Biblioteca De Ciencias Biologicas

Biblioteca Digital - Direccion de Sistemas de Informática y Comunicación - Universidad Nacional de Trujillo

BIOLOGICAS

Determinación de bacterias presentes en la rizósfera de Opuntia ficus -indica var. inermis en suelos áridos de CIENCIAS Tumbes, Perú. DE

Autora: Br. SANDRA JOHANA MENDEZ FARROÑAN

Asesor: Dr. JULIO ROGER CHICO RUIZ BIBLIOTECA TRUJILLO – PERÚ

2016

Esta obra ha sido publicada bajo la licencia Creative Commons Reconocimiento-No comercial-Compartir bajo la misma licencia 2.5 Perú. Para ver una copia de dicha licencia, visite http://creativecommons.org/licenses/by-ns-sa/2.5/pe/ . No olvide citar esta tesis. Biblioteca Digital - Direccion de Sistemas de Informática y Comunicación - Universidad Nacional de Trujillo

AUTORIDADES DE LA UNIVERSIDAD NACIONAL DE TRUJILLO

Dr. Orlando Gonzales Nieves

RECTOR DE LA UNIVERSIDAD NACIONAL DE TRUJILLO

Dr. RÚBEN VERA VÉLIZBIOLOGICAS VICE RECTOR ACADÉMICO

CIENCIAS Dr. WEYDER PORTOCARRERO CÁRDENAS

VICERRECTOR DE DEINVESTIGACIÓN ICERRECTORA ACADÉMICO

SECRETARIOBIBLIOTECA GENERAL DE LA UNIVERSIDAD NACIONAL DE TRUJILLO Dr. Steban Ilich Zerpa

AUTORIDADES DE LA FACULTAD DE CIENCIAS BIOLOGICAS

DECANO DE LA FACULTAD DE CIENCIAS BIOLÓGICAS

Dr. Marco Leoncio Salazar Castillo

BIOLOGICAS

SECRETARIO GENERAL DE LA FACULTAD DE CIENCIAS BIOLÓGICAS

Dr. Santos Enrique Padilla Sagastegui

CIENCIAS

DIRECTOR DE LA ESCUELA ACADÉMICOPROFESIONAL DE BIOLOGÍA

Dr. Manuel Roberto Rodriguez Lacherre

BIBLIOTECA

iii

DEDICATORIA

Con todo mi corazón y desde lo profundo de mi ser a Jehová Rey nuestro y Dios

nuestro, por estar a mi lado siempre, guiándome, sosteniéndome, fortaleciéndome,

alimentando mi alma y brindándome su amor infinito, gracias a él por brindarme la

profundidad de vivir, por contar con cada uno de mis seres queridos y lograr la

excelencia profesional, este trabajo es completamente suyo.

BIOLOGICAS Con un inmenso amor y una eterna gratitud a mis padres Josefa y Mauro, por su

amor, comprensión, paciencia, esfuerzo y fe en cada cosa que hago, con su ejemplo

de vida pude seguir adelante. Este trabajo es suyo porque ustedes lo hicieron posible.

CIENCIAS

BIBLIOTECA

AGRADECIMIENTO

A mi profesor Dr. Julio Chico Ruíz por haber brindado su amistad y orientación

con mucho profesionalismo y paciencia, por compartir sus conocimientos, los

cuales hicieron realidad este trabajo.

Mi más sincero agradecimiento al Mc. Bernabé Luis Alaya por brindarme su

apoyo incondicional en el presente informe de investigación, por la paciencia y

el tiempo dedicado y por compartir sus conocimientosBIOLOGICAS hacia mi persona.

A todo el equipo de la empresa INCA BIOTEC SAC que son mi segunda

familia, en especial al equipo técnico y al grupo CACTUS, gracias por su

amistad y el apoyo brindado paraCIENCIAS la realización de este proyecto.

Gracias por todo y que Dios los bendiga siempre.

BIBLIOTECA

PRESENTACIÓN

En cumplimiento con las normas establecidas en el reglamento de grados y

títulos que exige la Facultad de Ciencia Biológicas de la Universidad Nacional

de Trujillo, se somete a vuestra consideración el siguiente proyecto de tesis

titulado:

“Determinación de bacterias presentes en la rizósfera de Opuntia ficus-indica

var. inermis en suelos áridos de Tumbes, Perú.”

BIOLOGICAS

Trujillo, Enero del 2016

CIENCIAS

DE Mendez Farroñan Sandra Johana

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MIEMBROS DEL JURADO

------Dr. Eloy López Medina PRESIDENTE BIOLOGICAS

------Dr. Roger Veneros Terrones

SECRETARIO CIENCIAS

------Dr. Julio Chico Ruiz

VOCAL

BIBLIOTECA

vii

APROBACIÓN

Los profesores que suscriben, miembros del Jurado dictaminador, declaran que el presente

Informe de Tesis titulado: ““Determinación de bacterias presentes en la rizósfera de

Opuntia ficus-indica var. inermis en suelos áridos de Tumbes, Perú.”, ha

cumplido con los requisitos formales y fundamentales, siendo APROBADA por UNANIMIDAD.

------BIOLOGICAS

Dr. EloY López Medina

PRESIDENTE

CIENCIAS

------DE Dr. Roger Veneros Terrones

SECRETARIO

BIBLIOTECA ------

Dr. Julio Chico Ruiz

VOCAL

viii

CONTENIDO

AUTORIDADES DE LA UNIVERSIDAD NACIONAL DE TRUJILLO…………… ii

AUTORIDADES DE LA FACULDAD DE CIENCIAS BIOLOGICAS……………..iii

DEDICATORIA………………………………………………………………………...iv

AGRADECIMIENTO……………………………………………………………….….v

PRESENTACIÓN………………………………………………………………….… vi

MIEMBROS DE JURADO………………………………………………………...…vii

APROBACION .………………………………………………………………………viiiBIOLOGICAS

CONTENIDO…………………………………………………………………..………ix

LISTA DE TABLAS …………………………………………………………..………xi

LISTA DE FIGURAS……………………………………………………………...…xiii CIENCIAS RESUMEN …………………………………………….………………………….....xvi DE ABSTRACT……………………………………………………………………..……xvii

INTRODUCCIÓN……………………………………………………………………...1

MATERIAL Y MÉTODOS……………………………………………………………12

RESULTADOS……………………………………………………………………….20

IÓN………………………………………………………………………….. DISCUSBIBLIOTECA 34 CONCLUSIÓN………………………………………………………………………..39

RECOMENDACIONES……………………………………………………………...40

REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS………………………………………………..41

ANEXOS………………………………………………………………………………54

BIOLOGICAS

CIENCIAS

BIBLIOTECA

LISTA DE TABLAS

Tabla 1. Parámetros físico – químicos considerados en el análisis de las

muestras de suelo de los diferentes puntos de muestreo………………………20

Tabla 2. Bacterias cultivables presentes en la rizósfera de O. ficus-indica en el

distrito de Corrales…………………………..………………………………………21

Tabla 3. Bacterias cultivables presentes en la rizósfera de O. ficus-indica en el

distrito de Cabuyal…………………………………………………………………...22

Tabla 4. Bacterias cultivables presentes en la rizósfera de O. ficus-indica en el

distrito de Casitas……………………………………………………………………23BIOLOGICAS

Tabla 5. Bacterias cultivables presentes en la rizósfera de O. ficus-indica en el

distrito de Uña de Gato……………………….…………………………………….24

Tabla 6. Bacterias cultivables presentes en la rizósfera de O. ficus-indica en el distrito de Puerto Pizarro…………………………………………………………..24CIENCIAS

Tabla 7. Porcentaje de abundanciaDE de las bacterias presentes en la rizósfera de O. ficus-indica del distrito de Corrales, obtenido mediante

metagenómica………………………………………………………………………..61

Tabla 8. Porcentaje de abundancia de las bacterias presentes en la rizósfera

de O. ficus-indica del distrito de Cabuyal, obtenido mediante metagenómica y

clasificado en familia, género y especie…………………………………………..67

TablaBIBLIOTECA 9. Porcentaje de abundancia de las bacterias presentes en la rizósfera

de O. ficus-indica del distrito de Casitas, obtenido mediante metagenómica…68

Tabla 10. Porcentaje de abundancia de las bacterias presentes en la rizósfera

de O. ficus-indica del distrito de Uña de Gato, obtenido mediante

metagenómica………………………………………………………………………..89

Tabla 11. Porcentaje de abundancia de las bacterias presentes en la rizósfera

de O. ficus-indica del distrito de Puerto Pizarro, obtenido mediante

metagenómica………………………………………………………………………98

BIOLOGICAS

CIENCIAS

BIBLIOTECA

xii

LISTA DE FIGURAS

Figura 1. Localización de las áreas de muestreo……………………………..12

Figura 2. Extracción del ADN de las muestras de suelo, empleando el Kit

Power Soil…………………………………………………………………………….15

Figura 3. Porcentaje de diversidad bacteriana a nivel de género presente en la

rizósfera de O. ficus- indica obtenida mediante metagenómica,

correspondiente al Distrito de Cabuyal.……………………………………………25

Figura 4. Porcentaje de diversidad bacteriana a nivel de género presente en la BIOLOGICAS rizósfera de O. ficus- indica obtenida mediante metagenómica,

correspondiente al Distrito de Corrales.…………………………………………...26

Figura 5. Porcentaje de diversidad bacteriana a nivel de género presente en la

rizósfera de O. ficus- indica obtenida mediante metagenómica, correspondiente al Distrito de Casitas...... CIENCIAS ...27

Figura 6. Porcentaje de diversidadDE bacteriana a nivel de género presente en la rizósfera de O. ficus- indica obtenida mediante metagenómica,

correspondiente al Distrito de Uña de Gato…....…………………………………28

Figura 7. Porcentaje de diversidad bacteriana a nivel de género presente en la

rizósfera de O. ficus- indica obtenida mediante metagenómica,

correspondiente al Distrito de Puerto Pizarro.…………………………….………29

FiguraBIBLIOTECA 8. Distribución de los dominios presentes en la rizósfera de Opuntia

ficus – indica mediante metagenómica y analizados por MG-RAST……...……30

xiii

Figura 9. Distribución del Phylum bacteria presente en la rizósfera de Opuntia

ficus – indica identificados por metagenómica empleando el programa MG –

RAST…………………………………………………………………………..31

Figura 10. Metagenoma de la rizósfera de Opuntia ficus – indica. Se clasificó y

visualizó utilizando MG – RAST………………………………………………….32

Figura 11. . Curva de rarefacción y diversidad alfa de los cinco puntos de

muestreo de la rizósfera de Opuntia ficus–indica. Se utilizó el programa MG –

RAST……….…………………………………………………………………………33

Figura 12. Preparación del material para la toma deBIOLOGICAS muestra………………….53

Figura 13. Toma de muestra de la rizósfera de Opuntia ficus – indica en el

distrito de Casitas…………………………………………………………..……..…53

Figura 14. Siembra de bacterias…………………………………………….…….54

Figura 15. Purificación de bacteriasCIENCIAS…………………………………………..….. 54

Figura 16. Bacterias purificadasDE sembradas en caldo nutritivo…………….....55

Figura 17. Vista al microscopio de las bacterias purificadas……………..…...55

Figura 18. Extracción de ADN de las bacterias presentes en la rizósfera.….56

Figura 19. Termociclador con el programa 16S para bacterias……………….56

Figura 20. Depositando las muestras de ADN en gel de agarosa para el corrido

electroforéticoBIBLIOTECA………………………………………………………………… .……57

Figura 21. Electroforesis en gel de agarosa al 1.5% (p/v) del ADN bacteriano

de la rizósfera de las muestras de Casitas……………………………………….57

xiv

Figura 22. Muestras de amplicón de ADN listos para enviar a

secuenciar…………………………………………………………………………..58

Figura 23. Kit Power Soil para la extracción de ADN por Metagenómica……58

Figura 24. Electroforesis en gel de agarosa al 1.5% (p/v) del ADN bacteriano

obtenido por Metagenómica…………………………………………………….…59

Figura 25. Resultados de la secuenciación de las bacterias……………..…..60

BIOLOGICAS

CIENCIAS

BIBLIOTECA

RESUMEN

Las investigaciones sobre la microbiota existe en la rizósfera de las plantas y

sus propiedades benéficas en el desarrollo y promoción del crecimiento de las

mismas, han sido actualmente temas preferidos por investigadores, por lo que

el objetivo de la presente investigación se orienta a determinar las bacterias

presentes en la rizósfera de Opuntia ficus - indica en suelos áridos de Tumbes,

Perú. El material biológico procedió de la rizósfera de Opuntia ficus - indica. El

cultivo de las cepas aisladas se procesó en Tripticase Soy Broth y Luria

Bertani, a las cuales se le hizo extracción de ADN, luego se aplicó la técnica BIOLOGICAS de la PCR; con lo que se obtuvieron los amplicones de las muestras tratadas;

por último se realizó la electroforesis y la respectiva secuenciación por el gen

16S ADNr, y por el método de metagenómica se identificó las bacterias

cultivables y no cultivables presentes en la rizósfera; el análisis de los datos se hizo mediante el programa MG –CIENCIAS RAST, se consultó con BLAST del NCBI para la identificación de la especie, se concluye que se logró identificar 46 especies

de bacterias cultivables presentesDE en la rizósfera de Opuntia ficus – indica,

mediante metagenómica se logró la identificación de las bacterias nativas

cultivables y no cultivables presentes en la rizósfera, encontrándose cerca de

600 géneros por punto de muestreo.

Palabras clave: rizósfera, Opuntia ficus - indica, metagenómica.

BIBLIOTECA

xvi

ABSTRACT

Research on the microbiota exists in the rhizosphere of plants and their

beneficial effects on the development and promotion of growth thereof, have

now been favorite subjects for researchers, so that the objective of this research

is aimed at determining bacteria present in the rhizosphere of Opuntia ficus-

indica in arid soils of Tumbes, Peru. The biological material came from the

rhizosphere of Opuntia ficus - indica. The cultivation of isolates processed in

Trypticase Soy Broth and Luria Bertani, to which was made DNA extraction,

then the PCR technique was applied; whereby the amplicons of the treated BIOLOGICAS samples were obtained; Finally respective electrophoresis and sequencing the

16S rDNA was performed, and the method of metagenomics cultivable and

non-cultivable bacteria was identified in the rhizosphere; The data analysis was

done using the program MG- RAST were consulted BLAST of NCBI to identify the species, it is concluded that CIENCIASwas possible to identify 46 species of cultivable bacteria in the rhizosphere of Opuntia ficus - indica, using metagenomics

identification of arable andDE non-arable these native bacteria in the rhizosphere,

being about 600 genera per sampling point was achieved.

Keywords: rhizosphere, Opuntia ficus-indica, metagenomics.

BIBLIOTECA

xvii

INTRODUCCIÓN

La desertificación es un problema ambiental que afecta de

manera significativa a la población en el mundo y en particular a los

pobres que ocupan parte importante de las zonas áridas. En el Perú, se

tiene 40% de la superficie del país desertificada (MINAM, 2011) y el

24% se encuentra en proceso de desertificación (INRENA, 2006). Sin

embargo, el conocimiento sobre el tema y su incorporación en las

políticas públicas es limitado (Gómez, 2008).

La desertificación en el Perú, es un problemaBIOLOGICAS crítico y creciente, debido a la pérdida de la capacidad productiva del suelo en zonas de

producción agrícola. El Perú tiene 3,862,786 hectáreas desertificadas, a

lo cual se suma 30,522,010 hectáreas en proceso de desertificación

(INRENA, 2006). Una parte importante de la desertificación se encuentra

en la costa norte, la cualCIENCIAS es un área importante de producción agrícola

para agroexportación. Las zonas áridas, sub áridas y áridas sub DE húmedas reciben apenas el 2% de la precipitación pluvial que cae en el

país (Gómez, 2008).

El análisis de la desertificación cobra importancia por las

consecuencias económicas y sociales que genera sobre todo en el

sector agrícola, el cual es un sector intensivo en mano de obra y donde

BIBLIOTECAla población de bajos ingresos es la más vulnerable a este problema

ambiental (Gómez, 2008).

La agricultura es el sector económico en el que la escasez de

agua tiene más relevancia. En la actualidad, la agricultura es

responsable del 70% de las extracciones de agua dulce y más del 90%

de su uso consuntivo. Bajo la presión conjunta del crecimiento de la

población y de los cambios en la dieta, el consumo de alimentos está

aumentando en casi todas las regiones del mundo. Convirtiéndose en no

sólo una causa, sino también una víctima de la escasez de agua

(MINAM, 2011).

El desarrollo de la agricultura de desierto,BIOLOGICAS es decir el uso de plantas que tengan elevada capacidad de uso eficiente de agua (EUA)

las cuales puedan adaptarse a los suelos áridos y semiáridos, es poco

conocida (Alary y col., 2007), además la investigación sobre el uso de

microorganismos benéficos asociados a la rizósfera de las plantas ha sido pobremente desarrolladaCIENCIAS en nuestro país (Marasco y col., 2012, Schmidt y col., 2014). DE De lo expuesto, es necesario destacar la relación que existe entre

agricultura desertificación y pobreza. Diversos estudios señalan que

más que identificar si los pobres causan desertificación o si la

desertificación incrementa la pobreza, es un hecho que los pobres son

los más afectados por la desertificación debido a que ellos son BIBLIOTECAaltamente dependiente de la agricultura y por ende de la productividad de la tierra para su sostenimiento (Hazell y col., 2002, tomado de

Winslow, 2004).

Uno de los principales cultivos en las zonas áridas y semiáridas

que se ha venido implementando en muchos países es el cultivo de

cactáceas, en años recientes, se han intensificado las plantaciones para

fruta o producción de forraje, así como para vegetales o nopalitos y

cochinilla, en muchos países de África, América, Asia y Europa. Hay un

creciente interés por Opuntia, con énfasis en O. ficus-indica, y en el

importante papel que desempeñan y seguramente seguirán proponiendo

para el éxito de sistemas agrícolas sustentables en zonas áridas y

semiáridas, donde agricultores y ganaderos deben concentrarse en

aquellas especies que pueden no soloBIOLOGICAS sobrevivir sino producir

económicamente. Así, O. ficus-indica, se ha convertido en un recurso de

productos y usos, inicialmente como planta silvestre, y después, como

cultivo de subsistencia y comercial; contribuyendo a la seguridad

alimenticia de poblaciones en áreas agrícolas marginadas (Nobel, 2002; CIENCIAS Reynolds, 2003; Alary y col., 2007).

Los cactus sonDE plantas suculentas en gran mayoría espinosas

miembros de la familia Cactaceae, única representante del orden

Cactales, incluye 130 géneros y 2000 especies (Shedbalkar, 2010); se

divide en cuatro subfamilias: Pereskioideae (monogenérica; especies

provistas de hojas bien formadas), Opuntioideae (a la que pertenece

Opuntia), Maihuenioideae (monogenérica; especies restringidas a BIBLIOTECA Argentina y Chile) y Cactoideae (la de mayor número de especies)

(Anderson, 2001; Wallace, 1995; Wallace y col., 2002; Nobel, 2002). En

el Perú se han registrado 40 géneros, de los cuales 11 son endémicos,

262 especies de las cuales 81% son endémicos, es decir sólo se

encuentran en nuestro país, formando parte de nuestra rica flora

silvestre (Ostolaza, 2014).

Actualmente Opuntia es cultivado para producción de fruta en

Perú, Chile, Italia, México, EUA y existe interés por cultivarlo en muchos

otros países. Su principal ventaja fisiológica es la alta eficiencia de uso

del agua (Saenz, 2000). La experiencia de Brasil ha demostrado que la

utilización de Opuntia como forraje es más sencilla de integrar en los sistemas agrícolas de las regiones semiáridas,BIOLOGICAS donde su cultivo para forraje data de principios del siglo XX y en la actualidad existen más de

300 000 Ha plantadas (Russell, 1990). Opuntia se adapta a una gran

variedad de condiciones de cultivo, pero la productividad en su hábitat

natural es limitada por la sequía y la mala calidad de los suelos, por ello se realizan esfuerzos paraCIENCIAS la mejora del cultivo usando prácticas agrícolas eficiente como la utilización microorganismos promotores del

crecimiento (Gómez,DE 2008).

Los Cactus, y específicamente Opuntia ficus-indica var. inermis.

han sido extremadamente útiles como forraje para el ganado en épocas

de sequía, principalmente por el suministro de energía digestible, agua y

vitaminas, las cuales han mostrado impactos positivos en la producción BIBLIOTECAde leche, ganancia de peso y crecimiento del ganado alimentado con este recurso. Aunque se utiliza principalmente para el ganado, Opuntia

también se ha utilizado como forraje para cerdos. (Cordeiro y Gonzaga,

2003).

Para conseguir convertir los suelos áridos en tierras arables,

requerimos de una visión global de todo el ecosistema e interacción

planta-microorganismos, así la agricultura de desierto se ha convertido

en una fuerte área de crecimiento de agricultura en todo el mundo, sin

embargo la diversidad microbiana del suelo, las cuales son responsables

de los microecositemas y sanidad vegetal, aun es poco conocida.

Basados sobre adaptaciones genéticas, fenotipicas y fisiológicas de las

plantas y su adaptación en suelos áridos los cactus se presentan como

una alterativa para iniciar la agricultura de desierto (Nobel, 2002; Kobert

y col., 2011, Marasco y col., 2012,) BIOLOGICAS

La rizósfera es el ambiente que está bajo la influencia de las

raíces de las plantas, donde existe un flujo de compuestos orgánicos

producto de la fotosíntesis que son exudados por la raíz (Loredo y col., 2004; Gómez y col, 2012).CIENCIAS Desde que Hiltner la definió en 1904, se han realizado grandes avances en la investigación, que reconocen el papel

que tienen los microorganismosDE rizosféricos en el crecimiento de las

plantas. La rizósfera es el hábitat ecológico en el cual los

microorganismos están en contacto directo con la raíz de las plantas y

es el sitio donde se dan diversas interacciones, como: competencia,

mutualismo, comensalismo, amensalismo, predación y parasitismo.

Dependiendo del tipo de relación con la planta, los microorganismos BIBLIOTECA pueden ser benéficos o nocivos. Muchos aspectos importantes de las

interacciones suelo-planta son mediados por los procesos de la

rizósfera, incluyendo la adquisición de nutrimentos por la planta, la

colonización de las raíces por los microorganismos y la descomposición

de la materia orgánica (Gómez y col., 2012).

Durante la mayor parte de la historia de la vida, los

microorganismos eran los únicos habitantes en la tierra, y siguen

dominando el planeta en muchos aspectos. La vida microbiana era

esencial para la evolución de la vida y tiene un papel importante en

humanos, la salud, la agricultura, el funcionamiento de los ecosistemas y

los ciclos geoquímicos globales (Whitman, 1998); dentro de estos microorganismos se encuentran las bacterias,BIOLOGICAS en especial las llamadas bacterias promotoras de crecimiento vegetal (BPCV).

Los mecanismos de las (BPCV) para promover el crecimiento de

las plantas son diversos. Los que se mencionan con más frecuencia en

la literatura son: fijación de nitrógeno, producción de sustancias

reguladoras del crecimiento,CIENCIAS incremento en el desarrollo de la raíz, producción de compuestosDE sideróforos que incrementan la disponibilidad del Fe en la rizósfera, alteraciones en el potencial de la membrana de la

raíz, inducción de resistencia sistémica a patógenos, inhibición del

crecimiento de organismos antagónicos e interacción sinérgica con otros

microorganismos del suelo (Loredo y col., 2004).

Dentro de los microorganismos del suelo que son beneficiosos

BIBLIOTECApara las plantas se destacan las rizobacterias promotoras del

crecimiento vegetal. Se las conoce como Rizobacterias Promotoras del

Crecimiento en Plantas. Entre ellas, muchos tipos se encuentran

asociados a la familia Enterobacteriaceae, mientras que otros están 6

relacionados con los géneros Azospirillum, Azotobacter y Pseudomonas

(Schoebitz, 2006).

Las Pseudomonas spp. pueden ejercer un efecto benéfico

directo, a través de la síntesis de fitohormonas y de vitaminas,

estimulación de la germinación de semillas y emergencia de plántulas,

inhibición de la síntesis de etileno, solubilización de fósforo (P)

inorgánico. De manera indirecta, por medio de síntesis de antibióticos y

fungicidas, competencia por nutrientes, producción de sideróforos o por la inducción de la resistencia sistémica a patógenos.BIOLOGICAS Pueden también actuar como Agentes de Control Biológico (BCA), capaces de proteger a

las plantas de la infección, causadas por agentes fitopatógenos (Siddiqui

y Shaukat, 2003 en Cano, 2011).

En virtud de su capacidad de adaptación fisiológica y versatilidad

metabólica, las bacterias CIENCIASen las zonas de raíces de las plantas son un agente clave del cambioDE del suelo en los agroecosistemas, con efectos positivos, en cuanto a tolerancia de altos contenidos de sales, aumento

en los rendimientos de los cultivos y mejoras en la calidad del suelo,

respecto a la disponibilidad de nutrientes; sin embargo, esta regulación

está mediada por el quórum sensing de las bacterias, las cuales, se

deben adaptar para alcanzar una alta proliferación y, de esta manera, se BIBLIOTECAestimulan, se activan y se mantienen en la zona radicular, por medio de la liberación selectiva de los exudados y lixiviados, por parte de las

planta y otros microorganismos (Cano, 2011).A su vez, las bacterias de

la rizósfera son capaces de generar una amplia variedad de metabolitos

secundarios, que pueden tener una influencia positiva, sobre el

crecimiento y desarrollo de las plantas, mejoran la disponibilidad de

minerales y nutrientes en el suelo, etc. (de-Bashan y col., 2007).

En el año 1997 se comunicó la presencia de Azospirillum sp en

los géneros Cenchrus, Atriplex, Opuntia, Simmondsia, Gossypium y

Salvia chia, plantas cultivadas en zonas áridas y semiáridas (Stegmayer

et al, 1997 en Pernasetti y Di Barbaro, 2012).

Pernasetti y Di Barbaro (2012) ensayaron inoculando Azospirillum

brasilensis en Opuntia (tuna) resultando en BIOLOGICASun aumento significativo de

las raíces, característica de gran importancia para esta planta que se

desarrolla en zonas de aridez, ya que amplía la posibilidad de toma de

agua y nutrientes sin olvidar también la importancia que tiene el mayor

desarrollo radical en el anclaje de la planta en zonas ventosas. CIENCIAS Por lo tanto, la secuenciación del ADN de estos organismos tiene

una gran importancia,DE proporcionando una mejor comprensión de

nuestro mundo y mejorar las estrategias para mejorarlo.

Desafortunadamente, sólo una pequeña parte de los microorganismos

puede ser cultivable, lo que significa que nuestra comprensión del

mundo microbiano es altamente sesgada y no representa la realidad en

la naturaleza (Amann y col., 1995; Pace, 1997; Neelakanta y Sultana,

BIBLIOTECA2013; Handelsman, 2004). Además, casi todos los microorganismos

viven en comunidades de especies múltiples donde interactúan y se

benefician de la cooperación microbiana. Un cultivo clonal carece en la

representación verdadera de estos estados, lo que hace importante 8

obtener información genética directamente de sus hábitats naturales.

Los primeros estudios en este mundo desconocido se centraron en el

gen 16S ribosomal RNA (rRNA) (Stein y col., 1996; Hugenholtz y col.,

1998) (que a menudo se conserva dentro de una especie y

generalmente es diferente entre las especies), y mostró el potencial del

campo para caracterizar procariotas no cultivadas.

