UNIVERSIDADE FEDERAL DE MINAS GERAIS INSTITUTO DE CIÊNCIAS BIOLÓGICAS PROGRAMA INTERUNIDADES DE PÓS-GRADUAÇÃO EM BIOINFORMÁTICA DISSERTAÇÃO DE MESTRADO
FRANCISLON SILVA DE OLIVEIRA
Análise em larga escala das regiões intergênicas ITS, ITS1 e ITS2 para o filo Basidiomycota (Fungi)
Belo Horizonte 2015
Francislon Silva de Oliveira
Análise em larga escala das regiões intergênicas ITS, ITS1 e ITS2 para o filo Basidiomycota (Fungi)
Dissertação apresentada ao Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática da UFMG como requisito parcial para a obtenção do grau de Mestre em Bioinformática.
ORIENTADOR: Prof. Dr. Guilherme Oliveira Correa CO-ORIENTADOR: Prof. Dr. Aristóteles Góes-Neto
Belo Horizonte 2015
AGRADECIMENTOS
À minha família e amigos pelo amor e confiança depositadas em mim. Aos meus orientadores Guilherme e Aristóteles por todo o suporte oferecido durante todo o mestrado. À Fernanda Badotti pelas discussões biológicas sobre o tema de DNA barcoding e por estar sempre disposta a ajudar. À toda equipe do Centro de Excelência em Bioinformática pelos maravilhosos momentos que passamos juntos. Muito obrigado por toda paciência nesse momento final de turbulência do mestrado. Aos membros do Center for Tropical and Emerging Global Diseases pela sensacional receptividade durante o meu estágio de quatro meses na University of Georgia. Um agradecimento especial à Dra. Jessica Kissinger pelos conselhos científicos e à Betsy pela atenção e disponibilidade de ajudar a qualquer momento. Aos colegas do programa de pós-graduação em bioinformática da UFMG pelos momentos de descontração e discussão científica na mesa do bar !. Aos membros da secretaria do programa de pós-graduação pela simpatia e vontade de ajudar sempre. Em especial à Sheila que é um anjo. À Vale, NIH e FAPEMIG pelo provimento de minha bolsa e pelo suporte financeiro para participação em eventos científicos.
SUMÁRIO
1! INTRODUÇÃO ...... 1! 1.1! CÓDIGO DE BARRAS DE DNA ...... 1! 1.2! A REGIÃO ITS ...... 3! 1.3! REINO FUNGI ...... 3! 1.3.1! Filo Basidiomycota ...... 4! 2! OBJETIVOS ...... 6! 2.1! OBJETIVO GERAL ...... 6! 2.2! OBJETIVOS ESPECÍFICOS ...... 6! 3! MATERIAL E MÉTODOS ...... 6! 3.1! AQUISIÇÃO DOS DADOS ...... 6! 3.2! FILTRAGEM DO BANCO DE DADOS ...... 8! 3.2.1! Filtros de qualidade ...... 9! 3.2.2! Filtros lógicos ...... 10! 3.3! ANÁLISE DOS DADOS ...... 11! 3.3.1! Análise de Barcode Gap ...... 11! 3.3.2! Probabilidade de identificação correta ...... 12! 3.3.3! Validação cruzada com BLAST ...... 12! 4! RESULTADOS E DISCUSSÃO ...... 13! 4.1! GÊNEROS COM BARCODE GAP ...... 15! 4.2! GÊNEROS COM BARCODE GAP EXCLUINDO AS DISTÂNCIAS ATÍPICAS ...... 25! 4.3! GÊNEROS SEM BARCODE GAP ...... 34! 5! CONCLUSÕES ...... 45! REFERÊNCIAS ...... 46! APÊNDICE I – LINHAS DE COMANDO DA ETAPA DE FILTRAGEM ...... 49! APÊNDICE II – LINHAS DE COMANDO DA ETAPA DE ANÁLISE ...... 50! APÊNDICE III – ESPÉCIMES UTILIZADOS NAS ANÁLISES ...... 52!
LISTA DE ILUSTRAÇÕES
Figura 1: Diagrama de aquisição dos dados do Genbank ...... 7! Figura 2: Exemplo de um cabeçalho FASTA proveniente do UNITE ...... 8! Figura 3: Linhas de comando para aquisição dos dados ...... 8! Figura 4: Etapas de Filtragem ...... 9! Figura 5: Países com espécimes na base de análise estudada ...... 14! Figura 6: Gráficos de barcode gap para os gêneros Agaricus (A), Antherospora (B), Ceriporiopsis (C), Clavaria (D), Cystodermella (E) e Descolea (F) ...... 18! Figura 7: Gráficos de barcode gap para os gêneros Endoraecium (A), Entyloma (B), Exobasidium (C), Favolus (D), Fibroporia (E) e Flammulina (F) ...... 19! Figura 8: Gráficos de barcode gap para os gêneros Fuscoporia (A), Gloeophyllum (B), Gymnopilus (C), Helicobasidium (D), Hyphodermella (E) e Lepista (F) ...... 20! Figura 9: Gráficos de barcode gap para os gêneros Leucopaxillus (A), Lycoperdon (B), Lyomyces (C), Lyophyllum (D), Neofavolus (E) e Octaviania (F) ...... 21! Figura 10: Gráficos de barcode gap para os gêneros Oligoporus (A), Phellinus (B), Porodaedalea (C), Psathyrella (D), Psilocybe (E) e Pycnoporellus (F) ...... 22! Figura 11: Gráficos de barcode gap para os gêneros Resinicium (A), Rhodocollybia (B), Rigidoporus (C), Thecaphora (D), Tilletia (E) e Tricholomopsis (F) ...... 23! Figura 12: Gráficos de barcode gap para os gêneros Tylopilus (A), Xerocomus (B) e Xeromphalina (C) ...... 24! Figura 13: Gráficos de barcode gap para os gêneros Amanita (A), Amyloporia (B), Antrodia (C), Antrodiella (D), Auricularia (E) e Calvatia (F) ...... 28! Figura 14: Gráficos de barcode gap para os gêneros Chlorophyllum (A), Chroogomphus (B), Coprinopsis (C), Datronia (D), Entoloma (E) e Ganoderma (F) ...... 29! Figura 15: Gráficos de barcode gap para os gêneros Geastrum (A), Gymnopus (B), Hygrocybe (C), Hygrophorus (D), Hymenopellis (E) e Lactifluus (F) ...... 30! Figura 16: Gráficos de barcode gap para os gêneros Lentinellus (A), Lepiota (B), Leucoagaricus (C), Macrolepiota (D), Megacollybia (E) e Melampsora (F) ...... 31! Figura 17: Gráficos de barcode gap para os gêneros Microbotryum (A), Parasola (B), Phanerochaete (C), Phellodon (D), Piloderma (E) e Polyporus (F) ...... 32! Figura 18: Gráficos de barcode gap para os gêneros Postia (A), Puccinia (B), Russula (C), Sarcodon (D), Suillus (E) e Thelephora (F) ...... 33! Figura 19: Gráficos de barcode gap para os gêneros Tricholoma (A) e Tuberculina (B) ...... 34! Figura 20: Gráfico de barcode gap dos gêneros: Alnicola (A), Armillaria (B), Boletus (C), Butyriboletus (D), Clavulina (E) e Collybia (F) ...... 37! Figura 21: Gráficos de barcode gap para os gêneros Cortinarius (A), Crepidotus (B), Cystoderma (C), Fomitopsis (D), Hebeloma (E) e Hohenbuehelia (F) ...... 38! Figura 22: Gráficos de barcode gap dos gêneros Hydnellum (A), Hydnum (B), Hyphoderma (C), Hypholoma (D), Inocybe (E) e Laccaria (F) ...... 39! Figura 23: Gráficos de barcode gap para os gêneros Lactarius (A), Lentinus (B), Melanoleuca (C), Mucidula (D), Mycena (E) e Paxillus (F) ...... 40!
Figura 24: Gráficos de barcode gap dos gêneros Rhizopogon (A), Scleroderma (B), Sebacina (C), Stephanospora (D), Strobilurus (E) e Tomentella (F) ...... 41! Figura 25: Gráficos de barcode gap dos gêneros Peniophorella (A), Phaeocollybia (B), Pisolithus (C), Pleurotus (D), Pluteus (E) e Ramaria (F) ...... 42! Figura 26: Gráficos de barcode gap dos gêneros Trametes (A) e Vuilleminia (B) ...... 43! Figura 27: Gráfico de cordas do gênero Russula ...... 45!
LISTA DE TABELAS
Tabela 1: Gêneros com barcode gap ...... 16! Tabela 2: Gêneros sem barcode gap devido à sobreposição de valores atípicos ...... 26! Tabela 3: Gêneros sem barcode gap ...... 35!
LISTA DE ABREVIATURAS
ITS: Internal Transcribed Spacer COX1: Cytochrome c Oxidase I NCBI: National Center for Biotechnology Information GI: GenInfo Identifier UNITE: User-friendly Nordic ITS Ectomycorrhiza Database DNA: Deoxyribonucleic Acid RNA: Ribonucleic acid rDNA: Ribosomal DNA pb: Pares de base HTML: HyperText Markup Language PIC: Probabilidade de Identificação Correta
RESUMO
O código de barras de DNA é um sistema microgenômico utilizado para identificar espécies previamente descritas e para facilitar o reconhecimento de novas espécies e segue os princípios de padronizaçãoo, minimalismo, escalabilidade e rapidez. Esse sistema utiliza idealmente um único segmento padronizado de DNA, o qual, nos fungos, corresponde a região espaçadora interna transcrita (nrITS). Em muitas situações, subregiões da região de DNA barcode (minibarcodes) podem ser utilizadas para substituir a região inteira. O Filo Basidiomycota (Fungi) apresenta mais de 30 mil espécies descritas, apresentando uma surpreendente complexidade morfológica com uma diversidade de funções ecológicas e aplicações biotecnológicas. A identificação rápida e confiável de espécies desse grupo de fungos é fundamental para muitas áreas de desenvolvimento científico e tecnológico. O presente estudo objetivou realizar uma análise em larga escala da região ITS e de suas subrregiões ITS1 e ITS2 de espécies de Basidiomycota (Fungi) e testar a hipótese de que essas subrregiões podem funcionar como minicódigos de barra de DNA para discriminar as espécies desse grupo fúngico. Construiu-se um banco de dados primário compreendendo todos as sequências completas de ITS de Basidiomycota com com vouchers, depositadas no INSCD, enriquecidas com metadados, quando disponíveis, da base de dados UNITE. Filtros de qualidade foram aplicados ao banco de dados primário e dois bancos de dados secundários foram construídos, um contendo a subrregião ITS1 e o outro, a subrregião ITS2. O banco de dados primário compreendeu 7876 sequências, representando três subfilos, 25 ordens, 75 famílias, 215 gêneros e 951 espécies de Basidiomycota de 118 países em seis continentes. Foram realizadas análises comparativas detalhadas da variabilidade intra e interespecífica ao nível de gênero e três padrões gerais distintos foram recuperados: (i) gêneros com um barcode gap; (ii) gêneros com um barcode gap seas distâncias intra e interespecíficas atípicas (outliers) são removidas; (iii) gêneros sem um barcode gap. Valores baixos de PCI (Probabilidade de Identificação Correta) podem estar relacionados a identificações errôneas nos acessos do NCBI (não-conformidades) ou a processos biológicos tais como especiação recente ou críptica e, portanto, merecem uma revisão taxonômica.
Keywords: Basidiomycota; Código de Barras de DNA; Espaçador Interno Transcrito.
ABSTRACT
DNA barcoding is a DNA-based system used to identify previously described species and to facilitate the recognition of new ones, following the general principles of standardization, minimalism, scalability, and rapidity. It ideally utilizes only one standardized DNA segment, which in fungi is the ribosomal internal transcribed spacer region (nrITS). In many situations small portions of the barcode region (minibarcodes) may be used to substitute the full-length barcode. Basidiomycota is the second most speciose fungal group, exhibiting a striking morphological complexity with a diversity of ecological roles and biotechnological applications. The fast and reliable identification of these fungi is fundamental to many research areas. The main goals of our work was to perform a large scale analysis of ITS, ITS1 and ITS2 of basidiomycotan species and to test the hypothesis of whether the ITS1 and ITS2 may work as DNA minibarcodes to discriminate these fungal species. In order to reach this goal we have constructed a primary database consisting of all completed vouchered ITS sequences of Basidiomycota currently available in INSCD enriched with metadata, when available, from the UNITE database. Quality filters were applied to the primary dataset and then two secondary databases were constructed, one containing ITS1 and the other consisting of ITS2 subregion sequences. Our primary database comprised 7876 sequences, which represented three subphyla, 25 orders, 75 families, 215 genera, and 951 species from 118 countries of six continents. Detailed comparative analysis of intra and interspecific variability at the genus level was performed. Three distinct general patterns were retrieved: (i) genera with an undoubtedely barcode gap; (ii) genera with a barcode gap if atypical intra and interspecific distances (outliers) are removed; (iii) genera without a barcode gap. Low PCI (Probability of Correct Identification) values may be related to misidentifications in the NCBI database or biological processes such as recent or cryptic speciations and, therefore, deserve a taxonomic revision.
Keywords: Basidiomycota; DNA Barcoding; Internal Transcribed Spacer. 1
1! INTRODUÇÃO
A metodologia tradicional para a identificação de organismos eucarióticos geralmente realizada através do diagnóstico de características morfológicas, apresenta limitações significativas, principalmente devido à plasticidade fenotípica e à variabilidade natural nos caracteres empregados para o reconhecimento de espécies, que podem levar a uma identificação incorreta. Além disso, táxons morfologicamente crípticos, comuns em diversos grupos, podem não ser detectados devido às limitações no sistema de identificação baseado na morfologia, aliada à escassez de taxonomistas especializados nos diferentes grupos de organismos, técnicas moleculares têm sido utilizadas como instrumentos complementares no processo de identificação de táxons (Hebert et al. 2003).
1.1! Código de barras de DNA
O código de barras de DNA é um sistema de identificação molecular que vem sendo utilizado com a finalidade de reconhecer espécies conhecidas (já descritas) e facilitar a identificação de espécies novas (não-descritas) (Casiraghi et al. 2010). Este sistema de identificação molecular consiste na utilização de um pequeno segmento de DNA (em analogia ao código de barras do comércio) suficientemente variável ao nível de organização interespecífico (espécimes de diferentes espécies), mas pouco variável ao nível intraespecífico (espécimes da mesma espécie), possibilitando, desta forma, a discriminação acurada de espécies biológicas. O método baseia-se na premissa de que a variação genética entre as espécies analisadas excede a variação existente dentro dessas mesmas espécies para o segmento de DNA selecionado (Hebert et al. 2003). Logo, a análise ideal de código de barras de DNA espelha as distribuições das variabilidades intra e interespecíficas separadas por uma distância denominada de barcode gap (Meyer & Paulay 2005; Wiemers & Fiedler 2007). As ferramentas e aplicações relacionadas a sequências de DNA como fonte de informação biológica foram basicamente desenvolvidas por duas áreas das Ciências Biológicas: Filogenia Molecular e Genética de Populações. Entretanto, estas áreas 2 trabalham com níveis de organização biológica diferentes. Estudos de filogenia molecular tipicamente tratam de relações filogenéticas entre espécies e demais grupos supraespecíficos enquanto que estudos na área de genética de populações analisam a variação intra e interpopulacional de uma única espécie. Comparativamente, os estudos de código de barras de DNA ocupam a intersecção entre essas duas áreas, já que tratam de uma abordagem ao nível específico, focada na delineação de espécies e não necessariamente de suas relações filogenéticas. Portanto, os estudos de código de barras de DNA podem complementar as pesquisas em filogenia molecular e em genética de populações, fornecendo informação biológica que será útil tanto para a inferência de filogenias como para as mais diversas análises populacionais (Hajibabaei et al. 2006). A abordagem teórico-metodológica e prática de código de barras de DNA pode ser considerada como a base de um sistema taxonômico integrado, capaz de implementar todos os aspectos da taxonomia em direção à representação dos organismos da biosfera como um todo (DeSalle et al. 2005; Dayrat 2005; Singer & Hajibabaei 2009). Esta abordagem reside na conjugação de três inovações da taxonomia moderna: (i) molecularização (o uso da variabilidade de um marcador molecular como um discriminante), (ii) informatização (a transposição não-redundante de dados utilizando suportes de informática) e (iii) padronização (a abrangência desta abordagem padrão a vastos grupos de organismos não proximamente relacionados). A molecularização e a informatização vêm ocorrendo independentemente na taxonomia há certo tempo, mas a padronização, apesar dos esforços dos códigos internacionais, estava presente apenas aleatoriamente na taxonomia. Assim, pela primeira vez, através da abordagem de código de barras de DNA, é possível introduzir na taxonomia uma generalização, permitindo aos pesquisadores especializados em diferentes campos de conhecimento compartilhar uma base em comum (Casiraghi et al. 2010). O sistema de código de barras de DNA, inicialmente utilizado, com sucesso, nos mais diversos grupos de animais, utilizando o gene Cytochrome c oxidase I (COX1) mitocondrial (Hebert et al. 2004; Ward et al. 2005; Hajibabaei et al. 2006), vem sendo utilizado em plantas (com os genes RBCL e MATK) (Kress et al. 2009) e, mais recentemente, em fungos, nos quais a região Internal Transcribed Spacer (ITS ou nrITS) do DNA ribossômico foi selecionada como código de barras de DNA (Schoch et al. 2012).
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1.2! A região ITS
Os genes que codificam para o RNA ribossômico nuclear em eucariotos (18S, 5.8S e 28S) estão organizados em uma unidade repetitiva, apresentando-se em múltiplas cópias ao longo do genoma e são inicialmente transcritos pela RNA polimerase I como um único segmento. Posteriormente, sofrem edição após a transcrição e os dois espaçadores internos transcritos são removidos. Esses dois espaçadores transcritos (ITS1 e ITS2) juntamente com o gene que codifica o rRNA 5.8S, que se situa entre esses espaçadores, correspondem à denominada região ITS (ITS1 + 5.8S + ITS2) (Schoch et al. 2012). A região ITS em fungos contem aproximadamente 400-800 pares de bases (Porras-Alfaro et al. 2014) e, embora o gene 5.8S seja altamente conservado, o ITS1 e o ITS2 conjuntamente, em geral, apresentam resolução suficiente para diferenciação intragenérica (Nilsson et al. 2008).
1.3! Reino Fungi
Os fungos compõem um dos grupos de organismos mais diversos da Terra. Atualmente são conhecidas aproximadamente 105 mil espécies de fungos (Kirk et al. 2008), correspondendo a cerca de 7% do total estimado em 1,5 milhões de espécies (Hawksworth 2004). Isto faz dos fungos, assim como de bactérias e arqueas, um dos grupos de seres vivos com diversidade específica menos conhecida. Os fungos (Reino Fungi) constituem um grupo monofilético, tendo Nuclearia (um grupo de amebas) como provável grupo-irmão. O Reino Fungi compreende os filos Basidiomycota, Ascomycota e Glomeromycota, e várias linhagens basais (os subfilos Mucoromycotina, Kickxellomycotina, Zoopagomycotina, Entomophthoromycotina, Blastocladiomycotina, Chytridiomycotina, Neocallimastigomycotina) que até recentemente eram agrupadas nos antigos filos não-monofiléticos, Zygomycota e Chytridiomycota. Fazem ainda parte do Reino Fungi a linhagem de Rozella e os Microsporidia (McLaughlin et al. 2009; Stajich et al. 2009). Os fungos são organismos eucarióticos, quimioheterotróficos, de nutrição absortiva com digestão extracorpórea parcial, predominantemente aeróbicos ou fermentadores 4 facultativos, que apresentam estrutura corpórea pluricelular micelial (fungos filamentosos) ou unicelular leveduriforme (leveduras). A parede celular é constituída de quitina, glicanos e proteínas, tendo o ergosterol como principal esterol constituinte da membrana plasmática. Os fungos são predominantemente sapróbios e a decomposição, particularmente em ambientes terrestres, é a principal função ecológica desempenhada por este grupo de organismos. Eles podem ainda viver associados a outros seres vivos como parasitas ou mutualistas, como também formarem associações que não compreendem nem relação de parasitismo ou mutualismo estritos, como no caso dos líquens e fungos endobióticos (Uetanabaro et al. 2007). A importância econômica dos fungos compreende tanto aspectos negativos, quanto aspectos positivos, sendo que estes últimos suplantam os primeiros. No setor agropecuário os fungos são utilizados para a micorrização de sementes de algumas plantas cultivadas e no controle biológico de animais, plantas e fungos parasitas de vegetais agricultáveis. O impacto positivo dos fungos na economia decorre principalmente do setor industrial, já que diversos produtos são o resultado direto da atividade biológica desses organismos. Toda a indústria de processos fermentativos, de bebidas ou de alimentos fermentados, baseia-se na utilização do processo natural de fermentação realizado por fungos. Os fungos são ainda utilizados para a produção de metabólitos primários, como enzimas, e de metabólitos secundários como antibióticos, alcalóides e pigmentos. Os fungos têm sido utilizados na biorremediação de ambientes contaminados por poluentes, de forma que vêm sendo utilizados para a decomposição mais eficiente do lixo orgânico, de compostos naturais recalcitrantes e de xenobióticos, assim como na biosorção de metais pesados e compostos radioativos. Além disso, os fungos compreendem uma importante fonte de novos compostos bioativos de interesse farmacológico, agrícola e biotecnológico (Rai 2009; Stamets 2005).
1.3.1! Filo Basidiomycota
O filo Basidiomycota compreende todos os fungos que produzem, em algum momento do seu ciclo de vida, meiosporângios denominados de basídios, onde são produzidos, externamente, os esporos sexuais, os basidiósporos. Os basídios 5 compreendem, portanto, a característica sinapomórfica deste grupo de fungos. As espécies do filo Basidiomycota apresentam uma impressionante diversidade morfológica e são predominantemente pluricelulares miceliais. O micélio é sempre septado e os septos são uniporados no micélio primário e do tipo dolíporos no micélio secundário, o qual constitui a fase mais duradoura do ciclo de vida dos Basidiomycota miceliais e que apresenta caracteristicamente dois núcleos por compartimento hifal, cada um proveniente de um parental. As estruturas de reprodução sexuada compreendem, em geral, macrosporomas ou macrosporóforos que são denominados de basidiomas, embora também existam estruturas de reprodução sexuada que tem nível de organização simples como télio, espermagônio e hifas receptivas. O ciclo de vida é do tipo haplobionte haplonte e a fase dicariótica é longa, de função somática e sexual, independente da fase haploide, capaz de propagação indefinida e único componente dos basidiomas, sendo a fase predominante no ciclo de vida (Petersen 2013). São fungos de distribuição cosmopolita, que vivem predominantemente em ambiente terrestre e como sapróbios, e tem um papel ecológico crucial no ciclo de carbono, já que são os principais responsáveis pela decomposição de resíduos lignocelulósicos em ambientes terrestres. Muitas espécies são parasitas e patógenas de vegetais, causando sérios prejuízos econômicos em plantas de interesse agronômico. Os basidiomicetos são amplamente utilizados como fonte alimentar (cogumelos comestíveis), em medicina popular (cogumelos medicinais) e apresentam grande potencial de utilização para a produção de biocombustíveis (etanol lignocelulósico) e biorremediação (Petersen 2013). A sistemática do grupo ainda é baseada na morfologia das estruturas reprodutivas. O filo Basidiomycota compreende três subfilos monofiléticos: Os Subfilos Pucciniomycotina e Ustilagomycotina compreendem basidiomicetos que não formam basidiomas e são predominantemente fitoparasitas enquanto que a grande maioria das espécies pertencem ao subfilo Agaricomycotina, o qual abrange todos os Basidiomycota que formam basidiomas com himênio definido. Nesta classe encontram-se os basidiomicetos mais popularmente conhecidos – os cogumelos e os orelhas de pau (Petersen 2013).
