Microorganisms found in clinical and other specimens by sequencing
Last update: September 2020
Content Bacteria, Gram-positive ...... 2 Bacteria, Gram-negative ...... 6 Fungi ...... 9 Protists ...... 10
Molzym – Open list of microorganisms found in clinical and other specimens by sequencing
A. hydrogenalis B. cohnii B. thermacidophilum Bacteria, Gram- A. lactolyticus B. decisifrondis B. thermophilum positive A. murdochii B. firmus Blastococcus aggregatus A. nagyae B. flexus Blautia Abiotrophia A. obesiensis B. fumarioli B. coccoides A. defectiva A. octavius B. gibsonii B. hansenii A. para-adiacens A. prevotii B. halmapalus B. hydrogenotrophica Actinoalloteichus A. tetradius B. halodurans B. producta A. hymeniacidonis A. vaginalis B. hemicellulosilyticus Brachybacterium A. nanshanensis Anaerosporobacter sp. B. humi B. alimentarium Actinobacteria sp. Anaerostipes sp. B. infantis B. faecium Actinobaculum Anaerotruncus B. koreensis B. fresconis A. massiliae colihominis B. krulwichiae B. nesterenkovii A. massiliense Anoxybacillus B. lehensis B. paraconglomeratum Actinokineospora A. contaminans diospyrosa B. licheniformis B. producta A. flavithermus Actinomyces B. macroides B. rhamnosum A. gonensis A. bowdenii B. macyae B. sacelli A. kamchatkensis A. cardiffensis B. mannanilyticus Brevibacterium A. kestanbolensis A. funkei B. massiliensis B. ammoniilyticum A. pushchinoensis A. georgiae B. megaterium B. antiquum A. rupiensis A. graevenitzii B. mojavensis B. aurantiacum A. tunisiense A. lingnae B. muralis B. casei Arcanobacterium A. naeslundii B. mycoides B. frigoritolerans A. haemolyticum A. neuii B. niacini B. halotolerans A. pyogenes A. odontolyticus B. okhensis B. luteolum Arthrobacter A. oris B. oleronius B. otitidis A. agilis A. turicensis B. oshimensis B. picturae A. halodurans A. urogenitalis B. patagoniensis B. pityocampae A. oxydans Actinotalea fermentans B. pocheonensis B. ravenspurgense A. pascens Aerococcus B. pseudalcaliphilus Brochothrix A. rhombi A. christensenii B. pseudofirmus B. campestris Atopobacter phocae A. sanguinicola B. psychrodurans B. thermosphacta Atopobium A. suis B. pumilus Carnobacterium A. deltae A. urinae B. seohaeanensis C. inhibens A. minutum A. urinaeequi B. shackletonii C. mobile A. parvulum A. urinaehominis B. simplex C. viridans A. rimae A. viridans B. smithii Caryophanon latum Atopostipes suicloacalis Aeromicrobium sp. B. sporothermodurans Catenulispora yoronensis Bacillus Aerosphaera sp. B. subtilis Cellulosimicrobium funkei B. acidicola Agreia B. thermoamylovorans Clostridium B. akibai A. bicolorata B. thuringiensis C. argentinense B. altitudinis A. pratensis B. timonensis C. asparagiforme B. anthracis Alkalibacterium B. wakoensis C. barati B. asahii A. indicireducens B. weihenstephanensis C. bifermentans B. bataviensis A. olivapovliticus Bifidobacterium C. bolteae B. carboniphilus A. putridalgicola B. animalis C. botulinum B. cereus Alloiococcus otitis B. breve C. butyricum B. circulans Amycolatopsis lurida B. longum C. cadaveris B. coagulans Anaerococcus B. saeculare C. celatum B. coahuilensis *: We recommend to use additional specific PCR assays in case of suspected infections with these bacteria. Page 2
Molzym – Open list of microorganisms found in clinical and other specimens by sequencing