Con la aparición de las tecnologías NGS, se llevaron a cabo

proyectos de escopeta (WGS) secuenciación de las comunidades bacterianas (Venter y col., 2004; Tringe y col.,BIOLOGICAS 2005). Esta tecnología, denominada metagenómica, permite la secuenciación de toda la

comunidad representada en la producción de grandes volúmenes de

datos, en magnitudes que pueden alcanzar terabytes (TB) de

información de una muestra de suelo (Gans, 2005). Por lo tanto, los nuevos retos computacionalesCIENCIAS han surgido y los nuevos métodos serán necesarios para analizar estas enormes cantidades de datos con el

objetivo final de responderDE a dos preguntas fundamentales: "¿Quién está

ahí?" y "¿Qué están haciendo?". Un gran número de herramientas

fueron puestas en libertad para los estudios de metagenómica desde

entonces, ya sea en el nivel taxonómico o funcional.

La metagenómica o estudio genómico de microorganismos hace BIBLIOTECAreferencia a este no cultivo basada en el enfoque del estudio colectivo del genoma de una población mixta de microorganismos (Neelakanta y

Sultana, 2013; Handelsman, 2004).

Desde la realización de que la diversidad microbiana es mucho

mayor que lo previamente observado, la caracterización taxonómica de

las comunidades microbianas ha estado bajo la atención de la

comunidad científica. Los estudios de metagenómica primero se

centraron en el gen 16S rRNA para el análisis de la diversidad genética

(Muyser y col., 1993) pero la aplicación de este gen ha sido impulsado

por los avances en la secuenciación del ADN y pirosecuenciación con

código de barras (Hamady y col., 2008). Tecnologías como la NGS (Next

Generation Sequency) pueden utilizar cebadores de amplificación del

gen 16S rRNA para la orientación de regionesBIOLOGICAS hipervariables (hay 9 para

este gen: V1-V9) que permite la discriminación de la diversidad

bacteriana en muestras del medio ambiente (Shah y col., 2011).

Tres categorías principales han sido utilizadas para la identificación de la secuenciaCIENCIAS de clasificación basada en el aprendizaje supervisado: secuencia de búsqueda de similitudes, composición de la

secuencia y métodosDE filogenéticos (Bazinet y Cummings, 2012). Un gran

número de aplicaciones de software han sido lanzados (Gerlach y Stoye,

2011; Schreiber y col., 2010) y la mayoría de ellos utilizan sólo uno de

los enfoques, a pesar de algunas excepciones en las que se utilizan dos

métodos simultáneamente.

BIBLIOTECAEste enfoque se basa en la información obtenida por homología en búsquedas de bases de datos. La selección del taxón es una

estrategia relativa más básica para buscar el mejor éxito en la base de

datos, pero este tipo de clasificación ha de interpretarse con cuidado, ya

que la distancia evolutiva entre el Fragmento de ADN y el éxito es

desconocido (Gerlach y Stoye, 2011). Sin embargo, esta clasificación es

fiable sobre los niveles taxonómicos superiores (por ejemplo súper reino

o filo). CARMA (Gerlach y Stoye, 2011), MARTA (Horton y col., 2010),

MetaPhyler (Liu y col., 2011), MetaPhlAn (Segata y col., 2012) o MG-

RAST (Glass y col., 2010) son algunas herramientas basados en

búsquedas de similitud y cada uno de ellos tiene características

complementarias para mejorar la clasificación.

El objetivo de este trabajo de investigaciónBIOLOGICAS fue determinar las bacterias presentes en la rizósfera de Opuntia ficus-indica var. Inermis

en suelos áridos de Tumbes, Perú., y los objetivos específicos fueron

aislar e identificar las bacterias cultivables presentes en la rizósfera

mediante el gen 16S rRNA; e identificar las bacterias cultivables y no cultivables presentes en laCIENCIAS rizósfera mediante metagenómica.

BIBLIOTECA

MATERIAL Y METODOS

2.1.1 Localización del área de estudio:

Tumbes es un departamento del Perú situado en el extremo noroeste del

país. Esta circunscripción está limitada al oeste y norte con el océano

Pacífico (Golfo de Guayaquil), al sur con el departamento de Piura y con

territorio ecuatoriano por el este y suroeste. La región comprende la

estrecha planicie costera en el oeste y los Cerros de Amotape en el

norte, dominados por el bosque seco ecuatorial, y los manglares y

bosques tropicales del norte. La temperaturaBIOLOGICAS promedio de esta zona es

de unos 26 a 27 °C, con una altitud de 6 msnm. El promedio de la

precipitación anual es de 182.5 mm (SENAMHI).

Los puntos de muestreo fueron Corrales, Cabuyal, Casitas, Uña de gato

y Puerto Pizarro, de los cuales se recolectaron las muestras de rizósfera CIENCIAS de Opuntia ficus-indica. DE

BIBLIOTECA

Figura 1. Localización de las áreas de muestreo.

2.1.2 Lugar de ejecución:

La presente investigación se realizó en el departamento de Tumbes, en

los laboratorios de la empresa de Biotecnología Molecular INCA

BIOTEC SAC. en las áreas de Microbiología, Extracción de ADN, PCR y

Electroforesis.

2.1.3 Material Biológico:

El material biológico empleado fueron muestras de la rizósfera de

Opuntia ficus–indica de diferentes lugares de Tumbes, como son:

Corrales, Cabuyal, Casitas, Uña de Gato y PuertoBIOLOGICAS Pizarro. Con ayuda de

pequeñas palas se tomó aproximadamente 2 kg de muestra de rizósfera

de seis plantas seleccionadas por juicio no probabilístico o de

conveniencia debido a que las plantas se encontraban en pequeñas

cantidades y en estado silvestre, se consideró como juicio crítico la CIENCIAS vigorosidad de la planta y el tamaño; se desinfectó con alcohol todo el instrumental empleadoDE cada vez que se cambió de planta, las muestras fueron colectadas por separado en bolsas ziploc, siendo trasladadas de

inmediato al laboratorio.

2.1.4 Análisis Físico – Químico del suelo:

Luego de la recolección de las muestras se pesó 1 kg de suelo para el BIBLIOTECA análisis físico químico, el mismo que fue realizado por el Laboratorio de

Agua, Suelo, Medio Ambiente y Fertirriego de la Facultad de Ingeniería

Agrícola de la Universidad Nacional Agraria La Molina, quienes

enviaron los resultados para el análisis correspondiente.w

2.1.5 Aislamiento de Bacterias Cultivables:

Para el aislamiento de bacterias presentes en la rizósfera, se procedió a

utilizar la técnica de diluciones, la cual consistió en adicionar 2 g de

muestra en 18 ml de caldo de cultivo Trypticase Soy Broth (TSB) y Luria

Bertani (LB) respectivamente, se colocó en shaker orbital por toda la

noche para luego tomar 10 µl de cada solución y ser sembrada por

aspersión en diferentes placas Petri conteniendo, por separado, medio BIOLOGICAS de cultivo Trypticase Soy Agar (TSA) y Cetrimide, donde el primero es

un medio de cultivo general y el segundo es un medio específico para

Pseudomonas.

2.1.6 Purificación y CIENCIAS Comprobación de Cepas Bacterianas Cultivables:

Posteriormente se DE purificaron las bacterias haciendo repliques hasta

obtener cepas putativas; estas placas fueron usadas para seleccionar

las colonias bacterianas basadas en su diferencia morfológica. Las

colonias seleccionadas fueron mantenidas en el mismo medio de

crecimiento de donde fueron obtenidas, para luego mediante la técnica

de tinción diferencial (Tinción Gram) ser observadas al microscopio.

BIBLIOTECA

2.1.7 Identificación de bacterias cultivables y no cultivables

mediante la técnica de Metagenómica:

La caracterización molecular de los microorganismos presentes en el

suelo, se realizó mediante estudio metagenómico, para lo cual se

procedió a la extracción de ADN de bacterias presentes en el suelo

empleando el Kit Power® Soil DNA Isolation y se procedió según el

protocolo del laboratorio MO BIO. La muestra fue añadida a un tubo y se

centrifugó para la homogenización rápida y completa. La lisis celular se

produjo por métodos mecánicos y químicos. El ADN genómico total se BIOLOGICAS capturó en una membrana de sílice en un formato de columna de

centrifugación, se lavó con el reactivo C5 del kit, se diluyó con el reactivo

C6 y entonces quedó listo para el análisis de PCR y otras aplicaciones

posteriores. Estos procedimientos se pueden ver a mayor detalle en la Figura 2. CIENCIAS

BIBLIOTECA

BIOLOGICAS

CIENCIAS

Figura 2. Extracción de ADN de las muestras de suelo, empleando el Kit

Power Soil.

2.1.8 Extracción de ADN de Bacterias Aisladas:

Para la extracción de ADN, se utilizó el método de extracción rápida de BIBLIOTECA ebullición por Buffer Fosfato Alcalino (PBS).

Las unidades formadoras de colonia (UFC) “puras” que estaban en

microtubos fueron microcentrifugadas a 10 000 rpm por 2 minutos, se

eliminó el sobrenadante y se conservó solo el pellet.

Para la lisis celular se agregó Tris HCl - Edta (1x) y se colocaron los

tubos a ebullición por 10 minutos, seguido a esto se procedió a incubar

los tubos en hielo por 5 minutos. Este shock de temperatura junto con

los reactivos antes mencionados ayudó a la rotura de las membranas

celulares de las bacterias.

Las muestras fueron centrifugadas a 10 000BIOLOGICAS rpm por 2 minutos y se retiró todo el sobrenadante posible, sin tocar el pellet; este fue

resuspendido en agua ultrapura y se adicionó ARNasa para luego ser

puesto en incubadora a 37°C por una hora.

2.1.9 Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) CIENCIAS Es una técnica de biología molecular que consiste en la amplificación de

una determinada DE cadena de ADN o ADNc y producir muchas copias,

para diferentes fines, como visualización en gel, cuantificación,

secuenciación, etc.

Para realizar la PCR, se preparó un buffer mix, el cual contenía Buffer

10x,, Agua Ultra Pura (AUP), dNTPs, Taq Polimerasa recombinante y BIBLIOTECAPrimers 16S: Forward y Reverse.

Se adicionó 23 µl del mix en microtubos junto con 2 µl del ADN obtenido

por extracción y fueron colocados en el termociclador con el programa

establecido para los genes 16S: 94°C por 5 minutos, 94°C por 30

segundos, 58°C por 45 segundos, 72°C por 1 minuto y 72°C por 4

minutos.

2.1.10 Electroforesis:

Se preparó gel de agarosa al 1.5%, para ello se pesó 0.9 g de Agar Agar

y se resuspendió en 60 ml de Tris Ac. Acético EDTA, se adicionó 3 µl de

bromuro de etidio y se vertió sobre una cubeta de 20 pocillos, en cada

pocillo se colocó la mezcla de azul de bromofenol con los amplicones

obtenido por PCR, cada uno por separado. Posteriormente fue colocada en una cámara de electroforesis conectada aBIOLOGICAS un polo positivo (+) y otro negativo (-); se dejó migrar las muestras por 30 minutos a 90 voltios,

después de ello el gel fue puesto en una cámara UV donde se

observaron bandas fluorescentes hacia el polo positivo.

2.1.11 Secuenciación: CIENCIAS Es una técnica de bilogía molecular, por la cual, se obtiene la secuencia de nucleótidos de unDE segmento de ADN o ARN, en este caso por medio de la PCR se amplificó un segmento del ADN de las cepas bacterianas

aisladas, permitiendo así su identificación. Las muestras fueron enviadas

a la compañía biotecnológica Macrogen, quienes enviaron los

resultados para el alineamiento correspondiente.

BIBLIOTECA

2.1.12 Análisis de Datos:

Los resultados de las secuencias de nucleótidos del gen 16S rRNA se

alinearon empleando el programa Mega 6 y se analizaron utilizando el

BLAST de NCBI y los OTU (Operational Taxonomic Unit) obtenidos por

metagenómica fueron analizados mediante el programa bioinformático

MG – RAST.

BIOLOGICAS

CIENCIAS

BIBLIOTECA

RESULTADOS

Los resultados obtenidos del análisis físico – químico del suelo de cada punto

de muestreo se presentan en la Tabla 1.

Tabla 1. Parámetros físico – químicos considerados en el análisis de las

muestras de suelo de los diferentes puntos de muestreo.

pH CaCO3 Lugar de M.O. N P K Textura relación muestreo (%) (%) ppm ppm % 1:1

Corrales Arena franca 8.18 1.79 0.08 44.36 268.00 3.84

Cabuyal Arena franca 8.37 1.30 0.06 BIOLOGICAS39.95 190.80 0.28

Casitas Franco Limoso 6.73 1.61 0.08 46.53 1,628.00 0.12

Uña de Gato Franco Arenoso 8.13 0.71 0.04 32.05 137.60 0.18

Puerto Pizarro Franco Arenoso 7.74 3.82 0.16 25.38 228.00 0.42

CIENCIAS El resultado por Blast (Altschul y col., 1997) frente a los datos del NCBI recogiendo la extensión delDE segmento solapado, el porcentaje de semejanza y el nombre del microorganismo con un mayor grado de identidad de secuencia

de las bacterias nativas cultivables presentes en la rizósfera de Opuntia ficus-

indica en los diferentes puntos de muestreo (Tabla 2 – 6) corresponden a:

BIBLIOTECA

Tabla 2. Bacterias cultivables presentes en la rizósfera de O. ficus-indica en el distrito de Corrales.

N° BACTERIAS

1 Acinetobacter baumannii

2 Acinetobacter junii 3 Acinetobacter lwoffii

4 Bacillus cereus

5 Bacillus megaterium

6 Enterobacter asburiae

7 Enterobacter cancerogenus

8 Enterobacter xiangfangensis

9 Escherichia hermannii 10 Leclercia adecarboxylata 11 Lysinibacillus fusiformis BIOLOGICAS 12 Pseudomona putida

13 Pseudomonas mosselii

14 Salmonella enterica 15 Serratia marcescens WW4

16 Staphylococcus saprophyticus

CIENCIAS

BIBLIOTECA

Tabla 3. Bacterias cultivables presentes en la rizósfera de O. ficus-indica en el distrito de Cabuyal.

N° BACTERIAS 1 Aeromonas punctata 2 Bacillus sp.

3 Citrobacter freundii 4 Citrobacter murliniae 5 Endophytic bacterium

6 Enterobacter cloacae 7 Enterobacter cloacae

8 Enterobacter ludwigii 9 Enterobacter sp. 10 Klebsiella pneumoniae 11 Klebsiella sp.

12 Klebsiella variicola

13 Pantoea agglomerans BIOLOGICAS 14 Pantoea sp 15 Pseudomonas mendocina

16 Pseudomonas plecoglossicida

17 Pseudomonas putida 18 Pseudomonas sp. 19 Staphylococcus sciuri

CIENCIAS

BIBLIOTECA

Tabla 4. Bacterias cultivables presentes en la rizósfera de O. ficus-indica en el distrito de Casitas.

N° BACTERIA 1 Acinetobacter baumannii

2 Acinetobacter pittii 3 Acinetobacter sp. 4 Bacterium str. 5 Enterobacter aerogenes 6 Enterobacter hormaechei 7 Enterobacter sp. 8 Klebsiella oxytoca 9 Klebsiella pneumoniae 10 Pseudomonas aeruginosa 11 Pseudomonas guariconensis

12 Pseudomonas monteilii BIOLOGICAS 13 Pseudomonas plecoglossicida 14 Pseudomonas putida

15 Pseudomonas sp. 16 Uncultured bacterium 17 Uncultured proteobacterium

18 Uncultured Pseudomonas sp. 19 Uncultured soil bacterium CIENCIAS

BIBLIOTECA

Tabla 5. Bacterias cultivables presentes en la rizósfera de O. ficus-indica en el distrito de Uña de Gato.

N° BACTERIA 1 Lysinibacillus macroides 2 Lysinabacillus sp.

Tabla 6. Bacterias cultivables presentes en la rizósfera de O. ficus-indica en el distrito de Puerto Pizarro.

N° BACTERIA 1 Vibrio sp. BIOLOGICAS

Mediante metagenómica dirigida al gen 16S rRNA se ha podido identificar las

bacterias nativas presentes en la rizósfera de O. ficus-indica en suelos áridos

de Tumbes, Perú, tal así que se han logrado identificar un total de 59 familias

que incluye 90 géneros y 176 CIENCIAS especies para Corrales; 89 familias con 161 géneros y 303 especies paraDE Cabuyal; 127 familias que incluye 276 géneros y 683 especies para el distrito de Casitas; 104 familias con 191 géneros y 429

especies para Uña de Gato; 99 familias con 193 géneros y 452 especies para

el distrito de Puerto Pizarro. (Tabla 7 a 11)

Así podemos observar que en las muestras procedentes de Cabuyal los

principales géneros en cuanto a su porcentaje de abundancia son:

PseudomonasBIBLIOTECA (10%), Acidobacterium (6%), Pelobacter (4%), Gemmatimonas

(3%), Sphingomonas (3%), Rhodopseudomonas (2%), Holophaga (2%),

Bacillus (2%), Flavobacterium (2%), Pirellula (2%) y Steroidobacter (2%)

(Figura 3).

BIOLOGICAS

Figura 3. Porcentaje de diversidad bacteriana a nivel de género presente en la CIENCIAS rizósfera de O. ficus- indica obtenida mediante metagenómica, correspondienteDE al Distrito de Cabuyal.

De forma similar se puede observar que para las muestras procedentes de

Corrales los principales géneros bacterianos en cuanto a su porcentaje de

abundancia incluyen: Bacillus (6%), Pelobacter (6%), Conexibacter (6%),

Nocardioides (4%), Solirubrobacter (4%), Sphingomonas (3%), Rhodoplanes BIBLIOTECA (3%), Acidobacterium (3%), Gemmatimonas (3%) y Pirellula (2%) (Figura 4).

BIOLOGICAS

Figura 4. Porcentaje de diversidad bacteriana a nivel de género presente en la

rizósfera de O. ficus- indicaCIENCIAS obtenida mediante metagenómica, correspondienteDE al Distrito de Corrales.

En las muestras procedentes de Casitas, los principales géneros en cuanto a

su porcentaje de abundancia son: Bacillus (6%), Pelobacter (4%), Dongia

(4%), Gemmatimonas (4%), Sphingomonas spp. (3%), Acidobacterium (3%),

Conexibacter (2%), Anaeromyxobacter (2%), Streptomyces (2%) y BIBLIOTECA Nocardioides (2%) (Figura 5).

BIOLOGICAS

Figura 5. Porcentaje de diversidadCIENCIAS bacteriana a nivel de género presente en la rizósfera de O. ficus-DE indica obtenida mediante metagenómica, correspondiente al Distrito de Casitas.

De igual forma en las muestras procedentes de Uña de Gato (Figura 6) se

puede observar que los principales géneros bacterianos en cuanto a su

porcentaje de abundancia incluyen: Gemmatimonas (5%), Bacillus (5%), BIBLIOTECA Pelobacter (5%), Sphingomonas (4%) Acidobacterium (3%), Pseudomonas

(3%), Dongia (2%), Perlucidibata (2%), Anaeromyxobacter (2%), Holophaga

(2%) y Conexibacter (2%).

BIOLOGICAS

Figura 6. Porcentaje de diversidad bacteriana a nivel de género presente en la

rizósfera de O. ficus- indicaCIENCIAS obtenida mediante metagenómica,

correspondiente al Distrito de Uña de Gato. DE

En las muestras procedentes de Puerto Pizarro (Figura 7), los principales

géneros en cuanto a su porcentaje de abundancia son: Acidobacterium (6%),

Pelobacter (6%), Dongia (6%), Bacillus (4%), Steroidobacter (4%),

Rhodopseudomonas (3%), Holophaga (3%), Conexibacter (2%) y

SphingomonasBIBLIOTECA (2%).

BIOLOGICAS

CIENCIAS

Figura 7. Porcentaje de diversidadDE bacteriana a nivel de género presente en la rizósfera de O. ficus- indica obtenida mediante metagenómica,

correspondiente al Distrito Puerto Pizarro.

A través de los resultados analizados por el programa MG - RAST se logró

identificar los dominios: bacteria, arquea, eucariota, así como también dominios BIBLIOTECA no asignados y secuencias no clasificadas (Figura 8). En el distrito de Casitas

se obtuvo 86.63% del dominio bacteria, en Puerto Pizarro un 87.03%, en Uña

de Gato 84.72%, en Cabuyal 80.44% y en Corrales 82.06%.

Así mismo se identificó que dentro de la distribución del dominio bacteria se

encuentran los phylum Proteobacteria, Actinobacteria, Firmicutes,

Verrucomicrobia, Bacteroidetes, Acidobacteria, Nitrospirae y Cyanobacteria, y

en un menor porcentaje a los phylum Planctomycetes, Chlamydiae, Aquificae,

Deinococcus – Thermus, Fusobacteria y Spirochaetes (Figura 9). Dentro de las

muestras procedentes de Cabuyal se identificó un mayor porcentaje de 28.97%

de Proteobacterias, y un menor porcentaje de 14.77% en las muestras

provenientes de Corrales; así mismo se identificó 29.65% de Actinobacterias BIOLOGICAS en las muestras de Corrales y un menor porcentaje en las muestras de 6.31%

en las muestras de Cabuyal, el phylum Firmicutes estuvo presente en un

12.90% en las muestras de Casitas y un menor porcentaje de 2.15% en las

muestras de Cabuyal. CIENCIAS

BIBLIOTECA Figura 8. Distribución de los dominios presentes en la rizósfera de Opuntia

ficus-indica mediante metagenómica y analizados por MG-RAST.

BIOLOGICAS

CIENCIAS

Figura 9. Distribución del Phylum bacteria presente en la rizósfera de Opuntia

ficus–indica identificados por metagenómica empleando el programa MG –

RAST.

BIBLIOTECA La Figura 10 muestra la clasificación taxonómica y funcional de las secuencias

leídas en las muestras de la rizósfera de Opuntia ficus–indica obtenido a través

del MG – RAST.

Cada cuadro representa a los ordenes de bacterias presentes en los 5 puntos

de muestreo, los cuales están agrupados por colores pertenecientes a una

misma clase.

BIOLOGICAS

CIENCIAS

BIBLIOTECA

Figura 10. Metagenoma de la rizósfera de Opuntia ficus–indica. Se clasificó y

visualizó utilizando MG – RAST.

En la Figura 11 se observa la curva de rarefacción la cual muestra la riqueza de

especie de los cinco puntos de muestreo, la misma que indica el número de

especies en relación al número de lecturas realizadas. Asi mismo esta figura

revela la biodiversidad alfa presente en las muestras analizadas.

BIOLOGICAS

CIENCIAS

Figura 11. Curva de rarefacción y diversidad alfa de los cinco puntos de

muestreo de la rizósfera de Opuntia ficus–indica. Se utilizó el programa MG –

RAST. BIBLIOTECA

DISCUSIÓN

El análisis de los suelos (Tabla 1) reveló que éstos son pobres en nitrógeno, lo

que podría explicar el bajo contenido de materia orgánica. El contenido de

fósforo y potasio se encuentra en niveles altos citándose que los suelos que

contienen fósforo mayor a 36 ppm y potasio mayor a 175 ppm son óptimos

para cultivos agronómicos (Espinoza y col., 2006). Los suelos de los cinco

sectores analizados poseen un pH entre 6,73 – 8,37 lo que podría explicar la

elevada presencia de bacterias en las muestras, ya que Gallego (1943), Sivila y

Hervé (1994) y Ramos y Zuñiga (2008) relatan que las bacterias son BIOLOGICAS favorecidas por valores de pH alcalinos y neutros.

En los resultados de la tabla 1 se observa que los suelos de Corrales y Cabuyal

son de textura Arena Franca y Franco Arenoso para Uña de Gato y Puerto

Pizarro, los mismos que poseen buena diversidad bacteriana, esto se debería a

que las porosidades entre partículasCIENCIAS de diversos tamaños ayudan al desarrollo

de las comunidades bacterianas, por otro lado en el suelo con textura franco DE Limoso (Casitas) se ha encontrado una mayor diversidad bacteriana en

comparación a las texturas arenosas, esto podría ser debido a que en un suelo

bien graduado (muchos diferentes tamaños de partículas mezclados entre sí),

las partículas de limo recubren las superficies de los granos de arena y actúan

como puentes entre ellos, permitiendo una mejor flujo de agua y nutrientes que

son aprovechados por las bacterias (Chau y col., 2011). BIBLIOTECA Nuestros resultados presentados en las tablas del 2 al 6, muestran el listado de

bacterias cultivables presentes en la rizosfera de O. ficus-indica en los cinco

lugares de muestreo, de ello podemos decir que corresponde al bajo porcentaje

(1%) de bacterias de la rizósfera que se pueden obtener en medios de cultivo

(Prashar, 2014), y como veremos más adelante corresponde un pequeño

porcentaje en comparación a las especies determinadas por metagenómica. En

el caso de Uña de Gato y Puerto Pizarro se limita a los resultado recibidos por

la empresa encargada del secuenciamiento ya que nos encontramos a la

espera de los demás resultados, que por cuestiones de tiempo nos es

imposible mostrar en este trabajo.

Dentro de estos grupos de bacterias cultivables cabe destacar a los géneros

Bacillus, Pseudomonas, Enterobacter, Klebsiella, Serratia y Acinetobacter que BIOLOGICAS son conocidos por ser promotores del crecimiento en plantas (Döbereiner,

1995), y que según Schoebitz (2006) y Prashar (2014) aproximadamente

alrededor de 2 – 5% de las bacterias presentes en la rizósfera son

Rizobacterias Promotoras del Crecimiento en Plantas (RPCP), entre las principales funciones de estos CIENCIAS géneros se encuentran el mejoramiento del contenido de nitrógeno en el suelo y por ende el mejoramiento del crecimiento

de la planta, producción deDE siderófors y fitohormonas, conversión de las formas

insolubles del fósforo para hacerlo más accesible para la planta, resistencia a

metales, etc (Loredo, 2004; Schoebitz, 2006; Prashar, 2014).

Avances recientes en técnicas moleculares han permitido determinar cepas de

bacterias no cultivables, generando información vital relacionada a las

comunidades bacterianas de la rizósfera (Nogales, 2005; Prashar, 2014). El BIBLIOTECA estudio global de los genomas de todos los microorganismos presentes en una

comunidad se denomina metagenómica y ya ha sido realizado con éxito en

comunidades microbianas de suelo (Rondon y col., 2000). Las estimaciones

más conservadoras acerca de la complejidad genética de comunidades

microbianas de suelos indican la presencia de entre 6.000 y 10.000 genomas

diferentes en suelos orgánicos no perturbados y un número menor (entre 350 y

1.500) en suelos agrícolas (Nogales, 2005). Nuestros rerultados se asemejan a

lo descrito por Nogales (2005) en cuanto al numero de especies encontradas

en los cinco puntos de muestreo que oscilan entre 176 a 683, en base a esto

podemos hacer una idea de la magnitud de información nueva que se ha

generando en este trabajo.

En las figuras del 3 al 7 se agrupan a los géneros bacterianos más abundantes BIOLOGICAS presentes en los cinco puntos de muestreo, entre los que destacan

Pseudomonas, Bacillus, Pelobacter, Dongia, Gemmatimonas, Sphingomonas,

Acidobacterium, Conexibacter, Nocardioides y Arthrobacter, de los cuales

Pseudomonas, Bacillus y Arthrobacter son géneros que han sido reportados en estudios de la rizósfera segúnCIENCIAS lo escrito por Prashar (2014) y entre las funciones que realizan se puede mencionar la fijación biológica de nitrógeno

atmosférico, producción deDE sustancias reguladoras, solubilización de minerales

y nutrimentos, incremento en el volumen de la raíz, inducción de resistencia

sistémica a patógenos, inhibición del crecimiento de organismos antagónicos e

interacción sinérgica con otros microorganismos del suelo (Loredo, 2004).

Ondov y Phillippy (2011) hablaron del Mg – Rast como un navegador en la web

para la visualización de la metagenomica interactiva, ellos clasificaron BIBLIOTECA taxonómicamente y funcionalmente los resultados obtenidos de las muestras y

detallan que este servidor resume los elevados rangos (filo y orden) para

encajar dentro de un mismo espacio limitando el alcalnce de una visión en

conjunto, de las figuras 8 y 9 se puede afirmar que el suelo es un ambiente

muy apropiado para el desarrollo de los microorganismos tanto eucariotas

(algas, hongos, protozoos) como procariotas (bacterias y arqueas) pero siendo

las bacterias las que más predominan en cuanto a porcentaje de abundancia.

