Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung Andreas Tille Bioinformatik und medizinische Historisches

Debian Pure Bildverarbeitung Blends Mit Debian Med Aufgaben in Bioinformatik und der Testen für wis- senschaftliche medizinischen Bildverarbeitung lösen Anwendung

Support

Bioinformatik Andreas Tille Medizinische Bildverarbei- tung Debian Ausblick Chemnitz, 12. März 2017 Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- 1 tung Historisches

Andreas Tille 2 Debian Pure Blends Historisches

Debian Pure Blends 3 Testen für wissenschaftliche Anwendung Testen für wis- senschaftliche Anwendung 4 Support Support

Bioinformatik 5 Medizinische Bioinformatik Bildverarbei- tung

Ausblick 6 Medizinische Bildverarbeitung

7 Ausblick Bordeaux 2001 DebConf 1

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung

Andreas Tille

Historisches

Debian Pure Blends

Testen für wis- senschaftliche Anwendung

Support

Bioinformatik

Medizinische Bildverarbei- tung

Ausblick Vorbereitung erster Vortrag über Debian Med

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Historisches

Debian Pure Blends

Testen für wis- senschaftliche Anwendung

Support

Bioinformatik

Medizinische Bildverarbei- tung

Ausblick Lektion von DebConf 15 Heidelberg

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung

Andreas Tille

Historisches

Debian Pure Blends

Testen für wis- senschaftliche Anwendung Support I After 15 years people are starting to use what Bioinformatik I’m working on. Medizinische Bildverarbei- John Only 15 years? You young guys should be tung more patient. I should hurry up since after 15 Ausblick years I might be dead but you have so much time.

Image by Olaf Kosinsky CC BY-SA 3.0 Lektion von DebConf 15 Heidelberg

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Historisches

Debian Pure Blends

Testen für wis- senschaftliche Anwendung Support I After 15 years people are starting to use what Bioinformatik I’m working on. Medizinische Bildverarbei- John Only 15 years? You young guys should be tung more patient. I should hurry up since after 15 Ausblick years I might be dead but you have so much time.

Image by Olaf Kosinsky CC BY-SA 3.0 Motivation

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Andreas Tille

Historisches

Debian Pure Blends

Testen für wis- senschaftliche Anwendung Weil es möglich ist → Do-ocracy Support

Bioinformatik

Medizinische Bildverarbei- tung

Ausblick Was ist ein ”Paket”?

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung Andreas Tille Ein Paket ist ein Archiv von Dateien und Metadaten: Historisches sofort lauffähige Software Debian Pure Blends Metainformation zur Definition von Abhängigkeiten Testen für wis- senschaftliche Dokumentation Anwendung Beispiele für die Anwendung Support

Bioinformatik Medizinische § Bildverarbei- Installation per Mausklick auf tung beliebiger Anzahl von Computern Ausblick Was ist ein ”Paket”?

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung Andreas Tille Ein Paket ist ein Archiv von Dateien und Metadaten: Historisches sofort lauffähige Software Debian Pure Blends Metainformation zur Definition von Abhängigkeiten Testen für wis- senschaftliche Dokumentation Anwendung Beispiele für die Anwendung Support

Bioinformatik Medizinische § Bildverarbei- Installation per Mausklick auf tung beliebiger Anzahl von Computern Ausblick Was ist ein ”Paket”?

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung Andreas Tille Ein Paket ist ein Archiv von Dateien und Metadaten: Historisches sofort lauffähige Software Debian Pure Blends Metainformation zur Definition von Abhängigkeiten Testen für wis- senschaftliche Dokumentation Anwendung Beispiele für die Anwendung Support

Bioinformatik Medizinische § Bildverarbei- Installation per Mausklick auf tung beliebiger Anzahl von Computern Ausblick Was ist ein ”Paket”?

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung Andreas Tille Ein Paket ist ein Archiv von Dateien und Metadaten: Historisches sofort lauffähige Software Debian Pure Blends Metainformation zur Definition von Abhängigkeiten Testen für wis- senschaftliche Dokumentation Anwendung Beispiele für die Anwendung Support

Bioinformatik Medizinische § Bildverarbei- Installation per Mausklick auf tung beliebiger Anzahl von Computern Ausblick Was ist ein ”Paket”?

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung Andreas Tille Ein Paket ist ein Archiv von Dateien und Metadaten: Historisches sofort lauffähige Software Debian Pure Blends Metainformation zur Definition von Abhängigkeiten Testen für wis- senschaftliche Dokumentation Anwendung Beispiele für die Anwendung Support

Bioinformatik Medizinische § Bildverarbei- Installation per Mausklick auf tung beliebiger Anzahl von Computern Ausblick Spezifische Lösungen innerhalb Debian

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- Debian > 50000 Pakete tung

Andreas Tille Biologen & Mediziner brauchen nur sehr kleine spezifische Untermenge Historisches

Debian Pure Leichte Installation + Konfiguration dieser Untermenge Blends → Testen für wis- Automatische Installation Cloud senschaftliche Anwendung Dokumentation und Metadaten zur Software Support (Publikationen, Screenshots, Übersetzungen) Bioinformatik Vollständig integriert in Debian § kein „Fork“ Medizinische Bildverarbei- tung

Ausblick Grundidee: Keine separate Distribution sondern Debian für spezifische Lösungen in Medizin und Biologie anpassen Spezifische Lösungen innerhalb Debian

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Andreas Tille Biologen & Mediziner brauchen nur sehr kleine spezifische Untermenge Historisches

Debian Pure Leichte Installation + Konfiguration dieser Untermenge Blends → Testen für wis- Automatische Installation Cloud senschaftliche Anwendung Dokumentation und Metadaten zur Software Support (Publikationen, Screenshots, Übersetzungen) Bioinformatik Vollständig integriert in Debian § kein „Fork“ Medizinische Bildverarbei- tung

Ausblick Grundidee: Keine separate Distribution sondern Debian für spezifische Lösungen in Medizin und Biologie anpassen Spezifische Lösungen innerhalb Debian

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- Debian > 50000 Pakete tung

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Debian Pure Leichte Installation + Konfiguration dieser Untermenge Blends → Testen für wis- Automatische Installation Cloud senschaftliche Anwendung Dokumentation und Metadaten zur Software Support (Publikationen, Screenshots, Übersetzungen) Bioinformatik Vollständig integriert in Debian § kein „Fork“ Medizinische Bildverarbei- tung

Ausblick Grundidee: Keine separate Distribution sondern Debian für spezifische Lösungen in Medizin und Biologie anpassen Spezifische Lösungen innerhalb Debian

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Debian Pure Leichte Installation + Konfiguration dieser Untermenge Blends → Testen für wis- Automatische Installation Cloud senschaftliche Anwendung Dokumentation und Metadaten zur Software Support (Publikationen, Screenshots, Übersetzungen) Bioinformatik Vollständig integriert in Debian § kein „Fork“ Medizinische Bildverarbei- tung

Ausblick Grundidee: Keine separate Distribution sondern Debian für spezifische Lösungen in Medizin und Biologie anpassen Spezifische Lösungen innerhalb Debian

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Andreas Tille Biologen & Mediziner brauchen nur sehr kleine spezifische Untermenge Historisches

Debian Pure Leichte Installation + Konfiguration dieser Untermenge Blends → Testen für wis- Automatische Installation Cloud senschaftliche Anwendung Dokumentation und Metadaten zur Software Support (Publikationen, Screenshots, Übersetzungen) Bioinformatik Vollständig integriert in Debian § kein „Fork“ Medizinische Bildverarbei- tung

Ausblick Grundidee: Keine separate Distribution sondern Debian für spezifische Lösungen in Medizin und Biologie anpassen Spezifische Lösungen innerhalb Debian

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- Debian > 50000 Pakete tung

Andreas Tille Biologen & Mediziner brauchen nur sehr kleine spezifische Untermenge Historisches

Debian Pure Leichte Installation + Konfiguration dieser Untermenge Blends → Testen für wis- Automatische Installation Cloud senschaftliche Anwendung Dokumentation und Metadaten zur Software Support (Publikationen, Screenshots, Übersetzungen) Bioinformatik Vollständig integriert in Debian § kein „Fork“ Medizinische Bildverarbei- tung

Ausblick Grundidee: Keine separate Distribution sondern Debian für spezifische Lösungen in Medizin und Biologie anpassen Spezifische Lösungen innerhalb Debian

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- Debian > 50000 Pakete tung

Andreas Tille Biologen & Mediziner brauchen nur sehr kleine spezifische Untermenge Historisches

