Supplementary figure 1. Maximum likelihood phylogenetic tree of the complete ScrollSaw dataset. The tree was inferred using IQ-TREE with LG+I+G4 model (the model selected by the program itself) with the ultrafast bootstrap algorithm and the SH-aLRT test (both 10000 replicates), as described under Materials and Methods. Dots at branches represent bootstrap values as indicated in the graphical legend (top right).

Goniomonas avonlea Sar1b Tree scale: 0.1 SH-aLRT/UFboot Gloeochaete wittrockiana Sar1b >80/>95 Planomonas micra Sar1b >99/>99 Physarum polycephalum Sar1X Sar1L Bigelowiella natans SarL Raineriophrys erinaceoides Sar1b Gefionella okellyi Sar1b Goniomonas avonlea Sar1a Guillardia theta Sar1 Palpitomonas bilix Sar1 Cryptosporidium parvum Sar1 Symbiodinium minutum Sar1a Aplanochytrium kerguelense Sar1 Hyaloperonospora arabidopsidis Sar1 Nannochloropsis gaditana Sar1 Emiliania huxleyi Sar1a Pavlova sp. Sar1 Cyanophora paradoxa Sar1 Gloeochaete wittrockiana Sar1a1 Gloeochaete wittrockiana Sar1a2 Paratrimastix pyriformis Sar1 Chlamydomonas reinhardtii Sar1 Arabidopsis thaliana SarA1b Klebsormidium nitens Sar1 Planomonas micra Sar1a Capsaspora owczarzaki Sar1 Creolimax fragrantissima Sar1 Sar1 Sphaeroforma arctica Sar1 Acanthamoeba castellanii Sar1a Physarum polycephalum Sar1 Pygsuia biforma Sar1 Euglena gracilis Sar1 Thecamonas trahens Sar1 Gefionella okellyi Sar1a Andalucia godoyi Sar1 Adineta vaga Sar1a Drosophila melanogaster Sar1 Catenaria anguillulae Sar1 Aspergillus fumigatus Sar1 Coemansia reversa Sar1 Cryptococcus neoformans Sar1 Ustilago maydis Sar1 Spizellomyces punctatus Sar1 Basidiobolus meristosporus Sar1a Gonapodya prolifera Sar1 Monocercomonoides exilis Arl6 Paratrimastix pyriformis Arl6 Plasmodiophora brassicae Arl6 Amastigomonas sp. Arl6a Thecamonas trahens Arl6 Pygsuia biforma Arl6 Planomonas micra Arl6a Amastigomonas sp. Arl6b Andalucia godoyi Arl6 Gefionella okellyi Arl6 Malawimonas californiana Arl6 Emiliania huxleyi Arl6 Pavlova sp. Arl6 Palpitomonas bilix Arl6 Arl6 Phytophthora sojae Arl6 Vischeria sp. Arl6 Physarum polycephalum Arl6 Goniomonas avonlea Arl6 Guillardia theta Arl6 Cyanophora paradoxa Arl6 Gloeochaete wittrockiana Arl6 Batrachochytrium dendrobatidis Arl6 Spizellomyces punctatus Arl6 Mnemiopsis leidyi Arl6 Strongylocentrotus purpuratus Arl6 Nematostella vectensis Arl6 Trichoplax adhaerens Arl6 Gefionella okellyi Arfrp1 Malawimonas californiana Arfrp1 Goniomonas avonlea Arfrp1 Pygsuia biforma Arfrp1 Dictyostelium discoideum Arfrp1 Physarum polycephalum Arfrp1 Cyanophora paradoxa Arfrp1 Gloeochaete wittrockiana Arfrp1 Aurantiochytrium limacinum Arfrp1 Phytophthora sojae Arfrp1 Volvox carteri Arfrp1 Emiliania huxleyi Arfrp1 Pavlova sp. Arfrp1 Acanthamoeba castellanii Arfrp1 Euglena gracilis Arfrp1 Guillardia theta Arfrp1 Neovahlkampfia damariscottae Arfrp1 Arfrp1 Amastigomonas sp. Arfrp1 Thecamonas trahens Arfrp1 Palpitomonas bilix Arfrp1 Planomonas micra Arfrp1 Basidiobolus meristosporus Arfrp1 Phycomyces blakesleeanus Arfrp1 Batrachochytrium dendrobatidis Arfrp1 Spizellomyces punctatus Arfrp1 Trichoplax adhaerens Arfrp1 Nematostella vectensis Arfrp1 Strongylocentrotus purpuratus Arfrp1 Saccoglossus kowalevskii Arfrp1 Helobdella robusta Arfrp1 Ciona intestinalis Arfrp1 Homo sapiens Arfrp1 Paratrimastix pyriformis Arl13 Thecamonas trahens Arl13 Euglena gracilis Arl13 Euglena gracilis Arl13L3 Guillardia theta Arl13 Malawimonas californiana Arl13 Chlamydomonas reinhardtii Arl13 Volvox carteri Arl13 Physarum polycephalum Arl13 Naegleria gruberi Arl13 Goniomonas avonlea Arl13 Gefionella okellyi Arl13 Pygsuia biforma Arl13 Andalucia godoyi Arl13 Gloeochaete wittrockiana Arl13 Arl13 Planomonas micra Arl13 Cyanophora paradoxa Arl13 Homo sapiens Arl13b Takifugu rubripes Arl13b Ciona intestinalis Arl13 Capitella teleta Arl13 Saccoglossus kowalevskii Arl13 Palpitomonas bilix Arl13 Monocercomonoides exilis Arl13 Plasmodiophora brassicae Arl13 Pavlova sp. Arl13 Trichoplax adhaerens Arl13 Vischeria sp. Arl13 Euglena gracilis Arl16 Naegleria gruberi Arl16 Phytophthora sojae Arl16 Pavlova sp. Arl16 Micromonas commoda Arl16 Mastigamoeba balamuthi Arl16 Vischeria sp. Arl16 Andalucia godoyi Arl16 Gloeochaete wittrockiana Arl16 Cyanophora paradoxa Arl16 Arl16 Pygsuia biforma Arl16 Goniomonas avonlea Arl16 Physarum polycephalum Arl16 Gefionella okellyi Arl16 Malawimonas californiana Arl16 Paratrimastix pyriformis Arl16 Nematostella vectensis Arl16 Saccoglossus kowalevskii Arl16 Takifugu rubripes Arl16 Raineriophrys erinaceoides Arl18 Palpitomonas bilix Arl18 Paratrimastix pyriformis Arl18 Gefionella okellyi Arl18 Malawimonas californiana Arl18 Bodo saltans Arl18 Arl18 Perkinsela sp. Arl18 Planomonas micra Arl18 Ectocarpus siliculosus Arl18 Hyaloperonospora arabidopsidis Arl18 Spironucleus vortens Arl8 Paratrimastix pyriformis Arl8 Paramecium tetraurelia Arl8b Tetrahymena thermophila Arl8 Andalucia godoyi Arl8 Palpitomonas bilix Arl8 Gloeochaete wittrockiana Arl8 Reticulomyxa filosa Arl8b Cyanophora paradoxa Arl8 Goniomonas avonlea Arl8 Pavlova sp. Arl8 Raineriophrys erinaceoides Arl8a Coccomyxa subellipsoidea Arl8 Klebsormidium nitens Arl8 Physcomitrella patens Arl8b Neovahlkampfia damariscottae Arl8 Euglena gracilis Arl8 Arl8 Naegleria gruberi Arl8 Amastigomonas sp. Arl8 Thecamonas trahens Arl8 Planomonas micra Arl8 Acanthamoeba castellanii Arl8 Physarum polycephalum Arl8 Gefionella okellyi Arl8 Malawimonas californiana Arl8 Pygsuia biforma Arl8 Sphaeroforma arctica Arl8 Capsaspora owczarzaki Arl8 Homo sapiens Arl8a Batrachochytrium dendrobatidis Arl8 Basidiobolus meristosporus Arl8b Conidiobolus coronatus Arl8 Coemansia reversa Arl8 Physarum polycephalum Arl3 Gefionella okellyi Arl3a Malawimonas californiana Arl3 Pygsuia biforma Arl3 Planomonas micra Arl3 Andalucia godoyi Arl3 Goniomonas avonlea Arl3 Guillardia theta Arl3 Ectocarpus siliculosus Arl3 Vischeria sp. Arl3 Phytophthora sojae Arl3 Cyanophora paradoxa Arl3b Gloeochaete wittrockiana Arl3 Arl3 Paratrimastix pyriformis Arl3 Trichomonas vaginalis Arl3b Amastigomonas sp. Arl3 Thecamonas trahens Arl3 Pavlova sp. Arl3 Emiliania huxleyi Arl3a Emiliania huxleyi Arl3b Spizellomyces punctatus Arl3 Branchiostoma floridae Arl3 Takifugu rubripes Arl3a Capitella teleta Arl3 Saccoglossus kowalevskii Arl3 Andalucia godoyi Arl2 Ectocarpus siliculosus Arl2 Vischeria sp. Arl2 Symbiodinium minutum Arl2 Basidiobolus meristosporus Arl2 Phycomyces blakesleeanus Arl2 Catenaria anguillulae Arl2a Batrachochytrium dendrobatidis Arl2 Spizellomyces punctatus Arl2 Lottia gigantea Arl2 Capitella teleta Arl2 Saccoglossus kowalevskii Arl2 Takifugu rubripes Arl2 Hydra magnipapillata Arl2 Trichoplax adhaerens Arl2 Planomonas micra Arl2 Cyanophora paradoxa Arl2 Arl2 Gloeochaete wittrockiana Arl2 Aurantiochytrium limacinum Arl2 Amastigomonas sp. Arl2 Thecamonas trahens Arl2 Malawimonas californiana Arl2 Paratrimastix pyriformis Arl2 Emiliania huxleyi Arl2 Pavlova sp. Arl2 Goniomonas avonlea Arl2 Guillardia theta Arl2 Dictyostelium discoideum Arl2 Physarum polycephalum Arl2 Acanthamoeba castellanii Arl2 Amoebidium parasiticum Arl2 Pygsuia biforma Arl2 Giardia intestinalis Arf1 Spironucleus salmonicida Arf1 Arf1 Pygsuia biforma Arf6 Amoebidium parasiticum Arf6 Basidiobolus meristosporus Arf6a Andalucia godoyi Arf6 Arf6 Mastigamoeba balamuthi Arf6 Gefionella okellyi Arf6 Nannochloropsis gaditana Arf1 Ectocarpus siliculosus Arf1 Phytophthora sojae Arf1a Aurantiochytrium limacinum Arf1a Fonticula alba Arf1 Reticulomyxa filosa Arf1a Gefionella okellyi Arf1a Malawimonas californiana Arf1a Andalucia godoyi Arf1a Raineriophrys erinaceoides Arf1b Pygsuia biforma Arf1b Mastigamoeba balamuthi Arf1 Physarum polycephalum Arf1a Pygsuia biforma Arf1a Perkinsus marinus Arf1b Perkinsus marinus Arf1c Emiliania huxleyi Arf1a Pavlova sp. Arf1 Arf1 Amastigomonas sp. Arf1a Planomonas micra Arf1a Palpitomonas bilix Arf1 Basidiobolus meristosporus Arf1b Schizosaccharomyces pombe Arf1 Gonapodya prolifera Arf1a Spizellomyces punctatus Arf1 Spizellomyces punctatus Arf1b Gloeochaete wittrockiana Arf1 Selaginella moellendorffii ArfA1b Goniomonas avonlea Arf1a Amphimedon queenslandica Arf1a Nematostella vectensis Arf1b Coccomyxa subellipsoidea ArfA Klebsormidium nitens ArfA1 Oryza sativa ArfA1 Oryza sativa ArfA3a Neovahlkampfia damariscottae Arl5 Physarum polycephalum Arl5 Amastigomonas sp. Arl5 Thecamonas trahens Arl5 Spizellomyces punctatus Arl5 Basidiobolus meristosporus Arl5 Phycomyces blakesleeanus Arl5 Pygsuia biforma Arl5 Capsaspora owczarzaki Arl5 Adineta vaga Arl5b1 Drosophila melanogaster Arl5 Helobdella robusta Arl5 Goniomonas avonlea Arl5 Naegleria gruberi Arl5 Arl5 Raineriophrys erinaceoides Arl5 Klebsormidium nitens Arl5 Selaginella moellendorffii Arl5 Gloeochaete wittrockiana Arl5 Planomonas micra Arl5 Aurantiochytrium limacinum Arl5 Pavlova sp. Arl5 Palpitomonas bilix Arl5 Acanthamoeba castellanii Arl5 Malawimonas californiana Arl5 Gefionella okellyi Arl5 Euglena gracilis Arl5 Euglena gracilis Arl1 Neovahlkampfia damariscottae Arl1 Naegleria gruberi Arl1 Mastigamoeba balamuthi Arl1 Pygsuia biforma Arl1 Batrachochytrium dendrobatidis Arl1 Phycomyces blakesleeanus Arl1 Basidiobolus meristosporus Arl1b Catenaria anguillulae Arl1 Adineta vaga Arl1a Amoebidium parasiticum Arl1 Branchiostoma floridae Arl1 Sphaeroforma arctica rArl1 Guillardia theta Arl1 Cyanophora paradoxa Arl1 Gloeochaete wittrockiana Arl1 Emiliania huxleyi Arl1 Pavlova sp. Arl1 Arl1 Goniomonas avonlea Arl1 Aplanochytrium kerguelense Arl1 Vischeria sp. Arl1 Ostreococcus lucimarinus Arl1 Coccomyxa subellipsoidea Arl1 Volvox carteri Arl1 Acanthamoeba castellanii Arl1 Dictyostelium discoideum Arl1 Physarum polycephalum Arl1 Symbiodinium minutum Arl1 Planomonas micra Arl1 Paratrimastix pyriformis Arl1 Gefionella okellyi Arl1 Malawimonas californiana Arl1 Amastigomonas sp. Arl1 Thecamonas trahens Arl1 Supplementary figure 2. Maximum likelihood phylogenetic tree of the ARF family based on a reduced ScrollSaw dataset. The tree was inferred using IQ- TREE with LG+I+G4 model (the model selected by the program itself) with the ultrafast bootstrap algorithm and the SH-aLRT test (both 10000 replicates). Dots at branches represent bootstrap values as indicated in the graphical legend (top right). Compared to the tree in Supplementary figure 1, this analysis omits most Metamonada species (except for Paratrimastix pyriformis), as their sequences are generally very divergent and may negatively impact the tree inference.

Tree scale: 0.1 Goniomonas avonlea Sar1b SH-aLRT/UFboot/PP Gloeochaete wittrockiana Sar1b >80/>95/>0.8 >99/>99/>0.99 Planomonas micra Sar1b Physarum polycephalum Sar1X Sar1L Bigelowiella natans SarL Raineriophrys erinaceoides Sar1b Gefionella okellyi Sar1b Goniomonas avonlea Sar1a Guillardia theta Sar1 Palpitomonas bilix Sar1 Cryptosporidium parvum Sar1 Symbiodinium minutum Sar1a Aplanochytrium kerguelense Sar1 Hyaloperonospora arabidopsidis Sar1 Nannochloropsis gaditana Sar1 Emiliania huxleyi Sar1a Pavlova sp. Sar1 Cyanophora paradoxa Sar1 Gloeochaete wittrockiana i Gloeochaete wittrockiana Sar1a2 Paratrimastix pyriformis Sar1 Chlamydomonas reinhardtii Sar1 Arabidopsis thaliana SarA1b Klebsormidium nitens Sar1 Planomonas micra Sar1a Capsaspora owczarzaki Sar1 Sar1 Creolimax fragrantissima Sar1 Sphaeroforma arctica Sar1 Acanthamoeba castellanii Sar1a Physarum polycephalum Sar1 Pygsuia biforma Sar1 Euglena gracilis Sar1 Thecamonas trahens Sar1 Gefionella okellyi Sar1a Andalucia godoyi Sar1 Adineta vaga Sar1a Drosophila melanogaster Sar1 Aspergillus fumigatus Sar1 Catenaria anguillulae Sar1 Coemansia reversa Sar1 Cryptococcus neoformans Sar1 Ustilago maydis Sar1 Spizellomyces punctatus Sar1 Basidiobolus meristosporus Sar1a Gonapodya prolifera Sar1 Thecamonas trahens Arl13 Euglena gracilis Arl13 Euglena gracilis Arl13L3 Palpitomonas bilix Arl13 Plasmodiophora brassicae Arl13 Trichoplax adhaerens Arl13 Vischeria sp. Arl13 Homo sapiens Arl13b Takifugu rubripes Arl13b Ciona intestinalis Arl13 Capitella teleta Arl13 Saccoglossus kowalevskii Arl13 Physarum polycephalum Arl13 Paratrimastix pyriformis Arl13 Arl13 Naegleria gruberi Arl13 Malawimonas californiana Arl13 Guillardia theta Arl13 Pavlova sp. Arl13 Chlamydomonas reinhardtii Arl13 Volvox carteri Arl13 Goniomonas avonlea Arl13 Gefionella okellyi Arl13 Pygsuia biforma Arl13 Andalucia godoyi Arl13 Planomonas micra Arl13 Cyanophora paradoxa Arl13 Gloeochaete wittrockiana Arl13 Gefionella okellyi Arfrp1 Malawimonas californiana Arfrp1 Guillardia theta Arfrp1 Euglena gracilis Arfrp1 Palpitomonas bilix Arfrp1 Planomonas micra Arfrp1 Volvox carteri Arfrp1 Emiliania huxleyi Arfrp1 Pavlova sp. Arfrp1 Aurantiochytrium limacinum Arfrp1 Goniomonas avonlea Arfrp1 Phytophthora sojae Arfrp1 Dictyostelium discoideum Arfrp1 Physarum polycephalum Arfrp1 Cyanophora paradoxa Arfrp1 Gloeochaete wittrockiana Arfrp1 Arfrp1 Pygsuia biforma Arfrp1 Acanthamoeba castellanii Arfrp1 Neovahlkampfia damariscottae Arfrp1 Amastigomonas sp. Arfrp1 Thecamonas trahens Arfrp1 Basidiobolus meristosporus Arfrp1 Phycomyces blakesleeanus Arfrp1 Batrachochytrium dendrobatidis Arfrp1 Spizellomyces punctatus Arfrp1 Trichoplax adhaerens Arfrp1 Nematostella vectensis Arfrp1 Strongylocentrotus purpuratus Arfrp1 Saccoglossus kowalevskii Arfrp1 Helobdella robusta Arfrp1 Ciona intestinalis Arfrp1 Homo sapiens Arfrp1 Euglena gracilis Arl16 Naegleria gruberi Arl16 Micromonas commoda Arl16 Phytophthora sojae Arl16 Pavlova sp. Arl16 Mastigamoeba balamuthi Arl16 Vischeria sp. Arl16 Gloeochaete wittrockiana Arl16 Cyanophora paradoxa Arl16 Andalucia godoyi Arl16 Arl16 Pygsuia biforma Arl16 Paratrimastix pyriformis Arl16 Gefionella okellyi Arl16 Malawimonas californiana Arl16 Goniomonas avonlea Arl16 Physarum polycephalum Arl16 Nematostella vectensis Arl16 Saccoglossus kowalevskii Arl16 Takifugu rubripes Arl16 Raineriophrys erinaceoides Arl18 Palpitomonas bilix Arl18 Paratrimastix pyriformis Arl18 Gefionella okellyi Arl18 Malawimonas californiana Arl18 Arl18 Bodo saltans Arl18 Perkinsela sp. Arl18 Planomonas micra Arl18 Ectocarpus siliculosus Arl18 Hyaloperonospora arabidopsidis Arl18 Paratrimastix pyriformis Arl8 Paramecium tetraurelia Arl8b Tetrahymena thermophila Arl8 Andalucia godoyi Arl8 Palpitomonas bilix Arl8 Gloeochaete wittrockiana Arl8 Reticulomyxa filosa Arl8b Cyanophora paradoxa Arl8 Goniomonas avonlea Arl8 Pavlova sp. Arl8 Raineriophrys erinaceoides Arl8a Coccomyxa subellipsoidea Arl8 Klebsormidium nitens Arl8 Physcomitrella patens Arl8b Neovahlkampfia damariscottae Arl8 Euglena gracilis Arl8 Arl8 Naegleria gruberi Arl8 Gefionella okellyi Arl8 Malawimonas californiana Arl8 Planomonas micra Arl8 Amastigomonas sp. Arl8 Thecamonas trahens Arl8 Acanthamoeba castellanii Arl8 Physarum polycephalum Arl8 Pygsuia biforma Arl8 Sphaeroforma arctica Arl8 Capsaspora owczarzaki Arl8 Homo sapiens Arl8a Batrachochytrium dendrobatidis Arl8 Basidiobolus meristosporus Arl8b Conidiobolus coronatus Arl8 Coemansia reversa Arl8 Palpitomonas bilix Arl6 Phytophthora sojae Arl6 Vischeria sp. Arl6 Emiliania huxleyi Arl6 Pavlova sp. Arl6 Gefionella okellyi Arl6 Malawimonas californiana Arl6 Cyanophora paradoxa Arl6 Gloeochaete wittrockiana Arl6 Plasmodiophora brassicae Arl6 Amastigomonas sp. Arl6a Thecamonas trahens Arl6 Paratrimastix pyriformis Arl6 Arl6 Pygsuia biforma Arl6 Planomonas micra Arl6a Amastigomonas sp. Arl6b Physarum polycephalum Arl6 Andalucia godoyi Arl6 Goniomonas avonlea Arl6 Guillardia theta Arl6 Batrachochytrium dendrobatidis Arl6 Spizellomyces punctatus Arl6 Nematostella vectensis Arl6 Trichoplax adhaerens Arl6 Mnemiopsis leidyi Arl6 Strongylocentrotus purpuratus Arl6 Physarum polycephalum Arl3 Gefionella okellyi Arl3a Malawimonas californiana Arl3 Pygsuia biforma Arl3 Planomonas micra Arl3 Andalucia godoyi Arl3 Phytophthora sojae Arl3 Cyanophora paradoxa Arl3b Gloeochaete wittrockiana Arl3 Goniomonas avonlea Arl3 Guillardia theta Arl3 Ectocarpus siliculosus Arl3 Arl3 Vischeria sp. Arl3 Spizellomyces punctatus Arl3 Amastigomonas sp. Arl3 Thecamonas trahens Arl3 Capitella teleta Arl3 Saccoglossus kowalevskii Arl3 Branchiostoma floridae Arl3 Takifugu rubripes Arl3a Paratrimastix pyriformis Arl3 Pavlova sp. Arl3 Emiliania huxleyi Arl3a Emiliania huxleyi Arl3b Paratrimastix pyriformis Arl2 Amastigomonas sp. Arl2 Thecamonas trahens Arl2 Dictyostelium discoideum Arl2 Physarum polycephalum Arl2 Amoebidium parasiticum Arl2 Acanthamoeba castellanii Arl2 Pygsuia biforma Arl2 Goniomonas avonlea Arl2 Guillardia theta Arl2 Pavlova sp. Arl2 Emiliania huxleyi Arl2 Malawimonas californiana Arl2 Planomonas micra Arl2 Aurantiochytrium limacinum Arl2 Cyanophora paradoxa Arl2 Arl2 Gloeochaete wittrockiana Arl2 Ectocarpus siliculosus Arl2 Vischeria sp. Arl2 Andalucia godoyi Arl2 Symbiodinium minutum Arl2 Basidiobolus meristosporus Arl2 Phycomyces blakesleeanus Arl2 Catenaria anguillulae Arl2a Batrachochytrium dendrobatidis Arl2 Spizellomyces punctatus Arl2 Lottia gigantea Arl2 Capitella teleta Arl2 Saccoglossus kowalevskii Arl2 Takifugu rubripes Arl2 Hydra magnipapillata Arl2 Trichoplax adhaerens Arl2 Andalucia godoyi Arf6 Gefionella okellyi Arf6 Mastigamoeba balamuthi Arf6 Arf6 Pygsuia biforma Arf6 Amoebidium parasiticum Arf6 Basidiobolus meristosporus Arf6a Phytophthora sojae Arf1a Ectocarpus siliculosus Arf1 Nannochloropsis gaditana Arf1 Aurantiochytrium limacinum Arf1a Gefionella okellyi Arf1a Malawimonas californiana Arf1a Reticulomyxa filosa Arf1a Fonticula alba Arf1 Pygsuia biforma Arf1a Perkinsus marinus Arf1b Perkinsus marinus Arf1c Emiliania huxleyi Arf1a Pavlova sp. Arf1 Amastigomonas sp. Arf1a Planomonas micra Arf1a Gloeochaete wittrockiana Arf1 Palpitomonas bilix Arf1 Basidiobolus meristosporus Arf1b Arf1 Schizosaccharomyces pombe Arf1 Gonapodya prolifera Arf1a Spizellomyces punctatus Arf1 Spizellomyces punctatus Arf1b Goniomonas avonlea Arf1a Selaginella moellendorffii ArfA1b Coccomyxa subellipsoidea ArfA Klebsormidium nitens ArfA1 Oryza sativa ArfA1 Oryza sativa ArfA3a Amphimedon queenslandica Arf1a Nematostella vectensis Arf1b Physarum polycephalum Arf1a Mastigamoeba balamuthi Arf1 Pygsuia biforma Arf1b Andalucia godoyi Arf1a Raineriophrys erinaceoides Arf1b Neovahlkampfia damariscottae Arl5 Goniomonas avonlea Arl5 Naegleria gruberi Arl5 Raineriophrys erinaceoides Arl5 Klebsormidium nitens Arl5 Selaginella moellendorffii Arl5 Planomonas micra Arl5 Gloeochaete wittrockiana Arl5 Aurantiochytrium limacinum Arl5 Pavlova sp. Arl5 Euglena gracilis Arl5 Gefionella okellyi Arl5 Malawimonas californiana Arl5 Arl5 Palpitomonas bilix Arl5 Amastigomonas sp. Arl5 Thecamonas trahens Arl5 Acanthamoeba castellanii Arl5 Physarum polycephalum Arl5 Spizellomyces punctatus Arl5 Basidiobolus meristosporus Arl5 Phycomyces blakesleeanus Arl5 Pygsuia biforma Arl5 Capsaspora owczarzaki Arl5 Adineta vaga Arl5b1 Drosophila melanogaster Arl5 Helobdella robusta Arl5 Euglena gracilis Arl1 Neovahlkampfia damariscottae Arl1 Naegleria gruberi Arl1 Mastigamoeba balamuthi Arl1 Pygsuia biforma Arl1 Batrachochytrium dendrobatidis Arl1 Phycomyces blakesleeanus Arl1 Basidiobolus meristosporus Arl1b Catenaria anguillulae Arl1 Salpingoeca rosetta Arl1 Amoebidium parasiticum Arl1 Adineta vaga Arl1a Branchiostoma floridae Arl1 Cyanophora paradoxa Arl1 Gloeochaete wittrockiana Arl1 Guillardia theta Arl1 Symbiodinium minutum Arl1 Arl1 Planomonas micra Arl1 Paratrimastix pyriformis Arl1 Gefionella okellyi Arl1 Malawimonas californiana Arl1 Amastigomonas sp. Arl1 Thecamonas trahens Arl1 Goniomonas avonlea Arl1 Aplanochytrium kerguelense Arl1 Vischeria sp. Arl1 Ostreococcus lucimarinus Arl1 Coccomyxa subellipsoidea Arl1 Volvox carteri Arl1 Emiliania huxleyi Arl1 Pavlova sp. Arl1 Acanthamoeba castellanii Arl1 Dictyostelium discoideum Arl1 Physarum polycephalum Arl1 Supplementary figure 3. Phylogenetic analysis of Arf1 and Arf6. The tree shown is a result of a ML analysis of a subset of the reduced “scrollsawed” dataset restricted to Arf1, Arf6, Arl1 and Arl5 sequences. Arl1 and Arl5 sequences were used as an outgroup according to the topology shown in Figure 1. The alignment was trimmed with trimAl. The tree was inferred using IQ-TREE with LG+I+G4 model (the model selected by the program itself) with the ultrafast bootstrap algorithm and the SH-aLRT test (both 10000 replicates). Dots at branches represent bootstrap values as indicated in the graphical legend (bottom left).

