DOCSLIB.ORG

Universidad Nacional Mayor De San Marcos Estudio Fitoquímico Del

Total Page：16

File Type：pdf, Size：1020Kb

Download full-text PDF Read full-text
Universidad Nacional Mayor De San Marcos Estudio Fitoquímico Del Universidad Nacional Mayor de San Marcos Universidad del Perú. Decana de América Dirección General de Estudios de Posgrado Facultad de Química e Ingeniería Química Unidad de Posgrado Estudio fitoquímico del líquen Everniopsis trulla y preparación de una crema protectora solar a base de quitosano con el extracto del liquen TESIS Para optar el Grado Académico de Doctor en Ciencias Químicas AUTOR Olivio Nino CASTRO MANDUJANO ASESOR Julio Cesar SANTIAGO CONTRERAS Lima, Perú 2020 Reconocimiento - No Comercial - Compartir Igual - Sin restricciones adicionales https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ Usted puede distribuir, remezclar, retocar, y crear a partir del documento original de modo no comercial, siempre y cuando se dé crédito al autor del documento y se licencien las nuevas creaciones bajo las mismas condiciones. No se permite aplicar términos legales o medidas tecnológicas que restrinjan legalmente a otros a hacer cualquier cosa que permita esta licencia. Referencia bibliográfica Castro, O. (2020). Estudio fitoquímico del líquen Everniopsis trulla y preparación de una crema protectora solar a base de quitosano con el extracto del liquen. [Tesis de doctorado, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Facultad de Química e Ingeniería Química, Unidad de Posgrado]. Repositorio institucional Cybertesis UNMSM. METADATOS COMPLEMENTARIOS DATOS DEL AUTOR Nombres y Apellidos Olivio Nino Castro Mandujano DNI 07683880 URL de ORCID https://orcid.org/0000-0002-6592-6934 DATOS DEL ASESOR Nombres y Apellidos Julio Cesar Santiago Contreras DNI 08505549 URL de ORCID https://orcid.org/0000-0002-1905-7029 DATOS DE INVESTIGACION Línea de Investigación C.0.1.1. PRODUCTOS NATURALES Grupo de Investigación Biomateriales y Productos Naturales: Química y Aplicaciones. BIOMATER Agencia de financiamiento Innóvate Perú (Convenio Nº 372-PNICP-PIAP-2014) Ubicación geográfica de la País: Perú Investigación Departamento: Lima Provincia: Lima Distrito: Lima - Callao Calle: Calle Germán Amézaga Nº 375 Latitud: -12.05498 Longitud: -77.08643 Coordenadas 12°03′30″S 77°05′00″O Año o rango de años en que se 2015 - 2017 realizó la investigación URL de disciplinas OCDE Química Orgánica https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.04.01 i DEDICATORIA Para Rosa, mi esposa Para Rosario y Jennifer, mis hijas; que son la razón de mi existir. Para mis padres Nicolasa y Faustino, que descansan en paz. ii AGRADECIMIENTO Agradezco a Dios por ser mi guía cada día y por darme la oportunidad de poder cumplir mi meta personal y por todas las experiencias que enriquecen mi vida personal y profesional. El presente trabajo, se ha realizado con el apoyo del Profesor Dr. Julio Santiago Contreras. También, un agradecimiento al Dr. Carlos Areche de la Universidad de Chile, por la realización de los espectros de RMN-H1 y RMN-C13 de dos muestras y los análisis por HPLC-MS. Al Dr. Jesús Rodilla de la Facultad de Química de la Universidade da Beira Interior de Covilha, Portugal; por los espectros de IR, RMN-H1, RMN-C13, espectros de masas y análisis de difracción de rayos X de una muestra. Asimismo, un agradecimiento a la Dra. Magda Chanco, del Museo de Historia Natural de UNMSM, por la identificación botánica de la planta liquénica; al Dr. Jorge León de la Facultad de Biología de la UNMSM, por el apoyo en los análisis microbiológicos de los extractos, metabolitos liquénicos y de las cremas. A la Dra. Juana Chávez de la Facultad de Farmacia de la Universidad Privada Norbert Wiener, por el apoyo en los análisis anti- inflamatorios, anti-microbiano y cicatrizante, de los metabolitos y de las cremas. También, un agradecimiento a la Dra. María Elena López del Laboratorio de Física de la PUCP, por las mediciones de factor de fotoprotección. A los profesores y al personal no docente de la Facultad de Química de la UNMSM, por su apoyo en este trabajo. Finalmente, un sincero agradecimiento en general a todos mis amigos de la UNI, UNMSM y PUCP, por su apoyo en la realización de este trabajo. iii ÍNDICE GENERAL Índice de Tablas............................................................................................. vii Índice de Figuras........................................................................................... ix Abreviaturas ……………………………………………………………… xiv Resumen …………………………………………………..