Écologie De La Reproduction De L'huître Crassostrea Gigas En Lagune Méditerranéenne
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Écologie de la reproduction de l’huître Crassostrea gigas en lagune méditerranéenne Franck Lagarde To cite this version: Franck Lagarde. Écologie de la reproduction de l’huître Crassostrea gigas en lagune méditerranéenne. Biodiversité et Ecologie. Sorbonne Université, 2018. Français. NNT : 2018SORUS470. tel-02924971 HAL Id: tel-02924971 https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02924971 Submitted on 28 Aug 2020 HAL is a multi-disciplinary open access L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est archive for the deposit and dissemination of sci- destinée au dépôt et à la diffusion de documents entific research documents, whether they are pub- scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, lished or not. The documents may come from émanant des établissements d’enseignement et de teaching and research institutions in France or recherche français ou étrangers, des laboratoires abroad, or from public or private research centers. publics ou privés. Sorbonne Université Ecole Doctorale Sciences de l’Environnement – ED 129 IFREMER/ODE/UL/LERLR - UMR MARBEC Écologie de la reproduction de l’huître Crassostrea gigas en lagune méditerranéenne Par Franck Lagarde Thèse de doctorat en Écologie marine Présentée et soutenue le jeudi 29 novembre 2018 Devant un jury composé de : Archambault Philippe, Professeur, Université Laval, Québec, Canada Rapporteur Barillé Laurent, Professeur, Université de Nantes, France Rapporteur Aliaume Catherine, Professeur, Université de Montpellier, France Examinatrice David Valérie, Maître de Conférences, Université de Bordeaux, France Examinatrice Thiébaut Éric, Professeur, Sorbonne Université, France Examinateur Roque d’orbcastel Emmanuelle, Chargée de Recherche, Ifremer, Sète, France. Co-directrice de thèse Pouvreau Stéphane, Chargé de Recherche, Ifremer, Argenton, France Co-directeur de thèse Lett Christophe, Directeur de Recherche, IRD, Sète, France Directeur de thèse Je dédie cette thèse de doctorat à mes héros d’amour : Laure Vincent, Roméo et Lucian Lagarde-Vincent. L’intensité de ces derniers jours, mois et années nous ont permis d’aller au-delà de certaines de nos croyances et de nos limites. Je vous remercie de m’avoir accompagné et d’avoir su me ramener à la vie sentimentale et familliale pendant cette longue période d’activité passionnante. "Vivre comme si l’on devait mourir demain, Apprendre comme si l’on devait vivre pour l’éternité." Mohandas Karamchand Gandhi Remerciements Je tiens à exprimer mon entière reconnaissance aux membres du jury de ce projet doctoral associée à mes profonds remerciements pour avoir accepté d’évaluer ce travail. Je remercie Christophe Lett pour son engagement dans ce projet doctoral mais aussi pour sa patience, sa rigueur, sa disponibilité et sa pédagogie de l’écriture scientifique. Je veux exprimer toute ma gratitude aux responsables de laboratoire LERLR Emmanuelle Roque d’orbcastel et Annie Fiandrino, aux responsables de l’unité Unité Littoral René Robert et du département ODE Jérôme Paillet, au DU adj. de l’UMR Marbec Jean-Marc Fromentin, de la Direction des Ressources Humaines Vincent Banchereau , de la Direction Scientifique Anne Renault, Marie-Hélène Tusseau-Vuillemin, Philippe Gros et Philippe Goulletquer pour la confiance témoignée lors de ma proposition de projet doctoral et leurs soutiens moral et scientifique. Je remercie l’Ifremer d’avoir soutenu financièrement ce projet doctoral. Je remercie Stéphane Pouvreau pour sa confiance, son soutien et son accompagnement dans cette aventure et plus généralement pour son amitié depuis deux décennies. Je souhaite remercier mes collègues ; Serge Mortreux pour son soutien tout au long de ces dernières années et de la persuasion dont il a fait preuve pour que je me lance dans cette aventure doctorale. Je remercie Dominique Munaron et Valérie Derolez pour leur soutien et leurs conseils. Je remercie Anaïs Crottier pour sa disponibilité et ses grandes compétences tant en laboratoire que sur le terrain ; Danièle Martin pour sa disponibilité, son soutien et sa bonne humeur ; Thierry Laugier et Ophélie Serais pour leur indéfectible soutien pendant les phases de rédaction. Je remercie Jean-Louis Guillou pour son approvisionnement régulier et massif en informations historiques et Sylvie Mimosa pour nos discussions passionées. Je remercie encore les co-auteurs et personnels qui ont travaillé de près ou de loin aux publications contenus dans ce manuscrit. Leur noms sont reportés respectivement dans la partie remerciements des chapitres tirés des publications. Je remercie les responsables et les collègues des LER Arcachon, Hélène Auger-Jeanneret, Danièle Maurer, Isabelle Auby et LER Pertuis- Charentais, Audrey Bruneau et Jean Prou pour