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2012年度 スーパーコンピュータシステム 利用説明会 5/25 13:00-16:00

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2012年度 スーパーコンピュータシステム 利用説明会 5/25 13:00-16:00 2012年度 スーパーコンピュータシステム 利用説明会 5/25 13:00-16:00 2012年5月25日 Agenda 1. スーパーコンピュータシステムの概要 1-1. スパコンシステムとは 1-2. サービス形態 1-3. 利用負担金 1-4. ヘルプデスク 2. 利用申請手続きの方法 2-1. 申請フロー 2-2. 利用申請書作成方法 2-3. 研究成果報告書 3. 基本サービス 3-1. メールサービス 3-2. ホームページ公開サービス 4. 計算サービス 4-1. 計算サーバの特徴 4-2. 計算サーバの利用方法 5. アプリケーションと講習会 2012年度 スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 1. スーパーコンピュータシステムの概要 1-1. スパコンシステムとは スパコン設備 • １９９２年１月より運用を開始した、京都大学の研究設備 • 世界的に見てもトップレベルのスパコン（合計4,000コア） • 最大64コアもしくは1.5TBメモリを使った大規模ジョブが実行可能 • KUINSネットワークから利用可能 利用者 • 京都大学に所属する学生・研究生・研究員に広く開放。また、支払い責任者が京都大 学教職員であれば、京都大学外の研究者も利用可能 • 4月時点での利用者数：およそ330名（内、計算サーバ利用者：およそ50名） • 計算リソースは十分に余裕あり（例年秋から冬に利用率上昇） 計算サーバの利用状況 2012年度 スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 1. スーパーコンピュータシステムの概要 2012年度 スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 1. スーパーコンピュータシステムの概要 1-1. スパコンシステムとは 利用形態 • 基本サービス： 電子メールアカウントの取得・利用、ホームページの作成・公開 （研究室Webページなど）、一部のアプリケーションも利用可能 • 計算サービス：計算サーバを利用したジョブの実行、アプリケーションの利用（年度 末には研究成果報告書の提出義務あり） 課金 • 基本サービス：ディスクに対する定額制（月額1,000円）。 • 計算サービス：ディスクに対する定額制（月額1,000円)に加え、計算時間に応じた従量 課金上限制（計算時間に対する上限金額は3万円）。 ※ 上記はいずれもファイルサーバおよび計算サーバのディスク使用量がそれぞれ5GB以内の場合 2012年度 スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 1. スーパーコンピュータシステムの概要 1-２. サービス形態 サービス形態 基本サービス（必須） 計算サービス（オプション） • メールアカウントの取得・利用 • 計算サーバの利用 • ホームページの作成・公開 • アプリケーションの利用（※1） サービス内容 • 一部アプリケーションの利用 （※1） （新規利用申請書で計算サーバの利 新規利用申請書（計算サーバも 必要な提出書類 用を申請していない場合）計算サー 同時に利用申請可能） バ利用申請書 （翌年度も継続する場合） 年度末の 継続利用申請書 研究成果報告書 提出書類 （利用を継続しない場合） 利用取消申請書 ※１ アプリケーションによっては、別途特殊アプリケーション利用申請書の提出が必 要になります。 2012年度 スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 1. スーパーコンピュータシステムの概要 ※ 1CPUで35日間利用した場合に相当 1-３. 