2

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1 KŶĐŽƉƌŽƚĞŽŵŝĐƐ>ĂďŽƌĂƚŽƌLJ͕ĞƉĂƌƚŵĞŶƚŽĨDĞĚŝĐĂůKŶĐŽůŽŐLJĂŶĚ ϯĞƉĂƌƚŵĞŶƚŽĨůŝŶŝĐĂů 'ĞŶĞƟĐƐ͕shDĞĚŝĐĂůĞŶƚĞƌ͕ĞŽĞůĞůĂĂŶϭϭϭϳ͕ϭϬϴϭ,sŵƐƚĞƌĚĂŵ͕dŚĞEĞƚŚĞƌůĂŶĚƐ͖ ϮŝǀŝƐŝŽŶŽĨDŽůĞĐƵůĂƌŝŽůŽŐLJ͕EĞƚŚĞƌůĂŶĚƐĂŶĐĞƌ/ŶƐƟƚƵƚĞ͕WůĞƐŵĂŶůĂĂŶϭϮϭ͕ϭϬϲϲyŵƐƚĞƌĚĂŵ͕ dŚĞEĞƚŚĞƌůĂŶĚƐ

This research was originally published in Molecular and Cellular Proteomics, 2012; 11(7):M111.013334. © the American Society for Biochemistry and Molecular Biology Chapter 2

R1 ABSTRACT R2 R3 ƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌϭ͕ĞĂƌůLJŽŶƐĞƚ;ZϭͿŚĞƌĞĚŝƚĂƌLJďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ͕ĂƚLJƉĞŽĨĐĂŶĐĞƌǁŝƚŚĚĞĨĞĐƚƐ R4 ŝŶ ƚŚĞ ŚŽŵŽůŽŐLJͲĚŝƌĞĐƚĞĚ E ƌĞƉĂŝƌ ƉĂƚŚǁĂLJ͕ ǁŽƵůĚ ďĞŶĞĮƚ ĨƌŽŵ ƚŚĞ ŝĚĞŶƟĮĐĂƟŽŶ ŽĨ R5 ƉƌŽƚĞŝŶƐ ĨŽƌ ĚŝĂŐŶŽƐŝƐ͕ ǁŚŝĐŚ ŵŝŐŚƚ ĂůƐŽ ďĞ ŽĨ ƉŽƚĞŶƟĂů ƵƐĞ ĂƐ ƐĐƌĞĞŶŝŶŐ͕ ƉƌŽŐŶŽƐƟĐ Žƌ R6 ƉƌĞĚŝĐƟǀĞŵĂƌŬĞƌƐ͘^ƉŽƌĂĚŝĐďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌƐǁŝƚŚĚĞĨĞĐƚƐŝŶƚŚĞZϭƉĂƚŚǁĂLJŵŝŐŚƚĂůƐŽ R7 ďĞĚŝĂŐŶŽƐĞĚ͘tĞĞŵƉůŽLJĞĚƉƌŽƚĞŽŵŝĐƐďĂƐĞĚŽŶŽŶĞͲĚŝŵĞŶƐŝŽŶĂůŐĞůĞůĞĐƚƌŽƉŚŽƌĞƐŝƐŝŶ R8 ĐŽŵďŝŶĂƟŽŶǁŝƚŚŶĂŶŽͲ>ͲD^ͬD^ĂŶĚƐƉĞĐƚƌĂůĐŽƵŶƟŶŐƚŽĐŽŵƉĂƌĞƚŚĞƉƌŽƚĞŝŶƉƌŽĮůĞƐŽĨ R9 ŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƟƐƐƵĞƐŽĨŐĞŶĞƟĐŵŽƵƐĞŵŽĚĞůƐĞŝƚŚĞƌĚĞĮĐŝĞŶƚŽƌƉƌŽĮĐŝĞŶƚŝŶZϭ͘ R10 tĞŝĚĞŶƟĮĞĚĂƚŽƚĂůŽĨϯϱϰϱƉƌŽƚĞŝŶƐ͕ŽĨǁŚŝĐŚϴϬϭǁĞƌĞƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚůLJĚŝīĞƌĞŶƟĂůůLJƌĞŐƵůĂƚĞĚ R11 ďĞƚǁĞĞŶƚŚĞZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚĂŶĚͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚďƌĞĂƐƚƚƵŵŽƌƐ͘WĂƚŚǁĂLJĂŶĚƉƌŽƚĞŝŶĐŽŵƉůĞdž R12 ĂŶĂůLJƐŝƐŝĚĞŶƟĮĞĚEƌĞƉĂŝƌĂŶĚƌĞůĂƚĞĚĨƵŶĐƟŽŶƐĂƐƚŚĞŵĂũŽƌƉƌŽĐĞƐƐĞƐĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚǁŝƚŚ R13 ƚŚĞƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐŝŶƚŚĞZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚƚƵŵŽƌƐ͘/ŶĂĚĚŝƟŽŶ͕ďLJƐĞůĞĐƟŶŐŚŝŐŚůLJ R14 ĐŽŶŶĞĐƚĞĚŶŽĚĞƐ͕ǁĞŝĚĞŶƟĮĞĚĂZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƐŝŐŶĂƚƵƌĞŽĨϰϱƉƌŽƚĞŝŶƐƚŚĂƚĞŶƌŝĐŚĞƐ R15 ĨŽƌŚŽŵŽůŽŐLJͲĚŝƌĞĐƚĞĚEƌĞƉĂŝƌĚĞĮĐŝĞŶĐLJŝŶŚƵŵĂŶŐĞŶĞĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌĚĂƚĂ R16 ƐĞƚƐ͘dŚŝƐƐŝŐŶĂƚƵƌĞĂůƐŽĞdžŚŝďŝƚƐƉƌŽŐŶŽƐƟĐƉŽǁĞƌĂĐƌŽƐƐŵƵůƟƉůĞĚĂƚĂƐĞƚƐ͕ǁŝƚŚŽƉƟŵĂů R17 ƉĞƌĨŽƌŵĂŶĐĞŝŶĂĚĂƚĂƐĞƚĞŶƌŝĐŚĞĚŝŶƚƵŵŽƌƐĚĞĮĐŝĞŶƚŝŶŚŽŵŽůŽŐLJͲĚŝƌĞĐƚĞĚEƌĞƉĂŝƌ͘/Ŷ R18 ĐŽŶĐůƵƐŝŽŶ͕ďLJĐŽŵƉĂƌŝŶŐŵŽƵƐĞƉƌŽƚĞŽŵĞƐĨƌŽŵZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚĂŶĚͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵĂŵŵĂƌLJ R19 ƚƵŵŽƌƐ͕ǁĞǁĞƌĞĂďůĞƚŽŝĚĞŶƟĨLJƐĞǀĞƌĂůŵĂƌŬĞƌƐĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚǁŝƚŚZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJĂŶĚĂ R20 ƉƌŽŐŶŽƐƟĐƐŝŐŶĂƚƵƌĞĨŽƌŚƵŵĂŶďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌĚĞĮĐŝĞŶƚŝŶŚŽŵŽůŽŐLJͲĚŝƌĞĐƚĞĚEƌĞƉĂŝƌ͘ R21 R22 R23 R24 R25 R26 R27 R28 R29 R30 R31 R32 R33 R34 R35 R36 R37 R38 R39

ϯϰ WƌŽƚĞŽŵŝĐƐŽĨZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚĂŶĚͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐ

INTRODUCTION R1 R2 ƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚǁŝƚŚZϭŵƵƚĂƟŽŶƐĂĐĐŽƵŶƚƐĨŽƌϭͲϮйŽĨďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌĐĂƐĞƐŝŶ R3 ƚŚĞtĞƐƚĞƌŶǁŽƌůĚ͘ZϭŚĞƌĞĚŝƚĂƌLJďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌĨĂůůƐŝŶƚŽƚŚĞŵŽůĞĐƵůĂƌƐƵďƚLJƉĞŽĨďĂƐĂůͲ R4 ůŝŬĞďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌƚŚĂƚŚĂƐĂƉŽŽƌƉƌŽŐŶŽƐŝƐ 1͘^ƉŽƌĂĚŝĐďĂƐĂůͲůŝŬĞďƌĞĂƐƚƚƵŵŽƌƐƌĞƉƌĞƐĞŶƚ R5 уϭϬͲϭϱйŽĨĂůůďƌĞĂƐƚĐĂƌĐŝŶŽŵĂƐĂŶĚĐŽŵƉƌŝƐĞŵĂŶLJƚƵŵŽƌƐƚŚĂƚƐŚĂƌĞŬĞLJĨĞĂƚƵƌĞƐŽĨ 2 R6 ZϭͲĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚ ƚƵŵŽƌƐ Ϯ͘  ŵĂũŽƌ ĨƵŶĐƟŽŶ ŽĨ Zϭ ŝƐ ŝƚƐ ƌŽůĞ ŝŶ ŚŽŵŽůŽŐLJͲĚŝƌĞĐƚĞĚ R7 ĚŽƵďůĞͲƐƚƌĂŶĚďƌĞĂŬƌĞƉĂŝƌ͕ĂEƌĞƉĂŝƌŵĞĐŚĂŶŝƐŵƚŚĂƚƵƐĞƐƚŚĞƐŝƐƚĞƌĐŚƌŽŵĂƟĚĂƐĂ R8 ƚĞŵƉůĂƚĞĂŶĚƚŚĞƌĞĨŽƌĞƌĞƉĂŝƌƐĚŽƵďůĞͲƐƚƌĂŶĚďƌĞĂŬƐŝŶĂŶĞƌƌŽƌͲĨƌĞĞŵĂŶŶĞƌ͘ĞĮĐŝĞŶĐŝĞƐŝŶ R9 ŚŽŵŽůŽŐLJͲĚŝƌĞĐƚĞĚEƌĞƉĂŝƌĐĂƵƐĞŚŝŐŚůĞǀĞůƐŽĨŐĞŶŽŵŝĐŝŶƐƚĂďŝůŝƚLJƚŚĂƚŝŶĐƌĞĂƐĞƚŚĞƌŝƐŬ R10 ŽĨƚƵŵŽƌŝŐĞŶĞƐŝƐ ϯ͖ϰ ͘EĞǀĞƌƚŚĞůĞƐƐ͕ZϭƉĂƚŚǁĂLJĚLJƐĨƵŶĐƟŽŶŵĂLJƉƌŽǀŝĚĞĂŶŽƉƉŽƌƚƵŶŝƚLJ R11 ĨŽƌƚŚĞƌĂƉĞƵƟĐŝŶƚĞƌǀĞŶƟŽŶ͗ƉƌĞĐůŝŶŝĐĂůŵŽĚĞůƐƐƵŐŐĞƐƚĂŶŝŶĐƌĞĂƐĞĚƐĞŶƐŝƟǀŝƚLJƚŽŝŽŶŝnjŝŶŐ R12 ƌĂĚŝĂƟŽŶ ĂŶĚ E ;ƌĞƉĂŝƌͿͲƚĂƌŐĞƟŶŐ ĂŐĞŶƚƐ ϯ͘ /Ŷ ƉĂƌƟĐƵůĂƌ͕ ƚŚĞ ƵƐĞ ŽĨ ƉŽůLJ;WͲƌŝďŽƐĞͿ R13 ƉŽůLJŵĞƌĂƐĞ;WZWͿŝŶŚŝďŝƚŽƌƐŚŽůĚƐŐƌĞĂƚƉƌŽŵŝƐĞĨŽƌĐůŝŶŝĐĂůĂƉƉůŝĐĂƟŽŶ͘&ŝƌƐƚƌĞƐƵůƚƐĨƌŽŵ R14 ĐůŝŶŝĐĂůƚƌŝĂůƐƐƵƉƉŽƌƚƚŚŝƐƚŚĞƌĂƉĞƵƟĐĂƉƉƌŽĂĐŚĨŽƌďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ ϱ͘ŵĂũŽƌĐůŝŶŝĐĂůĐŚĂůůĞŶŐĞ R15 ƌĞŵĂŝŶƐƚŚĞŝĚĞŶƟĮĐĂƟŽŶŽĨƉĂƟĞŶƚƐƚŚĂƚĂƌĞůŝŬĞůLJƚŽďĞŶĞĮƚĨƌŽŵE;ƌĞƉĂŝƌͿͲƚĂƌŐĞƟŶŐ R16 ƚŚĞƌĂƉLJ͘'ůŽďĂůĂŶĂůLJƐĞƐŽĨŵŽůĞĐƵůĂƌĂůƚĞƌĂƟŽŶƐŝŶƐƉŽƌĂĚŝĐŽƌŚĞƌĞĚŝƚĂƌLJďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ R17 ŚĂǀĞŵĂŝŶůLJƵƐĞĚŐĞŶŽŵĞĂŶĚƚƌĂŶƐĐƌŝƉƚŽŵĞƉƌŽĮůŝŶŐŵĞƚŚŽĚƐ͘dŚĞƐĞƐƚƵĚŝĞƐLJŝĞůĚĞĚĂ R18 ŵŽůĞĐƵůĂƌĐůĂƐƐŝĮĐĂƟŽŶŽĨďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ ϲ͘/ŶĂĚĚŝƟŽŶ͕ŐĞŶŽŵŝĐƐĂŶĚƚƌĂŶƐĐƌŝƉƚŽŵŝĐƐƐƚƵĚŝĞƐ R19 LJŝĞůĚĞĚ Ă ŶƵŵďĞƌ ŽĨ ŐĞŶĞ ƐŝŐŶĂƚƵƌĞƐ ƚŚĂƚ ǁĞƌĞ ƉƌŽŐŶŽƐƟĐ ĨŽƌ ƐƵƌǀŝǀĂů͕ ƟŵĞ ƚŽ ĚŝƐƚĂŶƚ R20 ŵĞƚĂƐƚĂƐŝƐĂŶĚƌĞƐƉŽŶƐĞƚŽƚƌĞĂƚŵĞŶƚ ϭ͖ϲͲϭϱ ͘dǁŽƉƌŽŐŶŽƐƟĐƐŝŐŶĂƚƵƌĞƐ͕KŶĐŽƚLJƉĞyΠ 11 ĂŶĚ R21 DĂŵŵĂWƌŝŶƚΠ ͕ϳ͖ϭϲ ŚĂǀĞĐƵƌƌĞŶƚůLJďĞĞŶƌĞŐŝƐƚĞƌĞĚĨŽƌĐůŝŶŝĐĂůƵƐĞ͘ZĞĐĞŶƚůLJ͕sŽůůĞďĞƌŐŚ et al ͘ϭϯ R22 ŚĂǀĞĨŽƵŶĚŝŶĂƌĞƚƌŽƐƉĞĐƟǀĞƐƚƵĚLJƚŚĂƚĂĐŽŵƉĂƌĂƟǀĞŐĞŶŽŵŝĐŚLJďƌŝĚŝnjĂƟŽŶZϭͲůŝŬĞ R23 ĐůĂƐƐŝĮĞƌƉƌĞĚŝĐƚƐƚŚĞƌĞƐƉŽŶƐĞƚŽŝŶƚĞŶƐŝǀĞƉůĂƟŶƵŵͲďĂƐĞĚĐŚĞŵŽƚŚĞƌĂƉLJŝŶƉĂƟĞŶƚƐǁŝƚŚ R24 ŚŝŐŚƌŝƐŬďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ͘dŚĞĐůĂƐƐŝĮĞƌĂůƐŽŝĚĞŶƟĮĞƐƉĂƟĞŶƚƐǁŝƚŚZϭůŽƐƐĐŽŶĨĞƌƌĞĚďLJ R25 ĐĂƵƐĞƐŽƚŚĞƌƚŚĂŶŵƵƚĂƟŽŶƐ͘,ŽǁĞǀĞƌ͕ƚŚĞƵŶĚĞƌůLJŝŶŐŐĞŶĞƉƌŽĚƵĐƚƐ͕ǁŚŝĐŚǁŽƵůĚĂůůŽǁ R26 ĨŽƌĂďĞƩĞƌƵŶĚĞƌƐƚĂŶĚŝŶŐŽĨƚƵŵŽƌďŝŽůŽŐLJĂŶĚĂŵŽƌĞƉƌĂĐƟĐĂůĚŝĂŐŶŽƐƟĐƚĞƐƚ͕ƌĞŵĂŝŶ R27 ƵŶŬŶŽǁŶ͘dŽŝĚĞŶƟĨLJƉĂƟĞŶƚƐǁŝƚŚZϭͲůŝŬĞďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ͕ƚŚĞĂŶĂůLJƐŝƐŽĨƚƵŵŽƌƉƌŽƚĞŝŶƐ R28 ŵĂLJĂůƐŽďĞƵƐĞĨƵůŝŶƐĞůĞĐƟŶŐƉĂƟĞŶƚƐƚŚĂƚŵŝŐŚƚďĞŶĞĮƚĨƌŽŵƚĂŝůŽƌĞĚƚŚĞƌĂƉŝĞƐ͘DĂƐƐͲ R29 ƐƉĞĐƚƌŽŵĞƚƌLJďĂƐĞĚƉƌŽƚĞŽŵŝĐƐƚĞĐŚŶŽůŽŐŝĞƐŚĂǀĞŵĂƚƵƌĞĚƚŽƚŚĞĞdžƚĞŶƚƚŚĂƚƚŚĞLJĐĂŶŶŽǁ R30 ŝĚĞŶƟĨLJĂŶĚƋƵĂŶƟĨLJƚŚŽƵƐĂŶĚƐŽĨƉƌŽƚĞŝŶƐ͘ƉƉůLJŝŶŐƚŚĞƐĞĂƉƉƌŽĂĐŚĞƐƚŽĐĂŶĐĞƌƟƐƐƵĞƐ R31 ƉƌŽǀŝĚĞƐĂĐŽŵƉůĞŵĞŶƚĂƌLJŝŶƐŝŐŚƚŝŶďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌďŝŽůŽŐLJĂŶĚŵĂLJŝĚĞŶƟĨLJŶŽǀĞůĚŝĂŐŶŽƐƟĐ R32 ĂŶĚƉƌŽŐŶŽƐƟĐƉƌŽƚĞŝŶƉƌŽĮůĞƐĂŶĚĐĂŶĚŝĚĂƚĞďŝŽŵĂƌŬĞƌƐ͘WƌŽƚĞŝŶďĂƐĞĚďŝŽŵĂƌŬĞƌƐŵĂLJ R33 ďĞ ŽĨ ƉĂƌƟĐƵůĂƌ ĂĚǀĂŶƚĂŐĞ ŝŶ ĐŽŵƉĂƌŝƐŽŶ ǁŝƚŚ ƚƌĂŶƐĐƌŝƉƚͲďĂƐĞĚ ĂŶĚ ŐĞŶŽŵŝĐ ŵĂƌŬĞƌƐ͕ R34 ďĞĐĂƵƐĞ ƚŚĞLJ ĐĂŶ ďĞ ŵĞĂƐƵƌĞĚ ŝŶ ƌŽƵƟŶĞ ĂƐƐĂLJƐ͕ Ğ͘Ő͘  ďLJ ĂŶƟďŽĚLJͲďĂƐĞĚ ŵĞƚŚŽĚƐ ƐƵĐŚ R35 ĂƐ ŝŵŵƵŶŽŚŝƐƚŽĐŚĞŵŝƐƚƌLJ ĂŶĚ >/^͕ ŽĨ ǁŚŝĐŚ ƚŚĞ ůĂƩĞƌ ĂůůŽǁƐ ĨŽƌ ŶŽŶͲŝŶǀĂƐŝǀĞ ƚĞƐƟŶŐ͘ R36 /Ŷ ĂĚĚŝƟŽŶ͕ ƚĂƌŐĞƚĞĚ ŵƵůƟƉůĞdž ŵĂƐƐ ƐƉĞĐƚƌŽŵĞƚƌLJ ŝƐ ĞŵĞƌŐŝŶŐ ĂƐ Ă ŶŽǀĞů ƋƵĂŶƟƚĂƟǀĞ R37 ƐƚƌĂƚĞŐLJĨŽƌŵĞĂƐƵƌŝŶŐƉƌŽƚĞŝŶƐŝŐŶĂƚƵƌĞƐŝŶƚƵŵŽƌƟƐƐƵĞƐŽƌďůŽŽĚ͘WƌŽƚĞŽŵŝĐƐƚƵĚŝĞƐŽĨ R38 R39

