Tłumaczenie Patentu Europejskiego (19) Pl (11) Pl/Ep 3199643 Polska
Total Page:16
File Type:pdf, Size:1020Kb
RZECZPOSPOLITA (12) TŁUMACZENIE PATENTU EUROPEJSKIEGO (19) PL (11) PL/EP 3199643 POLSKA (13) T3 (96) Data i numer zgłoszenia patentu europejskiego: (51) Int.Cl. 29.12.2016 16207282.1 C12Q 1/6888 (2018.01) (97) O udzieleniu patentu europejskiego ogłoszono: 08.05.2019 Europejski Biuletyn Patentowy 2019/19 Urząd Patentowy EP 3199643 B1 Rzeczypospolitej Polskiej (54) Tytuł wynalazku: SPOSÓB IDENTYFIKACJI EUROPEJSKICH RYB SŁODKOWODNYCH I ICH MIESZAŃCÓW W MATERIAŁACH BIOLOGICZNYCH METODĄ S7ICAPS (30) Pierwszeństwo: 31.12.2015 CZ 20150957 (43) Zgłoszenie ogłoszono: 02.08.2017 w Europejskim Biuletynie Patentowym nr 2017/31 (45) O złożeniu tłumaczenia patentu ogłoszono: 31.03.2020 Wiadomości Urzędu Patentowego 2020/03 (73) Uprawniony z patentu: Ústav biologie obratlovců AV ČR, v.v.i., Brno, CZ (72) Twórca(y) wynalazku: JAN MENDEL, Brno, CZ T3 KAREL HALACKA, Brno, CZ LUKAS VETESNIK, Brno, CZ (74) Pełnomocnik: rzecz. pat. Anna Cybulka 3199643 PORAJ KANCELARIA PRAWNO-PATENTOWA SP. Z O.O. ul. Słowackiego 31/33/1 60-824 Poznań PL/EP Uwaga: W ciągu dziewięciu miesięcy od publikacji informacji o udzieleniu patentu europejskiego, każda osoba może wnieść do Europejskiego Urzędu Patentowego sprzeciw dotyczący udzielonego patentu europejskiego. Sprzeciw wnosi się w formie uzasadnionego na piśmie oświadczenia. Uważa się go za wniesiony dopiero z chwilą wniesienia opłaty za sprzeciw (Art. 99 (1) Konwencji o udzielaniu patentów europejskich). 1 Tłumaczenie opisu wynalazku EP 3 199 643 B1 SPOSÓB IDENTYFIKACJI EUROPEJSKICH RYB SŁODKOWODNYCH I ICH MIESZAŃCÓW W MATERIAŁACH BIOLOGICZNYCH METODĄ S7ICAPS Opis Dziedzina techniki [0001] Niniejszy wynalazek dotyczy sposobu identyfikacji europejskich ryb słodkowodnych i ich mieszańców w materiałach biologicznych i produktach rybnych przy użyciu metody S7iCAPS, a ponadto dotyczy nowatorskiego projektu startera, diagnostycznych regionów JGM i ich unikalnych długości, specyficznych wzorów restrykcyjnych i zestawów do identyfikacji. Stan techniki [0002] Ze względu na rosnące globalne wysiłki na rzecz mapowania i ochrony rzeczywistej różnorodności ryb słodkowodnych, w tym określania ich rodzimych obszarów, istnieje potrzeba ulepszenia obecnych metod identyfikacji lub opracowania całkowicie nowych. Znajomość i zrozumienie prawdziwej różnorodności biologicznej i jej ochrony jest ważnym tematem w polityce międzynarodowej i krajowej dla większości państw. Ostateczna identyfikacja ryb jest ważna dla ochrony oryginalnej puli genów ryb w każdym kraju oraz dla ustalenia właściwego zarządzania. Ważną grupą gatunków ryb są gatunki chronione, które na podstawie rozporządzeń Unii Europejskiej (Dyrektywa Rady 92/43 / EWG) wymagają różnych reżimów ochrony i dla których wyznaczono chronione obszary Unii Europejskiej - Natura 2000 i sieć EMERALD w ramach konwencji berneńskiej, ze stałym okresowym monitorowaniem. W przypadku zagrożenia zaniku populacji jednego z „krytycznie zagrożonych” gatunków zainicjowany został program ratunkowy, w którym kluczową kwestią jest identyfikacja genetyczna. Ministerstwo Rolnictwa Republiki Czeskiej wdrożyło program wsparcia dla „Wprowadzania