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Sorbonne Université École Doctorale 227 "Science De La Nature Et De L'homme : Écologie Et Évolution" Institut D’Écologie Et Des Sciences De L’Environnement – Paris

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Sorbonne Université École Doctorale 227 Sorbonne Université École Doctorale 227 "Science de la Nature et de l'Homme : écologie et évolution" Institut d’Écologie et des Sciences de l’Environnement – Paris Implications des dynamiques éco-évolutives de la construction de niche pour la structure des (méta)communautés. Par Aurore Picot Thèse de doctorat d’écologie Dirigée par Nicolas Loeuille et Thibaud Monnin Présentée et soutenue publiquement le 13 septembre 2018 Devant un jury composé de : Claire de Mazancourt, chargée de recherche (CNRS) Rapportrice Sylvain Gandon, directeur de recherche (CNRS) Rapporteur Silvia de Monte, chargée de recherche (CNRS) Examinatrice Tom Wenseleers, professeur (KU Leuven) Examinateur Luc Abbadie, professeur (Sorbonne Université) Examinateur Nicolas Loeuille, professeur (Sorbonne Université) Directeur de thèse Invité : Thibaud Monnin, directeur de recherche (CNRS) Co-directeur de thèse Remerciements Ces trois années de thèse ont été le théâtre d’interactions variées, dans le contexte du laboratoire et en dehors, et je voudrais me concentrer ici sur les plus positives d’entre elles, en espérant n’oublier personne. Une des interactions les plus centrales a été celle qui m’a liée à mes deux encadrants pour former en quelque sorte, un module de trois individus (mutualiste ou de facilitation, bien entendu !). Je les remercie profondément pour leur implication, leur confiance, leurs conseils, leurs retours, leur souplesse, leur disponibilité, leur « complémentarité fonctionnelle ». Je leur suis reconnaissante de m’avoir laissé une certaine autonomie dans la construction de ce projet de thèse ainsi qu’au quotidien, d’avoir été présents systématiquement, à la moindre occasion où j’en exprimais le besoin : je n’ai jamais eu le moindre doute sur la confiance que je pouvais avoir dans votre implication, et je pense que c’est un point très important, à toutes les étapes de la thèse, lorsqu’on est doctorant-e. Merci Nicolas de m’avoir encadrée depuis toutes ces années, pour ta patience, ta bienveillance, ta rigueur scientifique. J’en profite pour te remercier également pour ton implication dans mon stage de M2 il y a quatre ans, puisque j’avais oublié cette partie dans mon rapport de stage (heureusement jusqu’ici tu ne m’en as pas tenu rigueur). Merci Thibaud pour ton implication dans la construction du système expérimental : merci de m’avoir fait entrevoir les contraintes de l’écologie empirique, et du terrain. Et surtout merci d’avoir été présent à chaque réunion de discussion sur les aspects théoriques de ma thèse (qui constituent finalement la totalité des résultats) et pour tes retours très utiles pour améliorer la compréhension de ces résultats et leur confrontation à l’écologie des fourmis. Je remercie les membres du jury, Claire de Mazancourt et Sylvain Gandon, pour avoir accepté d’être rapportrice et rapporteur de cette thèse, ainsi que Silvia de Monte, Tom Wenseleers, et Luc Abbadie (également directeur de iEES Paris). Merci également aux membres de mes deux comités de thèse Minus van Baalen, Michel Chapuisat et Tom Wenseleers pour leurs précieux retours. Je remercie Ewen Georgelin ancien doctorant de Nicolas Loeuille, pour son encadrement au cours de mon stage de M2, travail que j’ai continué tout au long de la thèse. Symétriquement, je remercie Élise Verrier dont j’ai encadré le stage de M2 et dont le travail se retrouve dans cette thèse : j’ai été ravie d’interagir avec toi, j’espère avoir été une encadrante à la hauteur et je te souhaite bon courage pour le début de ta thèse. Je remercie mon laboratoire d’accueil, l’institut d’Écologie et des Sciences de l’Environnement (iEES-Paris) pour tous les moyens mis à disposition pour le bon déroulement de cette thèse. Je remercie plus particulièrement les équipes EERI, et ESEAE, qui sont mes équipes de rattachement. Merci à Pierre Federici pour son implication au quotidien dans la vie du laboratoire et, en ce qui concerne cette thèse, dans la construction du système expérimental. Je remercie Romain Péronnet, Isabelle Dajoz, Elisa Thébault, Éric Motard, Thomas Tully, Julien Gasparini, Adrien Perrard, Adrien Frantz, Clémentine Vignal, pour les différentes interactions que j’ai pu avoir avec elles et eux. Je remercie également l’équipe administrative et de gestion Paola Paradisi, Catherine Muneghina, Clarisse Coquemont, Carole Bousquet, Joanna Azzi, Véronique Marciat, Isabelle André et Julie Legoupi pour leur bienveillance, leur disponibilité, leur implication. Je remercie également Sylvie Méléard et la Chaire « Modélisation Mathématique et Biodiversité » pour m’avoir permis de participer à deux écoles d’été à Aussois, lors des années 2015 et 2016, dont je garde le souvenir d’une expérience très riche. Un