利用負担金 課金対象 課金方法（支払科目は原則運営費です） 36円／時間/CPU : これは千円弱/日程度 CPU時間 ただし上限3万円/月（※） 計算サーバ ディスク ５GBごとに 1,000円／月 （最大使用容量20GB） ファイルサーバ ディスク 5GBごとに 1,000円／月 （最大使用容量10GB） 具体例 ファイル 計算サーバ 計算サーバ 請求額 サーバ （ディスク） (CPU） ケース1：基本サービス 1,000円 0円 0円 1,000円 メールのみの使用 ケース2：基本サービス 2,000円 0円 0円 2,000円 研究室ホームページとして使用 （7GBのディスク使用） ケース3：基本サービス＋計算サービス 1,000円 2,000円 3,456円 6,456円 計算サーバ上で4CPUを24時間使用 ディスクは7GB使用 ケース4：基本サービス＋計算サービス 1,000円 3,000円 110,592円 34,000円 計算サーバ上で32CPUを96時間使用 （請求額：3万 ディスクは12GB使用 円） 2012年度 スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 1. スーパーコンピュータシステムの概要 1-４. ヘルプデスク よくわからないこと、お困りのことなどありましたら お気軽にお問い合わせください。 メールアドレス： [email protected] 電話：0774-38-3265 部屋：化研 総合研究実験棟 CB202 URL http://www.scl.kyoto-u.ac.jp 例えば・・・ • 提出書類の記載方法が分からない • メールが受信できない・送信できない • 計算サーバでのバッチシステムの利用方法が分からない • アプリケーションを自分のＰＣ端末にインストールできない • アプリケーションを実行すると、計算途中でエラーとなってしまう 宇治地区内であれば、直接研究室にお邪魔して問題解決のお手伝いをする こともあります。 2012年度 スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ２. 利用申請手続きの方法 1. スーパーコンピュータシステムの概要 1-1. スパコンシステムとは 1-2. サービス形態 1-3. 利用負担金 1-4. ヘルプデスク 2. 利用申請手続きの方法 2-1. 申請フロー 2-2. 新規利用申請書作成方法 2-3. 研究成果報告書 3. 基本サービス 3-1. メールサービス 3-2. ホームページ公開サービス 4. 計算サービス 4-1. 計算サーバの特徴 4-2. 計算サーバの利用方法 5. アプリケーションと講習会 2012年度 スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ２. 利用申請手続きの方法 ２-１. 申請フロー 新規利用申請の流れ http://www.scl.kyoto-u.ac.jp 計算サービスの 要・不要を指示 数日程度でアカ ウントが取得可能 新規利用申請 新規利用 認定書の受取・ロ 本人の捺印 書を作成・印刷 申請書 グインIDや初期パ スワードの確認 申請者 支払い責任者が 支払責任者の 経理責任者の 化研所属の場合 捺印 捺印 には原則不要 学内便送付 学内便送付 申請書の受理・申 利用認定 請内容の確認 書 スパコンシステム 運用担当者 2012年度 スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ２. 利用申請手続きの方法 ２-１. 申請フロー その他の申請の流れ • 計算サーバ利用申請 http://www.scl.kyoto-u.ac.jp • パスワード初期化申請 • 特殊アプリケーション利用申請 • 継続利用申請 数日程度で処理 • 利用取り消し申請 が完了 利用申請書を 新規利用 認定書の受取・内 本人の捺印 作成・印刷 申請書 容の確認 申請者 支払責任者の 経理責任者の 継続利用申請時の 捺印 捺印 み。さらに、支払い責 任者が化研所属の 場合には原則不要 学内便送付 学内便送付 申請書の受理・申 利用認定 請内容の確認 書 スパコンシステム 運用担当者 2012年度 スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ２. 利用申請手続きの方法 ２-２. 新規利用申請書作成方法 登録利用申請画面 2012年度 スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ２. 利用申請手続きの方法 ２-２. 新規利用申請書作成方法 希望するメールアドレス名やアカウント 登録利用申請画面 名を入力（最大8文字） 利用者の姓・名を入力 計算サーバも使用する場合には「計算サーバー使用」を選択 警告メッセージ • 入力箇所は全部で5か所です。 • 入力後に「データ再確認」を押して、入力した内容に誤りなどが無いかを確認します。警告メッセー ジがなくなれば、「新規申請書の作成」ボタンが現れますので、そのボタンを押してください。 2012年度 スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ２. 利用申請手続きの方法 ２-２. 新規利用申請書作成方法 • 学外連絡先に記載した場合、スパコンシステムからの書 類の送付先を、所属研究室ではなく、学外連絡先にするこ とができます。