szczególnie zagrożonych gatunków na wolność”, ale w większości przypadków nadal nie respektuje ochrony różnorodności genetycznej. [0003] Ostateczna identyfikacja ryb jest ważna również pod względem stosunkowo częstej hybrydyzacji. W literaturze opisano zdarzenia hybrydyzacji w > 95 rodzinach ryb (Schwartz, F. J. 1981. World literature to fish hybrids with an analysis by family, species, and hybrid: Supplement 1. NOAA Technical Report NMFS SSRF-750, 507 p.; Schwartz, F. J. 2001. Freshwater and marine fish family hybrids: A worldwide changing scene revealed by the scientific literature. Journal of the Elisha Mitchell Scientific Society, 117 (1), 62-65; Scribner, K. T., Page, K. D., Bartron, M. L. 2001. Hybridization in freshwater fishes: a review of case studies and cytonuclear methods of biological inference. Reviews in Fish Biology and Fisheries 10, 293-323; Bartley D. M., Rana K., Immink A. J. 2001. The use of inter-specific hybrids in aquaculture and fisheries. Reviews in Fish Biology and Fisheries 10, 325-337). W przypadku niektórych ryb produkcyjnych hybrydyzacja jest bezpośrednio wymagana (sieje, pstrągi itp.). W przypadku innych, hybrydyzacja jest niepożądana, co dotyczy również importu i wprowadzenia nierodzimych linii i gatunków dla określonego obszaru geograficznego. Bez terminowej identyfikacji genetycznej, hybrydyzacje genetyczne mogą być jedną z przyczyn zniszczenia pierwotnej różnorodności wewnątrzgatunkowej i międzygatunkowej. 2 [0004] Wiarygodne określenie genetyczne poszczególnych linii i ras jest również konieczne w intensywnej hodowli w celu zachowania czystości rasy, zwiększenia i poprawy wydajności produkcji, zachowania odporności na choroby i różne czynniki stresowe oraz ustalenia właściwego zarządzania hodowlą ogólnie. Od 1996 r. Ministerstwo Rolnictwa Republiki Czeskiej prowadzi „Krajowy program ochrony i wykorzystania zasobów genetycznych zwierząt” i wspiera finansowo zarejestrowanych hodowców w zakresie ochrony zasobów genetycznych zwierząt gospodarskich, w tym ryb. [0005] Również zapobieganie fałszowaniu produktów rybnych, jaj, narybku i młodych ryb jest znaczne, przy czym takie fałszowanie prowadzi do specyficznych pomyłek, jeśli chodzi o jakość i cenę. Rozporządzenie Rady Unii Europejskiej 104/2000 przewiduje obowiązek wskazania również konkretnej nazwy, pochodzenia geograficznego itp. na etykiecie produktów rybnych. [0006] Na świecie znanych jest kilka sposobów i procedur określania gatunków / linii ryb. Metody oparte na identyfikacji morfologicznej są stosowane do oznaczania gatunków całkowicie lub umiarkowanie zmodyfikowanych ryb (Kottelat, M., Freyhof, J. 2007. Handbook of European freshwater fishes. Kottelat, Cornol, Switzerland and Freyhof, Berlin, Niemcy). Jednak w przypadku utraty lub braku zewnętrznych cech identyfikacyjnych, metoda ta jest trudna do zastosowania. Ponadto metoda ta należy do wysoce inwazyjnych. Metody oparte na analizie białek ekstrahowanych z mięśni, wątroby itp. są również stosowane do identyfikacji ryb, takie jak analiza allozymów (Lusková, V., Šlechtová, V., Povž, M., Šlechta, V., Lusk, S. 1997. Genetic variability of Chondrostoma nasus population in rivers of the Black Sea and the Baltic Sea drainage systems. Folia Zoologica 46 (Suppl. 