DOCSLIB.ORG

Nová Fylogeneze Paprskoploutvých

Total Page：16

File Type：pdf, Size：1020Kb

Download full-text PDF Read full-text
Nová Fylogeneze Paprskoploutvých Kde najít informace o rybách? Zuzana Musilová K výuce Do dnešní doby (červen 2016) bylo po - psáno 32 578 platných druhů paprsko- ploutvých ryb (Actinopterygii), které jsou aktuálně řazeny ve více než 500 čeledích a 72 řádech. Ostatních rybovitých obratlov - Nová fylogeneze ců je podstatně méně – 8 druhů násadco- ploutvých (samozřejmě bez čtvernožců – Tetrapoda), 81 druhů sliznatek (Myxini), paprskoploutvých ryb 45 druhů mihulí (Petromyzontida) a 1 214 druhů paryb (Chondrichthyes). Aktuální údaje o počtu druhů lze vyhledat v Katalogu rybovitých obratlovců (Catalog of Fishes) vydávaném Kalifornskou akademií věd. Tento (někdy také nazývaný Eschmeyerův) katalog představuje nejkompletnější taxo- nomickou databázi ryb, obsahuje zejména Moderní genetické metody vnesly do studia evoluce ryb významný zdroj infor- informace o popisech nových druhů a všech mací umožňující rekonstruovat fylogenezi (tj. evoluční historii jednotlivých linií)jejich synonymech. Nová fylogeneze ryb nezávisle na morfologických znacích, čili méně náchylnou na dezinterpretaci však zatím není v tomto katalogu vůbec obdobně vypadajících znaků, které vznikly na sobě nezávisle u nepříbuzných zohledněna. Z Eschmeyerova katalogu vy - skupin (konvergencí). U ryb nebyla dosud publikována žádná širší studie založe -chází databáze FishBase (www.fishbase.org), ná na celých genomech, na rozdíl např. od ptáků (Jarvis a kol. 2014). Současná kde najdete u jednotlivých druhů i řadu dostupných informací o jejich biologii, eko- podoba taxonomie ryb (viz také článek na str. 175 tohoto čísla Živy) se zakládá logii nebo rozšíření. Ani tato databáze ale na obsáhlých studiích pokrývajících již podstatnou část druhové rozmanitosti nezohledňuje nové fylogenetické zařazení ryb (1 410 druhů u práce Betancur-R. a kol. 2013, nebo 520 druhů v publikaci jednotlivých druhů. Pro vyhledání vyšší Near a kol. 2013) a zahrnujících sekvence většího množství jaderných gen ů klasifikace ryb, od čeledí výše (zařazení do (21 a 10 genů). Souběžně s těmito studiemi probíhá rekonstrukce fylogeneze podřádů, řádů, nadřádů, sérií atd.) je tedy na základě genomů mitochondrií. Výsledky obou přístupů jsou v mnohém až nutné použít databázi DeepFin (www.deep- překvapivě konzistentní (Miya a Nishida 2015). Výběr druhů ve všech zmíně- fin.org), která je pravidelně aktualizovaná na základě nových studií a dnes existuje ných pracích je zaměřen zejména na odvozenou skupinu Acanthomorpha, jejíž již třetí verze. Konzorcium DeepFin sdru- vnitřní fylogenetické vztahy byly (a částečně stále jsou) nejasné. První fylogene - žuje několik uznávaných autorit ve vý - tické studie založené na celém genomu teprve vycházejí (Malmstrøm a kol., zkumu molekulární fylogeneze ryb, včetně v tisku; Musilová a kol., v tisku), ale zahrnují spíše omezený výběr 66 až 101 autorů zmíněných rozsáhlých studií zalo- druhů ryb. Celogenomové studie zatím nepřinesly žádná vyloženě velká pře- žených na velkém souboru dat, jež se staly kvapení, ale jejich porovnáním se ukázalo, že přidání určitých taxonů do ana- podkladem pro novou rybí taxonomii. Zbývá jen doufat, že aktualizace bude pro- lýzy může pozměnit vztahy v některých problematických uzlech (což bývalo bíhat i nadále ve vědecky kritickém duchu, typické pro jednogenové studie s omezeným fylogenetickým signálem), a to protože s příchodem celogenomových ana- i v tomto přípa dě ohromných datových souborů založených na celých genomech. lýz vyvstává nutně otázka, zda považovat Ačkoli hrubá kostra rybí fylogeneze je pro většinu skupin velmi dobře podpořena,za spolehlivější analýzy založené na ně - na kompletní verzi si budeme muset ještě