Debian Pure Leichte Installation + Konfiguration dieser Untermenge Blends → Testen für wis- Automatische Installation Cloud senschaftliche Anwendung Dokumentation und Metadaten zur Software Support (Publikationen, Screenshots, Übersetzungen) Bioinformatik Vollständig integriert in Debian § kein „Fork“ Medizinische Bildverarbei- tung

Ausblick Grundidee: Keine separate Distribution sondern Debian für spezifische Lösungen in Medizin und Biologie anpassen Abhängigkeiten

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung Andreas Tille Software hängt in der Regel von der Verfügbarkeit Historisches anderer Software ab Debian Pure Blends Beispiele:

Testen für wis- Java-Run-Time, gemeinsam genutzter Code senschaftliche (sogenannte Bibliotheken) Anwendung Bioinformatik-Pipeline hängt ab von Assembler, Support Mapper, etc. Bioinformatik

Medizinische Paketiersystem sichert die Verfügbarkeit aller Bildverarbei- tung Abhängigkeiten ohne zusätzliche Maßnahmen Ausblick . . . zumindest bei modernen Linux Distributionen Abhängigkeiten

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung Andreas Tille Software hängt in der Regel von der Verfügbarkeit Historisches anderer Software ab Debian Pure Blends Beispiele:

Testen für wis- Java-Run-Time, gemeinsam genutzter Code senschaftliche (sogenannte Bibliotheken) Anwendung Bioinformatik-Pipeline hängt ab von Assembler, Support Mapper, etc. Bioinformatik

Medizinische Paketiersystem sichert die Verfügbarkeit aller Bildverarbei- tung Abhängigkeiten ohne zusätzliche Maßnahmen Ausblick . . . zumindest bei modernen Linux Distributionen Abhängigkeiten

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung Andreas Tille Software hängt in der Regel von der Verfügbarkeit Historisches anderer Software ab Debian Pure Blends Beispiele:

Testen für wis- Java-Run-Time, gemeinsam genutzter Code senschaftliche (sogenannte Bibliotheken) Anwendung Bioinformatik-Pipeline hängt ab von Assembler, Support Mapper, etc. Bioinformatik

Medizinische Paketiersystem sichert die Verfügbarkeit aller Bildverarbei- tung Abhängigkeiten ohne zusätzliche Maßnahmen Ausblick . . . zumindest bei modernen Linux Distributionen Abhängigkeiten

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung Andreas Tille Software hängt in der Regel von der Verfügbarkeit Historisches anderer Software ab Debian Pure Blends Beispiele:

Testen für wis- Java-Run-Time, gemeinsam genutzter Code senschaftliche (sogenannte Bibliotheken) Anwendung Bioinformatik-Pipeline hängt ab von Assembler, Support Mapper, etc. Bioinformatik

Medizinische Paketiersystem sichert die Verfügbarkeit aller Bildverarbei- tung Abhängigkeiten ohne zusätzliche Maßnahmen Ausblick . . . zumindest bei modernen Linux Distributionen Abhängigkeiten

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung Andreas Tille Software hängt in der Regel von der Verfügbarkeit Historisches anderer Software ab Debian Pure Blends Beispiele:

Testen für wis- Java-Run-Time, gemeinsam genutzter Code senschaftliche (sogenannte Bibliotheken) Anwendung Bioinformatik-Pipeline hängt ab von Assembler, Support Mapper, etc. Bioinformatik

Medizinische Paketiersystem sichert die Verfügbarkeit aller Bildverarbei- tung Abhängigkeiten ohne zusätzliche Maßnahmen Ausblick . . . zumindest bei modernen Linux Distributionen Abhängigkeiten

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung Andreas Tille Software hängt in der Regel von der Verfügbarkeit Historisches anderer Software ab Debian Pure Blends Beispiele:

Testen für wis- Java-Run-Time, gemeinsam genutzter Code senschaftliche (sogenannte Bibliotheken) Anwendung Bioinformatik-Pipeline hängt ab von Assembler, Support Mapper, etc. Bioinformatik

Medizinische Paketiersystem sichert die Verfügbarkeit aller Bildverarbei- tung Abhängigkeiten ohne zusätzliche Maßnahmen Ausblick . . . zumindest bei modernen Linux Distributionen Sofort einsetzbare Software

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung

Andreas Tille

Historisches erzeugt aus dem Quellcode Debian Pure Blends ermöglicht wissenschaftliche Validierung Testen für wis- senschaftliche getestet zum Zeitpunkt der Paketerstellung Anwendung regelmäßige Tests zur Reproduktion erwarteter Support

Bioinformatik Resultate Medizinische . . . zumindest bei der Verwendung von Debian Paketen Bildverarbei- tung

Ausblick Sofort einsetzbare Software

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung

Andreas Tille

Historisches erzeugt aus dem Quellcode Debian Pure Blends ermöglicht wissenschaftliche Validierung Testen für wis- senschaftliche getestet zum Zeitpunkt der Paketerstellung Anwendung regelmäßige Tests zur Reproduktion erwarteter Support

Bioinformatik Resultate Medizinische . . . zumindest bei der Verwendung von Debian Paketen Bildverarbei- tung

Ausblick Sofort einsetzbare Software

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung

Andreas Tille

Historisches erzeugt aus dem Quellcode Debian Pure Blends ermöglicht wissenschaftliche Validierung Testen für wis- senschaftliche getestet zum Zeitpunkt der Paketerstellung Anwendung regelmäßige Tests zur Reproduktion erwarteter Support

Bioinformatik Resultate Medizinische . . . zumindest bei der Verwendung von Debian Paketen Bildverarbei- tung

Ausblick Sofort einsetzbare Software

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung

Andreas Tille

Historisches erzeugt aus dem Quellcode Debian Pure Blends ermöglicht wissenschaftliche Validierung Testen für wis- senschaftliche getestet zum Zeitpunkt der Paketerstellung Anwendung regelmäßige Tests zur Reproduktion erwarteter Support

Bioinformatik Resultate Medizinische . . . zumindest bei der Verwendung von Debian Paketen Bildverarbei- tung

Ausblick Sofort einsetzbare Software

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung

Andreas Tille

Historisches erzeugt aus dem Quellcode Debian Pure Blends ermöglicht wissenschaftliche Validierung Testen für wis- senschaftliche getestet zum Zeitpunkt der Paketerstellung Anwendung regelmäßige Tests zur Reproduktion erwarteter Support

Bioinformatik Resultate Medizinische . . . zumindest bei der Verwendung von Debian Paketen Bildverarbei- tung

Ausblick Debian

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Andreas Tille

Historisches

Debian Pure Blends

Testen für wis- senschaftliche Anwendung

Support

Bioinformatik

Medizinische Bildverarbei- tung

Ausblick Bioinformatik in Debian

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Historisches

Debian Pure Blends

Testen für wis- senschaftliche Anwendung

Support

Bioinformatik

Medizinische Bildverarbei- tung

Ausblick Bioinformatik in Debian

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung

Andreas Tille

Historisches

Debian Pure Blends

Testen für wis- senschaftliche Anwendung

Support

Bioinformatik

Medizinische Bildverarbei- tung

Ausblick Bioinformatik in Debian

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung

Andreas Tille

Historisches

Debian Pure Blends

Testen für wis- senschaftliche Anwendung

Support

Bioinformatik

Medizinische Bildverarbei- tung

Ausblick Bioinformatik in Debian

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung

Andreas Tille

Historisches

Debian Pure Blends

Testen für wis- senschaftliche Anwendung

Support

Bioinformatik

Medizinische Bildverarbei- tung

Ausblick Med-bio task of Debian Med

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung

Andreas Tille

Historisches

Debian Pure Blends

Testen für wis- senschaftliche Anwendung

Support

Bioinformatik

Medizinische Bildverarbei- tung

Ausblick Pakete in ausgewählten Tasks von Debian Med

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung 500 Andreas Tille

Historisches 400 Debian Pure Blends 300 Testen für wis- senschaftliche Anwendung 200 Support

Bioinformatik 100 Medizinische Bildverarbei- tung 0 Ausblick tools psychology practice imaging-dev 2004 imaging 2006 2008 his 2010 epi 2012 bio-dev 2014 bio Getestete Software in der Wissenschaft

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung Andreas Tille Freie Software ermöglicht die Untersuchung des

Historisches Algorithmus Debian Pure Software wird zum Zeitpunkt der Erstellung des Blends Binärcodes getestet Testen für wis- senschaftliche Anwendung Pakete werden automatisch installiert und regelmäßig

Support getestet Bioinformatik Identischer Code wird weltweit von Wissenschaftlern Medizinische Bildverarbei- benutzt, die Probleme berichten können tung Paketsystem erstellt Protokoll zu welcher Zeit welche Ausblick Softwareversion installiert war Getestete Software in der Wissenschaft

