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História Das Paisagens Florestais Mésicas Dentro Da Diagonal De Formações Abertas: Contribuições De Paleomodelagem, Filoge

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História Das Paisagens Florestais Mésicas Dentro Da Diagonal De Formações Abertas: Contribuições De Paleomodelagem, Filoge ! ! Universidade de Brasília Instituto de Ciências Biológicas Programa de Pós-Graduação em Ecologia História das paisagens florestais mésicas dentro da diagonal de formações abertas: contribuições de paleomodelagem, filogeografia de espécies associadas e de conservação Roger Maia Dias Ledo Brasília – DF 2016 ! ! ! ! Universidade de Brasília Instituto de Ciências Biológicas Programa de Pós-Graduação em Ecologia História das paisagens florestais mésicas dentro da diagonal de formações abertas: contribuições de paleomodelagem, filogeografia de espécies associadas e de conservação Orientador: Dr. Guarino Rinaldi Colli Co-orientadora: Dra. Lilian G. Giugliano Tese apresentada ao Programa de Pós- Graduação em Ecologia da Universidade de Brasília como parte dos requisitos necessários para a obtenção do título de Doutor em Ecologia. Brasília – DF 2016 ! ! Roger Maia Dias Ledo História das paisagens florestais mésicas dentro da diagonal de formações abertas: contribuições de paleomodelagem, filogeografia de espécies associadas e conservação Tese realizada com o apoio da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES/SISBIOTA) e aprovada junto ao Programa de Pós-Graduação em Ecologia da Universidade de Brasília como requisito para obtenção do título de Doutor em Ecologia. Comissão Examinadora: Prof. Dr. Guarino R. Colli Prof. Dra. Lilian G. Giugliano Presidente/Orientador Co-orientadora UnB UnB Profa. Dra. Leonora P. Costa Prof. Dr. Adrian A. Garda Membro Externo não vinculado ao Programa Membro Externo não vinculado ao Programa UFES UFRN Prof. Dra. Rosane Collevatti Membro Prof. Dr. Ricardo Bomfim Machado Externo não vinculado ao Programa Membro Interno vinculado ao UFG Programa UnB Prof. Dr. Renato Caparroz Membro suplente vinculado ao Programa UnB Brasília, 29 de fevereiro de 2016 ! ! Agradecimentos Esta tese não sairia do papel (ou melhor, não se materializaria no papel) se não fosse a ajuda de inúmeras pessoas. Agradeço primeiramente a Deus, por saber que Ele é o meu chefe, acima de todos os outros chefes que tive, tenho e terei na vida. Agradeço ainda por saber que Ele se importa comigo e tem estado ao meu lado em todos os momentos da minha vida. Agradeço ao Dr. Guarino R. Colli por toda orientação prestada e companheirismo. Os anos de convivência me acrescentaram muito conhecimento e maturidade, além de um leve sotaque mineiro, percebido depois de que cada pessoa nova que conhecia me perguntava de que região de Minas eu era. A convivência com o prof. Guarino me permitiu aprender muito sobre pensamento e produção científica, a quem sou imensamente grato. Agradeço à Dra. Lilian G. Giugliano por permitir que eu usasse o espaço do Laboratório de Genética e Biologia da Conservação (LABGENBIO), por toda paciência na explicação dos protocolos de trabalho, pela ajuda com PCRs que não davam certo, e ainda por orientações na análise de dados. Sua ajuda e temperança foram essenciais para me dar força e suportar momentos muito difíceis em minha trajetória. Agradeço ao Dr. Jack Sites Jr. por me receber em seu laboratório na BYU e por me permitir usar o espaço do laboratório na obtenção de dados moleculares dos organismos que trabalhei. Agradeço também a valiosa ajuda de seus orientandos, César Aguilar, Derek Tucker, e Perry Wood, e de colegas de outros laboratórios (Johnson's and Rogers' labs) por ajudas com protocolos de PCR, sequenciamento e desenho de primers. Agradeço a todos os colegas que me forneceram tecidos de Colobosaura modesta para o capítulo 3 dessa tese, em especial a Adrian Garda, Diego Santana, Fernanda Werneck, Mara Silva, Moacir Tinôco e Natan Maciel. Agradeço também ao Fabricius Domingos pela amizade e ! ! discussões acerca do capítulo 3 desta tese. Agradeço também aos meus amigos que me ajudaram na instalação de armadilhas e monitoramento de lagartos relativo ao último capítulo desta tese, com destaque à Laisla K. S. Lopes, Joubert de O. Júnio, Elaine C. M. de Assis e Marcos Marinho. Agradeço também a todas as contribuições da minha banca de qualificação, às quais foram indispensáveis para a produção desta tese. Agradeço ao Programa de Pós-graduação em Ecologia por permitir a presença de todos os membros em minha qualificação. Agradeço a toda equipe dos laboratórios LABGENBIO e da CHUNB. A convivência com vocês foi maravilhosa e enriquecedora, tanto para atividades típicas do dia-a-dia do laboratório quanto para vida de uma forma geral. Registro aqui um pedido desculpas para pessoas que posso ter magoado durante essa trajetória. Sem sombra de dúvidas não era minha intenção, e por isso deixo registrado minha admiração e carinho por elas. Por fim, agradeço à minha família, pais, irmãos, cunhado, sogro e sogra, por toda educação, inspiração e admiração que tive e tenho de vocês. Em especial, agradeço à minha esposa, Rebeca Nery, por ter estado ao meu lado em todos os momentos dessa trajetória, seja presencialmente ou à distância. Agradeço pela empatia e companheirismo durante cada etapa desse projeto, inclusive comingo, na coleta lagartos durante alguns (vários) momentos. ! ! Índice Introdução Geral ..................................................................................................................................... ....... 8 Capítulo 1 - The historical connections between the Amazon and the Atlantic Forest revisited ................ 24 Resumo ............................................................................................................................ ............................ 24 Apêndice - manuscrito submetido à revista Journal of Biogeography ........................................................ 27 ABSTRACT ....................................................................................... ...................................................... 28 INTRODUCTION ................................................................................................................ ................... 29 MATERIALS AND METHODS .......................... ................................................................................... 32 RESULTS ..................................................................................................................... ........................... 35 DISCUSSION ............................................................................................................................. ............. 39 ACKNOWLEDGEMENTS ................................................................................................ ..................... 43 REFERENCES .................................................................................................................. ...................... 43 Figure legends ............................................................... ........................................................................... 56 Supporting Information (appendix S1) ........................................................................................ ............ 64 Supporting Information (appendix S 2) .................................................................................................... 67 Captítulo 2 - Crossing the dry diagonal: shallow divergence and recent expansion of a Neotropical lizard support ancient connections between the Amazon and Altantic Forest. ................................................... 130 Resumo ...................................................................................................................................................... 130 Apêndice - Manuscrito a ser submetido à revista Molecular Ecology ...................................................... 132 Abstract .................................................................................................................................. ................ 133 Introduction ............................................................................................................................................134 Material and Methods ...................................................... ...................................................................... 139 Results ..................................................................................................................... ............................... 147 Discussion ..............................................................................................................................................150 Aknowledments ..................................................................................................................................... 155 References ..............................................................................................................................................155 Author Contributions ............................................................................................................................. 165 Table 1. .................................................................................................................................................. 166 Table 2 ................................................................................................................................................... 172 Figure legends ........................................................................................................................................ 174 Capítulo 3 - Silent death: the new Brazilian Forest Code does not protect lizard assemblages in Cerrado riparian forests ..........................................................................................................................................
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