počkat až do doby, kdy budou k dispo -kolika genech a velkém počtu druhů, nebo zici celé genomy dostatečného množství (problematických) druhů. na genomech, ale u relativně omezeného (stále řádově menšího) počtu druhů. Všechny výše uvedené databáze jsou v angličtině, vhodným zdrojem českých jmen všech (!) druhů ryb je pak impozant- ní série 8 publikací České názvy živočichů vydaných v letech 2000–14 Národním mu - zeem a dostupných částečně i elektronic- ky (www.aquatab.net/ke-stazeni/). O něco omezenějším rozcestníkem je projekt Bio- Lib (www.biolib.cz), kde najdete další informace a fotografie zejména českých druhů. Co je nového ve fylogenezi ryb? Vztahy mezi bazálními paprskoploutvými 1 rybami jsou popsány v hlavním článku to - hoto čísla (na str. 175). Zde se detailněji zaměřím na skupinu kostnatých ryb (Tele- ostei), která zahrnuje převážnou většinu rybích druhů. Základní rozdělení kostna- tých ryb je do čtyř velkých skupin Elopo- morpha (např. úhoři, tarponi), Osteoglos- somorpha (např. arapaima, motýlkovec, 1 Koruškovec hejnový (Retropinna semoni) je zástupcem řádu Osmeriformes, jehož fylogenetická pozice zatím není úplně jasná. 2 Trubkotlamka skvrnitá (Aulostomus maculatus) patří do řádu jehly (Syngnathi - 2 formes), skupiny dnes příbuzné makrelám (Scombriformes). živa 4/2016 XCV rypouni), Ostariophysi (např. kapři, sum- kostlíni + kaprouni počet druhů ci, tetry) společně se sesterskou skupinou ELOPOMORPHA 965 Holobřiší (Anguilliformes) úhoř, velkotlamka Clupeomorpha (sledi) a nakonec skupina 9 Tarponi (Elopiformes) tarpon * OSTEOGLOSSOMORPHA Euteleostei (většina druhů Teleostei, viz 2 Hiodoni (Hiodontiformes) hiodon 245 Ostnojazyční (Osteoglossiformes) rypoun, arapaima obr. 3). Evoluční přirozenost těchto čtyř 403 Bezostní (Clupeiformes) sleď, sardel, sardinka hlavních linií ryb byla silně podpořena, 37 Maloústí (Gonorynchiformes) chanos, knérie, bahníček ačkoli jejich vzájemnou pozici dosud ne - 4 313 Máloostní (Cypriniformes) kapr, mřenka, sekavec TELEOSTEI 224 Nahohřbetí (Gymnotiformes) nožovka, paúhoř máme spolehlivě objasněnou. Zatímco ve 3 739 Sumci (Siluriformes) sumec, krunýřovec OSTARIOPHYSI většině studií vždy bývala bazální skupi- 2 115 Trnobřiší (Characiformes) tetra, sekernatka na Elopomorpha sesterská ke všem ostat- 1 Mlokovky (Lepidogalaxiiformes) mlokovka 37 Stříbrnicotvární (Argentiniformes) strašík, stříbrnice ním Teleostei a linie Osteoglossomorpha 66 Galaxie (Galaxiiformes) galaxie se oddělovala až po ní, v celogenomové 14 Štikotvární (Esociformes) štika, blatňák 225 práci zahrnující genom úhoře (skupina Protacanthopterygii Lososotvární (Salmoniformes) losos, lipan, síh 40 Koruškotvární (Osmeriformes) koruška Elopomorpha) a baramundiho malajského 434 Velkoústí (Stomiatiformes) světlonoš (Scleropages formosus, skupina Osteoglos- 11 Měkkorypí (Ateleopodiformes) měkkorypoun somorpha) se tyto dvě linie ukázaly být ses- * 274 Jinožábří (Aulopiformes) bezočka 257 Hlubinovky (Myctophiformes) lampovník terské. Ani ve zmíněné zatím nejobsáhlejší Paracanthopterygii 10 Vousatky (Polymixiiformes) vousatka studii využívající data 21 jaderných genů 12 Okounovci (Percopsiformes) okouncovec není dostatek informací pro podporu jedno - 33 Pilobřiši (Zeiformes) pilobřich, drsnatec 1 Stuhovky (Stylephoriformes) stuhovka ho či druhého větvení, jen s velmi slabou 617 Hrdloploutví (Gadiformes) treska, mník podporou je zde upřednostněno tradiční 24 Leskyňovci (Lampridiformes) hlístoun, nahobřich 188 Pilonoši (Beryciformes) I zubatice, trnonoš pojetí. Aby to bylo ještě složitější, analýza Pilonoši (Beryciformes) II pilonoš, děrovka celých mitochondriálních genomů naopak 85 Pruhatci (Holocentriformes) pruhatec považuje Osteoglossomorpha za bazálněj- 538 Hrujovci (Ophidiiformes) hruj, jehlička ší linii kostnatých ryb než Elopomorpha. 