The Systems of Grassland Management in Spain
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DELIVERABLE D4.5 Deliverable Title: a Standard Multi-Species Chip for Genomic Assessment of Collections
IMAGE Innovative Management of Animal Genetic Resources Grant Agreement Number: 677353 Horizon 2020 FRAMEWORK PROGRAMME TOPIC: MANAGEMENT AND SUSTAINABLE USE OF GENETIC RESOURCES Topic identifier: SFS-07b-2015 Type of Action: Research and Innovation Action (RIA) DELIVERABLE D4.5 Deliverable title: A standard multi-species chip for genomic assessment of collections. Abstract: This deliverable describes the design of multi species SNP arrays based on variation detected within the IMAGE project and from public and partner related information. We made two new arrays: IMAGE001 with 10K SNPs each for cattle, pig, chicken, horse, goat and sheep; IMAGE002 with 10K SNPs each for water buffalo, duck, rabbit, quail, bee and pigeon. Both arrays can capture biodiversity of traditional breeds for each species on the autosomes and sex chromosomes. The arrays also harbour ancestral SNPs, mtDNA SNPs, trait related variation and variation in genes within QTL regions. In addition, for IMAGE001 we included MHC variation for each species. We validated and tested both arrays with 1920 and 1152 DNA samples covering over 300 breeds for IMAGE001 and IMAGE002 respectively. Both tools are recommended for molecular characterisation of stored animal specimens and new entries for genebanks worldwide. Due date of deliverable: Month 36 Initial submission date: Month 48 Start date of the project: March 1st, 2016 Duration: 48 months Organisation name of lead contractor: 28-WU, Revision N°: V1 Contributors: INRA, UCSC, WU, FLI, WR Dissemination level: PU1 1 PU: public -
Revisiting AFLP Fingerprinting for an Unbiased Assessment of Genetic
Utsunomiya et al. BMC Genetics 2014, 15:47 http://www.biomedcentral.com/1471-2156/15/47 RESEARCH ARTICLE Open Access Revisiting AFLP fingerprinting for an unbiased assessment of genetic structure and differentiation of taurine and zebu cattle Yuri Tani Utsunomiya1†, Lorenzo Bomba2†, Giordana Lucente2, Licia Colli2,3, Riccardo Negrini2, Johannes Arjen Lenstra4, Georg Erhardt5, José Fernando Garcia1,6, Paolo Ajmone-Marsan2,3* and European Cattle Genetic Diversity Consortium Abstract Background: Descendants from the extinct aurochs (Bos primigenius), taurine (Bos taurus) and zebu cattle (Bos indicus) were domesticated 10,000 years ago in Southwestern and Southern Asia, respectively, and colonized the world undergoing complex events of admixture and selection. Molecular data, in particular genome-wide single nucleotide polymorphism (SNP) markers, can complement historic and archaeological records to elucidate these past events. However, SNP ascertainment in cattle has been optimized for taurine breeds, imposing limitations to the study of diversity in zebu cattle. As amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers are discovered and genotyped as the samples are assayed, this type of marker is free of ascertainment bias. In order to obtain unbiased assessments of genetic differentiation and structure in taurine and zebu cattle, we analyzed a dataset of 135 AFLP markers in 1,593 samples from 13 zebu and 58 taurine breeds, representing nine continental areas. Results: We found a geographical pattern of expected heterozygosity in European taurine breeds decreasing with the distance from the domestication centre, arguing against a large-scale introgression from European or African aurochs. Zebu cattle were found to be at least as diverse as taurine cattle. -