Ottesen y col. (2013) estudiaron la ecología microbial del tomate a nivel de

diversos órganos de la planta, incluyendo los microorganismos asociados a la

raíz, para el análisis de datos, ellos emplearon el programa MG – Rast,

basados en esta referencia y teniendo en cuenta nuestros resultados

mostrados en la figura 10, en donde se detalla a los ordenes de las bacterias BIOLOGICAS presentes en los cinco puntos de muestreo, los mismos que se agrupan por

clase, siendo la clase Gammaproteobacteria la que albega mayor número de

géneos, seguido de la clase Alphaproteobacteria, Deltaproteobacteria,

Actinobacteria, Betaproteobacteria, Verrucomicrobiae, Acidobacteriia, Solibacteres, Aquificae, BacteroidiaCIENCIAS, Cytophagia , Flavobacteriia, Sphingobacteriia, Chlamydiia, Deinococci, Bacilli, Clostridia, Negativicutes,

Fusobacteriia, Nitrospira DE y Planctomycetia, esto coincide con lo descrito por

Nogales (2005) y Turner y col. (2013) quienes mediante estudios moleculares

de suelos detectaron a los grupos filogenéticos bacterianos

Alphaproteobacteria, Actinobacteria, Acidobacteriia y Verrucomicrobiae

presentes más frecuentemente en las muestras; así mismo, evidenció que

algunos grupos microbianos se encontraban presentes de forma ubicua,

tratándoseBIBLIOTECA en ocasiones de grupos descritos en otros ambientes pero cuya

presencia en suelos ni tan siquiera se sospechaba, entre los ejemplos de estos

grupos podrían mencionarse los Planctomycetia, que se habían descrito

previamente exclusivamente en ambientes acuáticos.

Es extremadamente importante la información obtenida en estudios

moleculares de diversidad microbiana porque ayudan a diseñar experimentos

encaminados al aislamiento de microorganismos nuevos, jamás cultivados,

esta aproximación está dando sus frutos y en los últimos años han empezado a

proliferar trabajos donde se describe el aislamiento de estos nuevos y, hasta

ahora, desconocidos microorganismos, entre los que se cuentan

representantes de grupos importantes mencionados anteriormente como

Acidobacteria y Verrucomicrobia (Sait y col., 2002; Joseph y col., 2003).

En la figura 11 se observa la curva de rarefacción la cual indica la riqueza de BIOLOGICAS especie de los cinco puntos de muestreo. Las muestras procedentes de

Casitas presentan mayor riqueza de especie a aproximadamente 90 000

números de lecturas, a diferencia de las muestras obtenidas de Corrales las

cuales presentan menor número de riqueza de especie a aproximadamente 70 000 número de lecturas. Esto esCIENCIAS similar a lo obtenido por Ottesen y col. (2013) quienes realizaron la curva de rarefacción para determinar la cantidad de

Unidades Taxonomicas DE Operacionales (OTU) en relación a todas las

secuencias muestreadas para todos los órganos de la planta estudiada.

En cuanto a la biodiversidad alfa, la misma que sirve para comparar

directamente la α-diversidad (dentro de la muestra la diversidad o la estimación

de la riqueza de especies) (Peiffer y col., 2013) podemos observar que las

muestras colectadas en Casitas y Corrales presentan mayor porcentaje de BIBLIOTECA biodiversidad con un 37.58% y 37.31% respectivamente, y un menor porcentaje

en las muestras procedentes de Cabuyal y Uña de Gato, con 14.48% y 16.81%

respectivamente.

CONCLUSIÓN

Se determinó las bacterias presentes en la rizósfera de Opuntia ficus-indica

var. inermis en suelos áridos de Tumbes, Perú, identificándose y aislándose un

total de 46 bacterias cultivables mediante el gen 16S rRNA, asi mismo,

mediante metagenomica se identificó 683 especies de bacterias cultivables y

no cultivables.

BIOLOGICAS

CIENCIAS

BIBLIOTECA

RECOMENDACIONES

Se recomienda continuar con las investigaciones en cuanto a la aplicación

individual y en consorcio de las bacterias aisladas en plantas de Opuntia ficus-

indica, evaluar parámetros del crecimiento y así entender como estas bacterias

promueven el crecimiento vegetal.

Crear ceparios con las especies de bacterias promotoras del crecimiento

vegetal presentes en la rizósfera de Opuntia ficus–indica para lograr la

masificación de las mismas y su posterior aplicación en cultivos de interés

comercial en suelos áridos, y con ello fomentar una BIOLOGICASagricultura de desierto.

CIENCIAS

BIBLIOTECA

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BIOLOGICAS

CIENCIAS

BIBLIOTECA

ANEXO

BIOLOGICAS

Figura 12. Preparación del material para la toma de muestra.

CIENCIAS

BIBLIOTECA Figura 13. Toma de muestra de la rizósfera de Opuntia ficus – indica en

el distrito de Casitas.

BIOLOGICAS

Figura 14. Siembra de bacterias. CIENCIAS

BIBLIOTECA Figura 15. Purificación de bacterias.

Figura 16. Bacterias purificadas sembradas en caldo nutritivo. BIOLOGICAS

CIENCIAS

Figura 17. Vista al microscopio de las bacterias purificadas.

BIBLIOTECA

Figura 18. Extracción de ADN de las bacterias presentes en la rizósfera.

BIOLOGICAS

CIENCIAS

Figura 19. Termociclador con el programa 16S para bacterias.

BIBLIOTECA

BIOLOGICAS

Figura 20. Depositando las muestras de ADN en gel de agarosa para el

corrido electroforético.

CIENCIAS DE

Figura 21. Electroforesis en gel de agarosa al 1.5% (p/v) del ADN bacteriano BIBLIOTECA de la rizósfera de las muestras de Casitas.

Figura 22. Muestras de amplicón de ADN listos para enviar a

secuenciar.

BIOLOGICAS

CIENCIAS

Figura 23. Kit Power Soil para la extracción de ADN por Metagenómica.

BIBLIOTECA

Figura 24. Electroforesis en gel de agarosa al 1.5% (p/v) del ADN bacteriano

obtenido por Metagenómica. BIOLOGICAS

CIENCIAS

BIBLIOTECA

BIOLOGICAS

CIENCIAS

Figura 25. Resultados de la secuenciación de las bacterias.

BIBLIOTECA

Tabla 7. Porcentaje de abundancia de las bacterias presentes en la rizósfera de O. ficus-indica del distrito de Corrales, obtenido mediante metagenómica.

METAGENOMA N° FAMILIA GENERO ESPECIE % ABUNDANCIA 1 Brevibacteriaceae Brevibacterium Brevibacterium casei 0.0011 2 Cellulomonadaceae Cellulomonas Cellulomonas 0.0013 bogoriensis 3 Cellulomonadaceae Cellulomonas Cellulomonas fimi 0.0003 4 Dermabacteraceae Brachybacterium Brachybacterium 0.0006 paraconglomeratum 5 Frankiaceae Frankia Frankia sp. 0.0003 6 Geodermatophilaceae Geodermatophilus Geodermatophilus 0.0012 obscurus 7 Glycomycetaceae Glycomyces Glycomyces 0.0009 harbinensis 8 Gordoniaceae Gordonia Gordonia terrae 0.0002 9 Intrasporangiaceae Janibacter Janibacter sp. BY48 0.0233 10 Microbacteriaceae Agromyces Agromyces salentinus 0.0008 11 Microbacteriaceae Clavibacter Clavibacter 0.0014 michiganensis 12 Microbacteriaceae Glaciibacter Glaciibacter 0.0004 superstes 13 Microbacteriaceae Leifsonia Leifsonia aquatica 0.0004 14 Microbacteriaceae Leifsonia Leifsonia poae 0.0094 15 Microbacteriaceae Pseudoclavibacter Pseudoclavibacter 0.0025 helvolus 16 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter 0.0006 arilaitensis 17 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter oxydans 0.0034 18 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter BIOLOGICAS0.0004 ramosus 19 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter sp. 0.0046 'SMCC G965' 20 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter sp. 0.0006 'SMCC ZAT031' 21 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter sp. 0.0003 'SMCC ZAT200' 22 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter sp. IF1 0.0020 23 Micrococcaceae Micrococcus Micrococcus lylae 0.0019 24 Micromonosporaceae Actinoplanes Actinoplanes 0.0003 garbadinensis 25 Micromonosporaceae Actinoplanes Actinoplanes 0.0007 philippinensis

CORRALES 26 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora 0.0003 chaiyaphumensis 27 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora 0.0043 chalcea 28 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora CIENCIAS 0.0009 chokoriensis 29 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora 0.0011 pattaloongensis 30 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora sp. 0.0016 25 31 DEMicromonosporaceae Salinispora Salinospora sp. M403 0.0013 32 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium 0.0006 flavescens 33 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium 0.0014 gilvum 34 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium 0.0005 hassiacum 35 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium 0.0009 leprae 36 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium 0.0038 montefiorense 37 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium 0.0041 murale 38 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium sp. 0.0083 39 Nocardiaceae Nocardia Nocardia asteroides 0.0005 40 Nocardiaceae Nocardia Nocardia 0.0004 cyriacigeorgica 41 Nocardiaceae Rhodococcus Rhodococcus 0.0007 pyridinivorans 42 Nocardiaceae Rhodococcus Rhodococcus rhodnii 0.0005 43 Nocardiaceae Rhodococcus Rhodococcus sp. 0.0016 44 Nocardioidaceae Aeromicrobium Aeromicrobium 0.0607 BIBLIOTECA marinum 45 Nocardioidaceae Kribbella Kribbella catacumbae 0.0037 46 Nocardioidaceae Kribbella Kribbella flavida 0.0003 47 Nocardioidaceae Kribbella Kribbella jejuensis 0.0010 48 Nocardioidaceae Kribbella Kribbella 0.0009

sandramycini 49 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides albus 0.0024 50 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. 0.0032 51 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. AN3 0.0190 52 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. CF8 0.0143 53 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. 0.0029 DN36 54 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. 0.0095 JS614 55 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. 0.0082 MTD22 56 Nocardioidaceae Pimelobacter Pimelobacter simplex 0.0025 57 Nocardiopsaceae Nocardiopsis Nocardiopsis salina 0.0005 58 Promicromonosporaceae Cellulosimicrobium Cellulosimicrobium 0.0048 cellulans 59 Promicromonosporaceae Cellulosimicrobium Cellulosimicrobium 0.0028 sp. HY-13 60 Promicromonosporaceae Promicromonospora Promicromonospora 0.0006 sukumoe 61 Pseudonocardiaceae Actinokineospora Actinokineospora 0.0003 riparia 62 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis 0.0015 coloradensis 63 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis 0.0005 halotolerans 64 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis 0.0004 lactamdurans 65 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis 0.0009 methanolica 66 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis 0.0095 palatopharyngis 67 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis rubida 0.0006 68 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis 0.0006 thermoflava 69 Pseudonocardiaceae Lechevalieria Lechevalieria BIOLOGICAS0.0048 aerocolonigenes 70 Pseudonocardiaceae Lentzea Lentzea violacea 0.0006 71 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia 0.0034 halophobica 72 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia sp. 0.0010 AL040118-01 73 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia 0.0087 zijingensis 74 Pseudonocardiaceae Saccharopolyspora Saccharopolyspora 0.0018 pogona 75 Pseudonocardiaceae Thermocrispum Thermocrispum 0.0026 municipale 76 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces 0.0009 aureofaciens 77 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces 0.0004 diastatochromogenes 78 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces 0.0004 CIENCIAS ipomoeae 79 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces 0.0008 nodosus 80 Streptosporangiaceae Nonomuraea Nonomuraea 0.0004 turkmeniaca 81 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura 0.0009 DE cremea 82 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura 0.0006 formosensis 83 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura 0.0000 fulvescens 84 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura 0.0003 hibisca 85 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura 0.0039 madurae 86 Tsukamurellaceae Tsukamurella Tsukamurella 0.0008 paurometabola 87 Rubrobacteraceae Rubrobacter Rubrobacter 0.0017 radiotolerans 88 Rubrobacteraceae Rubrobacter Rubrobacter 0.0220 xylanophilus 89 Porphyromonadaceae Parabacteroides Parabacteroides 0.0008 distasonis 90 Cytophagaceae Hymenobacter Hymenobacter 0.0004 aerophilus 91 Cytophagaceae Hymenobacter Hymenobacter 0.0003 antarcticus 92 Cytophagaceae Hymenobacter Hymenobacter 0.0005 BIBLIOTECA ocellatus 93 Flavobacteriaceae Flavobacterium Flavobacterium 0.0005 columnare 94 Flavobacteriaceae Flavobacterium Flavobacterium 0.0011 johnsoniae 95 Sphingobacteriaceae Sphingobacterium Sphingobacterium 0.0004 multivorum 96 Bacillaceae Anoxybacillus Anoxybacillus sp. HT8 0.0022 97 Bacillaceae Bacillus Bacillus aquimaris 0.0008 98 Bacillaceae Bacillus Bacillus cereus 0.0007 99 Bacillaceae Bacillus Bacillus circulans 0.0027 100 Bacillaceae Bacillus Bacillus cohnii 0.0019 101 Bacillaceae Bacillus Bacillus firmus 0.0066

102 Bacillaceae Bacillus Bacillus licheniformis 0.0010 103 Bacillaceae Bacillus Bacillus massiliensis 0.0022 104 Bacillaceae Bacillus Bacillus megaterium 0.0065 105 Bacillaceae Bacillus Bacillus niacini 0.0027 106 Bacillaceae Bacillus Bacillus pumilus 0.0006 107 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. 0.0010 108 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. BT97 0.0014 109 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. PL-26 0.0003 110 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. S207 0.0032 111 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. S210 0.0007 112 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. SH3 0.0048 113 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. m3-13 0.0004 114 Bacillaceae Bacillus Bacillus thuringiensis 0.0073 115 Bacillaceae Geobacillus Geobacillus sp. T45 0.0007 116 Bacillaceae Geobacillus Geobacillus 0.0004 thermodenitrificans 117 Bacillaceae Lysinibacillus Lysinibacillus 0.0012 fusiformis 118 Bacillaceae Lysinibacillus Lysinibacillus 0.0202 sphaericus 119 Bacillaceae Oceanobacillus Oceanobacillus 0.0005 iheyensis 120 Bacillaceae Virgibacillus Virgibacillus proomii 0.0003 121 Paenibacillaceae Aneurinibacillus Aneurinibacillus 0.0009 aneurinilyticus 122 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus 0.0003 brasilensis 123 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus 0.0006 lentimorbus 124 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus 0.0120 polymyxa 125 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus sp. JJ- 0.0028 1b 126 Planococcaceae Kurthia Kurthia gibsonii 0.0003 127 Planococcaceae Planomicrobium Planomicrobium BIOLOGICAS0.0005 okeanokoites 128 Thermoactinomycetaceae Seinonella Seinonella 0.0070 peptonophila 129 Thermoactinomycetaceae Thermoactinomyces Thermoactinomyces 0.0004 vulgaris 130 Carnobacteriaceae Carnobacterium Carnobacterium sp. 0.0027 St2 131 Clostridiaceae Clostridium Clostridium 0.0224 haemolyticum 132 Clostridiaceae Clostridium Clostridium indolis 0.0004 133 Clostridiaceae Clostridium Clostridium 0.0003 perfringens 134 Clostridiaceae Clostridium Clostridium 0.0004 sphenoides 135 Peptococcaceae Desulfotomaculum Desulfotomaculum 0.0004 putei 136 Nitrospiraceae Nitrospira Candidatus 0.0076 CIENCIAS Nitrospira defluvii 137 Bradyrhizobiaceae Afipia uncultured Afipia sp. 0.0004 138 Bradyrhizobiaceae Bosea Bosea vestrisii 0.0007 139 Bradyrhizobiaceae Bradyrhizobium Bradyrhizobium 0.0051 elkanii 140 Bradyrhizobiaceae Bradyrhizobium Bradyrhizobium 0.0012 DE japonicum 141 Bradyrhizobiaceae Bradyrhizobium Bradyrhizobium 0.0003 liaoningense 142 Bradyrhizobiaceae Bradyrhizobium uncultured 0.0051 Bradyrhizobium sp. 143 Hyphomicrobiaceae Hyphomicrobium uncultured 0.0004 Hyphomicrobium sp. 144 Methylocystaceae Methylosinus Methylosinus 0.0003 trichosporium 145 Phyllobacteriaceae Mesorhizobium Mesorhizobium sp. 0.0013 WSM3877 146 Rhizobiaceae Ensifer Ensifer adhaerens 0.0005 147 Rhizobiaceae Rhizobium Rhizobium 0.0021 yanglingense 148 Rhodospirillaceae unclassified (derived uncultured from Rhodospirillaceae 0.0013 Rhodospirillaceae) bacterium 149 Sphingomonadaceae Sphingomonas Sphingomonas 0.0006 melonis 150 Sphingomonadaceae Sphingomonas Sphingomonas sp. 0.0003 M30-VN10-1W 151 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured alpha BIBLIOTECA Alphaproteobacteria) from proteobacterium 0.0536 Alphaproteobacteria) 152 Alcaligenaceae Achromobacter uncultured 0.0007 Achromobacter sp. 153 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured Burkholderiales) from Burkholderiales) Burkholderiales 0.0004 bacterium 154 Nitrosomonadaceae Nitrosospira Nitrosospira 0.0015 multiformis 155 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured beta Betaproteobacteria) from proteobacterium 0.0047 Betaproteobacteria) 156 Bdellovibrionaceae Bdellovibrio Bdellovibrio 0.0016

bacteriovorus 157 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured Desulfovibrionales) from Desulfovibrionales 0.0014 Desulfovibrionales) bacterium 158 Cystobacteraceae Cystobacter Angiococcus 0.0048 disciformis 159 Myxococcaceae Myxococcus Myxococcus 0.0007 virescens 160 Nannocystaceae Nannocystis Nannocystis exedens 0.0008 161 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured delta Deltaproteobacteria) from proteobacterium 0.0114 Deltaproteobacteria) 162 Enterobacteriaceae Serratia Serratia marcescens 0.0005 163 Pseudomonadaceae Pseudomonas Pseudomonas sp. 0.0006 RW10S2 164 unclassified (derived from unclassified (derived sulfur-oxidizing Gammaproteobacteria) from bacterium OAII2 0.0006 Gammaproteobacteria) 165 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured gamma Gammaproteobacteria) from proteobacterium 0.0310 Gammaproteobacteria) 166 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured 0.0011 Proteobacteria) from Proteobacteria) proteobacterium 167 Opitutaceae Diplosphaera Diplosphaera 0.0008 colitermitum 168 Opitutaceae Opitutus Opitutus sp. VeGlc2 0.0004 169 Opitutaceae Opitutus Opitutus terrae 0.0025 170 unclassified (derived from Chthoniobacter Chthoniobacter 0.0020 Spartobacteria) flavus 171 Verrucomicrobia Pedosphaera Pedosphaera parvula 0.0024 subdivision 3 172 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured 0.4052 Bacteria) from Bacteria) bacterium 173 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured forest soil 0.0082 Bacteria) from Bacteria) BIOLOGICASbacterium 174 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured marine 0.0011 Bacteria) from Bacteria) bacterium 175 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured soil 0.0100 Bacteria) from Bacteria) bacterium

CIENCIAS

BIBLIOTECA

Tabla 8. Porcentaje de abundancia de las bacterias presentes en la rizósfera de O. ficus-indica del distrito de Cabuyal, obtenido mediante metagenómica y clasificado en familia, género y especie.

METAGENOMA N° FAMILIA GENERO ESPECIE % ABUNDANCIA

1 Acidobacteriaceae Acidobacterium Acidobacterium 0.00013 capsulatum

2 Solibacteraceae Candidatus Solibacter Candidatus 0.00115 Solibacter usitatus

3 unclassified (derived from Candidatus Koribacter Candidatus 0.00057 Acidobacteria) Koribacter versatilis

4 Cellulomonadaceae Cellulomonas Cellulomonas 0.00004 bogoriensis

5 Corynebacteriaceae Corynebacterium Corynebacterium 0.00067 cyclohexanicum

6 Geodermatophilaceae Geodermatophilus Geodermatophilus 0.00139 obscurus

7 Glycomycetaceae Glycomyces Glycomyces 0.00013 BIOLOGICASharbinensis 8 Intrasporangiaceae Terrabacter Terrabacter sp. YK3 0.00037

9 Microbacteriaceae Agromyces Agromyces luteolus 0.00024

10 Microbacteriaceae Agromyces Agromyces ramosus 0.00030

11 Microbacteriaceae Agromyces Agromyces 0.00007 salentinus

12 Microbacteriaceae Glaciibacter Glaciibacter 0.00004 superstes

13 Microbacteriaceae Leifsonia Leifsonia poae 0.00137

14 Microbacteriaceae Microbacterium Microbacterium 0.00004 CIENCIAS aurum 15 Microbacteriaceae Microbacterium Microbacterium 0.00009

CABUYAL imperiale

16 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter 0.00270 DE aurescens 17 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter 0.00015 oxydans

18 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter 0.00213 ramosus

19 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter sp. 0.00004 'SMCC G964'

20 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter sp. 0.00011 'SMCC G965'

21 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter sp. 0.00009 'SMCC ZAT031'

22 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter sp. 0.00026 'SMCC ZAT200'

23 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter sp. IF1 0.00011

BIBLIOTECA24 Micromonosporaceae Actinoplanes Actinoplanes 0.00024 missouriensis

25 Micromonosporaceae Catenuloplanes Catenuloplanes 0.00007 nepalensis

26 Micromonosporaceae Dactylosporangium Dactylosporangium 0.00004 salmoneum

27 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora 0.00035 aurantiaca

28 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora 0.00026 carbonacea

29 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora 0.00015 chokoriensis

30 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora 0.00020 pattaloongensis

31 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora sp. 0.00026 25

32 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora sp. 0.00087 MIA38

33 Micromonosporaceae Salinispora Salinospora sp. 0.00007 M403

34 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium 0.00024 gilvum

35 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium 0.00020 montefiorense

36 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium 0.00004 murale

37 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium 0.00004 parascrofulaceum

38 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium sp. 0.00113

39 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium sp. 0.00020 BIOLOGICASJS621

40 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium 0.00004 xenopi

41 Nocardiaceae Nocardia Nocardia africana 0.00013

42 Nocardiaceae Rhodococcus Rhodococcus 0.00004 marinonascens

43 Nocardiaceae Rhodococcus Rhodococcus 0.00030 wratislaviensis

44 Nocardioidaceae Aeromicrobium Aeromicrobium 0.00048 marinum

45 Nocardioidaceae Kribbella Kribbella 0.00022 CIENCIAS catacumbae

46 Nocardioidaceae Kribbella Kribbella 0.00007 sandramycini 47 DENocardioidaceae Nocardioides Nocardioides albus 0.00026 48 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides 0.00004 aromaticivorans

49 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. 0.00089

50 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. 0.00146 AN3

51 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. 0.00139 CF8

52 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. 0.00193 DN36

53 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. 0.00035 JS614

54 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. 0.00170 MTD22

BIBLIOTECA55 Nocardioidaceae Pimelobacter Pimelobacter 0.00011 simplex

56 Nocardiopsaceae Nocardiopsis Nocardiopsis salina 0.00074

57 Promicromonosporaceae Cellulosimicrobium Cellulosimicrobium 0.00004 cellulans

58 Promicromonosporaceae Cellulosimicrobium Cellulosimicrobium 0.00004 sp. HY-13

59 Promicromonosporaceae Promicromonospora Promicromonospora 0.00009 sukumoe

60 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis 0.00065 coloradensis

61 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis 0.00004 halotolerans

62 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis 0.00004 thermoflava

63 Pseudonocardiaceae Kibdelosporangium Kibdelosporangium 0.00013 aridum

64 Pseudonocardiaceae Lechevalieria Lechevalieria 0.00128 aerocolonigenes

65 Pseudonocardiaceae Lentzea Lentzea violacea 0.00009

66 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia alni 0.00007

67 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia 0.00785 autotrophica

68 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia 0.00024 halophobica

69 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia 0.00059 hydrocarbonoxydans

70 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia sp. 0.00009 BIOLOGICASAL040118-01 71 Pseudonocardiaceae Saccharopolyspora Saccharopolyspora 0.00017 taberi

72 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces 0.00054 carpaticus

73 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces 0.00011 clavuligerus

74 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces 0.00022 diastaticus

75 Streptosporangiaceae Microbispora Microbispora rosea 0.00009

76 Streptosporangiaceae Microtetraspora Microtetraspora 0.00037 CIENCIAS glauca 77 Streptosporangiaceae Nonomuraea Nonomuraea sp. 0.00004 ATCC 39727

78 Streptosporangiaceae Nonomuraea Nonomuraea 0.00030 DE turkmeniaca 79 Streptosporangiaceae Streptosporangium Streptosporangium 0.00011 nondiastaticum

80 Streptosporangiaceae Streptosporangium Streptosporangium 0.00004 pseudovulgare

81 Thermomonosporaceae Actinocorallia Actinocorallia 0.00013 herbida

82 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura 0.00013 coerulea

83 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura 0.00013 madurae

84 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura 0.00043 pelletieri

85 Thermomonosporaceae Spirillospora Spirillospora albida 0.00007

BIBLIOTECA86 Rubrobacteraceae Rubrobacter Rubrobacter 0.00037 radiotolerans

87 Hydrogenothermaceae Sulfurihydrogenibium Sulfurihydrogenibium 0.00011 sp. 153IV-9

88 Cytophagaceae Cytophaga Cytophaga sp. I- 0.00009 1787

89 Cytophagaceae Cytophaga Cytophaga sp. 0.00083 MBIC01539

90 Cytophagaceae Hymenobacter Hymenobacter 0.00013 aerophilus

91 Cytophagaceae Hymenobacter Hymenobacter 0.00078 antarcticus

92 Cytophagaceae Hymenobacter Hymenobacter 0.00052 fastidiosus

93 Cytophagaceae Hymenobacter Hymenobacter sp. 0.00020 VUG-A141a

94 Flavobacteriaceae Chryseobacterium Chryseobacterium 0.00004 gleum

95 Flavobacteriaceae Elizabethkingia Elizabethkingia 0.00004 meningoseptica

96 Flavobacteriaceae Flavobacterium Flavobacterium 0.01015 columnare

97 Flavobacteriaceae Flavobacterium Flavobacterium 0.00306 denitrificans

98 Flavobacteriaceae Flavobacterium Flavobacterium 0.00415 johnsoniae

99 Flavobacteriaceae Flavobacterium Flavobacterium sp. 0.00133

100 Flavobacteriaceae Flavobacterium Flavobacterium sp. 0.00059 SOC A4(12)

101 Flavobacteriaceae Myroides Myroides 0.00030 BIOLOGICASodoratimimus

102 Flavobacteriaceae Tenacibaculum Tenacibaculum 0.00752 amylolyticum

103 Saprospiraceae Saprospira Saprospira sp. 0.00072 SS98-5

104 Sphingobacteriaceae Pedobacter Pedobacter 0.00013 heparinus

105 Sphingobacteriaceae Pedobacter Pedobacter sp. 4236 0.00009

106 Sphingobacteriaceae Pedobacter Pedobacter sp. 0.00004 MJ11

107 Sphingobacteriaceae Sphingobacterium Sphingobacterium 0.00009 CIENCIAS multivorum

108 Sphingobacteriaceae unclassified (derived Sphingobacteriaceae 0.00007 from bacterium SOC Sphingobacteriaceae) A20(36)

109 unclassifiedDE (derived from Terrimonas Terrimonas 0.00385 Sphingobacteriales) ferruginea