84 Žabohlaví (Batrachoidiformes) žabohlavec Gobiaria 2 044 Hlaváči (Gobiiformes) hlaváč, lezec Ovšem signál z mitochondriálních genů je 350 Parmovci (Kurtiformes) parmovec problematický jak kvůli omezené velikos- 671 Jehly (Syngnathiformes) jehla, koník 223 Makrely (Scombriformes) tuňák, makrela ti mitochondriálního genomu (jen 13 pro- Anabantaria 244 Labyrintky (Anabantiformes) čichavec teinových genů), tak specifickou evoluční 124 Hrdložábří (Synbranchiformes) hrotočelec historií samotných mitochondrií (dědič- EUTELEOSTEI Carangaria 792 Platýsi (Pleuronectiformes) platýs, jazyk nost po mateřské linii). Pro porozumění ba - robalovití (Latidae) robalo (nilský okoun) zálním vztahům kostnatých ryb tak musí- soltýnovití (Sphyraenidae) barakuda 158 Kranasi (Carangiformes) štítovec lodivod me vyčkat na zařazení dostatečného počtu NEOTELEOSTEI Ovalentaria 1 086 Slizouni (Blenniiformes) slizoun druhů do celogenomových analýz. sapínovcovití (Pseudochromidae) sapínovec Většina překvapivých novinek ve fylo- ACANTHOMORPHA sapínovití (Pomacentridae) klaun 76 Cípalové (Mugiliformes) cípal genezi ryb se udála uvnitř skupiny Eute- 1 702 Cichlidy (Cichliformes) tlamovec, akara leostei. Zejména ve skupině Percomor - 284 Jehlotvární (Beloniformes) jehlice, letoun 1 326 pha se ukázalo několik velmi přesvědčivě PERCOMORPHA Halančíkovci (Cyprinodontiformes) halančík, živorodka Eupercaria 632 Pyskouni (Labriformes) pyskoun a opakovaně potvrzených příbuzenských (dříve Percomorpharia) morčákovití (Moronidae) mořčák vztahů na první pohled nepodobných sku- 255 Mořani (Spariformes) mořan, pražman 177 Klipky (Chaetodontiformes) klipka pin. Např. makrely (Scombriformes) jsou 86 Bodloci (Acanthuriformes) bodlok nyní sesterskou skupinou k jehlám (Syn - 440 Čtverzubci (Tetraodontiformes) měsíčník, fugu 369 Ďasové (Lophiiformes) ďas gnathiformes), takže se můžeme pousmát 228 Okounci (Centrarchiformes) slunečnice nad tím, že třeba mořský koník a tuňák jsou kanicovití (Serranidae) kanic, bradáč > 3 000 okounovití (Percidae) okoun, candát vlastně evolučními „bratranci“, i když stá- koljuškovití (Gasterosteidae) koljuška le jde o dva různé řády (obr. 2). Není ani Ostnoploutví
Load more

Recommended publications
  • CAT Vertebradosgt CDC CECON USAC 2019
    Catálogo de Autoridades Taxonómicas de vertebrados de Guatemala CDC-CECON-USAC 2019 Centro de Datos para la Conservación (CDC) Centro de Estudios Conservacionistas (Cecon) Facultad de Ciencias Químicas y Farmacia Universidad de San Carlos de Guatemala Este documento fue elaborado por el Centro de Datos para la Conservación (CDC) del Centro de Estudios Conservacionistas (Cecon) de la Facultad de Ciencias Químicas y Farmacia de la Universidad de San Carlos de Guatemala. Guatemala, 2019 Textos y edición: Manolo J. García. Zoólogo CDC Primera edición, 2019 Centro de Estudios Conservacionistas (Cecon) de la Facultad de Ciencias Químicas y Farmacia de la Universidad de San Carlos de Guatemala ISBN: 978-9929-570-19-1 Cita sugerida: Centro de Estudios Conservacionistas [Cecon]. (2019). Catálogo de autoridades taxonómicas de vertebrados de Guatemala (Documento técnico). Guatemala: Centro de Datos para la Conservación [CDC], Centro de Estudios Conservacionistas [Cecon], Facultad de Ciencias Químicas y Farmacia, Universidad de San Carlos de Guatemala [Usac]. Índice 1. Presentación ............................................................................................ 4 2. Directrices generales para uso del CAT .............................................. 5 2.1 El grupo objetivo ..................................................................... 5 2.2 Categorías taxonómicas ......................................................... 5 2.3 Nombre de autoridades .......................................................... 5 2.4 Estatus taxonómico
