SARS-COV-2 TRANSMISSION CHAINS FROM GENETIC DATA: A DANISH CASE STUDY SUPPLEMENTARY MATERIAL

ANDREAS BLUHM, MATTHIAS CHRISTANDL, FULVIO GESMUNDO, FREDERIK RAVN KLAUSEN, LAURA MANCINSKA,ˇ VINCENT STEFFAN, DANIEL STILCK FRANC¸A, AND ALBERT H. WERNER

S1 Discussion on additional common Danish mutations

In this section, we discuss some of the most common Danish mutations (with respect to the Wuhan reference) in addition to the ones already discussed in the main text. We will use another haplotype from [26], namely A8. This haplotype corresponds to G1440A and G2891A with respect to the Wuhan reference sequence. We refer to Tables S1 and S2 for a summary of mutations occurring at least three times in the Danish data. S1.1 Mutation C7011T. Worldwide there are 64 sequences with the mutation C7011T, of which 38 exhibit haplotype A8. Among these 38 are 13 Danish se- quences. We suspect that the mutation occurred independently at least twice. One occurrence seems to be from the UK; the other cluster (the one co-occurrent with A8) is less clear. The cluster with the Danish sequences contains five Austrian sequences. The Austrian sequences are from Innsbruck, Tyrol, Ischgl, Vienna and St. Anton. This means that four out of five are from the region of Tyrol, but they are not concentrated in Ischgl. In the overview of the Austrian haplotypes in Fig S2 the haplotype A8 is missing in three of the Austrian sequences, but they all have at least one of the two mutations constituting A8. Some of the sequences have an ambiguity character here, so it could be that most Austrian sequences have A8. S1.2 Mutations T8788C and G26951A. Worldwide there are 55 sequences with the mutation T8788C and 56 with mutation G26951A. Almost all are Danish. In Fig S1 one can also see that those two mutations are co-occurring and that they are in the beginning of several transmission chains. S1.3 Mutation C7834T. Worldwide there are 73 sequences with the mutation C7834T, of which 66 are with haplotype A2a. Among those are the 60 Danish ones so the mutation C7834T constitutes one most abundant Danish mutations and in Fig S1 one can see that they are starting transmission chains. S1.4 Mutation G24368T. Worldwide there are 163 sequences with the mutation G24368T, of which 156 are with haplotype A2a2a. Among those are the five Danish ones (all with haplotype A2a2a). The majority of the others are from the UK (89), Sweden (50), the Netherlands (4), Iceland (3). The three Icelandic samples all exhibit a travel history connected to the UK. The mutation is non-synonymous and is located in the spike protein. The mutation G24368T seems closely tied to the UK and we note that compared to the total number of sequences, a much larger fraction 1 2 ANDREAS BLUHM, MATTHIAS CHRISTANDL, AND FULVIO GESMUNDO ET AL. of the Swedish sequences is of this type (50/163) compared to the corresponding fraction of Danish sequences (5/582). This indicates that Sweden might have been infected through the UK to a larger extend than Denmark. Another point of interest is that G24368T is co-occurring with haplotype A2a2a. This is a specific example that the link between haplotype A2a2a and Austria is non-exclusive. SARS-COV-2 TRANSMISSION CHAINS: DENMARK SUPPLEMENTARY MATERIAL 3

S2 Supplementary tables

World Denmark Sweden Norway France Italy UK Netherlands Austria Germany Total 20239 582 163 33 375 84 6668 489 247 173 A 20220 580 162 32 374 83 6645 488 246 172 A1a 1418 0 1 6 11 7 901 50 4 6 A1a1 1372 0 1 1 9 0 898 50 4 6 A1a1a 546 0 0 0 2 0 271 45 3 1 A1a1a1 42 0 0 0 0 0 0 0 0 0 A1a1a2 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 A1a1a3 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 A1a1a4 84 0 0 0 0 0 59 0 0 0 A1a1a5 27 0 0 0 1 0 15 0 0 0 A1a1b 645 0 1 0 7 0 523 2 0 5 A1a2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 A2 13900 553 153 25 332 76 5024 314 211 141 A2a 13867 552 153 25 332 76 5024 314 211 126 A2a1 4363 38 43 3 26 36 2690 110 96 50 A2a1a 363 13 1 0 2 1 85 83 34 17 A2a1a1 27 0 0 0 0 0 0 0 0 0 A2a1a2 28 0 0 0 0 0 7 4 0 8 A2a1a3 12 1 0 0 0 0 8 0 0 0 A2a1b 349 4 1 0 0 0 280 2 2 2 A2a1c 230 0 1 0 1 0 153 5 4 0 A2a1d 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 A2a2 5343 410 70 14 185 0 421 52 66 44 A2a2a 4343 405 66 12 112 0 279 34 63 44 A2a3 943 13 3 1 1 2 425 19 22 2 A2a3a 82 0 0 0 0 0 0 0 0 0 A2a4 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 A2a5 195 3 3 6 1 5 63 5 0 0 A2a6 104 4 0 0 0 0 22 48 5 2 A2a7 432 0 0 0 0 0 409 0 0 0 A2a8 513 1 0 0 110 0 43 6 1 2 A2a9 136 1 1 0 2 6 51 7 2 6 A2a10 125 0 0 0 0 0 92 0 0 0 A2a11 23 0 0 0 0 0 2 19 0 0 A2a12 26 0 0 0 0 1 7 5 0 0 A2a13 149 2 0 0 0 0 131 0 0 0 A3 162 1 1 1 0 0 2 2 0 1 A6 158 2 0 0 0 0 19 99 3 1 A7 17 0 0 0 0 0 4 0 0 0 A8 310 16 3 0 0 0 189 6 5 17 A9 73 0 0 0 0 0 63 0 0 0 A10 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 B 2173 1 2 0 2 0 72 7 5 2 B1 1299 0 0 0 0 0 5 0 0 0 B1a 1275 0 0 0 0 0 5 0 0 0 B1a1 1249 0 0 0 0 0 5 0 0 0 B1a1a 124 0 0 0 0 0 0 0 0 0 B1a1a1 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 B1a1a1a 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 B1a1a1b 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 B2 46 0 0 0 0 0 0 0 0 1 B4 98 0 2 0 0 0 0 3 0 0 Table S1. Summary of haplotypes for selected European countries as per May 26, 2020. We include the haplotypes described in [26]. 4 ANDREAS BLUHM, MATTHIAS CHRISTANDL, AND FULVIO GESMUNDO ET AL.

