DOCSLIB.ORG

Το Acanthodactylus Είναι Ένα Γένος Του Παλαιού Κόσμου, Που

Total Page：16

File Type：pdf, Size：1020Kb

Download full-text PDF Read full-text
Το Acanthodactylus Είναι Ένα Γένος Του Παλαιού Κόσμου, Που 1 Εργαστηριακή Άσκηση στο πλαίσιο του μαθήματος Εξελικτική Οικολογία Πρωτόκολλο εξαγωγής ολικού γενωμικού DNA και ηλεκτροφόρηση σε πήκτωμα αγαρόζης 1. Πραγματοποιείται ξήρανση του ιστού στους 37οC για 15-24 ώρες περίπου 2. Λειοτριβούμε τον ιστό 3. Προσθέτουμε 700μl διαλύματος εξαγωγής (lysis ή extraction buffer: 0,1M EDTA, 0.05M Tris-HCl pH=8.0, 0.35M NaCl), το οποίο εμποδίζει τη δράση των νουκλεασών και 87 μl SDS 10%, το οποίο διαλύει τα κύτταρα και απελευθερώνει τη χρωματίνη. 4. Επωάζουμε σε υδατόλουτρο στους 55οC για 15 λεπτά 5. Προσθέτουμε 10μl πρωτεϊνάση Κ (10mg/ml), η οποία διασπά τις πρωτεΐνες και αναδεύουμε ήπια 6. Επωάζουμε σε υδατόλουτρο, στους 55οC για 3-4 ώρες 7. Προσθέτουμε 200μl κορεσμένου διαλύματος NaCl (C >6M) 8. Ανακατεύουμε επίμονα (Vortex) για 15 λεπτά 9. Φυγοκεντρούμε σε μέγιστη ταχύτητα (13.000rpm) για 30 λεπτά 10. Αφαιρούμε το υπερκείμενο διάλυμα (όγκου περίπου 1ml) και το τοποθετούμε σε καινούργιο πλαστικό σωληνάκι όγκου 2ml 11. Προσθέτουμε ίσο όγκο χλωροφορμίου (CHCl3) και αναδεύουμε ελαφρά με το χέρι 12. Φυγοκεντρούμε για 10 λεπτά στις 13.000 στροφές 13. Παίρνουμε το υπερκείμενο και το μεταφέρουμε σε ένα νέο πλαστικό σωληνάκι όγκου 2ml 14. Προσθέτουμε 1ml παγωμένης ισοπροπανόλης 15. Επωάζουμε στους –20οC για τουλάχιστον 1 ώρα 16. Φυγοκεντρούμε για 10 λεπτά στις 13.000 στροφές 17. Απομακρύνουμε την ισοπροπανόλη (υπερκείμενο) 18. Ξεπλένουμε την πελέτα με 0.5ml παγωμένης αιθανόλης 70% 19. Φυγοκεντρούμε για 5 λεπτά στις 13.000 στροφές 2 20. Απομακρύνουμε την αιθανόλη και στεγνώνουμε την πελέτα του DNA σε θερμοκρασία δωματίου για 15-20 ώρες (είτε στους 37οC για λίγες ώρες) 21. Επαναδιαλύουμε το DNA σε 50-100μl ΤΕ (0.01 Μ Tris-HCl, pH 7.5, 0.001 M EDTA) ή ddH2O και τοποθετούμε το διάλυμα στους 37οC για 4-5 ώρες. Προετοιμασία πηκτώματος αγαρόζης (1%) 1. Κλείστε τις άκρες ενός καθαρού, στεγνού πλαστικού πιάτου (plate) με ταινία και τοποθετήστε τα χτενάκια (comb). 2. Προετοιμάστε την απαραίτητη ποσότητα διαλύματος ηλεκτροφόρησης που χρειάζεστε (εδώ 1X TBE) για την δημιουργία του πηκτώματος.. 3. Προσθέστε 1g αγαρόζης σε ένα γυάλινο δοχείο και 100ml 1X TBE (το διάλυμα δεν θα πρέπει να καταλαμβάνει περισσότερο από το 50% του όγκου του δοχείου) 4. Θερμάνετε το δοχείο σε ένα φούρνο μικροκυμάτων μέχρι να διαλυθεί η αγαρόζη 5. Κρυώστε το διάλυμα (~60oC) και προσθέστε βρωμιούχο αιθίδιο (EtBr 10mg/ml stock solution) σε τελική συγκέντρωση 0.5μg/ml και ανακατέψτε ελαφρώς. Προσοχή: Το EtBr είναι πολύ τοξικό. Τα γάντια είναι άκρως απαραίτητα. 6. Ρίξτε το διάλυμα της ζεστής αγαρόζης στο πιάτο του βήματος 1. Ελέγξτε αν υπάρχουν φυσαλίδες κάτω ή μεταξύ των δοντιών του χτενιού. 7. Όταν το πήκτωμα είναι έτοιμο (30-45 min σε θερμοκρασία δωματίου), αφαιρέστε με προσοχή τα χτενάκια και τις ταινίες και τοποθετήστε το πιάτο στη μικρή δεξαμενή ηλεκτροφόρησης (tank). 