SH-aLRT/UFboot >98/>98 >89/>97 Tree scale: 0.1 Arl5 >80/>95

Arl1

Andalucia godoyi Arf6 Arf6 Gefionella okellyi Arf6 Mastigamoeba balamuthi Arf6 Pygsuia biforma Arf6 Amoebidium parasiticum Arf6 Basidiobolus meristosporus Arf6a Nematostella vectensis Arf1b Arf1 Amphimedon queenslandica Arf1a Palpitomonas bilix Arf1 Goniomonas avonlea Arf1a Selaginella moellendorffii ArfA1b Coccomyxa subellipsoidea ArfA Klebsormidium nitens ArfA1 Oryza sativa ArfA1 Oryza sativa ArfA3a Planomonas micra Arf1a Gloeochaete wittrockiana Arf1 Basidiobolus meristosporus Arf1b Schizosaccharomyces pombe Arf1 Gonapodya prolifera Arf1a Spizellomyces punctatus Arf1 Spizellomyces punctatus Arf1b Amastigomonas sp. Arf1a Emiliania huxleyi Arf1a Pavlova sp. Arf1 Pygsuia biforma Arf1a Perkinsus marinus Arf1b Perkinsus marinus Arf1c Aurantiochytrium limacinum Arf1a Phytophthora sojae Arf1a Ectocarpus siliculosus Arf1 Nannochloropsis gaditana Arf1 Fonticula alba Arf1 Reticulomyxa filosa Arf1a Gefionella okellyi Arf1a Malawimonas californiana Arf1a Andalucia godoyi Arf1a Raineriophrys erinaceoides Arf1b Pygsuia biforma Arf1b Mastigamoeba balamuthi Arf1 Physarum polycephalum Arf1a Supplementary figure 4. Position and phase of introns in Arf genes mapped onto an alignment of Arf protein sequences. The intron positions are marked by highlighting the amino acid residues encoded by a codon located immediately upstream of the intron (phase 0; in red) or interrupted by the intron at the second or third position (phases 2 and 3; in green or blue, respectively). Note that genes with the coding sequence contained in a single exon and sequences represented only by transcript data are not included in the alignment. The identity of the sequences included is provided in Supplementary table 1. Note that for simplicity the alignment regions corresponding to the N- and C-termini of the protein sequences were trimmed and species-specific insertions were omitted (each is represented by three red dots).

HsaArf1 FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RER---V-N---E---AR----EELMRMLAEDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---HR-NW------YI----QATCA----TS------GD---GLYEGLD---W---L---SNQLRNQK HsaArf3 IG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RER---V-N---E---AR----EELMRMLAEDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---HR-NW------YI----QATCA----TS------GD---GLYEGLD---W---L---ANQLKNKK TruArf1a FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RER---V-G---E---AK----EELMRMLSEDE---L-KEA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---HR-NW------YI----QATCA----TS------GD---GLYEGLD---W---L---SNQLKNIK TruArf1b FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RER---V-N---E---AR----EELARMLAEDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---AL-R---QR-SW------YI----QATCA----TS------GD---GLYEGLD---W---L---SNQLKNQK TruArf1c FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RER---C-T---E---AR----EELSRMLNEDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EVTDKLGLH---QL-R---SR-NW------YI----QATCA----TS------GD---GLYEGLD---W---L---SNQLKNKS TruArf3a IG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RER---V-N---E---AR----EELMRMLAEDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---HR-NW------YI----QATCA----TS------GD---GLYEGLD---W---L---ANQLKNKK TruArf3b IG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RER---V-N---E---AR----EELMRMLAEDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---HR-NW------YI----QATCA----TS------GD---GLYEGLD---W---L---ANQLKNKK CinArf1 FS----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTVLY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---NER---V-S---E---AQ----EELHRMLNEDE---L-RDA---VVLIFANKQ---D---LPNAMTTA---SLTDKLKLS---GL-R---NR-QW------YI----QATCA----TT------GD---GLYEGLD---W---L---SNALKSLK CinArf2 FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---CER---L-T---E---AQ----EELTRMLNEDE---L-REA---ALLVFANKQ---D---LPNARPVA---EITEKLGLN---NM-R---TR-KW------YV----QATCA----TT------GD---GLYEGLD---W---L---SGILKNAK CinArf3 FS----N---KEV----RIL-----MVGLDCAGKTTILY----N-LK----M---G----KVVR---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNLSFS-VWDI----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-YNV---Q--GLIYVVDS-ND---RER---I-E---E---AR----EELHSLLAEED---L-KDC---KLLVFGNKQ---D---LPNAMRMD---EVREKLNLS---SL--V--DR-KW------HM----QMSCA----VS------GQ---GLYDGLT---W---L---ATQFKQKH CinArf7 LG----K---QEM----RIM-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIIT---TIP---TIGF-NVK-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKN-----RP----LWRH---YI-QNI---Q--GLIFVVDS-ND---RER---I-A---E---AK----EELYRLISEDE---L-REA---SVLVYANKQ---D---LPNAMTVA---AVTDKIGLH---SL-R---NR-EW------YI----QATCA----TT------GD---GLYEGLD---W---LV--CNQIKKAR CinArf8 FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RER---I-V---E---AK----EELTRMLNEDE---L-RDA---VVLVYANKQ---D---LPNAMSTS---DVTEKMGLH---SL-R---NR-CW------YM----QATCA----TT------GD---GLYEGLD---W---L---SNQLKQAR BflArf1 FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RER---A-T---E---AR----EELQRMLAEDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLALH---NL-R---NR-QW------YI----QATCA----TS------GD---GLYEGLD---W---L---SNQLKNNK SpuArf1 FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RER---I-G---E---AH----DELSRMLNEDD---L-KDA---VLLIFANKQ---D---LPNAMSSQ---EIQDKLNIH---HL-R---NR-QY------YT----QATCA----TS------GD---GLYEGLD---W---L---SNQLSKKK SpuArfX1 FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---KER---M-V---E---AK----DELHRMLNEDE---L-RDA---AILIFANKQ---D---LPNAANAK---EITDKLNMH---SL-ST--QR-KW------YI----QATCA----TS------GD---GLYEGLD---W---L---ANILKGKM SpuArfX3 FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GIIFVVDS-ND---RER---L-A---E---AK----EELNRMLSEDE---L-RDA---VLLVLANKQ---D---LPNAMKAN---EAKEALQLS---GL-N---QR-KW------YI----HSTCA----TT------GD---GLYEGLD---W---L---SNALKK-- SkoArf1 FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RER---I-T---E---AR----EELMRMLAEDE---L-RDA---VLLIFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---QR-NW------YI----QATCA----TS------GD---GLYEGLD---W---L---SNQLKNAK DmeArf1 FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RER---I-G---E---AR----EELMRMLAEDE---L-RDA---VLLIFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---NR-NW------YI----QATCA----TS------GD---GLYEGLD---W---L---SNQLKNAN DpuArf1 FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RER---I-G---E---AR----EELMRMLAEDE---L-REA---VLLIFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---NR-NW------YI----QATCA----TS------GD---GLYEGLD---W---L---SNQLKNAS CelArf1.1 FP----N---IEC----RTL-----MLGLDGAGKTTILY----K-LK----L---N----ETVN---TIP---TIGF-NVE-----TVTF----QKITLT-VWDV----G-GQKKI-----RA----LWKY---YF-PNT---T--TLVFVVDS-SD---IER---I-P---E---AK----EELFSLLAEPE---L-ADS---HLLVFANKQ---D---MPNARSPA---ELTQLLDLG---SL-K---NR-EW------FI----CGTNA----HS------GQ---GLYEGLM---W---V---KKQMKT-- CelArf1.2 FG----K---REM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RER---V-G---E---AR----EELMRMLAEDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPQAMNAA---EVTDKLGLH---SL-R---NR-SW------YI----QATCA----TS------GD---GLYEGLD---W---L---SNQLKNRS AdaArf1a 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FG----K---KEV----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----R-LK----L---G----EVVT---TIP---TIGF-NGE-----TVEY----RNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---TDR---I-G---E---AK----DELFRMLQEDE---L-RDT---LLLVFANKQ---D---LPNALKPT---ELTDKLGLH---QL-R---NR-TW------YI----QGTCA----TN------SS---GLFEGLD---W---L---CQNLGGKN SmeArf1a FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RER---V-N---E---AR----EELMRMLNEDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNPA---EITDKLGLH---SL-R---NR-SW------YI----QATCA----TS------GD---GLYEGLD---W---L---STTLKNRS SmeArf1b FF----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GVIFVVDS-ND---RER---V-Q---E---AK----EELSRMLNEDE---L-RGA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EVTEKLALN---SL-R---LR-DW------YI----QSTCA----TS------GD---GLYEGLD---W---L---SQILKNRS NveArf1a FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RER---A-G---E---AK----EELSRMLAEDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---NR-QW------YI----QATCA----TS------GD---GLYEGLD---W---L---SSQLKNAK NveArf1b FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RER---V-G---E---AR----EELNRMLNEDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---NR-QW------YI----QATCA----TS------GD---GLYEGLD---W---L---SNTLKSKQ HmaArf1 FG----R---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RER---V-G---E---GR----EELNRMLNEDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EVTDKLGLH---NI-R---NR-SW------YI----QATCA----TS------GD---GLYEGLD---W---L---SNELKKKK HmaArfX3 FG----G---PEV----RIL-----MVGLDNAGKTTILY----K-FR----L---N----ETVS---TVP---TIGF-NVE-----TVKY----KNIAFT-VWDI----G-GQDKI-----RN----LWRV---YL-KGS---T--GLIFVVDS-SD---KHR---M-N---E---AK----NELHRLLQEED---L-KNA---YVLVFANKQ---D---VIGASNVN---DVKSLLGLA---DI-A---TH-KW------FI----QPTIA----TK------GE---GLFEGFD---W---L---AAQI---- TadArf1 FG----K---KEV----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RER---V-N---E---AR----DELMRMLSEDE---L-RDA---ALLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EVTDKLGLH---SL-R---HR-TW------YI----QATCA----TN------GD---GLYEGLD---W---L---SNELKGQK MleArf1a FG----K---KEM----RIL-----MVGLDASGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVIDS-ND---RER---I-G---E---AR----EELGKMLNEDE---L-RDA---VLLCFANKQ---D---LPNAMNAA---EVTDKLGLH---AL-R---NR-TW------YI----QATCA----TS------GD---GLYEGLD---W---L---STQLKNKN MleArf1b IG----K---KEM----RIL-----MVGLDASGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVIDS-ND---RER---V-N---E---AR----DELMRMLNEDE---L-RDA---VLLCFANKQ---D---LPNAMNAA---EVTDKLGLH---SL-R---NR-TW------YI----QATCA----TS------GD---GLYEGLD---W---L---SNTLKNRG AquArf1a FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RER---I-G---E---AK----EELSRMLNEDE---L-RDA---LLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---NL-R---QR-DW------YI----QATCA----TS------GD---GLYEGLD---W---L---TGQLKKSS AquArf1b FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RER---A-T---E---AK----EELARMLNEDE---L-RDA---CLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EVTDKLGLH---SL-R---QR-NW------YI----QATCA----TS------GD---GLYEGLD---W---L---TNELKNIK OcaArf1a 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FTS---K---KPS----RIV-----MIGLDAAGKTSVLY----R-LK----L---G----ENVM---SNP---TLGF-NVE-----EVQF----ENLKFN-IWDV----G-GQKKI-----RA----LWEH---YY-EGC---N--AVVYVVDC-AD---RVR---I-R...EC--AR----CELAHVLQSPH---L-ENA---PVLILANKQ---D---ITGAAKPE---EVARLLDLA---ELPS---AR-KW------HI----QGCCA----LT------GQ---GLTEGFR---W---L---GANV---- MonArf1f FG----K---REY----RIV-----MVGLDAAGKTSILY----K-LK----L---N----ENVH---TIP---TIGF-NME-----EVQV----KNIKFV-MWDV----G-GQKKI-----RH----LWHH---YY-QNT---D--AVIYVVDS-SD---QDR---L-A...DC--AK----EELHYLLQRDE---L-RGA---VLLLYANKQ---D---LAGAYSAS---DLREKLELD---RVCR---DR-SW------YV----QPCCA----LT------GD---GLLHGLE---W---L---AQELRKVK MonArf1g FG----K---SEK----RIS-----MIGLDAAGKTSILY----K-LK----L---N----ENVH---TIP---TIGF-NME-----EVHF----KRLSLQ-IWDI----G-GQKEL-----RR----LWHY---YF-DGL---D--ALIFVIDS-TD---IPR---I-A...DC--VK----EELHYLLQCEE---L-RNV---ALLIYANKQ---D---QSGAVSPK---FIREKLELD---RVCV---GR-SW------YI----QPCCA----LT------GD---GLLHGLE---W---L---AKEIEHKR MonArf1h 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FG----ML--RQK----NIF-----MMGLDAAGKTSIMN----K-LS----P---S----KYIQ---TVP---TIGF-YLE-----EFHF----RRITFT-IWDI----G-GNLRA-----KR----LGYR---LC-KEK---D--AIIFVIDS-AD---ISR---L-A...DC--VK----EELHFFLQQKE---A-ENA---PLLIYANKQ---D---LKGAVSPE---YILEKLELD---RVCA---GR-SW------YI----QPCSA----LT------GD---GLLEGLK---W---L---ENEIARKR MonArf1l FG----K---SEK----SVF-----MIGLDAAGKTSILY----R-LK----L---N----EFVH---ATP---TIGF-NME-----NVRY----KRFTLT-ICDA----G-GNKRI-----KP----LMYR---SC-KGK---D--AIIIVVDS-VD---ISR---I-A...DC--LK----EELHYFLQQKE---A-GNF---PLLIYANKQ---D---MAGAVSPE---YIREKLELD---SLCA---GR-SW------FI----QPCSA----LT------GD---GLLGGLE---W---L---ANEFSHKR MonArf1m FGTS--K------RNLH----MIGFEDAGKTSILR----K------L-IPN----EFVQ---IIP---ILGA-NLE-----EVRY----KRLTFT-NMDI----G-GSQRI-----RR----LEYHLC----EKK---D--VIIFVIDS-TE---VSR---L-A...E...VK----DELHDLLKQKET----GNV---PLLIYANKQ---D---LSGAVSPE---YILEKLELD---SLCA---GR-SW------HI----QPCSA----LT------GD---GLFDGLK---W---LEY-EIALERK- TpyArf1a FG----K---KEY----RIV-----MVGLDAAGKTSILY----K-LK----L---N----ENIH---TIP---TIGF-NME-----EVEV----RNIKFV-VWDV----G-GQKKI-----RH----LWHH---YF-QNS---H--AVIYVIDS-AD---RAR---I-N...DC--AK----EELHYLLQRDE---L-REA---ILLVFANKQ---D---LQGAMPAH---ELRDHLELA---RVCK---NN-SW------FI----QPCCA----LT------GD---GLVNGLE---W---L---AQELKKSV TpyArf1b FK----K---LEV----RIV-----MVGLDESGKSSILS----K-IK------GV---NAV----PVP---TVGY-NYD-----KVVI----DKTTFC-VWDV----G-GQEKI-----RG----LWPH---YY-KGS---K--AMIFVVDS-AD---HRR---I-T...E...AA----CELRKLLNSPD---L-AES---TFLIFANKQ---D---LPGALHVE---QIHSALGLP------NDP-RR-KI------HI----QPCSA----LT------SE---GLAAGFT---W---L---SDNLPPGA TpyArf1c WG----H---RQL----RIV-----MVGLDAAGKTTILY----K-VK----S---N----ENIT---TTP---TIGF-NLE-----EVDI----GSIRFT-VWDV----G-GQKQI-----RQ----LWSH---YY-ENS---N--AVIFVVDS-AD---TAR---L-S...DC--AR----CELHTLMQNDT---L-ANA---TLLVFANKQ---D---IPGALPPD---QVAERLKLS---DMGA---TR-KV------HI----QPCCA----LQ------GQ---GLHEGFN---W---L---SQNC---- TpyArf1d FG----K---KDY----RIL-----MLGLDAAGKTSILF----K-LK----L---N----ENIH---TIP---TIGF-NME-----ELELPG--TNTRFQ-VWDV----G-GQVKI-----RH----LWRH---YY-RGT---H--AIIFVVDS-SD---TGR---I-A...NC--AR----DELRLLLGSDE---L-RGA---SLLIFANKQ---D---LPGALSGS---ALREHLQLD---SLAR---GH-QW------FI----QPCCA----MT------GD---GLAQGLQ---W---L---SNSLRHQT TpyArf1e SG----K---KES----HIL-----MVGLDAAGKTTILH----K-LKVNAGL---G----D------TAP---TIGALNLE-----ELELPRARAHLRFL-AYDI----S-DHTRE------LYRE---YY-SWA---H--AIVFVVDS-ND---RSR---I-A...EC--AR----DLLRTLLRSAD---LHRDA---PLLVFANKQ---D---LPGAMCCR---ELRERLELD---NITQ---GR-QW------LV----QACSA----LT------GD---GFEDGIE...A---L---RHQKA--- TpyArlX4 IGE...K...QSLF...RCV-----MLGPDAGGKTTLLY----Q-WK----L---G----EAVT---TIP---TIGF-NVE------D-----VGQRFS-IWDV----G-GNCKI-----RQ----LWRH---YL-EDT---H--AVLYLVDA-SD---PER---F-E---E---AA----ESFRESL------L----...LVLILLAKT---NL--LHGATDMR...RVAKVLRLQ---EL-P---DL-AW------QI...-AECCAADRFAE------MAD...GLCAAVD...W...L---ERALRDM- NgrArf1A FK----N---KEA----RIL-----LVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---D----ENVT---TIP---TIGF-NVE-----TVQY----KKINFT-MWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-ANT---N--AVIFVVDS-ND---RDR---I-G---E---AR----DELQKMLSDDQ---L-REC---VVLILANKQ---D---LPNAMSAA---EMTDKLSLH---NL-K---QR-NW------FI----QPCCA----IS------GQ---GLFEGLD---W---L---SNQL---- NgrArfX1 FGA---K...KENV...RVL-----LLGLDASGKTCILY----M-MK----L---G----ERIT---TIP---TIGF-NVE-----TVNSCG--KNLT---VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-SNT---S--IVMFVVDA-CD---RER---F-E---D---AC----DCIQRLGSEDD---L-KDC---TILVFANKM---D---LPNSASIK---EIVEKLELN---RL-K---NP-NW------MV----QGCSA----TQ------NI-GLEEGFK...Y...LT--SQEHEKPP

NgrArfX3 ------REIVPK-RVL-----LLGLDGSGKTTILY----S-IK----L---G----KFIT---TVN---TIGY-NVE-----TIKC----GKYELN-IFDV----G-GKKHI-----RS----LWNC---YY-DNN---Q--AIIFVIDS-SE---PTR---L-R---E---AR----RELRKLLS DER---L-SHL---PFLIMINKV---D---CCKAMSHT...DALQQLRLE...HLSR...KK-QY------HL----QPCCA----LD------GG---GIMQGFA---W...----FDSLEEEQ

...... NgrArfX6a LGK K KEL- KVLEK...LIGLDGGGKTTLLY----K-----WYL---G----EVVL---TIP---TDKF-NTQ-----MINY----KDVDFT-IKDF----G-GLAN------LWKD---YA-QEA---D--FVIFVVDS-TD---TGR---M-N---Q---AK----DLLWTVLESIP-----KKT---SIVVFCNKQ---D---FFSAA SCA---NIANDLNLN---SI-T---DR-KW------YI----QAGCA----LT------GD---GIYESID WV--L------

NgrArfX6b IGI---G---KTLP...RFL-----NLGIDASGKTTLLY----K-LK----L---D----EVVT---TIP---TIGF-NVE-----TVDY----KNAKIT-MWDV----G-GAYKL-----RA----LWRH---YY-QNT---N--GVVFVVDS-ND---RDR---L-E---E---AA----DDLHKLAKEDE---L-KDC---PILILANKQ---D ---LPNAMSVA---EIADKMKLT---SL-S---QK-KW------FI----QACCA----LT------GE---GLYEGLE---WA--VE--SCNVKLVN

NgrArfX6c IGI---R---KSMP...RFL-----LLGLDSSGKTTILN----Q-FKS------G----EPGV---TTP---TIGF-NVE-----TLER----GTAEIC-IWDI----G-GNEKN-----RS-PQKVWKH---YL-SNT---D--CILFVLDS-ND---RQR---L-Q---E---AT----DDLNRILKDDE---L-KNC---PILVFANKQ---D ---ISTSMSRV---ELVSLLKLH---TF-----RQ-KW------YV----QSCCA----IT------GL---GLSDGLE---WA--IQTVEKAVGFPK

NeoArf1e FK----T---KEA----KIL-----LVGLDSAGKTTILY----Q-LK----L---E----DQVS---TVP---TIGF-NVE-----TVKY----KKIEFT-MWDV----G-GQDKL-----RS----LWKH---YF-AST---N--AIIYVVDS-ND---RER---V-S---E---SA----EELHKMMS DDQ---L-SNT---VLLVLANKQ---D---LPQALNGN---EVKDKLKLG---KL-K----Q-KW------FL----QPCCA----KS------GE---GLFDGLD---W---L---GKQL---- Arf1

NeoArf1g FK----KL--KDG----KLL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L--QE----DVLT---TVP---TIGF-GVE-----TIEY----DGNTFT-IWDL----G-GQTQV-----RP----LWKH---YF-SAC---N--CVIFVIDS-ND---QER---I-E---E---VK----YELFLLIE EPE---L-KDA---VFLILANKQ---D---LPNALSTA---ELTEMLELK---KI-KH-----NW------YL----QPCIA----TK------GE---GLNQGLS---W---L---AKQLPEKK

NeoArfX7 IG-----A--KEI----PVI-----LLGLQGVGKSNYLH----C-LKN------G----ELTE---AIP---TLGF-LRE-----EIEY----KDHLYQ-FWEI----G-GDSSL-----RD----KWQD---FF-ENK---Q--AVIFMIDS-SN---LDT---M-E---E---AH----NELQKLMK NDI---L-KDL---PFLILANKQ---D---MENVMGIS---ELNDLLELN---DF------EGLCA----IKPC--SVKNNS--GLMEGLE---W---L---HYQLSKK-

AgoArf1a FG----K---KEI----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNINFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-SNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---V-A---D---AH----DELHRMLN EDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPHAMPVP---EITDKLGLH---GI-R---NR-KW------YI----QSACA----TT------GD---GLYEGLD---W---L---STAISNKS

AthARFA1a FA----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---V-V---E---AR----DELHRMLN EDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---QR-HW------YI----QSTCA----TS------GE---GLYEGLD---W---L---SNNIAGKA

AthARFA1b FA----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---V-V---E---AR----DELHRMLN EDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---QR-HW------YI----QSTCA----TS------GE---GLYEGLD---W---L---SNNIATKA

AthARFA1c FA----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---V-V---E---AR----DELHRMLN EDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---QR-HW------YI----QSTCA----TS------GE---GLYEGLD---W---L---SNNIASKA

AthARFA1d FA----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---V-V---E---AR----DELHRMLN EDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---QR-HW------YI----QSTCA----TS------GE---GLYEGLD---W---L---SNNIAGKA

AthARFA1e FA----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---V-V---E---AR----DELHRMLN EDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---QR-HW------YI----QSTCA----TS------GE---GLYEGLD---W---L---SNNIANKA

AthARFA1f FA----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---V-V---E---AR----DELHRMLN EDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---QR-HW------YI----QSTCA----TS------GE---GLYEGLD---W---L---SNNIASKA

AthARFB1a FLP---K---SKV----RIL-----MVGLDGSGKTTILY----K-LK----L---G----EVVT---TVP---TIGF-NLE-----TVEY----KGINFT-VWDI----G-GQEKI-----RK----LWRH---YF-QNA---Q--GLIFVVDS-SD---SER---L-S---E---AR----NELHRILT DNE---L-EGA---CVLVFANKQ---D---SRNALPVA---EVANKLGLH---SL-S---KR-CW------LI----QGTSA----IS------GQ---GLYEGLE---W---L---STTIPNKP

AthARFD1a FH----Q---EEA----RIV-----LFGLGGTGKSSIMH----K-FKT------G----ETLTT--TMP---TVGL-NVE-----SVKY----KDSNLC-FWEM----G-GQQCY-----MWFP--LWKH---WF-QEI---A--GLVLVVDS-TG---RDQ---I-E---E---TK----DFLNVVID EIQGS-V-PDNA--PVLVYGNKH---E---VPGAMSAS---EISNKLDLT---SL-R...QR-NW------HV----QSSCA----FS------GD---GLHEGLD---W---L---LKNAERM-

AthARFD1b FH----Q---EES----RIV-----LFGLDAAGKSSIMH----K-LKT------G----ETLTT--TMP---TIGT-DVE-----SVKY----KDSNLR-FWEM----G-GQQCY-----KWFP--MTKH---DF-QEI---A--GLVLVVDS-TD---RDR---I-E---D---AK----DFLNAVID EIQGS-V-PDNV--AVLVFGNKH---E---VPGAMSAS---EISNKLDLT---SL-R...QR-NW------HV----QSSCA----FS------GD---GLHEGLD---W---L---LKNAERM-

OsaArfA1 FA----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RER---V-V---E---AR----DELHRMLN EDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---QR-HW------YI----QSTCA----TS------GE---GLYEGLD---W---L---SNNIANKA

OsaArfA2 FA----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RER---V-V---E---AR----DELHRMLN EDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---QR-HW------YI----QSTCA----TS------GE---GLYEGLD---W---L---SNNIASKA

OsaArfA3a FA----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---V-V---E---AR----DELHRMLN EDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---QR-HW------YI----QSTCA----TT------GE---GLYEGLD---W---L---SSNIASKA

OsaArfA4 FA----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---V-V---E---AR----DELHRMLN EDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---QR-HW------YI----QSTCA----TT------GE---GLYEGLD---W---L---SSNIASKA

OsaArfA5 FS----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---V-V---E---AR----DELHRMLN EDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---QR-HW------YI----QSTCA----TT------GE---GLYEGLD---W---L---SSNIANKA

SmoArfA1a FA----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---V-V---E---AR----DELHRMLN EDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---QR-HW------YI----QSTCA----TS------GE---GLYEGLD---W---L---SNNIANKG

SmoArfA1b LG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---V-G---E---AR----DELHRMLN EDE---L-REA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---QR-HW------YI----QSTCA----TS------GE---GLYEGLD---W---L---SNNIVTKS

PpaArfA1 FS----K---REM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---V-V---E---AR----DELHRMLN EDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---QR-HW------YI----QSTCA----TS------GE---GLYEGLD---W---L---SSNIANKA

PpaArfA2 FS----K---REM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---V-V---E---AR----DELHRMLN EDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---QR-HW------YI----QSTCA----TS------GE---GLYEGLD---W---L---SSNIANKS

PpaArfA3 FS----K---REM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---V-V---E---AR----DELHRMLN EDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---QR-HW------YI----QSTCA----TS------GE---GLYEGLD---W---L---SSNIANKA

PpaArfA4 FS----K---REM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---V-V---E---AR----DELHRMLN EDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---QR-HW------YI----QSTCA----TS------GE---GLYEGLD---W---L---SSNIANKA

PpaArfA5 FS----K---REM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---V-V---E---AR----DELHRMLN EDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPDAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---QR-HW------YI----QSTCA----TS------GE---GLYEGLD---W---L---SSNITNKS

PpaArfA6 FS----K---QEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---V-V---E---AR----DELLRMLN EDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---QR-HW------YI----QSTCA----TS------GE---GLYEGLD---W---L---SSNIANKS

PpaArfA7 FS----K---REM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---V-V---E---AR----DELHRMLN EDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---QR-HW------YI----QSTCA----TS------GE---GLYEGLD---W---L---SSNIANKS

PpaArfX1a WP----K---RQL----AIL-----MLGLDNAGKTTLLY----K-LK----L---G----EKVT---TVP---TIGF-NVE-----SIQY----RNVNFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWKY---YF-NNA---H--GLIFVVDS-ND---RER---L-L---E---AR----DELQKLLS SSD---L-SVA---KVLVFANKQ---D---LPNVVSVA---EVTDKLGLL---AM-R---DP-QW------FV----QGCCG----TS------GE---GLYEGLD---W---L---AAALRDAL

PpaArfX1b WP----S---KQL----AIL-----MLGLDNAGKTTLLY----K-LK----L---G----EKVI---TVP---TIGF-NVE-----SIQY----RNVNFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWKY---YF-DNA---Q--GLIFVVDS-ND---RER---L-L---E---AR----DELQRLLA EPD---L-RVA---KVLVFANKQ---D---LPYAANVA---EVTNKLGLL---AM-R---EP-QW------FV----QGCCG----TT------GE---GLHEGLE---W---L---AAALRDAS

PpaArfX2 WG----T---KDY----GIL-----MVGLDNAGKTTILY----K-LK----M---G----ELVT---TIP---TIGL-NVE-----SIKY----QNVSFT-VWDV----G-GQDKI-----RT----LWRY---YF-DGT---Q--GLIFVVDS-ND---KDR---I-S---E---AR----DELHKLLN NSE---L-TEA---KLLVFANKQ---D---LAKVLTAK---EVTDKLHLN---RL-K---QR-EW------HV----QPCTT----TT------GE---GLREGLD---W---L---AAALKDSP

PpaArfX3a FG----RY--KNHQ---KIL-----MLGLDGAGKTTLLR----K-VT------DPSTPRLTQP---TVGF-NLE-----SVRH----RNLTLI-MWDV----G-GQEKI-----RA----LWHH---YF-IKS---N--ALIFVVDS-SD---SSR---I-P---E---AR----KELQKLLH EPE---L-KDA---KLLVYANKQ---D---VQNCLSSS---DLTDMLDL----SLVD---DR-QW------HV----QACSA----NT------GK---GVYEGLD---W---L---ADALKPS-

PpaArfX3b FG----RC--KSHQ---KFL-----MLGLDGAGKTTLLR----K-LK----L---L----EPP----SQP---TVGF-NLE-----SLQY----RQHTLV-IWDV----G-GQEKI-----RA----LWHH---YF-IQS---Q--GLIFVLDS-SD---PSR---I-P---E---AR----KELQKLLH EPE---L-KDA---KLLVYANKQ---D---VQNCLSVS---NLVDMLDL----SIGE---DR-QW------HM----QGCSA----ST------GK---GVYEGLD---W---L---VDALRPC-

