DOCSLIB.ORG

Diversité Des Bactéries Halophiles Dans L'écosystème Fromager Et

Total Page：16

File Type：pdf, Size：1020Kb

Download full-text PDF Read full-text
Diversité Des Bactéries Halophiles Dans L'écosystème Fromager Et Diversité des bactéries halophiles dans l'écosystème fromager et étude de leurs impacts fonctionnels Diversity of halophilic bacteria in the cheese ecosystem and the study of their functional impacts Thèse de doctorat de l'université Paris-Saclay École doctorale n° 581 Agriculture, Alimentation, Biologie, Environnement et Santé (ABIES) Spécialité de doctorat: Microbiologie Unité de Recherche : Micalis Institute, Jouy-en-Josas, France Référent : AgroParisTech Thèse présentée et soutenue à Paris-Saclay, le 01/04/2021 par Caroline Isabel KOTHE Composition du Jury Michel-Yves MISTOU Président Directeur de Recherche, INRAE centre IDF - Jouy-en-Josas - Antony Monique ZAGOREC Rapporteur & Examinatrice Directrice de Recherche, INRAE centre Pays de la Loire Nathalie DESMASURES Rapporteur & Examinatrice Professeure, Université de Caen Normandie Françoise IRLINGER Examinatrice Ingénieure de Recherche, INRAE centre IDF - Versailles-Grignon Jean-Louis HATTE Examinateur Ingénieur Recherche et Développement, Lactalis Direction de la thèse Pierre RENAULT Directeur de thèse Directeur de Recherche, INRAE (centre IDF - Jouy-en-Josas - Antony) 2021UPASB014 : NNT Thèse de doctorat de Thèse “A master in the art of living draws no sharp distinction between her work and her play; her labor and her leisure; her mind and her body; her education and her recreation. She hardly knows which is which. She simply pursues her vision of excellence through whatever she is doing, and leaves others to determine whether she is working or playing. To herself, she always appears to be doing both.” Adapted to Lawrence Pearsall Jacks REMERCIEMENTS Remerciements L'opportunité de faire un doctorat, en France, à l’Unité mixte de recherche MICALIS de Jouy-en-Josas a provoqué de nombreux changements dans ma vie : un autre pays, une autre langue, une autre culture et aussi, un nouveau domaine de recherche. Pendant ces trois ans et demi de thèse, j’ai eu l’occasion et le plaisir de rencontrer nombre de personnes, au laboratoire et sur mes lieux de recherche, les unes supervisant mes travaux, les autres m’apportant une aide précieuse par leurs conseils, encouragements et humour. Mes remerciements et ma reconnaissance vont d’abord à mon Directeur de thèse, Pierre Renault. Je me sens vraiment privilégiée d'avoir bénéficié des conseils d’un Superviseur au grand cœur, si patient et (presque) toujours de bonne humeur ! Je vous remercie de m'avoir accueillie dans votre laboratoire et, surtout, pour votre disponibilité, votre aide et les nombreux échanges sur les sujets les plus variés, qu'il s'agisse de soins aux plantes ou de questions scientifiques. Un grand merci à Bochra-Farah Kraïem pour avoir initié ce projet, ainsi qu'à Victoria Meslier et Bedis Dridi, pour mon insertion dans le monde de la biologie moléculaire et pour m'avoir aidée, notamment au laboratoire et dans la clarification et le développement des protocoles d'extraction d'ADN. Je remercie également Monique Zagorec, Nathalie Desmasures, Françoise Irlinger, Michel- Yves Mistou et Jean-Louis Hatte d’avoir acceptés de faire partie du jury, ainsi que Céline Delbès et Delphine Passerini pour leurs contributions fréquentes, tout au long de chaque année de mon parcours. Merci aussi à tous les membres de l'équipe FME, pour les réunions riches en échanges scientifiques, leurs encouragements, sans oublier les moments sympas que nous avons passés ensemble, surtout à Catane ! Je remercie tout particulièrement Marine et Gwendoline d'avoir rendu nos réunions d'équipe plus joyeuses et d'avoir toujours été disponibles pour aider ou dialoguer. Merci à Stéphane Chaillou et Mathieu Almeida qui m'ont accueillie et permis de participer aux cours de M2, sur le traitement des données métagénomiques, informations très utiles pour ma