    [Show full text]
  • Edna in a Bottleneck: Obstacles to Fish Metabarcoding Studies in Megadiverse Freshwater 3 Systems 4 5 Authors: 6 Jake M
    bioRxiv preprint doi: https://doi.org/10.1101/2021.01.05.425493; this version posted January 7, 2021. The copyright holder for this preprint (which was not certified by peer review) is the author/funder, who has granted bioRxiv a license to display the preprint in perpetuity. It is made available under aCC-BY-NC 4.0 International license. 1 Title: 2 eDNA in a bottleneck: obstacles to fish metabarcoding studies in megadiverse freshwater 3 systems 4 5 Authors: 6 Jake M. Jackman1, Chiara Benvenuto1, Ilaria Coscia1, Cintia Oliveira Carvalho2, Jonathan S. 7 Ready2, Jean P. Boubli1, William E. Magnusson3, Allan D. McDevitt1* and Naiara Guimarães 8 Sales1,4* 9 10 Addresses: 11 1Environment and Ecosystem Research Centre, School of Science, Engineering and Environment, 12 University of Salford, Salford, M5 4WT, UK 13 2Centro de Estudos Avançados de Biodiversidade, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade 14 Federal do Pará, Belém, Brazil 15 3Coordenação de Biodiversidade, Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia, Manaus, 16 Amazonas, Brazil 17 4CESAM - Centre for Environmental and Marine Studies, Departamento de Biologia Animal, 18 Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Lisbon, Portugal 19 20 *Corresponding authors: 21 Naiara Guimarães Sales, [email protected] 22 Allan McDevitt, [email protected] 23 24 Running title: Obstacles to eDNA surveys in megadiverse systems 25 26 Keywords: Amazon, barcoding gap, freshwater, MiFish, Neotropics, reference database, 27 taxonomic resolution 28 1 bioRxiv preprint doi: https://doi.org/10.1101/2021.01.05.425493; this version posted January 7, 2021. The copyright holder for this preprint (which was not certified by peer review) is the author/funder, who has granted bioRxiv a license to display the preprint in perpetuity.
    [Show full text]
  • Species Composition and Invasion Risks of Alien Ornamental Freshwater
    www.nature.com/scientificreports OPEN Species composition and invasion risks of alien ornamental freshwater fshes from pet stores in Klang Valley, Malaysia Abdulwakil Olawale Saba1,2, Ahmad Ismail1, Syaizwan Zahmir Zulkifi1, Muhammad Rasul Abdullah Halim3, Noor Azrizal Abdul Wahid4 & Mohammad Noor Azmai Amal1* The ornamental fsh trade has been considered as one of the most important routes of invasive alien fsh introduction into native freshwater ecosystems. Therefore, the species composition and invasion risks of fsh species from 60 freshwater fsh pet stores in Klang Valley, Malaysia were studied. A checklist of taxa belonging to 18 orders, 53 families, and 251 species of alien fshes was documented. Fish Invasiveness Screening Test (FIST) showed that seven (30.43%), eight (34.78%) and eight (34.78%) species were considered to be high, medium and low invasion risks, respectively. After the calibration of the Fish Invasiveness Screening Kit (FISK) v2 using the Receiver Operating Characteristics, a threshold value of 17 for distinguishing between invasive and non-invasive fshes was identifed. As a result, nine species (39.13%) were of high invasion risk. In this study, we found that non-native fshes dominated (85.66%) the freshwater ornamental trade in Klang Valley, while FISK is a more robust tool in assessing the risk of invasion, and for the most part, its outcome was commensurate with FIST. This study, for the frst time, revealed the number of high-risk ornamental fsh species that give an awareness of possible future invasion if unmonitored in Klang Valley, Malaysia. As a global hobby, fshkeeping is cherished by both young and old people.