ϯϱ Chapter 2

R1 ďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌĐĞůůƐĂŶĚƟƐƐƵĞƐŚĂǀĞĂůƌĞĂĚLJƐŚŽǁŶƚŚĞƉŽƚĞŶƟĂůĨŽƌĐĂŶĚŝĚĂƚĞďŝŽŵĂƌŬĞƌƐ R2 ĚŝƐĐŽǀĞƌLJ ϭϳͲϮϮ ͘/ŶĂƉƌŽŵŝƐŝŶŐƉŝůŽƚƐƚƵĚLJƵƐŝŶŐ^>/ͲdK&ͲD^͕ƐĞƌƵŵƉĞƉƟĚĞƉƌŽĮůĞƐĐŽƵůĚ R3 ĚŝƐƟŶŐƵŝƐŚǁŽŵĞŶǁŝƚŚZϭŵƵƚĂƟŽŶƐǁŚŽĚĞǀĞůŽƉĞĚďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌĨƌŽŵƚŚŽƐĞǁŚŽ R4 ĚŝĚ ŶŽƚ ;ĐĂƌƌŝĞƌͿ͕ ŶŽƌŵĂů ǀŽůƵŶƚĞĞƌƐ͕ ĂŶĚ ǁŽŵĞŶ ǁŝƚŚ ƐƉŽƌĂĚŝĐ ďƌĞĂƐƚ ĐĂŶĐĞƌ ǁŝƚŚ ŐŽŽĚ R5 ƐĞŶƐŝƟǀŝƚLJĂŶĚƐƉĞĐŝĮĐŝƚLJ Ϯϯ ͘dŽĚĂƚĞ͕ŶŽƐƚƵĚŝĞƐĞŵƉůŽLJŝŶŐŝŶĚĞƉƚŚŶĂŶŽͲ>ͲD^ͬD^ͲďĂƐĞĚ R6 ƉƌŽƚĞŽŵŝĐƐŚĂǀĞĨŽĐƵƐĞĚŽŶZϭͬϮͲĚĞĮĐŝĞŶƚƚƵŵŽƌƟƐƐƵĞƐ͘ R7 /Ŷ ƚŚŝƐ ƐƚƵĚLJ͕ ǁĞ ĞŵƉůŽLJĞĚ ƐƚĂƚĞ ŽĨ ƚŚĞ Ăƌƚ ŵĂƐƐ ƐƉĞĐƚƌŽŵĞƚƌLJͲďĂƐĞĚ ƉƌŽƚĞŽŵŝĐƐ ƚŽ R8 ŝĚĞŶƟĨLJƉƌŽƚĞŝŶƐĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚǁŝƚŚZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚďƌĞĂƐƚƚƵŵŽƌƐ͘dŽƚŚŝƐĞŶĚ͕ǁĞŵĂĚĞƵƐĞ R9 ŽĨŝŶďƌĞĚŵŽƵƐĞŵŽĚĞůƐƚŚĂƚĚŝƐƉůĂLJĂŵŝŶŝŵĂůĂŵŽƵŶƚŽĨŐĞŶĞƟĐǀĂƌŝĂďŝůŝƚLJ͘ƐĂŵŽĚĞůĨŽƌ R10 ŚƵŵĂŶďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌƐĚĞĮĐŝĞŶƚŝŶZϭ͕ǁĞĂŶĂůLJnjĞĚŵŽƵƐĞŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐŚĂƌďŽƌŝŶŐ R11 ĐŽŶĚŝƟŽŶĂů ƟƐƐƵĞͲƐƉĞĐŝĮĐ ŵƵƚĂƟŽŶƐ ŝŶ Zϭ ĂŶĚ Ɖϱϯ Ϯϰ ͘ dŚĞ ŵĂũŽƌŝƚLJ ŽĨ ƚŚĞƐĞ ƚƵŵŽƌƐ R12 ŝƐ ŚŝŐŚůLJ ƐŝŵŝůĂƌ ƚŽ ƚŚĞŝƌ ŚƵŵĂŶ ĐŽƵŶƚĞƌƉĂƌƚ ǁŝƚŚ ƌĞƐƉĞĐƚ ƚŽ ŚŝƐƚŽůŽŐŝĐĂů ĂŶĚ ŵŽůĞĐƵůĂƌ R13 ĐŚĂƌĂĐƚĞƌŝƐƟĐƐĂŶĚƐŚŽǁƐĂŚŝŐŚůĞǀĞůŽĨŐĞŶŽŵŝĐŝŶƐƚĂďŝůŝƚLJ͘&ŽƌĐŽŵƉĂƌŝƐŽŶ͕ǁĞĂŶĂůLJnjĞĚ R14 ƚǁŽZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚƌĞĨĞƌĞŶĐĞƚƵŵŽƌŵŽĚĞůƐƚŚĂƚĂƌĞŐĞŶŽŵŝĐĂůůLJƐƚĂďůĞ Ϯϱ ͘tĞƌĞƉŽƌƚĂ R15 ZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƐŝŐŶĂƚƵƌĞďĂƐĞĚŽŶϰϱƉƌŽƚĞŝŶƐǁŝƚŚEƌĞƉĂŝƌ;ͲĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚͿĨƵŶĐƟŽŶƐ R16 ƚŚĂƚ ĐĂŶ ĞŶƌŝĐŚ ĨŽƌ ŚŽŵŽůŽŐLJͲĚŝƌĞĐƚĞĚ E ƌĞƉĂŝƌͲĚĞĮĐŝĞŶƚ ƚƵŵŽƌƐ ĂŶĚ ŝĚĞŶƟĨLJ ďƌĞĂƐƚ R17 ĐĂŶĐĞƌ ƉĂƟĞŶƚƐ ǁŝƚŚ Ă ƉŽŽƌ ƉƌŽŐŶŽƐŝƐ ŝŶ ǀĂƌŝŽƵƐ ƉƵďůŝĐůLJ ĂǀĂŝůĂďůĞ ďƌĞĂƐƚ ĐĂŶĐĞƌ ŐĞŶĞ R18 ĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶĚĂƚĂƐĞƚƐ͘ R19 R20 RESULTS R21 R22 WƌŽƚĞŝŶƌĞŐƵůĂƟŽŶƐŝŶZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚǀĞƌƐƵƐͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐ R23 &Žƌ ĐŽŵƉĂƌĂƟǀĞ ƉƌŽƚĞŝŶ ƉƌŽĮůŝŶŐ͕ ǁĞ ĞŵƉůŽLJĞĚ Ă ůĂďĞůͲĨƌĞĞ ǁŽƌŬŇŽǁ ďĂƐĞĚ ŽŶ ƉƌŽƚĞŝŶ R24 ĨƌĂĐƟŽŶĂƟŽŶďLJŐĞůĞůĞĐƚƌŽƉŚŽƌĞƐŝƐĐŽƵƉůĞĚƚŽŶĂŶŽͲ>ͲD^ͬD^ŽĨŝŶͲŐĞůĚŝŐĞƐƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐ R25 ĂŶĚ ƐƉĞĐƚƌĂů ĐŽƵŶƟŶŐ͘ ĞĨŽƌĞ ĞŵďĂƌŬŝŶŐ ŽŶ Ă ĚŝīĞƌĞŶƟĂů ĂŶĂůLJƐŝƐ͕ ǁĞ ĂƐƐĞƐƐĞĚ ƚŚĞ R26 ƌĞƉƌŽĚƵĐŝďŝůŝƚLJŽĨŽƵƌĚŝƐĐŽǀĞƌLJǁŽƌŬŇŽǁďLJĂŶĂůLJnjŝŶŐƚŚƌĞĞĂůŝƋƵŽƚƐŽĨĂƉŽŽůĞĚŵĂŵŵĂƌLJ R27 ƚƵŵŽƌ ůLJƐĂƚĞ ďLJ ŐĞů >ͲD^ͬD^ ;ƐĞĞ ^ƵƉƉůĞŵĞŶƚĂƌLJ &ŝŐƵƌĞ ^ϭ ĨŽƌ ŐĞů ŝŵĂŐĞƐͿ͘ /Ŷ ƚŚŝƐ R28 ĂŶĂůLJƐŝƐ͕ ϮϮϮϬ ŽĨ Ϯϰϳϯ ƉƌŽƚĞŝŶƐ ;ϵϬй͕ ƐĞĞ ^ƵƉƉůĞŵĞŶƚĂƌLJ &ŝŐƵƌĞ ^ϭ ĨŽƌ sĞŶŶ ĚŝĂŐƌĂŵͿ R29 ǁĞƌĞŝĚĞŶƟĮĞĚŝŶĂůůƚŚƌĞĞƌĞƉůŝĐĂƚĞƐǁŝƚŚĂŶĂǀĞƌĂŐĞsŽĨϮϰйŽĨƚŚĞŶŽƌŵĂůŝnjĞĚƐƉĞĐƚƌĂů R30 ĐŽƵŶƚƐ͕ŝŶĚŝĐĂƟŶŐĂǀĞƌLJŐŽŽĚƌĞƉƌŽĚƵĐŝďŝůŝƚLJŽĨƚŚĞĞŶƟƌĞĚŝƐĐŽǀĞƌLJǁŽƌŬŇŽǁ͘ R31 dŽŝĚĞŶƟĨLJƉƌŽƚĞŝŶƐĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚǁŝƚŚZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐ͕ǁĞĐŽŵƉĂƌĞĚ R32 ƚŚĞ ƉƌŽƚĞŝŶ ĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶ ƉƌŽĮůĞƐ ŝŶ ĮǀĞ ZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚ ŵĂŵŵĂƌLJ ƚƵŵŽƌƐ ; Brca1 -/- ;p53 -/- ͕ R33 ĐĂƌĐŝŶŽŵĂŚŝƐƚŽůŽŐLJͿǁŝƚŚĮǀĞZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚƚƵŵŽƌƐ;ƚǁŽ p53 -/- ĂŶĚƚŚƌĞĞ p53 -/- ;Cdh1 -/- R34 ƚƵŵŽƌƐ͕ĂůůĐĂƌĐŝŶŽƐĂƌĐŽŵĂƐͿ͘tŚĞƌĞĂƐƚŚĞĐĂƌĐŝŶŽŵĂƐŚĂǀĞĂŶĞƉŝƚŚĞůŝĂůƉŚĞŶŽƚLJƉĞ͕ƚŚĞ R35 ĐĂƌĐŝŶŽƐĂƌĐŽŵĂƐŚĂǀĞĂŵĞƐĞŶĐŚLJŵĂůƉŚĞŶŽƚLJƉĞĐŚĂƌĂĐƚĞƌŝnjĞĚďLJƐƉŝŶĚůĞĐĞůůŵŽƌƉŚŽůŽŐLJ͘ R36 dŚĞƉƌŽƚĞŝŶďĂŶĚƉĂƩĞƌŶƐŽďƚĂŝŶĞĚĂŌĞƌŐĞůĞůĞĐƚƌŽƉŚŽƌĞƐŝƐŽĨƚŚĞϭϬƚƵŵŽƌůLJƐĂƚĞƐĂŶĚ R37 ŽŽŵĂƐƐŝĞƐƚĂŝŶŝŶŐǁĞƌĞƐŝŵŝůĂƌŝŶƚĞƌŵƐŽĨŽǀĞƌĂůůƉĂƩĞƌŶĂŶĚŝŶƚĞŶƐŝƚLJ;^ƵƉƉůĞŵĞŶƚĂƌLJ R38 &ŝŐƵƌĞ^ϮͿ͘ƚŽƚĂůŽĨϯϱϰϱƉƌŽƚĞŝŶƐǁĞƌĞŝĚĞŶƟĮĞĚĂĐƌŽƐƐĂůůϭϬƐĂŵƉůĞƐ;^ƵƉƉůĞŵĞŶƚĂƌLJ R39

ϯϲ WƌŽƚĞŽŵŝĐƐŽĨZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚĂŶĚͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐ

dĂďůĞ^ϭĨŽƌĂůůŝĚĞŶƟĮĐĂƟŽŶƐĂŶĚƐƉĞĐƚƌĂůĐŽƵŶƚĚĂƚĂͿ͘dŚĞŶƵŵďĞƌŽĨƉƌŽƚĞŝŶƐŝĚĞŶƟĮĞĚ R1 ŝŶƚŚĞZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚƚƵŵŽƌƐĂŵƉůĞƐǁĂƐϯϰϬϵ͕ǁŝƚŚϭϴϵϰƉƌŽƚĞŝŶƐŝĚĞŶƟĮĞĚŝŶĂůůĮǀĞ R2 ŵĂŵŵĂƌLJ ƚƵŵŽƌƐ ;^ƵƉƉůĞŵĞŶƚĂƌLJ &ŝŐƵƌĞ ^ϮͿ͕ ŝŶĚŝĐĂƟŶŐ ĂĐĐĞƉƚĂďůĞ ƌĞƉƌŽĚƵĐŝďŝůŝƚLJ ŽĨ R3 ƉƌŽƚĞŝŶŝĚĞŶƟĮĐĂƟŽŶĂŶĚƋƵĂŶƟĮĐĂƟŽŶĂĐƌŽƐƐĚŝīĞƌĞŶƚďŝŽůŽŐŝĐĂůƐĂŵƉůĞƐ͘^ŝŵŝůĂƌǀĂůƵĞƐ R4 ǁĞƌĞŽďƚĂŝŶĞĚĨŽƌƚŚĞĮǀĞZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚƚƵŵŽƌƐ;^ƵƉƉůĞŵĞŶƚĂƌLJ&ŝŐƵƌĞ^ϮͿ R5 dŽŽďƚĂŝŶĂŐůŽďĂůŽǀĞƌǀŝĞǁŽĨƚŚĞĚĂƚĂƐĞƚ͕ǁĞƉĞƌĨŽƌŵĞĚƵŶƐƵƉĞƌǀŝƐĞĚŚŝĞƌĂƌĐŚŝĐĂů 2 R6 ĐůƵƐƚĞƌŝŶŐƵƐŝŶŐƚŚĞŶŽƌŵĂůŝnjĞĚƐƉĞĐƚƌĂůĐŽƵŶƚĚĂƚĂĨƌŽŵĂůůϯϱϰϱŝĚĞŶƟĮĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐ͘dŚĞ R7 ZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚĂŶĚͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚƚƵŵŽƌƐĐůƵƐƚĞƌĞĚŝŶƐĞƉĂƌĂƚĞŐƌŽƵƉƐ;&ŝŐƵƌĞϭͿ͘dŚĞƚǁŽ R8 ĚŝīĞƌĞŶƚZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚƚƵŵŽƌƚLJƉĞƐ; p53 -/- ĂŶĚ p53 -/- ;Cdh1 -/- ͿĚŝĚŶŽƚĨŽƌŵƚǁŽƐĞƉĂƌĂƚĞ R9 ŐƌŽƵƉƐ͕ďƵƚǁĞƌĞŝŶƚĞƌŵŝŶŐůĞĚ͕ŝŶĚŝĐĂƟŶŐƚŚĂƚZϭƐƚĂƚƵƐĂŶĚͬŽƌŚŝƐƚŽůŽŐLJƚLJƉĞǁĞƌĞƚŚĞ R10 ƉƌĞĚŽŵŝŶĂŶƚ ĨĂĐƚŽƌƐ ƐĞƉĂƌĂƟŶŐ ƚŚĞ ƐĂŵƉůĞƐ͘ KǀĞƌůĂƉ ĂŶĂůLJƐŝƐ ƐŚŽǁĞĚ ƚŚĂƚ ϯϯϴ ƉƌŽƚĞŝŶƐ R11 ǁĞƌĞƵŶŝƋƵĞůLJŝĚĞŶƟĮĞĚŝŶƚŚĞZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚƐĂŵƉůĞƐĂŶĚϭϯϲǁĞƌĞƵŶŝƋƵĞůLJŝĚĞŶƟĮĞĚ R12 ŝŶƚŚĞZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚƚƵŵŽƌƐ͘^ƚĂƟƐƟĐĂůƚĞƐƟŶŐ ϯϬ ƌĞǀĞĂůĞĚϴϬϭƉƌŽƚĞŝŶƐǁŝƚŚƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚůLJ R13 ĂůƚĞƌĞĚĂďƵŶĚĂŶĐĞŝŶƚŚĞZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚĂŶĚͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚŐƌŽƵƉƐ; pфϬ͘ϬϱͿŽĨǁŚŝĐŚϰϭϳ R14 ǁĞƌĞƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚŝŶƚŚĞZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚƚƵŵŽƌƐ͕ǁŚĞƌĞĂƐϯϴϰǁĞƌĞĚŽǁŶͲƌĞŐƵůĂƚĞĚ͘Ɛ R15 ĞdžƉĞĐƚĞĚ͕ƐƵƉĞƌǀŝƐĞĚŚŝĞƌĂƌĐŚŝĐĂůĐůƵƐƚĞƌŝŶŐƵƐŝŶŐƚŚĞϴϬϭĚŝīĞƌĞŶƟĂůƉƌŽƚĞŝŶƐ;&ŝŐƵƌĞϭͿ R16 ĐůĞĂƌůLJƐŚŽǁĞĚƚǁŽĚŝīĞƌĞŶƚŐƌŽƵƉƐƚŚĂƚĐůƵƐƚĞƌĞĚĂĐĐŽƌĚŝŶŐƚŽZϭͬĐĞůůƚLJƉĞƐƚĂƚƵƐ͘^ĞĞ R17 ^ƵƉƉůĞŵĞŶƚĂƌLJdĂďůĞ^ϮĨŽƌĂůůĚŝīĞƌĞŶƟĂůƉƌŽƚĞŝŶƐ͘&ŽƌŝŶƚĞŐƌĂƟŽŶǁŝƚŚƚƌĂŶƐĐƌŝƉƚŽŵŝĐƐ͕ǁĞ R18 ĞŵƉůŽLJĞĚƚŚĞĚĂƚĂƐĞƚŽĨ>ŝƵ et al. 24 ĐŽŶƚĂŝŶŝŶŐŐĞŶĞĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶĚĂƚĂĨŽƌƚŚĞƐĂŵĞZϭͲ R19 ƉƌŽĮĐŝĞŶƚĂŶĚͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞŵŽĚĞůƐĂƐƵƐĞĚŝŶƚŚŝƐƐƚƵĚLJ͕ǁŝƚŚƚŚĞĞdžĐĞƉƟŽŶƚŚĂƚŵŽƐƚŽĨ R20 ƚŚĞƚƵŵŽƌƐŝŶƚŚĞĚŝƐĐŽǀĞƌLJƐĞƚǁĞƌĞŵĂŵŵĂƌLJĐĂƌĐŝŶŽŵĂƐ͘KĨƚŚĞϴϬϭĚŝīĞƌĞŶƟĂůƉƌŽƚĞŝŶƐ͕ R21 ǁĞǁĞƌĞĂďůĞƚŽƌĞƚƌŝĞǀĞŵZEĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶĚĂƚĂĨŽƌϱϲϱƉƌŽƚĞŝŶƐ͕ŽĨǁŚŝĐŚϰϮϵ;ϳϲйͿŚĂĚƚŚĞ R22 ƐĂŵĞĚŝƌĞĐƟŽŶŽĨĚŝīĞƌĞŶƟĂůĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶǁŝƚŚϮϬϭŽĨƚŚĞƐĞŵZEƐ;ϯϲйͿďĞŝŶŐƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚůLJ R23 ĚŝīĞƌĞŶƟĂůůLJĞdžƉƌĞƐƐĞĚ;^ƵƉƉůĞŵĞŶƚĂƌLJdĂďůĞ^ϮͿ͘ R24 /Ŷ ƐƵŵŵĂƌLJ͕ Ă ůĂƌŐĞ ƉƌŽƉŽƌƟŽŶ ;Ϯϯ йͿ ŽĨ ƚŚĞ ŵĂŵŵĂƌLJ ƚƵŵŽƌ ƟƐƐƵĞ ƉƌŽƚĞŽŵĞ ŝƐ R25 ƌĞŐƵůĂƚĞĚŝŶZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚƚƵŵŽƌƐĂƐĐŽŵƉĂƌĞĚǁŝƚŚƉƌŽĮĐŝĞŶƚƚƵŵŽƌƐ͘ĞĐĂƵƐĞĂůĂƌŐĞ R26 ĨƌĂĐƟŽŶŽĨƉƌŽƚĞŝŶƐƐŚŽǁĞĚĐŽͲƌĞŐƵůĂƟŽŶǁŝƚŚĂƚƌĂŶƐĐƌŝƉƚŽŵŝĐƐĚĂƚĂƐĞƚƚŚĂƚŽŶůLJƵƐĞĚ R27 ZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚ ĐĂƌĐŝŶŽŵĂƐ versus  ZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚ ĐĂƌĐŝŶŽŵĂƐ͕ ǁĞ ĐŽŶĐůƵĚĞ ƚŚĂƚ ƚŚĞ R28 ĚŝīĞƌĞŶƟĂůƉƌŽƚĞŝŶƐĂƌĞƌĞůĂƚĞĚŵĂŝŶůLJƚŽZϭƐƚĂƚƵƐĂŶĚŽŶůLJƉĂƌƟĂůůLJƚŽĐĞůůƚLJƉĞ͘ R29 R30 /ĚĞŶƟĮĐĂƟŽŶŽĨŬŶŽǁŶŵĂƌŬĞƌƐŽĨŚƵŵĂŶZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ R31 ĞĐĂƵƐĞZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚďƌĞĂƐƚƚƵŵŽƌƐŽŌĞŶďĞůŽŶŐƚŽƚŚĞŚŝŐŚůLJƉƌŽůŝĨĞƌĂƟǀĞďĂƐĂůͲůŝŬĞ R32 ƐƵďƚLJƉĞ͕ǁĞĞdžĂŵŝŶĞĚƚŚĞĂďƵŶĚĂŶĐĞŽĨƉƌŽƚĞŝŶŵĂƌŬĞƌƐŬŶŽǁŶŝŶďĂƐĂůͲůŝŬĞďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ R33 ŝŶŽƵƌĚĂƚĂƐĞƚ͘/ŶĂĚĚŝƟŽŶ͕ǁĞůŽŽŬĞĚĨŽƌŬŶŽǁŶŵĂƌŬĞƌƐŽĨŚƵŵĂŶZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJ͘dǁŽ R34 ďĂƐĂůĐLJƚŽŬĞƌĂƟŶŵĂƌŬĞƌƐ;<ƌƚϭϰĂŶĚ<ƌƚϲďͿǁĞƌĞƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚůLJƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚŝŶƚŚĞZϭͲ R35 ĚĞĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞƚƵŵŽƌƐ;dĂďůĞϭͿ͘dŚĞƚŚŝƌĚĐLJƚŽŬĞƌĂƟŶ;<ƌƚϱͿǁĂƐƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚ; pсϬ͘ϬϲϲͿ R36 ǁŝƚŚĂĨŽůĚͲĐŚĂŶŐĞŽĨϯ͘Ϯ͘>,ϭ͕ĂĐĂŶĐĞƌƐƚĞŵĐĞůůŵĂƌŬĞƌ͕ǁĂƐĞdžĐůƵƐŝǀĞůLJĚĞƚĞĐƚĞĚŝŶ R37 ZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚ ŵŽƵƐĞ ƚƵŵŽƌƐ͕ ŝŶ ĂĐĐŽƌĚĂŶĐĞ ǁŝƚŚ ƉƌĞǀŝŽƵƐ ĮŶĚŝŶŐƐ ϯϱ ͘ WE ĂŶĚ <ŝϲϳ͕ R38 R39

ϯϳ Chapter 2

R1 ƚǁŽǁĞůůͲŬŶŽǁŶƉƌŽůŝĨĞƌĂƟŽŶŵĂƌŬĞƌƐ ϯϲ ͕ǁĞƌĞĂůƐŽƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚůLJƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚŝŶƚŚĞZϭͲ R2 ĚĞĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞƚƵŵŽƌƐ͘dŚĞƐĞĐŽŶĮƌŵĂƚŽƌLJĮŶĚŝŶŐƐƵŶĚĞƌƐĐŽƌĞƚŚĞǀĂůƵĞŽĨƚŚĞƐĞŐĞŶĞƟĐ R3 ŵŽƵƐĞ ƚƵŵŽƌ ŵŽĚĞůƐ ĂŶĚ ƚŚĞ ǀĂůŝĚŝƚLJ ŽĨ ŽƵƌ ƉƌŽƚĞŽŵŝĐƐ ĂƉƉƌŽĂĐŚ ƚŽ ŝĚĞŶƟĨLJ ƉƌŽƚĞŝŶƐ R4 ĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚǁŝƚŚZϭͲƌĞůĂƚĞĚŽƌďĂƐĂůͲůŝŬĞďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌƐŝŶƉĂƟĞŶƚƐ͘ R5 R6 $ % R7 R8 R9 R10 R11 R12 R13 R14 R15 R16 R17 R18 &ŝŐƵƌĞϭ͘,ĞĂƚŵĂƉĂŶĚĐůƵƐƚĞƌĂŶĂůLJƐŝƐƵƐŝŶŐƉƌŽƚĞŝŶĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶĚĂƚĂĨƌŽŵďƌĞĂƐƚƚƵŵŽƌƐŽĨŐĞŶĞƟĐ R19 mouse models. A,  ZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚ ĂŶĚ ͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚ ƚƵŵŽƌƐ ĂƌĞ ĐůƵƐƚĞƌĞĚ ŝŶ ƐĞƉĂƌĂƚĞ ŐƌŽƵƉƐ ƵƐŝŶŐ R20 ƵŶƐƵƉĞƌǀŝƐĞĚĐůƵƐƚĞƌŝŶŐ͘)LJXUH B,ƐƵƉĞƌǀŝƐĞĚĐůƵƐƚĞƌŝŶŐĐůĞĂƌůLJƐĞƉĂƌĂƚĞƐƚŚĞZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚƚƵŵŽƌƐĨƌŽŵ R21 ƚŚĞƉƌŽĮĐŝĞŶƚŽŶĞƐĂŶĚƐŚŽǁƐĂĚŝƐƟŶĐƚŚĞĂƚŵĂƉƉĂƩĞƌŶĨŽƌƵƉͲĂŶĚĚŽǁŶͲƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐ͘ R22 R23 Table 1. <ŶŽǁŶZϭͬďĂƐĂůͲůŝŬĞĂŶĚƉƌŽůŝĨĞƌĂƟŽŶŵĂƌŬĞƌƐĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚǁŝƚŚZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJ R24 'ĞŶĞŶĂŵĞ ĂƐĂů͕ƉƌŽůŝĨĞƌĂƟŽŶĂŶĚƐƚĞŵĐĞůůŵĂƌŬĞƌƐ &ŽůĚĐŚĂŶŐĞΎ p ǀĂůƵĞ DĂƌŬĞƌƚLJƉĞ R25 ůĚŚϭĂϭ ZĞƟŶĂůĚĞŚLJĚƌŽŐĞŶĂƐĞϭ a Ϭ͘ϬϬϬϰϳϭ ^ƚĞŵĐĞůů R26 <ƌƚϭϰ <ĞƌĂƟŶ͕ƚLJƉĞ/ĐLJƚŽƐŬĞůĞƚĂůϭϰ ϲ͘ϱ Ϭ͘ϬϮϯϭϭϱ ĂƐĂů R27 <ƌƚϱ <ĞƌĂƟŶ͕ƚLJƉĞ//ĐLJƚŽƐŬĞůĞƚĂůϱ ϯ͘ϳ Ϭ͘ϬϲϱϲϳϮ ĂƐĂů R28 <ƌƚϲď <ĞƌĂƟŶ͕ƚLJƉĞ//ĐLJƚŽƐŬĞůĞƚĂůϲ a Ϭ͘Ϭϭϲϭϳϰ ĂƐĂů R29 WĐŶĂ WƌŽůŝĨĞƌĂƟŶŐĐĞůůŶƵĐůĞĂƌĂŶƟŐĞŶ ϭ͘ϴ Ϭ͘ϬϬϭϳϰϳ WƌŽůŝĨĞƌĂƟŽŶ R30 R31 DŬŝϲϳ <ŝͲϲϳƉƌŽƚĞŝŶ ϳϵ͘ϴ ϭ͘ϭϴͲϬϱ WƌŽůŝĨĞƌĂƟŽŶ R32 ahŶŝƋƵĞĚĞƚĞĐƟŽŶŝŶZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚƚƵŵŽƌƐ R33 R34 DNA repair pathways and protein complexes are associated with proteins up-regulated in R35 ZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐ R36 dŽĂƐƐŽĐŝĂƚĞďŝŽůŽŐŝĐĂůĨƵŶĐƟŽŶƐǁŝƚŚƚŚĞĚŝīĞƌĞŶƟĂůůLJĞdžƉƌĞƐƐĞĚZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƉƌŽƚĞŝŶƐ R37 ŽĨƚŚĞŵŽƵƐĞŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐ͕ǁĞƵƐĞĚƚŚĞƐŽŌǁĂƌĞƚŽŽů/ŶŐĞŶƵŝƚLJWĂƚŚǁĂLJŶĂůLJƐŝƐ͘ R38 dŚĞŵŽůĞĐƵůĂƌĂŶĚĐĞůůƵůĂƌĨƵŶĐƟŽŶƐĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚǁŝƚŚƚŚĞƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐŝŶZϭͲ R39

ϯϴ WƌŽƚĞŽŵŝĐƐŽĨZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚĂŶĚͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐ

ĚĞĮĐŝĞŶƚŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐĂƌĞůŝƐƚĞĚŝŶdĂďůĞϮ͕ǁŝƚŚƚŚĞŶƵŵďĞƌŽŶĞĨƵŶĐƟŽŶŝĚĞŶƟĮĞĚĂƐ R1 EZĞƉůŝĐĂƟŽŶ͕ZĞĐŽŵďŝŶĂƟŽŶ͕ĂŶĚZĞƉĂŝƌ;ϲϭƉƌŽƚĞŝŶƐͿ͘^ĞĞ&ŝŐƵƌĞϮĨŽƌĂǀŝƐƵĂůŝnjĂƟŽŶ R2 ŽĨƚŚĞƉƌŽƚĞŝŶŶĞƚǁŽƌŬƵƐŝŶŐ/ŶŐĞŶƵŝƚLJ͘dŚĞŶĞƚǁŽƌŬĐŽŶƚĂŝŶƐĂŶƵŵďĞƌŽĨŚŝŐŚůLJĐŽŶŶĞĐƚĞĚ R3 ŶŽĚĞƐ; i.e. ͕ƉƌŽƚĞŝŶƐͿ͕ĂŵŽŶŐǁŚŝĐŚƐĞǀĞƌĂůĂƌĞǁĞůůĞƐƚĂďůŝƐŚĞĚĚƌƵŐƚĂƌŐĞƚƐ; i.e. ͕dKWϭ͕ R4 dKWϮ͕ WZWϭ͕ ĂŶĚ ^ZͿ͘ dŚĞ ƚŽƉ ŵŽůĞĐƵůĂƌ ĂŶĚ ĐĞůůƵůĂƌ ĨƵŶĐƟŽŶ ĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚ ǁŝƚŚ ƚŚĞ R5 ĚŽǁŶͲƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐǁĂƐĐĞůůƵůĂƌŵŽǀĞŵĞŶƚ;dĂďůĞϮͿ͘dŚĞϲϭEƌĞƉĂŝƌƉƌŽƚĞŝŶƐƵƉͲ 2 R6 ƌĞŐƵůĂƚĞĚŝŶZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐǁĞƌĞŝŶǀŽůǀĞĚŝŶƐƵďͲĨƵŶĐƟŽŶƐůŝŬĞĞdžĐŝƐŝŽŶ R7 ƌĞƉĂŝƌ͕ĐŚƌŽŵĂƟŶƌĞŵŽĚĞůŝŶŐĂŶĚŵŽĚŝĮĐĂƟŽŶ͕ĚŽƵďůĞͲƐƚƌĂŶĚEƌĞƉĂŝƌĂŶĚEĚĂŵĂŐĞ R8 ƌĞƐƉŽŶƐĞ͕ĂŵŽŶŐƐƚŽƚŚĞƌƐ͘DŽƌĞŽǀĞƌ͕ĐĂŶŽŶŝĐĂůƉĂƚŚǁĂLJƐĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚǁŝƚŚƚŚĞƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚ R9 ƉƌŽƚĞŝŶƐŝŶZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚƚƵŵŽƌƐǁĞƌĞŝŶǀŽůǀĞĚŝŶEƌĞƉĂŝƌ͕ŝŶĐůƵĚŝŶŐdDƐŝŐŶĂůŝŶŐ͕ R10 ƉϱϯƐŝŐŶĂůŝŶŐ͕ĂŶĚƌŽůĞŽĨZϭŝŶEĚĂŵĂŐĞƌĞƐƉŽŶƐĞ;ĚĂƚĂŶŽƚƐŚŽǁŶͿ͘ R11 R12 Table 2. DŽůĞĐƵůĂƌ ĂŶĚ ĐĞůůƵůĂƌ ĨƵŶĐƟŽŶƐ ĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚ ǁŝƚŚ ƉƌŽƚĞŝŶƐ ƌĞŐƵůĂƚĞĚ ŝŶ ZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚ R13 ŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐ R14 EĂŵĞ ƉǀĂůƵĞ EŽ͘ŽĨƉƌŽƚĞŝŶƐ R15 hƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐ R16 EZĞƉůŝĐĂƟŽŶ͕ZĞĐŽŵďŝŶĂƟŽŶ͕ĂŶĚZĞƉĂŝƌ ϭ͘ϬϳͲϭϬʹϭ͘ϬϴͲϬϮ ϲϭ R17 ĞůůLJĐůĞ ϭ͘ϭϵͲϬϵʹϭ͘ϬϴͲϬϮ ϳϯ 'ĞŶĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶ ϴ͘ϮϱͲϬϳʹϭ͘ϬϴͲϬϮ ϳϯ R18 ĞůůƵůĂƌ'ƌŽǁƚŚĂŶĚWƌŽůŝĨĞƌĂƟŽŶ ϭ͘ϵϬͲϬϲʹϭ͘ϬϴͲϬϮ ϭϭϱ R19 ĞůůƵůĂƌĞǀĞůŽƉŵĞŶƚ ϯ͘ϳϳͲϬϲʹϭ͘ϬϱͲϬϮ ϯϵ R20 ŽǁŶͲƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐ R21 ĞůůƵůĂƌDŽǀĞŵĞŶƚ ϰ͘ϰϵͲϮϭʹϭ͘ϲϯͲϬϯ ϭϬϰ ĞůůDŽƌƉŚŽůŽŐLJ ϯ͘ϵϮͲϮϬʹϭ͘ϲϯͲϬϯ ϴϱ R22 ĞůůͲdŽͲĞůů^ŝŐŶĂůŝŶŐĂŶĚ/ŶƚĞƌĂĐƟŽŶ ϲ͘ϰϳͲϭϱʹϭ͘ϲϯͲϬϯ ϴϮ R23 ĞůůƵůĂƌĞǀĞůŽƉŵĞŶƚ Ϯ͘ϮϲͲϭϯʹϭ͘ϳϬͲϬϯ ϴϴ R24 ĞůůƵůĂƌ&ƵŶĐƟŽŶĂŶĚDĂŝŶƚĞŶĂŶĐĞ Ϯ͘ϰϯͲϭϮʹϭ͘ϲϯͲϬϯ ϲϵ R25 /WǁĂƐƵƐĞĚƚŽĂƐƐŽĐŝĂƚĞĨƵŶĐƟŽŶƐƚŽƚŚĞƵƉͲĂŶĚĚŽǁŶͲƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐŽĨƚŚĞZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚ R26 ŵŽƵƐĞƚƵŵŽƌƐ͘/WĂŶĂůLJƐŝƐŽĨƚŚĞƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐŝĚĞŶƟĮĞĚEƌĞƉůŝĐĂƟŽŶ͕ƌĞĐŽŵďŝŶĂƟŽŶ͕ R27 ĂŶĚ ƌĞƉĂŝƌ ĂƐ ƚŚĞ ŵŽƐƚ ƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚ ƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚ ŵŽůĞĐƵůĂƌ ĂŶĚ ĐĞůůƵůĂƌ ĨƵŶĐƟŽŶ͘ WĂƚŚǁĂLJ ĂŶĂůLJƐŝƐ ŽĨ ƚŚĞ ĚŽǁŶͲƌĞŐƵůĂƚĞĚ ƉƌŽƚĞŝŶƐ ŝĚĞŶƟĮĞĚ ĐĞůůƵůĂƌ ŵŽǀĞŵĞŶƚ ĂƐ ƚŚĞ ŵŽƐƚ ƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚ ƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚ R28 ŵŽůĞĐƵůĂƌĂŶĚĐĞůůƵůĂƌĨƵŶĐƟŽŶ͘ R29 R30 dŽŝĚĞŶƟĨLJƉƌŽƚĞŝŶĐŽŵƉůĞdžĞƐƵŶĚĞƌůLJŝŶŐƚŚĞĚŝīĞƌĞŶƟĂůƉƌŽƚĞŝŶƐĂŶĚƚŽĨƵƌƚŚĞƌĚŝƐƐĞĐƚ R31 ƚŚĞEƌĞƉĂŝƌƉĂƚŚǁĂLJƐ͕ǁĞĞŵƉůŽLJĞĚƚŚĞK&KƚŽŽů ϯϮ ͘dŚĞƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐǁĞƌĞ R32 ůŝŶŬĞĚƚŽϱϯƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚƉƌŽƚĞŝŶĐŽŵƉůĞdžĞƐ;ĐŽƌƌĞĐƚĞĚp фϬ͘Ϭϱ͕^ƵƉƉůĞŵĞŶƚĂƌLJdĂďůĞ^ϯͿ͕ R33 ŽĨǁŚŝĐŚϰϰŚĂǀĞĂEƌĞƉĂŝƌ;ͲĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚͿĨƵŶĐƟŽŶ;^ƵƉƉůĞŵĞŶƚĂƌLJdĂďůĞ^ϯ͕ŚŝŐŚůŝŐŚƚĞĚ R34 ƌŽǁƐͿ͘ŌĞƌƌĞŵŽǀŝŶŐƚŚĞƌĞĚƵŶĚĂŶƚƉƌŽƚĞŝŶĐŽŵƉůĞdžĞƐǁŚĞƌĞĂůůŵĞŵďĞƌƐǁĞƌĞƉƌĞƐĞŶƚ R35 ŝŶ ŽŶĞ ŽĨ ƚŚĞ ŽƚŚĞƌ ƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚ ĐŽŵƉůĞdžĞƐ͕ Ϯϵ E ƌĞƉĂŝƌ;ͲĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚͿ ĐŽŵƉůĞdžĞƐ ǁĞƌĞ R36 ŽďƚĂŝŶĞĚ;^ƵƉƉůĞŵĞŶƚĂƌLJdĂďůĞ^ϯͿ͘ R37 R38 R39