formation professionnelle. Dans le même ordre d'idée, pour son aide en bioinformatique, je remercie Alexandre Bolotine (Sacha), toujours prêt à effectuer l'analyse pangénomique, un volet important de ma thèse. Et, un grand merci et une immense reconnaissance à mon collègue du bureau, Nacer, qui a beaucoup apporté à mon travail, très gentil et toujours prêt à m'expliquer et à m'aider en tout, surtout en ce qui concerne les lignes de commandes. REMERCIEMENTS Un grand merci aux collègues de Grignon, pour avoir collaboré significativement à ce projet de thèse. Tout d'abord à Sandra, pour les trajets jusqu'au Centre, ce qui m'a fait gagner beaucoup de temps de transport, sans mentionner l’aspect très agréable de sa compagnie. Un immense merci à Christophe Monnet, qui m'a aidée dans la manipulation des fromages-agar, expériences toujours réalisées avec rigueur, sans compter son enseignement aux nombreuses techniques microbiologiques et sa participation active à mon travail de thèse. Je remercie également Françoise Irlinger de m'avoir accueillie avec tant d'empathie, en plus de son soutien et de ses encouragements dans toutes les réunions traitant de la caractérisation des nouvelles espèces ! La charge de travail à Grignon a également été assurée grâce à l'aide technique d'Anne- Sophie et Gwendoline pour le prélèvement des échantillons, d’Anne-Claire, dans l’analyse des chromatogrammes, et de Sophie Landaud pour son enseignement pertinent concernant l'analyse des composés volatils et l'organisation des données. Merci à tous (toutes). Au cours de ces années, j'ai eu l'occasion de partager des expériences avec certains stagiaires, qui ont rendu l'environnement de travail plus convivial, tout en complétant ma formation en ce qui concerne la gestion d’une équipe de recherche, associant empathie et patience. Parmi elles, Magali et Marine, qui ont contribué à l'isolement des souches halophiles, Keneza et Céline dans la caractérisation des nouvelles espèces, et Aurélie dans les analyses génomiques comparatives. Je suis également ravie de connaître Racha, qui a travaillé sur un autre sujet, mais qui est devenue une amie très chère. Je tiens également à remercier le CNPq pour le financement de ma bourse et encore Pierre, mon Directeur de thèse, pour m'avoir permis de réaliser toutes les expériences souhaitables pour le bon déroulement de la thèse. Je ne pourrais pas oublier de remercier Antoine Bouvier, qui a relu mon travail et m’a permis de contrôler le genre et l’orthographe de nombre de mots français. Mes remerciements vont aussi aux amis ou amis d’amis que j'ai rencontrés à la Gym ou dans les couloirs, au moment des repas, pour leurs conseils, les échanges amicaux passés en commun, et en particulier, à Léa, Iris, Eloise, Mélanie, Lucie et Ludovica (et tous ceux que j'ai pu oublier). Un merci tout particulier à Cécile, qui a été une super amie pendant ma thèse, que ce soit lors d’un déjeuner, pour un thé, pour le partage d'expériences, une amitié qui demeurera, au-delà de la thèse. REMERCIEMENTS Je veux remercier aussi tout le personnel de l’INRAE-Jouy pour m'avoir toujours accueillie de manière amicale, à l’Accueil et au RH, pour les clarifications et la fourniture des documents administratifs ; merci aussi à l'équipe « Prepa », pour la préparation et la mise à disposition des matériaux utilisés dans les expériences. Je remercie également mes voisins de laboratoire, en particulier l'équipe de BioRetroSynth, pour les cafés et les déjeuners pris ensemble et aussi l'équipe de MIHA pour les prêts de matériel ou, simplement, pour un bonjour et un sourire dans les couloirs. Loin de chez nous, les amis rencontrés et qui parlent notre langue deviennent pratiquement des membres de notre famille. Je remercie donc tout particulièrement Gabriela, Camila, Samar et Angelo, pour les moments et les expériences, partagés en France en tant qu'étrangers. Et même si tous sont dispersés aujourd’hui, je me souviendrai toujours d’eux avec beaucoup d'affection. Non moins important, un