    [Show full text]
  • The Divergent Genomes of Teleosts
    Postprint copy Annu. Rev. Anim. Biosci. 2018. 6:X--X https://doi.org/10.1146/annurev-animal-030117-014821 Copyright © 2018 by Annual Reviews. All rights reserved RAVI ■ VENKATESH DIVERGENT GENOMES OF TELEOSTS THE DIVERGENT GENOMES OF TELEOSTS Vydianathan Ravi and Byrappa Venkatesh Institute of Molecular and Cell Biology, A*STAR (Agency for Science, Technology and Research), Biopolis, Singapore 138673, Singapore; email: [email protected], [email protected] ■ Abstract Boasting nearly 30,000 species, teleosts account for half of all living vertebrates and approximately 98% of all ray-finned fish species (Actinopterygii). Teleosts are also the largest and most diverse group of vertebrates, exhibiting an astonishing level of morphological, physiological, and behavioral diversity. Previous studies had indicated that the teleost lineage has experienced an additional whole-genome duplication event. Recent comparative genomic analyses of teleosts and other bony vertebrates using spotted gar (a nonteleost ray-finned fish) and elephant shark (a cartilaginous fish) as outgroups have revealed several divergent features of teleost genomes. These include an accelerated evolutionary rate of protein-coding and nucleotide sequences, a higher rate of intron turnover, and loss of many potential cis-regulatory elements and shorter conserved syntenic blocks. A combination of these divergent genomic features might have contributed to the evolution of the amazing phenotypic diversity and morphological innovations of teleosts. Keywords whole-genome duplication, evolutionary rate, intron turnover, conserved noncoding elements, conserved syntenic blocks, phenotypic diversity INTRODUCTION With over 68,000 known species (IUCN 2017; http://www.iucnredlist.org), vertebrates are the most dominant and successful group of animals on earth, inhabiting both terrestrial and aquatic habitats.
    [Show full text]
  • Appetite Regulating Genes May Contribute to Herbivory Versus Carnivory Trophic Divergence in Haplochromine Cichlids
    A peer-reviewed version of this preprint was published in PeerJ on 20 January 2020. View the peer-reviewed version (peerj.com/articles/8375), which is the preferred citable publication unless you specifically need to cite this preprint. Ahi EP, Duenser A, Singh P, Gessl W, Sturmbauer C. 2020. Appetite regulating genes may contribute to herbivory versus carnivory trophic divergence in haplochromine cichlids. PeerJ 8:e8375 https://doi.org/10.7717/peerj.8375 Appetite regulating genes may contribute to herbivory versus carnivory trophic divergence in haplochromine cichlids Ehsan P Ahi Corresp., 1, 2 , Anna Duenser 2 , Pooja Singh 2, 3 , Wolfgang Gessl 2 , Christian Sturmbauer 2 1 Evolutionary Biology Centre, Norbyvägen 18A, Uppsala Universitet, Uppsala, Sweden 2 Institute of Biology, Universitätsplatz 2, Universität Graz, Graz, Austria 3 Institute of Biological Sciences, University of Calgary, Calgary, Canada Corresponding Author: Ehsan P Ahi Email address: [email protected] Feeding is a complex behaviour comprised of satiety control, foraging, ingestion and subsequent digestion. Cichlids from the East African Great Lakes are renowned for their diverse trophic specializations, largely predicated on highly variable jaw morphologies. Thus, most research has focused on dissecting the genetic, morphological and regulatory basis of jaw and teeth development in these species. Here for the first time we explore another aspect of feeding, the regulation of appetite related genes that are expressed in the brain and control satiety in cichlid fishes. Using qPCR analysis, we first validate stably expressed reference genes in the brain of six haplochromine cichlid species at the end of larval development prior to foraging. We next evaluate the expression of 16 appetite related genes in herbivorous and carnivorous species from the parallel radiations of Lake Tanganyika, Malawi and Victoria.
