DIPARTIMENTO DI BIOLOGIA E BIOTECNOLOGIE “CHARLES DARWIN” UNIVERSITÀ DI ROMA “LA SAPIENZA” CORSO DI DOTTORATO IN BIOLOGIA ANIMALE XXIII CICLO (2007 – 2010) Andrea Barco TESI DI DOTTORATO DI RICERCA I MURICIDAE (MOLLUSCA, NEOGASTROPODA): FILOGENESI MOLECOLARE, EVOLUZIONE MORFOLOGICA ED ECOLOGIA TROFICA PhD Dissertation THE MURICIDAE (MOLLUSCA, NEOGASTROPODA): MOLECULAR PHYLOGENY, MORPHOLOGICAL EVOLUTION AND TROPHIC ECOLOGY Roma, 2010 0 1 SOMMARIO RIASSUNTO 5 ABSTRACT 7 1 INTRODUZIONE 11 1.1 FILOGENESI E CLASSIFICAZIONE DEI MURICIDAE 12 1.1.1 CRONOLOGIA DELLA CLASSIFICAZIONE TRADIZIONALE 12 1.1.2 RECENTI IPOTESI FILOGENETICHE 13 1.2 LA DIVERSIFICAZIONE DEI NEOGASTEROPODI E L’ORIGINE DEI MURICIDAE 19 1.3 LA RADULA DEI MURICIDI E IL SUO ROLO NELLA PREDAZIONE 23 1.3.1 LA MORFOLOGIA RADULARE 23 1.3.2 LA STRATEGIA TROFICA 27 1.4 OBIETTIVI 30 2 MATERIALI E METODI 31 2.1 RACCOLTA E GESTIONE DEL CAMPIONE 31 2.2 ESTRAZIONE E AMPLIFICAZIONE DEL DNA 33 2.3 ESTRAZIONE E PREPARAZIONE DELLE RADULE 34 2.4 ANALISI DEI DATI 35 2.4.1 RAPPRESENTATIVITÀ FILOGENETICA DEL CAMPIONE 35 2.4.2 ANALISI DELLE SEQUENZE 36 2.4.3 ANALISI FILOGENETICHE DEL DATASET MOLECOLARE 38 2.4.4 DATAZIONE DEI CLADI CON UN OROLOGIO MOLECOLARE 39 2.4.5 ANALISI FILOGENETICHE DEL DATASET MORFOLOGICO 40 2.4.6 ANALISI COMPARATIVA DELLE STRATEGIE TROFICHE 40 3 RISULTATI 49 3.1 RAPPRESENTATIVITÀ FILOGENETICA DEL CAMPIONE 49 3.2 ANALISI DEL DATASET MOLECOLARE 50 3.2.1 ANALISI DELLE SEQUENZE 50 3.2.2 ANALISI DEI SINGOLI GENI 50 3.2.3 SCELTA DELLO SCHEMA DI PARTIZIONE E RISULTATI DELL‟ANALISI BAYESIANA 51 3.2.4 STIMA DELLE DATAZIONI DEI CLADI 54 3.3 MORFOLOGIA RADULARE 56 3.3.1 DESCRIZIONE DELLA MORFOLOGIA RADULARE 56 3.3.2 ANALISI CLADISTICA DEI CARATTERI MORFOLOGICI 65 3.3.3 ANALISI COMPARATIVA DELLE STRATEGIE TROFICHE 67 2 4 DISCUSSIONE 69 4.1 FILOGENESI DEI MURICIDAE 69 4.1.1 LA CLASSIFICAZIONE DI CORALLIOPHILINAE, RAPANINAE ED ERGALATAXINAE 69 4.1.2 FILOGENESI DELLE SOTTOFAMIGLIE 70 4.2 RECORD FOSSILE E RADIAZIONE DEI MURICIDI 76 4.2.1 FILOGENESI DEI MURICIDAE E CONGRUENZE RISPETTO AL RECORD FOSSILE 76 4.3 MORFOLOGIA RADULARE 79 4.3.1 CARATTERISTICHE RADULARI DELLE SOTTOFAMIGLIE 79 4.3.2 UTILITÀ TASSONOMICA DELLA RADULA 85 4.3.3 PATTERN DI EVOLUZIONE RADULARE 86 4.3.4 ECOLOGIA TROFICA E ANALISI COMPARATIVA 89 CONCLUSIONI E PROSPETTIVE 95 BIBLIOGRAFIA 97 APPENDICI 113 RINGRAZIAMENTI 148 3 4 Riassunto I muricidi sono un gruppo di gasteropodi predatori composto da più di 1600 specie conosciute, sono tra i principali componenti delle comunità bentoniche e rivestono importanti interessi commerciali in alcune regioni del mondo. La loro origine risale al periodo di grande diversificazione noto come “Rivoluzione Marina del Mesozoico”, nel quale i predatori di questa famiglia cominciarono a diffondersi grazie alla spinta evolutiva fornita dall‟efficienza della loro strategia trofica. Le linee filetiche appartenenti a questa radiazione sono suddivise in dieci sottofamiglie, identificate tradizionalmente dalla morfologia cochigliare e, soprattutto, da quella radulare. La radula, infatti, potrebbe aver rivestito il ruolo di novità evolutiva nell‟emergenza delle varie linee filetiche, grazie al suo diretto coinvolgimento nella predazione. La grande diversificazione morfologica ed ecologica permette di utilizzare questi gasteropodi come modello di studio per l‟evoluzione degli adattamenti trofici, ma le conoscenze a disposizione, soprattutto a livello filogenetico, sono ancora insufficienti per consentire la formulazione d‟ipotesi robuste. Lo scopo di questo studio è gettare le basi per la definizione di un‟ipotesi evolutiva per i muricidi. Per questo motivo è stata costruita una filogenesi molecolare, ed è stata utilizzata come riferimento per analizzare le morfologie radulari, le diverse ecologie trofiche e gli eventi che potrebbero averne promosso la diversificazione. Utilizzando un dataset rappresentativo, è stata costruita la prima filogenesi molecolare contenente tutte le sottofamiglie di muricidi, con la quale è stata definita una base per il rinnovamento della classificazione. La filogenesi ha confermato la monofilia delle sottofamiglie Coralliophilinae, Ergalataxinae, Rapaninae, Typhinae e Haustrinae, in accordo con la classificazione tradizionale. La polifilia delle Trophoninae è stata suggerita in studi precedenti, e i dati molecolari hanno evidenziato l‟esistenza di due linee filetiche indipendenti in questa sottofamiglia. Le Ocenebrinae sono monofiletiche solamente con l‟esclusione del genere Vitularia. A differenza della classificazione tradizionale, le Muricinae e Muricopsinae, le sottofamiglie più rappresentative, non sono monofiletiche. Un‟analisi preliminare, condotta calibrando un orologio molecolare, ha fornito delle datazioni parzialmente discordanti rispetto all‟apparizione delle sottofamiglie nel record fossile. In alcune linee filetiche (principalmente nelle Coralliophilinae) l‟elevato tasso di mutazione può aver determinato una incorretta stima dell‟origine del clade. 