……………….. xvi Abstract ………………………………………..………………….……… xviii CAPITULO 1: INTRODUCCIÓN ................................................................ 1 1.1.-Situacion Problemática ……………………………………… 1 1.2.-Formulación del Problema …………………………………… 2 1.3.- Justificación Teórica ………………………………………… 3 1.4.- Justificación Práctica ………………………………………… 4 1.5.- Objetivos ………………………………………….................. 4 CAPITULO 2: MARCO TEORICO ............................................................ 6 2.1.- Química de los líquenes............................................................ 6 2.2.- Reacciones Bases de Schiff ………......................................... 9 2.3.- Nanopartículas …………………….......................................... 12 2.4.- La piel ………………………………………………………. 15 2.5.- La radiación ultravioleta ..………………………………….… 16 2.6.- Emulsiones ………………………………………………… 19 2.7.- Cremas protectoras …………………………………..……... 26 2.8.- Diseño experimental ………………………………………….. 31 CAPITULO 3: METODOLOGÍA …......................................................... 33 3.1.- Metodología para el estudio fitoquímico del liquen Everniopsis 33 trulla ………………………………………………….. 3.1.1.- Marcha fitoquímica y reacciones de coloración ……… 34 3.1.2.- Aislamiento de metabolitos de la Everniopsis trulla … 35 3.1.3.- Análisis de ácidos grasos por GC ………..……………. 36 iv 3.1.4. Análisis por cromatografía HPLC ………………………… 38 3.1.5.- Análisis de metales …………………………………........ 39 3.1.6.- Análisis cuantitativa del ácido úsnico por UV ………….. 39 3.1.7.- Análisis de fenoles totales …………………………… 40 3.1.8.- Determinación de la actividad antioxidantes ……………… 41 3.2.- Metodología para el estudio químico del quitosano …….….… 42 3.3.- Reacciones Bases de Schiff (quitosano con ácido úsnico) ….. 44 3.4.-preparación y caracterización de las micropartículas ……… 45 3.4.1.- Obtención de micropartículas…………………………. 45 3.4.2.- Análisis de las nanopartículas……………………….. 46 3.5.- Preparación de las cremas protectoras ……………….. 47 3.5.1.- Preparación de diferentes formulaciones de cremas protectoras ………………………………………………………. 47 3.5.2.- Caracterización de la crema protectora ………………..… 49 3.5.2.1.- Caracterización fisicoquímica…………………………. 49 3.5.2.2.- Caracterización cosmética ……………………………. 50 3.5.2.3.- Caracterización química ……………………………… 52 3.5.2.4.- Análisis del contenido del ácido úsnico en la crema por UV Visible …………………………………………………... 53 3.5.2.5.- Determinación de metales por ICP ……………………. 53 3.5.2.6.- Análisis sensorial de crema protectora ………………… 54 3.6.- Metodologías para el análisis farmacológico ………….…… 54 3.6.1.- Análisis microbiológico ………………………………… 54 3.6.2.- Evaluación de la actividad anti-inflamatoria ………........ 55 3.6.3.- Evaluación de la actividad antimicrobiana ……….……. 56 3.6.4.- Determinación de la concentración mínima inhibitoria .. 57 3.6.5.- Determinación de la actividad cicatrizante …..………… 58 v CAPITULO 4: RESULTADOS Y DISCUSIONES ……………………..… 60 4.1.- Resultados de la marcha fitoquímica y reacciones de coloración 60 del liquen Everniopsis trulla ..……………………… 4.2.- Resultados del aislamiento de metabolitos de la Everniopsis 60 trulla ……..………………………………………………….….. 4.2.1.- Elucidación estructural del sólido A ……………………. 62 4.2.2.- Elucidación estructural del sólido B ………………..…… 69 4.2.3.- Elucidación estructural del sólido C ……………………. 78 4.2.4.- Elucidación estructural del sólido D ……………………. 89 4.2.5.-Elucidación estructural del solido E …………………….. 92 4.3.- Resultados análisis de metales ……………………………... 