Les Biolangages
Thierry Lecroq
Universit´ede Rouen FRANCE
2008–2009
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Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB2 2008–2009 1 / 16 BioPerl
Ensemble de modules Perl Utilise la programmation objet L’objectif est de mettre `adisposition des outils (code Perl) r´eutilisablesfacilitant le d´eveloppement d’applications N’inclut pas de programmes prˆets`al’usage
3 principes :
I s´eparer la partie interface de la partie impl´ementation
I fournir un cadre de base aux op´erationsen g´en´eralisantdes routines communes en module simple
I utiliser les motifs (( Factory and Strategy ))(Erich Gamma)
www.bioperl.org
Stajich, J., Birney, E., The bioperl project : motivation and usage ACM SIGBIO Newsletter 20(2) (2000) 13-14. Stajich, J., et. al., The bioperl toolkit : perl modules for the life sciences, Genome Research 12 (2002) 1611-1618. university-logo
Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB2 2008–2009 2 / 16 BioPython
Ensemble de modules Python 2 buts principaux :
I cr´eerdes analyseurs de donn´eesbiologiques
I fournir des interfaces pour repr´esenterles s´equences
biopython.org
Chapman, B., Chang, J., Biopython tools for computational biology, ACM SIGBIO Newsletter 20(2) (2000) 15-19. de Hoon, M.J.L., Chapman, B., Friedberg, I., Bioinformatics and computational biology with biopython, Genome Informatics 14 (2003) 298-299.
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Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB2 2008–2009 3 / 16 BioPHP
D’abord d´evelopp´esous le nom de GenePHP Cherche `aencourager l’utilisation de PHP pour lier les applications bioinformatiques sur le web et les bases de donn´ees Lit des donn´eesdans des banques (Genbank, Swissprot, ...) et ex´ecutedes analyses simples sur les s´equences
genephp.sourceforge.net www.biophp.org
Gregorio, S., The BioPHP project (formerly GenePHP), genephp.sourceforge.net, 2003.
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Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB2 2008–2009 4 / 16 BioRuby
Ruby est un langage orient´eobjet BioRuby est d´evelopp´epar
I Human Genome Center `al’universit´ede Tokyo
I Bioinformatics Center `al’universit´ede Kyoto
bioruby.org
Goto, N., Nakao, M.C., Kawashima, S., Katayama, T., Kanehisa, M., BioRuby : opensource bioinformatics library, Genome Informatics 14 (2003) 629-630.
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Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB2 2008–2009 5 / 16 XML
2 produits : Bioinformatics Sequence Markup Language (BSML) BIOpolymer Markup Language (BioML)
xml.coverpages.org/bsml.html xml.coverpages.org/bioml.html
Voir aussi : Achard, F., Vaysseix, G., Barillot, E., XML, bioinformatics and data integration, Bioinformatics 17(2) (2001) 115-125. Cohn, J., XML and genomic data, ACM SIGBIO Newsletter 20(3) (2000) 22-24. university-logo
Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB2 2008–2009 6 / 16 Haskell
D´evelopp´epar le groupe de Robert Giegerich Implante les algorithmes de programmation dynamique
malde.org/~ketil/
Giegerich, R., Haskell in bioinformatics, biowiki.org/BioHaskell, 2006.
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Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB2 2008–2009 7 / 16 Prolog
Biomedical Logic Programming (Blip) : collection de modules pour applications bioinformatiques et biom´edicales Ecrit´ en SWI-Prolog
www.fruitfly.org/~cjm/blip
Mungall, C., Blipkit : biomedical logic programming knowledge integration kit, www.fruitfly.org/~cjm/blip, 2005.
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Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB2 2008–2009 8 / 16 LISP
D’abord d´evelopp´esous le nom de BioLingua, BioBike est un environnement de d´eveloppement web interactif D´evelopp´een BioLisp (Common Lisp pour la biologie)
biolisp.org
Massar, J.P., Travers, M., Elhai, J., Shrager, J., BioLingua : a programmable knowledge environment for biologists, Bioinformatics 21(2) (2005) 199-207. Shrager, J., Massar, J.P., Travers, M., BioBike documentation index, nostoc.stanford.edu/Docs/, 2006.
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Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB2 2008–2009 9 / 16 C
Le laboratoire (( DNA Information Analysis )) du (( Human Genome Center )) de l’universit´ede Tokyo a d´evelopp´eune librairie (( open source )) des algorithmes de (( clustering )) les plus commun´ementutilis´es Appelable depuis n’importe quel programme en C ou C++ Extensions pour utilisation en Perl et en Python
www.hgc.jp/english
de Hoon, M.J.L., Imoto, S., Nolan, J., Miyano, S., Open source clustering software, Bioinformatics 20(9) (2004) 1453-1454.
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Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB2 2008–2009 10 / 16 C++
Gianluca Della Vedova dirige le projet (( Algorithms Library for Bioinformatics (ALiBio) )) `al’universit´ede Milan-Bicocca But : efficacit´e
bioinformatics.org
Vedova, G.D., Dondi, R., A library of efficient bioinformatics algorithms, Applied Bioinformatics 2(2) (2003) 117-121.
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Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB2 2008–2009 11 / 16 Java
Collection d’objets pour repr´esenteret manipuler les donn´eesbiologiques Premier but : repr´esenterles s´equences
biojava.org
Pocock, M., Down, T., Hubbard, T., BioJava : open source components for bioinformatics, ACM SIGBIO Newsletter 20(2) (2000) 10-12.
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Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB2 2008–2009 12 / 16 BioMoby
Boˆıtes`aoutils transparentes pour : utiliser des donn´ees traiter des donn´ees cumuler des traitements cr´eerune chaˆınede traitements automatiques
biomoby.org
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Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB2 2008–2009 13 / 16 BioPipe
en connection avec les modules Bioperl pouvoir int´egrerdes donn´eesh´et´erog`enes construction de pipelines
biopipe.org
Hoon S., Ratnapu K.K., Chia J.M., Kumarasamy B., Juguang X., Clamp M., Stabenau A., Potter S., Clarke L., Stupka E. Biopipe : a flexible framework for protocol-based bioinformatics analysis. Genome Research 13(8) (2003) 1904–1915.
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Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB2 2008–2009 14 / 16 Bioconductor
(( packages )) R d´edi´es`al’analyse des donn´eesg´enomiquesou post-g´enomiques
bioconductor.org
Gentleman RC, Carey VJ, Bates DM, Bolstad B, Dettling M, Dudoit S, Ellis B, Gautier L, Ge Y, Gentry J, Hornik K, Hothorn T, Huber W, Iacus S, Irizarry R, Leisch F, Li C, Maechler M, Rossini AJ, Sawitzki G, Smith C, Smyth G, Tierney L, Yang JY, Zhang J. Bioconductor : open software development for computational biology and bioinformatics. Genome Biology 5(10) (2004) R80.
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Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB2 2008–2009 15 / 16 Les autres
BioSqueak (Smalltalk) biosqueak.sourceforge.net BioDas (plate-forme d’annotations distribu´ees) biodas.org BioLinux BioCorba ? BioSoap ?
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Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB2 2008–2009 16 / 16