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Génétique Et Génomique Des Microorganismes Piézophiles Des Génétique et génomique des microorganismes piézophiles des sources hydrothermales océaniques profondes : adaptation aux hautes pressions hydrostatiques chez l’archée piézo-hyperthermophile : Thermococcus barophilus, apport de la génétique et impact des hydrogénases Tiphaine Birien To cite this version: Tiphaine Birien. Génétique et génomique des microorganismes piézophiles des sources hydrother- males océaniques profondes : adaptation aux hautes pressions hydrostatiques chez l’archée piézo- hyperthermophile : Thermococcus barophilus, apport de la génétique et impact des hydrogénases. Microbiologie et Parasitologie. Université de Bretagne occidentale - Brest, 2018. Français. NNT : 2018BRES0018. tel-03166816 HAL Id: tel-03166816 https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-03166816 Submitted on 11 Mar 2021 HAL is a multi-disciplinary open access L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est archive for the deposit and dissemination of sci- destinée au dépôt et à la diffusion de documents entific research documents, whether they are pub- scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, lished or not. The documents may come from émanant des établissements d’enseignement et de teaching and research institutions in France or recherche français ou étrangers, des laboratoires abroad, or from public or private research centers. publics ou privés. THESE DE DOCTORAT DE L'UNIVERSITE DE BRETAGNE OCCIDENTALE COMUE UNIVERSITE BRETAGNE LOIRE ECOLE DOCTORALE N° 598 Sciences de la Mer et du littoral Spécialité : Microbiologie Par Tiphaine BIRIEN Génétique et génomique des microorganismes piézophiles des sources hydrothermales océaniques profondes (Adaptation aux hautes pressions hydrostatiques chez l’archée piézophile : Thermococcus barophilus, apport de la génétique et impact des hydrogénases). Thèse présentée et soutenue à l’IUEM, Plouzané le 24 avril 2018 Unité de recherche : LM2E-UMR6197 UBO-CNRS-Ifremer Rapporteurs avant soutenance : Composition du Jury : Marie-Thérèse GIUDICI-ORTICONI Marie-Thérèse GIUDICI-ORTICONI Directrice de recherche, CNRS, Marseille Directrice de recherche, CNRS, Marseille Philippe OGER Directeur de recherche, INSA Lyon Présidente du Jury Gwennola ERMEL Professeure, Université de Rennes 1 Jacques OBERTO Directeur de recherche, CNRS, Paris Co-directeur de thèse Yann MOALIC Enseignant chercheur, Université de Bretagne Occidentale Directeur de thèse Mohamed JEBBAR Professeur, Université de Bretagne Occidentale ‘’Après avoir cherché sans trouver, il arrive qu’on trouve sans chercher’’ Jerome Klapka Jerome “La mer est tout ! Elle couvre les sept dixièmes du globe terrestre… C’est l’immense désert où l’homme n’est jamais seul car il sent frémir la vie à ses côtés.” J. Verne (Vingt mille lieues sous les mers) ‘’Les micro-organismes peuvent faire ce que vous voulez. Il suffit d’imaginer comment’’ Koki Horikoshi, spécialiste japonnais des extrêmophiles Henn Kim, Black Wave Remerciements Il est difficile de définir trois années de thèse, c’est court et long à la fois entend-t- on souvent… une chose est sûre en ce qui concerne le nombre de belles rencontres que l’on a la chance de faire pendant ces trois années… Entre simple rencontre ou collaboration, des personnes rentrent, passent dans notre vie et parfois y restent, mais dans tous les cas nous gardons tous une trace de ces passages et la plupart du temps de bons souvenirs des moments passés ensemble… Je tiens tout d’abord à remercier Mohamed Jebbar, Didier Flament et Anne Godfroy, pour m’avoir permis de réaliser ma thèse au sein du LM2E. Je remercie l’ensemble des personnes travaillant ou ayant travaillé au sein des deux UMR (composante UBO et IFREMER) durant mes années passées au sein du laboratoire. Merci Mohamed pour m’avoir confié ce projet de thèse, un projet certes de longue haleine, jalonné de hauts et de bas, mais qui reste une première expérience professionnelle tellement formatrice. Merci de m’avoir fait confiance pour la campagne océanographique chinoise COMRA DY 34, cette expérience sur le Da Yang Yi Hao a été une véritable aventure autant sur le plan professionnel qu’humain. Une aventure certes un peu redoutée mais tant attendue, et qui m’a beaucoup appris. Je profite d’évoquer cette expérience pour remercier le laboratoire « key laboratory of marine biogenetic ressources of third institute of oceanography » et l’ensemble des personnes qui étaient présentes sur ce mois et demi de navigation au sud-ouest de l’Océan Indien. Je remercie tout particulièrement Yann Moalic, co-encadrant de mon stage de M2 et de ma thèse, pour son aide pour la compréhension des outils moléculaires, le travail à la paillasse; mais aussi pour son soutien moral, son franc parlé et ses innombrables phrases cultes notamment la réplique « pourquoi dès que je tente un truc de dingue ça foire » lors du concours de création de plasmide, ses nombreuses