World Denmark Sweden Norway France Italy UK Netherlands Austria Germany Total 20239 582 163 33 375 84 6668 489 247 173 C1302T 115 103 6 0 0 0 0 0 0 0 C7834T 73 60 0 0 0 0 4 0 0 0 G26951A 56 54 0 0 0 0 2 0 0 0 T8788C 55 53 0 0 0 0 2 0 0 0 C15842A 20 20 0 0 0 0 0 0 0 0 C12781T 37 17 0 0 0 0 0 1 0 0 G15380T 40 16 0 1 1 0 5 0 8 2 C7011T 64 13 2 0 0 0 28 1 5 0 C21707T 51 11 0 0 0 0 4 0 0 0 C11074T 48 11 0 0 0 0 19 1 0 0 C29200T 41 8 0 0 0 0 21 0 0 0 G22103C 8 8 0 0 0 0 0 0 0 0 C28253A 8 7 0 0 0 0 0 0 0 0 A6825C 10 6 0 1 0 0 1 1 1 0 C3743T 8 6 0 0 0 0 1 0 0 0 C16887T 72 5 1 0 3 0 32 0 0 0 G19086T 13 6 0 0 0 0 3 0 0 1 G24368T 163 5 50 0 1 0 95 4 0 0 T99C 4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 C218T 8 4 0 0 0 0 1 0 0 0 A518G 7 3 0 0 0 0 0 0 0 0 T658C 26 4 0 0 0 0 1 4 0 2 C4002T 174 4 1 0 0 0 118 2 2 0 A4548G 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 C4668T 23 3 0 0 0 0 16 1 0 0 C6539T 8 6 0 0 1 0 1 0 0 0 C7029T 4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 C7819T 10 3 0 0 1 0 0 0 0 0 A9280G 8 3 0 0 0 0 0 0 0 0 C9803T 16 3 0 0 1 0 1 1 0 0 C9979T 15 4 0 0 0 0 7 0 0 0 G10465A 11 5 0 0 0 0 0 0 0 0 C13536T 190 4 1 0 0 0 118 2 2 2 G15906A 11 4 0 0 0 0 0 0 0 0 C18744T 29 5 0 0 0 0 3 0 0 0 C18877T 595 3 1 2 0 0 30 9 7 0 C19263T 15 3 0 0 0 0 1 0 0 0 G20398A 7 3 0 0 0 0 0 0 0 0 G20419T 12 4 3 1 0 0 0 0 1 0 G20887A 10 4 0 0 2 0 0 0 0 1 C21742T 21 5 0 0 0 0 2 0 0 0 C21855T 18 9 0 0 0 0 1 0 0 0 T21976C 8 4 0 0 0 0 0 0 0 0 A23975G 4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 G25785T 15 3 1 0 0 0 3 0 0 0 C28629T 20 4 0 0 0 0 1 4 1 2 G28899T 8 4 0 0 0 0 2 0 0 0 C29719T 6 3 0 0 0 0 2 1 0 0 G29734C 171 3 1 0 0 0 64 9 9 1 G29779T 13 4 0 0 0 0 5 0 0 0 C23575T 29 3 1 1 1 1 9 0 0 0 C23587T 17 3 0 1 0 0 6 0 0 0 ATGA1605A 484 9 1 0 2 0 306 108 0 1 C29095T 71 7 0 0 0 0 13 0 0 1 C7164T 12 2 0 0 0 0 5 1 0 0 C619T 21 2 0 0 0 0 0 0 0 0 C25499T 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 Table S2. Summary of mutations for selected European countries as per May 26, 2020. We include all mutations with respect to the Wuhan reference that appears at least three times in the Danish data. The last three mutations are included because they are relevant for the discussion in the section on Chains of mutations in Denmark. SARS-COV-2 TRANSMISSION CHAINS: DENMARK SUPPLEMENTARY MATERIAL 5

S3 Supplementary figures 6 ANDREAS BLUHM, MATTHIAS CHRISTANDL, AND FULVIO GESMUNDO ET AL.

EPI_ISL_429472|2020−03−23 EPI_ISL_437672|2020−03−28 EPI_ISL_436995|2020−03−24 EPI_ISL_436993|2020−03−26 EPI_ISL_436985|2020−03−28 EPI_ISL_436967|2020−03−26 EPI_ISL_429563|2020−03−23 EPI_ISL_429562|2020−03−26 EPI_ISL_429557|2020−03−26 EPI_ISL_429506|2020−03−23 EPI_ISL_429322|2020−03−16 EPI_ISL_429318|2020−03−16 EPI_ISL_444940|2020−03−30 EPI_ISL_444929|2020−03−30 EPI_ISL_437032|2020−03−27 EPI_ISL_437020|2020−03−28 EPI_ISL_429574|2020−03−26 EPI_ISL_429552|2020−03−25 EPI_ISL_429543|2020−03−25 EPI_ISL_429540|2020−03−25 EPI_ISL_429519|2020−03−22 EPI_ISL_429307|2020−03−17 EPI_ISL_429305|2020−03−17 EPI_ISL_452066|2020−04−27 EPI_ISL_452065|2020−04−27 EPI_ISL_452027|2020−03−19 EPI_ISL_452025|2020−03−12 EPI_ISL_452022|2020−03−11 EPI_ISL_452021|2020−03−11 EPI_ISL_452020|2020−03−11 EPI_ISL_452003|2020−03−11 EPI_ISL_444884|2020−03−27 EPI_ISL_444877|2020−03−27 EPI_ISL_444870|2020−03−27 EPI_ISL_444862|2020−03−27 EPI_ISL_444856|2020−04−04 EPI_ISL_429496|2020−03−23 EPI_ISL_429488|2020−03−24 EPI_ISL_429485|2020−03−24 EPI_ISL_429483|2020−03−24 EPI_ISL_429481|2020−03−22 EPI_ISL_429477|2020−03−23 EPI_ISL_415648|2020−03−03 EPI_ISL_429285|2020−03−11 EPI_ISL_437630|2020−04−01 EPI_ISL_437646|2020−04−02 EPI_ISL_444933|2020−03−29 EPI_ISL_429289|2020−03−12 EPI_ISL_437016|2020−03−26 EPI_ISL_452070|2020−04−27 