ϯϵ Chapter 2

R1 R2 R3 R4 R5 R6 R7 R8 R9 R10 R11 R12 R13 R14 R15 R16 R17 R18 R19 R20 R21 R22 R23 R24 &ŝŐƵƌĞϮ͘WƌŽƚĞŝŶŶĞƚǁŽƌŬŽĨƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚůLJƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐŝŶZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚƚƵŵŽƌƐƚŚĂƚĂƌĞ R25 ĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚǁŝƚŚƚŚĞƚŽƉŵŽůĞĐƵůĂƌĂŶĚĐĞůůƵůĂƌĨƵŶĐƟŽŶEƌĞƉůŝĐĂƟŽŶ͕ƌĞĐŽŵďŝŶĂƟŽŶ͕ĂŶĚƌĞƉĂŝƌ͘ )LJXUH R26 dŚĞŶŽĚĞƐƌĞƉƌĞƐĞŶƚƉƌŽƚĞŝŶƐĂŶĚƚŚĞůŝŶĞƐďĞƚǁĞĞŶƚŚĞŵƌĞƉƌĞƐĞŶƚŝŶƚĞƌĂĐƟŽŶƐ͘dŚĞĚĂƐŚĞĚůŝŶĞƐ ƌĞƉƌĞƐĞŶƚŝŶĚŝƌĞĐƚŝŶƚĞƌĂĐƟŽŶƐ͘ŽůŽƌŝŶƚĞŶƐŝƚLJŝŶĚŝĐĂƚĞƐĨŽůĚĐŚĂŶŐĞ͕ǁŚŝĐŚŝƐĂůƐŽƐƚĂƚĞĚďĞůŽǁƚŚĞ R27 ŶŽĚĞƐ͘ R28 R29 dŚĞEƌĞƉĂŝƌĐŽŵƉůĞdžĞƐǁĞƌĞŝŶǀŽůǀĞĚŝŶĐŚƌŽŵŽƐŽŵĞĐŽŶĚĞŶƐĂƟŽŶ͕ĐŚƌŽŵŽƐŽŵĞ R30 ĐŽŚĞƐŝŽŶ͕ ĐŚƌŽŵŽƐŽŵĞ ƌĞŵŽĚĞůŝŶŐ͕ ZE ƉƌŽĐĞƐƐŝŶŐ͕ ŚŝƐƚŽŶĞ ŵĞƚŚLJůĂƟŽŶ͕ ŚŝƐƚŽŶĞ R31 ĂĐĞƚLJůĂƟŽŶĂŶĚƚŚĞƚŽƉŽŝƐŽŵĞƌĂƐĞĐŽŵƉůĞdž͕ĂŵŽŶŐŽƚŚĞƌƐ͘tĞŝĚĞŶƟĮĞĚĂůƐŽĮǀĞĐŽŵƉůĞdžĞƐ R32 ǁŚŝĐŚǁĞĐŽƵůĚŶŽƚƌĞĂĚŝůLJůŝŶŬƚŽĂƉŚLJƐŝŽůŽŐŝĐĂůƉƌŽĐĞƐƐŝŶǀŽůǀĞĚŝŶEƌĞƉĂŝƌ͘dŚĞƐĞ R33 ŶŽŶͲŶƵĐůĞĂƌ ĐŽŵƉůĞdžĞƐ ǁĞƌĞ ŝŶǀŽůǀĞĚ ŝŶ ŝŶƚĞŐƌŝŶ ĐĞůů ƐƵƌĨĂĐĞ ŝŶƚĞƌĂĐƟŽŶƐ ǁŝƚŚ ůĂŵŝŶŝŶƐ R34 ĂŶĚĐŽůůĂŐĞŶƐ͘ůƚŚŽƵŐŚƚŚĞƐĞĐŽŵƉůĞdžĞƐŚĂǀĞďĞĞŶŝŵƉůŝĐĂƚĞĚŝŶĞǀĂĚŝŶŐĂƉŽƉƚŽƐŝƐĂŌĞƌ R35 EĚĂŵĂŐĞ ϯϳ ͕ǁĞĚŝĚŶŽƚĐŽŶƐŝĚĞƌƚŚĞƐĞŶŽŶͲŶƵĐůĞĂƌĐŽŵƉůĞdžĞƐĨŽƌĨƵƌƚŚĞƌĂŶĂůLJƐŝƐ͘dŚĞ R36 ĚŽǁŶͲƌĞŐƵůĂƚĞĚ ƉƌŽƚĞŝŶƐ ŝŶ ZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚ ƚƵŵŽƌƐ ǁĞƌĞ ŶŽƚ ĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚ ǁŝƚŚ ĂŶLJ E R37 ƌĞƉĂŝƌƉƌŽƚĞŝŶĐŽŵƉůĞdžŝŶĂK&KĂŶĂůLJƐŝƐ͕ďƵƚŝŶƐƚĞĂĚƌĞǀĞĂůĞĚĐŽŵƉůĞdžĞƐŝŶǀŽůǀĞĚŝŶ R38 ŝŶƚĞŐƌŝŶƐŝŐŶĂůŝŶŐ͕ĐLJƚŽƐŬĞůĞƚŽŶƌĞŐƵůĂƟŽŶĂŶĚĞdžƚƌĂĐĞůůƵůĂƌŵĂƚƌŝdžƐŝŐŶĂůŝŶŐĂŵŽŶŐƐƚŽƚŚĞƌƐ R39 ;^ƵƉƉůĞŵĞŶƚĂƌLJdĂďůĞ^ϯͿ͘

ϰϬ WƌŽƚĞŽŵŝĐƐŽĨZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚĂŶĚͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐ

tĞ ĨŽĐƵƐĞĚ ŝŶ ƐƵďƐĞƋƵĞŶƚ ĂŶĂůLJƐĞƐ ŽŶ ƚŚĞ ƉƌŽƚĞŝŶƐ ƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚ ŝŶ ZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚ R1 ƚƵŵŽƌƐ ǁŝƚŚ Ă ůŝŶŬ ƚŽ E ƌĞƉĂŝƌ ďĞĐĂƵƐĞ ǁĞ ŚLJƉŽƚŚĞƐŝnjĞĚ ƚŚĂƚ ƚŚĞ ƵƉͲƌĞŐƵůĂƟŽŶ ŽĨ R2 EƌĞƉĂŝƌƉƌŽƚĞŝŶƐĂŶĚƉĂƚŚǁĂLJƐŝƐůŝŶŬĞĚƚŽZϭƐƚĂƚƵƐĂŶĚƌĞŇĞĐƚƐĂĐŽŵƉĞŶƐĂƚŽƌLJ R3 ƌĞƐƉŽŶƐĞ ƚŽ ƚŚĞ ůŽƐƐ ŽĨ Zϭ E ƌĞƉĂŝƌ ĨƵŶĐƟŽŶ͘ dŚĞ Ϯϵ ŶŽŶƌĞĚƵŶĚĂŶƚ E ƌĞƉĂŝƌ R4 ƉƌŽƚĞŝŶĐŽŵƉůĞdžĞƐĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚǁŝƚŚƚŚĞƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐŝŶƚŚĞZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚƚƵŵŽƌƐ R5 ĂƌĞǀŝƐƵĂůŝnjĞĚŝŶ&ŝŐƵƌĞϯƵƐŝŶŐLJƚŽƐĐĂƉĞ͘/ƚŝƐĂƉƉĂƌĞŶƚƚŚĂƚŵĂŶLJƉƌŽƚĞŝŶĐŽŵƉůĞdžĞƐŚĂǀĞ 2 R6 ŵƵůƟƉůĞƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚŵĞŵďĞƌƐ͘džĂŵƉůĞƐŽĨEƌĞƉĂŝƌ;ͲĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚͿĐŽŵƉůĞdžĞƐŝŶĐůƵĚĞĚ R7 ƚŚĞZϭͲĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚĐŽŵƉůĞdž;^Ϳ͕ŝŶǀŽůǀĞĚŝŶĚŽƵďůĞͲƐƚƌĂŶĚĞĚEƌĞƉĂŝƌ ϯϴ ͕ĂŶĚƚŚĞ R8 ĐŽŶĚĞŶƐŝŶ/ͲWZWϭͲyZϭĐŽŵƉůĞdžǁŝƚŚĞƐƚĂďůŝƐŚĞĚĨƵŶĐƟŽŶƐŝŶƐŝŶŐůĞͲƐƚƌĂŶĚEƌĞƉĂŝƌ ϯϵ ͘ R9 /ŶĂĚĚŝƟŽŶ͕ĮǀĞŽĨƐĞǀĞŶŵĞŵďĞƌƐŽĨƚŚĞƚŽƉŽƐŽŵĞĐŽŵƉůĞdžŝŶĐůƵĚŝŶŐƚŚĞĚƌƵŐƚĂƌŐĞƚƐ R10 dKWϭĂŶĚdKWϮǁĞƌĞƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚůLJƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚ ϰϬ ͘DŽƌĞŽǀĞƌ͕ŵĂŶLJĐŚƌŽŵĂƟŶƌĞŵŽĚĞůŝŶŐ R11 ĐŽŵƉůĞdžĞƐ͕ǁŝƚŚĂǁŝĚĞŝŶǀŽůǀĞŵĞŶƚŝŶĚŝīĞƌĞŶƚƚLJƉĞƐŽĨEƌĞƉĂŝƌƉƌŽĐĞƐƐĞƐ ϰϭ ͕ǁĞƌĞŚŝŐŚůLJ R12 ƉƌĞǀĂůĞŶƚŝŶŽƵƌĚĂƚĂƐĞƚ͘džĂŵƉůĞƐŝŶĐůƵĚĞĚƚŚĞt/EĐŽŵƉůĞdž͕ƚŚĞW&ĐŽŵƉůĞdž͕ƚŚĞ R13 ^t/ͬ^E&ĐŽŵƉůĞdž͕ƚŚĞ 'EϱͲdZZWŚŝƐƚŽŶĞĂĐĞƚLJůͲƚƌĂŶƐĨĞƌĂƐĞĐŽŵƉůĞdžĂŶĚƚŚĞEDdϯ R14 ŚŝƐƚŽŶĞŵĞƚŚLJůĂƟŽŶĐŽŵƉůĞdž;^ƵƉƉůĞŵĞŶƚĂƌLJdĂďůĞ^ϯͿ͘dŽŐĞƚŚĞƌ͕ƚŚĞĂŶĂůLJƐĞƐƉŝŶƉŽŝŶƚĂ R15 ŵĂũŽƌƵƉͲƌĞŐƵůĂƟŽŶŽĨĂďƌŽĂĚƌĂŶŐĞŽĨEƌĞƉĂŝƌͬĐŚƌŽŵĂƟŶƌĞŵŽĚĞůŝŶŐƉĂƚŚǁĂLJƐĂŶĚ R16 ƉƌŽƚĞŝŶĐŽŵƉůĞdžĞƐŝŶZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐ͘ R17 R18 /ĚĞŶƟĮĐĂƟŽŶŽĨĂZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJEƌĞƉĂŝƌƐŝŐŶĂƚƵƌĞ R19 dŽŝĚĞŶƟĨLJĂƉƌŽƚĞŝŶƐŝŐŶĂƚƵƌĞǁŝƚŚďŝŽůŽŐŝĐĂůƌĞůĞǀĂŶĐĞĨŽƌZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚďƌĞĂƐƚƚƵŵŽƌƐ͕ R20 ǁĞ ƌĞĂƐŽŶĞĚ ƚŚŝƐ ƐŝŐŶĂƚƵƌĞ ƐŚŽƵůĚ ƌĞƉƌĞƐĞŶƚ ƚŚĞ ƌĂŶŐĞ ŽĨ ƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚ E ƌĞƉĂŝƌ R21 ƉƌŽĐĞƐƐĞƐŝŶƚŚĞƐĞƚƵŵŽƌƐĂŶĚƚŚĞƌĞĨŽƌĞĐŽŶƚĂŝŶƐĞůĞĐƚĞĚƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚŵĞŵďĞƌƐŽĨĞĂĐŚŽĨ R22 ƚŚĞϮϵŶŽŶƌĞĚƵŶĚĂŶƚƉƌŽƚĞŝŶĐŽŵƉůĞdžĞƐĚĞƐĐƌŝďĞĚĂďŽǀĞ͘dŽƚŚŝƐĞŶĚ͕ǁĞƐĞůĞĐƚĞĚƚŚĞŵŽƐƚ R23 ĐŽŶŶĞĐƚĞĚƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚŶŽĚĞŝŶĞĂĐŚŽĨƚŚĞϮϵEƌĞƉĂŝƌƉƌŽƚĞŝŶĐŽŵƉůĞdžĞƐ;&ŝŐƵƌĞϯͿ͘dŚŝƐ R24 ƐƚƌĂƚĞŐLJŵĂLJLJŝĞůĚŵƵůƟƉůĞƉƌŽƚĞŝŶƐƉĞƌƉƌŽƚĞŝŶĐŽŵƉůĞdž͕ďĞĐĂƵƐĞƐŽŵĞŶŽĚĞƐƐŚŽǁƚŚĞ R25 ƐĂŵĞůĞǀĞůŽĨĐŽŶŶĞĐƟǀŝƚLJ͘hƐŝŶŐƚŚŝƐƐƚƌĂƚĞŐLJĂZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƐŝŐŶĂƚƵƌĞŽĨϰϱƉƌŽƚĞŝŶƐ R26 ǁĂƐŽďƚĂŝŶĞĚ;dĂďůĞϯͿ͘dŚĞƐŝŐŶĂƚƵƌĞŝŶĐůƵĚĞƐWZWϭ͕ŝŶǀŽůǀĞĚŝŶƐŝŶŐůĞͲƐƚƌĂŶĚďĂƐĞƌĞƉĂŝƌ͖ R27 dZZW͕ĂůĂƌŐĞĂĚĂƉƚŽƌƉƌŽƚĞŝŶŝŶǀŽůǀĞĚŝŶŚŝƐƚŽŶĞĂĐĞƚLJůĂƟŽŶ͖dKWϮ͕ĂƚŽƉŽŝƐŽŵĞƌĂƐĞ͖ R28 ^Dϭ ĂŶĚ ^Dϰ͕ ŝŶǀŽůǀĞĚ ŝŶ ĐŚƌŽŵĂƟĚ ĐŽŚĞƐŝŽŶ ĂŶĚ ĐŽŶĚĞŶƐĂƟŽŶ͖ ϭ ĂŶĚ dD͕ R29 ŝŶǀŽůǀĞĚŝŶƉŚŽƐƉŚŽƌLJůĂƟŽŶŽĨ,ϮyƵƉŽŶEĚĂŵĂŐĞ͖ĂŶĚD^,ϮĂŶĚD^,ϲ͕ŝŶǀŽůǀĞĚŝŶ R30 ŵŝƐŵĂƚĐŚƌĞƉĂŝƌ͘ R31 R32 hƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐŵĂƉƉĞĚƚŽŚƵŵĂŶƚƌĂŶƐĐƌŝƉƚƐŝĚĞŶƟĨLJŚƵŵĂŶZϭͬϮͲĚĞĮĐŝĞŶƚ R33 tumors R34 dŽŝŶǀĞƐƟŐĂƚĞƚŚĞƉŽǁĞƌŽĨƚŚĞϰϱƉƌŽƚĞŝŶZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƐŝŐŶĂƚƵƌĞŝŶƐĞƉĂƌĂƟŶŐZϭͲ R35 ĚĞĮĐŝĞŶƚ ĂŶĚ ͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚ ďƌĞĂƐƚ ĐĂŶĐĞƌƐ ŝŶ ŚƵŵĂŶƐ ŝŶ ĐŽŵƉĂƌŝƐŽŶ ǁŝƚŚ Ăůů ƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚ R36 ƉƌŽƚĞŝŶƐ͕ǁĞƉĞƌĨŽƌŵĞĚ in silico ĂŶĂůLJƐŝƐƵƐŝŶŐƉƵďůŝĐůLJĂǀĂŝůĂďůĞŐĞŶĞĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶĚĂƚĂƐĞƚƐ R37 ;dĂďůĞϰͿ͘ R38 R39