110 unclassified (derived from Candidatus Candidatus 0.00265 Bacteroidetes) Amoebophilus Amoebophilus asiaticus

111 unclassified (derived from unclassified (derived marine CFB-group 0.00033 Bacteroidetes) from Bacteroidetes) bacterium MBIC01599

112 Nostocaceae Nostoc Nostoc sp. PCC 0.00004 6720

113 unclassified (derived from unclassified (derived Oscillatoriales 0.00026 Oscillatoriales) from Oscillatoriales) cyanobacterium JSC-1

114 Bacillaceae Anoxybacillus Anoxybacillus sp. 0.00093 HT8 BIBLIOTECA115 Bacillaceae Bacillus Bacillus 0.00022 azotoformans

116 Bacillaceae Bacillus Bacillus cereus 0.00022

117 Bacillaceae Bacillus Bacillus circulans 0.00078

118 Bacillaceae Bacillus Bacillus cohnii 0.00024

119 Bacillaceae Bacillus Bacillus firmus 0.00050

120 Bacillaceae Bacillus Bacillus flexus 0.00098

121 Bacillaceae Bacillus Bacillus horikoshii 0.00004

122 Bacillaceae Bacillus Bacillus humi 0.00004

123 Bacillaceae Bacillus Bacillus massiliensis 0.00007

124 Bacillaceae Bacillus Bacillus megaterium 0.00011

125 Bacillaceae Bacillus Bacillus 0.00013 methanolicus

126 Bacillaceae Bacillus Bacillus niacini 0.00224

127 Bacillaceae Bacillus Bacillus 0.00004 pseudofirmus

128 Bacillaceae Bacillus Bacillus simplex 0.00085

129 Bacillaceae Bacillus Bacillus smithii 0.00020

130 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. 0.00026

131 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. BT97 0.00189

132 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. JL-26 0.00007

133 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. PL-12 0.00287

134 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. S207 0.00063 135 Bacillaceae Bacillus BIOLOGICASBacillus sp. SH3 0.00046 136 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. SH62 0.00004

137 Bacillaceae Geobacillus Geobacillus 0.00007 thermodenitrificans

138 Bacillaceae Halobacillus Halobacillus trueperi 0.00007

139 Bacillaceae Lysinibacillus Lysinibacillus 0.00015 sphaericus

140 Bacillaceae Oceanobacillus Oceanobacillus 0.00007 iheyensis

141 Bacillaceae Oceanobacillus Oceanobacillus 0.00004 picturae

142 BacillaceaeCIENCIAS Terribacillus Terribacillus 0.00009 saccharophilus

143 Bacillaceae Virgibacillus Virgibacillus 0.00039 halodenitrificans

144 DEPaenibacillaceae Aneurinibacillus Aneurinibacillus 0.00109 aneurinilyticus

145 Paenibacillaceae Brevibacillus Brevibacillus 0.00011 borstelensis

146 Paenibacillaceae Brevibacillus Brevibacillus 0.00015 laterosporus

147 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus 0.00015 alginolyticus

148 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus 0.00004 anaericanus

149 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus 0.00011 ehimensis

150 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus 0.00004 humicus

BIBLIOTECA151 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus 0.00022 lentimorbus

152 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus 0.00009 mucilaginosus

153 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus 0.00020 polymyxa

154 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus sp. JJ- 0.00004 1b

155 Planococcaceae Kurthia Kurthia sibirica 0.00015

156 Planococcaceae Planomicrobium Planomicrobium 0.00004 okeanokoites

157 Planococcaceae Viridibacillus Viridibacillus arenosi 0.00078

158 Thermoactinomycetaceae Seinonella Seinonella 0.00241 peptonophila

159 Thermoactinomycetaceae Thermoactinomyces Thermoactinomyces 0.00004 vulgaris

160 unclassified (derived from Alkalilactibacillus Alkalilactibacillus 0.00004 Bacillales) ikkense

161 unclassified (derived from Exiguobacterium Exiguobacterium 0.00004 Bacillales) acetylicum

162 unclassified (derived from Exiguobacterium Exiguobacterium 0.00004 Bacillales) aurantiacum

163 Lactobacillaceae Lactobacillus Lactobacillus casei 0.00033

164 Clostridiaceae Alkaliphilus Alkaliphilus 0.00004 transvaalensis

165 Clostridiaceae Clostridium Clostridium 0.00004 hylemonae

166 Clostridiaceae Clostridium Clostridium 0.00039 sporogenes

167 Clostridiaceae Clostridium BIOLOGICASClostridium 0.00004 stercorarium

168 Clostridiales Family XVIII. Symbiobacterium Symbiobacterium 0.00011 Incertae Sedis thermophilum

169 Peptococcaceae Desulfosporosinus Desulfosporosinus 0.00004 orientis

170 Peptococcaceae Desulfotomaculum Desulfotomaculum 0.00007 luciae

Peptostreptococcaceae unclassified (derived [Clostridium] 0.00004 from paradoxum Peptostreptococcaceae)

171 unclassified (derived from unclassified (derived butyrate-producing 0.00007 Clostridiales)CIENCIAS from Clostridiales) bacterium SL7/1

172 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured 0.00004 Firmicutes) from Firmicutes) Firmicutes bacterium

173 Nitrospiraceae Nitrospira Candidatus 0.00413 DE Nitrospira defluvii

174 Caulobacteraceae Caulobacter Caulobacter 0.00024 fusiformis

175 Caulobacteraceae Phenylobacterium Phenylobacterium 0.00004 immobile

176 Caulobacteraceae Phenylobacterium Phenylobacterium 0.00004 lituiforme

177 Bradyrhizobiaceae Bosea Bosea vestrisii 0.00009

178 Bradyrhizobiaceae Bradyrhizobium Bradyrhizobium 0.00228 canariense

179 Bradyrhizobiaceae Bradyrhizobium Bradyrhizobium 0.00007 elkanii

180 Bradyrhizobiaceae Bradyrhizobium Bradyrhizobium 0.00007 BIBLIOTECA liaoningense 181 Bradyrhizobiaceae Bradyrhizobium Bradyrhizobium sp. 0.00004 CTAW36

182 Bradyrhizobiaceae Bradyrhizobium uncultured 0.00009 Bradyrhizobium sp.

183 Bradyrhizobiaceae Rhodopseudomonas Rhodopseudomonas 0.00078 julia

184 Hyphomicrobiaceae Blastochloris Blastochloris viridis 0.00007

185 Hyphomicrobiaceae Hyphomicrobium uncultured 0.00035 Hyphomicrobium sp.

186 Hyphomicrobiaceae Prosthecomicrobium Prosthecomicrobium 0.00272 pneumaticum

187 Methylobacteriaceae Methylobacterium Methylobacterium 0.00009 komagatae

188 Methylocystaceae Methylosinus Methylosinus 0.00322 acidophilus

189 Phyllobacteriaceae Aminobacter Aminobacter 0.00022 aminovorans

190 Phyllobacteriaceae Mesorhizobium Mesorhizobium sp. 0.00063 Ala-5

191 Phyllobacteriaceae Mesorhizobium Mesorhizobium sp. 0.00004 NH-14

192 Phyllobacteriaceae Mesorhizobium Mesorhizobium sp. 0.00030 SCAU13

193 Rhizobiaceae Agrobacterium Agrobacterium 0.00135 rhizogenes

194 Rhizobiaceae Ensifer Ensifer adhaerens 0.00015

195 Rhizobiaceae Ensifer Ensifer mexicanus 0.00004

196 Rhizobiaceae Rhizobium Rhizobium gallicum 0.00091

197 Rhizobiaceae Rhizobium BIOLOGICASRhizobium 0.00026 leguminosarum

198 Rhizobiaceae Rhizobium Rhizobium sp. 0.00033 YAS34

199 Rhizobiaceae Rhizobium Rhizobium tropici 0.00004

200 Rhizobiaceae Rhizobium uncultured 0.00013 Rhizobium sp.

201 Rhizobiaceae Sinorhizobium Sinorhizobium fredii 0.00026

202 Rhizobiaceae Sinorhizobium Sinorhizobium 0.00063 kummerowiae

203 Rhizobiaceae Sinorhizobium Sinorhizobium 0.00004 CIENCIAS meliloti

204 Rhizobiaceae Sinorhizobium Sinorhizobium 0.00020 xinjiangense

205 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured 0.00054 DERhizobiales) from Rhizobiales) Rhizobiales bacterium

206 Rhodobacteraceae Paracoccus Paracoccus 0.00004 thiocyanatus

207 Rhodobacteraceae unclassified (derived uncultured 0.00017 from Rhodobacteraceae Rhodobacteraceae) bacterium

208 Acetobacteraceae Acetobacter Acetobacter 0.00004 pasteurianus

209 Rhodospirillaceae Azospirillum Azospirillum 0.00004 brasilense

210 Rhodospirillaceae Azospirillum Azospirillum sp. 0.00030 TSH58

211 Rhodospirillaceae Phaeospirillum Phaeospirillum 0.00015 BIBLIOTECA fulvum 212 Rhodospirillaceae unclassified (derived uncultured 0.00111 from Rhodospirillaceae) Rhodospirillaceae bacterium

213 Erythrobacteraceae Erythrobacter Erythrobacter 0.00004 gaetbuli

214 Erythrobacteraceae Erythrobacter Erythrobacter sp. 0.00009 SD-21

215 Sphingomonadaceae Novosphingobium Novosphingobium 0.00011 aromaticivorans

216 Sphingomonadaceae Sphingobium Sphingobium 0.00048 yanoikuyae

217 Sphingomonadaceae Sphingobium Sphingomonas 0.00004 agrestis

218 Sphingomonadaceae Sphingomonas Sphingomonas sp. 0.00033 Alpha4-2

219 Sphingomonadaceae Sphingomonas Sphingomonas sp. 0.00011 M30-VN10-1W

220 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured alpha 0.04616 Alphaproteobacteria) from proteobacterium Alphaproteobacteria)

221 Alcaligenaceae Achromobacter uncultured 0.00011 Achromobacter sp.

222 Burkholderiaceae Cupriavidus Cupriavidus sp. 0.00004 amp18

223 Burkholderiaceae Cupriavidus Cupriavidus sp. 0.00011 cmp29

224 Burkholderiaceae Ralstonia Ralstonia 0.00007 solanacearum

225 Burkholderiaceae Ralstonia Ralstonia sp. 3-VN9- 0.00148 BIOLOGICAS1W 226 Burkholderiaceae Ralstonia Ralstonia sp. I502 0.00004

227 Burkholderiaceae Ralstonia Ralstonia sp. K101 0.00004

228 Burkholderiaceae Ralstonia Ralstonia sp. T101 0.00004

229 Comamonadaceae Acidovorax uncultured 0.00007 Acidovorax sp.

230 Comamonadaceae Brachymonas Brachymonas 0.00004 denitrificans

231 Comamonadaceae Hydrogenophaga Hydrogenophaga 0.00041 intermedia

232 Comamonadaceae Pelomonas Pelomonas 0.00004 CIENCIAS saccharophila

233 Comamonadaceae Xenophilus Xenophilus 0.00020 azovorans

234 Comamonadaceae unclassified (derived uncultured 0.00046 DE from Comamonadaceae Comamonadaceae) bacterium

235 Oxalobacteraceae Herminiimonas Herminiimonas 0.00004 fonticola

236 Oxalobacteraceae Massilia Massilia timonae 0.00150

237 unclassified (derived from Aquabacterium Aquabacterium 0.00396 Burkholderiales) parvum

238 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured 0.00143 Burkholderiales) from Burkholderiales) Burkholderiales bacterium

239 Nitrosomonadaceae Nitrosovibrio Nitrosovibrio tenuis 0.00013

240 Nitrosomonadaceae unclassified (derived uncultured 0.00039 from Nitrosomonadaceae Nitrosomonadaceae) bacterium

BIBLIOTECA241 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured 0.00248 Nitrosomonadales) from Nitrosomonadales) Nitrosomonadales bacterium

242 Rhodocyclaceae unclassified (derived uncultured 0.00033 from Rhodocyclaceae) Rhodocyclaceae bacterium

243 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured beta 0.00500 Betaproteobacteria) from proteobacterium Betaproteobacteria)

244 Bacteriovoracaceae Bacteriovorax Bacteriovorax sp. 0.00007 MIA4

245 Bdellovibrionaceae Bdellovibrio Bdellovibrio 0.00004 bacteriovorus

246 Bdellovibrionaceae Bdellovibrio Bdellovibrio sp. W 0.00007

247 Desulfobacteraceae Desulfococcus Desulfococcus sp. 0.00007 DSM 8541

248 Desulfobacteraceae Desulfonema Desulfonema 0.00004 magnum

249 Cystobacteraceae Cystobacter Angiococcus 0.00026 disciformis

250 Cystobacteraceae Melittangium Melittangium 0.00007 lichenicola

251 Myxococcaceae Corallococcus Corallococcus 0.00004 macrosporus

252 Polyangiaceae Chondromyces Chondromyces 0.00028 apiculatus

253 Polyangiaceae Sorangium Sorangium 0.00017 cellulosum

254 unclassified (derived from Enhygromyxa Enhygromyxa salina 0.00004 Myxococcales)

255 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured delta 0.02091 Deltaproteobacteria) from BIOLOGICASproteobacterium Deltaproteobacteria)

256 Aeromonadaceae Aeromonas Aeromonas 0.00013 salmonicida

257 Chromatiaceae Thiocapsa Thiocapsa sp. 0.00007 MTPP2IF162

258 Ectothiorhodospiraceae Nitrococcus Nitrococcus mobilis 0.00007

259 Ectothiorhodospiraceae Thioalkalivibrio Thioalkalivibrio 0.00039 jannaschii

260 Ectothiorhodospiraceae Thioalkalivibrio Thioalkalivibrio 0.00024 versutus

261 LegionellaceaeCIENCIAS Legionella Legionella anisa 0.00091

262 Oceanospirillaceae Marinomonas Marinomonas 0.00009 communis 263 DEMoraxellaceae Acinetobacter Acinetobacter baylyi 0.00011 264 Moraxellaceae Acinetobacter Acinetobacter sp. 0.01921

265 Moraxellaceae Moraxella Moraxella ovis 0.00007

266 Pseudomonadaceae Azotobacter Azotobacter 0.00063 chroococcum

267 Pseudomonadaceae Pseudomonas Pseudomonas 0.00526 aeruginosa

268 Pseudomonadaceae Pseudomonas Pseudomonas 0.03582 alcaligenes

269 Pseudomonadaceae Pseudomonas Pseudomonas 0.00057 fluorescens

270 Pseudomonadaceae Pseudomonas Pseudomonas 0.00011 mandelii

271 Pseudomonadaceae Pseudomonas Pseudomonas 0.00004 BIBLIOTECA monteilii

272 Pseudomonadaceae Pseudomonas Pseudomonas 0.00048 oleovorans

273 Pseudomonadaceae Pseudomonas Pseudomonas 0.00170 pseudoalcaligenes

274 Pseudomonadaceae Pseudomonas Pseudomonas putida 0.00276

275 Pseudomonadaceae Pseudomonas Pseudomonas sp. 0.00198

CA10

276 Pseudomonadaceae Pseudomonas Pseudomonas sp. 0.00995 RW10S2

277 Pseudomonadaceae Pseudomonas Pseudomonas sp. 0.00007 SK-1-3-4

278 Pseudomonadaceae Pseudomonas Pseudomonas sp. 0.00011 c306

279 Pseudomonadaceae Pseudomonas Pseudomonas 0.00013 stutzeri

280 Pseudomonadaceae Pseudomonas uncultured 0.02695 Pseudomonas sp.

281 Xanthomonadaceae Lysobacter Lysobacter sp. OC7 0.00233

282 Xanthomonadaceae Stenotrophomonas Stenotrophomonas 0.00172 maltophilia

283 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured gamma 0.07177 Gammaproteobacteria) from proteobacterium Gammaproteobacteria)

284 unclassified (derived from unclassified (derived Pseudomonas sp. 0.00004 Proteobacteria) from Proteobacteria) ADP

285 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured 0.00359 Proteobacteria) from Proteobacteria) proteobacterium

286 Opitutaceae Diplosphaera Diplosphaera 0.00413 BIOLOGICAScolitermitum

287 Opitutaceae Opitutus Opitutus sp. VeGlc2 0.00211

288 Opitutaceae Opitutus Opitutus terrae 0.00328

289 unclassified (derived from Chthoniobacter Chthoniobacter 0.00333 Spartobacteria) flavus

290 Verrucomicrobia Pedosphaera Pedosphaera 0.01221 subdivision 3 parvula

291 Verrucomicrobiaceae Prosthecobacter Prosthecobacter 0.00007 debontii

292 Verrucomicrobiaceae Prosthecobacter Prosthecobacter 0.00007 CIENCIAS fusiformis 293 Verrucomicrobiaceae Prosthecobacter Prosthecobacter 0.00011 vanneervenii

294 Verrucomicrobiaceae Verrucomicrobium Verrucomicrobium 0.00011 DE spinosum 295 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured 0.00011 Verrucomicrobia) from Verrucomicrobia) Verrucomicrobia bacterium

296 unclassified (derived from unclassified (derived bacterium rJ5 0.00048 Bacteria) from Bacteria)

297 unclassified (derived from unclassified (derived bacterium rM11 0.00004 Bacteria) from Bacteria)

298 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured bacterium 0.52990 Bacteria) from Bacteria)

299 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured forest soil 0.00150 Bacteria) from Bacteria) bacterium

300 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured marine 0.00041 Bacteria) from Bacteria) bacterium

301 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured rumen 0.00002 BIBLIOTECA Bacteria) from Bacteria) bacterium

302 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured soil 0.04382 Bacteria) from Bacteria) bacterium

Tabla 9. Porcentaje de abundancia de las bacterias presentes en la rizósfera de O. ficus-indica del distrito de Casitas, obtenido mediante metagenómica.

METAGENOMA N° FAMILIA GENERO ESPECIES % ABUNDANCIA 1 Acidobacteriaceae Acidobacterium Acidobacterium capsulatum 0.000045 2 Solibacteraceae Candidatus Solibacter Candidatus Solibacter usitatus 0.003078 3 unclassified (derived from Candidatus Koribacter Candidatus Koribacter 0.000258 Acidobacteria) versatilis 4 Acidimicrobiaceae Acidithiomicrobium Acidithiomicrobium sp. P2 0.000061 5 Acidothermaceae Acidothermus Acidothermus cellulolyticus 0.000030 6 Actinomycetaceae Actinomyces Actinomyces israelii 0.000182 7 Actinomycetaceae Mobiluncus Mobiluncus curtisii 0.000349 8 Bogoriellaceae Bogoriella Bogoriella caseolytica 0.000061 9 Brevibacteriaceae Brevibacterium Brevibacterium casei 0.000076 10 Cellulomonadaceae Cellulomonas Cellulomonas bogoriensis 0.000091 11 Cellulomonadaceae Cellulomonas Cellulomonas fimi 0.001425 12 Cellulomonadaceae Cellulomonas Cellulomonas flavigena 0.000334 13 Cellulomonadaceae Cellulomonas Cellulomonas sp. GM13 0.000030 14 Cellulomonadaceae Oerskovia Oerskovia turbata 0.000015 15 Corynebacteriaceae Corynebacterium Corynebacterium amycolatum 0.000682 16 Corynebacteriaceae Corynebacterium Corynebacterium cyclohexanicum 0.001077 17 Corynebacteriaceae Corynebacterium Corynebacterium falsenii 0.000076 18 Corynebacteriaceae Corynebacterium Corynebacterium BIOLOGICASmycetoides 0.000015 19 Corynebacteriaceae Corynebacterium Corynebacterium pseudotuberculosis 0.000015 20 Corynebacteriaceae Corynebacterium Corynebacterium simulans 0.000030 21 Corynebacteriaceae Corynebacterium Corynebacterium sp. 89349 0.000061 22 Corynebacteriaceae Corynebacterium Corynebacterium sundsvallense 0.000106 23 Dermabacteraceae Brachybacterium Brachybacterium paraconglomeratum 0.000197 24 Dermatophilaceae Dermatophilus Dermatophilus congolensis 0.000091 25 Dietziaceae Dietzia Dietzia maris 0.000076

26 Dietziaceae Dietzia Dietzia sp. W5004 0.000076 27 Frankiaceae Frankia Frankia sp. 0.000455 28 Geodermatophilaceae Geodermatophilus Frankia sp. 0.003382 29 Glycomycetaceae Glycomyces Glycomyces CASITAS harbinensis 0.000819 30 Gordoniaceae CIENCIASGordonia Gordonia amarae 0.000121 31 Gordoniaceae Gordonia Gordonia terrae 0.000015 32 Intrasporangiaceae Janibacter Janibacter sp. BY48 0.000121 33 Intrasporangiaceae Terrabacter Terrabacter sp. YK1 0.000015 34 Intrasporangiaceae Terrabacter Terrabacter sp. YK3 0.000091 35 Intrasporangiaceae Terrabacter Terrabacter DE tumescens 0.000030 36 Intrasporangiaceae Tetrasphaera Tetrasphaera japonica 0.000455 37 Kineosporiaceae Kineococcus Kineococcus aurantiacus 0.000061 38 Microbacteriaceae Agromyces Agromyces cerinus 0.000015 39 Microbacteriaceae Agromyces Agromyces luteolus 0.000318 40 Microbacteriaceae Agromyces Agromyces salentinus 0.000030 41 Microbacteriaceae Clavibacter Clavibacter michiganensis 0.000197 42 Microbacteriaceae Curtobacterium Curtobacterium albidum 0.000152 43 Microbacteriaceae Glaciibacter Glaciibacter superstes 0.000045 44 Microbacteriaceae Leifsonia Leifsonia aquatica 0.000485 45 Microbacteriaceae Leifsonia Leifsonia shinshuensis 0.000015 46 Microbacteriaceae Leucobacter Leucobacter komagatae 0.000091 47 Microbacteriaceae Microbacterium Microbacterium aurum 0.000015 48 Microbacteriaceae Microbacterium Microbacterium esteraromaticum 0.000015 49 Microbacteriaceae Microbacterium Microbacterium imperiale 0.000910 50 Microbacteriaceae Microbacterium Microbacterium lacticum 0.000015 51 Microbacteriaceae Microbacterium Microbacterium BIBLIOTECA oxydans 0.000045 52 Microbacteriaceae Mycetocola Mycetocola saprophilus 0.000015 53 Microbacteriaceae Pseudoclavibacter Pseudoclavibacter helvolus 0.000015 54 Microbacteriaceae Rathayibacter Rathayibacter rathayi 0.000258 55 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter agilis 0.000045 56 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter arilaitensis 0.000030 57 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter aurescens 0.000015 58 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter chlorophenolicus 0.008068

59 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter citreus 0.000045 60 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter crystallopoietes 0.001046 61 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter globiformis 0.000076 62 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter oxydans 0.003458 63 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter polychromogenes 0.000106 64 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter protophormiae 0.000273 65 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter ramosus 0.000561 66 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter sp. 0.000273 67 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter sp. 'SMCC G964' 0.000015 68 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter sp. 'SMCC G965' 0.000773 69 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter sp. 'SMCC ZAT031' 0.000121 70 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter sp. IF1 0.000121 71 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter sp. T11-6 0.000015 72 Micrococcaceae Kocuria Kocuria rosea 0.000212 73 Micrococcaceae Micrococcus Micrococcus luteus 0.001668 74 Micrococcaceae Micrococcus Micrococcus sp. SMCC ZAT351 0.000030 75 Micrococcaceae Nesterenkonia Nesterenkonia aethiopica 0.004094 76 Micrococcaceae Nesterenkonia Nesterenkonia sp. 10004 0.000288 77 Micrococcaceae Renibacterium Renibacterium salmoninarum 0.000045 78 Micromonosporaceae Actinoplanes Actinoplanes garbadinensis 0.000061 79 Micromonosporaceae Actinoplanes Actinoplanes missouriensis 0.001365 80 Micromonosporaceae Actinoplanes Actinoplanes philippinensis 0.000470 81 Micromonosporaceae Actinoplanes ActinoplanesBIOLOGICAS regularis 0.000288 82 Micromonosporaceae Actinoplanes Actinoplanes sp. HBDN08 0.000667 83 Micromonosporaceae Actinoplanes Actinoplanes teichomyceticus 0.000076 84 Micromonosporaceae Actinoplanes Actinoplanes utahensis 0.000030 85 Micromonosporaceae Catenuloplanes Catenuloplanes japonicus 0.000167 86 Micromonosporaceae Dactylosporangium Dactylosporangium fulvum 0.000212 87 Micromonosporaceae Dactylosporangium Dactylosporangium salmoneum 0.001562 88 Micromonosporaceae Dactylosporangium Dactylosporangium vinaceum 0.000455 89 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora aurantiaca 0.000045 90 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora carbonacea 0.000015 91 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora CIENCIAS 0.003230 chaiyaphumensis 92 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora chalcea 0.000758 93 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora chokoriensis 0.001153 94 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora DE echinospora 0.000152 95 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora endolithica 0.000015 96 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora pattaloongensis 0.015513 97 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora peucetia 0.000516 98 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora purpureochromogenes 0.000030 99 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora sp. 25 0.000607 100 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora sp. FXJ6.011 0.000258 101 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora viridifaciens 0.000182 102 Micromonosporaceae Salinispora Salinospora sp. M403 0.000576 103 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium agri 0.000015 104 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium austroafricanum 0.000030 105 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium celatum 0.000030 106 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium fallax 0.000015 107 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium BIBLIOTECA farcinogenes 0.000030 108 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium flavescens 0.000121 109 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium fortuitum 0.000015 110 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium gilvum 0.003473 111 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium intracellulare 0.000030 112 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium leprae 0.000030 113 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium malmoense 0.000015 114 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium monacense 0.000091 115 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium 0.000455

montefiorense 116 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium mucogenicum 0.000106 117 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium murale 0.000182 118 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium nonchromogenicum 0.000015 119 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium noviomagense 0.000015 120 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium phlei 0.000015 121 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium sherrisii 0.000030 122 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium shimoidei 0.000106 123 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium sp. 0.000258 124 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium sp. CH-2 0.000030 125 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium sp. JS621 0.000045 126 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium sp. TY-6 0.000106 127 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium triviale 0.000030 128 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium ulcerans 0.006233 129 Nocardiaceae Nocardia Nocardia flavorosea 0.000030 130 Nocardiaceae Nocardia Nocardia jejuensis 0.000015 131 Nocardiaceae Nocardia Nocardia paucivorans 0.000030 132 Nocardiaceae Nocardia Nocardia pseudobrasiliensis 0.000015 133 Nocardiaceae Nocardia Nocardia vermiculata 0.000015 134 Nocardiaceae Rhodococcus Rhodococcus equi 0.000030 135 Nocardiaceae Rhodococcus Rhodococcus erythropolis 0.000546 136 Nocardiaceae Rhodococcus Rhodococcus opacus 0.000045 137 Nocardiaceae Rhodococcus Rhodococcus pyridinivorans 0.000834 138 Nocardiaceae Rhodococcus BIOLOGICASRhodococcus ruber 0.000061 139 Nocardiaceae Rhodococcus Rhodococcus sp. 0.000015 140 Nocardioidaceae Aeromicrobium Aeromicrobium marinum 0.004580 141 Nocardioidaceae Kribbella Kribbella catacumbae 0.000045 142 Nocardioidaceae Kribbella Kribbella jejuensis 0.003245 143 Nocardioidaceae Kribbella Kribbella sandramycini 0.000045 144 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides albus 0.015589 145 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides aromaticivorans 0.000288 146 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. 0.001987 147 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. AN3 0.001471 148 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. CF8 0.003640 149 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. DN36 0.000364 150 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. IC177 0.004034 151 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. JS614 0.004701 152 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. CIENCIAS 0.004731 MTD22 153 Nocardioidaceae Pimelobacter Pimelobacter simplex 0.012905 154 Nocardiopsaceae Nocardiopsis Nocardiopsis composta 0.000045 155 Nocardiopsaceae Nocardiopsis Nocardiopsis dassonvillei 0.000076 156 NocardiopsaceaeDE Nocardiopsis Nocardiopsis salina 0.000061 157 Nocardiopsaceae Nocardiopsis Nocardiopsis umidischolae 0.000121 158 Nocardiopsaceae Thermobifida Thermobifida cellulosilytica 0.000015 159 Promicromonosporaceae Cellulosimicrobium Cellulosimicrobium cellulans 0.000637 160 Promicromonosporaceae Cellulosimicrobium Cellulosimicrobium sp. HY-13 0.001319 161 Promicromonosporaceae Promicromonospora Promicromonospora sukumoe 0.000485 162 Promicromonosporaceae Xylanimicrobium Xylanimicrobium pachnodae 0.000061 163 Pseudonocardiaceae Actinokineospora Actinokineospora riparia 0.001198 164 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis albidoflavus 0.000030 165 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis coloradensis 0.002351 166 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis halotolerans 0.000030 167 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis lactamdurans 0.000015 BIBLIOTECA168 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis methanolica 0.001350 169 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis nigrescens 0.000061 170 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis palatopharyngis 0.000243 171 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis sp. A00089 0.000576 172 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis thermoflava 0.000076 173 Pseudonocardiaceae Kibdelosporangium Kibdelosporangium aridum 0.000015 174 Pseudonocardiaceae Kutzneria Kutzneria sp. 744 0.000061 175 Pseudonocardiaceae Lechevalieria Lechevalieria 0.001259