PpaArfX3c FG----RY--KNHQ---KLL-----MLGIDGAGKTSLLR----K-VK----L---L----EPR----TQP---TVGF-NLE-----SLQY----RQQTLV-MWDV----G-GQEKI-----RS----LWHH---YF-VKS---Q--ALIFVVDS-SD---PSR---I-P---E---AR----KELQKLLH ETE---L-KDA---KLLVYANKQ---D---VQNCLSVS---DLADMLDL----SLVE---DR-EW------HV----QGCSA----ST------GK---GVYEGLD---W---L---VEVLKPS-

PpaArfX4 WG----T---KTH----KIL-----MVGLDSAGKTTILY----Q-LK----L---GR---EVV----TIP---TIGY-NVE-----TIEL----GNINLS-VWDL----G-GWTN------NP--FWIY---YL-PDA-----VGLIFVVDL-SD---NER---M-H---E---AR----DKLHAVLS DDK------NNVCLLVLANKM---D---NPEAMSIS---EVTVALDLH---EV-Q---GR-SY------FV----QECSA----RT------GQ---GLMEGLK---W---L---ASAIGQKY

KniArfA1 FS----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---I-V---E---AR----DELHRMLN EDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---QR-HW------YI----QSTCA----TS------GE---GLYEGLD---W---L---SSNIANKP

KniArfA2 CS----K---RKA----RIL-----CLGLDDAGKTTVLY----T-LK----L---GI---MDRY---SIP---TIGF-NVE-----TVRY----RNISFE-MWDL----G-GRQQ------RH----LWGH---YF-QGTP--Q--GLIFVVDS-QD---RAR---V-Q---E---AR----EVLHAVLS AEE---M-RHV---AVLVFANKQ---D---LPNAMTAA---ELRDELELF---SI-R---QR-SW------FV----QSARA----RT------GE---GLNEGLD---W---L---AGHLPEKD

KniArfA3 LS----N---REA----RIL-----CLGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----ETTH---TVP---TIGF-NVE-----TVEY----RNVSFT-VWDV----G-GQHRI-----RQ----LWNH---YF-QGS---Q--GLIFVVDS-QD---RAR---V-Q---E---AR----EELHSILN ADE---M-RNV---AVLVFANKQ---D---LPTAMNVA---ELTDKLGLH---SI-R---QR-SW------YI----QSACA----PT------GE---GLYEGLD---W---L---AGHLPKKD

OluArfA FS----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---V-S---E---AR----DELHRMLN EDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMSAA---EITDKLGLH---SL-R---QR-HW------FI----QSTCA----TS------GE---GLYEGLD---W---L---SSNISQRA

MpnArfA FS----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---V-S---E---AR----DELHRMLN EDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMTAA---EITDKLGLH---SI-R---QR-HW------FI----QSTCA----TS------GE---GLYEGLD---W---L---STNIANGK

CsuArfA FS----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---I-G---E---AR----DELHRMLN EDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---QR-HW------YI----QSTCA----TS------GE---GLYEGLD---W---L---SSNIANKG

CreArfA1 FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---I-G---E---AK----DELHRMLN EDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITEKLGLH---GL-R---QR-HW------YI----QSTCA----TS------GE---GLYEGLD---W---L---SQNIQNKS

VcaArfA FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVIDS-ND---RER---V-G---E---AK----DELHRMLN EDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITEKLGLH---GL-R---HK-CW------YI----QSTCA----TS------GE---GLYEGLD---W---L---SQNIAAKS

GsuArf1a FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GVIFVVDS-ND---RER---F-P---E---AR----EELHKMLS EEE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAASTA---EVVNALALP---SL-R---NR-TW------FI----MSCCA----TN------GD---GLFEGLD---W---L---SDQLSRR-

GsuArf1b FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GIIFVVDS-ND---RER---F-P---E---AR----EELHKMLS EEE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAASTA---EIVNALALP---SL-R---NR-TW------FI----MSCCA----TN------GD---GLFEGLD---W---L---SEQLSHR-

GsuArf2 FG----K---REL----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TVP---TIGF-NVE-----TVAY----KNINFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--ALIFVIDS-ND---RER---I-L---E---AR----DELRKMLA EDE---M-RSA---ILLVFANKQ---D---LPNAMAAN---EVIEKLGLS---SL-----NR-KW------KV----QASCA----TS------GQ---GLWEGLD---W---L---SQNIAP--

CcrArf1a LG----K---KEV----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVDY----KNIQFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIYVVDS-ND---RDR---I-A---E---AR----DELKKMLS EEE---L-RNA---TVLVFANKQ---D---LPNAMAVA---DLTQELGLP---NM-P---NR-KW------FV----QACCA----TN------GT---GLYEGLD---W---L---TENLAE--

CpxArf1 FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GIIFVIDS-ND---RDR---V-G---E---AR----DELHRMLN EDE---L-RDA---ALLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---QR-QW------FI----QSTCA----TS------GE---GLYEGLD---W---L---STTLSNRK

CpxArf2a FGG---P---RDY----RIL-----LVGLDNAGKTTILY----K-LR----L---G----ELVT---TIP---TIGF-NVE-----QVAY----KNISFT-MWDV----G-GQDKI-----RP----LWKH---YF-NGS---H--AVIYVVDS-AD---RDR---M-D---E---AR----DELAYMLK SPE---L-EGA---AVLVLANKQ---D---LPGALNAA---DVTSRLDMP---KS-R------RW------FV----QSCCA----KT------GE---GLYEGLD---W---L---AAALKTSP

CpxArf2b FSL---K---RDY----RIL-----LVGLDNAGKTTVLY----K-LK----L---G----ELVQ---SIP---TIGF-NVE-----QISY----KNVELT-CWDV----G-GQDKI-----RP----LWKH---YF-NGS---H--AVIFVVDS-AD---RDR---M-D---E---AR----DELSYLFN ADE---L-RDS---VFLIYANKQ---D---LPGALTAS---EVTDRLALP------R---HK-RW------FV----QSACA----AS------GA---GLYEGLD---W---V---ASALKDAP

CpxArf2c FSC---G---LDY----RIL-----LLGLDNAGKTTILY----K-LR----M---G----EVVT---TTP---TIGF-NVE-----TIVH----KNVHFT-AWDV----G-GQEKL-----RP----LWRH---YF-SGT---H--AVIYVVDA-AD---AAR---I-D---E---AR----GELARLLA APE---L-EGA---AILVLANKQ---D---LPGALPAA---DLAGRLELP---TI-R------RS------LV----QGCCAN--SKS------GE---GLYEGLD---W---I---TELISDLP

GthArf1a FS----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNINFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---A-A---E---AR----DELHRMLN EDE---L-RDA---VLLIFANKQ---D---LPNAMSAA---DITDKLGLH---SL-R---QR-NW------YI----QATCA----TS------GE---GLYEGLD---W---L---SNQLAKKG

GthArf1b FS----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-ANT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---V-S---E---AR----DELHRMLN EDE---L-RNA---VLLVFANKQ---D---LPNAMTAA---ELTEKLGLQ---SL-R---QR-TW------YI----QGTCA----TS------GE---GLYEGLD---W---L---SNELSKAK

GavArf1a FS----K---TEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNINFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---V-G---E---AR----DELHRMLN EDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---QR-NW------YI----QATCA----TS------GE---GLYEGLD---W---M---STQMSKKK

GavArf1c FS----K---REM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNINFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---V-G---E---AR----DELHRMLN EDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---QR-NW------YI----QATCA----TS------GE---GLYEGLD---W---M---SAQMAKKK

GavArf2 FNM---G---RDA----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-QNT---Q--GVIFVVDS-ND---RDR---V-G---E---AR----KELMTMLE EDE---L-RSA---TVLVFANKQ---D---LPNAMNAS---EITDKLGLS---EL-R---GR-KW------YI----QGACA----TT------GE---GLYEGLD---W---L---SAELQNAP

GavArf3a FE----K---RQM----RLL-----MMGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EVVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNFSFT-CWDV----G-GRCKI-----RP----LYRH---YF-QNT---G--AVLFVVDS-ND---RER---L-PY------AR----EELEKMMC EDE---L-RDS---VLLVLANKQ---D---LPNAMKPA---EITEGLGLN---SL-R---NR-HW------FL----QGTCA----TT------GD---GLYEGLD---W---L---SQTMKNRP

GavArf3b FN----K---KQV----RIL-----IVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EVVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNFSFT-CWDV----G-GRCKI-----RP----LYRH---YF-QNT---G--AVLFVVDS-ND---RER---L-PY------AR----EELEDIMG EEE---L-RDA---ALLVLANKQ---D---LPNAMKPV---EIAEGLGLN---LL-R---NR-HW------YI----EGTCA----RT------GD---GLYEGLD---W---V---SQTMKKKP

GavArf5 VGA---E---SQTPQ--RII-----MVGLDAAGKTTMLY----K-LK----L---G----EIVD---TIP---TIGF-NVE-----TMEY----KNITVI-SWDV----G-GKDKI-----RA----LWRH---YY-QGV---T--GVILVVDS-ND---RAR---I-G---E---AK----NEMERMLG EKP---M-DGV---PLLVLCNKQ---D---LPNAMSCS---EIVEHLHLN---HL-K---TR-RW------NV----QASCA----TT------GE---GLLEGFD---W---MF--QAGLDPTP

GavArfX1a IG------KPL----PFL-----MAGLDAGGKTTILY----K-LQ----L---G----EVVT---TIP---TKAF-NEE-----EIEY----KNTKIV-LRDV----G-GGEAC-----RD----LWRE---QA-GGC-----FGVVWVVDS-ND---RER---M-D---E---SR----GELERLRS DLG---L-GNA---PLLVWANKQ---D---LPNSMTVS---AITEMLRLQ---TL-RDC----PW------YI----QGCCA----TT------GD---GLWEGLD---W---L---HASTSKIK

GavArfX1b IG------KPL----PFL-----MAGLDSGGKTTILY----K-LR----L---G----TTVT---TVP---TPHF-NEE-----EIVH----KGAKFL-LRDV----G-GGEAN-----RG----LWRE---LA-GGC-----FGVVWVVDS-ND---RDR---M-E---E---SK----AELERLRS DLG---L-GNA---PLLVWANKQ---D---LPNALSVA---AITEMLGLH---TL-RDC----HW------YI----QGCCA----PT------AD---GLWEGLD---W---L---RAYISKTK

EhuArf1a FG----K---KDV----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-QNT---Q--GVIFVVDS-ND---RDR---V-G---E---AR----DELHRMLN EDE---L-REA---ILLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---QR-NW------YI----QSTCA----TT------GD---GLYEGLD---W---L---SSSLSKIS

EhuArf1b FG----K---KDV----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-QNT---Q--GVIFVVDS-ND---RDR---V-V---E---AR----DELHRMLN EDE---L-RQA---ILLVFANKQ---D---LPNAMNAA---EITDKLGLH---SL-R---QR-NW------YI----QSTCA----TT------GD---GLYEGLD---W---L---SSSISTLP

EhuArf4 FSKVVGKLLGKKNDV--RIV-----MVGLDAAGKTTILY----Q-LK----L---G----EIVT---TIP---TIGF-NVE-----TVNY----KNIQFI-CWDI----G-GKDKI-----RP----LWRH---YY-QNT---Q--AVVCVVDS-ND---RDR---I-G---E---AR----DELQRMIS EAG---L-RDA---ILLVLANKQ---D---LPGAMSAA---EVTEALGLH---AL-----RQ-RW------YI----QPTCA----IT------GR---GLYDGLD---W---M---AQALNPSF

EhuArf5 LG----R---RHC----KIL-----MLGLDSAGKTTILY----Q-LK----L---G----ELAA---TTP---TLGV-NVE-----TVTY----KNIEFM-VMDM----G-GQDKI-----RA----LWSH---YY-DGA---N--ALIFVVDS-SD---EER---L-A---E---AK----EELRKLLG EEA---L-KEA---LLLVFANKQ---D---LPQALSVQ---QVADTLELS---AIP----HR-SW------YI----QACSA----TT------GA---GISDGLD---W---L---AKKLAAQE

PteArfX2a LQS---Q---KKL----KIV-----FIGLEGSGKTAILQ----Y-LRN------G----KFTE---TQP---TIGL-NVE-----TIQY----KQRFYL-IFDV----G-G--KV-----RT----LWSH---YY-DNL---D--GLVFVVDS-TN---QEK---Q-Q---E---IQ----KELKKLSE DIKT-----KI---VLLMYLNKS---D---LQNSQTMEF--GDIPYSKSD---VI------I----QKCSA----KS------GE---GIWEGID---K---M---NGLLDQK-

PteArfX2b LQS---S---KKL----KIV-----IVGLEGSGKTSILQ----Y-LKN------G----KFTE---TQP---TIGL-NVE-----SIQF----KARHYL-IFDV----G-G--KV-----RT----LWSH---YY-ENL---D--GLVFVVDT-TD---QER---I-----EI--VK----NEFKKLGS EIKY-----KI---VMLIYLNKI---D---LPRSSPVELC-KDIQQQESD---IV------M----QRCSA----KT------GE---GIWEGID---K---M---NKLLDHK-

PteArfX2c LQS---S---KKL----KIV-----IVGLEGSGKTSILQ----Y-LKN------G----KFIE---AQP---TIGL-NVE-----TIQF----KARHYL-VFDV----G-G--KV-----RT----LWSH---YY-ENL---D--GLVFVIDT-TD---PER---I-----EI--VK----NELKKLGS EINH--L-KQI---VLLIYLNKI---D---LPRSAPMELS-KDIQQQESD---VI------M----QRCSA----KT------GE---GIWEGID---K---M---NKLLDHK-

PteArfX2d -VY---Q---RKF----KLV-----IVGLEGSGKTSIFE----Y-IRQ------G----KFVQ---TKP---TVGV-NVD------F----SHPEFM-IFDV----G-G--KV-----PS----LWSN---YY-ENT---D--GLIFIIDS-SN---KEQ---L-----YQ--VK----EQFVKLNK DLEY--L--NV---VILIMFTKQ---DKIHLDNQVLIQEC-GVFGYLEQD---TI------F----QMCSA----KT------GD---GVQEGIQ---K---L---INLIKKQQ

PteArfX2e -QQ---T---IKT----KLV-----IVGLEQSGKTAIFE----Y-IKR------G----NFFE---TQP---TEGY-NVD------F----NNKDYL-IFDL----A-G--RT-----PN----LWQH---YY-QNA---D--GIIFVIDS-SK---KEN---L-----QQ--VK----EQLMKLNQ DIEL--L--NI---GVLIMFTKS---DLQLIDCEAFLEEC-EVLKNTEQE---KV------W----QSCSS----KT------GE---GINEGIQ---K---L---MLLIKKW-

ChvArf2a WGG---G---KPV----RAV-----MIGLDAAGKTTVLY----N-LK----I---G----ENVN---TIP---TLGF-NVE-----EVTY----RNLNLT-VWDI----G-GQKII-----RR----LWHH---YY-NGC---N--LVIFVVDA-AD---RDR---I-E---E---AA----EELEEVLR APE---L-SDA---RLLVYANKQ---D---LPNAMSAG---EVAEKLRLP---SV-R---NR-LW------HV----QATCA----PS------GD---GLYEGLD---W---A---ADALMKK-

ChvArf2b SS----G---RPC----RTL-----MIGLDAAGKTTILY----N-MK----I---G----EVVH---TVP---TIGF-NVE-----ELTY----RNLNLT-VWDI----G-GQAKI-----RA----LWRY---YF-QGT---D--LVIFVVDS-AD---RDR---I-E---E---AA----EELHAVFQ AEE---L-QDA---QLLVYANKQ---D---IPNAMSCT---EVANKLRLS---ELGK---RR-NW------HV----QSTVA----VR------GD---GLFDGLD---W---A---ADIMAKR-

ChvArf2c WGG---G---KPV----RAV-----MIGLDAAGKTTVLY----N-LK----I---G----EIVN---TIP---TVGF-NVE-----EVTH----RNLVLT-VWDI----G-GQKIL-----RR----LWHH---YY-NGS---N--LVIFLVDA-AD---RDR---I-Q---E---VA----DELEEVLN APE---L-QDA---RLLVYANKQ---D---LPNAMSAG---EVAEKLGLP---SL-K---NR-LW------HV----QATCA----TT------GD---GLYEGLD---W---A---ADALSKK-

ChvArf2d AS----G---TQC----RTL-----MIGLDAAGKTTILY----K-MR----V---D----ENHE---AVP---IGEL-AVE-----EVSC----RNMNLT-VCDL----G-GQTRI-----DA----LRRYN--YL-QGT---D--LVIFVVDS-AD---RDR---I-E---E---AA----KELHAVFQ AEE---L-PGA---QLLVYANKQ---D---IPNAMSGT---EVANKLRLS---ELGK---CR-NW------HV----QPLVA----VR------GD---GLFEGLD---W---A---AGIMAKR-

TgoArf1 FG----K---REM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EVVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-SNT---H--GLIFVIDS-ND---RDR---I-E---D---AR----EELHRMLN EDE---L-RDA---VLLIFANKQ---D---LPNAMTAA---EVTDKLHLH---SI-R---HR-NW------FI----QSTCA----TT------GD---GLYEGLD---W---L---SRTLAQKN

PfaArf1 FQ----K---KDV----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-VK----L---G----EVVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEF----RNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-SNT---D--GLIFVVDS-ND---RER---I-D---D---AR----EELHRMIN EEE---L-KDA---IILVFANKQ---D---LPNAMSAA---EVTEKLHLN---TI-R---ER-NW------FI----QSTCA----TR------GD---GLYEGFD---W---L---TTHLNNAK

TanArf1 HS----K---RDV----RIL-----MVGLDASGKTTILY----K-LK----L---G----EVVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----RNLSLN-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWKH---YY-TNS---Q--AVIFVVDC-ND---RER---I-P---D---AK----DELHKMMN EDE---L-RGA---VLLIYANKQ---D---LPNAISPT---ELSSLLSLE---HF-R---DR-KW------YI----QASCA----TA------GT---GLYEGMD---W---L---TSELKNKP

PmaArf1a FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EVVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-QNT---Q--GIIFVVDS-ND---RDR---I-D---D---AK----EELHRMLN EEE---L-RDA---CVLVFANKQ---D---LPNAMTAA---EVTEKLGLH---SL-R---HR-NW------YI----QSACA----TT------GD---GLYEGLD---W---L---SKTLANAK

PmaArf1b FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EVVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-QNT---Q--GVIFVVDS-ND---RDR---I-G---D---AR----EELQRMLN EEE---L-RDA---ALLVFANKQ---D---LPNAMTAA---EVTDKLGLH---QL-R---HR-NW------YI----QSTCA----TT------GD---GLYEGLD---W---L---SKTLSKAK

PmaArf1c FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EVVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-QNT---Q--GVIFVVDS-ND---RDR---I-E---D---AR----QELSRMME EDE---L-KDA---ALLVFANKQ---D---LPNAMSAS---EITDKLGLN---QL-R---HR-NW------YI----QSTCA----TT------GD---GLYEGLD---W---L---VKVLSKK-

PmaArf1d FG----K---KEL----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EVVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-QNT---H--GLIFVVDS-ND---RDR---I-G---D---AK----DELQRMMN EEE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMKAS---EVTDQLGLQ---SM-R---HR-QW------FI----QSCCA----TT------GD---GLYEGLD---W---L---SRVLCAKK

PmaArf1e VG----K---EEM----RIL-----MVGLDGAGKTTILS----K-LK----L---G----EVVT---TTP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----C-GQDKL-----GP----SWTL---YY-KNA---Q--AVVFVVDS-ND---RDS---E-RM--DA--AK----EELHRMLN EEE---L-RDA---CVLVFANKQ---D---LPNAMTIT---EVREKLGLQ---SL-K---HR-TW------YI----QSACA----TT------GD---GLYEGFD---W---L---SKTLANAK

SmiArf1a IG----K---QEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EVVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNLSFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-QGT---N--GLIYVVDS-ND---RDR---I-E---D---AR----EELNKMLN EDE---M-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMTAA---EVTEKLGLH---NL-R---HR-QW------FI----QSACA----TT------GD---GLYEGLD---W---L---SRTLSSKR

SmiArf1b IG----K---QEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EVVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNLSFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-QGT---N--GLIYVVDS-ND---RDR---V-E---D---AR----EELTKMLN EDE---M-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMTAA---EVTEKLGLH---NL-R---HR-QW------FI----QSACA----TT------GD---GLYEGLD---W---L---SRTLSSKR

SmiArf1c IG----K---QEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EVVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNLSFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-QGT---N--GLIYVVDS-ND---RDR---I-E---D---AR----EELTKMLN EDE---M-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMTAA---EVTEKLGLH---NL-R---HR-QW------FI----QSACA----TT------GD---GLYEGLD---W---L---SRTLSSKR

SmiArf1d IG----K---QEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EVVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNLSFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-QGT---N--GLIYVVDS-ND---RDR---I-E---D---AR----EELTKMLN EDE---M-RDA---VLLVFANKQ---D---LPQAMTAA---EVTEKLGLQ---NL-R---HR-QW------FI----QSACA----TT------GD---GLYEGLD---W---L---SRTLSSKR

SmiArf2a VS----T---KDM----RIL-----MLGLDAAGKTTILY----R-FK----L---A----EVIH---TVP---TIGF-NVE-----TVEY----KNIKFD-VWDV----G-GQDKI-----RK----LWRY---YF-QGT---N--GLIYVVDS-SD---RDR---I-Q---D---AK----DELEKMLQ EPE---M-ENV---VLLVLANKQ---D---LPNAMTAT---EITEKLELR---QV-R----Q-KW------FI----QPTVA----PT------GD---GLYEGLD---W---M---SRSLCSR-

SmiArf2c LG----S---QEM----RIL-----MLGLDAAGKTTILY----R-LK----L---A----EVVT---TIP---TVGF-NVE-----TVEY----KNIKFN-VWDV----G-GQDKI-----RR----LWRH---YF-QGT---D--GLIYVVDS-SD---RDR---I-N---D---AK----EELDKMLM EQE---M-ENA---VLLVLANKQ---D---LPNAMTAA---EVMEKLELQ---KL-R---HR-KW------FI----QSTVA----PT------GD---GLYEGLD---W---L---SRSLTARQ

SmiArf2d LG----S---QEM----RIL-----MLGLDAAGKTTILY----R-LK----L---A----EVVT---TIP---TVGF-NVE-----TVEY----KNIKFN-VWDV----G-GQDKI-----RR----LWRH---YF-QGT---D--GLIYVVDS-SD---RDR---I-N---D---AK----EELDKMLM EQE---M-ENA---VLLVLANKQ---D---LPNAMTAA---EVMEKLELQ---KL-R---HR-KW------FI----QSTVA----PT------GD---GLYEGLD---W---L---SRSLTARQ

SmiArf2f LG----P---EEM----KIL-----MLGLDAAGKTTILY----R-LK----L---G----EVVT---TVP---TIGF-NVE-----TVEY----RNINLT-VWDV----G-GQDRI-----RK----LWRY---YF-ENT---N--ALIYVVDS-SD---RDR---I-K---E---AK----EELNKMLQ EQA---L-ENA---VLLVFANKQ---D---LPNAMTPA---EIMENLELQ---KL-G---HR-KW------FI----QSTVA----PT------GD---GLYEGLD---W---L---TRTLRSR-

SmiArf2g FG----Y---TEM----RLL-----MLGMDAAGKTSILY----K-LK----L---D----ENVE---TIP---TLGF-NVE-----TLWH----GNLQLI-VWDI----G-GQEQL-----RK----IWSF---YF-HGT---K--GLIFVVDS-SD---RQR---I-----Q---VK----SEVEKMVS SQE---L-AKA---ALLVFANKQ---D---LPNAMSVE---EITEKLDLE---KCCA---NR-KW------FV----QPSVA----TT------GD---GLHEGLD---W---L---SRRLNEEI

SmiArf3 VG----K---REV----CII-----MVGLDSAGKTTTLY----R-LK----L---G----VQVR---TLP---TVGF-NVE-----KLEY----KNIVFT-VWDL----G-GQTRT-----RQ----IWQH---YY-QNT---D--GLIFVIDS-SD---RDR---I-D---E---AH----EELMKMLQ KDE---M-KDA---VLLVMANKQ---D---LPNAMSTQ---ELVQKLGLN---SLGKZ--RR-KW------LV----QETCA----TV------GD---GLHEGLD---W---L---AQAIADKG

SmiArf4a IG----K---QDR----KIV-----MVGLDAAGKTTVLY----Q-MK----L---Q----EVLM---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----RNLRLT-VWDI----G-GQDRI-----RS----LWKH---YF-MGA---H--AVIFVLDS-SD---RER---V-N---E---AK----EELWSLLR DPE---L-EQA---ACLILANKQ---D---LPDAMSTK---EVAEQLGLH---DL-R---FKGQY------HV----QAASA----AN------GGE---GIYEGLD---W---L---SKAMPSSR

SmiArf4b LG----L---KER----KIV-----MVGLDAAGKTTVLY----R-LK----L---N----ELVM---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----RNLRLT-VWDI----G-GQDLI-----RP----LWKH---YF-LGS---H--AMIFVVDS-SD---HHR---I-Q---E---AK----QELWRMLK EPDF--F-AQA---PVLVLANKQ---D---LPDAMSVR---EMTEKLGLL---DV-T---DR-PI------LV----QPSSA----PK------GE---GLFEGLA---W---L---SKAMQREG

SmiArfX1 FG----Q---PQF----QVV-----VMGLDNAGKTTMLH----T-MKNR-QG---G----QIEM---TIP---TVGL-NVK-----TLEFQGSAKFLTLQ-AFDL----G-GRNNF-----RP----LMRH---WF-AKT---D--GIIFVVDS-ND---RRR---L-E---D---AK----FELHRILA EDN---L-YGK---PLLVLANKQ---D---LTGAAKMS---DMVDGLSLH---SL-R---NR-RW------YI----EETVA----KT------GS---GLWEGLD---W---L---TNAMKKEA

SmiArlX1 YG----PY------KIL-----VFGLIGAGKSTVLK----N-LD----L---G----DVTTI--THAG----GQ-MSE-----MLKY----SIYKFV-TWDLE---G-PELKM-----EE----LPKN---FL-KKT---D--GVIFVVDK-SS---DEH---V-K---N---AR----KALHTLMN QKE---M-QNT---VLLVLGNKE---D---LPEDAVEHI--GVGYRLHLQ---SL-----KQ-SY------HV----QNCNA----ST------GD---GLFEAMH---W---L---MPVMQERK