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung Andreas Tille Freie Software ermöglicht die Untersuchung des

Historisches Algorithmus Debian Pure Software wird zum Zeitpunkt der Erstellung des Blends Binärcodes getestet Testen für wis- senschaftliche Anwendung Pakete werden automatisch installiert und regelmäßig

Support getestet Bioinformatik Identischer Code wird weltweit von Wissenschaftlern Medizinische Bildverarbei- benutzt, die Probleme berichten können tung Paketsystem erstellt Protokoll zu welcher Zeit welche Ausblick Softwareversion installiert war Getestete Software in der Wissenschaft

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung Andreas Tille Freie Software ermöglicht die Untersuchung des

Historisches Algorithmus Debian Pure Software wird zum Zeitpunkt der Erstellung des Blends Binärcodes getestet Testen für wis- senschaftliche Anwendung Pakete werden automatisch installiert und regelmäßig

Support getestet Bioinformatik Identischer Code wird weltweit von Wissenschaftlern Medizinische Bildverarbei- benutzt, die Probleme berichten können tung Paketsystem erstellt Protokoll zu welcher Zeit welche Ausblick Softwareversion installiert war Getestete Software in der Wissenschaft

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung Andreas Tille Freie Software ermöglicht die Untersuchung des

Historisches Algorithmus Debian Pure Software wird zum Zeitpunkt der Erstellung des Blends Binärcodes getestet Testen für wis- senschaftliche Anwendung Pakete werden automatisch installiert und regelmäßig

Support getestet Bioinformatik Identischer Code wird weltweit von Wissenschaftlern Medizinische Bildverarbei- benutzt, die Probleme berichten können tung Paketsystem erstellt Protokoll zu welcher Zeit welche Ausblick Softwareversion installiert war Getestete Software in der Wissenschaft

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung Andreas Tille Freie Software ermöglicht die Untersuchung des

Historisches Algorithmus Debian Pure Software wird zum Zeitpunkt der Erstellung des Blends Binärcodes getestet Testen für wis- senschaftliche Anwendung Pakete werden automatisch installiert und regelmäßig

Support getestet Bioinformatik Identischer Code wird weltweit von Wissenschaftlern Medizinische Bildverarbei- benutzt, die Probleme berichten können tung Paketsystem erstellt Protokoll zu welcher Zeit welche Ausblick Softwareversion installiert war Eigene Tests für reproduzierbare Ergebnisse

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung

Andreas Tille

Historisches Debian Pure Erstellen eigener Testsuites möglich Blends

Testen für wis- Vergleich durch prozessieren von Standarddaten mit senschaftliche Anwendung erwarteten Ergebnissen Support Test in virtueller Maschine (oder chroot) vor dem Bioinformatik Ausrollen Medizinische Bildverarbei- tung

Ausblick Eigene Tests für reproduzierbare Ergebnisse

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung

Andreas Tille

Historisches Debian Pure Erstellen eigener Testsuites möglich Blends

Testen für wis- Vergleich durch prozessieren von Standarddaten mit senschaftliche Anwendung erwarteten Ergebnissen Support Test in virtueller Maschine (oder chroot) vor dem Bioinformatik Ausrollen Medizinische Bildverarbei- tung

Ausblick Eigene Tests für reproduzierbare Ergebnisse

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung

Andreas Tille

Historisches Debian Pure Erstellen eigener Testsuites möglich Blends

Testen für wis- Vergleich durch prozessieren von Standarddaten mit senschaftliche Anwendung erwarteten Ergebnissen Support Test in virtueller Maschine (oder chroot) vor dem Bioinformatik Ausrollen Medizinische Bildverarbei- tung

Ausblick Debian Med organisiert GSoC Projekt

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung

Andreas Tille

Historisches Debian Pure Google Summer of Code / Outreachy Blends

Testen für wis- Bioinformatikstudenten schreiben Tests senschaftliche Anwendung Bevorzugung vielgenutzter Debian Pakete (Popularity Support Contest) Bioinformatik Während des Testens Fehler erkannt und behoben Medizinische Bildverarbei- tung

Ausblick Debian Med organisiert GSoC Projekt

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung

Andreas Tille

Historisches Debian Pure Google Summer of Code / Outreachy Blends

Testen für wis- Bioinformatikstudenten schreiben Tests senschaftliche Anwendung Bevorzugung vielgenutzter Debian Pakete (Popularity Support Contest) Bioinformatik Während des Testens Fehler erkannt und behoben Medizinische Bildverarbei- tung

Ausblick Debian Med organisiert GSoC Projekt

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung

Andreas Tille

Historisches Debian Pure Google Summer of Code / Outreachy Blends

Testen für wis- Bioinformatikstudenten schreiben Tests senschaftliche Anwendung Bevorzugung vielgenutzter Debian Pakete (Popularity Support Contest) Bioinformatik Während des Testens Fehler erkannt und behoben Medizinische Bildverarbei- tung

Ausblick Debian Med organisiert GSoC Projekt

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung

Andreas Tille

Historisches Debian Pure Google Summer of Code / Outreachy Blends

Testen für wis- Bioinformatikstudenten schreiben Tests senschaftliche Anwendung Bevorzugung vielgenutzter Debian Pakete (Popularity Support Contest) Bioinformatik Während des Testens Fehler erkannt und behoben Medizinische Bildverarbei- tung

Ausblick Automatische Versionsüberwachung

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung

Andreas Tille

Historisches

Debian Pure Blends Verschiedene eingesetzte Tools sind veraltet Testen für wis- senschaftliche Bewußt oder Unwissen? Anwendung

Support Per uscan automatisch informieren lassen

Bioinformatik

Medizinische Bildverarbei- tung

Ausblick Automatische Versionsüberwachung

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung

Andreas Tille

Historisches

Debian Pure Blends Verschiedene eingesetzte Tools sind veraltet Testen für wis- senschaftliche Bewußt oder Unwissen? Anwendung

Support Per uscan automatisch informieren lassen

Bioinformatik

Medizinische Bildverarbei- tung

Ausblick Automatische Versionsüberwachung

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung

Andreas Tille

Historisches

Debian Pure Blends Verschiedene eingesetzte Tools sind veraltet Testen für wis- senschaftliche Bewußt oder Unwissen? Anwendung

Support Per uscan automatisch informieren lassen

Bioinformatik

Medizinische Bildverarbei- tung

Ausblick Support in Freien Software Teams

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung

Andreas Tille

Historisches

Debian Pure Blends Testen für wis- Am Morgen aufwachen und feststellen, senschaftliche Anwendung daß jemand anderes Dein Problem Support

Bioinformatik von gestern Abend gelöst hat.

Medizinische Bildverarbei- tung

Ausblick Illusion? – Ein Beispiel (giira)

Bioinformatik und Sat, 8 Feb 2014 00:16 A. Tille medizinische Need some help for Java package Bildverarbei- tung Sat, 8 Feb 2014 08:15 O. Sallou

Andreas Tille I gonna have a look Sat, 8 Feb 2014 08:42 O. Sallou Historisches I was close to get it Debian Pure Blends Sat, 8 Feb 2014 09:11 O. Sallou

Testen für wis- Got this problem, detected new one, need to contact authors senschaftliche Sat, 8 Feb 2014 09:30 A. Tille Anwendung Thanks for your effort, I can give the authors a phone call Support Sat, 8 Feb 2014 10:57 A. Tille Bioinformatik There is some other minor problem Medizinische Bildverarbei- Sat, 8 Feb 2014 12:44 O. Sallou tung There is a simple workaround Ausblick Mon, 10 Feb 2014 11:03 O. Sallou I asked authors and they solved remaining issue Mon, 10 Feb 2014 13:51 A. Tille Thanks. Some last advise needed Mon, 10 Feb 2014 14:02 O. Sallou Code updated, problem solved Illusion? – Ein Beispiel (giira)

Bioinformatik und Sat, 8 Feb 2014 00:16 A. Tille medizinische Need some help for Java package Bildverarbei- tung Sat, 8 Feb 2014 08:15 O. Sallou

Andreas Tille I gonna have a look Sat, 8 Feb 2014 08:42 O. Sallou Historisches I was close to get it Debian Pure Blends Sat, 8 Feb 2014 09:11 O. Sallou

Testen für wis- Got this problem, detected new one, need to contact authors senschaftliche Sat, 8 Feb 2014 09:30 A. Tille Anwendung Thanks for your effort, I can give the authors a phone call Support Sat, 8 Feb 2014 10:57 A. Tille Bioinformatik There is some other minor problem Medizinische Bildverarbei- Sat, 8 Feb 2014 12:44 O. Sallou tung There is a simple workaround Ausblick Mon, 10 Feb 2014 11:03 O. Sallou I asked authors and they solved remaining issue Mon, 10 Feb 2014 13:51 A. Tille Thanks. Some last advise needed Mon, 10 Feb 2014 14:02 O. Sallou Code updated, problem solved Illusion? – Ein Beispiel (giira)