merci tout particulier à Gabrielle Ringot, Pierre Quévreux, Loïc Prosnier, et Éric Tromeur, qui ont commencé la thèse en même temps que moi, je suis très heureuse d’avoir passé ces trois années à vos côtés. Gabrielle, je ne saurais pas où commencer, entre les discussions sur le monitorat, les petits déjeuners à 8h30 à la cafétéria (une courte phase de productivité intense!), le soutien et l’humour durant ces trois ans, il y a beaucoup trop à dire pour un si petit paragraphe. Le souvenir de cette thèse avec toi est à jamais dans mon coeur (ou plutôt 3 pas très loin de mon coeur, tmtc). Pierre, merci pour ton sens de l’humour et ton amour des dinosaures. Merci Loïc et Éric, ou (Éric et Loïc ?) Entre autres, pour la co-organisation du séminaire HPSE et les bonnes blagues, les démonstrations de kora. Je remercie également les autres personnes dont j’ai partagé le quotidien durant ces années (dans le désordre, alphabétique et chronologique) : Lydie Blottière, David Rozen-Rechels, Marta Gallardo Ruiz, Josefa Bleu, Adam Khalife, Alexis Dollion, Romain Honorio, Florian Vincent, Claire Bertrand, Charlotte Pruvost, Avril Weinbach, José Mendez, Sara Rivas Lamelo, Iry Andrianjara, Lise Ropars, Floriane Flacher, Kejun Zou, Margot Neyret. Je remercie également Thomas Garcia pour les discussions sur la politique, la musique. Merci à Clémentine Renneville et Silvia de Cesare, mes co-bureaux à Bioemco qui nous ont ensuite transmis le flambeau de l’organisation des séminaires Histoire, Philosophie, Sociologie de l’Écologie (qu’on devrait peut-être renommer HPSE2…). Je remercie Lee Rozada, basé de l’autre côté du Jardin des Plantes, pour les discussions scientifiques, politiques, épistémologiques, les déjeuners falafels, et m’avoir un tout petit peu initiée à la paléo-écologie. Un petit mot pour mes acolytes du M2 EBE parcours Écologie Théorique et Modélisation, Thomas Aubier, Thomas Koffel, et Elsa Abs, pour les discussions et les contacts qu’on a gardés au long de nos thèses respectives, à distance ou ponctuellement lors de séminaires ou d’école d’été de mathématiques. Je souhaite maintenant remercier les personnes impliquées dans mon stage à l’université d’Oxford. I first thank Kevin Foster who accepted to host me during these seven months: thank you so much for welcoming me in your lab, the interesting discussions at the pub and introduction to British sarcasm. I warmly thank René Niehus, with whom I have closely worked during this internship and afterwards, on our siderophore project. Thanks again for inviting me to your wedding as well, it was great holidays in Sweden! Thanks for the kindness. I also thank Nuno Oliveira and Sara Mitri for discussions and feedbacks, thanks Sara for having me in Lausanne. Many thanks to my office mates Philip Downing, Shana Caro and Ornela de Gasperin, as well as Kat Coyte and Melanie Ghoul, for all the discussions, fun, drinks, Buffy nights, squash sessions, lunches at Darwin. Also many thanks to my dear housemates Han, Oriol and Marta. La plupart des personnes que j’ai remerciées jusque là sont liées à mon cadre professionnel même si certaines sont également devenues des ami-e-s. Je passe maintenant aux ami-e-s d’avant la thèse : merci tout d’abord à France pour son amitié depuis tant d’années, qui ont mené à la réalisation de cette thèse, pour les vacances en Suède, pour les concerts, pour les déjeuners. Une mention particulière également pour les membres du groupe « Sexisme dans les Médias » d’Acrimed (les F.A.I.R.I.E.S) dont les réunions ont rythmé les soirées de ma première année de thèse. Loé, Adèle et Brigitte, je ne vous remercierai jamais assez pour votre soutien, merci pour la sororité. Merci aussi à Aurore et Mathilde. Merci Izel pour l’amitié- longue-distance et pour les échanges au cours de ces trois dernières années : je pense qu’à l’heure où j’écris ces remerciements tu pourrais tout-à-fait me qualifier de « fatiguée, mais décidée» (à finir cette thèse). Merci à Claire Cecchini pour son enthousiasme myrmécommunicatif. Dans la catégorie post-bac, je remercie également Elsa, Morgan et Julien. Les amitiés qui durent depuis le lycée sont tout aussi importantes : Marie, Delphine, Wallis et Louise, vous savez combien vous comptez pour moi. Enfin je remercie ma famille et mes proches, mes parents Xavier et Marion, ma sœur (et ex-colocataire) Ondine, mon frère Tanguy, pour votre soutien, votre présence, je ne pense pas que les mots puissent exprimer tout ce que je vous dois. Merci également à Marie-Rose Sobrero-Patacchini et Bruno Sobrero pour leur hospitalité ajaccienne. Je remercie enfin Serena Sobrero-Patacchini, avec qui je partage la plus forte interaction dans ce réseau (ma partenaire symbiotique !). Merci d’être là, de faire partie de ma vie, de m’avoir accompagnée dans cette thèse et au-delà, merci pour tout. 4 Sommaire Remerciements............................................................................................................................3
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