EPI_ISL_429489|2020−03−24 EPI_ISL_444923|2020−03−27 EPI_ISL_444965|2020−03−30 EPI_ISL_429493|2020−03−23 EPI_ISL_444874|2020−03−28 EPI_ISL_444869|2020−03−28 EPI_ISL_452014|2020−03−11 EPI_ISL_429492|2020−03−23 EPI_ISL_452038|2020−04−08 EPI_ISL_452075|2020−04−28 EPI_ISL_452074|2020−04−28 EPI_ISL_429293|2020−03−13 EPI_ISL_429304|2020−03−17 EPI_ISL_444954|2020−03−31 EPI_ISL_437021|2020−03−28 EPI_ISL_451996|2020−03−09 EPI_ISL_452012|2020−03−11 EPI_ISL_452080|2020−04−16 EPI_ISL_436984|2020−03−28 EPI_ISL_429521|2020−03−11 EPI_ISL_437017|2020−03−25 EPI_ISL_429527|2020−03−24 EPI_ISL_444844|2020−04−02 EPI_ISL_429479|2020−03−22 EPI_ISL_452044|2020−03−30 EPI_ISL_437028|2020−03−28 EPI_ISL_437631|2020−04−02 EPI_ISL_452045|2020−04−14 EPI_ISL_452039|2020−04−14 EPI_ISL_429321|2020−03−16 EPI_ISL_444924|2020−03−28 EPI_ISL_437676|2020−03−28 EPI_ISL_437668|2020−03−27 EPI_ISL_444863|2020−03−27 EPI_ISL_429331|2020−03−15 EPI_ISL_429463|2020−03−23 EPI_ISL_436980|2020−03−30 EPI_ISL_437018|2020−03−25 EPI_ISL_444947|2020−03−29 EPI_ISL_437640|2020−03−27 EPI_ISL_437003|2020−03−24 EPI_ISL_436986|2020−03−27 EPI_ISL_444850|2020−04−03 EPI_ISL_444885|2020−03−28 EPI_ISL_444968|2020−03−31 EPI_ISL_437042|2020−03−27 EPI_ISL_452013|2020−03−11 EPI_ISL_429556|2020−03−26 EPI_ISL_429546|2020−03−25 EPI_ISL_444952|2020−03−30 EPI_ISL_437637|2020−04−02 EPI_ISL_436969|2020−03−29 EPI_ISL_429588|2020−03−26 EPI_ISL_436997|2020−03−24 EPI_ISL_429560|2020−03−25 EPI_ISL_429354|2020−03−08 EPI_ISL_451994|2020−03−09 EPI_ISL_437647|2020−03−08 EPI_ISL_429503|2020−03−10 EPI_ISL_444819|2020−03−11 EPI_ISL_429433|2020−03−10 EPI_ISL_452015|2020−03−11 EPI_ISL_452007|2020−03−11 EPI_ISL_429495|2020−03−09 EPI_ISL_429471|2020−03−23 EPI_ISL_429379|2020−03−09 EPI_ISL_444893|2020−03−09 EPI_ISL_452017|2020−03−11 EPI_ISL_436965|2020−03−10 EPI_ISL_444833|2020−03−09 EPI_ISL_437024|2020−03−28 EPI_ISL_429358|2020−03−09 EPI_ISL_451998|2020−03−09 EPI_ISL_451989|2020−03−08 EPI_ISL_437658|2020−03−10 EPI_ISL_437649|2020−03−08 EPI_ISL_437031|2020−03−27 EPI_ISL_444950|2020−03−30 EPI_ISL_444941|2020−03−29 EPI_ISL_437655|2020−04−04 EPI_ISL_437653|2020−03−26 EPI_ISL_444927|2020−03−30 EPI_ISL_444956|2020−03−31 EPI_ISL_452026|2020−03−19 EPI_ISL_444902|2020−03−19 EPI_ISL_452055|2020−04−14 EPI_ISL_429528|2020−03−24 EPI_ISL_444948|2020−03−30 EPI_ISL_444949|2020−03−30 EPI_ISL_444945|2020−03−27 EPI_ISL_429554|2020−03−25 EPI_ISL_444860|2020−03−27 EPI_ISL_437036|2020−03−27 EPI_ISL_444916|2020−03−28 EPI_ISL_429533|2020−03−25 EPI_ISL_444906|2020−03−30 EPI_ISL_444892|2020−03−14 EPI_ISL_429327|2020−03−15 EPI_ISL_444967|2020−03−30 EPI_ISL_444961|2020−03−30 EPI_ISL_444957|2020−03−30 EPI_ISL_444926|2020−03−30 EPI_ISL_444911|2020−03−30 EPI_ISL_437030|2020−03−26 EPI_ISL_429578|2020−03−25 EPI_ISL_429572|2020−03−24 EPI_ISL_429529|2020−03−24 EPI_ISL_429468|2020−03−23 EPI_ISL_429465|2020−03−23 EPI_ISL_429302|2020−03−16 EPI_ISL_429300|2020−03−13 EPI_ISL_452079|2020−03−28 EPI_ISL_452057|2020−04−15 EPI_ISL_452028|2020−03−19 EPI_ISL_444899|2020−03−18 EPI_ISL_429461|2020−03−23 EPI_ISL_444928|2020−03−30 EPI_ISL_444942|2020−03−29 EPI_ISL_429570|2020−03−24 EPI_ISL_429535|2020−03−25 EPI_ISL_437006|2020−03−24 EPI_ISL_452052|2020−04−14 EPI_ISL_452050|2020−04−14 EPI_ISL_452077|2020−04−28 EPI_ISL_452060|2020−04−26 EPI_ISL_429311|2020−03−17 EPI_ISL_429312|2020−03−18 EPI_ISL_429530|2020−03−25 EPI_ISL_429508|2020−03−23 EPI_ISL_444853|2020−04−03 EPI_ISL_429589|2020−03−28 EPI_ISL_429566|2020−03−23 EPI_ISL_437636|2020−03−31 EPI_ISL_452062|2020−04−27 EPI_ISL_452090|2020−04−26 EPI_ISL_452089|2020−04−26 EPI_ISL_452088|2020−04−25 EPI_ISL_452049|2020−04−14 EPI_ISL_429565|2020−03−24 EPI_ISL_429310|2020−03−17 EPI_ISL_437633|2020−04−01 EPI_ISL_444900|2020−03−19 