C. celerecrescens C. diphtheria Demequina aurantiaca Exiguobacterium C. chartatabidum C. falsenii Dermabacter hominis E. aestuarii C. chauvoei C. fastidiosum Dermacoccus E. arabatum C. clostridioforme C. flavescens D. abyssi E. aurantiacum C. difficile C. freiburgense D. barathri E. homiense C. disporicum C. freneyi D. nishinomiyaensis E. marinum C. fallax C. genitalium D. profundi E. mexicanum C. ghonii C. glucuronolyticum Desulfotomaculum Facklamia C. glycolicum C. glutamicum guttoideum F. hominis C. glycyrrhizinilyticum C. hansenii Dietzia F. ignava C. hathewayi C. imitans D. maris F. languida C. histolyticum C. jeikeium D. natronolimnaea Faecalibacterium C. hveragerdense C. kroppenstedtii D. psychralcaliphila prausnitzii C. hylemonae C. kutscheri Dolosigranulum pigrum Filifactor C. indolis C. lipophiloflavum Dorea F. alocis C. lavalense C. macginleyi D. formicigenerans F. villosus C. listolyticum C. massiliense D. longicatena Finegoldia magna C. neonatale C. mastitidis Eggerthella Friedmanniella spumicola C. novyi C. matruchotii E. lenta Frigoribacterium faeni C. paraputrificum C. minutissimum E. hongkongensis Gardnerella vaginalis C. sardiniense C. mucifaciens Enterococcus Gemella C. schirmacherense C. mycetoides E. avium G. haemolysans C. scindens C. pilbarense E. caccae G. morbillorum C. septicum C. propinquum E. canintestini G. sanguinis C. sordelli C. pseudodiphtheriticum E. casseliflavus Geobacillus C. sphenoides C. pseudogenitalium E. cecorum G. caldoproteolyticus C. sporogenes C. pseudotuberculosis E. columbae G. caldoxylosilyticus C. subterminale C. pyruviciproducens E. dispar G. pallidus C. symbiosum C. resistens E. durans G. stearothermophilus C. tertium C. riegelii E. faecalis G. subterraneus C. thermopalmarium C. segmentosum E. faecium G. tepidamans Coprococcus catus C. simulans E. gallinarum G. thermoglucosidasius Corynebacterium C. singulare E. haemoperoxidus G. toebii C. accolens C. stationis E. hirae G. uzenensis C. afermentans C. striatum E. moraviensis Goodfellowiella coeruleoviolacea C. amycolatum C. suicordis E. mundtii Gordonia C. appendicis C. sundsvallense E. raffinosus G. amicalis C. aquaticum C. thomssenii E. ratti G. araii (Leifsonia aquatica) C. timonense E. silesiacus G. bronchialis C. aquatimens C. tuberculostearicum E. termitis G. effusa C. argentoratense C. tuscaniense E. thailandicus G. iterans C. atypicum C. ulcerans E. villorum G. namibiensis C. aurimucosum C. urealyticum Eremococcus coleocola G. otitidis C. auris C. ureicelerivorans Eubacterium G. polyisoprenivorans C. bovis C. variabile E. brachy G. rubripertincta C. callunae C. vitaeruminis E. infirmum G. sputi C. canis C. xerosis E. saphenum G. soli C. confusum Cutibacterium acnes E. sulci G. terrae C. coyleae (Propionibacterium E. tarantellae acnes) E. tenue Gordonibacter pamelaeae *: We recommend to use additional specific PCR assays in case of suspected infections with these bacteria. Page 3
Molzym – Open list of microorganisms found in clinical and other specimens by sequencing
Granulicatella L. hamsteri M. brunensis M. botniense G. adiacens L. helveticus M. carouselicus M. bouchedurhonense G. elegans L. iners Marinilactibacillus M. bovis Halolactibacillus L. ingluviei M. piezotolerans M. branderi miurensis L. jensenii M. psychrotolerans M. caprae Hespellia sp. L. johnsonii Marmoricola aequoreus M. chelonae Intrasporangium calvum L. kitasatonis Methanosarcina barkeri M. chimaera Janibacter L. lactis Microbacterium M. chubuense J. anophelis L. mucosae M. aurum M. colombiense J. hoylei L. murinus M. binotii M. cookii J. limosus L. oris M. foliorum M. doricum J. melonis L. paracasei M. ginsengisoli M. florentinum J. terrae L. paraplantarum M. hominis M. gastri Jeotgalicoccus L. pentosus M. hydrocarbonoxydans M. gilvum pinnipedialis L. plantarum M. laevaniformans M. gordonae Kineosporia L. reuteri M. liquefaciens M. haemophilum K. aurantiaca L. rhamnosus M. maritypicum M. hodleri K. mikuniensis L. sakei M. oleivorans M. immunogenum Kocuria L. salivarius M. oxydans