merci additionnel à toutes mes amies brésiliennes mais surtout à Camila et Domênica. Nos échanges et nos réflexions sincères, presque quotidiennes, m’ont fait prendre conscience que je suis la personne la plus chanceuse au monde d'avoir des gens comme elles à mon côté. Merci pour tous ces partages, pour avoir écouté mes craintes, sans me juger, et pour avoir célébré avec moi toutes les avancées ! Un grand merci à ma famille, mes neveux, mon père, ma mère, ma belle-sœur, mon frère et ma sœur. Pour les longues heures d'appels vidéo et surtout pour la visite et le voyage que nous avons fait avant l'arrivée du Covid. Merci de m'avoir communiquée les nouvelles de la croissance des enfants, même à distance ! Je remercie également ma deuxième mère, Marinez, d'être toujours prête à aider avec un énorme cœur. Et un merci tout particulier à ma sœur, pour m'avoir fait découvrir la pratique du yoga et pour avoir partagé des recettes et échangé en philosophies. Enfin, mes remerciements illimités vont à mon mari, Evandro ! Pour avoir toujours été là, à m'écouter, à m'aider et à me réconforter. Pour avoir cru en moi et m'avoir redonnée confiance dans les moments où je me sentais la moins sûre de moi, mais surtout pour m'avoir motivée pour être, chaque jour, une meilleure personne. Les remerciements sont ici un peu longs, mais nécessaires et sincères. Tous ceux qui sont passés dans ma vie m'ont fait évoluer positivement et je me sens vraiment chanceuse d'avoir rencontré des gens qui étaient prêts à m'aider, dans ce parcours. Je suis très reconnaissante à tous et les remercie encore pour leur indéfectible soutien durant ces trois années et demie. PUBLICATIONS Liste de publications Publications associés au projet de thèse dans des revues scientifiques : Kothe, C. I.; Bolotin, A.; Kraïem, B. F.; Dridi, B.; FoodMicrobiome Team, Renault, P. Unraveling the world of halophilic and halotolerant bacteria in cheese by combining cultural, genomic and metagenomic approaches. (under review in International Journal of Food Microbiology) Kothe, C.
Load more

Recommended publications
  • Victor Chirkin
    30 Crusade. It has become Slow Food’s new hot topic: from this point forth, “sentinels of flavour” will be prohibited from using commercial starter cultures. Along with the “natural cheese” designation, strong philosophical aspirations are emerging—ones that stand the test of the industry’s needs and realities. “Natural” cheeses: going the distance? R D By Débora The theme of this year’s Slow Food Cheese Kefir grains Pereira event (slated to take place in Bra, Italy, from September 15 to 18) is Natural is Possible, advocating cheesemaking without the use of commercial starter cultures. “It is a question of biodiversity preservation,” argues Piero Sardo, President of the Slow Food Foundation for Biodiversity. “Nowadays, everyone is using the same starter cultures, thereby erasing the ability to link a cheese to its terroir. Moreover, it is a matter of survival for small farmers. I am surprised,” he points out, “by how difficult it is for the French to Methods address this issue.” He believes that there is There are four no logic to working with raw milk if you are main methods to going to use commercial starter cultures. cultivate starter However, apart from the Brousse du Rove, cultures at home: most French “sentinel” cheeses, such as Salers backslopping Tradition, Laguiole, and the cheeses of the whey from one summer pastures of the Basque Pyrenees, cheese to make resort to exogenous starter cultures, at least to Marie-Christine Montel, a retired microbiologist another (such as kick off the season. of INRA’s Aurillac cheese facility, remembers how the Salers AOP (protected designation of with farmstead • Backslopping origin) greatly benefited from the introduction of lactic chevres) commercial starter cultures since, at the time, it backslopping provided solutions to manufacturing problems The main challenge for those who engage in on fermented such as post-acidification.