Meta-Analysis of Mitochondrial DNA Reveals Several Population
Table S1. Haplogroup distributions represented in Figure 1. N: number of sequences; J: banteng, Bali cattle (Bos javanicus ); G: yak (Bos grunniens ). Other haplogroup codes are as defined previously [1,2], but T combines T, T1’2’3’ and T5 [2] while the T1 count does not include T1a1c1 haplotypes. T1 corresponds to T1a defined by [2] (16050T, 16133C), but 16050C–16133C sequences in populations with a high T1 and a low T frequency were scored as T1 with a 16050C back mutation. Frequencies of I are only given if I1 and I2 have not been differentiated. Average haplogroup percentages were based on balanced representations of breeds. Country, Region Percentages per Haplogroup N Reference Breed(s) T T1 T1c1a1 T2 T3 T4 I1 I2 I J G Europe Russia 58 3.4 96.6 [3] Yaroslavl Istoben Kholmogory Pechora type Red Gorbatov Suksun Yurino Ukrain 18 16.7 72.2 11.1 [3] Ukrainian Whiteheaded Ukrainian Grey Estonia, Byelorussia 12 100 [3] Estonian native Byelorussia Red Finland 31 3.2 96.8 [3] Eastern Finncattle Northern Finncattle Western Finncattle Sweden 38 100.0 [3] Bohus Poll Fjall cattle Ringamala Cattle Swedish Mountain Cattle Swedish Red Polled Swedish Red-and-White Vane Cattle Norway 44 2.3 0.0 0.0 0.0 97.7 [1,4] Blacksided Trondheim Norwegian Telemark Westland Fjord Westland Red Polled Table S1. Cont. Country, Region Percentages per Haplogroup N Reference Breed(s) T T1 T1c1a1 T2 T3 T4 I1 I2 I J G Iceland 12 100.0 [1] Icelandic Denmark 32 100.0 [3] Danish Red (old type) Jutland breed Britain 108 4.2 1.2 94.6 [1,5,6] Angus Galloway Highland Kerry Hereford Jersey White Park Lowland Black-Pied 25 12.0 88.0 [1,4] Holstein-Friesian German Black-Pied C Europe 141 3.5 4.3 92.2 [1,4,7] Simmental Evolene Raetian Grey Swiss Brown Valdostana Pezzata Rossa Tarina Bruna Grey Alpine France 98 1.4 6.6 92.0 [1,4,8] Charolais Limousin Blonde d’Aquitaine Gascon 82.57 Northern Spain 25 4 13.4 [8,9] 1 Albera Alistana Asturia Montana Monchina Pirenaica Pallaresa Rubia Gallega Southern Spain 638 0.1 10.9 3.1 1.9 84.0 [5,8–11] Avileña Berrenda colorado Berrenda negro Cardena Andaluzia Table S1. -
Proceso De Preparación Al Primer Informe Sobre La Situación Mundial De Los Recursos Genéticos Animales
PROCESO DE PREPARACIÓN AL PRIMER INFORME SOBRE LA SITUACIÓN MUNDIAL DE LOS RECURSOS GENÉTICOS ANIMALES INFORME ESPAÑOL CONTENIDOS 1.- INTRODUCCIÓN 1.1.- DESCRIPCIÓN ORGANIZATIVA DE ESPAÑA 1.2.- DESCRIPCIÓN DEL SUBSECTOR GANADERO ESPAÑOL 2.- EVALUACIÓN DE LA SITUACIÓN DE LA BIODIVERSIDAD DE LOS ANIMALES DE GRANJA EN ESPAÑA 2.1.- DESCRIPCIÓN DE LOS SISTEMAS DE PRODUCCIÓN GANADERA DE ESPAÑA 2.2.- DESCRIPCIÓN DE LA DIVERSIDAD BIOLÓGICA DE LOS ANIMALES DE GRANJA EN ESPAÑA Y EVALUACIÓN DE SU ESTADO DE CONSERVACIÓN 2.3.- EVALUACIÓN DEL GRADO DE UTILIZACIÓN DE LAS RAZAS LOCALES EN LA PRODUCCIÓN DE RIQUEZA 2.4.- PROGRAMACIÓN DE LA CONSERVACIÓN Y UTILIZACIÓN DE LOS RECURSOS ZOOGENÉTICOS ESPAÑOLES 3.- ANÁLISIS DE TENDENCIAS DE LA PRODUCCIÓN ANIMAL EN ESPAÑA Y SU RELACIÓN CON LA PLANIFICACIÓN DE LA CONSERVACIÓN Y UTILIZACIÓN DE LOS RECURSOS ZOOGENÉTICOS 3.1.