8. Προσθέστε την απαραίτητη ποσότητα διαλύματος ηλεκτροφόρησης ώστε να καλύψει το πήκτωμα. 9. Αναμείξτε το δείγμα του DNA με την απαραίτητη ποσότητα χρωστικής (gel-loading buffer) και νερού (τελικό όγκος 10λ). Φορτώστε αργά το δείγμα στα πηγαδάκια (slots) του βυθισμένου πηκτώματος. 10. Κλείστε το καπάκι της δεξαμενής και εφαρμόστε ηλεκτρικό πεδίο, έτσι ώστε το DNA να κινηθεί προς την άνοδο (red lead). Εάν τα ηλεκτρόδια τοποθετηθούν σωστά, θα δείτε φουσκάλες στα ηλεκτρόδια της ανόδου και της καθόδου (λόγω ηλεκτρόλυσης) και μέσα σε λίγα λεπτά η χρωστική θα αρχίσει να κινείται από τα πηγαδάκια μέσα στο πήκτωμα. Τρέξτε το πήκτωμα για 30-60min. 11. Κλείστε το ηλεκτρικό ρεύμα, αφαιρέστε τα ηλεκτρόδια και το gel από τη δεξαμενή. Ελέγξτε το gel σε υπεριώδη ακτινοβολία και φωτογραφήστε το. Προσοχή: Η υπεριώδης ακτινοβολία είναι πολύ επικίνδυνη, ειδικά για τα μάτια. 3 Figure 3: Agarose gel electrophoresis. 1. agarose gel (s): slots of the gel (wells), 2., 3. loading DNA-loading buffer mix, 4. start electrophoresis, 5. migration of DNA-loading buffer mix, 6. end of migration 4 Τίτλος: Μοριακή φυλογένεση και φυλογεωγραφία του είδους Podarcis cretensis στην Κρήτη. Οι μελέτες μοριακής συστηματικής και φυλογεωγραφίας περιλαμβάνουν τα ακόλουθα στάδια: 1. Καθορισμό του προβλήματος 2. Πραγματοποίηση μια πιλοτικής μελέτης 3. Καθορισμό της στρατηγικής δειγματοληψίας (συλλογή δειγμάτων) 4. Συλλογή δειγμάτων 5. Ανάλυση δειγμάτων και παραγωγή δεδομένων 6. Ανάλυση δεδομένων και ερμηνεία αποτελεσμάτων Λίγα λόγια για το υπό μελέτη ζώο… Ανήκει στην οικογένεια Lacertidae, την υποοικογένεια Lacertinae. Οικογένεια Lacertidae: Αποτελείται από τις αληθινές σαύρες (true lizards), οι οποίες διακρίνονται βάση δύο μορφολογικών χαρακτήρων: 1) τις συμμετρικές φολίδες στο κεφάλι και 2) τις κοιλιακές φολίδες που είναι μεγαλύτερες από τις ραχιαίες. Η οικογένεια Lacertidae περιλαμβάνει 24 γένη με περίπου 259 είδη (Fu 1998), που εξαπλώνονται στο μεγαλύτερο τμήμα της Ευρώπης, στην Ασία και στην Αφρική (εικ. 1.3). Στο χώρο της Ευρώπης, τα Lacertidae αποτελούν την επικρατέστερη ομάδα ερπετών αφού περιλαμβάνει περίπου το 75% των ειδών της ευρωπαϊκής ερπετοπανίδας, ενώ είναι αρκετά εντυπωσιακό το γεγονός ότι είναι πιθανό να βρεθούν πάνω από 7 είδη σε μία περιοχή (Arnold & Burton 1985, Arnold 1987). Υποοικογένεια Lacertinae: Η οικογένεια Lacertidae χωρίζεται στις δύο υποοικογένειες Gallotinae και Lacertinae. Η πρώτη αποτελείται από δύο μόνο γένη, ενώ η δεύτερη περιλαμβάνει όλα τα υπόλοιπα, τα οποία σύμφωνα με πρόσφατες μελέτες ανέρχονται σε 32. Γένος Podarcis: Το γένος Podarcis (Wagler, 1830) έχει πάρει το όνομα του από την ελληνική λέξη «ποδάρκις» που σημαίνει ταχύπους, γοργοπόδαρος. Το γένος αυτό θεωρούνταν μέχρι πρόσφατα υπογένος του γένους Lacerta και η ηλικία του υπολογίζεται 5 στα 18-20 εκατομμύρια χρόνια (Böhme & Corti 1993). Όμως, η μορφολογική και βιοχημική συνάφεια καθώς και οι έντονες