99 4.4.- Resultados del análisis cromatográfico CG ……………….. 101 4.4.1.- Análisis de esteroles del liquen E. trulla…….. 101 4.4.2.- Análisis de ácidos grasos de la E. trulla. .. 102 4.4.3.- Análisis lipídico del liquen E. trulla……. 105 4.5.-Resultados del análisis cromatográfico por UHPLC-MS …….. 110 4.6.- Resultados del estudio del quitosano ………………………. 118 4.7.- Resultados de la reacción quitosano con ácido úsnico …….. 125 4.8.- Resultados de la obtención de nanopartículas ………..…….. 126 4.9.- Resultados de la crema fotoprotectora …………………..…. 134 4.9.1.- Resultados de la medición del factor de protección de las 134 cremas con el método de lámpara de mercurio ……………………. 4.9.2.- Resultados de la caracterización de la crema ………….. 140 4.9.3.- Análisis de la crema como emulsión y su caracterización 145 microscópica 4.10.- Análisis farmacológicos de la crema ……. 150 4.11.- Análisis de la acción fotoprotectora del ácido úsnico 155 CAPITULO 5: IMPACTOS 161 5.1.- Propuestas para la solución del problema …………………… 161 vi 5.2.- Beneficios que aporta la propuesta …………………………. 162 6. CONCLUSIONES .................................................................................. 165 7.- RECOMENDACIONES ……………………………………………… 166 8.- REFERENCIAS BIBLIOGRAFICAS ................................................. 167 9.- ANEXOS ............................................................................................... 179 vii INDICE DE TABLAS Tabla Página 2.1. Diferencia entere emulsión O/W y W/O 20 2.2. Estimación del HLB por solubilidad en agua 22 3.1. Diseño factorial de la formulación de la crema 46 3.2. Composición de principios activos de las formulaciones 47 3.3. Formulación de la crema 48 3.4 Valores de EE.I para determinar el FPS por el método de 51 transmitancia 4.1. Taxonomía del liquen
Load more

Recommended publications
  • Secuenciación Metagenómica Y Nuevos Procedimientos Bioinformáticos Para Entender La Evolución De Hongos Liquenizados
    UNIVERSIDAD COMPLUTENSE DE MADRID FACULTAD DE FARMACIA TESIS DOCTORAL Secuenciación metagenómica y nuevos procedimientos bioinformáticos para entender la evolución de hongos liquenizados Metagenome sequencing with new bioinformatic approaches to understand the evolution of lichen forming fungi MEMORIA PARA OPTAR AL GRADO DE DOCTOR PRESENTADA POR David Pizarro Martínez Directores Ana María Crespo de las Casas Pradeep Kumar Divakar Madrid © David Pizarro Martínez, 2019 Universidad Complutense de Madrid Facultad de Farmacia Departamento de Farmacología, Farmacognosia y Botánica SECUENCIACIÓN METAGENÓMICA Y NUEVOS PROCEDIMIENTOS BIOINFORMÁTICOS PARA ENTENDER LA EVOLUCIÓN DE HONGOS LIQUENIZADOS METAGENOME SEQUENCING WITH NEW BIOINFORMATIC APPROACHES TO UNDERSTAND THE EVOLUTION OF LICHEN FORMING FUNGI MEMORIA PARA OPTAR AL GRADO DE DOCTOR PRESENTADA POR: DAVID PIZARRO MARTÍNEZ BAJO LA DIRECCIÓN DE LOS DOCTORES ANA MARÍA CRESPO DE LAS CASAS y PRADEEP KUMAR DIVAKAR Madrid, 2019 Universidad Complutense de Madrid Facultad de Farmacia Departamento de Farmacología, Farmacognosia y Botánica SECUENCIACIÓN METAGENÓMICA Y NUEVOS PROCEDIMIENTOS BIOINFORMÁTICOS PARA ENTENDER LA EVOLUCIÓN DE HONGOS LIQUENIZADOS METAGENOME SEQUENCING WITH NEW BIOINFORMATIC APPROACHES TO UNDERSTAND THE EVOLUTION OF LICHEN FORMING FUNGI MEMORIA PARA OPTAR AL GRADO DE DOCTOR PRESENTADA POR: DAVID PIZARRO MARTÍNEZ BAJO LA DIRECCIÓN DE LOS DOCTORES ANA MARÍA CRESPO DE LAS CASAS y PRADEEP KUMAR DIVAKAR Madrid, 2019 UNIVE R SIDAD • COMPLU!~~R~~ DECLARACIÓN DE AUTORÍA Y ORIGINALIDAD DE LA TESIS PRESENTADA PARA OBTENER EL TÍTULO DE DOCTOR D ./Dña. Da,·id Pizarro Martínez estudiante en el Programa de Doctorado Fannacia ~----------------- de la Facultad de Fannacia de Ja Universidad Complutense de Madrid, como autor/a de la tesis presentada para la obtención del título de Doctor y titulada: Secuenciación metagenómica y nuevos procedimientos biomformáucos para entender la e'oluc16n de hongos hquenizados y dirigida por: Ana Mª Crespo de las Casas y Pradeep K.