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2! Objetivos
2.1! Objetivo Geral
O objetivo principal do presente estudo compreendeu a realização de uma análise em larga escala da região genômica selecionada como código de barras primário de fungos (nrITS) e suas sub-regiões (ITS1 e ITS2) para as espécies do Filo Basidiomycota.
2.2! Objetivos Específicos
•! Analisar a região ITS e suas sub-regiões ITS1 e ITS2 nos distintos gêneros do Filo Basidiomycota. •! Avaliar se as sub-regiões ITS1 e ITS2 podem ser utilizadas como mini- códigos de barras de DNA para a identificação de espécies do Filo Basidiomycota.
3! MATERIAL E MÉTODOS
3.1! Aquisição dos dados
Neste estudo foram utilizadas apenas sequências com a região ITS completa depositadas no Genbank (Benson et al. 2014) e oriundas de coleções permanentes às quais a taxonomia é identificada por especialistas (voucher specimens). A aquisição de tais sequências é efetuada em duas etapas como demonstrado na Figura 1. 7
Figura 1: Diagrama de aquisição dos dados do Genbank
Etapa 1: É efetuada uma consulta ao Genbank, por meio do webservice esearch1 da interface NCBI Entrez2, com os termos: "basidiomycota" and "internal transcribed spacer" and "voucher", sendo retornada uma lista com todos os GenInfo Identifier (GI) referentes à busca; Etapa 2: Cada GI retornado na Etapa 1 é submetido à uma nova busca ao Genbank, por meio do webservice efetch2 da interface NCBI Entrez, sendo retornado um arquivo no formato genbank3. Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015. Para facilitar a tarefa de aquisição dos arquivos genbank foi desenvolvido um script, em linguagem Perl (get_data_by_term.pl), que utiliza o módulo Bio::DB::EUtilities do pacote BioPerl4 para intermediar o acesso aos webservices do NCBI e formatar um único arquivo genbank de saída. Um arquivo genbank é um arquivo texto que possui metadados associados à uma sequência de DNA depositada no Genbank. Uma importante informação contida no arquivo genbank é o nome científico do organismo, ao qual a sequência pertence, e toda a sua hierarquia taxonômica de acordo com o banco de dados de taxonomia do NCBI5. Vale ressaltar que é possível que uma sequência depositada neste banco de dados não possua informações de categorias taxonômicas mais inclusivas, tais como família, ordem e classe. Com o intuito de enriquecer as informações de taxonomia do NCBI foi utilizado o banco de dados UNITE (Kõljalg et al. 2013). Além da linhagem taxonômica, é possível consultar a localização geográfica onde o fungo foi coletado, entre outros metadados. Entretanto o UNITE não possui webservices públicos para a consulta destes dados, desta
1 Disponível em:
Figura 2: Exemplo de um cabeçalho FASTA proveniente do UNITE
Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015. Todos os comandos utilizados nesta subseção para aquisição dos dados são demonstrados na Figura 3.
Figura 3: Linhas de comando para aquisição dos dados
Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015.
3.2! Filtragem do banco de dados
Neste trabalho foram realizados dois tipos de filtros na base de dados. O primeiro foi o de qualidade, que objetivou remover sequências que não possuíam a propriedade ‘specimen_voucher’ no arquivo genbank de entrada, e visou remover também sequências que apresentavam caracteres ambíguos. O segundo tipo de filtro é o lógico. Os filtros 9 lógicos visam garantir que as sequências estão adequadas para realizar um estudo de código de barras seguindo as principais recomendações do Barcode of Life6. Um resumo de todas as etapas da filtragem é mostrado na Figura 4.
Figura 4: Etapas de Filtragem
Cada caixa na figura representa uma etapa de filtragem. As caixas com cor de fundo cinza representam as etapas de filtro de qualidade. As caixas com cor de fundo branco representam as etapas dos filtros lógicos. Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015.
3.2.1! Filtros de qualidade
Para garantir que apenas sequências com taxonomia atribuída por especialistas sejam utilizadas nas análises posteriores foi implementado o script filter_genbank_without_voucher.pl, que a partir do arquivo genbank, com todas as sequências baixadas, remove as entradas que não possuem a propriedade specimen_voucher.
Sequências com bases ambíguas podem indicar baixa qualidade da sequência e/ou dificuldade do sequenciador para realizar a leitura daquela base. As sequências com pelo menos uma base ambígua, de acordo com o padrão IUB/IUPAC7, foram removidas após a execução do script remove_seq_with_amb_chars.pl.
6 Disponível em
Ambos os scripts desenvolvidos, em linguagem Perl, abstraem um arquivo fasta por meio do módulo Bio::SeqIO do pacote BioPerl.
3.2.2! Filtros lógicos
O primeiro filtro lógico utilizado garantiu que apenas sequências com taxonomia definida até o nível de espécie fossem mantidas na base de dados. Para isto, foi necessário remover as sequências das espécies que possuíam no nome os termos “uncultured”, “sp.”, “cf.’ ou “aff.”. O script, desenvolvido em linguagem Perl, remove_species_with_inconclusive_name.pl foi implementado para realizar este filtro.
Para garantir que apenas sequências com a região ITS completa fossem mantidas no banco de dados utilizou-se o programa FungalITSExtractor (Nilsson et al. 2010). Este programa identifica a região ITS utilizando modelos probabilísticos de cadeias ocultas de Markov (Eddy 2004) baseadas em padrões das regiões ITS1 e ITS2. No arquivo FASTA de resultado os identificadores são truncados e para corrigi-los foi desenvolvido o script fix_names_from_its_extractor.pl.
Aproximadamente 1% das sequências com a região ITS completa apresentaram tamanhos menores que 400 pares de base (pb) ou maiores que 800 pb. Estas sequências muito longas ou muito curtas poderiam distorcer o alinhamento múltiplo das sequências e, em função da baixa representatividade na base de dados, foram excluídas por meio do script filter_fasta_by_interval_size.pl.
Por fim, para garantir que a base de dados apresentasse apenas espécies das quais pelo menos três espécimes (indivíduos ou amostras) fossem originadas de locais diferentes, foi utilizado o script filter_by_three_localities.pl, que busca pelo local de coleta na propriedade country do arquivo genbank. Aproximadamente 32% das sequências resultantes não continham valor na propriedade country. Com o intuito de minimizar a perda de sequências sem a informação do local de coleta, este dado foi recuperado do UNITE, quando a informação estivesse disponível. Como mencionado anteriormente, o UNITE não possui webservices para facilitar a integração entre programas. Logo, para extrair a informação do 11 local de coleta foi necessário desenvolver um tipo de web parser em Perl (get_country_by_unite_id.pl) que analisa a HyperText Markup Language (HTML) da página web associada ao registro e extrai metadados de interesse utilizando expressões regulares. Este enriquecimento da base com as informações provenientes do UNITE diminuiu bastante a quantidade de sequências sem informação do local de coleta para aproximadamente 18% do total. Então, o script filter_by_three_localities.pl foi executado e todas as espécies que não possuíam sequências coletadas em pelo menos três localidades diferentes foram removidas. Este filtro lógico é necessário para garantir que as sequências sejam de espécimes distintos e geograficamente distantes, evitando assim a possibilidade de se trabalhar com clones (espécimes que apresentam genomas idênticos). Todas as linhas de comando utilizadas na etapa de filtragem encontram-se no Apêndice I.
3.3! Análise dos dados
As sequências resultantes das regiões ITS, ITS1 e ITS2 da etapa de filtragem foram separadas nos níveis taxonômicos de gênero, família, ordem e classe por meio do script separate_by_taxon.pl. As sequências foram alinhadas utilizando o software MUSCLE (versão 3.8.31) (Edgar 2004) com os parâmetros padrão. Matrizes de distância foram calculadas utilizando a distância P não-corrigida (proporção de diferentes pares de nucleotídeos alinhados não-ambíguos) por meio do script calculate_uncorrected_p.pl. Utilizou-se a distância P não-corrigida porque é a mais simples, sem nenhum tipo de pressupostos biológicos (Matioli 2001).
3.3.1! Análise de Barcode Gap
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Para realizar a análise do Barcode Gap (Meyer & Paulay 2005) a matriz de distância foi separada em distâncias intraespecíficas (distâncias entre sequências de espécimes pertencentes a mesma espécie) e distâncias interespecíficas (distâncias entre sequências de espécimes pertencentes a espécies diferentes) para cada gênero. Tais valores foram utilizados para a construção do gráfico de caixa que auxiliou na interpretação do Barcode Gap. Cada gráfico de caixa foi construído por meio do script, em linguagem R, boxplot.R que utiliza a biblioteca ggplot2.
3.3.2! Probabilidade de identificação correta
Apenas a análise visual provida pela análise de Barcode Gap dificulta a avaliação da qualidade de um marcador proposto. Então é necessário quantificar de alguma forma a eficiência deste marcador. Neste trabalho tal eficiência é calculada por meio da Probabilidade de Identificação Correta (PIC), sendo a PIC de um grupo taxonômico a razão entre as espécies identificadas corretamente e o total de espécies. Considera-se que uma espécie é identificada corretamente se existe um Barcode Gap local, ou seja, se a máxima distância intraespecífica é menor do que a mínima distância interespecífica, para esta espécie (Hollingsworth et al. 2009). O cálculo da PIC é realizado através do script, em linguagem Perl, calculate_local_gap.pl.
3.3.3! Validação cruzada com BLAST
As análises de Barcode Gap e PIC foram realizadas utilizando as distâncias oriundas do alinhamento múltiplo das sequências e são úteis na análise da eficiência de uma determinada região como código de barras de DNA. Em casos onde não existe uma separação 13 clara entre as distâncias intra e interespecíficas é necessária uma análise mais detalhada com foco na similaridade entre as sequências.
Para cada grupo taxonômico de interesse foi realizada uma validação cruzada utilizando a ferramenta BLAST (versão 2.2.22) (Altschul et al. 1990) da seguinte forma: uma sequência por vez foi retirada da base de dados e serviu como sequência-teste (query) contra o banco restante. Se o melhor escore do BLAST apresentava apenas resultados da mesma espécie então considerava-se como identificação correta; se o melhor escore do BLAST apresentava pelo menos uma sequência de espécie diferente da sequência-teste (query), então considerava-se como identificação incongruente. Ao final, foi calculada a porcentagem de sequências identificadas corretamente, e quando necessário, foi construído um gráfico de cordas mostrando a relação entre as espécies de identificação incongruente.
O script blast_cross_validation.pl foi implementado para realizar a validação cruzada do BLAST, e gráficos de cordas foram gerados através da ferramenta Circos (versão 0.67-7) (Krzywinski et al. 2009) para cada gênero.
4! RESULTADOS E DISCUSSÃO
Ao final da etapa de filtragem, de um total de 37699 sequências de espécimes, restaram 7876 sequências de espécimes de 951 diferentes espécies e 215 diferentes gêneros oriundas de 118 países distribuídas entre os seis continentes (Figura 5). O intuito da rigidez na etapa de filtragem foi criar uma base de dados de alta qualidade, estatisticamente representativa e que refletisse os pressupostos teóricos do sistema de identificação biológica por código de barras de DNA (Hebert et al. 2003). 14
Figura 5: Países com espécimes na base de análise estudada
Cada ponto representa um país com representantes na base de análise. Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015.
Os três subfilos do filo Basidiomycota tiveram representantes na base de dados em diferentes abundâncias. O subfilo Agaricomycotina com 7310 sequências (~92,8%) foi o mais representativo seguido de Pucciniomycotina com 474 sequências (~6%) e Ustilaginomycotina com 92 sequências (~1,2%). Este forte viés para o subfilo Agaricomycotina representa principalmente o fato de que a grande maioria das espécies conhecidas do filo Basidiomycota são do subfilo Agaricomycotina (mais de 70% das espécies conhecidas) (Hibbett 2014).
De uma maneira geral foram encontrados três distintos padrões (em pelo menos uma das três regiões estudadas) após a análise de barcode gap em todos os gêneros:
(i)! Gêneros que apresentaram claramente um barcode gap identificado no gráfico de caixa como um intervalo entre o valor máximo das distâncias intraespecíficas e o valor mínimo das distâncias interespecíficas (Seção 4.1);
(ii)! Gêneros que somente não apresentaram um barcode gap devido à sobreposição de distâncias intra e interespecíficas atípicas (outliers) (Seção 4.2);
(iii)! Gêneros sem barcode gap (Seção 4.3).
Cem gêneros apresentaram espécimes de uma única espécie e, portanto, não puderam ser analisados, visto que são necessárias duas ou mais espécies para o cálculo das distâncias interespecíficas. Desta forma, apenas 115 gêneros apresentaram pelo menos duas espécies e os resultados para estes gêneros elegíveis serão demonstrados nas subseções seguintes.
15
4.1! Gêneros com barcode gap
Trinta e nove gêneros (~34% dos gêneros elegíveis; 746 espécimes; 98 espécies) apresentaram barcode gap em pelo menos uma das três regiões estudadas.
Na Tabela 1 é possível visualizar os resultados das análises para cada um dos gêneros e para cada região. Em seguida são mostrados os gráficos de barcode gap para cada gênero, e por questão de organização eles foram divididos em ordem alfabética, sendo que cada figura apresenta seis gêneros por vez.
Os gêneros demonstrados nesta seção não apresentaram diferença significativa entre as três regiões tanto na análise de PIC (Teste de Kruskal-Wallis; p-value = 0,272), quanto na análise por validação cruzada do BLAST (Teste de Kruskal-Wallis; p-value = 0,804).
Nas figuras 6 a 12, cada gráfico possui três setores representando o barcode gap das regiões ITS, ITS1 e ITS2 para um determinado gênero. Em cada setor a caixa da esquerda representa a distribuição das distâncias intraespecíficas, enquanto a caixa da direita representa a distribuição das distâncias interespecíficas.
Tabela 1: Gêneros com barcode gap
ITS ITS1 ITS2 Gênero Espécimes Espécies PIC Blast (%) Max_Intra Min_Inter PIC Blast (%) Max_Intra Min_Inter PIC Blast (%) Max_Intra Min_Inter Agaricus 15 4 1 100 0,021 0,041 1 100 0,027 0,048 1 100 0,039 0,057 Antherospora 14 2 1 100 0,007 0,025 1 100 0,012 0,049 1 100 0,009 0,026 Ceriporiopsis 25 4 1 100 0,051 0,112 1 100 0,045 0,164 1 100 0,092 0,146 Clavaria 13 4 1 100 0,061 0,078 1 100 0,067 0,093 1 92,308 0,086 0,121 Cystodermella 7 2 1 100 0,009 0,094 1 100 0,025 0,128 1 100 0 0,122 Descolea 9 2 1 100 0,058 0,089 0,5 88,889 0,143 0,13 1 100 0,075 0,144 Endoraecium 23 4 1 100 0,015 0,087 1 100 0,014 0,058 1 100 0,025 0,107 Entyloma 18 2 1 100 0 0,044 1 100 0 0,059 1 100 0 0,064 Exobasidium 18 3 1 100 0,033 0,045 1 100 0,019 0,057 1 100 0,057 0,066 Favolus 8 2 1 100 0,005 0,099 1 100 0 0,117 1 100 0,014 0,151 Fibroporia 17 3 1 100 0,085 0,113 1 100 0,098 0,151 0,667 100 0,133 0,098 Flammulina 40 4 1 100 0,027 0,029 0,5 100 0,046 0,016 0,75 100 0,041 0,024 Fuscoporia 8 2 1 100 0,083 0,209 1 100 0,112 0,277 1 100 0,127 0,304 Gloeophyllum 14 2 1 100 0,051 0,221 1 100 0,05 0,302 1 100 0,061 0,291 Gymnopilus 14 2 1 92,857 0,063 0,066 1 92,857 0,089 0,09 0,5 92,857 0,096 0,083 Helicobasidium 26 4 1 100 0,029 0,023 0,75 100 0,081 0,033 1 100 0,023 0,028 Hyphodermella 19 2 1 100 0,007 0,024 1 100 0,005 0,009 1 100 0,015 0,054 Lepista 7 2 1 100 0,002 0,071 1 100 0 0,15 1 100 0,005 0,031 Leucopaxillus 10 3 1 100 0,031 0,095 1 100 0,036 0,148 1 100 0,035 0,119 Lycoperdon 26 2 1 100 0,038 0,077 1 100 0,045 0,114 1 100 0,065 0,082 Lyomyces 40 2 1 100 0,02 0,093 1 100 0,033 0,122 1 100 0,036 0,102 Lyophyllum 20 3 1 100 0,039 0,052 1 100 0,04 0,052 1 100 0,072 0,086 Neofavolus 10 2 1 100 0,004 0,08 1 100 0,011 0,112 1 100 0 0,127 Octaviania 9 2 1 100 0,002 0,062 1 100 0 0,062 1 100 0,006 0,106 16
ITS ITS1 ITS2 Gênero Espécimes Espécies PIC Blast (%) Max_Intra Min_Inter PIC Blast (%) Max_Intra Min_Inter PIC Blast (%) Max_Intra Min_Inter Oligoporus 6 2 1 100 0,009 0,111 1 100 0,022 0,152 1 100 0,016 0,16 Phellinus 57 3 1 100 0,015 0,018 0 100 0,033 0,013 0,667 100 0,032 0,027 Porodaedalea 9 2 1 100 0,007 0,018 1 100 0,012 0,024 1 100 0,005 0,02 Psathyrella 7 2 1 100 0,042 0,105 1 100 0,095 0,137 1 100 0,035 0,134 Psilocybe 11 2 1 100 0,013 0,096 1 100 0,015 0,119 1 100 0,023 0,152 Pycnoporellus 8 2 1 100 0,005 0,058 1 100 0 0,079 1 100 0,014 0,079 Resinicium 12 2 1 100 0,01 0,067 1 100 0,013 0,138 1 100 0,01 0,05 Rhodocollybia 29 3 0,667 100 0,107 0,106 0,667 100 0,158 0,133 1 100 0,141 0,162 Rigidoporus 26 2 1 100 0,078 0,082 1 100 0,093 0,129 0,5 100 0,12 0,096 Thecaphora 18 2 1 100 0,002 0,011 1 100 0 0,026 1 100 0,004 0,008 Tilletia 20 3 1 100 0,002 0,008 0,333 100 0,004 0,004 1 100 0 0,016 Tricholomopsis 16 3 1 100 0,05 0,053 1 100 0,057 0,068 1 100 0,097 0,074 Tylopilus 10 2 1 100 0,171 0,185 1 100 0,191 0,218 1 100 0,213 0,269 Xerocomus 42 2 0,5 100 0,107 0,106 1 100 0,103 0,106 1 100 0,161 0,185 Xeromphalina 65 2 1 100 0,011 0,024 1 100 0,015 0,039 0,5 100 0,02 0,02 PIC=Probabilidade de Identificação Correta; BLAST (%) = Porcentagem de identificação correta na validação cruzada por BLAST; Max_Intra = Distância intraespecífica máxima; Min_Inter = Distância interespecífica mínima. Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015.
17 18
Figura 6: Gráficos de barcode gap para os gêneros Agaricus (A), Antherospora (B), Ceriporiopsis (C), Clavaria (D), Cystodermella (E) e Descolea (F)
Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015.
19
Figura 7: Gráficos de barcode gap para os gêneros Endoraecium (A), Entyloma (B), Exobasidium (C), Favolus (D), Fibroporia (E) e Flammulina (F)
Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015.
20
Figura 8: Gráficos de barcode gap para os gêneros Fuscoporia (A), Gloeophyllum (B), Gymnopilus (C), Helicobasidium (D), Hyphodermella (E) e Lepista (F)
Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015.
21
Figura 9: Gráficos de barcode gap para os gêneros Leucopaxillus (A), Lycoperdon (B), Lyomyces (C), Lyophyllum (D), Neofavolus (E) e Octaviania (F)
Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015.
22
Figura 10: Gráficos de barcode gap para os gêneros Oligoporus (A), Phellinus (B), Porodaedalea (C), Psathyrella (D), Psilocybe (E) e Pycnoporellus (F)
Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015.
23
Figura 11: Gráficos de barcode gap para os gêneros Resinicium (A), Rhodocollybia (B), Rigidoporus (C), Thecaphora (D), Tilletia (E) e Tricholomopsis (F)
Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015.
24
Figura 12: Gráficos de barcode gap para os gêneros Tylopilus (A), Xerocomus (B) e Xeromphalina (C)
Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015.
25
4.2! Gêneros com barcode gap excluindo as distâncias atípicas
Trinta e oito gêneros (~33% do total de gêneros elegíveis; 2680 espécimes; 297 espécies) apresentaram barcode gap, em pelo menos uma das três regiões, sem levar em consideração a sobreposição de distâncias intra e interespecíficas atípicas. Na Tabela 2 podemos visualizar os resultados das análises para as regiões em estudo.
Os gêneros apresentados nesta seção não tiveram diferença significativa entre as três regiões tanto na análise de PIC (Teste de Kruskal-Wallis; p-value = 0.4033), quanto na análise por validação cruzada do BLAST (Teste de Kruskal-Wallis; p-value = 0.3678).
Nas figuras 13 a 19, cada gráfico possui três setores representando o barcode gap das regiões ITS, ITS1 e ITS2 para um determinado gênero. Em cada setor a caixa da esquerda representa a distribuição das distâncias intraespecíficas, enquanto a caixa da direita representa a distribuição das distâncias interespecíficas.
