DOCSLIB.ORG

Caractérisation De L'influence De Facteurs Environnementaux Sur L'écologie Microbienne Du Jambon Cuit Tranché

Total Page：16

File Type：pdf, Size：1020Kb

Download full-text PDF Read full-text
Caractérisation De L'influence De Facteurs Environnementaux Sur L'écologie Microbienne Du Jambon Cuit Tranché Caractérisation de l’influence de facteurs environnementaux sur l’écologie microbienne du jambon cuit tranché. Marine Zagdoun To cite this version: Marine Zagdoun. Caractérisation de l’influence de facteurs environnementaux sur l’écologie microbi- enne du jambon cuit tranché.. Biologie moléculaire. Université Paris-Saclay, 2020. Français. NNT : 2020UPASA003. tel-03270836 HAL Id: tel-03270836 https://pastel.archives-ouvertes.fr/tel-03270836 Submitted on 25 Jun 2021 HAL is a multi-disciplinary open access L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est archive for the deposit and dissemination of sci- destinée au dépôt et à la diffusion de documents entific research documents, whether they are pub- scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, lished or not. The documents may come from émanant des établissements d’enseignement et de teaching and research institutions in France or recherche français ou étrangers, des laboratoires abroad, or from public or private research centers. publics ou privés. Caractérisation de l’influence de facteurs environnementaux sur l’écologie microbienne du jambon cuit tranché Thèse de doctorat de l’Université Paris-Saclay École doctorale n°581, Agriculture Alimentation Biologie Environnement Santé (ABIES) Spécialité de doctorat : Biologie moléculaire et cellulaire Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, Micalis Institute, 78350, Jouy-en-Josas, France AgroParisTech Thèse présentée et soutenue à Jouy-en-Josas, le 27 février 2020, par Marine ZAGDOUN Composition du Jury Henry-Eric SPINNLER Président Professeur, AgroParisTech (Unité SayFood) Céline DELBES Rapporteur & Examinatrice Chargée de recherche (HDR), INRAE (Unité de Recherche sur le Fromage) Monique ZAGOREC Rapporteur & Examinatrice Directrice de recherche, INRAE (Unité Secalim) Jean-Pierre GUYOT Examinateur Directeur de recherche, IRD (Unité Nutripass) 3 Stéphane CHAILLOU Directeur de thèse Directeur de recherche, INRAE (Unité Micalis) Marie-Christine CHAMPOMIER-VERGES Co-directrice de thèse Directrice de recherche, INRAE (Unité Micalis) : 2020UPASA00 : NNT Thèse de doctorat de Thèse « Un pessimiste fait de ses occasions des difficultés, un optimiste fait de ses difficultés des occasions » - Antoine de Saint-Exupéry 2 Remerciements Me voilà au terme de ces trois ans et je tiens à remercier toutes les personnes qui ont contribué à ce que je mène à bien ce projet. Je souhaite tout d’abord remercier l’ANRT pour avoir participé au financement de ma thèse. Je remercie Céline Delbès, Monique Zagorec, Henry-Eric Spinnler et Jean-Pierre Guyot d’avoir accepté de faire partie de mon jury. De même, je remercie les membres de mon comité Christophe N’Guyen Thé, Patrick Lucas et Simon Labarthe pour leurs remarques constructives sur mes travaux. Mes remerciements vont bien sûr à mes encadrants, Stéphane Chaillou et Marie-Christine Champomier-Vergès. Vous m’avez accompagnée au long de cette thèse, tout en me laissant prendre mon autonomie. Stéphane, merci pour ta patience, tes encouragements et tes remarques constructives. Tu as su me faire réfléchir avec humour et pédagogie et nos discussions scientifiques m’ont beaucoup apporté. Marie, merci pour ta disponibilité et ton soutien tout au long de ma thèse et particulièrement durant cette phase intense que représente la rédaction. Merci pour ton exigence et ta rigueur scientifique, au travers desquelles j’ai beaucoup appris. Tu as su égayer mes soirées de rédaction avec tes citations d’illustres auteurs tels que Nufnuf ou Spider cochon. Je remercie également les autres membres qui font ou ont fait partie de l’équipe durant ma thèse : Gwendoline Coeuret, Simon Poirier, Caroline Kothe