    [Show full text]
  • Direct Identification of Fish Species by Surface Molecular Transferring
    Electronic Supplementary Material (ESI) for Analyst. This journal is © The Royal Society of Chemistry 2020 Supplementary materials for Direct Identification of Fish Species by Surface Molecular Transferring Mingke Shao, Hongyan Bi* College of Food Science and Engineering, Shanghai Ocean University, Hucheng Ring Road 999, Pudong New District, 201306 Shanghai, China * To whom correspondence should be addressed. E-mail address: [email protected] E-mail address for the other authors: [email protected] S1 S1. Photos and information on the analyzed fish samples Fig. S1. Photos of fishes analyzed in the present study: (A) Oreochromis mossambicus (B) Epinephelus rivulatus (C) Mugil cephalus; (D) Zeus faber (E) Trachinotus ovatus (F) Brama japonica (G) Larimichthys crocea (H) Larimichthys polyactis (I) Pampus argenteus. Scale bar in each photo represents 1 cm. Table S1. List of the scientific classification of fishes analyzed in the study. The classification of fishes refers to https://www.fishbase.de/. Binomial Abbreviatio English Chinese name n common Scientific classification name (Scientific name name) Actinopterygii (class) > Perciformes (order) > Japanese Brama Brama BJ Bramidae (family) > Wufang japonica japonica Brama (genus) > B. brama (species) Actinopterygii (class) > Silver Scombriformes(order) > Baichang pomfret; Pampus PA ( Fish White argenteus Stromateidae family) > pomfret Pampus (genus) > P. argenteus (species) Haifang Zeus faber Actinopterygii (class) > (commonly Linnaeu; Zeus faber ZF Zeiformes (order) > called: John Dory; Zeidae (family) > S2 Yueliang target perch Zeus (genus) > Fish) Z. faber (species) Actinopteri (class) > OM Cichliformes (order) > Mozambique Oreochromis Cichlidae (family) > Luofei Fish tilapia mossambicus Oreochromis (genus) > O.mossambicus (species) Actinopterygii (class) > MC Mugiliformes (order) Xiaozhai Flathead Mugil Mugilidae (family) > Fish grey mullet cephalus Mugil (genus) > M.
    [Show full text]
  • The World's Forgotten Fishes
    THE WORLD’S FORGOTTEN FISHES CONTENTS FOREWORD 4 1. INTRODUCTION 6 2. DAZZLING DIVERSITY 10 3. HEALTHY FRESHWATER FISHERIES = 16 HEALTHY RIVERS, LAKES & WETLANDS 4. WILD FRESHWATER FISHERIES ARE PRICELESS 18 5. FISHING FOR FUN… IS BIG BUSINESS 26 6. THE WORLD’S MOST POPULAR PETS 30 7. HUMANITY’S FRESHWATER HERITAGE 34 8. FRESHWATER FISH IN FREEFALL 36 9. 80 SPECIES EXTINCT 40 Lead Author: Kathy Hughes 10. A BRIGHTER FUTURE FOR FRESHWATER FISHES 42 WWF wish to thank collaborators Ian Harrison, Will Darwall, Richard Lee, Dean Muruven, Carmen Revenga, Julie Claussen, Abby Lynch, Adrian Pinder, Robin Abell, Paula Martinelli, Mike Baltzer, Michele Thieme, Sonja Jähnig, Jeff Opperman, Herman Wanningen, Jeremy Monroe and Harmony Patricio for their support in writing this report. Furthermore, we wish to thank experts Richard van der Laan, Tim Lyons, Paul Van Damme, Mark Owen, Hannah Rudd, Joao Campos-Silva, Leandro Castello, Vidyadhar Atkore, Thadoe Wai, Simon Funge-Smith, John Jorgensen, Naren Sreenivisan, Mark Lloyd, Arlin Rickard and Matt Gollock for their support with individual case studies. About this report and its collaborators Promoting thriving populations of freshwater fishes and the ecosystems within which they thrive is a priority for WWF Publishing office: WWF International and the 15 organisations and alliances that Cover photography © Karine Aigner / WWF-US produced this report. Design by Lou Clements © 1986 Panda symbol WWF – World Wide Fund For Nature (Formerly World Wildlife Fund) ® “WWF” is a WWF Registered Trademark. WWF
    [Show full text]
  • The Genome 10K Project: a Way Forward
    The Genome 10K Project: A Way Forward Klaus-Peter Koepfli,1 Benedict Paten,2 the Genome 10K Community of Scientists,Ã and Stephen J. O’Brien1,3 1Theodosius Dobzhansky Center for Genome Bioinformatics, St. Petersburg State University, 199034 St. Petersburg, Russian Federation; email: [email protected] 2Department of Biomolecular Engineering, University of California, Santa Cruz, California 95064 3Oceanographic Center, Nova Southeastern University, Fort Lauderdale, Florida 33004 Annu. Rev. Anim. Biosci. 2015. 