    [Show full text]
  • Diversification and Species Delimitation of Lichenized Fungi in Selected Groups of the Family Parmeliaceae (Ascomycota)
    Diversification and species delimitation of lichenized fungi in selected groups of the family Parmeliaceae (Ascomycota) Kristiina Mark Tartu 7.10.2016 Publications I Mark, K., Saag, L., Saag, A., Thell, A., & Randlane, T. (2012) Testing morphology-based delimitation of Vulpicida juniperinus and V. tubulosus (Parmeliaceae) using three molecular markers. The Lichenologist 44 (6): 752−772. II Saag, L., Mark, K., Saag, A., & Randlane, T. (2014) Species delimitation in the lichenized fungal genus Vulpicida (Parmeliaceae, Ascomycota) using gene concatenation and coalescent-based species tree approaches. American Journal of Botany 101 (12): 2169−2182. III Mark, K., Saag, L., Leavitt, S. D., Will-Wolf, S., Nelsen, M. P., Tõrra, T., Saag, A., Randlane, T., & Lumbsch, H. T. (2016) Evaluation of traditionally circumscribed species in the lichen-forming genus Usnea (Parmeliaceae, Ascomycota) using six-locus dataset. Organisms Diversity & Evolution 16 (3): 497–524. IV Mark, K., Randlane, T., Hur, J.-S., Thor, G., Obermayer, W. & Saag, A. Lichen chemistry is concordant with multilocus gene genealogy and reflects the species diversification in the genus Cetrelia (Parmeliaceae, Ascomycota). Manuscript submitted to The Lichenologist. V Mark, K., Cornejo, C., Keller, C., Flück, D., & Scheidegger, C. (2016) Barcoding lichen- forming fungi using 454 pyrosequencing is challenged by artifactual and biological sequence variation. Genome 59 (9): 685–704. Systematics • Provides units for biodiversity measurements and investigates evolutionary relationships •
    [Show full text]
  • Myconet Volume 14 Part One. Outine of Ascomycota – 2009 Part Two
    (topsheet) Myconet Volume 14 Part One. Outine of Ascomycota – 2009 Part Two. Notes on ascomycete systematics. Nos. 4751 – 5113. Fieldiana, Botany H. Thorsten Lumbsch Dept. of Botany Field Museum 1400 S. Lake Shore Dr. Chicago, IL 60605 (312) 665-7881 fax: 312-665-7158 e-mail: [email protected] Sabine M. Huhndorf Dept. of Botany Field Museum 1400 S. Lake Shore Dr. Chicago, IL 60605 (312) 665-7855 fax: 312-665-7158 e-mail: [email protected] 1 (cover page) FIELDIANA Botany NEW SERIES NO 00 Myconet Volume 14 Part One. Outine of Ascomycota – 2009 Part Two. Notes on ascomycete systematics. Nos. 4751 – 5113 H. Thorsten Lumbsch Sabine M. Huhndorf [Date] Publication 0000 PUBLISHED BY THE FIELD MUSEUM OF NATURAL HISTORY 2 Table of Contents Abstract Part One. Outline of Ascomycota - 2009 Introduction Literature Cited Index to Ascomycota Subphylum Taphrinomycotina Class Neolectomycetes Class Pneumocystidomycetes Class Schizosaccharomycetes Class Taphrinomycetes Subphylum Saccharomycotina Class Saccharomycetes Subphylum Pezizomycotina Class Arthoniomycetes Class Dothideomycetes Subclass Dothideomycetidae Subclass Pleosporomycetidae Dothideomycetes incertae sedis: orders, families, genera Class Eurotiomycetes Subclass Chaetothyriomycetidae Subclass Eurotiomycetidae Subclass Mycocaliciomycetidae Class Geoglossomycetes Class Laboulbeniomycetes Class Lecanoromycetes Subclass Acarosporomycetidae Subclass Lecanoromycetidae Subclass Ostropomycetidae 3 Lecanoromycetes incertae sedis: orders, genera Class Leotiomycetes Leotiomycetes incertae sedis: families, genera Class Lichinomycetes Class Orbiliomycetes Class Pezizomycetes Class Sordariomycetes Subclass Hypocreomycetidae Subclass Sordariomycetidae Subclass Xylariomycetidae Sordariomycetes incertae sedis: orders, families, genera Pezizomycotina incertae sedis: orders, families Part Two. Notes on ascomycete systematics. Nos. 4751 – 5113 Introduction Literature Cited 4 Abstract Part One presents the current classification that includes all accepted genera and higher taxa above the generic level in the phylum Ascomycota.
