Mise En Évidence Des Activités Hydrolytiques Extracellulaires De
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République Algérienne démocratique et populaire Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique Université Frères Mentouri Constantine Institut de la Nutrition, de l’Alimentation et des Technologies Agro- Alimentaires (I.N.A.T.A.A.) Département de Technologies alimentaires N ° d’ordre : N° de série : MEMOIRE Présenté en vue de l’obtention du diplôme de Magister en Sciences Alimentaires Option : Biotechnologie et Génie des procédés alimentaires THEME Mise en évidence des activités hydrolytiques extracellulaires de microorganismes halophiles et halotolérants des environnements hypersalins sahariens Présenté par : Mme BOURAS Biya Soutenu le: Devant le jury composé de : Président : Prof. BARKAT M. INATAA, UFMC Encadrant : Prof. KHARROUB K. INATAA, UFMC Examinateurs : Prof. BEKHOUCHE F. INATAA, UFMC Dr. BECILA-HIOUAL S. INATAA, UFMC Année universitaire 2015-2016 REMERCIEMENTS Mes sincères remerciements vont d’abord à ma Directrice de thèse Pr. Karima KHARROUB pour son soutien et sa coopération, et au Mr GOMRI M., qui m’a orienté et m’a aidé sincèrement. Mes vifs remerciements sont adressés également aux membres de jury : Pr. BARKAT M., Pr BEKHOUCHE F. et Dr. BECILA- HIOUAL S. Je n’oublie pas à exprimer chaleureusement mes remerciements à tous les membres du laboratoire BIOQUAL-INATAA. Un grand merci pour le directeur du laboratoire LACQC-SUD Mr. SALHI Mohammed Salah au niveau d’El OUED. Dédicace Je tiens tous d’abord de remercier mon bon dieu de m’avoir aider à réaliser ce travail. Je dédie ce mémoire : A mon cher mari qui m’a aidé tous le long de la formation, leur aide c’était extraordinaire avec leur amour, patience et compréhension Je lui dis : Je t’aime mon marie A mes très chers parents, avec toute ma reconnaissance. A ma chère maman, qui n’a jamais cessé de ménager ses efforts pour que j’atteigne ce niveau. Ni sacrifices, ni privations, ne l’ont empêché d’accomplir son devoir de mère soucieuse de l’avenir de ses enfants. A mon cher papa, qui a su se montrer patient, compréhensif et encourageant, sa chaleur paternelle a été et sera toujours pour moi d’un grand réconfort. A m’adorable sœur Sara, qui était toujours à mes côtés. A mes chers frères : Souheib, Mohammed Tahar, Khalil, Oussama et Fares. A mes chères amies : Ilham qui ne m’a jamais laissé seule avec toutes les difficultés de la vie. A Asma, Iman, Baya et Bouchra sans oublie ma belle amie : soussou SOMMAIRE LISTE DES FIGURES LISTE DES TABLEAUX LISTE DES ABREVIATIONS INTRODUCTION 01 REVUE BIBLIOGRAPHIQUE Chapitre I. Halophiles et halotolérants 1. Environnements extrêmes et extrêmophiles 03 2. Environnements hypersalins en Algérie 04 2.1. Concepts de chotts et de sebkhas 04 2.2. Répartition géographique des chotts et des sebkhas en Algérie 05 3. Microorganismes halophiles et halotolérants 06 3.1. Définition 06 3.2. Diversité phylogénétique 07 3.3. Mécanismes d’adaptation des microorganismes halophiles et halotolérants 08 3.3.1. Accumulation de KCl 08 3.3.2. Stratégie des solutés compatibles 08 3.3.3. Adaptation des protéines à la salinité 08 Chapitre II. Enzymes des halophiles et halotolérants 1. Biotechnologies des microorganismes halophiles et halotolérants 10 1.1. Concentration du sel 10 1.2. Production de polymères 10 1.3. Production de solutés compatibles 10 1.4. Production de Bactériorhodopsine 10 1.5. Liposomes des Archaea 11 1.6. Production des enzymes 11 1.6.1. Amylases 12 1.6.2. Protéases 13 1.6.3. Carboxylestérase : Estérases et lipases 14 1.6.4. Cellulases 14 MATERIEL ET METHODES 1. Sites d’étude et échantillonnage 16 1.1. Sites d’étude 16 1.2. Echantillonnage 19 2. Isolement, purification et conservation des souches 20 3. Caractérisation morphologique des colonies et des cellules 21 4. Détermination des spectres salins et de température 21 5. Mise en évidence des enzymes respiratoires 21 5.1. Cytochrome oxydase 21 5.2. Catalase 21 6. Criblage des souches productrices d’hydrolases extracellulaires 22 6.1. Détermination de l’activité amylolytique 22 6.2. Détermination de l’activité protéolytique 22 6.3. Détermination de l’activité lipolytique 22 RESULTATS ET DISCUSSION 1- Paramètres physico-chimiques des échantillons 23 2. Isolement et purification des isolats 24 3. Caractérisation morphologique des colonies et des cellules 25 4. Détermination des spectres salin et de température 28 5. Mise en évidence des enzymes respiratoires 33 6. Criblage des souches productrices d’enzymes hydrolytiques 35 CONCLUSION 45 REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES 47 ANNEXE Résumés LISTE DES FIGURES Figure 01 : Localisation de la sebkha Melghir et du chott Merouane 17 Figure 02 : Localisation du chott Ain El Beida 18 Figure 03 : Photographies des sites étudiés (A et B : sebkha Melghir ; C et D : 19 chott Merouana ; E : chott Ain El Beida) Figure 04 : Exemple des aspects macroscopiques des isolats. A, souche MR6 ; B, 27 souche ML28 ; C, souche MLS31 ; D, souche MR68 Figure 05 : Exemples d’observation microscopique de la coloration de Gram à 27 l’immersion (x100). A, Gram + ; B, Gram- Figure 06 : Répartition graphique de la tolérance des isolats des trois sites à la 32 salinité Figure 07 : Répartition graphique de la tolérance des isolats des trois sites à la 32 température Figure 08 : Exemples d’hydrolyse de polymère. A, Gélatine ; B, Tween 80 ; C, 38 Caséine ; D, Huile d’olive Figure 09 : Répartition par site des effectifs des isolats possédant des hydrolases 38 extracellulaire Figure 10 : Effectifs des isolats possédant des enzymes hydrolytiques 39 extracellulaires selon le Gram Figure 11 : Effectifs des isolats possédant des enzymes hydrolytiques 39 extracellulaires selon la forme cellulaire Figure 12 : Répartition des isolats selon le nombre d’hydrolase produit 40 LISTE DES TABLEAUX Tableau 01 : Tableau récapitulatif des chotts et des sebkhas en Algérie 05 Tableau 02 : Exemples des hydrolases produites par des microorganismes 11 halophiles et leurs applications industrielles Tableau 03 : Valeurs de la salinité, du pH et de la température des saumures. 23 Tableau 04 : Répartition des isolats selon leurs origines. 24 Tableau 05 : Caractéristiques morphologiques des colonies et des cellules 25 Tableau 06 : Spectres salin et de température des isolats 29 Tableau 07 : Cytochrome oxydase et de catalase des isolats 33 Tableau 08 : Criblage des souches productrices des enzymes hydrolytiques 36 LISTE DES ABREVIATIONS CaCl2 : Chlorure de calcium FeCl3 :Tri-chlorure de fer ha : hectare KCL : Chlorure de potassium M : Molarité MgCl2 : Chlorure de magnésium MgSO4 : Sulfate de magnésium MPa : méga pascal NaBr : Bromure de sodium NaCl : Chlorure de sodium NaHCO3 : Hydrogénocarbonate de sodium NaOH : Hydroxyle de sodium pH : potentiel d’hydrogène p/v : poid/volume T : Température v/v : volume/volume Introduction Introduction Apparus il y a plus de 3,5 milliards d'années, les microorganismes ont dominé la plus grande partie de l'histoire du vivant et constituent une composante essentielle de la biodiversité. On compte parmi eux une catégorie de microorganismes capables de se développer dans des conditions extrêmes ; à des températures élevées, dans des milieux à forte salinité, acidité ou alcalinité ; ce sont les extrêmophiles (Peduzzi et al., 2006). La reconnaissance de leur importance a considérablement progressé au cours de ces dernières années. Au cours de leur évolution, les extrêmophiles ont colonisé la Terre en innovant des voies métaboliques leur permettant de s’adapter à des conditions environnementales extrêmes. Ils présentent de ce fait des biomolécules originales, notamment des enzymes qui leur permettent de se développer de manière optimale dans leurs biotopes. Par conséquent, l’exploitation des cellules et de leurs composants cellulaires représentent une réelle nouveauté dans les biotechnologies (Quérellou et Guézennec, 2010). Les enzymes des extrêmophiles sont convoités pour divers procédés se déroulant dans des conditions dénaturantes pour leurs homologues issues d’organismes mésophiles. Ainsi celles produites par les microorganismes halophiles sont actives et stables à des concentrations de sel élevées (Ozcan et al., 2009 ; Radaddi et al., 2015), et plusieurs d’entre elles sont thermostables et alcalinostables (Cojoc et al., 2009). La stabilité de leur enzyme est due à leur structure primaire qui contient plus de résidus acides (Glutamate et Aspartate) et moins de résidus basiques (Lysine, Arginine) que leur homologue non halophiles. Les groupements d’acides aminés acides sont connus pour interagir fortement avec les molécules d’eau (Hough et Danson, 1999 cité par Kharroub, 2007). L’Algérie est un pays écologiquement très diversifié, recelant de nombreux environnements extrêmes représentés par les chotts, les sebkhas, le désert et les sources chaudes. Les études portant sur la diversité microbienne et la caractérisation des potentialités biotechnologiques de ces habitats restent sporadiques. Ainsi peu de travaux ciblant les environnements hypersalins sont réalisés (Kharroub, 2007 ; Ayad, 2012 ; Benabdallah, 2014 ; Kharroub, 2014). Les données issues des travaux des deux derniers auteurs ont révélé la présence des hydrolases extracellulaires sous contraintes salines. Notre travail a pour objectif, la mise en évidence des activités hydrolytiques extracellulaires de microorganismes halophiles et halotolérants de trois environnements hypersalins sahariens est appréhendée. Il s’agit de la sebkha Melghir et des deux chotts Merouane et Aïn El Beida qui sont classés comme sites Ramsar et complexes de zones humides. Il faut signaler qu’aucune investigation n’a été