Chapitre I. Etat Des Connaissances 11
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N° d‘ordre : 4008 THESE Présentée à L’UNIVERSITE BORDEAUX 1 Ecole Doctorale Sciences et Environnements Par Melle Ika PAUL-PONT Pour obtenir le grade de DOCTEUR Spécialité : Biogéochimie et écosystèmes Sensibilité et adaptation de populations de bivalves marins soumis à des stress multiples : infestation parasitaire, contamination microbienne et pollution métallique Soutenue le : 16 mars 2010 Après avis de : M Michel FOURNIER, Directeur de recherche INRS Canada Rapporteur M Dario MORAGA, Maître de conférences, Université de Bretagne Occidentale Rapporteur Devant la commission d‘examen formée de : M Michel AUFFRET, Professeur, Université de Bretagne Occidentale Examinateur Mme Magalie BAUDRIMONT, Maître de Conférences, Université Bordeaux I Directrice de thèse M Jérôme CACHOT, Professeur, Université Bordeaux I Examinateur M Frédéric GARABETIAN, Professeur, Université Bordeaux I Président M Michel FOURNIER, Directeur de recherche INRS Canada Rapporteur M Xavier de MONTAUDOUIN, Maître de Conférences, Université Bordeaux I Directeur de thèse M Dario MORAGA, Maître de conférences, Université de Bretagne Occidentale Rapporteur Mme Michèle ROMEO, Chargée de recherche INSERM Examinatrice Remerciements D’abord LEESA et LOB, puis GEMA et ECOBIOC, j’ai eu la chance de bénéficier des moyens et des savoirs de chacune de ces équipes durant ma thèse. Je tiens à remercier vivement les directeurs d’équipe Jean-Charles Massabuau et Guy Bachelet ainsi que les directeurs de laboratoire Pierre Chardy et Antoine Grémare pour m’avoir accueillie et permis la réalisation de ce projet multi disciplinaire. Je remercie également le LEMAR (UMR 6539) et l’INSERM (U 876) grâce auxquels j’ai pu réaliser l’ensemble des analyses en cytométrie en flux. Cette thèse a été réalisée grâce au support financier de la Région Aquitaine (Bourse doctorale région Aquitaine 2006-2009) et de l’Agence Nationale de la Recherche (Projet Multistress). Je tiens à adresser mes remerciements à ces deux structures qui ont permis la réalisation de ce projet dans d’excellentes conditions. J’exprime de plus ma reconnaissance { la SEPANSO pour nous avoir permis l’accès { la réserve naturelle du Banc d’Arguin. J’exprime toute ma reconnaissance aux membres du jury qui ont accepté d’évaluer ce travail : - Michel Fournier, Directeur de recherche, INRS Canada ; - Dario Moraga, Maître de conférences, Université de Bretagne Occidentale ; - Michèle Roméo, Chargée de recherche INSERM, Université de Nice ; - Michel Auffret, Professeur, Université de Bretagne Occidentale ; - Jérôme Cachot, Professeur, Université Bordeaux 1 ; - Frédéric Garabétian, Professeur, Université Bordeaux 1 J’adresse un immense merci à mes directeurs de thèse qui m’ont emmené sur ce sujet multistress dès le master 2, Magalie Baudrimont et Xavier de Montaudouin. Merci { vous d’avoir accepté de m’encadrer et de me diriger pendant ces 4 années. Magalie merci d’avoir cru en moi dès le tout début, de m’avoir fait partager ton expérience et de m’avoir guidée avec une confiance qui a ensuite dépassé de loin le cadre scientifique de cette thèse. En grande partie grâce aux voyages en ta compagnie, j’ai découvert une autre Mag que Mag-ma-directrice, avec sa famille, sa douceur et son univers, et ça a été un véritable régal de partager tous ces moments avec toi. Les galères se transformant quasi-instantanément en situations comiques, tu as placé la barre haute pour les prochains colloques et ça va être dur de faire aussi bien! Affaire { suivre… Xavier-le-MDTTE, je ne crains même pas faire de jaloux en employant ce qualificatif si bien trouvée par Danguinette, tellement les gens qui travaillent avec toi ne peuvent que s’accorder sur tes nombreuses qualités professionnelles et humaines. Qualités aussi rares à trouver qu’elles sont immenses, j’ai eu énormément de chance d’être encadrée par quelqu’un comme toi. Tu mets toi aussi la barre haute et instinctivement on essaye d’être { la hauteur car on n’a pas envie de te décevoir ! Bref... Les mots me manquent pour t’exprimer toute l’amitié, la reconnaissance et le respect que je te porte. MDTTE je persiste et signe donc, et encore tu as de la chance Dang n’est pas l{ pour faire stéréo ! Pas sur le papier mais pleinement en réalité, tu as constitué Patrice le troisième pilier de cette thèse et je te remercie énormément pour ton investissement dans l’encadrement de ces travaux. Investissement là aussi à bras le corps, tant sur le terrain, que lors des longues soirées devant un cyto, ou en interminables corrections de thèse et d’articles. Merci de m’avoir aussi bien guidée sur les pas de la biologie moléculaire toutes ces années, en apprenant à tes côtés mille trucs et astuces, j’ai toujours progressé dans l’enthousiasme, la bonne humeur et avec un humour parfois… surprenant !! Allez je taquine mais tu sais comme ça va me manquer ! Je suis fière d’avoir été