leur accueil toujours chaleureux, pour leurs 3 connaissances et leurs conseils ainsi que pour le matériel prêté généreusement ces dernières années. Je remercie Ismaël Bernard et Hélène Cochet pour leur professionalisme et leur implication dans cette aventure. Je remercie Lysel Garavelli pour ses compétences administratives et ses astuces qui m’ont apporté tant de sérénité. Je remercie Eric Fouilland et Christophe Leboulanger pour leurs conseils avisés et amicaux. Je remercie les coordinateurs du GDRI MPO/Ifremer "Rechaglo" pour avoir permis les échanges de personnel, de savoirs et de savoir-faire entre la France et le Canada. Je remercie Yves Henocque, la DAEI/Ifremer et la Société Franco-Japonaise d’Océanographie pour la dimension qu’ils ont donnée à ce travail dans le contexte international. Je remercie l’équipe de collaboration japonaise de la Fisheries Research and Education Agency d’Hiroshima (Masakazu Hori et Masami Hamaguchi), de l’Université d’Hiroshima (Jun Shoji), de l’Université de Tokyo (Toshihiro Miyajima) et de l’Université d’Hokkaido (Masahiro Nakaoka). Je remercie Jean-Paul et Sylviane Lagarde, Cécile et Nicolas Bizien, Catherine et Marc Vincent pour la sérénité et le soutien qu’ils ont su m’apporter pendant les longues périodes d’écritures, les expériences de terrain et les missions dans des contrées lointaines. Je remercie Michel, Odette et Franck Lagarde de m’avoir transmis la passion de l’ostréiculture et mes premières connaissances en lien avec le captage naturel de l’huître creuse. 4 Préambule Ce projet doctoral, hébergé à l’Ecole Doctorale 129 Sciences de l’Environnement de Sorbonne Universités, a été soutenu financièrement par l’Ifremer et a bénéficié du contexte scientifique de l’Unité Mixte de Recherche MARBEC (Univ. Montpellier, CNRS, IRD, Ifremer) "Biodiversité Marine et ses usages". Le jeu de données analysé a été acquis dans le cadre du projet régional PRONAMED2 (2012-2014) soutenu financièrement par France-Agrimer, le Conseil Régional d’Occitanie/Languedoc-Roussillon, le conseil départemental de l’Hérault, le Comité Régional de la Conchyliculture en Méditerranée, le Cépralmar et l’Ifremer. Au niveau national, ce projet a été soutenu par le réseau VELYGER de suivi de la reproduction, réseau financé par la Direction des Pêches Maritimes et de l'Aquaculture. Sur le plan international, une collaboration a été établie sur la période 2015-2018 dans le cadre du GDRI Ifremer France / MPO Canada "Réponses au changement global des communautés aquacoles et halieutiques et de leurs habitats" (RECHAGLO)1" sur la question de l’écologie et du comportement larvaire de l’huître avec les professeurs Réjean Tremblay (Institut des Sciences de la Mer, UQAR/Canada), Gilles Miron (Université de Moncton/Canada), Dr. Thomas Guyondet, Dr. Luc Comeau et Dr. Thomas Landry (MPO Moncton). Enfin, une collaboration internationale France2-Japon3 entre Ifremer et Fisheries Research and Education Agency (Dr. Masakazu Hori) a été soutenue financièrement en 2017 et 2018 par Campus-France (38567YK, Campus France/Ministère des Affaires Etrangères) et est intitulée "Integrated ecosystem management for exploited coastal ecosystem dynamics under oligotrophication" incluant un volet larvaire. 1 Axe 4 : Effet du changement global sur la distribution des espèces, l’accessibilité et la connectivité de leurs habitats et interaction avec la spatialisation de l’exploitation. Action « Comportement, distribution et qualité larvaire d’espèces-clé conchylicoles, Crassostrea spp. ». 2 UMR MARBEC Univ Montpellier, CNRS, IRD, Ifremer 3 National Research Institute of Fisheries and Environment of Inland Sea, Japanese Fisheries Research and Education Agency 5 En plus des 4 publications qui forment les chapitres de ce mémoire, ce projet doctoral a fait l’objet de 59 évènements de valorisation des travaux (Tableau 1 ; Annexe 1). Tableau 1: Valorisation des travaux de thèse Type 2015 2016 2017 2018 Total Conférences internationales, présentations orales 2 2 3 4 11 Conférences internationales, posters 1 1 2 4 Présentations en colloques au niveau national 1 2 3 Présentations en groupes de travail au niveau 2 2 4 4 12 international Présentations en groupes de travail au niveau régional 1 4 3 3 11 Rapports scientifiques et techniques 3 1 4 Jeux de données Seanoe 1 1 2 Articles de presse, ouvrages Grand Public 4 1 5 Interventions grand public 3 3 Participations à des reportages/documentaires 1 1 1 1 4 télévisuels Total 10 13 20 16 59 J’ai aussi participé à l’encadrement de 2 stagiaires : - Alana Correia-Martins (Licence 3 et Master 1-UQAR) qui a travaillé sur la caractérisation de l’état énergétique des larves, leur taille à la métamorphose et relation avec l’environnemental lagunaire en 2017 et 2018. - Eve Mouret (M2-MOI) qui a travaillé sur le développement numérique du modèle de production conchylicole en lagune conchylicole dans