et Pierre Renault. Gwendoline, souriante et prête à partager tes connaissances et tes astuces, tu as été un vrai soutien. Merci pour ton aide, ta bonne humeur et la relecture de mon manuscrit. Merci d’être toujours motivée pour une petite course des princesses dans les jardins de Versailles, pour aller à la gym ou pour organiser un repas crêpes (oui, après l’effort, le réconfort) ! Tu es une super co-bureau, ne change pas ! Je n’oublie pas non plus Simon, mon deuxième compagnon de bureau pendant une grande partie de ma thèse. Merci pour tes conseils, tes relectures attentives de mes travaux et tes petites blagues à mes retours de vacances! Je te souhaite plein de bonheur à Lausanne. Caroline, merci pour tes messages 3 d’encouragements, ponctués de petits gâteaux brésiliens. Courage pour la dernière année! Pierre, merci pour tes remarques constructives qui m’ont permis de mieux mettre en valeur mon travail. Méry N’dione, merci pour ton travail de stage rigoureux et ta motivation. Je te souhaite une excellente thèse à la Rochelle. Je remercie également Cécile Neuvéglise d’avoir partagé avec moi ses protocoles expérimentaux et son expertise sur les levures. Merci à tous mes collègues en entreprise pour leur accueil chaleureux, pour avoir pris le temps de partager leur savoir-faire et pour avoir précautionneusement mené les essais en production. Je remercie mes collègues du bâtiment 526 pour nos conversations aux pauses café, et leur soutien durant cette phase de rédaction. Merci Abarna, Allison, Louise, Célia, Sébastian, Elliot, Sami, Renaud, Natalia, Léa, Pauline, Cécile, Macarena et tous les amis des autres équipes que j’ai pu oublier. Abarna, merci encore pour toutes tes petites attentions et pour m’avoir apporté ma dose de papillotes journalière <3. Merci à mes amis géniaux qui ont toujours été présents. Une dédicace toute particulière à mes amies co-thésardes à distance, Marie et Juliana, qui ont vécu les mêmes étapes de thèse que moi à quelques mois d’intervalle et qui m’ont toujours soutenue et fait rire avec leurs anecdotes de labo. A ma famille et en particulier à mes parents et ma sœur qui ont toujours cru en moi et m’ont encouragée à distance, un grand merci. J’ai de la chance de vous avoir et ces quelques lignes ne suffiront pas à dire à quel point je vous aime ! Merci pour les longues conversations au téléphone où vous vous assuriez que mon alimentation ne soit pas exclusivement chocolatée, ou encore pour avoir patiemment attendu que je termine la rédaction pour revenir passer un week-end en Franche-Comté. Mes derniers remerciements vont à mon Pierre. Tu as été d’un soutien inconditionnel tout au long de ces trois ans. Tu m’as suivie pour cette aventure parisienne, tu m’as poussée à donner le meilleur de moi-même, tu as effacé mes doutes lors des moments de difficulté et tu as même franchi le seuil de 4 la cuisine pour me mijoter des petits plats réconfortants pendant la rédaction (si ça, ce n’est par une belle preuve d’amour !). Merci d’être toujours là pour moi. 5 Liste des abréviations ADEME : Agence de l’Environnement et de la Maîtrise de l’Energie ADN : Acide Désoxyribonucléique ANSES : Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail ATP : Adénosine triphosphate BHI : Brain Heart Infusion aw : activité de l’eau CIRC : Centre International de Recherche contre le Cancer DGGE : Denaturing gradient gel electrophoresis (électrophorèse sur gel en gradient dénaturant) DLC : Date Limite de Consommation EFSA : Autorité Européenne de Sécurité des Aliments FICT : Fédération des Industries Charcutières et Traiteurs GC-MS : Gas-Chromatography Mass-Spectrometry (chromatographie en phase gazeuse couplée à de la spectrométrie de masse) Gène SSU rRNA : gène codant pour la sous-unité de l’ARNr 16S HACCP : Hazard Analysis of Critical Control Points INCa : Institut National du Cancer ITS2 : Internal Transcribed Spacer 2 MRS : de Man, Rogosa et Sharpe pb : paire de base PCR : Polymerase Chain Reaction (réaction de polymérisation en