dirigée par vous trois dans le commencement de ma vie professionnelle. Et peut être parce que je n’avais pas de montre (!) le temps { vos côtés est passé très vite … Je vous attends donc fermement dans le Pacifique pour qu’enfin on la goûte ensemble cette piñacolada les fesses posées dans le lagon ! La réalisation de cette thèse a été possible grâce au travail et { la coopération de l’ensemble de l’équipe Multistress { la fois brestoise et arcachonnaise. Et pour faire face à un sujet aussi multistressant (avec une thésarde déjà un poil multistressée) il fallait bien tout ce monde là, je vous assure! Mes multistressés de Brest, Phi-Phi, Nelly, Fabienne, Christophe, Hansy et Christine, un immense merci (and so more) pour les savoirs et les compétences que vous m’avez enseigné sur l’immunologie des bivalves et la cytométrie en flux, pour les nombreuses discussions, conseils et autres astuces prodigués. Tant de moments partagés, en manip, à pas d’heure devant un FACS, dans le bureau du grand chef a triturer des données de ROS pour les moins « bizarres » (Fabienne !), { l’apéro, non, aux apéros en fait, { la recherche désespérée d’une pizzeria ouverte un lundi soir morose d’hiver { Arcachon ou lors de nos rencontres sur des aires d’autoroute suspectes, oui oui je le maintiens, je le dis même haut et fort, avec de la CAR-BO-GLACE ! Bon allez malgré ce petit désaccord persistant, et aussi le fait que vous ameniez du temps absolument dégueulasse avec vous à chaque fois, tous ces moments partagés n’ont été que du bonheur, merci pour tout ! De nombreux voyages à Brest donc, une dizaine en deux ans, 700 et quelques kilomètres entre Brest et Arcachon, 8 heures de routes. Même pas peur. Il faut dire, voila l’équipée !! Constituée des deux grandes copines de microbio, Florence et Natalie, de la maître de conf’ la plus avenante du laboratoire, en l’occurrence Alexia sans hésitation aucune, ainsi que des directeurs précédemment cités ! Avec cette équipe, allouée d’un véhicule motorisé de type Espace ou assimilé contenant cookies, boîte de haribo (avec beaucoup de réglisse), waders et tamis plein le coffre qui-cognent-la-tête, trop facile les 8h de route Arcachon-Brest ! Bon malgré le fait que ça déboite beaucoup plus de faire la route en BMW Série 1 (faut le dire) et que Nostalgie soit vraiment une torture pour mes petites oreilles, les arrêts crêpes beaucoup-de- beurre-beaucoup-de-sucre, la magie du Kyriad, et de son réceptionniste surtout, et les fins de manip Ouististi ont rendu ces voyages particulièrement agréables ! Je vous remercie « la fine équipe » pour votre bonne humeur, votre enthousiasme, votre investissement qui ont permis un travail riche scientifiquement et humainement. J’adresse mes plus grands remerciements à mes stagiaires, Frances, Natalia, Zeljka et Hanane, que j’ai eu la chance d’encadrer, merci pour votre investissement, votre rigueur et votre efficacité au travail grâce auxquelles autant de travaux ont pu être effectués dans le temps imparti de la thèse. Mais aussi pour m’avoir fait partager vos pays et vos univers qui ont rendu ces encadrements de stage particulièrement riches, multiculturels et festifs ! Mes remerciements s’adressent également { tous ceux qui de près ou de loin ont contribué { l’aboutissement de ces travaux de thèse et à rendre ces 3 années aussi agréables. Aux techniciens et aux marins tout d’abord, Henri, Pascal, Christian, Francis et Laurent, merci pour votre aide précieuse sur le terrain et en labo, pour votre présence et votre bonne humeur constante sur terre comme en mer. Du côté GEMA, merci à Véro et Régine pour votre aide dans la formation au dosage des métaux et dans l’apprivoisemement des AMA, M6SOLAAR et autres spectrophotomètres indomptables… Merci à Bruno pour ton aide dans mes manips et ta patience entre mes appels panique le week end, mes circuits d’eau inréglables, mes oublis-Doris et j’en passe… Sache que ça a été un plaisir de t’embêter toutes ces années ! Pour ces deux derniers, sachez que les cafés du matin Flo-Régine-Bruno me manquent déjà ! Maman Flo, je n’ai pas de mot assez fort pour te remercier d’avoir été près de moi avec tant de chaleur et d’attention. La maman du labo tu l’es même si ça t’énerve parfois. En tout cas tu l’as été pour moi, avec une tendresse et un soutien qui m’ont énormément touchée, aidée et fait grandir durant ces trois ans de thèse. Tu es toi, entière et unique, et tu vas la garder ta place dans mon cœur malgré doutes et distance. Nath et Alex merci pour votre bonne humeur, votre pêche incroyable, quand on vous côtoie ça ne peut qu’être contagieux, et que c’est bon !!! Reste des soirées à faire avant que je parte pour de bon les cocottes ! Un merci et clin d’œil tout particulier { Jean-Paul grâce à qui je suis arrivée à la station marine en master 1 et qui par la suite, même de loin et malgré les conflits, a su garder sur moi un œil d’une extrême bienveillance, dur mais exigeant, complice, conscient et intelligent.