οικολογικές και βιογεωγραφικές ομοιότητες που εμφανίζουν μεταξύ τους τα διάφορα είδη, οδήγησαν τον Arnold (1973) στο διαχωρισμό τους από τα υπόλοιπα είδη του γένους Lacerta. Το γένος Podarcis περιλαμβάνει σήμερα 20 αναγνωρισμένα είδη (Poulakakis et al. 2005, Lymberakis et al. 2008) που εξαπλώνονται στο χώρο της Νότιας Ευρώπης, αποτελώντας την κυρίαρχη ομάδα ερπετών στο χώρο αυτό (εικόνα 1). Εικόνα 1: Κατανομή του γένους Podarcis. Η διακεκομμένη γραμμή υποδηλώνει τα ανατολικά όρια του γένους (Arnold 1973). Σε γενικές γραμμές, η συστηματική των Podarcis είναι αρκετά πολύπλοκη και ασταθής, επειδή τα είδη από τη μια έχουν παρόμοια μορφολογία και από την άλλη εμφανίζουν αξιοσημείωτη ενδοειδική ποικιλότητα (Arnold & Burton 1978). Στην Ελλάδα εξαπλώνονται 8 είδη του γένους Podarcis από τα οποία 5 είναι ενδημικά της Ελλάδας (P. peloponnesiaca της Πελοποννήσου, P. milensis της Μήλου, P. gaigeae της Σκύρου, P. cretensis της Κρήτης και P. levendis της νησίδας Πορί) και 1 είναι ενδημικό της νότιας βαλκανικής χερσονήσου (P. erhardii). Τα άλλα είδη είναι τα P. muralis και P. taurica, από τα οποία το πρώτο εξαπλώνεται σε όλη την ηπειρωτική Ελλάδα και απουσιάζει πλήρως από τα νησιά, και το δεύτερο σε όλη την ηπειρωτική Ελλάδα, στα νησιά του Ιονίου πελάγους, πλην της Λευκάδας, και στη Θασοπούλα. Σκοπός του εργαστηρίου 6 Η μοριακή εξέλιξη είναι ένας νέος επιστημονικός κλάδος γνώσης, ο οποίος στερείται για την ώρα την πλειονότητα της βασικής πληροφορίας και στον οποίο οι νέες ανακαλύψεις λύνουν ορισμένα προβλήματα, αλλά σχεδόν πάντα την ίδια στιγμή δημιουργούν καινούρια. Η εφαρμογή λοιπόν των σχετικά νέων αρχών της μοριακής εξέλιξης σε επίπεδο φυλογένεσης και φυλογεωγραφίας των ειδών θα ρίξει άπλετο φως στην εξελικτική ιστορία των οργανισμών του πλανήτη μας και θα βοηθήσει στην αποκρυπτογράφηση του δέντρου της ζωής, πολλά σημεία του οποίου είναι είτε ασαφή είτε πλήρως άγνωστα. Αυτό βέβαια δεν μπορεί ούτε πρόκειται να γίνει από έναν και μόνο επιστήμονα ούτε σε μια και μόνο εργασία. Κάθε επιστήμονας του χώρου της μοριακής εξέλιξης θα προσθέτει ένα μικρό λιθαράκι στην αποσαφήνιση των διαφόρων προβλημάτων στο χώρο της φυλογενετικής και της εξελικτικής βιολογίας, ώστε σε σύντομο σχετικά χρονικό διάστημα, δεδομένης της ταχύτητας παραγωγής δεδομένων σήμερα να οδηγηθούμε σε ένα ολοκληρωμένο δέντρο, το δέντρο της ζωής. Αυτός είναι και ο στόχος αυτής της διατριβής. Η προσθήκη δηλαδή ενός ακόμη μικρού λιθαριού στην προσπάθεια επίλυσης των φυλογενετικών ερωτημάτων με τη μελέτη και την αποσαφήνιση, μέσω μοριακών τεχνικών και δεδομένων, των φυλογενετικών διεργασιών που έχουν οδηγήσει στη σημερινή ταξινομική και βιογεωγραφική κατάσταση τις σαύρες του γένους Podarcis (Sauria, Lacertidae) στη βαλκανική χερσόνησο. Στη παρούσα εργασία εξετάζονται για πρώτη φορά στην Ελλάδα οι φυλογενετικές σχέσεις των πληθυσμών τους είδους Podarcis cretensis (Sauria, Lacertidae) της Κρήτης. Συγκεκριμένα αναζητούνται οι μεταξύ τους σχέσεις ώστε να ελεγχθεί μέσω