excuses pour ne pas faire de jogging le midi avec Steph et Alex, et le fameux « je me casse». Je tiens également à citer Axel Thiel, investigateur du projet « génétique et adaptation à la pression » pendant son post doctorat au LM2E. Merci de m’avoir fait confiance pour le stage de M2, de m’avoir formée sur le sujet, et d’avoir toujours trouvé les mots justes pour que je continue à avancer malgré les difficultés et la pression. Le sujet de stage a débouché sur un financement de thèse, tu n’étais pas à nos côtés pour continuer les manips, mais tu es et resteras le maître de la transformation chez Thermococcus barophilus. Je tiens à remercier Gishlaine Henneke, Christian Jeanthon et Jacques Oberto pour leur bienveillance et leurs conseils lors des comités de thèse. Je remercie l’équipe technique du LM2E, Nadège, Myriam et Stéphane, plus anciennement Morgane et Alex, pour leurs conseils, et leur travail de tous les jours afin d’assurer la bonne gestion du laboratoire. Je remercie l’ensemble des chercheurs et enseignants chercheurs. Beaucoup ont contribué pendant leur cours à développer mon intérêt pour la microbiologie, et à me donner envie de continuer dans la recherche, même si ce n’est pas chose aisée. Merci donc à Marc Leromancer, Gwenaelle Leblay, Frédérique Duthoit, Karine Alain (petit clin d’œil pour les séjours en Chine, en Afrique du Sud pour Thermophiles, que nous avons eu la chance de partager et les petites pauses mots croisés du midi), Lois Maignien, et une spéciale dédicace à Claire Geslin, qui est vraiment une super enseignante. Je remercie le côté Ifremer du LM2E, et plus particulièrement Erwan et son thésard Sébastien pour m’avoir consacré de leur temps quand j’avais besoin de faire des mesures d’hydrogène au micro-GC ; bon courage pour la fin de ta thèse Séb. Je remercie également Raphaël, Patricia et Christine. Un petit mot pour l’équipe réplication : Didier, Gishlaine, Rémi, Audrey et Sébastien Laurent. Merci à tous pour votre bonne humeur. Je remercie Stéphanie Renard, la fille de l’île d’Ouessant pour son investissement au sein du laboratoire, que ferait-on sans notre secrétaire… mais au-delà du travail je te remercie pour ta présence, nos conversations, nos petites pauses goûters avec Mimi, nos discussions sur Yann Tiersen. Myriam, mon autre confidente, je te remercie pour ta disponibilité, ton dynamisme, ton oreille toujours attentive. J’ai adoré nos discussions sur tes nombreuses activités. Nadège, impératrice des Mr/Mme, merci pour ta bonne humeur, ton rire si communicatif, pour tous les bons moments partagés lors de nos associations de nom de famille/prénom avec Sam et Alex, puis Sarah et Stéphanie. Merci également pour l’idée des petits cadeaux pendant la campagne océanographique, une idée géniale qui fait du bien au moral! Alex ou le Mac gyver du labo, c’est un peu l’image que j’ai de toi, capable de tout réparer avec brillo, mais également une personne gentille, simple et dotée d’un humour et de jeux de mots comment dire, toujours là où on ne les attend pas!!! Ton départ nous a vraiment rendu triste, plein de belles choses pour la suite à Morlaix. Sam aussi dit Sam le pompier, mon deuxième concurrent pour les Mr/Mme, merci pour les bons moments partagés, tes petites blagues/petits mensonges qui me faisaient bien rire. Je tiens à remercier Sandy et Thierry, d’une part pour leur savoir-faire en informatique (dépassant largement le mien), on se souvient des fameuses « infections » à deux reprises de mon ordi pro par Yann ; mais aussi et surtout pour leur bonne humeur. Merci également à Sophie et Yannick, que serait mes passages matinaux devant l’accueil de l’IUEM sans votre bonne humeur quotidienne. Kévin alias Batman, mon coéquipier/binôme durant le master, est devenu un ami par la suite, merci pour tes phrasés poétiques, ton humour. Je profite d’avoir évoqué mes années de Master pour remercier ma petite Sam pour son amitié, j’ai découvert une personne en or et Christian « l’espagnol » également une personne que j’ai eu plaisir à connaitre. Je remercie les deux stagiaires de Loïs que j’ai eu la chance de rencontrer en M2, Clarisse pour nos repas partagés au RU et les recherches actives de mots fléchés avant de reprendre le travail, Flo alias poney indigo pour sa passion pour la science et l’informatique, vous êtes vraiment deux personnes attachantes. Jordan, merci pour ta bonne humeur, ta connaissance du milieu marin, n’est pas guide bilingue à Océanopolis qui veut. Bon courage pour la fin de vos thèses. Ellynn « l’irlandaise de cœur » la stagiaire de Matty, merci pour ta simplicité, de nous avoir fait partagé ton don pour la cuisine à travers tes nombreux gâteaux, un délice à chaque fois. Je tiens à remercier l’ensemble des personnes qui ont travaillé à mes côtés pendant ma thèse. J’ai eu le plaisir d’encadrer Marion Gardette lors de ma deuxième année de thèse, on s’est bien cassé les dents sur les manips pressions que l’on a enchaînées de semaine en semaine.
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