Appendix 3

Specimens used in phylogenetic analysis, with their associated GenBank numbers.

Species Voucher number ND1 16S POMC RAG-1 Cryptobatrachus fuhrmanni KU 204891g KJ489504 KJ489456 -- KJ489582 Flectonotus fitzgeraldi KU 192399 AY819486 DQ679381 AY819104 DQ679274 Flectonotus pygmaeus KU 184958 DQ679341 DQ679382 DQ679310 DQ679275 Fritziana cf. fissilis CTMZ 01563 KC844943 JN157634 JN157627 KC844990 Fritziana fissilis CTMZ 02119 KC844944 JN157634 JN157627 -- Fritziana ohausi CTMZ 04627 KC844945 JN157635 JN157629 KC844991 Gastrotheca abdita (?) CORBIDI 862 KJ489511 KJ489463 -- KJ489590 Gastrotheca aguaruna KU 212026 KF723462 KF723438 KF723484 KF723505 Gastrotheca albolineata MNRJ 54401 KC844949 KC844924 KC844971 KC844992 Gastrotheca antoniiochoai MUSM 27944 KC844950 JN157620 KC844972 KC844993 Gastrotheca aratia KU 212056 KF723467 KF723443 KF723489 KF723510 Gastrotheca argenteovirens KU 181168 DQ679342 DQ679383 DQ679311 -- Gastrotheca atympana MUSM 18692 DQ679343 DQ679384 DQ679312 DQ679276 Gastrotheca aureomaculata KU 181194 DQ679344 DQ679385 -- DQ679277 Gastrotheca caeruleomaculata MNCN 9529 KC844955 ------Gastrotheca christiani FML 2881 DQ679345 DQ679386 DQ679313 DQ679278 Gastrotheca chrysosticta LM 58a DQ679346 DQ679387 -- DQ679279 Gastrotheca cornuta AMNH 107251 DQ679347 DQ679388 DQ679314 DQ679280 Gastrotheca dendronastes KU 181203 DQ679348 DQ679389 DQ679315 DQ679281 Gastrotheca dunni ICN 10059 DQ679349 DQ679390 DQ679316 DQ679282 Gastrotheca ernestoi MNRJ 64000 KC844952 KC844927 KC844975 -- Gastrotheca excubitor KU 173171 DQ679350 DQ679391 DQ679317 DQ679283 Gastrotheca fissipes CFBH T377 KC844953 KC844928 KC844976 KC844996 Gastrotheca fulvorufa CTMZ 07467 KC844954 KC844929 KC844977 KC844997 Gastrotheca galeata KU 181700 DQ679351 DQ679392 DQ679318 DQ679284 Gastrotheca gracilis KU 182374b -- -- DQ679319 -- Gastrotheca griswoldi KU 181701 -- AM039648 DQ679320 -- Gastrotheca guentheri KU 173112 DQ679353 DQ679393 DQ679321 DQ679285 Gastrotheca helenae KU 181070 DQ679354 DQ679394 DQ679322 DQ679286 Gastrotheca lateonota QCAZ 45113 KC844948 KC844923 KC844970 -- Gastrotheca litonedis KU 202690 DQ679355 DQ679395 DQ679323 DQ679287 Gastrotheca lojana QCAZ 42725 KC844964 KC844938 KC844988 -- Gastrotheca longipes USNM 258905 DQ679356 DQ679396 DQ679324 DQ679288 Gastrotheca marsupiata KU 214813 AY819487 DQ679397 AY819105 DQ679289 Gastrotheca megacephala JLG 09e -- AY843592 -- AY844381 Gastrotheca microdiscus CFBHT 3068 -- KC844932 KC844980 KC844999 Gastrotheca monticola KU 219767 KF723470 KF723446 KF723492 KF723513 Gastrotheca nebulanastes MUSM 27943 KC844959 JN157621 KC844982 KC845001 Gastrotheca nicefori KU 181071 DQ679357 DQ679399 DQ679325 DQ679291 Gastrotheca ochoai KU 173499 DQ679358 DQ679400 DQ679326 DQ679292 Gastrotheca orophylax KU 178568 DQ679359 DQ679401 DQ679327 DQ679293 Gastrotheca ovifera KU 166763c KJ489523 ------Gastrotheca pachachacae MUSM 284492 -- JN157620 KC844983 KC845002 Gastrotheca peruana KU 181740 DQ679361 DQ679402 -- -- Gastrotheca phalarosa CORBIDI 11044 KJ489507 KJ489459 KJ489551 KJ489585