Bioinformatik und Sat, 8 Feb 2014 00:16 A. Tille medizinische Need some help for Java package Bildverarbei- tung Sat, 8 Feb 2014 08:15 O. Sallou

Andreas Tille I gonna have a look Sat, 8 Feb 2014 08:42 O. Sallou Historisches I was close to get it Debian Pure Blends Sat, 8 Feb 2014 09:11 O. Sallou

Testen für wis- Got this problem, detected new one, need to contact authors senschaftliche Sat, 8 Feb 2014 09:30 A. Tille Anwendung Thanks for your effort, I can give the authors a phone call Support Sat, 8 Feb 2014 10:57 A. Tille Bioinformatik There is some other minor problem Medizinische Bildverarbei- Sat, 8 Feb 2014 12:44 O. Sallou tung There is a simple workaround Ausblick Mon, 10 Feb 2014 11:03 O. Sallou I asked authors and they solved remaining issue Mon, 10 Feb 2014 13:51 A. Tille Thanks. Some last advise needed Mon, 10 Feb 2014 14:02 O. Sallou Code updated, problem solved Illusion? – Ein Beispiel (giira)

Bioinformatik und Sat, 8 Feb 2014 00:16 A. Tille medizinische Need some help for Java package Bildverarbei- tung Sat, 8 Feb 2014 08:15 O. Sallou

Andreas Tille I gonna have a look Sat, 8 Feb 2014 08:42 O. Sallou Historisches I was close to get it Debian Pure Blends Sat, 8 Feb 2014 09:11 O. Sallou

Testen für wis- Got this problem, detected new one, need to contact authors senschaftliche Sat, 8 Feb 2014 09:30 A. Tille Anwendung Thanks for your effort, I can give the authors a phone call Support Sat, 8 Feb 2014 10:57 A. Tille Bioinformatik There is some other minor problem Medizinische Bildverarbei- Sat, 8 Feb 2014 12:44 O. Sallou tung There is a simple workaround Ausblick Mon, 10 Feb 2014 11:03 O. Sallou I asked authors and they solved remaining issue Mon, 10 Feb 2014 13:51 A. Tille Thanks. Some last advise needed Mon, 10 Feb 2014 14:02 O. Sallou Code updated, problem solved Illusion? – Ein Beispiel (giira)

Bioinformatik und Sat, 8 Feb 2014 00:16 A. Tille medizinische Need some help for Java package Bildverarbei- tung Sat, 8 Feb 2014 08:15 O. Sallou

Andreas Tille I gonna have a look Sat, 8 Feb 2014 08:42 O. Sallou Historisches I was close to get it Debian Pure Blends Sat, 8 Feb 2014 09:11 O. Sallou

Testen für wis- Got this problem, detected new one, need to contact authors senschaftliche Sat, 8 Feb 2014 09:30 A. Tille Anwendung Thanks for your effort, I can give the authors a phone call Support Sat, 8 Feb 2014 10:57 A. Tille Bioinformatik There is some other minor problem Medizinische Bildverarbei- Sat, 8 Feb 2014 12:44 O. Sallou tung There is a simple workaround Ausblick Mon, 10 Feb 2014 11:03 O. Sallou I asked authors and they solved remaining issue Mon, 10 Feb 2014 13:51 A. Tille Thanks. Some last advise needed Mon, 10 Feb 2014 14:02 O. Sallou Code updated, problem solved Illusion? – Ein Beispiel (giira)

Bioinformatik und Sat, 8 Feb 2014 00:16 A. Tille medizinische Need some help for Java package Bildverarbei- tung Sat, 8 Feb 2014 08:15 O. Sallou

Andreas Tille I gonna have a look Sat, 8 Feb 2014 08:42 O. Sallou Historisches I was close to get it Debian Pure Blends Sat, 8 Feb 2014 09:11 O. Sallou

Testen für wis- Got this problem, detected new one, need to contact authors senschaftliche Sat, 8 Feb 2014 09:30 A. Tille Anwendung Thanks for your effort, I can give the authors a phone call Support Sat, 8 Feb 2014 10:57 A. Tille Bioinformatik There is some other minor problem Medizinische Bildverarbei- Sat, 8 Feb 2014 12:44 O. Sallou tung There is a simple workaround Ausblick Mon, 10 Feb 2014 11:03 O. Sallou I asked authors and they solved remaining issue Mon, 10 Feb 2014 13:51 A. Tille Thanks. Some last advise needed Mon, 10 Feb 2014 14:02 O. Sallou Code updated, problem solved Illusion? – Ein Beispiel (giira)

Bioinformatik und Sat, 8 Feb 2014 00:16 A. Tille medizinische Need some help for Java package Bildverarbei- tung Sat, 8 Feb 2014 08:15 O. Sallou

Andreas Tille I gonna have a look Sat, 8 Feb 2014 08:42 O. Sallou Historisches I was close to get it Debian Pure Blends Sat, 8 Feb 2014 09:11 O. Sallou

Testen für wis- Got this problem, detected new one, need to contact authors senschaftliche Sat, 8 Feb 2014 09:30 A. Tille Anwendung Thanks for your effort, I can give the authors a phone call Support Sat, 8 Feb 2014 10:57 A. Tille Bioinformatik There is some other minor problem Medizinische Bildverarbei- Sat, 8 Feb 2014 12:44 O. Sallou tung There is a simple workaround Ausblick Mon, 10 Feb 2014 11:03 O. Sallou I asked authors and they solved remaining issue Mon, 10 Feb 2014 13:51 A. Tille Thanks. Some last advise needed Mon, 10 Feb 2014 14:02 O. Sallou Code updated, problem solved Illusion? – Ein Beispiel (giira)

Bioinformatik und Sat, 8 Feb 2014 00:16 A. Tille medizinische Need some help for Java package Bildverarbei- tung Sat, 8 Feb 2014 08:15 O. Sallou

Andreas Tille I gonna have a look Sat, 8 Feb 2014 08:42 O. Sallou Historisches I was close to get it Debian Pure Blends Sat, 8 Feb 2014 09:11 O. Sallou

Testen für wis- Got this problem, detected new one, need to contact authors senschaftliche Sat, 8 Feb 2014 09:30 A. Tille Anwendung Thanks for your effort, I can give the authors a phone call Support Sat, 8 Feb 2014 10:57 A. Tille Bioinformatik There is some other minor problem Medizinische Bildverarbei- Sat, 8 Feb 2014 12:44 O. Sallou tung There is a simple workaround Ausblick Mon, 10 Feb 2014 11:03 O. Sallou I asked authors and they solved remaining issue Mon, 10 Feb 2014 13:51 A. Tille Thanks. Some last advise needed Mon, 10 Feb 2014 14:02 O. Sallou Code updated, problem solved Illusion? – Ein Beispiel (giira)

Bioinformatik und Sat, 8 Feb 2014 00:16 A. Tille medizinische Need some help for Java package Bildverarbei- tung Sat, 8 Feb 2014 08:15 O. Sallou

Andreas Tille I gonna have a look Sat, 8 Feb 2014 08:42 O. Sallou Historisches I was close to get it Debian Pure Blends Sat, 8 Feb 2014 09:11 O. Sallou

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Bioinformatik und NJplot Darstellung phylogenetischer Bäume medizinische Gubbins Genealogies Unbiased By recomBinations In Nucleotide Bildverarbei- tung Sequences 1 Andreas Tille Phylip Programmsammlung für phylogenetische Analysen PhyML Phylogenetische Schätzung per Maximum Likelihood Historisches Methode Debian Pure Blends seaview Erstellen und Bearbeiten von Alignments und Erstellen von Bäumen Testen für wis- senschaftliche Treeviewx Darstellung phylogenetischer Bäume Anwendung r-cran-ape GNU R Paket zur Analyse von Phylogenie und Evolution Support MrBayes Bayesian Inference und Modelauswahl zwischen Bioinformatik phylogenetischen und evolutionären Modellen Medizinische Bildverarbei- RaXML Randomized Accelerated Maximum Likelihood tung phylogenetischer Bäume Ausblick fsa Multiple Alignments durch paarweise Schätzungen der Homologie fasttree Phylogenetische Bäume aus Alignments von Nucleotid- oder Proteinsequencen § Übersicht über mehr Phylogenieprogramme 1Bemühungen zur Befreiung von Software Phylogenetische Analysen