- POLÍTICAS Y PROGRAMAS DE CONSERVACIÓN DE LOS RECURSOS ZOOGENÉTICOS APLICADOS EN ESPAÑA 3.2.- PERSPECTIVAS FUTURAS DE LA DEMANDA Y USO DE LOS RECURSOS ZOOGENÉTICOS LOCALES 3.3 - ESTRATEGIAS PARA HACER FRENTE A LA SITUACIÓN EN EL FUTURO 3.4.- ESBOZO DE LA POLÍTICA, LA ESTRATEGIA, Y LOS PLANES DE ORDENACIÓN NACIONALES FUTUROS PARA LA CONSERVACIÓN, LA UTILIZACIÓN Y EL FOMENTO DE LOS RECURSOS ZOOGENÉTICOS 1 4.- ANÁLISIS DE LA CAPACIDAD ESPAÑOLA PARA HACER FRENTE A LA SITUACIÓN, CON ESPECIAL MENCIÓN A LAS DEMANDAS FUTURAS 5.- DETERMINACIÓN DE LAS PRIORIDADES NACIONALES PARA LA CONSERVACIÓN Y UTILIZACIÓN DE LOS RECURSOS ZOOGENÉTICOS: 5.1.- PRIORIDADES INSTITUCIONALES 5.2.- PRIORIDADES DEL SUBSECTOR GANADERO. 6.- DEMANDAS Y APORTACIONES DE ESPAÑA A LA COOPERACIÓN INTERNACIONAL PARA LA CONSERVACIÓN DE LA BIODIVERSIDAD DE LOS ANIMALES DE GRANJA. -
Blanco Azul Belga De Lidia Rubio De Aquitania Zcastilla Y León: Avileña Y Morucha
Introducción ZLa regulación del sector de la ganadería de vacuno de carne es una de las más complejas dentro de los mercados agrarios ZExisten diversos sistemas de producción entre países y dentro de ellos ZFuertes interrelaciones con otros sectores agrarios: ZCereales ZLácteo ZPorcino ZCarne de aves 51 Z El sector atraviesa una crisis desde hace años caracterizada por una pérdida creciente de confianza por parte del consumidor agravada por la enfermedad de las vacas locas Z Profunda reconversión que transforme el sector desde una orientación predominantemente hacía la cantidad hasta un sector más orientado a la demanda, con producciones de mayor calidad: salud pública y alimentaria; producción de productos de calidad homogénea, estable en el tiempo y diferenciados 52 Base animal ZBovino lechero: Holstein, cruces. Muy importante. Fundamentalmente machos. Morfología mediana, pesos bajos (engrasamiento) ZRazas zona húmeda: Cornisa Cantábrica. Rubia Gallega, Asturiana (de la montaña y del valle) y Pirenaica. Gran calidad ZAgrupaciones de montaña: Morenas del NO, Parda Alpina, Tudanca. Rústicas. Cruce industrial ZRazas de zonas semiáridas: Dehesa, meseta y serrania. Retinta, Avileña, Morucha. Bien adaptados. Aprovechan los recursos naturales. Cruce industrial Z53 Razas autóctonas ZContribuye a la conservación del ecosistema ZMantiene la biodiversidad ZEl pastoreo: ZActiva la fertilización del terreno ZControla el matorral ZReduce el riesgo de erosión ZFavorece el desarrollo de modelos más sostenibles ZFacilidad de cumplimiento de la condicionalidad -
Geographic Patterns of Cattle, Sheep and Goat Diversity
Geographical patterns of cattle, sheep and goat diversity Clines, clusters, introgression, and a conservation dilemma Towards a strategy for the conservation of Sheep and goat genetic the genetic diversity of European cattle resources in marginal rural EU project ResGen CT98-118 areas sirs.epfl.ch/projets/econogene/ Utrecht Giessen Piacenza Madrid Tjele J.A. Lenstra G. Erhardt P. Ajmone- S. Dunner L.E. Holm I.J. Nijman O. Jann Marsan J. Cañón Oslo Malle C. Weimann R. Negrini Zaragoza I. Olsaker G. Mommens E. Prinzenberg E. Milanesi P. Zaragoza Jokioinen Berne Hannover Viterbo C. Rodellar J. Kantanen G. Dolf B. Harlizius A. Valentini I. Martín- Reykjavik M.C. Savarese Burriel Roslin Kiel E. Eythorsdottir E. Kalm C. Marchitelli Barcelona J.L. Williams Uppsala C. Looft Milano A. Sanchez P. Wiener B. Danell Munich M. Zanotti J. Piedrafita