    [Show full text]
  • Latest Press Release from Consensus Action on Salt and Health
    ‘POSH’ SALT HEALTH CLAIMS SHOULD BE TAKEN WITH A GRAIN OF SALT! Sodium chloride accounts for nearly 100% of all rock and sea salts surveyed and are therefore just a more pricey way of damaging our health Health claims on labels fuel confusion; one in four Which? members (28%) admit to thinking rock and sea salts are healthier than table salt 17.11.11 ‘Posh’ salts such as rock and sea salts have been popularised by TV chefs who sprinkle them liberally on their culinary creations. New research from CASH (Consensus Action on Salt and Health) and Which? reveals that gourmet rock and sea salts are as damaging to your health as regular salt, despite on pack claims that the products are ‘natural’ and ‘contain minerals’. The sodium chloride content of ‘posh’ salts, such as Maldon and Himalayan (Best Care Products), and table salt (Saxa), were measured by a public analyst [Ref 1]. Sodium and chloride combine to form salt (NaCl), it is this combination of minerals which puts up our blood pressure, leading to strokes, heart failure and heart disease and are also linked to osteoporosis, stomach cancer and kidney disease. The results show they all contain just as much sodium chloride as each other, and are therefore just as damaging for our health. However, according to a Which? member survey [Ref 2], those who buy rock or sea salt cite reasons such as believing they are healthier (24%) or more natural (39%) than table salt. Sodium Chloride (NaCl) content of surveyed salts 98.86 96.65 99.50 100.65 103.57 97.19 91.48 100 80 60 40 20 NaCl contentNaCl (g/100g) 0 Best Care Cornish Sea Halen Mon Maldon Sea Saxa Table Tidman's Zauber der Products Salt Co Pure White Salt Flakes Salt Natural Rock Gewürze Himalayan Cornish Sea Sea Salt Salt Fleur de Sel Crystal Salt Salt NB Some salts total more or less than 100% NaCl per 100g.
    [Show full text]
  • Proteomic Analysis of Organic Sulfur Compound Utilisation in Advenella Mimigardefordensis Strain DPN7T
    RESEARCH ARTICLE Proteomic analysis of organic sulfur compound utilisation in Advenella mimigardefordensis strain DPN7T Christina Meinert1, Ulrike Brandt1, Viktoria Heine1, Jessica Beyert1, Sina Schmidl1, Jan Hendrik WuÈbbeler1, Birgit Voigt2, Katharina Riedel2, Alexander SteinbuÈchel1,3* 1 Institut fuÈr Molekulare Mikrobiologie und Biotechnologie, WestfaÈlische Wilhelms-UniversitaÈt, MuÈnster, Germany, 2 Institut fuÈr Mikrobiologie, Ernst-Moritz-Arndt-UniversitaÈt, Greifswald, Germany, 3 Environmental Science Department, King Abdulaziz University, Jeddah, Saudi Arabia a1111111111 * [email protected] a1111111111 a1111111111 a1111111111 Abstract a1111111111 2-Mercaptosuccinate (MS) and 3,3Â-ditiodipropionate (DTDP) were discussed as precursor substance for production of polythioesters (PTE). Therefore, degradation of MS and DTDP was investigated in Advenella mimigardefordensis strain DPN7T, applying differential prote- OPEN ACCESS omic analysis, gene deletion and enzyme assays. Protein extracts of cells cultivated with MS, DTDP or 3-sulfinopropionic acid (SP) were compared with those cultivated with propio- Citation: Meinert C, Brandt U, Heine V, Beyert J, Schmidl S, WuÈbbeler JH, et al. (2017) Proteomic nate (P) and/or succinate (S). The chaperone DnaK (ratio DTDP/P 9.2, 3SP/P 4.0, MS/S analysis of organic sulfur compound utilisation in 6.1, DTDP/S 6.2) and a Do-like serine protease (DegP) were increased during utilization of T Advenella mimigardefordensis strain DPN7 . PLoS all organic sulfur compounds. Furthermore, a putative bacterioferritin (locus tag ONE 12(3): e0174256. https://doi.org/10.1371/ journal.pone.0174256 MIM_c12960) showed high abundance (ratio DTDP/P 5.3, 3SP/P 3.2, MS/S 4.8, DTDP/S 3.9) and is probably involved in a thiol-specific stress response.
