000021645.12 RP11-232C2.2; 79541110 chr14 RP11-232C2.1; chr14 ENSG00000021645.1280077761 CTD-2243E23.1; ENSG00000021645.1280128009 chr14 80099654 ENSG00000021645.1280677762 ENSG00000021645.12 chr14 80257606 RP11-242P2.2;81573377 chr14 80921812 chr14 RP11-242P2.1;81687562 81636758 CTD-2540C19.1; ENSG00000021645.1285991477 81688799 RP11-114N19.3; ENSG00000021645.12 ENSG00000211448.6 chr14 85996332 AL136040.2; chr14 ENSG00000165409.10 RP11-497E19.1; chr14 chr14 ENSG00000258945.1 ENSG00000165417.6 chr14 chr14 9489697094896970 9493106795623982 94931067 RP11-349I1.2;95998634 95646263 RP11-349I1.2; 96001209 AL356017.3; ENSG00000186910.3 SNHG10; ENSG00000170054.10 chr14 chr14 ENSG00000100697.9 chr14 ENSG00000182512.4 chr14 lncRNA gene Protein-coding gene − − − + − + + + + + − + − + + + + + − − + − − − − + − − − − − − − − + − + − + + + − + ) contd ( Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000224721.1 chr14 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000259036.1ENSG00000259036.1 chr14 chr14 ENSG00000258407.1ENSG00000258983.1 chr14 ENSG00000258789.1 chr14 ENSG00000258752.1 chr14 ENSG00000258699.1 chr14 ENSG00000258380.1 chr14 ENSG00000259053.1 chr14 ENSG00000259073.1 chr14 ENSG00000258424.1 chr14 ENSG00000258935.1 chr14 ENSG00000259163.1 chr14 ENSG00000258437.1 chr14 ENSG00000258716.1 chr14 ENSG00000258730.1 chr14 ENSG00000258584.1 chr14 chr14 ENSG00000259103.1ENSG00000258876.1 chr14 ENSG00000258756.1 chr14 ENSG00000259124.1 chr14 ENSG00000259081.1 chr14 ENSG00000258301.2 chr14 ENSG00000259164.1 chr14 ENSG00000258723.1 chr14 ENSG00000258719.1 chr14 ENSG00000258874.1 chr14 ENSG00000258478.1 chr14 ENSG00000258829.1 chr14 ENSG00000258662.1 chr14 ENSG00000259106.1 chr14 ENSG00000258637.1 chr14 ENSG00000258766.1 chr14 ENSG00000258999.1 chr14 ENSG00000247694.1 chr14 ENSG00000205562.1 chr14 ENSG00000259077.1 chr14 chr14 ENSG00000256357.1ENSG00000256357.1 chr14 ENSG00000235706.3 chr14 ENSG00000247092.2 chr14 chr14 ENSG00000257275.2 chr14

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 9667118196671181 96730266 96730266 RP11-404P21.8; RP11-404P21.8; 35080296 35087927 ACTC1; 3087512832933877 32464722 32989299 CHRNA7; SCG5; 28000021 28344504 OCA2; 27216429 27778373 GABRG3; 2721642927216429 27778373 27778373 GABRG3; GABRG3; 99977603 100070363 CCDC85C; 25582381 25684128 UBE3A; 99635624 99737861 BCL11B; 96858448 96955764 AK7; 96722161 96735304 BDKRB1; 96671016 96710666 BDKRB2; 3687181240986972 37102432 41024356 C15orf41; RAD51; 35663083 35838404 ATPBD4; 102228135 102394326 PPP2R5C; 102228135 102394326 PPP2R5C; 102196774 102198859 RP11-796G6.2; 100437786100704635 100610573100704635 100749129 EVL; 100704635 100749129 YY1; 100757448 100749129 YY1; 100800125 100772884 YY1; 100800125 100843142 SLC25A29; 101003486 100843142 WARS; 101053750 WARS; BEGAIN; 100150641100437786 100193638 100610573 CYP46A1; EVL; 105639275105864916 105647660105886157 105916443 NUDT14; 105937066 TEX22; MTA1; 105235686 105262088 AKT1; 104022881104028233 104029168104029299 104167888 BAG5; 104314058 104152261 KLC1; 104394799 104324386 RP11-73M18.2; 105046021 104519004 CTD-2134A5.2; 105155943 105056852 TDRD9; 105185942 C14orf180; INF2; 102430865 102517129 DYNC1H1; + − + + + + − + + + + − − − − + + + + + − − − − + + + − + + + − + + + + + + + + + + − 35047285 35105124 AC087457.1; ENSG00000159251.4 chr15 32948285 32965266 RP11-1000B6.2; ENSG00000166922.4 chr15 30857143 30917976 AC026150.6; ENSG00000175344.9 chr15 28020767 28021944 AC090696.2; ENSG00000104044.10 chr15 27728181 27787137 RP11-100M12.3; ENSG00000182256.8 chr15 27663942 27665881 RP11-100M12.1; ENSG00000182256.8 chr15 27402762 27406466 AC136896.1; ENSG00000182256.8 chr15 99978838 99979913 RP11-688G15.3; ENSG00000205476.4 chr14 25224704 25664609 UBE3A-AS1; ENSG00000114062.10 chr15 99729285 99731072 AL109767.1; ENSG00000127152.13 chr14 96932561 96940208 RP11-872J21.2; ENSG00000140057.4 chr14 96709202 96710334 RP11-404P21.2; ENSG00000258691.1 chr14 9672574896725748 96734961 96734961 RP11-404P21.3; RP11-404P21.3; ENSG00000258691.1 ENSG00000100739.6 chr14 chr14 96709202 96710334 RP11-404P21.2; ENSG00000168398.5 chr14 40978922 40987305 CTD-2339L15.1; ENSG00000051180.10 chr15 37090798 37110707 AC019016.1; ENSG00000186073.6 chr15 35838396 36151200 AC015994.1; ENSG00000134146.6 chr15 102299772 102305868 CTD-2017C7.1; ENSG00000078304.11 chr14 102262892 102276658 CTD-2017C7.2; ENSG00000078304.11 chr14 102100791 102197445 RP11-1029J19.5; ENSG00000258512.1 chr14 100519140100657423 100541215100673744 100715854 CTD-2376I20.1;100746296 100704892 RP11-638I2.3;100757453 ENSG00000196405.7 100757793 RP11-638I2.4;100800127 100760993 AL157871.2; chr14 ENSG00000100811.5100806169 100820398 RP11-638I2.6; ENSG00000100811.5101005276 100806891 RP11-638I2.8; chr14 101006746 ENSG00000100811.5 RP11-638I2.9; chr14 ENSG00000197119.7 CTD-2062F14.3; ENSG00000140105.11 chr14 chr14 ENSG00000140105.11 ENSG00000183092.11 chr14 chr14 chr14 100157782100443452 100159985 100444435 RP11-543C4.3; RP11-436M15.3; ENSG00000036530.4 ENSG00000196405.7 chr14 chr14 105639541105883221 105640155105934130 105886076 AL512355.4; 105936954 RP11-521B24.3; RP11-521B24.5; ENSG00000226174.2 ENSG00000183828.8 ENSG00000182979.11 chr14 chr14 chr14 105235686 105236608 RP11-982M15.2; ENSG00000142208.11 chr14 104019758104148699 104028214104148699 104150352 RP11-894P9.2;104320703 104150352 RP11-894P9.1;104406763 104346448 RP11-894P9.1; ENSG00000166170.9105055358 104408645 CTD-2134A5.4; ENSG00000126214.14105156428 chr14 105056184 AL136001.4; ENSG00000256500.3 chr14 ENSG00000258735.1 105157621 RP11-614O9.1; chr14 RP11-982M15.5; chr14 ENSG00000156414.14 ENSG00000184601.5 ENSG00000203485.7 chr14 chr14 chr14 102502652 102532565 RP11-1017G21.4; ENSG00000197102.5 chr14 lncRNA gene Protein-coding gene − + + − − − − + − − − − + + + + − − − − − + + + + − − − + − − − + − − − − − − − − − − ) contd ( ENSG00000258959.1 chr14 ENSG00000256705.3 chr14 ENSG00000248079.1 chr15 ENSG00000250007.1 chr15 ENSG00000259088.1 chr14 ENSG00000241818.1 chr15 ENSG00000247728.1 chr15 ENSG00000258404.1 chr14 ENSG00000232394.1 chr15 ENSG00000258560.1ENSG00000258522.1 chr14 ENSG00000258982.1 chr14 ENSG00000259052.1 chr14 ENSG00000258504.1 chr14 ENSG00000258666.1 chr14 ENSG00000258521.1 chr14 ENSG00000259031.1 chr14 chr14 ENSG00000259168.1 chr15 ENSG00000258672.1ENSG00000258693.1 chr14 chr14 ENSG00000258970.1 chr15 ENSG00000228740.2 chr15 ENSG00000258749.1 chr14 ENSG00000224078.3 chr15 ENSG00000235785.1 chr14 ENSG00000257816.1ENSG00000251602.2 chr14 ENSG00000257270.1 chr14 chr14 ENSG00000258530.1 chr14 ENSG00000258430.1 chr14 ENSG00000258533.1 chr14 ENSG00000258793.1ENSG00000258793.1 chr14 chr14 ENSG00000258851.1ENSG00000246451.2 chr14 ENSG00000246451.2 chr14 ENSG00000258534.1 chr14 ENSG00000227729.2 chr14 ENSG00000259037.1 chr14 ENSG00000258858.1 chr14 chr14 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000258533.1 chr14 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000245849.2 chr15 ENSG00000223518.2 chr15

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 64043 69452 WASH4P; 420773691813693262 437113 698474 TMEM8A; 818865 FAM195A; MSLN; 134273 188859 NPRL3; 1359164 1377019 UBE2I; 166233823258772666122 1736716 2390747 CRAMP1L; 2693297 ABCA3; AC141586.1; 3162561 3170518 ZNF205; 55611133 55647845 PIGB; 76030311 76031568 AC019294.5; 68112042 68126899 SKOR1; 77712993 77777949 HMG20A; 76016318 76020029 ODF3L1; 4403859045771809 4406547745771809 45815005 PDIA3; 52401460 45815005 SLC30A4; 52404972 SLC30A4; 59171244 BCL2L10; 60780483 5922588664457716 61521518 SLTM; 64657193 64665968 RORA; 64673709 CSNK1G1; KIAA0101; 4206663242273780 4212005342273780 42343388 MAPKBP1; 43015762 42343388 PLA2G4E; 43825660 43029417 PLA2G4E; 43891596 43982283 CDAN1; 44020948 PPIP5K1; STRC; 41601466 41624819 OIP5; 8069669285144217 8089027885144217 85171027 ARNT2; 91471728 85171027 ZSCAN2; 91471728 91497323 ZSCAN2; 91498100 91497323 UNC45A; 91509270 91506349 UNC45A; 92396925 91538859 RCCD1; 92937058 92715665 PRC1; 96869157 93015640 SLCO3A1; 96883492 ST8SIA2; NR2F2; 1062227914802801 10674555 15045901 EMP2; RP11-719K4.1; 100511794 100882210 ADAMTS17; + + + + − − − + − − − − + − + + + + − − − − − − + − − + − + + + + + + − + + + − − + − 61553 64093 Z84812.1; ENSG00000234769.3 chr16 698473698473 699200 699200 AL022341.3; AL022341.3; ENSG00000172366.13 ENSG00000102854.8 chr16 chr16 432097 442960 Z97634.5; ENSG00000129925.5 chr16 175736 177218 Z69666.2; ENSG00000103148.9 chr16 1355571 1359414 AC120498.2; ENSG00000103275.13 chr16 1675629 1676161 LA16c-395F10.1; ENSG00000007545.9 chr16 23891512653351 2476700 2680495 ABCA17P; AC141586.5; ENSG00000167972.7 ENSG00000205918.3 chr16 chr16 3160462 3165599 AC108134.5; ENSG00000122386.5 chr16 76020011 76030964 AC019294.4; ENSG00000256530.1 chr15 76020011 76030964 AC019294.4; ENSG00000182950.2 chr15 44019116 44039292 CATSPER2P1; ENSG00000167004.7 chr15 42117297 42120134 RP11-23P13.4; ENSG00000137802.9 chr15 77713044 77776947 AC090984.1; ENSG00000140382.9 chr15 59182166 59186281 AC025918.2; ENSG00000137776.11 chr15 4580333445803351 4584892852393790 45811856 HMGN2P46;55609382 52403225 AC025580.1; 55611243 AC023906.1;60771380 ENSG00000104154.4 AC018926.1;64663186 60823166 ENSG00000104154.464663186 chr15 64667537 ENSG00000137875.3 AC087385.1;68126648 chr15 64667537 ENSG00000069943.4 AC087632.1; chr15 68131217 AC087632.1; chr15 ENSG00000069667.10 AC009292.1; ENSG00000169118.9 chr15 ENSG00000166803.4 chr15 ENSG00000188779.6 chr15 chr15 4226496142298330 4229129243029401 42302315 CTD-2382E5.1;43891590 43034389 CTD-2382E5.2;43891590 43897099 ENSG00000188089.9 AC090510.1; 43897099 ENSG00000188089.9 AC011330.12; chr15 AC011330.12; chr15 ENSG00000140326.6 ENSG00000168781.14 ENSG00000242866.3 chr15 chr15 chr15 41576203 41601901 AC012652.1; ENSG00000104147.3 chr15 80726136 80737493 RP11-210M15.1; ENSG00000172379.11 chr15 8514266285154920 8514969691475816 85158200 RP11-182J1.4;91495469 91478360 RP11-182J1.5;91495469 91498455 AC068831.3;91509575 ENSG00000176371.8 91498455 AC068831.6;92706028 ENSG00000176371.8 91531854 chr15 AC068831.6;93013463 92715666 ENSG00000140553.10 chr15 AC068831.8;96812001 93014776 ENSG00000140553.10 RP11-24J19.1; chr15 96870577 ENSG00000166965.8 RP11-763K15.1; chr15 ENSG00000198901.7 AC016251.2; ENSG00000176463.7 chr15 ENSG00000140557.6 chr15 chr15 chr15 ENSG00000185551.7 chr15 10623297 10625939 RP11-27M24.1; ENSG00000213853.4 chr16 15003744 15005202 RP11-680G24.3; ENSG00000224712.4 chr16 100510055 100514105 CTD-3076O17.1; ENSG00000140470.7 chr15 lncRNA gene Protein-coding gene − − − + + + + − + + + − + + + + + − − − − − + − − − − − − − + − − − + + + + − + − + + ) 1111.2 chr15 contd ( ENSG00000244881.1 chr15 ENSG00000246877.1 chr15 ENSG00000246877.1 chr15 ENSG00000225798.1 chr15 ENSG00000179362.8ENSG00000256900.1 chr15 ENSG0000023 chr15 ENSG00000225973.2 chr15 ENSG00000245534.1ENSG00000247333.1 chr15 ENSG00000247333.1 chr15 ENSG00000245719.1 chr15 chr15 ENSG00000246740.2ENSG00000257797.1 chr15 ENSG00000246283.1 chr15 ENSG00000240430.1 chr15 ENSG00000240430.1 chr15 ENSG00000205771.2 chr15 chr15 ENSG00000228201.1ENSG00000228201.1 chr16 ENSG00000206088.1 chr16 chr16 ENSG00000226890.1 chr16 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000247556.1 chr15 chr Strand Start Stop Gene nameENSG00000258010.1 ENSG-ID chr15 chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000250379.1 chr15 ENSG00000203466.2ENSG00000256278.1 chr15 ENSG00000224441.1 chr15 ENSG00000258384.1 chr15 ENSG00000258384.1 chr15 ENSG00000258725.1 chr15 ENSG00000258761.1 chr15 ENSG00000259170.1 chr15 ENSG00000247809.2 chr15 ENSG00000254744.1 chr15 chr15 ENSG00000236829.4 chr16 ENSG00000238098.4ENSG00000215154.1 chr16 ENSG00000249402.1 chr16 chr16 ENSG00000256013.1 chr16 ENSG00000258354.1 chr16 ENSG00000233614.4ENSG00000228779.1 chr16 chr16

