Espècies de laboratori: coneixem molt de molt poc?
Iñaki Ruiz-Trillo, Institute of Evolutionary Biology & Departament de Genètica (UB)
Residència D’investigadors (Csic-Generalitat De Catalunya); 27 Abril 2015 Organismes top model
-molt ben estudiats -fàcils de mantenir al laboratori -avantatges experimentals (a nivell genòmic i genètic/experimental) coneixem molt de molt poc? El tres dominis de l’arbre de la vida
Eucariotes
Archaea Bacteris El tres dominis de l’arbre de la vida
Eucariotes
Archaea Bacteris
Eucariotes: El biaix dels tres grans grups multicel·lulars Opisthokonta Amoebozoa
Excavata
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Eucariotes a a a Porifera Placozoa Ctenophora Cnidaria Acoelomorpha Gastrotricha Gnathostomulida* Micrognathozoa Cycliophora Rotifera Acantocephala Bryozoa Brachiopoda Phoronida* Entoprocta* Platyhelminthes Nemertea Mollusca Polychaeta
Clitellata* ANNELIDA Siboglinidae Echiura Sipuncula* Priapulida* Kinorhyncha* Loricifera Nematoda Nematomorpha Tardigrada* Onychophora Myriapoda* Hexapoda* Crustacea
Chellicerata ARTHROPODA Chaetognatha Xenoturbellida* Echinodermata Hemichordata* Cephalochordata Craniata Tunicata Opisthokonta Amoebozoa
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a a a El biaix és a tota la recerca El biaix dels tres grans grups multicel·lulars
Espècies eucariotes Protistes descrites
97% of the described eukaryotes are either land plants, fungi or metazoa Plantes
Fongs Animals
Animals Fongs Plantes Protistes Pawlowski et al. 2012, PLoS Biology 10: e1001419. Opisthokonta Amoebozoa
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Un món microbià seqüències ambientals Animals
Fongs
Plantes
Protistes
Animals Fongs Plantes Protistes Pawlowski et al. 2012, PLoS Biology 10: e1001419. El biaix dels genomes projectes genoma Animals-6%; 32% Protistes Plantes-2%; 15% (la majoria paràsits) Fongs-14%; 38% Protistes-78%; 15%
Animals Plantes
Fongs
Animals Fongs Plantes Protistes del Campo et al. 2014, Trends Ecol Evol} 29:252--259. El biaix dels genomes
Opisthokonta Amoebozoa Excavata 51% llinatges eucariotes Archaeplastida Rhizaria no tenen cap genoma
Alveolata S
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a Gracilipodida F RozellFungi re a Protosteliida ic la A C ulticilia A a Protosporangiida ty pusom Fonticulap a D rch h M s N e A o ucl lid Tubuline x A Mantamonas a Discosea a onas nc onadidae a Malawimre asalia C yro ari P ollodictyom a Fornicataarab a a on P bid zo ad Tsukubamko no sea id a le P Rigifilidnidae a J g ha Eu onas eo eteroloboom PhaeothamS ph H chizo yc a alpit ae ee P hyce niophyceaeclad Picozoa Xa ia ryptop ntho C e R phy ycea aphid ceae Glaucophytaoph oph hod llales A ycea R ophy ctinophryidaee Palm Ping uiochrysida Prasinophytae les ephroselmis Eustigm N atales Mamiellophyceae Synurales Pedinophyceae Chrysophyceae Chlorodendrophycea yceae e choph Ulvophyc Dictyo Chlorophyceaeeae Pelagophyceae Trebouxiophyceae ea C Bolidomonastom ha Dia les Embriophytaroph tria yta chy tes C ho e entro yp myc 1 Telonemh H ro H elid o T 2 a a osp MASTS s Foraminiferapto ron A p a Pe M Acantharia hy 2 P ta 1 Phytomyxeao Blastocysti T 3 ly OpalinataS Vampyrellidcis A a A tin M id 0 Filoretas e MAST G c a id 1 Trem e c Chlorarachniophytro to la M s / 1 G m is Thecofilosea p P P e Bicosoecida C ia o Im h G ra a cetes a tro ul / 7 a a re y rr x erco lis ra n n a 4 bricatea a m o o MASTT 8 / 1 xy le rid s s filo h o p e o S O o m m p na A m m m
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del Campo et al. 2014, Trends Ecol Evol} 29:252--259.
Comunitats científiques
CSIC 1. La pregunta 2. El model L’origen d’animals
flickr and National Geographic ancestre unicel·lular dels animals Quin és el problema?
flickr tax credits taxcredits.net Agraïments
http://www.multicellgenome.com
Prof. Sílvia Atrian
DEPARTAMENT DE GENÈTICA
Facultat de Biologia Tel 34 /934021501 Av. Diagonal 645 ARCELONAAT FAX 34 /934034420 e-mail [email protected] 08028 Barcelona
ESTEU TOTS CONVIDATS AL SEMINARI QUE IMPARTIRÀ LA:
DRA. LUCYMARA F. AGNEZ-LIMA UNIVERSIDADE FEDERAL DO RIO GRANDE DO NORTE (BRASIL)
Títol: METAGENOMICS OF SOILS OF NORTH-BRASIL
DIA 25 de FEBRER 2010, a les 12h. AULA 19, FACULTAT DE BIOLOGIA
Després d’una breu estada post-doctoral al meu laboratori (Sílvia Atrian, dept. Genètica, Fac. de Biologia, UB).