M. intracellulare K. carniphila L. saniviri M. paraoxydans M. kansasii K. himachalensis L. seioris M. pumilum M. kubicae K. kristinae L. suntoryeus M. phyllosphaerae M. kumamotonense K. palustris L. ultunensis M. pyrexiae M. kyorinense K. polaris L. vaginalis M. resistens M. lentiflavum K. rhizophila L. zeae M. schleiferi M. manitobense K. rosea Lactococcus M. testaceum M. mantenii Kytococcus L. garvieae M. thalassium M. marinum K. aerolatus L. lactis M. trichothecenolyticum M. marseillense K. schroeteri L. piscium Micrococcus M. massiliense K. sedentarius Lawsonella M. antarcticus M. microti Labedella sp. clevelandensis M. luteus M. monacense Lachnospiraceae Leifsonia M. lylae M. montefiorense Lachnoanaerobaculum L. naganoensis Micromonospora M. nebraskense L. orale L. shinshuensis aurantiaca M. nonchromogenicum L. umaense L. xyli Microterricola viridarii M. noviomagense Lactobacillus Leucobacter aridicollis Mogibacterium timidum M. palustre L. acidophilus Leuconostoc (Eubacterium timidum) M. parafortuitum L. amylovorus L. citreum Mycetocola M. parascrofulaceum L. animalis L. holzapfelii M. lacteus M. parmense L. apodemi Listeria M. saprophilus M. pinnipedii L. aviarius L. grayi M. tolaasinivorans M. psychrotolerans L. casei L. innocua Mycobacterium M. ratisbonense L. crispatus L. ivanovii M. abscessus M. riyadhense L. curvatus L. monocytogenes M. africanum M. salmoniphilum L. delbrueckii L. seeligeri M. arupense M. saopaulense L. fermentum L. welshimeri M. arosiense M. scrofulaceum L. fornicalis Lysinibacillus macroides M. aubagnense M. seoulense L. gallinarum (Bacillus macroides) M. aurum M. sherrisii L. gasseri Macrococcus M. avium M. shimoidei L. graminis M. bovicus M. bolletii *: We recommend to use additional specific PCR assays in case of suspected infections with these bacteria. Page 4
Molzym – Open list of microorganisms found in clinical and other specimens by sequencing
M. shottsii Parastreptomyces R. tritici S. hyicus M. simiae abscessus Rhodococcus S. intermedius M. stomatepiae Parvimonas micra R. equi S. kloosii M. terrae Paucisalibacillus globulus R. erythropolis S. lentus M. triviale Peptococcus niger R. fascians S. lugdunensis M. tuberculosis Peptoniphilus R. qingshengii S. oralis M. ulcerans P. asaccharolyticus Rhodoglobus vestalii S. pasteuri M. vulneris P. coxii Robinsoniella sp. S. petrasii Mycoplasma* P. gorbachii Romboutsia timonensis S. pettenkoferi M. arginini P. harei Rothia S. pseudintermedius M. arthritidis P. indolicus R. aeria S. pseudolugdunensis M. buccale P. ivorii R. amarae S. saccharolyticus M. faucium P. lacrimalis R. dentocariosa S. salivarius M. hominis P. massiliensis R. mucilaginosa S. saprophyticus (Candidatus) M. hyosynoviae R. nasimurium S. schleiferi P. olsenii M. indiense (Stomatococcus) S. simiae P. tyrrelliae M. orale Ruminococcus S. succinus Peptostreptococcaceae M. salivarium R. faecis S. vitulinus sp. Nocardia R. gnavus S. warneri Peptostreptococcus N. abscessus R. obeum S. xylosus P. anaerobius N. amamiensis Sarcina ventriculi Stomatobaculum longum P. micros N. arthritidis Saxeibacter lacteus Streptococcus P. russellii N. asiatica Segniliparus rugosus S. agalactiae P. stomatis N. beijingensis Shuttleworthia satelles S. alactolyticus Phycicola gilvus N. farcinica Sporobacterium sp. S. anginosus Phycicoccus Sporolactobacillus N. higoensis dokdonensis S. australis S. inulinus N. lijiangensis Planococcus S. bovis S. terrae N. niwae P. antarcticus S. carniphilus Sporosarcina N. shimofusensis P. kocurii S. constellatus S. aquimarina Nocardioides P. maitriensis S. constellatus subsp. S. luteola pharyngis N. daedukensis P. maritimus S. saromensis