της φυλογένεσης η υπάρχουσα ταξινομική τους κατάσταση, να εξηγηθεί η σύγχρονη κατανομή τους στο χώρο της Κρήτης και σε συνδυασμό με τη σχετικά καλή γνώση της παλαιογεωγραφίας του ελληνικού χώρου και της εφαρμογής ενός εξελικτικού ρολογιού να ανασυσταθεί μια πιθανή εξελικτική ιστορία για τα συγκεκριμένα είδη. Podarcis cretensis (Wettstein, 1952) 7 Αρσενικό άτομο P. cretensis από τη βορειοδυτική Κρήτη (Lymberakis et al. 2008). Σχετική βιβλιογραφία Arnold EN 1973. Relationships of the Palaearctic Lizards assigned to the genera Lacerta, Algyroides and Psammodromus (Reptilia: Lacertidae). Bulletin of the British Museum Natural History, 25, 291-366. Arnold EN 1987. Resource partition among lacertid lizards in southern Europe. J. Zool., 1, 739-782. Arnold EN & Burton JA 1978. “A field guide to the reptiles and amphibians of Britain and Europe,” Collins, London. Böhme W & Corti C 1993. Zoogeography of the lacertid lizards of
Load more

Recommended publications
  • Diversification and Cryptic Diversity of Ophisops Elegans (Sauria, Lacertidae)
    Received: 22 July 2019 | Revised: 10 December 2019 | Accepted: 20 December 2019 DOI: 10.1111/jzs.12369 ORIGINAL ARTICLE Diversification and cryptic diversity of Ophisops elegans (Sauria, Lacertidae) Claudine Montgelard1,2 | Roozbeh Behrooz1 | Véronique Arnal1 | Atefeh Asadi1 | Philippe Geniez1 | Mohammad Kaboli3 1CEFE, PSL-EPHE (Biogéographie et Ecologie des Vertébrés), CNRS, Université de Abstract Montpellier, Univ Paul Valéry Montpellier 3, Revealing cryptic diversity constitutes the backbone of the future identification and IRD, Montpellier, France description of a new lineage. For the genus Ophisops (Lacertidae), previous studies 2Department of Zoology, Centre for Ecological Genomics and Wildlife indicated that this genus is characterized by cryptic diversity as three clades were Conservation, University of Johannesburg, obtained for O. elegans and O. occidentalis that do not fit the classical systematics. Johannesburg, South Africa 3Department of Environmental Science, Notably, we were interested to delineate the distribution range of the two clades Faculty of Natural Resources, University of of O. elegans described in Iran. We sequenced 65 individuals of Ophisops mainly Tehran, Karaj, Iran from northwestern Iran for one mitochondrial (cytochrome c oxidase subunit 1 [COI]; Correspondence 686 base pairs [bp]) and three nuclear genes (R35, MC1R, and PKM2; 1,857 bp). Claudine Montgelard, Biogéographie et Ecologie des Vertébrés (EPHE), Centre Phylogeographic analysis from mitochondrial and nuclear genes confirmed that d'Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (UMR Iranian samples belong to two major haplogroups (divergence of 13% for COI) that 5175 CNRS), 1919 route de Mende, 34293 Montpellier cedex 5, France. are also split into several subclades (divergence of 6%–10% for COI), revealing an Email: [email protected] unsuspected diversity within Iranian Ophisops.