EPI_ISL_444894|2020−03−20 EPI_ISL_429478|2020−03−23 EPI_ISL_436988|2020−03−27 EPI_ISL_436989|2020−03−27 EPI_ISL_444895|2020−03−20 EPI_ISL_444855|2020−04−03 EPI_ISL_444852|2020−04−03 EPI_ISL_444859|2020−03−27 EPI_ISL_452000|2020−03−09 EPI_ISL_451995|2020−03−09 EPI_ISL_451993|2020−03−09 EPI_ISL_437661|2020−03−10 EPI_ISL_444841|2020−03−10 EPI_ISL_437029|2020−03−29 EPI_ISL_437027|2020−03−29 EPI_ISL_452048|2020−04−14 EPI_ISL_437015|2020−03−23 EPI_ISL_452018|2020−03−11 EPI_ISL_437644|2020−04−02 EPI_ISL_444898|2020−03−18 EPI_ISL_436999|2020−03−25 EPI_ISL_436987|2020−03−28 EPI_ISL_436996|2020−03−24 EPI_ISL_452084|2020−04−23 EPI_ISL_452092|2020−04−14 EPI_ISL_437645|2020−04−02 EPI_ISL_429516|2020−03−10 EPI_ISL_437657|2020−03−10 EPI_ISL_437643|2020−04−02 EPI_ISL_429375|2020−03−09 EPI_ISL_444818|2020−03−11 EPI_ISL_429431|2020−03−10 EPI_ISL_429376|2020−03−09 EPI_ISL_444873|2020−03−28 EPI_ISL_437013|2020−03−26 EPI_ISL_429525|2020−03−12 EPI_ISL_436962|2020−04−02 EPI_ISL_429274|2020−03−10 EPI_ISL_429382|2020−03−09 EPI_ISL_429275|2020−03−10 EPI_ISL_429534|2020−03−25 EPI_ISL_429536|2020−03−25 EPI_ISL_437629|2020−03−31 EPI_ISL_429575|2020−03−25 EPI_ISL_444831|2020−03−11 EPI_ISL_429440|2020−03−10 EPI_ISL_452093|2020−04−14 EPI_ISL_429271|2020−03−10 EPI_ISL_429460|2020−03−23 EPI_ISL_429569|2020−03−24 EPI_ISL_429464|2020−03−23 EPI_ISL_436998|2020−03−25 EPI_ISL_429561|2020−03−25 EPI_ISL_452030|2020−03−19 EPI_ISL_429303|2020−03−16 EPI_ISL_452082|2020−04−19 EPI_ISL_452054|2020−04−14 EPI_ISL_429267|2020−03−10 EPI_ISL_429265|2020−03−10 EPI_ISL_429520|2020−03−11 EPI_ISL_429301|2020−03−16 EPI_ISL_429309|2020−03−18 EPI_ISL_429306|2020−03−17 EPI_ISL_452056|2020−04−15 EPI_ISL_437007|2020−03−24 EPI_ISL_437650|2020−03−08 EPI_ISL_429277|2020−03−10 EPI_ISL_437662|2020−03−10 EPI_ISL_429348|2020−03−08 EPI_ISL_452029|2020−03−19 EPI_ISL_437004|2020−03−24 EPI_ISL_429480|2020−03−22 EPI_ISL_429482|2020−03−22 EPI_ISL_429581|2020−03−24 EPI_ISL_436991|2020−03−26 EPI_ISL_429577|2020−03−25 EPI_ISL_429469|2020−03−24 EPI_ISL_444848|2020−03−31 EPI_ISL_429269|2020−03−10 EPI_ISL_429364|2020−03−09 EPI_ISL_429384|2020−03−09 EPI_ISL_429381|2020−03−09 EPI_ISL_429263|2020−03−10 EPI_ISL_429262|2020−03−10 EPI_ISL_429551|2020−03−25 EPI_ISL_436963|2020−03−09 EPI_ISL_429350|2020−03−08 EPI_ISL_429404|2020−03−10 EPI_ISL_429349|2020−03−08 EPI_ISL_429351|2020−03−08 EPI_ISL_429452|2020−03−10 EPI_ISL_444883|2020−03−27 EPI_ISL_429264|2020−03−10 EPI_ISL_451997|2020−03−09 EPI_ISL_451992|2020−03−09 EPI_ISL_444829|2020−03−11 EPI_ISL_444827|2020−03−11 EPI_ISL_444823|2020−03−11 EPI_ISL_444820|2020−03−11 EPI_ISL_437648|2020−03−08 EPI_ISL_436975|2020−03−27 EPI_ISL_429567|2020−03−21 EPI_ISL_429505|2020−03−10 EPI_ISL_429502|2020−03−10 EPI_ISL_429501|2020−03−10 EPI_ISL_429449|2020−03−10 EPI_ISL_429439|2020−03−10 EPI_ISL_429323|2020−03−15 EPI_ISL_429316|2020−03−18 EPI_ISL_444908|2020−03−28 EPI_ISL_444840|2020−03−09 EPI_ISL_444839|2020−03−09 EPI_ISL_444837|2020−03−09 EPI_ISL_444836|2020−03−09 EPI_ISL_429582|2020−03−16 EPI_ISL_429545|2020−03−25 EPI_ISL_429514|2020−03−10 EPI_ISL_429513|2020−03−10 EPI_ISL_429511|2020−03−10 EPI_ISL_429509|2020−03−10 EPI_ISL_429466|2020−03−23 EPI_ISL_429451|2020−03−10 EPI_ISL_429450|2020−03−10 EPI_ISL_429428|2020−03−10 EPI_ISL_429407|2020−03−11 EPI_ISL_429406|2020−03−11 EPI_ISL_429344|2020−03−08 EPI_ISL_429343|2020−03−09 EPI_ISL_429342|2020−03−08 EPI_ISL_429339|2020−03−07 EPI_ISL_429337|2020−03−08 EPI_ISL_452034|2020−03−18 EPI_ISL_452016|2020−03−11 EPI_ISL_452005|2020−03−11 EPI_ISL_444891|2020−03−11 EPI_ISL_444890|2020−03−11 EPI_ISL_444875|2020−03−28 EPI_ISL_444866|2020−03−27 EPI_ISL_429497|2020−03−08 EPI_ISL_429476|2020−03−23 EPI_ISL_429474|2020−03−23 EPI_ISL_429396|2020−03−09 EPI_ISL_429395|2020−03−09 