Tabela 2: Gêneros sem barcode gap devido à sobreposição de valores atípicos ITS ITS1 ITS2 Gênero Espécime Espécie PIC Blast Max_Intr Min_Inte PIC Blast Max_Intr Min_Inte PIC Blast Max_Intr Min_Inter s s (%) a r (%) a r (%) a Amanita 339 37 0,35 92,33 0,323 0 0,29 91,74 0,497 0 0,27 91,74 0,415 0 1 7 Amyloporia 56 4 0,25 89,286 0,202 0 0,25 87,5 0,284 0 0,25 83,929 0,306 0 Antrodia 73 10 0,7 94,521 0,14 0,004 0,7 94,521 0,17 0 0,6 97,26 0,228 0,005 Antrodiella 36 4 0,75 97,222 0,041 0,005 0,5 75 0,061 0 0,75 97,222 0,058 0,029 Auricularia 25 5 0,8 96 0,069 0,035 0,4 96 0,158 0,056 0,6 96 0,051 0,021 Calvatia 12 2 0 75 0,044 0 0 41,667 0,066 0 0 83,333 0,056 0 Chlorophyllum 25 4 1 100 0,036 0,017 1 100 0,051 0,032 1 100 0,05 0,009 Chroogomphu 13 2 0,5 100 0,075 0,039 0,5 92,308 0,083 0,073 0,5 100 0,115 0,028 s Coprinopsis 9 2 0,5 88,889 0,192 0,082 0,5 88,889 0,3 0,119 0,5 88,889 0,228 0,102 Datronia 21 2 0 100 0,141 0,053 0,5 100 0,215 0,079 0 95,238 0,228 0,067 Entoloma 105 15 0,93 100 0,035 0,016 0,86 100 0,052 0,024 0,93 100 0,067 0,01 3 7 3 Ganoderma 56 7 0,42 60,714 0,071 0 0,28 41,071 0,122 0 0,42 53,571 0,095 0 9 6 9 Geastrum 23 3 1 100 0,128 0,108 0,66 100 0,221 0,152 0,66 100 0,225 0,14 7 7 Gymnopus 134 15 0,66 85,821 0,207 0 0,66 75,373 0,315 0 0,53 81,343 0,311 0 7 7 3 Hygrocybe 39 4 0,25 92,308 0,267 0,177 0,25 92,308 0,35 0,2 0 87,179 0,448 0,303 Hygrophorus 14 3 0,66 100 0,129 0,107 0,66 92,857 0,33 0,11 0,33 92,857 0,179 0,135 7 7 3 Hymenopellis 30 4 1 100 0,043 0,022 0,75 100 0,054 0,026 1 100 0,053 0,033 Lactifluus 25 2 0,5 100 0,09 0,063 0,5 96 0,14 0,049 0,5 100 0,134 0,1 Lentinellus 75 7 0,42 98,667 0,038 0,004 0,42 96 0,045 0 0,42 98,667 0,081 0,014 9 9 9 Lepiota 104 12 0,83 99,038 0,145 0,038 0,83 99,038 0,231 0,022 0,75 99,038 0,16 0,044 3 3 Leucoagaricus 69 11 0,81 100 0,08 0,02 0,81 100 0,114 0,031 0,63 98,551 0,16 0,019 26
ITS ITS1 ITS2 Gênero Espécime Espécie PIC Blast Max_Intr Min_Inte PIC Blast Max_Intr Min_Inte PIC Blast Max_Intr Min_Inter s s (%) a r (%) a r (%) a 8 8 6 Macrolepiota 30 6 0,5 93,333 0,034 0,002 0,5 93,333 0,044 0,004 0,33 66,667 0,048 0 3 Megacollybia 121 6 0,83 100 0,02 0,014 0,66 100 0,039 0,013 0,33 100 0,045 0,005 3 7 3 Melampsora 52 5 0,4 94,231 0,117 0 0,4 94,231 0,15 0 0,2 63,462 0,157 0 Microbotryum 74 10 0,7 100 0,042 0,004 0,8 98,649 0,075 0,011 0,5 87,838 0,064 0 Parasola 16 3 1 93,75 0,029 0,029 0,66 100 0,044 0,031 0,66 93,75 0,054 0,036 7 7 Phanerochaete 16 3 0,66 93,75 0,082 0,03 0,66 93,75 0,14 0,068 0,66 93,75 0,105 0,015 7 7 7 Phellodon 43 7 0,85 97,674 0,081 0,065 0,85 95,349 0,127 0,09 0,71 100 0,114 0,048 7 7 4 Piloderma 7 2 0,5 85,714 0,263 0,091 0,5 85,714 0,421 0,09 0,5 85,714 0,294 0,121 Polyporus 35 7 0,85 100 0,096 0,022 1 100 0,099 0,05 0,85 100 0,153 0,039 7 7 Postia 40 6 0,5 82,5 0,12 0 0,5 82,5 0,173 0 0,5 85 0,193 0 Puccinia 223 9 0,11 98,206 0,311 0,005 0,33 95,067 0,503 0 0,44 98,655 0,372 0,005 1 3 4 Russula 410 46 0,37 92,439 0,178 0 0,15 90 0,286 0 0,39 92,439 0,248 0 2 1 Sarcodon 53 7 0,85 98,113 0,138 0,004 0,85 98,113 0,187 0,008 0,85 98,113 0,186 0,004 7 7 7 Suillus 33 6 0,83 93,939 0,08 0,031 0,83 93,939 0,118 0,038 0,83 96,97 0,094 0,038 3 3 3 Thelephora 21 2 0 90,476 0,107 0,006 0 90,476 0,139 0,02 0 85,714 0,157 0,004 Tricholoma 180 14 0,42 92,222 0,205 0 0,5 90 0,282 0 0,21 84,444 0,297 0 9 4 Tuberculina 43 3 0,66 100 0,107 0,002 0 55,814 0,107 0 0,66 97,674 0,197 0,005 7 7 PIC=Probabilidade de Identificação Correta; BLAST (%) = Porcentagem de identificação correta na validação cruzada do BLAST; Max_Intra = Distância intraespecífica máxima; Min_Inter = Distância interespecífica mínima. Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015.
27 28
Figura 13: Gráficos de barcode gap para os gêneros Amanita (A), Amyloporia (B), Antrodia (C), Antrodiella (D), Auricularia (E) e Calvatia (F)
Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015.
29
Figura 14: Gráficos de barcode gap para os gêneros Chlorophyllum (A), Chroogomphus (B), Coprinopsis (C), Datronia (D), Entoloma (E) e Ganoderma (F)
Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015.
30
Figura 15: Gráficos de barcode gap para os gêneros Geastrum (A), Gymnopus (B), Hygrocybe (C), Hygrophorus (D), Hymenopellis (E) e Lactifluus (F)
Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015.
31
Figura 16: Gráficos de barcode gap para os gêneros Lentinellus (A), Lepiota (B), Leucoagaricus (C), Macrolepiota (D), Megacollybia (E) e Melampsora (F)
Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015.
32
Figura 17: Gráficos de barcode gap para os gêneros Microbotryum (A), Parasola (B), Phanerochaete (C), Phellodon (D), Piloderma (E) e Polyporus (F)
Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015.
33
Figura 18: Gráficos de barcode gap para os gêneros Postia (A), Puccinia (B), Russula (C), Sarcodon (D), Suillus (E) e Thelephora (F)
Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015.
34
Figura 19: Gráficos de barcode gap para os gêneros Tricholoma (A) e Tuberculina (B)
Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015.
4.3! Gêneros sem barcode gap
Trinta e oito gêneros (~33% dos gêneros elegíveis; 3723 espécimes; 456 espécies) apresentaram uma distribuição das distâncias no gráfico de barcode gap sem que ocorresse sobreposição das caixas das distâncias intraespecíficas e interespecíficas, em pelo menos uma das regiões de estudo, indicando uma boa separação entre tais valores. Na Tabela 3 apresentamos os resultados das análises de cada um dos 38 gêneros.
Os gêneros demonstrados nesta seção não apresentaram diferença significativa entre as três regiões tanto na análise de PIC (Teste de Kruskal-Wallis; p-value = 0,8303), quanto na análise por validação cruzada do BLAST (Teste de Kruskal-Wallis; p-value = 0,342).
Nas figuras 20 a 26, cada gráfico possui três setores representando o barcode gap das regiões ITS, ITS1 e ITS2 para um determinado gênero. Em cada setor a caixa da esquerda representa a distribuição das distâncias intraespecíficas, enquanto a caixa da direita representa a distribuição das distâncias interespecíficas.
Tabela 3: Gêneros sem barcode gap ITS ITS1 ITS2 Gênero Espécimes Espécies PIC Blast (%) Max_Intra Min_Inter PIC Blast (%) Max_Intra Min_Inter PIC Blast (%) Max_Intra Min_Inter Alnicola 94 9 0,444 76,596 0,072 0 0,333 71,277 0,111 0 0,333 46,809 0,084 0 Armillaria 45 5 0,2 88,889 0,107 0,001 0,2 62,222 0,114 0 0,2 95,556 0,129 0,003 Boletus 190 22 0,455 87,368 0,273 0 0,273 53,158 0,364 0 0,318 87,895 0,36 0 Butyriboletus 65 9 0,667 83,077 0,234 0 0,333 81,538 0,315 0 0,667 76,923 0,367 0 Clavulina 11 3 0,333 54,545 0,081 0,002 0,333 54,545 0,14 0 0,333 54,545 0,096 0 Collybia 9 2 0,5 100 0,025 0,021 0,5 100 0,043 0,036 0,5 100 0,024 0,014 Cortinarius 838 125 0,36 78,282 0,218 0 0,352 75,06 0,244 0 0,408 76,492 0,383 0 Crepidotus 10 2 0,5 100 0,20 0,16 0,5 100 0,3 0,242 0,5 100 0,23 0,19 Cystoderma 27 6 0,5 77,778 0,214 0 0,5 77,778 0,289 0 0,333 70,37 0,312 0 Fomitopsis 41 4 0,5 97,561 0,143 0,005 0,25 95,122 0,15 0 0,5 95,122 0,255 0,011 Hebeloma 198 19 0,421 82,323 0,064 0 0,368 74,747 0,093 0 0,316 55,556 0,089 0 Hohenbuehelia 9 2 0 66,7 0,01 0,003 0 77,8 0,02 0,008 0 44,4 0,03 0 Hydnellum 69 9 0,556 97,101 0,239 0,002 0,556 95,652 0,376 0 0,556 97,101 0,296 0,009 Hydnum 55 6 0,5 87,273 0,144 0 0,5 89,091 0,163 0 0,5 85,455 0,239 0 Hyphoderma 68 5 0,6 98,529 0,18 0,012 0,6 95,588 0,27 0,006 0,6 98,529 0,245 0,033 Hypholoma 9 2 0 66,667 0,066 0 0 66,667 0,076 0 0 44,444 0,095 0 Inocybe 451 53 0,302 74,279 0,257 0 0,264 69,845 0,462 0 0,321 66,741 0,368 0 Laccaria 98 8 0 64,3 0,1 0 0 57,1 0,11 0 0,1 56,1 0,28 0 Lactarius 363 46 0,413 86,501 0,164 0 0,326 80,992 0,274 0 0,435 82,92 0,227 0 Lentinus 44 7 0,571 100 0,057 0,044 0,571 100 0,214 0,067 0,571 100 0,075 0,018 Mucidula 11 2 0 81,8 0,03 0,004 0 100 0,04 0 0 81,8 0,04 0,003 Melanoleuca 55 8 0,375 89,091 0,177 0 0,375 85,455 0,295 0 0,25 87,273 0,177 0 Mycena 88 9 0,333 87,5 0,152 0 0,222 78,409 0,265 0 0,333 76,136 0,196 0 Paxillus 41 3 0 92,683 0,057 0 0 92,683 0,072 0 0,333 80,488 0,103 0
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ITS ITS1 ITS2 Gênero Espécimes Espécies PIC Blast (%) Max_Intra Min_Inter PIC Blast (%) Max_Intra Min_Inter PIC Blast (%) Max_Intra Min_Inter Peniophorella 58 2 0,5 100 0,135 0,082 0,5 100 0,19 0,088 0,5 100 0,192 0,135 Phaeocollybia 21 3 0 90,5 0,16 0 0 90,5 0,23 0 0 66,7 0,2 0 Pisolithus 6 2 0 16,7 0,1 0,004 0 16,7 0,14 0,005 0 50 0,14 0 Pluteus 199 26 0,231 64,322 0,258 0 0,231 62,312 0,511 0 0,115 62,814 0,435 0 Ramaria 38 6 0,333 84,211 0,265 0,094 0,333 76,316 0,421 0,079 0,333 76,316 0,34 0,125 Rhizopogon 77 11 0,273 74,026 0,129 0 0,273 71,429 0,203 0 0,273 70,13 0,154 0 Scleroderma 19 3 0 89,474 0,179 0,081 0,333 89,474 0,245 0,131 0 84,211 0,417 0,093 Sebacina 113 3 0 100 0,249 0,076 0 99,115 0,325 0,077 0 99,115 0,354 0,095 Stephanospora 34 5 0,8 100 0,033 0,017 0,8 100 0,05 0,027 0,2 88,235 0,033 0 Strobilurus 10 3 0,667 100 0,013 0,006 0,667 100 0,023 0,007 0,667 100 0,011 0,007 Tomentella 32 4 0,25 100 0,074 0,057 0,5 100 0,117 0,057 0,25 100 0,114 0,069 Trametes 126 12 0,417 90,476 0,169 0 0,417 80,159 0,126 0 0,417 89,683 0,304 0 PIC=Probabilidade de Identificação Correta; BLAST (%) = Porcentagem de identificação correta na validação cruzada do BLAST; Max_Intra = Distância intraespecífica máxima; Min_Inter = Distância interespecífica mínima. Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015.
36 37
Figura 20: Gráfico de barcode gap dos gêneros: Alnicola (A), Armillaria (B), Boletus (C), Butyriboletus (D), Clavulina (E) e Collybia (F)
Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015.
38
Figura 21: Gráficos de barcode gap para os gêneros Cortinarius (A), Crepidotus (B), Cystoderma (C), Fomitopsis (D), Hebeloma (E) e Hohenbuehelia (F)
Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015.
39
Figura 22: Gráficos de barcode gap dos gêneros Hydnellum (A), Hydnum (B), Hyphoderma (C), Hypholoma (D), Inocybe (E) e Laccaria (F)
Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015.
40
Figura 23: Gráficos de barcode gap para os gêneros Lactarius (A), Lentinus (B), Melanoleuca (C), Mucidula (D), Mycena (E) e Paxillus (F)
Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015.
41
Figura 24: Gráficos de barcode gap dos gêneros Rhizopogon (A), Scleroderma (B), Sebacina (C), Stephanospora (D), Strobilurus (E) e Tomentella (F)
Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015.
42
Figura 25: Gráficos de barcode gap dos gêneros Peniophorella (A), Phaeocollybia (B), Pisolithus (C), Pleurotus (D), Pluteus (E) e Ramaria (F)
Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015.
43
Figura 26: Gráficos de barcode gap dos gêneros Trametes (A) e Vuilleminia (B)
Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015.
No presente trabalho realizou-se uma análise detalhada em larga escala de todas as sequências de nrITS depositadas no GenBank (NCBI), através de um rígido protocolo de filtros de qualidade e lógicos construídos com base na fundamentação teórica de DNA barcode (Herbert et al, 2003). A região nrITS foi formalmente proposta como código de barras de DNA de fungos pelo Consortium of Barcode of Life em 2012. A probabilidade media de identificação correta de espécies (PCI) para fungos é de 0,73, entretanto, para os grupos de macrofungos de Basidiomycota (Agaricomycotina), essa probabilidade média é um pouco maior (0,79) (Schoch et al., 2012). Em nosso banco de dados filtrado, aproximadamente 42% dos gêneros (48 de 115) apresentaram um barcode gap igual ou superior a esse valor para a região ITS, incluindo todos os gêneros da Seção 4.1 e alguns da Seção 4.2. A delimitação precisa de espécies varia entre os diferentes gêneros de Basidiomycota e é frequentemente influenciada pela baixa amostragem tanto de espécies como de espécimes de distintas regiões geográficas, em cada uma das diferentes espécies (Voigt; Kirk, 2011). A análise da variação nucleotídica intra e interespecífica de toda a região de DNA barcode (ITS) e dos minibarcodes (ITS1 e ITS2) foi fundamental tanto para o entendimento dos padrões gerais de discriminação de espécies pelos barcodes como para a identificação de gêneros que provavelmente necessitem de uma avaliação dos espécimes depositados ou mesmo de uma revisão taxonômica mais ampla.
44
A sobreposição nos níveis de similaridade nucleotídica entre os agrupamentos intra e interespecíficos demonstra claramente que o barcode gap, é variável e dependente do grupo taxonômico estudado e, portanto, uma interpretação absoluta de um limiar de similaridade, tão comum em determinadas áreas da Biologia Molecular (ex.: pré-determinar que acima de 97% duas ou mais espécimes são da mesma espécie independentemente do grupo taxonômico a que pertencem), além de ser incorreta, geralmente introduz um erro significativo na discriminação das espécies (Osmundson et al., 2013). Baixos percentuais de similaridade interespecífica e altos percentuais de similaridade intraespecífica são as duas principais situações que contribuem para o insucesso da identificação por códigos de barras de DNA nos diversos grupos taxonômicos. Níveis baixos de similaridade interespecífica podem ocorrer, por exemplo, em grupos taxonômicos cuja especiação foi recente, resultando na falta de discriminação entre espécimes de distintas espécies que são considerados como sendo da mesma espécie (falsos negativos). Contrariamente, níveis altos de similaridade intraespecífica podem ocorrer, por exemplo, se há especiação críptica, resultando na discriminação de espécimes da mesma espécie como sendo de espécies distintas (falsos positivos). Além disso, outros problemas, não diretamente relacionados a processos biológicos, podem também ocorrer, como espécimes que foram erroneamente identificados e cujo erro persiste na base de dados, como uma não- conformidade (Hollingsworth et al., 2011; Osmundson et al. 2013). Ao analisar os erros provenientes da validação cruzada do BLAST é notório que os erros, em sua maioria, são os mesmos entre as três região analisadas, mudando um ou outro espécime no melhor escore. Na figura 27 plotamos um gráfico de cordas demonstrando os erros na validação cruzada do BLAST para o gênero Russula e fica bem claro um padrão de erros repetidos entre as regiões.
45
Figura 27: Gráfico de cordas do gênero Russula
ITS ITS1
ITS2
Gráfico de cordas para o gênero Russula. Cada linha representa um erro na validação cruzada do BLAST. A cor representa a sequência teste e de onde a linha parte, o ponto de chegada do gráfico representa a espécie que foi identificada de forma incrongruente. Fonte: Francislon Silva de Oliveira, 2015.
5! Conclusões
A região ITS vem sendo amplamente utilizada como código de barras de DNA para o Filo Basidiomycota, porém diversos gêneros apresentam uma baixa probabilidade de identificação devido à alta similaridade desta região entre diferentes espécies. Em muitos casos é possível a utilização de uma das duas sub-regiões (ITS1 ou ITS2) com uma maior probabilidade de identificação do que utilizando a região ITS completa. Além disso, este trabalho demonstrou que não existe diferença significativa entre as três regiões estudadas para o Filo Basidiomycota e, portanto, teoricamente, qualquer uma, tanto o DNA barcode como um dos minibarcodes pode ser utilizada.
46
Diversos gêneros apresentaram baixa probabilidade de identificação em todas as regiões estudadas, sendo necessária uma análise criteriosa destes gêneros para elucidar se esta baixa probabilidade é real ou se foi fruto de erros de atribuição errônea da taxonomia. Caso seja real, são necessários: (i) uma reanálise taxonômica de todos os espécimes e sequências associadas a um determinado gênero e/ou (ii) novos estudos com foco na utilização de outra região genômica, como DNA barcode secundário, que melhor identifica esses grupos.
Este trabalho poderá ajudar micologistas a decidirem se, para um determinado gênero de interesse, será possível a utilização de uma sub-região de ITS como um minicódigo de barras de DNA sem trazer ônus na identificação ao nível específico, bem como apontar a necessidade de reavaliação taxonômica de espécimes e sequências associadas a um determinado gênero.
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49
Apêndice I – Linhas de comando da etapa de filtragem
Removendo entradas do genbank que não possuem a propriedade specimen_voucher # perl $BIN_HOME/filter_genbank_without_voucher.pl -g $DATA_HOME/basidiomycota.gb -o $DATA_HOME/basidiomycota.fByVoucher.gb -f $DATA_HOME/basidiomycota.fByVoucher.fasta
Excluindo sequencias com caracteres ambiguos # perl $BIN_HOME/filter_fasta_by_ambiguous_chars.pl -f $DATA_HOME/basidiomycota.fByVoucher.fasta -o $DATA_HOME/basidiomycota.fByVoucher_fByAmb.fasta
Excluindo sequências com “uncultured”, “sp.”, “cf.’ and “aff.” # perl $BIN_HOME/remove_species_with_inconclusive_name.pl -f $DATA_HOME/basidiomycota.fByVoucher_fByAmb.fasta -o $DATA_HOME/basidiomycota.fByVoucher_fByAmb_fByName.fasta
Rodando o FungalITSExtractor # cp $DATA_HOME/basidiomycota.fByVoucher_fByAmb_fByName.fasta $BIN_HOME/FungalITSextractor/indata/indata.fasta # cd $BIN_HOME/FungalITSextractor; perl FungalITSextractor.pl # cp $BIN_HOME/FungalITSextractor/outdata/2015-7-22-1/ITS1.fasta $DATA_HOME/Raw_ITS1.fasta # cp $BIN_HOME/FungalITSextractor/outdata/2015-7-22-1/ITS2.fasta $DATA_HOME/Raw_ITS2.fasta # cp $BIN_HOME/FungalITSextractor/outdata//2015-7-22-1/Both.fasta $DATA_HOME/Raw_ITS.fasta
Consertando os identificadores truncados pelo FungalITSExtractor # perl $BIN_HOME/fix_names_from_its_extractor.pl -f $DATA_HOME/Raw_ITS.fasta -c $DATA_HOME/basidiomycota.fByVoucher_fByAmb_fByName.fasta -o $DATA_HOME/Raw_ITS.cName.fasta # perl $BIN_HOME/fix_names_from_its_extractor.pl -f $DATA_HOME/Raw_ITS1.fasta -c $DATA_HOME/basidiomycota.fByVoucher_fByAmb_fByName.fasta -o $DATA_HOME/Raw_ITS1.cName.fasta # perl $BIN_HOME/fix_names_from_its_extractor.pl -f $DATA_HOME/Raw_ITS2.fasta -c $DATA_HOME/basidiomycota.fByVoucher_fByAmb_fByName.fasta -o $DATA_HOME/Raw_ITS2.cName.fasta
Removendo sequências menores que 400 pb ou maiores que 800 pb # perl $BIN_HOME/filter_fasta_by_interval_size.pl -f $DATA_HOME/Raw_ITS.cName.fasta -o $DATA_HOME/Raw_ITS.cName_fBySize.fasta -m 400 -x 800
Gerando arquivo tabular com as informações dos nossos espécimes # perl $BIN_HOME/generate_genbank_info.pl -g $DATA_HOME/basidiomycota.fByVoucher.gb -f $DATA_HOME/Raw_ITS.cName_fBySize.fasta -n $DATA_HOME/basidiomycota.cName_fBySize.info
Baixando o arquivo fasta do UNITE # wget --no-check-certificate -O $DATA_HOME/UNITE_public_02.03.2015.fasta.zip https://unite.ut.ee/sh_files/UNITE_public_02.03.2015.fasta.zip # unzip $DATA_HOME/UNITE_public_02.03.2015.fasta.zip -d $DATA_HOME
Gerando arquivo tabular com as informações do UNITE # grep -P '^>.+$' $DATA_HOME/UNITE_public_02.03.2015.fasta | perl -pi -e 's/(\||;)/\t/g' | perl -pi -e 's/(>|[kpcofgs]__)//g' > $DATA_HOME/unite.info
Deixando apenas as entradas do UNITE referentes aos nossos espécimes # for i in `cut -f2 $DATA_HOME/basidiomycota.cName_fBySize.info`; do grep $i $DATA_HOME/unite.info; done > $DATA_HOME/Raw_ITS.cName_fBySize.unite.info
Recuperando do UNITE os países onde os espécimes foram coletados
50
# perl $BIN_HOME/get_country_by_unite_id.pl -u $DATA_HOME/Raw_ITS.cName_fBySize.unite.info -o $DATA_HOME/Raw_ITS.cName_fBySize.unite.country
Unificando as informações do UNITE (taxonomia e local de coleta) em um único arquivo # join -t $'\t' -j1 $DATA_HOME/Raw_ITS.cName_fBySize.unite.info $DATA_HOME/Raw_ITS.cName_fBySize.unite.country > $DATA_HOME/basidiomycota.unite.database
Vamos agora utilizar as informações do UNITE para enriquecer as informações do Genbank # perl $BIN_HOME/fix_genbank_with_unite.pl -g $DATA_HOME/basidiomycota.cName_fBySize.info -u $DATA_HOME/basidiomycota.unite.database -o $DATA_HOME/basidiomycota.final.info
Antes de executar o filtro por localidade fazemos modificações de informações que não foram recuperadas em nenhuma das bases utilizadas # perl -pi -e 's/(Oligoporus)\tnot\sfound\t/$1\tPolyporaceae\t/g' basidiomycota.final.info # perl -pi -e 's/(Leiotrametes)\tnot\sfound\t/$1\tPolyporaceae\t/g' basidiomycota.final.info # perl -pi -e 's/(Oxyporus)\tnot\sfound\t/$1\tPolyporaceae\t/g' basidiomycota.final.info # perl -pi -e 's/(Plicaturopsis)\tnot\sfound\t/$1\tAmylocorticiaceae\t/g' basidiomycota.final.info # perl -pi -e 's/(Resinicium)\tnot\sfound\t/$1\tRickenellaceae\t/g' basidiomycota.final.info # perl -pi -e 's/(Rhodotorula)\tnot\sfound\t/$1\tSporidiobolaceae\t/g' basidiomycota.final.info # perl -pi -e 's/(Serendipita)\tSebacinales Group B\t/Sebacina\tSebacinaceae\t/g' basidiomycota.final.info # perl -pi -e 's/Serendipita vermifera/Sebacina vermifera/g' basidiomycota.final.info # perl -pi -e 's/Serendipita vermifera/Sebacina vermifera/g' Raw_ITS.cName_fBySize.fasta # perl -pi -e 's/Serendipita vermifera/Sebacina vermifera/g' Raw_ITS1.cName.fasta # perl -pi -e 's/Serendipita vermifera/Sebacina vermifera/g' Raw_ITS2.cName.fasta
Filtrando as sequências por localidade # perl $BIN_HOME/filter_by_three_localities.pl -f $DATA_HOME/Raw_ITS.cName_fBySize.fasta -i $DATA_HOME/basidiomycota.final.info -o $DATA_HOME/ITS.database.fasta
Filtrando as sequências de ITS1 e ITS2 para os espécimes que passaram por todos os filtros # perl $BIN_HOME/filter_by_its_regions.pl -i $DATA_HOME/ITS.database.fasta -1 $DATA_HOME/Raw_ITS1.cName.fasta -2 $DATA_HOME/Raw_ITS2.cName.fasta -o1 $DATA_HOME/ITS1.database.fasta -o2 $DATA_HOME/ITS2.database.fasta
Gerando um arquivo único com as informações dos espécimes que passaram por todos os filtros # for i in `grep -oP '^>.+$' $DATA_HOME/ITS.database.fasta | cut -f 4 -d '|' | perl -pi -e 's/\.\d+//g'`; do grep -oP "^\d+\t$i\t.+$" $DATA_HOME/basidiomycota.final.info; done > basidiomycota.filtered.info
Apêndice II – Linhas de comando da etapa de análise
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Cada linha de comando a seguir foi executada para cada gênero analisado e para cada região estudada.
