2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 5/25 13:00-16:00

Home , Materials Studio, Scigress

2012年5月25日 Agenda

1. スーパーコンピュータシステムの概要 1-1. スパコンシステムとは 1-2. サービス形態 1-3. 利用負担金 1-4. ヘルプデスク

2. 利用申請手続きの方法 2-1. 申請フロー 2-2. 利用申請書作成方法 2-3. 研究成果報告書

3. 基本サービス 3-1. メールサービス 3-2. ホームページ公開サービス

4. 計算サービス 4-1. 計算サーバの特徴 4-2. 計算サーバの利用方法

5. アプリケーションと講習会

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 1. スーパーコンピュータシステムの概要 1-1. スパコンシステムとは

スパコン設備 • １９９２年１月より運用を開始した、京都大学の研究設備 • 世界的に見てもトップレベルのスパコン（合計4,000コア） • 最大64コアもしくは1.5TBメモリを使った大規模ジョブが実行可能 • KUINSネットワークから利用可能

利用者 • 京都大学に所属する学生・研究生・研究員に広く開放。また、支払い責任者が京都大学教職員であれば、京都大学外の研究者も利用可能 • 4月時点での利用者数：およそ330名（内、計算サーバ利用者：およそ50名） • 計算リソースは十分に余裕あり（例年秋から冬に利用率上昇）

計算サーバの利用状況

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 1. スーパーコンピュータシステムの概要

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 1. スーパーコンピュータシステムの概要 1-1. スパコンシステムとは

利用形態 • 基本サービス：電子メールアカウントの取得・利用、ホームページの作成・公開（研究室Webページなど）、一部のアプリケーションも利用可能 • 計算サービス：計算サーバを利用したジョブの実行、アプリケーションの利用（年度末には研究成果報告書の提出義務あり）

課金

• 基本サービス：ディスクに対する定額制（月額1,000円）。 • 計算サービス：ディスクに対する定額制（月額1,000円)に加え、計算時間に応じた従量課金上限制（計算時間に対する上限金額は3万円）。 ※ 上記はいずれもファイルサーバおよび計算サーバのディスク使用量がそれぞれ5GB以内の場合

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 1. スーパーコンピュータシステムの概要 1-２. サービス形態

サービス形態基本サービス（必須）計算サービス（オプション） • メールアカウントの取得・利用 • 計算サーバの利用 • ホームページの作成・公開 • アプリケーションの利用（※1）サービス内容 • 一部アプリケーションの利用（※1）（新規利用申請書で計算サーバの利新規利用申請書（計算サーバも必要な提出書類用を申請していない場合）計算サー同時に利用申請可能）バ利用申請書（翌年度も継続する場合）年度末の継続利用申請書研究成果報告書提出書類（利用を継続しない場合）利用取消申請書

※１アプリケーションによっては、別途特殊アプリケーション利用申請書の提出が必要になります。

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 1. スーパーコンピュータシステムの概要

※ 1CPUで35日間利用した場合に相当 1-３. 利用負担金課金対象課金方法（支払科目は原則運営費です） 36円／時間/CPU : これは千円弱/日程度 CPU時間ただし上限3万円/月（※）計算サーバディスク５GBごとに 1,000円／月（最大使用容量20GB）

ファイルサーバディスク 5GBごとに 1,000円／月（最大使用容量10GB）

具体例ファイル計算サーバ計算サーバ請求額サーバ（ディスク） (CPU）ケース1：基本サービス 1,000円 0円 0円 1,000円メールのみの使用ケース2：基本サービス 2,000円 0円 0円 2,000円研究室ホームページとして使用（7GBのディスク使用）ケース3：基本サービス＋計算サービス 1,000円 2,000円 3,456円 6,456円計算サーバ上で4CPUを24時間使用ディスクは7GB使用ケース4：基本サービス＋計算サービス 1,000円 3,000円 110,592円 34,000円計算サーバ上で32CPUを96時間使用（請求額：3万ディスクは12GB使用円）

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 1. スーパーコンピュータシステムの概要 1-４. ヘルプデスク

よくわからないこと、お困りのことなどありましたらお気軽にお問い合わせください。

メールアドレス： [email protected] 電話：0774-38-3265 部屋：化研総合研究実験棟 CB202 URL http://www.scl.kyoto-u.ac.jp