EPI_ISL_429387|2020−03−09 EPI_ISL_429386|2020−03−09 EPI_ISL_429385|2020−03−09 EPI_ISL_429383|2020−03−09 EPI_ISL_429378|2020−03−09 EPI_ISL_429377|2020−03−09 EPI_ISL_429374|2020−03−09 EPI_ISL_429372|2020−03−10 EPI_ISL_429369|2020−03−09 EPI_ISL_429368|2020−03−09 EPI_ISL_429357|2020−03−08 EPI_ISL_429356|2020−03−08 EPI_ISL_429355|2020−03−08 EPI_ISL_429352|2020−03−08 EPI_ISL_429299|2020−03−14 EPI_ISL_429283|2020−03−11 EPI_ISL_429282|2020−03−11 EPI_ISL_429281|2020−03−10 EPI_ISL_429280|2020−03−10 EPI_ISL_429276|2020−03−10 EPI_ISL_429272|2020−03−10 EPI_ISL_429270|2020−03−10 EPI_ISL_429268|2020−03−10 EPI_ISL_429266|2020−03−10 EPI_ISL_437656|2020−04−03 EPI_ISL_444880|2020−03−28 EPI_ISL_444922|2020−03−27 EPI_ISL_444966|2020−03−30 EPI_ISL_444881|2020−03−27 EPI_ISL_437025|2020−03−29 EPI_ISL_451999|2020−03−09 EPI_ISL_429371|2020−03−10 EPI_ISL_429453|2020−03−10 EPI_ISL_437628|2020−03−31 EPI_ISL_436973|2020−03−28 EPI_ISL_444826|2020−03−11 EPI_ISL_429402|2020−03−09 EPI_ISL_429324|2020−03−16 EPI_ISL_429585|2020−03−26 EPI_ISL_429517|2020−03−11 EPI_ISL_452008|2020−03−11 EPI_ISL_437037|2020−03−27 EPI_ISL_437683|2020−04−01 EPI_ISL_429345|2020−03−09 EPI_ISL_429370|2020−03−09 EPI_ISL_429361|2020−03−09 EPI_ISL_429510|2020−03−23 EPI_ISL_437677|2020−03−28 EPI_ISL_429329|2020−03−15 EPI_ISL_452102|2020−03−19 EPI_ISL_429512|2020−03−23 EPI_ISL_437634|2020−04−01 EPI_ISL_444888|2020−03−19 EPI_ISL_429590|2020−03−28 EPI_ISL_436982|2020−03−30 EPI_ISL_429573|2020−03−23 EPI_ISL_444838|2020−03−09 EPI_ISL_452037|2020−04−14 EPI_ISL_437023|2020−03−28 EPI_ISL_437639|2020−04−02 EPI_ISL_444963|2020−03−30 EPI_ISL_452032|2020−03−19 EPI_ISL_437026|2020−03−28 EPI_ISL_452053|2020−04−14 EPI_ISL_444817|2020−03−11 EPI_ISL_437654|2020−04−04 EPI_ISL_444920|2020−03−30 EPI_ISL_429558|2020−03−25 EPI_ISL_437014|2020−03−26 EPI_ISL_437667|2020−03−27 EPI_ISL_429409|2020−03−10 EPI_ISL_452024|2020−03−11 EPI_ISL_436979|2020−03−30 EPI_ISL_429278|2020−03−10 EPI_ISL_452001|2020−03−11 EPI_ISL_444912|2020−03−27 EPI_ISL_452083|2020−04−23 EPI_ISL_429544|2020−03−25 EPI_ISL_444832|2020−03−11 EPI_ISL_416141|2020−03−03 EPI_ISL_415647|2020−03−03 EPI_ISL_429571|2020−03−26 EPI_ISL_429579|2020−03−26 EPI_ISL_429537|2020−03−24 EPI_ISL_429550|2020−03−25 EPI_ISL_451991|2020−03−09 EPI_ISL_429399|2020−03−09 EPI_ISL_429405|2020−03−10 EPI_ISL_436978|2020−03−23 EPI_ISL_436981|2020−03−30 EPI_ISL_415646|2020−03−03 EPI_ISL_429287|2020−03−11 EPI_ISL_451990|2020−03−08 EPI_ISL_452002|2020−03−11 EPI_ISL_444835|2020−03−09 EPI_ISL_444955|2020−03−30 EPI_ISL_444846|2020−04−02 EPI_ISL_429284|2020−03−11 EPI_ISL_452010|2020−03−11 EPI_ISL_429315|2020−03−18 EPI_ISL_437011|2020−03−26 EPI_ISL_452033|2020−03−19 EPI_ISL_429325|2020−03−16 EPI_ISL_444887|2020−03−27 EPI_ISL_452101|2020−03−27 EPI_ISL_436990|2020−03−26 EPI_ISL_437019|2020−03−28 EPI_ISL_452031|2020−03−19 EPI_ISL_429340|2020−03−07 EPI_ISL_452098|2020−05−09 EPI_ISL_452042|2020−04−14 EPI_ISL_444867|2020−03−27 EPI_ISL_452058|2020−04−15 EPI_ISL_437038|2020−03−27 EPI_ISL_452094|2020−04−14 EPI_ISL_444937|2020−03−30 EPI_ISL_444930|2020−03−27 EPI_ISL_437678|2020−03−28 EPI_ISL_429555|2020−03−25 EPI_ISL_444960|2020−03−31 EPI_ISL_444959|2020−03−31 EPI_ISL_444958|2020−03−31 EPI_ISL_444938|2020−03−30 EPI_ISL_444910|2020−03−30 EPI_ISL_444903|2020−03−30 EPI_ISL_444901|2020−03−19 EPI_ISL_437040|2020−03−27 EPI_ISL_437033|2020−03−26 EPI_ISL_429580|2020−03−25 EPI_ISL_429553|2020−03−25 EPI_ISL_429548|2020−03−25 EPI_ISL_429547|2020−03−25 EPI_ISL_429539|2020−03−25 EPI_ISL_429538|2020−03−25 EPI_ISL_429526|2020−03−24 EPI_ISL_444896|2020−03−19 EPI_ISL_444861|2020−03−27 EPI_ISL_429524|2020−03−24 EPI_ISL_429490|2020−03−23 EPI_ISL_444915|2020−03−27 EPI_ISL_429586|2020−03−26 EPI_ISL_444904|2020−03−30 EPI_ISL_444905|2020−03−30 