Rodando o muscle # muscle -in $DATA_HOME/genero.fasta -out $DATA_HOME/genero.alinhado.fasta
Calculando matriz de distância # perl $BIN_HOME/calculate_uncorrected_p.pl -i $DATA_HOME/genero.alinhado.fasta -o $DATA_HOME/genero.matrix -d $DATA_HOME/genero.ids -c $DATA_HOME/genero.comparison
Calculando o PIC # perl $BIN_HOME/calculate_local_gap.pl -i $DATA_HOME/genero.ids -m $DATA_HOME/genero.matrix >> genero.pic
Separando matriz em valores intra e interespecíficos # perl $BIN_HOME/matrixOwn2past.pl -i $DATA_HOME/genero.matrix -g $DATA_HOME/genero.ids -o $DATA_HOME/genero.past
Fazendo os gráficos de Barcode Gap # cat $BIN_HOME/boxplot.R | R --slave --args $DATA_HOME/genero.past $DATA_HOME/genero.png
Construindo o banco de Blast # makeblastdb -in $DATA_HOME/genero.fasta -dbtype 'nucl' -out $DATA_HOME/genero
Rodando a validação cruzada # perl $BIN_HOME/blast_cross_validation.pl -f $DATA_HOME/genero.fasta -d $DATA_HOME/genero -t /tmp -o genero.blast
Apêndice III – Espécimes utilizados nas análises
Espécie Espécimes Agaricus arvensis KF114474, KF306093, JF797194 Agaricus cupreobrunneus JQ824136, AJ884630, AJ884629, AJ884628 Agaricus flocculosipes KJ755640, KM052565, JN662352, JN204431 Agaricus gennadii JF797188, AJ884636, AJ884635, AJ884634 Alnicola badia HQ714787, HQ714781, HQ714756, HQ714676, HQ714670, HQ714664, HQ714658, HQ714656, JN943937, JN943936, AY900036, AY900035, AY900034, AY900033, AY900032, AY900031, AY900030, AY900029 Alnicola badiofusca HQ714725, HQ714710, HQ714689, HQ714677, HQ714675 Alnicola inculta JN943988, JN943952, JN943951, JN943943, AY900100, AY900099, AY900098, AY900097, AY900096 Alnicola longicystis HQ714795, HQ714757, HQ714668, HQ714667 Alnicola luteolofibrillosa HQ714754, HQ714679, HQ714678, JN943976, JN943949, AY900024, AY900023, AY900021, AY900019 Alnicola sphagneti HQ714764, HQ714762, HQ714761, JN943940, AY900074 Alnicola subconspersa HQ714744, HQ714742, HQ714741, HQ714740, HQ714671, JN943983, JN943973, JN943945, JN943947, JN943935, JN943934, AY900069, AY900068, AY900045, AY900044, AY900043 Alnicola umbrina HQ714790, HQ714747, HQ714746, HQ714745, HQ714735, HQ714727, JN944000, JN943999, JN943998, JN943992, JN943991, JN943990, JN943989, JN943986, JN943985, JN943977, JN943974, JN943969, JN943987, JN943970, AY900057, AY900056, AY900054, AY900053, AY900050 Alnicola xanthophylla HQ714765, HQ714709, HQ714705 Amanita basii JX844683, JX844681, JX844680, JX844679, JX844678 Amanita brunnescens KP284280, KP284279, KP284278, KP284277, KP284275, KP284274, KP284273, KP258993, KC855218, KC855217 Amanita caesareoides KM052564, KM052563, KM052562, KM052561, KM052559, KM052558, AB759117, AB759116, AB759115, AB759082, AB758244, AB758243 Amanita calyptroderma JX844696, JX844695, JX844694, JX844693, JX844692, KC797155 Amanita exitialis KP691684, KJ466375, JX998027, JX998026, JX998025, AY436454 Amanita flavoconia JF313656, JF313655, KF937301, KF937300, KF937299, JN020967, JN020966, GQ415317, AY436456, EU819463, EU569281 Amanita frostiana KP313583, KP313582, KP313581, KP313580, KP313579 Amanita fuliginea KJ466377, KJ466376, JX998023, JX998022, JX998021, FJ176719, FJ176718, FJ176717, FJ176716, AY436458, DQ072730 Amanita fuligineoides KP691686, KP691685, NR_119713, JX998024, FJ176721, FJ176720 Amanita fulva KM085407, KF017933, JQ888151, JN020969, JN020968, AB015692 Amanita gemmata KJ146699, HQ604824, JF899545, AF335440, EU569282 Amanita hemibapha KP311468, JX844716, AY436460 Amanita javanica AB759083, AB755778, AB458887 Amanita lavendula JF313668, JF313667, JF313666, JF313665, JF313664, JF313663, JF313662, JF313661, JF313660, JF313658 Amanita muscaria JX122511, JX122510, JX122509, JX122508, GQ267468, AY278768, AB096052, AB096048, AB080791, AB080789, AB080787, AB081295, AB081294, AB080984, AB080983, AB080982, AB080981, AB080980, AB080779, AB080778, AB080777 Amanita novinupta KR338836, KJ535438, KJ535437, KF561974, KC152067, KC152066, KC152065 Amanita oberwinklerana KM052560, KM052557, KM052548, KM052541, KM052532, KJ466380, KF245914, FJ176727, FJ176726, FJ176725, FJ176724 Amanita pallidorosea KJ739814, KJ739813, KM052521, KJ466388, KJ466387, KJ466386, KJ466385, KJ466383, KJ466382, NR_119715, KF245917, KF245916, KF245915, JX998037, JX998036, JX998035, FJ176736, FJ176735, FJ176734 Amanita pantherina KM085405, KM052551, KF964026, KF017944, KF017943, KF017942, JF899547, EU525997, HM240517, EU909452, AB096047, AB096046, AB096045, AB096044, AB096043, AB080785, AB080784, AB080978, AB080977, AB080976, AB080975, AB080974, AB080973, AB080776, AB080775, AB080774 Amanita parcivolvata KP313586, KP313585, KP313584 Amanita phalloides KC755034, KF561975, KM085366, KF535946, JX998031, FM203300, GQ221843, GQ221842, GQ221841, GQ221840, GQ221839, GQ221838, GQ221837, GQ221836, GQ221835, GQ221834, GQ221833, GQ221832, GQ221831, EU909444, EU909442, EU909441, GU373511, AB458890, AJ889921 52
Amanita populiphila KP224322, KP224320, KP224319, KP224318, KP224317, KP221308, KP221307, KP221306, KP221305 Amanita porphyria JN020971, JN020970, JF899548, AY436471 Amanita protecta KP224327, KP224326, KP224325, KP224324 Amanita pruittii KM096566, KM096565, KM096564, KM096563, JQ946325, JQ946324, HQ625011 Amanita pseudoporphyria KM052556, KM052522, KC429050, AB015702 Amanita regalis EF493268, AB096050, AB096049, AB081296, AB080782, AB080781, AB080780 Amanita roseitincta KC855226, KC855225, KC855224 Amanita rubescens JF313652, JF313651, KM409441, JF907760, KM052535, KM052530, KF245919, KF245918, EU819464, AJ889923, AJ889922 Amanita rubrovolvata KM052545, KF017945, JN943178, JN943181, AB096055, AB096054, AB096053, AB015689 Amanita sinensis NR_119389, KF017946, AB096060, AB096059, AB096058, AB096057, AB096056, AB080979 Amanita spissa KF245910, EF493271, EF493270, AJ889924 Amanita subjunquillea KM052527, KJ466428, KJ466427, KJ466426, KJ466425, KJ466424, KJ466423, KJ466422, KF245920, JX998034, JX998033, JX998032, FJ176733, FJ176732, FJ176731, FJ176730, FJ176729 Amanita subjunquillea var. alba AY436477, EF442111, EF442110, EF442109, EF442108, EF442107, EF442106, EF442105, EF442104, EF442103, EF442102, EF442101, EF442100, DQ072729 Amanita vaginata JF907756, KM085387, KF017950, KF017949, KF017948, KF306094, JF899549, GU220372, GQ397988, EU819489, AB458889, AJ889925 Amanita vernicoccora KR338835, JX844748, JX844746, JX844744 Amanita virosa KF937304, KJ466431, KJ466430, KJ466429, JX998030, JX998029, JX998028, FJ755188, FJ176737, EU909450, EU909449, GU373492 Amyloporia carbonica KC585243, KC585242, KC585241, KC585239 Amyloporia sinuosa KC585251, KC585249, KC585248, KC585247, KC585245, KC951181, KC951147, KC951146, KC951145, JX157583 Amyloporia sitchensis KJ028058, KJ028057, KJ028056, KJ028055, KJ028054, KJ028053, KJ028052, KJ028051, KJ028050, KJ028049, KC585252 Amyloporia xantha KC585263, KC585262, KC585261, KC585260, KC585259, KC585258, KC585257, KC585256, KC585255, KC585254, KC951177, KC951176, KC951174, KC951172, KC951170, KC951168, KC951167, KC951166, KC951165, KC951164, KC951163, KC951161, KC951160, KC951159, KC951157, KC951156, KC951155, KC951154, KC951153, KC951152, JQ700269 Antherospora vaillantii KC175338, EF653998, EF653987, EF653997, EF653988, EF653986, EF653982 Antherospora vindobonensis NR_119654, EF653995, EF653994, EF653993, EF653991, EF653990, EF653989 Antrodia albidoides KC543175, KC543170, KC543168, KC543161, KC543147, KC543114 Antrodia albobrunnea KJ028048, KJ028047, KC585265 Antrodia heteromorpha KC886717, KC543177, KC543163, KC543151, KC543148, KC543133, KC543123, KC543122, KC543121, KC543120, KC543119, KC585279, KC585277, KC585276, KC585275, JQ837938 Antrodia juniperina KC543112, KC585284, KC585283, KC585282, FM872465, FM872464 Antrodia macra KC543139, KC543135, KC543132, KJ140737, EU340898 Antrodia malicola KC585289, KC585288, KC585287, KC585286, KJ140667, KJ140653, KJ140629, KJ140610, KJ140609, JQ700282, FM872466 Antrodia oleracea KC585296, KC585295, KC585294, KC585293, KC585292 Antrodia ramentacea KC543138, KC951178, KC595903 Antrodia serialis JX109844, KC585307, KC585305, KC585304, KC585301, KC585300, KC585299, KC585298, KJ140663 Antrodia variiformis KC886716, KC886715, KC886714, KC886713, KC585312, KC585311, KC585310, KC585309, KC585308 Antrodiella citrinella AF126881, AF126880, AF126879 Antrodiella faginea JN710514, AF126891, AF126890, AF126889, AF126888, AF126887, AF126886, AF126885 Antrodiella romellii KJ140781, KJ140773, KJ140767, KJ140754, KJ140753, KJ140751, KJ140746, KJ140727, KJ140704, KJ140689, KJ140679, KJ140646, KJ140626, KJ140588, KJ140575, AF126902, AF126901, AF126900, AF126899 Antrodiella semisupina JN710521, AF126905, AF126904, AF126903, AF126883, AF126882 Armillaria cepistipes AY787665, EU257719, EU257715, FJ664580 Armillaria ectypa AB559003, AB559002, AB559001, AB559000, EU784168, EU784166, EU257720, FJ664581 Armillaria gallica JF907778, JF907766, JN020974, EU784164, FJ664585, FJ664584, FJ664583, FJ664582 Armillaria mellea JF907776, JF313777, JF313772, JF313771, JF313770, JF313765, JF313758, JF313757, JF313755, JF313754, JF313753, JF313752, JF313751, JF313750, FJ664597, 53
EU784173, EU266546, EU266545, FJ664595, FJ664594, FJ664593 Armillaria ostoyae JF907777, KJ146700, FJ664606, FJ664601 Auricularia americana KM396768, KM396767, KM396766, KM396765, KM396764, KM396763, KM396762, JX065154 Auricularia auricula-judae KM396772, KM396771, KM396770, KM396769, AB615232 Auricularia fuscosuccinea KM396775, KM396774, JX065144, JX065141, JX065140 Auricularia mesenterica KM396801, KM396800, AF291271 Auricularia nigricans KM396803, KM396802, NR_120153, JX065172 Boletus barrowsii JF907801, KC184479, EU231945 Boletus bicolor GQ166889, GQ166886, GQ166877 Boletus edulis KC422626, KC422623, KC422614, KC422611, KC422610, KC422609, KC422603, KC422602, KC422598, KC422596, KC422593, KC422592, KC422590, KC422588, KC422583, KC422581, AB821458, AB821457, AB821456, AB821455, AB821454, AB821453, AB821452, AB821451, AB821450, AB821449, AB821448, AB821447, AB821446, KC184481, DQ002921, EU231984, EU231983, EU231982, EU231946, EU231981, JQ888154, JN020980, JN020979, JN020978, JN020977, JF899550, EU417873, EU417868, EU417864, EU417863, EU417861, EU417860, EU417859, EU417858, EU417857, EU417856, EU417855, EU417854, EU417852, EU417851, EU417850, EU417849, EU417847, EU417846, GU198977, AY680994, AY680993, AY680992, AY680991, AY680984, AY680983, GU373493, AY278764 Boletus edulis var. clavipes EU231985, EU231980, EU231975, EU231974 Boletus erythropus AJ496595, FM958177, HM347665, HM347644, HM347643 Boletus hiratsukae KC422621, NR_119672, EU231960, JN020982 Boletus luridus JF907802, JF907793, KC734544, KC734542, EF644104, HM347662, AY278766, AY278765, AJ889930 Boletus mendax KC734548, KC734547, KC734543, KC734541 Boletus nobilissimus NR_119671, EU231954, EU231949, EU231951, JN020985, JN020984 Boletus pallidus KC812309, KC812307, JN020986, GQ166909 Boletus pinophilus KC422605, KC422582, JQ888155, FM958186, FM958178, EU417865, HM347648, GU198988, GU198986, AY680980, AY680979, AY680978, AY680977, AY680976, AY680975, AY680973, AY680972, GU373490 Boletus pruinatus AJ889933, AJ889932, AJ889931 Boletus queletii JF907785, JF907784, KC734546, HM347666 Boletus quercophilus EU231953, EU231952, JN020987 Boletus regineus KC184484, EU231992, EU231991, EU231990, JN020988 Boletus reticulatus KC422620, KC422619, KC422617, KC422612, KC422604, KC422584, KC422578, AB821462, AB821461, AB821460, AB821459, EU231944, JN020989 Boletus rex-veris KC900419, KC184486, EU231971, EU231969 Boletus rhodopurpureus JF907796, JF907790, HM347667, HM347664, HM347647 Boletus rubriceps KC900418, KC900417, KC900416, KC900414, KC900413, KC900412, KC900411, KC900409, KC900408, KC900405, KC900403 Boletus rubripes KC812300, KC812297, KC812296, KC812294, KC184487 Boletus subcaerulescens EU231988, EU231987, EU231986, JN020993 Boletus subtomentosus EU526005, GQ166882, GQ166880, GQ166875 Butyriboletus abieticola KC184416, KC184414, KC184412, KC184411 Butyriboletus appendiculatus JF907786, KJ419923, KJ419922, HQ882199, HQ882198, HQ882197, HQ882196, HQ882195, HQ882194, HQ882193, FM958176, HM347642, HM347641 Butyriboletus fechtneri KJ419930, KJ419929, KC416639, KC416638, KC416637, HM347652 Butyriboletus persolidus KC184446, KC184445, KC184444, KC184443, KC184442 Butyriboletus primiregius KC184457, KC184456, KC184455, KC184452, KC184450, KC184449, KC184448 Butyriboletus pseudoregius KJ419925, KJ419924, HQ882202, HQ882201, HQ882200, JN903697, JN903696, FM958185, FM958181, FM958179, HM347661, AY680996 Butyriboletus regius KC184463, KC184462, KJ419920, KC416636, KC416635, KC416634, JN903694 Butyriboletus roseoflavus KC184439, KC184437, KC184436, KC184434, KC184433, KC184432 Butyriboletus subappendiculatus KJ419921, JN903700, JN903699, JN903698, HM347653 Calvatia cyathiformis var. AJ486873, AJ486872, AJ486868, AJ486867, AJ486866, AJ486865, AJ486864 cyathiformis 54
Calvatia fragilis AJ617493, AJ486871, AJ486870, AJ486961, AJ486957 Ceriporiopsis aneirina KF845952, FJ496683, FJ496682, EU340895 Ceriporiopsis balaenae FJ496668, FJ496666, FJ496665, FJ496664, FJ496663 Ceriporiopsis gilvescens KF845953, KJ140749, KJ140684, FJ496686, FJ496685, EU546104 Ceriporiopsis resinascens KJ720685, FJ496680, FJ496678, FJ496677, FJ496676, FJ496675, FJ496674, FJ496673, EU340896, GU080235 Chlorophyllum agaricoides JF908776, AY243616, AY243615, AF482837, AY245552 Chlorophyllum globosum KJ524553, AY243619, AF482842 Chlorophyllum hortense KM350691, KM244733, KJ524555, KJ524554, HM488765, AY243613, AY243612, AY243611, AF482843 Chlorophyllum molybdites KP012712, KM190077, KJ524559, KJ524558, KJ524557, AY243618, AY243617, AF482836 Chroogomphus purpurascens FJ652072, FJ481128, EU706333, EU706332, EU706331, EU706330 Chroogomphus rutilus KM085388, KM085373, JQ888157, FJ652071, EU791582, EU791581, EU791580 Clavaria falcata KC759446, KC759443, KC759442 Clavaria flavipes KC759451, KC759450, KC759449, KC759448 Clavaria sphagnicola KC759456, KC759455, KC759454 Clavaria tenuipes KC759459, KC759458, KC759457 Clavulina amazonensis KF937313, KC348463, KF937314, KF937312 Clavulina cinerea JN228228, EU862209, AF335456 Clavulina cristata JN228227, KF218965, EU862228, EU862227 Collybia cirrhata KP293582, JN021007, JN021006, JN021005, DQ830804 Collybia cookei DQ830806, DQ830803, DQ830802, AF274383 Coprinopsis atramentaria KM085383, KF318522, FJ627023 Coprinopsis echinospora AB071803, AB071802, AB071801, AB071800, AB071799, AB071798 Cortinarius acutus GQ159910, GQ159881, GQ159781, FJ717495, FJ157003, FJ157002, EU821657, KC581333, AF325578 Cortinarius alboglobosus NR_131841, KM273101, KM273100, KM273099, KM273098, KM273097, KM273096, KM273095, KM273094, KM273093 Cortinarius alboviolaceus FJ039575, FJ039565, JF907875, HQ604698, GQ159793, GQ159791, FJ717506, FJ157005, FJ157004, EU821675, EU821652, KC842402, AY669657, AF325597, AF325596, JF899552 Cortinarius allutus FJ039635, FJ039634, KF738086, AY669531 Cortinarius angelesianus JF907945, KJ146704, FJ717534, FJ157109 Cortinarius anisatus NR_131788, DQ117931, DQ117929, DQ120758, DQ120757, DQ120756, DQ120755, DQ120754, DQ120753 Cortinarius anisochrous NR_131823, JX407307, JX407306, JX407303, JX407302, JX407300, JX407299, JX407298, JX407297 Cortinarius anomalus JF907923, KF007936, GQ159804, GQ159789, KC842425, AY669645, AJ889941, AJ889940, AJ889939 Cortinarius armeniacus FJ039573, FJ717503, KC842403, AF325595, DQ117925 Cortinarius armillatus NR_131891, FJ157141, KC842408, HQ845114, HQ845112, AY669671, JN942823, DQ114744 Cortinarius atropurpureus JX679160, JX679156, JX679148 Cortinarius aureofulvus FJ039644, FJ039643, FJ157131, GU363496, GU363494, EU057061 Cortinarius austrovenetus JX679153, JX679098, JX178608, GQ890318 Cortinarius austroviolaceus KJ920004, KJ920003, KJ920001, KJ920000, KJ919999, KJ919998, KJ919997 Cortinarius balaustinus JF907957, FJ717582, AY669693 Cortinarius balteatialutaceus KF732588, KF732587, KF732586, NR_130307 Cortinarius balteatoalbus KF732614, KF732613, KF732260, JF907886, AY669517 Cortinarius barbarorum EU057053, EU655671, DQ663236 Cortinarius barlowensis NR_131808, KJ019015, FJ717554, FJ157009, EU837214, EU837212, EU669316, EU669315, EU652360, EU652359, EU652358 Cortinarius basirubescens JN942286, GQ890319, JN942285, JN942284 Cortinarius bivelus JF907936, KM085367, KC608591, AY669682 Cortinarius boulderensis NR_121207, FJ717563, FJ717500, EU837219, EU837218, EU837217, EU837216, KC581329, EU652365, EU652364, EU652363, EU652362, EU652361, EU852803, 55