A3-1 Gastrotheca plumbea KU 178499 DQ679362 DQ679403 DQ679328 DQ679294 Gastrotheca prasina MZUSP 17460 KJ489476 -- -- KJ489602 Gastrotheca pseustes QCAZ 22635 KC844961 KC844935 KC844985 -- Gastrotheca pseustes KU 203469 KJ489528 KJ489479 -- -- Gastrotheca psychrophila KU 142634 DQ679363 DQ679404 DQ679329 DQ679295 Gastrotheca pulchra MZUSM 16228 -- KJ489495 -- KJ489603 Gastrotheca rebeccae CORBIDI 08006 KC844963 KC844937 KC844987 -- Gastrotheca recava MZUSP 22049 -- KJ489497 -- KJ489604 Gastrotheca riobambae KU 203516 KJ489548 KJ489502 KJ489580 KJ489609 Gastrotheca ruizi KU 200002 DQ679365 DQ679406 -- DQ679297 Gastrotheca stictopleura MTD 45230 DQ679366 DQ679407 DQ679330 DQ679298 Gastrotheca testudinea CORBIDI 9670 KJ489512 -- KJ489581 KJ489591 Gastrotheca trachyceps KU 181189 DQ679367 DQ679408 DQ679331 DQ679299 Gastrotheca walkeri Vz89-96d DQ679368 DQ679409 DQ679332 DQ679300 Gastrotheca weinlandii KU 143107 DQ679369 DQ679410 DQ679333 DQ679301 Gastrotheca zeugocystis MUSM 18675 -- DQ679411 DQ679334 DQ679302 Gastrotheca sp. A KU 202691 KJ489526 KJ489477 KJ489564 -- Gastrotheca sp. B QCAZ 21213 KC844947 KC844922 -- -- Gastrotheca sp. C QCAZ 47299 KC844960 KC844934 KC844984 -- Gastrotheca sp. D QCAZ 21105 KC844965 KC844939 KC844989 -- Gastrotheca sp. E CORBIDI 11790 KJ489513 KJ489464 KJ489554 KJ489592 Gastrotheca sp. F CORBIDI 11076 KJ489509 KJ489461 KJ489552 KJ489588 Gastrotheca sp. G CORBIDI 11040 KJ489508 KJ489460 -- KJ489587 Hemiphractus bubalus KU 143107 DQ679370 DQ679412 DQ679335 DQ679303 Hemiphractus fasciatus CHP 6670 KC844968 KC844942 -- -- Hemiphractus helioi MJH 3689e -- AY843594 -- AY844382 Hemiphractus proboscideus KU 217513 AY819489 DQ679413 AY819107 DQ679304 Hemiphractus scutatus RWM 10453d DQ679371 DQ679414 DQ679336 DQ679305 Oreobates quixensis KU 218150 AY819474 DQ679380 AY819093 DQ679273 Pristimantis curtipes KU 217869 AY819473 DQ679379 AY819092 DQ679272 Stefania coxi ROM 39478 DQ679372 DQ679415 DQ679337 DQ679306 Stefania evansi ROM 39451 AY819490 DQ679416 AY819108 DQ679307 Stefania ginesi LM 1056f DQ679373 DQ679417 DQ679338 DQ679308 Stefania scalae KU 181122 DQ679374 DQ679418 DQ679339 DQ679309 Telmatobius truebae KU 212455 AY819478 DQ679378 AY819097 DQ679271 aLinda Maxson (Wiens et al., 2007). bAlternative GenBank ID: DCC 006. cAlternative GenBank ID: KU 185758. dWiens et al., 2007. eFaivovich et al., 2005. fAlternative GenBank ID: SG 1864-1865 (Wiens et al., 2007). gAlternative catalogue number: TNHCGDC 261557.

A3-2