EPI_ISL_444931|2020−03−27 EPI_ISL_444935|2020−03−28 EPI_ISL_444944|2020−03−29 EPI_ISL_437632|2020−04−02 EPI_ISL_437635|2020−03−18 EPI_ISL_444917|2020−03−28 EPI_ISL_437674|2020−03−28 EPI_ISL_437035|2020−03−27 EPI_ISL_429587|2020−03−26 EPI_ISL_444897|2020−03−18 EPI_ISL_452086|2020−04−25 EPI_ISL_452078|2020−04−28 EPI_ISL_452091|2020−04−26 EPI_ISL_452064|2020−04−27 EPI_ISL_452076|2020−04−28 EPI_ISL_452059|2020−04−26 EPI_ISL_452068|2020−04−27 EPI_ISL_452067|2020−04−27 EPI_ISL_452087|2020−04−26 EPI_ISL_452069|2020−04−27 EPI_ISL_452061|2020−04−27 EPI_ISL_452072|2020−04−28 EPI_ISL_444934|2020−03−28 EPI_ISL_437670|2020−03−30 EPI_ISL_444918|2020−03−30 EPI_ISL_437039|2020−03−27 EPI_ISL_444921|2020−03−30 EPI_ISL_437669|2020−03−30 EPI_ISL_429346|2020−03−06 EPI_ISL_437660|2020−03−06 EPI_ISL_444879|2020−03−28 EPI_ISL_429434|2020−03−10 EPI_ISL_429424|2020−03−10 EPI_ISL_452004|2020−03−11 EPI_ISL_437642|2020−03−08 EPI_ISL_452099|2020−03−03 EPI_ISL_444872|2020−03−27 EPI_ISL_429559|2020−03−25 EPI_ISL_437001|2020−03−24 EPI_ISL_429484|2020−03−24 EPI_ISL_452100|2020−03−07 EPI_ISL_444964|2020−03−31 EPI_ISL_429447|2020−03−03 EPI_ISL_452085|2020−04−23 EPI_ISL_429353|2020−03−08 EPI_ISL_429507|2020−03−10 EPI_ISL_429549|2020−03−25 EPI_ISL_429425|2020−03−10 EPI_ISL_429414|2020−03−09 EPI_ISL_429408|2020−03−10 EPI_ISL_429341|2020−03−04 EPI_ISL_444854|2020−04−03 EPI_ISL_429486|2020−03−24 EPI_ISL_452043|2020−04−14 EPI_ISL_444825|2020−03−11 EPI_ISL_444834|2020−03−09 EPI_ISL_429564|2020−03−26 EPI_ISL_429410|2020−03−10 EPI_ISL_451988|2020−03−09 EPI_ISL_429518|2020−03−11 EPI_ISL_429473|2020−03−23 EPI_ISL_429308|2020−03−17 EPI_ISL_452019|2020−03−11 EPI_ISL_429499|2020−03−08 EPI_ISL_437000|2020−03−25 EPI_ISL_444939|2020−03−30 EPI_ISL_437679|2020−03−30 EPI_ISL_444857|2020−04−05 EPI_ISL_452035|2020−04−14 EPI_ISL_437663|2020−03−02 EPI_ISL_416140|2020−03−02 EPI_ISL_429273|2020−03−10 EPI_ISL_416142|2020−02−26 EPI_ISL_416143|2020−02−28 EPI_ISL_416153|2020−03−02 EPI_ISL_416144|2020−03−01 EPI_ISL_452009|2020−03−11 EPI_ISL_437651|2020−04−04 EPI_ISL_444909|2020−03−28 EPI_ISL_429328|2020−03−15 EPI_ISL_444849|2020−04−03 EPI_ISL_437041|2020−03−27 EPI_ISL_444946|2020−03−29 EPI_ISL_429542|2020−03−25 EPI_ISL_429335|2020−03−02 EPI_ISL_429279|2020−03−10 EPI_ISL_444824|2020−03−11 EPI_ISL_437659|2020−03−10 EPI_ISL_429427|2020−03−10 EPI_ISL_429421|2020−03−10 EPI_ISL_429420|2020−03−10 EPI_ISL_429373|2020−03−09 EPI_ISL_429360|2020−03−09 EPI_ISL_429426|2020−03−10 EPI_ISL_452023|2020−03−11 EPI_ISL_444822|2020−03−11 EPI_ISL_429448|2020−03−10 EPI_ISL_437664|2020−03−10 EPI_ISL_429583|2020−03−23 EPI_ISL_444864|2020−03−27 EPI_ISL_429584|2020−03−26 EPI_ISL_444925|2020−03−28 EPI_ISL_444828|2020−03−11 EPI_ISL_429295|2020−03−13 NC_045512.2 C218TC241TA518GG520−G521−T522−T658CC1059TC1302TG1440AT1606−G1607−A1608−G2891AC3037TC3743TC4002TA4548GC4668TC6539TA6825CC7011TC7029TC7819TC7834TT8788CA9280GC9803TC9979TG10097AG10465AC11074TG11083TC12781TC13536TC14408TG15380TC15842AG15906AC16887TC18744TC18877TG19086TC19263TA20268GG20398AG20419TG20887AC21707TC21742TC21855TT21976CG22103CA23403GC23575TG23587CC23731TA23975GG24368TA24862GG25563TG25785TA26530GG26951AC27046TC28253TC28629TG28881AG28882AG28883CG28899TC29095TC29200TC29719TG29734CG29779T

Fig S1. Phylogenetic tree with Danish sequences. Overview of the phylogenetic tree of Denmark on the left with the corresponding mutations on the right. Displayed are only muta- tions which happen at least thrice. The plot shows how about 70% of the sequences have the haplotype A2a2a (corresponding to mu- tations C241T, C3037T, A23403G, C14408T, G25563T, C1059T) and that 103 have the further mutation C1302T. Note that the mutation A518G with the co-occurring deletion 520-522 is equiva- lent to the deletion 518-520 which is listed in [31] as can easily be seen by inspecting the Wuhan sequence. SARS-COV-2 TRANSMISSION CHAINS: DENMARK SUPPLEMENTARY MATERIAL 7