利用者が、所属研究室に長期間不在など の場合に記入ください。 • 学生、研究生、研修員は指導教官の記載・捺印が必要で す。 • 支払科目を運営費以外にすることはできません。宇治地 区の一部の研究所等では、科研費・受託研究費・寄付金 での支払いが可能ですが、その場合でも一度運営費での 申請とし、後日支払科目変更申請書で変更してください。 • 入力後に「データ確認」ボタンを押して、入力した内容に誤 りなどが無いかを確認します。警告メッセージがなくなれ ば、「新規申請書の作成」ボタンが現れますので、そのボ タンを押してください。 • 画面をそのまま印刷してもよいですし、PDF形式として表 示したのちにそれを印刷しても構いません。 == 新規利用申請書印刷後 == • 利用者、（指導教官、）支払責任者の㊞に捺印をお願いし ます。 • 支払責任者が化学研究所以外の職員の場合には、経理 責任者の欄にも記入・捺印をお願いします。 • すべての記入が終わりましたら、学内便にてスパコンシス テムまで送付ください。内容に不備が無ければ、学内便に て受領後、1－2日程度で利用認定書を送付します。 警告メッセージ 2012年度 スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ２. 利用申請手続きの方法 ２-3. 研究成果報告書 • 研究成果報告書は、スパコンシステムの維持・発展に 必要な報告書です。 • 計算サーバの利用申請をされた方が対象です。 • 記載分量としては、1ページ45行程度で、2ページから4 ページ程度でお願いします。 • 提出期限は2月末日です。 • 年度途中で計算サーバの利用を中止もしくはアカウン トの利用取消をされた場合でも速やかにご提出くださ い。 • 年に1回研究成果報告書として、スパコンシステムの Web上にて一般に公開されます。 • 計算サーバを申請したものの実際には使用しなかっ た場合には、使用目的や今後の利用計画などを記載 ください。 ご協力をよろしくお願いいたします。 2012年度 スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ３. 基本サービス 1. スーパーコンピュータシステムの概要 1-1. スパコンシステムとは 1-2. サービス形態 1-3. 利用負担金 1-4. ヘルプデスク 2. 利用申請手続きの方法 2-1. 申請フロー 2-2. 新規利用申請書作成方法 2-3. 研究成果報告書 3. 基本サービス 3-1. メールサービス 3-2. ホームページ公開サービス 4. 計算サービス 4-1. 計算サーバの特徴 4-2. 計算サーバの利用方法 5. アプリケーションと講習会 5-1. アプリケーション 5-2. 講習会 2012年度 スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ３. 基本サービス サービス形態 基本サービス（必須） 計算サービス（オプション） • メールアカウントの取得・利用 • プログラミング サービス内容 • ホームページの作成・公開 • アプリケーションの利用 • 一部アプリケーションの利用 ３-１. メールサービス KUINS ユーザ メール送信 KUINS-VPNサービス （SMTP） ウィルスチェック ユーザ 学外 メール受信 （POP/IMAP） メールサーバ Webメール （HTTPS） ユーザ 2012年度 スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ３. 基本サービス ３-１. メールサービス Mac OS X: Mail 具体的な手順は以下を参照ください。 http://www.scl.kyoto-u.ac.jp/Session/mail_mac.html 2012年度 スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ３. 基本サービス ３-１. メールサービス Windows: Outlook2010 具体的な手順は以下を参照ください。 http://www.scl.kyoto-u.ac.jp/Session/mail_win.html 2012年度 スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ３. 基本サービス サービス形態 基本サービス（必須） 計算サービス（オプション） • メールアカウントの取得・利用 • プログラミング サービス内容 • ホームページの作成・公開 • アプリケーションの利用 • 一部アプリケーションの利用 ３-２. ホームページ公開サービス 世界中からアクセス可能 ファイル転送 ファイルサーバ http://www.scl.kyoto-u.ac.jp/~username/ 用途：研究室のホームページ作成・公開 2012年度 スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ４. 