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 260118 264367 C17orf97; 906758 1090616 ABR; 7482922 7485431 CD68; 6917814 6920844 AC040977.1; 6915954 6920839 C17orf49; 5008930 5026397 ZNF232; 4901243 4931696 KIF1C; 4871287 4890960 CAMTA2; 4574680 4607632 AC091153.1; 4574680 4607632 AC091153.1; 4402129 4443228 SPNS2; 3572090 3572962 TMEM93; 2496923 2588909 PAFAH1B1; 1963133 2207069 SMG6; 9153789 9479275 STX8; 1963133 2207069 SMG6; 8213559 8225834 ARHGEF15; 14212871837978 1466110 1928178 PITPNA; RTN4RL1; 7486974 7496107 MPDU1; 30116131 30125177 GDPD3; 89574811 89624174 SPG7; 15068599 15233195 PDXDC1; 15688243 15737023 KIAA0430; 20634559 20710212 ACSM1; 21269839 21314372 CRYM; 28915743 28937073 RABEP2; 29753784 29757327 C16orf54; 14844670 15045931 NPIP; 30537244 30546239 ZNF747; 30581028 30584055 ZNF688; 30590294 30597092 ZNF785; 66754796 66785701 DYNC1LI2; 66878282 66888056 CA7; 67596310 67673086 CTCF; 70147529 70195205 PDPR; 75033250 75144611 ZNRF1; 75507022 75529282 CHST6; 88744090 88752882 SNAI3; 88781746 88851372 FAM38A; 89979826 90002505 RP11-566K11.2; 89984287 89987385 MC1R; 89987800 90005169 TUBB3; + + + − + − − − + + + − − − + + − − − − − − − − − + + − − − − + + + + − − − + + + + + 254332 263814 AC108004.3; ENSG00000187624.6 chr17 19211772116991 1924000 2117922 AC099684.1; AC090617.1; ENSG00000185924.4 ENSG00000070366.7 chr17 chr17 7485282 7487390 AC113189.5; ENSG00000129226.8 chr17 6919137 6922949 MIR497HG; ENSG00000258315.1 chr17 6919137 6922949 MIR497HG; ENSG00000161939.10 chr17 5015227 5017672 AC012146.7; ENSG00000167840.8 chr17 4922509 4923388 AC109333.10; ENSG00000129250.6 chr17 4876146 4877976 AC004771.2; ENSG00000108509.14 chr17 4607525 4608824 RP11-314A20.2; ENSG00000141456.8 chr17 4578674 4600129 AC091153.4; ENSG00000141456.8 chr17 4400689 4402969 AC118754.4; ENSG00000183018.2 chr17 3566357 3599488 RP11-48B14.2; ENSG00000127774.5 chr17 2574352 2577029 AC005696.2; ENSG00000007168.5 chr17 2135974 2136904 AL450226.2; ENSG00000070366.7 chr17 9364561 9373331 AC087501.1; ENSG00000170310.4 chr17 8221406 8222030 AC135178.7; ENSG00000198844.5 chr17 10851871420225 1088380 1421389 AC016292.1; AC100748.2; ENSG00000159842.7 ENSG00000174238.7 chr17 chr17 7485282 7487390 AC113189.5; ENSG00000129255.8 chr17 15702331 15704420 CTB-193M12.1; ENSG00000166783.12 chr16 20685853 20693496 AC020926.1; ENSG00000166743.5 chr16 21312170 21329912 NCRNA00169; ENSG00000103316.5 chr16 28897204 28936455 AC109460.2; ENSG00000177548.7 chr16 29756600 29761818 AC009133.2; ENSG00000185905.3 chr16 30107751 30116777 AC012645.1; ENSG00000102886.9 chr16 15003744 15005202 RP11-680G24.3; ENSG00000183426.10 chr16 15219099 15248421 PKD1P6; ENSG00000179889.12 chr16 30538239 30541977 AC002310.2; ENSG00000169955.5 chr16 30583571 30595181 AC002310.7; ENSG00000229809.2 chr16 30583571 30595181 AC002310.7; ENSG00000197162.6 chr16 66785655 66788643 AC044802.1; ENSG00000135720.6 chr16 66875336 66887351 RP11-61A14.1; ENSG00000168748.8 chr16 67648284 67649245 AC009095.4; ENSG00000102974.9 chr16 70192860 70207351 AC009060.1; ENSG00000090857.7 chr16 75142499 75144610 AC099508.1; ENSG00000186187.5 chr16 75507023 75529305 AC009163.1; ENSG00000183196.3 chr16 88738213 88746008 AC138028.2; ENSG00000185669.4 chr16 88797588 88804506 RP5-1142A6.2; ENSG00000103335.13 chr16 89584045 89588625 AC092123.1; ENSG00000197912.7 chr16 89986235 89989070 RP11-566K11.4; ENSG00000258947.1 chr16 89986235 89989070 RP11-566K11.4; ENSG00000258839.1 chr16 89986235 89989070 RP11-566K11.4; ENSG00000198211.7 chr16 lncRNA gene Protein-coding gene − − − − + − + + + − − − + + + + + + + + + + − − − + + + + − − − − + + + − − − − + + − ) contd ( ENSG00000233223.1 chr17 ENSG00000233223.1 chr17 ENSG00000232607.1 chr17 ENSG00000232607.1 chr17 ENSG00000234327.1 chr17 ENSG00000227495.1 chr17 ENSG00000234203.1 chr17 ENSG00000244184.1 chr17 ENSG00000235085.1 chr17 ENSG00000229782.1 chr17 ENSG00000257950.2 chr17 ENSG00000247061.1 chr17 ENSG00000225084.1 chr17 ENSG00000225751.1 chr17 ENSG00000257769.1 chr16 ENSG00000246328.1 chr16 ENSG00000189149.6 chr16 ENSG00000245192.1 chr16 ENSG00000246710.1 chr16 ENSG00000250616.1 chr16 ENSG00000228133.1ENSG00000236838.1 chr17 chr17 ENSG00000226871.1 chr17 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000258354.1 chr16 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000250251.2 chr16 ENSG00000245600.1 chr16 ENSG00000239791.1 chr16 ENSG00000239791.1 chr16 ENSG00000246777.1 chr16 ENSG00000258122.1 chr16 ENSG00000237718.1 chr16 ENSG00000247228.1 chr16 ENSG00000247033.1 chr16 ENSG00000203472.2 chr16 ENSG00000248168.1 chr16 ENSG00000224888.2 chr16 ENSG00000245196.1 chr16 ENSG00000259006.1 chr16 ENSG00000259006.1 chr16 ENSG00000235361.1ENSG00000236618.1 chr17 chr17 ENSG00000241525.1 chr17 ENSG00000259006.1 chr16