5 Nell‟analisi morfologica sono state esaminate, descritte confrontate con la filogenesi molecolare le radule di specie appartenenti a nove delle dieci sottofamiglie. Questo esame ha messo in evidenza molti caratteri trascurati nelle classificazioni tradizionali. Dalla descrizione sono stati ricavati 20 caratteri morfologici utilizzati in due analisi cladistiche, le quali hanno messo in evidenza la presenza di un segnale filogenetico. Nonostante sia stata frequentemente messa in discussione, la morfologia radulare mostra un buon livello di utilità filogenetica se associata ad altri caratteri (ad esempio anatomici). Utilizzando un metodo comparativo, la filogenesi molecolare è stata confrontata con le strategie trofiche conosciute in alcune sottofamiglie, in modo da formulare un‟ipotesi sulla loro evoluzione. I muricidi sono caratterizzati da una grande diversificazione delle tecniche predatorie, dalla capicità di modificare strategia secondo le condizioni ecologiche e dalla variabilità nella scelta delle prede. Questa diversità, probabilmente assente nell‟ipotetico antenato comune, comparve indipendente nelle linee filetiche della famiglia. 6 Abstract The family Muricidae is a group of predatory gastropods including more than 1600 species, which makes this family one of the major components of benthic communities. It also has economic interest in some part of the world. The origin of muricids dates back to the „Mesozoic Marine Revolution‟, a time of major faunal diversification when these predators started to radiate under the evolutionary advantage given by their efficient trophic strategy. The lineages originating from this radiation are divided in ten subfamilies, traditionally identified by shell morphology and especially by radular characters. Due to its major role in predation, muricid radula might have been the evolutionary novelty promoting the origin of the lineages. Due to their large morphological and ecological diversification, these gastropods are a good model to study the evolution of trophic adaptation. The main goal of this study is to prepare the basis for an evolutionary hypothesis for the muricids. A molecular phylogeny has been obtained to define this framework, and has been used to analyse radular morphologies, trophic ecology, and purported causes of their diversification. The molecular phylogeny has been obtained by a representative dataset of all the subfamilies, and proposed as a base to renew their classification. This phylogeny supports the monophyly of Coralliophilinae, Ergalataxinae, Rapaninae, Typhinae and Haustrinae in agreement with the traditional classification. Trophoninae are polyphyletic, as proposed in previous studies, and include at least two independent lineages, while Ocenebrinae are monophyletic with the exclusion of the genus Vitularia. Respect to the traditional classification, Muricinae and Muricopsinae, the most representative subfamilies, are not monophyletic. A preliminary molecular clock analysis estimated clade datations partially incongruent respect to the appearance in the fossil record. Some lineages (especially Coralliophilinae) are characterized by a high mutation rate wich could be the cause of such incongruence. In the morphological analysis were examinated, describede and compared with the molecular phylogeny the radulae of species from nine of the ten subfamilies. This part evidenced many characters overlooked in previous descriptions. 20 morphological characters were extracted and used in two cladistic analyses. These preliminary studies evidenced the presence of a phylogenetic signal in radular morphology, supporting the taxonomic importance of this structure for muricids. Molecular phylogeny has been compared with know trophic strategies of several lineages using a comparative method. Muricids show a wide diversification in predatory techniques, ability 7 to switch strategies depending on ecological conditions, and variability in prey selection. This diversity, likely absent in the hypothetic common ancestor, appeared independently in the lineages. 8 Filogenesi molecolare dei Muricidae (Mollusca, Neogastropoda) e diversità morfologica della conchiglia. Molecular phylogeny of the Muricidae (Mollusca, Neogastropoda) and morphological diversity of shells. 9 10 1 Introduzione I molluschi sono il phylum a cui appartiene il maggior numero di specie nell‟ambiente marino (Bouchet, 2006), la cui classe più rappresentativa è quella dei Gastropoda. I neogasteropodi sono l‟ordine più diversificato, composto da oltre 10.000 specie viventi quasi