例えば・・・

• 提出書類の記載方法が分からない • メールが受信できない・送信できない • 計算サーバでのバッチシステムの利用方法が分からない • アプリケーションを自分のＰＣ端末にインストールできない • アプリケーションを実行すると、計算途中でエラーとなってしまう

宇治地区内であれば、直接研究室にお邪魔して問題解決のお手伝いをすることもあります。

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ２. 利用申請手続きの方法

1. スーパーコンピュータシステムの概要 1-1. スパコンシステムとは 1-2. サービス形態 1-3. 利用負担金 1-4. ヘルプデスク

2. 利用申請手続きの方法 2-1. 申請フロー 2-2. 新規利用申請書作成方法 2-3. 研究成果報告書

3. 基本サービス 3-1. メールサービス 3-2. ホームページ公開サービス

4. 計算サービス 4-1. 計算サーバの特徴 4-2. 計算サーバの利用方法

5. アプリケーションと講習会

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ２. 利用申請手続きの方法

２-１. 申請フロー新規利用申請の流れ http://www.scl.kyoto-u.ac.jp 計算サービスの要・不要を指示数日程度でアカウントが取得可能

新規利用申請新規利用認定書の受取・ロ本人の捺印書を作成・印刷申請書グインIDや初期パスワードの確認申請者支払い責任者が支払責任者の経理責任者の化研所属の場合捺印捺印には原則不要

学内便送付

学内便送付申請書の受理・申利用認定請内容の確認書スパコンシステム運用担当者

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ２. 利用申請手続きの方法

２-１. 申請フローその他の申請の流れ

• 計算サーバ利用申請 http://www.scl.kyoto-u.ac.jp • パスワード初期化申請 • 特殊アプリケーション利用申請 • 継続利用申請数日程度で処理 • 利用取り消し申請が完了

利用申請書を新規利用認定書の受取・内本人の捺印作成・印刷申請書容の確認

申請者支払責任者の経理責任者の継続利用申請時の捺印捺印み。さらに、支払い責任者が化研所属の場合には原則不要

学内便送付

学内便送付申請書の受理・申利用認定請内容の確認書スパコンシステム運用担当者

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ２. 利用申請手続きの方法２-２. 新規利用申請書作成方法

登録利用申請画面

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ２. 利用申請手続きの方法２-２. 新規利用申請書作成方法希望するメールアドレス名やアカウント登録利用申請画面名を入力（最大8文字）

利用者の姓・名を入力

計算サーバも使用する場合には「計算サーバー使用」を選択

警告メッセージ

• 入力箇所は全部で5か所です。 • 入力後に「データ再確認」を押して、入力した内容に誤りなどが無いかを確認します。警告メッセージがなくなれば、「新規申請書の作成」ボタンが現れますので、そのボタンを押してください。

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ２. 利用申請手続きの方法２-２. 新規利用申請書作成方法

• 学外連絡先に記載した場合、スパコンシステムからの書類の送付先を、所属研究室ではなく、学外連絡先にすることができます。利用者が、所属研究室に長期間不在などの場合に記入ください。 • 学生、研究生、研修員は指導教官の記載・捺印が必要です。 • 支払科目を運営費以外にすることはできません。宇治地区の一部の研究所等では、科研費・受託研究費・寄付金での支払いが可能ですが、その場合でも一度運営費での申請とし、後日支払科目変更申請書で変更してください。 • 入力後に「データ確認」ボタンを押して、入力した内容に誤りなどが無いかを確認します。警告メッセージがなくなれば、「新規申請書の作成」ボタンが現れますので、そのボタンを押してください。 • 画面をそのまま印刷してもよいですし、PDF形式として表示したのちにそれを印刷しても構いません。 == 新規利用申請書印刷後 == • 利用者、（指導教官、）支払責任者の㊞に捺印をお願いします。 • 支払責任者が化学研究所以外の職員の場合には、経理責任者の欄にも記入・捺印をお願いします。 • すべての記入が終わりましたら、学内便にてスパコンシステムまで送付ください。内容に不備が無ければ、学内便にて受領後、1－2日程度で利用認定書を送付します。警告メッセージ