    [Show full text]
  • Arthrobacter Paludis Sp. Nov., Isolated from a Marsh
    TAXONOMIC DESCRIPTION Zhang et al., Int J Syst Evol Microbiol 2018;68:47–51 DOI 10.1099/ijsem.0.002426 Arthrobacter paludis sp. nov., isolated from a marsh Qi Zhang,1 Mihee Oh,1 Jong-Hwa Kim,1 Rungravee Kanjanasuntree,1 Maytiya Konkit,1 Ampaitip Sukhoom,2 Duangporn Kantachote2 and Wonyong Kim1,* Abstract A novel Gram-stain-positive, strictly aerobic, non-endospore-forming bacterium, designated CAU 9143T, was isolated from a hydric soil sample collected from Seogmo Island in the Republic of Korea. Strain CAU 9143T grew optimally at 30 C, at pH 7.0 and in the presence of 1 % (w/v) NaCl. The phylogenetic trees based on 16S rRNA gene sequences revealed that strain CAU 9143T belonged to the genus Arthrobacter and was closely related to Arthrobacter ginkgonis SYP-A7299T (97.1 % T similarity). Strain CAU 9143 contained menaquinone MK-9 (H2) as the major respiratory quinone and diphosphatidylglycerol, phosphatidylglycerol, phosphatidylinositol, two glycolipids and two unidentified phospholipids as the major polar lipids. The whole-cell sugars were glucose and galactose. The peptidoglycan type was A4a (L-Lys–D-Glu2) and the major cellular fatty T acid was anteiso-C15 : 0. The DNA G+C content was 64.4 mol% and the level of DNA–DNA relatedness between CAU 9143 and the most closely related strain, A. ginkgonis SYP-A7299T, was 22.3 %. Based on phenotypic, chemotaxonomic and genetic data, strain CAU 9143T represents a novel species of the genus Arthrobacter, for which the name Arthrobacter paludis sp. nov. is proposed. The type strain is CAU 9143T (=KCTC 13958T,=CECT 8917T).
    [Show full text]
  • Montbeliarde : Bred for the French Cheese Industry
    Montbeliarde : Bred for the French cheese Industry The main use of milk in France is cheese making and France is recognized widely and internationally for its high quality and diversity of cheeses. It looks like a detail but the cheese industry allowed a lot of mountain areas to sustain economically thanks to their pastures and cows herds. Areas like Alps, Jura, Pyrenees, Massif Central and Vosges are renowned for their specific cheeses that keep local activities in hard access regions. More recently, changes that are affecting the dairy industry lead to more added value products such as cheese, which gives new opportunities for that industry. To achieve better economic efficiency, dairy farmers of the Montbeliarde area (Central east of France) organized themselves for decades around local cooperatives running small cheese plants called “Fruitières”. There, dairy farmers sell cheese instead of milk and developed strategies to get a better product, increasing cheese yield (on the cow side) and increasing the quality and flavour of cheese (process side). All this led to a maximum of added value and made “Comte” cheese the N°1 high quality cheese in all France for years (45.000 tons/year). The genetic side is important and several scientific studies demonstrated it. The cheese process depends a lot on both bacteriological and organoleptical milk quality. A- Factors influencing Cheese Yield 1-Protein content Cheese Yield is proportional to milk % of protein up to 3,8%. Above that figure, cheese yield doesn’t increase significatively. 2-Casein type. Casein is the principal protein in milk. During the cheese making process, casein solidifies, curdles or coagulates into cheese through the action of rennet.
