Universidade Federal Do Acre Aline Pereira Gomes
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UNIVERSIDADE FEDERAL DO ACRE ALINE PEREIRA GOMES ETIOLOGIA E EPIDEMIOLOGIA DO CANCRO-DE-BOTRYOSPHAERIA EM PLANTIOS DE EUCALYPTUS UROPHYLLA NO ESTADO DO ACRE RIO BRANCO ACRE – BRASIL MAIO 2020 ALINE PEREIRA GOMES ETIOLOGIA E EPIDEMIOLOGIA DO CANCRO-DE-BOTRYOSPHAERIA EM PLANTIOS DE EUCALYPTUS UROPHYLLA NO ESTADO DO ACRE Dissertação apresentada à Universidade Federal do Acre, como parte das exigências do Programa de Pós-Graduação em Ciência Florestal, para a obtenção do título de Mestre em Ciência Florestal. RIO BRANCO ACRE – BRASIL MAIO 2020 Ficha catalográfica elaborada pela Biblioteca Central da UFAC G585e Gomes, Aline Pereira, 1993 - Etiologia e epidemiologia do Cancro–de–Botryosphaeria em plantios de Eucalyptus urophylla no Estado do Acre / Aline Pereira Gomes; Orientador: Dr. Nei Sebastião Braga Gomes e Co-orientador: Dr. Rivadalve Coelho Gonçalves. - 2020. 111 f.: il.; 30 cm. Dissertação (Mestrado) – Universidade Federal do Acre, Programa de Pós – Graduação em Ciência Florestal, Mestre em Ciência Florestal Branco, 2020. Inclui referências bibliográficas e apêndices. 1. Avaliação de doenças. 2. Caracterização de fungos. 3. Coniella. I. Gomes, Nei Sebastião Braga. (Orientador). II. Gonçalves, Rivadalve Coelho. (Co-orientador). III. Título. CDD: 634 Bibliotecária: Nádia Batista Vieira CRB-11º/882 A todos que, de diferentes formas e maneiras, me ajudaram e torceram por mim, principalmente a DEUS e a minha família. Dedico AGRADECIMENTOS Primeiramente a Deus, por ter me guiado e me dado forças para seguir, mesmo quando as circunstâncias se mostravam contrárias à realização deste sonho. Aos meus familiares, por terem estado comigo proporcionando bons momentos e por se sentirem também realizados com minha conquista. Ao meu noivo Matheus, por todo apoio, incentivo, compreensão, por todos os bons momentos e por tudo que representa em minha vida. Aos meus orientadores, prof. Dr. Nei Sebastião Braga Gomes e ao pesquisador Dr. Rivadalve Coelho Gonçalves, pelo apoio científico, diretrizes, acompanhamento, pela oportunidade e confiança no trabalho. À Universidade Federal do Acre (UFAC), especialmente ao Curso de Pós- graduação em Ciência Florestal (CIFLOR), pela oportunidade, e aos professores, pelas informações recebidas e conhecimentos adquiridos em suas disciplinas. À Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária, Unidade CPAF-AC (Embrapa-Acre), pelo apoio e cessão do Laboratório de Fitopatologia para a realização de parte da pesquisa. À Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária, Unidade CNPF (Embrapa Florestas), especialmente aos amigos do Laboratório de Patologia Florestal, pela oportunidade de realização da mobilidade acadêmica e pela experiência incrível de conhecer pessoas maravilhosas. À professora Dra. Anete Pereira de Souza, a técnica Patrícia Zambon e demais colegas do Laboratório Multiusuário de Genotipagem e Sequenciamento da Universidade Estadual de Campinas, Campinas-SP, pelo trabalho de sequenciamento e suporte. Ao Programa Nacional de Cooperação Acadêmica na Amazônia — PROCAD/AMAZÔNIA 2018, edital n.º 21/2018, da Fundação Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES), pelo apoio financeiro. À Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES), pela concessão de bolsa de estudo. À professora Sandra Ribeiro e todos os amigos do Laboratório de Fitossanidade da Universidade Federal do Acre, que contribuíram para a realização do trabalho e para ter momentos de descontração. Aos colegas da terceira turma do mestrado CIFLOR, pelos momentos de aprendizado que compartilhamos juntos. A todos que, de alguma maneira, contribuíram para a realização desse trabalho. LISTA DE ABREVIATURAS E SIGLAS ADEF Análise da dinâmica e estrutura de focos BDA Batata-dextrose-ágar TUBB Betatubulina BIC Bayesian Information Criterion CIA Clorofórmio e álcool isoamílico CTAB Cationic hexadecyl trimethyl ammonium bromide CVC Clorose variegada dos citros DNA Deoxyribonucleic acid dNTPS Deoxirribonucleosídeos Fosfatados ICF Índice de compactação do foco ID Indice de dispersão IFF Índice de forma de foco ITS1 Internal transcribed spacer 1 ITS2 Internal transcribed spacer 2 LSU Large subunit MgCl2 Cloreto de Magnésio NCBI National Center of Biotechnological Information NF Número de focos NFU Números de focos unitários NPF Número de plantas por foco PCR Polymerase chain reaction rDNA Ribosomal Deoxyribonucleic acid RNA Ribonucleic acid rRNA Ribosomal ribonucleic acid TE Tris-EDTA TEF1-α Translation-elongation factor EF-1 alpha UPGMA Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Means USA United States of America UV Radiação ultravioleta ZEE Zoneamento ecológico-econômico LISTA DE FIGURAS Figura 1. Exemplo de focos e de padrões de proximidade, considerados pela Análise da dinâmica e estrutura de focos. .................................................................................... 