    [Show full text]
  • Systematique Et Ecologie Des Lichens De La Region D'oran
    MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE FACULTE des SCIENCES de la NATURE et de la VIE Département de Biologie THESE Présentée par Mme BENDAIKHA Yasmina En vue de l’obtention Du Diplôme de Doctorat en Sciences Spécialité : Biologie Option : Ecologie Végétale SYSTEMATIQUE ET ECOLOGIE DES LICHENS DE LA REGION D’ORAN Soutenue le 27 / 06 / 2018, devant le jury composé de : Mr BELKHODJA Moulay Professeur Président Université d’Oran 1 Mr HADJADJ - AOUL Seghir Professeur Rapporteur Université d'Oran 1 Mme FORTAS Zohra Professeur Examinatrice Université d’Oran 1 Mr BELAHCENE Miloud Professeur Examinateur C. U. d’Ain Témouchent Mr SLIMANI Miloud Professeur Examinateur Université de Saida Mr AIT HAMMOU Mohamed MCA Invité Université de Tiaret A la Mémoire De nos Chers Ainés Qui Nous ont Ouvert la Voie de la Lichénologie Mr Ammar SEMADI, Professeur à la Faculté des Sciences Et Directeur du Laboratoire de Biologie Végétale et de l’Environnement À l’Université d’Annaba Mr Mohamed RAHALI, Docteur d’État en Sciences Agronomiques Et Directeur du Laboratoire de Biologie Végétale et de l’Environnement À l’École Normale Supérieure du Vieux Kouba – Alger REMERCIEMENTS Au terme de cette thèse, je tiens à remercier : Mr HADJADJ - AOUL Seghir Professeur à l’Université d’Oran 1 qui m’a encadré tout au long de ce travail en me faisant bénéficier de ses connaissances scientifiques et de ses conseils. Je tiens à lui exprimer ma reconnaissance sans bornes, Mr BELKHODJA Moulay Professeur à l’Université d’Oran 1 et lui exprimer ma gratitude
    [Show full text]
  • Everniopsis Trulla (Ach.) Nyl
    Everniopsis trulla (Ach.) Nyl. 1. Nomenclatura Nombre campo Datos Reino Fungi Phyllum o División Ascomycota Clase Lecanoromycetes Orden LEcanorales Familia Parmeliaceae Género Everniopsis Nombre científico Everniopsis trulla (Ach.) Nyl. Autores especie Nylander Referencia descripción Synopsis Methodica Lichenum Omnium hucusque Cognitorum, especie Praemissa Introductione Lingua Gallica 1: 375 (1860) Sinonimia valor Parmelia trulla Ach. Sinonimia autor Acharius Acharius, E. 1803. Methodus qua Omnes Detectos Lichenes Secundum Organa Carpomorpha ad Genera, Species et Varietates Sinonimia bibliografía Redigere atque Observationibus Illustrare Tentavit Erik Acharius. :1- 394 Sinonimia valor Borrera trulla (Ach.) Ach. Sinonimia autor Acharius Acharius, E. 1810. Lichenographia Universalis. Lichenographia Sinonimia bibliografía Universalis. :1-696 Sinonimia valor Evernia trulla (Ach.) Nyl. Sinonimia autor Nylander Nylander, W. 1857. Enumération générale de lichens, avec l'indication sommaire de leur distribution géographique. Mémoires Sinonimia bibliografía de la Société Impériale des Sciences Naturelles de Cherbourg. 5:85-146 Nombre común SIN INFORMACIÓN Idioma SIN INFORMACIÓN Nota taxonómica 2. Descripción Descripción Talo folioso, tenuemente adherido al sustrato por un punto de fijación o libres, orbicular a elongado, blanco o blanquecino o café claro, glabro, ligeramente canaliculado, a veces con crestas laminares, lóbulos lacineados, lineares, acintados, dicótomas, márgenes enteros, a veces ligeramente engrosados, lóbulos de 2-5 mm de ancho, corticado en ambas caras. Ricines, cilia, isidia y soredios ausentes. En ocasiones, la superficie inferior de un color oscuro, de café clado a negro. Apotecios raros, de hasta 1 cm de ancho, laminares a terminales, con disco café oscuro a negro, a veces ligeramente rojizos, márgenes talinos enteros a marcadamente dentados a incisos, esporas 8, elipsoides, de 11-20 x 7- 9 um, parpafisis discretas.