aerocolonigenes 176 Pseudonocardiaceae Prauserella Prauserella rugosa 0.000379 177 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia alni 0.000379 178 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia autotrophica 0.000015 179 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia chloroethenivorans 0.000030 180 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia halophobica 0.001350 181 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia hydrocarbonoxydans 0.000318 182 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia saturnea 0.000045 183 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia sp. AL040118-01 0.000015 184 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia sp. AL040410-06 0.000045 185 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia sp. CC030402-02 0.001880 186 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia sp. NMG030609-02 0.000106 187 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia thermophila 0.000045 188 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia yunnanensis 0.000197 189 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia zijingensis 0.001774 190 Pseudonocardiaceae Saccharomonospora Saccharomonospora cyanea 0.000015 191 Pseudonocardiaceae Saccharomonospora Saccharomonospora glauca 0.000015 192 Pseudonocardiaceae Saccharopolyspora Saccharopolyspora pogona 0.000061 193 Pseudonocardiaceae Saccharothrix Saccharothrix espanaensis 0.000015 194 Pseudonocardiaceae Streptoalloteichus Streptoalloteichus BIOLOGICAShindustanus 0.000015 195 Pseudonocardiaceae Thermocrispum Thermocrispum municipale 0.000030 196 Rarobacteraceae Rarobacter Rarobacter faecitabidus 0.000167 197 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces acidiscabies 0.000015 198 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces aureofaciens 0.000713 199 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces bluensis 0.000015 200 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces bobili 0.000015 201 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces caeruleus 0.000030 202 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces californicus 0.000243 203 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces cattleya 0.000030 204 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces clavifer 0.000045 205 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces clavuligerus 0.004140 206 StreptomycetaceaeCIENCIAS Streptomyces Streptomyces collinus 0.000076 207 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces corchorusii 0.004049 208 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces diastaticus 0.000015 209 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces flavovirens 0.000045 210 StreptomycetaceaeDE Streptomyces Streptomyces fulvorobeus 0.000015 211 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces glaucescens 0.000045 212 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces griseoluteus 0.000015 213 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces hygroscopicus 0.000394 214 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces ipomoeae 0.000045 215 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces kanamyceticus 0.000091 216 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces lienomycini 0.000652 217 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces megasporus 0.000288 218 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces olivochromogenes 0.000409 219 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces paradoxus 0.000030 220 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces platensis 0.000030 221 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces BIBLIOTECA purpeofuscus 0.000015 222 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces scabiei 0.000045 223 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces sp. 0.000015 224 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces sp. A00076 0.000015 225 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces sp. HBUM 71683 0.000015 226 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces sp. S9 0.000061 227 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces sulfonofaciens 0.000015 228 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces tendae 0.000121 229 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces tubercidicus 0.000015 230 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces violens 0.000015

231 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces viridosporus 0.000015 232 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces vitaminophilus 0.000015 233 Streptosporangiaceae Microbispora Microbispora rosea 0.000743 234 Streptosporangiaceae Nonomuraea Nonomuraea turkmeniaca 0.000652 235 Streptosporangiaceae Planobispora Planobispora rosea 0.000015 236 Streptosporangiaceae Planomonospora Planomonospora parontospora 0.000015 237 Streptosporangiaceae Planomonospora Planomonospora venezuelensis 0.000061 238 Streptosporangiaceae Streptosporangium Streptosporangium nondiastaticum 0.000212 239 Streptosporangiaceae Streptosporangium Streptosporangium pseudovulgare 0.000136 240 Streptosporangiaceae Streptosporangium Streptosporangium roseum 0.002275 241 Streptosporangiaceae Streptosporangium Streptosporangium violaceochromogenes 0.000045 242 Thermomonosporaceae Actinoallomurus Actinoallomurus spadix 0.000152 243 Thermomonosporaceae Actinocorallia Actinocorallia aurantiaca 0.000030 244 Thermomonosporaceae Actinocorallia Actinocorallia herbida 0.000015 245 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura coerulea 0.009933 246 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura cremea 0.000015 247 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura formosensis 0.001410 248 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura fulvescens 0.000318 249 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura hibisca 0.000288 250 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura macra 0.000076 251 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura madurae 0.000698 252 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura BIOLOGICAS0.000061 namibiensis 253 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura pelletieri 0.000637 254 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura rubrobrunea 0.000804 255 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura verrucosospora 0.000015 256 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura vinacea 0.000273 257 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura viridis 0.000015 258 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura yumaensis 0.000061 259 Thermomonosporaceae Spirillospora Spirillospora albida 0.000182 260 Thermomonosporaceae Thermomonospora Thermomonospora curvata 0.000061 261 Tsukamurellaceae Tsukamurella Tsukamurella pulmonis 0.000015 262 unclassified (derived from Tropheryma Tropheryma whipplei 0.000045 Actinomycetales) 263 CoriobacteriaceaeCIENCIAS Eggerthella Eggerthella lenta 0.000015 264 Rubrobacteraceae Rubrobacter Rubrobacter radiotolerans 0.000682 265 Rubrobacteraceae Rubrobacter Rubrobacter xylanophilus 0.004474 266 unclassified (derived from unclassified (derived actinobacterium Aac- Actinobacteria (class)) from Actinobacteria 25 0.000061 DE (class)) 267 unclassified (derived from unclassified (derived actinobacterium Aac- Actinobacteria (class)) from Actinobacteria 85 0.000015 (class)) 268 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured Actinobacteria (class)) from Actinobacteria actinobacterium 0.000015 (class)) 269 Hydrogenothermaceae Sulfurihydrogenibium Sulfurihydrogenibium sp. 153IV-9 0.000106 270 Rikenellaceae Alistipes Alistipes finegoldii 0.000061 271 Cytophagaceae Cytophaga Cytophaga sp. MBIC01539 0.000091 272 Cytophagaceae Cytophaga Cytophaga sp. T-561 0.000121 273 Cytophagaceae Hymenobacter Hymenobacter aerophilus 0.002548 274 Cytophagaceae Hymenobacter Hymenobacter antarcticus 0.004792 275 Cytophagaceae Hymenobacter Hymenobacter fastidiosus 0.000045 276 Cytophagaceae Hymenobacter Hymenobacter ocellatus 0.000364 277 Cytophagaceae Hymenobacter Hymenobacter sp. VUG-A141a 0.000015 BIBLIOTECA278 Flammeovirgaceae Flexithrix Flexithrix dorotheae 0.000152 279 Flavobacteriaceae Chryseobacterium Chryseobacterium gleum 0.000015 280 Flavobacteriaceae Flavobacterium Flavobacterium columnare 0.000061 281 Flavobacteriaceae Flavobacterium Flavobacterium psychrophilum 0.000015 282 Flavobacteriaceae Flavobacterium Flavobacterium sp. 0.000015 283 Flavobacteriaceae Flavobacterium Flavobacterium sp. SOC A4(12) 0.000334 284 Flavobacteriaceae Psychroflexus Psychroflexus torquis 0.000030 285 Flavobacteriaceae Salegentibacter Salegentibacter salegens 0.000106 286 Flavobacteriaceae Tenacibaculum Tenacibaculum 0.001547

amylolyticum 287 Sphingobacteriaceae Pedobacter Pedobacter heparinus 0.001137 288 Sphingobacteriaceae Pedobacter Pedobacter sp. 4236 0.000212 289 Sphingobacteriaceae Pedobacter Pedobacter sp. MJ11 0.000015 290 Sphingobacteriaceae Sphingobacterium Sphingobacterium multivorum 0.000076 291 Sphingobacteriaceae unclassified (derived Sphingobacteriaceae from bacterium SOC 0.000591 Sphingobacteriaceae) A20(36) 292 unclassified (derived from Terrimonas Terrimonas ferruginea 0.004913 Sphingobacteriales) 293 unclassified (derived from Candidatus Candidatus Bacteroidetes) Amoebophilus Amoebophilus 0.000364 asiaticus 294 unclassified (derived from Prolixibacter Prolixibacter 0.000015 Bacteroidetes) bellariivorans 295 unclassified (derived from unclassified (derived marine CFB-group 0.001031 Bacteroidetes) from Bacteroidetes) bacterium MBIC01599 296 Parachlamydiaceae Candidatus Protochlamydia 0.000136 Protochlamydia naegleriophila 297 Parachlamydiaceae Neochlamydia Neochlamydia hartmannellae 0.000061 298 Parachlamydiaceae Parachlamydia Parachlamydia acanthamoebae 0.000030 299 unclassified (derived from Chamaesiphon Chamaesiphon 0.000015 Chroococcales) subglobosus 300 unclassified (derived from Microcoleus Microcoleus 0.000015 Oscillatoriales) chthonoplastes 301 unclassified (derived from Spirulina Spirulina laxissima 0.000045 Oscillatoriales) 302 Alicyclobacillaceae Alicyclobacillus Alicyclobacillus vulcanalis 0.000015 303 Bacillaceae Aeribacillus Aeribacillus pallidus 0.000076 304 Bacillaceae Amphibacillus Amphibacillus sediminis 0.000152 305 Bacillaceae Anaerobacillus Bacillus macyae 0.000015 306 Bacillaceae Anoxybacillus Anoxybacillus BIOLOGICAS0.002017 flavithermus 307 Bacillaceae Anoxybacillus Anoxybacillus sp. FB7 0.002229 308 Bacillaceae Anoxybacillus Anoxybacillus sp. FB9 0.000288 309 Bacillaceae Anoxybacillus Anoxybacillus sp. HT8 0.000864 310 Bacillaceae Bacillus Bacillus amyloliquefaciens 0.000015 311 Bacillaceae Bacillus Bacillus aquimaris 0.001107 312 Bacillaceae Bacillus Bacillus azotoformans 0.003564 313 Bacillaceae Bacillus Bacillus badius 0.000152 314 Bacillaceae Bacillus Bacillus cereus 0.000591 315 Bacillaceae Bacillus Bacillus circulans 0.001198 316 Bacillaceae Bacillus Bacillus clausii 0.000091 317 Bacillaceae Bacillus Bacillus coagulans 0.000136 318 Bacillaceae Bacillus Bacillus coahuilensis 0.000091 319 Bacillaceae Bacillus Bacillus cohnii 0.002487 320 Bacillaceae Bacillus Bacillus firmus 0.001425 321 Bacillaceae Bacillus Bacillus flexus 0.000637 322 Bacillaceae Bacillus Bacillus halodurans 0.000061 323 Bacillaceae CIENCIASBacillus Bacillus horikoshii 0.000030 324 Bacillaceae Bacillus Bacillus humi 0.000061 325 Bacillaceae Bacillus Bacillus hwajinpoensis 0.000136 326 Bacillaceae Bacillus Bacillus infernus 0.000015 327 Bacillaceae Bacillus Bacillus lentus 0.001183 328 Bacillaceae Bacillus Bacillus licheniformis 0.001956 329 Bacillaceae Bacillus Bacillus litoralis 0.000030 330 BacillaceaeDE Bacillus Bacillus massiliensis 0.000015 331 Bacillaceae Bacillus Bacillus megaterium 0.004079 332 Bacillaceae Bacillus Bacillus methanolicus 0.000288 333 Bacillaceae Bacillus Bacillus mojavensis 0.000015 334 Bacillaceae Bacillus Bacillus niacini 0.001471 335 Bacillaceae Bacillus Bacillus pseudofirmus 0.000182 336 Bacillaceae Bacillus Bacillus pumilus 0.000197 337 Bacillaceae Bacillus Bacillus simplex 0.002836 338 Bacillaceae Bacillus Bacillus smithii 0.000819 339 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. 0.000409 340 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. BT97 0.001274 341 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. G1 0.000015 342 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. GB02-14C 0.000015 343 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. GB02-25 0.000015 344 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. GB02-2A 0.000015 345 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. HH-01 0.000045 346 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. JAMB-602 0.000061 347 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. JAMB750 0.000015 348 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. JL-39 0.000015 349 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. M118 0.000015 350 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. NB-6 0.000015 351 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. PL-12 0.000849 352 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. PL-26 0.000015 BIBLIOTECA353 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. S207 0.000849 354 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. S209 0.001228 355 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. S210 0.000197 356 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. SH25 0.000061 357 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. SH27 0.000061 358 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. SH3 0.003685 359 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. SH62 0.000212 360 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. YX 0.000015 361 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. m3-13 0.000015 362 Bacillaceae Bacillus Bacillus sporothermodurans 0.000409 363 Bacillaceae Bacillus Bacillus subtilis 0.001077 364 Bacillaceae Bacillus Bacillus thermoamylovorans 0.000045

365 Bacillaceae Bacillus Bacillus thuringiensis 0.000015 366 Bacillaceae Geobacillus Geobacillus caldoxylosilyticus 0.000015 367 Bacillaceae Geobacillus Geobacillus sp. 70PC53 0.000015 368 Bacillaceae Geobacillus Geobacillus sp. T45 0.000819 369 Bacillaceae Geobacillus Geobacillus thermocatenulatus 0.000015 370 Bacillaceae Geobacillus Geobacillus thermodenitrificans 0.001153 371 Bacillaceae Geobacillus Geobacillus thermoglucosidasius 0.000030 372 Bacillaceae Halobacillus Halobacillus halophilus 0.000015 373 Bacillaceae Halobacillus Halobacillus trueperi 0.000546 374 Bacillaceae Lysinibacillus Lysinibacillus fusiformis 0.000379 375 Bacillaceae Lysinibacillus Lysinibacillus sphaericus 0.049224 376 Bacillaceae Oceanobacillus Oceanobacillus chironomi 0.000091 377 Bacillaceae Oceanobacillus Oceanobacillus iheyensis 0.000394 378 Bacillaceae Oceanobacillus Oceanobacillus picturae 0.000091 379 Bacillaceae Terribacillus Terribacillus saccharophilus 0.000030 380 Bacillaceae Virgibacillus Virgibacillus carmonensis 0.000910 381 Bacillaceae Virgibacillus Virgibacillus halodenitrificans 0.000591 382 Bacillaceae Virgibacillus Virgibacillus koreensis 0.000227 383 Bacillaceae Virgibacillus Virgibacillus marismortui 0.000015 384 Bacillaceae Virgibacillus Virgibacillus pantothenticus 0.000015 385 Bacillaceae Virgibacillus BIOLOGICASVirgibacillus proomii 0.000318 386 Listeriaceae Listeria Listeria monocytogenes 0.000076 387 Paenibacillaceae Aneurinibacillus Aneurinibacillus thermoaerophilus 0.000758 388 Paenibacillaceae Brevibacillus Brevibacillus agri 0.000121 389 Paenibacillaceae Brevibacillus Brevibacillus borstelensis 0.000121 390 Paenibacillaceae Brevibacillus Brevibacillus brevis 0.000713 391 Paenibacillaceae Brevibacillus Brevibacillus laterosporus 0.000061 392 Paenibacillaceae Brevibacillus Brevibacillus thermoruber 0.000212 393 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus alginolyticus 0.000500 394 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus apiarius 0.000197 395 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus borealis 0.000015 396 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus brasilensis 0.000182 397 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus CIENCIAS 0.000015 campinasensis 398 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus curdlanolyticus 0.000045 399 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus daejeonensis 0.000227 400 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus DE edaphicus 0.000045 401 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus ehimensis 0.000106 402 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus elgii 0.000045 403 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus ginsengisoli 0.000015 404 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus glacialis 0.000318 405 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus glucanolyticus 0.000030 406 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus graminis 0.000030 407 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus humicus 0.000015 408 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus koleovorans 0.000061 409 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus larvae 0.000106 410 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus lentimorbus 0.000227 411 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus massiliensis 0.000212 412 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus mucilaginosus 0.000106 413 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus polymyxa 0.001714 414 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus sp. W- BIBLIOTECA 61 0.000015 415 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus stellifer 0.000167 416 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus thiaminolyticus 0.000015 417 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus timonensis 0.000182 418 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus xylanilyticus 0.000015 419 Planococcaceae Kurthia Kurthia gibsonii 0.000136 420 Planococcaceae Planomicrobium Planomicrobium chinense 0.000030 421 Planococcaceae Planomicrobium Planomicrobium okeanokoites 0.000804 422 Planococcaceae Ureibacillus Ureibacillus 0.000045

thermosphaericus 423 Planococcaceae Viridibacillus Viridibacillus arenosi 0.000425 424 Staphylococcaceae Macrococcus Macrococcus carouselicus 0.000045 425 Thermoactinomycetaceae Laceyella Laceyella putida 0.000243 426 Thermoactinomycetaceae Laceyella Laceyella sacchari 0.001441 427 Thermoactinomycetaceae Seinonella Seinonella peptonophila 0.006460 428 Thermoactinomycetaceae Thermoactinomyces Thermoactinomyces intermedius 0.000030 429 Thermoactinomycetaceae Thermoactinomyces Thermoactinomyces vulgaris 0.000303 430 unclassified (derived from Alkalilactibacillus Alkalilactibacillus 0.000910 Bacillales) ikkense 431 unclassified (derived from Exiguobacterium Exiguobacterium 0.000394 Bacillales) aurantiacum 432 unclassified (derived from Exiguobacterium Exiguobacterium 0.000015 Bacillales) sibiricum 433 unclassified (derived from Gemella Gemella sanguinis 0.000045 Bacillales) 434 unclassified (derived from Pullulanibacillus Pullulanibacillus sp. D' 0.000273 Bacillales) C-1 435 Enterococcaceae Enterococcus Enterococcus faecalis 0.000045 436 Enterococcaceae Enterococcus Enterococcus silesiacus 0.000045 437 Enterococcaceae Vagococcus Vagococcus fluvialis 0.000015 438 Lactobacillaceae Lactobacillus Lactobacillus mucosae 0.000015 439 Lactobacillaceae Lactobacillus Lactobacillus panis 0.000030 440 Lactobacillaceae Lactobacillus Lactobacillus sakei 0.000015 441 Lactobacillaceae Pediococcus Pediococcus acidilactici 0.000015 442 Leuconostocaceae Weissella Weissella cibaria 0.000015 443 Streptococcaceae Lactococcus Lactococcus lactis 0.000045 444 Clostridiaceae Alkaliphilus Alkaliphilus transvaalensis 0.000182 445 Clostridiaceae Caloramator BIOLOGICASCaloramator fervidus 0.000015 446 Clostridiaceae Clostridium Clostridium aldrichii 0.000061 447 Clostridiaceae Clostridium Clostridium botulinum 0.000030 448 Clostridiaceae Clostridium Clostridium butyricum 0.000030 449 Clostridiaceae Clostridium Clostridium cellobioparum 0.000045 450 Clostridiaceae Clostridium Clostridium cellulovorans 0.000030 451 Clostridiaceae Clostridium Clostridium disporicum 0.000091 452 Clostridiaceae Clostridium Clostridium drakei 0.000061 453 Clostridiaceae Clostridium Clostridium estertheticum 0.000212 454 Clostridiaceae Clostridium Clostridium haemolyticum 0.001274 455 Clostridiaceae Clostridium Clostridium paraputrificum 0.000030 456 Clostridiaceae Clostridium Clostridium pasteurianum 0.000182 457 Clostridiaceae Clostridium Clostridium CIENCIAS 0.000015 perfringens 458 Clostridiaceae Clostridium Clostridium septicum 0.000015 459 Clostridiaceae Clostridium Clostridium sp. CYP5 0.000227 460 Clostridiaceae Clostridium Clostridium sp. Kas107-1 0.000015 461 Clostridiaceae Clostridium Clostridium DE sphenoides 0.000015 462 Clostridiaceae Clostridium Clostridium sporogenes 0.002821 463 Clostridiaceae Clostridium Clostridium stercorarium 0.000152 464 Clostridiaceae Clostridium Clostridium thermocellum 0.000546 465 Clostridiaceae Clostridium Clostridium tyrobutyricum 0.000015 466 Clostridiaceae Clostridium Clostridium xylanolyticum 0.000182 467 Clostridiales Family XVIII. Symbiobacterium Symbiobacterium 0.000121 Incertae Sedis thermophilum 468 Eubacteriaceae Eubacterium Eubacterium cellulosolvens 0.000015 469 Eubacteriaceae Eubacterium Eubacterium oxidoreducens 0.000015 470 Heliobacteriaceae Heliobacterium Heliobacterium chlorum 0.004110 471 Heliobacteriaceae Heliobacterium Heliobacterium gestii 0.000015 472 Lachnospiraceae unclassified (derived Lachnospiraceae 0.000030 from Lachnospiraceae) bacterium A4 473 Peptococcaceae Dehalobacter Dehalobacter BIBLIOTECA restrictus 0.000030 474 Peptococcaceae Dehalobacter Dehalobacter sp. MS 0.000106 475 Peptococcaceae Desulfitobacterium Desulfitobacterium dichloroeliminans 0.000045 476 Peptococcaceae Desulfosporosinus Desulfosporosinus sp. DB 0.000243 477 Peptococcaceae Desulfotomaculum Desulfotomaculum aeronauticum 0.000015 478 Peptococcaceae Desulfotomaculum Desulfotomaculum geothermicum 0.000030 479 Peptostreptococcaceae unclassified (derived [Clostridium] from bifermentans 0.000516 Peptostreptococcaceae) 480 Peptostreptococcaceae unclassified (derived [Clostridium] difficile 0.000015

from Peptostreptococcaceae) 481 Peptostreptococcaceae unclassified (derived [Clostridium] from glycolicum 0.000030 Peptostreptococcaceae) 482 Peptostreptococcaceae unclassified (derived [Clostridium] from lituseburense 0.000030 Peptostreptococcaceae) 483 Peptostreptococcaceae unclassified (derived [Clostridium] from paradoxum 0.000227 Peptostreptococcaceae) 484 Peptostreptococcaceae unclassified (derived [Clostridium] sordellii from 0.000045 Peptostreptococcaceae) 485 Ruminococcaceae unclassified (derived Bacteroides from cellulosolvens 0.000121 Ruminococcaceae) 486 unclassified (derived from unclassified (derived butyrate-producing 0.000061 Clostridiales) from Clostridiales) bacterium ART55/1 487 Veillonellaceae Dialister Dialister propionicifaciens 0.000045 488 Veillonellaceae Selenomonas Selenomonas ruminantium 0.000030 489 Nitrospiraceae Nitrospira Candidatus Nitrospira defluvii 0.004079 490 Caulobacteraceae Brevundimonas Brevundimonas diminuta 0.000227 491 Caulobacteraceae Caulobacter Caulobacter fusiformis 0.000061 492 Caulobacteraceae Phenylobacterium Phenylobacterium immobile 0.001001 493 Caulobacteraceae Phenylobacterium Phenylobacterium lituiforme 0.000227 494 Bartonellaceae Bartonella Bartonella bacilliformis 0.000015 495 Beijerinckiaceae Beijerinckia Beijerinckia mobilis 0.000030 496 Bradyrhizobiaceae Bosea Bosea sp. CRIB-12 0.000030 497 Bradyrhizobiaceae Bosea Bosea vestrisii 0.000015 498 Bradyrhizobiaceae Bradyrhizobium BradyrhizobiumBIOLOGICAS elkanii 0.000652 499 Bradyrhizobiaceae Bradyrhizobium Bradyrhizobium japonicum 0.001137 500 Bradyrhizobiaceae Bradyrhizobium Bradyrhizobium yuanmingense 0.000030 501 Bradyrhizobiaceae Nitrobacter Nitrobacter hamburgensis 0.000015 502 Bradyrhizobiaceae Rhodopseudomonas Rhodopseudomonas julia 0.000136 503 Brucellaceae Ochrobactrum uncultured Ochrobactrum sp. 0.000182 504 Hyphomicrobiaceae Blastochloris Blastochloris sulfoviridis 0.000015 505 Hyphomicrobiaceae Blastochloris Blastochloris viridis 0.000015 506 Hyphomicrobiaceae Hyphomicrobium Hyphomicrobium zavarzinii 0.000030 507 Hyphomicrobiaceae Hyphomicrobium uncultured Hyphomicrobium sp. 0.000349 508 Hyphomicrobiaceae Prosthecomicrobium Prosthecomicrobium CIENCIAS pneumaticum 0.000061 509 Hyphomicrobiaceae Rhodoplanes Rhodoplanes sp. Tok2tar1 0.000015 510 Methylobacteriaceae Methylobacterium Methylobacterium nodulans 0.000015 511 Methylobacteriaceae Methylobacterium Methylobacterium sp. CBMB38 0.000167 512 MethylobacteriaceaeDE Methylobacterium uncultured Methylobacterium sp. 0.001880 513 Methylocystaceae Methylocystis Methylocystis sp. F10V2a 0.000015 514 Methylocystaceae Methylocystis Methylocystis sp. Pi5/4 0.000091 515 Methylocystaceae Methylocystis Methylocystis sp. SC2 0.000061 516 Methylocystaceae Methylopila Methylopila capsulata 0.000015 517 Methylocystaceae Methylosinus Methylosinus acidophilus 0.000015 518 Methylocystaceae Methylosinus Methylosinus trichosporium 0.000030 519 Methylocystaceae unclassified (derived uncultured from Methylocystaceae) Methylocystaceae 0.000076 bacterium 520 Phyllobacteriaceae Aminobacter Aminobacter aminovorans 0.000061 521 Phyllobacteriaceae Aminobacter Aminobacter sp. COX 0.000015 522 Phyllobacteriaceae Mesorhizobium Mesorhizobium alhagi 0.000015 523 Phyllobacteriaceae Mesorhizobium Mesorhizobium camelthorni 0.000015 524 Phyllobacteriaceae Mesorhizobium Mesorhizobium mediterraneum 0.000030 BIBLIOTECA525 Phyllobacteriaceae Mesorhizobium Mesorhizobium sp. Ala-5 0.000015 526 Phyllobacteriaceae Mesorhizobium Mesorhizobium sp. CCNWAX24-1 0.000015 527 Phyllobacteriaceae Mesorhizobium Mesorhizobium sp. SCAU13 0.000288 528 Phyllobacteriaceae Mesorhizobium Mesorhizobium sp. WSM3877 0.000030 529 Phyllobacteriaceae Mesorhizobium Mesorhizobium thiogangeticum 0.000015 530 Phyllobacteriaceae Mesorhizobium alpha proteobacterium WG1 0.000045 531 Phyllobacteriaceae Parvibaculum Parvibaculum sp. P31 0.000015 532 Phyllobacteriaceae Pseudaminobacter Pseudaminobacter sp. 0.000091