D. Burton Vilnas I. Medugorac G. Ceriotti Porto Dublin I. Miceikiene Grenoble Campo- A. Beja- D. Bradley Jelgava D.E. MacHugh P. Taberlet basso Pereira Z. Grislis R.A. Freeman G. Luikart F. Pilla N. Ferrand Jouy-en- C. Maudet A. Bruzzone Tartu H. Viinalass Josas D. Iamartino K. Moazami- Goudarzi D. Laloë Geographical patterns of cattle, sheep and goat diversity Clines, clusters, introgression, and a conservation dilemma Reconstruct history of the genetic landscape migration, introgression, breed formation > partitioning of diversity, relationships of breeds, geographic effects Compare cattle, sheep and goat Indicate priorities for conservation 1 Geographical patterns of cattle, sheep and goat diversity -
Razas De Ganado Del Catálogo Oficial De España
RAZAS DE GANADO DEL CATÁLOGO OFICIAL DE ESPAÑA MINISTERIO DE MEDIO AMBIENTE Y MEDIO RURAL Y MARINO Secretaria General Técnica: Alicia Camacho García. Subdirector General de Información al Ciudadano, Documentación y Publicaciones: José Abellán Gómez. Director del Centro de Publicaciones: Juan Carlos Palacios López. Jefa del Servicio de Edición: M.ª Dolores López Hernández. Edita Distribución y venta: © Ministerio de Medio Ambiente y Medio Rural y Marino Pº de la Infanta Isabel, 1 Secretaría General Técnica Teléfono: 91 347 55 41 Centro de Publicaciones Fax: 91 34 7 57 22 Maquetación, impresión y encuadernación: Plaza San Juan de la Cruz, s/n V.A. Impresores, S.A. Teléfono: 91 597 61 87 Fax: 91 597 61 86 NIPO: 770-11-150-9 ISBN: 978-84-491-0999-7 Tienda virtual: www.marm.es Depósito Legal: M-39609-2010 [email protected] Catálogo General de Publicaciones Oficiales: http://www.060.es (servicios en línea/oficina virtual/Publicaciones) Datos técnicos: Formato: 17 x 24 cm. Caja de texto: 14 x 19,5 cm. Composición: una colum- na. Tipografía: Myriad a cuerpos 9 y 10,8. Papel: Interior en estucado con certificación FSC® (Material de Crédito) de 115 g. Cubierta en Symbol Card de 300 g. con certificación FSC® (Material de Crédito).Tintas: 4/4 más barniz. Encuadernación: Rústica, cosido con hilo vegetal. El certificado FSC (Forest Stewardship Council) asegura que la fibra virgen utilizada en la fabricación de este papel procede de masas certificadas con las máximas garantías de una gestión forestal social y ambientalmente responsable y de otras fuentes controladas. Consumiendo papel FSC promovemos la conservación de los bosques del planeta y su uso responsable. -
Evaluation of the Efficiency of the Procedures of Genomic Selection in the Autochthonous Spanish Beef Cattle Populations
2018 91 Elena Flavia Mouresan Evaluation of the efficiency of the procedures of genomic selection in the autochthonous spanish beef cattle populations Departamento Producción Animal y Ciencia de los Alimentos Director/es Varona Aguado, Luis Reconocimiento – NoComercial – © Universidad de Zaragoza SinObraDerivada (by-nc-nd): No se Servicio de Publicaciones permite un uso comercial de la obra original ni la generación de obras derivadas. ISSN 2254-7606 Tesis Doctoral EVALUATION OF THE EFFICIENCY OF THE PROCEDURES OF GENOMIC SELECTION IN THE AUTOCHTHONOUS SPANISH BEEF CATTLE POPULATIONS Autor Elena Flavia Mouresan Director/es Varona Aguado, Luis UNIVERSIDAD DE ZARAGOZA Producción Animal y Ciencia de los Alimentos 2016 Repositorio de la Universidad de Zaragoza – Zaguan http://zaguan.unizar.es FACULTAD DE VETERINARIA