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ２. 利用申請手続きの方法２-3. 研究成果報告書

• 研究成果報告書は、スパコンシステムの維持・発展に必要な報告書です。 • 計算サーバの利用申請をされた方が対象です。 • 記載分量としては、1ページ45行程度で、2ページから4 ページ程度でお願いします。 • 提出期限は2月末日です。 • 年度途中で計算サーバの利用を中止もしくはアカウントの利用取消をされた場合でも速やかにご提出ください。 • 年に1回研究成果報告書として、スパコンシステムの Web上にて一般に公開されます。 • 計算サーバを申請したものの実際には使用しなかった場合には、使用目的や今後の利用計画などを記載ください。

ご協力をよろしくお願いいたします。

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ３. 基本サービス

1. スーパーコンピュータシステムの概要 1-1. スパコンシステムとは 1-2. サービス形態 1-3. 利用負担金 1-4. ヘルプデスク

2. 利用申請手続きの方法 2-1. 申請フロー 2-2. 新規利用申請書作成方法 2-3. 研究成果報告書

3. 基本サービス 3-1. メールサービス 3-2. ホームページ公開サービス

4. 計算サービス 4-1. 計算サーバの特徴 4-2. 計算サーバの利用方法

5. アプリケーションと講習会 5-1. アプリケーション 5-2. 講習会

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ３. 基本サービス

サービス形態基本サービス（必須）計算サービス（オプション） • メールアカウントの取得・利用 • プログラミングサービス内容 • ホームページの作成・公開 • アプリケーションの利用 • 一部アプリケーションの利用３-１. メールサービス

KUINS

ユーザメール送信 KUINS-VPNサービス（SMTP）ウィルスチェックユーザ

学外メール受信（POP/IMAP）メールサーバ Webメール（HTTPS）ユーザ

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ３. 基本サービス３-１. メールサービス Mac OS X: Mail

具体的な手順は以下を参照ください。 http://www.scl.kyoto-u.ac.jp/Session/mail_mac.html

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ３. 基本サービス３-１. メールサービス Windows: Outlook2010

具体的な手順は以下を参照ください。 http://www.scl.kyoto-u.ac.jp/Session/mail_win.html

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ３. 基本サービス

サービス形態基本サービス（必須）計算サービス（オプション） • メールアカウントの取得・利用 • プログラミングサービス内容 • ホームページの作成・公開 • アプリケーションの利用 • 一部アプリケーションの利用３-２. ホームページ公開サービス

世界中からアクセス可能ファイル転送

ファイルサーバ http://www.scl.kyoto-u.ac.jp/~username/

用途：研究室のホームページ作成・公開

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ４. 計算サービス

1. スーパーコンピュータシステムの概要 1-1. スパコンシステムとは 1-2. サービス形態 1-3. 利用負担金 1-4. ヘルプデスク

2. 利用申請手続きの方法 2-1. 申請フロー 2-2. 新規利用申請書作成方法 2-3. 研究成果報告書

3. 基本サービス 3-1. メールサービス 3-2. ホームページ公開サービス

4. 計算サービス 4-1. 計算サーバの特徴 4-2. 計算サーバの利用方法

5. アプリケーションと講習会

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ４. 計算サービス 4-1. 計算サーバの特徴

計算サーバ SGI UV1000

「世界最速の商用スーパーコンピュータ」(出典：日本SGI公式サイト）

特徴： • 最大2,048コアをサポート。アーキテクチャ上の最大構成は262,144コアまで拡張可能。 • SGI UVの最も優れた機能の1つとして挙げられるのは、シングル・システム・イメージでの最大16TBのグローバル共有メモリのサポート。 • ハードウェア・プラットフォームがオープン標準ベースであり、x86アーキテクチャを採用。さらに、 SUSE Linux を搭載。 • 柔軟なシステム拡張が可能。業界標準のPCI Express拡張スロットを搭載し、ネットワーク、グラフィックス、GPUカードをシームレスにサポート。

スーパーコンピュータとは…

スーパーコンピュータの定義は時代によって大きく変化するが、一般的にはその時代の最新技術が投入された最高性能の計算機を指す。現時点では一般的に使用されるサーバ機よりも浮動小数点演算が1,000倍以上速いコンピュータを「スーパーコンピュータ」と呼ぶことが多い。

