Prije početka agresije općina je imala površinu 384 km2 i po popisu stanovništva iz 1991., 43 249 stanovnika, raspoređenih u 56 naselja. Nacionalna struktura je bila: 45,4% Bošnjaka, 30,7% Srba, 19,3%, Jugoslovena 3,4% 1,2 % ostalih. Stanovništvo se vremenom nacionalno grupisalo u nekoliko područja: u samom gradu i naseljima Bijela Ploča, , Liješnica, Moševac, , , Čobe, i Novi Šeher, većina su bili Bošnjaci. Srpsko stanovništvo činilo je većinu na desnoj obali rijeke Bosne, u podnožju planine Ozren, pa sve na sjever do Doboja. Nakon prvih višestranačkih izbora, održanih 18. novembra 1990., važna mjesta u političkim i privrednim subjektima pripadala su kadrovima srpske nacionalnosti.

Uvidjevši da Bošnjaci vraćaju svoj nacionalni i vjerski identitet, JNA i SDS se otvoreno stavljaju na realizaciju velikosrpskog projekta. Za to vrijeme probosanske strane, naročito SDA, rade na organizaciji pružanja otpora nadolazećoj agresiji. Otvoreno se suprostavlja zahtjevu JNA o stacioniranju vojne tehnike na Omerdinom Polju i slanju maglajskih regruta na hrvatsko ratište. Dana, 6. aprila 1992. bit će formirana i prva odbrambena jedinica. Padom Doboja, 2. maja 1992., rat je pokucao i na maglajska vrata. Na prostoru 16 mjesnih zajednica formirat će se krizni štabovi. Uredbom Predsjedništva RBiH, od 15. aprila 1992., formira se Opštinski štab Teritorijalne odbrane Maglaj. U početnoj fazi agresije OpŠTO je imao 17 samostalnih četa i 2 samostalna bataljona, sa ukupno 1848 vojno sposobnih lica. Pored navedenog, djelovao je rejonski štab u Novom Šeheru, ratni odred iz Misurića i prištapske jedinice. Sve ove jedinice funkcionisat će do 6. novembra 1992. kada se naredbom Štaba Vrhovne komande OS RBiH formira Prva maglajska brigada. Brigada će jedan kraći period nositi naziv 318. bbr, a ubrzo će prerasti u 201. brdsku brigadu Maglaj, te će biti potčinjena Operativnoj grupi „7 - Jug“, u Maglaju, odnosno 2. korpusu ARBiH sa sjedištem u Tuzli. U trenutku formiranja brigadu je činilo 1985 vojnih lica ili 93,10% vojno sposobnih. Za izuzetnu hrabrost i veliki otpor pružen agresoru maglajska 201. brigada će 14. decembra 1993. dobiti počasni naziv „Viteška“, kao tek druga brigada ARBiH koja je taj status dobila. Neposredno nakon deblokade maglajskog okruga, u aprilu 1994. 201. brigada će biti potčinjena OG „Bosna“ u Zavidovićima. Naređenjem Komande 3. korpusa br. 05/8 – 4 iz 18. januara 1995., brigada mijenja naziv u 327. bbr Maglaj, uz počasni naziv „Viteška“. Formiranjem divizija, postat će dio 35. divizije 3. korpusa ARBiH.

Do maja mjeseca 1992. veliki broj izbjeglica iz okolnih općina se našao na teritoriju maglajske općine. Presudan trenutak za Maglaj se desio 8. maja kada su pripadnici SJB Maglaj zaustavili vozilo u kojem su se nalazili oficiri JNA. Tom prilikom smrtno je stradao policajac Rifat Abidović na kojeg je pucano iz vozila. Rifat će tako postati prvi šehid i maglajski gazija koji položi život za svoj grad. Vatra je uzvraćena, i tom prilikom su likvidirani Dušan i Goran Stokanić, te Velimir Panić. Iz planova pronađenih u stanu Dušana Stokanića otkriven je svirepi plan okupacije Maglaja. Trebalo je likvidirati sve važne ličnosti iz političkog i vojnog vrha te doturiti naoružanje lokalnom stanovništvo koje će izazvati pobunu. Dio bošnjačkog i hrvatskog stanovništva je trebalo likvidirati, a dio smjestiti u logor koji bi se nalazio kod Petrolove pumpe.

Nakon što je propao plan agresora o lahkom zauzimanju grada Maglaja, dolazi do prvog granatiranja maglajske općine. Prve granate su pale kod motela Bistrica. Granatiranje promjenjivog intenziteta će se nastaviti sve do 21. septembra kada srpski agresor otpočinje veliku ofanzivu na slobodni teritorij maglajske općine. U prvim danima ofanzive na slobodni teritorij općine palo je oko 3 600 granata, dok će za vrijeme čitave ofanzive taj broj iznositi 10 000. Do 30. oktobra neprijatelj je zauzeo oko 11 km2 teritorije, dok je odbranjeno 15 km2 oko Starog grada Maglaja. Pala su mjesta: Straište, Isići, Ruvići i Bradići. Početkom novembra OpŠTO planira izvođenje kontraofanzive. Tokom novembra oslobođen je objekat Naplavak i dio naselja Šipovo, a oslobađanjem kote Simanov grob, 17. novembra slomljena je neprijateljska ofanziva. Koliko je ofanziva bila žestoka, dovoljno govori podatak da je u njoj poginulo 95 maglajskih boraca. Na osnovu dostupne agresorske literature, poginula su 123 agresorska vojnika.