DQ499466 Cortinarius bovinus JX407287, JX407284, JX407282, JX407279, JX407278, JX407274, AJ889943 Cortinarius brunneus JF907950, JF907919, FJ717542, KC842410, JQ746620, EU266642, EU266641, EU266640, EU266639, EU266637, EU266636 Cortinarius bulliardii JF907906, JF907860, JX114942, AY669659 Cortinarius caerulescens KF732271, NR_130199, HQ604682, AY174863, AY174862, AJ889944 Cortinarius caesioarmeniacus KP137504, KP137503, KP137501, KP137500, KP137499 Cortinarius callisteus FJ039666, JF907946, FJ157137, FJ157127, KC842435, AY669594 Cortinarius calochrous FJ039639, KC842430, EU056981, EU056980, EU056962, EU684536, EU660940, EU660938, AY174838 Cortinarius caperatus KF937325, FJ157021, FJ157019, FJ157018, KC842443, AY669575, JF899568, AJ238033 Cortinarius casimiri FJ039548, JF907908, HQ604714, HQ604712, HQ604711, HQ604710, GQ159893, GQ159853, GQ159848, GQ159814, HQ650744, FN429015, FN429014, FN429013, FN429012, FN429011, FN429010, AJ889945 Cortinarius cinnamomeus NR_131816, JN114080, GQ159831, FJ157025, FJ845396, EU525963, AJ238030 Cortinarius clarobrunneus FJ039682, FJ039681, FJ039680, EU266678, EU266675, EU266673, EU266670 Cortinarius collinitus FJ039578, FJ039576, AY669588, DQ295117 Cortinarius colymbadinus NR_131819, JF907865, KJ206484, KJ206483, KJ206482, KC608592, KC842404, JX127302 Cortinarius corrosus FJ039642, FJ039641, EU057057, EU056975 Cortinarius cotoneus GQ159800, KC842423, AY669597, EU525966 Cortinarius crassus KF732291, NR_130211, JF907854, KC842437, AY669544 Cortinarius croceocaeruleus FJ039706, JF907871, FJ157036, FJ157035, AY669590 Cortinarius croceus FJ039700, NR_131863, JN114079, KP087990, JF907918, GQ159909, KC842414, JQ888158, FJ845399 Cortinarius cumatilis KF732643, KF732517, KF732293, NR_130212, KC842449, AY174812 Cortinarius cupreorufus KF732549, KF732548, KF732294, NR_130213, HM068562, EU056992, AY174831 Cortinarius decipiens JF907909, FJ717566, FN428994, FN429002, FN429000, FN428999, FN428998, FN428997, FN428996, FN428995, FN428993, FN428991, FN428990, FN428989, FN428988 Cortinarius delibutus JF907917, FJ717516, FJ717515, AY669587 Cortinarius dibaphus JF907955, EU057006, AY174819 Cortinarius diosmus FJ039676, JF907895, GQ159918, AY669661 Cortinarius ectypus NR_119682, EU266689, EU266688, EU266687, EU266686, EU266685 Cortinarius elegantior GQ159920, EU821682, GU363464, GU363463, GU363462, EF014262, AY174851, AY174850 Cortinarius elotus JF907933, GQ159803, EU056953, EU056951 Cortinarius erythrocephalus JX679145, JX679121, GQ890323, JN942294, JN942295 Cortinarius evernius FJ039564, FJ039563, KC842401, AY669686 Cortinarius flexipes KP454013, GQ159777, GQ159767, FJ717557, KC859462, KC842395, AY669683, FJ845398 Cortinarius fuscobovinaster JX407318, JX407317, JX407315, JX407314, JX407313, JX407312, JX407311, JX407309 Cortinarius gentianeus KF732499, KF732497, KF732310, NR_130220 Cortinarius gentilis EU821684, EU266690, AJ238034 Cortinarius glandicolor JQ746619, JQ888159, EU266704, EU266703, EU266701, EU266699, EU266697, EU266694 Cortinarius glaucopus FJ039616, FJ039615, KF732619, KF732315, NR_130222, KC842445, AF325604, EF493266 Cortinarius haasii EU057056, EU056986, AM709874, AM709873, AM709872 Cortinarius hemitrichus KM409447, JF907904, AY669680, EF644105 Cortinarius herpeticus FJ039703, FJ039622, FJ039621, FJ039619, KF732508, KF732321, NR_130224, FJ157143, AF478585, AF478584 Cortinarius humolens KT119413, KT119412, FJ039640 Cortinarius infractus KF732523, KF732325, NR_130225, JF907938, HQ604689, HQ604687, GQ159866, GQ159802, AY174782, AY174781, AY174780 Cortinarius iodes KF937329, KF937328, KF937327, KF937326 Cortinarius kula JX679136, JX679134, JX679122, JX679119, JX679114, JN942283, JN942281, AY669643 56
Cortinarius laniger FJ039557, JF907889, GQ159857, FJ717576, KC842398, AY669666, HM068559 Cortinarius limonius FJ039667, GQ159869, FJ157057, FJ157056, FJ157055, FJ157053, FJ157052, FJ157051, FJ157050, FJ157048, FJ157046, KC842456, AF325588, EF600896 Cortinarius lustrabilis NR_131792, AY669586, DQ652236, DQ652235, DQ652234, DQ652233 Cortinarius luteo-ornatus NR_119930, HQ845141, HQ845140, HQ845139, HQ845138, HQ845137, HQ845136, HQ845134, HQ845133, HQ845131, HQ845130, JN942826, JN942824 Cortinarius malachius JF907913, JQ888160, AY669681 Cortinarius malicorius JN114082, GQ159784, KC581349, JX045668, AY669583 Cortinarius misermontii KF732622, KF732621, KF732348, NR_130230 Cortinarius mucosus FJ039581, JF907890, JQ888161, AY669591, AF325574, DQ295114, AF182801 Cortinarius multiformis KF732625, KF732623, KF732350, NR_130232, JF907881, GQ159786, KC842458, AY669532, AY174844 Cortinarius muscigenus JF907930, FJ717533, FJ157130 Cortinarius napus FJ039648, KC842428, GU363493, GU363492, GU363491, GU363490, GU363489, GU363488, GU363487, GU363486, GU363485, GU363484, GU363481, GU363480, GU363479, EU057069, EU057067, EU057016, EU057015 Cortinarius natalis KT119417, EU655678, EU655661 Cortinarius nauseosouraceus FJ039683, KC608585, KC608584 Cortinarius neofurvolaesus DQ140002, DQ139998, DQ139997, DQ139996 Cortinarius neotriumphans KF732608, KF732607, KF732354 Cortinarius obtusus FJ717550, FJ717549, EU821665, KC842421, AJ238035 Cortinarius orasericeus NR_131846, KP013204, KP013203, KP013200, KP013198 Cortinarius oulankaensis FJ039672, NR_131822, JX407296, JX407294, JX407293, JX407292, JX407291 Cortinarius papulosus FJ039669, FJ039668, KF732630, GQ159779, AY669555 Cortinarius paragaudis FJ039675, FJ039674, NR_131814, JF907931, FJ717545, FJ157138, HQ845156, HQ845155, HQ845154, HQ845147, HQ845146 Cortinarius percomis KF732520, KF732380, NR_130242, KC842452, AY669529 Cortinarius phoeniceus JN114086, JN114085, JN114084, EU821668 Cortinarius pholideus FJ157064, KC842406, AY669694 Cortinarius piceidisjungendus KP013209, KP013208, KP013206 Cortinarius porphyropus KF732387, NR_130246, KC842453, AY174854 Cortinarius praestans KF732389, KF732267, NR_130247, AY174804, AY174803, AY174802 Cortinarius privignipallens NR_131885, KP165569, KP165568, KP165567, KP165566, KP165564, KP165563 Cortinarius pseudoglaucopus AY669573, EU056952, EU056950, JF273633 Cortinarius pseudorubricosus EU266709, EU266708, EU266707, EU266706, EU266705 Cortinarius purpurascens FJ039660, KF732644, KF732406, NR_130252, JF907934, GQ159827, AY174858 Cortinarius renidens FJ039665, KC842459, AY669652 Cortinarius rickenianus AM709883, AM709882, AM709881, AM709880, AM709879, AM709878 Cortinarius rubellus JF907883, FJ157142, FJ157090, FJ157088, KC842418, AY669595 Cortinarius saginus FJ039702, JF907882, KC842448, AY174800, AY174797 Cortinarius salor FJ039600, JF907884, FJ717513, KC842438 Cortinarius sanguineus JN114111, JN114109, JN114106, JN114104, JF907874, KC842416, JX045685, JX045684, JX045683, JX045681, AY669582 Cortinarius saniosus JF907952, FJ717577, FJ717541, AY669621, DQ102679, DQ102678, DQ102677, DQ102676, DQ102675, DQ102674, DQ102671, DQ102668, DQ102666, DQ102665, DQ102664, DQ102663, DQ102662, DQ102661 Cortinarius sannio KF732537, KF732536, KF732420, NR_130260 Cortinarius saturniorum JX648594, NR_119790, GU233337, JQ287684, JQ287683, JQ287682 Cortinarius scaurus KF732510, KF732509, KF732423, NR_130262, JF907939, JF907899, JF907876, GQ159877, KC842454, AY174808 Cortinarius semisanguineus FJ039599, JF907922, FJ157147, FJ157107, FJ157071, FJ157070, FJ157068, FJ157066, FJ157065, FJ157013, EU821654, KC842415, JQ888162 Cortinarius sodagnitus FJ039638, JF907924, AY174829 Cortinarius sordidemaculatus EF530931, DQ139991, DQ139990, DQ139989 57
Cortinarius subfloccopus GQ159906, JQ746615, JQ746613, JQ746609 Cortinarius subgracilis EU655658, DQ663433, AM709888, AM709887 Cortinarius subsertipes FJ039552, FJ039550, FJ039546, FJ039545, FJ039544, HQ604715, HQ604709, HQ604708, AY669679, EU819499 Cortinarius subtortus FJ039627, KF732454, NR_130273, FJ717556, FJ717555, FJ157044, KC842439, AY174859, AY174857 Cortinarius subturibulosus FN428987, FN428986, FN428985, FN428984 Cortinarius sulphurinus KC842431, AY669572, EU056995 Cortinarius talimultiformis KF732585, KF732584, KF732583, NR_130306 Cortinarius torvus KC842400, AY669668, GQ166894, AJ889977 Cortinarius traganus FJ039570, FJ039569, JF907921, GQ159890, FJ717574, FJ717573, FJ717571, FJ717570, FJ717569, FJ157132, EU821693, EU821656, JX407338, KC842399, AF325598, HM240523, AF335446, AF430251 Cortinarius turmalis KF732464, KF732436, NR_130278, JF907892 Cortinarius uliginosus JN114081, GQ159785, KC842412 Cortinarius variicolor KF732466, NR_130279, KC581330, KC842447, AY174796, AY174793, AJ238082 Cortinarius varius KF732469, NR_130281, AY174792, AY174790 Cortinarius vernus FJ039541, FJ039539, JF907896, JF907866, GQ159840, GQ159816, FN429009, FN429008, FN429007, FN429005, FN429004 Cortinarius veronicae KJ635239, KC017365, KC017364, KC017361, KC017355 Cortinarius vibratilis HQ604739, FJ717507, EU821696, EU821694, EU821674, KC842440, JQ888166, JQ888165, AF325584, AJ238032 Cortinarius violaceus FJ039649, KJ920065, KJ920060, KJ920059, KJ920058, KJ920056, KJ920055, KJ920053, KJ920052, KJ920051, KJ920050, KJ920049, KJ920048, KJ920047, KJ920045, KJ920044, KJ920043, KJ920040, FJ157111, KC842442, AY669579, DQ384589, EU525958 Cortinarius xanthodryophilus NR_119918, GQ159771, JF273637, JF273636, HQ441244 Crepidotus applanatus KF879614, KF879613, FJ596805, FJ596804, FJ596803, FJ596802, FJ596801 Crepidotus mollis JF907959, FJ627025, AM882996 Cystoderma amianthinum KP311459, KP311458, KP311429, JF907972, AM946480, AM946479, AM946478, GU296098 Cystoderma carcharias JF907976, AM946484, AM946483 Cystoderma carcharias var. fallax AM946488, AM946487, AM946486, AM946485 Cystoderma jasonis var. jasonis AM946494, AM946493, AM946492 Cystoderma superbum JF907974, AM946504, AM946503 Cystoderma tuomikoskii NR_119477, AM946509, AM946508, AM946507, AM946506, AM946505 Cystodermella cinnabarina AM946515, AM946514, AM946513, AM946512 Cystodermella granulosa AM946520, AM946519, AM946518 Datronia mollis KJ140555, JX559261, JX559260, JX559259, JX559258, JX559257, JX559256, JX559255, JX559254, JX559253, JN165007, JN165005, JN165002, AF516557 Datronia stereoides KJ140736, KJ140551, KC415179, KC415178, JX559270, JX559269, JX559268 Descolea recedens JX178628, AF325650, AF325649, AF325648, HQ728546 Descolea tenuipes AF325624, AF325623, HQ832453, AJ296298 Endoraecium peggii NR_132080, KJ862363, KJ862362, KJ862361 Endoraecium phyllodiorum KJ862385, KJ862384, KJ862383, KJ862382, KJ862381, KJ862380, KJ862379, KJ862378, KJ862377 Endoraecium tierneyi KJ862390, KJ862389, KJ862388 Endoraecium violae-faustiae KJ862401, KJ862400, KJ862399, KJ862398, KJ862397, KJ862396, KJ862395 Entoloma allochroum KC898376, KC898375, KC898374, KC898372, KC898371, KC898370, KC898369, KC898368, KC898456, KC898455 Entoloma callichroum var. venustum KC898357, KC898356, KC898355, KC898354, KC898353, KC898352, KC898351 Entoloma chytrophilum KC898434, KC898433, KC898432, KC898431, KC898430, KC898429, KC898428, KC898427, KC898426, KC898425, KC898424 Entoloma euchroum KC898423, KC898422, KC898421, KC898419, KC898418, KC898417, KC898416, KC898462, KC898461 Entoloma flocculosum KJ001440, KJ001439, KJ001438 Entoloma graphitipes f. graphitipes KJ001449, KJ001448, KJ001446, KJ001444, KJ001442 Entoloma lampropus KC898393, KC898392, KC898390, KC898389, KC898388, KC898387, KC898386, KC898385, KC898384, KC898383, KC898382, KC898381, KC898380, KC898379, 58
KC898377, KC898458 Entoloma lepidissimum KC898367, KC898366, KC898365, KC898364, KC898363 Entoloma phaeocyathus KJ001427, KJ001426, KJ001425, KJ001424, KJ001423, KJ001422, KJ001421, KJ001420, KJ001419, KJ001418, KJ001417 Entoloma rusticoides KJ001437, KJ001436, KJ001435, KJ001434, KJ001433, KJ001432, KJ001431 Entoloma sepium JF908001, JF908000, AB520857, AB520856 Entoloma sublaevisporum KM503117, KC898437, KC898436 Entoloma tjallingiorum var. KC898403, KC898402, KC898401, KC898398 alnetorum Entoloma tjallingiorum var. KC898412, KC898409, KC898408, KC898407, KC898460, KC898459 tjallingiorum Entoloma undatum JF908007, KJ001412, KJ001411, KJ001410 Entyloma cosmi KJ728766, KJ728765, KJ728764, KJ728763, KJ728762, KJ728761, KJ728760, KJ728759, KJ728758 Entyloma ficariae JQ586199, AY854969, HM046472, HM046471, HM046470, HM046469, HM046468, HM046466, HM046465 Exobasidium japonicum AB180370, AB180358, AB180326, AB180325, AB180324, AB180323, AB180315, AB178941 Exobasidium symploci-japonicae var. AB180678, AB180677, AB180339 symploci-japonicae Exobasidium woronichinii AB180680, AB180361, AB180360, AB180355, AB180349, AB180348, AB180342 Favolus acervatus KP012981, AB735974, AB735973, AB735971 Favolus emerici KP013055, KP013020, KP013008, AB735972 Fibroporia gossypium KC456246, KF725876, KC595906 Fibroporia radiculosa KP145011, KP145010, KP145009, KC456248, KC456247, KC585343, KC585342, KC585341, KC585340, KC585339, JX157584 Fibroporia vaillantii KC585346, KC585345, AJ421007 Flammulina elastica FJ889520, FJ889519, AF141134 Flammulina fennae EU191045, EU191044, EU191043, FJ873392, AF141135 Flammulina populicola KP867922, EU191051, EU191050, EU191049, EU191047 Flammulina velutipes KM052570, KJ999149, KJ999148, KJ999147, KJ999146, KJ999145, FJ889517, FJ889516, FJ889514, FJ889512, FJ889511, FJ889509, FJ889508, FJ889507, FJ889506, EU191068, EU191067, EU191066, EU191065, EU191064, EU191063, EU191062, EU191060, EU191059, EU191058, FJ914389, AF141133 Fomitopsis feei KF999924, KF999923, KF999922, AJ537395 Fomitopsis ochracea KF169619, KF169618, KF169617, KF169616, KF169615, KF169614, KF169612, KF169610, KF169609, KF169607, KF169606, KF169605, KF169602, KF169601, KF169600, KF169599, KF169593, KF169592, KF169591 Fomitopsis pinicola KF169655, KF169654, KF169653, KM396268, KM360131, JX082329, AY787671, EF530947 Fomitopsis rosea KC585353, KC507163, KC507162, KF010852, KC595923, AJ415539, AJ415538, AJ415537, AJ415536, AJ415535 Fuscoporia gilva KP771705, KP859295, KJ140647 Fuscoporia rufitincta KJ940029, JQ794580, JQ794579, JQ794578, GU594160 Ganoderma applanatum KF494999, KC581319, AY787672, JN588587 Ganoderma lucidum KJ509596, KC222323, KC222322, KC222321, KC222320, JN048774, JQ781852, JQ781851, JN588575, JN588574, JN588573, JN588572, EU021461, EU021456, AY456341 Ganoderma parvulum JQ618246, JX310822, JX310821, JX310820 Ganoderma resinaceum KJ509598, KJ509597, JX082328, JN021025, AY884177 Ganoderma sichuanense JQ781877, JN197284, JN197283, JN197282, JN197281, JF915408, JF915407, JF915406, JF915405, JF915404, JF915403, JF915402, JF915401, JF915400, JF915399, JF915398, JF915397, JF915396, JF915395, JF915394, JF915393 Ganoderma tropicum KC222317, JQ781880, JF915410, EU021458 Ganoderma tsugae KJ146707, KJ140748, JQ781853 Geastrum coronatum KP687496, KP687495, EU784225 Geastrum pectinatum KP687521, KP687520, KP687519, KP687518, KP687517, KP687516, KJ672498, KJ672497, EU784239 59
Geastrum triplex KM085391, KJ672496, KJ672495, KJ672494, KJ672493, KJ672492, KJ672491, KJ672490, KJ672489, KJ672488, EU784250 Gloeophyllum odoratum JX524631, JX524630, JX266859, JX266858 Gloeophyllum sepiarium KJ140759, KF010853, KC782726, KC782725, JN649344, JX524629, JX524628, JX524627, JX524626, JX082348 Gymnopilus penetrans KJ146708, AY281002, AY281001, AY281000, AY280999, AF325663, AY925213, AY925212 Gymnopilus spectabilis AY281012, AY281011, AY281010, AY281009, AY281008, AF325662 Gymnopus androsaceus JN943605, DQ444316, DQ444315, DQ444313, DQ444312, DQ444311 Gymnopus aquosus JX536172, DQ449977, DQ449971, AY256691 Gymnopus confluens KM085402, KM085385, KJ817065, HQ604802, DQ450051, DQ450050, DQ450049, DQ450048, DQ450047, DQ450045, DQ450044, HM240527, AY256697, FJ596784 Gymnopus dichrous DQ450009, DQ450008, DQ450007, JF313698, JF313695, JF313694, JF313693, JF313692, JF313691, JF313690, JF313688, JF313684, JF313682, JF313681, JF313678, JF313677, JF313676, JF313673, JF313671, DQ480115, AY256702 Gymnopus dryophilus KC152108, JX536158, JX536157, JX536156, JX536155, JX536154, JX536153, JX536151, JX536150, JX536149, JX536148, JX536146, JX536145, JX536143, JX536142, JX536140, DQ480099, DQ449975, DQ449966, DQ449965, DQ449964, DQ449963, DQ449962, AY256698, AY256692, AY256690, AF505787 Gymnopus eneficola KJ416257, KJ128268, KJ128267, KJ128266, KJ128265, KJ128262 Gymnopus erythropus JX536135, JX536134, JX536133, DQ449998 Gymnopus hybridus JX536177, JX536176, JX536175, DQ449980 Gymnopus impudicus KJ416263, DQ480109, AF505779 Gymnopus luxurians KJ416240, DQ450024, DQ450023, DQ450022, DQ450021, KF803761, AY256709, AF505765 Gymnopus ocior JX536167, JX536165, JX536162, JX536161, JX536160, DQ449968, DQ449967, DQ449961, DQ449960, DQ449959, DQ449958, DQ449957, DQ449956, AF505782 Gymnopus peronatus KP454027, KM085414, KM085381, DQ450016, DQ450014, DQ450012, AY256706, AF505760 Gymnopus polyphyllus DQ480111, DQ449992, AY256695, FJ596895, FJ596894 Gymnopus spongiosus DQ480113, DQ480093, AF505785, AF505784 Gymnopus subcyathiformis DQ450042, DQ450041, DQ450040, DQ450039, DQ450038, DQ450037 Hebeloma aanenii KM390730, KM390729, KM390709, KM390708, KM390678, KM390644, KM390643, KM390626, KM390553, KM390540, KM390538, KM390537, KM390532, KM390531, KM390525 Hebeloma alpinum KM390756, KM390755, KM390695, KM390694, KM390693, KM390691, KM390690, KM390661, KM390660, KM390659, KM390658, KM390657, KM390656, KM390651, KM390650, KM390649, KM390633, KM390632, KM390571, KM390570, KF309411, KC842391, JN943859, AY308584 Hebeloma aurantioumbrinum KM390722, KM390721, KM390719, KM390718, KM390687, KM390686, KM390623, KM390564, KM390563 Hebeloma crustuliniforme KF309415, KF309413, KF309410, KF309409, KF309407, KF309399, KF309398, KF309397, KF309396, JF908032, JF908028, JN943870, JN943849, JQ888169, JN021027 Hebeloma cylindrosporum FJ769368, FJ769367, FJ769366, FJ769365, FJ769363, FJ769359, AY309963 Hebeloma eburneum KM390774, KM390773, KM390754, KM390744, KM390743, KM390740, KM390738, KM390736, KM390733, KM390611, KM390586, KM390581, KM390551, KF309412, KF309401, JF908040, JN943863, JN943850 Hebeloma geminatum KM390770, KM390731, KM390640, KM390574, KM390554, KM390547, KM390546 Hebeloma helodes KM390772, KM390745, KM390666, KM390622, KM390575, KM390568, KM390556, KM390548 Hebeloma hiemale JX178629, JF908033, GQ869533, GQ869525, GQ869524, GQ869510, GQ869509, GQ869507, GQ869506, GQ869503, GQ869497, GQ869493, GQ869492, GQ869488, GQ869487, GQ869485 Hebeloma lutense KM390775, KM390688, KM390669, KM390668, KM390631, KM390618, KM390615, KM390604, KM390603, KM390602, KM390601, KM390589, KM390557, KM390541, JN943879, JN943864, JN943855 Hebeloma mesophaeum EF644106, EF451057, AB327182 Hebeloma parvicystidiatum JQ751212, JQ751201, JQ751199 Hebeloma pusillum KM390767, KM390565, AY312982 Hebeloma radicosum LC009710, LC009709, LC009702, LC009701, LC009700, LC009699, KC477652, KC477651, KC477650, KC477649, AY278767 Hebeloma sacchariolens KC110684, JF899555, AY312985 Hebeloma salicicola KM390758, KM390707, KM390683, KM390682, KM390609, KM390608, KM390579, KM390576, KM390544, KM390543, KM390522, KM390521, KM390520, KM390519 60