mp-1 533 Rhizobiaceae Agrobacterium Agrobacterium larrymoorei 0.000030 534 Rhizobiaceae Ensifer Ensifer mexicanus 0.000030 535 Rhizobiaceae Rhizobium Rhizobium gallicum 0.000015 536 Rhizobiaceae Rhizobium Rhizobium oryzae 0.000243 537 Rhizobiaceae Rhizobium Rhizobium sp. YAS34 0.000015 538 Rhizobiaceae Rhizobium Rhizobium tropici 0.000015 539 Rhizobiaceae Rhizobium Rhizobium vallis 0.000015 540 Rhizobiaceae Rhizobium uncultured Rhizobium sp. 0.000318 541 Rhizobiaceae Sinorhizobium Sinorhizobium fredii 0.002927 542 Rhizobiaceae Sinorhizobium Sinorhizobium kummerowiae 0.000243 543 Rhizobiaceae Sinorhizobium Sinorhizobium medicae 0.001562 544 Rhizobiaceae Sinorhizobium Sinorhizobium meliloti 0.000591 545 Rhizobiaceae Sinorhizobium Sinorhizobium sp. BL3 0.000015 546 Rhizobiaceae Sinorhizobium Sinorhizobium xinjiangense 0.000212 547 Rhodobiaceae Rhodobium Rhodobium orientis 0.000030 548 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured 0.000030 Rhizobiales) from Rhizobiales) Rhizobiales bacterium 549 Hyphomonadaceae Maricaulis Maricaulis maris 0.000258 550 Rhodobacteraceae Paracoccus Paracoccus koreensis 0.000015 551 Rhodobacteraceae Paracoccus Paracoccus sp. R- 24652 0.000227 552 Rhodobacteraceae Rhodothalassium Rhodothalassium salexigens 0.000045 553 Rhodobacteraceae Rhodovulum Rhodovulum sulfidophilum 0.000015 554 Rhodobacteraceae Roseisalinus Roseisalinus antarcticus 0.000015 555 Rhodobacteraceae unclassified (derived uncultured from Rhodobacteraceae 0.000273 Rhodobacteraceae) bacterium 556 unclassified (derived from unclassified (derived BIOLOGICASuncultured Rhodobacterales) from Rhodobacterales) Rhodobacterales 0.000531 bacterium 557 Rhodospirillaceae Azospirillum Azospirillum amazonense 0.000030 558 Rhodospirillaceae Azospirillum Azospirillum brasilense 0.000030 559 Rhodospirillaceae Azospirillum Azospirillum lipoferum 0.000303 560 Rhodospirillaceae Azospirillum Azospirillum sp. CA6 0.000152 561 Rhodospirillaceae Azospirillum Azospirillum sp. TSH19 0.000182 562 Rhodospirillaceae Azospirillum Azospirillum sp. TSH7 0.000030 563 Rhodospirillaceae Phaeospirillum Phaeospirillum fulvum 0.000045 564 Rhodospirillaceae Rhodospirillum Rhodospirillum rubrum 0.000258 565 Rhodospirillaceae Rhodovibrio Rhodovibrio salinarum 0.000091 566 Rickettsiaceae Rickettsia Rickettsia sp. PAR-OY 0.000015 567 Erythrobacteraceae Erythrobacter Erythrobacter litoralis 0.000015 568 Erythrobacteraceae Porphyrobacter Porphyrobacter sp. MBIC3897 0.000061 569 Sphingomonadaceae Sphingobium Sphingomonas CIENCIAS 0.000015 agrestis 570 Sphingomonadaceae Sphingomonas Sphingomonas melonis 0.000015 571 Sphingomonadaceae Sphingomonas Sphingomonas sp. 0.000015 572 Sphingomonadaceae Sphingomonas Sphingomonas sp. AO1 0.000015 573 SphingomonadaceaeDE Sphingomonas Sphingomonas sp. Alpha1-2 0.000015 574 Sphingomonadaceae Sphingomonas Sphingomonas sp. Alpha4-2 0.000182 575 Sphingomonadaceae Sphingomonas Sphingomonas sp. NP5 0.000136 576 Sphingomonadaceae Sphingosinicella Sphingosinicella sp. OC5S 0.000015 577 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured alpha Alphaproteobacteria) from proteobacterium 0.099450 Alphaproteobacteria) 578 Alcaligenaceae Achromobacter uncultured Achromobacter sp. 0.000030 579 Alcaligenaceae Azohydromonas Azohydromonas lata 0.000015 580 Alcaligenaceae Pelistega Pelistega europaea 0.000030 581 Burkholderiaceae Burkholderia Burkholderia cenocepacia 0.000045 582 Burkholderiaceae Burkholderia Burkholderia sp. JBA3 0.000015 583 Burkholderiaceae Cupriavidus Cupriavidus pauculus 0.000030 584 Burkholderiaceae Cupriavidus Cupriavidus sp. SWF66322 0.000015 585 Burkholderiaceae Ralstonia Ralstonia solanacearum 0.000015 BIBLIOTECA586 Burkholderiaceae Ralstonia uncultured Ralstonia sp. 0.000030 587 Comamonadaceae Variovorax Variovorax sp. HAB- 24 0.000015 588 Comamonadaceae Verminephrobacter Verminephrobacter aporrectodeae 0.000015 589 Comamonadaceae unclassified (derived uncultured from Comamonadaceae 0.000121 Comamonadaceae) bacterium 590 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured Burkholderiales) from Burkholderiales) Burkholderiales 0.000167 bacterium 591 Methylophilaceae Methylophilus Methylophilus sp. Ship 0.000258 592 Nitrosomonadaceae Nitrosomonas Nitrosomonas nitrosa 0.000091

593 Nitrosomonadaceae Nitrosospira Nitrosospira sp. Nl5 0.000045 594 Nitrosomonadaceae Nitrosospira Nitrosospira sp. Nsp57 0.000288 595 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured Nitrosomonadales) from Nitrosomonadales) Nitrosomonadales 0.000076 bacterium 596 Rhodocyclaceae Azoarcus Azoarcus sp. 0.000136 597 Rhodocyclaceae unclassified (derived uncultured from Rhodocyclaceae) Rhodocyclaceae 0.000045 bacterium 598 unclassified (derived from Candidatus Tremblaya Candidatus Tremblaya 0.000015 Betaproteobacteria) princeps 599 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured beta Betaproteobacteria) from proteobacterium 0.005793 Betaproteobacteria) 600 Bacteriovoracaceae Bacteriovorax Bacteriovorax sp. T8 0.000015 601 Bdellovibrionaceae Bdellovibrio Bdellovibrio bacteriovorus 0.000152 602 Bdellovibrionaceae Bdellovibrio Bdellovibrio exovorus 0.000227 603 Desulfobacteraceae Desulfococcus Desulfococcus sp. DSM 8541 0.000015 604 Desulfobacteraceae Desulfonema Desulfonema limicola 0.000045 605 Desulfovibrionaceae Desulfovibrio Desulfovibrio africanus 0.000015 606 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured Desulfovibrionales) from Desulfovibrionales) Desulfovibrionales 0.000167 bacterium 607 Geobacteraceae Geobacter Geobacter grbiciae 0.000015 608 Cystobacteraceae Cystobacter Angiococcus disciformis 0.014315 609 Cystobacteraceae Melittangium Melittangium lichenicola 0.000015 610 Cystobacteraceae Stigmatella Stigmatella aurantiaca 0.000015 611 Kofleriaceae Haliangium Haliangium tepidum 0.000394 612 Myxococcaceae Anaeromyxobacter Anaeromyxobacter dehalogenans 0.000167 613 Myxococcaceae Corallococcus Corallococcus BIOLOGICAS0.000136 coralloides 614 Myxococcaceae Myxococcus Myxococcus fulvus 0.000030 615 Myxococcaceae Myxococcus Myxococcus stipitatus 0.000713 616 Myxococcaceae Myxococcus Myxococcus xanthus 0.000030 617 Nannocystaceae Nannocystis Nannocystis exedens 0.000409 618 Nannocystaceae Plesiocystis Plesiocystis pacifica 0.000121 619 Polyangiaceae Chondromyces Chondromyces apiculatus 0.000091 620 Polyangiaceae Chondromyces Chondromyces crocatus 0.000045 621 Polyangiaceae Sorangium Sorangium cellulosum 0.000591 622 unclassified (derived from Enhygromyxa Enhygromyxa salina 0.000045 Myxococcales) 623 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured delta Deltaproteobacteria) from proteobacterium 0.025052 Deltaproteobacteria) 624 Aeromonadaceae Aeromonas Aeromonas veronii 0.000015 625 Succinivibrionaceae Ruminobacter Ruminobacter CIENCIAS amylophilus 0.000015 626 Alteromonadaceae Marinobacter Marinobacter alkaliphilus 0.000076 627 Alteromonadaceae Marinobacter Marinobacter sp. NP40 0.000015 628 unclassified (derived from Candidatus Endobugula Candidatus 0.000015 Alteromonadales) Endobugula glebosa 629 ChromatiaceaeDE Halochromatium Halochromatium glycolicum 0.000015 630 Chromatiaceae Nitrosococcus Nitrosococcus oceani 0.000349 631 Ectothiorhodospiraceae Alkalispirillum Alkalispirillum sp. ACO1 0.000015 632 Ectothiorhodospiraceae Thioalkalivibrio Thioalkalivibrio halophilus 0.000015 633 Ectothiorhodospiraceae Thioalkalivibrio Thioalkalivibrio sulfidophilus 0.000015 634 Ectothiorhodospiraceae Thioalkalivibrio Thioalkalivibrio versutus 0.000015 635 Enterobacteriaceae Cronobacter Cronobacter sakazakii 0.000015 636 Enterobacteriaceae Enterobacter Enterobacter amnigenus 0.000015 637 Enterobacteriaceae Enterobacter uncultured Enterobacter sp. 0.000015 638 Enterobacteriaceae Klebsiella Klebsiella oxytoca 0.000015 639 Enterobacteriaceae Klebsiella Klebsiella pneumoniae 0.000030 640 Legionellaceae Legionella Legionella beliardensis 0.000015 641 Legionellaceae Legionella Legionella busanensis 0.000061 642 Legionellaceae Legionella Legionella erythra 0.000076 643 Legionellaceae Legionella Legionella impletisoli 0.000015 BIBLIOTECA644 Legionellaceae Legionella Legionella nagasakiensis 0.000667 645 Legionellaceae Legionella Legionella wadsworthii 0.000015 646 Legionellaceae Tatlockia Tatlockia micdadei 0.000015 647 Halomonadaceae Candidatus Portiera Candidatus Portiera aleyrodidarum 0.000015 648 Halomonadaceae Halomonas Halomonas campisalis 0.000045 649 Halomonadaceae Halomonas Halomonas salina 0.003867 650 Halomonadaceae Halomonas Halomonas sp. SYM P12 0.019380 651 Halomonadaceae Halomonas Halomonas variabilis 0.000015 652 Halomonadaceae Halomonas Halomonas ventosae 0.000091 653 Moraxellaceae Acinetobacter Acinetobacter calcoaceticus 0.011176

654 Moraxellaceae Acinetobacter Acinetobacter rhizosphaerae 0.000045 655 Pseudomonadaceae Azotobacter Azotobacter armeniacus 0.000061 656 Pseudomonadaceae Cellvibrio Cellvibrio japonicus 0.000015 657 Pseudomonadaceae Cellvibrio uncultured Cellvibrio sp. 0.000015 658 Pseudomonadaceae Pseudomonas Pseudomonas sp. RW10S2 0.000197 659 Pseudomonadaceae Pseudomonas Pseudomonas stutzeri 0.000531 660 Pseudomonadaceae Pseudomonas uncultured Pseudomonas sp. 0.000394 661 Salinisphaeraceae unclassified (derived Salinisphaeraceae from bacterium PC39 0.000015 Salinisphaeraceae) 662 Xanthomonadaceae Dyella Dyella ginsengisoli 0.000030 663 Xanthomonadaceae Stenotrophomonas Stenotrophomonas sp. 22 0.000015 664 Xanthomonadaceae Xanthomonas Xanthomonas campestris 0.000121 665 unclassified (derived from Candidatus Thiobios Candidatus Thiobios 0.000015 Gammaproteobacteria) zoothamnicoli 666 unclassified (derived from Solimonas Solimonas sp. NAA16 0.000015 Gammaproteobacteria) 667 unclassified (derived from unclassified (derived sulfur-oxidizing Gammaproteobacteria) from bacterium OAII2 0.006733 Gammaproteobacteria) 668 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured gamma Gammaproteobacteria) from proteobacterium 0.011237 Gammaproteobacteria) 669 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured 0.003397 Proteobacteria) from Proteobacteria) proteobacterium 670 unclassified (derived from unclassified (derived unidentified 0.000045 Proteobacteria) from Proteobacteria) proteobacterium 671 Leptospiraceae Leptonema Leptonema illini 0.000015 672 Opitutaceae Diplosphaera Diplosphaera BIOLOGICAScolitermitum 0.001456 673 Opitutaceae Opitutus Opitutus sp. VeGlc2 0.000743 674 Opitutaceae Opitutus Opitutus terrae 0.008659 675 Verrucomicrobia Pedosphaera Pedosphaera parvula 0.004716 subdivision 3 676 Verrucomicrobiaceae Prosthecobacter Prosthecobacter debontii 0.000516 677 Verrucomicrobiaceae Prosthecobacter Prosthecobacter fusiformis 0.000197 678 Verrucomicrobiaceae Prosthecobacter Prosthecobacter vanneervenii 0.000334 679 unclassified (derived from unclassified (derived bacterium rM11 0.000015 Bacteria) from Bacteria) 680 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured bacterium 0.393325 Bacteria) from Bacteria) 681 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured forest soil 0.003427 Bacteria) from Bacteria) bacterium 682 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured marine 0.002093 Bacteria) from Bacteria) bacterium 683 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured soil CIENCIAS 0.018865 Bacteria) from Bacteria) bacterium

BIBLIOTECA

Tabla 10. Porcentaje de abundancia de las bacterias presentes en la rizósfera de O. ficus-indica del distrito de Uña de Gato, obtenido mediante metagenómica.

METAGENOMA N° FAMILIA GENERO ESPEIE % ABUNDANCIA 1 Solibacteraceae Candidatus Solibacter Candidatus Solibacter usitatus 0.00253 2 unclassified (derived from Candidatus Koribacter Candidatus Koribacter Acidobacteria) versatilis 0.00317 3 Acidothermaceae Acidothermus Acidothermus cellulolyticus 0.00006 4 Cellulomonadaceae Cellulomonas Cellulomonas fimi 0.00028 5 Corynebacteriaceae Corynebacterium Corynebacterium amycolatum 0.00007 6 Corynebacteriaceae Corynebacterium Corynebacterium cyclohexanicum 0.00013 7 Dermacoccaceae Kytococcus Kytococcus sedentarius 0.00004 8 Dermatophilaceae Dermatophilus Dermatophilus congolensis 0.00015 9 Dietziaceae Dietzia Dietzia maris 0.00006 10 Frankiaceae Frankia Frankia sp. 0.00031 11 Frankiaceae Frankia Frankia sp. BMG5.11 0.00039 12 Geodermatophilaceae Geodermatophilus Geodermatophilus obscurus 0.00409 13 Gordoniaceae Gordonia Gordonia sp. CC-MJ- 6b 0.00004 14 Intrasporangiaceae Janibacter Janibacter sp. BY48 BIOLOGICAS0.00006 15 Intrasporangiaceae Terrabacter Terrabacter sp. YK3 0.00124 16 Intrasporangiaceae Tetrasphaera Tetrasphaera japonica 0.00006 17 Microbacteriaceae Agromyces Agromyces luteolus 0.00018 18 Microbacteriaceae Agromyces Agromyces ramosus 0.00007 19 Microbacteriaceae Glaciibacter Glaciibacter superstes 0.00007 20 Microbacteriaceae Leifsonia Leifsonia aquatica 0.00007 21 Microbacteriaceae Leifsonia Leifsonia poae 0.00039 22 Microbacteriaceae Leifsonia Leifsonia xyli 0.00013 23 Microbacteriaceae Leucobacter Leucobacter komagatae 0.00013 24 MicrobacteriaceaeCIENCIAS Microbacterium Microbacterium UÑA DE GATO DE UÑA hydrocarbonoxydans 0.00009 25 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter chlorophenolicus 0.00053 26 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter citreus 0.00004 27 MicrococcaceaeDE Arthrobacter Arthrobacter crystallopoietes 0.00006 28 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter oxydans 0.00668 29 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter sp. 'SMCC G965' 0.00164 30 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter sp. 'SMCC ZAT031' 0.00006 31 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter sp. 'SMCC ZAT200' 0.00022 32 Micrococcaceae Kocuria Kocuria rosea 0.00260 33 Micromonosporaceae Actinoplanes Actinoplanes garbadinensis 0.00009 34 Micromonosporaceae Actinoplanes Actinoplanes missouriensis 0.00031 35 Micromonosporaceae Actinoplanes Actinoplanes philippinensis 0.00013 36 Micromonosporaceae Dactylosporangium Dactylosporangium aurantiacum 0.00033 37 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora chalcea 0.00148 38 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora BIBLIOTECA chokoriensis 0.00006 39 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora endolithica 0.00037 40 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora pattaloongensis 0.00052 41 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora peucetia 0.00013 42 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora purpureochromogenes 0.00013 43 Micromonosporaceae Salinispora Salinispora arenicola 0.00026 44 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium celatum 0.00006 45 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium

farcinogenes 0.00035 46 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium gilvum 0.00074 47 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium marinum 0.00007 48 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium monacense 0.00004 49 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium sp. 0.00011 50 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium sp. CH-2 0.00131 51 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium sp. JS621 0.00006 52 Nocardiaceae Nocardia Nocardia flavorosea 0.00004 53 Nocardiaceae Nocardia Nocardia higoensis 0.00006 54 Nocardiaceae Rhodococcus Rhodococcus erythropolis 0.00033 55 Nocardiaceae Rhodococcus Rhodococcus opacus 0.00068 56 Nocardiaceae Rhodococcus Rhodococcus rhodnii 0.00006 57 Nocardiaceae Rhodococcus Rhodococcus sp. 0.00004 58 Nocardiaceae Rhodococcus Rhodococcus sp. AN- 22 0.00006 59 Nocardioidaceae Aeromicrobium Aeromicrobium marinum 0.00349 60 Nocardioidaceae Kribbella Kribbella catacumbae 0.00006 61 Nocardioidaceae Kribbella Kribbella flavida 0.00004 62 Nocardioidaceae Kribbella Kribbella jejuensis 0.00035 63 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides albus BIOLOGICAS0.00015 64 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides aromaticivorans 0.00006 65 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. 0.00074 66 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. AN3 0.00162 67 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. CF8 0.00083 68 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. DN36 0.00057 69 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. JS614 0.00186 70 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. MTD22 0.00278 71 Nocardioidaceae Pimelobacter Pimelobacter simplex 0.00100 72 Nocardiopsaceae Nocardiopsis Nocardiopsis composta 0.00028 73 NocardiopsaceaeCIENCIAS Thermobifida Thermobifida cellulosilytica 0.00006 74 Promicromonosporaceae Cellulosimicrobium Cellulosimicrobium cellulans 0.00004 75 Promicromonosporaceae Cellulosimicrobium Cellulosimicrobium sp. HY-13 0.00004 76 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis DE coloradensis 0.00098 77 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis methanolica 0.00006 78 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis sp. A00089 0.00004 79 Pseudonocardiaceae Lechevalieria Lechevalieria aerocolonigenes 0.00177 80 Pseudonocardiaceae Lentzea Lentzea violacea 0.00006 81 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia alaniniphila 0.00055 82 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia halophobica 0.00007 83 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia hydrocarbonoxydans 0.00048 84 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia sp. AL040118-01 0.00015 85 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia thermophila 0.00004 86 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia xinjiangensis 0.00004 87 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia yunnanensis 0.00007 BIBLIOTECA88 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia zijingensis 0.00164 89 Pseudonocardiaceae Saccharomonospora Saccharomonospora glauca 0.00007 90 Pseudonocardiaceae Saccharopolyspora Saccharopolyspora pogona 0.00028 91 Pseudonocardiaceae Thermobispora Thermobispora bispora 0.00004 92 Pseudonocardiaceae Thermocrispum Thermocrispum municipale 0.00015 93 Rarobacteraceae Rarobacter Rarobacter faecitabidus 0.00026 94 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces acrimycini 0.00103

95 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces aureus 0.00004 96 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces clavifer 0.00017 97 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces collinus 0.00035 98 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces demainii 0.00004 99 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces fradiae 0.00018 100 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces megasporus 0.00006 101 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces microflavus 0.00004 102 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces nodosus 0.00004 103 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces olivaceus 0.00004 104 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces platensis 0.00020 105 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces rishiriensis 0.00151 106 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces scabiei 0.00030 107 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces seoulensis 0.00004 108 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces tendae 0.00004 109 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces thermoatroviridis 0.00006 110 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces vitaminophilus 0.00006 111 Streptomycetaceae Streptomyces uncultured Streptomyces sp. 0.00002 112 Streptosporangiaceae Microbispora Microbispora rosea 0.00031 113 Streptosporangiaceae Microtetraspora BIOLOGICASMicrotetraspora glauca 0.00011 114 Streptosporangiaceae Nonomuraea Nonomuraea recticatena 0.00004 115 Streptosporangiaceae Nonomuraea Nonomuraea turkmeniaca 0.00098 116 Streptosporangiaceae Planomonospora Planomonospora parontospora 0.00009 117 Streptosporangiaceae Planomonospora Planomonospora venezuelensis 0.00020 118 Streptosporangiaceae Streptosporangium Streptosporangium nondiastaticum 0.00033 119 Streptosporangiaceae Streptosporangium Streptosporangium violaceochromogenes 0.00026 120 Thermomonosporaceae Actinoallomurus Actinoallomurus spadix 0.00028 121 Thermomonosporaceae Actinocorallia Actinocorallia glomerata 0.00015 122 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura cremea CIENCIAS 0.00037 123 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura formosensis 0.00052 124 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura fulvescens 0.00020 125 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura madurae 0.00055 126 ThermomonosporaceaeDE Actinomadura Actinomadura namibiensis 0.00011 127 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura pelletieri 0.00022 128 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura rubrobrunea 0.00013 129 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura yumaensis 0.00065 130 Thermomonosporaceae Spirillospora Spirillospora albida 0.00002 131 Thermomonosporaceae unclassified (derived actinomycete 7501 from 0.00079 Thermomonosporaceae) 132 Rubrobacteraceae Rubrobacter Rubrobacter radiotolerans 0.00083 133 Rubrobacteraceae Rubrobacter Rubrobacter xylanophilus 0.00483 134 Hydrogenothermaceae Sulfurihydrogenibium Sulfurihydrogenibium sp. 153IV-9 0.00030 135 Porphyromonadaceae Parabacteroides Parabacteroides distasonis 0.00011 136 Rikenellaceae Alistipes Alistipes finegoldii 0.00245 BIBLIOTECA137 Cytophagaceae Cytophaga Cytophaga sp. 0.00004 138 Cytophagaceae Cytophaga Cytophaga sp. I-1787 0.00337 139 Cytophagaceae Hymenobacter Hymenobacter aerophilus 0.00061 140 Cytophagaceae Hymenobacter Hymenobacter ocellatus 0.00006 141 Cytophagaceae Hymenobacter Hymenobacter sp. VUG-A141a 0.00046 142 Flavobacteriaceae Flavobacterium Flavobacterium columnare 0.00739 143 Flavobacteriaceae Flavobacterium Flavobacterium denitrificans 0.00074

144 Flavobacteriaceae Flavobacterium Flavobacterium johnsoniae 0.00015 145 Flavobacteriaceae Flavobacterium Flavobacterium psychrophilum 0.00042 146 Flavobacteriaceae Leeuwenhoekiella Leeuwenhoekiella marinoflava 0.00024 147 Flavobacteriaceae Tenacibaculum Tenacibaculum amylolyticum 0.00304 148 Sphingobacteriaceae Pedobacter Pedobacter heparinus 0.00018 149 Sphingobacteriaceae Pedobacter Pedobacter sp. MJ11 0.00048 150 Sphingobacteriaceae Sphingobacterium Sphingobacterium multivorum 0.00011 151 Sphingobacteriaceae unclassified (derived Sphingobacteriaceae from bacterium SOC 0.00037 Sphingobacteriaceae) A20(36) 152 unclassified (derived from Terrimonas Terrimonas ferruginea Sphingobacteriales) 0.01169 153 Rhodothermaceae Salinibacter Salinibacter ruber 0.00089 154 unclassified (derived from unclassified (derived marine CFB-group Bacteroidetes) from Bacteroidetes) bacterium MBIC01599 0.00007 155 Parachlamydiaceae Candidatus Protochlamydia Protochlamydia naegleriophila 0.00011 156 Nostocaceae Anabaena Anabaena sp. XP6A 0.00007 157 Nostocaceae Cylindrospermum Cylindrospermum sp. A1345 0.00037 158 Nostocaceae Nodularia Nodularia spumigena 0.00015 159 Nostocaceae Nostoc Nostoc linckia 0.00017 160 Nostocaceae Nostoc Nostoc sp. PCC 7423 0.00030 161 unclassified (derived from Geitlerinema Geitlerinema sp. PCC Oscillatoriales) BIOLOGICAS7105 0.00022 162 unclassified (derived from Microcoleus Microcoleus Oscillatoriales) chthonoplastes 0.00035 163 unclassified (derived from Phormidium Phormidium Oscillatoriales) ambiguum 0.00009 164 unclassified (derived from Spirulina Spirulina laxissima Oscillatoriales) 0.00100 165 unclassified (derived from unclassified (derived Oscillatoriales Oscillatoriales) from Oscillatoriales) cyanobacterium JSC- 0.00232 1 166 unclassified (derived from unclassified (derived filamentous Cyanobacteria) from Cyanobacteria) thermophilic 0.00018 cyanobacterium tBTRCCn 301 167 Deinococcaceae Deinococcus Deinococcus ficus 0.00004 168 Bacillaceae Anoxybacillus Anoxybacillus flavithermus 0.00006 169 Bacillaceae Anoxybacillus Anoxybacillus sp. HT8 CIENCIAS 0.00031 170 Bacillaceae Bacillus Bacillus agaradhaerens 0.00007 171 Bacillaceae Bacillus Bacillus aquimaris 0.00070 172 Bacillaceae Bacillus Bacillus azotoformans 0.00017 173 BacillaceaeDE Bacillus Bacillus badius 0.00006 174 Bacillaceae Bacillus Bacillus cereus 0.00013 175 Bacillaceae Bacillus Bacillus circulans 0.00349 176 Bacillaceae Bacillus Bacillus clarkii 0.00004 177 Bacillaceae Bacillus Bacillus clausii 0.00011 178 Bacillaceae Bacillus Bacillus coagulans 0.00004 179 Bacillaceae Bacillus Bacillus coahuilensis 0.00006 180 Bacillaceae Bacillus Bacillus cohnii 0.00009 181 Bacillaceae Bacillus Bacillus firmus 0.00229 182 Bacillaceae Bacillus Bacillus flexus 0.00223 183 Bacillaceae Bacillus Bacillus halodurans 0.00007 184 Bacillaceae Bacillus Bacillus hwajinpoensis BIBLIOTECA 0.00009 185 Bacillaceae Bacillus Bacillus lentus 0.00018 186 Bacillaceae Bacillus Bacillus licheniformis 0.00013 187 Bacillaceae Bacillus Bacillus litoralis 0.00190 188 Bacillaceae Bacillus Bacillus massiliensis 0.00011 189 Bacillaceae Bacillus Bacillus megaterium 0.00869 190 Bacillaceae Bacillus Bacillus methanolicus 0.00286 191 Bacillaceae Bacillus Bacillus mojavensis