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 21101263 21117908 TMEM11; 39114669 39123144 KRT39; 43224684 43229468 HEXIM1; 26694297 26700110 AC002094.1; 42977135 42982758 FAM187A; 26691310 26694888 CTB-96E2.2; 42977084 42982758 CCDC103; 26691290 26697373 VTN; 42396993 42402238 SLC25A39; 26662730 26674035 TNFAIP1; 42385943 42396039 RUNDC3A; 20739760 20799453 CCDC144NL; 41363894 41371589 TMEM106A; 19140690 19240028 EPN2; 39657233 39661849 KRT13; 18853989 18924004 SLC5A10; 39577005 39580775 KRT37; 18610008 18610175 AC026271.7; 17584787 17714767 RAI1; 39078948 39093836 KRT23; 16946074 17088874 MPRIP; 36584720 36668628 ARHGAP23; 16344891 16395467 C17orf76; 34415602 34417515 CCL3; 16245848 16256813 CENPV; 34198495 34207797 CCL5; 15635570 15647766 TBC1D26; 30819628 31203902 MYO1D; 15602891 15640874 ZNF286A; 30771502 30809398 PSMD11; 12569207 12672266 MYOCD; 29248698 29286340 ADAP2; 10395624 10421860 MYH1; 26941459 26972472 KIAA0100; 10368772 10453274 MYH2; 26907030 26941474 AC005726.6; 43513267 43568146 PLEKHM1; 10346607 10372876 MYH4; 26907030 26941203 RP11-192H23.4; 43340488 43394414 MAP3K14; 10293639 10325267 MYH8; 26904608 26926297 SPAG5; 43299292 43324681 FMNL1; + − + − + − − + + − − + + − + − − − + − + + − − − − + − + + + + − − − − − − − − − − + 21117671 21133348 AC087294.2; ENSG00000178307.4 chr17 43227985 43236822 AC002117.1; ENSG00000186834.2 chr17 26684670 26708716 CTB-96E2.3; ENSG00000255604.1 chr17 42980529 42981914 AC015936.3; ENSG00000214447.3 chr17 26684670 26708716 CTB-96E2.3; ENSG00000258852.1 chr17 42980529 42981914 AC015936.3; ENSG00000167131.10 chr17 26684670 26708716 CTB-96E2.3; ENSG00000109072.5 chr17 42396996 42397584 AC003043.2; ENSG00000013306.10 chr17 26673659 26684545 POLDIP2; ENSG00000109079.3 chr17 42384668 42392683 AC003102.3; ENSG00000108309.7 chr17 20771810 20901341 AC090774.1; ENSG00000205212.3 chr17 41368960 41381062 AC109326.1; ENSG00000184988.2 chr17 19199909 19209574 AC107982.5; ENSG00000072134.9 chr17 39657235 39658661 AC019349.5; ENSG00000171401.8 chr17 18854938 18857462 AC090286.4; ENSG00000154025.9 chr17 39558668 39581301 AC003958.2; ENSG00000108417.3 chr17 18601367 18639432 AC026271.1; ENSG00000236220.1 chr17 39077682 39132178 AC004231.2; ENSG00000196859.2 chr17 17662468 17674135 AC122129.3; ENSG00000108557.12 chr17 39077682 39132178 AC004231.2; ENSG00000108244.11 chr17 16979352 16980672 AC079111.1; ENSG00000133030.12 chr17 36606675 36608643 AC124789.1; ENSG00000225485.2 chr17 16342289 16367300 NCRNA00188; ENSG00000181350.7 chr17 34408992 34417208 AC069363.1; ENSG00000006075.10 chr17 16229799 16250988 AC005971.3; ENSG00000166582.4 chr17 34195971 34212867 AC015849.2; ENSG00000161570.3 chr17 15638337 15647113 AC005324.6; ENSG00000214946.7 chr17 31203777 31205655 AC084809.2; ENSG00000176658.10 chr17 15638337 15647113 AC005324.6; ENSG00000187607.9 chr17 30748305 30772564 AC005899.1; ENSG00000108671.4 chr17 12575179 12609452 AC005358.3; ENSG00000141052.11 chr17 29283298 29283979 AC091177.1; ENSG00000184060.5 chr17 10286461 10527704 AC005323.1; ENSG00000109061.7 chr17 26925808 26944393 AC005726.11; ENSG00000007202.7 chr17 10286461 10527704 AC005323.1; ENSG00000125414.10 chr17 26925808 26944393 AC005726.11; ENSG00000167524.8 chr17 43530210 43541431 AC091132.1; ENSG00000225190.2 chr17 10286461 10527704 AC005323.1; ENSG00000141048.2 chr17 26925808 26944393 AC005726.11; ENSG00000258472.1 chr17 43357852 43360435 AC003963.1; ENSG00000006062.8 chr17 10286461 10527704 AC005323.1; ENSG00000133020.3 chr17 26925808 26944393 AC005726.11; ENSG00000076382.8 chr17 43317682 43318564 AC138150.4; ENSG00000184922.7 chr17 lncRNA gene Protein-coding gene − − + − + − + + − + − + − − + − + + + − + − − + + + + − + − − − − + + + + + + + + + + ) contd ( ENSG00000233175.1 chr17 ENSG00000227543.2 chr17 ENSG00000224505.1 chr17 ENSG00000258924.1 chr17 ENSG00000224911.1 chr17 ENSG00000258924.1 chr17 ENSG00000224911.1 chr17 ENSG00000258924.1 chr17 ENSG00000237411.1 chr17 ENSG00000004142.6 chr17 ENSG00000235530.1 chr17 ENSG00000225445.1 chr17 ENSG00000233098.2 chr17 ENSG00000236383.1 chr17 ENSG00000235397.1 chr17 ENSG00000229732.1 chr17 ENSG00000196893.3 chr17 ENSG00000234859.1 chr17 ENSG00000240984.1 chr17 ENSG00000234477.1 chr17 ENSG00000237328.1 chr17 ENSG00000234477.1 chr17 ENSG00000225442.1 chr17 ENSG00000228576.1 chr17 ENSG00000175061.9 chr17 ENSG00000224298.1 chr17 ENSG00000225436.1 chr17 ENSG00000237805.1 chr17 ENSG00000233002.1 chr17 ENSG00000226377.1 chr17 ENSG00000233002.1 chr17 ENSG00000246715.1 chr17 ENSG00000227274.1 chr17 ENSG00000230113.1 chr17 ENSG00000249095.1 chr17 ENSG00000227543.2 chr17 ENSG00000249095.1 chr17 ENSG00000227543.2 chr17 ENSG00000236234.1 chr17 ENSG00000249095.1 chr17 ENSG00000227543.2 chr17 ENSG00000250018.1 chr17 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000249095.1 chr17 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 1111 EPN3; 45331208 45518678 C17orf57; 4736656847481414 4743983547572655 47492246 ZNF652; 47592379 PHB; NGFR; 61086898 61505067 TANC2; 4533120845973516 45518678 46006323 C17orf57; SP2; 47653220 47659652 NXPH3; 61086898 61505067 TANC2; 46210802 46507594 SKAP1; 47778305 47786376 SLC35B1; 65821637 66033571 BPTF; 4661825646626232 4662344146626232 46667634 HOXB2; 46667634 HOXB3; HOXB3; 47787694 47866542 FAM117A; 46652875 46657473 HOXB4; 4791567148172101 47925379 48189516 TAC4; PDK2; 46668619 46671323 HOXB5; 48241575 48253292 SGCA; 46671639 46682354 HOXB6; 48450581 48458820 EME1; 4662623246684590 46667634 46710934 HOXB3; HOXB7; 48458599 48474914 LRRC59; 46698518 46703839 HOXB9; 48609904 4862 46684590 46710934 HOXB7; 4863842948638429 4870483548638429 48704835 CACNA1G; 48704835 CACNA1G; CACNA1G; 46802125 46806540 HOXB13; 48939584 48945339 TOB1; 4697012746985731 4697323347006678 47006418 ATP5G1; 47022479 UBE2Z; SNF8; 49039535 49198226 SPAG9; 47074774 47133012 IGF2BP1; 53342321 53402426 HLF; 47074774 47133012 IGF2BP1; 57060002 57184266 TRIM37; 57187308 57232800 SKA2; + − − + + + + + + − − + − − − − − − + − + − + − − − − + − + + + − − + + − − + + + − − 49119885 49162832 RP11-481C4.1; ENSG00000008294.13 chr17 45400564 45402367 AC068234.1; ENSG00000178852.9 chr17 4748144347583019 47482559 47651426 RP11-1079K10.4; RP5-1029K10.2; ENSG00000167085.6 ENSG00000064300.4 chr17 chr17 47438527 47447360 RP11-1079K10.3; ENSG00000198740.4 chr17 61271291 61275146 AC037445.1; ENSG00000170921.9 chr17 45975826 46018776 AC003665.1; ENSG00000167182.10 chr17 45486688 45500892 CTD-2026D20.2; ENSG00000178852.9 chr17 47622209 47655324 RP5-1029K10.4; ENSG00000182575.6 chr17 61458592 61491673 AC015923.1; ENSG00000170921.9 chr17 46371707 46385191 AC090627.1; ENSG00000141293.9 chr17 47785696 47797422 RP11-613C6.2; ENSG00000121073.7 chr17 65871895 65881544 AC107377.1; ENSG00000171634.11 chr17 4662001746620017 4662861046627247 46628610 RP11-357H14.12; 46683776 RP11-357H14.12; ENSG00000173917.7 RP11-357H14.7; ENSG00000120093.6 chr17 ENSG00000120093.6 chr17 chr17 47785696 47797422 RP11-613C6.2; ENSG00000121104.3 chr17 46627247 46683776 RP11-357H14.7; ENSG00000182742.5 chr17 4792327248178068 47926199 48179284 RP11-304F15.3; RP5-875H18.4; ENSG00000176358.10 ENSG00000005882.6 chr17 chr17 46627247 46683776 RP11-357H14.7; ENSG00000120075.5 chr17 48248789 48258539 HILS1; ENSG00000108823.11 chr17 46627247 46683776 RP11-357H14.7; ENSG00000108511.7 chr17 48452420 48453244 RP1-117B12.2; ENSG00000154920.9 chr17 4663462446694460 46637695 46699890 RP11-357H14.11; AC103702.1; ENSG00000120093.6 chr17 ENSG00000120087.6 chr17 48473799 48475249 RP1-117B12.4; ENSG00000108829.8 chr17 46694460 46699890 AC103702.1; ENSG00000170689.7 chr17 48614655 48616115 RP11-94C24.8; ENSG00000049283.11 chr17 46706037 46712294 RP11-357H14.4; ENSG00000120087.6 chr17 4863356848640564 4863946948704393 48641144 RP11-94C24.10; 48709301 RP11-94C24.11; ENSG00000006283.12 CTB-22K21.2; ENSG00000006283.12 chr17 chr17 ENSG00000006283.12 chr17 46800530 46802819 HOXB13-AS1; ENSG00000159184.7 chr17 48944040 48987098 AC091062.2; ENSG00000141232.4 chr17 4695222246952222 4698634547009153 46986345 RP11-463M16.4; 47014462 RP11-463M16.4; ENSG00000159199.7 AC091133.1; ENSG00000159202.11 chr17 chr17 ENSG00000159210.3 chr17 47072628 47074854 RP11-501C14.5; ENSG00000159217.5 chr17 53348865 53351014 AC007638.1; ENSG00000108924.6 chr17 47082093 47091087 RP11-501C14.6; ENSG00000159217.5 chr17 57183959 57195628 AC099850.1; ENSG00000108395.8 chr17 57183959 57195628 AC099850.1; ENSG00000182628.7 chr17 lncRNA gene Protein-coding gene − + − + − − − − − + + − + + + + + + − + − + − + + + + − + − − − + + − − + + − − − + + ) contd ( Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000247683.1 chr17 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000250186.3ENSG00000249906.1 chr17 chr17 ENSG00000234494.1 chr17 ENSG00000253347.1 chr17 ENSG00000250310.1 chr17 ENSG00000226797.1 chr17 ENSG00000235300.1 chr17 ENSG00000250751.1 chr17 ENSG00000247912.2 chr17 ENSG00000230148.3ENSG00000230148.3 chr17 ENSG00000233101.5 chr17 chr17 ENSG00000250751.1 chr17 ENSG00000233101.5 chr17 ENSG00000204584.1ENSG00000250282.1 chr17 chr17 ENSG00000233101.5 chr17 ENSG00000188662.5 chr17 ENSG00000233101.5 chr17 ENSG00000249144.1 chr17 ENSG00000239552.2ENSG00000248304.1 chr17 chr17 ENSG00000253102.1 chr17 ENSG00000248304.1 chr17 ENSG00000250286.1 chr17 ENSG00000242207.1 chr17 ENSG00000250107.1ENSG00000250976.1 chr17 ENSG00000251239.1 chr17 chr17 ENSG00000229637.2 chr17 ENSG00000229980.3 chr17 ENSG00000248278.1ENSG00000248278.1 chr17 ENSG00000230532.1 chr17 chr17 ENSG00000249870.1 chr17 ENSG00000250838.1 chr17 ENSG00000249208.2 chr17 ENSG00000251461.1 chr17 ENSG00000224738.1 chr17 ENSG00000248714.2 chr17 ENSG00000224738.1 chr17 ENSG00000233635.1 chr17

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 3496030 4151290 DLGAP1; 13835261383526 13955872900896 13955875830621 NDUFS7; 29184746379580 NDUFS7; 58397428376234 ZNF57; 6393992 FUT6; 8386280 GTF2F1; NDUFA7; 70117161 70122561 SOX9; 77915115 78005429 PARD6G; 11616745 11639987 ECSIT; 43914187 44040783 RNF165; 29843506 30050447 FAM59A; 25530930 25757410 CDH2; 24495597 24765289 CHST9; 24432002 24445749 AQP4; 80202246 80231576 CSNK1D; 79897521 79905109 MYADML2; 15562438 15575382 RASAL3; 79523915 79616376 NPLOC4; 15532319 15560762 WIZ; 79202079 79212891 C17orf56; 15490859 15529833 AKAP8L; 79091095 79139872 AATK; 15464341 15490603 AKAP8; 78518619 78940173 RPTOR; 15348301 15443356 BRD4; 76419778 76573476 DNAH17; 15337730 15343858 EPHX3; 74138534 74236390 RNF157; 15270445 15311792 NOTCH3; 7393759674132425 73975515 74137380 ACOX1; FOXJ1; 15225795 15236596 ILVBL; 15060846 15121432 SLC1A6; 72199721 72206676 RPL38; 14258547 14316972 LPHN1; 68071426 68131744 KCNJ16; 15917817 15918936 OR10H1; 12098432 12157090 CTD-2006C1.2; 66970629 67057136 ABCA9; 15880826 15890774 AC011537.1; 65173819 65184217 DSEL; 15579456 15590663 PGLYRP2; + − − − − − − − − − − − − − − + − − − − − − − − − + + − + − − + + + − − − − + − − − − 3603736 3608312 AP002478.2; ENSG00000170579.8 chr18 13851581392169 13896502915144 13964665836244 AC005329.6; 29171056393820 AC005329.7; 58397338374177 AC006277.2; 6412349 ENSG00000115286.12 AC024592.1; 8384444 ENSG00000115286.12 AC011491.6; chr19 ENSG00000171970.6 AC010323.1; chr19 ENSG00000156413.7 chr19 ENSG00000125651.7 chr19 ENSG00000167774.1 chr19 chr19 72206119 72209481 CTD-2514K5.2; ENSG00000172809.7 chr17 11637552 11639940 AC008481.2; ENSG00000130159.6 chr19 43914928 43917171 AC015959.1; ENSG00000141622.7 chr18 29992145 29993199 AC021224.1; ENSG00000141441.9 chr18 25534483 25543651 AC015933.2; ENSG00000170558.4 chr18 24445272 24515910 CHST9-AS1; ENSG00000154080.7 chr18 24445272 24515910 CHST9-AS1; ENSG00000171885.8 chr18 80200543 80203317 AC132872.3; ENSG00000141551.9 chr17 79899745 79905477 AC137723.5; ENSG00000185105.4 chr17 15050246 16748905 AC020911.1; ENSG00000105122.6 chr19 79604197 79606203 AC139530.1; ENSG00000182446.7 chr17 15050246 16748905 AC020911.1; ENSG00000011451.8 chr19 79203141 79206006 AC027601.1; ENSG00000167302.4 chr17 15050246 16748905 AC020911.1; ENSG00000011243.10 chr19 79139307 79156964 AATK-AS1; ENSG00000181409.6 chr17 15050246 16748905 AC020911.1; ENSG00000105127.2 chr19 78940039 78945013 AC127496.4; ENSG00000141564.8 chr17 15050246 16748905 AC020911.1; ENSG00000141867.11 chr19 76489237 76495428 AC016182.1; ENSG00000187775.9 chr17 15050246 16748905 AC020911.1; ENSG00000105131.2 chr19 74136637 74150364 AC018665.1; ENSG00000141576.8 chr17 15050246 16748905 AC020911.1; ENSG00000074181.2 chr19 74136637 74150364 AC018665.1; ENSG00000129654.6 chr17 15050246 16748905 AC020911.1; ENSG00000105135.9 chr19 73975312 74002080 TEN1; ENSG00000161533.4 chr17 15050246 16748905 AC020911.1; ENSG00000105143.6 chr19 70067183 70216859 AC005152.2; ENSG00000125398.4 chr17 14247991 14282071 AC022098.3; ENSG00000072071.11 chr19 68013465 68125000 AC002539.1; ENSG00000153822.8 chr17 15050246 16748905 AC020911.1; ENSG00000186723.2 chr19 77905807 77929616 AC139100.1; ENSG00000178184.10 chr18 12128703 12163782 CTD-2006C1.10; ENSG00000219665.3 chr19 67000855 67014464 ABCA9-AS1; ENSG00000154258.10 chr17 15050246 16748905 AC020911.1; ENSG00000225607.2 chr19 65183783 65566853 AC114689.1; ENSG00000171451.12 chr18 15050246 16748905 AC020911.1; ENSG00000161031.7 chr19 lncRNA gene Protein-coding gene − + + + + + + + + + + + + + + + − + + + + + + + + + − − + − + + − − − + + + + − + + + ) contd ( ENSG00000246923.1 chr18 ENSG00000248078.1 chr18 ENSG00000249271.1 chr18 ENSG00000227279.1 chr18 ENSG00000236721.1 chr18 ENSG00000238060.2 chr18 ENSG00000236721.1 chr18 ENSG00000245410.1 chr17 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000235296.1 chr17 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000246747.1 chr17 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000233923.1 chr17 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000225180.1 chr17 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000255691.1 chr17 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000233986.2 chr17 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000247180.1 chr17 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000247180.1 chr17 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000108504.9 chr17 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000234899.2ENSG00000246731.2 chr17 chr17 ENSG00000248045.1 chr19 ENSG00000230258.1 chr17 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000226924.2ENSG00000176936.2 chr18 ENSG00000248015.1 chr19 ENSG00000253392.1 chr19 ENSG00000249707.2 chr19 ENSG00000214347.3 chr19 ENSG00000246974.1 chr19 ENSG00000247118.1 chr19 ENSG00000257355.1 chr19 chr19 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000231749.1 chr17 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000246896.2 chr19