    [Show full text]
  • Revisão Taxonômica Do Gênero Bulbothrix Hale (Parmeliaceae, Ascomycota Liquenizados)
    MICHEL NAVARRO BENATTI Revisão taxonômica do gênero Bulbothrix Hale (Parmeliaceae, Ascomycota liquenizados) Tese apresentada ao Instituto de Botânica da Secretaria do Meio Ambiente de São Paulo, como parte dos requisitos para a obtenção do título de DOUTOR em BIODIVERSIDADE VEGETAL E MEIO AMBIENTE, na Área de Concentração de Plantas Avasculares e Fungos. SÃO PAULO 2010 MICHEL NAVARRO BENATTI Revisão taxonômica do gênero Bulbothrix Hale (Parmeliaceae, Ascomycota liquenizados) Tese apresentada ao Instituto de Botânica da Secretaria do Meio Ambiente de São Paulo, como parte dos requisitos para a obtenção do título de DOUTOR em BIODIVERSIDADE VEGETAL E MEIO AMBIENTE, na Área de Concentração de Plantas Avasculares e Fungos. ORIENTADOR: DR. MARCELO PINTO MARCELLI Ficha Catalográfica elaborada pela Seção de Biblioteca do Instituto de Botânica Benatti, Michel Navarro B456r Revisão taxonômica do gênero Bulbothrix Hale (Parmeliaceae, Ascomycota liquenizados) / Michel Navarro Benatti – São Paulo, 2010. 401 p. il. Tese (Doutorado) – Instituto de Botânica da Secretaria de Estado do Meio Ambiente, 2010 Bibliografia. 1. Liquens. 2. Parmeliaceae. 3. Taxonomia. I. Título. CDU: 582.29 Erros são, no final das contas, fundamentos da verdade. Se um homem não sabe o que uma coisa é, já é um avanço do conhecimento saber o que ela não é. Carl Gustav Jung Psiquiatra suíço, 1875-1961 AGRADECIMENTOS Ao Programa de Pós Graduação em Biodiversidade Vegetal e Meio Ambiente do Instituto de Botânica de São Paulo (IBt), pela oportunidade que me foi proporcionada. Um agradecimento especial às Dra. Iracema Schoenlein-Crusius, Dra. Solange C. Mazzoni- Viveiros, Dra. Sônia M. de C. Dietrich e a secretária Márcia R. Angelo (Marcinha).
    [Show full text]
  • Ecophysiology and Phylogeny of New Terricolous and Epiphytic Chlorolichens in a Fog Oasis of the Atacama Desert
    Edinburgh Research Explorer Ecophysiology and phylogeny of new terricolous and epiphytic chlorolichens in a fog oasis of the Atacama Desert Citation for published version: Jung, P, Emrich, D, Briegel-Williams, L, Schermer, M, Weber, L, Baumann, K, Colesie, C, Clerc, P, Lehnert, LW, Achilles, S, Bendix, J & Budel, B 2019, 'Ecophysiology and phylogeny of new terricolous and epiphytic chlorolichens in a fog oasis of the Atacama Desert', Microbiology Open. https://doi.org/10.5061/dryad.jc06126 Digital Object Identifier (DOI): 10.5061/dryad.jc06126 Link: Link to publication record in Edinburgh Research Explorer Document Version: Publisher's PDF, also known as Version of record Published In: Microbiology Open Publisher Rights Statement: © 2019 The Authors. MicrobiologyOpen published by John Wiley & Sons Ltd. General rights Copyright for the publications made accessible via the Edinburgh Research Explorer is retained by the author(s) and / or other copyright owners and it is a condition of accessing these publications that users recognise and abide by the legal requirements associated with these rights. Take down policy The University of Edinburgh has made every reasonable effort to ensure that Edinburgh Research Explorer content complies with UK legislation. If you believe that the public display of this file breaches copyright please contact [email protected] providing details, and we will remove access to the work immediately and investigate your claim. Download date: 12. Sep. 2019 Received: 10 November 2018 | Revised: 27 May 2019 | Accepted: 3 June 2019 DOI: 10.1002/mbo3.894 ORIGINAL ARTICLE Ecophysiology and phylogeny of new terricolous and epiphytic chlorolichens in a fog oasis of the Atacama Desert Patrick Jung1 | Dina Emrich1 | Laura Briegel‐Williams1 | Michael Schermer1 | Lena Weber1 | Karen Baumann2 | Claudia Colesie3 | Philippe Clerc4 | Lukas W.