Linije odbrane ni tokom 1993. nisu mirovale. Agresor je još intenzivnije nastavio sa granatiranjem gradskih i prigradskih dijelova. Upravo će ta godina ostati upamćena po najkrvavijem danu po civilno stanovništvo. Ispred maglajskog solitera, 29. oktobra 1993., od granate ispaljene sa agresorskih položaja stradalo je 15 građana Maglaja. Godinu će obilježiti nekoliko oslobodilačkih akcija, ali i sramna izdaja ekstremnih dijelova HVO iz Žepča, nakon čega će Maglaj doći pod devetomjesečnu blokadu. Dana, 6. maja maglajski i teslićki heroji izvode diverzantsku akciju u rejonu Salmanskih njiva, te uništavaju neprijateljsko vozilo u kojem su se nalazili agresorski oficiri. Tokom istog mjeseca oslobođeni su i objekti: Gradac – Kapetanovo guvno i Naplavak, te naselja Isići, Brdari, i Straište. Slobodna teritorija je proširena za 5,5 kilometara po dubini. Dana, 24. juna HVO propušta preko svojih linija jedinice VRS koje napadaju maglajske branioce kod Novog Šehera i Liješnice. Pripadnici maglajske brigade se zajedno sa civilnim stanovništvom povlače prema slobodnoj teritoriji Maglaja i Zenice. Od ovih boraca će početkom jula biti formirana 299. lahka brigada. Tako će Maglaj početkom jula 1993. dobiti i „Drugu maglajsku brigadu“, koja će u konačnici biti nazvana 299. maglajsko – teslićka lahka brigada. Grad se našao u veoma teškom položaju, potpuno okružen neprijateljskim vojnicima. Agresor iskorištava takvu situaciju i 31. jula izvodi pješadijsko – tenkovski napad na linije odbrane kod Krsnog Polja i Saraj Plane, ali biva odbijen. Branioci Maglaja 13. septembra izvode još jednu oslobodilačku akciju i oslobađaju kotu 277 – Zekići. I pored potpune blokade želja za slobodom i opstanskom se osjetila na svakom koraku, tako da je agresoru Maglaj i u ovoj godini ostao neostvaren san.

U narednu 1994. se, i pored velike gladi i hladnoće, ušlo sa velikom nadom. Moralisani brojnim pobjedama, maglajski branioci 21. januara izvode, vjerovatno najblistaviju operaciju na maglajskom prostoru „Konvoj 94“ i oslobađaju zloglasno srpsko uporište Pazarić. Tom prilikom je oslobođena Liješnica i zaseok Novakovići i Donji Bradići. Ipak, agresor je uvidio da nizom manjih operacija ne može probiti čelične maglajske rovove. Dana, 24. februara otpočinje nova velika agresorska ofanziva. U naredna tri dana u rejonu: Trnava – Gornji Ulišnjak – tt 388 – tt 472, trajat će sveopći napad. Zahvaljujući angažmanu drugih jedinica ARBiH tokom februara i marta, izvan maglajskog odbrambenog prstena, i ova operacija će doživjeti krah. Izgubljena je velika slobodna teritorija na desnoj obali rijeke Bosne, ali Maglaj je i ovaj put odbranio svoju slobodu. Slamanju agresorske ofanzive na Maglaj pridonijelo je i potpisivanje Vašingtonskog sporazuma, 18. marta 1994., kada je Maglaj definitivno deblokiran. Da moral nije izgubljen najbolje svjedoči nova oslobodilačka akcija, „Spoj 94“ izvedena 10. septembra, kada su oslobođeni zaseoci: Bilići, Arnauti i Ruvići, kao i veliki dio Gračića. Slobodna teritorija je proširena za 1 km po dubini i 5 po širini.

Paočetak 1995. obilježen je četveromjesečnim primirjem, kojeg agresorska strana nije poštovala. Komanda ARBiH kreće sa pripremama o prelasku iz odbrambene u oslobodilačku fazu rata. Shodno tome u Maglaju se 15. aprila formira 5. manevarski bataljon, koji će učestvovati u brojnim oslobodilačkim akcijama ARBiH u i izvan Maglaja. Nakon niza manjih strateških akcija združenih snaga ARBiH na Ozrenskom platou, tokom ljeta, u septembru kreće velika oslobodilačka akcija „Uragan 95“ u cilju oslobođenja kompletnog Ozrena i grada Doboja. Pripadnici maglajske brigade će se 15. septembra spojiti sa ostalim jedinicama ARBiH i krenuti u blistavi pohod oslobađanja okupirane maglajske teritorije. Tom prilikom oslobođena su mjesta: Mitrovića brijeg, Bijela Ploča, Grič, Babići, Davidovići, Bradarići, Gornji i , Simići, Puljkovac, Jelavići, Petrovići, Savići, Bočinja i Jablanica. Oslobađanjem sela Jablanica 17. septembra ne samo da je oslobođeno sjedište tzv. „Srpske opštine Maglaj“ nego je neprijatelj nakon tri godine rata izgubio vizuelni pogled prema Maglaju, čime je otklonjena neposredna opasnost po grad. Ovom akcijom procenat slobodne teritorije maglajske općine se sa 16% povećao na 46%. Također, oko 22% teritorije je kontrolisao HVO. Oslobodilački pohod združenih jedinica ARBiH biti će spriječen 12. oktobra kada je, pod pritiskom Međunarodne zajednice, nastupilo primirje. Time je Maglaj, uz veliku žrtvu, odbranio svoju slobodu i nije doživio propast brojnih drugih općina Bosne i Hercegovine.