    [Show full text]
  • A Taxonomic Note on the Genus Lactobacillus
    Taxonomic Description template 1 A taxonomic note on the genus Lactobacillus: 2 Description of 23 novel genera, emended description 3 of the genus Lactobacillus Beijerinck 1901, and union 4 of Lactobacillaceae and Leuconostocaceae 5 Jinshui Zheng1, $, Stijn Wittouck2, $, Elisa Salvetti3, $, Charles M.A.P. Franz4, Hugh M.B. Harris5, Paola 6 Mattarelli6, Paul W. O’Toole5, Bruno Pot7, Peter Vandamme8, Jens Walter9, 10, Koichi Watanabe11, 12, 7 Sander Wuyts2, Giovanna E. Felis3, #*, Michael G. Gänzle9, 13#*, Sarah Lebeer2 # 8 '© [Jinshui Zheng, Stijn Wittouck, Elisa Salvetti, Charles M.A.P. Franz, Hugh M.B. Harris, Paola 9 Mattarelli, Paul W. O’Toole, Bruno Pot, Peter Vandamme, Jens Walter, Koichi Watanabe, Sander 10 Wuyts, Giovanna E. Felis, Michael G. Gänzle, Sarah Lebeer]. 11 The definitive peer reviewed, edited version of this article is published in International Journal of 12 Systematic and Evolutionary Microbiology, https://doi.org/10.1099/ijsem.0.004107 13 1Huazhong Agricultural University, State Key Laboratory of Agricultural Microbiology, Hubei Key 14 Laboratory of Agricultural Bioinformatics, Wuhan, Hubei, P.R. China. 15 2Research Group Environmental Ecology and Applied Microbiology, Department of Bioscience 16 Engineering, University of Antwerp, Antwerp, Belgium 17 3 Dept. of Biotechnology, University of Verona, Verona, Italy 18 4 Max Rubner‐Institut, Department of Microbiology and Biotechnology, Kiel, Germany 19 5 School of Microbiology & APC Microbiome Ireland, University College Cork, Co. Cork, Ireland 20 6 University of Bologna, Dept. of Agricultural and Food Sciences, Bologna, Italy 21 7 Research Group of Industrial Microbiology and Food Biotechnology (IMDO), Vrije Universiteit 22 Brussel, Brussels, Belgium 23 8 Laboratory of Microbiology, Department of Biochemistry and Microbiology, Ghent University, Ghent, 24 Belgium 25 9 Department of Agricultural, Food & Nutritional Science, University of Alberta, Edmonton, Canada 26 10 Department of Biological Sciences, University of Alberta, Edmonton, Canada 27 11 National Taiwan University, Dept.
    [Show full text]
  • Taxonomie a Ekologie Rodu Enterococcus
    ___________________________________________________________________________ MasarykovauniverzitavBrně Přírodovědeckáfakulta Ústavexperimentální biologie,Oddělenímikrobiologie Taxonomie a ekologie rodu Enterococcus (Bakalářská prácestudijníhoprogramuBiologie oboruObecná biologie –směrMikrobiologie) Hana Bryndová Brno,Českárepublika2008 ___________________________________________________________________________ 1 Za cenné rady,ochotnoupomoc a čas,kterými věnoval při vznikutétopráce,tímto děkuji RNDr.PavluŠvecovi,PhD.,podjehož vedením jsem bakalářskoupráci zpracovala na půděČeskésbírkymikroorganismů. 2 Obsah 1. Úvod...................................................................................................................................6 2. Cíl práce .............................................................................................................................6 3. Taxonomie rodu Enterococcus ...........................................................................................7 3.1 Historietaxonomierodu Enterococcus ......................................................................7 3.2 Současnátaxonomierodu Enterococcus ....................................................................7 3.3 Charakteristikarodu Enterococcus ............................................................................9 3.3.1 Fylogenetickézařazení rodu Enterococcus ............................................................9 3.3.2 Základnícharakteristika .........................................................................................9
    [Show full text]
  • Genomic Analysis of Ant Domatia-Associated Melanized Fungi (Chaetothyriales, Ascomycota) Leandro Moreno, Veronika Mayer, Hermann Voglmayr, Rumsais Blatrix, J
    Genomic analysis of ant domatia-associated melanized fungi (Chaetothyriales, Ascomycota) Leandro Moreno, Veronika Mayer, Hermann Voglmayr, Rumsais Blatrix, J. Benjamin Stielow, Marcus Teixeira, Vania Vicente, Sybren de Hoog To cite this version: Leandro Moreno, Veronika Mayer, Hermann Voglmayr, Rumsais Blatrix, J. Benjamin Stielow, et al.. Genomic analysis of ant domatia-associated melanized fungi (Chaetothyriales, Ascomycota). Mycolog- ical Progress, Springer Verlag, 2019, 18 (4), pp.541-552. 10.1007/s11557-018-01467-x. hal-02316769 HAL Id: hal-02316769 https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02316769 Submitted on 15 Oct 2019 HAL is a multi-disciplinary open access L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est archive for the deposit and dissemination of sci- destinée au dépôt et à la diffusion de documents entific research documents, whether they are pub- scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, lished or not. The documents may come from émanant des établissements d’enseignement et de teaching and research institutions in France or recherche français ou étrangers, des laboratoires abroad, or from public or private research centers. publics ou privés. Mycological Progress (2019) 18:541–552 https://doi.org/10.1007/s11557-018-01467-x ORIGINAL ARTICLE Genomic analysis of ant domatia-associated melanized fungi (Chaetothyriales, Ascomycota) Leandro F. Moreno1,2,3 & Veronika Mayer4 & Hermann Voglmayr5 & Rumsaïs Blatrix6 & J. Benjamin Stielow3 & Marcus M. Teixeira7,8 & Vania A. Vicente3 & Sybren de Hoog1,2,3,9 Received: 20 August 2018 /Revised: 16 December 2018 /Accepted: 19 December 2018 # The Author(s) 2019 Abstract Several species of melanized (Bblack yeast-like^) fungi in the order Chaetothyriales live in symbiotic association with ants inhabiting plant cavities (domatia) or with ants that use carton-like material for the construction of nests and tunnels.