S. cristatus N. hwasunensis P. psychrotoleratus Staphylococcus S. devriesei N. jensenii P. rifietoensis S. arlettae S. downei Nosocomiicoccus Planomicrobium ampullae S. aureus S. dysgalactiae P. chinense Oceanobacillus caeni S. auricularis S. dysgalactiae subsp. P. okeanokoites Oribacterium S. capitis equisimilis Pontibacillus halophilus O. asaccharolyticum S. caprae S. equi Propionibacterium O. sinus S. carnosus S. equinus P. avidum Ornithinibacillus sp. S. chromogenes S. ferus P. granulosum Ornithinicoccus hortensis S. cohnii S. gallolyticus P. propionicum Oryzihumus S. condimenti S. gallolyticus subsp. Pseudoglutamicibacter leptocrescens alactolyticus albus S. croceolyticus Paenarthrobacter S. gallolyticus subsp. (Arthrobacter albus) S. epidermidis nicotinovorans gallolyticus S. equorum (Arthrobacter Quadrisphaera S. gallolyticus subsp. nitroguajacolicus) granulorum S. gallinarum pasteurianus Paenibacillus Rathayibacter S. haemolyticus S. gordonii P. provencensis R. caricis S. hominis S. ictaluri P. wynnii R. festucae S. hominis subsp. S. infantarius R. rathayi novobiosepticus *: We recommend to use additional specific PCR assays in case of suspected infections with these bacteria. Page 5
Molzym – Open list of microorganisms found in clinical and other specimens by sequencing
S. infantis Tsukamurella A. gyllenbergii B. grahamii S. iniae T. inchonensis A. haemolyticus B. henselae S. intermedius T. pulmonis A. johnsonii B. jaculi S. lactarius T. spumae A. junii B. koehlerae S. lutetiensis T. strandjordii A. lwoffii B. queenslandensis S. macedonicus T. sunchonensis A. parvus B. quintana S. minor T. tyrosinosolvens A. radioresistens B. rattaustraliani S. mitis Tumebacillus sp. A. tjernbergiae B. tribocorum S. mutans Turicibacter sp. Aeromonas hydrophila B. vinsonii S. oligofermentans Ureaplasma urealyticum* Afipia B. washoensis S. oralis Vagococcus A. broomeae Bergeriella (Kingella) S. parasanguinis V. carniphilus A. elkanii denitrificans S. parauberis V. elongatus A. felis Bilophila wadsworthia S. peroris V. fluvialis A. liaoningense Bordetella S. phocae V. lutrae A. pachyrizi B. avium S. pneumoniae Virgibacillus Aggregatibacter B. petrii S. pseudopneumoniae V. dokdonensis aphrophilus Borrelia garinii* S. pseudoporcinus V. proomii Agrobacterium Bosea S. pyogenes V. salarius A. larrymoorei B. eneae S. rubneri Weissella A. tumefaciens B. massiliensis S. salivarius W. cibaria Alcaligenaceae B. thiooxidans S. sanguinis W. confusa Alloprevotella tannerae B. vestrisii S. sinensis W. paramesenteroides Anaplasmaceae Brachymonas denitrificans S. sobrinus W. viridescens Aquabacterium Bradyrhizobium S. suis A. citratphilum B. denitrificans S. thermophilus A. commune B. elkanii S. tigurinus A. parvum B. japonicum S. timonensis Bacteria, Gram- Aranicola sp. B. liaoningense S. uberis negative Asticcacaulis B. pachyrhizi S. urinalis Accumulibacter A. biprosthecium B. yuanmingense S. vestibularis phosphatis (candidatus) A. excentricus Brevundimonas Streptomyces Acetobacter tropicalis Azonexus fungiphilus B. bullata S. albus Achromobacter insolitus Azotobacter sp. B. diminuta S. carpaticus Actinobacillus Bacteroides B. lenta S. cinerochromogenes A. equuli B. cellulosilyticus B. nasdae S. coelescens A. pleuropneumoniae B. clarus B. terrae S. coelicolor Acidisphaera rubrifaciens B. coagulans B. subvibrioides S. fragilis Acidocella facilis B. congonensis B. vesicularis S. nodosus Acidovorax B. faecis Brucella S. spiralis A. caeni B. fragilis B. canis S. thermolilacinus A. citrulli B. galacturonicus B. melitensis S. thermoviolaceus A. ebreus B. intestinalis B. microti S. thermovulgaris A. facilis B. nordii B. suis Terribacillus A. temperans B. oleiciplenus saccharophilus A. valerianellae B. pyogenes Burkholderia Thermicanus aegyptius Acinetobacter B. thetaiotaomicron B. cenocepacia Thermoanaerobacter sp. A. baumannii Bartonella B. cepacia Tissierella creatinini A. beijerinckii B. bacilliformis B. fungorum Trichococcus collinsii A. calcoaceticus B. doshiae B. glumae Tropheryma whipplei A. guillouiae B. elizabethae B. oklahomensis *: We recommend to use additional specific PCR assays in case of suspected infections with these bacteria. Page 6