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Bioinformatik und bedtools Sehr umfangreicher Werkzeugkasten für medizinische Genomanalyseaufgaben Bildverarbei- tung BWA Burrows-Wheeler Aligner: Abbilden gering abweichender Andreas Tille Sequenzen auf eine große Referenzsequenz

Historisches Bowtie2 Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen Debian Pure Blends LAST Genome-scale comparison of biological sequences Testen für wis- senschaftliche tabix Generischer Indexer für .tbi und .csi formatierte Anwendung Dateien Support VCFtools Werkzeugsammlung für die Arbeit mit VCF Dateien Bioinformatik Maq Mapt kurze polymorphe DNA-Sequenzen mit fester Medizinische Länge auf Referenzsequenzen Bildverarbei- tung Velvet DNS Assembler für sehr kurze Reads von Sequenzen Ausblick FASTX-Toolkit Sammlung an Befehlszeilenwerkzeugen zur Vorverarbeitung von kurzen Nukleotidsequenzen Ray Paralleler Genome Assembler für parallele DNA-Sequenzierung § Übersicht über mehr Programme für NGS Sequenzierung der dritten Generation (NGS)

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Bioinformatik und samtools Bearbeiten von Sequenzalignments im SAM und BAM medizinische Format Bildverarbei- tung ncbi-blast+ Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) Sequence Werkzeuge vom NCBI Andreas Tille clustalw Multiple Alignments von Nukleotid- oder Historisches Peptidsequenzen Debian Pure Muscle Programm zur Ausrichtung mehrerer Proteinsequenzen Blends Hmmer Profil-Hidden-Markov-Modelle für Testen für wis- Protein-Sequenzanalyse senschaftliche Anwendung Dialign(-tx) Segmentbasiertes multiples Sequenzalignment Support Exonerate Generisches Werkzeug zum paarweisen Bioinformatik Sequenzvergleich

Medizinische Mafft Multiples Alignment Programm für DNA oder Bildverarbei- Proteinsequencen tung amap-alig Multiple Alignments durch Sequenz-»annealing« bei Ausblick Proteinen T-coffee Multiple Sequence Alignment Clustal Omega Universalprogramm für multiple Sequenzalignments (MSA) von Proteinen sim4 Werkzeug für Alignments von cDNA mit genomischer DNA Sequenzalignment

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Support Mummer Effizientes Sequenzalignment vollständiger Genome Bioinformatik TM-align Proteinstruktur Alignment Medizinische TopHat Schneller Mapper für Splice Junctions von Bildverarbei- tung RNA-Sequenzstücken

Ausblick prank PRobabilistic AligNment Kit für DNA, Codon und DNA Sequenzen Boxshade Pretty-printing von multiplen Sequenzalignments Gff2aplot Paarweise Alignment Plots für Genomsequenzen in PostScript e-PCR Testet DNA Sequenzen auf Vorhandensein von Markern Sequenzalignment (Fortsetzung)

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Ausblick prank PRobabilistic AligNment Kit für DNA, Codon und DNA Sequenzen Boxshade Pretty-printing von multiplen Sequenzalignments Gff2aplot Paarweise Alignment Plots für Genomsequenzen in PostScript e-PCR Testet DNA Sequenzen auf Vorhandensein von Markern Exkurs: Wie habe ich die Liste erstellt?

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung Ultimate Debian Database (UDD) Andreas Tille SELECT DISTINCT p.package, p.description, po.vote FROM packages p Historisches JOIN descriptions d ON Debian Pure Blends p.description_md5 = d.description_md5

Testen für wis- JOIN popcon po ON p.package = po.package senschaftliche WHERE maintainer LIKE ’\%debian-med\%’ Anwendung AND language = ’en’. Support AND p.release = ’sid’ Bioinformatik AND architecture = ’amd64’ Medizinische AND (d.description ILIKE ’\%align\%’ Bildverarbei- tung OR long_description ILIKE ’\%align\%’ )

Ausblick ORDER BY vote DESC, package;

Derzeit liefert diese Abfrage 189 Ergebnisse. Molekulare Modellierung und Moleküldynamik

Bioinformatik und PyMOL Grafiksystem für Moleküle, ausgerichtet auf medizinische Bildverarbei- mittelgroße bis große Biomoleküle wie Proteine tung RasMol Visualisierung biologischer Makromoleküle Andreas Tille Gromacs Simulator für Moleküldynamik, Werkzeuge für Historisches das Erstellen der Modelle und deren Analyse Debian Pure Blends Garlic Darstellungsprogramm für Biomoleküle

Testen für wis- BALLview Werkzeug für Molekulardesign und -grafiken senschaftliche Anwendung Gamgi Konstruktion, Betrachtung und Analyse von Support Atomstrukturen Bioinformatik Gdpc Visualisiert Molekulardynamik-Simulationen Medizinische Adun.app Molekularsimulator für GNUstep Bildverarbei- tung Autogrid Vorberechnung der Bindung von Liganden an Ausblick ihren Rezeptor Ghemical GNOME Programm zur molekularen Modellierung R-other-bio3d GNU R Paket für Biologische Strukturanalyse Molekulare Modellierung und Moleküldynamik

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Bioinformatik und PyMOL Grafiksystem für Moleküle, ausgerichtet auf medizinische Bildverarbei- mittelgroße bis große Biomoleküle wie Proteine tung RasMol Visualisierung biologischer Makromoleküle Andreas Tille Gromacs Simulator für Moleküldynamik, Werkzeuge für Historisches das Erstellen der Modelle und deren Analyse Debian Pure Blends Garlic Darstellungsprogramm für Biomoleküle

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Bioinformatik und PyMOL Grafiksystem für Moleküle, ausgerichtet auf medizinische Bildverarbei- mittelgroße bis große Biomoleküle wie Proteine tung RasMol Visualisierung biologischer Makromoleküle Andreas Tille Gromacs Simulator für Moleküldynamik, Werkzeuge für Historisches das Erstellen der Modelle und deren Analyse Debian Pure Blends Garlic Darstellungsprogramm für Biomoleküle

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Bioinformatik und PyMOL Grafiksystem für Moleküle, ausgerichtet auf medizinische Bildverarbei- mittelgroße bis große Biomoleküle wie Proteine tung RasMol Visualisierung biologischer Makromoleküle Andreas Tille Gromacs Simulator für Moleküldynamik, Werkzeuge für Historisches das Erstellen der Modelle und deren Analyse Debian Pure Blends Garlic Darstellungsprogramm für Biomoleküle

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Bioinformatik und PyMOL Grafiksystem für Moleküle, ausgerichtet auf medizinische Bildverarbei- mittelgroße bis große Biomoleküle wie Proteine tung RasMol Visualisierung biologischer Makromoleküle Andreas Tille Gromacs Simulator für Moleküldynamik, Werkzeuge für Historisches das Erstellen der Modelle und deren Analyse Debian Pure Blends Garlic Darstellungsprogramm für Biomoleküle

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Bioinformatik und PyMOL Grafiksystem für Moleküle, ausgerichtet auf medizinische Bildverarbei- mittelgroße bis große Biomoleküle wie Proteine tung RasMol Visualisierung biologischer Makromoleküle Andreas Tille Gromacs Simulator für Moleküldynamik, Werkzeuge für Historisches das Erstellen der Modelle und deren Analyse Debian Pure Blends Garlic Darstellungsprogramm für Biomoleküle

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Bioinformatik und medizinische BioPython Python-Werkzeuge für rechnergestützte Bildverarbei- tung Molekularbiologie Andreas Tille BioPerl Perl-Werkzeuge für etablierte bioinformatische Historisches Verfahren Debian Pure Blends BioJava Java API für biologische Daten und

Testen für wis- Anwendungen senschaftliche Anwendung BioRuby Ruby Werkzeuge für Molekularbiologie Support Bioconductor Umfangreiche Paketsammlung für R (mehr Bioinformatik Pakete auf Anfrage) Medizinische Bildverarbei- tung Ruffus In Bioinformatik weit verbreitete Computation

Ausblick Pipeline Bibliothek SBML5 System Biology Markup Language Bibliothek

§ Vollständige Übersicht für Entwickler Unterstützung für Entwickler

Bioinformatik und medizinische BioPython Python-Werkzeuge für rechnergestützte Bildverarbei- tung Molekularbiologie Andreas Tille BioPerl Perl-Werkzeuge für etablierte bioinformatische Historisches Verfahren Debian Pure Blends BioJava Java API für biologische Daten und

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Bioinformatik und medizinische BioPython Python-Werkzeuge für rechnergestützte Bildverarbei- tung Molekularbiologie Andreas Tille BioPerl Perl-Werkzeuge für etablierte bioinformatische Historisches Verfahren Debian Pure Blends BioJava Java API für biologische Daten und