ϰϭ Chapter 2

R1 a R2 c c c c c c c c c c c c Ğ d d d d d d d R3 d d d R4

R5 ŵZEĂŶĚƉƌŽƚĞŝŶ R6 R7 Ϭ͕ϬϬϴ ŶͬĂ Ϭ͕ϬϬϮ ǀĂůƵĞ ZĞŐƵůĂƟŽŶĐŽŵƉĂƌŝƐŽŶ R8 p R9 ď R10 ď R11 &ŽůĚĐŚĂŶŐĞ R12 R13 R14 ƐLJŵďŽů ,ƵŵĂŶŐĞŶĞ R15 R16 R17 ŝĚĞŶƟĮĞƌ DŽƵƐĞ/W/ /W/ϬϬϰϬϴϭϳϲ/W/ϬϬϮϴϰϰϰϰ ^E<Ϯϭ/W/ϬϬϭϬϵϳϲϰ ϱ>/W/ϬϬϰϮϬϴϳϬ dKWϭ Ϯ͕ϰ K'd/W/ϬϬϮϮϵϲϱϵ/W/ϬϬϯϭϬϭϳϯ WϰϬϬ ϯ͕ϭ/W/ϬϬϯϭϮϭϮϴ D^,ϲ Ϭ͕ϬϬϮ Ϯ͕Ϯ/W/ϬϬϰϮϬϴϬϳ dZ/DϮϴ ϯ͕ϴ/W/ϬϬϲϮϬϳϰϯ ^&Z^ϭ Ϭ͕ϬϬϮ ϵ͕ϳ ^ZW Ϭ͕ϬϬϯ ϳ͕ϭ ϭ͕ϵ ŶͬĂ Ϭ͕ϬϬϰ Ϭ͕ϬϬϰ ϭ͕ϰ ŶͬĂ Ϭ͕ϬϬϲ Ϭ͕ϬϬϴ Ϭ͕ϬϬϴ ŶͬĂ /W/ϬϬϭϯϱϰϰϯ/W/ϬϬϴϮϴϰϵϬ dKWϮ/W/ϬϬϭϭϯϴϳϬ ,&ϭ/W/ϬϬϭϮϮϴϰϱ WE Z^&ϭ Ϯ͕ϭ ϯ͕ϱ ϭ͕ϴ Ϭ͕ϬϬϭ Ϭ͕ϬϬϮ Ϭ͕ϬϬϮ /W/ϬϬϭϯϵϭϲϴ WZWϭ ϯ͕ϭ Ϭ͕ϬϬϴ /W/ϬϬϰϲϬϲϲϴ ^DZϰ/W/ϬϬϰϲϯϱϰϵ/W/ϬϬϭϮϰϴϭϬ ZW/W/ϬϬϯϮϵϴϰϬ dD Ϯ͕ϯ ZϮϭ ϱ͕ϱ Ϭ͕ϬϬϵ ϲ͕Ϭ ϯ͕ϭ Ϭ͕ϬϭϬ Ϭ͕ϬϭϬ Ϭ͕Ϭϭϰ /W/ϬϬϯϯϬϵϬϮ dZZW ϴ͕ϰ фϬ͘ϬϬϭ R18 /W/ϬϬϭϯϬϱϵϳ/W/ϬϬϭϯϮϭϮϮ ϭ/W/ϬϬϭϳϮϮϮϲ ^Dϯ/W/ϬϬϭϮϰϱϮϬ EWϮ/W/ϬϬϭϭϳϵϯϮ ZWϭ ϰ͕Ϭ/W/ϬϬϯϭϯϱϭϱ ^/Eϯ Ϯ͕ϰ/W/ϬϬϰϮϬϯϮϵ ϰ͕ϱ WK>ϭ фϬ͘ϬϬϭ /W/ϬϬϭϮϯϴϳϬ ^EZEWϮϬϬ ϲ͕ϯ/W/ϬϬϭϮϮϮϮϯ фϬ͘ϬϬϭ ^Dϭ ϮϬ͕Ϭ фϬ͘ϬϬϭ /W/ϬϬϭϮϱϲϲϮ dKWϮ ϴ͕ϱ ϭ͕ϲ ^DZϭ фϬ͘ϬϬϭ фϬ͘ϬϬϭ ϯ͕Ϯ фϬ͘ϬϬϭ Ϭ͕ϬϬϭ ϯ͕Ϭ ϰ͕Ϭ Ϭ͕ϬϬϭ Ϭ͕ϬϬϭ Ϭ͕ϬϬϭ ŶͬĂ ŶͬĂ R19 R20 R21 R22 R23 R24 R25 R26 ƐĂŵŝŶLJůƚƌĂŶƐĨĞƌĂƐĞϭϭϬŬĂƐƵďƵŶŝƚ ƌŽĨĐŚƌŽŵĂƟŶƐƵďĨĂŵŝůLJŵĞŵďĞƌϭ R27 ŽƌŽĨĐŚƌŽŵĂƟŶ͕ƐƵďĨĂŵŝůLJĂ͕ŵĞŵďĞƌϰ R28 R29 R30 R31 WƌŽƚĞŝŶĚĞƐĐƌŝƉƟŽŶ R32 R33 R34 R35 R36

R37 >ŝƐƚŽĨϰϱƉƌŽƚĞŝŶƐŝŶZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƐŝŐŶĂƚƵƌĞ R38 ĂƐĞŝŶŬŝŶĂƐĞ//ĂůƉŚĂƐƵďƵŶŝƚ ĞůůĚŝǀŝƐŝŽŶĐLJĐůĞϱͲƌĞůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶ EƚŽƉŽŝƐŽŵĞƌĂƐĞϭ /ƐŽĨŽƌŵϭŽĨhWͲEͲĂĐĞƚLJůŐůƵĐŽƐĂŵŝŶĞͲͲƉĞƉƟĚĞEͲĂĐĞƚLJůŐůƵĐŽ /ƐŽĨŽƌŵϮŽĨϭͲďŝŶĚŝŶŐƉƌŽƚĞŝŶƉϰϬϬ DƵƚ^ŚŽŵŽůŽŐϲ /ƐŽĨŽƌŵϭŽĨdƌĂŶƐĐƌŝƉƟŽŶŝŶƚĞƌŵĞĚŝĂƌLJĨĂĐƚŽƌϭͲďĞƚĂ /ƐŽĨŽƌŵϭŽĨ^ƉůŝĐŝŶŐĨĂĐƚŽƌ͕ĂƌŐŝŶŝŶĞͬƐĞƌŝŶĞͲƌŝĐŚϭ ^ŶĨϮͲƌĞůĂƚĞĚWĂĐƟǀĂƚŽƌƉƌŽƚĞŝŶ ^t/ͬ^E&ƌĞůĂƚĞĚ͕ŵĂƚƌŝdžĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚ͕ĂĐƟŶĚĞƉĞŶĚĞŶƚƌĞŐƵůĂƚ EƚŽƉŽŝƐŽŵĞƌĂƐĞϮͲďĞƚĂ ,ŽƐƚĐĞůůĨĂĐƚŽƌϭ WƌŽůŝĨĞƌĂƟŶŐĐĞůůŶƵĐůĞĂƌĂŶƟŐĞŶ ZƐĨϭŚĞƉĂƟƟƐǀŝƌƵƐdžĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶ WŽůLJ;WͲƌŝďŽƐĞͿƉŽůLJŵĞƌĂƐĞͿϭ ZďŝŶĚŝŶŐƉƌŽƚĞŝŶ ^ĞƌŝŶĞͲƉƌŽƚĞŝŶŬŝŶĂƐĞdD ŽƵďůĞͲƐƚƌĂŶĚͲďƌĞĂŬƌĞƉĂŝƌƉƌŽƚĞŝŶƌĂĚϮϭŚŽŵŽůŽŐ dƌĂŶƐĨŽƌŵĂƟŽŶͬƚƌĂŶƐĐƌŝƉƟŽŶĚŽŵĂŝŶͲĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶ ƌŽŵŽĚŽŵĂŝŶĂĚũĂĐĞŶƚƚŽnjŝŶĐĮŶŐĞƌĚŽŵĂŝŶƉƌŽƚĞŝŶϭ ^ƚƌƵĐƚƵƌĂůŵĂŝŶƚĞŶĂŶĐĞŽĨĐŚƌŽŵŽƐŽŵĞƐƉƌŽƚĞŝŶϯ /ƐŽĨŽƌŵϮŽĨŽŶĚĞŶƐŝŶĐŽŵƉůĞdžƐƵďƵŶŝƚϭ ZĞƉůŝĐĂƟŽŶƉƌŽƚĞŝŶϳϬŬĂEͲďŝŶĚŝŶŐƐƵďƵŶŝƚ /ƐŽĨŽƌŵϭŽĨWĂŝƌĞĚĂŵƉŚŝƉĂƚŚŝĐŚĞůŝdžƉƌŽƚĞŝŶ^ŝŶϯĂ WŽůĚϭEƉŽůLJŵĞƌĂƐĞ ĐƟǀĂƟŶŐƐŝŐŶĂůĐŽŝŶƚĞŐƌĂƚŽƌϭĐŽŵƉůĞdžƐƵďƵŶŝƚϯͲůŝŬĞϭ ^ƚƌƵĐƚƵƌĂůŵĂŝŶƚĞŶĂŶĐĞŽĨĐŚƌŽŵŽƐŽŵĞƐƉƌŽƚĞŝŶϭ EƚŽƉŽŝƐŽŵĞƌĂƐĞϮͲĂůƉŚĂ ^t/ͬ^E&ͲƌĞůĂƚĞĚŵĂƚƌŝdžͲĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚĂĐƟŶͲĚĞƉĞŶĚĞŶƚƌĞŐƵůĂƚŽ

R39 3. Table

ϰϮ WƌŽƚĞŽŵŝĐƐŽĨZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚĂŶĚͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐ

R1 R2 c c c c c c d d d d d d d d R3 R4 R5 2 R6 R7 Ϭ͕ϬϮϬ Ϭ͕ϬϮϬ Ϭ͕Ϭϭϵ R8 R9 ď ď ď R10 R11 R12 R13 R14 R15 R16 R17 /W/ϬϬϲϱϮϵϴϳ/W/ϬϬϮϮϲϬϳϯ yϮϭ/W/ϬϬϰϱϴϬϱϲ ,EZEW&/W/ϬϬϯϵϲϳϯϵ EWϭ ^DZϱ/W/ϬϬϭϭϴϭϱϴ Ϯ͕ϯ/W/ϬϬϭϮϵϯϮϯ ϭ͕ϰ D^,Ϯ/W/ϬϬϯϯϵϰϲϴ ^&Z^ϯ ϭ͕ϰ ϭ͕ϵ/W/ϬϬϭϮϬϯϰϰ Ϭ͕ϬϮϬ ,yϵ Ϭ͕ϬϮϮ/W/ϬϬϭϭϲϵϮϵ ^hWdϭϲ, ϯ͕Ϭ/W/ϬϬϰϬϳϱϳϭ Ϭ͕ϬϯϬ Ϭ͕ϬϮϴ ^d&ϯ ϭ͕ϰ/W/ϬϬϮϮϵϯϵϳ ^^ZWϭ ϭ͕ϯ Ϯ͕ϭ/W/ϬϬϲϰϴϰϱϵ ^Dϰ Ϭ͕Ϭϯϭ ŶͬĂ Z/ϭ Ϭ͕Ϭϯϱ ϲ͕ϰ ŶͬĂ Ϭ͕Ϭϯϳ Ϭ͕Ϭϰϱ ϯ͕ϭ Ϯ͕ϰ ϯ͕ϴ Ϭ͕Ϭϰϲ Ϭ͕Ϭϰϳ Ϭ͕Ϭϰϵ Ϭ͕Ϭϰϵ /W/ϬϬϳϳϲϬϱϱ Ddϭ /W/ϬϬϭϭϲϳϰϳ ^d&ϭ /W/ϬϬϭϮϭϱϵϲ WZW&ϴ ϭ͕ϱ Ϭ͕Ϭϭϰ /W/ϬϬϳϮϬϭϭϬ ϮϬKZ&ϮϬ R18 R19 R20 R21 R22 R23 R24 R25 R26 ƌŽĨĐŚƌŽŵĂƟŶƐƵďĨĂŵŝůLJŵĞŵďĞƌϱ R27 R28 R29 R30 R31 R32 R33 R34 R35 R36 R37 R38 ;ƐƉͲ'ůƵͲůĂͲƐƉͿďŽdžƉŽůLJƉĞƉƟĚĞϮϭ /ƐŽĨŽƌŵϭŽĨ,ĞƚĞƌŽŐĞŶĞŽƵƐŶƵĐůĞĂƌƌŝďŽŶƵĐůĞŽƉƌŽƚĞŝŶ& EƵĐůĞĂƌĐĂƉͲďŝŶĚŝŶŐƉƌŽƚĞŝŶƐƵďƵŶŝƚϭ ^t/ͬ^E&ͲƌĞůĂƚĞĚŵĂƚƌŝdžͲĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚĂĐƟŶͲĚĞƉĞŶĚĞŶƚƌĞŐƵůĂƚŽ EŵŝƐŵĂƚĐŚƌĞƉĂŝƌƉƌŽƚĞŝŶDƐŚϮ /ƐŽĨŽƌŵ>ŽŶŐŽĨ^ƉůŝĐŝŶŐĨĂĐƚŽƌ͕ĂƌŐŝŶŝŶĞͬƐĞƌŝŶĞͲƌŝĐŚϯ ,;ƐƉͲ'ůƵͲůĂͲ,ŝƐͿďŽdžƉŽůLJƉĞƉƟĚĞϵ &dĐŽŵƉůĞdžƐƵďƵŶŝƚ^Wdϭϲ ůĞĂǀĂŐĞƐƟŵƵůĂƟŽŶĨĂĐƚŽƌϳϳŬĂƐƵďƵŶŝƚ /ƐŽĨŽƌŵϮŽĨ&dĐŽŵƉůĞdžƐƵďƵŶŝƚ^^ZWϭ ^ƚƌƵĐƚƵƌĂůŵĂŝŶƚĞŶĂŶĐĞŽĨĐŚƌŽŵŽƐŽŵĞƐƉƌŽƚĞŝŶϰ dƌŝĐŚŝŶƚĞƌĂĐƟǀĞĚŽŵĂŝŶϭ DĞƚĂƐƚĂƐŝƐĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚϭ ůĞĂǀĂŐĞƐƟŵƵůĂƟŽŶĨĂĐƚŽƌϱϬŬĂƐƵďƵŶŝƚ WƌĞͲŵZEͲƉƌŽĐĞƐƐŝŶŐͲƐƉůŝĐŝŶŐĨĂĐƚŽƌϴ DZ';DKZ&ϰͲƌĞůĂƚĞĚŐĞŶĞͿͲďŝŶĚŝŶŐƉƌŽƚĞŝŶ hŶŝƋƵĞĚĞƚĞĐƟŽŶŝŶZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚƚƵŵŽƌƐ EŽƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚƌĞŐƵůĂƟŽŶŵZE ^ŝŐŶŝĮĐĂŶƚŽƉƉŽƐŝƚĞƌĞŐƵůĂƟŽŶŵZE &ŽƌŵZEƌĞŐƵůĂƟŽŶ ^ŝŐŶŝĮĐĂŶƚůLJƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚŵZE ŶͬĂсŶŽŵZEƉƌŽďĞŽŶŵŝĐƌŽĂƌƌĂLJ ď c d Ğ a R39

ϰϯ Chapter 2

R1      R2 R3 R4 R5 R6      R7 R8 R9 R10 R11      R12 R13 R14 R15    R16 R17 R18 R19    R20 R21 R22 R23   R24 R25 R26 R27    R28 R29 R30   R31 R32  R33 R34

R35 )LJXUH R36 &ŝŐƵƌĞ ϯ͘ EŽŶƌĞĚƵŶĚĂŶƚ ƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚ E ƌĞƉĂŝƌ ƉƌŽƚĞŝŶ ĐŽŵƉůĞdžĞƐ ŝĚĞŶƟĮĞĚ ďLJ K&K ĂŶĚ visualized using STRING in Cytoscape.  dŚĞ ŶŽĚĞƐ ƌĞƉƌĞƐĞŶƚ ƉƌŽƚĞŝŶƐ ĂŶĚ ƚŚĞ ůŝŶĞƐ ŝŶĚŝĐĂƚĞ ƚŚĞŝƌ R37 ĂƐƐŽĐŝĂƟŽŶĂƐŝĚĞŶƟĮĞĚŝŶƚŚĞ^dZ/E'ĚĂƚĂďĂƐĞ͘ŽůŽƌŝŶƚĞŶƐŝƚLJŝƐƌĞƉƌĞƐĞŶƚĂƟǀĞŽĨƚŚĞĚĞŐƌĞĞŽĨƵƉͲ R38 ƌĞŐƵůĂƟŽŶŝŶZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚƉƌŽƚĞŝŶƐ͘ƌƌŽǁƐŝŶĚŝĐĂƚĞŵŽƐƚĐŽŶŶĞĐƚĞĚŶŽĚĞƐ͘ R39