0.00002 192 Bacillaceae Bacillus Bacillus niacini 0.00031 193 Bacillaceae Bacillus Bacillus pseudofirmus 0.00004 194 Bacillaceae Bacillus Bacillus psychrodurans 0.00004 195 Bacillaceae Bacillus Bacillus pumilus 0.00004 196 Bacillaceae Bacillus Bacillus simplex 0.00251 197 Bacillaceae Bacillus Bacillus smithii 0.00006 198 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. 0.00336 199 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. BT97 0.01828 200 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. GB02-25 0.00004 201 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. HH-01 0.00004 202 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. JAMB-204 0.00011 203 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. JL-39 0.00022 204 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. MB-11 0.00009 205 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. NK13 0.00035 206 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. PL-12 0.00240 207 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. PL-26 0.00007 208 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. S207 0.00009 209 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. SH25 BIOLOGICAS0.00007 210 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. SH27 0.00007 211 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. SH3 0.02228 212 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. SH41 0.00004 213 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. SH62 0.00066 214 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. m3-13 0.00009 215 Bacillaceae Bacillus Bacillus sporothermodurans 0.00052 216 Bacillaceae Bacillus Bacillus subtilis 0.00007 217 Bacillaceae Bacillus Bacillus thermoamylovorans 0.00074 218 Bacillaceae Bacillus Bacillus vedderi 0.00006 219 Bacillaceae CIENCIASGeobacillus Geobacillus sp. T45 0.00190 220 Bacillaceae Geobacillus Geobacillus stearothermophilus 0.00037 221 Bacillaceae Geobacillus Geobacillus thermodenitrificans 0.00013 222 Bacillaceae Lysinibacillus Lysinibacillus DE sphaericus 0.00642 223 Bacillaceae Oceanobacillus Oceanobacillus iheyensis 0.00258 224 Bacillaceae Terribacillus Terribacillus saccharophilus 0.00004 225 Bacillaceae Virgibacillus Virgibacillus halodenitrificans 0.00028 226 Bacillaceae Virgibacillus Virgibacillus koreensis 0.00031 227 Paenibacillaceae Aneurinibacillus Aneurinibacillus aneurinilyticus 0.00013 228 Paenibacillaceae Aneurinibacillus Aneurinibacillus thermoaerophilus 0.00007 229 Paenibacillaceae Brevibacillus Brevibacillus agri 0.00007 230 Paenibacillaceae Brevibacillus Brevibacillus borstelensis 0.00006 231 Paenibacillaceae Brevibacillus Brevibacillus brevis 0.00018 232 Paenibacillaceae Brevibacillus Brevibacillus laterosporus 0.00006 233 Paenibacillaceae Brevibacillus Brevibacillus thermoruber 0.00024 BIBLIOTECA234 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus alginolyticus 0.00044 235 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus alvei 0.00011 236 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus barcinonensis 0.00009 237 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus borealis 0.00007 238 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus brasilensis 0.00037 239 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus chondroitinus 0.00007 240 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus curdlanolyticus 0.00037

241 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus daejeonensis 0.00015 242 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus edaphicus 0.00030 243 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus ehimensis 0.00011 244 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus humicus 0.00009 245 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus larvae 0.00013 246 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus lentimorbus 0.00077 247 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus macerans 0.00052 248 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus mucilaginosus 0.00007 249 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus polymyxa 0.00138 250 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus provencensis 0.00007 251 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus sanguinis 0.00009 252 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus sp. JJ- 1b 0.00018 253 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus sp. YK5 0.00006 254 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus stellifer 0.00006 255 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus xylanilyticus 0.00007 256 Planococcaceae Sporosarcina Sporosarcina saromensis 0.00009 257 Planococcaceae Ureibacillus Ureibacillus thermosphaericus 0.00022 258 Planococcaceae Viridibacillus Viridibacillus arenosi 0.00004 259 Staphylococcaceae Staphylococcus StaphylococcusBIOLOGICAS lentus 0.00004 260 Thermoactinomycetaceae Laceyella Laceyella putida 0.00007 261 Thermoactinomycetaceae Thermoactinomyces Thermoactinomyces intermedius 0.00018 262 Thermoactinomycetaceae Thermoactinomyces Thermoactinomyces vulgaris 0.00018 263 unclassified (derived from Alkalilactibacillus Alkalilactibacillus Bacillales) ikkense 0.00007 264 unclassified (derived from Exiguobacterium Exiguobacterium Bacillales) acetylicum 0.00009 265 unclassified (derived from Exiguobacterium Exiguobacterium Bacillales) aurantiacum 0.00004 266 unclassified (derived from Pullulanibacillus Pullulanibacillus sp. D' Bacillales) C-1 0.00009 267 Enterococcaceae Enterococcus Enterococcus durans 0.00009 268 Clostridiaceae Clostridium Clostridium aldrichii CIENCIAS 0.00015 269 Clostridiaceae Clostridium Clostridium baratii 0.00009 270 Clostridiaceae Clostridium Clostridium celatum 0.00004 271 Clostridiaceae Clostridium Clostridium cellobioparum 0.00004 272 ClostridiaceaeDE Clostridium Clostridium cylindrosporum 0.00006 273 Clostridiaceae Clostridium Clostridium disporicum 0.00018 274 Clostridiaceae Clostridium Clostridium paraputrificum 0.00004 275 Clostridiaceae Clostridium Clostridium pasteurianum 0.00004 276 Clostridiaceae Clostridium Clostridium perfringens 0.00017 277 Clostridiaceae Clostridium Clostridium sp. CYP5 0.00004 278 Clostridiaceae Clostridium Clostridium sp. Kas107-1 0.00015 279 Clostridiaceae Clostridium Clostridium sporogenes 0.00033 280 Clostridiaceae Clostridium Clostridium thermocellum 0.00020 281 Clostridiaceae Clostridium Clostridium xylanolyticum 0.00007 282 Clostridiales Family XVIII. Symbiobacterium Symbiobacterium Incertae Sedis thermophilum 0.00022 283 Heliobacteriaceae Heliobacterium Heliobacterium gestii BIBLIOTECA 0.00028 284 Heliobacteriaceae Heliobacterium Heliobacterium modesticaldum 0.00004 285 Lachnospiraceae unclassified (derived Lachnospiraceae from Lachnospiraceae) bacterium A4 0.00011 286 Peptococcaceae Desulfosporosinus Desulfosporosinus orientis 0.00006 287 Peptococcaceae Desulfotomaculum Desulfotomaculum putei 0.00024 288 Peptostreptococcaceae unclassified (derived [Clostridium] from glycolicum 0.00011 Peptostreptococcaceae) 289 Peptostreptococcaceae unclassified (derived [Clostridium] from paradoxum 0.00007

Peptostreptococcaceae) 290 Peptostreptococcaceae unclassified (derived [Clostridium] sordellii from 0.00026 Peptostreptococcaceae) 291 Ruminococcaceae Faecalibacterium Faecalibacterium prausnitzii 0.00006 292 unclassified (derived from unclassified (derived butyrate-producing Clostridiales) from Clostridiales) bacterium ART55/1 0.00004 293 unclassified (derived from unclassified (derived butyrate-producing Clostridiales) from Clostridiales) bacterium SL7/1 0.00006 294 Veillonellaceae Dialister Dialister propionicifaciens 0.00006 295 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured Firmicutes Firmicutes) from Firmicutes) bacterium 0.00006 296 Nitrospiraceae Nitrospira Candidatus Nitrospira defluvii 0.00299 297 Planctomycetaceae Planctomyces Planctomyces maris 0.00183 298 Caulobacteraceae Brevundimonas Brevundimonas bacteroides 0.00004 299 Caulobacteraceae Caulobacter Caulobacter fusiformis 0.00009 300 Caulobacteraceae Phenylobacterium Phenylobacterium lituiforme 0.00006 301 Bradyrhizobiaceae Bosea Bosea thiooxidans 0.00004 302 Bradyrhizobiaceae Bosea Bosea vestrisii 0.00017 303 Bradyrhizobiaceae Bradyrhizobium Bradyrhizobium japonicum 0.00004 304 Bradyrhizobiaceae Bradyrhizobium Bradyrhizobium sp. ISLU207 0.00004 305 Bradyrhizobiaceae Bradyrhizobium uncultured Bradyrhizobium sp. 0.00597 306 Bradyrhizobiaceae Rhodopseudomonas Rhodopseudomonas julia 0.00018 307 Hyphomicrobiaceae Blastochloris BIOLOGICASBlastochloris viridis 0.00004 308 Hyphomicrobiaceae Hyphomicrobium Hyphomicrobium sp. LAT3 0.00007 309 Hyphomicrobiaceae Hyphomicrobium Hyphomicrobium vulgare 0.00006 310 Hyphomicrobiaceae Hyphomicrobium uncultured Hyphomicrobium sp. 0.00068 311 Hyphomicrobiaceae Rhodomicrobium Rhodomicrobium vannielii 0.00004 312 Methylobacteriaceae Methylobacterium Methylobacterium sp. CBMB38 0.00007 313 Methylobacteriaceae Methylobacterium uncultured Methylobacterium sp. 0.00076 314 Methylocystaceae Methylosinus Methylosinus trichosporium 0.00018 315 Phyllobacteriaceae Mesorhizobium Mesorhizobium mediterraneum 0.00004 316 Phyllobacteriaceae Mesorhizobium Mesorhizobium CIENCIAS plurifarium 0.00004 317 Phyllobacteriaceae Mesorhizobium Mesorhizobium septentrionale 0.00004 318 Phyllobacteriaceae Mesorhizobium Mesorhizobium sp. SCAU13 0.00022 319 Rhizobiaceae Agrobacterium Agrobacterium larrymoorei 0.00007 320 RhizobiaceaeDE Ensifer Ensifer adhaerens 0.00006 321 Rhizobiaceae Rhizobium Rhizobium tropici 0.00006 322 Rhizobiaceae Rhizobium Rhizobium undicola 0.00022 323 Rhizobiaceae Sinorhizobium Sinorhizobium fredii 0.00009 324 Rhizobiaceae Sinorhizobium Sinorhizobium kummerowiae 0.00015 325 Rhizobiaceae Sinorhizobium Sinorhizobium meliloti 0.00037 326 Rhizobiaceae Sinorhizobium Sinorhizobium sp. S005 0.00072 327 Rhizobiaceae Sinorhizobium Sinorhizobium sp. STM 372 0.00002 328 Rhizobiaceae Sinorhizobium Sinorhizobium xinjiangense 0.00018 329 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured Rhizobiales) from Rhizobiales) Rhizobiales bacterium 0.00120 330 Hyphomonadaceae Maricaulis Maricaulis maris 0.00007 331 Rhodobacteraceae Rhodovulum Rhodovulum BIBLIOTECA sulfidophilum 0.00004 332 Rhodobacteraceae unclassified (derived uncultured from Rhodobacteraceae 0.00061 Rhodobacteraceae) bacterium 333 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured Rhodobacterales) from Rhodobacterales) Rhodobacterales 0.00042 bacterium 334 Acetobacteraceae Roseomonas Roseomonas genomospecies 6 0.00006 335 Rhodospirillaceae Azospirillum Azospirillum brasilense 0.00006 336 Rhodospirillaceae Azospirillum Azospirillum lipoferum 0.00004 337 Rhodospirillaceae Azospirillum Azospirillum oryzae

0.00033 338 Rhodospirillaceae Azospirillum Azospirillum sp. CA6 0.00007 339 Rhodospirillaceae Azospirillum Azospirillum sp. TSH19 0.00011 340 Rhodospirillaceae Azospirillum Azospirillum sp. TSH7 0.00004 341 Rhodospirillaceae Phaeospirillum Phaeospirillum fulvum 0.00013 342 Rhodospirillaceae unclassified (derived uncultured from Rhodospirillaceae) Rhodospirillaceae 0.00234 bacterium 343 Rickettsiaceae Orientia Orientia tsutsugamushi 0.00013 344 Sphingomonadaceae Sphingomonas Sphingomonas melonis 0.00264 345 Sphingomonadaceae Sphingomonas Sphingomonas sp. 0.00004 346 Sphingomonadaceae Sphingomonas Sphingomonas sp. Alpha4-2 0.00041 347 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured alpha Alphaproteobacteria) from proteobacterium 0.05169 Alphaproteobacteria) 348 Alcaligenaceae Achromobacter uncultured Achromobacter sp. 0.00007 349 Alcaligenaceae Azohydromonas Azohydromonas lata 0.00031 350 Burkholderiaceae Cupriavidus Cupriavidus pauculus 0.00004 351 Burkholderiaceae Cupriavidus Cupriavidus sp. amp18 0.00007 352 Burkholderiaceae Ralstonia Ralstonia solanacearum 0.00004 353 Burkholderiaceae Ralstonia uncultured Ralstonia sp. 0.00030 354 Comamonadaceae Acidovorax Acidovorax avenae BIOLOGICAS0.00009 355 Comamonadaceae Acidovorax Acidovorax delafieldii 0.00133 356 Comamonadaceae Acidovorax uncultured Acidovorax sp. 0.00846 357 Comamonadaceae Brachymonas Brachymonas denitrificans 0.00004 358 Comamonadaceae Caldimonas Caldimonas manganoxidans 0.00009 359 Comamonadaceae Comamonas Comamonas aquatica 0.00090 360 Comamonadaceae Hydrogenophaga Hydrogenophaga intermedia 0.00009 361 Comamonadaceae Hydrogenophaga Hydrogenophaga pseudoflava 0.00007 362 Comamonadaceae Variovorax Variovorax paradoxus 0.00004 363 Comamonadaceae unclassified (derived uncultured from Comamonadaceae 0.00103 CIENCIASComamonadaceae) bacterium 364 Oxalobacteraceae Oxalicibacterium Oxalicibacterium flavum 0.00009 365 unclassified (derived from Thiomonas Thiomonas sp. WJ68 Burkholderiales) 0.00004 366 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured Burkholderiales) from Burkholderiales) Burkholderiales 0.00059 DE bacterium 367 Nitrosomonadaceae Nitrosomonas Nitrosomonas communis 0.00004 368 Nitrosomonadaceae Nitrosomonas Nitrosomonas nitrosa 0.00004 369 Nitrosomonadaceae Nitrosomonas Nitrosomonas sp. Nm148 0.00061 370 Nitrosomonadaceae Nitrosospira Nitrosospira sp. 0.00004 371 Nitrosomonadaceae Nitrosospira Nitrosospira sp. Nl5 0.00004 372 Nitrosomonadaceae Nitrosospira Nitrosospira sp. Nsp57 0.00068 373 Nitrosomonadaceae Nitrosovibrio Nitrosovibrio tenuis 0.00015 374 Nitrosomonadaceae unclassified (derived uncultured from Nitrosomonadaceae 0.00004 Nitrosomonadaceae) bacterium 375 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured Nitrosomonadales) from Nitrosomonadales) Nitrosomonadales 0.00046 bacterium 376 Rhodocyclaceae Thauera Thauera mechernichensis 0.00081 BIBLIOTECA377 Rhodocyclaceae unclassified (derived uncultured from Rhodocyclaceae) Rhodocyclaceae 0.00334 bacterium 378 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured beta Betaproteobacteria) from proteobacterium 0.01628 Betaproteobacteria) 379 Bacteriovoracaceae Bacteriovorax Bacteriovorax sp. MIA4 0.00007 380 Desulfobacteraceae Desulfonema Desulfonema limicola 0.00028 381 Desulfobacteraceae Desulforegula Desulforegula conservatrix 0.00006 382 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured Desulfovibrionales) from Desulfovibrionales) Desulfovibrionales 0.00188

bacterium 383 Cystobacteraceae Cystobacter Angiococcus disciformis 0.00406 384 Cystobacteraceae Cystobacter Cystobacter fuscus 0.00004 385 Kofleriaceae Haliangium Haliangium tepidum 0.00197 386 Myxococcaceae Corallococcus Corallococcus coralloides 0.00006 387 Myxococcaceae Myxococcus Myxococcus stipitatus 0.00009 388 Polyangiaceae Chondromyces Chondromyces apiculatus 0.00033 389 Polyangiaceae Sorangium Sorangium cellulosum 0.00063 390 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured delta Deltaproteobacteria) from proteobacterium 0.01973 Deltaproteobacteria) 391 Chromatiaceae Nitrosococcus Nitrosococcus halophilus 0.00011 392 Chromatiaceae Nitrosococcus Nitrosococcus oceani 0.00004 393 Chromatiaceae Thiobaca Thiobaca trueperi 0.00004 394 Chromatiaceae Thiorhodococcus Thiorhodococcus sp. JA395 0.00004 395 Enterobacteriaceae Cronobacter Cronobacter sakazakii 0.00011 396 Legionellaceae Legionella Legionella anisa 0.00006 397 Legionellaceae Legionella Legionella impletisoli 0.00004 398 Legionellaceae Legionella Legionella quinlivanii 0.00009 399 Methylococcaceae Methylobacter uncultured Methylobacter sp. 0.00004 400 Methylococcaceae Methylohalobius BIOLOGICASMethylohalobius sp. IT-9 0.00006 401 Moraxellaceae Acinetobacter Acinetobacter calcoaceticus 0.00004 402 Moraxellaceae Acinetobacter Acinetobacter sp. 0.00124 403 Pseudomonadaceae Pseudomonas Pseudomonas aeruginosa 0.00011 404 Pseudomonadaceae Pseudomonas Pseudomonas alcaligenes 0.00098 405 Pseudomonadaceae Pseudomonas Pseudomonas fluorescens 0.00006 406 Pseudomonadaceae Pseudomonas Pseudomonas indica 0.00004 407 Pseudomonadaceae Pseudomonas Pseudomonas pseudoalcaligenes 0.00006 408 Pseudomonadaceae Pseudomonas Pseudomonas sp. HI- 70 0.00007 409 Pseudomonadaceae Pseudomonas Pseudomonas sp. CIENCIAS RW10S2 0.00004 410 Xanthomonadaceae Lysobacter Lysobacter enzymogenes 0.00053 411 Xanthomonadaceae Stenotrophomonas Stenotrophomonas maltophilia 0.00006 412 Xanthomonadaceae Xanthomonas Xanthomonas campestris 0.00006 413 XanthomonadaceaeDE Xanthomonas Xanthomonas translucens 0.00004 414 unclassified (derived from Methylonatrum Methylonatrum Gammaproteobacteria) kenyense 0.00009 415 unclassified (derived from unclassified (derived thermophilic Gammaproteobacteria) from methanotroph HB 0.00006 Gammaproteobacteria) 416 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured gamma Gammaproteobacteria) from proteobacterium 0.03876 Gammaproteobacteria) 417 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured Proteobacteria) from Proteobacteria) proteobacterium 0.00254 418 Opitutaceae Diplosphaera Diplosphaera colitermitum 0.00151 419 Opitutaceae Opitutus Opitutus sp. VeGlc2 0.00013 420 Opitutaceae Opitutus Opitutus terrae 0.00592 421 unclassified (derived from Chthoniobacter Chthoniobacter flavus Spartobacteria) 0.00489 422 Verrucomicrobia Pedosphaera Pedosphaera parvula subdivision 3 0.00798 423 Verrucomicrobiaceae Prosthecobacter Prosthecobacter BIBLIOTECA debontii 0.00026 424 Verrucomicrobiaceae Prosthecobacter Prosthecobacter vanneervenii 0.00063 425 unclassified (derived from unclassified (derived bacterium rM11 Bacteria) from Bacteria) 0.00017 426 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured bacterium Bacteria) from Bacteria) 0.55812 427 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured forest soil Bacteria) from Bacteria) bacterium 0.00446 428 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured marine Bacteria) from Bacteria) bacterium 0.00142 429 unclassified (derived from unclassified (derived uncultured soil Bacteria) from Bacteria) bacterium 0.01958

Tabla 11. Porcentaje de abundancia de las bacterias presentes en la rizósfera de O. ficus-indica del distrito de Puerto Pizarro, obtenido mediante metagenómica.

METAGENOMA N° FAMILIA GENERO ESPECIE % ABUNDANCIA 1 Acidobacteriaceae Acidobacterium Acidobacterium capsulatum 0.00161 2 Solibacteraceae Candidatus Solibacter Candidatus Solibacter usitatus 0.00410 3 unclassified (derived Candidatus Koribacter Candidatus Koribacter from Acidobacteria) versatilis 0.00082 4 Acidothermaceae Acidothermus Acidothermus cellulolyticus 0.00021 5 Actinomycetaceae Mobiluncus Mobiluncus curtisii 0.00183 6 Actinomycetaceae Trueperella Trueperella bonasi 0.00005 7 Bogoriellaceae Bogoriella Bogoriella caseolytica 0.00005 8 Cellulomonadaceae Cellulomonas Cellulomonas bogoriensis 0.00049 9 Cellulomonadaceae Cellulomonas Cellulomonas fimi 0.00009 10 Corynebacteriaceae Corynebacterium Corynebacterium amycolatum 0.00005 11 Corynebacteriaceae Corynebacterium Corynebacterium cyclohexanicum 0.00021 12 Corynebacteriaceae Corynebacterium Corynebacterium sp. 89349 0.00005 13 Corynebacteriaceae Corynebacterium Corynebacterium tuberculostearicum 0.00005 14 Frankiaceae Frankia Frankia sp. BIOLOGICAS0.00973 15 Geodermatophilaceae Geodermatophilus Geodermatophilus obscurus 0.00157 16 Glycomycetaceae Glycomyces Glycomyces harbinensis 0.00022 17 Gordoniaceae Gordonia Gordonia terrae 0.00047 18 Intrasporangiaceae Janibacter Janibacter sp. BY48 0.00009 19 Intrasporangiaceae Terrabacter Terrabacter sp. YK3 0.00153 20 Intrasporangiaceae Tetrasphaera Tetrasphaera japonica 0.00013

21 Kineosporiaceae Kineococcus Kineococcus aurantiacus 0.00003 22 Microbacteriaceae Agromyces Agromyces cerinus 0.00005 23 Microbacteriaceae Agromyces Agromyces luteolus 0.00057 24 MicrobacteriaceaeCIENCIAS Agromyces Agromyces ramosus 0.00035 PUERTO PIZARRO PUERTO 25 Microbacteriaceae Agromyces Agromyces salentinus 0.00003 26 Microbacteriaceae Agromyces Agromyces sp. KY5R 0.00011 27 MicrobacteriaceaeDE Glaciibacter Glaciibacter superstes 0.00005 28 Microbacteriaceae Leifsonia Leifsonia aquatica 0.00027 29 Microbacteriaceae Leifsonia Leifsonia poae 0.00084 30 Microbacteriaceae Leifsonia Leifsonia shinshuensis 0.00013 31 Microbacteriaceae Leucobacter Leucobacter komagatae 0.00003 32 Microbacteriaceae Microbacterium Microbacterium oxydans 0.00003 33 Microbacteriaceae Pseudoclavibacter Pseudoclavibacter helvolus 0.00410 34 Microbacteriaceae Subtercola Subtercola frigoramans 0.00014 35 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter citreus 0.00006 36 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter oxydans 0.00201 37 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter sp. 'SMCC G965' 0.00016 38 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter sp. BIBLIOTECA 'SMCC G982' 0.00005 39 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter sp. 'SMCC ZAT031' 0.00005 40 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter sp. IF1 0.00005 41 Micrococcaceae Arthrobacter Arthrobacter sp. NyZ415 0.00003 42 Micrococcaceae Kocuria Kocuria rosea 0.00025 43 Micromonosporaceae Actinoplanes Actinoplanes brasiliensis 0.00044 44 Micromonosporaceae Actinoplanes Actinoplanes garbadinensis 0.00005 45 Micromonosporaceae Actinoplanes Actinoplanes

missouriensis 0.00024 46 Micromonosporaceae Actinoplanes Actinoplanes philippinensis 0.00005 47 Micromonosporaceae Actinoplanes Actinoplanes regularis 0.00051 48 Micromonosporaceae Actinoplanes Actinoplanes sp. HBDN08 0.00338 49 Micromonosporaceae Actinoplanes Actinoplanes teichomyceticus 0.00032 50 Micromonosporaceae Catenuloplanes Catenuloplanes nepalensis 0.00009 51 Micromonosporaceae Dactylosporangium Dactylosporangium fulvum 0.00256 52 Micromonosporaceae Dactylosporangium Dactylosporangium salmoneum 0.00255 53 Micromonosporaceae Dactylosporangium Dactylosporangium variesporum 0.00008 54 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora carbonacea 0.00005 55 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora chaiyaphumensis 0.00171 56 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora chalcea 0.00307 57 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora chokoriensis 0.00315 58 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora pattaloongensis 0.00313 59 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora peucetia 0.00041 60 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora purpureochromogenes 0.00003 61 Micromonosporaceae Micromonospora Micromonospora sp. 25 0.00003 62 Micromonosporaceae Salinispora Salinospora sp. M403 0.00101 63 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium BIOLOGICASangelicum 0.00003 64 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium confluentis 0.00036 65 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium farcinogenes 0.00005 66 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium flavescens 0.00003 67 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium gilvum 0.00155 68 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium intracellulare 0.00009 69 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium leprae 0.00003 70 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium malmoense 0.00014 71 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium montefiorense 0.00030 72 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium mucogenicum 0.00024 73 MycobacteriaceaeCIENCIAS Mycobacterium Mycobacterium murale 0.00052 74 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium nonchromogenicum 0.00090 75 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium salmoniphilum 0.00019 76 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium sp. DE 0.00479 77 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium sp. CH-2 0.00003 78 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium sp. JS621 0.00433 79 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium sp. SPyrGe1 0.00337 80 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium terrae 0.00003 81 Mycobacteriaceae Mycobacterium Mycobacterium ulcerans 0.00003 82 Nocardiaceae Nocardia Nocardia asteroides 0.00024 83 Nocardiaceae Nocardia Nocardia flavorosea 0.00013 84 Nocardiaceae Nocardia Nocardia higoensis 0.00005 85 Nocardiaceae Nocardia Nocardia inohanensis 0.00005 86 Nocardiaceae Nocardia Nocardia mexicana 0.00003 87 Nocardiaceae Nocardia Nocardia paucivorans 0.00003 BIBLIOTECA88 Nocardiaceae Rhodococcus Rhodococcus equi 0.00013 89 Nocardiaceae Rhodococcus Rhodococcus erythropolis 0.00009 90 Nocardiaceae Rhodococcus Rhodococcus rhodnii 0.00003 91 Nocardioidaceae Aeromicrobium Aeromicrobium marinum 0.00297 92 Nocardioidaceae Kribbella Kribbella catacumbae 0.00338 93 Nocardioidaceae Kribbella Kribbella jejuensis 0.00376 94 Nocardioidaceae Kribbella Kribbella sandramycini 0.00022