日本の文部科学省の科学技術・学術審議会では2005年現在、1.5TFLOPS以上の演算性能を持つコンピュータを政府調達における「スーパーコンピュータ」と位置付けている。（出典：Wikipedia）

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ４. 計算サービス 4-1. 計算サーバの特徴

現行システム旧システムホスト名 uva uvb altix CPUコア数 512 512 256 メモリ 4TB 4TB 1TB プロセッサ 8core Intel 64bit 8core Intel 64bit 2core Intel IA64 Xeon E7ファミ Xeon E7ファミ 1.6GHz リー 2.66GHz リー 2.66GHz 理論演算性能 10.9TFlops 10.9TFlops 1.6TFlops OS Suse Linux Suse Linux Suse Linux Enterprise Enterprise Enterprise Server Server11sp1 Server11sp1 ディスクユーザあたり 20GB ユーザあたり 8GB

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ４. 計算サービス 4-2. 計算サーバの利用方法

uva（512core) uvb（512core) • ログインでは ssh コマンドを利用 • どちらの計算サーバにログインしてもよい。 • ユーザが利用するディスクは共有されているため、どちらの計算サーバでも同じファイルを閲覧・編集できる。 • ジョブスケジューラーがジョブを管理 • ジョブスケジューラーとしてはPBSを利用 • 計算サーバの使用状況に応じて、ジョブを実行するサーバを決定

ログインファイルサーバユーザ

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ４. 計算サービス 4-2. 計算サーバの利用方法

ジョブ管理システム PBS

•PBS は、アルテアエンジニアリングによって開発された、ジョブ管理システムです。代表的なジョブ管理システムとしては、他にNQEやSGEが有名です。

•ジョブ管理システムを利用することで、ある特定のユーザが計算リソースを占有してしまうことを防ぎます。また、一度に多くのジョブをユーザが投入しても、計算サーバの処理能力を超えないよう、一部のジョブを待機状態とし、実行中のジョブが終了した後で、待機状態のジョブを実行させるといった制御が可能です。

•利用イメージ：ジョブの投入 ⇒ ジョブ待機 ⇒ ジョブ実行 ⇒ ジョブ終了多くのジョブが投入されていると、ある一定の条件となるまでジョブは実行されません。

•スパコンシステムで運用されているPBSでは、必要な計算リソースに応じて、現在4つのキューが設けられています。多くの計算リソースが利用可能なキューでジョブを実行させると、他のキューのジョブよりも実行にやや時間がかかります。

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ４. 計算サービス 4-2. 計算サーバの利用方法

PBSで利用可能なキュー http://www.scl.kyoto-u.ac.jp/Attention_Altix/altix_batch_sys.html

キュー SMALL MEDIUM LARGE HUGE

ジョブの特徴小規模ジョブ中規模ジョブ超並列ジョブ大規模メモリジョブ

キュー待ちから高やや高中低の実行順位ジョブ実行の優先高やや高中低順位（nice値)

演算時間 224 days 448 days 3584 days 672 days

ジョブ最大メモリ容量 32 GB 128 GB 512 GB 1536 GB あたり

最大コア数 8 core 16 core 64 core 12 core

(キューあたりの) 制限なし制限なし制限なし 4 最大ジョブ数原則はすべて利用可能。ただし、DSおよびSCIGRESS は SMALLキューのみ利用。実行アプリケーション MS/DS、SCIGRESS で指定できるコア数は最大8まで。ユーザあたり利用可能なコア数：100 core, 利用可能なメモリ：2 TB

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ４. 計算サービス 4-2. 計算サーバの利用方法

パス制限

ホームディレクトリ ~user名（例：~fukumoto） 20GB

一時領域（880GB） /aptmp/~user名サイズに対する制限はなし。た（例：/aptmp/fukumoto）だし、3か月以上アクセスが無いファイルは自動的に削除されます。