AliArf1a FG----K---TEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EVVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---I-E---P---AR----EELHKMIN EDE---L-RDA---VILVFANKQ---D---LPNAMTAA---EITDKLGLH---SL-R---SR-NW------YI----QATCA----TT------GD---GLYEGLD---W---L---SATLKNRS AliArf1b VG----N---QEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EVVT---TIP---TIGF-NVE-----TVDY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---I-E---P---AR----EELHKMLNEDE---L-REA---VVLVFANKQ---D---LPNAMTAA---EVTDKLGLH---SL-R---SR-NW------YI----QATCA----TT------GD---GLYEGLD---W---L---SATLKNHT AkeArf1 FG----K---QEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EVVT---TIP---TIGF-NVE-----TVDY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---I-E---A---AR----EELHKMINEDE---L-RDA---VILVFANKQ---D---LPNAMTAA---EVTDKLGLH---SL-R---SR-NW------YI----QATCA----TT------GD---GLYEGLD---W---L---SATLKSRN PsoArf1a FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EVVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---V-D---A---AR----DELHRMLNEDE---L-RDS---VLLVFANKQ---D---LPNAMSAA---EMTDKLGLH---GL-R---HR-QW------FI----QACCA----TT------GD---GLYEGLD---W---L---SATLQKAK PsoArf1b FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EVVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---V-D---A---AR----DELHRMLNEDE---L-RDS---VLLVFANKQ---D---LPNAMSAA---EMTDKLGLH---GL-R---HR-QW------FI----QACCA----TT------GD---GLYEGLD---W---L---SATLQKQK HpaArf1a FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EVVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---V-D---A---AR----DELHRMLNEDE---L-RDS---VLLVFANKQ---D---LPNAMSAA---EMTDKLGLH---GL-R---HR-QW------FI----QACCA----TT------GD---GLYEGLD---W---L---SATLQKAK HpaArf1b FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EVVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---RDR---V-D---A---AR----DELHRMLNEDE---L-RDS---VLLVFANKQ---D---LPNAMSAA---EMTDKLGLH---GL-R---HR-QW------FI----QACCA----TT------GD---GLYEGLD---W---L---SATLQKKQ TpsArf1 FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EVVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---SDR---I-D---A---AR----DEMHRMLNEDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMSAA---EMTDKLGLH---GL-RPS-YR-QW------YI----QACCA----TT------GD---GLYEGLD---W---L---SATLVKRK PtrArf1 FG----K---KEM----RIL-----MVGLDAAGKTTILY----K-LK----L---G----EVVT---TIP---TIGF-NVE-----TVEY----KNISFT-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-QNT---Q--GLIFVVDS-ND---SDR---I-D---A---AR----DELHRMLNEDE---L-RDA---VLLVFANKQ---D---LPNAMSAA---EMTDKLGLH---GL-RPS-YR-QW------YI----QACCA----TT------GD---GLYEGLD---W---L---SATLVKRN AanArf1 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FG----T---KEM----RIL-----MLGLDAAGKTTILY----K-LK----L--TN----QDVT---TIP---TVGF-NVE-----SVTY----KNVKFN-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-SGT---Q--GLIFVVDS-SD---TAR---M-E---E---AR----SELHKIINDRE---M-KDA---LLLVFANKQ---D---VPGHLSPE---EVTNALQLN---KL-K---DK-LW------YV----APSVA----TE------GT---GIFEGLA---W---L---SNNVKTQP PblArf6a FG----S---KEM----RIL-----MLGLDAAGKTTILY----K-LK----L---N----QSVT---TIP---TVGF-NVE-----SVTY----KNVKFN-VWDV----G-GQDKI-----RN----LWRH---YY-TGT---Q--GLIFVIDS-QD---RDR---I-D---E---AR----QELHRIISDRE---M-RDC---LLLVFANKQ---D---LPGAMSPT---EVTEKLGLN---KM-R---ER-AW------YV----HPSCA----TT------GD---GLFEGLN---W---L---SQNVKTK- PblArf6b FG----K---KET----KIL-----MLGLDGVGKTTILY----Q-LK----L---K----KTLS---TIQ---TVVF-NVD-----FVNY----KNIKLN-IWDV----G-GQDKI-----RV----LWRH---YY-TGT---Q--CLVFVIDA-HD---YDR---I-D---E---AS----RELHRVLADQE---M-QEC---VLLVLANKQ---D---LPKAMSPA---TVAKELNLE---NI-----TQ-KY------NV----LPCCA----IT------GK---GLQEALY---W---I---SENIKAAA CcoArf6 FG----N---KEM----RIL-----MLGLDAAGKTTILY----K-LK----L---N----QSVT---TIP---TVGF-NVE-----TVVY----KNVKFN-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-TGT---Q--GLIFVVDS-QD---RDR---I-D---E---AK----QELHRILGDRE---M-KDC---LLLVFANKQ---D---LPTAMSPT---EVTEKLGLH---RM-R---DR-NW------YV----HPSCA----TT------GE---GLFEGLT---W---L---SQNIKSQ- BmeArf6a FG----N---KEM----RIL-----MLGLDAAGKTTILY----K-LK----L---N----QSVT---TIP---TVGF-NVE-----TVTY----KNVKFN-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-TGT---Q--GLIFVVDS-QD---RDR---I-D---E---AR----QELHRIVSDRE---M-KDC---ILLVFANKQ---D---LPTAMSPA---EVTEKLGLH---RM-R---DR-NW------YV----HPSCA----TT------GE---GLFEGLS---W---L---SQNIKTK- BmeArf6b FG----N---KEM----RIL-----MLGLDAAGKTTILY----K-LK----L---N----QSVT---TIP---TVGF-NVE-----TVTY----KNVKFN-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-TGT---Q--GLIFVVDS-HD---RDR---I-D---E---AR----QELHRIVSDRE---M-KDC---LLLIFANKQ---D---LPTAMSPT---EVTEKLGLH---KM-R---ER-NW------YV----HPSCA----TT------GE---GLFEGLS---W---L---CQNVKSK- BmeArf6c FG----N---KEM----RIL-----MLGLDAAGKTTILY----K-LK----L---N----QSVT---TIP---TVGF-NVE-----TVTY----KNVKFN-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-TGT---Q--GLIFVVDS-QD---RAR---I-D---E---AR----QELHRIVSDRE---M-KDC---ILLVFANKQ---D---LPTAMSPA---EVTEKLGLH---RM-R---DR-NW------YV----HPSCA----TT------GE---GLFEGLS---W---L---SQNITAK- BmeArf6d FG----N---REM----RIL-----MLGLDAAGKTTILY----K-LK----L---D----QSVT---TIP---TVGF-NVE-----TVSY----KNVKFN-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-TGT---Q--GLIFVVDS-QD---RDR---V-D---E---AQ----QELHRILSDRE---M-KDC---LLLVFANKQ---D---LPTAMSPA---EVTEKLGLH---RM-R---ER-NW------YV----HPSCA----TS------GE---GLFEGLS---W---L---SQNIKTK- CanArf6 FS----N---KEM----RIL-----MLGLDNAGKTTILY----K-LK----L---D----QHVQ---TIP---TVGF-NVE-----SVTY----KNVKFN-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YY-AGT---Q--GLIFVVDS-SD---TER---F-A---E---AA----SELHRIINDPE---M-KDA---LLLVFANKQ---D---LPEAQPLA---AITEKMELH---KL-K---DR-TW------YV----HPSCA----HT------GE---GLLEGLN---W---L---SQNIPGGS GprArf6 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TG----R---QKV----RVL-----MLGLDNAGKTTIVH----H-LK------GE---QEYE---SIP---TVGF-NVE-----TIKL----KNIALN-VWDV----G-GQDKI-----RP----LWRH---YF-VGT---D--ALIFVVDS-SD---VGR---M-E---D---AK----NEFLRIVDDAE---I-KDA---SVLVFANKC---D---LPKAASAA---EVAELLDLG---RLAQE--GR-AV------HV----QSACA----RS------GE---GLTQGID---W---L---TEQLLARS McaArf6 ------KG--RDMV---RIL-----MVGLDAAGKTCILY----R-LR----L---S----DAIQ---TLP---TVGF-NVE-----KVQH----KNITFN-IWDV----G-GQVRL-----RP----LWKQ---YA-TGS---Q--AIIFVLDS-SD---RSR---F-D---E---AK----EELETLCGDKS---M-RGV---AVIVMANKQ---D---MKGAATED---EVADALAMK---KLP----VR-VW------KV----QATCA----LR------GT---GLHETLD---W---V---AANIQPV- GokArf6 FG----K---KEM----RIL-----MVGLDNAGKTSILY----R-LQ----L---G----KSIQ---TIP---TVGF-NVE-----TVTY----QNIKFN-VWDV----G-GQDRL-----RP----LWRH---YF-TGT---Q--ALIFVVDS-SD---RVR---I-E---E---AR----DEFQAIVADTQ---M-EDA---IVLVFANKQ---D---QPGALSAA---EITECLQLQ---KL-V---SR-TW------NV----QPSCA----LT------GA---GLQEGLI---W---L---SSNMREP- AgoArf6 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------RVL-----LAGLDNAGKTTILH----M-MR------G------TPLTQPPPPGLGW-QAQ-----MIMI----GRCRFM-FWDL----G-GQERV-----RP----LWRR---HF-HGT---H--VVVFVIDS-TD---RER---I-T---D---AG----CELHAMMGDRE---L-ADA---ALLVIANKQ---D---CYCAMTPE---EIGHLIDME---SLARKG-MR-PC------RL----QAACA----AE------GEIF-GIAESLH---WLASLZ--PSRVR--- TthArlX14 FS----K---KQR----KIL-----VLGIEKSGKTCFVQCVNGKELNE------NNY-VE-TN---DLD---II---DVKK------DKFWLQ-FYDF----A-GCERK-----RI----FWRH---HY-IGA---Q--GIVFVVDG-SS---MES---F-Q---D---SL----DALQQLLKERN---L-IKV---PICVFINKS---D------IKVE...KVEDLLKDA---SIPGEN-HR------IV------N--NIQ------GS...GHQQVIE---W---L---AKTMVEI- PteArlX14aFS----K---EKR----KLL-----VLGLNGVGKSTLI-----KTLNQ------GNY-QDKKE---DLQ---IV---DIKL------KNITLC-VFDM----G-GSERQ-----RI----FWRQ---NF-YGS---Q--GVIYVIDG-NI-----D---I-S---K---AL----LELEKIIIDSD---L-KDT---PIAVFVNQN---G------K...RTEEFLKNK---T------R------KV------S--VFK------GS...DIMNCIE---W---L---GKEMKPI- putative divergent Arf6 PteArlX14bFS----K---EKR----KLL-----ILGLTGVGKSTLI-----KTLNQ------GNY-QDKKE---DLQ---II---DIKL------KNITLC-VFDM----G-GSERQ-----RI----FWRQ---NF-YGS---Q--GVIYVMDG-NI-----D---I-Q---K---AL----LELEKIVIDTD---L-KDT---PIAVFVNQN---G------K...TTKEFLKNK---P------G------KV------N--VFK------GS...DIMSCIE---W---L---GKEMKPI- BhoArf2 CGK---KE--KDHY---RCV-----IVGLDGAGKTTLFNYICDK------NQG------E---KQP---ISGF-EIC-----SREY----DKIIFD-FWDTN---G------DACCRQ----FWTH---YI-FGA---H--AIIFVVDS-TN---RER---F-P---E---VK----AELIKLLNCEGTENL------LWLIVASKL---D---VPGHVFER---EILDSLNLD---QLLG---ER-HW------RLF------AE...PINDYLK---Y---L------A r l 8 Arl8 A r l 1 8 Putative divergent For details on the processing the processing details on For EGAA------QLPELVSSL-----FGEAMK--GRAYHILSTSAKTGEGLRELIEWFLKKQV AAA---EEMESVPTIGIETATITLGETTVNVLDFSGRKQFRIHWKTFEEQTDLIVFVVDLS---DPGRLEEAKETLHEHILSNPKLNHCPLLIVGNKNDI AGAL------TSEQLVQRLFPNGIKVDGMK--DREFNCLSTSAKTGEGVREVLDWFLQRAS ASD---EEMAAVPTIGVDTIPITVGGKTFNILDMSGQQAFRVHWQRFQEKTSLIVYVVDAS---DLAKMDEASETLHKLILNQPALARVPLSIVGNKNDI ...... t of Arl8 and Arl18 protein sequences. protein Arl18 and Arl8 t of an alignmen onto mapped genes Arl18 and Arl8 in of introns phase and 5. Position figure Supplementary e 4. The specific, broadly conserved intron positions of Arl8 and Arl18 are Arl18 Arl8 and positions of conserved intron specific, broadly The figure 4. to Supplementary see the legend intron position marking sources, and sequence of the alignment, Arl8 paralogs. divergent are putative TpyArlX2) and species (MonArlX2 from Metamonada The two sequences arrows, respectively. and pink (bottom) by violet (top) indicated LVKQAK VDAY---AQDRVSSAKKELHR-LLEDRELAKTPLLVLANKIDLKPHM------SEHDLIKEM-----NLDYIV--DNPWIVIPMSALHTTNIDQVLTW MLAAFHTKKLELVLVGLENSGKTTLMNVLA---YGH----AVDTCPTVGLNVKVVRKGGVMLKCWDVGGQQHYRSEWGRYTRGCDVIIYV VisArl18 LVKQSR VDAH---AEEKAALARRELHR-LLEDEELASTPLLVLANKVDLEPHM------SEDQIIREL-----NLDYVT--ANPWILIPISALKVINIDQVLQW MLSAFYTRQLEVVLVGLENSGKTTLMNVLA---SGH----PVDTVPTIGLNVKMIKRGGVQMKCWDIGGQAQYRGEWGRYTRGCDVIVYV EsiArl18 RfiArl18a SKYAH DIA---DPFRMPIARKELHC-LLEDKQLKGTPILILANKIDLNPDI------READLVKDL-----NLDYVT--DNSWIVLPISSKYGNNVDQAIEVL LFKKFFTKNLDVCLVGLENSGKTTFCNAIH---LGPD--TKAQHPPTIGLNITTMQKGGVQFKMWDMGGQKEFRKEWPRYTKDADIIAFVV RfiArl18b SKYAH DIA---DPFRLPIARKELHC-LLEDRHLKGTPILILANKIDLNPEI------KESDLIKDL-----NLDYVT--DNPWIVLPISSKYGNNIDQAIQIL LFKKFFTKNLEVCLVGLENSGKTTFCNAIH---LGPD--TKAQHPPTIGLNITTMQKGGVQFKMWDMGGQKEFRKEWPRYTKDADIIAFVV LIQHGG VDSA---DPASLEESKAELLD-LISKPALQDIPLLVLGNKNDLPGAI------SAEGLIEKM-----GLKSIG--GRDVACYSISAKHAVNIEPVLDW ILSLFFKTELELSLIGLQNAGKTTLTQVLE---TGK---PTEDMIPTVGFNMRKVTKGKVTIKLWDLGGQPRFRSMWERYCRGVNAIVYV CpxArl8 LMKHAR VDSA---DHETIEVAKNELFD-LMGKPALANIPLLVVGNKNDLPQAL------SVDELIQRL-----NLKDIS--AREVCCYSVSAKSHNNIDMTLEW LRSLFWKQEMELTMVGLQNAGKTTLVNVFA---TGA---FSEDMIPTVGFNMRKVSKGSVTIKLWDLGGQPRFRSMWERYCRGVNSIVYV GavArl8 LSKLQR VDAQ---DQGNLDIARQQLNQ-LISWPSLEGIPLLVLGNKYDLQGCI------TEQELITQM-----NLNSIK--DRVVACFSISAKKNSNIDEMLKW FRELFFGKELEIALVGLQNAGKTTLVNTMA---TGK---FEEDTIPTIGFNFRSVKKGKVQMKMWDVGGQARFREQWEKYCRSADVIIFV PteArl8a LSKIQR VDAQ---DQGNLDIARQQLNQ-LISWPSLEGIPLLVLGNKYDLQGCI------TEQELITQM-----NLNSIK--DRLVACYSISAKKNTNIDEMLKW FRELFFGKELEIALVGLQNAGKTTLVNTMA---TGK---FEEDTIPTIGFNFRSVKKGKVQMKMWDVGGQARFREQWEKYCRSADVIIFV PteArl8b LVKQNK IDSA---DKGKIEEAHDELKA-LLESQELKGIPLLVLFNKNDLENAL------SPEALIKAL-----DLSSHTR-VRTTAYFSISCKTGKSVEKSLDW IRNLFWSQEMEIAIVGLQNAGKSTYVQVLN---TGE---FQENLIPTVGFNMHKVQKNRCTIKVWDLGGQDKFRQQWGRYCKGVNAIVYI BnaArl8 RfiArl8a IKHTK DAA---DPKKFQQASKELRQ-LLALPSLEKIPLLLLFNKKDLPEAR------SADEIVETL-----DLKGLG--EREIGYYEISCKEVINIDNTLDWL LRS-FWQQEMEISIVGLQGAGKSTFIQVLQ---KGE---FVPNMIPTVGFNMHKVEKGKVQIKVWDLGGQKKFRSMWERYCRKNDAIVFMV RfiArl8b IKHGK DSA---DPKKFPQVKKELQQ-LLSSPSLDKIPLLFLFNKNDLPEAR------EADEILQEL-----GIKSLG--DREIGYYSISCKEIVNIDSTLDWL FRS-FWQQELEMSVVGLQGAGKSTFIQVLQ---KGE---YVPNMIPTVGFNMHKVEKGNVQIKVWDLGGQKKFRSMWERYCRKNDAIVFMV RfiArl8c IKHSK DAA---DPKKFQQASKELKQ-LLALPSLEKIPLLLLFNKKDLPEAR------SADEIVETL-----DLKSLG--EREIGYYEISCKEVVNIDNTLDWL LRS-FWQQEMEISIVGLQGAGKSTFIQVLQ---KGE---FVPNMIPTVGFNMHKVEKGKVQIKVWDLGGQKKFRSMWERYCRKNDAIVFMV LMEYSE VDSA---NAGEMSIAKQELHA-IMSHPRMKHIPVLVMANKSDLPHAS------APERVGEQL-----DLPKLEA-HRDVALVSASCKTRENIDSILKF ISS-FWQLELEMAILGLQNAGKSSLVSLIA---GND---ADDVIVPTVGYHFERIVKGNVTLKVWDLGGSPRFREMWPRYVRGAHVVVFV PlbArl8 DVDL----KRYILFCGLDNAGKTTILNRIQ MonArlX2 ----RKVQSKSIVICGLNGVGKTTLCRRIF TpyArlX2 LTAKGK VDAF---DVHRIGEAKKELHV-LLDEPSLATTPILVVANKIDLEPHL------RRDELIHEL-----NLDYIT--ESRWAIQPISALRRTNIMPVIEW MLDAFHTKKLEMVLVGLENSGKTTLLQVLA---DSSS--PPASTVPTVGMNVRTAKRGNVKMKLWDLGGQRQYRGEWVRYTSGCDCIVFV PmiArl18 LVAQSK VDTS---DFDRMDEARRELNT-LLEEESLRRLPLLVVANKIDLEPHL------SKAELIRTL-----NLDYIS--EVPWTVVAISARLQTNLVDVLQW LVASLLDKRLEMVIVGLDNSGKSTLLRSLA---GHVGT-AAGNTIPTIGSELQEFSAKGVTMKCWDLGGQTRFRSGWQRYARGCDVILYV McaArl18 LAAHSR ADASELPNSDRTNMARRELHV-LLEEPGISRIPLLVVANKIDLHPHL------ALDDFVRAL-----NVDYIT--DMRCNVAEVSAMRKTNFADIFGW E---LSVKHINVVIVGVENAGKSSVMNAIASTIGGSL--WSVDTLDRSDLDCRQFTVNNVKLTSWRCCRST--RSFWQRYGSDCDALIFV McaArl18L LVRQTK VDAC---DVDRMQEARRELHT-LLEEEELRKLPLLVVANKIDREPHV------SRDELIKTM-----NLDYIT--DVPWTVACISAKFSTNLVDILQW LIASLQSKNLEFVIVGLDNSGKTTLLNQLA---GQVKG-GAHDTIPTIGSDLQTFKAKGINMKVWDLGGQTRFRAGWQRYAMGCDVILFV GokArl18 LVGYAH VDAA---DERRLPESRYEINR-LLEDAGFAQKPILIVANKCDL-PHM------EPERIIQGL-----NLDYIT--DNRWAVVPISAMQRTRIPEVIKW AKRIFATKKLDVCILGLDNSGKTTILEAMC---GTL---QLKNTVPTIGMNVKQLKSNGVTMKAFDLGGQQRFRSEWLRYAAECDCILYV TpyArl18 LLKQSK VDGA---DIDKVPDARRELHK-LLENKGLEGKPLLVVLNKIDIERRF------TKDDIVKHL-----NLDYIDNNKNPWAVIPISALHKTNITDVVDW LWELFNGKQIEILMVGLANSGKTTLLNVIS---DNE----PGDTLPTVGVNMRHVKKGSVTMKVLDLGGQERFRNLWLEHTKSCDVVVFV NgrArl18 LVVQTP VDSH---DVEKLPEAKKELHA-LLEDTNLKGIPVLIVLNKIDLDQKY------TKTEISKHL-----NLDYLN--DNPWAVVPISALRGTNIVEVVDW LYDFFASKKLEICMVGLENSGKTTLLNVLS---LGH----AVETLPTVGLNVKVMTKEGINMKVWDLGGQPRFRDQWPKYTANANVILYV NeoArl18 LVLRAH IDVS---DRDRLAEARQALHM-LLDDPRLRGLPLLVVASKCDTLQPRDRAELERLGWAPLSRLL-----NLDCVT--EQSWSVLGVSATDGLNLPALTRW ISRWLLRSRLEVALAGLDGSGKSALARALA---AEPPLAAAPSLKPTIGLVVQRVQHSGLDLSLWDLGGRQRFRFDWARHVSGCDALLFL EhuArl18 LVKKSK VDSA---NRDTLSISKRELHT-LLEDTELSNIPILVIGNKVDIQGHM------NEQDIIQGM-----NLDYIT--SNPWVVVMVSALRGDNIPAIVDW LKNFFTSSNMEIVMIGIENSGKTTILNQLS---LGE----ASVTAPTIGLNVKQFKKGGVKMKMWDIGGQTQYRPEWGLYTRGVNAILFV TthArl18 LITKSK VDTS---NQATLGTSKKELHN-LLDNKSLRNIPLLVIGNKIDVNPHL------NEKQMIEGL-----NLDYIT--SNAWAVAMCSALTGNNITQVVDW LKSFFSTSKLEVCMVGLENVGKTTMLNQLS---MGD----PSFTVPTVGLNVRTVKKGGVTMKIWDIGGQVQYRPEWGNYAQGCDAIIFL PteArl18a LIAKSK VDTS---NQATLGTSKKELHN-LLDNKSLRNIPLLVIGNKIDVNPHL------NEKQLIEGL-----NLDYIT--SNGWAVAMCSALTGNNITQVVDW LKNFFSTSKLEVCMVGLENVGKTTMLNQLS---MGD----PSFT LIKHAS LDAA---DHDKIPAAKAELHQ-LLEKPQLVNIPVLVLGNKNDLPNAL------TVEQVIDQL-----ELRTIN--SREVACYSISAKNATNIDITLNW LRSLFWKQEMELTLVGLQNSGKTTLVNVIA---NGQ---FSEDMIPTVGFNMRKVTKGAVVMKLWDLGGQARFRSMWERYCRGVNAIVFV SpnArl8 LTRHAK LDAT---DPAKIPAARAELHA-LLSKPSLSTIPVLVLGNKNDLPNAL------SAEQVAEQM-----GLKELAG-QREVMAYSTSCKNGSGMDLTLQW 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VDAA---DREKIEASRNELHN-LLEKPQLQGIPVLVLGNKRDLPNAL------DEKQLIEKM-----NLSAIQ--DREICCYSVSCKEKDNIDITLQW FRSLFWKEEMELTLVGLQYSGKTTFVNVIA---SGH---FSEDMIPTVGFNMRKVTKGNVTIKIWDIGGQPRFRSMWERYCRGVNAIVYM TruArl8a2 LIQHSR VDAA---DPEKIEASKNELHN-LLDKPQLQGIPVLVLGNKRDLPGAL------DEKELIERM-----NLSAIQ--DREICCYSISCKEKDNIDITLQW FKALFWKEEMELTLVGLQYSGKTTFVNVIA---SGQ---FSEDMIPTVGFNMRKITKGNVTIKLWDIGGQPRFRSMWERYCRGVSAIVYM TruArl8b LTQHSK VDSA---DTEKIEASRNELHN-LLEKPQLQGIPVLVLGNKKDLPQSL------DEKELIERM-----NLAAIQ--DREICCYSISCKEKDNIDITLQW FKSLFWKEEMELTLVGLQHSGKTTFVTVIS---SGQ---FNEDMIPTVGFNMRKVTKGNVTIKVWDIGGQPRFRSMWERYCRGVNAIVYM CinArl8 BflArl8 IQHSK DAA---DHEKLEAARNELHN-LLDKPQLHGIPVLVLGNKKDLPNAL------DEKELIERL-----NLSAIQ--DREICCYSISCKEKDNIDITLQWL FKSLFWKEEMELTLVGLQYSGKTTFVNVIA---SGQ---FSEDMIPTVGFNMRKVSKGNVTIKLWDIGGQPRFRSMWERYCRGVNCIVYMV LIQHSK VDAA---DHEKLEASRNELHN-LLDKPQLQGIPVLVLGNKRDIPVAY------DEKELIERM-----NLSAIQ--DREICCYSISCKEKENIDITLQW 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VDAA---DHEKLDAAKQEFSN-LLEKPQLQGIPVLVLGNKRDLPNAL------EVQELIQRL-----DLSPIK--DREICCYSISCKEKENIDITLQW FKSLFWKEEMELTLVGLQNSGKTTFVNLIA---SGQ---YSEDMIPTVGFNMRKITKGNVTIKIWDIGGQPRFRSMWERYCRGVNAIVFM AdaArl8a LIQHSK VDAA---DHEKLDAAKQEFSS-LLEKPQLQGIPVLVLGNKRDLPNAL------EVQELIQRL-----DLSPIK--DREICCYSISCKEKENIDITLQW FRSLFWKEEMELTLVGLQNSGKTTFVNLIA---SGQ---YSEDMIPTVGFNMRKITKGNVTIKIWDIGGQPRFRSMWERYCRGVNAIVFM AdaArl8b LIQHSK VDAA---DHDKLDASRNELHN-LLDKPQLQGIPVLVLGNKRDLPGAL------DEKELIEKL-----NLSAIQ--DREICCYSISCKEKENIDITLQW FKSLFWKEEMELTLVGLQYSGKTTFVNVIA---SGQ---FSEDMIPTVGFNMRKITKGNVTIKLWDIGGQPRFRSMWERYCRGVNAIVFM LgiArl8 LIQHSK VDAS---DLDRIEASKNELHN-LLTKPQLIGIPVLVLGNKRDVPNSL------DEKDMIERM-----SLSVFQ--DREICCYSISCREKDNIDITLQW FKNVFWKEEMELALVGLQNSGKTTFVNVIA---AGE---FSEDMIPTVGFNMRTVTKGNVTIKIWDIGGQPRFRSMWERYCRGVNAIVYM HroArl8a Arl8 Arl18 Insertion in sequence Insertion in sequence Archaeplastida Amoebozoa SAR SAR Cryptista Malawimonadida Metamonada Metamonada Malawimonadida Metamonada Planomonadida Discoba Discoba Haptophyta Holomycota Holozoa . . . Intron position specific to: position Intron Intron position specific to: Supplementary figure 6. Position and phase of introns in Sar1 and Sar1L genes mapped onto an alignment of Sar1 and Sar1L protein sequences. For Sar1 details on the processing of the alignment, sequence sources, and intron position marking see the legend to Supplementary figure 4. The specific broadly Sar1L conserved intron positions of Sar1 and Sar1L are indicated by violet and pink arrows, respectively. Some introns specific to Sar1L are marked even though . . . Insertion in sequence some Sar1 genes share introns at the same position (most likely due to an independent gain).