    [Show full text]
  • LAS VEGAS PRODUCT CATALOG INGREDIENTS Full Page Ad for FINE PASTRY 11”X 8.5”
    PRODUCT CATALOG LAS VEGAS chefswarehouse.com BAKING AND PASTRY FROZEN/RTB BREAD ...................12 BEVERAGES, GOAT CHEESE ............................21 CONDIMENTS BAKING JAM ..............................4 PIZZA SHELLS ...............................12 COFFEE AND TEA GOUDA.......................................21 AND JAMS TORTILLAS/WRAPS ......................12 HAVARTI.......................................22 BAKING MIXES ............................4 BAR MIXERS ................................17 CHUTNEY ....................................25 WRAPPERS ..................................12 JACK CHEESE .............................22 BAKING SUPPLIES .......................4 BITTERS .........................................17 GLAZES AND DEMI-GLAZES .......25 BROWNIES ..................................12 MASCARPONE ...........................22 COLORANTS ...............................4 CORDIAL ....................................17 KETCHUP .....................................25 CAKES ASSORTED ......................12 MISCELLANEOUS ........................22 CROISSANTS ...............................4 JUICE ...........................................17 MAYO ..........................................25 TARTS ...........................................13 MOUNTAIN STYLE ........................22 DÉCOR ........................................4 MISCELLANEOUS ........................17 MUSTARD ....................................25 COULIS ........................................13 MOZZARELLA ..............................22 EXTRACTS ....................................6
    [Show full text]
  • Fungal Planet Description Sheets: 716–784 By: P.W
    Fungal Planet description sheets: 716–784 By: P.W. Crous, M.J. Wingfield, T.I. Burgess, G.E.St.J. Hardy, J. Gené, J. Guarro, I.G. Baseia, D. García, L.F.P. Gusmão, C.M. Souza-Motta, R. Thangavel, S. Adamčík, A. Barili, C.W. Barnes, J.D.P. Bezerra, J.J. Bordallo, J.F. Cano-Lira, R.J.V. de Oliveira, E. Ercole, V. Hubka, I. Iturrieta-González, A. Kubátová, M.P. Martín, P.-A. Moreau, A. Morte, M.E. Ordoñez, A. Rodríguez, A.M. Stchigel, A. Vizzini, J. Abdollahzadeh, V.P. Abreu, K. Adamčíková, G.M.R. Albuquerque, A.V. Alexandrova, E. Álvarez Duarte, C. Armstrong-Cho, S. Banniza, R.N. Barbosa, J.-M. Bellanger, J.L. Bezerra, T.S. Cabral, M. Caboň, E. Caicedo, T. Cantillo, A.J. Carnegie, L.T. Carmo, R.F. Castañeda-Ruiz, C.R. Clement, A. Čmoková, L.B. Conceição, R.H.S.F. Cruz, U. Damm, B.D.B. da Silva, G.A. da Silva, R.M.F. da Silva, A.L.C.M. de A. Santiago, L.F. de Oliveira, C.A.F. de Souza, F. Déniel, B. Dima, G. Dong, J. Edwards, C.R. Félix, J. Fournier, T.B. Gibertoni, K. Hosaka, T. Iturriaga, M. Jadan, J.-L. Jany, Ž. Jurjević, M. Kolařík, I. Kušan, M.F. Landell, T.R. Leite Cordeiro, D.X. Lima, M. Loizides, S. Luo, A.R. Machado, H. Madrid, O.M.C. Magalhães, P. Marinho, N. Matočec, A. Mešić, A.N. Miller, O.V. Morozova, R.P. Neves, K. Nonaka, A. Nováková, N.H.