chaîne) RDP : Ribosomal Database Project T0 : temps de stockage de 0 jour Ts : temps de stockage jusqu’à altération du produit T-RFLP : Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism (polymorphisme de longueur de fragments terminaux) ufc: Unité Formant Colonie 6 Liste des figures Figure 1 : Processus de fabrication du jambon de l’abattage au produit fini. ....................................21 Figure 2 : Lien entre les formes de la myoglobine du muscle et la couleur des jambons. ...................23 Figure 3 : Contribution des produits carnés à l’apport journalier en sel et en nitrite. ........................25 Figure 4 : Gène codant pour la sous-unité ribosomale 16S présentant des régions variables et des régions conservées.......................................................................................................................33 Figure 5 : Nombre de copies du gène SSU rRNA au sein de différentes familles bactériennes présentes dans les produits carnés. ..............................................................................................................35 Figure 6 : Arbre phylogénétique non enraciné produit à l'aide d'un algorithme « neighbour-joining » illustrant le pouvoir de discrimination du gène gyrB au seuil de l'espèce et intra-espèces par rapport au gène SSU rRNA. .......................................................................................................................37 Figure 7 : Exemple de calcul de distance UniFrac entre deux communautés A et B. ..........................39 Figure 8 : Diagramme de Venn montrant les genres bactériens communs ou non aux échantillons de viande (porc et bœuf confondus) et aux environnements de production (mains des employés, couteaux, surfaces de travail) dans des abattoirs de grande et de petite distribution. ......................43 Figure 9 : PCoA montrant l'importance
Load more

Recommended publications
  • Actes Congrès MICROBIOD 1
    Actes du congrès international "Biotechnologie microbienne au service du développement" (MICROBIOD) Marrakech, MAROC 02-05 Novembre 2009 "Ce travail est publié avec le soutien du Ministère de l'Education Nationale, de l'Enseignement Supérieur, de la Formation des Cadres et de la Recherche Scientifique et du CNRST". MICROBIONA Edition www.ucam.ac.ma/microbiona 1 1 Mot du Comité d'organisation Cher (e) membre de MICROBIONA Cher(e) Participant(e), Sous le Haut Patronage de sa Majesté le Roi Mohammed VI, l'Association MICROBIONA et la Faculté des Sciences Semlalia, Université Cadi Ayyad, organisent du 02 au 05 Novembre 2009, en collaboration avec la Société Française de Microbiologie, le Pôle de Compétences Eau et Environnement et l'Incubateur Universitaire de Marrakech, le congrès international "Biotechnologie microbienne au service du développement" (MICROBIOD). Cette manifestation scientifique spécialisée permettra la rencontre de chercheurs de renommée internationale dans le domaine de la biotechnologie microbienne. Le congrès MICROBIOD est une opportunité pour les participants de mettre en relief l’importance socio-économique et environnementale de la valorisation et l’application de nouvelles techniques de biotechnologie microbienne dans divers domaines appliquées au développement et la gestion durable des ressources, à savoir l’agriculture, l'alimentation, l'environnement, la santé, l’industrie agro-alimentaire et le traitement et recyclage des eaux et des déchets par voie microbienne. Ce congrès sera également l’occasion pour les enseignants-chercheurs et les étudiants-chercheurs marocains d’actualiser leurs connaissances dans le domaine des biotechnologies microbiennes, qui serviront à l’amélioration de leurs recherches et enseignements. Le congrès MICROBIOD sera également l’occasion pour certains de nos collaborateurs étrangers de contribuer de près à la formation de nos étudiants en biotechnologie microbienne et ceci par la discussion des protocoles de travail, des méthodes d’analyse et des résultats obtenus.