HsaSar1a FEW--IYNGFSS----VLQFLG---LY-K-KSGKLVFLGLDNAGKTTLLHMLKDDRLG-QHVPTLHPTSEELTIAGMTFT-TFD--L-GGHEQAR-RVWKNYLP-----AING-IVFLVDCADHSRLVESKVELNALMTDETI-SNVP-ILILGNKID-RT-DAISEEKLREIFGLYG-QTTGKG-NV------TLKEL---NARPMEVFMCSVLK-----RQGY--GEGFRWLSQ------YI HsaSar1b FDW--IYSGFSS----VLQFLG---LY-K-KTGKLVFLGLDNAGKTTLLHMLKDDRLG-QHVPTLHPTSEELTIAGMTFT-TFD--L-GGHVQAR-RVWKNYLP-----AING-IVFLVDCADHERLLESKEELDSLMTDETI-ANVP-ILILGNKID-RP-EAISEERLREMFGLYG-QTTGKG-SI------SLKEL---NARPLEVFMCSVLK-----RQGY--GEGFRWMAQ------YI TruSar1a FNW--IYRSVSS----VLQLLG---LY-K-KTGKLVFLGLDNAGKTTLLHMLRDDRLG-QHVPTLHPTSEELTIAGMTFT-TFD--L-GGHTQAR-RIWKNYLP-----AING-IVYMVDCADHERLAEAKVELDALLTDETI-SNIP-VLILGNKID-RP-EAIGEDALRGMLGLHG-HTTGKG-KV------SLTEL---NLRPMEVFMCSVLK-----RQGY--GEGFRWLSQ------YI TruSar1b IDF--FYNSVSS----VLQFIG---LY-K-KSGKLVFLGLDNAGKTTLLHMLKDDRLG-QHVPTLHPTSEELKIAGMTFT-TFD--L-GGHAQAR-RVWKNYLP-----AING-IVFLVDCADFPRLGESKTELDALMTDETI-GNVP-ILILGNKID-RP-EAISEERLREMFGLYG-QTTGKG-TL------PMNEL---NARPLEVFMCSVLK-----RQGY--GEGFRWLSN------YI CinSar1 FEW------FKS----ALSYLG---LY-N-KSGKLMFLGLDNAGKTTLLHMLKDNKMS-VHEPTMHPTSENLQMGNISFT-TYD--L-GGHEQAR-RVWKDYFP-----AVNG-IVFLVDSADRSRFMEAKEELDSLLCDEQV-ANAP-VLILGNKID-MQ-GAVSEDELRSIFKLR---STGKG-QV------SLDSLG--GARPTELFMCSVLR-----KQGY--GEGFNWLAQ------YI BflSar1a WDW------FAG----MLHYLG---LR-K-KSGKLVFLGLDNAGKTTLLHMLKDDRMA-QHVPTLHPTSEELEMGGMRFT-TFD--L-GGHAQAR-RVWKDYLP-----AING-VVFLIDAADRSRYKEGKEELDSLLTDEQI-ANAP-VLILGNKID-KP-GAASEEELRQWFGLHG-QTTGKG-TV------PLHEL---NTRPVELFMCSVLK-----RQGY--GEGFRWLAQ------YI BflSar1b WDW------LAA----ALSYMG---LY-Q-KKGKLVFLGLDNAGKTSLLNRLKFGTMA-TPCPTGQPHCEELQIADMTFR-THD--L-GGHKQAR-RVWREYLP-----AVDA-VVFIIDVTDPGRFKEAQKELQGLLKDELT-SAAP-LLILGNKID-DP-RAAGEFQLRTAFGLHG-LTTGKE-TA------PPPK----GQRAVELFMVSVKE-----KQGY--GEAFRWLAQ------HF BflSar1c ------M-S-KSGQLVFLGLDNAGKTTLLHMLKDNRMG-QHVPTLHPTKEELVMGGVRFT-TFD--L-GGHSQAR-RAWKDSVP-----AING-VVFLIDAADSARHGESKKELDCLLADEQI-ANVP-ILILGNKID-QP-DAASEEFLRQYFCLYG-LTTGKG-NV------RLHGS---NTRPMELFMCSVLK-----RQGY--GEGFRWLAQ------YI SpuSar1 VET------FTS----ILKGLG---LW-G-KTGRLVFLGLDNAGKTTLLAVLKDDRMA-CHVPTLHPTSEELRIDGVTFT-TFD--L-GGHLQVR-KVWKKYLP-----AVEG-IVFLVDAAERERFAEAKAELDSLMTDEMI-ANAP-ILVLGNKID-VS-GAASEEELRYQMGLTG-QTTGKG-KV------PLKDL---PGRPLELFMCSVLK-----KQGY--GEGFVWLSQ------YL SkoSar1 WDW------FAG----MLSFLG---LY-K-KSGKLVFLGLDNAGKTTLLHMLKDDRMA-QHVPTLHPTSEELVMGGMRFT-TFD--L-GGHQQAR-RVWKDYLP-----AIEG-IVFLIDAADRERFVEAKEELDSLMTDEQV-ANAP-ILALGNKID-KP-GAASEDELRTAFGLHG-QTTGKG-NV------PLKDL---PGRPLELFMCSVLK-----RQGY--GEGFRWLAQ------YI DmeSar1 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VNW------FYG----TLNWLG---LY-N-KNAKILFLGLDNAGKTTLMHMLKDDRLA-QHQPTQYPTSEELQMQGINFK-AFD--L-GGHEIAR-RVWKDYYA-----KVDA-LVFLVDAVDRERFLESKKELDALLSDEAL-AAVP-VLILGNKID-IP-QAASEDELRLNLGLMN-YTTGKG-KV------PVTEN---SLRPIEIFMCSVVK-----RMGY--GEGFRWVSQ------YI GsuSar1 LEW------LFN----ILAYLG---LY-Y-KNAKILFLGLDNAGKTTLMHVLRDDKVA-QHIPTQQPTAEEVVIGNIKFR-AFD--L-GGHAAAR-QIWRNYYT-----KVDA-IVYMVDAADRDRLNEAKKELDALLADEQL-TDVP-FLILGNKID-VP-QAASEEELRTALGVHH-LTTGKG-TN------PVK-----DVRPIEVFMCSVVR-----KMGY--GEGFRWLSQ------YL CpxSar1 FDW------VWG----VLSYLG---LY-Y-KSGKILFLGLDNAGKTTLMHRLKDDRLA-QHQPTQYPTSEELTIGKIKFR-AFD--L-GGHTRAR-TVWKDYFP-----QVDG-VVFLVDSLDRERFPESKKELDALLSCDEL-ANVP-FLILGNKID-QP-KAASEEELRANLGLL--LTTGKG-KV------PRG-----DIRPIEVFMCSVVN-----RMGY--GEGFRWLSQ------YI GthSar1 VNW------FQG----VLSWLG---LG-N-KRAKILFLGLDNAGKTTLLHMLKEKKVA-QLEPTQHPHDEELTMGKLRFR-VHD--L-GGHDVAR-ELWQDYFT-----AVNA-IIFLVDCNDRNRFGEAKAELDKLLSNDQL-AGIP-FAILGNKID-QP-RAASEAELRQALGLQS-YLTGKT-GK------ADLPK---GVRPMELFMVSVIR-----RMGY--REAFQWVAQ------YI Cryptista GavSar1c FSW------VWD----VLIAIG---LL-K-KKGKLLFLGLDNAGKTSLLHVLSQGRFV-QHLPTSSTNKEDFAFGSLKIT-AFD--V-GGHEAAR-ELWEDYFG-----VCDG-ICYLVDSVDRARFDESMNELQKLCASSAL-SSTP-ILILGNKID-IP-TAASENELRQALKMLN-IQ------RSAPVELRMVSVLH-----KSGL--NQALEWLGR------QF EhuSar1a INW------VWD----MLNSLG---LA-H-KNAKILFLGLDNAGKTTLLHMLKDERLS-QHNPTQHPTSEELSIAKIKFR-TFD--L-GGHEIAR-RVWKDYFP-----QVDA-IVFLVDAHDRERFCESKKELDQLLSCEEL-HDVP-FLILGNKID-LG-RAASEDELRVELGLHH-LTTGKG-KV------ALN-----GIRPMELFMCSVVK-----RAGY--GDGFKWLSN------YI Haptophyta EhuSar1b LDW--WRRVLQS----TMASLG---IW-S-KKGQLLVIGLDNAGKSTLLTMLVRSKVV-QHEPTHQPVSDEIRVGSLKLR-AVD--M-GGHAIAR-RMWREYSK-----EADA-VVYIVDAADRDRFAEAALELHKLLAGSLP-PHVP-VLLLGNKVD-LP-NAVREEEIYFALGLDE-LQAAGP-QA------QQRPLRLFMCSVFQ-----GTGF--TEGLEWLAS------CV PteSar1a LNM------FKS----LLGSLG---LY-K-KNAKILFLGLDNAGKTTLLRRLKDDRMV-QHDPTLHPHAEELVLGNVRFK-AFD--L-GGHKAVR-KTWKNYFP-----TVDG-IIYLVDSADSQRLKESRDELEQILNTAEL-AKVP-IVILGNKID-KP-GAVPEEELRQALGINVKQQINNK------NIKEI---DGRPVDVFMCSVAN-----RVGY--AEGFRWLSQ------FL PteSar1b VNM------VKS----LLGNLG---IW-K-KNAKILFLGLDNAGKTTLLRRLKDDRMV-QHEPTLHPHAEELVLGNVRFK-AFD--L-GGHPIVR-KTWKNYFP-----TVDG-IIYLVDSTDQNRLKESRYELEQILNTAEL-AQVP-IVIFGNKID-KP-GAMPEEELRQALGINAKQQINKK------NIKEI---DGRPVDVFMCSVAN-----KVGY--AEGFKWLSQ------LL TgoSar1 FNW------FWD----LLNYLG---LS-Q-KSARILFLGLDNAGKTTLLHMLKDDRVA-QHVPTLHPHSEELIVGKIRFK-TFD--L-GGHETAR-RIWKDYFA-----AVDA-IVFMVDATDRGRFQEAKEELSHLLETQEL-AMVP-FLVLGNKID-KP-QAASEEELRQQLGLYSHVTFGKD-RK------PVP-----GVRPVEIFMCTVIK-----RMGY--ADGFRWLSQ------FL PfaSar1 INW------FRD----ILAHLG---LS-Q-KSARILFLGLDNAGKTTLLHMLKDDRVA-QHVPTLHPHSEELVVGKIRFK-TFD--L-GGHETAR-RIWRDYFA-----AVDA-VVFMIDTTDRSRFDEAREELRHLLETEEL-SNVP-FVVLGNKID-KP-DAASEDELRQHLNLFSNITVHNN-MK------GGS-----GVRPVELFMCSVIR-----RMGY--AAAFKWISQ------FL TanSar1 INW------IKK----TLQSLG---LL-N-KDARIVFLGLDNAGKTTLLRMLKDNRVG-IHTPTLHPHSEQLSLEKVNLT-AFD--L-GGHETAR-RVWKQYCG-----NVDG-IVFIVDASDRSRFQESNEELRSLLSDEEL-TNKP-FVVLGNKID-NR-GAASEEELRTALSLYANDTYGKS------VKSG---RGRPVELFMCSIIK-----KQGY--AEALRWLSH------FL SmiSar1a VNW------LFD----VLGYLG---LS-N-KNAKILFLGLDNAGKTTLLHMLKDDRIA-THVPTLHPHSEELMIKNIRFR-TYD--L-GGHETAR-RIWKDYFA-----TVDG-IIFLVDAADRTRFQEANEELNGLLNEQAL-ANVP-FVVLGNKID-IP-TAASEDELRNALGLFSHMTYGRDAKK------GDS-----SVRPVELFMVSVVK-----RMGY--AEAFQWLSN------FL SmiSar1b IGW------FTD----LFRSLG---LLAQ-KKAKICFLGLDNAGKTTLLQMLRDGRLS-VNAPTLYPNNEELQINGIRFR-TFD--L-GGHETAR-RIWKDYLS-----AVDG-IIFLVDAADRTRFQEAAEELGRLLDDPAL-AKVP-FAVLGNKID-IP-VAASEDELRHSLGLYTHMTSGK--YV------NKGDP---TVRPLELFMCSVVK-----RMGY--AEAFDWLAK------LV AliSar1 FDW------FYG----VLGWLG---IY-Y-KNAKILFLGLDNAGKTTLLHMLKDDRVA-VHTPTLHPNHEELVIGNVRFQ-AHD--L-GGHEAAR-KLWKDFFT-----TVDG-VVYIVDALDRERFPEAKKELDQLLTDEML-SNTP-FLVLGNKID-LP-NAVGEDELRQQLGLM--DTFGKD-TK------PDSAN---GVRPIELFMCSVVR-----KAGI--QESFQWLSQ------FL AkeSar1 FDW------FWS----ALGYLG---LY-Y-KNAKILFLGLDNAGKTTLLHMLKDDRMA-IHTPTLHPNSEELVIGSVKFN-THD--L-GGHEAAR-KLWKEYFT-----TVDG-VVYIVDAMDRERFPEAKKELDTLLTDEML-QNVP-FLVLGNKID-IT-AAASEDELRQQLGLY--ETYGKD-TK------RQD-N---GVRPIELFMCSVVR-----KMGY--AEGFRWLAQ------FL SAR PsoSar1 FDW------FYN----VLGYLG---LY-H-KNAKILFLGLDNAGKTTLLHMLKDDRVA-VHEPTLHPNSEELIIGKLRLR-TFD--L-GGHETAR-RLWRDYFA-----TVDG-VVFVVDALDRERFPESKRELDTLLGYDEL-ANVP-FLVLGNKID-VP-RAASEEELRSALGLY--ETFGKESSS------GDKDA---SIRPIELYMCSVVR-----RMGY--ADGFRWMAQ------FL HpaSar1 FDW------FYD----VLGYLG---LY-H-KNAKILFLGLDNAGKTTLLHMLKDDRVA-VHEPTLHPNSEELIIGKLRLR-TFD--L-GGHETAR-RLWRDYFA-----TVDG-VVFVVDALDRERFPESKRELDTLLGYDEL-ANVP-FLVLGNKID-VP-RAASEEELRSALGLY--ETYGKE-AR------GDKDA---SIRPIELYMCSVVR-----RMGY--ADGFRWMAQ------FL PtrSar1a LDW------WYS----ALASLG---LY-H-KNAKILFLGLDNAGKTTLLHMLKENRVQ-VHVPTLHPNTDELIIGNIKFK-TFD--L-GGHETAR-RLWQDYFT-----TVDG-VVYLVDAIDRGRFPEAKKELDALLTSEEL-QDVP-FLVLGNKID-MP-TAASEEELKYALGLM--DTYGKD-KG------PDSSS---SVRPIELYMCSVIR-----RMGY--SDGFKWLSQ------FL AanSar1 FDW------VFN----VLANLG---LY-H-KSAKILFLGLDNAGKTTLLHMLKENRVQ-IHQPTLHPNQDELIIGNIRFK-TFD--L-GGHETAR-RLWKDYFT-----TVDG-VVYMVDALDRGRFPEAKRELDYLLTCDEL-AAVP-FLVLGNKID-AH-SAASEDDLRYALGLF--ETFGKD-TAR------RNNDDDN---KIRPIELFMCSVIR-----KMGY--ADGFRWLAQ------FF NgaSar1 LDW------VYS----ALASLG---LY-H-KSAKILFLGLDNAGKTTLLHMLKENRVQ-VHQPTIHPNTDELIIGKIRFK-TFD--L-GGHETAR-RLWKDYLT-----TVDG-VVFIVDALDQERFPEAKRELDSLLTSDEL-AHVP-FLVLGNKID-VP-RAVSEEQLRYALGMQ--NTYGKD-SS------GGEKQP---GVRPIELYMCSVIK-----RMGY--ADGFKWLAQ------FL VisSar1 LDW------IYG----VLASLG---LY-H-KSAKILFLGLDNAGKTTLLHMLKENRVQ-VHEPTIHPNTDELVIGKIRFK-TFD--L-GGHETAR-RLWKDYLT-----TVDG-VVFIVDALDRERFPEAKRELDALLTTDDL-AHVP-FLVLGNKID-VA-RAASEEELRYALGLQ--NTFGKE-ST------AEKQP---GIRPIELYMCSVIK-----RMGY--ADGFKWLSQ------FL EsiSar1a VDW------FYG----ILASLG---FY-H-KSAKILFLGLDNAGKTTLLHMLKENRVQ-VHQPTLHPNQDELIVGKVRFK-TFD--L-GGHETAR-KLWKDYFT-----TVDG-VVFLVDALDRQRFPEAKKELDSLLTDENL-QTVP-FLVLGNKID-MQ-AAVSEDELRYAMGLY--DTFGKA-SK------PDSNP---GVRPIELYMCSVVK-----RMGY--SDGFKWLSQ------FI BnaSar1b SDT------FSD----SLFWLG---LS-G-KEAKIMLLGLDNAGKTTLMYRLRHGKLH-SANPTRYPQKDTMQICGITMT-AYD--L-GGHTAAQ-KLWKEYMS----GGIDA-VVYLVDVADQKRMDESKKVLHKLLSYMP--PECP-VLVLGNKID-I--SSVSESQCKILLGIEM-MTTGKV-SG------KPAG----SVRPVELFMCSIVK-----EAGY--TDGFQWLSR------LL RfiSar1 WNW------FFK----ALNYIG---LA-N-KDATILFLGLDNAGKTTLLHVLRDNQAH-VSEPTRHATSEDLVMGSVKFT-TYD--L-GGHYAAR-RIWKDYCH-----QVDG-IVFLVDAADSDRFEESRKELTNLLSSQDL-KDVP-FLVLGNKVD-KK-GAVGEKELRSSLSLT--QTTGKT-GT------PEK-----GSRPVELFMCSVIK-----RKGF--ADGFKWLAN------FI PlbSar1 FDW------FFN----ILGSLG---LY-N-KEARILFLGLDNAGKTTLTHMLANGKVA-SLEPTRHPQGEQIQIGNIRFK-TFD--M-GGHHAAR-RLWADYFA-----NVNG-IVYMVDAVDRERFPESRAELAQLLSTESL-MKVP-FLILGNKID-RD-GAASEDELRHELGLQN-LTTGKE-GR------VGE-----GIRPIELFMCSVVR-----RSGY--TQGFKWLST------YI DdiSarB VDW------FYN----MFLWLG---FF-K-KEAKIVIIGLGNAGKTTLLHLLVTGSLK-SHIPTLRPNAESFTYGNVNFK-AYD--L-GGQQNLR-FLWKQYVP-----DSKTIIVFMVDSSDYNSIIESKSEIHDILGDEHL-SQSP-LLILGSKCD-AK-GHHNRENLIDLLDIRR-FELGLN-NS------NNVPFDLIMTSSIT-----RYGI--TDMLNWLDK------CT Sar1L Amoebozoa PpoSar1X LNW------FWS----LLYKIG---LL-Q-KKASIILVGLDNAGKTTLMYKLKYGTVR-SFVPTQRTQMDEMVIGAVRFQ-AWD--L-GGHEEVR-HIWQEFYV-----RVDA-IIFVVDSADYERMQEAERELKVLLGESSL-QGIP-FLVLGNKSD-LR-MALKADQLATALGLSPSVVDGVD-VAEGVEGVDAHSNSSKQ---NLHPIRLFTCSLVE-----GSGY--TVAFEWLAS------VL AcaSar1b WDW------LLD----LLASLG---LW-K-KEATILLLGLDNAGKTTLLHKLKHGEVR-LFVPTQRPSVEEIDVGSVKFR-AWD--L-GGHRQVR-AWWRDYFV-----EADA-IVFVVDSSDTERLNEAREELAVLLAEPSL-RDLKGLVVLGNKSD-LQ-GSLNSDQLISALALQDSIE------EGRPIGVFRCSLVD-----GTGY--LDAFKWLGG------RL Malawimonadida GokSar1b VDL------VYQ----LLTKFG---FF-S-RKATVVMLGLDNAGKTTLLSKLKHGIVR-QFAPTERAYSEQIKVGNVSFT-AWD--V-GGHLQAR-ALWKNYVI-----DAQA-IVFLIDSNDRERFEESKKALTGLLLSQTL-DNVP-IAVLCNKID-IA-TSASIPEIRINFDLVS-IP------SERKLNVFAVSIRD-----GVGI--MEAFKWISA------NM GthSar1b LEW------LRG----LLRLLG---LW-K-RDATILLLGLDNAGKSTLLHKLCSNELR-PFVPTTKAHSKTFSLGNIKFT-AWD--L-GGHEQVR-DLWEEYYS-----GADA-IVFMVDSADRARFGEAKREIQQILSVEDI-ADVP-ILVLGNKID-LE-ASVDKDQLAEELGLDD-LE------KERDVEVFSCSLVS-----GSGY--YDGFKWLSQ------KF Cryptista GavSar1b FDW------LLG----LLAKLG---LR-N-RQARILLLGLDNAGKTTFIHKLRYGVVR-SFVPTVRARTETFTLGQTEFT-AWD--L-GGHEAVR-ELWQDYFT-----EVDG-VVFVVDSSDVSRFREAQYELSQVLKSPNT-ADTP-IAILGNKSD-VK-TTVSREELIAYLQLNP-AEMVVD-PA------TMDE----KTRAINVFKCSLLE-----GSGY--QEALQWLVN------AM GavSar1L LPWGAVAAAFQA----PLAWVRS--VW-P-HQGEILLLGLDNAGKSALLSRMLNEPVA--LRCGMKTRVERFRHGDVALK-ATE--A-LGHEAAR-GVWPDLYPVPGSPAPAV-VLFVVDCSDSSRMPQNTELILEVSEALSQ-SSTP-LLIIVNKIDQMPGGLDPVETTVEKLRLRELGL------P------VPWRAFGCCCFKPGHCPKEPYLILDFACRLISGSEKLELQTAS BhoSar1L SQT------LYA----FLQYFG---LY-S-KHVTIAVIGLDNAGKTTMLYRIQNNKII-QMAPSLHVNEESFTFNGISFK-AYD--I-GGQESFR-ILWKRFLC-----EVDA-VLFLVDASDSSRFDEVKQELCFLSEMPSV-KNHP-FGLLLNKCD-RP-DMISSEDVLSAVGAEK-LSS------AISSFSVFQTSSLR-----PESI--YTVLRWLAS------VV SAR EsiSar1b FAW------LREIGLRLLSTLG---LY-N-KKGTVVLLGLDNSGKSTLLHRLSQGQVT-ALQPTERPHIDEFQLGGVSFK-AWD--L-GGHEAVR-YLWFDFLS-----DSHA-IVFMVDSADGERLEEAHWELSEMLSDANL-DGVP-VAVLYNKSD-LP-DAWPAEKLEGMLDLAR-LE------ARRPIKTFVTSVLK-----GEGY--PDAFRWLGT------HL BnaSarL SGF------FTG----ILKLFG---FY-S-KEATVVLIGLDNAGKTTLQYKLRTGESY-SFVPTQKPQEQEITIGNVKLQ-TWD--L-GGHKAVR-KLWKQYYR-----TADG-IVFVVDAADKSRLPEAKKVLNFILKEDAL-VETP-IAILGNKSD-KK-EAVPMQKLQEELGLPK-LL------D-AYRKIKVFNTSVTE-----GYGY--PTAFEWIAA------NL

and Sar1L proteins Supplementary figure 7.Sequencelogoofthe Walker B(alsoknownastheG3)motifofSar1 (2002), i.e.themotifhhhhDxxG(wherehisahydrophobicresidue). sequences. The sequencelogosarerestrictedtothe Walker BmotifasdefinedbyLeipeetal., alignments ofconclusivelyannotated(seeSupplementarytable1)Sar1andSar1L protein Sar1L Sar1

probability probability 0.0 0.5 1.0 0.0 0.5 1.0 I I L L F F M M A V . SequencelogoofSar1andSar1L wasobtainedfrommultiplesequence E R D R N K H H K Q G S Q A T T I L M V A A T T I F H S Y V T W D D 5 I L L M C Y V V G G W R G G Supplementary figure 8. Multiple sequence alignment of the novel domain occurring at the C-terminus of Arl17 proteins. Depending on the protein, the domain occurs in one, two or three tandemly arrayed non-identical copies, labelled as novel domain (ND) 1 to 3. The alignment includes non-conserved regions flanking the domain copies (i.e. a part of the linker connecting the GTPase domain to the novel domain, linkers separating the domain copies, or the very C-terminal extension). The second paralog of Arl17 from Chromera velia (ChvArl17b) is not included due to incompleteness of the sequence. The consensus sequence, (residues conserved in at least 80% of the sequences included) is shown at the bottom.