3:57–111 Keywords The Annual Review of Animal Biosciences is online mammal, amphibian, reptile, bird, fish, genome at animal.annualreviews.org This article’sdoi: Abstract 10.1146/annurev-animal-090414-014900 The Genome 10K Project was established in 2009 by a consortium of Copyright © 2015 by Annual Reviews. biologists and genome scientists determined to facilitate the sequencing All rights reserved and analysis of the complete genomes of10,000vertebratespecies.Since Access provided by Rockefeller University on 01/10/18. For personal use only. ÃContributing authors and affiliations are listed then the number of selected and initiated species has risen from ∼26 Annu. Rev. Anim. Biosci. 2015.3:57-111. Downloaded from www.annualreviews.org at the end of the article. An unabridged list of G10KCOS is available at the Genome 10K website: to 277 sequenced or ongoing with funding, an approximately tenfold http://genome10k.org. increase in five years. Here we summarize the advances and commit- ments that have occurred by mid-2014 and outline the achievements and present challenges of reaching the 10,000-species goal. We summarize the status of known vertebrate genome projects, recommend standards for pronouncing a genome as sequenced or completed, and provide our present and futurevision of the landscape of Genome 10K.
    [Show full text]
  • Molecular Phylogenetic Analysis of the AIG Family in Vertebrates
    G C A T T A C G G C A T genes Communication Molecular Phylogenetic Analysis of the AIG Family in Vertebrates Yuqi Huang 1,†, Minghao Sun 2,† , Lenan Zhuang 2,* and Jin He 1,* 1 Department of Animal Science, College of Animal Sciences, Zhejiang University, Hangzhou 310058, China; [email protected] 2 Department of Veterinary Medicine, College of Animal Sciences, Zhejiang University, Hangzhou 310058, China; [email protected] * Correspondence: [email protected] (L.Z.); [email protected] (J.H.); Tel.: +86-15-8361-28207 (L.Z.); +86-17-6818-74822 (J.H.) † These authors contributed equally to this work. Abstract: Androgen-inducible genes (AIGs), which can be regulated by androgen level, constitute a group of genes characterized by the presence of the AIG/FAR-17a domain in its protein sequence. Previous studies on AIGs demonstrated that one member of the gene family, AIG1, is involved in many biological processes in cancer cell lines and that ADTRP is associated with cardiovascular diseases. It has been shown that the numbers of AIG paralogs in humans, mice, and zebrafish are 2, 2, and 3, respectively, indicating possible gene duplication events during vertebrate evolution. Therefore, classifying subgroups of AIGs and identifying the homologs of each AIG member are important to characterize this novel gene family further. In this study, vertebrate AIGs were phyloge- netically grouped into three major clades, ADTRP, AIG1, and AIG-L, with AIG-L also evident in an outgroup consisting of invertebrsate species. In this case, AIG-L, as the ancestral AIG, gave rise to ADTRP and AIG1 after two rounds of whole-genome duplications during vertebrate evolution.
    [Show full text]
  • Peacock Bass
    The ultimate in ‘hosted’ angling adventures throughout the Amazon UK Agent and Promotional Management for Amazon-Angler.com Contact: Facebook @amazon-connect.co.uk, Web: www.amazon-connect.co.uk & [email protected] Amazon Species Watch Peacock Bass Scientific Classification Peacock bass [Cichla] is a genus of large cichlids, diurnal and predatory freshwater fish native Kingdom: Animalia to the Amazon and Orinoco basins as well as rivers of the Guianas in tropical South America. Phylum: Chordata They are sometimes referred to in English by their Brazilian name Tucunaré or their Spanish Class: Actinopterygii name Pavón. Despite the common name and their superficial similarity, they are not closely Order: Cichliformes related to other fish known as Bass, such as the North American Largemouth Bass [Micropterus Family: Cichlidae salmoides]. The largest species in the genus [C. temensis], can reaches up to c.30lb in weight Tribe: Cichlini and over 3ft in length. Other Peacock Bass species are smaller and are sometimes kept in Genus: Cichla aquariums, but even the smaller species require a large tank. Until recently, the number of species had sat at fifteen [15], but following formal recognition in 2020, the newly identified C.cataractae increased the total to sixteen [16]. C. temensis Native to the Orinoco and Rio Negro basins, as well as several smaller rivers in the central Amazon (Uatumã, Preto da Eva, Puraquequara, and Tefé), in Brazil, Venezuela and Guyana. Generally restricted to blackwater rivers and their tributaries. Surprisingly, both the above are C temensis. To the left, the speckled peacock or tucunaré paca and on the right, the three-barred peacock or tucunaré açu.