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 45116940 45140081 IGSF23; 50832949 50886266 NR1H2; 5191327551913275 5192105752467594 5192105754369477 SIGLEC10; 5249007954369477 SIGLEC10; 5437969154618837 ZNF350; 5437969154926373 MYADM; 5463514054960065 MYADM; 5494808057050317 PRPF31; 54973217 TTYH1; 57068169 LENG8; ZFP28; 59073285 59084942 MZF1; 4559505045971253 4565133547150869 4597841447177574 LRRC68; 4716439547990891 FOSB; 4722038448706403 DACT3; 4801849749141272 PRKD2; 4875920349164666 NAPA; 4914945149403307 CARD8; 49176264 CA11; 49426528 NTN5; NUCB1; 15988834 16008884 CYP4F2; 1602318016272179 1604567616466220 1628428616589875 CYP4F11; 1658278116628700 CIB3; 1673901516661661 EPS15L1; 1665334116685718 CALR3; 1668319316741575 CHERP; 1673901519976714 SLC35E1; 1677095536024314 MED26; 2000429236157715 C19orf42; 3603622137001597 ZNF253; 3616936737034518 GAPDHS; 3701956237309224 UPK1A; 3706419737341780 ZNF260; 3734121537717366 ZNF529; 3738393637959982 ZNF790; 3773456641277553 ZNF345; 3797626042592650 ZNF383; 41302847 ZNF570; 42700737 RAB4B; POU2F2; 58740070 58775010 ZNF544; + − − − + + + + + + − + + − − − − − − + + − − − − − − − − − + + + − − − + + + + − + 111168 AC016629.2; ENSG00000099326.3 chr19 51917552 51918219 CTD-2616J11.3; ENSG00000142512.9 chr19 5191897852452415 5192067954357835 5248461354377880 CTD-2616J11.2; 5437236154622891 AC011460.1; 54379303 ENSG00000142512.954941832 AC008753.6; 5462872254955991 AC008440.5; 54945878 chr19 ENSG00000256683.157056935 AC012314.8; 54960223 ENSG00000179820.10 AC008746.3; 57078774 chr19 ENSG00000179820.10 AC008746.11; chr19 ENSG00000105618.8 AC005498.1; chr19 ENSG00000167614.8 ENSG00000167615.11 chr19 chr19 ENSG00000196867.1 chr19 chr19 4563229245976341 4564107547163621 4597841447163621 AC011489.1; 4718070447987539 AC138128.1; 4718070448758932 CTB-12A17.1; 47999639 ENSG00000104866.549141328 CTB-12A17.1; 48761452 ENSG00000125740.749141328 AC073548.1; ENSG00000197380.5 49184461 chr19 49414187 AC008392.1; ENSG00000105287.7 49184461 chr19 50837053 AC008888.7; chr19 49422148 ENSG00000105402.2 AC008888.7; chr19 50848024 ENSG00000105483.10 AC026803.14; chr19 ENSG00000063180.3 NAPSB; chr19 ENSG00000142233.6 ENSG00000104805.10 chr19 chr19 chr19 ENSG00000131408.7 chr19 45041045 45124119 AC138472.3; ENSG00000216588.3 chr19 15050246 16748905 AC020911.1; ENSG00000186115.5 chr19 15050246 16748905 AC020911.1; ENSG00000171903.10 chr19 1505024615050246 1674890515050246 1674890515050246 AC020911.1; 1674890515050246 AC020911.1; 1674890515050246 AC020911.1; 16748905 ENSG00000141977.415050246 AC020911.1; 16748905 ENSG00000127527.719945686 AC020911.1; 16748905 chr19 ENSG00000141979.336032862 AC020911.1; 20008579 chr19 ENSG00000085872.936158850 AC020911.1; 36036405 chr19 ENSG00000127526.837019220 AC011477.2; 36164193 chr19 ENSG00000105085.437025676 AD000090.2; 37026137 chr19 ENSG00000214046.337288420 AC002115.7; 37038666 chr19 ENSG00000256771.137341779 AC092295.4; 37319003 ENSG00000105679.3 chr19 37726504 AC092295.5; 37342418 chr19 ENSG00000105668.237957641 AC020928.2; 37726976 chr19 ENSG00000254004.141285685 CTD-2525J15.2; 37960165 chr19 ENSG00000186020.742636707 AC012309.4; 41302848 ENSG00000251247.3 chr19 ENSG00000197863.3 AC008806.2; 42641251 chr19 AC008537.3; chr19 chr19 ENSG00000188283.6 CTC-378H22.1; ENSG00000171827.5 chr19 ENSG00000167578.10 ENSG00000028277.11 chr19 chr19 chr19 58768639 58790174 AC020915.1; ENSG00000198131.7 chr19 59084870 59 lncRNA gene Protein-coding gene + + + − − − − − − − − − + + + + + + − − − + + + + + + + + + − − − + + + − − − − + + ) contd ( ENSG00000254760.1 chr19 ENSG00000255441.1ENSG00000246125.2 chr19 ENSG00000228323.1 chr19 ENSG00000232220.1 chr19 ENSG00000237017.1 chr19 ENSG00000227407.1 chr19 ENSG00000226696.1 chr19 ENSG00000245443.1 chr19 ENSG00000246051.1 chr19 chr19 ENSG00000250044.1ENSG00000248000.2 chr19 ENSG00000245598.2 chr19 ENSG00000245598.2 chr19 ENSG00000245602.1 chr19 ENSG00000247217.1 chr19 ENSG00000232871.4 chr19 ENSG00000232871.4 chr19 ENSG00000235191.1 chr19 ENSG00000131401.6 chr19 chr19 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000246896.2 chr19 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000246896.2ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000246896.2 chr19 ENSG00000245381.1 chr19 ENSG00000236144.1 chr19 ENSG00000226510.1 chr19 ENSG00000228629.2 chr19 ENSG00000239208.1 chr19 ENSG00000247207.1 chr19 ENSG00000254435.1 chr19 ENSG00000229576.1 chr19 ENSG00000240185.1 chr19 ENSG00000249523.1 chr19 ENSG00000254887.1 chr19 ENSG00000230666.1 chr19 chr19 ENSG00000213753.4 chr19

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 306207 310865 SOX12; 327527 335512 NRSN2; 306207 310865 SOX12; 12906191316228 13098831349622 13175551609798 SDCBP2; 13738061959403 AL136531.1; 16384253088219 FKBP1A; 19747323127165 SIRPG; 31408423869486 PDYN; 31405435931298 UBOX5; 39076059495008 FASTKD5; 59758529518036 PANK2; 9511171 MCM8; 9819689 C20orf103; PAK7; 11871371 11907257 BTBD3; 25744102 25848786 FAM182B; 25654851 25677477 ZNF337; 25593571 25604811 NANP; 2149164823331373 2149466424449835 23335414 NKX2-2; 24647252 NXT1; SYNDIG1; 21376005 21378666 NKX2-4; 1019947810618332 10288066 10654608 SNAP25; JAG1; 13202418 13281298 ISM1; 1919329020033158 1970354520033158 20341346 SLC24A3; 20033158 20341346 C20orf26; 20341346 C20orf26; C20orf26; 10015689 10037410 ANKRD5; 12989627 13147411 SPTLC3; 19193290 19703545 SLC24A3; 19193290 19703545 SLC24A3; 18568537 18744561 DTD1; 18269121 18297640 ZNF133; 30102231 30157370 HM13; 13202418 13281298 ISM1; 13976015 16033842 MACROD2; 1397601513976015 1603384216710606 16033842 MACROD2; 16722421 MACROD2; SNRPB2; 3025225530598245 30311792 30619984 BCL2L1; C20orf160; − − − − + + − + − + + + + + + + + + − − − − − − + + + − + − + + + + + + + + + + − + + 306269 309372 AL034548.1; ENSG00000177732.6 chr20 300957 328868 RP5-1103G7.4; ENSG00000125841.7 chr20 300957 328868 RP5-1103G7.4; ENSG00000177732.6 chr20 13060651306065 13588271614154 13588271927892 FKBP1A-SDCBP2; 16291183087559 FKBP1A-SDCBP2; ENSG00000203630.3 19881633087559 RP11-77C3.3; ENSG00000088832.10 31315133868886 RP4-684O24.5; chr20 3131513 chr20 5971589 RP5-1187M17.7; 38695159485827 RP5-1187M17.7; ENSG00000089012.9 59864679556255 ENSG00000101327.4 RP11-119B16.2; ENSG00000185019.12 9495645 AL035461.1; chr20 ENSG00000215251.3 9558336 chr20 chr20 RP5-1119D9.4; ENSG00000125779.15 RP5-986I17.2; chr20 chr20 ENSG00000125885.8 ENSG00000125869.4 ENSG00000101349.11 chr20 chr20 chr20 1306065 1358827 FKBP1A-SDCBP2; ENSG00000125775.10 chr20 11890052 11899325 RP4-742J24.2; ENSG00000132640.10 chr20 13224711 13226016 RP5-1077I2.3; ENSG00000101230.4 chr20 25844905 25848315 RP13-401N8.4; ENSG00000175170.8 chr20 25604681 25658710 RP4-694B14.5; ENSG00000130684.8 chr20 2447210825604681 24482981 25658710 RP11-526K17.2; RP4-694B14.5; ENSG00000101463.5 ENSG00000170191.4 chr20 chr20 23327578 23332123 RP3-322G13.7; ENSG00000132661.3 chr20 21492085 21492947 NKX2-2-AS1; ENSG00000125820.5 chr20 2007504520194943 2007632820239051 20195906 RP5-1002M8.4;21378456 20248453 RP5-1178H5.2; 21381029 RP5-1096J16.1; ENSG00000089101.11 RP11-227D2.3; ENSG00000089101.11 chr20 ENSG00000089101.11 chr20 ENSG00000125816.4 chr20 chr20 10642578 1064371113000031 AL035456.1; 13000437 RP11-157E14.3; ENSG00000101384.6 ENSG00000172296.8 chr20 chr20 10006264 10349451 RP5-839B4.7;13218448 13220321 ENSG00000132639.8 RP5-1077I2.4; chr20 ENSG00000101230.4 chr20 19673883 19677414 RP4-718D20.3; ENSG00000185052.6 chr20 10006264 10349451 RP5-839B4.7; ENSG00000132623.10 chr20 19222946 19265240 RP5-1027G4.3; ENSG00000185052.6 chr20 19193496 19194121 RP11-97N19.2; ENSG00000185052.6 chr20 18655039 18679353 RP11-379J5.5; ENSG00000125821.7 chr20 14914489 14916009 RP5-974N19.1; ENSG00000172264.12 chr20 1553280216695489 1553353018294409 16711593 RP11-388K2.1; 18295755 RP4-705D16.3; RP4-568F9.3; ENSG00000172264.12 ENSG00000125870.6 chr20 ENSG00000125846.11 chr20 chr20 30274019 30304628 RP11-243J16.7; ENSG00000171552.8 chr20 30155510 3016106630615556 HM13-AS1; 30619378 RP1-310O13.7; ENSG00000101294.11 ENSG00000101331.10 chr20 chr20 14864899 14910161 MACROD2-AS1; ENSG00000172264.12 chr20 lncRNA gene Protein-coding gene − + + − + − + − − − + + − − − − − + + + + + + − − − + − + − − − − − − − − − − − + − − ) contd ( ENSG00000230613.1 chr20 ENSG00000238157.1 chr20 ENSG00000213742.2 chr20 ENSG00000228539.1ENSG00000213742.2 chr20 chr20 ENSG00000234832.1 chr20 ENSG00000258197.1 chr20 ENSG00000241054.1ENSG00000225417.1 chr20 ENSG00000243810.1 chr20 ENSG00000225280.2 chr20 chr20 ENSG00000245640.1ENSG00000236526.1 chr20 ENSG00000238144.1 chr20 chr20 ENSG00000225956.1 chr20 ENSG00000227906.1 chr20 ENSG00000226263.1 chr20 ENSG00000232675.1 chr20 ENSG00000234684.1ENSG00000234684.1 chr20 ENSG00000237914.1 chr20 ENSG00000233896.1 chr20 ENSG00000235958.1 chr20 ENSG00000235958.1 chr20 ENSG00000229539.1 chr20 ENSG00000247862.1 chr20 ENSG00000225988.1 chr20 ENSG00000232738.1 chr20 ENSG00000227906.1 chr20 chr20 ENSG00000234684.1 chr20 ENSG00000179447.2 chr20 ENSG00000246892.2 chr20 ENSG00000235996.1 chr20 ENSG00000225377.1 chr20 ENSG00000233993.1 chr20 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000225377.1 chr20 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000237832.1 chr20 ENSG00000225181.1ENSG00000228809.1 chr20 ENSG00000237259.1 chr20 chr20 ENSG00000236559.1 chr20 ENSG00000226239.1 chr20 ENSG00000235914.1 chr20