計算サービス 1. スーパーコンピュータシステムの概要 1-1. スパコンシステムとは 1-2. サービス形態 1-3. 利用負担金 1-4. ヘルプデスク 2. 利用申請手続きの方法 2-1. 申請フロー 2-2. 新規利用申請書作成方法 2-3. 研究成果報告書 3. 基本サービス 3-1. メールサービス 3-2. ホームページ公開サービス 4. 計算サービス 4-1. 計算サーバの特徴 4-2. 計算サーバの利用方法 5. アプリケーションと講習会 2012年度 スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ４. 計算サービス 4-1. 計算サーバの特徴 計算サーバ SGI UV1000 「世界最速の商用スーパーコンピュータ」(出典：日本SGI公式サイト） 特徴： • 最大2,048コアをサポート。アーキテクチャ上の最大構成は262,144コアまで拡 張可能。 • SGI UVの最も優れた機能の1つとして挙げられるのは、シングル・システム・イ メージでの最大16TBのグローバル共有メモリのサポート。 • ハードウェア・プラットフォームがオープン標準ベースであり、x86アーキテク チャを採用。さらに、 SUSE Linux を搭載。 • 柔軟なシステム拡張が可能。業界標準のPCI Express拡張スロットを搭載し、ネッ トワーク、グラフィックス、GPUカードをシームレスにサポート。 スーパーコンピュータとは… スーパーコンピュータの定義は時代によって大きく変化するが、一般的にはその時代の最新技術が投入された最高性能の 計算機を指す。現時点では一般的に使用されるサーバ機よりも浮動小数点演算が1,000倍以上速いコンピュータを「スー パーコンピュータ」と呼ぶことが多い。 日本の文部科学省の科学技術・学術審議会では2005年現在、1.5TFLOPS以上の演算性能を持つコンピュータを政府調達 における「スーパーコンピュータ」と位置付けている。 （出典：Wikipedia） 2012年度 スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ４. 計算サービス 4-1. 計算サーバの特徴 現行システム 旧システム ホスト名 uva uvb altix CPUコア数 512 512 256 メモリ 4TB 4TB 1TB プロセッサ 8core Intel 64bit 8core Intel 64bit 2core Intel IA64 Xeon E7ファミ Xeon E7ファミ 1.6GHz リー 2.66GHz リー 2.66GHz 理論演算性能 10.9TFlops 10.9TFlops 1.6TFlops OS Suse Linux Suse Linux Suse Linux Enterprise Enterprise Enterprise Server Server11sp1 Server11sp1 ディスク ユーザあたり 20GB ユーザあたり 8GB 2012年度 スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ４. 計算サービス 4-2. 計算サーバの利用方法 uva（512core) uvb（512core) • ログインでは ssh コマンドを利用 • どちらの計算サーバにログインしてもよい。 • ユーザが利用するディスクは共有されているため、ど ちらの計算サーバでも同じファイルを閲覧・編集でき る。 • ジョブスケジューラーがジョブを管理 • ジョブスケジューラーとしてはPBSを利用 • 計算サーバの使用状況に応じて、ジョブを実行する サーバを決定 ログイン ファイル サーバ ユーザ 2012年度 スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ４. 計算サービス 4-2. 計算サーバの利用方法 ジョブ管理システム PBS •PBS は、アルテアエンジニアリングによって開発された、ジョブ管理システムです。代 表的なジョブ管理システムとしては、他にNQEやSGEが有名です。 •ジョブ管理システムを利用することで、ある特定のユーザが計算リソースを占有してし まうことを防ぎます。また、一度に多くのジョブをユーザが投入しても、計算サーバの 処理能力を超えないよう、一部のジョブを待機状態とし、実行中のジョブが終了した後 で、待機状態のジョブを実行させるといった制御が可能です。 •利用イメージ： ジョブの投入 ⇒ ジョブ待機 ⇒ ジョブ実行 ⇒ ジョブ終了 多くのジョブが投入されていると、ある一定の条件となるまでジョブは実行されません。 •スパコンシステムで運用されているPBSでは、必要な計算リソースに応じて、現在4つ のキューが設けられています。多くの計算リソースが利用可能なキューでジョブを実行 させると、他のキューのジョブよりも実行にやや時間がかかります。 2012年度 スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ４. 計算サービス 4-2. 計算サーバの利用方法 PBSで利用可能なキュー http://www.scl.kyoto-u.ac.jp/Attention_Altix/altix_batch_sys.html キュー SMALL MEDIUM LARGE HUGE ジョブの特徴 小規模ジョブ 中規模ジョブ 超並列ジョブ 大規模メモリジョブ キュー待ちから 高 やや高 中 低 の実行順位 ジョブ実行の優先 高 やや高 中 低 順位（nice値) 演算時間 224 days 448 days 3584 days 672 days ジョブ 最大メモリ容量 32 GB 128 GB 512 GB 1536 GB あたり 最大コア数 8 core 16 core 64 core 12 core (キューあたりの) 制限なし 制限なし 制限なし 4 最大ジョブ数 原則はすべて利用可能。ただし、DSおよびSCIGRESS は SMALLキューのみ利用。 実行アプリケーション MS/DS、SCIGRESS で指定できるコア数は最大8まで。 ユーザあたり 利用可能なコア数：100 core, 利用可能なメモリ：2 TB 2012年度 スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ４. 計算サービス 4-2. 計算サーバの利用方法 パス 制限 ホームディレクトリ ~user名（例：~fukumoto） 20GB 一時領域（880GB） /aptmp/~user名 サイズに対する制限はなし。た （例：/aptmp/fukumoto） だし、3か月以上アクセスが無い ファイルは自動的に削除されま す。 2012年度 スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ５. アプリケーションと講習会 特徴 計算化学を中心としたアプリケーションが充実（有償・無償問わず） 特にGaussianおよびMaterials Studio/Discovery Studio はサイトライセンス保有のため、 ライセンス数を意識せずにすべての計算モジュールを自由に利用可能。（ただし、Gaussian は宇治地区のみ） 研究室内のPC端末で実行可能なアプリケーションも多数あり 利用に関して不明な点もヘルプデスクにてサポート 専門的な内容についてもヘルプデスクにて対応。質問内容をヘルプデスクに送付いただくこと で、ヘルプデスクがユーザに代わって各アプリケーションのユーザサポートに問い合わせを行 い、ユーザへ回答します。（有償アプリケーションが対象） 年に1回、有償アプリケーションの多くは、実習を伴った講習会を化研総合研究実験棟演習室 CB202 にて開催。無料で参加可能。 一部のアプリケーションについては、アプリケーションベンダーが開催する外部の講習会への 参加が可能。 2012年度 スーパーコンピュータシステム利用説明会 2012/5/25 ５. アプリケーションと講習会 5-1. アプリケーション 種別 研究室のPC端末で利用可能 サーバで利用可能 Perl, GCC, DDD, IMSL, プログラミング Intel C/C++, Intel Fortran, Intel MKL Materials Studio/Discovery Studio（※1）, Materials Studio/Discovery Studio（※1） 統合アプリ SCIGRESS （※ ） （※ ） 計算化学 Gaussian, GaussView 2 Gaussian 2 , GaussView, 量子化学 BAND, ADF, GAMESS 分子動力学 Amber, Gromacs, NAMD 化合物DB Reaxys CSD（※3） 汎用 AVS/Express Viz gnuplot, xmgrace 可視化 化学関連 MOLMOL, Jmol, VMD 数学 Mathematica Mathematica, Octave, R 物理 EGS5 ジョブ管理 CAE-navi PBS ※1 Materials Studio/Discovery Studio はすべての計算モジュールが利用できます。
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