    [Show full text]
  • Taxon Index (Excluding Animals and Vascular Plants)
    Cambridge University Press 978-0-521-87162-4 - Lichen Biology, Second Edition Edited by Thomas H. Nash Index More information Taxon index (excluding animals and vascular plants) Absconditella 347 Agyrium 345 Anaptychia 349 Acanthothecis 346 Agyrium rufum 330 Anaptychia ciliaris 50 Acarospora 42, 247, 345 Ahtia 348 Ancistrospora 344 Acarospora clauzadeana 238 Ahtiana 348 Anema 345 Acarospora smaragdula 247 Ahtiana pallidula 317 Anema nummularium 15, Acarospora rugulosa 247 Ainoa 347 43–4 Acarosporaceae 345 Alectoria 132, 332, 348 Anema progidulum 330 Acarosporales 28, 345 Alectoria nigricans 221, 321 Anisomeridium 351 Acarosporomycetidae 28, Alectoria ochroleuca 84 Anomalographis 346 341, 345 Alectoria sarmentosa 194–5 Anthracocarpon 351 Achaetomium 105 Alternaria 105 Anthracothecium 351 Acolium 349 Allantoparmelia 332, 348 Anzia 25, 334, 348 Acrasiomycota 339 Almbornia 348 Anzia opuntiella 73 Acrocordia 351 Allocetraria 330, Anzina 62, 345 Acrocordia conoidea 41 332, 348 Anzina carneonivea 63, 330 Acroscyphus 349 Amandinea 349 Aphanopsidaceae 350 Actinomycetes 4 Amandinea coniops 59 Aphanopsis 350 Actinoplaca 346 Amandinea decedens 327 Aphyllophorales 61 Adelococcaceae 351 Amandinea punctata 317 Aplanocalenia 346 Adelolecia 348 Amastigomycota 340 Arctocetraria 348 Aderkomyces 323, 346 Amazonomyces 343 Arctomia 347 Agaricales 29, Amphorothecium 346 Arctomiaceae 347 61, 352 Ampliotrema 346 Arctoparmelia 129, 332, 348 Agaricomycetidae 352 Amygdalaria 54, 350 Arctoparmelia centrifuga Agonimia 323, 351 Amylora 345 265 Agonimia pacifica 324
    [Show full text]
  • Accepted Manuscript
    Accepted Manuscript Testing morphology-based hypotheses of phylogenetic relationships in Parme‐ liaceae (Ascomycota) using three ribosomal markers and the nuclear RPB1 gene Ana Crespo, H. Thorsten Lumbsch, Jan-Eric Mattsson, Oscar Blanco, Pradeep K. Divakar, Kristina Articus, Elisabeth Wiklund, Paulina A. Bawingan, Mats Wedin PII: S1055-7903(06)00485-4 DOI: 10.1016/j.ympev.2006.11.029 Reference: YMPEV 2423 To appear in: Molecular Phylogenetics and Evolution Received Date: 14 September 2006 Revised Date: 13 November 2006 Accepted Date: 25 November 2006 Please cite this article as: Crespo, A., Thorsten Lumbsch, H., Mattsson, J-E., Blanco, O., Divakar, P.K., Articus, K., Wiklund, E., Bawingan, P.A., Wedin, M., Testing morphology-based hypotheses of phylogenetic relationships in Parmeliaceae (Ascomycota) using three ribosomal markers and the nuclear RPB1 gene, Molecular Phylogenetics and Evolution (2006), doi: 10.1016/j.ympev.2006.11.029 This is a PDF file of an unedited manuscript that has been accepted for publication. As a service to our customers we are providing this early version of the manuscript. The manuscript will undergo copyediting, typesetting, and review of the resulting proof before it is published in its final form. Please note that during the production process errors may be discovered which could affect the content, and all legal disclaimers that apply to the journal pertain. ACCEPTED MANUSCRIPT 1 Testing morphology-based hypotheses of phylogenetic relationships in Parmeliaceae (Ascomycota) using three ribosomal markers and the nuclear RPB1 gene Ana Crespo1, H. Thorsten Lumbsch2*, Jan-Eric Mattsson3, Oscar Blanco1, Pradeep K. Divakar1, Kristina Articus4, Elisabeth Wiklund7, Paulina A. Bawingan6 and Mats Wedin5 1Departamento de Biología Vegetal II, Facultad de Farmacia, Universidad Complutense de Madrid, Madrid 28040, Spain 2Department of Botany, The Field Museum, 1400 S.
    [Show full text]
  • Phylogenetic Generic Classification of Parmelioid Lichens (Parmeliaceae, Ascomycota) Based on Molecular, Morphological and Chemical Evidence
    TAXON 59 (6) • December 2010: 1735–1753 Crespo & al. • Generic classification of parmelioid liches TAXONOMY Phylogenetic generic classification of parmelioid lichens (Parmeliaceae, Ascomycota) based on molecular, morphological and chemical evidence Ana Crespo,1 Frank Kauff,2 Pradeep K. Divakar,1 Ruth del Prado,1 Sergio Pérez-Ortega,1 Guillermo Amo de Paz,1 Zuzana Ferencova,1 Oscar Blanco,3 Beatriz Roca-Valiente,1 Jano Núñez-Zapata,1 Paloma Cubas,1 Arturo Argüello,1 John A. Elix,4 Theodore L. Esslinger,5 David L. Hawksworth,1 Ana Millanes,6 M. Carmen Molina,6 Mats Wedin,7 Teuvo Ahti,8 Andre Aptroot,9 Eva Barreno,10 Frank Bungartz,11 Susana Calvelo,12 Mehmet Candan,13 Mariette Cole,14 Damien Ertz,15 Bernard Goffinet,16 Louise Lindblom,17 Robert Lücking,18 Francois Lutzoni,19 Jan-Eric Mattsson,20 María Inés Messuti,11 Jolanta Miadlikowska,19 Michele Piercey-Normore,21 Víctor J. Rico,1 Harrie J.M. Sipman,22 Imke Schmitt,23 Toby Spribille,24 Arne Thell,25 Göran Thor,26 Dalip K. Upreti27 & H. Thorsten Lumbsch18 1 Departamento de Biología Vegetal II, Facultad de Farmacia, Universidad Complutense de Madrid, Plaza de Ramón y Cajal s/n, 28040 Madrid, Spain 2 FB Biologie, Molecular Phylogenetics, 13/276, TU Kaiserslautern, Postfach 3049, 67653 Kaiserslautern, Germany 3 Unidad de Bioanálisis, Centro de Investigación y Control de calidad, Instituto Nacional del Consumo, Avda Cantabria s/n 28042 Madrid, Spain 4 Department of Chemistry, Australian National University, P.O. Box 4, Canberra, A.C.T. 0200, Australia 5 Department of Biological Sciences Dept. 2715, PO Box 6050, North Dakota State University, Fargo, North Dakota 58108-6050, U.S.A.