Hebeloma syrjense JQ751219, JQ751218, JQ751211, JQ751206, JQ751196, JQ751195 Hebeloma theobrominum JQ751214, JQ751213, KC797157, FJ816623, FJ816621 Hebeloma vesterholtii NR_119724, JQ751209, FJ943238, FJ943237, FJ816641, FJ816640, FJ816639, FJ816638, FJ816637, FJ816636, FJ816632, FJ816628, FJ816627, FJ816626 Helicobasidium longisporum I AY292444, AY292443, AY292434, AY292432, AY292427, AY254188, AY254187 Helicobasidium longisporum II AY292453, AY292447, AY292445, AY292426 Helicobasidium purpureum I AY292455, AY292454, AY292451, AY292450, AY292449, AY292446, AY292442, AY292440, AY254189 Helicobasidium purpureum II AY292448, AY292441, AY292439, AY292438, AY292433, AY292431 Hohenbuehelia angustata GQ142027, EF409720, EF409719, EF409718 Hohenbuehelia petaloides GQ142023, EF409731, EF409730, EF409729, AF139956 Hydnellum aurantiacum JQ888170, EU622333, EU622332, EU622330, EU622328, EU622327, EU622326, AY569022 Hydnellum aurantiacum 'Form 1' KC571710, KC571708, JN135171 Hydnellum caeruleum KC152115, EU622337, EU622336, EU622335, EU622334, AY569023 Hydnellum concrescens EU293832, KC571715, KC571714, KC571713, KC152116, JN135182, EU622360, EU622359, AY569025 Hydnellum ferrugineum KC571731, JN135185, JN135175, EU622343, EU622342, EU622341, EU622340, EU622339, EU622338, AY569028 Hydnellum ferrugipes KC571728, KC571727, KC571726, KC571725, JN135176 Hydnellum peckii KC571739, KC571737, KC571735, KC571733, KC571732, EU622355, EU622354, EU622353, EU622352, EU622351, EU622347, EU622346, EU622345, EU622344, AY569030 Hydnellum piperatum KC571723, KC571722, KC571721, KC571720, JN135173 Hydnellum spongiosipes KC571745, KC571744, KC571742, KC571741, JN135184, EU784269, EU784268, AY569021 Hydnum albomagnum AB906680, AB906679, AB906678, AB906677, AB906674, DQ218305 Hydnum ovoideisporum NR_119818, KC293543, KC293542, HE611083, HE611082, HE611081, HE611080 Hydnum repandum KP191966, JX093561, KC859459, FJ845406, GU373488, AJ783968, AJ547871, AJ547888, AJ547886, AJ547883, AJ547881, AJ547879, AJ547878, AJ547877, AJ547876, AJ547874, AJ889978, AJ889949, AJ547873 Hydnum repandum var. album AB906683, AB906682, AB906681 Hydnum rufescens HE611089, HE611088, AJ783969, AJ547868, AJ547885, AJ547884, AJ547889, AJ547872, AJ547866, AJ535304, AJ535303, AJ535305, AJ535302, AJ547880 Hydnum vesterholtii NR_119819, HE611087, HE611086, HE611085, HE611084, AJ547887 Hygrocybe chlorophana JF908052, JF313748, JF313747, JF313746, JF313745, JF313742, JF313741, JF313739, JF313737, JF313736, JF313735, JF313734, JF313733, JF313732, JF313731, JF313730, JF313729, JF313728, JF313726, JF313725, JF313724, JF313723, JF313721, JF313720, EU435148 Hygrocybe conica JF908057, JN021032, JN021031, JN021030, EU784298 Hygrocybe miniata KC581326, JN021037, JN021036, JN021035, EU784328, EU784326 Hygrocybe punicea JF908053, KF291133, HM020682 Hygrophorus flavodiscus JN021044, JN021043, JN021042, GU289651, HM020691 Hygrophorus olivaceoalbus JF908073, JN021046, FJ845410, AF430252 Hygrophorus pudorinus JF908075, FJ845408, JN021049, JN021048, JN021047 Hymenopellis chiangmaiae KM985654, GU980132, GU980126, GU980125, GU980124, GU980123 Hymenopellis furfuracea GQ913369, GQ913368, GQ913367, GQ913366, GQ913364 Hymenopellis limonispora GQ913409, GQ913408, GQ913407, GQ913406, GQ913405, GQ913404, GQ913403, GQ913401 Hymenopellis radicata KF373782, GQ913392, GQ913391, GQ913390, GQ913389, GQ913388, GQ913386, GQ913384, GQ913383, GQ913380, GQ913374 Hyphoderma macaronesicum NR_119817, HE577011, HE577025, HE577024, HE577023, HE577022, HE577020, HE577019, HE577018, HE577017, HE577016, HE577015, HE577014, HE577013, HE577012, HE577010, HE577009, HE577008, HE577007, HE577006, HE577003, HE577002, HE577001 Hyphoderma nudicephalum AJ534270, AJ534269, AJ534268, AJ534267, AJ534266, AJ534265, AJ534264 Hyphoderma puberum DQ647507, DQ647506, DQ647505, DQ647504, DQ647503 Hyphoderma setigerum KJ140578, AJ534294, AJ534292, AJ534291, AJ534290, AJ534288, AJ534286, AJ534285, AJ534282, AJ534281, AJ534280, AJ534279, AJ534272, AJ534271, AJ534263, AJ534262, AJ534261, AJ534260, AJ534259, AJ534258, AJ534257, AJ534256, AJ534255, AJ534254, AJ534253, AJ534252, AJ534250, AJ534249, AJ534248 Hyphoderma subsetigerum AJ534278, AJ534277, AJ534275, AJ534274 61
Hyphodermella corrugata FN600382, FN600381, FN600380, FN600379, FN600378, FN600377, FN600376, FN600375, FN600374, FN600373, FN600372 Hyphodermella rosae FN600390, FN600389, FN600388, FN600387, FN600386, FN600385, FN600384, FN600383 Hypholoma capnoides KC176278, AY805610, AY618255, EF530927 Hypholoma fasciculare KF373785, KC686868, HQ604749, KC477654, EF530943 Inocybe acuta HQ604240, HQ604236, JN580805, JN580804 Inocybe adaequata JQ801381, FJ904177, AM882706 Inocybe amethystina KJ432285, KJ432284, KJ432283, JF908123, AM882892 Inocybe asterospora HM060326, AJ889951, AJ889950 Inocybe australiensis KJ756472, KJ756469, KJ756468 Inocybe bongardii JF908142, FN550943, AM882941, AM882943, AM882942, AM882940 Inocybe calamistrata KF007939, HQ604815, KC581350, KC581344, KC581320, GQ452060, HM240530, AM882938, AM882947 Inocybe calamistratoides JX178624, JQ801393, JQ801392 Inocybe calida HQ604372, AM882760, AM882900, AM882898 Inocybe calospora HQ586853, HQ586852, AM882759 Inocybe cervicolor JF908128, JF908090, JQ801395, JQ801394, AM882937 Inocybe chondroderma HQ604101, HQ604100, HQ604097, HQ604095, HQ604094, HQ604092, GU949586, GU949585, GU949584, GU949583, GU949579, GU949577, GU949576, GU949575, GU949574 Inocybe curvipes JF908140, JN035290, AM882813 Inocybe dulcamara HQ604787, HQ604784, HQ604782, HQ604781, HQ604778, AM882865, AM882863, AM882861, AM882859, AM882854 Inocybe erubescens JF908148, JF908114, GU373520, AM882951, AM882950 Inocybe fibrosoides JF908115, HQ586863, HQ586857, AM882827 Inocybe flocculosa JF908150, JF908124, JF908122, EF644108, AM882893, AM882891, AM882890, AM882889 Inocybe fuscidula HQ604069, AM882886, AM882894, AM882888, AM882887, AM882884, AM882883 Inocybe geophylla HQ604300, HQ604291, HQ604286, HQ604285, HQ604284, HQ604270, KF835446, JQ888171, FJ845414, JF899559, EU525981, EU525951, GU373519, AM882877, AM882876, AM882874, AM882869 Inocybe giacomi JF908103, JN580872, JN580871, JN580870, AM882742 Inocybe grammata KP454033, HQ604547, HQ604452, HQ604451, HQ604450, HQ604449, HQ604447, HQ604203, KC581308, HQ201361, HQ650750, AM882841 Inocybe griseolilacina JF908164, JF908131, EU523587, EU523586, KJ146715, HQ604349, HQ604132, HQ604131, HQ604129, HQ604126, HQ604121, HQ604116, HQ604115, HQ604114, HQ604111, HQ604110, JN580886 Inocybe lacera KP171144, HQ604424, HQ604407, HQ604089, GQ267473, AM882823, AM882822, AM882820, AM882819, AM882818, AM882817, AM882816, AB327181 Inocybe lanuginosa HQ604305, HQ604224, HQ604221, FJ845415, HQ232480, AM882845, AM882824 Inocybe leiocephala KJ399909, KJ399908, KJ399906, KJ399905, KJ399904, KJ399902, KJ399901, KJ399900, KJ399899, KJ399898, KJ399897, KJ399896, KJ399895, KJ399894, KJ399893, KJ399892, KJ399891, KJ399890, KJ399889, KJ399888, KJ399887, KJ399886, KJ399885, KJ399884, JF908139, HQ604190, HQ604155 Inocybe leptospermi KP308762, KP308761, KP308760, KP308759, KP308758, KP308757, KP308756, KP308755, KP308754, KP308753 Inocybe leucoloma GU980623, GU980621, GU980620, GU980619, GU980618, GU980615, GU980614 Inocybe lilacina KP454032, KF680277, HQ604297, HQ604296, HQ604293, HQ604292, HQ201357, AM882873 Inocybe luteobulbosa KP308770, KP308769, KP308767 Inocybe maculata KF680276, EU525974, EU525973, FJ904172, AM882964, AM882963, AM882962, AM882959, AM882958, AM882957, AJ534933 Inocybe melanopus AM882727, AM882725, AM882726 Inocybe mimica KJ700456, KJ546158, KF056319, FJ904124 Inocybe mixtilis JF908141, JF908151, JF908121, JF908089, HQ604594, HQ604587, HQ604490, HQ604488, KC152132, EU525969, EU525968, EU525952, AM882836, AM882840, AM882839, AM882838, AM882835 Inocybe napipes KP308783, AM882927, AM882926, AM882925, AM882924, AJ889955 Inocybe nitidiuscula JF908088, HQ604600, HQ604472, HQ604458, HQ604457, HQ604405, HQ604386, HQ604385, HQ604359, HQ604355, HQ604351, HQ604345, HQ604325, HQ604260, HQ604249, HQ604232, HQ604206, HQ604191, HQ604176, HQ604170, HQ604151, HQ604142, HQ604138, HQ604090, HQ604088, HQ604086, HQ604085, HQ604081, 62
HQ604077, HQ604076, HQ604074, AB594843, AM882911, AJ534934 Inocybe petiginosa HQ604375, AM882708, AM882709, AM882707, AM113952 Inocybe posterula JF908152, HQ604336, HQ604298, HQ604105, AM882868 Inocybe praetervisa KP308812, HQ604599, HQ604596, HQ604397, HQ586860, FN550892, AM882720 Inocybe proximella JN580850, JN580849, JN580848, JN580846, JN580845, JN580843, JN580842, JN580841, JN580840 Inocybe pudica HQ604283, HQ604282, HQ604280, HQ604278, HQ604275, HQ604274, HQ604273, EU525975, EU525970, AY228341, AM882872, AM882871 Inocybe quietiodor FJ904174, FJ936168, AM882960, AM882961 Inocybe rimosa JF908118, JF908111, EU523562, HQ604207, FJ904147, FJ904146, FJ904144, AM882762, EU123476, EU123475, EU123474, AM882768, AM882766, AM882764, AM882763, AM882761, AM882777, AJ889957 Inocybe rufuloides JN035292, JN035291, FN550921, DQ067579 Inocybe serrata KP636828, KP636826, KP636825, KP636824, KP636823, KP636821, KP636819, KP636818, KP636817, KP636816, KP636815, KP636814, KP636813, KP636812, KP636811, KP636808, KP636807, KP636803 Inocybe sindonia KP636833, KJ146716, HQ604496, HQ604493, HQ604384, HQ604261, JQ888173, GQ267474, AM882896, AM882895 Inocybe sororia HQ604625, HQ604619, HQ604616, HQ604615, HQ604614, HQ604613, HQ604610, HQ604608, HQ604607, HQ604603, JQ408780, JQ408779, EU525990, EU525986, EU525947, EU525944, EU525943, FJ904151, FJ904150, DQ917657 Inocybe splendens KJ399959, JF908119, FN550911, DQ067580 Inocybe spuria FJ904139, FJ904138, AM882784 Inocybe squamata JF908162, FJ904136, FJ904132, AM882783, AM882780, AM882778 Inocybe subbrunnea KJ399944, KJ399943, KJ399942, KJ399941, KJ399940, KJ399939, KJ399938, KJ399937, KJ399936, KJ399935 Inocybe terrigena JF908091, HQ604783, HQ604779, AM882864 Inocybe umbratica HQ604477, GQ994981, AM882799 Inocybe xanthomelas JF908163, JF908127, HQ604595, HQ604583, HQ604582, HQ604535, HQ586856, FN550895 Laccaria amethysteo-occidentalis JF899560, HQ650762, FJ627031, DQ149848 Laccaria amethystina KM067884, KM067855, GQ166874, JN942808, JN942807, JN942802, JN942783, HM189776, HM189774, HM189773, EU819476, EF530940, AM113955, AM113954 Laccaria bicolor KM067892, KM067868, KM067858, KM067846, KM067840, KM067839, KM067831, KM067823, KM067817, KM067816, KM067813, KM067812, KM067811, KM067810, KM067809, KJ146719, FJ845417, JN942812, JN942806, JN942805, JN942778, HM240531, DQ149869, DQ149850, GQ166896 Laccaria laccata KM067893, KM067891, KM067890, KM067889, KM067888, KM067885, KM067883, KM067836, KM067835, KM067834, KF007941, KC152140, KC152138, JN021050, JF899561, HQ650753, EF644110, EU819477 Laccaria proxima KM067857, KM067833, KM085377, KF007944, GQ994982, DQ149852, DQ499639 Laccaria pumila KM067861, KM067844, DQ149873, DQ149864 Laccaria trichodermophora KM067879, KM067873, KM067872, KM067871, KM067869, KM067867, KM067866, KM067865, KM067864, KM067863, KC152152, KC152151, KC152150, KC152149, KC152148, KC152146, KC152145, KC152144, DQ149868, DQ149855 Laccaria vinaceoavellanea JN942785, JN942784, JN942811, JN942803, AB459516, AB453023 Lactarius acerrimus JF908318, EF493285, AJ889958, AJ278139 Lactarius acris KF432962, JF908306, JQ446085, JQ446084, JQ446083, JQ446081 Lactarius alpinus HQ714789, HQ714788, HQ714784, HQ714752, HQ714687, HQ714685, HQ714681, JF908272 Lactarius aurantiacus KR025580, JF908299, AJ555565 Lactarius azonites KF241540, JQ446142, JQ446107, JQ446099, JQ446098, JQ446097, JQ446096, JQ446093, JQ446092, JQ446088 Lactarius badiosanguineus KR025578, JF908284, AY606943 Lactarius brunneohepaticus HQ714773, HQ714771, HQ714726, HQ714723, HQ714702, HQ714695, HQ714693, HQ714688 Lactarius camphoratus KR025610, KF432971, AY606945, AJ889960 Lactarius chrysorrheus KJ742397, JF908324, KF359597, KF007945, AM930241, AM930233 Lactarius corrugis JN388977, JN388976, JQ358923, JQ358918, JQ358917, JQ358916, EU598154 Lactarius cyathuliformis HQ714785, HQ714760, HQ714738, HQ714729, HQ714717, HQ714694, HQ714682, KF133266 Lactarius deceptivus KF937340, KF937339, KF937338, KF937337, EU598200 63
Lactarius deliciosus KJ769672, KF937341, KF133272, JQ888182, JQ888181, EU423923, EU423922, EU423920, EU423916, EU423914, EU423913, EF685053, DQ116897, DQ116896, DQ116890, DQ116889, GU373514, AY332557 Lactarius deliciosus var. deterrimus KC859461, AF140267, AF140266, EF685095, EF685060, EF685056, EF685051, EF685050 Lactarius fuliginosus JF908286, JF908278, JQ446131, JQ446128, JQ446111, AY606947 Lactarius fulvissimus KR025577, KR025576, KF432970, EF493297 Lactarius gerardii KF937343, KF937342, GQ166905 Lactarius hatsudake KF432967, EF141545, EF685098, EF685076, EF685062 Lactarius hepaticus KR025574, KR025573, KF432980, JF908313, KC581339 Lactarius lignyotus JF908301, JQ446126, JQ446117, JQ446115, JQ446114, JQ446113, JQ446112, GQ496622, AY606949 Lactarius lilacinus HQ714748, HQ714713, KF133275 Lactarius mairei JF908298, AY336952, AY336950 Lactarius necator KM085369, KF133276, HM189794, AY606950 Lactarius obscuratus KR025579, KF432978, HQ714739, HQ714737, HQ714718, HQ714714 Lactarius omphaliiformis HQ714728, HQ714719, HQ714683 Lactarius pallidus JF908268, EF493304, AY606951 Lactarius picinus JF908282, JQ446133, JQ446129, JQ446127, GU258279 Lactarius piperatus JF908270, KF220122, KF220119, KF220092, KF220091, KF220089, KF220088, KF220085, KF220084, KF220080, KF220042, AB458893 Lactarius pterosporus KR025628, KF432963, JF908285, JQ446153, JQ446152, JQ446151, JQ446140, JQ446139, JQ446138, JQ446136, JQ446135, JQ446105, AY331013, AJ889962 Lactarius quieticolor KJ769676, KJ769675, JQ888185, EF493287, EF685092, AF140269 Lactarius quietus KR025624, KR025623, KF432972, JF908289, KM085389, KF133264, KM052571, EF493299, EF493298 Lactarius rubrilacteus KF386759, EU526010, FJ627032, EF685085, EF685084, EF685083 Lactarius rufus KM409432, HQ604828, KF241543, HM189796, HM189795, GQ267478, EF685089, DQ116912, GU373515, AM109897 Lactarius ruginosus JQ446150, JQ446146, JQ446145, JQ446144, JQ446141, JQ446137, JQ446106, JQ446091, AY606954 Lactarius salmonicolor JF908283, EF493309, AF140265, AF140264 Lactarius sanguifluus KJ769678, JF908296, DQ116909, DQ116908, DQ116907, DQ116905, AY332548, AY332547, AY332546, AY332545, AY332544 Lactarius scrobiculatus JF908281, KF727564, EU526007, EF530942, AF140263, AF140262 Lactarius semisanguifluus EF685093, DQ116911, DQ116910, AY332556, AY332555, AY332554, AY332553, AF140268 Lactarius subdulcis KR025572, KR025571, KM576505, KF133279, HM189807, HM189806, HM189804, HM189803, HM189801, HM189800, HM189798, HM189797, AY331016, AJ889965, AJ889964, AJ889963 Lactarius tabidus KR025582, KR025581, KF432979, KM085424, HM189833, HM189831, HM189828, HM189827, HM189825, HM189824, HM189823, HM189822, HM189820, HM189819, HM189818, HM189817, HM189816, HM189815, HM189814, HM189812, HM189810, HM189809, HM189808, EF493293, AY606956, AJ889967 Lactarius tesquorum JF908309, EU423924, DQ116913, AY336955 Lactarius torminosus KR025613, JF908288, JF899564, GU373496 Lactarius trivialis KJ742414, KJ742413, JF908290, JF908274, EF493308, GU373491, AJ534935 Lactarius uvidus KJ742416, KJ742415, KJ742388, KF241546, AY606957, AJ534936 Lactarius vinosus KJ769681, JF908302, AY953420, AY332552, AY332551, AY332549 Lactarius volemus JF908271, KM052572, JN388960, JN388959, JQ358945, JQ358934, JQ358926, JQ358925, JQ358924, GU258302, GU258300, HQ318278, HQ318275, HQ318272, HQ318271, HQ318269, HQ318262, HQ318260, HQ318259, HQ318255, HQ318254, HQ318253, HQ318250, HQ318249, HQ318247, HQ318245, HQ318241, HQ318240, HQ318238, HQ318233, HQ318231, HQ318228, HQ318222, HQ318220, HQ318218, HQ318217, HQ318216, HQ318214, HQ318213, HQ318212, AY606959, AB458891 Lactifluus glaucescens KF220117, KF220114, KF220094, KF220075, KF220072, KF220071, KF220070, KF220067, KF220065, KF220064, KF220062, KF220043, KF220041, KF220040, KF220036, KF220034, KF220031, KF220030, KF220028, KF220024, HQ318280, GQ166898 Lactifluus leucophaeus KF220059, KF220058, GU258299 Lentinellus castoreus AY513193, AY513192, AY513191, AY513190, AY513189, AY513188, AY513185, AY513184, AY513183, AY513182, AY513181, AY513180, AY513178, AY513177, AY513176, AY513174, AY513173, AY299368, AY299367 Lentinellus cystidiosus NR_119502, AY513144, AY513143, AY513142, AY513141, AY513140 64
Lentinellus flabelliformis AY513167, AY513166, AY513165, AY513164, AY513163, AY513162, GQ142016, GQ142015, GQ142014, GQ142013, GQ142012, GQ142011, AY299370 Lentinellus micheneri AY513161, AY513158, AY513156, AY513155, AY513154, AY513153, AY513152, AY299371 Lentinellus subaustralis NR_119504, AY513172, AY513171, AY513170, AY513168 Lentinellus ursinus AY513223, AY513222, AY513221, AY513220, AY513218, AY513216, AY513215, AY513214, AY513213, AY513212, AY513211, AY513210, AY513208, AY513207, AY513206, AY513205, AY513204, AY513203, AY513202, GQ142018, GQ142017 Lentinellus vulpinus AY513230, AY513229, AY513228 Lentinus badius KP283481, KP283480, KP283479, KP283478 Lentinus crinitus GU207298, GU207296, GU207291, GU207289, GU207288, GU207287, GU207285, GU207284, GU207282, GU207281, GU207279, KP283495, JQ955723 Lentinus polychrous KP283487, KP283486, KP283485 Lentinus sajor-caju GU207309, GU207308, KP283494, KP283493, KP283492, KM985672 Lentinus squarrosulus KP283484, KP283483, KP283482 Lentinus tigrinus GU207267, GU207266, GU207261, GU207260, GU207259, GU207252, KP283488, KC797150, AF516521, AF516520, AF516519 Lentinus tuber-regium KP734199, KM405793, AY450344, EF514250 Lepiota brunneoincarnata EU416302, AY176355, AF482875 Lepiota castanea JN021056, AY176463, EU416282, AF391026 Lepiota castaneidisca AY176464, GQ203818, GQ203816, GQ203808, AF391065, AF391064, AF391063, AF391062, AF391061, AF391060, AF391059, AF391058, AF391057, AF391056, AF391055, AF391054 Lepiota clypeolaria KJ802122, KJ906506, KF551250, EU416284, JN944094, JN944093, AY176361, AF390999, AF390998 Lepiota coloratipes KC900377, KC900376, KC819622, KC819621 Lepiota cristata KJ873871, GQ203815, GQ203814, GQ203806, JN944092, JN944091, AF391051, AF391050, AF391049, AF391048, AF391047, AF391046, AF391045, AF391044, AF391043, AF391042, AF391041, AF391040, AF391027, AJ237628 Lepiota flammeotincta GU136171, GU136170, GU136169, GU136168, GU136167, GU136166, GU136165, GU136163, AY243647 Lepiota fuliginescens GU136189, GU136188, GU136187, GU136186, GU136185 Lepiota lilacea GQ203822, GQ203821, GQ203820, AY176379, AF391033 Lepiota magnispora EU416288, JN944089, JN944088, AF391023, AF391022, AF391021, AF391020, AF391019, AF391018, AF391017, AF391016, AF391015, AF391014, AF391013, AF391012, AF391011, AF391010, AF391009, AF391008, AF391007, AF391006, AF391005 Lepiota neophana GQ375547, GQ203813, GQ203812, GQ203811 Lepiota roseolivida AY243646, EF121816, AY176394 Lepista irina KJ396084, KJ194172, HM237136, DQ221109 Lepista sordida KP293583, JN649350, JF420892 Leucoagaricus adelphicus GU136190, GQ258478, AY243625, AY243624, AY243621 Leucoagaricus barssii GQ329062, GQ329044, DQ911600, AF295931 Leucoagaricus croceovelutinus AF482862, EU166352, EU166351, EU166350, EU166349, GQ329061, GQ329046 Leucoagaricus cupresseus GU136196, GU136195, GU136193, GU136191, GU139787, GQ258477, AY243632, AY243630, AY243629, AY243628, AY243627 Leucoagaricus erythrophaeus GU136178, GU136177, GQ258472, GQ258471, GQ258470, GQ258469, GQ258468 Leucoagaricus flammeotinctoides GU136176, GU136175, GU136174, GU136173, GU136172, GQ258476, GQ258475, AY243620 Leucoagaricus infuscatus EU141945, EU141944, EU141943 Leucoagaricus leucothites KF316477, JN944084, JN944083, AF482865, GQ329050, GQ329048, GQ329039, GQ329038 Leucoagaricus nympharum EU416310, JN944087, JN944086, JN944085, AF482868 Leucoagaricus ophthalmus AY176384, EU141956, EU141955, EU141954, EU141953, EU141952, EU141951 Leucoagaricus tangerinus KF981791, KF981790, KF501437, KF501436 Leucopaxillus amarus KJ417280, KJ417279, KJ417278 Leucopaxillus cerealis KJ417283, KJ417282, KJ417281, JQ639148 Leucopaxillus giganteus KP453711, KP453698, JQ639151 Lycoperdon perlatum KP340200, KP340199, KP340198, KP340197, KP340196, KP340195, KP340194, KP340193, KP340192, KP340191, KP340190, KP340189, KM085426, KM085364, 65