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ５. アプリケーションと講習会特徴

 計算化学を中心としたアプリケーションが充実（有償・無償問わず）  特にGaussianおよびMaterials Studio/Discovery Studio はサイトライセンス保有のため、ライセンス数を意識せずにすべての計算モジュールを自由に利用可能。（ただし、Gaussian は宇治地区のみ）  研究室内のPC端末で実行可能なアプリケーションも多数あり  利用に関して不明な点もヘルプデスクにてサポート  専門的な内容についてもヘルプデスクにて対応。質問内容をヘルプデスクに送付いただくことで、ヘルプデスクがユーザに代わって各アプリケーションのユーザサポートに問い合わせを行い、ユーザへ回答します。（有償アプリケーションが対象）  年に1回、有償アプリケーションの多くは、実習を伴った講習会を化研総合研究実験棟演習室 CB202 にて開催。無料で参加可能。  一部のアプリケーションについては、アプリケーションベンダーが開催する外部の講習会への参加が可能。

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ５. アプリケーションと講習会 5-1. アプリケーション

種別研究室のPC端末で利用可能サーバで利用可能 Perl, GCC, DDD, IMSL, プログラミング Intel C/C++, Intel Fortran, Intel MKL Materials Studio/Discovery Studio（※1）, Materials Studio/Discovery Studio（※1）統合アプリ SCIGRESS （※ ）（※ ）計算化学 Gaussian, GaussView 2 Gaussian 2 , GaussView, 量子化学 BAND, ADF, GAMESS 分子動力学 Amber, Gromacs, NAMD 化合物DB Reaxys CSD（※3）汎用 AVS/Express Viz gnuplot, xmgrace 可視化化学関連 MOLMOL, Jmol, VMD 数学 Mathematica Mathematica, Octave, R 物理 EGS5 ジョブ管理 CAE-navi PBS

※1 Materials Studio/Discovery Studio はすべての計算モジュールが利用できます。 ※2 Gaussian, GaussViewは、宇治地区サイトライセンスのため、宇治地区であればスパコンシステムのユーザでなくても無償で利用できます。 ※3 CSDを利用するには、PC端末側でX Window環境が必要です。

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ５. アプリケーションと講習会

CAE-navi • CAE-navi は、シンプルで使いやすい Webインターフェースを通して、計算サーバへジョブを投入したり、状況を確認することができるシステムです。

• ジョブ管理システムPBSのコマンドを知らなくても、CAE- naviのGUIを通して、基本的なPBSコマンドと同等の作業を行うことが可能です。

• 通常はログインしないとジョブの実行や状態を確認できません。しかし、CAE-naviを使うことで、新たなジョブの投入や実行中のジョブの停止、また実行ジョブの状況確認（使用メモリサイズ、出ファイルの内容確認）が可能です。

• 計算化学アプリケーションとしては、Gaussianをサポートしています。

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ５. アプリケーションと講習会

キューの混雑具合を見ることが出来ますここからスタート

アプリケーションを選択、ジョブの作成ができますさまざまな条件でジョブ表示を絞り込むことができます。マニュアル表示が行えます

投入されているジョブの一覧を見ることが出来ます。５. アプリケーションと講習会 Materials Studio 量子力学、古典力学、メソスケール、統計、分析/結晶化ツール等の総合的なシミュレーション機能を提供。多数の計算モジュールにより、様々なサイズやタイムスケールで材料を評価でき、より正確な物性予測と最短時間での評価が可能です。 Discovery Studio

創薬研究やタンパク質モデリング研究を効果的に行う、単一で使いやすい統合グラフィックインタフェース。タンパク質モデリング、ファーマコフォアモデルの解析、Structure Based Design はもちろんのこと、他のベンダーのアプリケーションソフトもシームレスに統合、実行することができます。

ライセンスアカデミックサイトライセンス契約：宇治・吉田・桂の3地区が対象利用できる計算モジュールやライセンス数に制約がない。

【利用条件】アカデミックサイトライセンス契約では、学問的使用および学問的研究を目的とした使用で、使用結果に関しては秘密性や独占性がなく、直ちに公表できる研究にのみ利用が認められます。また、企業からの資金提供を受けたプロジェクトではこれらソフトウェアを利用することはできず、公的資金で運営されているプロジェクトでのみの利用となります。

さらに、利用者自身の研究目的にのみ利用することができ、受託解析を行うことはできません。ただし、他の大学と共同研究を実施して京都大学の研究者が解析を行った場合、その解析結果がその京都大学の研究者の名前を含めて発表されるのであれば、問題ありません。