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 3976560039807088 39804361 39946324 PLCG1; ZHX3; 33814457 33864804 MMP24; 39657458 39753127 TOP1; 3295104133292094 33099198 3330124333873534 ITCH; 34042985 TP53INP2; 3388020434679426 3409980434894258 FAM83C; 3482072135169887 CEP250; 3515704036888551 EPB41L1; 35178228 DLGAP4; 36965907 MYL9; BPI; 3103086232319463 3117287632319463 3238007532581452 C20orf112; 3238007532581452 ZNF341; 3269611432848171 ZNF341; 32696114 RALY; 32857150 RALY; ASIP; 31030862 31172876 C20orf112; 31030862 31172876 C20orf112; 4070139240701392 4181861042136320 4181861042965626 PTPRT; 4217959042984340 PTPRT; 4297987542984340 L3MBTL1; 4306003043343485 R3HDML; 4306003043374421 HNF4A; 4335715043380449 HNF4A; 4337967544002526 WISP2; 4343897944637547 KCNK15; 4403652944650329 RIMS4; 4464520045523263 TP53TG5; 4468878945837859 MMP9; 4581749246285092 SLC12A5; 4598556747826982 EYA2; 4641536049126891 ZMYND8; 4789496349202645 SULF2; 4920129949620193 ZNFX1; 4930806551588946 PTPN1; 49639666 FAM65C; 52107482 KCNG1; TSHZ2; 5158894651588946 5210748252183604 52107482 TSHZ2; 52226446 TSHZ2; ZNF217; + − + + + + − + + + + + − + + + + + − − − − + + + + + + − − + + + − − − + − − + + + − 31169765 31181702 RP11-410N8.1; ENSG00000197183.7 chr20 31148895 31161690 RP11-410N8.3; ENSG00000197183.7 chr20 39809096 39825427 RP3-511B24.5; ENSG00000174306.13 chr20 39726969 39766643 RP1-1J6.2; ENSG00000124181.7 chr20 3328472233805628 3330243233873054 3386784634064028 RP11-346K17.4; 3387355934738335 MT1P3; 34078808 ENSG00000078804.835136563 NCRNA00154; 3474365535136563 RP3-477O4.14; 35201678 chr20 36916733 RP11-234K24.3; ENSG00000125998.7 3520167839726969 RP5-977B1.7; ENSG00000126001.11 36954938 ENSG00000088367.14 ENSG00000125966.7 RP5-977B1.7; chr20 39766643 chr20 CTD-2308N23.2; chr20 ENSG00000080845.12 chr20 RP1-1J6.2; ENSG00000101425.8 ENSG00000101335.5 chr20 chr20 chr20 ENSG00000198900.5 chr20 3231673732375179 3231963432570858 3239890332602775 RP4-553F4.2; 3258216332822646 RP4-553F4.6; 3260555533029397 RP5-1125A11.1; 32868979 ENSG00000131061.9 RP5-1125A11.4; 33029830 ENSG00000125970.7 ENSG00000131061.9 RP4-785G19.5; ENSG00000125970.7 chr20 ITCH-AS1; chr20 chr20 ENSG00000101440.4 chr20 chr20 ENSG00000078747.7 chr20 31037558 31041410 RP5-1184F4.5; ENSG00000197183.7 chr20 4159738342178029 4160013242976192 4217958943006383 RP4-753D4.2; 4298382543018264 RP1-138B7.5; 4302434643323533 RP5-881L22.5; 43020177 ENSG00000196090.743323533 RP5-881L22.4; 43374662 ENSG00000185513.943380451 RP5-881L22.6; ENSG00000101074.3 43374662 chr20 43991840 RP11-445H22.4; ENSG00000101076.10 43383718 chr20 44642141 RP11-445H22.4; chr20 ENSG00000101076.10 44039250 ENSG00000064205.6 chr20 44642141 RP4-781B1.2; 44650712 ENSG00000124249.5 chr20 45529782 SYS1-DBNDD2; 44650712 chr20 45981305 RP11-465L10.10; 45530365 ENSG00000124251.6 ENSG00000101098.7 chr20 46306645 RP11-465L10.10; ENSG00000100985.6 4598337747894715 RP11-323C15.2; ENSG00000124140.7 46315041 chr20 chr20 49187512 RP4-569M23.2; chr20 47905797 ENSG00000064655.1349262008 CTD-2653D5.1; chr20 4919457849615907 ZNFX1-AS1; ENSG00000101040.14 chr20 4927881251785182 RP4-530I15.9; ENSG00000196562.8 49626556 chr20 RP4-530I15.6; 51796089 chr20 ENSG00000124201.9 RP5-955M13.4; ENSG00000196396.5 RP11-15M15.1; ENSG00000042062.7 chr20 ENSG00000026559.8 chr20 ENSG00000182463.6 chr20 chr20 chr20 41314123 41316285 RP1-232N11.2; ENSG00000196090.7 chr20 5201419952169309 52017772 52191847 RP4-669H2.1; RP4-724E16.2; ENSG00000182463.6 ENSG00000171940.8 chr20 chr20 51812768 51825244 RP11-15M15.2; ENSG00000182463.6 chr20 lncRNA gene Protein-coding gene + − − − + − − − − − − − − − − − − + + + + − − − − − − + + − − − + + + − + + − − + − + ) contd ( ENSG00000225915.2ENSG00000229042.1 chr20 chr20 ENSG00000226648.1 chr20 ENSG00000225065.1ENSG00000126005.9 chr20 ENSG00000235214.1 chr20 ENSG00000230155.1 chr20 ENSG00000232406.1 chr20 ENSG00000232907.1 chr20 ENSG00000232907.1 chr20 ENSG00000206249.3 chr20 ENSG00000226648.1 chr20 chr20 ENSG00000229188.1ENSG00000230753.1 chr20 ENSG00000228265.1 chr20 ENSG00000228386.1 chr20 ENSG00000250917.1 chr20 ENSG00000236388.1 chr20 chr20 ENSG00000228156.1 chr20 ENSG00000233293.1 chr20 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000236772.1 chr20 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000227599.1ENSG00000226143.1 chr20 ENSG00000226812.1 chr20 ENSG00000229005.1 chr20 ENSG00000233376.1 chr20 ENSG00000244558.1 chr20 ENSG00000244558.1 chr20 ENSG00000234194.1 chr20 ENSG00000254806.1 chr20 ENSG00000204044.5 chr20 ENSG00000204044.5 chr20 ENSG00000236028.1 chr20 ENSG00000231119.2 chr20 ENSG00000255438.1 chr20 ENSG00000177410.8 chr20 ENSG00000232043.1 chr20 ENSG00000234693.1 chr20 ENSG00000232358.1 chr20 ENSG00000223492.1 chr20 ENSG00000227705.1 chr20 chr20 ENSG00000231703.1ENSG00000197670.5 chr20 chr20

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 61147660 61167971 C20orf166; 60883011 60942368 LAMA5; 15481134 15583166 LIPI; 61273797 61317137 SLCO4A1; 61340189 61394123 NTSR1; 61436187 61445352 OGFR; 61974665 62009753 CHRNA4; 62037542 62103993 KCNQ2; 62329996 62339355 ARFRP1; 62375019 62462597 ZBTB46; 56131260 56141513 PCK1; 57414773 57486247 GNAS; 57414773 57486247 GNAS; 57414773 57486247 GNAS; 58152564 58422766 PHACTR3; 59827559 60512307 CDH4; 60877149 60883918 ADRM1; 30909254 31312351 GRIK1; 32361860 32932290 TIAM1; 33245628 33416946 HUNK; 52183604 52226446 ZNF217; 52553316 52687304 BCAS1; 55743804 55841685 BMP7; 55966463 55984389 RBM38; 62375019 62462597 ZBTB46; 62588055 62680113 ZNF512B; 15857549 15955723 SAMSN1; 15954509 16031142 AF165138.7; 16333556 16437321 NRIP1; 16333556 16437321 NRIP1; 19161284 19191703 C21orf91; 19165801 19639690 CHODL; 19165801 19639690 CHODL; 22370633 22915650 NCAM2; 27252861 27543446 APP; 27252861 27543446 APP; 27838528 27945603 CYYR1; 27838528 27945603 CYYR1; 28290231 28338832 ADAMTS5; 30566392 31009660 BACH1; 33640530 33651380 MIS18A; 33664124 33687095 MRAP; 34106210 34144169 GCFC1; + + + − − − − + + + + + + + − + − − + − − − + − − − − − − − − + + + − − − − − + − + − 56130115 56134053 AL035541.1; ENSG00000124253.8 chr20 61141550 61148733 NCRNA00335; ENSG00000174407.7 chr20 31120494 31136321 GRIK1-AS1; ENSG00000171189.11 chr21 61294371 61298076 RP11-93B14.5; ENSG00000101187.10 chr20 61363918 61366699 RP11-93B14.4; ENSG00000101188.4 chr20 61431979 61436939 RP5-885L7.11; ENSG00000060491.10 chr20 61991340 62002529 RP11-261N11.8; ENSG00000101204.10 chr20 62079404 62080682 RP11-358D14.2; ENSG00000075043.12 chr20 62290653 62330037 RTEL1; ENSG00000101246.12 chr20 62376040 62377309 RP4-583P15.10; ENSG00000130584.5 chr20 57393974 57425958 GNAS-AS1; ENSG00000087460.15 chr20 57438583 57463881 RP1-309F20.3; ENSG00000087460.15 chr20 57476354 57476982 RP1-309F20.2; ENSG00000087460.15 chr20 58201519 58203344 RP4-719C8.1; ENSG00000087495.12 chr20 60313275 60330112 RP11-429E11.2; ENSG00000179242.9 chr20 60880488 60881452 RP11-157P1.4; ENSG00000130706.7 chr20 60928066 60931536 RP11-157P1.5; ENSG00000130702.9 chr20 32931537 32932800 AP000251.2; ENSG00000156299.6 chr21 33393279 33394095 AP000260.4; ENSG00000142149.4 chr21 52224893 52251129 AC005808.3; ENSG00000171940.8 chr20 52556699 52559047 AC005220.3; ENSG00000064787.7 chr20 55789928 55790922 RP4-813D12.2; ENSG00000101144.8 chr20 55959216 55968118 RP4-800J21.3; ENSG00000132819.12 chr20 62439429 62447874 RP4-583P15.11; ENSG00000130584.5 chr20 62665697 62671315 NCRNA00176; ENSG00000196700.3 chr20 15399742 15516789 AP001347.6; ENSG00000188992.6 chr21 15954523 15970624 SAMSN1-AS1; ENSG00000155307.13 chr21 15954523 15970624 SAMSN1-AS1; ENSG00000243440.1 chr21 16333630 16336554 AF127577.10; ENSG00000180530.5 chr21 16343791 16365175 AF127577.11; ENSG00000180530.5 chr21 19165805 19183162 AL109761.5; ENSG00000154642.6 chr21 19207333 19257925 NCRNA00157; ENSG00000154645.8 chr21 19394687 19487222 AP000998.2; ENSG00000154645.8 chr21 22595616 22599150 AP001136.2; ENSG00000154654.9 chr21 27306612 27307584 AP001442.2; ENSG00000142192.14 chr21 27530409 27548142 AP001439.2; ENSG00000142192.14 chr21 27750871 27844017 AP001596.6; ENSG00000166265.7 chr21 27765954 27941571 AP001597.1; ENSG00000166265.7 chr21 28261695 28312061 AP001601.2; ENSG00000154736.5 chr21 30742340 30743547 BACH1-AS1; ENSG00000156273.10 chr21 33650174 33653299 AP000266.5; ENSG00000159055.3 chr21 33678775 33681048 AP000266.7; ENSG00000170262.8 chr21 34100426 34115433 GCFC1-AS1; ENSG00000159086.10 chr21 lncRNA gene Protein-coding gene − − − + + + + − − − − − − + + − + + + + − − − + + + + + + + + − − − + + + + + − + − + ) contd ( ENSG00000232803.1 chr20 ENSG00000223669.1 chr20 ENSG00000229873.1 chr20 ENSG00000203900.2 chr20 ENSG00000226390.1 chr20 ENSG00000026036.16 chr20 ENSG00000229299.1 chr20 ENSG00000231208.2 chr20 ENSG00000235590.2 chr20 ENSG00000225806.1 chr20 ENSG00000234747.1 chr20 ENSG00000238194.1 chr20 ENSG00000225106.1 chr20 ENSG00000226332.1 chr20 ENSG00000228812.2 chr20 ENSG00000237594.1 chr21 ENSG00000237138.1 chr21 ENSG00000227256.1 chr21 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000235415.1 chr20 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000236352.1 chr20 ENSG00000235032.1 chr20 ENSG00000218018.2 chr20 ENSG00000251422.1 chr20 ENSG00000174403.11 chr20 ENSG00000196421.3 chr20 ENSG00000224905.2 chr21 ENSG00000223662.1 chr21 ENSG00000223662.1 chr21 ENSG00000229047.1 chr21 ENSG00000231201.1 chr21 ENSG00000244676.1 chr21 ENSG00000231755.1 chr21 ENSG00000227330.1 chr21 ENSG00000226771.1 chr21 ENSG00000233783.1 chr21 ENSG00000224541.1 chr21 ENSG00000232692.1 chr21 ENSG00000197934.4 chr21 ENSG00000223563.1 chr21 ENSG00000232118.1 chr21 ENSG00000174680.5 chr21 ENSG00000232623.1 chr21 ENSG00000238197.1 chr21