KF551249, KF551247, AJ237627 Lycoperdon pyriforme KP454030, KP454020, AJ237620, AJ237619, AJ237618, AJ237617, AJ237616, AJ237615, AJ237614 Lyomyces erastii JX857801, JX857800, JX857799, JX857798, JX857797, JX857796 Lyomyces sambuci JX857738, JX857737, JX857736, JX857735, JX857734, JX857733, JX857732, JX857731, JX857730, JX857728, JX857727, JX857724, JX857723, JX857722, JX857721, JX857720, JX857719, JX857718, JX857717, JX857716, JX857715, JX857714, JX857713, JX857712, JX857711, JX857710, JX857709, JX857708, JX857705, JX857704, JX857703, JX857702, JX857701, JX857700 Lyophyllum connatum KP192563, JF908332, KJ146722, KJ146721, KC581297 Lyophyllum decastes KP192601, JF908330, HM572547, HM572546, HM572545, HM572544, HM572543 Lyophyllum shimeji HM572536, HM572534, HM572532, HM572531, HM572530, HM572529, HM572527, HM572526 Macrolepiota dolichaula KJ643334, KJ524564, KJ524563, KJ524562, KJ524561, JN180325, JQ928939, AF482839 Macrolepiota excoriata KJ643333, KJ013326, AY243607, HM246504, AF482840 Macrolepiota fuliginosa AY243598, AY243597, HM246502, HM246501, AF482841 Macrolepiota konradii AY243603, AY243602, AY243601 Macrolepiota mastoidea AY243604, HQ412659, AF482844 Macrolepiota procera AY243590, AY243589, AY243588, HQ412658, HQ412657, AF482848 Megacollybia clitocyboidea KF576322, KF576321, KF576320, EU623680, EU623679, EU623678, EU623677, EU623676, EU623675, EU623673, EU623672, EU623671, EU623670, EU623669, EU623668, EU623667, EU623666, EU623665, EU623661, EU623659, EU623658, EU623657, EU623656, EU623655, EU623654, EU623653, EU623652, EU623651, EU623650, EU623649, EU623648, EU623647, EU623646, EU623645, EU623644, EU623643 Megacollybia fallax EU623724, EU623723, EU623722, EU623721, EU623720, EU623719, EU623718, EU623717, EU623716, EU623715, EU623714 Megacollybia marginata KF576325, KF576324, KF576323, NR_119691, EU623689, EU623688, EU623687, EU623686, EU623685, EU623684, EU623683, EU623682, EU623681 Megacollybia platyphylla JF908499, AY805612, EU623713, EU623711, EU623710, EU623709, EU623707, EU623706, EU623705, EU623704, EU623703, EU623702, EU623701, EU623699, EU623698, EU623697, EU623696, EU623695, EU623694, EU623692, AF498289 Megacollybia rodmanii NR_119695, EU623791, EU623788, EU623785, EU623784, EU623783, EU623782, EU623781, EU623779, EU623778, EU623777, EU623776, EU623775, EU623774, EU623773, EU623772, EU623771, EU623769, EU623768, EU623767, EU623766, EU623765, EU623764, EU623762, EU623761, EU623760, EU623759, EU623758, EU623757, EU623756, EU623755, EU623754, EU623747, GQ397989 Megacollybia subfurfuracea NR_119693, EU623751, EU623750, EU623749, EU623746, EU623745 Melampsora abietis-canadensis JN881733, GQ479831, GQ479828, GQ479826 Melampsora allii-populina JN881728, GQ479290, GQ479289, GQ479288, GQ479287, GQ479286, GQ479284, GQ479283, GQ479282, GQ479280, GQ479279, GQ479278, GQ479277 Melampsora epitea GQ479259, GQ479257, GQ479256, GQ479255, GQ479254, AY471648 Melampsora larici-populina GQ479300, GQ479299, GQ479298, GQ479296, GQ479294, GQ479293, GQ479292, GQ479291, GQ479844, GQ479843, GQ479842, GQ479837, GQ479836 Melampsora occidentalis JN881742, JN881741, JN881740, GQ479351, GQ479347, GQ479346, GQ479345, GQ479343, GQ479341, GQ479340, GQ479339, GQ479338, GQ479336, GQ479335, GQ479889, GQ479887 Melanoleuca alboflavida JX429135, JX429123, JX429115, HM622268 Melanoleuca arcuata JN616422, JX429132, JX429187, JX429186 Melanoleuca brevipes JF908352, JX429138, JX429188 Melanoleuca cognata JF908360, JF908353, JF908344, JN616425, JX429225, JX429190, JX429189 Melanoleuca communis JX429148, JX429147, JX429146, JX429145, JX429133, JX429111, JX429110, JX429109, JX429228, JX429227, JX429209, JX429207, JX429206, JX429205, JX429204, JX429203, JX429201 Melanoleuca exscissa JN616436, JN616435, JN616434, JN616433, JN616432, JN616431, JX429121, JX429192, JX429191, JN052141 Melanoleuca grammopodia JF908351, JN616441, JN616440, JN616439, JX429194, JX429193 Melanoleuca herrerae JX429224, JX429223, JX429199, JX429198 Microbotryum dianthorum AY588080, AY588078, AY588077, JN942223, JN942222, DQ366845, DQ366844 Microbotryum heliospermae AY877411, HQ832086, HQ832084, HQ832082 Microbotryum lagerheimii AY588100, HQ832090, HQ832089 Microbotryum lychnidis-dioicae AY588114, AY588098, AY588097, AY588096, AY877410, AY877405, JN942249, JN942221, JN942220, JN942219, JN942218, DQ366847, DQ640066, DQ640064 66
Microbotryum saponariae AY588092, AY588091, AY588090, AY588089, AY588088, AY588087, AY877420, AY877412, AY877407, AY877406, JN942252, JN942228, JN942227, JN942225 Microbotryum silenes-acaulis JN223408, JN223407, JN223406, DQ366855, DQ366854, DQ366851, DQ366850, DQ366849, DQ366846 Microbotryum silenes-dioicae AY588094, AY588093, AY877416, AY877409, JN942216 Microbotryum silenes-inflatae AY588106, AY588105, JN223405, JN223404, JN942255 Microbotryum silenes-saxifragae NR_119964, JN000074, JN000073, JN000072, JN000071, AY588101, AY588102 Microbotryum stellariae AY588109, AY588108, AY588107, AY588085, AY877414, JN942211 Mucidula mucida JF908510, AB499080, AB499081, AB499082, AB499083, AB499084 Mucidula mucida var. asiatica JX870651, GQ844242, GQ844240, GQ844239, GQ844238 Mycena diosma JF908417, FN394619, FN394618, FN394617 Mycena epipterygia JF908468, JF908460, JF908459, JF908458, HQ604772, AY805613 Mycena galopus JF908484, AY805614, HM240534 Mycena pearsoniana JN182201, JN182199, FN394616, FN394615, FN394614, FN394613, FN394612 Mycena pelianthina JF908380, JF908379, FN394549, FN394548, FN394547 Mycena pura JF908472, JF908451, JF908450, JF908449, JF908418, JF908403, KF007948, KC581347, FN394611, FN394610, FN394609, FN394608, FN394607, FN394606, FN394605, FN394604, FN394602, FN394601, FN394598, FN394597, FN394596, FN394594, FN394593, FN394592, FN394591, FN394588, FN394586, FN394585, FN394584, FN394581, FN394580, FN394575, FN394574, FN394568, FN394567, FN394565, FN394564, HM240535, EU517505, EU517504 Mycena pura f. violacea FN394600, FN394578, FN394563, FN394562, FN394561 Mycena rosella JF908488, JF908487, JF908474, JF908473, JF908471, FN394556, FN394555, FN394554, FN394553, FN394551, FN394550 Mycena rubromarginata KP454036, KP454009, JF908430, FN394624, HM240537, HM240536, EF530939 Neofavolus alveolaris AB735970, AB735969, AB735968, AB735967 Neofavolus mikawai AB735964, AB735963, AB735962, AB735961, AB735960, AB735959 Octaviania decimae NR_119977, JQ619166, JN257993, JN257992, JN257991 Octaviania mortae JQ619167, JN257996, JN257995, JN257994 Oligoporus balsameus KF699118, KC585358, KC595934 Oligoporus lacteus KF699121, KJ140592, KC595939 Parasola leiocephala KM403384, FM163194, FM163193, FM163192 Parasola lilatincta KP886464, KP886463, KP886462, FM163195, FM163198, FM163202, FM163200, FM163199, FM163196 Parasola megasperma FM163208, FM163207, FM163206 Paxillus ammoniavirescens KF261418, KF261417, KF261416, KF261415, KF261414, KF261400, KF261385, JN673717, JN661719, JN661718, JN661717, JN661716, JN661715, JN661711 Paxillus cuprinus KF261422, KF261419, KF261392, KF261391, KF261390, KF261384, KF261370, KF261360, KF261357, KF261356 Paxillus involutus KM409449, KM409443, HQ604826, KF261406, KF261405, KF261403, KF261402, KF261401, KF261394, KF261359, KF261358, JN673723, JN673722, JN673720, JN673718, JF899567, EU819416 Peniophorella pertenuis DQ647492, DQ647491, DQ647490, DQ647489, DQ647488, DQ647487, DQ647486, DQ647485, DQ647484, DQ647483, DQ647482, DQ647481, DQ647480, DQ647479, DQ647478, DQ647477, NR_119599 Peniophorella praetermissa DQ647476, DQ647475, DQ647474, DQ647473, DQ647472, DQ647471, DQ647470, DQ647469, DQ647468, DQ647467, DQ647466, DQ647465, DQ647464, DQ647463, DQ647462, DQ647461, DQ647460, DQ647459, DQ647458, DQ647457, DQ647456, DQ647455, DQ647454, DQ647453, DQ647452, DQ647451, DQ647450, DQ647449, DQ647448, DQ647447, DQ647446, DQ647445, DQ647444, DQ647443, DQ647442, DQ647441, DQ647440, DQ647439, NR_119598, HQ392620, HQ392619 Phaeocollybia ammiratii KJ450919, KJ450914, KJ450913, KJ146723, KC581307 Phaeocollybia piceae KJ450918, KF219586, KF219585, KF219584, KF219583, EU669236, EU846267, EU697249, EU697248 Phaeocollybia pseudofestiva KF219591, KF219590, KF219589, KF219588, KF219587, EU852801, EU846297 Phanerochaete laevis KP135161, KP135160, KP135158, KJ140760, KJ140739, KJ140717, KJ140655, KJ140622 Phanerochaete magnoliae KP135088, KP135087, KP135085, AY805617 Phanerochaete sordida KJ140726, AY805629, AY805618, AY219377 Phellinus alni JQ828873, JQ828872, JQ828871, JQ828870, JQ828869, GQ383775, GQ383774, GQ383773, GQ383772, GQ383771, GQ383770, GQ383769, GQ383768, GQ383767, GQ383766, GQ383765, GQ383764, GQ383763, GQ383762, GQ383761, GQ383760, GQ383759, GQ383758, GQ383757, GQ383756, GQ383755, GQ383754, GQ383753, 67
GQ383752, GQ383751, GQ383750, GQ383749, GQ383748, GQ383747, GQ383746, GQ383745, GQ383744, GQ383743, GQ383742, GQ383732, GQ383731, GQ383730 Phellinus igniarius JQ828879, JQ828878, JQ828877, GQ383718, GQ383715, GQ383710 Phellinus nigricans JQ828895, JQ828894, GQ383726, GQ383725, GQ383724, GQ383723, GQ383722, GQ383721, GQ383720 Phellodon alboniger KC571751, KC571750, KC571749, JN135206 Phellodon confluens KC571756, JN135198, EU622362 Phellodon ellisianus KC571759, KC571758, KC571757, JN135204 Phellodon fibulatus KC571762, KC571761, JN135205 Phellodon melaleucus KC571763, JN135197, EU622369, EU622368, EU622367, EU622366, EU622365, EU622364, EU622363 Phellodon niger KC571766, KC571765, KC571764, JN135202, JQ888188, EU622371, EU622370, AJ783971 Phellodon tomentosus KC571767, JN135203, FJ845424, EU622382, EU622381, EU622380, EU622379, EU622378, EU622377, EU622376, EU622375, EU622374 Piloderma byssinum KF359605, EU819418, DQ469280 Piloderma fallax JQ888190, DQ371933, DQ371932, EF493276 Pisolithus arhizus FM213365, GU187538, EF493273 Pisolithus tinctorius HE578142, KF802173, DQ679804 Pleurotus abieticola KP771697, KP771696, KP771695, AY450348, AF345656, U59326 Pleurotus agaves GU722264, GU722263, GU722262 Pleurotus djamor KJ754116, KJ754115, KJ754114, KJ754112, KJ754109, KJ754108, KJ754107, KJ754106, KF280329, KF280328, KF280327, KF280326, KF280324, GU722277, GU722276, GU722275, GU722274, GU722272, GU722270, GU722269, GU722268, GU722267, GU722266 Pleurotus eryngii JF908624, EU233975, EU233974, EU233950, EU233949, AY450347, EF514246 Pleurotus giganteus JN255250, KP012953, KP012913, KM985664 Pleurotus ostreatus KP867914, KP867913, JF908619, KC686866, KC686865, GU722281, GU722280, AY450345, EF514248, EF514242 Pleurotus pulmonarius KP867918, KP867917, KP867916, KM985673, JF908604, JF908602, KF280340, JN942347, JN942346, JN942345, JN942344, JN942343, GU722287, GU722286, GU722285, GU722284, GU722283, GQ142020, AY450349, EF514243, AY696299, AY696298 Pluteus albostipitatus HM562130, JQ801375, JQ801373, JQ065033, JQ065032 Pluteus atromarginatus JX857451, JF908615, JF908601, HM562083, HM562061, HM562040, KF306035, JX857465, JX857464, FJ774075 Pluteus aurantiorugosus KM983697, JF908613, JF908608, HM562121, HM562081, HM562074, HM562072, HM562041, FJ774077 Pluteus brunneidiscus JX857445, HM562217, HM562068, HM562042 Pluteus cervinus JF908623, JF908614, KJ009646, KJ009645, KJ009637, HM562200, HM562171, HM562169, HM562166, HM562165, HM562155, HM562152, HM562136, HM562135, HM562134, HM562104, HM562043, HM562035, JN603200, NR_119875, HQ604793, KF306026, KF306023, KF306022, KF306021, KF306020, KF306015, KF306014, KF306013, KF306011, KF306010, KF306008, KF306006, KF306005, JX857462, JX857458, JN021078, JN021077, JN021076, JN021074, JN021073, JN021072 Pluteus cinereofuscus JF908616, HM562124, HM562108 Pluteus ephebeus JF908621, JF908620, HM562044, FJ774074 Pluteus exilis JX857461, JX857459, JX857457, JX857450, JX857449, JX857446, JX857444, KF306018, KF306017 Pluteus fenzlii HM562111, HM562091, FJ774082 Pluteus glaucotinctus HM562147, HM562132, HM562131, JQ801374, JQ065024, JQ065023 Pluteus granulatus KR022008, JF908628, HM562048, FJ774086 Pluteus hongoi HM562178, HM562168, HM562151, HM562128, HM562103, HM562102, HM562101, HM562100, HM562098, HM562085 Pluteus leoninus JF908606, HM562215, HM562077, HM562071, HM562045, KF306031, KC147682, KC147680 Pluteus longistriatus KM052568, HM562172, HM562158, HM562082 Pluteus nanus JF908633, JF908611, KF306030, KC147678, KC147673, FJ774081 Pluteus orestes JX857470, JX857469, JX857467, JX857466, JX857456, JX857455 Pluteus pellitus JX857452, JF908618, HM562047, HM562037, HM562036, FJ774078 Pluteus petasatus JX857471, JX857460, JX857453, JF908631, KJ009701, HM562179, HM562109, HM562084, HM562073, HM562070, HM562065, KF306019 Pluteus plautus KC581304, KF306033, KF306032, KF306028, KF306016, FJ774076 Pluteus podospileus KM983687, KM983686, HM562122, HM562049, FJ774085 68
Pluteus pouzarianus JF908632, KJ009670, KJ009666, KJ009664, HM562170, HM562154, HM562096, HM562050, KC581299 Pluteus primus JX857454, JX857447, HM562167 Pluteus romellii KM983699, KM983698, HM562183, HM562123, HM562078, HM562062, HM562054, KF306034, KC147675, FJ774073 Pluteus roseipes KF306003, KC147681, KC147679 Pluteus salicinus JF908625, HM562174, HM562051, JN603199, KF306024, FJ774087 Pluteus thomsonii JF908607, HM562197, HM562067, HM562066, HM562053, KF306027 Polyporus arcularius KP757741, KP715548, KP283489, KM985677 Polyporus brumalis KP283491, KP283490, JX082346, AY618250, AB478886, AB478885 Polyporus pseudobetulinus AB587645, AB587644, AB587629, AF516571 Polyporus squamosus KM411467, AF516591, AF516590, AF516589, AF516588, AF516587, AF516586, AF516572 Polyporus tricholoma KP757740, JQ247978, AF516542, AF516541 Polyporus tuberaster KM085412, AF516599, AF516594, AF516593, AF516592 Polyporus varius AF516578, AF516577, AF516576, AF516575 Porodaedalea cedrina NR_119721, JQ772467, JQ772466, FJ775550 Porodaedalea pini KM011976, FJ775558, FJ775556, FJ775555, FJ775554 Postia caesia KF699119, KC585375, HQ604800, KJ140724, KJ140576, KC595935, AY599572, AY599568, AY599567 Postia guttulata KF727433, KF727432, KC585360, KC585359 Postia placenta KF699129, JX109846, KC585391, KC585390, KC585389, KC595951, KC595950, JN592502 Postia sericeomollis KF727434, KC585367, KC585366, KC585363 Postia stiptica KF727431, JX082383, JX082382, JX082381, JX082380, JX082379 Postia subcaesia KJ140740, KJ140729, KJ140713, KJ140707, KJ140668, KJ140604, HQ533007, AY599570, AY599569 Psathyrella candolleana KJ917666, DQ093650, KF281384, AB306312 Psathyrella spadicea JF908635, JN021090, AB594840 Psilocybe cyanescens NR_111478, KC669286, KC669285, GU565176, GU565175 Psilocybe semilanceata KM975415, AJ519801, AJ519800, AJ519799, AJ519798, AJ519797 Puccinia graminis HQ012435, HQ012434, HQ012433, AY874155, AY874153, AY874151, AY874149, AY874148, AY874147, AY874146, AY874145, AY874144, AY874143, AY874142, AY874141, AY874140, AY874139, AY874138, AY874137, AY874136, AY874135, AY874134, AY874133 Puccinia haemodori KF690676, KF690675, KF690674 Puccinia komarovii KC430855, KC430854, KC430853, KC430852, KC430851, KC430850, KC430849, KC430848, KC430847, KC430846, KC430845, KC430844, KC430843, KC430842, KC430841, KC430840, KC430839, KC430838, KC430837, KC430820, KC430819, KC430818, KC430817, KC430816, KC430815, KC430814, KC430813, KC430812, KC430811, KC430810, KC430809, KC430808, KC430807, KC430806, KC430805, KC430804, KC430803, KC430802, KC430801, KC430800, KC430799, KC430798, KC430797, KC430796, KC430795, KC430794, KC430793, KC430792, KC430791, KC430790, KC430789, KC430788, KC430787, KC430786, KC430785, KC430784, KC430783, KC430782, KC430781, KC430780, KC430779, KC430778, KC430777, KC430776, KC430775, KC430774, KC430773, KC430772, KC430771, KC430770, KC430769, KC430768, KC430767, KC430766, KC430765, KC430764, KC430763, KC430762, KC430761, KC430760, KC430759, KC430758, KC430757, KC430756, KC430755, KC430754, KC430753, KC430752, KC430751, KC430750, KC430749, KC430748, KC430747, KC430746, KC430745, KC430744, KC430743, KC430742, KC430741 Puccinia kuehnii GQ283009, GQ283008, GQ283007, GQ283006, GQ283005, GQ283004, EU543434, FJ708571, FJ708570, FJ708569, FJ708568, FJ708567, FJ708566, FJ708565, FJ708564, FJ708563, FJ708562, FJ708561, FJ708560, FJ708559, FJ708558, FJ708557, FJ708556, FJ708555, FJ708554, FJ708553, FJ708552, FJ708551, FJ708550, FJ708549, FJ708548, FJ708547, AJ406049, AJ406048 Puccinia lagenophorae KF690680, KF690679, FJ655872, FJ655871, FJ655870, FJ655869, FJ655868, FJ655867, FJ655866, FJ655865, FJ655864, FJ655863, FJ655862, FJ655861, FJ655860 Puccinia myrsiphylli DQ015700, DQ015698, DQ015697 Puccinia persistens JX533580, JX533579, JX533521, JX533520, JX533519, JX533518, JX533517, JX533516, JX533515, JX533514, JX533513, JX533512, JX533511, AY956561 Puccinia polysora AB599975, AB599974, AB599973, AB599972, AB599971, AB599970, AB599969, AB599968, AB599966, AB599965, AB599964, AB599963, AB599962, AB599960, AB599959, AB599958, AB599957 Puccinia recondita JX533584, JX533583, JX533540, JX533539, JX533537, JX533534, JX533533, JX533532, JX533530, JX533528, JX533524, JX533523, JX533522, AY956562, 69