    [Show full text]
  • Genomic Encyclopedia of Sugar Utilization Pathways in The
    Rodionov et al. BMC Genomics 2010, 11:494 http://www.biomedcentral.com/1471-2164/11/494 RESEARCH ARTICLE Open Access Genomic encyclopedia of sugar utilization pathways in the Shewanella genus Dmitry A Rodionov1,2, Chen Yang1,3, Xiaoqing Li1, Irina A Rodionova1, Yanbing Wang4, Anna Y Obraztsova4,7, Olga P Zagnitko5, Ross Overbeek5, Margaret F Romine6, Samantha Reed6, James K Fredrickson6, Kenneth H Nealson4,7, Andrei L Osterman1,5* Abstract Background: Carbohydrates are a primary source of carbon and energy for many bacteria. Accurate projection of known carbohydrate catabolic pathways across diverse bacteria with complete genomes constitutes a substantial challenge due to frequent variations in components of these pathways. To address a practically and fundamentally important challenge of reconstruction of carbohydrate utilization machinery in any microorganism directly from its genomic sequence, we combined a subsystems-based comparative genomic approach with experimental validation of selected bioinformatic predictions by a combination of biochemical, genetic and physiological experiments. Results: We applied this integrated approach to systematically map carbohydrate utilization pathways in 19 genomes from the Shewanella genus. The obtained genomic encyclopedia of sugar utilization includes ~170 protein families (mostly metabolic enzymes, transporters and transcriptional regulators) spanning 17 distinct pathways with a mosaic distribution across Shewanella species providing insights into their ecophysiology and adaptive evolution. Phenotypic
    [Show full text]
  • From Genotype to Phenotype: Inferring Relationships Between Microbial Traits and Genomic Components
    From genotype to phenotype: inferring relationships between microbial traits and genomic components Inaugural-Dissertation zur Erlangung des Doktorgrades der Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakult¨at der Heinrich-Heine-Universit¨atD¨usseldorf vorgelegt von Aaron Weimann aus Oberhausen D¨usseldorf,29.08.16 aus dem Institut f¨urInformatik der Heinrich-Heine-Universit¨atD¨usseldorf Gedruckt mit der Genehmigung der Mathemathisch-Naturwissenschaftlichen Fakult¨atder Heinrich-Heine-Universit¨atD¨usseldorf Referent: Prof. Dr. Alice C. McHardy Koreferent: Prof. Dr. Martin J. Lercher Tag der m¨undlichen Pr¨ufung: 24.02.17 Selbststandigkeitserkl¨ arung¨ Hiermit erkl¨areich, dass ich die vorliegende Dissertation eigenst¨andigund ohne fremde Hilfe angefertig habe. Arbeiten Dritter wurden entsprechend zitiert. Diese Dissertation wurde bisher in dieser oder ¨ahnlicher Form noch bei keiner anderen Institution eingereicht. Ich habe bisher keine erfolglosen Promotionsversuche un- ternommen. D¨usseldorf,den . ... ... ... (Aaron Weimann) Statement of authorship I hereby certify that this dissertation is the result of my own work. No other person's work has been used without due acknowledgement. This dissertation has not been submitted in the same or similar form to other institutions. I have not previously failed a doctoral examination procedure. Summary Bacteria live in almost any imaginable environment, from the most extreme envi- ronments (e.g. in hydrothermal vents) to the bovine and human gastrointestinal tract. By adapting to such diverse environments, they have developed a large arsenal of enzymes involved in a wide variety of biochemical reactions. While some such enzymes support our digestion or can be used for the optimization of biotechnological processes, others may be harmful { e.g. mediating the roles of bacteria in human diseases.