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 34144411 34266043 C21orf49; 38437942 43816955 TMPRSS3; 38445526 38575413 TTC3; 3744223937507210 3744546437529080 3751886437507210 CBR1; 3771119537832919 CBR3; 3751886437832919 DOPEY2; 3794886738071433 CBR3; 3794886738123493 CLDN14; 38131815 CLDN14; 38362536 SIM2; HLCS; 37406839 37451687 SETD4; 3843794239529128 4381695538437942 3967374838437942 TMPRSS3; 4381695538437942 KCNJ15; 4381695540556102 TMPRSS3; 4381695538437942 TMPRSS3; 4069348538437942 TMPRSS3; 4381695538437942 BRWD1; 43816955 TMPRSS3; 43816955 TMPRSS3; TMPRSS3; 3491492435736323 3494981236160098 3574344037442239 SON; 37357047 KCNE2; 37445464 RUNX1; CBR1; 4138292642539728 42219065 42648524 DSCAM; BACE2; 38591910 38640262 DSCR3; 3460220634619079 34637969 34656082 IFNAR2; AP000295.9; 42733870 45746674 MX2; 3843794242733870 4381695542792231 4574667442733870 TMPRSS3; 4283114142733870 MX2; 45746674 MX1; 45746674 MX2; MX2; 3859191038437942 38640262 43816955 DSCR3; TMPRSS3; 3439815334442450 34401504 34444726 OLIG2; OLIG1; 38437942 43816955 TMPRSS3; 3843794238437942 43816955 43816955 TMPRSS3; TMPRSS3; − + + + − − + − + + − − − − − − − + − + − − + − + + + − + + + + − + + + + + − − − − − 38580804 38594041 DSCR9; ENSG00000160183.8 chr21 3750267037502670 3764852437504065 3764852437802658 AP000689.1; 3752860537818029 AP000689.1; 3785336838071073 AP000689.8; ENSG00000159231.5 3790470638338812 AP000695.6; ENSG00000142197.7 3807386438559967 AP000695.4; chr21 ENSG00000159231.5 38344128 AP000697.6; chr21 ENSG00000159261.6 38566227 AP000704.5; chr21 ENSG00000159261.6 AP001432.11; chr21 ENSG00000159263.9 chr21 ENSG00000159267.9 ENSG00000182670.9 chr21 chr21 chr21 37441940 37498938 AP000688.14; ENSG00000159228.8 chr21 4021817140260696 4022056840687633 4027582940687633 AP001042.1; 4069514441002198 AP001043.1; 4069514441099682 BRWD1-AS1; ENSG00000160183.8 4109801241755010 BRWD1-AS1; ENSG00000160183.8 41102607 ENSG00000160183.841755010 AF064860.5; chr21 41757285 ENSG00000185658.8 AF064860.7; chr21 41757285 chr21 DSCAM-AS1; ENSG00000160183.8 chr21 DSCAM-AS1; ENSG00000160183.8 ENSG00000160183.8 chr21 ENSG00000171587.10 chr21 chr21 chr21 3574310136508935 3574764737426162 3651151937432730 AP000320.6; 37481988 AF015262.2; 37436706 AP000688.1; ENSG00000159197.2 AP000688.11; ENSG00000159216.12 chr21 ENSG00000159228.8 chr21 ENSG00000185917.9 chr21 chr21 4254824942552024 42558715 42552553 AL773572.7; NCRNA00228; ENSG00000182240.9 ENSG00000160183.8 chr21 chr21 3957825039609139 39580738 39610123 DSCR10; AP001434.2; ENSG00000157551.12 ENSG00000160183.8 chr21 chr21 3463617834931848 34638565 34950669 AP000295.7; AP000304.2; ENSG00000249624.3 ENSG00000159140.12 chr21 chr21 4281332142813321 4281466942931052 4281466942948062 AP001610.5; 4293488543099341 AP001610.5; 42953246 AP001610.9; ENSG00000183486.7 43117496 AP006748.1; ENSG00000157601.9 NCRNA00111; chr21 ENSG00000183486.7 chr21 ENSG00000183486.7 ENSG00000160183.8 chr21 chr21 chr21 38593720 38610045 AP001432.14; ENSG00000157538.8 chr21 3428595734285957 3444341034636178 34443410 AP000282.2; 34638565 AP000282.2; AP000295.7; ENSG00000205927.4 ENSG00000184221.8 chr21 ENSG00000159110.14 chr21 chr21 34216677 34222244 AP000281.2; ENSG00000205930.4 chr21 4313168043136596 43135935 43137740 C21orf129; NCRNA00112; ENSG00000160183.8 ENSG00000183486.7 chr21 chr21 38593720 38610045 AP001432.14; ENSG00000160183.8 chr21 38580804 38594041 DSCR9; ENSG00000157538.8 chr21 43159533 43161468 AP001615.9; ENSG00000160183.8 chr21 lncRNA gene Protein-coding gene + − − − + + − + − − + + + + + + + + − + − + − + + − − − − − − − + + − − − − + − + + + ) contd ( ENSG00000230366.4ENSG00000230366.4 chr21 chr21 ENSG00000255739.1ENSG00000255739.1 chr21 ENSG00000236830.1 chr21 ENSG00000230479.1 chr21 ENSG00000233818.1 chr21 ENSG00000224269.1 chr21 ENSG00000224790.1 chr21 ENSG00000228677.1 chr21 chr21 ENSG00000230212.2 chr21 ENSG00000229986.1ENSG00000229925.1 chr21 ENSG00000238141.2 chr21 ENSG00000238141.2 chr21 ENSG00000225330.1 chr21 ENSG00000231713.2 chr21 ENSG00000235123.1 chr21 ENSG00000235123.1 chr21 chr21 ENSG00000225555.1ENSG00000234703.1 chr21 ENSG00000251481.1 chr21 ENSG00000236677.1 chr21 chr21 ENSG00000225745.4ENSG00000224388.1 chr21 chr21 ENSG00000233316.3ENSG00000226012.1 chr21 chr21 ENSG00000223799.1ENSG00000240368.1 chr21 chr21 ENSG00000228318.1ENSG00000228318.1 chr21 ENSG00000232806.1 chr21 ENSG00000223400.1 chr21 ENSG00000227702.1 chr21 chr21 ENSG00000242553.1 chr21 ENSG00000227757.1ENSG00000227757.1 chr21 ENSG00000223799.1 chr21 chr21 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000232360.1 chr21 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000232401.1 chr21 ENSG00000236384.2 chr21 ENSG00000242553.1 chr21 ENSG00000236883.1 chr21

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 42733870 45746674 MX2; 4273387042733870 4574667442733870 4574667442733870 MX2; 4574667442733870 MX2; 4574667445666222 MX2; 45746674 MX2; 45682099 MX2; DNMT3L; 4315952938437942 4318726643218385 4381695542733870 RIPK4; 4329959138437942 TMPRSS3; 4574667443406940 PRDM15; 4381695543892596 MX2; 4343049642733870 TMPRSS3; 4391646443916128 ZNF295; 4574667442733870 RSPH1; 4400155042733870 MX2; 4574667442733870 SLC37A1; 4574667444073746 MX2; 4574667442733870 MX2; 4419561942733870 MX2; 4574667442733870 PDE9A; 4574667444299754 MX2; 4574667442733870 MX2; 4442767744299754 MX2; 4574667442733870 NDUFV3; 44427677 MX2; 45746674 NDUFV3; MX2; 47655047 47706211 MCM3AP; 4765504716256332 47706211 16287937 MCM3AP; POTEH; 4574882745748827 4575928545770046 4575928545917775 C21orf2; 4586296446191374 C21orf2; 4613149546305868 TRPM2; 4623869446493768 TSPEAR; 4635190446825052 SUMO3; 4664647846825052 ITGB2; 4693363447063608 ADARB1; 4693363447556176 COL18A1; 4736236847608360 COL18A1; 4757548147608360 PCBP3; 47648738 FTCD; 47648738 LSS; LSS; + + + + + + − − − − + − − − + + + + + + + + + + + + + − − − − − + − − − + + + + − − − 45751117 45755734 AP001062.7; ENSG00000160226.10 chr21 43916118 43918313 AP001625.4; ENSG00000160188.544201184 chr21 44251150 44202343 44256587 AP001628.7; AP001628.6; ENSG00000183486.7 ENSG00000183486.7 chr21 chr21 44742297 44751919 NCRNA00322; ENSG00000183486.7 chr21 44778027 44782229 AP001046.5; ENSG00000183486.7 chr21 4488197445225639 4489941445578623 4523244845626408 NCRNA00313; 4557995945670696 AP001053.11; 45627282 ENSG00000183486.7 AP001055.6; 45671403 AP001058.3; ENSG00000183486.7 chr21 AP001059.5; ENSG00000183486.7 chr21 ENSG00000183486.7 ENSG00000142182.4 chr21 chr21 chr21 43159533 43161468 AP001615.9; ENSG00000183421.6 chr21 4329074243290742 4329216343294865 4329216343429303 AP001619.3; 4329772243429303 AP001619.3; 43445033 AP001619.2; 43445033 ENSG00000160183.843980484 NCRNA00318; ENSG00000141956.843980484 NCRNA00318; 43982044 ENSG00000183486.7 chr21 ENSG00000160183.844019390 43982044 chr21 ENSG00000173276.944068381 AP001625.6; 44035168 chr21 chr21 44153704 AP001625.6; 44071354 chr21 44153704 AP001626.1; 44161868 ENSG00000183486.7 AP001626.2; 44161868 ENSG00000160190.8 AP001627.1; ENSG00000183486.7 chr21 44336913 AP001627.1; ENSG00000183486.7 chr21 44336913 44345756 ENSG00000183486.7 chr21 44384749 44345756 ENSG00000160191.13 chr21 44384749 ERVH48-1; 44385473 chr21 44560633 ERVH48-1; chr21 44385473 AP001630.5; 44561202 AP001630.5; ENSG00000183486.7 AP001631.9; ENSG00000160194.10 ENSG00000183486.7 chr21 chr21 ENSG00000160194.10 ENSG00000183486.7 chr21 chr21 chr21 47649145 47671615 MCM3AP-AS1; ENSG00000160294.5 chr21 47666804 47667596 AP001469.7; ENSG00000160294.5 chr21 16274560 16278602 LA16c-3G11.5; ENSG00000198062.9 chr22 4575925945834473 4576035345926690 4584515546222492 AP001062.9; 4593573846340966 AP001065.2; 4622463246491648 TSPEAR-AS1; 46349593 ENSG00000160226.1046827301 AL773604.8; 46494080 ENSG00000142185.1146839631 AL844908.5; ENSG00000175894.9 chr21 4682998047247875 C21orf122; chr21 46844985 ENSG00000184900.1047571528 BX322563.3; chr21 47256333 ENSG00000160255.1147604993 NCRNA00175; chr21 4757256147640183 AL592528.1; chr21 ENSG00000197381.9 47608855 ENSG00000182871.9 ENSG00000182871.9 AP001475.1; 47641992 AP001468.58; chr21 chr21 ENSG00000183570.9 chr21 AP001469.5; ENSG00000160282.9 ENSG00000160285.9 chr21 ENSG00000160285.9 chr21 chr21 chr21 lncRNA gene Protein-coding gene − − − − − − + + + + + − + + + − − − − − − − − − − − − − + + + − + + + − − − − + + + + ) contd ( ENSG00000237989.1 chr21 ENSG00000185186.4ENSG00000215458.4 chr21 ENSG00000225331.1 chr21 ENSG00000232698.1 chr21 ENSG00000232010.1 chr21 ENSG00000184441.4 chr21 chr21 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000236883.1 chr21 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000236545.1ENSG00000236545.1 chr21 ENSG00000227698.1 chr21 ENSG00000237232.2 chr21 ENSG00000237232.2 chr21 ENSG00000239930.1 chr21 ENSG00000235772.1 chr21 ENSG00000235772.1 chr21 ENSG00000225431.1 chr21 ENSG00000235023.1 chr21 ENSG00000225731.1 chr21 ENSG00000225731.1 chr21 ENSG00000233754.1 chr21 ENSG00000225218.1 chr21 ENSG00000233056.1 chr21 ENSG00000233056.1 chr21 ENSG00000224100.1 chr21 ENSG00000224100.1 chr21 ENSG00000236663.1 chr21 ENSG00000237864.1 chr21 chr21 ENSG00000228137.1 chr21 ENSG00000236666.1 chr22 ENSG00000232969.1ENSG00000230061.1 chr21 ENSG00000235890.1 chr21 ENSG00000236519.1 chr21 ENSG00000227039.1 chr21 ENSG00000235374.1 chr21 ENSG00000224574.1 chr21 ENSG00000183535.5 chr21 ENSG00000205424.1 chr21 ENSG00000237338.1 chr21 ENSG00000228404.1 chr21 ENSG00000223901.1 chr21 ENSG00000215424.4 chr21 chr21