    [Show full text]
  • Psonis Et Al. 2017
    Molecular Phylogenetics and Evolution 106 (2017) 6–17 Contents lists available at ScienceDirect Molecular Phylogenetics and Evolution journal homepage: www.elsevier.com/locate/ympev Hidden diversity in the Podarcis tauricus (Sauria, Lacertidae) species subgroup in the light of multilocus phylogeny and species delimitation ⇑ Nikolaos Psonis a,b, , Aglaia Antoniou c, Oleg Kukushkin d, Daniel Jablonski e, Boyan Petrov f, Jelka Crnobrnja-Isailovic´ g,h, Konstantinos Sotiropoulos i, Iulian Gherghel j,k, Petros Lymberakis a, Nikos Poulakakis a,b a Natural History Museum of Crete, School of Sciences and Engineering, University of Crete, Knosos Avenue, Irakleio 71409, Greece b Department of Biology, School of Sciences and Engineering, University of Crete, Vassilika Vouton, Irakleio 70013, Greece c Institute of Marine Biology, Biotechnology and Aquaculture, Hellenic Center for Marine Research, Gournes Pediados, Irakleio 71003, Greece d Department of Biodiversity Studies and Ecological Monitoring, T.I. Vyazemski Karadagh Scientific Station – Nature Reserve of RAS, Nauki Srt., 24, stm. Kurortnoe, Theodosia 298188, Republic of the Crimea, Russian Federation e Department of Zoology, Comenius University in Bratislava, Mlynská dolina, Ilkovicˇova 6, 842 15 Bratislava, Slovakia f National Museum of Natural History, Sofia 1000, Bulgaria g Department of Biology and Ecology, Faculty of Sciences and Mathematics, University of Niš, Višegradska 33, Niš 18000, Serbia h Department of Evolutionary Biology, Institute for Biological Research ‘‘Siniša Stankovic´”,
    [Show full text]
  • Bonn Zoological Bulletin Volume 57 Issue 2 Pp
    © Biodiversity Heritage Library, http://www.biodiversitylibrary.org/; www.zoologicalbulletin.de; www.biologiezentrum.at Bonn zoological Bulletin Volume 57 Issue 2 pp. 329-345 Bonn, November 2010 A brief history of Greek herpetology Panayiotis Pafilis >- 2 •Section of Zoology and Marine Biology, Department of Biology, University of Athens, Panepistimioupolis, Ilissia 157-84, Athens, Greece : School of Natural Resources & Environment, Dana Building, 430 E. University, University of Michigan, Ann Arbor, MI - 48109, USA; E-mail: [email protected]; [email protected] Abstract. The development of Herpetology in Greece is examined in this paper. After a brief look at the first reports on amphibians and reptiles from antiquity, a short presentation of their deep impact on classical Greek civilization but also on present day traditions is attempted. The main part of the study is dedicated to the presentation of the major herpetol- ogists that studied Greek herpetofauna during the last two centuries through a division into Schools according to researchers' origin. Trends in herpetological research and changes in the anthropogeography of herpetologists are also discussed. Last- ly the future tasks of Greek herpetology are presented. Climate, geological history, geographic position and the long human presence in the area are responsible for shaping the particular features of Greek herpetofauna. Around 15% of the Greek herpetofauna comprises endemic species while 16% represent the only European populations in their range. THE STUDY OF REPTILES AND AMPHIBIANS IN ANTIQUITY Greeks from quite early started to describe the natural en- Therein one could find citations to the Greek herpetofauna vironment. At the time biological sciences were consid- such as the Seriphian frogs or the tortoises of Arcadia.
    [Show full text]
  • Panayiotis Pafilis
    CURRICULUM VITAE Name: PANAYIOTIS PAFILIS Address: School of Natural Resources and Environment, Dana Building, 430 E. University Modern Greek Program, Department of Classical Studies, 2160 Angell Hall, 435 S. State University of Michigan, Ann Arbor, MI 48109, USA Tel:0017347640112 e-mail: [email protected]; [email protected]; Date and place of birth: December 5th 1973, Athens Marital status: single Education - Career 1992-1997: Diploma Degree, Department of Biology, University of Athens 1998-2003: PhD thesis, Department of Biology, University of Athens 2003-2004: Military Service in Hellenic Navy, rank: petty officer 2004-2006: Post-doctoral researcher, Department of Biology, University of Athens 2006-2007: Lecturer, Department of Environment, University of the Aegean 2007- : Lecturer, Modern Greek Program, Dept. of Classical Studies, Univ of Michigan 2007- : Post-doctoral researcher Univ.of Michigan, Dept. of Natural Resources and Envvironment Languages Greek (mother’s tongue), English, French, Spanish Educational activity • Student preparation for the admission exams to the University (1995 to 2006) • Assistant in practical classes of the lesson Systematic Zoology (1997 to 2001). Section of Zoology- Marine Biology. • Assistant in practical classes of the lesson Animal Physiology (1998 to 2006). Section of Animal and Human Physiology. • Assistant in practical classes of the lesson Comparative Physiology (1998 to 2006). Section of Animal and Human Physiology. • Assistant in fieldwork excursions of the lessons Systematic Zoology and Animal Diversity. Section of Zoology- Marine Biology. • Supervisor of 18 diploma thesis by senior students. • Teaching the courses Biology (1st year), Research Methods (2d year) and Aquatic Ecosystems (3d year) 1 Participation in research projects • «Study on the adaptations of the endemic lizards of Peloponnese Podarcis peloponnesiaca, Lacerta graeca and Algyroides moreoticus in comparison to their distribution and phylogenetic history».