    [Show full text]
  • Comparative Genomic Reconstruction of Transcriptional Networks Controlling Central Metabolism in the Shewanella Genus
    Lawrence Berkeley National Laboratory Recent Work Title Comparative genomic reconstruction of transcriptional networks controlling central metabolism in the Shewanella genus. Permalink https://escholarship.org/uc/item/11c6359g Journal BMC genomics, 12 Suppl 1(SUPPL. 1) ISSN 1471-2164 Authors Rodionov, Dmitry A Novichkov, Pavel S Stavrovskaya, Elena D et al. Publication Date 2011-06-15 DOI 10.1186/1471-2164-12-s1-s3 Peer reviewed eScholarship.org Powered by the California Digital Library University of California Rodionov et al. BMC Genomics 2011, 12(Suppl 1):S3 http://www.biomedcentral.com/1471-2164/12/S1/S3 RESEARCH Open Access Comparative genomic reconstruction of transcriptional networks controlling central metabolism in the Shewanella genus Dmitry A Rodionov1,2*†, Pavel S Novichkov3†, Elena D Stavrovskaya2,4, Irina A Rodionova1, Xiaoqing Li1, Marat D Kazanov1,2, Dmitry A Ravcheev1,2, Anna V Gerasimova3, Alexey E Kazakov2,3, Galina Yu Kovaleva2, Elizabeth A Permina5, Olga N Laikova5, Ross Overbeek6, Margaret F Romine7, James K Fredrickson7, Adam P Arkin3, Inna Dubchak3,8, Andrei L Osterman1,6, Mikhail S Gelfand2,4 Abstract Background: Genome-scale prediction of gene regulation and reconstruction of transcriptional regulatory networks in bacteria is one of the critical tasks of modern genomics. The Shewanella genus is comprised of metabolically versatile gamma-proteobacteria, whose lifestyles and natural environments are substantially different from Escherichia coli and other model bacterial species. The comparative genomics approaches and computational identification of regulatory sites are useful for the in silico reconstruction of transcriptional regulatory networks in bacteria. Results: To explore conservation and variations in the Shewanella transcriptional networks we analyzed the repertoire of transcription factors and performed genomics-based reconstruction and comparative analysis of regulons in 16 Shewanella genomes.
    [Show full text]
  • BMC Evolutionary Biology Biomed Central
    BMC Evolutionary Biology BioMed Central Research article Open Access Evidence of recent interkingdom horizontal gene transfer between bacteria and Candida parapsilosis David A Fitzpatrick*, Mary E Logue and Geraldine Butler Address: School of Biomolecular and Biomedical Science, Conway Institute, University College, Dublin, Belfield, Dublin 4, Ireland Email: David A Fitzpatrick* - [email protected]; Mary E Logue - [email protected]; Geraldine Butler - [email protected] * Corresponding author Published: 24 June 2008 Received: 17 January 2008 Accepted: 24 June 2008 BMC Evolutionary Biology 2008, 8:181 doi:10.1186/1471-2148-8-181 This article is available from: http://www.biomedcentral.com/1471-2148/8/181 © 2008 Fitzpatrick et al; licensee BioMed Central Ltd. This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (http://creativecommons.org/licenses/by/2.0), which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited. Abstract Background: To date very few incidences of interdomain gene transfer into fungi have been identified. Here, we used the emerging genome sequences of Candida albicans WO-1, Candida tropicalis, Candida parapsilosis, Clavispora lusitaniae, Pichia guilliermondii, and Lodderomyces elongisporus to identify recent interdomain HGT events. We refer to these as CTG species because they translate the CTG codon as serine rather than leucine, and share a recent common ancestor. Results: Phylogenetic and syntenic information infer that two C. parapsilosis genes originate from bacterial sources. One encodes a putative proline racemase (PR). Phylogenetic analysis also infers that there were independent transfers of bacterial PR enzymes into members of the Pezizomycotina, and protists.