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Bioinformatik und medizinische BioPython Python-Werkzeuge für rechnergestützte Bildverarbei- tung Molekularbiologie Andreas Tille BioPerl Perl-Werkzeuge für etablierte bioinformatische Historisches Verfahren Debian Pure Blends BioJava Java API für biologische Daten und

Testen für wis- Anwendungen senschaftliche Anwendung BioRuby Ruby Werkzeuge für Molekularbiologie Support Bioconductor Umfangreiche Paketsammlung für R (mehr Bioinformatik Pakete auf Anfrage) Medizinische Bildverarbei- tung Ruffus In Bioinformatik weit verbreitete Computation

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Bioinformatik und medizinische BioPython Python-Werkzeuge für rechnergestützte Bildverarbei- tung Molekularbiologie Andreas Tille BioPerl Perl-Werkzeuge für etablierte bioinformatische Historisches Verfahren Debian Pure Blends BioJava Java API für biologische Daten und

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Bioinformatik und medizinische BioPython Python-Werkzeuge für rechnergestützte Bildverarbei- tung Molekularbiologie Andreas Tille BioPerl Perl-Werkzeuge für etablierte bioinformatische Historisches Verfahren Debian Pure Blends BioJava Java API für biologische Daten und

Testen für wis- Anwendungen senschaftliche Anwendung BioRuby Ruby Werkzeuge für Molekularbiologie Support Bioconductor Umfangreiche Paketsammlung für R (mehr Bioinformatik Pakete auf Anfrage) Medizinische Bildverarbei- tung Ruffus In Bioinformatik weit verbreitete Computation

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§ Vollständige Übersicht für Entwickler Alternativen

Bioinformatik und medizinische BioLinux Bildverarbei- tung Ubuntu Derivat mit extra Bioinformatikpaketen und Andreas Tille Desktopanpassungen Sehr enge Zusammenarbeit (Entwickler auf Debian Med Sprints) Historisches

Debian Pure Projekt nicht weiterentwickelt - Entwickler empfielt Debian Med Blends

Testen für wis- senschaftliche OSDDLinux Anwendung Debian/Ubuntu (?) Derivat zur Medikamentenentwicklung Support

Bioinformatik Viele Überschneidungen mit Debian Med Medizinische Verschiedene Kontaktversuche zur Zusammenarbeit Bildverarbei- tung Aktueller Status unklar Ausblick FreeBSD ports collection Biology Große Anzahl Bioinformatikprogramme Einige wenige davon noch nicht für Debian paketiert Alternativen

Bioinformatik und medizinische BioLinux Bildverarbei- tung Ubuntu Derivat mit extra Bioinformatikpaketen und Andreas Tille Desktopanpassungen Sehr enge Zusammenarbeit (Entwickler auf Debian Med Sprints) Historisches

Debian Pure Projekt nicht weiterentwickelt - Entwickler empfielt Debian Med Blends

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Bioinformatik Viele Überschneidungen mit Debian Med Medizinische Verschiedene Kontaktversuche zur Zusammenarbeit Bildverarbei- tung Aktueller Status unklar Ausblick FreeBSD ports collection Biology Große Anzahl Bioinformatikprogramme Einige wenige davon noch nicht für Debian paketiert Alternativen

Bioinformatik und medizinische BioLinux Bildverarbei- tung Ubuntu Derivat mit extra Bioinformatikpaketen und Andreas Tille Desktopanpassungen Sehr enge Zusammenarbeit (Entwickler auf Debian Med Sprints) Historisches

Debian Pure Projekt nicht weiterentwickelt - Entwickler empfielt Debian Med Blends

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Bioinformatik und medizinische BioLinux Bildverarbei- tung Ubuntu Derivat mit extra Bioinformatikpaketen und Andreas Tille Desktopanpassungen Sehr enge Zusammenarbeit (Entwickler auf Debian Med Sprints) Historisches

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Bioinformatik und medizinische BioLinux Bildverarbei- tung Ubuntu Derivat mit extra Bioinformatikpaketen und Andreas Tille Desktopanpassungen Sehr enge Zusammenarbeit (Entwickler auf Debian Med Sprints) Historisches

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Bioinformatik und medizinische BioLinux Bildverarbei- tung Ubuntu Derivat mit extra Bioinformatikpaketen und Andreas Tille Desktopanpassungen Sehr enge Zusammenarbeit (Entwickler auf Debian Med Sprints) Historisches

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Bioinformatik Viele Überschneidungen mit Debian Med Medizinische Verschiedene Kontaktversuche zur Zusammenarbeit Bildverarbei- tung Aktueller Status unklar Ausblick FreeBSD ports collection Biology Große Anzahl Bioinformatikprogramme Einige wenige davon noch nicht für Debian paketiert Alternativen

Bioinformatik und medizinische BioLinux Bildverarbei- tung Ubuntu Derivat mit extra Bioinformatikpaketen und Andreas Tille Desktopanpassungen Sehr enge Zusammenarbeit (Entwickler auf Debian Med Sprints) Historisches

Debian Pure Projekt nicht weiterentwickelt - Entwickler empfielt Debian Med Blends

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Bioinformatik Viele Überschneidungen mit Debian Med Medizinische Verschiedene Kontaktversuche zur Zusammenarbeit Bildverarbei- tung Aktueller Status unklar Ausblick FreeBSD ports collection Biology Große Anzahl Bioinformatikprogramme Einige wenige davon noch nicht für Debian paketiert Medizinische Bildverarbeitung

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung Andreas Tille Nutzung in ärztlicher Praxis, Krankenhäusern und

Historisches wissenschaftlicher Forschung Debian Pure Blends NeuroDebian Team betreut großen Teil der Pakete Testen für wis- Anzahl verfügbarer Freier Software ist geringer als in senschaftliche Anwendung Bioinformatik Support Abdeckung aller wesentlichen Aufgaben ist gegeben Bioinformatik

Medizinische Gesucht: Mehr Debian Maintainer für Software auf Bildverarbei- tung diesem Gebiet - gern auch Upstream Entwickler Ausblick § Mentoring of the Month (MoM) Medizinische Bildverarbeitung

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung Andreas Tille Nutzung in ärztlicher Praxis, Krankenhäusern und

Historisches wissenschaftlicher Forschung Debian Pure Blends NeuroDebian Team betreut großen Teil der Pakete Testen für wis- Anzahl verfügbarer Freier Software ist geringer als in senschaftliche Anwendung Bioinformatik Support Abdeckung aller wesentlichen Aufgaben ist gegeben Bioinformatik

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Medizinische Gesucht: Mehr Debian Maintainer für Software auf Bildverarbei- tung diesem Gebiet - gern auch Upstream Entwickler Ausblick § Mentoring of the Month (MoM) Medizinische Bildverarbeitung

Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung Andreas Tille Nutzung in ärztlicher Praxis, Krankenhäusern und

Historisches wissenschaftlicher Forschung Debian Pure Blends NeuroDebian Team betreut großen Teil der Pakete Testen für wis- Anzahl verfügbarer Freier Software ist geringer als in senschaftliche Anwendung Bioinformatik Support Abdeckung aller wesentlichen Aufgaben ist gegeben Bioinformatik

Medizinische Gesucht: Mehr Debian Maintainer für Software auf Bildverarbei- tung diesem Gebiet - gern auch Upstream Entwickler Ausblick § Mentoring of the Month (MoM) Medizinische Bildverarbeitung

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Historisches wissenschaftlicher Forschung Debian Pure Blends NeuroDebian Team betreut großen Teil der Pakete Testen für wis- Anzahl verfügbarer Freier Software ist geringer als in senschaftliche Anwendung Bioinformatik Support Abdeckung aller wesentlichen Aufgaben ist gegeben Bioinformatik

Medizinische Gesucht: Mehr Debian Maintainer für Software auf Bildverarbei- tung diesem Gebiet - gern auch Upstream Entwickler Ausblick § Mentoring of the Month (MoM) DICOM Unterstützung

Bioinformatik und (X)MedCon Werkzeug zur Konvertierung medizinischer Bilder medizinische Bildverarbei- (DICOM, ECAT, . . . ) tung GinkgoCADx Kompletter DICOM Betrachter für die ärztliche Praxis Andreas Tille DCMTK Befehlszeilen-Dienstprogramme der