    [Show full text]
  • Dr. Poulakakis Nikolaos
    DR. POULAKAKIS NIKOLAOS September 2020 1 1. PERSONAL Name: Poulakakis Nikos Date of birth: 11/03/1974 Place of Birth: Irakleio, Crete Address: Department of Biology and Natural History Museum of Crete, School of Sciences and Engineering, University of Crete, P.O.Box 2208, GR-71409, Irakleio, Crete Phone: +302810393619 and +302810393282 e-mail: [email protected] 2. EDUCATION • 1997: Biology B.Sc., Department of Biology, University of Crete. • 2000: Paleontology M.Sc., Department of Geology, University of Athens. Dissertation Title: “Molecular Phylogeny of the Extinct Pleistocene Dwarf Elephant Palaeoloxodon antiquus falconeri from Tilos Island (Dodekanisa, Greece).” • 2005: Biology Ph.D, Department of Biology, University of Crete. Dissertation Title: “Molecular phylogeny and biogeography of the wall-lizards Podarcis (Sauria: Lacertidae) in Greek area” (exact date of award: 27/01/2005). • 2005-2006: Postdoctoral Associate in the Molecular Systematics Lab, Natural History Museum of the University of Crete. • 2007-2009: Postdoctoral Associate in the Department of Ecology and Evolutionary Biology of Yale University. 3. ACADEMIC APPOINTMENTS: • 2005-2006: Research Scientist. Natural History Museum, University of Crete. • 2006-2007: Teaching Assistant (407/80) (equivalent to lecturer with tenure), Department of Biology, University of Crete (Sept. 2006 to Feb. 2007). • 2009 - 2015: Assistant Professor in Biology Department, University of Crete • 2015 - 2020: Associate Professor in Biology Department, University of Crete • 2018 - today: Director of the Natural History Museum of Crete, University of Crete • 2020 - today: Professor in Biology Department, University of Crete 4. EXCELLENCE AWARDS FELLOWSHIPS • 1994, 1995, 1996, and 1997: Academic Excellence Studentship (State Scholarships Foundation) for my undergraduate studies in the Biology Department (University of Crete).
    [Show full text]
  • Amphibians and Reptiles of the Mediterranean Basin
    Chapter 9 Amphibians and Reptiles of the Mediterranean Basin Kerim Çiçek and Oğzukan Cumhuriyet Kerim Çiçek and Oğzukan Cumhuriyet Additional information is available at the end of the chapter Additional information is available at the end of the chapter http://dx.doi.org/10.5772/intechopen.70357 Abstract The Mediterranean basin is one of the most geologically, biologically, and culturally complex region and the only case of a large sea surrounded by three continents. The chapter is focused on a diversity of Mediterranean amphibians and reptiles, discussing major threats to the species and its conservation status. There are 117 amphibians, of which 80 (68%) are endemic and 398 reptiles, of which 216 (54%) are endemic distributed throughout the Basin. While the species diversity increases in the north and west for amphibians, the reptile diversity increases from north to south and from west to east direction. Amphibians are almost twice as threatened (29%) as reptiles (14%). Habitat loss and degradation, pollution, invasive/alien species, unsustainable use, and persecution are major threats to the species. The important conservation actions should be directed to sustainable management measures and legal protection of endangered species and their habitats, all for the future of Mediterranean biodiversity. Keywords: amphibians, conservation, Mediterranean basin, reptiles, threatened species 1. Introduction The Mediterranean basin is one of the most geologically, biologically, and culturally complex region and the only case of a large sea surrounded by Europe, Asia and Africa. The Basin was shaped by the collision of the northward-moving African-Arabian continental plate with the Eurasian continental plate which occurred on a wide range of scales and time in the course of the past 250 mya [1].