95 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides albus 0.00025 96 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. 0.00019 97 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. AN3 0.00250 98 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. CF8 0.00487 99 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. DN36 0.00335 100 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. JS614 0.01082 101 Nocardioidaceae Nocardioides Nocardioides sp. MTD22 0.00190 102 Nocardioidaceae Pimelobacter Pimelobacter simplex 0.00046 103 Nocardiopsaceae Nocardiopsis Nocardiopsis composta 0.00003 104 Nocardiopsaceae Nocardiopsis Nocardiopsis dassonvillei 0.00008 105 Nocardiopsaceae Nocardiopsis Nocardiopsis salina 0.00487 106 Nocardiopsaceae Nocardiopsis Nocardiopsis umidischolae 0.00005 107 Nocardiopsaceae Streptomonospora Streptomonospora salina 0.00006 108 Nocardiopsaceae Thermobifida Thermobifida cellulosilytica 0.00005 109 Promicromonosporaceae Cellulosimicrobium Cellulosimicrobium cellulans 0.00013 110 Promicromonosporaceae Cellulosimicrobium Cellulosimicrobium sp. HY-13 0.00003 111 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis coloradensis 0.01295 112 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis halotolerans 0.00017 113 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis BIOLOGICASAmycolatopsis methanolica 0.00043 114 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis minnesotensis 0.00046 115 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis nigrescens 0.00006 116 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis palatopharyngis 0.00011 117 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis sp. A00089 0.00066 118 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis sulphurea 0.00307 119 Pseudonocardiaceae Amycolatopsis Amycolatopsis thermoflava 0.00036 120 Pseudonocardiaceae Kibdelosporangium Kibdelosporangium aridum 0.00068 121 Pseudonocardiaceae Kutzneria Kutzneria sp. 744 0.00005 122 Pseudonocardiaceae Lechevalieria Lechevalieria CIENCIAS aerocolonigenes 0.00084 123 Pseudonocardiaceae Lentzea Lentzea violacea 0.00008 124 Pseudonocardiaceae Prauserella Prauserella rugosa 0.00096 125 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia autotrophica 0.00297 126 PseudonocardiaceaeDE Pseudonocardia Pseudonocardia chloroethenivorans 0.00009 127 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia halophobica 0.00620 128 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia hydrocarbonoxydans 0.00008 129 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia sp. AL040118-01 0.00096 130 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia sp. AL040410-06 0.00011 131 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia thermophila 0.00025 132 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia yunnanensis 0.00038 133 Pseudonocardiaceae Pseudonocardia Pseudonocardia zijingensis 0.00047 134 Pseudonocardiaceae Saccharopolyspora Saccharopolyspora hirsuta 0.00005 135 Pseudonocardiaceae Saccharopolyspora Saccharopolyspora pogona 0.00003 136 Pseudonocardiaceae Saccharopolyspora Saccharopolyspora taberi 0.00032 137 Pseudonocardiaceae Thermocrispum Thermocrispum BIBLIOTECA municipale 0.00051 138 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces acidiscabies 0.00003 139 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces aculeolatus 0.00204 140 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces aureofaciens 0.00022 141 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces aureus 0.00003 142 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces carpaticus 0.00198 143 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces clavifer 0.00008 144 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces

clavuligerus 0.00006 145 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces coelicolor 0.00014 146 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces fradiae 0.00014 147 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces griseoluteus 0.00003 148 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces ipomoeae 0.00003 149 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces macrosporus 0.00003 150 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces megasporus 0.00008 151 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces narbonensis 0.00003 152 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces olivochromogenes 0.00003 153 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces prasinopilosus 0.00005 154 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces sampsonii 0.00028 155 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces scabiei 0.00005 156 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces sclerotialus 0.00008 157 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces sp. S9 0.00021 158 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces sulfonofaciens 0.00019 159 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces tendae 0.00008 160 Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces thermoatroviridis 0.00003 161 Streptosporangiaceae Microbispora Microbispora rosea 0.00090 162 Streptosporangiaceae Nonomuraea Nonomuraea sp. BIOLOGICASATCC 39727 0.00062 163 Streptosporangiaceae Nonomuraea Nonomuraea turkmeniaca 0.00036 164 Streptosporangiaceae Planomonospora Planomonospora venezuelensis 0.00008 165 Streptosporangiaceae Streptosporangium Streptosporangium nondiastaticum 0.00066 166 Streptosporangiaceae Streptosporangium Streptosporangium pseudovulgare 0.00003 167 Streptosporangiaceae Streptosporangium Streptosporangium roseum 0.00005 168 Thermomonosporaceae Actinoallomurus Actinoallomurus spadix 0.00006 169 Thermomonosporaceae Actinocorallia Actinocorallia glomerata 0.00070 170 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura coerulea 0.00033 171 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura cremea 0.00250 172 ThermomonosporaceaeCIENCIAS Actinomadura Actinomadura formosensis 0.00016 173 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura fulvescens 0.00136 174 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura madurae 0.00016 175 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura DE namibiensis 0.00005 176 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura pelletieri 0.00025 177 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura rubrobrunea 0.00136 178 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura verrucosospora 0.00003 179 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura vinacea 0.00022 180 Thermomonosporaceae Actinomadura Actinomadura viridis 0.00005 181 Thermomonosporaceae Thermomonospora Thermomonospora curvata 0.00334 182 Thermomonosporaceae unclassified (derived actinomycete 7501 from 0.00147 Thermomonosporaceae) 183 Coriobacteriaceae Collinsella Collinsella aerofaciens 0.00003 184 Rubrobacteraceae Rubrobacter Rubrobacter radiotolerans 0.00424 185 Porphyromonadaceae Parabacteroides Parabacteroides distasonis 0.00016 186 Cytophagaceae Cytophaga Cytophaga sp. BIBLIOTECA 0.00002 187 Cytophagaceae Hymenobacter Hymenobacter aerophilus 0.00027 188 Cytophagaceae Hymenobacter Hymenobacter antarcticus 0.00019 189 Cytophagaceae Hymenobacter Hymenobacter ocellatus 0.00009 190 Flavobacteriaceae Flavobacterium Flavobacterium columnare 0.00005 191 Flavobacteriaceae Flavobacterium Flavobacterium johnsoniae 0.00003 192 Flavobacteriaceae Flavobacterium Flavobacterium psychrophilum 0.00011 193 Flavobacteriaceae Riemerella Riemerella

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anatipestifer 0.00003 194 Flavobacteriaceae Riemerella Riemerella sp. IPDH 359/90 0.00008 195 Flavobacteriaceae Tenacibaculum Tenacibaculum amylolyticum 0.00003 196 Sphingobacteriaceae Pedobacter Pedobacter heparinus 0.00009 197 Sphingobacteriaceae Pedobacter Pedobacter sp. 4236 0.00008 198 Sphingobacteriaceae Pedobacter Pedobacter sp. MJ11 0.00011 199 Sphingobacteriaceae Sphingobacterium Sphingobacterium multivorum 0.00003 200 Sphingobacteriaceae unclassified (derived Sphingobacteriaceae from bacterium SOC 0.00011 Sphingobacteriaceae) A20(36) 201 Rhodothermaceae Salinibacter Salinibacter ruber 0.00005 202 unclassified (derived unclassified (derived marine CFB-group from Bacteroidetes) from Bacteroidetes) bacterium MBIC01599 0.00005 203 Parachlamydiaceae Candidatus Protochlamydia Protochlamydia naegleriophila 0.00033 204 unclassified (derived Chamaesiphon Chamaesiphon from Chroococcales) subglobosus 0.00041 205 unclassified (derived Halothece Halothece sp. MPI from Chroococcales) 96P605 0.00019 206 unclassified (derived Synechococcus Synechococcus sp. from Chroococcales) PCC 6717 0.00019 207 Nostocaceae Trichormus Trichormus variabilis 0.00003 208 Scytonemataceae Scytonema Scytonema sp. IAM M-262 0.00005 209 unclassified (derived Lyngbya Lyngbya aestuarii from Oscillatoriales) 0.00003 210 unclassified (derived Microcoleus Microcoleus from Oscillatoriales) chthonoplastes 0.00120 211 unclassified (derived Oscillatoria BIOLOGICASOscillatoria sp. PCC from Oscillatoriales) 7112 0.00022 212 unclassified (derived Oscillatoria Oscillatoria spongeliae from Oscillatoriales) 0.00003 213 unclassified (derived Phormidium Phormidium from Oscillatoriales) ambiguum 0.00019 214 unclassified (derived unclassified (derived Oscillatoriales from Oscillatoriales) from Oscillatoriales) cyanobacterium JSC- 0.00035 1 215 Bacillaceae Amphibacillus Amphibacillus sediminis 0.00005 216 Bacillaceae Anoxybacillus Anoxybacillus sp. HT8 0.00017 217 Bacillaceae Bacillus Bacillus aquimaris 0.00008 218 Bacillaceae Bacillus Bacillus azotoformans 0.00005 219 Bacillaceae Bacillus Bacillus cereus 0.00319 220 Bacillaceae CIENCIASBacillus Bacillus circulans 0.00153 221 Bacillaceae Bacillus Bacillus cohnii 0.00011 222 Bacillaceae Bacillus Bacillus firmus 0.00082 223 Bacillaceae Bacillus Bacillus flexus DE 0.00304 224 Bacillaceae Bacillus Bacillus halodurans 0.00051 225 Bacillaceae Bacillus Bacillus horikoshii 0.00009 226 Bacillaceae Bacillus Bacillus hwajinpoensis 0.00003 227 Bacillaceae Bacillus Bacillus licheniformis 0.00111 228 Bacillaceae Bacillus Bacillus litoralis 0.00011 229 Bacillaceae Bacillus Bacillus massiliensis 0.00009 230 Bacillaceae Bacillus Bacillus megaterium 0.00074 231 Bacillaceae Bacillus Bacillus methanolicus 0.00071 232 Bacillaceae Bacillus Bacillus niacini 0.01026 233 Bacillaceae Bacillus Bacillus pseudofirmus 0.00002 234 Bacillaceae Bacillus Bacillus psychrodurans 0.00005 BIBLIOTECA235 Bacillaceae Bacillus Bacillus simplex 0.00003 236 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. 0.00003 237 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. BT97 0.00153 238 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. HH-01 0.00043 239 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. JL-39 0.00005 240 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. PL-12 0.00006 241 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. PL-26 0.00006

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242 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. S207 0.00021 243 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. S210 0.00014 244 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. SH3 0.04268 245 Bacillaceae Bacillus Bacillus sp. SH62 0.00003 246 Bacillaceae Bacillus Bacillus sporothermodurans 0.00011 247 Bacillaceae Bacillus Bacillus thuringiensis 0.00003 248 Bacillaceae Geobacillus Geobacillus sp. T45 0.00006 249 Bacillaceae Geobacillus Geobacillus stearothermophilus 0.00005 250 Bacillaceae Geobacillus Geobacillus thermodenitrificans 0.00005 251 Bacillaceae Lysinibacillus Lysinibacillus fusiformis 0.00011 252 Bacillaceae Lysinibacillus Lysinibacillus sphaericus 0.00071 253 Bacillaceae Oceanobacillus Oceanobacillus iheyensis 0.00006 254 Bacillaceae Oceanobacillus Oceanobacillus picturae 0.00003 255 Bacillaceae Terribacillus Terribacillus saccharophilus 0.00063 256 Bacillaceae Virgibacillus Virgibacillus halodenitrificans 0.00003 257 Bacillaceae Virgibacillus Virgibacillus halophilus 0.00077 258 Bacillaceae Virgibacillus Virgibacillus proomii 0.00009 259 Paenibacillaceae Brevibacillus Brevibacillus agri 0.00003 260 Paenibacillaceae Brevibacillus BIOLOGICASBrevibacillus thermoruber 0.00008 261 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus alginolyticus 0.00011 262 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus anaericanus 0.00089 263 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus apiarius 0.00024 264 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus brasilensis 0.00011 265 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus campinasensis 0.00003 266 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus chondroitinus 0.00013 267 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus curdlanolyticus 0.00008 268 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus daejeonensis 0.00028 269 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus durus CIENCIAS 0.00005 270 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus elgii 0.00008 271 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus favisporus 0.00011 272 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus glucanolyticus 0.00022 273 PaenibacillaceaeDE Paenibacillus Paenibacillus lentimorbus 0.00040 274 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus macerans 0.00005 275 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus mucilaginosus 0.00008 276 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus pabuli 0.00006 277 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus polymyxa 0.00059 278 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus sp. JJ- 1b 0.00009 279 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus sp. KSM-M126 0.00005 280 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus stellifer 0.00003 281 Paenibacillaceae Paenibacillus Paenibacillus xylanilyticus 0.00003 282 Planococcaceae Kurthia Kurthia gibsonii 0.00016 283 Planococcaceae Kurthia Kurthia sibirica 0.00005 284 Planococcaceae Planomicrobium Planomicrobium BIBLIOTECA chinense 0.00003 285 Planococcaceae Planomicrobium Planomicrobium okeanokoites 0.00003 286 Planococcaceae Sporosarcina Sporosarcina saromensis 0.00003 287 Planococcaceae Ureibacillus Ureibacillus thermosphaericus 0.00005 288 Planococcaceae Viridibacillus Viridibacillus arenosi 0.00003 289 Staphylococcaceae Staphylococcus Staphylococcus cohnii 0.00013 290 Staphylococcaceae Staphylococcus Staphylococcus sciuri 0.00003 291 unclassified (derived Exiguobacterium Exiguobacterium

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from Bacillales) sibiricum 0.00003 292 Enterococcaceae Enterococcus Enterococcus faecalis 0.00014 293 Lactobacillaceae Lactobacillus Lactobacillus brevis 0.00005 294 Lactobacillaceae Lactobacillus Lactobacillus murinus 0.00011 295 Lactobacillaceae Lactobacillus Lactobacillus sp. 0.00003 296 Lactobacillaceae Lactobacillus Lactobacillus ultunensis 0.00003 297 Clostridiaceae Alkaliphilus Alkaliphilus transvaalensis 0.00008 298 Clostridiaceae Clostridium Clostridium disporicum 0.00008 299 Clostridiaceae Clostridium Clostridium saccharobutylicum 0.00003 300 Clostridiaceae Clostridium Clostridium sp. B901- 1b 0.00036 301 Clostridiaceae Clostridium Clostridium sphenoides 0.00014 302 Clostridiaceae Clostridium Clostridium sporogenes 0.00016 303 Clostridiaceae Clostridium Clostridium subterminale 0.00003 304 Clostridiaceae Clostridium Clostridium tetanomorphum 0.00009 305 Eubacteriaceae Eubacterium Eubacterium limosum 0.00003 306 Lachnospiraceae Hespellia Hespellia stercorisuis 0.00003 307 Peptococcaceae Dehalobacter Dehalobacter sp. MS 0.00003 308 Peptostreptococcaceae unclassified (derived [Clostridium] from bifermentans 0.00003 Peptostreptococcaceae) 309 Peptostreptococcaceae unclassified (derived BIOLOGICAS[Clostridium] from glycolicum 0.00003 Peptostreptococcaceae) 310 Peptostreptococcaceae unclassified (derived [Clostridium] from paradoxum 0.00011 Peptostreptococcaceae) 311 Ruminococcaceae Ruminococcus Ruminococcus bromii 0.00003 312 unclassified (derived unclassified (derived butyrate-producing from Clostridiales) from Clostridiales) bacterium SS3/4 0.00003 313 Caulobacteraceae Asticcacaulis Asticcacaulis biprosthecium 0.00003 314 Caulobacteraceae Phenylobacterium Phenylobacterium lituiforme 0.00013 315 Bradyrhizobiaceae Afipia Afipia broomeae 0.00003 316 Bradyrhizobiaceae Bosea Bosea sp. CRIB-12 0.00005 317 Bradyrhizobiaceae Bosea Bosea sp. L7506 CIENCIAS 0.00011 318 Bradyrhizobiaceae Bradyrhizobium Bradyrhizobium elkanii 0.01056 319 Bradyrhizobiaceae Bradyrhizobium Bradyrhizobium japonicum 0.00009 320 Bradyrhizobiaceae Bradyrhizobium Bradyrhizobium sp. CCBAU 43058 0.00052 321 BradyrhizobiaceaeDE Bradyrhizobium Bradyrhizobium sp. ICMP 14754 0.00006 322 Bradyrhizobiaceae Bradyrhizobium Bradyrhizobium sp. ISLU207 0.00003 323 Bradyrhizobiaceae Bradyrhizobium Bradyrhizobium sp. onl92.6 0.00003 324 Bradyrhizobiaceae Bradyrhizobium Bradyrhizobium yuanmingense 0.00005 325 Bradyrhizobiaceae Bradyrhizobium uncultured Bradyrhizobium sp. 0.00051 326 Bradyrhizobiaceae Rhodopseudomonas Rhodopseudomonas julia 0.00019 327 Bradyrhizobiaceae Rhodopseudomonas Rhodopseudomonas palustris 0.00025 328 Brucellaceae Ochrobactrum uncultured Ochrobactrum sp. 0.00005 329 Hyphomicrobiaceae Blastochloris Blastochloris sulfoviridis 0.00003 330 Hyphomicrobiaceae Blastochloris Blastochloris viridis 0.00027 331 Hyphomicrobiaceae Hyphomicrobium uncultured Hyphomicrobium sp. 0.00008 332 Methylobacteriaceae Methylobacterium Methylobacterium BIBLIOTECA komagatae 0.00022 333 Methylobacteriaceae Methylobacterium Methylobacterium sp. CBMB38 0.00006 334 Methylobacteriaceae Methylobacterium uncultured Methylobacterium sp. 0.00006 335 Methylocystaceae Methylocystis Methylocystis sp. Pi5/4 0.00011 336 Methylocystaceae Methylocystis Methylocystis sp. SC2 0.00003 337 Methylocystaceae Methylopila Methylopila capsulata 0.00006 338 Methylocystaceae Methylosinus Methylosinus trichosporium 0.00017 339 Phyllobacteriaceae Mesorhizobium Mesorhizobium

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mediterraneum 0.00013 340 Phyllobacteriaceae Mesorhizobium Mesorhizobium sp. CCBAU 33182 0.00003 341 Phyllobacteriaceae Mesorhizobium Mesorhizobium sp. NH-14 0.00041 342 Phyllobacteriaceae Mesorhizobium Mesorhizobium sp. SCAU13 0.00079 343 Phyllobacteriaceae Mesorhizobium Mesorhizobium sp. WSM3877 0.00027 344 Rhizobiaceae Agrobacterium Agrobacterium larrymoorei 0.00005 345 Rhizobiaceae Agrobacterium Agrobacterium tumefaciens 0.00017 346 Rhizobiaceae Agrobacterium Agrobacterium vitis 0.00011 347 Rhizobiaceae Ensifer Ensifer adhaerens 0.00022 348 Rhizobiaceae Rhizobium Rhizobium gallicum 0.00003 349 Rhizobiaceae Rhizobium Rhizobium oryzae 0.00003 350 Rhizobiaceae Rhizobium Rhizobium sullae 0.00047 351 Rhizobiaceae Rhizobium Rhizobium tropici 0.00077 352 Rhizobiaceae Rhizobium Rhizobium yanglingense 0.00342 353 Rhizobiaceae Rhizobium uncultured Rhizobium sp. 0.00003 354 Rhizobiaceae Sinorhizobium Sinorhizobium fredii 0.00011 355 Rhizobiaceae Sinorhizobium Sinorhizobium kummerowiae 0.00014 356 Rhizobiaceae Sinorhizobium Sinorhizobium meliloti 0.00077 357 Rhizobiaceae Sinorhizobium Sinorhizobium BIOLOGICASxinjiangense 0.00008 358 Rhizobiaceae Sinorhizobium uncultured Sinorhizobium sp. 0.00003 359 Rhodobiaceae Rhodobium Rhodobium orientis 0.00003 360 unclassified (derived unclassified (derived uncultured from Rhizobiales) from Rhizobiales) Rhizobiales bacterium 0.00024 361 Rhodobacteraceae Paracoccus Paracoccus sp. R- 24652 0.00036 362 Rhodobacteraceae Rhodovulum Rhodovulum sulfidophilum 0.00003 363 Rhodobacteraceae unclassified (derived uncultured from Rhodobacteraceae 0.00009 Rhodobacteraceae) bacterium 364 unclassified (derived unclassified (derived uncultured from Rhodobacterales) from Rhodobacterales) Rhodobacterales 0.00027 bacterium 365 Acetobacteraceae Acetobacter Acetobacter pasteurianus 0.00008 366 RhodospirillaceaeCIENCIAS Azospirillum Azospirillum brasilense 0.00003 367 Rhodospirillaceae Azospirillum Azospirillum rugosum 0.00005 368 Rhodospirillaceae Azospirillum Azospirillum sp. B510 0.00006 369 Rhodospirillaceae Azospirillum Azospirillum sp. CA6 DE 0.00003 370 Rhodospirillaceae Azospirillum Azospirillum sp. TSH19 0.00009 371 Rhodospirillaceae Azospirillum Azospirillum sp. TSH7 0.00008 372 Rhodospirillaceae Rhodovibrio Rhodovibrio salinarum 0.00003 373 Rhodospirillaceae unclassified (derived uncultured from Rhodospirillaceae) Rhodospirillaceae 0.00821 bacterium 374 Rickettsiaceae Rickettsia Rickettsia sp. PAR-OY 0.00003 375 unclassified (derived Caedibacter Caedibacter from Rickettsiales) caryophilus 0.00003 376 Erythrobacteraceae Erythromicrobium Erythromicrobium ramosum 0.00014 377 Erythrobacteraceae Porphyrobacter Porphyrobacter sp. MBIC3897 0.00005 378 Erythrobacteraceae Porphyrobacter Porphyrobacter tepidarius 0.00003 379 Sphingomonadaceae Sphingobium Sphingomonas agrestis 0.00005 380 Sphingomonadaceae Sphingomonas Sphingomonas BIBLIOTECA azotifigens 0.00027 381 Sphingomonadaceae Sphingomonas Sphingomonas sp. Alpha1-2 0.00114 382 Sphingomonadaceae Sphingomonas Sphingomonas sp. Alpha4-2 0.00090 383 Sphingomonadaceae Sphingomonas Sphingomonas sp. B2-7 0.00003 384 Sphingomonadaceae Sphingomonas Sphingomonas sp. NP5 0.00025 385 unclassified (derived unclassified (derived uncultured alpha from from proteobacterium 0.18612 Alphaproteobacteria) Alphaproteobacteria) 386 Alcaligenaceae Achromobacter Achromobacter xylosoxidans 0.00011

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387 Burkholderiaceae Burkholderia Burkholderia caribensis 0.00073 388 Burkholderiaceae Burkholderia Burkholderia pyrrocinia 0.00006 389 Burkholderiaceae Burkholderia uncultured Burkholderia sp. 0.00055 390 Burkholderiaceae Cupriavidus Cupriavidus oxalaticus 0.00016 391 Burkholderiaceae Cupriavidus Cupriavidus pauculus 0.00021 392 Burkholderiaceae Cupriavidus Cupriavidus sp. cmp29 0.00003 393 Comamonadaceae Xenophilus Xenophilus azovorans 0.00003 394 Comamonadaceae unclassified (derived uncultured from Comamonadaceae 0.00022 Comamonadaceae) bacterium 395 Oxalobacteraceae Duganella Duganella violaceinigra 0.00003 396 unclassified (derived unclassified (derived uncultured from Burkholderiales) from Burkholderiales) Burkholderiales 0.00051 bacterium 397 Nitrosomonadaceae Nitrosomonas Nitrosomonas communis 0.00028 398 Nitrosomonadaceae Nitrosomonas Nitrosomonas sp. NL7 0.00003 399 Nitrosomonadaceae unclassified (derived uncultured from Nitrosomonadaceae 0.00046 Nitrosomonadaceae) bacterium 400 unclassified (derived unclassified (derived uncultured from Nitrosomonadales) from Nitrosomonadales) Nitrosomonadales 0.00014 bacterium 401 Rhodocyclaceae unclassified (derived uncultured from Rhodocyclaceae) Rhodocyclaceae 0.00005 bacterium 402 unclassified (derived unclassified (derived uncultured beta from Betaproteobacteria) from BIOLOGICASproteobacterium 0.00939 Betaproteobacteria) 403 Bdellovibrionaceae Bdellovibrio Bdellovibrio bacteriovorus 0.00011 404 Desulfobacteraceae unclassified (derived uncultured from Desulfobacteraceae 0.00003 Desulfobacteraceae) bacterium 405 unclassified (derived unclassified (derived uncultured from Desulfovibrionales) from Desulfovibrionales) Desulfovibrionales 0.00035 bacterium 406 Cystobacteraceae Cystobacter Angiococcus disciformis 0.00229 407 Cystobacteraceae Cystobacter Cystobacter fuscus 0.00062 408 Cystobacteraceae Melittangium Melittangium lichenicola 0.00006 409 Kofleriaceae Haliangium Haliangium tepidum 0.00017 410 Myxococcaceae Corallococcus Corallococcus CIENCIAS coralloides 0.00003 411 Nannocystaceae Nannocystis Nannocystis exedens 0.00008 412 Nannocystaceae Plesiocystis Plesiocystis pacifica 0.00005 413 Polyangiaceae Chondromyces Chondromyces apiculatus 0.00005 414 PolyangiaceaeDE Sorangium Sorangium cellulosum 0.00017 415 unclassified (derived Enhygromyxa Enhygromyxa salina from Myxococcales) 0.00002 416 unclassified (derived unclassified (derived uncultured delta from from proteobacterium 0.01360 Deltaproteobacteria) Deltaproteobacteria) 417 Enterobacteriaceae Citrobacter Citrobacter farmeri 0.00280 418 Enterobacteriaceae Cronobacter Cronobacter dublinensis 0.00008 419 Enterobacteriaceae Cronobacter Cronobacter sakazakii 0.00003 420 Enterobacteriaceae Enterobacter Enterobacter aerogenes 0.00003 421 Enterobacteriaceae Enterobacter Enterobacter pyrinus 0.00009 422 Enterobacteriaceae Erwinia Erwinia toletana 0.00006 423 Enterobacteriaceae Escherichia Escherichia coli 0.00119 424 Enterobacteriaceae Escherichia Escherichia fergusonii 0.00006 BIBLIOTECA425 Enterobacteriaceae Klebsiella Klebsiella pneumoniae 0.00009 426 Enterobacteriaceae Pantoea Pantoea ananatis 0.00009 427 Enterobacteriaceae Serratia Serratia marcescens 0.00005 428 Enterobacteriaceae Shigella Shigella flexneri 0.00006 429 Enterobacteriaceae unclassified (derived uncultured from Enterobacteriaceae 0.00006 Enterobacteriaceae) bacterium 430 Legionellaceae Legionella Legionella anisa 0.00006 431 Legionellaceae Legionella Legionella quinlivanii

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0.00005 432 Moraxellaceae Acinetobacter Acinetobacter rhizosphaerae 0.00043 433 Pseudomonadaceae Azomonas Azomonas macrocytogenes 0.00019 434 Pseudomonadaceae Pseudomonas Pseudomonas sp. RW10S2 0.00176 435 Pseudomonadaceae Pseudomonas Pseudomonas stutzeri 0.00003 436 Pseudomonadaceae Pseudomonas uncultured Pseudomonas sp. 0.00003 437 Xanthomonadaceae Aquimonas Aquimonas sp. D11- 21 0.00003 438 Xanthomonadaceae Lysobacter Lysobacter sp. OC7 0.00003 439 unclassified (derived unclassified (derived sulfur-oxidizing from from bacterium OAII2 0.00003 Gammaproteobacteria) Gammaproteobacteria) 440 unclassified (derived unclassified (derived uncultured gamma from from proteobacterium 0.01496 Gammaproteobacteria) Gammaproteobacteria) 441 unclassified (derived unclassified (derived uncultured from Proteobacteria) from Proteobacteria) proteobacterium 0.01192 442 Opitutaceae Diplosphaera Diplosphaera colitermitum 0.00482 443 Opitutaceae Opitutus Opitutus sp. VeGlc2 0.00052 444 Opitutaceae Opitutus Opitutus terrae 0.01186 445 unclassified (derived Chthoniobacter Chthoniobacter flavus from Spartobacteria) 0.00501 446 Verrucomicrobia Pedosphaera Pedosphaera parvula subdivision 3 0.01001 447 Verrucomicrobiaceae Prosthecobacter Prosthecobacter debontii 0.00003 448 Verrucomicrobiaceae Prosthecobacter Prosthecobacter BIOLOGICASvanneervenii 0.00006 449 unclassified (derived unclassified (derived uncultured bacterium from Bacteria) from Bacteria) 0.40934 450 unclassified (derived unclassified (derived uncultured forest soil from Bacteria) from Bacteria) bacterium 0.00281 451 unclassified (derived unclassified (derived uncultured marine from Bacteria) from Bacteria) bacterium 0.00225 452 unclassified (derived unclassified (derived uncultured soil from Bacteria) from Bacteria) bacterium 0.01450

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BIOLOGICAS

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