Historisches OFFIS-DICOM-Werkzeugsammlung

Debian Pure orthanc Leichtgewichtiger RESTful DICOM Server für Blends medizinische Bildverarbeitung Testen für wis- senschaftliche Aeskulap Medizinischer Bildbetrachter und DICOM-Netzwerkclient Anwendung Dicom3tools DICOM-Werkzeuge für Manipulation und Umwandlung Support medizinischer Bilddateien Bioinformatik AMIDE Amide’s a Medical Imaging Data Examiner Medizinische Bildverarbei- MRIConvert Konvertierungswerkzeug für medizinische Bilder (DICOM tung zu NIfTI u.a.) Ausblick gdcm-tools Graswurzel DICOM Bibliothek und Werkzeuge ctn Central Test Node, eine DICOM-Implementierung für medizinische Bildverarbeitung InVesalius Implementierung von MIDA und konturbasierter Visualisierung DICOM Unterstützung

Bioinformatik und (X)MedCon Werkzeug zur Konvertierung medizinischer Bilder medizinische Bildverarbei- (DICOM, ECAT, . . . ) tung GinkgoCADx Kompletter DICOM Betrachter für die ärztliche Praxis Andreas Tille DCMTK Befehlszeilen-Dienstprogramme der

Historisches OFFIS-DICOM-Werkzeugsammlung

Debian Pure orthanc Leichtgewichtiger RESTful DICOM Server für Blends medizinische Bildverarbeitung Testen für wis- senschaftliche Aeskulap Medizinischer Bildbetrachter und DICOM-Netzwerkclient Anwendung Dicom3tools DICOM-Werkzeuge für Manipulation und Umwandlung Support medizinischer Bilddateien Bioinformatik AMIDE Amide’s a Medical Imaging Data Examiner Medizinische Bildverarbei- MRIConvert Konvertierungswerkzeug für medizinische Bilder (DICOM tung zu NIfTI u.a.) Ausblick gdcm-tools Graswurzel DICOM Bibliothek und Werkzeuge ctn Central Test Node, eine DICOM-Implementierung für medizinische Bildverarbeitung InVesalius Implementierung von MIDA und konturbasierter Visualisierung DICOM Unterstützung

Bioinformatik und (X)MedCon Werkzeug zur Konvertierung medizinischer Bilder medizinische Bildverarbei- (DICOM, ECAT, . . . ) tung GinkgoCADx Kompletter DICOM Betrachter für die ärztliche Praxis Andreas Tille DCMTK Befehlszeilen-Dienstprogramme der

Historisches OFFIS-DICOM-Werkzeugsammlung

Debian Pure orthanc Leichtgewichtiger RESTful DICOM Server für Blends medizinische Bildverarbeitung Testen für wis- senschaftliche Aeskulap Medizinischer Bildbetrachter und DICOM-Netzwerkclient Anwendung Dicom3tools DICOM-Werkzeuge für Manipulation und Umwandlung Support medizinischer Bilddateien Bioinformatik AMIDE Amide’s a Medical Imaging Data Examiner Medizinische Bildverarbei- MRIConvert Konvertierungswerkzeug für medizinische Bilder (DICOM tung zu NIfTI u.a.) Ausblick gdcm-tools Graswurzel DICOM Bibliothek und Werkzeuge ctn Central Test Node, eine DICOM-Implementierung für medizinische Bildverarbeitung InVesalius Implementierung von MIDA und konturbasierter Visualisierung DICOM Unterstützung

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Historisches OFFIS-DICOM-Werkzeugsammlung

Debian Pure orthanc Leichtgewichtiger RESTful DICOM Server für Blends medizinische Bildverarbeitung Testen für wis- senschaftliche Aeskulap Medizinischer Bildbetrachter und DICOM-Netzwerkclient Anwendung Dicom3tools DICOM-Werkzeuge für Manipulation und Umwandlung Support medizinischer Bilddateien Bioinformatik AMIDE Amide’s a Medical Imaging Data Examiner Medizinische Bildverarbei- MRIConvert Konvertierungswerkzeug für medizinische Bilder (DICOM tung zu NIfTI u.a.) Ausblick gdcm-tools Graswurzel DICOM Bibliothek und Werkzeuge ctn Central Test Node, eine DICOM-Implementierung für medizinische Bildverarbeitung InVesalius Implementierung von MIDA und konturbasierter Visualisierung DICOM Unterstützung

Bioinformatik und (X)MedCon Werkzeug zur Konvertierung medizinischer Bilder medizinische Bildverarbei- (DICOM, ECAT, . . . ) tung GinkgoCADx Kompletter DICOM Betrachter für die ärztliche Praxis Andreas Tille DCMTK Befehlszeilen-Dienstprogramme der

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Bioinformatik und (X)MedCon Werkzeug zur Konvertierung medizinischer Bilder medizinische Bildverarbei- (DICOM, ECAT, . . . ) tung GinkgoCADx Kompletter DICOM Betrachter für die ärztliche Praxis Andreas Tille DCMTK Befehlszeilen-Dienstprogramme der

Historisches OFFIS-DICOM-Werkzeugsammlung

Debian Pure orthanc Leichtgewichtiger RESTful DICOM Server für Blends medizinische Bildverarbeitung Testen für wis- senschaftliche Aeskulap Medizinischer Bildbetrachter und DICOM-Netzwerkclient Anwendung Dicom3tools DICOM-Werkzeuge für Manipulation und Umwandlung Support medizinischer Bilddateien Bioinformatik AMIDE Amide’s a Medical Imaging Data Examiner Medizinische Bildverarbei- MRIConvert Konvertierungswerkzeug für medizinische Bilder (DICOM tung zu NIfTI u.a.) Ausblick gdcm-tools Graswurzel DICOM Bibliothek und Werkzeuge ctn Central Test Node, eine DICOM-Implementierung für medizinische Bildverarbeitung InVesalius Implementierung von MIDA und konturbasierter Visualisierung DICOM Unterstützung

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Historisches OFFIS-DICOM-Werkzeugsammlung

Debian Pure orthanc Leichtgewichtiger RESTful DICOM Server für Blends medizinische Bildverarbeitung Testen für wis- senschaftliche Aeskulap Medizinischer Bildbetrachter und DICOM-Netzwerkclient Anwendung Dicom3tools DICOM-Werkzeuge für Manipulation und Umwandlung Support medizinischer Bilddateien Bioinformatik AMIDE Amide’s a Medical Imaging Data Examiner Medizinische Bildverarbei- MRIConvert Konvertierungswerkzeug für medizinische Bilder (DICOM tung zu NIfTI u.a.) Ausblick gdcm-tools Graswurzel DICOM Bibliothek und Werkzeuge ctn Central Test Node, eine DICOM-Implementierung für medizinische Bildverarbeitung InVesalius Implementierung von MIDA und konturbasierter Visualisierung DICOM Unterstützung

Bioinformatik und (X)MedCon Werkzeug zur Konvertierung medizinischer Bilder medizinische Bildverarbei- (DICOM, ECAT, . . . ) tung GinkgoCADx Kompletter DICOM Betrachter für die ärztliche Praxis Andreas Tille DCMTK Befehlszeilen-Dienstprogramme der

Historisches OFFIS-DICOM-Werkzeugsammlung

Debian Pure orthanc Leichtgewichtiger RESTful DICOM Server für Blends medizinische Bildverarbeitung Testen für wis- senschaftliche Aeskulap Medizinischer Bildbetrachter und DICOM-Netzwerkclient Anwendung Dicom3tools DICOM-Werkzeuge für Manipulation und Umwandlung Support medizinischer Bilddateien Bioinformatik AMIDE Amide’s a Medical Imaging Data Examiner Medizinische Bildverarbei- MRIConvert Konvertierungswerkzeug für medizinische Bilder (DICOM tung zu NIfTI u.a.) Ausblick gdcm-tools Graswurzel DICOM Bibliothek und Werkzeuge ctn Central Test Node, eine DICOM-Implementierung für medizinische Bildverarbeitung InVesalius Implementierung von MIDA und konturbasierter Visualisierung DICOM Unterstützung

Bioinformatik und (X)MedCon Werkzeug zur Konvertierung medizinischer Bilder medizinische Bildverarbei- (DICOM, ECAT, . . . ) tung GinkgoCADx Kompletter DICOM Betrachter für die ärztliche Praxis Andreas Tille DCMTK Befehlszeilen-Dienstprogramme der

Historisches OFFIS-DICOM-Werkzeugsammlung

Debian Pure orthanc Leichtgewichtiger RESTful DICOM Server für Blends medizinische Bildverarbeitung Testen für wis- senschaftliche Aeskulap Medizinischer Bildbetrachter und DICOM-Netzwerkclient Anwendung Dicom3tools DICOM-Werkzeuge für Manipulation und Umwandlung Support medizinischer Bilddateien Bioinformatik AMIDE Amide’s a Medical Imaging Data Examiner Medizinische Bildverarbei- MRIConvert Konvertierungswerkzeug für medizinische Bilder (DICOM tung zu NIfTI u.a.) Ausblick gdcm-tools Graswurzel DICOM Bibliothek und Werkzeuge ctn Central Test Node, eine DICOM-Implementierung für medizinische Bildverarbeitung InVesalius Implementierung von MIDA und konturbasierter Visualisierung DICOM Unterstützung

