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Diptera, Muscidae) Et À La Phylogéographie De Stomoxys Calcitrans (L

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Diptera, Muscidae) Et À La Phylogéographie De Stomoxys Calcitrans (L Contribution à la phylogénie du genre Stomoxys (Diptera, Muscidae) et à la phylogéographie de Stomoxys calcitrans (L. 1758) Najla Dsouli-Aymes To cite this version: Najla Dsouli-Aymes. Contribution à la phylogénie du genre Stomoxys (Diptera, Muscidae) et à la phylogéographie de Stomoxys calcitrans (L. 1758). Ecologie, Environnement. Université Paul Valéry - Montpellier III, 2009. Français. tel-00459671 HAL Id: tel-00459671 https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00459671 Submitted on 24 Feb 2010 HAL is a multi-disciplinary open access L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est archive for the deposit and dissemination of sci- destinée au dépôt et à la diffusion de documents entific research documents, whether they are pub- scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, lished or not. The documents may come from émanant des établissements d’enseignement et de teaching and research institutions in France or recherche français ou étrangers, des laboratoires abroad, or from public or private research centers. publics ou privés. UNIVERSITE MONTPELLIER III-PAUL VALERY Arts et Lettres, Langues et Sciences Humaines et Sociales Département de Biologie-Écologie-Environnement DOCTORAT DE L'UNIVERSITE PAUL VALERY - MONTPELLIER III Discipline: Biologie des Populations et Ecologie T H E S E Présentée et soutenue publiquement le 12 octobre 2009 par Najla DSOULI épse AYMES Contribution à la phylogénie du genre Stomoxys (Diptera, Muscidae) et à la phylogéographie de Stomoxys calcitrans (L. 1758) Sous la direction de Professeur Gérard DUVALLET MEMBRES DU JURY : M. JACQUIET Philippe, Maître de Conférences HDR, École Nationale Vétérinaire de Toulouse (Rapporteur). M. KHALLAAYOUNE Khalid, Professeur, Institut Agronomique et Vétérinaire Hassan II, Maroc (Rapporteur). Mme MANGUIN Sylvie, Directeur de Recherche, IRD, Montpellier (Examinateur). M. MICHAUX Johan, Chercheur qualifié FNRS, Université de Liège (Belgique) et Centre de Biologie et de Gestion des Populations, Montpellier (Examinateur). M. LUMARET Jean-Pierre, Professeur, Université Montpellier III (Président). N° attribué par la bibliothèque Remerciements Tout d’abord, je tiens à remercier mon directeur de thèse, Gérard Duvallet, de m’avoir proposé ce sujet passionnant. Son intérêt pour mon travail de recherche et son support m’ont permis de réaliser cette thèse dans les meilleures conditions. Ce travail a été réalisé dans l’Equipe Ecologie des Arthropodes dans les Agrosystèmes Méditerranéens, laboratoire de Zoogéographie dirigé par Jean Pierre Lumaret. Merci à Jean Pierre pour ses encouragements constants et son aide. Je voudrais remercier sincèrement les personnes qui ont accepté de se réunir pour juger ce travail. Les rapporteurs Phillipe Jacquiet et Khalid Khallaayoune, les examinateurs Sylvie Manguin, Johan Michaux et Jean-Pierre Lumaret. Je remercie particulièrement Johan Michaux qui a suivi mes travaux, pour toutes les fructueuses et passionnantes discussions, ses conseils et sa rigueur et pour sa participation dans mon jury de thèse Je tiens à remercier Fréderic Delsuc qui m’a beaucoup appris sur la datation moléculaire et qui m’a beaucoup aidé, dans la réalisation de ce travail. Sa gentillesse et son intérêt, m’ont été d’un grand secours pour ce parcours initiatique à la recherche. Un grand merci à Eric De Stordeur pour sa collaboration au laboratoire de biologie moléculaire et aussi pour sa bonne humeur. J’adresse mes vifs remerciments à Michel Bertrand, Nassera Kadiri et Anne Emmanuelle Félix pour nos intéressants débats autour du café et leur soutien. J’ai une pensée pour tous ceux qui m’ont entouré pendant ces quatre ans de thèse : Pierre, Martine, Joël, Jean-Noël, Alexandre…. Merci pour leur esprit d’entre aide et leur bonne ambiance. Ce travail n’aurait jamais vu le jour sans les sacrifices continus, l’apport moral et matériel ainsi que l’amour éternel de ma famille. Je remercie également ma mère, mes sœurs, mon II frère et mes beaux parents, ainsi que mes amis, extérieurs au laboratoire, pour leur soutien et leurs encouragements. Sur une note plus personnelle, j’aimerais remercier mon conjoint Maxime Aymes. Merci d’avoir été près de moi et de m’avoir encouragée durant les bons moments comme les plus difficiles. Et enfin je tiens à dédier ma thèse à la mémoire d’Alexandre Carron. Paix à ton âme, simple et sincère! À tous ceux et celles que j’ai oubliés et à toutes les personnes qui prendront le temps de lire cette thèse, merci! III SOMMAIRE Introduction ........................................................................................................................... p1 Historique de la notion d’évolution .......................................................................................... p4 1/Jean Baptiste Lamarck et le transformisme, la vie se transforme ........................................ p4 2/Darwin et la sélection naturelle, la lutte pour l’existence .................................................... p5 3/Néodarwinisme et synthèse moderne ................................................................................... p6 4/Stephen Jay Gould et Niles Eldredge : les équilibres ponctués ........................................... p7 5/Dawkins et le gène égoïste ................................................................................................... p8 6/Sélection ou dérive ................................................................................................................ p8 7/Conclusion ............................................................................................................................. p9 Problématique ....................................................................................................................... p11 Chapitre I : Présentation du modèle d’études : Les stomoxes ........................................ p15 Introduction ........................................................................................................................... p16 I- Description de Stomoxys spp. ............................................................................................ p17 II- Rôle épidémiologique : impact sanitaire et économique ................................................. p18 III- Traits d’histoire de vie et écophysiologie ....................................................................... p20 IV- Dynamique des populations ............................................................................................ p22 - Préférence trophique, comportement et dispersion ............................................................. p22 - Activités .............................................................................................................................. p23 V- Génétique et structure des populations ............................................................................ p24 VI- Piégeage .......................................................................................................................... p25 Chapitre II : Phylogénie des stomoxes ............................................................................... p27 Introduction ........................................................................................................................... p28 Partie I: First Contribution to Systematic relation among Stomoxys species (Diptera: Muscidae) .... p29 - Introduction ......................................................................................................................... p30 - Material and Methods .......................................................................................................... p31 IV - Characters and characters states ........................................................................................... p33 - Results and discussion ........................................................................................................ p35 - Conclusion ........................................................................................................................... p37 Partie 2 II : Article 1 Combined mitochondrial and nuclear phylogenetic analyses support the paraphyly of the genus Stomoxys (Diptera: Muscidae) and suggest an Oriental origin of these parasitic flies p50 Discussion générale ............................................................................................................... p77 Chapitre III : Phylogéographie de Stomoxys calcitrans ................................................... p80 Article 2 Global population structure of the stable fly (Stomoxys calcitrans) inferred by mitochondrial and nuclear sequence data ...................................................................................................... p82 Résumé des principaux résultats .......................................................................................... p109 Conclusion Générale et Perspectives ............................................................................... p111 Glossaire .............................................................................................................................. p116 Références bibliographiques ............................................................................................. p124 Annexes ............................................................................................................................... p134 V LISTE DES FIGURES Chapitre I : Présentation du modèle d’études : Les stomoxes ........................................ p15 Figure 1. S. calcitrans (a) et M. domestica ...........................................................................
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