AY956551 Pycnoporellus alboluteus KC585384, KC585383, KC585382, KC585381 Pycnoporellus fulgens KC585388, KC585387, KC585386, KC585385 Ramaria abietina KP658149, JN649369, FJ627035 Ramaria amyloidea KP658114, KP658113, KP658112, KP658111, KP658110, KP658109, EU837196, EU697258, EU697257 Ramaria aurantiisiccescens KP658119, KP658117, KP658116, KP658115, EU837199, EU837197, JX310389, JX310388 Ramaria gelatiniaurantia var. KP658147, KP658146, KP658135, KP658134 violeitingens Ramaria largentii KP658130, KP658126, KP658125, EU652344, EU652343, EU652342 Ramaria maculatipes KP658151, KP658150, KP658133, KP658132, EU669390, EU669323, JX310403, JX310402 Resinicium bicolor AF518763, AY805622, DQ826537, DQ826536, DQ826535, DQ826534, DQ826533 Resinicium friabile DQ826545, DQ826544, DQ826543, DQ826542, DQ826541 Rhizopogon bacillisporus EU837230, EU669324, KC346846, KC346845 Rhizopogon evadens KJ595006, KC152183, KC152181, KC152180, AF062932 Rhizopogon evadens var. subalpinus KF054733, KF054732, KC346850, KC346849, KC346848 Rhizopogon exiguus EU837244, JX310374, KC346852, KC346851 Rhizopogon fallax KC152199, KC152198, KC152197, KC152193, KC152191, KC152187, KC152186, KC152185 Rhizopogon flavofibrillosus EU837220, KC346854, KC346853 Rhizopogon luteolus JQ888192, EU784398, GQ267481, AF062936 Rhizopogon pseudoroseolus KC152205, KC152203, GQ267483, AJ810042, AJ810041, AJ810040 Rhizopogon roseolus KF990475, JQ888193, EU784400, AF058315, AJ810074, AJ810073, AJ810072, AJ810071, AJ810070, AJ810067, AJ810066, AJ810065, AJ810063, AJ810062, AJ810056, AJ810055, AJ810054, AJ810053, AJ810052, AJ810051, AJ810050, AJ810049, AJ810048, AJ810047, AJ810046, AJ810045 Rhizopogon rubescens GQ267486, GQ267485, AM085528, AJ810034 Rhizopogon vinicolor HQ385853, HQ385852, HQ385848, HQ385847, FJ789623, FJ789622, AF058316, AF418268 Rhodocollybia butyracea AY313293, AY313292, AY313291, AY313290, AF505751, AF505750 Rhodocollybia laulaha GU369958, GU369957, GU369956, GU369955, GU369954, GU369953, GU369952, GU369951, GU369950, GU369949, GU369948, GU369947, GU369946, GU369945, GU369944, GU369943, GU369942 Rhodocollybia maculata GU947370, GU947369, GU947368, AY313297, AY313296, AY256688 Rigidoporus microporus KJ559482, KJ559481, KJ559480, KJ559479, KJ559478, KJ559476, KJ559475, KJ559474, KJ559473, KJ559472, KJ559471, KJ559470, KJ559469, KJ559468, KJ559467, KJ559466, KJ559465, KJ559464, KJ559462, KJ559461, KJ559459, KJ559458, KJ559448 Rigidoporus ulmarius KJ559446, KJ559445, AY593868 Russula abietina KF359677, HQ650755, EU598179 Russula adusta AB291768, JF908669, JQ888194 Russula aeruginea KM409437, KM085422, KF002769, JQ888195, AF418612 Russula albonigra KF306043, KF306042, KF306040 Russula amoenolens KJ834607, KJ834593, KJ834591, KJ834590, KJ834577, KJ834576, KJ834554, KF245510, AF418615 Russula atropurpurea JQ272366, JF908691, JF908660, KF359615, AF418618 Russula betularum KM085392, GU220371, EU598183, AJ534937 Russula bicolor KF007949, FJ845435, GU966633, AY750161 Russula cascadensis KF359616, KJ146726, KF007192, FJ845426, EU526006, HM240541 Russula cavipes JF908681, JF908640, HQ604843, AF418623 Russula cerolens HQ604834, HQ604829, KF245524, KF245522, KF245506, KF245505, KF245498, KF245496, KF245495, KF245494, KF245492, KF245491, KF245489, KF245488, KF245486 Russula chloroides KF432954, KC581331, AF418604 Russula compacta AB291725, GU229820, GQ924688, EU598172, EU598157 70
Russula cremoricolor DQ974755, KF386761, KF386760, KC581323 Russula cyanoxantha KF432956, JF908686, JF908664, KF937362, KF937361, DQ974758, KF002770, KF002759, KF002746, AF418608, GQ452059, AY606960, AB458895 Russula decolorans KP149062, FJ845432, AF418637, EU526008 Russula densifolia AB291766, AB291764, AB291762, AB291761, AB291760, AB291759, AB291757, AB291756, AB291755, AB291754, FJ845430, EU526012 Russula discopus JQ902055, JQ902054, JQ902052, JQ902051, JQ902050, JQ902049, JQ902047, JQ902046, JQ902045, JQ902044, JQ902043, JQ902042, JQ902041, JQ902040, JQ902039, JQ902038, JQ902037, JQ902036 Russula emetica JF908658, KC581316, JQ888196, AF418619, FJ627036 Russula exalbicans JF908674, KM085415, DQ974759 Russula fellea JF908675, KF245536, KF245534, AF418616, AM113958 Russula foetens KF245530, KF245528, KF245487, FJ845427, AF418613 Russula fragilis KF359617, KF835445, KC581327, JF899569 Russula granulata KJ834625, KJ834624, JQ272365, KF359618, EU598192, EU598191, EU598190 Russula illota KJ834605, KJ834587, KJ834586, JF908666, KF245526, KF245509, KF245508 Russula insignis KJ834606, KJ834603, KJ834602, KJ834553 Russula integra KM085365, HM189840, HM189839, EU526013 Russula ionochlora HM189875, HM189873, HM189872, HM189871, HM189869, HM189868, HM189866, HM189865, HM189864, HM189863, HM189862, HM189861, HM189860, HM189859, HM189858, HM189856, HM189855, HM189854, HM189853, HM189852, HM189851, HM189850, HM189849, HM189848, HM189847, HM189846, HM189845, HM189844, HM189842, HM189841, GQ924691, GQ924690 Russula laurocerasi KJ834620, KJ834600, KJ834599, KJ834598, KJ834575, KJ834573, KJ834572, JF908694, JF908651, KF245533, KF245532, KF245527, AF418614, EU598184 Russula nauseosa JF908642, KJ748445, KJ748443, KJ748441, JX442763 Russula nigricans AB291730, AB291729, AB291727, AB291726, KM085390, KM085378, KC581314, JQ888197, AF418607, GU289649, AB458686, AM113962, AM113961 Russula ochraceorivulosa JQ902093, JQ902092, JQ902091, JQ902090, JQ902089, JQ902087, JQ902083 Russula ochroleuca KM409448, KM409420, JF908647, KM085423, KF245537, AF418617, HM189931, HM189930, HM189929, HM189928, HM189927, HM189926, HM189925, HM189924, HM189923, HM189922, HM189921, HM189920, HM189919, HM189918, HM189917, HM189916, HM189915, HM189914, HM189913, HM189912, HM189911, HM189910, HM189909, HM189908, HM189907, HM189906, HM189905, HM189904, HM189903, HM189902, HM189901, HM189900, HM189899, HM189898, HM189897, HM189896, HM189895, HM189894, HM189893, HM189892, HM189891, HM189890, HM189889, HM189888, HM189887, HM189886, HM189885, HM189884, HM189883, HM189882, HM189881, HM189880, HM189879, HM189878, HM189877, HM189876, AM113964, AM113963 Russula paludosa KP149066, KP149065, KP149064, KP149063, KP149061, KP149060, KP149057, KP149056, KP149055, JF908659, KF007950, JQ888199, GU373486, GU373485 Russula pectinatoides KJ834621, KJ834618, KJ834616, KJ834613, KJ834611, KJ834588, KJ834571, KJ834569, KJ834567, KJ834566, KJ834560, KJ834559, JF908639, KM052566, KF245518, KF245514, EU819500, EU819493, EU598185 Russula praetervisa KJ834614, KJ834578, KJ834555, KF245531 Russula pseudocarmesina JQ902076, JQ902075, JQ902073, JQ902072, JQ902071, JQ902070, JQ902069, JQ902068, JQ902067, JQ902064 Russula queletii JF908668, JF908648, AF418625, HQ650759, HQ650758 Russula sanguinea JF908649, JQ888200, FJ845434 Russula sardonia JF908641, JQ888201, AF418626 Russula solaris JF908643, JN944007, AF418627 Russula subnigricans AB291753, AB291751, AB291750, AB291747, AB291746, AB291745, AB291744, AB291743, AB291742, AB291741, AB291740, AB291739, AB291738, AB291737, AB291736, AB291734, AB291733, AB291732 Russula turci KF007951, KF002780, EF530935 Russula vesca JF908645, JF908637, KM085430, KM085372, KM085368, JX425367, AF418610, HM189956, HM189955, HM189954, HM189953, HM189952, AY606965, AM113965 Russula vinosa JQ888203, AF418638, AJ534938 Russula xerampelina KP454007, JQ272428, JF908683, JF908656, KF386758, KF007952, KJ146730, JQ888204, FJ845433, AF418632, JF899571, HM240542 Sarcodon atroviridis EU293831, KC571770, KC571769, KC571768, JN135190 Sarcodon glaucopus JQ888205, EU622395, EU622394, EU622391, EU622390, EU622388, EU622387, EU622386, EU622384, EU622383 Sarcodon imbricatus KC571771, JX271812, JX271811, JX271810, JN135194, JN021091, EF493311, EU627607 71
Sarcodon joeides KC571774, KC571773, KC571772, JN135193 Sarcodon scabrosus KC571778, KC571777, KC571776, KC571775, JN135192, EU784404, EU784403, FJ596768 Sarcodon squamosus JX271821, JX271820, JX271819, JQ888206, EU784406, EU622403, EU622402, EU622401, EU622400, EU622399, EU622398, EU622397, EU622396, DQ166548, DQ166547 Sarcodon underwoodii KC571780, KC571779, JN135189 Scleroderma areolatum KM875555, KC152224, EU784408, EU819518, EU819438, GQ166910 Scleroderma bovista KF802171, EU784409, GQ267487, EU819517, FM213340 Scleroderma citrinum KM085386, KJ679576, KJ679575, HM189957, EU784414, EU784413, AY935514, GQ166907 Sebacina epigaea KF000451, KF000445, KF000442, KF000441, KF000436, KF000432, KF000429, KF000427, KF000423, KF000421, KF000418, KF000417, KF000414, KF000413, KF000412, KF000411, KF000410, JQ665514, JQ665513, JQ665510, JQ665508, JQ665507, JQ665506, JQ665505, JQ665504, JQ665503, JQ665492, JQ665490, JQ665485, JQ665484, JQ665482, JQ665481, JQ665480, JQ665478, JQ665477, JQ665476, JQ665475, JQ665474, JQ665473, JQ665472, JQ665471, JQ665470, JQ665469, JQ665468, JQ665467, JQ665466, JQ665465, AF490397, AJ966754 Sebacina incrustans KP013034, KP012984, KP012925, KP012923, KF000446, KF000440, KF000420, KF000419, JQ665558, JQ665557, JQ665556, JQ665555, JQ665554, JQ665553, JQ665552, JQ665551, JQ665550, JQ665549, JQ665548, JQ665546, JQ665545, JQ665544, JQ665543, JQ665538, JQ665537, JQ665536, JQ665535, JQ665531, JQ665530, JQ665529, JQ665528, JQ665527, JQ665526, JQ665525, JQ665524, EF644113, AF490395, AY143340, AJ966753, AJ966752, AJ966751 Sebacina vermifera FN663149, FN663146, FN663145, FN663144, FN663143, FN663142, FN663140, FN663139, FN663138, FN663135, FN663134, FN663133, FN663131, EU626002, EU626001, EU625999, EU625998, EU625997, EU625996, EU625995, EU625992, EU625991, DQ983814 Stephanospora aorangi KM086839, KM086838, KM086837 Stephanospora cribbae KM086891, KM086889, KM086875, KM086874, KM086873, KM086872, KM086871 Stephanospora kanuka KM086849, KM086848, KM086847, KM086846, KM086845, KM086844 Stephanospora sheoak KM086906, KM086900, KM086899, KM086898, KM086897, KM086896, KM086894, KM086893, KM086892, KM086856, KM086855, KM086854 Stephanospora tetraspora KM086880, KM086879, KM086878, KM086868, KM086867, KM086866 Strobilurus albipilatus GQ892818, GQ892809, GQ892805, GQ892802 Strobilurus conigenoides GQ892821, GQ892819, GQ892807 Strobilurus tenacellus GQ892817, GQ892816, GQ892812 Suillus caerulescens JQ958317, JQ958313, JQ958310 Suillus flavidus JQ888208, FJ845439, AY641461 Suillus granulatus JF899573, GQ397991, EF493252, EF493251, HM347656, AY898617 Suillus grevillei KM085409, EF493260, HM347659 Suillus luteus KM409445, JF908725, KF937367, GU222326, JQ888209, DQ440568, AY898620, AY898619, AY898618, GU373495 Suillus ponderosus NR_120119, JQ958326, JQ958325, JQ958324, JQ958322, JQ958321, JQ958319, JQ958318 Thecaphora melandrii EF200035, EF200034, EF200031, EF200030, EF200029, EF200028, EF200027, EF200024, EF200023 Thecaphora saponariae EF200036, EF200022, EF200021, EF200020, EF200019, EF200018, EF200017, EF200016, EF200015 Thelephora caryophyllea KM085427, KC152242, EF655705, AJ889980 Thelephora terrestris KM409440, KM409435, KM409429, HM189966, HM189965, HM189964, HM189963, HM189962, HM189961, HM189959, HM189958, FJ532478, EU525996, GQ267490, EU819444, AY456370, AY456369 Tilletia bromi EU257558, EU257557, EU257556, EU257555 Tilletia moliniae EU659137, EU659136, EU659134, EU659133, EU659132, EU659131, EU659130, EU659129, EU659128, EU659127, EU659126 Tilletia vankyi EU257587, EU257586, EU257585, EU257584, EU257583 Tomentella badia KM409442, KM409415, KJ140664, JQ888211 Tomentella fuscocinerea FN594893, GU214812, GU214811, GU214810 Tomentella stuposa KM409444, KM409421, JQ888213, EF644117, EU819523, AY635177, AY635168 Tomentella sublilacina KM409446, KM409418, JQ272367, KF359625, KJ140725, HM190006, HM190005, HM190004, HM190003, HM189993, HM189992, HM189986, HM189985, HM189980, HM189978, EU819540, AJ889976 Trametes conchifer JN164988, JN164987, JN164939, JN164926, JN164925, JN164924 72
Trametes cubensis KP771708, JN164989, JN164923, JN164922, JN164905 Trametes elegans KM985679, KM985676, KM985663, KM985662, KM985661, KF573029, JN048766, JN645105, JN645070, JN645066, AY684178, JN164986, JN164973, JN164951, JN164950, JN164944, JN164938, JN164937, JN164936, JN164928, JN164921 Trametes gibbosa KJ140582, KJ140568, JX082344, JX082338, JN645064, AY684176, JN164943, JN588591 Trametes hirsuta KJ140632, KJ140608, KF573024, KF573023, KF573009, JN048768, JN645100, AY787683, JN164953, JN164952, JN164941, JN164935, JN164934, JN164917, JN164916, HQ435867, HQ435859, HQ435855, HQ435848, HQ435846, HQ435843, HQ435841, HQ435840, HQ435839 Trametes ochracea KF573008, JX082351, JN164976, JN164954, JN164948, HQ435844, HQ435842 Trametes polyzona KP013053, JN645068, JN164980, JN164979 Trametes pubescens KP276510, KJ140686, KJ140611, JN164972, JN164964, JN164963, JN164962, JN164960, JN164949, JN164947, HQ435858, HQ435847 Trametes sanguinea KP012989, KP012695, KF573025, JX082366, JX082343, JN164981, GQ982886, GQ982885, GQ982884 Trametes suaveolens KF573015, JN048770, JN164968, JN164967, JN164966 Trametes versicolor KP276528, KF573030, KF572133, KC581354, KF010857, KC176302, JX082367, JN645058, AY805633, JN164984, JN164975, JN164974, JN164965, JN164931, JN164920, JN164919, JN164914, JN164912, JN164911, AF139961 Trametes villosa KJ417824, KF573033, KF573031, JN645101, JN164970 Tricholoma anatolicum AB699644, AB699643, AB699642 Tricholoma caligatum AB699667, AB699666, AB699665, KC152249, KC565866, AB738885, AB738884, AF527374, AF527373 Tricholoma flavovirens AB712397, JF899574, AF458454, AF458453, AF458452, AF458451, AF458450, AF458449, AF458456 Tricholoma focale JF908735, AB699670, KC152250, FJ845447, AF462639, AF462638 Tricholoma fulvocastaneum AB699664, AB699663, AB699662, AB699661, AB699660, AB737847 Tricholoma imbricatum KM409414, KM409413, KC152251, JQ888218, AF462637, AF462636 Tricholoma magnivelare KF010164, KF010163, KF010162, KF010159, KF010158, KF010156, AB712395, AF527371, AF527370, AF527369, AF527368, AF458442, AF458441 Tricholoma matsutake EU439342, JF908736, AB712394, AB699641, AB699640, AB699639, AB699630, AB699628, GU373503, GU373502, GU373501 Tricholoma myomyces KP454018, JN389319, JN389318, JN389317, JN389316, JN389315, JN389314, JN389312, JN389306, JN389301, JN389300, JN389299, JN389298, JN389297, JN389296, JN389294, JN389293, JN389292, JN389291, FJ845443 Tricholoma pardinum JF908730, JF899575, EF493302 Tricholoma populinum JN019644, JN019643, JN019642, JN019641, JN019638, JN019637, JN019636, JN019635, JN019634, JN019633, JN019632, JN019631, JN019630, JN019629, JN019628, JN019627, JN019626, JN019625, JN019624, JN019623, JN019622, JN019621, JN019620, JN019619, JN019618, JN019617, JN019616, JN019614, JN019613, JN019612, JN019611, JN019610, JN019609, JN019608, JN019607, JN019606, JN019605, JN019604, JN019602, JN019601, JN019600, JN019596, JN019595, JN019594, JN019593, JN019592, JN019591, JN019589, EF493259 Tricholoma scalpturatum KM085371, JN389305, EF644118 Tricholoma sulphureum EU819448, AY462039, AY462037, AY462036, AY462035, AY462034, AY462033 Tricholoma terreum EU653301, EU653300, EU653299, EU653298, EU439339, EU439334, EU439333, EU439332, EU439331, EU439330, EU439329, EU439328, EU439327, EU439326, EU439325, EU439324, EU439323, EU439322, EU439321, EU439319, EU439316, EU439315, EU439314, KM085374, KM085363, JQ888221, JN389313, JN389311, JN389310, JN389309, JN389308, JN389307, JN389303, JN389302, JN389295 Tricholomopsis decora KP453708, KJ146732, JN021111, EF530924, FN554891, FN554890 Tricholomopsis flammula KP058975, KP058973, FN554897, FN554896, FN554893, FN554892 Tricholomopsis rutilans KP058979, KP058977, EF530929, FN554895 Tuberculina maxima AY460151, AY460150, AY460149, AY460148, AY460147, AY460146, AY460145, AY460144, AY460143, AY460142, AY460141, AY460140, AY460139, AY460136, AY460135, AY292437, AY292436, AY292435 Tuberculina persicina AY460176, AY460173, AY460170, AY460169, AY460166, AY460165, AY460164, AY460163, AY460162, AY460161, AY460160, AY460158, AY460157, AY460156, AY460155, AY460154, AY460137, AY460134, AY460133, AY292452 Tuberculina sbrozzii AY460171, AY460159, AY292458, AY292457, AY292456 Tylopilus felleus JF908787, HM190016, HM190015, HM190014, EU819449, GQ166904, GQ166878 Tylopilus porphyrosporus JF908788, KC152268, JN021085 Vuilleminia comedens HM046900, HM046899, HM046898, HM046897, HM046896, HM046895, HM046894, HM046893, HM046892, HM046891, HM046890, HM046889, HM046880 73
Vuilleminia coryli JN387995, HM046908, HM046907, HM046906, HM046905, HM046904, HM046903, HM046902, HM046901 Vuilleminia cystidiata HM046912, HM046911, HM046910, HM046909 Xerocomus badius KM409434, KM409431, KF007935, JN020976, JN020975, HM190050, HM190047, HM190046, HM190045, HM190044, HM190042, HM190041, HM190040, HM190039, HM190038, HM190037, HM190036, HM190035, HM190034, HM190033, HM190032, HM190031, HM190030, HM190029, HM190028, HM190027, HM190026, HM190025, HM190024, HM190022, HM190021, HM190019, GU220375, AJ889927, AJ889926 Xerocomus subtomentosus JQ967281, DQ066413, DQ066370, DQ066368, DQ066365, DQ066364, DQ066362 Xeromphalina campanella KP835678, KM024575, KM024565, KM024564, KM024563, KM024562, KM024561, KM024560, KM024557, KM024556, KM024555, KM024554, KM024553, KM024552, KM024551, KM024550, KM024549, KM024548, KM024547, KM024546, KM024544, KM024543, KM024542, KM024541, KM024540, KM024539, KM024538, KM024537, KM024536, KM024535, KM024532, KM024531, KM024530, KM024529, KM024528, KM024527, KM024526, KM024525, KM024524, KM024523, KM024521, KM024520, KC581311 Xeromphalina kauffmanii KP835673, KP835672, KM024516, KM024514, KM024511, KM024510, KM024509, KM024508, KM024507, KM024504, KM024499, KM024498, KM024497, KM024496, KM024494, KM024493, KM024492, KM024490, KM024489, KM024476, KM024475, KM024474
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