    [Show full text]
  • Genetic Analysis of a PER-2 Producing Shewanella Spp. Strain Harboring a Variety of Mobile Genetic Elements and Antibiotic Resistant Determinants
    Accepted Manuscript Title: Genetic analysis of a PER-2 producing Shewanella spp. strain harboring a variety of mobile genetic elements and antibiotic resistant determinants Authors: Marisa Almuzara, Sabrina Montana,˜ Terese Lazzaro, Sylvia Uong, Gisela Parmeciano Di Noto, German Traglia, Romina Bakai, Daniela Centron,´ Andres´ Iriarte, Cecilia Quiroga, Maria Soledad Ramirez PII: S2213-7165(17)30117-0 DOI: http://dx.doi.org/doi:10.1016/j.jgar.2017.06.005 Reference: JGAR 441 To appear in: Received date: 4-5-2017 Revised date: 7-6-2017 Accepted date: 10-6-2017 Please cite this article as: Marisa Almuzara, Sabrina Montana,˜ Terese Lazzaro, Sylvia Uong, Gisela Parmeciano Di Noto, German Traglia, Romina Bakai, Daniela Centron,´ Andres´ Iriarte, Cecilia Quiroga, Maria Soledad Ramirez, Genetic analysis of a PER-2 producing Shewanella spp.strain harboring a variety of mobile genetic elements and antibiotic resistant determinants (2010), http://dx.doi.org/10.1016/j.jgar.2017.06.005 This is a PDF file of an unedited manuscript that has been accepted for publication. As a service to our customers we are providing this early version of the manuscript. The manuscript will undergo copyediting, typesetting, and review of the resulting proof before it is published in its final form. Please note that during the production process errors may be discovered which could affect the content, and all legal disclaimers that apply to the journal pertain. Genetic analysis of a PER-2 producing Shewanella spp. strain harboring a variety of mobile genetic elements and antibiotic resistant determinants Running Title: PER-2 producing Shewanella spp. strain Marisa Almuzara1*, Sabrina Montaña2*, Terese Lazzaro3, Sylvia Uong3, Gisela Parmeciano Di Noto2, German Traglia2, Romina Bakai1, Daniela Centrón2, Andrés Iriarte4, Cecilia Quiroga2, Maria Soledad Ramirez3#.
    [Show full text]
  • Comparative Genomics and Experimental Characterization of N
    THE JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY VOL. 281, NO. 40, pp. 29872–29885, October 6, 2006 Printed in the U.S.A. Comparative Genomics and Experimental Characterization of N-Acetylglucosamine Utilization Pathway of Shewanella oneidensis*□S Received for publication, May 26, 2006, and in revised form, July 20, 2006 Published, JBC Papers in Press, July 20, 2006, DOI 10.1074/jbc.M605052200 Chen Yang‡1, Dmitry A. Rodionov‡§1,2, Xiaoqing Li‡, Olga N. Laikova¶, Mikhail S. Gelfand§ʈ, Olga P. Zagnitko**, Margaret F. Romine‡‡3, Anna Y. Obraztsova§§, Kenneth H. Nealson§§3, and Andrei L. Osterman‡** From the ‡Burnham Institute for Medical Research, La Jolla, California 92037, §Institute for Information Transmission Problems, Russian Academy of Sciences, Moscow 127994, Russia, ¶State Scientific Center GosNIIGenetika, Moscow 117545, Russia, ʈDepartment of Bioengineering and Bioinformatics, Moscow State University, Moscow 119992, Russia, **Fellowship for ‡‡ Interpretation of Genomes, Burr Ridge, Illinois 60527, Pacific Northwest National Laboratory, Richland, Washington 99352, Downloaded from and §§Department of Earth Sciences, University of Southern California, Los Angeles, California 90089 We used a comparative genomics approach implemented in the aquatic environments and abundant in environments where SEED annotation environment to reconstruct the chitin and GlcNAc nutrient levels are high and redox interfaces are found. utilization subsystem and regulatory network in most proteobacteria, Shewanella oneidensis MR-1 was originally isolated from fresh- www.jbc.org including 11 species of Shewanella with completely sequenced water sediments of Oneida Lake, NY (1), whereas other species genomes. Comparative analysis of candidate regulatory sites allowed have been isolated from marine sediments, marine waters, and us to characterize three different GlcNAc-specific regulons, NagC, a variety of other environments (2).