Evaluation of the efficiency of the procedures of Genomic Selection in the Autochthonous Spanish Beef Cattle populations Memoria presentada por: Elena – Flavia Mouresan Para optar al Grado de Doctor Mayo 2016 FACULTAD DE VETERINARIA D. LUIS VARONA AGUADO, Catedrático del Departamento de Anatomía, Embriología y Genética Animal de la Facultad de Veterinaria de la Universidad de Zaragoza, CERTIFICA: Que la tesis titulada: “Evaluation of the efficiency of the procedures of Genomic Selection in the Autochthonous Spanish Beef Cattle populations”, con proyecto de tesis aprobado el 5 de MAYO de 2014 por el programa de doctorado en PRODUCCIÓN ANIMAL, y de la que es autor ELENA - FLAVIA MOURESAN, ha sido realizada bajo mi dirección y cumple los requisitos necesarios para optar al grado de Doctor por la Universidad de Zaragoza. Zaragoza, 09 de Mayo de 2016 Fdo: Prof. Dr. Luis Varona Aguado INDEX Index Index. -
Snomed Ct Dicom Subset of January 2017 Release of Snomed Ct International Edition
SNOMED CT DICOM SUBSET OF JANUARY 2017 RELEASE OF SNOMED CT INTERNATIONAL EDITION EXHIBIT A: SNOMED CT DICOM SUBSET VERSION 1. -
Pharmacovigilance of Veterinary Medicinal Products
a. Reporter Categories Page 1 of 112 Reporter Categories GL42 A.3.1.1. and A.3.2.1. VICH Code VICH TERM VICH DEFINITION C82470 VETERINARIAN Individuals qualified to practice veterinary medicine. C82468 ANIMAL OWNER The owner of the animal or an agent acting on the behalf of the owner. C25741 PHYSICIAN Individuals qualified to practice medicine. C16960 PATIENT The individual(s) (animal or human) exposed to the VMP OTHER HEALTH CARE Health care professional other than specified in list. C53289 PROFESSIONAL C17998 UNKNOWN Not known, not observed, not recorded, or refused b. RA Identifier Codes Page 2 of 112 RA (Regulatory Authorities) Identifier Codes VICH RA Mail/Zip ISO 3166, 3 Character RA Name Street Address City State/County Country Identifier Code Code Country Code 7500 Standish United Food and Drug Administration, Center for USFDACVM Place (HFV-199), Rockville Maryland 20855 States of USA Veterinary Medicine Room 403 America United States Department of Agriculture Animal 1920 Dayton United APHISCVB and Plant Health Inspection Service, Center for Avenue P.O. Box Ames Iowa 50010 States of USA Veterinary Biologic 844 America AGES PharmMed Austrian Medicines and AUTAGESA Schnirchgasse 9 Vienna NA 1030 Austria AUT Medical Devices Agency Eurostation II Federal Agency For Medicines And Health BELFAMHP Victor Hortaplein, Brussel NA 1060 Belgium BEL Products 40 bus 10 7, Shose Bankya BGRIVETP Institute For Control Of Vet Med Prods Sofia NA 1331 Bulgaria BGR Str. CYPVETSE Veterinary Services 1411 Nicosia Nicosia NA 1411 Cyprus CYP Czech CZEUSKVB -
Razas Autóctonas En Peligro De Extinción Y Otras Razas
Documento “Razas autóctonas en peligro de extinción y otras razas” PAC 2020 (Orden APM/26/2018 de 11 de enero de 2018) (Real Decreto 45/2019 de 8 de febrero de 2019) ESPECIE RAZA EN PELIGRO DE EXTINCIÓN CÓDIGO PARA TODAS RAZA SIN ESPECIFICAR, 0000 LAS ESPECIES CONJUNTO MESTIZO/ CRUCE DE 0999 RAZAS. AVES ANDALUZA AZUL, 0001 (* OCAS) EUSKAL ANTZARA, * 0002 EUSKAL OILOA, 0003 GALIÑA DE MOS, 0004 GALLINA CASTELLANA NEGRA 0005 GALLINA DEL PRAT, 0006 GALLINA DEL SOBRARBE, 0007 GALLINA EMPORDANESA, 0008 GALLINA IBICENCA (GALLINA 0009 EIVISSENCA) INDIO LEÓN, 0010 MALLORQUINA, 0011 MENORQUINA, 