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ５. アプリケーションと講習会 Materials Studio 量子力学、古典力学、メソスケール、統計、分析/結晶化ツール等の総合的なシミュレーション機能を提供。多数の計算モジュールにより、様々なサイズやタイムスケールで材料を評価でき、より正確な物性予測と最短時間での評価が可能です。製品説明量子力学シミュ密度汎関数理論、線形スケーリング、QM/MM、半経験的手法を含む量子力学に基づく、レーションツー分子構造や周期構造のシミュレーションのためのツール群。ル適用対象：分子、ポリマーなどの有機材料、半導体金属、セラミックスなどの無機材料、ナノチューブや金属クラスターなどのナノ材料、そして各種の触媒材料など計算モジュール：CASTEP, NMR CASTEP, DMol3, ONETEP, QMERA, VAMP 古典的シミュ原子間や分子間の古典的な相互作用に基づいて計算するためのツール群。分子動力学、レーションツー格子力学、さまざまなモンテカルロベースの手法などが含まれ、利用できる数種類の力ル場パラメータセットがある。計算モジュール：Conformers, Amorphous Cell, COMPASS, Discover&Forcite Plus, GULP, Blends, Equilibria, Adsorption Locator, Sorption シメソスケー一群の原子をビーズに置き換える粗視化アプローチに基づく手法をシミュレーションすル・シミュレーるためのツール群。古典的なツールでの取り扱い範囲を超えるような空間的・時間的スションツールケールで分子の振舞いをモデリングすることが可能。計算モジュール：MesoDyn, Mesocite 統計ツール分子の特性を実験で観測される物性値に直接関連付けることで、化合物をすばやくスクリーニングするためのツール。計算モジュール：QSAR, QSAR Plus, Synthia 分析/結晶化結晶構造や結晶成長の調査、予測、改良のためのツール。ツール計算モジュール：Morphology, Polymorph Predictor, Motif, Reflex, Reflex Plus, Reflex QPA, X-cell 2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ５. アプリケーションと講習会 Discovery Studio

創薬研究やタンパク質モデリング研究を効果的に行う、単一で使いやすい統合グラフィックインタフェース。タンパク質モデリング、ファーマコフォアモデルの解析、Structure Based Design はもちろんのこと、他のベンダーのアプリケーションソフトもシームレスに統合、実行することができます。製品説明配列解析既知タンパク質との配列比較による、生物学的機能を同定するためのツール。具体的にはBLAST, PSI BLASTアルゴリズムを使用。モデリングタンパク質のホモロジーモデルの生成やCHARMmによるループ構造や側鎖の最適化、タンパク質機能の理解、モデル構造の評価、ZDOCKアルゴリズムによる剛体ドッキングの実行を行うためのツール群。バイオポリマー生体分子モデル構築と静電場解析の実行構築および解析シミュレーショ分子のエネルギーや分子動力学、さらにMDトラジェクトリの解析も可能。ン受容体・リガンフレッキシブルドッキング、モンテカルロによるリガンドコンフォーマのサンプリングド相互作用と結合サイトとのドッキング、リガンド-タンパク質相互作用評価、母核(scaffold)の迅速な同定による候補化合物の作成などが可能。 QM/MM QM/MM的手法によるタンパク質-リガンドモデリングの実行。ファーマコファ定性的・定量的なファーマコファモデルの自動作成、受容体の活性サイトの空間的制約モデリングと解を満たす化合物検索やその適合度の判定が可能。析他にも、QSARやADMETに関するモジュールも用意されています。

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ５. アプリケーションと講習会 Gaussian

Gaussianは、広範囲にわたる ab initio モデルや半経験的モデルをサポートした汎用量子化学計算パッケージプログラムです。量子力学の基本法則から、エネルギー、分子構造、分子系の振動数を予測します。また、これらの基本的な計算の種類から導かれる様々な分子特性も予測できます。

ライセンススパコンシステムで購入したライセンスの他、他の研究室にて購入されたライセンスの一部についても管理しています。利用可能なライセンスは次の通りです。なお、これらのライセンスは、宇治地区の研究者であればスパコンシステムのユーザでなくてもご利用できます。

Windows MacOS X MacOS X UNIX Source (IA32) (EM64T) EM64T Gaussian09 A02 C01 C01 C01 C01 GaussView 5 5 5