    [Show full text]
  • The Shewanella Genus: Ubiquitous Organisms Sustaining and Preserving Aquatic Ecosystems Olivier Lemaire, Vincent Méjean, Chantal Iobbi-Nivol
    The Shewanella genus: ubiquitous organisms sustaining and preserving aquatic ecosystems Olivier Lemaire, Vincent Méjean, Chantal Iobbi-Nivol To cite this version: Olivier Lemaire, Vincent Méjean, Chantal Iobbi-Nivol. The Shewanella genus: ubiquitous organisms sustaining and preserving aquatic ecosystems. FEMS Microbiology Reviews, Wiley-Blackwell, 2020, 44 (2), pp.155-170. 10.1093/femsre/fuz031. hal-02936277 HAL Id: hal-02936277 https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02936277 Submitted on 11 Mar 2021 HAL is a multi-disciplinary open access L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est archive for the deposit and dissemination of sci- destinée au dépôt et à la diffusion de documents entific research documents, whether they are pub- scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, lished or not. The documents may come from émanant des établissements d’enseignement et de teaching and research institutions in France or recherche français ou étrangers, des laboratoires abroad, or from public or private research centers. publics ou privés. The Shewanella genus: ubiquitous organisms sustaining and preserving aquatic ecosystems. Olivier N. Lemaire*, Vincent Méjean and Chantal Iobbi-Nivol Aix-Marseille Université, Laboratoire de Bioénergétique et Ingénierie des Protéines, UMR 7281, Institut de Microbiologie de la Méditerranée, Centre National de la Recherche Scientifique, 13402 Marseille, France. *Corresponding author. Email: [email protected] Keywords Bacteria, Microbial Physiology, Ecological Network, Microflora, Symbiosis, Biotechnology
    [Show full text]
  • Using Shewanella Baltica Ecotypes As a Model for Transcriptional
    USING SHEWANELLA BALTICA ECOTYPES AS A MODEL FOR TRANSCRIPTIONAL VARIATION AT THE POPULATION LEVEL by WILLIAM SEALY HAMBRIGHT Presented to the Faculty of the Graduate School of The University of Texas at Arlington in Partial Fulfillment of the Requirements for the Degree of MASTER OF SCIENCE IN BIOLOGY THE UNIVERSITY OF TEXAS AT ARLINGTON DECEMBER 2010 Copyright © by Sealy Hambright 2010 All Rights Reserved ACKNOWLEDGEMENTS First I would like to thank my family, and my amazing girlfriend Mandi. Without their support I would not be where I am at today. Next, I would like to thank Dr. Jorge Rodrigues for his guidance and undaunted patience and support throughout this project. Thank you to my committee, Dr. Thomas Chrzanowski and Dr. Woo-Suk Chang. Dr. Chrzanowski is not only an advisor, but has been a professor, mentor, and friend during my tenure at UTA. I am in debt to all of my fellow colleagues for their immense help and ability to put up with my caffeine driven antics. To name a few: Drs Sridev Mohapatra, Babur Mirza, Atcha Boonmee, as well as Aditya Ranjan M.S., Jantiya Isanapong M.S., Bogar Garcia, Fabiana da Silva Paula, Blaine Thompson, Christi Hull M.S., Briony Foster, and the entire Melotto lab (including Dr. Melotto). I especially want to thank Austin Willis M.S., for our work was often a collaborative effort in learning which I believe is the foundation of research. November 19, 2010 iii ABSTRACT USING SHEWANELLA BALTICA ECOTYPES AS A MODEL FOR TRANSCRIPTIONAL VARIATION AT THE POPULATION LEVEL Sealy Hambright M.S.
    [Show full text]
  • Culturable Rhodobacter and Shewanella Species Are Abundant in Estuarine Turbidity Maxima of the Columbia River
    View metadata, citation and similar papers at core.ac.uk brought to you by CORE provided by The University of North Carolina at Greensboro Archived version from NCDOCKS Institutional Repository http://libres.uncg.edu/ir/asu/ Culturable Rhodobacter And Shewanella Species Are Abundant In Estuarine Turbidity Maxima Of The Columbia River By: S. L. Bräuer, C. Adams, K. Kranzler,D. Murphy, M. Xu, P. Zuber, H. M. Simon, A. M. Baptista and B. M. Tebo Abstract Measurements of dissolved, ascorbate-reducible and total Mn by ICP-OES revealed significantly higher concentrations during estuarine turbidity maxima (ETM) events, compared with non-events in the Columbia River. Most probable number (MPN) counts of Mn-oxidizing or Mn-reducing heterotrophs were not statistically different from that of other heterotrophs (103–104 cells ml-1) when grown in defined media, but counts of Mn oxidizers were significantly lower in nutrient-rich medium (13 cells ml-1). MPN counts of Mn oxidizers were also significantly lower on Mn(III)-pyrophosphate and glycerol (21 cells ml-1). Large numbers of Rhodobacter spp. were cultured from dilutions of 10-2 to 10-5, and many of these were capable of Mn(III) oxidation. Up to c. 30% of the colonies tested LBB positive, and all 77 of the success-fully sequenced LBB positive colonies (of varying morphology) yielded sequences related to Rhodo-bacter spp. qPCR indicated that a cluster of Rhodo bacter isolates and closely related strains (95–99%identity) represented approximately 1–3% of the total Bacteria, consistent with clone library results. Copy numbers of SSU rRNA genes for either Rhodobacter spp.