    [Show full text]
  • University of California Santa Cruz
    UNIVERSITY OF CALIFORNIA SANTA CRUZ THREATENED INSULAR VERTEBRATES: A GLOBAL ASSESSMENT OF ISLANDS, THREATS AND CONSERVATION OPPORTUNITIES A dissertation submitted in partial satisfaction of the requirements for the degree of DOCTOR OF PHILOSOPHY in ECOLOGY AND EVOLUTIONARY BIOLOGY by Dena R. Spatz December 2016 The Dissertation of Dena R. Spatz is approved: _____________________________ Professor Donald A. Croll, Chair _____________________________ Professor Ingrid M. Parker _____________________________ Professor Peter T. Raimondi _____________________________ Professor Daniel Simberloff _____________________________ Nick D. Holmes, Ph.D __________________________ Tyrus Miller, Vice Provost and Dean of Graduate Studies Copyright © by Dena R. Spatz 2016 Table of Contents List of Tables ................................................................................................................ v List of Figures ............................................................................................................. vii List of Appendices ....................................................................................................... ix Abstract ......................................................................................................................... x Acknowledgements ..................................................................................................... xii Introduction ................................................................................................................... 1 Chapter
    [Show full text]
  • 17 June 2021 Aperto
    AperTO - Archivio Istituzionale Open Access dell'Università di Torino Osteology, fossil record and palaeodiversity of the European lizards This is the author's manuscript Original Citation: Availability: This version is available http://hdl.handle.net/2318/1627296 since 2017-05-19T14:48:55Z Published version: DOI:10.1163/15685381-00003085 Terms of use: Open Access Anyone can freely access the full text of works made available as "Open Access". Works made available under a Creative Commons license can be used according to the terms and conditions of said license. Use of all other works requires consent of the right holder (author or publisher) if not exempted from copyright protection by the applicable law. (Article begins on next page) 26 September 2021 This is the author's final version of the contribution published as: Villa, Andrea; Tschopp, Emanuel; Georgalis, Georgios L.; Delfino, Massimo. Osteology, fossil record and palaeodiversity of the European lizards. AMPHIBIA-REPTILIA. 38 pp: 79-88. DOI: 10.1163/15685381-00003085 The publisher's version is available at: http://booksandjournals.brillonline.com/content/journals/10.1163/15685381-00003085 When citing, please refer to the published version. Link to this full text: http://hdl.handle.net/ This full text was downloaded from iris - AperTO: https://iris.unito.it/ iris - AperTO University of Turin’s Institutional Research Information System and Open Access Institutional Repository 1 Osteology, fossil record and palaeodiversity of the European lizards 2 3 Andrea Villa1, *, Emanuel Tschopp1,
    [Show full text]
  • The Wall Lizards of the Balkan Peninsula: Tackling Questions at the Interface of Phylogenomics and Population Genomics
    Molecular Phylogenetics and Evolution 159 (2021) 107121 Contents lists available at ScienceDirect Molecular Phylogenetics and Evolution journal homepage: www.elsevier.com/locate/ympev The wall lizards of the Balkan peninsula: Tackling questions at the interface of phylogenomics and population genomics Nikolaos Psonis a,b,*, Aglaia Antoniou c, Emmanouela Karameta a,b, Diego Darriba d, Alexandros Stamatakis e,f, Petros Lymberakis a, Nikos Poulakakis a,b a Natural History Museum of Crete, School of Sciences and Engineering, University of Crete, Knosos Avenue, Irakleio 71409, Greece b Department of Biology, School of Sciences and Engineering, University of Crete, Vassilika Vouton, Irakleio 70013, Greece c Institute of Marine Biology, Biotechnology and Aquaculture, Hellenic Centre for Marine Research, Gournes Pediados, Irakleio, P.O. Box 2214, 71003 Crete, Greece d Universidade da Coruna,~ CITIC, Computer Architecture Group, Campus de Elvina,~ 15071 A Coruna,~ Spain e The Exelixis Lab, Computational Molecular Evolution Group, Heidelberg Institute for Theoretical Studies, Schloss-Wolfsbrunnenweg 35, 69118 Heidelberg, Germany f Karlsruhe Institute of Technology, Institute for Theoretical Informatics, Postfach 6980, 76128 Karlsruhe, Germany ARTICLE INFO ABSTRACT Keywords: Wall lizards of the genus Podarcis (Sauria, Lacertidae) are the predominant reptile group in southern Europe, Admixture including 24 recognized species. Mitochondrial DNA data have shown that, with the exception of P. muralis, the Biodiversity Podarcis species distributed in the Balkan peninsula form a species group that is further sub-divided into two Cryptic species subgroups: the one of “P. tauricus” consisting of P. tauricus, P. milensis, P. gaigeae, and P. melisellensis, and the ddRADseq other of “P. erhardii” comprising P. erhardii, P. levendis, P.
    [Show full text]
  • Review Species List of the European Herpetofauna – 2020 Update by the Taxonomic Committee of the Societas Europaea Herpetologi
    Amphibia-Reptilia 41 (2020): 139-189 brill.com/amre Review Species list of the European herpetofauna – 2020 update by the Taxonomic Committee of the Societas Europaea Herpetologica Jeroen Speybroeck1,∗, Wouter Beukema2, Christophe Dufresnes3, Uwe Fritz4, Daniel Jablonski5, Petros Lymberakis6, Iñigo Martínez-Solano7, Edoardo Razzetti8, Melita Vamberger4, Miguel Vences9, Judit Vörös10, Pierre-André Crochet11 Abstract. The last species list of the European herpetofauna was published by Speybroeck, Beukema and Crochet (2010). In the meantime, ongoing research led to numerous taxonomic changes, including the discovery of new species-level lineages as well as reclassifications at genus level, requiring significant changes to this list. As of 2019, a new Taxonomic Committee was established as an official entity within the European Herpetological Society, Societas Europaea Herpetologica (SEH). Twelve members from nine European countries reviewed, discussed and voted on recent taxonomic research on a case-by-case basis. Accepted changes led to critical compilation of a new species list, which is hereby presented and discussed. According to our list, 301 species (95 amphibians, 15 chelonians, including six species of sea turtles, and 191 squamates) occur within our expanded geographical definition of Europe. The list includes 14 non-native species (three amphibians, one chelonian, and ten squamates). Keywords: Amphibia, amphibians, Europe, reptiles, Reptilia, taxonomy, updated species list. Introduction 1 - Research Institute for Nature and Forest, Havenlaan 88 Speybroeck, Beukema and Crochet (2010) bus 73, 1000 Brussel, Belgium (SBC2010, hereafter) provided an annotated 2 - Wildlife Health Ghent, Department of Pathology, Bacteriology and Avian Diseases, Ghent University, species list for the European amphibians and Salisburylaan 133, 9820 Merelbeke, Belgium non-avian reptiles.