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ５. アプリケーションと講習会 SCIGRESS SCIGRESSは、分子のモデリングから計算実行、計算結果の解析までを統合的なGUIで行うことが可能な計算化学統合プラットフォームです。分子軌道法、密度汎関数法、分子力学や分子動力学法など、数多くの計算手法やそれらに対する解析機能を包含しています。 SCIGRESSを利用することで、原子・分子レベルの微細な挙動や性質の解析が可能となり、低分子から高分子、結晶までの多岐にわたる材料に適用でき、最先端の材料研究や実験結果の検証、さらに教育目的など様々な分野に利用できます。 Workspace

等電子密度面表示静電ポテンシャル面表示

画像出典：http://jp.fujitsu.com/solutions/hpc/app/scigress/summary/

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ５. アプリケーションと講習会 AVS/Express Viz

AVS (Application Visualization System)は、計算、計測、実験データをグラフィックス表示するために各種のビューアが標準で装備されています。これらのビューアにより、２次元および３次元の時系列データを容易にアニメーション表示することができます。計算化学アプリケーションによる出力データの可視化、医療画像、有限要素法解析、流体力学、一般画像処理、分子設計、CAD デ－タ表示等、さまざまなデータの可視化に対応したツールです。

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ５. アプリケーションと講習会 Mathematica

Mathematica は数式処理機能とグラフィックスをインターフェースで統合した統合化数式処理システムです。

• 多項式の因数分解・展開、微積分、各種行列計算等 • 方程式の展開／求根 • ユーザ定義関数のプログラミング • 記録された数式の再構成 • グラフ化（2次元、3次元） • アニメーション

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ５. アプリケーションと講習会 Reaxys Reaxys（リアクシス）は、有機化合物、無機化合物・錯体および特許情報を統合したファクトデータベースです。合成ルートの多段階表示により、目的化合物への経路を効率よく計画可能

同時利用者数の制限がなく、 24時間365日アクセス可能

Reaxys Windowsだけでなくを使うと･･･ Macでも利用可能  有機化合物や無機化合物、錯体、特許情報を同時に検索できます  フルテキストにアクセスしなくても、化合物の実測物性値や生物活性データを調査できます  目的化合物の合成計画を、複数の合成ルートと比較しながら立案できます 2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ５. アプリケーションと講習会 5-2. 講習会

種別研究室のPC端末で利用可能サーバで利用可能 Perl, GCC, DDD, IMSL, プログラミング Intel C/C++, Intel Fortran, Intel MKL Materials Studio/Discovery Studio Materials Studio/Discovery Studio 統合アプリ（※1）, SCIGRESS （※1）（※ ）（※ ）計算化学 Gaussian, GaussView 2 Gaussian 2 , GaussView, 量子化学 BAND, ADF, GAMESS 分子動力学 Amber, Gromacs, NAMD 化合物DB Reaxys CSD（※3）汎用 AVS/Express Viz gnuplot, xmgrace 可視化化学関連 MOLMOL, Jmol, VMD 数学 Mathematica Mathematica, Octave, R 物理 EGS5 ジョブ管理 CAE-navi PBS

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ５. アプリケーションと講習会 5-2. 講習会

講習会日程時間講師申込スパコンシステム利用説明会 5/25 13:00-16:00 スパコンシステム福本淳司受付中計算サーバ利用講習会 6/15 13:00-16:00 スパコンシステム福本淳司受付中最適化・並列化プログラミング日本SGI(株) HPC技術推進本部 6/29 10:00-16:00 受付中講習会五十木秀一様サイバネットシステム（株）ビジュ AVS/Express Viz 講習会 7/5 13:00-16:00 受付中アリゼーション部松岡憲昭様 CAE-navi講習会 7/19 13:00-16:00 日本SGI(株) 受付中ローグウェーブソフトウェアジャパ IMSL講習会 7/25 14:00-16:00 受付中ン(株)技術部須賀恵美子様 SCIGRESS講習会 7月午後富士通準備中 Mathematica入門講習会 9月午後未定準備中 Gaussian講習会 9月午後ヒューリンクス準備中 9月終日 Materials Studio 講習会アクセルリス準備中 9月終日 Discovery Studio 講習会 9月終日アクセルリス準備中 Reaxys講習会 10月午後未定準備中

2012年度スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25