    [Show full text]
  • Genome-Level Homology and Phylogeny of Shewanella (Gammaproteobacteria: Lteromonadales: Shewanellaceae) Rebecca B Dikow1,2
    Dikow BMC Genomics 2011, 12:237 http://www.biomedcentral.com/1471-2164/12/237 RESEARCHARTICLE Open Access Genome-level homology and phylogeny of Shewanella (Gammaproteobacteria: lteromonadales: Shewanellaceae) Rebecca B Dikow1,2 Abstract Background: The explosion in availability of whole genome data provides the opportunity to build phylogenetic hypotheses based on these data as well as the ability to learn more about the genomes themselves. The biological history of genes and genomes can be investigated based on the taxomonic history provided by the phylogeny. A phylogenetic hypothesis based on complete genome data is presented for the genus Shewanella (Gammaproteobacteria: Alteromonadales: Shewanellaceae). Nineteen taxa from Shewanella (16 species and 3 additional strains of one species) as well as three outgroup species representing the genera Aeromonas (Gammaproteobacteria: Aeromonadales: Aeromonadaceae), Alteromonas (Gammaproteobacteria: Alteromonadales: Alteromonadaceae) and Colwellia (Gammaproteobacteria: Alteromonadales: Colwelliaceae) are included for a total of 22 taxa. Results: Putatively homologous regions were found across unannotated genomes and tested with a phylogenetic analysis. Two genome-wide data-sets are considered, one including only those genomic regions for which all taxa are represented, which included 3,361,015 aligned nucleotide base-pairs (bp) and a second that additionally includes those regions present in only subsets of taxa, which totaled 12,456,624 aligned bp. Alignment columns in these large data-sets
    [Show full text]
  • The Periplasmic Nitrate Reductase in Shewanella: the Resolution, Distribution and Functional Implications of Two NAP Isoforms, Napedabc and Napdaghb
    Microbiology (2010), 156, 302–312 DOI 10.1099/mic.0.034421-0 Review The periplasmic nitrate reductase in Shewanella: the resolution, distribution and functional implications of two NAP isoforms, NapEDABC and NapDAGHB Philippa J. L. Simpson,1 David J. Richardson2 and Rachel Codd1,3 Correspondence 1Centre for Heavy Metals Research, School of Chemistry, University of Sydney, New South Wales Rachel Codd 2006, Australia [email protected] 2School of Biological Sciences, University of East Anglia, Norwich NR4 TJ7, UK 3School of Medical Sciences (Pharmacology) and Bosch Institute, University of Sydney, New South Wales 2006, Australia In the bacterial periplasm, the reduction of nitrate to nitrite is catalysed by a periplasmic nitrate reductase (NAP) system, which is a species-dependent assembly of protein subunits encoded by the nap operon. The reduction of nitrate catalysed by NAP takes place in the 90 kDa NapA subunit, which contains a Mo-bis-molybdopterin guanine dinucleotide cofactor and one [4Fe”4S] iron–sulfur cluster. A review of the nap operons in the genomes of 19 strains of Shewanella shows that most genomes contain two nap operons. This is an unusual feature of this genus. The two NAP isoforms each comprise three isoform-specific subunits – NapA, a di-haem cytochrome NapB, and a maturation chaperone NapD – but have different membrane-intrinsic subunits, and have been named NAP-a (NapEDABC) and NAP-b (NapDAGHB). Sixteen Shewanella genomes encode both NAP-a and NAP-b. The genome of the vigorous denitrifier Shewanella denitrificans OS217 encodes only NAP-a and the genome of the respiratory nitrate ammonifier Shewanella oneidensis MR-1 encodes only NAP-b.
    [Show full text]