    [Show full text]
  • Phylogeny and Biogeography of the Widespread Genus Acanthodactylus
    Molecular Phylogenetics and Evolution 103 (2016) 6–18 Contents lists available at ScienceDirect Molecular Phylogenetics and Evolution journal homepage: www.elsevier.com/locate/ympev Out of Africa: Phylogeny and biogeography of the widespread genus Acanthodactylus (Reptilia: Lacertidae) ⇑ Karin Tamar a,b, , Salvador Carranza c, Roberto Sindaco d, Jirˇí Moravec e, Jean-François Trape f, Shai Meiri a,b a Department of Zoology, George S. Wise Faculty of Life Sciences, Tel Aviv University, Tel Aviv 6997801, Israel b The Steinhardt Museum of Natural History, Israel National Center for Biodiversity Studies, Tel Aviv University, Tel Aviv 6997801, Israel c Institut de Biologia Evolutiva (CSIC-Universitat Pompeu Fabra), Passeig Maritím de la Barceloneta, 37-49, 08003 Barcelona, Spain d Museo Civico de Storia Naturale, via San Francesco di Sales 188, I-10022 Carmagnola, Torino, Italy e Department of Zoology, National Museum, Cirkusová 1740, 19300 Prague 9, Czech Republic f Laboratoire de paludologie et zoologie médicale, Institut de Recherche pour le Développement, UMR MIVEGEC, B.P. 1386, Dakar, Senegal article info abstract Article history: Acanthodactylus lizards are among the most diverse and widespread diurnal reptiles in the arid regions Received 15 February 2016 spanning from North Africa across to western India. Acanthodactylus constitutes the most species-rich Revised 1 June 2016 genus in the family Lacertidae, with over 40 recognized species inhabiting a wide variety of dry habitats. Accepted 5 July 2016 The genus has seldom undergone taxonomic revisions, and although there are a number of described spe- Available online 6 July 2016 cies and species-groups, their boundaries, as well as their interspecific relationships, remain largely unre- solved.
    [Show full text]
  • Does the Natura 2000Network Really Protect The
    DOES THE NATURA 2000 NETWORK REALLY PROTECT THE SPECIES? A CASE STUDY OF THE CRETAN HERPETOFAUNA. MIRZA CENGIC DOES THE NATURA 2000 NETWORK REALLY PROTECT THE SPECIES? A CASE STUDY OF THE CRETAN HERPETOFAUNA. MIRZA CENGIC Enschede, the Netherlands, May 2016 Faculty of Geo-Information Science and Earth Observation University of Twente Master of Science in Geo-information Science and Earth Observation. Specialization: Geo-information Science and Earth Observation for Environmental Modelling and Management (GEM) Thesis assessment board: Chair: Prof. Dr. A. K. Skidmore External examiner: Dr. A. Román Muñoz (Universidad de Málaga, Spain) 1st supervisor : Dr. A. G. Toxopeus 2nd supervisor : Dr. Ir. T. A. Groen DISCLAIMER This document describes work undertaken as part of a programme of study at the Faculty of Geo-Information Science and Earth Observation of the University of Twente. All views and opinions expressed therein remain the sole responsibility of the author, and do not necessarily represent those of the Faculty. ABSTRACT The Natura 2000 is a network of protected areas designed and implemented by European Union. The main purpose of the Natura 2000 network is to protect the biodiversity. However, systematic assessment studies on the effectiveness of the Natura 2000 network are still scarce. The aim of this study is to assess the Natura 2000 Special Areas of Conservation network, and to answer does it protect the amphibians and reptiles of Crete. Species distribution modelling platform biomod2 was used to create distribution maps. We have explored using multiple modelling techniques for this purpose (GLM, GBM/BRT, CTA, RF, MARS and MAXENT), and multiple pseudo-absence approaches in order to find the optimal model with the highest performance, measured by kappa, TSS and AUC.
    [Show full text]