1), 27-36), ogniskowanie izoelektryczne (Ataman, C., Celik, U., Rehbein, H., 2006. Identification of some Aegean Fish by native isoelectric focusing. European Research Research and Technology, 222, 99-104) lub techniki immunologiczne (Dominquez, E., Perez, M. D., Puyol, P., Calvo, M. 1997. Use of imunological techniques for detecting species substitution in raw and smoked fish. Zeitschrift für Lebensmittelunter-suchung und - Forschung A, 204/4, 279-281). Ich głównym ograniczeniem jest szybka degradacja białka w wyższych temperaturach, wysokie ryzyko wzajemnej reaktywności lub problemy związane ze specyficznością tkankową, bardzo ograniczony poziom polimorfizmu, wyższy wskaźnik subiektywnej oceny i wysoce inwazyjny charakter. [0007] Obecnie, w celu określenia szerokiej gamy ryb, częściej stosuje się molekularne metody genetyczne oparte na analizie DNA. Te metody mają wiele zalet w porównaniu do metod wykorzystujących analizę białek. DNA jest obecne we wszystkich tkankach zwierzęcych, w większości przypadków nie zależy od źródła próbki i może być izolowane ze wszystkich etapów życia organizmu. DNA degraduje się wolniej i nawet niewielka ilość jest wystarczająca dzięki metodzie PCR. W większości przypadków decydująca jest nieinwazyjna metodologia, duża informatywność i możliwość wyboru markera współdominującego. [0008] Ze względu na swoją dokładność, klasyczne sekwencjonowanie metodą Sanger stanowi znaczący wkład w badania identyfikacyjne europejskich ryb. Ta metoda jest często stosowana do sprawdzania poprawności wyników uzyskanych innymi metodami. Do identyfikacji gatunków ryb stosuje się różne markery jądrowe o różnym stopniu zmienności. Do sekwencjonowania eksonów, na przykład RAG1 (gen 1 aktywujący rekombinację), stosuje się dużą podjednostkę rybosomalną 28S i rodopsynę (Choleva, M., Musilova, Z., Kohoutova-Sediva, A., Paces, J., Rab, P., Janko, K., 2014. Distinguishing between Incomplete Lineage Sorting and Genomic Introgressions: Complete Fixation of Allospecific Mitochondrial DNA in a Sexually Reproducing Fish (Cobitis; Teleostei), despite Clonal Reproduction of Hybrids. PLoS ONE 9(6): e80641). Automatyczne sekwencjonowanie regionów kodowania jądrowego często wykazuje 3 zmniejszoną zmienność, a zatem niską zdolność do identyfikacji (Li Ch., Ortí G., Zhang G., Lu G. 2007. A practical approach to phylogenomics: the phylogeny of ray-finned fish (Actinopterygii) as a case study. BMC Evolutionary Biology 7, 44). Do sekwencjonowania intronów stosuje się na przykład intron podjednostki beta genu syntazy adenozynotrifosforanowej (Atp-β) i drugi intron genu aktyny (Act-2) (Touriya A, M. Rami, G. Cattaneo- Berrebi, C. Ibanez, S. Augros, E. Boissin, A. Dakkak i P. Berrebi. 2003. Primers for EPIC amplification of intron sequences for fish and other vertebrate population genetic studies. BioTechniques 35: 676-682). Można również zastosować pierwszy lub drugi intron rybosomalnego r-białka S7 (RPS7) (Perea, S., Böhme, M., Zupančič, P., Freyhof, J., Šanda, R., Özulug, M., Abdoli, A., Doadrio, I. 2010. Phylogenetic relationships and biogeographical patterns in Circum-Mediterranean subfamily Leuciscinae (Teleostei, Cyprinidae) inferred from both mitochondrial and nuclear data.