Adineta vaga Arl17a_ND1 ----ETNKSLQWLSQ--EDDDTDEEFID----KFQKH----Q----LLS---EQ-F--DHR----SFLRTIWSYLQL----HNRK---ETIKAIFNHLPTY Adineta vaga Arl17a_ND2 (1)------DEIDDDDDEFLK----QFESC----T----LT-----S-W--SHR----THVRMAWLYLTR----DGRR---TGVKKIFDGIKNF Adineta vaga Arl17a2_ND1 ----ETNKSLQWLSQ--EDDDTDEEFIG----KLQKH----Q----LLA---EQ-F--DHR----SLLRTIWSYLQL----HNRK---EMIKAVFDHLPTY Adineta vaga Arl17a2_ND2 (1)------DEIDNDDDEFLK----QFESC----I----LT-----S-W--SHK----THVRITWLYLTR----DGRR---TGVKKIFDGIKNF Adineta vaga Arl17a3_ND1 ----ETNKSLQWLSQ--EDDDTDEEFID----KFQKH----Q----LLA---EQ-F--DHR----SLLRTIWSYLQL----HNRK---EMIKAVFDHLPTY Adineta vaga Arl17a3_ND2 (1)------DEIDNDDDEFLK----QFESY----K----LT-----S-W--SHK----THVRITWLYLTR----DGRR---TGVKKMFDGIKNF Adineta vaga Arl17b_ND1 ----EAQKSLEWLSQ--VDDDTDEEFID----KFQKH----Q----LLS---EQ-F--DHR----SFLRTIWSYLQL----HNRK---ETIKAIFNHLPTY Adineta vaga Arl17b_ND2 VV------EIDDDDDDEFLK----QFESC----T----LT-----S-W--SHR----THVRMAWLYLTR----DGRR---TGVKKIFDGIKNF Coprinopsis cinerea Arl17_ND1 ----LSKRLETWLHQ-TEVDSPPDEFIS----QFKSY----S----LP-----S-W--DHY----THIRIAYLLLMA----HGRQ---KGKDMVFSGLENY Aspergillus fumigatus Arl17_ND1 ----LQRRIEKEVT---GDTIDPDAFWT----SFLEG----D----LP-----A-W--THY----TYLKALYFVILE----SAKK---KTFTEIANDFNIH Aspergillus fumigatus Arl17_ND2 ------DEG(2)-KLIRYAFAVMQY(4)GAARG---QVVTQALVALQQA Aspergillus fumigatus Arl17_ND3 (17)PKLPSAEELTF--RARMACEELTP----TLQSS----G----PP(1)----L--SHT----HLLFYLHKRFTQSAEGGTRKKLERRARELFSEIA-- Phycomyces blakesleeanus Arl17_ND1 ----ARMPVAPWEDLPNPHHFKDKEFCE----WFLQAK---A----FL(1)----F--DHY----SLLRIAYLSILQ-DKQDTRRLL-YSLRTILRGIELL Spizellomyces punctatus Arl17_ND1 ----LSTKLEEWLL---RQDDPDDVFLS----QLDAC----T----LD-----T-W--DHY----THLRIAYLYLTR----EGRQ---KGKNLIFDKIEHF Physarum polycephalum Arl17a_ND1 ----QEALFLKWIV---PDKDTTDEFLA----KLEAG----E----IV-----L-F--DHR----TLLRTIWCYIST----SGRR---VGIKKIFEQLSKY Physarum polycephalum Arl17a_ND2 YD------VDDKLTDDEFLA----NFEVC----N----LH-----K-W--DHY----THLRVAWSYITK----FGRK---EGSDKIFAGIENF Physarum polycephalum Arl17b_ND1 ----NETVFLKWLS---DDKDTTEEFLA----KLEAG----E----LT-----E-W--DHR----TLLRTVWSHITV----DGRR---NGIKKIFANLEKY Physarum polycephalum Arl17b_ND2 LD------EEDDFDDDEFLA----RFEKC----D----LK-----K-W--DHR----THIRMGWAYLTK----YGRK---EGSEKILKGIENF Physarum polycephalum Arl17c_ND1 (5)GVRPPPQPPFTS-PSDALTNNEFLK----AFAEY----T----LP-----S-W--DHK----THIRIAYLNLKR----HGRR---EGVRKIRQGLQDF Physarum polycephalum Arl17d_ND1 (7)GIRPPPQPPFTS-PSDVLTNTQFLK----AFEEY----T----LP-----S-W--DHK----THIRIAYLNLKR----YGRR---EGVRKIRQGLQDF Planomonas micra Arl17a_ND1 ----SAAVIDRWWAW--HRELDDATFVD----RIEHAAEA-D----LNR---EH-C--NHL----VLLRFIHAHLHS(10)SGRK---AAVDAIFAGLERF Planomonas micra Arl17b_ND1 ----TKETIAAWRKS--HADLSDAEFQL----RVERPQDVPD----LK-----R-WFMNHM----VLIRYIHMHLLA(8)HRGRK---TAVDAIFAGLQQF Klebsormidium nitens Arl17_ND1 ----MEALLQQWLE---QEDEPDDEFLD----KFRTY----T----LD-----S-W--DHR----THLRIAWLYLTR----EGRR---EGMRLIFEGIKAF Klebsormidium nitens Arl17_ND2 ------SENDADFLA----RFEGG----Q----LD-----R-W--NHE----CLIRVIFLYLIT----LGRA---QGKEKILTELRRH Chlamydomonas reinhardtii Arl17a_ND1 ----EMDVLERWLQ---VEDEPDDEFLR----KLEDY----S----LD-----V-W--DHR----THLRLAWLYLTR----HGRR---EGLARIHSAIQSF Chlamydomonas reinhardtii Arl17a_ND2 ------AA-PPIALSDDEFLQ----RFLGR----G----LD-----R-W--SHA----TMLRAVYCCLRA----HGRR---HGGKLALDALAAL Chlamydomonas reinhardtii Arl17b_ND1 ----AEERLSGWLAEPVAAGDSDDAFLA----ALEAC----E----PG----VR-W--DHF----AHLRLAWLYLVR----YGRS---QGAARIFQAVQRY Chlamydomonas reinhardtii Arl17b_ND2 ------AAAAA-AARDEDLLA(44)NFEGR----G(16)LT-----G-W--GSD----TLPRVAYAAIRH----HGYA---RASELLQAAAAAA Volvox carteri Arl17_ND1 ----ELDVLERWLS---AEDEPDEEFLM----KLENY----S----LD-----C-W--DHR----THLRLAWLYLTR----LGRR---EGLARIHASIRAF Volvox carteri Arl17_ND2 ------PLTDAEFLD----RFLGR----S----LD-----R-W--NHE----CLLRAVYCCLKR----HGRR---RGGDVALDGLRAL Gloeochaete wittrockiana Arl17_ND1 ----SQAKFKQYLSV-PTFSMPDEDFLK----AFQEAS---S----LP---LDH-F--NHA----AKIRMMWLYLSK(4)SQGRR---TAVDLILNGLSNY Chromera velia Arl17a_ND1 ----IAEVLEDWLS---REDEEAEVFLA----HLENF----T----LE-----S-W--DHY----THLRIAWLLINT----HGRR---EGFRLIFARIEAF Chromera velia Arl17a_ND2 ------SVSDSLFLQ----LFEGN----R----LP-----S-W--GHA----AFIRLIYCRLKT----QGRR---KATDSLFASLKNL Symbiodinium minutum Arl17_ND1 ---EPVQIEDRKLSE----SLEDEAFLQ----TFFDQ----T----LK(92)EATW--AHM(35)SLLRLSFILLKA----MPRK---EAIQRMDVILKRL Symbiodinium minutum Arl17_ND2 ------QLTDEDFLQ----AVQKQ----S----LT-----S-W--GLP----SLARLAYVYLTT----MGRR---QAVRQLLEDVENL Reticulomyxa filosa Arl17_ND1 ----KKSKLEEWVE---RKDEDDDVFLE----KFENV----T----LD----GP-F--DHY----VHLRLAYLYFTK----FGRR---QGLQKIFSNLQNF Reticulomyxa filosa Arl17_ND2 ------EDTDDKTFIK----LFETK----Q----LQ-----G-W--NHL----YLLRAIWYYLET----IGRK---EGKNKIFSEIKRH Raineriophrys erinaceoides Arl17_ND1 ----EKSLLEQWLD---RSDEPDDVFLS----KLDDF----S----LS-----S-W--DHY----THLRIAWLLLSR----HGRQ---VGMPMIFSKIKKF Raineriophrys erinaceoides Arl17_ND2 ------AISDEEFLE----MFEKR----T----LK-----S-W--GHQ----SMIRLVFLLLSK----HGRQ---KGVQIILDTLQHF Goniomonas avonlea Arl17_ND1 ----RGLAKAQELS---APKLSDKELMT----GFTNGHA--A----LPN---PG-L--THE----TLLRFMWLELKQ(4)SRGRK---QAVDCILQGVEAA Palpitomonas bilix Arl17_ND1 ----IGEKMERWISE-CESDCSDADFIE----SVENY----T----LA-----N-W--DHR----VHLRLAWILLTT----LPRK---QAKDKIFELIGNF Palpitomonas bilix Arl17_ND2 LDL------GDPEDAESYIQ----AFKEK----R----LS-----A-W--GHR----PYLRLLYAFLET----RGFRGS-KAVDDAHAAISHG Consensus/80% ...... ssp.Fl...... bp...... p....L...... a..sHb....sblRhhahblp...... tR+...pthp.lb..lp.b Adineta vaga Arl17a_ND1 IND------INETLTYFWIQIVHY---AREATKNP------TND-----FPGFL----LMNPQILNEAELPLAYYKKETL- Adineta vaga Arl17a_ND2 LEN----TQIS-----SKPTFHFTMTYFWIQMIDL---AIAQSPK------ETT-----FEEFL----RLNPQLL-KEDLYFDYYKKETI- Adineta vaga Arl17a2_ND1 IND------MNETLTYFWIQIVHY---AREATKNP------TND-----FPGFL----LMNPQILNETELPLVYYKKETL- Adineta vaga Arl17a2_ND2 LEN----TQIS-----SKPAFHFTMIYFWIQMIDL---AIAQTPK------EIN-----FEEFL----RLNPQLL-KEDLYLDYYKKQTI- Adineta vaga Arl17a3_ND1 IND------MNETLTYFWIQIVHY---AREATKNP------TND-----FPGFL----LMNPQILNETELPLVYYKKETL- Adineta vaga Arl17a3_ND2 LEN----TQIS-----SKPAFHFTMIYFWIQMIDL---AIAQTPK------EIN-----FEEFL----RLNPQLL-KEDLYLDYYKKQTI- Adineta vaga Arl17b_ND1 IND------INETLTYFWIQIVHY---AREATKNP------TND-----FPGFL----LMNPQILNEAELPLAYYKKETL- Adineta vaga Arl17b_ND2 IAN----SQVS-----RKTTFHFTMTYFWIQMIDL---AIAQSPK------EIG-----FEEFL----RLNPQLM-NGGLFLEYYKKETM- Coprinopsis cinerea Arl17_ND1 IAN----NSKT-----NVRGFHFTMTYFWIQIVHF---GIRNMPPQLLDHPLE(6)VRYPSSAD-----FFRFL----FINPHLV-DGSLWTDYYSKEVM- Aspergillus fumigatus Arl17_ND1 LIR(11)SETPSAY--VHAPFNICLATFWTLQLQH---GIREYRMHSMSS------HLPSREE-----FPQVL----RRSPSLM-STYLWKSYYSFNPV- Aspergillus fumigatus Arl17_ND2 TMR----ARTADS---TVETYSETQAYFWIQIVHA---ALRSLDDKK------GSVDTSE---MSFEAFQ(5)------KPTDWQEYYSKKLW- Aspergillus fumigatus Arl17_ND3 ------GPIVAGATYRNFWIQQVGV---AVLNSDIGK------GRST-----FPEFI----TSNLHLV-FEELHGIYYGPGVW- Phycomyces blakesleeanus Arl17_ND1 EQDALRDTGLANR(7)ESIEYSETQTLFWIQMVSF---ALLRHPVLD------GEERD-----FESFL----MGCPELW-DGQGWKKYYSPKIY- Spizellomyces punctatus Arl17_ND1 IKH----SPRT-----NGKTFHLTLTYFWIQLVNY---GIRSMKPP------PEE-----FKQFL----VMNPHLA-DGNLPLEYYSKETL- Physarum polycephalum Arl17a_ND1 YTK----AP------TIKNNETWTYFWIQMVHY---AMEVTRNP------SGD-----FIGFL----FMNPLMM-NQRMPYGYYSKKVI- Physarum polycephalum Arl17a_ND2 IKN----SKIS-----RKTTFHLTMTFFWIQMVDI---AIQSSPP------NIP-----FDEFM----KLNPQLM-DGGLFLQYYKKETM- Physarum polycephalum Arl17b_ND1 YEK----FP------LTLRNNETWTYFWIQLVHY---TMQTTRNP------SDD-----FVGFL----FMSPALM-NAHMPFGFYKKKTI- Physarum polycephalum Arl17b_ND2 INN----SKIS-----RKTTFHLTMSLFWIQMLDY---YICSSPK------GIS-----FEEFL----QKNPQVM-EGGLFLQYYKKETM- Physarum polycephalum Arl17c_ND1 IAN----SSIT-----NKNRYHETMTYFWIQMTHY---AMSSCKIPLIWEPYD----DENGLPE-----FNAFL----DKNVHLM-NGGLFLEYYTRDLI- Physarum polycephalum Arl17d_ND1 IAN----SAIT-----NKNRYHETMTYFWLQMTHY---AMSTCKIPLTWEPFD----DENGLPE-----FNTFL----DKNVQLM-NGGLFLEYYSRDLM- Planomonas micra Arl17a_ND1 HAH------VQLVSHTTQIYFFIQMVDL---AMQLGNREL------ADAS-----FADLV----AARPWLL-DDQLIHSYYSPKLV- Planomonas micra Arl17b_ND1 NSH------FDRVHHIT-SYVCPWLPTA---PVRNSDHPC------TAST-----FGS------Klebsormidium nitens Arl17_ND1 IAN----SPRTKRA--RGTTFHETMTYFWVHMVHY---ALATTSNP------DGG-----FKTFL----LLNPQLA-NGGMFLAYYSKKLM- Klebsormidium nitens Arl17_ND2 ------EGSGFHMTINYFWIQMVDF---ARATWQKSRQGGPAPG---GVRTKKD(27)AFKSWCQGWKAGEGILT-NSRLYLDHYREKSI- Chlamydomonas reinhardtii Arl17a_ND1 IAN----SPVTKRK--TGTTYHETMTYFWAHMVHF---CIASMKAPQ------QQGKEPD-----FKTFL----LFNPLLT-NGGLFLHYYSKDLM- Chlamydomonas reinhardtii Arl17a_ND2 ------QGEHAHTTLNYFWLTMLTH---TLAAEHSAALFADRP(39)AAAAAAA(116)WSALL(6)SVRLQELVADESRYLAHYNKKTI- Chlamydomonas reinhardtii Arl17b_ND1 IQH----GVAGGG---GGRTFHTTMTFFWMHMVHY---ALASSQLHT------PMVRTS-----FRAFL----IANPYLA-DSGLFLRHYSRARM- Chlamydomonas reinhardtii Arl17b_ND2 ATT----RGQAST---EESSARGTLE------SPPALAEAAAAASAETRP----HVKRAGD(71)EEGEWL(6)AWGVVTALNDKALRVD------Volvox carteri Arl17_ND1 IQH----SPLTARR--SGTTYHETMTYFWAHMVHF---AIASQKVP------AGASPD-----FRVFL----LMNPQLT-NGGLFLHYYSKQLM- Volvox carteri Arl17_ND2 ------QGPDFHLTICYFWLCLLTH---TLASEYHAALFTDRP------AKAA(22)EWPELL(6)AVRLKELVADERRYLHYYSNKVV- Gloeochaete wittrockiana Arl17_ND1 YKS------KNLVYHMTLSYFWLQLVDL---AINAPYYNPPLTTRL(6)-SVPTVEA-----FETFV----LSNLFLL-NEDLVTDFYSINAI- Chromera velia Arl17a_ND1 IKN----SELTKRAD-RQTTFHQTMTYFWAHMIHY---ALEAARDPR------AKTD-----FKFFL----AFNPQLC-NSGMFLHFYAKERM- Chromera velia Arl17a_ND2 ------QKGAFHETKTYFWIQMVTH---ALATDFHACIFDSSSDK--EEKAGPE--MPEFEDLM(13)SKLRELTVDTQFFHAFYSKKLI- Symbiodinium minutum Arl17_ND1 EPT------RPFHETRQYVALQFAHL---ALVQHPVL------QEKS-----FADLQ----ERCPELC-EEDCIYKYYSEQAL- Symbiodinium minutum Arl17_ND2 RGS------QVVHGVFTHETLAYFTLHMIHY---FIASQKLS------MSEP-----FGGFV----KKYDKIL-DLSLYRSYYSDQAI- Reticulomyxa filosa Arl17_ND1 LTK----SKN------TRNTFSITITYFWAHMVWY---ALEATKIG------KDN-----FKTFL----VMNPRLS-DFGLYKEYYSDDLF- Reticulomyxa filosa Arl17_ND2 ------DGDAYHETLTYFWLQMVDF(4)AVELNTNKT------TIST-----FTQWI(19)STSYDLE-DVLLWKLFYSESLL- Raineriophrys erinaceoides Arl17_ND1 IEN----SSRTKRS--HGTTFHETLTYFWVHMVHY---AIVSTQNP------NGQ-----FKTFL----LLNPQLS-NGGMYLAYYSKKLI- Raineriophrys erinaceoides Arl17_ND2 ------QGASFHFTLTYFWIQMVHI---CVATVSRSR------SLNSFAD-----FSSAA----ETATVLN-DSNYYLQFYSVNVI- Goniomonas avonlea Arl17_ND1 SRA------AGAIFHLTHTYFWLQLVDM---SLQNDIKA------ELGR-----FVEFL----GAAPWLL-DHELITRFYSRSLI- Palpitomonas bilix Arl17_ND1 IAN----SKIA-----SKTRFHLTMTYFWIQMVHF---AIMTTENK------DGT-----FQSFI----ILNPQLA-NGSLFLEYYSADLM- Palpitomonas bilix Arl17_ND2 YP------RTRQYYFTFIYFWIHFLRI(4)AMKERNGGA------REQD---PTFAEVWE---MGITTLG-NSNLLQDYYSTPIL( Consensus/80% ...... bpbTbsYFWlpblpb...tb...... s.....F..bl...... sblh.p..b.b.aYp.phb.

Adineta vaga Arl17a_ND1 --Y-SNQAK-GSVILADV--KQLPSILPTANKAVSKVTSGRE------(3)- Adineta vaga Arl17a_ND2 --LNNPTAR-QEMVLPDI--KPLPTLVVQQTKK------Adineta vaga Arl17a2_ND1 --F-SSQAK-ISVVLADV--KQLPSILPTAYNPVSKAISRRE------(3)- Adineta vaga Arl17a2_ND2 --LNNSTAR-QEMILPDI--KPLPTLVIPQTKK------Adineta vaga Arl17a3_ND1 --F-SSQAK-ISVVLADV--KQLPSILPTAYNPVSKAISRTD------(3)- Adineta vaga Arl17a3_ND2 --LNNPTAR-QEMILPDI--KPLPTLVIPQTKK------Adineta vaga Arl17b_ND1 --Y-SNEAK-ASVILADV--KQLPSILPTANKAVSKVTSGRE------(3)- Adineta vaga Arl17b_ND2 --LNNPTAR-QEMVLPDI--KPLPTLIPATTGK------Coprinopsis cinerea Arl17_ND1 --M-SPEAK-SSMVLPDK--KPLPSLVIRDAIAS------Aspergillus fumigatus Arl17_ND1 -----SRPR-DYWSIPNL--RKLPTQTDYLRDPATVPRK------Aspergillus fumigatus Arl17_ND2 ---NSVAAR-SQFVMPDL--KPLPNVIASLPSK------Aspergillus fumigatus Arl17_ND3 ---TSADAA-EKILGPDR--RRMETIVNMADVNMSANTK------Phycomyces blakesleeanus Arl17_ND1 --L-SLKAA-QEFIPPDR--KPLPNAFKASSLALRG------Spizellomyces punctatus Arl17_ND1 --FMDPKAR-TEMVLPDK--KPLPSVIPRETAKRRR------Physarum polycephalum Arl17a_ND1 --L-GTEAV-KNVVLPDK--RPLPSIVPKAYNPAAHSPAPPQ-STNSTDQNSTT(17) Physarum polycephalum Arl17a_ND2 --LNNIVAR-KEFVLPDI--KPLPTYVPKKQ------Physarum polycephalum Arl17b_ND1 --L-SPEAA-KAVVLPDK--RPLPSIVPKALIPAS------LKTIDQSLKKLE-- Physarum polycephalum Arl17b_ND2 --LNNPIAR-KEFVLPDV--KPLPSFVPGTK------Physarum polycephalum Arl17c_ND1 --LNTQSSR-EQFAIPDV--KPLPNIVETN------Physarum polycephalum Arl17d_ND1 --LNTQSTR-EQFTIPDI--KPLPNIVEAS------Planomonas micra Arl17a_ND1 --FHTPDAV-SSFVLPDI--KQLPSVLNFNVPVSVQ------Planomonas micra Arl17b_ND1 ------S------Klebsormidium nitens Arl17_ND1 --LHTPEAR-TSVVLPDK--APLPSLVSDVRERSSALEKTA--GISPAAESSST(6)- Klebsormidium nitens Arl17_ND2 --F-DTSAA-EVFRLPDL--KPLPSLVG------Chlamydomonas reinhardtii Arl17a_ND1 --LKNPEAR-KQVVLPDK--RPLPSLVTSVESIKQLQQNQARYGKKPAAGSGPA(8)- Chlamydomonas reinhardtii Arl17a_ND2 --F-SDAAA-AGFVPPDK--KPLPTTV------Chlamydomonas reinhardtii Arl17b_ND1 --LHDPAAR-TALLLPDL--QPLPSLVTDVEARKREQAREKRVAVVAGAAAAAV(85) Chlamydomonas reinhardtii Arl17b_ND2 ----GEDAELEKMLGSDR--VPLMRAALPQYR------Volvox carteri Arl17_ND1 --LQSPESR-IRVVLPDK--RPLPSIITDLSTLRR------GTTTSAASQAPG--- Volvox carteri Arl17_ND2 --F-LAAAA-TTFVPPDK--RPLPSTT------Gloeochaete wittrockiana Arl17_ND1 --FHKPESL-AEFVLPDK--KPLPSILSFSRDNISSTSKSL--GI------Chromera velia Arl17a_ND1 --LNDPKAR-TEVVLPDR--KPLPSLISSIEREGPLP------PAHEHLPVGD-- Chromera velia Arl17a_ND2 ---ESKEAE-ESFVLPDK--KPLPSFAAPR------Symbiodinium minutum Arl17_ND1 -----SEGQ-SSFRAPDL--QPLPTKLDQPLPTWHE------Symbiodinium minutum Arl17_ND2 ---HCSEAR-VSFVLPDL--CPLPDLLPTR------Reticulomyxa filosa Arl17_ND1 --LKNAKSR-EEFMFPDKKDKQLPSTVDTNLQELKEAKKGI--DVIAQLKQLAK---- Reticulomyxa filosa Arl17_ND2 --F---GKA-TKLMLAKIWSCQISCLCPACRSNKSYI------Raineriophrys erinaceoides Arl17_ND1 --METPEAR-TQVVLPDK--RALPSLLSDVSQIPAKP-----IEVRTAPK------Raineriophrys erinaceoides Arl17_ND2 ---DSPAAA-TQMVLPDK--KPLPSIL------Goniomonas avonlea Arl17_ND1 --MSNPSTL-TEFVLPDL--QPLPSIVNFGAAAR------Palpitomonas bilix Arl17_ND1 --LKNPSSR-KEFALPDK--KQLPSIVPSAALPWKNRERFE--EVVSAMQSGTKN--- Palpitomonas bilix Arl17_ND2 7)VSLQDVD-KTFVLPDL--KKLPQSI------Consensus/80% ....s..t...phhbPDb..+.LPshl......

Supplementary figure 9. Multiple alignment of the GTPase domain of Arl17 protein sequences together with various “standard” ARF family protein sequences from H. sapiens. Alignment of the N-terminal part of Arl17 proteins sequences (i.e. the region containing the GTPase domain) and several ARF family sequences from H. sapiens included for a reference. The GTPase domain is delineated by greater/less than symbols, conserved G-boxes are delineated by stars. Note that the available sequence of Arl17 from R. erinaceoides is truncated (incomplete) at the N-terminus. G1 box G2 box G3 box <<< ******** * ** ** H. sapiens Arf1 ---MGNIFANLFK---GLFGK--KEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLG---EI--VTTIPTIGFNVETVEYK---NISFTVW---DV---GGQDKIRP---LW H. sapiens Arf6 ------MGKVLS---KIFGN--KEMRILMLGLDAAGKTTILYKLKLG---QS--VTTIPTVGFNVETVTYK---NVKFNVW---DV---GGQDKIRP---LW H. sapiens Arl1 ---MGGFFSSIFS---SLFGT--REMRILILGLDGAGKTTILYRLQVG---EV--VTTIPTIGFNVETVTYK---NLKFQVW---DL---GGQTSIRP---YW H. sapiens Arl2 -----MGLLTILK---KMKQK-ERELRLLMLGLDNAGKTTILKKFNGE---DI--DTISPTLGFNIKTLEHR---GFKLNIW---DV---GGQKSLRS---YW H. sapiens Arl6 -----MGLLDRLS---VLLGLKKKEVHVLCLGLDNSGKTTIINKLKPSN-AQS--QNILPTIGFSIEKFKSS---SLSFTVF---DM---SGQGRYRN---LW H. sapiens Arl8a MIALFNKLLDWFK---ALFWK--EEMELTLVGLQYSGKTTFVNVIASG---QFN-EDMIPTVGFNMRKITKG---NVTIKLW---DI---GGQPRFRS---MW H. sapiens Sar1a (7)IYNGFSSVLQ----FLGLYKKSGKLVFLGLDNAGKTTLLHMLKDD---RL--GQHVPTLHPTSEELTIA---GMTFTTF---DL---GGHEQARR---VW A. vaga Arl17a ---MSSYIRSMLN---KIFGK--PEYRVLIIGLDAAGKTTILYRLKLG---EP--VTTIPTIGFNVESLTYK---SVPLTFW---DI---GGRDKIRP---LF A. vaga Arl17a2 ---MSSYISSMLN---KIFGK--YEYRALIFGLDASGKTTILYRLKLG---EV--VTTIPTIGFNVESVTYK---SASLTFW---DI---GGRDRIRS---LM A. vaga Arl17a3 ---MSSYVSSMLN---KIFGK--YEYRALIFGLDASGKTTILYRLKLG---EV--VSTIPTIGFNVESVTYK---SASLTFW---DI---GGRDRIRS---LM A. vaga Arl17b ---MASHIRIMLN---KIFGK--PEYRALFIGLDASGKTTILYRFKLG---EV--VTAIPTIGFNVETIEYN---DTKLTIW---DV---GGCDKIRP---LL C. cinerea Arl17 -----MSIRNLLE---RFFPSNVGEHKVVISGTDWAGKTTLLYYLKRG---EI--IQTIPTIGFNIEHLTLS(5)KLDLELW---DL(4)GGFRMARM---ML A. fumigatus Arl17 ------MDKLSK---WIFGE--KYHRVLLLGEDSCGKTTFLRRLTFG---EIGEHEPLPTRDFDIETTNYP--ATYKWSIW---EF---RNADRQAS(6)IW P. blakesleeanus Arl17 MKRFSEIVSQLWS(6)EEQGR--QEIPIRILGARGAGKTTFLYKLYFK(6)ST--FQVFPTESHNVEVIPYR---QFAFQIWEFADI---GAS------S. punctatus Arl17 ----METLRTLFG---KWLPA-RADRTLLILGLDACGKTTILYRLVLDP-TEI--ITTIPTIGFNVEKTSIK(4)TVSVSLW---DV---GGCDKIRP---LW P. polycephalum Arl17a ----MSFISQLLG---KFFGK--EEYRVLALGLDASGKTSVLYRLKLG---EI--TTTIPTIGFNVETVQIL---GHNVTIW---DV---GGCDKIRP---LY P. polycephalum Arl17b ------MNRIM----AMFKK--QACRLLMVGLDAAGKTTILYKLKLG---EI--VTTIPTIGFNVETVEYK---NTAFTVW---DV---GGCDKIRP---LW P. polycephalum Arl17c ------MKKFFA---SFFSP-KDETKIILLGLDAAGKTTIIYKMKLG---EV--QTVIPTIGFNLEIVKYK---DLNLNCW---DV---GGCDKIRP---LW P. polycephalum Arl17d ------MKRLWA---NFFPP-KDETKIILLGLDAVGKTTIIQKMKLG---DV--ETVIPTIGFSVEIVKYK---NLNLNCW---DV---GGCGQIRP---LW P. micra Arl17a ---MGNALGALSS---RMRGK--TEVRVIMNGLDASGKTTALYKLKLG---EV--VTTIPTIGFNVETVQYG---RLNLTLW---DI---GGRDKMRA---LS P. micra Arl17b ---MGNELKKARG---ALKGK--NETRILMNGLDAAGKTTILYKLRLG---EV--VCQIPTIGFNVETVSFK---NIQFTVW---DV---GGRDKIRP---LW K. flaccidum Arl17 ----MSIIGRMIE---KIYGR--PEVRVLLLGLDAAGRTTTLYKLKLG---EI--VTTIPTIGFNVETVTHG---GTSFTMW---DV---GGCDKIRP---LW C. reinhardtii Arl17a ----MSRIADFLQ---SFFPS--QEGRVLCLGLDASGRTTWLYAQKLG---EI--VTTIPTIGFNVESVAKD---GVDVTFW---DV---GGCDKIRP---LW C. reinhardtii Arl17b ------MRWRPCWSSK--PEFPILFLGLDAAGKSTVLYGLKLG---EV--VTTVPTIGFNLETIERN---GLKINCW---DV---GGCDKIRP---LW V. carteri Arl17 ---MSSFVAGLLE---KLFPS--PEGRLLCVGLDACGRTSWLYYKLLQ---EV--VTTIPTIGFNVETIKHA---GCAMTIW---DV---GGCDKIRP---LW G. wittrockiana Arl17 ---MGNAIKQAFK---KAIGQ--KEVRILMGGLDAAGKTTILYKLKLG---EV--VTTIPTIGFNVETVEYK---NISFTVW---DS---GGRTKMRA---LW G. avonlea Arl17 ---MGQIPSTALS---SILGK-SEPRKVCLLGLDAAGKTTILYQLKLG---EV--ITTVPTIGFNVETIESG---GLDLTVW---DV---SSRGKLRA---LW P. bilix Arl17 ------MGILD---VFRRK--KEKRVLLLGLDASGRTSALYRWKLN---DV--VTTVPTIGFNVETLKAG--PNTILTAW---DV---GGCSKIRP---LW R. erinaceoides Arl17 ------RTTTLYTWKLG---EV--VTTIPTIGFNVETIQHN---GVSLTIW---DV---GGCDKIRP---LW C. velia Arl17a (5)FLDNLKGVLG----LGGA--KQSRGLFLGLDASGRTTLLYRLVLG---EC--VPTIPTIGFNVETVTHR---NTNFTLW---DV---GGCDKIRP---LW C. velia Arl17b MG------QLGSREKKEIRTALVGLENAGKTTALYRLKFA---QE--SPAVPTIGFCVETFLYK---ELNLVVM---DMQKGRGMGKLRP---LW S. minutum Arl17 ---MGQSIQILKK---TLAGA-NVNKRVLLVGPNAAGKTCLLYGLKLGF-DQN--LTTIPTVGFNVETFTHG---RKDFTVW---DL---GLRSKMRP---LV R. filosa Arl17 ----MSSITETLN---RLFKRKDREIRSLMLGLDASGRTTALYKLKLG---ET--VTTIPTIGFNVETVEYK---NTTFTFW---DV---GGCDKIRP---LW Consensus/80% ...... h..hb.....bbs....ph+hlbhGLDstG+TThLYbbpbt...ch..hsslPTlGFNlEplpb....shpbshW...Dl...GGps+bRs...lb

G4 box **** H. sapiens Arf1 RHYFQNTQGLIFVVDSNDRERV----NEAREELMR-MLAE--DEL---RDAVLL-VFANKQDLPNAM--NAAEITDK----LGLHSL-----RHR-NWYIQ-- H. sapiens Arf6 RHYYTGTQGLIFVVDCADRDRI----DEARQELHR-IIND--REM---RDAIIL-IFANKQDLPDAM--KPHEIQEK----LGLTRI-----RDR-NWYVQ-- H. sapiens Arl1 RCYYSNTDAVIYVVDSCDRDRI----GISKSELVA-MLEE--EEL---RKAILV-VFANKQDMEQAM--TSSEMANS----LGLPAL-----KDR-KWQIF-- H. sapiens Arl2 RNYFESTDGLIWVVDSADRQRM----QDCQRELQS-LLVE--ERL---AGATLL-IFANKQDLPGAL--SSNAIREV----LELDSI-----RSH-HWCIQ-- H. sapiens Arl6 EHYYKEGQAIIFVIDSSDRLRM----VVAKEELDT-LLNH--PDIK-HRRIPIL-FFANKMDLRDAV--TSVKVSQL----LCLENI-----KDK-PWHIC-- H. sapiens Arl8a ERYCRGVSAIVYMVDAADQEKI----EASKNELHN-LLDK--PQL---QGIPVL-VLGNKRDLPGAL--DEKELIEK----MNLSAI-----QDR-EICCY-- H. sapiens Sar1a KNYLPAINGIVFLVDCADHSRL----VESKVELNA-LMTD--ETI---SNVPIL-ILGNKIDRTDAI--SEEKLREI(12)VTLKEL-----NAR-PMEVF-- A. vaga Arl17a RHYFHNTQALMFIVDSNDRERL----PEATDTLWR-LLCE--DEL---REIPVL-IYRNKMDLEHTL--SQEDIIEQ----MRLNDI-----RNR-PWHIQ-- A. vaga Arl17a2 RHYFQNTQVLIFIVDANDRERL----PEATDALWR-LFDE--DEL---REIPLL-IYMNKIDLEHSL--LREDLIEQ----MRLNHI-----RNR-PWYLQ-- A. vaga Arl17a3 RHYFQNTQALIFIVDANDRERL----PEATDALWR-LFDE--DEL---REIPLL-IYMNKIDLEHSL--LREDFIEQ----MRLNDI-----RNR-PWYLQ-- A. vaga Arl17b RHYFQNTQAMIFVIDTNDRERL----HEAKDELSR-LVSE--EEM---YGVPIL-FYLNKTDLIHAL--PINEIVEQ----MRMSHM-----RNR-SYHVQ-- C. cinerea Arl17 RHIAYTAKAIIWVVDSTDTPEMM---AESAETLLI-ALEDA-EEM(6)RHLPVL-ILANKSDLPNAM--PLDDIRKV----FRHAT------AGR-IASIY(4 A. fumigatus Arl17 RELAPHT-LVLWLHDCSTEDDWP---PWKFRSLLE-QMVE------RGCRYIWVGLNKQDSPDVSEESVQEARRK----YEEEFA---KYKDDLSWKVL-T P. blakesleeanus Arl17 LNYIKDTRVIIYMVDAVEQSKP-VVASKARENMSW-ILKTFEEEL---RDAIVI-TVVNKIESEGAV--DIQDLGQQ(4)PLLTKGL-----RNH-QWRIF-- S. punctatus Arl17 RHYFSGLSGLMYIVDSNDRERF----PEAVEEFRA-MLTEI-AAL(5)QRIPVI-VIANKQDLPNAM--GTLEIREK----FAPTV------GNR-AFAVY-- P. polycephalum Arl17a RHYFANTQGLIWMVDSNDHQRI----EETSEELAK-VLRD--DEM---RDVALL-VFANKQDLPGCM--SVSEITDK----LGLHAL-----RNR-KWFIK-- P. polycephalum Arl17b RHYFQNTQGLIFVIDSNDKDRL----QETTEELER-FMKE--DEL---KDAVLL-LMANKQDLPNSL--KPDEIAKK----MDLAKT----CAGR-KWRIQ-- P. polycephalum Arl17c RHYFDGMHALIFVVDSNDRERI----DEAKKEMDV-MLRELEDNP---HPIPVL-VFANKQDLPNCM--SPEEIADK----MGLKSI-----KNS---HIT-- P. polycephalum Arl17d RYYFDGLHALIFVIDSNDPTGL----PSAKSELDF-MLREMAQSP---CPVPIL-VFANKQDLPNCM--SPEELADK----IDIKFV-----NNA---HIR-- P. micra Arl17a RHYYQNTQAVIWVIDSNDRERL----PDAMDEMHR-AWNE--HEL---EAAVWL-VLCNKQDLPNAM--SRDEIVAS----LPTSMS-----RSP-RLRAV-- P. micra Arl17b RHYYQGTNAVIWVIDSNDHDRM----DETLEEMVM-AAKE--DDLS-GSDIVWL-ILCNKQDLPGAL--SPTLIEAK----LPKEIK-----NRR-ACRVV-- K. flaccidum Arl17 RHYFQNTQALIWFAHSSDRDRV----DEAREEIQR-LLSE--EVL---QDVPFL-VWATKQDLPNVM--TPEEVSSK----LALQNL------DR-PWACI-- C. reinhardtii Arl17a RHYFQNTDGVMLFVDSNDRERI----QEVRDEFNR-LLSE--EEL---RDAFCL-VIASKQDLPNVM--SLAEIRDA----LDLPRL----MKDR-HWVLM-- C. reinhardtii Arl17b RHFTEGCVAVVFVVDSNDRERL----AAARQELQD-VLRDV------ASGVPVL-VLANKQDLPNAL--PAAEVARL----MWLAPP(66)LMSRHAVHVQ-- V. carteri Arl17 RHYFQNTHGVVAFVDSNDRDRL----DEVRKEVLA-LMDA--PEL---RDAFCL-VIANKQDLPCAM--PPREVSEK----LQLPRA----MGSR-LWTCL-- G. wittrockiana Arl17 RPYYANTNGVIWVVDAQDKDRI----SETAEELHH-LFRE--DEL---RDCVFL-ILINKGDLPNAM--NLREAEEL----LNLSDE-----RKRHKIEVR-- G. avonlea Arl17 RHYYLGSAASIFVIDSTDRDRL----EEALEELVI-VMEH------ADGVFL-LLANKQDLSGAM--SPEEIAKK----VSEVAP-----PNT-LWGLF-- P. bilix Arl17 RHYFGNTSAVFLFWDI-ERERQ(16)ETTGQHLRS-LLRE--ADL---EHVPIL-LVVSKADL--AI--SEEEIGS------IRAK-FYAIL-- R. erinaceoides Arl17 RHYFQNTQLCVFHVDSNDRDRM----PEAVLGLQR-VLGE--DEL---KGAPIL-VLANKQDLPNAM--PAHEIKSL----FLASIH----PNDR-EFEVI-- C. velia Arl17a RHYFQGTCVMFFFVDSADRERL----QDAFKEITKYVLCE--DAL---KGVPLV-LVMTKQDLPGCM--PPSEILDK----LQVEKN----LRGR-WWKHV-- C. velia Arl17b KHYFEGLGAIIFMVDASDLEAI----GDARTALWQ-LVDE--LEG---RDVIVA-VLANKQDKAEAL--GPEEVALQ----LRFTEL----PQAR--KRAF-- S. minutum Arl17 RHYLPGTDMVIFMISGLSGVHS-ELDMEDAEDLLN-LVRD--GLMENQAAVPFL-FFVNFMHEPKHM--TMTEIIER----LQLNRL----ARQT-RVHLQ-- R. filosa Arl17 RHYYQNTGVIWYFVDSRDRERI(11)TSSVPGLND-SLTE---EL---RDAVFC-VLCNKQDLPNAM--SVNEISER----LQLHKV----LKGR-DWNIF-- Consensus/80% RcYb.sspsllahlDtsDcp+b.....ps.ppl...hbp-....b...p.h.hl.lbhNKbDL..sb..s.p-l.pb....b.b...... s+..b.lb..