0012 MURCIANA, 0013 OCA EMPORDANESA,* 0014 PARDO LEÓN, 0015 PENEDESENCA, 0016 PITA PINTA, 0017 UTRERANA, 0018 VALENCIANA DE CHULILLA 0019 GALLINA PEDRESA 0194 GALLINA EXTREMEÑA AZUL 0197 BOVINO ALBERA, 0020 ALISTANA-SANABRESA, 0021 ASTURIANA DE LA MONTAÑA, 0022 AVILEÑA-NEGRA IBÉRICA 0023 VARIEDAD BOCIBLANCA, BERRENDA EN COLORADO, 0024 BERRENDA EN NEGRO, 0025 BETIZU, 0026 BLANCA CACEREÑA, 0027 BRUNA DE LOS PIRINEUS, 0028 CACHENA, 0029 CALDELÁ, 0030 CANARIA, 0031 CÁRDENA ANDALUZA, 0032 FRIEIRESA, 0033 LIMIÁ, 0034 MALLORQUINA, 0035 MARISMEÑA, 0036 MENORQUINA, 0037 ESPECIE RAZA EN PELIGRO DE EXTINCIÓN CÓDIGO MONCHINA, 0038 MORUCHA VARIEDAD NEGRA, 0039 MURCIANA-LEVANTINA, 0040 NEGRA ANDALUZA, 0041 PAJUNA, 0042 PALMERA, 0043 PASIEGA, 0044 SAYAGUESA, 0045 SERRANA DE TERUEL, 0046 SERRANA NEGRA, 0047 TERREÑA, 0048 TUDANCA, 0049 VIANESA. 0050 PALLARESA 1168 CAPRINO CABRA DE LAS MESETAS, 0051 AZPI GORRI, 0052 BERMEYA, 0053 BLANCA ANDALUZA O SERRANA, 0054 BLANCA CELTIBÉRICA, 0055 DEL GUADARRAMA, 0056 GALLEGA (cap), 0057 IBICENCA (cap) (EIVISSENCA) 0058 MALLORQUINA (cap), 0059 MAJORERA 0158 MONCAINA, 0060 NEGRA SERRANA, 0061 PAYOYA, 0062 PIRENAICA, 0063 RETINTA, 0064 VERATA 0065 CABRA BLANCA DE RASQUERA 0193 TINERFEÑA 0198 PALMERA (cap) 0199 EQUINO-ASNAL ANDALUZA, 0066 ASNO DE LAS ENCARTACIONES, 0067 BALEAR (ASE BALEAR) 0068 CATALANA, 0069 MAJORERA, 0070 ZAMORANO-LEONÉS. -
Catálogo Oficial De Razas De Ganado De España
Catálogo Oficial de Razas de Ganado de España A los efectos del real decreto 2129/2008, de 26 de diciembre, se entenderá por: Animal de raza: todo animal perteneciente a cualquier raza de interés ganadero y productivo que esté ca- talogada, inscrito o que pueda inscribirse en un libro genealógico gestionado por una asociación oficial- mente reconocida o por un servicio oficial, con el fin de poder participar en un programa de mejora. Será considerado animal de raza pura aquel cuyos padres y abuelos estén inscritos o registrados en el libro ge- nealógico de la misma raza. Para cada raza podrán establecerse encastes, estirpes o variedades. Équido registrado: el animal doméstico de la especie equina o asnal, o el animal obtenido del cruce de las mismas, inscrito o registrado en un libro genealógico o que pueda serlo, identificado mediante el documen- to previsto en la normativa comunitaria vigente. Los équidos registrados serán considerados, a efectos de este real decreto, como animales de raza. Encaste, estirpe o variedad: población cerrada de animales de una raza, que ha sido creada a base de aisla- miento reproductivo, siempre con determinados individuos de esa raza, sin introducción de material gené- tico distinto, al menos por un mínimo de cinco generaciones. Catálogo Oficial de Razas de Ganado de España: aquél que contiene la relación oficial y la clasificación de to- das las razas ganaderas reconocidas en España como de interés económico, productivo o social, y que se re- cogen en el anexo I del presente real decreto de acuerdo a la siguiente clasificación: 1º. Razas autóctonas españolas: las que se han originado en España, catalogándose como razas de fo- mento, aquéllas que por su censo y organización se encuentran en expansión y como razas en peligro de extinción, aquéllas que se encuentran en grave regresión o en trance de desaparición, de acuerdo con los criterios establecidos a nivel nacional o internacional.