    [Show full text]
  • (Sinipercidae) Genomes Provide Insights Into Innate Predatory Feeding
    ARTICLE https://doi.org/10.1038/s42003-020-1094-y OPEN Mandarin fish (Sinipercidae) genomes provide insights into innate predatory feeding Shan He1,2,6, Ling Li1,2,3,6, Li-Yuan Lv1,2,6, Wen-Jing Cai1,2, Ya-Qi Dou1,2, Jiao Li1,2, Shu-Lin Tang1,2, Xu Chen1,2, ✉ Zhen Zhang1,2, Jing Xu1,2, Yan-Peng Zhang1,2, Zhan Yin4, Sven Wuertz3, Ya-Xiong Tao5, Heiner Kuhl3 & ✉ Xu-Fang Liang1,2 1234567890():,; Mandarin fishes (Sinipercidae) are piscivores that feed solely on live fry. Unlike higher ver- tebrates, teleosts exhibit feeding behavior driven mainly by genetic responses, with no modification by learning from parents. Mandarin fishes could serve as excellent model organisms for studying feeding behavior. We report a long-read, chromosomal-scale genome assembly for Siniperca chuatsi and genome assemblies for Siniperca kneri, Siniperca scherzeri and Coreoperca whiteheadi. Positive selection analysis revealed rapid adaptive evolution of genes related to predatory feeding/aggression, growth, pyloric caeca and euryhalinity. Very few gill rakers are observed in mandarin fishes; analogously, we found that zebrafish deficient in edar had a gill raker loss phenotype and a more predatory habit, with reduced intake of zooplankton but increased intake of prey fish. Higher expression of bmp4, which could inhibit edar expression and gill raker development through binding of a Xvent-1 site upstream of edar, may cause predatory feeding in Siniperca. 1 College of Fisheries, Chinese Perch Research Center, Huazhong Agricultural University, Wuhan, China. 2 Innovation Base for Chinese Perch Breeding, Key Laboratory of Freshwater Animal Breeding, Ministry of Agriculture, Wuhan, China.
    [Show full text]
  • Antimicrobial Peptides: Identification of Two Beta-Defensins in a Teleost
    pharmaceuticals Article Antimicrobial Peptides: Identification of two Beta-Defensins in a Teleost Fish, the European Sea Bass (Dicentrarchus labrax) Carolina Barroso 1,2,3,*, Pedro Carvalho 4, José F. M. Gonçalves 4,5, Pedro N. S. Rodrigues 1,2,4 and João V. Neves 1,2,4 1 i3S—Instituto de Investigação e Inovação em Saúde, Universidade do Porto, 4200-135 Porto, Portugal; [email protected] (P.N.S.R.); [email protected] (J.V.N.) 2 Iron and Innate Immunity, IBMC—Instituto de Biologia Molecular e Celular, Universidade do Porto, 4200-135 Porto, Portugal 3 Programa Doutoral em Biologia Molecular e Celular (MCbiology), ICBAS—Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Universidade do Porto, 4050-313, Porto, Portugal 4 ICBAS—Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar, Universidade do Porto, 4050-313 Porto, Portugal; [email protected] (P.C.); [email protected] (J.F.M.G.) 5 CIIMAR—Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental, Universidade do Porto, 4450-208 Porto, Portugal * Correspondence: [email protected] Abstract: Beta-defensins consist in a group of cysteine-rich antimicrobial peptides (AMPs), widely found throughout vertebrate species, including teleost fish, with antimicrobial and immunomod- ulatory activities. However, although the European sea bass (Dicentrarchus labrax) is one of the most commercially important farmed fish species in the Mediterranean area, the characterization of its beta-defensins and its potential applications are still missing. In this study, we characterized two members of the beta-defensin family in this species. Phylogenetic and synteny analysis places Citation: Barroso, C.; Carvalho, P.; Gonçalves, J.F.M.; Rodrigues, P.N.S.; sea bass peptides in the beta-defensin subfamilies 1 and 2, sharing similar features with the other Neves, J.V.
    [Show full text]