Molzym – Open list of microorganisms found in clinical and other specimens by sequencing
B. thailandensis Cronobacter Francisella sp. Ideonella dechloratans B. vietnamiensis C. sakazakii Fusobacterium Imtechium assamiensis Campylobacter C. turicensis F. canifelinum Janthinobacterium C. gracilis Cupriavidus F. naviforme lividum C. jejuni C. gilardii F. necrophorum Kaistobacter terrae C. rectus C. metallidurans F. nucleatum Kerstersia gyiorum C. showae C. pauculus F. nucleatum subsp. Kingella Capnocytophaga C. taiwanensis nucleatum K. kingae C. canimorsus Curvibacter F. periodonticum K. potus C. cynodegmi C. gracilis F. russii Klebsiella C. leadbetteri C. lanceolatus Gluconacetobacter K. aerogenes diazotrophicus Caulobacter Dechloromonas sp. K. oxytoca Haemophilus C. crescentus Delftia K. pneumoniae H. aegyptius C. henricii D. acidovorans K. pneumoniae subsp. H. ducreyi rhinoscleromatis C. leidyia D. lacustris H. haemoglobinophilus K. variicola C. segnis D. tsuruhatensis H. haemolyticus Kluyvera C. vibrioides Desulfovibrio putealis H. influenzae K. ascorbata Chelatococcus Dialister H. parahaemolyticus K. cryocrescens C. asaccharovorans D. invisus H. parainfluenzae Lautropia mirabilis C. daeguensis D. micraerophilus H. Legionella sp. Chryseobacterium D. pneumosintes paraphrohaemolyticus Leptothrix C. aquifrigidense D. propionicifaciens H. paraphrophilus L. cholodnii C. bovis Diaphorobacter H. sputorum L. discophora C. gleum nitroreducens H. quentini L. ginsengisoli C. haifense Ehrlichia sp. Hafnia alvei L. mobilis C. indologenes Elizabethkingia meningoseptica Halomonas Leptotrichia wadei Citrobacter Enhydrobacter H. kenyensis Lysobacter C. amalonaticus aerosaccus H. phoceae L. brunescens C. braakii Enterobacter Helicobacter pylori L. capsici C. diversus E. asburiae Herbaspirillum L. enzymogenes C. farmeri E. cancerogenes H. aquaticum L. ginsengisoli C. freundii E. cloacae H. huttiense L. niastensis C. gillenii E. gergoviae Herminiimonas sp. Marinomonas pontica C. koseri E. hormaechei Hydrogenophaga Massilia C. murliniae E. kobei H. atypica M. brevitalea C. rodentium E. ludwigii H. bisanensis M. plicata C. sedlakii Erwinia sp. H. defluvii M. timonae C. werkmanii Erythrobacter H. palleronii Meiothermus C. youngae E. gaetbuli H. pseudoflava M. cerbereus Cloacibacillus evryensis E. litoralis Hydrogenophilus M. ruber Cloacibacterium Escherichia H. denitrificans normanense Mesorhizobium E. albertii H. hirschii Collimonas sp. M. loti E. coli H. thermoluteolus Comamonas M. mediterraneum E. fergusonii Hymenobacter C. aquatica M. plurifarium E. vulneris H. rigui C. denitrificans M. tianshanense Filibacter limicola H. soli C. kerstersii Methylibium fulvum Flavobacterium Hyphomicrobium C. terrigena Methylobacterium F. hydatis H. facile C. testosteroni M. aminovorans F. succinicans H. sulfonivorans Coxiella burnetii M. brachiatum *: We recommend to use additional specific PCR assays in case of suspected infections with these bacteria. Page 7
Molzym – Open list of microorganisms found in clinical and other specimens by sequencing