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 2613811126138111 26427007 26427007 MYO18B; MYO18B; 23915312 23922495 IGLL1; 23229960 23238005 IGLL5; 2138300722273793 21387129 22307209 SLC7A4; PPM1F; 21353393 21356485 THAP7; 21077335 21080201 AC007308.1; 3063643630279144 3064284030752624 31521442 LIF; 30774647 MTMR3; CCDC157; 21061979 21213705 PI4KA; 30476163 30606866 HORMAD2; 20850200 20941919 MED15; 30279144 31521442 MTMR3; 20704868 20745048 USP41; 30476163 30606866 HORMAD2; 20067755 20099400 DGCR8; 30279144 31521442 MTMR3; 20004537 20053449 C22orf25; 29834572 29838444 RFPL1; 19701987 19712295 SEPT5; 29655841 29664198 RHBDD3; 19437464 19466738 UFD1L; 29469066 29564321 KREMEN1; 19338891 19435755 C22orf39; 29279580 29453475 ZNRF3; 19338891 19435755 C22orf39; 28374004 29075853 TTC28; 19318221 19435224 HIRA; 28202413 28316122 PITPNB; 19023795 19109967 DGCR2; 25960816 26118985 ADRBK2; 26565440 26779562 SEZ6L; 18632666 18672923 USP18; 25421600 25593415 KIAA1671; 18043139 18073647 SLC25A18; 24981588 24989175 C22orf36; 31322596 31364284 MORC2; 17618401 17646177 CECR5; 24030323 24041363 RGL4; 30972615 31003070 PES1; 30884900 30901698 SEC14L4; − + − − − − − + + − + + + − + + + + + + − − + − + − − − + + − − + + + + + − − − + − − 23909251 23915694 AP000345.2; ENSG00000128322.6 chr22 2229260923154489 22297799 23247204 LL22NC03-86G7.1; D87024.2; ENSG00000100034.8 chr22 ENSG00000254709.1 chr22 21385646 21398258 AC002472.11; ENSG00000099960.8 chr22 21356175 21364631 AC002472.9; ENSG00000184436.7 chr22 3077093030770930 30773862 30773862 RP1-130H16.16; RP1-130H16.16; ENSG00000100330.10 ENSG00000187860.6 chr22 chr22 21077335 21080208 AC007308.6; ENSG00000230344.2 chr22 30635183 30636527 RP1-102K2.6; ENSG00000128342.4 chr22 21077335 21080208 AC007308.6; ENSG00000241973.5 chr22 30580633 30603098 RP3-438O4.4; ENSG00000176635.12 chr22 20876357 20878157 AC007050.17; ENSG00000099917.12 chr22 30580633 30603098 RP3-438O4.4; ENSG00000100330.10 chr22 20692509 20716647 AC007731.1; ENSG00000161133.12 chr22 30404731 30476469 CTA-85E5.10; ENSG00000176635.12 chr22 20098344 20099398 AC006547.8; ENSG00000128191.9 chr22 30404731 30476469 CTA-85E5.10; ENSG00000100330.10 chr22 20050503 20053600 AC006547.13; ENSG00000183597.11 chr22 29833006 29838118 RFPL1-AS1; ENSG00000128250.5 chr22 19696897 19702318 AC000093.3; ENSG00000184702.12 chr22 29656878 29658026 CTA-984G1.5; ENSG00000100263.9 chr22 19435416 19437628 AC000068.5; ENSG00000070010.12 chr22 29495029 29507671 CTA-747E2.10; ENSG00000183762.8 chr22 19435416 19437628 AC000068.5; ENSG00000242259.3 chr22 29420987 29427464 ZNRF3-AS1; ENSG00000183579.10 chr22 19402955 19409368 AC000079.1; ENSG00000242259.3 chr22 28315364 28404569 TTC28-AS1; ENSG00000100154.10 chr22 19402955 19409368 AC000079.1; ENSG00000100084.9 chr22 2628832326355040 2629580226637297 26379492 CTA-125H2.2;28315364 26650058 CTA-125H2.1; 28404569 RP11-259P1.1; TTC28-AS1; ENSG00000133454.11 ENSG00000133454.11 chr22 ENSG00000100095.14 chr22 chr22 ENSG00000180957.12 chr22 19109042 19112016 AC004471.9; ENSG00000070413.12 chr22 25976208 25977349 CTA-407F11.7; ENSG00000100077.7 chr22 18660805 18688682 AC008079.9; ENSG00000184979.8 chr22 25498407 25508659 CTA-221G9.11; ENSG00000197077.7 chr22 18062923 18071958 AC004019.13; ENSG00000182902.8 chr22 24951977 25006498 KB-1995A5.13; ENSG00000178026.8 chr22 31318295 31328436 MORC2-AS1; ENSG00000133422.7 chr22 17640274 17646335 CECR5-AS1; ENSG00000069998.8 chr22 23980674 24059543 GUSBP11; ENSG00000159496.9 chr22 30994296 31002674 RP1-56J10.8; ENSG00000100029.12 chr22 30887789 30888791 RP4-539M6.14; ENSG00000133488.10 chr22 lncRNA gene Protein-coding gene + + − + + − − + + + + − − − + − − − − − − + + − + − + + + − − − + + − − − − + + + − + ) contd ( ENSG00000228315.5 chr22 ENSG00000224277.1 chr22 ENSG00000224086.3ENSG00000240269.2 chr22 chr22 ENSG00000226872.1 chr22 ENSG00000230513.1 chr22 ENSG00000241528.1ENSG00000241528.1 chr22 ENSG00000181123.3 chr22 chr22 ENSG00000234252.1 chr22 ENSG00000232530.1 chr22 ENSG00000234252.1 chr22 ENSG00000225676.1 chr22 ENSG00000236003.1 chr22 ENSG00000225676.1 chr22 ENSG00000188280.6 chr22 ENSG00000227117.2 chr22 ENSG00000243762.1 chr22 ENSG00000227117.2 chr22 ENSG00000236540.1 chr22 ENSG00000225465.4 chr22 ENSG00000228287.1 chr22 ENSG00000237015.1 chr22 ENSG00000185065.6 chr22 ENSG00000226772.1 chr22 ENSG00000185065.6 chr22 ENSG00000177993.3 chr22 ENSG00000248786.1 chr22 ENSG00000235954.2 chr22 ENSG00000248786.1 chr22 ENSG00000231933.1ENSG00000232464.1 chr22 ENSG00000224192.2 chr22 ENSG00000235954.2 chr22 chr22 ENSG00000223461.1 chr22 ENSG00000237387.1 chr22 ENSG00000187979.3 chr22 ENSG00000203280.3 chr22 ENSG00000236754.1 chr22 ENSG00000256511.1 chr22 ENSG00000235989.2 chr22 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000185837.3 chr22 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000223831.1 chr22

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 42905974 42915808 RRP7A; 31556168 31602999 RNF185; 3845231838615298 38471708 38669040 PICK1; TMEM184B; 4294962343088127 42970388 43117304 SERHL2; A4GALT; 31677579 31688520 PIK3IP1; 38822332 38851205 KCNJ4; 31721790 31742218 PATZ1; 39052641 39069859 CBY1; 31795509 31924726 DRG1; 39052641 39069859 CBY1; 3183534931835349 31892094 31892094 EIF4ENIF1; EIF4ENIF1; 39130730 39190148 SUN2; 32614465 32651328 SLC5A4; 39130730 39190148 SUN2; 39130730 39190148 SUN2; 32908539 33454358 SYN3; 39378352 39388809 APOBEC3B; 3290853933561991 33454358 34318829 SYN3; LARGE; 39795746 39913596 TAB1; 3356199133561991 34318829 34318829 LARGE; LARGE; 39853349 39888199 MGAT3; 35462129 35486030 ISX; 4076659540806285 40806122 41032706 SGSM3; MKL1; 37196728 37215523 PVALB; 41487790 41576081 EP300; 37257030 37274057 NCF4; 41487790 41576081 EP300; 37461476 37505603 TMPRSS6; 41601209 41627275 L3MBTL2; 37515126 37571094 IL2RB; 42229109 42303312 SREBF2; 37576207 37595425 C1QTNF6; 4237227642481529 42394225 42486959 SEPT3; NDUFA6; 38030661 38062939 SH3BP1; 42522501 42540472 CYP2D6; 38348614 38437113 POLR2F; − + + − + − − − − + + + − − − − − − − + − − + − − + + + − − + + + − + − + − + − + − + 43111862 43116852 AL049757.1; ENSG00000128274.10 chr22 32601102 32665653 RP1-90G24.10; ENSG00000100191.4 chr22 42896585 42908566 SERHL; ENSG00000189306.6 chr22 31601250 31601602 RP3-515N1.10; ENSG00000138942.9 chr22 38627326 38628254 RP1-5O6.5; ENSG00000198792.7 chr22 38453187 38469947 RP5-1039K5.13; ENSG00000100151.11 chr22 42951229 42978044 RP1-222E13.10; ENSG00000183569.12 chr22 31688485 31734007 RP3-400N23.6; ENSG00000100100.7 chr22 38820293 38823341 RP3-434P1.6; ENSG00000168135.4 chr22 31688485 31734007 RP3-400N23.6; ENSG00000100105.13 chr22 39062513 39064755 RP3-508I15.10; ENSG00000100211.6 chr22 31832963 31835893 RP11-247I13.7; ENSG00000185721.6 chr22 39063835 39077825 RP3-508I15.9; ENSG00000100211.6 chr22 3185023731857650 31860190 31860190 RP11-247I13.11; RP11-247I13.8; ENSG00000184708.11 chr22 ENSG00000184708.11 chr22 39130730 39134770 RP3-508I15.18; ENSG00000100242.11 chr22 39130735 39134995 RP3-508I15.19; ENSG00000100242.11 chr22 32979286 32980190 LL22NC03-104C7.1; ENSG00000185666.9 chr22 39135008 39145046 RP3-508I15.14; ENSG00000100242.11 chr22 33179163 33180968 LL22NC01-116C6.1; ENSG00000185666.9 chr22 39387564 39394214 CTA-150C2.16; ENSG00000179750.11 chr22 33560049 33562425 RP1-302D9.3; ENSG00000133424.14 chr22 39871812 39872827 RP5-1104E15.6; ENSG00000100324.8 chr22 3371685134121000 33718799 34146830 SC22CB-1D7.1; CTA-282F2.3; ENSG00000133424.14 chr22 ENSG00000133424.14 chr22 3987181240768668 39872827 40784294 RP5-1104E15.6; RP5-1042K10.10; ENSG00000128268.11 ENSG00000100359.14 chr22 chr22 35318599 35468882 RP1-272J12.1; ENSG00000175329.7 chr22 40917804 40922711 RP4-591N18.2; ENSG00000196588.8 chr22 37212370 37215780 CITF22-24E5.1; ENSG00000100362.8 chr22 41565194 41579148 RP1-85F18.6; ENSG00000100393.9 chr22 37243415 37266483 CTA-833B7.2; ENSG00000100365.10 chr22 41570595 41593460 RP1-85F18.5; ENSG00000100393.9 chr22 37476108 37478887 RP5-1170K4.7; ENSG00000187045.12 chr22 41605126 41613631 RP4-756G23.5; ENSG00000100395.10 chr22 37562797 37578890 RP1-151B14.6; ENSG00000100385.8 chr22 42227219 42230669 RP5-821D11.7; ENSG00000198911.6 chr22 37562797 37578890 RP1-151B14.6; ENSG00000133466.9 chr22 4237730842486937 42378221 42533614 CTA-250D10.19; RP4-669P10.18; ENSG00000100167.15 chr22 ENSG00000184983.4 chr22 38037839 38054384 Z83844.1; ENSG00000100092.14 chr22 42486937 42533614 RP4-669P10.18; ENSG00000100197.15 chr22 38428172 38430235 RP5-1039K5.16; ENSG00000100142.8 chr22 lncRNA gene Protein-coding gene − + − − + + + + − − − + + + + + + + + − + − + + − − − + + − − − + − + − + − + − + + − ) contd ( Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000254835.1 chr22 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000235246.1 chr22 ENSG00000182841.7ENSG00000248178.1 chr22 chr22 ENSG00000228839.1 chr22 ENSG00000228620.1 chr22 ENSG00000228839.1 chr22 ENSG00000230912.1 chr22 ENSG00000240529.1 chr22 ENSG00000228274.1 chr22 ENSG00000240591.1ENSG00000224623.1 chr22 chr22 ENSG00000244491.1 chr22 ENSG00000242082.1 chr22 ENSG00000230149.2 chr22 ENSG00000236054.1 chr22 ENSG00000225450.1 chr22 ENSG00000229673.1 chr22 ENSG00000249310.2 chr22 ENSG00000232073.1 chr22 ENSG00000227188.1 chr22 ENSG00000230741.1ENSG00000224973.1 chr22 chr22 ENSG00000227188.1ENSG00000229999.1 chr22 chr22 ENSG00000227895.3 chr22 ENSG00000232564.1 chr22 ENSG00000234979.1 chr22 ENSG00000232754.1 chr22 ENSG00000183822.2 chr22 ENSG00000231993.1 chr22 ENSG00000231467.2 chr22 ENSG00000235513.1 chr22 ENSG00000235237.1 chr22 ENSG00000184068.2 chr22 ENSG00000235237.1 chr22 ENSG00000224883.1ENSG00000237037.3 chr22 chr22 ENSG00000233360.2 chr22 ENSG00000237037.3ENSG00000172250.10 chr22 chr22 ENSG00000222044.1 chr22 ENSG00000233739.1 chr22

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 28220113522411 2847392 3631649 ARSD; PRKX; 1522032 1572655 ASMTL; 2746829 2800859 GYG2; 9983602 10112518 WWC3; 51176624 51183762 ACR; 31132808 33357558 DMD; 3113280831132808 33357558 33357558 DMD; DMD; 51205929 51222091 RABL2B; 51017378 51039884 CHKB; 4341460943599229 4348543443599229 43739394 TTLL1; 43599229 43739394 SCUBE1; 43924624 43739394 SCUBE1; 45277042 44208217 SCUBE1; 46445358 45405880 EFCAB6; 46449749 46450024 PHF21B; 46449749 46509808 C22orf26; 46639908 46509808 MIRLET7BHG; 49808176 46646576 MIRLET7BHG; 50296867 50051190 C22orf40; 50750392 50312106 C22orf34; 50765489 ALG12; FAM116B; 3624673538008589 36403431 38080696 CXorf30; SRPX; 1215658512924739 1274264213336770 12941288 FRMPD4; 15706953 13338518 TLR8; 16141679 15805747 ATXN3L; 16185604 16171144 CA5B; 17393543 16189587 GRPR; 18694029 17754114 MAGEB17; 18910418 18846039 NHS; 20142636 19002716 PPEF1; 22050559 20159962 PHKA2; 23018087 22269427 EIF1AX; 24167290 23020204 PHEX; 24576204 24234372 DDX53; 30671476 24690794 ZFX; 30845559 30748725 PCYT1B; 30845559 30993201 GK; 30993201 TAB3; TAB3; + − − − + + − − − − − − − + + − − − − − − − + − + + − + + + + + − − + + + − + − − − − 1520662 1534319 ASMTL-AS1; ENSG00000169093.10 chrX 2770781 2771801 GYG2-AS1; ENSG00000056998.13 chrX 9992882 10006694 WWC3-AS1; ENSG00000047644.12 chrX 28229453577528 2824122 3586233 RP4-617A9.4; RP11-558O12.3; ENSG00000006756.10 ENSG00000183943.5 chrX chrX 31115794 31187673 GS1-19O24.3; ENSG00000198947.8 chrX 51195376 51239737 AC002055.4; ENSG00000079974.13 chr22 51179021 51181948 AC002056.5; ENSG00000100312.6 chr22 30718115 30742291 RP11-242C19.3; ENSG00000198814.7 chrX 51021455 51022306 CTA-384D8.20; ENSG00000100288.15 chr22 4360868043628147 4360966743671961 43635016 Z82214.3;43912134 43679836 Z82214.2;45297427 43932485 Z99756.1;46449585 45298351 EFCAB6-AS1;46451620 46453090 RP1-127B20.4; ENSG00000159307.1246463236 46454040 RP6-109B7.3; ENSG00000159307.12 ENSG00000186976.10 chr22 46646274 46465771 RP6-109B7.2; ENSG00000159307.12 ENSG00000056487.11 chr22 49942329 chr22 46648542 RP6-109B7.4; chr22 50295451 chr22 ENSG00000182257.5 49950121 AL078611.1;50753060 ENSG00000197182.8 50298224 RP1-29C18.10; chr22 ENSG00000197182.8 50754437 AL671710.1; chr22 ENSG00000205643.6 XX-C283C717.1; ENSG00000188511.8 chr22 ENSG00000205593.5 chr22 chr22 ENSG00000182858.7 chr22 chr22 43434591 43448372 AL022476.2; ENSG00000100271.11 chr22 36383741 36458375 RP11-87M18.2; ENSG00000205081.4 chrX 32773057 32774517 RP5-1145L23.2; ENSG00000198947.8 chrX 38080644 38082920 RP13-43E11.1; ENSG00000101955.10 chrX 1239128612920936 1239325213328771 12926452 RP11-647I17.1;15801328 13338052 TLR8-AS1;16171064 15802658 ENSG00000169933.7 GS1-600G8.3;16171064 16188992 RP11-449M18.2;17570470 16188992 chrX RP11-431J24.2;18706762 ENSG00000101916.11 ENSG00000169239.8 ENSG00000123594.3 17575508 RP11-431J24.2;18908414 18709723 chrX ENSG00000126010.4 NHS-AS1; chrX chrX 20158086 18912615 ENSG00000182798.6 RP3-436M11.3;22180850 20158562 chrX RP3-499B10.4;22407432 22191100 chrX ENSG00000086717.12 RP11-393H10.4;24164342 23082236 ENSG00000188158.9 PHEX-AS1; ENSG00000044446.6 chrX 24668190 ENSG00000173674.6 24167771 RP11-40F8.2; chrX 24676354 chrX ZFX-AS1;30852740 chrX PCYT1B-AS1; ENSG00000102174.730872438 ENSG00000184735.5 30853417 30872824 TAB3-AS1; chrX ENSG00000102230.8 chrX ENSG00000005889.10 TAB3-AS2; chrX chrX ENSG00000157625.11 ENSG00000157625.11 chrX chrX 31279225 31341747 RP11-609C15.1; ENSG00000198947.8 chrX lncRNA gene Protein-coding gene + − + + − − + + + + + + − − + + + + + + + − + − − + − − − − − + + − − − + − + + + + + ) contd ( ENSG00000184319.11 chr22 ENSG00000254499.1 chr22 ENSG00000236017.2 chrX ENSG00000205559.3 chr22 ENSG00000235483.1 chrX ENSG00000236272.1ENSG00000234892.1 chr22 ENSG00000203527.2 chr22 ENSG00000223843.1 chr22 ENSG00000223730.1 chr22 ENSG00000241990.1 chr22 ENSG00000231010.1 chr22 ENSG00000235159.1 chr22 ENSG00000247670.1 chr22 ENSG00000212939.2 chr22 ENSG00000248043.1 chr22 ENSG00000227484.1 chr22 chr22 Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000230319.1 chr22 chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000229851.1ENSG00000236188.1 chrX ENSG00000225076.1 chrX chrX ENSG00000226484.1 chrX ENSG00000226679.1 chrX ENSG00000223487.1ENSG00000233338.1 chrX ENSG00000231216.1 chrX ENSG00000240178.1 chrX ENSG00000238178.1 chrX ENSG00000238178.1 chrX ENSG00000230020.1 chrX ENSG00000237221.1 chrX ENSG00000237836.1 chrX ENSG00000225037.1 chrX ENSG00000224204.1 chrX ENSG00000233067.1 chrX ENSG00000234230.1 chrX ENSG00000236836.1 chrX ENSG00000243055.1 chrX ENSG00000231542.1 chrX ENSG00000235512.1 chrX ENSG00000244186.1 chrX chrX ENSG00000242286.1ENSG00000236828.1 chrX chrX