G5 box *** >>> H. sapiens Arf1 -ATCAT---SGD--GLYEGLDWLSNQLRNQK---- H. sapiens Arf6 -PSCAT---SGD--GLYEGLTWLTSNYKS------H. sapiens Arl1 -KTSAT---KGT--GLDEAMEWLVETLKSRQ---- H. sapiens Arl2 -GCSAV---TGE--NLLPGIDWLLDDISSRIFTAD H. sapiens Arl6 -ASDAI---KGE--GLQEGVDWLQDQIQTVK---T H. sapiens Arl8a -SISCK---EKD--NIDITLQWLIQHSKSRR---S H. sapiens Sar1a -MCSVL---KRQ--GYGEGFRWLSQYID------A. vaga Arl17a -SCSAT---KGD--GLYEGLDWISRAVQSPS---- A. vaga Arl17a2 -PCSAT---RGD--GLYEGLDWMLRAIRSPS---- A. vaga Arl17a3 -PCSAT---RGD--GLYEGLDWMLRAIRSPS---- A. vaga Arl17b -PCSAI---NGD--GLYEGLDWLISVLKSSS---- C. cinerea Arl17 )PVVTK---SVT--GLQEAIDWLALALDIAS---- A. fumigatus Arl17 HKLSAK---TGV--GVSEVLKDIYQAVKRAN---- P. blakesleeanus Arl17 -ECDAA---TEK--GFEKVLDYLSQKIEMKD---- S. punctatus Arl17 -PSRAL(4)SQT--GLPEAFEWLTEQIVTPQ---- P. polycephalum Arl17a -GVCAT---RGDISEVYDGMEWLVNAIDSTPFTHT P. polycephalum Arl17b -GCCAT---SGD--GLYEGLDWLSRAIAENP-PPA P. polycephalum Arl17c -PSCAL---SGD--GLHKGFDWLSDAVAKYK---- P. polycephalum Arl17d -GSIAT---TGE--GLYEGFEWLSDAVAKYK---- P. micra Arl17a -GCCAK---DGD--GLYDGLAWLQYAMQHQA---- P. micra Arl17b -GTSAI---RGD--GLYEGLDWLSFALDRNN---- K. flaccidum Arl17 -GCSAF---TGE--GLYEGLQWIQDALRAKR---- C. reinhardtii Arl17a -PTRLP--VDKQ--ELDGHMDWLVASIRAERNQVA C. reinhardtii Arl17b -PTCAL---RLF--GVLEGFDWLASALDHARQQDS V. carteri Arl17 -PGQLG---SMQ--LTNAHFDWLASALRHTL---- G. wittrockiana Arl17 -TTCAT---SGE--GLLEGLQWLADALSEKA---- G. avonlea Arl17 -PCSAT---KAE--SLHDALSWLGKVLQGKD---- P. bilix Arl17 ------EDE-C----GDDYVADHCRISM---- R. erinaceoides Arl17 -PTCAT---SRA--GLAEALDWIVDTIKHTK---- C. velia Arl17a -AVATP---EGI--GIEEVKEAMWEANEAFL---- C. velia Arl17b -GTAAADDRGSA--ELFEALDWILEVHRETK---- S. minutum Arl17 -PCCAK---TGD--GVMQGLDFLASYSGESV---- R. filosa Arl17 -AVSAI---KGD--GLYEALEWTQEAYFDPK---- Consensus/80% .ssss....p.p..sl.ctbcWl.p.hp...... Supplementary figure 10. Phylogenetic analysis of the novel C-terminal domain of Arl17 proteins. The presented tree is a result of a ML analysis of all individual copies of the novel C-terminal domain of Arl17 proteins. The sequences were aligned by the on-line MAFFT, the alignment was trimmed manually, and the tree was inferred using IQ-TREE with LG+G4 model (the model selected by the program itself) with the ultrafast bootstrap algorithm and the SH-aLRT test (both 10000 replicates). Dots at branches represent bootstrap values as indicated in the graphical legend (bottom left). The novel domain (ND) copies are numbered according to their position in the Arl17 protein and highlighted in different colours (first copy – blue; second copy – violet; third copy – black). Note that individual Arl17 proteins may have from one to three copies of the domain.

Tree scale: 0.1

Aspergillus fumigatus Arl17 ND3 SH-aLRT/UFboot Planomonas micra Arl17a ND1 >98/>98 Planomonas micra Arl17b ND1 >89/>97 Gloeochaete wittrockiana Arl17 ND1 >80/>95 Goniomonas avonlea Arl17 ND1 Klebsormidium nitens Arl17 ND2 Reticulomyxa filosa Arl17 ND2 Raineriophrys erinaceoides Arl17b ND2 Chromera velia Arl17a ND2 Chlamydomonas reinhardtii Arl17b ND2 Volvox carteri Arl17 ND2 Chlamydomonas reinhardtii Arl17a ND2 Palpitomonas bilix Arl17 ND2 Aspergillus fumigatus Arl17 ND1 Symbiodinium minutum Arl17 ND2 Symbiodinium minutum Arl17 ND1 Phycomyces blakesleeanus Arl17 ND1 Aspergillus fumigatus Arl17 ND2 Physarum polycephalum Arl17a ND1 Physarum polycephalum Arl17b ND1 Adineta vaga Arl17a2 ND1 Adineta vaga Arl17a3 ND1 Adineta vaga Arl17a ND1 Adineta vaga Arl17b ND1 Physarum polycephalum Arl17c ND1 Physarum polycephalum Arl17d ND1 Physarum polycephalum Arl17a ND2 Physarum polycephalum Arl17b ND2 Adineta vaga Arl17b ND2 Adineta vaga Arl17a ND2 Adineta vaga Arl17a2 ND2 Adineta vaga Arl17a3 ND2 Palpitomonas bilix Arl17 ND1 Reticulomyxa filosa Arl17 ND1 Chlamydomonas reinhardtii Arl17a ND1 Volvox carteri Arl17 ND1 Klebsormidium nitens Arl17 ND1 Raineriophrys erinaceoides Arl17b ND1 Chromera velia Arl17a ND1 Chlamydomonas reinhardtii Arl17b ND1 Coprinopsis cinerea Arl17 ND1 Spizellomyces punctatus Arl17 ND1 Supplementary figure 11. Position and phase of introns in holozoan Arf1, 4, 6, Arl4, 19, 20 and TRIM23 genes mapped onto a multiple alignment of protein sequences. For details on the processing of the alignment, sequence sources, and intron position marking see the legend to Supplementary figure 4. The sequence on a white background is a divergent C. intestinalis gene annotated as Arf1/6. A large insert in the Arl4 sequence from D. melanogaster was replaced by three red dots for simplicity. Note that only the GTPase domain of TRIM23 sequences is included in the analysis.

HsaArf1 FK------GL-FGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKL------KLG------EIVTTIPTIGFNVETVE------YK--N-ISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRM---LAEDEL-RDAVLLVFANK-QD---LPNAMNAAEITDKLGLHS-L----R-HRN-WYIQATCATSGDGLYE----GLDWLSNQL HsaArf3 LK------SL-IGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKL------KLG------EIVTTIPTIGFNVETVE------YK--N-ISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRM---LAEDEL-RDAVLLVFANK-QD---LPNAMNAAEITDKLGLHS-L----R-HRN-WYIQATCATSGDGLYE----GLDWLANQL TruArf1a FK------GL-FGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKL------KLG------EIVTTIPTIGFNVETVE------YK--N-ISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVGEAKEELMRM---LSEDEL-KEAVLLVFANK-QD---LPNAMNAAEITDKLGLHS-L----R-HRN-WYIQATCATSGDGLYE----GLDWLSNQL TruArf1b FK------GL-FGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKL------KLG------EIVTTIPTIGFNVETVE------YK--N-ISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELARM---LAEDEL-RDAVLLVFANK-QD---LPNAMNAAEITDKLGLHA-L----R-QRS-WYIQATCATSGDGLYE----GLDWLSNQL TruArf1c FK------GL-FGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKL------KLG------EIVTTIPTIGFNVETVE------YK--N-ISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERCTEAREELSRM---LNEDEL-RDAVLLVFANK-QD---LPNAMNAAEVTDKLGLHQ-L----R-SRN-WYIQATCATSGDGLYE----GLDWLSNQL TruArf3a LK------SL-IGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKL------KLG------EIVTTIPTIGFNVETVE------YK--N-ISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRM---LAEDEL-RDAVLLVFANK-QD---LPNAMNAAEITDKLGLHS-L----R-HRN-WYIQATCATSGDGLYE----GLDWLANQL TruArf3b LK------SL-IGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKL------KLG------EIVTTIPTIGFNVETVE------YK--N-ISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRM---LAEDEL-RDAVLLVFANK-QD---LPNAMNAAEITDKLGLHS-L----R-HRN-WYIQATCATSGDGLYE----GLDWLANQL CinArf1 FS------KL-FSKKEMRILMVGLDAAGKTTVLYKL------KLG------EIVTTIPTIGFNVETVE------YK--N-ISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDNERVSEAQEELHRM---LNEDEL-RDAVVLIFANK-QD---LPNAMTTASLTDKLKLSG-L----R-NRQ-WYIQATCATTGDGLYE----GLDWLSNAL CinArf2 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FK------KL-SADGPKRILMLGLDNAGKTTILYQM------KHT------EDYNTVPTVGFNVETISP------CR--G-ISLTVWDVGGQDHLRTLWHHYFDNVDGLVFVIDSSDRQRLSLAKAELRGI---YHHETM-KYVPMVIVANK-QD---SHEALSTNAILEKLELDQ-W----T-HGP-SDIVSCCALTGDGLTN----AFTILAKMI AdaArl19f MK------KL-SADGPKRILMLGLDNAGKTTILYRM------KRT------EDFHTVPTIGFNVETISP------CR--G-ISLTVWDVGGQDHLRTLWHHYFDNVDGLVFVVDSTDSRRLHVARAELEGI ---YKHEAM-DNVPLIVLANK-QD---TDDALPAEEIARKLNLLD-W----P-EDS-YYIVPCCALSGDGITD----AFTTLAQMI AdaArl19g IC------AP-YDDLSARIIIVGLDSAGKSTIVQRFKNLVELQLNRYTPYIENITTEPTCVFHVETIYPR -----LA--P-LPLTLWDLGGHEKIRELWRFYLPGVQGVIFVIDCDDKQRLGLAKEELLNL---SEKLGSSSPIPIVIAANK-QD---LSKSLSKEELIHALSVPK-I----T-TNE-WKVFEMSARSGGGVME----MFCYLSQFI AdaArl19h IC------AP-YDDLSARIIIVGLDSAGKSTIVQRFKNLVELQLNRYTPYIENITTEPTCVFQVETIYPR -----LA--P-LPLTLWDLGGHEKIRELWRFYLPGVQGVIFVIDCDDKQRLGLAKEELLNL---SEKLGSSSPIPIVIAANK-QD---LSKSLSKEELIHALSVPK-I----T-TNE-WKVFEMSARSGGGVME----MFCYLSQFI LgiArl19a YS------EF--KNDPARILMVGLDAAGKTTILYKM------KLN------ENVMTIPTIGFNVETVSP------VK--G-VSFTMWDVGGQDKIRPLWRHYFQNSDGLLYVVDSADRERLQESREELTAV---CASDEM-RGVPIVVLANK-QD---LPGSMSVGDIITGLNLRT-F----T-DRK-WYVQGTCAVSGDGIFE----GMKELAKLV LgiArl19b LS------AF-TADNPSRILMLGLDAAGKTTVLYKL------KLN------ETVCTIPTIGFNVETVSP------VK--G-VSFTVWDVGGQEKIRQLWRHYYANSQGLIYVVDSTDKSRMLEAREELTNI---CKDPDM-TGVPVVILANK-QD---LPGALKTSEVAERLGMAS-F----R-DRK-WFIQGACAKTGEGIYE----SMTEMARLV HroArl19 FS------TL----PQARILMVGLDAAGKTTILYKI------KLN------ETVSTIPTIGFNVETVCP------MK--G-VQFTVWDVGGQEKIRRLWKHYYQNTDGLIFVVDSSDVCRMEEAKEELMNI---LEDDAM-KHVPVQIIANK-QD---LPGALKPYEIVERLSLNKLL----T-SNQ-WHVQGACAPQGEGLYE----ALDSMGSMV CteArl19 FE------GF-NSSSPARILMLGLDAAGKTTILYKV------KLN------ETVCTIPTIGFNVETVTP------CK--G-LSFTVWDVGGQEKIRQLWKHYYQNTDGLIFVVDSNDPERIPEVREELFKI---LASDEM-HAVPVLILANK-QD---LPKALPPYKLIEEMGMRD-C----K-GHK-WHVQATCATNGEGIYE----GMDALARMV SmeArl19a LN------EL-SQSDPKRILMLGLDAAGKTTILYKL------KLN------ETVTTIPTIGFNVEEVSI------GK--G-LKFTIWDVGGQEKIRLLWKHYYTNCHGLIYVVDSNDAERLKESRDELFAI ---AECDEM-RNVPIVVIANK-QD---LPNAMSPDRIVEGLELSK-L----KPTHK-WYIQACCAVSGDGLYE----ALEAAGKLS

Arl19SmeArl19b LN------EL-SQSDPKRILMLGLDAAGKTTILYKL------KLN------ETVTTIPTIGFNVEEVSI------GK--G-LKF Arl20TRIM23 TIWDVGGQEKIRLLWKHYYTNCHGLIYVVDSNDAERLKESRDELFAI ---AECDEM-RNVPIVVIANK-QD---LPNAMSPDRIVEGLELSK-L----KPTHK-WYIQACCAVSGDGLYE----ALEAAGKLS SmeArl19c LN------EL-SQSDPKRILMLGLDAAGKTTILYKL------KLN------ETVTTIPTIGFNVEEVSI------GK--G-LKFTIWDVGGQGRIRLLWKHYYTNCHGLIYVVDSNDAERLKESRDELFAI ---AECDEM-RNVPIVVIANK-QD---LPNAMSPSRIVEGLELSK-L----KPTHK-WHIQACCAVSGDGLYE----ALEAAGKLS SmeArl19d LN------EL-SQSDPKRILMLGLDAAGKTTILYKL------KLN------ETVTTIPTIGFNVEEVSI------GK--G-LKFTIWDVGGQEKIRLLWKHYYTNCHGLIYVVDSNDAERLKESRDELFAI ---AECDEM-RNVPIVVIANK-QD---LPNAMSPSRIVEGLELSK-L----KPTHK-WHIQACCAVSGDGLYE----ALEAAGKLS SmeArl19e LN------EL-SQSDPKRILMLGLDAAGKTTILYKL------KLN------ETVTTIPTIGFNVEEVSI------GK--G-LKFTIWDVGGQEKIRLLWKHYYTNCHGLIYVVDSNDAERLKESRDELFAI ---AECDEM-RNVPIVVIANK-QD---LPNAMSPSRIVEGLELSK-L----KPTHK-WHIQACCAVSGDGLYK----ALESAGKLS SmeArl19f IG------EI-GSSHPRRVLMLGLDAAGKTTILYKL------KLN------ECVNTIPTIGFNVEEVKV------GK--G-LTFTMWDVGGQEKIRPLWKHYMTDCQALIYVVDSSDSQRLTEARDELFTI---AGLEEM-MGVPVIIIANK-QD---LPHARTTSQIADKLELRK-L----ERNHK-WHLQACCAISGEGLYE----AMGHVGRMS SmeArl19g ------SKRPRRILMLGLDAAGKTSIVYRL------KLG------EQVSTIPTIGFNVEEVKI------GK--G-LRFTIWDVGGQDKIRMLWRHYYRNSRALIYVIDSNDSERMPIAKS ELFSI---FESDDM-KHIPVVVLANK-QD---LPNAMSPEEIQESLELQN-L----EPDHK-WHLQPCCAISGDGLHE----AMTAVAKLS SmeArl19h LC------SS-KSSKHKRLLILGLDSAGKTSLLYRL------KDN------EFVSSIPTVGFNVEDIK------LK--NYIKFTVWDVGGQVKLRSMWEQHVTHCDALIYVVDASDRDRFSEAKEELITI ---LNLEEI-KKIPILILANK-QD---QAGAMSAKYINDNLNLSQ-I----I-PKPFYHVHQCSALSGDGLFE----ALRLVYKML SmeArl19i IT------KL-ISNPRVNILMLGLDSVGKTSLLYRW------KLN------EYVSTVPTTGFNLEKSH------LK--NGIKCNLIDYSGQKKQRSLWRHNFYHAHALIFVVDLNDFTRIDEACKELYYV ---LSFHEM-RTIPVLIVGNK-SD---LRNIMTEDEISDGLKLKK-L----TEFHQ-WDIALCSAMTGKGLPE----MIQKVSYLS HmaArl19a LN------DF--GNRRARILLLGLDAAGKTTILYKL------KLN------ENVTTIPTIGFNVEEVTP------VK--N-VTFTMWDVGGQEKIRPLWRHYYQGAEGLVFVVDACDVLRIQEAREEFFSV---LKDEGIEKGIPAVILANK-QD---LPNALKSWELVDKMRLKE-L----S-GNP-WHVQEMCALTGDGLYE----GIQRLADMV HmaArl19b LN------DF--GNRRARILLLGLDAAGKTTILYKL------KLN------ENVTTIPTIGFNVEEVTP------IK--N-VTFTMWDVGGQEKIRPLWRHYYQGSEGLVFVVDASDVLRIQEAREELFSV---LKDEGISNGIPAVILANK-QD---LPNALKSWELVDKMRLRE-L----S-GNP-WHVQEMCALTGDGLYE----GIQKLAEMV MleArl19a FE------DLVGNGDPWNILMLGLDNAGKTTIVYKL------KLN------ENIATIPTIGFNVETVTP------CK--G-VTFTIWDVGGQEAIRRLWRHYFSTAKGLVFVVDSNDPSRF VEAADELRGI---IESPEMPKGVPILILANK-QD---LPQACRPSEIADKLQLHS-Y----R-QNK-WFVQGCTAVSGDGLYE----GLEVLSQNL MleArl19c LNS------IPLDIPSVLLLGLDGSGKSSLFYWM------KIK------VCLTTQPTTGYNVDVFNP------IK--G-LRFTMWDIGGQEKLRKLWSNYFVACRAVMFMVDSADHSRF AEARSALHEV---MSNPNMPENAPVIVLANK-QD---RLSAASPEQLAMHLDIFQ-L----G-SHP-CTVMGTSVTKNVGILE----AMVQLKQLL MleArl19d LGS------RLFNSDKASSVIIVGLANAGKSSLVQIL------KDE----DVEELHTEPTVGHVVETIN------YK--DMVNLHIWDLGGQDKLRFLWQRYFLTAEAVVFVIDSSESE RFHEALSELENV---LRAEEL-RIVPVLVLANK-QD---LVKDKT-QDLSKMFDLSS-L----S-DRP-LKVFTCSVTKKEGVEE----AMMWLVESI AquArl19b IQ------NF-TTPRQAKILMLGLDGAGKTTLLYKL------KLN------ETVSTIPTLGFNVETVQP------TK--S-LSFTVWDVGGQEVLRPLWRHYFQNCDGLLYIVDSADYKRFNEAKEELEWI ---LESEDM-INVPLIVMANK-QD---QPQAKSPAEVSEKLGLNN-V----K-NRD-WRVQGTCAVQGEGVFE----GITEFSQMV TruArl4L2 ------TPFL-PGFQSLHIVVIGLDSAGKTSLLYRL------KLQ------EFVKTIPTKGFNMERIKMSMGN--SKTNA-TAFQVWDVGGQEKLRPLWKSYTRRTDGLVFVVDAAEPERMEEAKVELHRI ---TRLAEN-QGVPVLVLANK-QD---LDGALSAAEVEKVLNLHE-L----SSSTM-HHAQGCSALDGQGLQA----GLEKLYEMI DmeArl4 LD------AL-PSQATLHVVMLGLDSAGKTTALYRL------KFD------QYLNTVPTIGFNCEKVQCTLGK--AK--G-VHFLVWDVGGQEKLRPLWRSYTRCTDGILFVIDSVDTERMEEAKMELMRT---AKCPDN-QGVPVLILANK-QD---LPNACGAMELEKLLGLNE-LY...SVQFRGWYIQPTCAITGEGLQE----GLDALYDMI DpuArl4 ------STHPTLHIVMLGLDSAGKTTALYRL------KFD------QYVNTVPTIGFNCEKIRALSGK--AK--G-TQFLVWDVGGQEKLRPLWKSYTRCTDAIVFVVDSVDVERMEEAKMELMRT---AKSPDN-SQVPILILANK-QD---LPGARDPKEIEKHLGLHE-L----GTGHL-YHVQPACAITGEGLDD----GLDILYEMI A r l 4 HroArl4 ------DGPTHLVMVGLDSAGKTTVLYRL------KFD------QYVSTVPTVGFNCEKIKGTLGK--AK--G-VSFIVWDVGGQDKVRPLWRSYTRSTDGIVFVVDSADTERIEEAKVELLRT---TRTPET-QGVPIVVIANK-QD---LPGALNVTIVEKILGLQE-LST--QGNRS-ICAIPACAVTGEGLEF----ALEQLYQMI SmeArl4 ------LNTKNSKVVILGLDNCGKSTLYNRI------KLN------KLILTKPTDGCICETFKVKLKETKIN--N-TNLQLLDVNGRQNNRTMWVTYLHGSDAVIFVIDVSDKARFDEAKYELQAL---VLSSQS-KDIPFLILFNK-MD---RPNCRNPEVLAKELDFLS-M----D-SRRWWLVKCVCLITGEGLFE----ALDSLFELI TadArl4 FT------AI-LPGKPAHIVIIGLDNSGKTAILYRL------KYG------EFFETKPTLSFNVENVT------IS--K-KKMKIWDVGGNDKQRPLWKSYLRDCDGIVFVVDSSDELRME EAKHELLAI---GKSPGM-AHVPILILANK-QD---IPGALSPMTVARMLSLKE-LT---S-NRP-WHVQPTCARNGNGIQE----GMHQLCELT TruArl11 ------RSSTSPQVILMGLDSAGKSTLLAQL------LTG------QVMETSPTIGFNVGDLDL------DK--K-TSLTVWDVGGQKSMRPNWRYYLEDCKALVFVVDSSDRARMPEARKALRKI---LVEEKL-ANVPLMVLANK-KD---LPNCMTIREISSELGLDN-Y----N-DRL-WEIQACSGLKGLGLLQ----AFSSVNKLI A r l 11 / 1 4 TruArl14b ------GS-KPQKQAQVLLLGLDGSGKTTMLYRL------KYN------ESVMTVPTVGFNVETLDT------DR--SSLGLTVWDVGGQKKMRPHWRHYYTDTAGLLFVVDSCDQKRMDEARKELH RI---LRYESL-RGVPLVVLANK-QD---LRGALNPEDLCLKLDLRI-IC---E-GRA-WFIQPCSATTGTGLEE----GFRRMIYLM

Supplementary figure 12. Phylogenetic analysis of Arl20 and Arl10. The trees shown are results of ML analyses of (A) Arl20 sequences and a subset of the holozoan “scrollsawed” dataset restricted to TRIM23, Arl1, 4, 5, 19 and Arf1, 4, 6 sequences, and (B) of Arl10 sequences with the complete holozoan “scrollsawed” dataset. The trees were inferred using IQ-TREE with LG+I+G4 model (the model selected by the program itself) with the ultrafast bootstrap algorithm and the SH-aLRT test (both 10000 replicates). Dots at branches represent bootstrap values as indicated in the graphical legend (top right). A) B)

Sar1 + Sar1L SH-aLRT/UFboot >98/>98 Arl6 >89/>97 TRIM23 Arl13 >80/>95 Arl1 Arfrp1 Arl5 Arl1 Arf1 Arl5 Arf4 TRIM23 Arf6 Arf1 Arf4 Arf6 Arl19 Arl19 Arl4 Arl2 Arl4 Arl3 Lottia gigantea Arl20a Arl20 Arl15 Lottia gigantea Arl20b Arl16 Capitella teleta Arl20 Branchiostoma floridae Arl20a Branchiostoma floridae Arl20b Arl8 Amphimedon queenslandica Arl20a Saccoglossus kowalevskii Arl20 Capitella teleta Arl10 Amphimedon queenslandica Arl20b Strongylocentrotus purpuratus Arl10 Arl10 Branchiostoma floridae Arl10 Oscarella carmela Arl20 Saccoglossus kowalevskii Arl10 Capsaspora owczarzaki Arl20 Oscarella carmela Arl10 Tree scale: 0.1 Nematostella vectensis Arl10 Homo sapiens Arl10 Takifugu rubripes Arl10 Homo sapiens Arl9 Takifugu rubripes Arl9 Tree scale: 0.1 Supplementary figure 13. Phylogenetic analysis of Arl11/14. The tree shown is a result of a ML analysis of vertebrate Arl11 and Arl14 sequences and a subset of the holozoan “scrollsawed” dataset restricted to TRIM23, Arl1, 4, 5, 19 and Arf1, 4, 6 sequences. The alignment was trimmed manually and the tree was inferred using IQ-TREE with LG+I+G4 model (the model selected by the program itself) with the ultrafast bootstrap algorithm and the SH-aLRT test (both 10000 replicates). Dots at branches represent bootstrap values as indicated in the graphical legend (top right).

Tree scale: 0.1 SH-aLRT/UFboot TRIM23 >98/>98 >89/>97 Arl1 >80/>95 Arl5 Arf4

Arf1

Arf6 Arl19 Arl4

Homo sapiens Arl14 Takifugu rubripes Arl14b Arl11/14 Takifugu rubripes Arl14a Homo sapiens Arl11 Takifugu rubripes Arl11 Supplementary figure 14. Phylogenetic analysis of the rhodophyte-specific ArlRhodo group. The tree shown is a result of a ML analysis of all ArlRhodo sequences and the reduced “scrollsawed” dataset. The tree was inferred using IQ-TREE with LG+I+G4 model (the model selected by the program itself) with the ultrafast bootstrap algorithm and the SH-aLRT test (both 10000 replicates). Dots at branches represent bootstrap values as indicated in the graphical legend (top right).