unknown, Italy 2020−02−26 Vienna 2020−03−25 Vienna 2020−03−20 Vienna 2020−03−20 Vienna 2020−03−20 Vienna 2020−03−17 Vienna 2020−03−16 Vienna 2020−03−15 Vienna 2020−03−13 Vienna 2020−03−11 Vienna 2020−03−10 Vienna 2020−03−09 Vienna 2020−03−09 Vienna 2020−03−09 Vienna 2020−03−08 Vienna 2020−03−08 Vienna 2020−03−07 Vienna 2020−03−07 Vienna 2020−03−07 Vienna 2020−03−07 Vienna 2020−03−07 Vienna 2020−03−06 Vienna 2020−03−06 Vienna 2020−03−04 Vienna 2020−03−04 Vienna 2020−03−04 Vienna 2020−03−04 Vienna 2020−03−03 Vienna 2020−03−03 Vienna 2020−03−02 Vienna 2020−02−28 Vienna 2020−02−28 Vienna 2020−02−27 Vienna 2020−03−14 Vienna 2020−03−05 Vienna 2020−03−05 Vienna 2020−03−08 Vienna 2020−03−22 Vienna 2020−03−16 Vienna 2020−03−16 Vienna 2020−03−16 Vienna 2020−03−15 Vienna 2020−03−08 Vienna 2020−03−19 Ischgl 2020−02−24 Vienna 2020−03−03 Kematen In Tirol 2020−03−20 Seefeld in Tirol 2020−03−25 Innsbruck 2020−03−24 Innsbruck 2020−03−12 Lower Austria, Austria 2020−03−19 Vienna 2020−03−23 Vienna 2020−03−26 Vienna 2020−03−26 Vienna 2020−03−21 Innsbruck 2020−03−24 Vienna 2020−03−03 Sistrans 2020−03−17 Strass im Zillertal 2020−04−06 Ramsau, Salzburg 2020−03−19 Burgenland 2020−03−26 Vienna 2020−03−25 Vienna 2020−03−23 Vienna 2020−03−21 Vienna 2020−03−21 Styria 2020−03−18 Vienna 2020−03−17 Vienna 2020−03−16 Vienna 2020−03−15 Europe / Italy / South Tyrol 2020−03−13 Innsbruck 2020−03−20 Innsbruck 2020−03−25 Innsbruck 2020−03−19 Vienna 2020−03−30 Vienna 2020−04−07 Vienna 2020−04−05 Vienna 2020−04−02 Vienna 2020−03−24 Vienna 2020−03−22 Vienna 2020−03−22 Vienna 2020−03−27 Vienna 2020−03−19 Vienna 2020−03−19 Vienna 2020−04−05 Vienna 2020−04−02 Vienna 2020−03−31 Vienna 2020−03−24 Styria 2020−03−19 Vienna 2020−03−16 Vienna 2020−03−18 Vienna 2020−03−14 Vienna 2020−03−06 Vienna 2020−03−24 Innsbruck 2020−03−19 Innsbruck 2020−03−24 Ischgl 2020−03−13 Burgenland 2020−03−27 Vorarlberg, Austria 2020−03−10 Tyrol 2020−03−27 Vienna 2020−03−18 Vienna 2020−03−15 Vienna 2020−03−15 Vienna 2020−03−14 Vienna 2020−03−14 Vienna 2020−03−14 Vienna 2020−03−14 Tyrol 2020−03−11 Ischgl 2020−03−13 Ischgl 2020−03−13 Ischgl 2020−03−11 Ischgl 2020−03−11 Innsbruck 2020−03−23 Steinach am Brenner 2020−03−24 Innsbruck 2020−03−17 Elbigenalp 2020−03−17 Ischgl 2020−03−11 Ischgl 2020−03−30 Ischgl 2020−03−09 Ischgl 2020−03−10 Ischgl 2020−03−09 Ischgl 2020−03−07 Ischgl 2020−03−10 Ischgl 2020−03−12 Ischgl 2020−03−09 Ischgl 2020−03−19 Ischgl 2020−03−09 Burgenland, Austria 2020−03−24 Ischgl, Austria 2020−03−16 Ischgl, Austria 2020−03−11 Innsbruck 2020−03−18 Innsbruck 2020−03−23 Innsbruck 2020−03−23 Innsbruck 2020−03−24 Tyrol 2020−03−27 Ischgl 2020−03−13 Ischgl 2020−03−11 Innsbruck 2020−03−19 Innsbruck 2020−03−20 Innsbruck 2020−03−20 Ischgl 2020−03−12 Vienna 2020−03−21 Vienna 2020−03−13 Ischgl 2020−03−09 Ischgl 2020−03−13 Ischgl 2020−03−09 Vienna 2020−03−24 Ischgl 2020−03−11 Aldrans 2020−03−17 Ischgl 2020−03−09 Ischgl 2020−03−09 Ischgl 2020−03−09 Ischgl 2020−03−09 Ischgl 2020−03−13 Ischgl 2020−03−13 Ischgl 2020−03−13 Ischgl 2020−03−10 Matrei am Brenner 2020−03−30 Ischgl 2020−03−11 Innsbruck 2020−04−03 Ischgl 2020−03−09 Styria 2020−03−31 Styria 2020−04−09 Styria 2020−04−08 Styria 2020−04−03 Styria 2020−03−31 Innsbruck 2020−03−25 unknown, Spain 2020−03−13 Ischgl 2020−03−25 Styria 2020−04−17 Ischgl 2020−03−11 Ischgl 2020−03−13 Ischgl 2020−03−11 Vienna, Austria 2020−03−23 Vienna 2020−03−25 Vienna 2020−03−25 Vienna 2020−03−24 Burgenland, Austria 2020−03−22 Vienna 2020−03−22 Bolzano, Italy 2020−03−10 Vienna, Austria 2020−03−16 Vienna 2020−03−17 Vienna 2020−03−16 Vienna 2020−03−15 