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 70586114 70752224 TAF1; 69664711 69725337 DLG3; 43808022 43832750 NDP; 49044269 49056718 SYP; 41374187 4178271645007619 CASK; 47842756 4506014648553945 47931025 CXorf36; 48567403 ZNF630; 62567107 SUV39H1; 69353299 6257122369353299 69386174 SPIN4; 69386174 IGBP1; IGBP1; 7179866471996833 7193416771996833 72068636 PHKA1; 90689594 72068636 DMRTC1B; 91034260 90693583 DMRTC1B; 95939662 91878229 PABPC5; 96859996 PCDH11X; DIAPH2; 3866068540507558 38665790 40595110 MID1IP1; MED14; 111017543 111326004 TRPC5; 119292467 119297945 RHOXF2; 119243025 119249847 RHOXF1; 119205848 119211707 RHOXF2B; 118602363 118605282 SLC25A5; 114795501 114885181 PLS3; 100878118 100882833 ARMCX3; 114795501 114885181 PLS3; 110909043 111003877 ALG13; 131337053 131353471 RAP2C; 122993574 123047829 XIAP; 123094062129040097 123556514 129063737 STAG2; UTP14A; 100264335 100307105 TRMT2B; 131503345131760038 131623996133699868 132095423 MBNL3; 133898352 HS6ST2; PLAC1; 102192200 102193228 RAB40AL; 102754678102862379 102774417102930424 102884618 RAB40A; 103343898 102943086 TCEAL3; 106765680 103401708 MORF4L2; 106848481 MCART6; FRMPD3; 107068985 107170423 MID2; − + + + + − − − − + + − − − + − + + + − + + + + + − + + − + + − − − + + − − + − − + + 111147218 TRPC5-AS1; ENSG00000072315.3 chrX 70711529 70712778 INGX; ENSG00000147133.9 chrX 4380897845042496 4382886647915699 45193162 NDP-AS1;48557354 47925971 RP11-342D14.1;49055425 48595570 ZNF630-AS1;62569525 49058913 AF196970.3;69368432 62572057 SYP-AS1;69383692 ENSG00000147113.12 69369504 RP11-93B10.3;69672808 ENSG00000124479.8 chrX 69385056 RP13-46G5.4; ENSG00000221994.6 69675844 RP13-46G5.5;71908800 chrX ENSG00000101945.11 RP11-528B10.4; chrX 72001689 71932190 ENSG00000186767.5 chrX 72027259 72002484 ENSG00000102003.6 RP1-172N19.2;90669877 ENSG00000089289.11 chrX 72028044 RP1-172N19.1;91354536 ENSG00000089289.11 chrX ENSG00000082458.7 chrX 90689998 RP11-69A21.2;96686257 chrX 91360178 PABPC5-AS1; chrX 96897588 ENSG00000067177.10 AL136362.1; ENSG00000184911.10 DIAPH2-AS1; chrX ENSG00000184911.10 chrX chrX ENSG00000174740.6 ENSG00000102290.15 chrX ENSG00000147202.12 chrX chrX 4059465241379289 40597950 41381589 MED14-AS1; CASK-AS1; ENSG00000180182.5 ENSG00000147044.15 chrX chrX 38660821 38663136 RP4-646N3.3; ENSG00000165175.11 chrX 111125125 131351175 131566890 RP5-842K24.2; ENSG00000123728.5 chrX 119254863 119379122 NKAPP1; ENSG00000131721.4 chrX 119170201 119280760 RP4-755D9.1; ENSG00000101883.3 chrX 119170201 119280760 RP4-755D9.1; ENSG00000203989.2 chrX 118599997 118603061 RP3-404F18.2; ENSG00000005022.5 chrX 131351175 131566890 RP5-842K24.2; ENSG00000076770.10 chrX 114829875 114833648 AL589842.1; ENSG00000102024.11 chrX 114752497 114797058 AC003983.1; ENSG00000102024.11 chrX 110949877 110954329 ALG13-AS1; ENSG00000101901.6 chrX 123006476 123007782 XIAP-AS1; ENSG00000101966.8 chrX 123093083129003040 123095191 129091504 RP1-315G1.3; RP4-537K23.4; ENSG00000101972.14 ENSG00000156697.8 chrX chrX 100297573 100298694 TRMT2B-AS1; ENSG00000188917.9 chrX 131801670133733487 131803916 133740284 RP3-435D1.4; RP11-308B5.2; ENSG00000171004.10 ENSG00000170965.5 chrX chrX 100877973 100879154 ARMCX3-AS1; ENSG00000102401.14 chrX 102192698102752451 102195489 102755245 LL0XNC01-237H1.3; LL0XNC01-250H12.3; ENSG00000102128.6 ENSG00000172476.3 chrX chrX 102881004102942212 102881420103356822 102946700 TCEAL3-AS1;106756213 103360533 RP5-1055C14.7; 106789051 LL0XNC01-46H11.1; RP1-3D11.2; ENSG00000176274.6 ENSG00000196507.6 ENSG00000123562.10 chrX chrX chrX ENSG00000147234.6 chrX 107137827 107179210 RP6-191P20.4; ENSG00000080561.9 chrX lncRNA gene Protein-coding gene − − − + − + + + + + − + + − − − − + − − − − − + − + + − + + − + − + − + − + + − − − − ) contd ( ENSG00000232160.1 chrX ENSG00000237331.1 chrX ENSG00000232412.1ENSG00000235189.1 chrX ENSG00000232160.1 chrX chrX ENSG00000233382.4 chrX ENSG00000258545.1 chrX ENSG00000258545.1 chrX ENSG00000236276.1ENSG00000229491.1 chrX ENSG00000238068.1 chrX ENSG00000232828.1 chrX ENSG00000237341.1 chrX ENSG00000233661.1 chrX ENSG00000220925.2 chrX ENSG00000203588.3 chrX ENSG00000231651.1 chrX ENSG00000243468.4 chrX ENSG00000231944.1 chrX ENSG00000229583.1 chrX ENSG00000225396.1 chrX ENSG00000234161.1 chrX ENSG00000255955.1 chrX ENSG00000236256.3 chrX ENSG00000225839.1 chrX ENSG00000228275.1 chrX chrX ENSG00000224281.3 chrX ENSG00000234636.1ENSG00000233033.1 chrX chrX Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000238123.1 chrX chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000235849.1ENSG00000235813.1 chrX chrX ENSG00000234050.1ENSG00000234405.1 chrX chrX ENSG00000246653.3 chrX ENSG00000204025.2 chrX ENSG00000224031.1ENSG00000231154.1 chrX ENSG00000166707.4 chrX ENSG00000227610.1 chrX chrX ENSG00000256559.1 chrX ENSG00000236064.1ENSG00000229487.1 chrX chrX

Journal of Genetics Supplementary data, J. Genet. 94, 17–25 2803112 2850547 ZFY; 919540692157319215731 9218479 9307357 TSPY8; 9307357 TSPY3; TSPY3; 1472032 1522655 ASMTL; 1663451820708557 1695753020893326 20750849 NLGN4Y; 20935621 HSFY1; HSFY2; 59330252 59354695 IL9R; 134382867 134478012 ZNF75D; 134654584 134716435 DDX26B; 137713735140671796 138304939 140673133 FGF13; SPANXA1; 142596564 142605303 SPANXN3; 146993469 147032645 FMR1; 148621900 148632055 CXorf40A; 148621900 148632055 CXorf40A; 149097745149097745 149107029 149107029 CXorf40B; CXorf40B; 150345056 150349937 GPR50; 151080981 151093642 MAGEA4; 151334706 151620337 GABRA3; 152990323 153010216 ABCD1; 153029651 153044801 PLXNB3; 153213004 153237258 HCFC1; 154719776 154899605 TMLHE; 155227246 155251689 IL9R; + + + + + + − − + − − − + + + − − + + − + + − − + + − 2834885 2870667 ZFY-AS1; ENSG00000067646.7 chrY 920541292054129225731 9235047 9235047 FAM197Y7; 9233636 FAM197Y7; FAM197Y6; ENSG00000229549.4 ENSG00000228927.4 chrY ENSG00000228927.4 chrY chrY 1470662 1484319 ASMTL-AS1; ENSGR0000169093.10 chrY 1690552220743092 1691591320891768 20752407 NLGN4Y-AS1; 20901083 TTTY9B; TTTY9A; ENSG00000165246.7 chrY ENSG00000172468.9 ENSG00000169953.10 chrY chrY 59347294 59349508 WASIR1; ENSGR0000124334.10 chrY 134386524 134387531 RP13-210D15.4; ENSG00000186376.10 chrX 134654008 134654599 RP11-481F23.1; ENSG00000165359.9 chrX 137793614 137798779 RP1-260J9.2; ENSG00000129682.9 chrX 140590843142372754 140738057 142604631 CXorf18; GS1-256O22.5; ENSG00000189252.4 ENSG00000198021.5 chrX chrX 146990949 147003676 FMR1-AS1; ENSG00000102081.9 chrX 148614831 148622358 AF011889.4; ENSG00000197620.6 chrX 148629755 148631380 RP5-937E21.8; ENSG00000197620.6 chrX 149097880149106846 149098916 149392815 XX-FW81066F1.2; RP13-507I23.1; ENSG00000197021.4 chrX ENSG00000197021.4 chrX 150343664 150346308 GPR50-AS1; ENSG00000102195.6 chrX 151072903 151082440 RP11-366F6.2; ENSG00000147381.7 chrX 151307355 151355329 RP11-329E24.6; ENSG00000011677.7 chrX 153001080 153031933 U52111.14; ENSG00000101986.7 chrX 153001080 153031933 U52111.14; ENSG00000198753.7 chrX 153234776 153235538 HCFC1-AS1; ENSG00000172534.9 chrX 154695631 154841277 RP11-954J6.3; ENSG00000185973.6 chrX 155244288 155246502 WASIR1; ENSG00000124334.10 chrX lncRNA gene Protein-coding gene + − − − − − − + − + + + − − − + + − − + − − + + − − + ) contd ( Table 1 Anti-sense lncRNA ENSG-IDENSG00000238210.2 chrX chr Strand Start Stop Gene name ENSG-ID chr Strand Start Stop Gene name ENSG00000228383.2ENSG00000228383.2 chrY ENSG00000237802.2 chrY ENSG00000228787.1 chrY ENSG00000131007.5 chrY ENSG00000131009.4 chrY chrY ENSG00000225235.1 chrX ENSG00000226031.1 chrX ENSG00000226574.1ENSG00000227303.1 chrX chrX ENSG00000224191.2 chrX ENSG00000241769.2 chrX ENSG00000225261.1 chrX ENSG00000224871.1ENSG00000235703.1 chrX chrX ENSG00000234696.1 chrX ENSG00000229967.1 chrX ENSG00000231937.1 chrX ENSG00000232725.1 chrX ENSG00000232725.1 chrX ENSG00000235802.1 chrX ENSG00000224533.3 chrX ENSG00000185203.7 chrX ENSGR0000185203.7ENSG00000233070.1 chrY chrY ENSGR0000236017.2 chrY

Journal of Genetics