Bioinformatik und (X)MedCon Werkzeug zur Konvertierung medizinischer Bilder medizinische Bildverarbei- (DICOM, ECAT, . . . ) tung GinkgoCADx Kompletter DICOM Betrachter für die ärztliche Praxis Andreas Tille DCMTK Befehlszeilen-Dienstprogramme der

Historisches OFFIS-DICOM-Werkzeugsammlung

Debian Pure orthanc Leichtgewichtiger RESTful DICOM Server für Blends medizinische Bildverarbeitung Testen für wis- senschaftliche Aeskulap Medizinischer Bildbetrachter und DICOM-Netzwerkclient Anwendung Dicom3tools DICOM-Werkzeuge für Manipulation und Umwandlung Support medizinischer Bilddateien Bioinformatik AMIDE Amide’s a Medical Imaging Data Examiner Medizinische Bildverarbei- MRIConvert Konvertierungswerkzeug für medizinische Bilder (DICOM tung zu NIfTI u.a.) Ausblick gdcm-tools Graswurzel DICOM Bibliothek und Werkzeuge ctn Central Test Node, eine DICOM-Implementierung für medizinische Bildverarbeitung InVesalius Implementierung von MIDA und konturbasierter Visualisierung DICOM Unterstützung

Bioinformatik und (X)MedCon Werkzeug zur Konvertierung medizinischer Bilder medizinische Bildverarbei- (DICOM, ECAT, . . . ) tung GinkgoCADx Kompletter DICOM Betrachter für die ärztliche Praxis Andreas Tille DCMTK Befehlszeilen-Dienstprogramme der

Historisches OFFIS-DICOM-Werkzeugsammlung

Debian Pure orthanc Leichtgewichtiger RESTful DICOM Server für Blends medizinische Bildverarbeitung Testen für wis- senschaftliche Aeskulap Medizinischer Bildbetrachter und DICOM-Netzwerkclient Anwendung Dicom3tools DICOM-Werkzeuge für Manipulation und Umwandlung Support medizinischer Bilddateien Bioinformatik AMIDE Amide’s a Medical Imaging Data Examiner Medizinische Bildverarbei- MRIConvert Konvertierungswerkzeug für medizinische Bilder (DICOM tung zu NIfTI u.a.) Ausblick gdcm-tools Graswurzel DICOM Bibliothek und Werkzeuge ctn Central Test Node, eine DICOM-Implementierung für medizinische Bildverarbeitung InVesalius Implementierung von MIDA und konturbasierter Visualisierung Beispiel: GinkgoCADx

Bioinformatik und medizinische GinkgoCADx enthält einen kompletten DICOM-Betrachter Bildverarbei- tung mit fortgeschrittenen Möglichkeiten und Unterstützung für

Andreas Tille Erweiterungen.

Historisches einfache und anpassbare Oberfläche durch Profile Debian Pure vollfunktionale Visualisierung von DICOM-Bildern Blends

Testen für wis- kompletter Werkzeugsatz (messen, markieren, Text, ...) senschaftliche Anwendung unterstützt mehrere Modalitäten (neurologisch, Support radiologisch, dermatologisch, Augenheilkunde Bioinformatik (Ophthalmologie), Ultraschall, Endoskopie, ...) Medizinische Bildverarbei- DICOM-Konvertierung von JPEG, PNG, GIF und TIFF tung

Ausblick vollständige EMH-Integration: HL7-Standard und IHE-konforme Arbeitsabläufe PACS Workstation (C-FIND, C-MOVE, C-STORE...) Erweiterbar durch spezielle Anpassungen Beispiel: GinkgoCADx

Bioinformatik und medizinische GinkgoCADx enthält einen kompletten DICOM-Betrachter Bildverarbei- tung mit fortgeschrittenen Möglichkeiten und Unterstützung für

Andreas Tille Erweiterungen.

Historisches einfache und anpassbare Oberfläche durch Profile Debian Pure vollfunktionale Visualisierung von DICOM-Bildern Blends

Testen für wis- kompletter Werkzeugsatz (messen, markieren, Text, ...) senschaftliche Anwendung unterstützt mehrere Modalitäten (neurologisch, Support radiologisch, dermatologisch, Augenheilkunde Bioinformatik (Ophthalmologie), Ultraschall, Endoskopie, ...) Medizinische Bildverarbei- DICOM-Konvertierung von JPEG, PNG, GIF und TIFF tung

Ausblick vollständige EMH-Integration: HL7-Standard und IHE-konforme Arbeitsabläufe PACS Workstation (C-FIND, C-MOVE, C-STORE...) Erweiterbar durch spezielle Anpassungen Beispiel: GinkgoCADx

Bioinformatik und medizinische GinkgoCADx enthält einen kompletten DICOM-Betrachter Bildverarbei- tung mit fortgeschrittenen Möglichkeiten und Unterstützung für

Andreas Tille Erweiterungen.

Historisches einfache und anpassbare Oberfläche durch Profile Debian Pure vollfunktionale Visualisierung von DICOM-Bildern Blends

Testen für wis- kompletter Werkzeugsatz (messen, markieren, Text, ...) senschaftliche Anwendung unterstützt mehrere Modalitäten (neurologisch, Support radiologisch, dermatologisch, Augenheilkunde Bioinformatik (Ophthalmologie), Ultraschall, Endoskopie, ...) Medizinische Bildverarbei- DICOM-Konvertierung von JPEG, PNG, GIF und TIFF tung

Ausblick vollständige EMH-Integration: HL7-Standard und IHE-konforme Arbeitsabläufe PACS Workstation (C-FIND, C-MOVE, C-STORE...) Erweiterbar durch spezielle Anpassungen Beispiel: GinkgoCADx

Bioinformatik und medizinische GinkgoCADx enthält einen kompletten DICOM-Betrachter Bildverarbei- tung mit fortgeschrittenen Möglichkeiten und Unterstützung für

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Ausblick vollständige EMH-Integration: HL7-Standard und IHE-konforme Arbeitsabläufe PACS Workstation (C-FIND, C-MOVE, C-STORE...) Erweiterbar durch spezielle Anpassungen Anwendungen medizinischer Bildverarbeitung

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Medizinische Scanning Probe Microscopy Bildverarbei- tung gwyddion Ausblick Image analysis / Simulation sofa-apps Image format conversion tools (DICOM, MINC, NIfTI) biosig-tools, dicom3tools, medcon, mriconvert Anwendungen medizinischer Bildverarbeitung

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Bioinformatik und medizinische Bildverarbei- tung Allgemein Andreas Tille cimg-dev, gmic, libcv-dev, libvtk6-dev Historisches Biomedizinische Datenbehandlung Debian Pure Blends libbiosig-dev, libgdf-dev Testen für wis- Bildformat Erzeugung und Konvertierung senschaftliche Anwendung libmdc2-dev, libminc-dev, libnifti-dev Support Entwicklung spezialisierter Anwendungen: Bioinformatik Registrierung und Segmentierung: Medizinische Bildverarbei- libinsighttoolkit4-dev tung EEG und MEG Anwendungen: libopenmeeg-dev Ausblick 2D und 3D Graustufen Bildbearbeitung: libmia-dev Programmiersprachen: Python, C, C++, . . . Entwicklerwerkzeuge

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Andreas Tille medizinischer Software für das offizielle Debian paketiert Historisches

Debian Pure Ständiger Prozess der Aktualisierung und Blends Neuaufnahme Testen für wis- senschaftliche Nehmen gerne Paketierwünsche entgegen Anwendung

Support Umfangreiche Metadaten (UDD) Bioinformatik Erstellung von Tests Medizinische Bildverarbei- „Befreiung“ von Software tung § Wir möchten Debian so attraktiv für die Anwendung in Ausblick Biologie und Medizin machen, daß informierte Nutzer keine andere Wahl haben, als sich für Debian zu entscheiden. Ausblick

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Support Umfangreiche Metadaten (UDD) Bioinformatik Erstellung von Tests Medizinische Bildverarbei- „Befreiung“ von Software tung § Wir möchten Debian so attraktiv für die Anwendung in Ausblick Biologie und Medizin machen, daß informierte Nutzer keine andere Wahl haben, als sich für Debian zu entscheiden. Folien: § https://people.debian.org/ tille/talks/ Kontakt: Andreas Tille

§ Biologische Anwendungen in Debian § Medizinische Bildverarbeitung in Debian