M. extorquens O. anthropic P. saccharophila P. moraviensis M. fujisawaense O. cytisi Petrobacter P. mosselii M. jeotgali O. haematophilum succinatimandens P. nitroreducens M. komagatae O. intermedium Phenylobacterium P. oleovorans koreense M. mesophilicum O. lupini P. otitidis Phyllobacterium sp. M. organophilum O. pseudogrignonense P. oryzihabitans Plesiomonas shigelloides M. oryzae O. rhizosphaerae P. plecoglossicida Porphyromonas M. persicinum Pandoraea P. poae P. endodontalis M. podarium P. norimbergensis P. pseudoalcaligenes P. gingivalis M. populi P. pnomenusa P. psychrotolerans Prevotella M. radiotolerans Pantoea P. putida P. histicola M. rhodesianum P. agglomerans P. salomonii P. melaninogenica M. suomiense P. ananatis P. stutzeri P. nigrescens M. tardum P. conspicua P. veronii P. oris M. thiocyanatum P. dispersa Pseudoxanthomonas P. salivae M. zatmanii P. eucrina P. mexicana P. tannerae Methylopila sp. P. stewartii P. spadix P. veroralis Mitsuaria chitosanitabida Paludibacterium sp. P. taiwanensis Proteus Moraxella Parabacteroides Psychrobacter P. hauseri M. atlantae distasonis P. cibarius P. mirabilis M. catarrhalis Paraburkholderia P. faecalis P. myxofaciens M. lacunata P. acidipaludis P. pulmonis P. penneri M. nonliquefaciens P. kururiensis Rahnella aquatilis P. vulgaris M. osloensis P. megapolitana Ralstonia Providencia Morganella morganii Paracoccus R. detusculanense P. alcalifaciens Morococcus (Neisseria) P. aestuarii R. insidiosa P. rettgeri cerebrosus P. aminovorans R. pickettii P. stuartii Necropsobacter rosorum P. carotinifaciens R. solanacearum Pseudomonas Neisseria P. halophilus R. syzygii P. aeruginosa N. bacilliformis P. homiensis Raoultella P. alcaliphila N. elongata P. kamogawaensis R. ornithinolytica P. argentinensis N. lactamica P. marcusii R. planticola P. balearica N. meningitidis P. marinus R. terrigena P. beteli N. mucosa P. yeei Rheinheimera sp. P. brenneri N. oralis Pasteurella Rhizobium N. perflava P. canis P. caricapapayae leguminosarum N. pharyngis P. dagmatis P. cissicola Rhodobacter maris N. polysaccharea P. multocida P. congelans Rhodoferax N. shayeganii P. pneumotropica P. extremorientalis R. antarcticus N. sicca P. stomatis P. ficuserectae R. fermentans N. skkuensis Pectobacterium P. fluorescens R. ferrireducens (candidatus) aroidearum P. geniculata Rhodopseudomonas N. subflava Pedobacter P. gessardii rhenobacensis N. wadsworthii P. koreensis P. hibiscicola Rickettsia endosymbiont N. weaveri P. roseus P. kilonensis Rickettsia typhi Neoehrlichia mikurensis Pedomicrobium P. koreensis Rickettsiella symbiont (Candidatus) australicum P. luteola Roseateles Novosphingobium Pelomonas P. mandelii R. aquatilis sediminicola P. aquatica P. mendocina R. depolymerans Ochrobactrum P. puraquae P. monteilii R. terrae
*: We recommend to use additional specific PCR assays in case of suspected infections with these bacteria. Page 8
Molzym – Open list of microorganisms found in clinical and other specimens by sequencing
Roseburia faecis S. trueperi X. cissicola B. crocea Roseomonas S. yabuuchiae X. cynarae Burgella flavoparmeliae R. gilardii S. yanoikuyae X. euvesicatoria Candida R. mucosa S. yunnanensis X. hortorum C. albicans Rubrivivax Sphingopyxis X. oryzae C. beechii R. benzoatilyticus S. chilensis X. perforans (C. santamariae) R. gelatinosus S. ginsengisoli X. pisi C. boleticola Salmonella S. macrogoltabida X. theicola C. carpophila S. bongori S. terrae X. vasicola C. dubliniensis S. enterica S. witflariensis X. vesicatoria C. famata S. typhimurium Spirosoma rigui Yersinia (Debaryomyces Sandaracinobacter Stenotrophomonas Y. aldovae hansenii) sibiricus S. acidaminiphila Y. aleksiciae C. fermenticarens Schlegelella S. maltophilia