Vienna 2020−03−17 Vienna, Austria 2020−03−10 Vienna 2020−03−27 Vienna 2020−03−25 Vienna 2020−03−23 Vienna 2020−03−23 Vienna 2020−03−20 Vienna 2020−03−20 Vienna 2020−03−16 Vienna 2020−03−16 Innsbruck 2020−03−18 Europe / Italy / Cruise ship 2020−03−03 Europe / Italy / Cruise ship 2020−03−11 Europe / Italy / Cruise ship 2020−03−06 Europe / Italy / Cruise ship 2020−03−03 Ischgl 2020−03−05 Vienna 2020−03−27 Vienna 2020−03−26 Vienna 2020−03−24 Vienna 2020−03−23 Vienna 2020−03−21 Ischgl 2020−03−11 Styria 2020−03−17 Styria 2020−03−25 Styria 2020−03−24 Vienna 2020−03−21 Laengenfeld 2020−03−18 Innsbruck 2020−03−12 Tyrol 2020−03−19 Zams 2020−03−24 Vienna 2020−03−23 Ischgl 2020−03−15 Venice, Italy 2020−03−13 Innsbruck 2020−03−12 Styria 2020−03−24 Styria 2020−04−02 Styria 2020−03−27 Styria 2020−04−17 Styria 2020−04−06 Styria 2020−04−14 Vienna 2020−03−22 Tyrol 2020−03−24 Innsbruck 2020−03−27 Vienna 2020−03−13 Ischgl 2020−03−09 St. Anton 2020−03−18 Vienna, Austria 2020−03−14 Vienna, Austria 2020−03−03 Vienna 2020−02−26 Styria 2020−04−17 Lower Austria, Austria 2020−03−06 Vienna 2020−03−22 Vienna 2020−03−18 St. Anton 2020−03−13 Ischgl 2020−03−11 Bad Gastein 2020−03−23 Vienna 2020−03−16 Vienna 2020−03−25 Vienna 2020−03−20 Vienna 2020−03−18 Vienna 2020−03−23 Vienna 2020−03−21 Styria 2020−03−13 Ramsau im Zillertal 2020−03−24 wuhan C241TA23403GC14408TC3037TG28881AG28882AG28883CG25563TC1059TG12832AC27046TA20268GG1440AG15380TC24642TG11083TC18877TC12073TG15957TG24197TC26735TA1140CG2891AC7011TC8782TA19652GC20457TA24862GC26088TT27801CT28144CG28395TG3994TC14805TT19839CC24621TG26144TT514CC3373AT17247CA187GC1457TC1594TC4002TG10097AC11109TG11516AC13536TG14653TC17410TG20709TC21846TC23731TG24102CG25269TG25593CA26530GC27393TG28851TG29540TA610GA761GC1387TG1508AC2003TC2306TC2509TA2775GG2809TC3261AT3399GT3455CG3514TC4068TG4255TG4510TC4993TC5183TT6163AA6825CC6843TG9190TC9491TG9526TT9530GC9665TC9693TG9844TC9857TC10582TG10610TG11093AG11464AA11822GG11842TC12525TC12923AC13430TG13982TC14117TC14407TC14757TT14832CC15026TC15324TC16017TT16515CC16726TC17733TG18255TT18499AC18526TG18985TC19255TC19366TC19718TC19961TG20419TC20719TG21204TG21987TC22323TA22991GC23380TA23558GC23707TA23767TC23802TC24715TT25414CC25509TG26109TA26265TC26894TA27020GA27023GC27092TC27630TG27861TT27900CG28048TT28110CC28629TG29315TG29422TG29511TG29543TC16699G

Fig S2. Phylogenetic tree with Austrian sequences. Aus- trian sequences with location metadata and mutations with respect to the Wuhan standard reference. 8 ANDREAS BLUHM, MATTHIAS CHRISTANDL, AND FULVIO GESMUNDO ET AL.

unknown 2020−04−05 unknown 2020−04−02 unknown 2020−04−02 unknown 2020−04−04 Austria 2020−03−10 unknown 2020−03−25 unknown 2020−03−10 Austria 2020−03−09 unknown 2020−03−24 unknown 2020−03−25 unknown 2020−03−18 Austria 2020−03−09 unknown 2020−03−29 unknown 2020−03−28 unknown 2020−03−05 unknown 2020−03−11 Austria 2020−03−11 unknown 2020−03−20 unknown 2020−03−08 unknown 2020−03−10 unknown 2020−03−17 Northern Italy 2020−03−02 unknown 2020−03−11 unknown 2020−03−16 Northern Italy 2020−03−10 hospital 2020−02−29 unknown 2020−03−04 unknown 2020−02−28 Lombardia Italy 2020−02−27 Northern Italy 2020−03−01 Northern Italy 2020−03−01 Iran 2020−02−26 unknown 2020−03−17 Wuhan A2a G25563TC1059TG11083TG26144TA26530GT7876AT13210GC24621TG28881AG28882AG28883CC1415TT1918CC7390TC11833TG13921TC18877TC313TC335TA761GC884TG1397AC3040TT3725GG5148TC5547TC5730TA6133GA6400GA6825CG8653TG11842AC14805TG15380TG15575TA17270GG17658TA20268GG20419TC23114TC23575TG23587CG24368CA25910GC28603TT28688CC28854TC29541TG29742T

Fig S3. Phylogenetic tree with Norwegian sequences. The tree shows the Norwegian sequences with travel history metadata and mutations with respect to the Wuhan standard reference.