17 Figura 2. Mapa de localização das áreas de estudo, com imagem ampliada permitindo a distinção dos pontos indicadores das áreas avaliadas I, II, III e IV. .......................... 21 Figura 3. Plantios de Eucalyptus urophylla (clone I144): A) plantio convencional em Rio Branco, Acre; B) plantio convencional no município de Senador Guiomard; C) Sistema agroflorestal do tipo silvipastoril em renque quadrúplo no município de Porto Acre e D) Sistema agroflorestal do tipo silvipastoril em renque duplo no município de Rio Branco. .......................................................................................... 23 Figura 4. Tronco de Eucalyptus urophylla após coleta de amostra com sintomas de cancro (A, B) e amostras coletadas para isolamento (C, D). ................................................. 24 Figura 5. Colônias de isolados de Lasiodiplodia spp., verso da colônia (A) e reverso da colônia (B), conídios na forma jovem (C), conídios maduros ( D, E) e picnídio (F). ................................................................................................................................... .43 Figura 6. Dendrograma da distância fenotípica dos isolados de Lasiodiplodia spp. de eucalipto obtidos neste estudo com espécies conhecidas nos gêneros Lasiodiplodia, Neofusicoccum e Pseudofusicoccum. ......................................................................... 47 Figura 7. Dendrograma da distância fenotípica dos isolados de Lasiodiplodia spp. de eucalipto obtidas neste estudo com espécies conhecidas no gênero Lasiodiplodia. .. 48 Figura 8. Colônias de isolados de Pestalotiopsis spp., verso da colônia (A), reverso da colônia (B), conídios (C, D) e picnídio (E). ............................................................... 51 Figura 9. Dendrograma apresentando a distância dos isolados de Pestalotiopsis spp. deste estudo com espécies conhecidas. ............................................................................... 57 Figura 10. Colônias de isolados de Coniella spp., verso da colônia (A), reverso da colônia (B), conídios (C, D) e conidiomata (E). ..................................................................... 59 Figura 11. Dendrograma apresentando a distância fenotípica dos isolados de Coniella spp. deste estudo com espécies conhecidas de Harknessia, Pilidiella e Coniella. ............ 62 Figura 12. Gel de Agarose após eletroforese com produto da PCR, onde se visualizou a qualidade do DNA obtido com os primers ITS 1 e ITS 4 (A), ITS 4 e ITS 5 (B), EF1- 688F e EF1-986R (C) e Btub-R e Btub-F (D)............................................................ 63 Figura 13. Árvore filogenética de agrupamento do isolado AR4P15 por meio de inferência bayesiana de sequências ITS utilizando espécies de Botryosphaeria e Lasiodiplodia e Mycosphaerella africana como grupo externo. ......................................................... 64 Figura 14. Árvore filogenética de agrupamento do isolado AR4P15 por meio de inferência bayesiana de sequências TEF1 utilizando espécies de Botryosphaeria e Lasiodiplodia e Mycosphaerella africana como grupo externo. ...................................................... 65 Figura 15. Árvore filogenética de agrupamento do isolado AR2P28 por meio de inferência bayesiana de sequências ITS utilizando espécies de Botryosphaeria e Lasiodiplodia e Mycosphaerella africana como grupo externo. ......................................................... 66 Figura 16. Árvore filogenética de agrupamento do isolado AR2P28 por meio de inferência bayesiana de sequências TEF1 utilizando espécies de Botryosphaeria e Lasiodiplodia e Mycosphaerella africana como grupo externo. ...................................................... 67 Figura 17. Árvore filogenética de agrupamento do isolado AR1P22 por meio de inferência bayesiana com sequências ITS de Pestalotiopsis e Neopestalotiopsis e Dothistroma septosporum como grupo externo. ............................................................................. 70 Figura 18. Árvore filogenética de agrupamento do isolado AR1P22 por meio de inferência bayesiana com sequências TEF1 de Pestalotiopsis e Neopestalotiopsis e Dothistroma septosporum como grupo externo. ............................................................................. 71 Figura 19. Mapas de incidência da doença nas quatro áreas avaliadas: A) Área I, B) Área II, C) Área III e D) Área IV. ...................................................................................... 74 Figura 20. Gráfico apresentando os valores médios de frequência (%) por área para o padrão de dispersão da doença encontrado nas linhas de plantio para o teste Run. ... 83 Figura 21. Gráfico apresentando os valores