Tree scale: 0.1 SH-aLRT/UFboot Sar1/Sar1L >98/>98 >89/>97 >80/>95 Arl6 Arfrp1 Arl13 Arl16 Arl8 Arl18 Arf1 Arf6 Arl1 Arl5 Arl2 Arl3 Cyanidioschyzon merolae ArlRhodo ArlRhodo Galdieria sulphuraria ArlRhodo Chondrus crispus ArlRhodo1 Chondrus crispus ArlRhodo2 Porphyridium purpureum ArlRhodo1 Porphyridium purpureum ArlRhodo2b Porphyridium purpureum ArlRhodo2a Porphyridium purpureum ArlRhodo2c Supplementary figure 15. Phylogenetic analysis of the glaucophyte-specific Arl13L group. The tree shown is a result of a ML analysis of all glaucophyte Arl13L sequences and the reduced “scrollsawed” dataset. The tree was inferred using IQ-TREE with LG+I+G4 model (the model selected by the program itself) with the ultrafast bootstrap algorithm and the SH-aLRT test (both 10000 replicates). Dots at branches represent bootstrap values as indicated in the graphical legend (top right). Typical Arl13 proteins from C. paradoxa and G. wittrockiana are highlighted in bold.

Tree scale: 0.1 Sar1/Sar1L SH-aLRT/UFboot >98/>98 >89/>97 Arl16 >80/>95 Arl8 Arl18 Arl6 Arl2 Arl3 Arl1 Arl5 Arf1 Arf6 Arfrp1

Trichoplax adhaerens Arl13 Vischeria sp. Arl13 Arl13 Thecamonas trahens Arl13 Plasmodiophora brassicae Arl13 Euglena gracilis Arl13 Euglena gracilis Arl13L3 Ciona intestinalis Arl13 Capitella teleta Arl13 Saccoglossus kowalevskii Arl13 Homo sapiens Arl13b Takifugu rubripes Arl13b Palpitomonas bilix Arl13 Naegleria gruberi Arl13 Pavlova sp. Arl13 Paratrimastix pyriformis Arl13 Pygsuia biforma Arl13 Andalucia godoyi Arl13 Goniomonas avonlea Arl13 Gefionella okellyi Arl13 Malawimonas californiana Arl13 Guillardia theta Arl13 Chlamydomonas reinhardtii Arl13 Volvox carteri Arl13 Physarum polycephalum Arl13 Cyanophora paradoxa Arl13 Gloeochaete wittrockiana Arl13 Planomonas micra Arl13 Gloeochaete wittrockiana Arl13L1 Arl13L Cyanophora paradoxa Arl13L1 Gloeochaete wittrockiana Arl13L2 Cyanophora paradoxa Arl13L2 Cyanophora paradoxa Arl13L3 Cyanophora paradoxa Arl13L4 Supplementary figure 16. Phylogenetic analysis of ArfB. The tree shown is a result of a ML analysis of all ArfB sequences and a subset of the reduced “scrollsawed” dataset restricted to Arl1, Arl5, Arf1 and Arf6 sequences. The alignment was trimmed manually and the tree was inferred using IQ-TREE with LG+I+G4 model (the model selected by the program itself) with the ultrafast bootstrap algorithm and the SH-aLRT test (both 10000 replicates). Dots at branches represent bootstrap values as indicated in the graphical legend (bottom left).

Tree scale: 0.1 Arl5 Arl1 Andalucia godoyi Arf6 Gefionella okellyi Arf6 Amoebidium parasiticum Arf6 Basidiobolus meristosporus Arf6a Arf6 Mastigamoeba balamuthi Arf6 Pygsuia biforma Arf6 Klebsormidium nitens ArfB1 Physcomitrella patens ArfB2 ArfB Physcomitrella patens ArfB1 Physcomitrella patens ArfB3 Selaginella moellendorffii ArfB Coccomyxa subellipsoidea ArfB Chlamydomonas reinhardtii ArfB1 Volvox carteri ArfB Micromonas commoda ArfB Ostreococcus lucimarinus ArfB Oryza sativa ArfB1c Oryza sativa ArfB1d Arabidopsis thaliana ARFB1b Arabidopsis thaliana ARFB1c Oryza sativa ArfB1b Oryza sativa ArfB1e Reticulomyxa filosa Arf1a Gefionella okellyi Arf1a Malawimonas californiana Arf1a Fonticula alba Arf1 Andalucia godoyi Arf1a Raineriophrys erinaceoides Arf1b Pygsuia biforma Arf1b Mastigamoeba balamuthi Arf1 Physarum polycephalum Arf1a Pygsuia biforma Arf1a Perkinsus marinus Arf1b Perkinsus marinus Arf1c Aurantiochytrium limacinum Arf1a Phytophthora sojae Arf1a Ectocarpus siliculosus Arf1 Nannochloropsis gaditana Arf1 Emiliania huxleyi Arf1a Pavlova sp. Arf1 Arf1 Amastigomonas sp. Arf1a Gloeochaete wittrockiana Arf1 Planomonas micra Arf1a Basidiobolus meristosporus Arf1b Schizosaccharomyces pombe Arf1 Gonapodya prolifera Arf1a Spizellomyces punctatus Arf1 Spizellomyces punctatus Arf1b Goniomonas avonlea Arf1a Palpitomonas bilix Arf1 Amphimedon queenslandica Arf1a Nematostella vectensis Arf1b SH-aLRT/UFboot Selaginella moellendorffii ArfA1b >98/>98 Coccomyxa subellipsoidea ArfA >89/>97 Klebsormidium nitens ArfA1 >80/>95 Oryza sativa ArfA1 Oryza sativa ArfA3a Supplementary figure 17. Annotated multiple sequence alignment of the N-terminal region of Arl15 proteins. Amino acid residues of special interest and residues predicted to carry a specific lipidic modification are highlighted, as indicated in the graphical legend below the alignment. The unique absence of cysteine residue(s) in the N-terminal extension of the S. rosetta Arl15 protein suggests an alternative, yet unknown, means of membrane association or a lineage-specific functional shift of the protein.

<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< GTPase domain >>>>>>>>>>>> Homo sapiens Arl15 --MSDLRITEAFLY------MDY----LCFRALCCKGPPPARPEYDLVCIGLTGSGKTSLLSKL-CSES-PDNVVSTTGFSIKAVPFQNAILNVKE Takifugu rubripes Arl15 ------MDY----LCFRTLCCKGPPPPRPEYDVVCIGLTGAGKTSLLSRL-CSEA-SDGIVPTTGFSIKAVPFPNAILNVKE Ciona intestinalis Arl15 ------MAEHGSVCCGACRFLCC----SMFHCICCKDSPPELPVYNVICIGITNSGKSTLLKVL-THEN-SDTVVPTVGFNVKDIRLPNAVLKVKE Branchiostoma floridae Arl15 ------MCSERCQLAIGACRIICF----NLCRGLCCCTPPTPRPEYHVVCLGMSGAGKTTLLTLLQNGET-TDDMEPTSGFNIKAIQFEEAILNVKE Saccoglossus kowalevskii Arl15 ----MPSIGEIFGLCCGACRIGCY----TLYVKLCCKSAPSQRQEYQLICLGLSKAGKTTLLTML-CGEK-ADDIQPTQGFNIKAIPFKEAILNVKE Lottia gigantea Arl15 ------MCENIRLMCVVCRIGVY----SLCRRMCCMGPPSIRPNFTVLCLGLTKAGKSSLLAVL-SGDD-IHKIEPTIGFSIKAIMFDNCILDVKE Capitella teleta Arl15 (4)DAAHRFESLEVKFEIC---CF(15)QIYKRVFCIKEPAPRPVFKPICIGLDDAGKSTLLSSL-AGES-TDDIQPTKGFVIKAIQFDDCILNVKE Schmidtea mediterannea Arl15 ------MGQNFSFAGGICRIFCY----KTYKTICCVPDIKYLPVCNALCVGLANVGKSRMLAAL-NKEN--LNTEPTIGFNVKAIKLDNCILSIKE Nematostella vectensis Arl15 ----MSSKCECCGLLCAVLRIGCF----RCCQKLRGKKPDAPRPEYSVLMIGLSGAGKSVMLAKL-DSEP-TDDIKPTQGFSVKPVQLPTAILNVKE Hydra magnipapillata Arl15 ----MTGFCLNCQFCFAASRIFCY----EFCC-CCIHKKKDLKRNLNVLVLGLESCGKSYLLASL-CGES-TKDLTPTNGFSIKDVSFKNYTMHMKE Trichoplax adhaerens Arl15 ----MTTVRECVLLAFAFCRIGLY----TCYRRIFYGPPPPPRPGFSAICIGITGAGKSKVLAVL-CSEK--DEIIPTQGFSIKDVPFENAILHVKE Monosiga brevicollis Arl15 ------MGNALALCWGVVRIACY----QVCK-ICLPAEPPPRPIYDVLCLGMAGTGKSALLAAL-NHEP-YTDLEPTKGFAIKPVLTSKVQFNVKE Salpingoeca rosetta Arl15 ---MLDAIWQRLSFAWGVIRIASY----SAWRFFFPADEQQQRPTVSALVLGLQGVGKTTMLTRL-ANETPQQDIPPTKGFAIKAIQTPACIINAME Consensus/80% ......

C – cysteine residue predicted to be S-palmitoylated C cysteine residue G – – glycine residue predicted to be N-myristoylated

Supplementary figure 18. Annotated sequence alignments of taxon-specific Arf1-like proteins carrying a predicted N-terminal transmembrane domain. The figure includes two examples of such proteins, representing taxon-specific paralogs from chlorarachniophytes (A) and the haptophyte class Pavlovophyceae (B). The approximate position of the predicted transmembrane domain is indicated above each alignment. Arf1a from Bigelowiella natans (A) and Arf1 from Pavlova pinguis (B) represent a conventional Arf protein without an N- terminal transmembrane domain. Accession numbers of the sequences coming from organisms that are not part of the core set of taxa analysed in this study are provided in Supplementary table 6.

A) <<<<<<<< TM >>>>>>>>> <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< Bigelowiella natans ArfL ------MG------ADRPRIKLRLAGVLLVAVACAA----LRSLDMRRDAPRRRPVLQSQAVKGLAITFRNMWREFFARRTPTNVVM Bigelowiella longifila ArfL ------AG------RRLKLRLAGVLLVVVVCTA----LRSLDMRRHSPRHRPVLRSQAMKGLAITLKNMWRDFFVRRIPTNVVM Chlorarachnion reptans ArfL M(18)VQEG(8)MTRLTIPIRAQRVKLLRI--YLLFAVLVALVHVG(12)KLAIRASTSPSSAPAVASLQAIRGLTASLGSMWRSVFSRRVRTNVVM Lotharella globosa ArfL M(1)-VRFG(5)RTR----RRLRHRTRRRL--WLGVAAAVAI------AVFPQAQLVEEGRRGRLNSTIVRGVAEAVGGMWRSLFDRRIRTNVVM Lotharella oceanica ArfL M(6)WSRIG------GARSRL--WMGLAAVLAI------AVFPQARIVEEGRRGRLNSTIVRGVAEAVGGIWRTIFDRRVRTNVVM Lotharella amoebiformis ArfL ------MG------LLSHRRGRPLSLLLAAVVLAST------PNCPSKSPYRSDRSNRLQSQMLRGVAEVMGSMWKRWFERRILTNVVM Gymnochlora sp. ArfL ------MA------SRFRRVKNLIVVVSIVAL------LVHASFMTRMSKSKSRLRSQALRGFTEAVGNLWTRVFSRRVLTNVVM Norrisiella sphaerica ArfL ------MA------PHLASQRLCRRL--AFRFCLLGCICMAMMI--TCSGKQNTYGSHSRRDLRSEAIRGLAKSVRDLWTQTFWRKIPTNVVM Partenskyella glossopodia ArfL ------MFR--PPHVASRG------VLRALPVVTV------LVLGLALSATPPPRQSLRSEAIRGFTQVVSGFWKSIFCRKTPTNVVM Bigelowiella natans Arf1a ------MGMTFSNFWKRMFGNK-EMRILM Consensus/80% ...... t...... l...b.hs.lssl...... p...... p..LpSphl+Ghsbsh.sbW+phFsR+h.TNVVM

<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< GTPase domain >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> Bigelowiella natans ArfL LGLDSAGKTAVLYKLRLGKTVATIPTMGFNTEPIPYKDFEFRIWDVGGQNRIRTLWQHHLNGAKVVIFVVDSADKERLPQAAEELHRLMTDPRLRGA Bigelowiella longifila ArfL LGLDSAGKTAVLYKLRLGKTVATIPTMGFNTEPIPYKDFEFRIWDVGGQNRIRTLWPHHLNGAKVVIFVVDSADKERLPQAAEELHKLMGDGRLRNA Chlorarachnion reptans ArfL LGLDSAGKTAVLYKLRLGQAVQTIPTMGFNTESIPYKKFEFRIWDVGGQDRIRSLWQHHLDGAKVVIFVVDAADRTRIPKAANELHKLMQDPRLSDA Lotharella globosa ArfL LGLDSAGKTAVLYKLRLGTNVQTIPTMGFNTEAIPYKNFEFRIWDVGGQDRIRALWQHHLDGARVVIFVVDSADRARVPKAASELHRLLKDPRLRYA Lotharella oceanica ArfL LGLDSAGKTAVLYKLRLGTNVQTIPTMGFNTEAIPYKNFEFRIWDVGGQDRIRALWQHHLDGARVVIFVVDSADRARVPKAASELHRLLKDPRLRYA Lotharella amoebiformis ArfL LGLDAAGKTAVLYKLRLGTTPQTIPTMGFNTEAIAYKNYEFRIWDVGGQDRIRTLWDYHLDGARVVIFVVDSADRARLPKARMELHRLMKDERLKQA Gymnochlora sp. ArfL LGLDAAGKTAVLYKLRLGTTVQTIPTMGFNTEAISYKNYEFRIWDVGGQDRIRSLWQYHLEGARVMIFVVDSADRPRLQQAKSELQKLLTDPRLNGA Norrisiella sphaerica ArfL LGLDAAGKTAVLYKLRLGKAVQTIPTMGFNTETIPYKNFEFRIWDVGGQDRIRALWQHHLDGARVVIFVVDSADKDRLPQAATELHKLMRDPRLRDA Partenskyella glossopodia ArfL LGLDAAGKTAVLYKLRLGQAVQTIPTLGFNAEAIPYKNFEFRVWDVGGQDKIRTLWQYHLSGAKVVIFVVDSADKSRLPVAAEELHKLMRDPRLSNA Bigelowiella natans Arf1a VGLDAAGKTTVLYKLKLGEVVTTIPTIGFNVETVEYKNINFTVWDVGGQDKIRPLWRHYYQNTQGIIFVVDSNDRERLDMAKEELDKMLNEDELRDA Consensus/80% LGLDtAGKTAVLYKLRLGpsVpTIPTMGFNTEsIsYKsaEFRIWDVGGQDRIRsLWpaHLsGA+VVIFVVDSAD+.RlPpA.pELH+LbpDsRLp.A

>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> Bigelowiella natans ArfL HLLVFANKQDQEHAVSAQEMVNELRLGHVTNRSWFLQGSNARTGEGLYEGLDWLVSELRLEQEQKRLEQS(8)GGN-GGGRM--- Bigelowiella longifila ArfL YLLVYANKQDQDHAVTAEEMVKELRLRRVTSRPWFLQGSNARTGEGLYEGLDWLVSELRLEQEQKRLEQS(8)DGNDGTGRI--- Chlorarachnion reptans ArfL HLLVYANKQDQDGAMTAKEMVEALHLNMITNRSWFLQGSCARTGEGLYEGLDWVCSELAVEQELQERQS------LRQY Lotharella globosa ArfL HLLVYANKQDQRSALTAKEMAEALSLGNITNRSWYLQGSCARTGEGLYEGLDWLVSELDAEPDGP------Lotharella oceanica ArfL HLLVYANKQDQRSALTAKEMAEALSLNNITNRSWYLQGSCARTGEGLYEGLDWLVSELDAEPVEP------Lotharella amoebiformis ArfL HLLVYANKQDQANAISAKNLATQLNLEAIRNRSWYLQGSCARTGEGLYEGLDWLVSELRASDEPT------Gymnochlora sp. ArfL HLLVYANKQDQPNALSAKEIAVGLGLEDLKNRNWYLQGSCAQTGEGLYEGLDWLVSELRAAAEAAAQV------Norrisiella sphaerica ArfL YLLVYANKQDQRHAITAREMVERLDLSSISDRSWFLQGSNARTGEGLYEGLDWLVSELLIEKDLAAEAAA---AATQGSSRMRFF Partenskyella glossopodia ArfL HLLVYANKQDQNQALNVRQMVDALRLRAITNRSWYLQGSNARTGEGLYEGLDWVVNELDAERAALSSR------Bigelowiella natans Arf1a VVLVFANKQDLPKALKVKNITEALGLDKM-RRQWFVQGTCATSGDGLYEGLDWLSSTLSKKK------Consensus/80% aLLVYANKQDQ.pAl*A+pbsp.LpLp.lpsRsWaLQGSsARTGEGLYEGLDWLVSELphc......

B)

<<<<<<< TM >>>>>>> <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< Pavlova pinguis ArfX M-VARRALALALCVFACLANVAEGGAAFSKILGSLILNRNVRILMLGLDGSGKTTVLYRLKLNKYITTAPTIGFNAESLKYRNLEMTVWDVGGQE Pavlova gyrans ArfX MGAVRVCLCVALC-LACFAGSAEGGSAFSKILGSLLLNRNVRILMLGLDGSGKTTVLYRLKLNKYITTAPTIGFNAESLKYRNLEMTVWDVGGQE Pavlovales sp. CCMP2436 ArfX MAVSRVLRFALLAALACTFSVIEGGAAFSKILGSLLLNRHVRILMLGLDGAGKTTVLYRLKLNKYITTAPTIGFNAESLKYRNLEMTVWDVGGQE Diacronema lutheri ArfX MALARIGRLLALVLVACAVG-VEGGAAFSKILGSLLLNRNVRILMLGLDGAGKTTVLYRLKLNKYITTAPTIGFNAESLKYRNLEMTVWDVGGQE Exanthemachrysis gayraliae ArfX MGVVRRALCAALLALALVGTPVEGGSAFSKILGAILLNRNVRILMLGLDGAGKTTVLYRLKLNKYITTAPTIGFNAESLKYRNLEMTIWDVGGQE Pavlova pinguis Arf1 M------GLTFSKVFGRLFGKKEVRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKNIQFTVWDVGGQD Consensus/80% M.hsR.hbhhhLh.hAhhhs.hEGGtAFSKILGtLlLNRpVRILMLGLDGtGKTTVLYRLKLNKYITTAPTIGFNAESLKYRNLEMTVWDVGGQE

<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< GTPase domain >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> Pavlova pinguis ArfX KIRPLWRHYCRNTDALIFVVDSNDRDRLEEAGSELQQMLALPEMEAASVLVLANKQDMAGAADVYAICESLGLEEIQGHAWHIQACSAATGDGLF Pavlova gyrans ArfX KIRPLWRHYCRNTDALIFVVDSNDKDRLEEAGSELQQMLALPEMEAASVLVLANKQDMAGAADVYAICEALGLEEIQGHAWHIQACSAATGDGLF Pavlovales sp. CCMP2436 ArfX KIRPLWRHYCRNTDALIFVVDSNDRDRLEEAGSELQQMLALPEMEAASVLVLANKQDMAGAADVYAICEALGLEEIQGHAWHIQACSAATGDGLF Diacronema lutheri ArfX KIRPLWRHYCRNTDALIFVVDSNDRDRLDEAGSELQQMLALPEMETASVLVLANKQDMAGAADVYNICEALALEDIQGHAWHIQACSAATGDGLF Exanthemachrysis gayraliae ArfX KIRPLWRHYCRNTDALVFVVDSNDKDRLEEAGSELQQMLALPEMEAASVLVLANKQDMAGAADVYTICEALALDEIQGHAWHIQACSAATGDGLF Pavlova pinguis Arf1 KIRPLWRHYYQNTQGVIFVVDSNDRERVTEARDELHRMLNEDELRDAILLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRQRQWYIQSTCATTGDGLY Consensus/80% KIRPLWRHYCRNTDALIFVVDSND+DRL-EAGSELQQMLALPEMEsASVLVLANKQDMAGAADVYsICEtLtL--IQGHAWHIQACSAATGDGLF

>>>>>>>>> Pavlova pinguis ArfX EGLDWLCKQL---KG Pavlova gyrans ArfX EGLDWMCKQL---KG Pavlovales sp. CCMP2436 ArfX EGLDWLCKQL---KG Diacronema lutheri ArfX EGLDWLCKQL---KG Exanthemachrysis gayraliae ArfX EGLDWLCKQL---KG Pavlova pinguis Arf1 EGLDWLSAQLAKSSK Consensus/80% EGLDWLCKQL...KG

Supplementary figure 19. Annotated alignment of Arl13 protein sequences from chlorarachniophytes. Chlorarachniophytes exhibit an unusual domain architecture of the Arl13 protein, conserved across the group and comprised of an N-terminal CnB-related domain and a C-terminal EF-hand domain sandwiching the core GTPase domain. Arl13 from Chlamydomonas reinhardtii included in the alignment represents the standard domain architecture of Arl13 proteins. Accession numbers of the sequences coming from organisms that are not part of the core set of taxa analysed in this study are provided in Supplementary table 6.

<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< CnB-related domain >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> Bigelowiella natans Arl13 M---AAEPPGPKFDLKVLKDGAEQTSSDASKEEI-VSLLIKAGLSSEVASQHCRDFFDFFASGSSAKLVTAIEFYQEFVRMSCFRAVFQIRKMCRQMLDTSEVQKVLE Lotharella amoebiformis Arl13 M--AALKPAGEKFKLPMLVKLAESGKNGSIDREMLVELTFEAGLSEEAAESHSSSFFSFFDHDNSGR-INLEDFVQEFIRMGCFRLVNAFKKRKEASYSTKDIQKELS Lotharella globosa Arl13 MPVEAKHVPGPAFDISVLQKAAD-GDVAANEMEM-RLLCTGAGMSEDLASTHVKTFFRFFDVQKAGK-IKVAEFVKELIRMSCFKAVFALRKQGERKFPGERVRSELE Partenskyella glossopodia Arl13 ------GS-VSLNDFVNEFVRMSCYRTVHALRQCGKMSLEPDTVQSELS Chlamydomonas reinhardtii Arl13 M------FGLLV------NFYRF------C------Consensus/80% M...... F.l.h...... sFapF...... tp.lph.-FhpEblRMtCa+hV..b+p..c..b.spplpp.Lp

>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> Bigelowiella natans Arl13 NHLGARGGKDQYASMMKYAEKNMKAGGS-PQEKNKVDVKILEQWYWDKARSIIRSRKHFLEQKGYQV------GDLVGEGSSS----SNSDSKPED Lotharella amoebiformis Arl13 LQLGAAGGREQFARLLAFAEEHXDPCSS----MGQVSIKTIERWYWTQARRLLLKRKDLLKKKGIDIG--KLLNVS------GSQIASKEY Lotharella globosa Arl13 QHLGAIGGRTQYAKLLGFVEEKSEDGAS----AGSISVTMLERWYWSKAKALMEQRQALLNKKALTT------PATPSTDAPATTDEG----AAGRASPEE Partenskyella glossopodia Arl13 IHLGSHGAKVYYKNLLEFLEKLGTPETGTALPHKKIPLESLMQWYLNMSNQLLXXXXELLTRKGFDVTCVTLVNIP(69)PSTPTTPTPTPTTPT(30)ASPSQNPAT Chlamydomonas reinhardtii Arl13 ------Consensus/80% .pLGt.Gt+.ba.pbb.ahEc..ps.st...... plslp.lbpWYbsbtp.lb.....bLppKtbph...... ts...p...

<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< Arl13 GTPase domain <<<<<<<<<<<<<< Bigelowiella natans Arl13 RIQKRTKREATICLLGIDNAGKSTFQCALLGETDPSVMPTFGFDMANFDAKFPSSNPFSCEVYDLPGGEDFGRSD-FWQNYYGDSHAFAFVVDSTD-RTRTSEALSEF Lotharella amoebiformis Arl13 K---GERRKVSLLLVGLDNAGKTTLSKTFQGEEDPLIIPTCGFEFDSFYADYPKENPFECEIYDLAGDAGFGRAEGLWHNYFGDAHGIVFVVDSTD-TKRIKEVADEF Lotharella globosa Arl13 R-----GRKATILLVGLDNAGKTTFSKAMIGEENPFIMTTFGFEIEEFESSFPEQNPFKCEFFDLAGGESFGRHD-FWSYYYGSAHAIAFIVDSTD-TTRMPEVIQQY Partenskyella glossopodia Arl13 A-----TRRVVCVLTGLDNAGKTSVSKALIGEEDPFIMPTCGFDTEEFCAKYPASSPFRVTLYDLAGGDGFGRSEDLWSNYYEDAHFITFVIDSNDIESKQHEAIKEF Chlamydomonas reinhardtii Arl13 --RKKTERKITIALLGLDNAGKTTLLNSIQGEVDRDTTPTFGFNSTTL-----NEGKYKIEVFDLGGGKNI---RGVWKKYLAEVHAIVYVVDAAD-PGRFEESKMTM Consensus/80% ...... pR+s*lhLlGLDNAGKTTbpptbbGEpDP.lbPThGF-hppF.tpaPppsPFcsElaDLtGGcsFGR.-.bWppYat-tHtIsFVVDSsD.psRbpEsbppa

>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> Bigelowiella natans Arl13 SHLIGHSATRGKPIAIIANKQDIKEPQPYSGSDLKAMLGVPEKIPADRHCKLFECVATKGCKESKGVEGGVARALKWLLETLDPIYEKIDNEI--KEFKIKDRERADA Lotharella amoebiformis Arl13 RRVSDHKGTAKKPLCILANKQDL--KGAMSGGDVAKALGS----SGDHPCKLFECVAREATG-----ERGVGRALKWMLTQLDPLFDDIDKRV--QKYKIADAKRAES Lotharella globosa Arl13 QEVSQHPEAKGKPMVIIANKQDL--PDAKKVSEISKILNL-----KNPSQRIFECVSKPGS------IKGVSAALEWTLNTLHPMFATINKRV--EQYKIEERKKQAR Partenskyella glossopodia Arl13 NHIIRHPKTNGKPILILANKQDL--PNSMSGPELCSLLNV-KDITGDRPCRIFECVAVEGGSKSK--PKGFDEAMEWVLGEVDSRFGDLDRMVTKEAEEVENREKAVK Chlamydomonas reinhardtii Arl13 AEVLENQFMRDKPICIFANKQDL--PTAAPAAEVVKGLGL---ATCRNSHNVFPCTAKMPAGQDV--DHRLRDGLKWLVGTVDREFGRLDPRV--QTEAEEVRQEEAR Consensus/80% pcl.pH..spsKPlsIlANKQDL..Pstbstt-lsphLsl....sscpsp+lFECVApbts...... +GlscALcWhLsplDsbFsclDpcV..ppbclcsRc+.sp

<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< EF-hand domain >>>>>>>>>>>>>>> Bigelowiella natans Arl13 EIKAQRKRTEE----WKRKEREENGEVENEGGD-----GKGKGDSALDSRGKVAAIFKMFDVDKDGYLNFKEFQSLL----SKT------DGAEISEDMYRNEFC Lotharella amoebiformis Arl13 ERKEKRERLE------KQRKEVGTEEE------KKXEEXPLDARGKVAKIFSEFDRDKDGFLNFDEFQALM----SAT-DP------DGEDLTDENFRDA-C Lotharella globosa Arl13 EKEAARKRSEQ(25)AEKKKRVEKEEAQRRADEAA---MQAKQKSAMDAREKVAKIFERFDADKDGRLNFKEFKTLI----AAT-DP-----ENAAGITPSFFQFQIC Partenskyella glossopodia Arl13 DQTAQREK------NQKMEMATKQ------SAETHLDLDARGKTAIIFERFDDDKDGFLSLDEFQALM----DATTDP-----GDRQKISEEDFKDQIC Chlamydomonas reinhardtii Arl13 KKKEREERLR------KQREERLRQQKEEEERA(9)HDGKAPSLLAAGGGVVGAAA---AGVNGVM-VDEQQELR(58)SASGGP(110)GSGSGMTPD------A Consensus/80% -pc.pRcR.c...... KpRbE.hp.pp...... ptc.c.sLDARGKVA.IFpbFDsDKDGbLsbcEFQsLb....tAT.sP...... st..l*.-.ap...C

>>>>>>>>>> Bigelowiella natans Arl13 HELQ----VDPDKGVGVSALFVLLNQDEIALDKTYMELCC---G Lotharella amoebiformis Arl13 DTLG----ADHKNGXFLSXLSGLCTQRTRARLTHTTRF------Lotharella globosa Arl13 ERLR----CDAEKGVGLTDLYTVYERNLSDVDAHFELLGL---S Partenskyella glossopodia Arl13 LALD----ADAEKGVHLAALYTLYSQDEEQLNAHFKMLDL---- Chlamydomonas reinhardtii Arl13 RELG(21)SDGGHGNSKGSFSLVHTSNKVVPVAPDLRAGI(6)A Consensus/80% cpL.....sDsc+GshltsL.slbspsp.s.ssphbbbsh....