Y. bercovieri C. fructus S. aquatica S. rhizophila Y. enterocolitica C. glabrata S. thermodepolymerans S. terrae Y. frederiksenii C. guilliermondii Serratia Synergistes sp. Y. intermedia C. humilis S. marcescens Tannerella forsythia Y. mollaretii C. krusei S. quinivorans Tepidimonas Y. pestis C. maltosa Shewanella T. arfidensis Y. pseudotuberculosis C. mesorugosa S. baltica T. aquatica Y. similis C. multigemmis S. putrefaciens T. fonticaldi Zoogloea C. orthopsilosis Shigella T. ignava Z. caeni C. parapsilosis S. boydii T. thermarum Z. oryzae C. rugosa S. dysenteriae Tepidiphilus margaritifer Z. ramigera C. sojae S. flexneri Thiobacillus denitrificans C. tropicalis S. sonnei C. viswanathii Undibacterium Sphingobium U. oligocarboniphilum Chrysomphalina chrysophylla S. xenophagum U. pigrum Cladosporium S. yanoikuyae Variovorax Fungi cladosporioides Sphingomonas V. boronicumulans Cordyceps S. adhaesiva V. paradoxus pseudomilitaris S. aerolata Species Veillonella Cryptococcus S. amiense Aspergillus V. dentocariosa C. aerius S. asaccharolytica A. awamori V. dispar C. amylolentus S. aurantiaca A. carbonarius V. parvula C. aquaticus S. azotifigens A. clavatus V. rogosae C. bhutanensis S. desiccabilis A. flavipes V. tobetsuensis C. luteolus S. echinoides A. fumigatus Vibrio C. macerans S. elodea A. niger V. litoralis C. surugaensis S. faeni A. nomius V. vulnificus C. terreus S. insulae A. ochraceus Weeksella virosa Cystofilobasidium S. kaistensis A. penicillioides Wolbachia sp. C. capitatum S. koreensis A. terreus Xanthobacter C. ferigula S. melonis autotrophicus Bjerkandera adusta C. infirmominiatum S. mucosissima Xanthomonas Blackwellomyces pseudomilitaris Davidiella tassiana S. paucimobilis X. arboricola (Cordyceps Dioszegia S. pituitosa X. axonopodis pseudomilitaris) D. aurantiaca S. pseudosanguinis X. bromi Bullera (Bullera aurantiaca) S. sanguinis X. campestris *: We recommend to use additional specific PCR assays in case of suspected infections with these bacteria. Page 9
Molzym – Open list of microorganisms found in clinical and other specimens by sequencing
D. changbaiensis (Cryptococcus D. crocea fuscescens) Fusarium Sporobolomyces roseus F. oxysporum Teratosphaeria microspora F. solani Torulopsis Galactomyces ethanolitolerans G. candidum (Candida ethanolica) G. geotrichum Trametes versicolor Graphium eumorphum Vanrija amylotena Hannaella surugaensis (Cryptococcus (Cryptococcus amylolentus) surugaensis) Vishniacozyma carensis Iterosonilia pannonica (Cryptococcus carescens) Kazachstania telluris Volvariella gloiocephala (Arxiozyma telluris) Malassezia restricta Others Metarhizium anisopliae Agaricales Meyerozyma Aureobasidium sp. M. athensensis Boletales (Candida athensensis) Cantharellales M. guilliermondii Capnodiales M. smithsonii Chaetothyriales (Candida smithsonii) Cystofilobasidiales Mrakia Exobasidiomycetes M. frigida Helotiales M. psychrophilia Hypocreales Mycocalia denudata Leotiomycetes Mycosphaerella Malasseziales M. existialis Mytilinidiales (Didymella existialis) Onygenales M. lateralis Pezizomycotina M. punctiformis Pleosporales Ophiosphaerella Pneumocystidales herpotricha Sordariales Penicillium camemberti Stereum sp. Peniophora nuda Tremellales Pichia kudriavzevii Trichophyton spp. Pseudallescheria Trichosporonales P. boydii Ustilaginales P. ellipsoidea Wallemiales Rhodotorula hordea Xylariales Saccharomyces cerevisiae Sebacina vermifera Protists Sistotrema brinkmannii Plasmodium Schizophyllum P. falciparum S. commune P. vivax S. radiatum Solicoccozyma fuscescens
*: We recommend to use additional specific PCR assays in case of suspected infections with these bacteria. Page 10