    [Show full text]
  • Schmitt Et Al
    A peer-reviewed open-access journal MycoKeys 4: 23–36A new (2012) circumscription of the genus Varicellaria (Pertusariales, Ascomycota) 23 doi: 10.3897/mycokeys.4.3545 RESEARCH ARTICLE MycoKeys www.pensoft.net/journals/mycokeys Launched to accelerate biodiversity research A new circumscription of the genus Varicellaria (Pertusariales, Ascomycota) Imke Schmitt1,2, Jürgen Otte1, Sittiporn Parnmen3, Anna D. Sadowska-Deś1,2, Robert Lücking3, H. Thorsten Lumbsch3 1 Biodiversity and Climate Research Centre (BiK-F), Forschungsinstitut Senckenberg, Senckenberganlage 25, D-60325 Frankfurt, Germany 2 Department of Biological Sciences, Institute of Ecology, Evolution and Diver- sity, Goethe Universität, Max-von-Laue-Str. 13, D-60438 Frankfurt, Germany 3 Department of Botany, Field Museum of Natural History, 1400 S. Lake Shore Drive, Chicago, IL 60605, USA Corresponding author: Imke Schmitt ([email protected]) Academic editor: Cecile Gueidan | Received 18 June 2012 | Accepted 26 July 2012 | Published 8 August 2012 Citation: Schmitt I, Otte J, Parnmen S, Sadowska-Deś AD, Lücking R, Lumbsch HT (2012) A new circumscription of the genus Varicellaria (Pertusariales, Ascomycota). MycoKeys 4: 23–36. doi: 10.3897/mycokeys.4.3545 Abstract The lichen-forming genus Pertusaria under its current circumscription is polyphyletic and its phylogenetic affiliations are uncertain. Here we study the species of the genera Pertusaria and Varicellaria which contain lecanoric acid as major constituent, have disciform apothecia, strongly amyloid asci, non-amyloid hyme- nial gel, 1-2-spored asci, and 1- or 2-celled ascospores with thick, 1-layered walls. We infer phylogenetic relationships using maximum likelihood and Bayesian analyses based on four molecular loci (mtSSU, nuLSU rDNA, and the protein-coding, nuclear RPB1 and MCM7 genes).
    [Show full text]
  • Using Target Enrichment Sequencing to Study the Higher-Level Phylogeny
    http://www.diva-portal.org This is the published version of a paper published in IMA Fungus. Citation for the original published paper (version of record): Grewe, F., Wedin, M., Lumbsch, H T. (2020) Using target enrichment sequencing to study the higher-level phylogeny of the largest lichen-forming fungi family: Parmeliaceae (Ascomycota) IMA Fungus, 11: 11: 27 https://doi.org/10.1186/s43008-020-00051-x Access to the published version may require subscription. N.B. When citing this work, cite the original published paper. Permanent link to this version: http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:nrm:diva-4032 Grewe et al. IMA Fungus (2020) 11:27 https://doi.org/10.1186/s43008-020-00051-x IMA Fungus RESEARCH Open Access Using target enrichment sequencing to study the higher-level phylogeny of the largest lichen-forming fungi family: Parmeliaceae (Ascomycota) Felix Grewe1* , Claudio Ametrano1, Todd J. Widhelm1, Steven Leavitt2, Isabel Distefano1, Wetchasart Polyiam3, David Pizarro4, Mats Wedin5, Ana Crespo4, Pradeep K. Divakar4 and H. Thorsten Lumbsch1 Abstract Parmeliaceae is the largest family of lichen-forming fungi with a worldwide distribution. We used a target enrichment data set and a qualitative selection method for 250 out of 350 genes to infer the phylogeny of the major clades in this family including 81 taxa, with both subfamilies and all seven major clades previously recognized in the subfamily Parmelioideae. The reduced genome-scale data set was analyzed using concatenated- based Bayesian inference and two different Maximum Likelihood analyses, and a coalescent-based species tree method. The resulting topology was strongly supported with the majority of nodes being fully supported in all three concatenated-based analyses.
    [Show full text]