    [Show full text]
  • Biochemical Characterization and 16S Rdna Sequencing of Lipolytic Thermophiles from Selayang Hot Spring, Malaysia
    View metadata, citation and similar papers at core.ac.uk brought to you by CORE provided by Elsevier - Publisher Connector Available online at www.sciencedirect.com ScienceDirect IERI Procedia 5 ( 2013 ) 258 – 264 2013 International Conference on Agricultural and Natural Resources Engineering Biochemical Characterization and 16S rDNA Sequencing of Lipolytic Thermophiles from Selayang Hot Spring, Malaysia a a a a M.J., Norashirene , H., Umi Sarah , M.H, Siti Khairiyah and S., Nurdiana aFaculty of Applied Sciences, Universiti Teknologi MARA, 40450 Shah Alam, Selangor, Malaysia. Abstract Thermophiles are well known as organisms that can withstand extreme temperature. Thermoenzymes from thermophiles have numerous potential for biotechnological applications due to their integral stability to tolerate extreme pH and elevated temperature. Because of the industrial importance of lipases, there is ongoing interest in the isolation of new bacterial strain producing lipases. Six isolates of lipases producing thermophiles namely K7S1T53D5, K7S1T53D6, K7S1T53D11, K7S1T53D12, K7S2T51D14 and K7S2T51D19 were isolated from the Selayang Hot Spring, Malaysia. The sampling site is neutral in pH with a highest recorded temperature of 53°C. For the screening and isolation of lipolytic thermopiles, selective medium containing Tween 80 was used. Thermostability and the ability to degrade the substrate even at higher temperature was proved and determined by incubation of the positive isolates at temperature 53°C. Colonies with circular borders, convex in elevation with an entire margin and opaque were obtained. 16S rDNA gene amplification and sequence analysis were done for bacterial identification. The isolate of K7S1T53D6 was derived of genus Bacillus that is the spore forming type, rod shaped, aerobic, with the ability to degrade lipid.
    [Show full text]
  • A New Symbiotic Lineage Related to Neisseria and Snodgrassella Arises from the Dynamic and Diverse Microbiomes in Sucking Lice
    bioRxiv preprint doi: https://doi.org/10.1101/867275; this version posted December 6, 2019. The copyright holder for this preprint (which was not certified by peer review) is the author/funder, who has granted bioRxiv a license to display the preprint in perpetuity. It is made available under aCC-BY-NC-ND 4.0 International license. A new symbiotic lineage related to Neisseria and Snodgrassella arises from the dynamic and diverse microbiomes in sucking lice Jana Říhová1, Giampiero Batani1, Sonia M. Rodríguez-Ruano1, Jana Martinů1,2, Eva Nováková1,2 and Václav Hypša1,2 1 Department of Parasitology, Faculty of Science, University of South Bohemia, České Budějovice, Czech Republic 2 Institute of Parasitology, Biology Centre, ASCR, v.v.i., České Budějovice, Czech Republic Author for correspondence: Václav Hypša, Department of Parasitology, University of South Bohemia, České Budějovice, Czech Republic, +42 387 776 276, [email protected] Abstract Phylogenetic diversity of symbiotic bacteria in sucking lice suggests that lice have experienced a complex history of symbiont acquisition, loss, and replacement during their evolution. By combining metagenomics and amplicon screening across several populations of two louse genera (Polyplax and Hoplopleura) we describe a novel louse symbiont lineage related to Neisseria and Snodgrassella, and show its' independent origin within dynamic lice microbiomes. While the genomes of these symbionts are highly similar in both lice genera, their respective distributions and status within lice microbiomes indicate that they have different functions and history. In Hoplopleura acanthopus, the Neisseria-related bacterium is a dominant obligate symbiont universally present across several host’s populations, and seems to be replacing a presumably older and more degenerated obligate symbiont.
    [Show full text]