ϰϰ WƌŽƚĞŽŵŝĐƐŽĨZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚĂŶĚͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐ

tĞĂůƐŽĞǀĂůƵĂƚĞĚƚŚĞƐƉĞĐŝĮĐŝƚLJĨŽƌZϮ͕ĂŐĞŶĞŝŶǀŽůǀĞĚŝŶƚŚĞƐĂŵĞƉĂƚŚǁĂLJĂƐZϭ͕ R1 ƚŽĞdžĂŵŝŶĞƚŚĞĂďŝůŝƚLJƚŽŝĚĞŶƟĨLJĚĞĮĐŝĞŶĐLJŝŶŚŽŵŽůŽŐLJͲĚŝƌĞĐƚĞĚEƌĞƉĂŝƌŝŶŐĞŶĞƌĂů ϰϮ ͘ R2 dŚŝƐ ŝƐ ŝŵƉŽƌƚĂŶƚ ďĞĐĂƵƐĞ ŽĨ ƚŚĞ ƌĞĐĞŶƚ ĂǀĂŝůĂďŝůŝƚLJ ŽĨ ĚƌƵŐƐ ƚĂƌŐĞƟŶŐ ƚŚŝƐ ƉĂƌƟĐƵůĂƌ R3 ĚĞĮĐŝĞŶĐLJ ϰϯ ͘ R4 tĞĮƌƐƚĨŽĐƵƐĞĚŽŶƚŚĞ:ƂŶƐƐŽŶĚĂƚĂƐĞƚĐŽŶƚĂŝŶŝŶŐϮϮ BRCA1 ͲĂŶĚϯϮ BRCA2 ͲŵƵƚĂƚĞĚ R5 ƚƵŵŽƌƐĂŶĚŽƚŚĞƌĨĂŵŝůŝĂůĂŶĚƐƉŽƌĂĚŝĐƚƵŵŽƌƐ;dĂďůĞϰͿ͕ďĞĐĂƵƐĞƚŚŝƐǁŚŽůĞŐĞŶŽŵĞŐĞŶĞ 2 R6 ĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶĚĂƚĂƐĞƚĐŽŶƚĂŝŶĞĚƚŚĞůĂƌŐĞƐƚŶƵŵďĞƌŽĨ BRCA1/2 ͲŵƵƚĂƚĞĚƚƵŵŽƌƐ͘,ŝĞƌĂƌĐŚŝĐĂů R7 ĐůƵƐƚĞƌŝŶŐ ƵƐŝŶŐ Ăůů ƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚ ƉƌŽƚĞŝŶƐ ƐŚŽǁĞĚ ƚŚĂƚ ƚŚĞ ŵĂũŽƌŝƚLJ ŽĨ BRCA1 ͲŵƵƚĂƚĞĚ R8 ƚƵŵŽƌƐǁĞƌĞĐůƵƐƚĞƌĞĚǁŝƚŚŝŶŽŶĞďƌĂŶĐŚŽĨƚŚĞĚĞŶĚƌŽŐƌĂŵ͕ǁŚŝĐŚĐŽŝŶĐŝĚĞƐ͕ĂƐĞdžƉĞĐƚĞĚ͕ R9 ǁŝƚŚ ƚŚĞ ďĂƐĂůͲůŝŬĞ ƚƵŵŽƌƐ ;&ŝŐƵƌĞ ϰͿ͘ dŚĞ ZϮ ƐĂŵƉůĞƐ ǁĞƌĞ ĂůƐŽ ĐůƵƐƚĞƌĞĚ ůĂƌŐĞůLJ R10 ƚŽŐĞƚŚĞƌǁŝƚŚŝŶƚŚĞŵŝĚĚůĞďƌĂŶĐŚŽĨƚŚĞĚĞŶĚƌŽŐƌĂŵ͘&ŝŐƵƌĞϰĚĞƉŝĐƚƐĂĐůƵƐƚĞƌŝŶŐƵƐŝŶŐ R11 ƚŚĞ Zϭ ĚĞĮĐŝĞŶĐLJ ƐŝŐŶĂƚƵƌĞ͘ ,ĞƌĞ͕ Ă ůĂƌŐĞ ƉƌŽƉŽƌƟŽŶ ŽĨ ƚŚĞ Zϭ ĂŶĚ ZϮ ĨĂůůƐ R12 ǁŝƚŚŝŶŽŶĞďƌĂŶĐŚŽĨƚŚĞĚĞŶĚƌŽŐƌĂŵ͕ŵĂŬŝŶŐƵƉĂƉƉƌŽdžŝŵĂƚĞůLJŽŶĞͲƚŚŝƌĚŽĨƚŚĞƚƵŵŽƌƐ͘ R13 dŚƵƐ͕ƚŚĞĐůƵƐƚĞƌĂŶĂůLJƐŝƐŝŶĚŝĐĂƚĞƐƚŚĂƚƚŚĞϰϱͲƉƌŽƚĞŝŶZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƐŝŐŶĂƚƵƌĞƐŚŽǁƐ R14 ƐƉĞĐŝĮĐŝƚLJ͕ŶŽƚŽŶůLJĨŽƌ BRCA1 ͲŵƵƚĂƚĞĚƚƵŵŽƌƐ͕ďƵƚĂůƐŽĨŽƌ BRCA2 ͲŵƵƚĂƚĞĚƚƵŵŽƌƐ͘ R15 R16 Table 4. ĞƐĐƌŝƉƟŽŶŽĨƌĞůĞǀĂŶƚŝŶĨŽƌŵĂƟŽŶŽĨŚƵŵĂŶďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌŐĞŶĞĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶĚĂƚĂƐĞƚƐƵƐĞĚ R17 ĨŽƌ in silico ǀĂůŝĚĂƟŽŶ R18 EŽ͘ŽĨ WĂƟĞŶƚĐŚĂƌĂĐƚĞƌŝƐƟĐƐ ůŝŶŝĐĂůĞŶĚ ^ŽƵƌĐĞ R19 ƉĂƟĞŶƚƐ ƉŽŝŶƚ R20 sĂŶĚĞsŝũǀĞƌ ϯϭϱ ϮϵϱƐƉŽƌĂĚŝĐƉĂƟĞŶƚƐ ^ƵƌǀŝǀĂů ŚƩƉ͗ͬͬǁǁǁ͘ƌŝŝ͘ĐŽŵͬƉƵďůŝĐĂƟŽŶƐ et al. R21 sĂŶ͚ƚsĞĞƌ ϮϬ ϭϴZϭĂŶĚϮZϮŵƵƚĂƟŽŶ ŶͬĂ ŚƩƉ͗ͬͬǁǁǁ͘ƌŝŝ͘ĐŽŵͬƉƵďůŝĐĂƟŽŶƐ R22 et al. ĐĂƌƌŝĞƌƐ R23 tĂŶŐ et al. Ϯϴϲ ϮϴϲƐƉŽƌĂĚŝĐƉĂƟĞŶƚƐ dŝŵĞƚŽĚŝƐƚĂŶƚ 'KĂĐĐĞƐƐŝŽŶ'^ϮϬϯϰ R24 ŵĞƚĂƐƚĂƐŝƐ R25 EĂĚĞƌŝ et al. ϭϯϰ ϭϯϰƐƉŽƌĂĚŝĐƉĂƟĞŶƚƐ;ϭϮϬǁŝƚŚ ^ƵƌǀŝǀĂů ƌƌĂLJĞdžƉƌĞƐƐĂĐĐĞƐƐŝŽŶͲhKEͲϭ ƐƵƌǀŝǀĂůĚĂƚĂͿ R26 :ƂŶƐƐŽŶ et al. ϯϱϵ ϮϮZϭ͕ϯϮZϮ͕ϭϳϯƐƉŽƌĂĚŝĐĂŶĚ ^ƵƌǀŝǀĂů 'KĂĐĐĞƐƐŝŽŶ'^ϮϮϭϯϯ R27 ϭϯϮŶŽŶͲZϭͬϮĨĂŵŝůŝĂůƉĂƟĞŶƚƐ R28 tĂĚĚĞůů et al. ϳϱ ϭϵZϭ͕ϯϬZϮ͕ϭƵŶŬŶŽǁŶ͕ĂŶĚ ŶͬĂ 'KĂĐĐĞƐƐŝŽŶ'^ϭϵϭϳϳ R29 ϮϱŶŽŶͲZϭͬϮĨĂŵŝůŝĂůƉĂƟĞŶƚƐ R30 R31 dŚĞŶĞĂƌĞƐƚĐĞŶƚƌŽŝĚĐůĂƐƐŝĮĐĂƟŽŶŵĞƚŚŽĚǁĂƐĞŵƉůŽLJĞĚƚŽĐŚĂƌĂĐƚĞƌŝnjĞŵŽƌĞƉƌĞĐŝƐĞůLJ R32 ƚŚĞ ƐĞŶƐŝƟǀŝƚLJ ĂŶĚ ƐƉĞĐŝĮĐŝƚLJ ŽĨ ƚŚĞ ŵŽƵƐĞ Zϭ ĚĞĮĐŝĞŶĐLJ ƐŝŐŶĂƚƵƌĞ ĨŽƌ BRCA1 Ͳ ĂŶĚ R33 BRCA2 ͲŵƵƚĂƚĞĚƚƵŵŽƌƐ͕ĂƐǁĞůůĂƐĨŽƌƚŚĞůŝƐƚŽĨĂůůƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐ͘dĂďůĞϱƌĞƉŽƌƚƐ R34 ƚŚĞĐůĂƐƐŝĮĐĂƟŽŶƌĞƐƵůƚƐŽŶƚŚĞ:ƂŶƐƐŽŶĚĂƚĂƐĞƚǁŝƚŚůĞĂǀĞͲŽŶĞͲŽƵƚĐƌŽƐƐͲǀĂůŝĚĂƟŽŶ͘dŚĞ R35 ƐĞŶƐŝƟǀŝƟĞƐ ĨŽƌ BRCA1 ͲŵƵƚĂƚĞĚ ƚƵŵŽƌƐ ǁĞƌĞ ϳϳ й ĂŶĚ ϴϮ й ĨŽƌ ƚŚĞ ϰϭϳ ƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚ R36 ƉƌŽƚĞŝŶƐĂŶĚƚŚĞZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƐŝŐŶĂƚƵƌĞ͕ƌĞƐƉĞĐƟǀĞůLJ͘ůĂƐƐŝĮĐĂƟŽŶĨŽƌƚŚĞĐŽŵďŝŶĂƟŽŶ R37 ŽĨZϭͲĂŶĚZϮͲŵƵƚĂƚĞĚƚƵŵŽƌƐLJŝĞůĚĞĚĂƐŝŵŝůĂƌƉĞƌĨŽƌŵĂŶĐĞ͗ϴϯйƐĞŶƐŝƟǀŝƚLJĨŽƌĂůů R38 ƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐĂŶĚϴϭйĨŽƌƚŚĞZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƐŝŐŶĂƚƵƌĞ͘ R39

ϰϱ Chapter 2

R1 $ R2 EDVDOOLNH DQG %5&$FOXVWHU R3 R4 R5 R6 R7 R8 R9 R10 7RSEDU %DVDOOLNH R11 R12 1RQ%DVDOOLNH R13 %RWWRPEDU R14 %5&$

R15 %5&$ R16 2WKHU R17 R18 R19 R20 % R21 R22 R23 R24 R25 R26 R27 7RSEDU R28 %DVDOOLNH R29 1RQ%DVDOOLNH R30 R31 %RWWRPEDU %5&$ R32 R33 %5&$

R34 2WKHU R35 Figure)LJXUH 4. Hierarchical clustering of proteins mapped to gene transcripts for the Jönsson data set. R36 A, ůƵƐƚĞƌĂŶĂůLJƐŝƐƵƐŝŶŐƚŚĞϰϭϳƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚŵĂƉƉĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐ͘dŚĞŵĂũŽƌŝƚLJŽĨƚŚĞZϭƉĂƟĞŶƚƐ R37 ĐůƵƐƚĞƌ ƚŽŐĞƚŚĞƌ ǁŝƚŚŝŶ ƚŚĞ ďĂƐĂů ĐůƵƐƚĞƌ ŝŶ ŽŶĞ ďƌĂŶĐŚ ŽĨ ƚŚĞ ĚĞŶĚƌŽŐƌĂŵ͘ dŚĞ ĂĚũĂĐĞŶƚ ĐůƵƐƚĞƌ B, R38 ĐŽŶƚĂŝŶƐƚŚĞŵĂũŽƌŝƚLJŽĨƚŚĞZϮƉĂƟĞŶƚƐ͘ ůƵƐƚĞƌĂŶĂůLJƐŝƐƵƐŝŶŐƚŚĞϰϱͲƉƌŽƚĞŝŶZϭͲĚĞĮĐŝĞŶĐLJ ƐŝŐŶĂƚƵƌĞ͘dŚĞZϭĂŶĚZϮƐĂŵƉůĞƐĂƌĞŶŽǁĂĚũĂĐĞŶƚƚŽĞĂĐŚŽƚŚĞƌŝŶŽŶĞĐůƵƐƚĞƌĐŽŶƚĂŝŶŝŶŐ R39 ĂƉƉƌŽdžŝŵĂƚĞůLJŽŶĞƚŚŝƌĚŽĨĂůůƉĂƟĞŶƚƐ͘

ϰϲ WƌŽƚĞŽŵŝĐƐŽĨZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚĂŶĚͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐ

tĞ ĂůƐŽ ĂƐƐĞƐƐĞĚ ƚŚĞ ƉĞƌĨŽƌŵĂŶĐĞ ŽĨ ϭϬϬϬ ƐĞƚƐ ŽĨ ŐĞŶĞƐ ƌĂŶĚŽŵůLJ ƐĂŵƉůĞĚ ĨƌŽŵ R1 ƚŚĞ ǁŚŽůĞ ŐĞŶŽŵĞ ĂŶĚ͕ ŝŶ Ă ŵŽƌĞ ƐƚƌŝŶŐĞŶƚ ĂƉƉƌŽĂĐŚ͕ ĨƌŽŵ ƚŚĞ ůŝƐƚ ŽĨ E ƌĞƉůŝĐĂƟŽŶ͕ R2 ƌĞĐŽŵďŝŶĂƟŽŶĂŶĚƌĞƉĂŝƌŐĞŶĞƐĂƐĚĞĮŶĞĚďLJ/W;dĂďůĞϱͿ͘ůƚŚŽƵŐŚďŽƚŚĂůůƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚ R3 ƉƌŽƚĞŝŶƐ ĂŶĚ ƚŚĞ Zϭ ĚĞĮĐŝĞŶĐLJ ƐŝŐŶĂƚƵƌĞ ĂĐŚŝĞǀĞĚ ƐŝŵŝůĂƌ ƐĞŶƐŝƟǀŝƟĞƐ ŝŶ ĐůĂƐƐŝĨLJŝŶŐ R4 BRCA1/2 ͲŵƵƚĂƚĞĚ ƚƵŵŽƌƐ͕ ƚŚŝƐ ǁĂƐ ŽŶůLJ ƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚůLJ ďĞƩĞƌ ĐŽŵƉĂƌĞĚ ƚŽ ƌĂŶĚŽŵ ŐĞŶĞ R5 ůŝƐƚƐ͕ǁŚĞŶƵƐŝŶŐĂůůƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐ͘EĞǀĞƌƚŚĞůĞƐƐ͕ƚŚĞZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƐŝŐŶĂƚƵƌĞ 2 R6 ĐŽŵƉĂƌĞĚĨĂǀŽƌĂďůLJƚŽďŽƚŚƌĂŶĚŽŵŐĞŶĞůŝƐƚƐƐĂŵƉůĞĚĨƌŽŵĂůůŐĞŶĞƐĂŶĚĨƌŽŵƌĂŶĚŽŵ R7 EƌĞƉĂŝƌůŝƐƚƐ͕ƐŚŽǁŝŶŐĐŽŶĮĚĞŶĐĞƚŚĂƚƚŚĞĐůĂƐƐŝĮĐĂƟŽŶĂĐĐƵƌĂĐŝĞƐǁĞƌĞŶŽƚŽďƚĂŝŶĞĚ R8 ďLJĐŚĂŶĐĞ͘ R9 /Ŷ ĂĚĚŝƟŽŶ ƚŽ ůĞĂǀĞͲŽŶĞͲŽƵƚ ĐƌŽƐƐͲǀĂůŝĚĂƟŽŶ͕ ǁĞ ƉĞƌĨŽƌŵĞĚ ĐŽŵƉůĞƚĞůLJ ŝŶĚĞƉĞŶĚĞŶƚ R10 ǀĂůŝĚĂƟŽŶƵƐŝŶŐƚŚĞƚǁŽŽƚŚĞƌĚĂƚĂƐĞƚƐĐŽŶƚĂŝŶŝŶŐƐĂŵƉůĞƐǁŝƚŚ BRCA1/2 ŵƵƚĂƟŽŶƐƚĂƚƵƐ R11 ;ƚŚĞ ĐŽŵďŝŶĞĚ sĂŶ ĚĞ sŝũǀĞƌĂŶĚ sĂŶ ͚ƚsĞĞƌĐŽŚŽƌƚƐ ĂŶĚ ƚŚĞ tĂĚĚĞůů ĐŽŚŽƌƚ͖ dĂďůĞ ϰͿ͘ R12 dŚĞĐĞŶƚƌŽŝĚƐĐŽŶƐƚƌƵĐƚĞĚĨƌŽŵƚŚĞ:ƂŶƐƐŽŶ et al ͘ĚĂƚĂƐĞƚĐĂŶĐůĂƐƐŝĨLJZϭͬϮƐĂŵƉůĞƐ R13 ŝŶƚŚĞsĂŶĚĞsŝũǀĞƌͬsĂŶ͛ƚsĞĞƌĐŽŚŽƌƚƐǁŝƚŚĂǀĞƌLJŚŝŐŚƐĞŶƐŝƟǀŝƚLJŽĨϵϱйĨŽƌďŽƚŚƚŚĞ R14 ƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚ ƉƌŽƚĞŝŶƐ ĂŶĚ ƚŚĞ Zϭ ĚĞĮĐŝĞŶĐLJ ƐŝŐŶĂƚƵƌĞ ;dĂďůĞ ϱͿ͘  ůĂƌŐĞ ƉŽƌƟŽŶ R15 ŽĨ ƐƉŽƌĂĚŝĐ ƐĂŵƉůĞƐ ǁĞƌĞ ĂƐƐŝŐŶĞĚ ƚŽ ƚŚĞ ZϭͬϮ ĐůĂƐƐ͘ ĞĐĂƵƐĞ ƚŚĞ ƐƉŽƌĂĚŝĐ ƐĂŵƉůĞƐ R16 ǁĞƌĞ ŶŽƚ ƚĞƐƚĞĚ ĨŽƌ ZϭͬϮ ĚLJƐĨƵŶĐƟŽŶ Žƌ ŝŶĂĐƟǀĂƟŽŶ ŽĨ ŽƚŚĞƌ ĐŽŵƉŽŶĞŶƚƐ ŽĨ ƚŚĞ R17 ŚŽŵŽůŽŐŽƵƐƌĞĐŽŵďŝŶĂƟŽŶ;,ZͿƉĂƚŚǁĂLJ͕ƉĂƌƚŽĨƚŚĞƐĞŵŝƐŵĂƚĐŚŝŶŐƉƌĞĚŝĐƟŽŶƐƌĞƉŽƌƚĞĚ R18 ŚĞƌĞŵŝŐŚƚƌĞŇĞĐƚĂƚƌƵĞĚĞĮĐŝĞŶĐLJŝŶƚŚĞZϭͬϮƉĂƚŚǁĂLJ͕ i.e. ͕ĂZŶĞƐƐƉŚĞŶŽƚLJƉĞ ϰϰ ͘ R19 &ŽƌƚŚĞtĂĚĚĞůůĐŽŚŽƌƚ͕ǁĞŽďƚĂŝŶĞĚƐĞŶƐŝƟǀŝƚLJŽĨϳϵйĂŶĚϲϴйĨŽƌZϭƉĂƟĞŶƚƐďLJ R20 ƚŚĞƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐĂŶĚZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƐŝŐŶĂƚƵƌĞƌĞƐƉĞĐƟǀĞůLJ;dĂďůĞϱͿ͕ǁŚŝĐŚŝƐ R21 ĐŽŵƉĂƌĂďůĞǁŝƚŚƚŚĞƌĞƐƵůƚŽĨϳϰйƐĞŶƐŝƟǀŝƚLJƌĞƉŽƌƚĞĚďLJƚŚĞĂƵƚŚŽƌƐŽĨƚŚĞĚĂƚĂƐĞƚ͘KƵƌ R22 ƌĞƐƵůƚŝƐƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚ͕ŐŝǀĞŶƚŚĂƚƚŚĞƚĞƐƚĚĂƚĂŝƐĐŽŵƉůĞƚĞůLJŝŶĚĞƉĞŶĚĞŶƚĨƌŽŵƚŚĞƚƌĂŝŶŝŶŐ R23 ĚĂƚĂ͕ǁŚĞƌĞĂƐŝŶƚĞƌŶĂůǀĂůŝĚĂƟŽŶǁĂƐƵƐĞĚŝŶtĂĚĚĞůů et al ͘ϭϰ ͘ R24 dŚĞƐĞĚĂƚĂƐŚŽǁƚŚĂƚƚŚĞϰϭϳƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐŝŶZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞƚƵŵŽƌƐ͕ R25 ĂƐ ǁĞůů ĂƐ ƚŚĞ Zϭ ĚĞĮĐŝĞŶĐLJ ƐŝŐŶĂƚƵƌĞ ŽĨ ϰϱ ƉƌŽƚĞŝŶƐ ĐĂŶ ĐůĂƐƐŝĨLJ ŚƵŵĂŶ ZϭͲ R26 ĚĞĮĐŝĞŶƚďƌĞĂƐƚƚƵŵŽƌƐǁŚĞŶŵĂƉƉĞĚƚŽŚƵŵĂŶƚƌĂŶƐĐƌŝƉƚŽŵŝĐƐĚĂƚĂƐĞƚƐ͘/ŵƉŽƌƚĂŶƚůLJ͕ƚŚĞ R27 ĐůĂƐƐŝĮĐĂƟŽŶƌĞƐƵůƚƐĨŽƌƚŚĞŵĂƉƉĞĚŵŽƵƐĞZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƉƌŽƚĞŝŶƐŝŐŶĂƚƵƌĞǁĞƌĞďĞƩĞƌ R28 ƚŚĂŶƚŚĞƌĞƐƵůƚƐƚŚĂƚǁĞŽďƚĂŝŶĞĚǁŝƚŚƚŚĞƉƵďůŝƐŚĞĚŵŽƵƐĞƚƌĂŶƐĐƌŝƉƚŽŵĞĚĂƚĂ Ϯϰ ĨƌŽŵǁŚŝĐŚ R29 ǁĞĂůƐŽĐŽŶƐƚƌƵĐƚĞĚĂƐŝŐŶĂƚƵƌĞƵƐŝŶŐƚŚĞƐĂŵĞŶĞƚǁŽƌŬͲďĂƐĞĚ in silico ĂƉƉƌŽĂĐŚ;ĚĂƚĂŶŽƚ R30 ƐŚŽǁŶͿ͘ &Žƌ ĞdžĂŵƉůĞ ƐĞŶƐŝƟǀŝƟĞƐ ŽĨ ƚŚĞ ƉƌŽƚĞŝŶ ƐŝŐŶĂƚƵƌĞ ĨŽƌ ƐĞůĞĐƟŶŐ ZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚ R31 ƚƵŵŽƌƐǁĞƌĞϴϭ͘ϴ͕ϵϰ͘ϰ͕ĂŶĚϲϴ͘ϰйŝŶƚŚĞ:ƂŶƐƐŽŶĚĂƚĂƐĞƚ͕ƚŚĞĐŽŵďŝŶĞĚsĂŶĚĞsŝũǀĞƌͬ R32 sĂŶ͚ƚsĞĞƌĚĂƚĂƐĞƚĂŶĚƚŚĞtĂĚĚĞůůĚĂƚĂƐĞƚ͕ǁŚĞƌĞĂƐƚŚĞƐĞǀĂůƵĞƐǁĞƌĞϲϯ͘ϲ͕ϱϬ͘ϬĂŶĚ R33 ϱϳ͘ϵйĨŽƌƚŚĞƚƌĂŶƐĐƌŝƉƚŽŵĞƐŝŐŶĂƚƵƌĞ;ĚĂƚĂŶŽƚƐŚŽǁŶͿ͘dŚĞƐĞƚŽĨĂůůƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐ R34 ĂĐŚŝĞǀĞĚƚŚĞďĞƐƚƉĞƌĨŽƌŵĂŶĐĞĨŽƌĚŝĂŐŶŽƐŝŶŐ BRCA1 ŵƵƚĂƟŽŶƐŝŶĐŽŵƉĂƌŝƐŽŶƚŽƌĂŶĚŽŵ R35 ;EƌĞƉĂŝƌͿŐĞŶĞƐ͘ZϮͲĚĞĮĐŝĞŶƚƚƵŵŽƌƐǁĞƌĞĂůƐŽĐůĂƐƐŝĮĞĚ͕ŝŵƉůLJŝŶŐĞŶƌŝĐŚŵĞŶƚĨŽƌ R36 ŚŽŵŽůŽŐLJͲĚŝƌĞĐƚĞĚƌĞƉĂŝƌͲĚĞĮĐŝĞŶƚƚƵŵŽƌƐŝŶŐĞŶĞƌĂů͘DŽƌĞŽǀĞƌ͕ƚŚĞϰϱƉƌŽƚĞŝŶƐŝŐŶĂƚƵƌĞ R37 ĂŶĚĂůůƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐĂůƐŽĐůĂƐƐŝĨLJĂŶƵŵďĞƌŽĨĨĂŵŝůŝĂůƚƵŵŽƌƐǁŝƚŚŽƵƚ BRCA1/2 R38 R39

ϰϳ Chapter 2

R1 ŵƵƚĂƟŽŶ ĂŶĚ ƐƉŽƌĂĚŝĐ ƉĂƟĞŶƚƐ ĂƐ ZϭͬϮͲůŝŬĞ͕ ƐƵŐŐĞƐƟŶŐ ƚŚĂƚ ƚŚĞƐĞ ƚƵŵŽƌƐ ŵŝŐŚƚ ďĞ R2 ĚĞĮĐŝĞŶƚŝŶŚŽŵŽůŽŐLJͲĚŝƌĞĐƚĞĚEƌĞƉĂŝƌ͘ R3 R4 Zϭ ĚĞĮĐŝĞŶĐLJ ƐŝŐŶĂƚƵƌĞ ƉƌŽƚĞŝŶƐ ƐŚŽǁ ƉƌŽŐŶŽƐƟĐ ƉŽǁĞƌ ǁŚĞŶ ŵĂƉƉĞĚ ƚŽ ŚƵŵĂŶ R5 breast cancer gene expression data sets R6 dŽŝŶǀĞƐƟŐĂƚĞǁŚĞƚŚĞƌƚŚĞZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƉƌŽƚĞŝŶƐĂŶĚƐŝŐŶĂƚƵƌĞŚĂǀĞƉƌŽŐŶŽƐƟĐƉŽǁĞƌ͕ R7 ǁĞƵƐĞĚƚŚĞŵĂƉƉĞĚŵZEƐŽĨƚŚĞƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐŝŶƚŚĞĨŽƵƌƉƵďůŝĐďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ R8 ŐĞŶĞĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶĚĂƚĂƐĞƚƐƚŚĂƚŚĂǀĞĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚĐůŝŶŝĐĂůĞŶĚƉŽŝŶƚĚĂƚĂ;sĂŶĚĞsŝũǀĞƌ͕tĂŶŐ͕ R9 EĂĚĞƌŝĂŶĚ:ƂŶƐƐŽŶ ϴ͖ϭϬ͖ϭϮ͖ϯϰ ͖dĂďůĞϰͿƚŽƉĞƌĨŽƌŵĂ<ĂƉůĂŶͲDĞŝĞƌƐƵƌǀŝǀĂůĂŶĂůLJƐŝƐ͘dŚĞ:ƂŶƐƐŽŶ R10 ĚĂƚĂƐĞƚǁĂƐƚŚĞŽŶůLJĐŽŚŽƌƚƚŚĂƚŚĂƐĂŶĞŶƌŝĐŚŵĞŶƚŽĨĨĂŵŝůŝĂů;ZϭͬϮͲƌĞůĂƚĞĚͿƉĂƟĞŶƚƐ͘ R11 &ŽƌĐŽŵƉĂƌŝƐŽŶ͕ǁĞĂůƐŽƉĞƌĨŽƌŵĞĚĂ<ĂƉůĂŶͲDĞŝĞƌĂŶĂůLJƐŝƐƵƐŝŶŐƚǁŽĐŽŵŵĞƌĐŝĂůůLJĂǀĂŝůĂďůĞ R12 ƉƌŽŐŶŽƐƟĐŐĞŶĞƐŝŐŶĂƚƵƌĞƐ;DĂŵŵĂWƌŝŶƚΠĂŶĚKŶĐŽƚLJƉĞyΠͿ͘/ŶĂƚŚŝƌĚĐŽŵƉĂƌŝƐŽŶ͕ǁĞ R13 ƵƐĞĚƚŚĞEĂĚĞƌŝƐŝŐŶĂƚƵƌĞ;ĚŝƐĐŽǀĞƌĞĚŝŶƚŚĞEĂĚĞƌŝĐŽŚŽƌƚͿ͕ǁŚŝĐŚŚĂƐďĞĞŶƐŚŽǁŶƚŽĂůƐŽ R14 ŚĂǀĞƉƌŽŐŶŽƐƟĐƉŽǁĞƌŝŶďŽƚŚƚŚĞsĂŶĚĞsŝũǀĞƌĂŶĚtĂŶŐ ĐŽŚŽƌƚƐ ϭϬ ͘ R15 dŚĞ ŵĂƉƉĞĚ ůŝƐƚ ŽĨ Ăůů ϰϭϳ ƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚ ƉƌŽƚĞŝŶƐ ŝŶ ZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚ ƚƵŵŽƌƐ LJŝĞůĚĞĚ R16 ŚŝŐŚůLJ ƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚ p ǀĂůƵĞƐ ĨŽƌ ƐƵƌǀŝǀĂů ĂŶĂůLJƐŝƐ ĂĐƌŽƐƐ Ăůů ĚĂƚĂ ƐĞƚƐ͕ ďƵƚ ƚŚĞƐĞ ǁĞƌĞ ŽŶůLJ R17 ƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚůLJďĞƩĞƌƚŚĂŶƌĂŶĚŽŵŐĞŶĞůŝƐƚƐŝŶƚŚĞsĂŶĚĞsŝũǀĞƌĚĂƚĂƐĞƚ͘tŚĞŶƐĂŵƉůŝŶŐ R18 ĨƌŽŵĂEƌĞƉĂŝƌŐĞŶĞďĂĐŬŐƌŽƵŶĚ͕ŶŽƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚ p ǀĂůƵĞƐĨŽƌƚŚĞƉĞƌŵƵƚĂƟŽŶĂŶĂůLJƐŝƐ R19 ǁĞƌĞŽďƚĂŝŶĞĚ;dĂďůĞϲͿ͘/ƚŝƐŽĨŶŽƚĞŚĞƌĞƚŚĂƚƚŚĞĞdžƚĞƌŶĂů;ĐŽŵŵĞƌĐŝĂůͿŐĞŶĞĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶͲ R20 ďĂƐĞĚ ƐŝŐŶĂƚƵƌĞƐ ŝŶ ƐŽŵĞ ŝŶƐƚĂŶĐĞƐ ƐŚŽǁĞĚ Ă ƐŝŵŝůĂƌ ůĞǀĞů ŽĨ ƵŶĚĞƌƉĞƌĨŽƌŵĂŶĐĞ ǁŚĞŶ R21 ĐŽŵƉĂƌĞĚǁŝƚŚƌĂŶĚŽŵEƌĞƉĂŝƌŐĞŶĞůŝƐƚƐŝŶƚŚĞƐƉŽƌĂĚŝĐĚĂƚĂƐĞƚƐĂŶĚǁĞƌĞƉĞƌĨŽƌŵŝŶŐ R22 ŶŽŶƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚůLJ ŝŶ Ăůů ƉĞƌŵƵƚĂƟŽŶ ƐĞƫŶŐƐ ŝŶ ƚŚĞ :ƂŶƐƐŽŶ ĐŽŚŽƌƚ͘ EŽƚ ƐƵƌƉƌŝƐŝŶŐůLJ͕ ƚŚĞ R23 ƚǁŽŵZEƐŝŐŶĂƚƵƌĞƐŝĚĞŶƟĮĞĚǁŝƚŚŝŶƚŚĞŝƌĚŝƐĐŽǀĞƌLJĐŽŚŽƌƚ͕;DĂŵŵĂWƌŝŶƚΠŝŶƚŚĞsĂŶ R24 ĚĞsŝũǀĞƌĐŽŚŽƌƚ ϭ͖ϭϮ ͕ĂŶĚEĂĚĞƌŝƐŝŐŶĂƚƵƌĞŝŶƚŚĞEĂĚĞƌŝŽŚŽƌƚ ϭϬ Ϳ͕ŽƵƚƉĞƌĨŽƌŵĞĚĂůůŽƚŚĞƌ R25 ƐŝŐŶĂƚƵƌĞƐǁŝƚŚŝŶƚŚĞŝƌĐŽŚŽƌƚ͘ R26 dŚĞ ŵĂƉƉĞĚ Zϭ ĚĞĮĐŝĞŶĐLJ ƐŝŐŶĂƚƵƌĞ ŚĂƐ ŚŝŐŚůLJ ƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚ ƉƌŽŐŶŽƐƟĐ ǀĂůƵĞ͘ dŚĞ R27 <ĂƉůĂŶͲDĞŝĞƌƉůŽƚƐŽĨƚŚĞZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƐŝŐŶĂƚƵƌĞŝŶƚŚĞĨŽƵƌďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌĚĂƚĂƐĞƚƐŝƐ R28 ƐŚŽǁŶŝŶ&ŝŐƵƌĞϱ͘WĞƌĨŽƌŵĂŶĐĞǁĂƐĐŽŵƉĂƌĂďůĞƚŽƚŚĞŐĞŶĞĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶͲďĂƐĞĚƐŝŐŶĂƚƵƌĞƐŝŶ R29 ƚŚĞƚŚƌĞĞƐƉŽƌĂĚŝĐĐŽŚŽƌƚƐ;ƚŚĞsĂŶĚĞsŝũǀĞƌ͕tĂŶŐĂŶĚĂůĚĂƐĚĂƚĂƐĞƚƐͿ͘ R30 /ŵƉŽƌƚĂŶƚůLJ͕ŝŶƚŚĞĚĂƚĂƐĞƚǁŝƚŚĂŶŽǀĞƌͲƌĞƉƌĞƐĞŶƚĂƟŽŶŽĨĨĂŵŝůŝĂů;ZϭͬϮͿƚƵŵŽƌƐ R31 ;ƚŚĞ :ƂŶƐƐŽŶ ĐŽŚŽƌƚͿ͕ ƚŚĞ ŵĂƉƉĞĚ ŵŽƵƐĞ Zϭ ĚĞĮĐŝĞŶĐLJ ƐŝŐŶĂƚƵƌĞ ŽƵƚƉĞƌĨŽƌŵĞĚ Ăůů R32 ŚƵŵĂŶ ŐĞŶĞ ĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶͲďĂƐĞĚ ƐŝŐŶĂƚƵƌĞƐ͕ ĂŶĚ ƉĞƌĨŽƌŵĂŶĐĞ ǁĂƐ ƐƟůů ƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚ ǁŚĞŶ R33 ĐŽŵƉĂƌĞĚǁŝƚŚƌĂŶĚŽŵ;EͲƌĞƉĂŝƌͿŐĞŶĞůŝƐƚƐ͘/ŶƐƵŵŵĂƌLJ͕ƚŚĞƐĞĚĂƚĂĚĞŵŽŶƐƚƌĂƚĞƚŚĂƚ R34 ƚŚĞŵŽƵƐĞZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƉƌŽƚĞŝŶƐŝŐŶĂƚƵƌĞ͕ǁŚĞŶŵĂƉƉĞĚƚŽŚƵŵĂŶŐĞŶĞĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶ R35 ĚĂƚĂŚĂƐƉƌŽŐŶŽƐƟĐǀĂůƵĞĂŶĚŽƵƚƉĞƌĨŽƌŵƐ;ĐŽŵŵĞƌĐŝĂůͿŐĞŶĞĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶͲďĂƐĞĚƐŝŐŶĂƚƵƌĞƐ R36 ŝŶĂĐŽŚŽƌƚĞŶƌŝĐŚĞĚĨŽƌďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌǁŝƚŚĚĞĨĞĐƚƐŝŶƚŚĞŚŽŵŽůŽŐLJͲĚŝƌĞĐƚĞĚEƌĞƉĂŝƌ R37 ƉĂƚŚǁĂLJ͘ R38 R39

ϰϴ WƌŽƚĞŽŵŝĐƐŽĨZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚĂŶĚͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐ

Table 5. WĞƌĨŽƌŵĂŶĐĞŽĨĂůůϰϭϳƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐĂŶĚƚŚĞϰϱͲƉƌŽƚĞŝŶZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƐŝŐŶĂƚƵƌĞ R1 ŝŶŚƵŵĂŶŐĞŶĞĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶĚĂƚĂƐĞƚƐ R2 dƌƵĞͬ Zϭ ZϮ &ĂŵŝůŝĂů ^ƉŽƌĂĚŝĐ dŽƚĂů ^ĞŶƐŝƟǀŝƚLJ ^ƉĞĐŝĮĐŝƚLJ ůůŐĞŶĞƐ a EƌĞƉĂŝƌ R3 ƉƌĞĚŝĐƚĞĚ ďĂĐŬŐƌŽƵŶĚ a R4 :ƂŶƐƐŽŶ et al. ĚĂƚĂƐĞƚ ůůϰϭϳƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐ R5 Zϭ ϭϳ Ϭ 1 ϰ ϮϮ 77,3% ϴϰ͕ϳй 0,016 0,017 2 R6 ZϮ ϰ Ϯϰ ϯ 1 ϯϮ ϳϱ͕Ϭй ϴϱ͕ϵй Ϭ͕Ϯϴϲ Ϭ͕ϯϭϱ R7 ZϭͬϮ ϰϱ ϰϱ ϰ ϱ ϱϰ 83,3% ϲϵ͕ϱй 0,040 0,012 &ĂŵŝůŝĂů ϭϱ Ϯϲ ϲϯ Ϯϴ ϭϯϮ ϰϳ͕ϳй ϳϴ͕ϰй R8 ^ƉŽƌĂĚŝĐ ϯϮ ϮϬ ϰϱ ϳϲ ϭϳϯ ϰϯ͕ϵй ϴϮ͕ϯй R9 ZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƐŝŐŶĂƚƵƌĞ R10 Zϭ ϭϴ Ϭ 1 ϯ ϮϮ 81,8% ϴϭ͕ϯй Ϭ͕ϯϮϵ Ϭ͕Ϯϰϯ ZϮ ϱ ϭϲ ϴ ϯ ϯϮ ϱϬ͕Ϭй ϴϲ͕ϱй Ϭ͕ϭϴϰ Ϭ͕Ϯϭϳ R11 ZϭͬϮ ϯϵ ϯϵ ϵ ϲ ϱϰ 72,2% ϲϲ͕ϲй Ϭ͕Ϯϰϱ Ϭ͕ϭϳϴ R12 &ĂŵŝůŝĂů ϭϲ Ϯϱ ϲϱ Ϯϲ ϭϯϮ ϰϵ͕Ϯй ϳϮ͕ϳй ^ƉŽƌĂĚŝĐ ϰϮ ϭϵ ϱϯ ϱϵ ϭϳϯ ϯϰ͕ϭй ϴϱ͕ϲй R13 ŽŵďŝŶĞĚsĂŶĚĞsŝũǀĞƌ et al. ĂŶĚsĂŶ͚ƚsĞĞƌ et al. ĚĂƚĂƐĞƚƐ R14 ůůϰϭϳƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐ R15 Zϭ ϭϳ Ϭ 1 ϭϴ 94,4% ϳϱ͕ϴй ZϮ Ϭ Ϯ Ϭ Ϯ ϭϬϬ͕Ϭй ϱϳ͕Ϯй R16 ZϭͬϮ ϭϵ ϭϵ 1 ϮϬ 95,0% ϯϬ͕Ϯй R17 ^ƉŽƌĂĚŝĐ ϳϮ ϭϯϰ ϴϵ Ϯϵϱ ϯϬ͕Ϯй ϵϱ͕Ϭй R18 ZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƐŝŐŶĂƚƵƌĞ Zϭ ϭϳ Ϭ 1 ϭϴ 94,4% ϴϬ͕ϯй R19 ZϮ Ϭ Ϯ Ϭ Ϯ ϭϬϬ͕Ϭй ϳϭ͕ϭй R20 95,0% ZϭͬϮ ϭϵ ϭϵ 1 ϮϬ ϯϮ͕Ϯй R21 ^ƉŽƌĂĚŝĐ ϳϯ ϭϮϳ ϵϱ Ϯϵϱ ϯϮ͕Ϯй ϵϱ͕Ϭй tĂĚĚĞůů et al. ĚĂƚĂƐĞƚ R22 ůůϰϭϳƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐ R23 Zϭ ϭϱ 1 ϯ ϭϵ 78,9% ϳϴ͕ϲй ZϮ ϳ ϭϮ 11 ϯϬ ϰϬ͕Ϭй ϵϭ͕ϳй R24 ZϭͬϮ ϯϱ ϯϱ ϭϰ ϰϵ 71,4% ϱϲ͕Ϭй R25 &ĂŵŝůŝĂů ϴ ϯ ϭϰ Ϯϱ ϱϲ͕Ϭй ϳϭ͕ϰй R26 ZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƐŝŐŶĂƚƵƌĞ Zϭ ϭϯ ϯ ϯ ϭϵ 68,4% ϳϳ͕ϱй R27 ZϮ ϴ ϴ ϭϰ ϯϬ Ϯϲ͕ϳй ϴϲ͕ϯй R28 65,3% ZϭͬϮ ϯϮ ϯϮ ϭϳ ϰϵ ϱϮ͕Ϭй R29 &ĂŵŝůŝĂů ϴ ϰ ϭϯ Ϯϱ ϱϰ͕Ϭй ϲϱ͕ϯй R30 a pǀĂůƵĞŽĨƉĞƌŵƵƚĂƟŽŶĂŶĂůLJƐŝƐƵƐŝŶŐƌĂŶĚŽŵŐĞŶĞůŝƐƚƐ;ƚŚĞĨƌĂĐƟŽŶŽĨϭϬϬϬƌĂŶĚŽŵŐĞŶĞůŝƐƚƐŽĨƚŚĞ R31 ƐĂŵĞůĞŶŐƚŚƉĞƌĨŽƌŵŝŶŐďĞƩĞƌƚŚĂŶƚŚĞϰϭϳƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐŽƌƚŚĞZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƐŝŐŶĂƚƵƌĞͿ͘ /ŶƚŚĞĐĂƐĞŽĨ͞ůůŐĞŶĞƐ͟ƐĂŵƉůŝŶŐǁĂƐĚŽŶĞĨƌŽŵĂůůŐĞŶĞƐƉƌĞƐĞŶƚŝŶƚŚĞŚƵŵĂŶŐĞŶŽŵĞƚŚĂƚŚĂĚĂŶ R32 ŽĸĐŝĂůŐĞŶĞƐLJŵďŽů͘'ĞŶĞƐĨƌŽŵĂEƌĞƉĂŝƌďĂĐŬŐƌŽƵŶĚǁĞƌĞƐĂŵƉůĞĚĨƌŽŵĂůŝƐƚŐĞŶĞƌĂƚĞĚďLJ/W͘ R33 R34 WŽŽƌ ŽƵƚĐŽŵĞ ŚƵŵĂŶ ďƌĞĂƐƚ ƚƵŵŽƌƐ ŝĚĞŶƟĮĞĚ ďLJ Zϭ ĚĞĮĐŝĞŶĐLJ ƐŝŐŶĂƚƵƌĞ ƐŚŽǁ R35 ĞŶƌŝĐŚŵĞŶƚŝŶƉϱϯŵƵƚĂƟŽŶƐ R36 Ɖϱϯ ŵƵƚĂƟŽŶƐ ŚĂǀĞ ƚŚĞ ĐĂƉĂĐŝƚLJ ƚŽ ĚŝƐƌƵƉƚ ƚŚĞ ƐŝŐŶĂůŝŶŐ ďĞƚǁĞĞŶ ĂĐĐƵŵƵůĂƚĞĚ E R37 ĚĂŵĂŐĞĂŶĚƚŚĞŝŶĚƵĐƟŽŶŽĨĂƉŽƉƚŽƐŝƐ͘DŽƌĞŽǀĞƌ͕ůŽƐƐŽĨĨƵŶĐƟŽŶĂůƉϱϯŝƐŽŌĞŶĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚ R38 R39

ϰϵ Chapter 2

R1 ǁŝƚŚZϭͲƌĞůĂƚĞĚŚĞƌĞĚŝƚĂƌLJďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌŝŶŚƵŵĂŶƐ ϰϱ͖ϰϲ ͘&ŽƌƚŚŝƐƌĞĂƐŽŶ͕ǁĞŝŶǀĞƐƟŐĂƚĞĚ R2 ǁŚĞƚŚĞƌƚŚĞƉŽŽƌƉƌŽŐŶŽƐŝƐƉĂƟĞŶƚƐŝĚĞŶƟĮĞĚŝŶƚŚĞƐƵƌǀŝǀĂůĂŶĂůLJƐŝƐƐŚŽǁĞĚĂƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚ R3 ĞŶƌŝĐŚŵĞŶƚĨŽƌƉϱϯŵƵƚĂƟŽŶƐ͘&ŽƌƚŚĞsĂŶĚĞsŝũǀĞƌĐŽŚŽƌƚ͕ǁĞǁĞƌĞĂďůĞƚŽƌĞƚƌŝĞǀĞƉϱϯ R4 ŵƵƚĂƟŽŶĂůƐƚĂƚƵƐĨŽƌϮϬϰŽĨƚŚĞϮϵϱƚƵŵŽƌƐ;ĚĂƚĂŶŽƚƐŚŽǁŶͿ͘ŶƌŝĐŚŵĞŶƚŽĨƉϱϯŵƵƚĂƟŽŶ R5 ŝŶƚŚĞƉŽŽƌƉƌŽŐŶŽƐŝƐƉĂƟĞŶƚƐǁĂƐĂƐƐĞƐƐĞĚƵƐŝŶŐ&ŝƐŚĞƌ͛ƐĞdžĂĐƚƚĞƐƚ͘ŽƚŚƚŚĞƚŽƚĂůůŝƐƚŽĨ R6 ϰϭϳƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐĂŶĚƚŚĞZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƐŝŐŶĂƚƵƌĞƐŚŽǁĞĚĂŚŝŐŚůLJƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚ R7 ĞŶƌŝĐŚŵĞŶƚ ĨŽƌ Ɖϱϯ ŵƵƚĂƟŽŶƐ ŝŶ ƉŽŽƌ ƉƌŽŐŶŽƐŝƐ ƉĂƟĞŶƚƐ ;ďŽƚŚ p ǀĂůƵĞƐ ǁĞƌĞ ф ϭϬ ͲϭϬ ͖ R8 dĂďůĞϳͿ͘dŚĞƐĞĚĂƚĂŚŝŐŚůŝŐŚƚƚŚĞĮŶĚŝŶŐƚŚĂƚƚŚĞZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƉƌŽƚĞŝŶƐĂŶĚƐŝŐŶĂƚƵƌĞ R9 ĂƐƐŽĐŝĂƚĞǁŝƚŚƉϱϯŵƵƚĂƟŽŶĂƐǁĞůůĂƐǁŝƚŚƐƵƌǀŝǀĂů͘ R10 R11 WƌŽƚĞŝŶƋƵĂŶƟƚĂƟŽŶďLJƚĂƌŐĞƚĞĚŵĂƐƐƐƉĞĐƚƌŽŵĞƚƌLJ R12 tĞŚĂǀĞƐĞůĞĐƚĞĚƐĞǀĞƌĂůƉƌŽƚĞŝŶƐĨŽƌĨŽůůŽǁͲƵƉĂƚƚŚĞƉƌŽƚĞŝŶůĞǀĞů͗ĨŽƵƌŐĞŶĞƐͬƉƌŽƚĞŝŶƐ R13 ƚŚĂƚ ƐŚŽǁĞĚ ĚŝƐĐŽƌĚĂŶƚ ƌĞŐƵůĂƟŽŶƐ͗ ƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚůLJ ƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚ ƉƌŽƚĞŝŶ ůĞǀĞůƐ ĂŶĚ ĚŽǁŶͲ R14 ƌĞŐƵůĂƚĞĚŵZEĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶůĞǀĞůƐ;EWϮ͕^/Eϯ͕ϭ͕dKWϮͿŝŶƚŚĞZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚ R15 ďƌĞĂƐƚƚƵŵŽƌƐŽĨƚŚĞŵŽƵƐĞŵŽĚĞů͘tĞĂůƐŽŝŶĐůƵĚĞĚŽŶĞŐĞŶĞĨŽƌǁŚŝĐŚŶŽƉƌŽďĞǁĂƐ R16 ĂǀĂŝůĂďůĞŽŶƚŚĞŵŝĐƌŽĂƌƌĂLJ;dKWϮͿĂŶĚŽŶĞƉƌŽƚĞŝŶĨŽƌǁŚŝĐŚƉƌŽƚĞŝŶĂŶĚŵZEƌĞŐƵůĂƟŽŶ R17 ǁĂƐĐŽŶĐŽƌĚĂŶƚ;WZWϭͿŝŶƚŚĞŵŽƵƐĞŵŽĚĞů͘KĨƚŚĞƐĞŐĞŶĞƉƌŽĚƵĐƚƐ͕^/EϯĂŶĚdKWϮŚĂĚ R18 ĂůƐŽĚŽǁŶͲƌĞŐƵůĂƚĞĚŵZEƐŝŶƚŚĞŚƵŵĂŶĚĂƚĂƐĞƚŽĨ:ƂŶƐƐŽŶ͕ǁŚĞƌĞĂƐWZWϭǁĂƐŶŽƚ R19 ƌĞŐƵůĂƚĞĚ͕dKWϮǁĂƐƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚ͕ĂŶĚĨŽƌEWϮĂŶĚϭŶŽƉƌŽďĞƐǁĞƌĞĂǀĂŝůĂďůĞ͘ R20 &ŝƌƐƚ͕ǁĞĐŽŶĮƌŵĞĚƚŚĞƉƌŽƚĞŝŶƌĞŐƵůĂƟŽŶƐĂƐƌĞǀĞĂůĞĚďLJƚŚĞƐƉĞĐƚƌĂůĐŽƵŶƚĚĂƚĂŝŶƚŚĞ R21 ĚŝƐĐŽǀĞƌLJƐĂŵƉůĞƐƵƐŝŶŐĂŶŝŶĚĞƉĞŶĚĞŶƚŵĞĂƐƵƌĞŽĨůĂďĞůͲĨƌĞĞƉƌŽƚĞŝŶƋƵĂŶƟƚĂƟŽŶ͕ i.e. ͕ƚŚĞ R22 ĂƌĞĂƵŶĚĞƌƚŚĞĐƵƌǀĞŽĨƚŚĞĞdžƚƌĂĐƚĞĚŝŽŶĐŚƌŽŵĂƚŽŐƌĂŵƐ͘^ĞĐŽŶĚ͕ǁĞƉĞƌĨŽƌŵĞĚƚĂƌŐĞƚĞĚ R23 ŵĂƐƐƐƉĞĐƚƌŽŵĞƚƌLJďLJ^ZDͲD^ŝŶϭϬŝŶĚĞƉĞŶĚĞŶƚŵŽƵƐĞŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐ͕ĂůůĐĂƌĐŝŶŽŵĂƐ͘ R24 dŚĞƌĞŐƵůĂƟŽŶŽĨ^/Eϯ͕EWϮ͕dKWϮ͕dKWϮĂŶĚWZWϭǁĂƐĐŽŶĮƌŵĞĚďLJ^ZDͲD^ R25 ŝŶŝŶĚĞƉĞŶĚĞŶƚƚƵŵŽƌƐ͕ǁŝƚŚĂůůƉĞƉƟĚĞƐďĞŝŶŐƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚůLJƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚŝŶZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚ R26 ďƌĞĂƐƚ ƚƵŵŽƌƐ͕ ǁŚĞƌĞĂƐ ŽŶůLJ ϭ ǁĂƐ ŶŽƚ ƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚůLJ ƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚ ;^ƵƉƉůĞŵĞŶƚĂƌLJ R27 &ŝŐƵƌĞ^ϯͿ͘,ŝĞƌĂƌĐŚŝĐĂůĐůƵƐƚĞƌŝŶŐƵƐŝŶŐĂůůƉĞƉƟĚĞƐĨƌŽŵƚŚĞĚŝƐĐŽƌĚĂŶƚƉƌŽƚĞŝŶƐĐůĞĂƌůLJ R28 ƐĞƉĂƌĂƚĞĚ ƚŚŝƐ ƉŝůŽƚ ǀĂůŝĚĂƟŽŶ ƐĞƚ ĂĐĐŽƌĚŝŶŐ Zϭ ƐƚĂƚƵƐ ;^ƵƉƉůĞŵĞŶƚĂƌLJ &ŝŐƵƌĞ ^ϰͿ͘ /Ŷ R29 ĐŽŶĐůƵƐŝŽŶ͕ƚŚĞ^ZDǀĂůŝĚĂƟŽŶŽĨƉƌŽƚĞŝŶĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶůĞǀĞůƐĨŽƌǁŚŝĐŚƚŚĞZEůĞǀĞůƐǁĞƌĞ R30 ĚŝƐĐŽƌĚĂŶƚ͕ ƵŶĚĞƌƐĐŽƌĞƐ ƚŚĞ ĨĂĐƚ ƚŚĂƚ ZE ĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶ ůĞǀĞůƐ ĐĂŶ ŶŽƚ ĂůǁĂLJƐ ďĞ ƐŝŵƉůLJ R31 ƚƌĂŶƐůĂƚĞĚƚŽƉƌŽƚĞŝŶĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶůĞǀĞůƐ͕ĂƐǁĞůůĂƐƚŚĞŝŵƉŽƌƚĂŶĐĞŽĨĂŶĂůLJƐŝƐŽĨƚŚĞĞŶĚ R32 ƉƌŽĚƵĐƚƐŽĨŐĞŶĞƐďLJƉƌŽƚĞŽŵŝĐƐ͘ R33 R34 DISCUSSION R35 R36 /Ŷ ƚŚĞ ƉƌĞƐĞŶƚ ƐƚƵĚLJ͕ ǁĞ ĂŝŵĞĚ ƚŽ ŝĚĞŶƟĨLJ ƉƌŽƚĞŝŶƐ ƚŚĂƚ ĂƌĞ ĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚ ǁŝƚŚ ƚŚĞ ůŽƐƐ R37 ŽĨ ĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶ ŽĨ Zϭ͕ ǁŚŝĐŚ ŝƐ ŝŶǀŽůǀĞĚ ŝŶ ŚŽŵŽůŽŐLJͲĚŝƌĞĐƚĞĚ E ƌĞƉĂŝƌ͘ dŚĞƐĞ R38 ƉƌŽƚĞŝŶƐ ĐŽƵůĚ ƉŽƚĞŶƟĂůůLJ ĮŶĚ ƵƐĞ ĂƐ ƐĐƌĞĞŶŝŶŐ͕ ƉƌŽŐŶŽƐƟĐ Žƌ ƉƌĞĚŝĐƟǀĞ ďŝŽŵĂƌŬĞƌƐ͘ R39

ϱϬ WƌŽƚĞŽŵŝĐƐŽĨZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚĂŶĚͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐ

$ % R1 R2 R3 R4 R5 2 R6 S H S  R7 S  S  R8 R9 & ' R10 R11 R12 R13 R14 S  S H R15 S  S  R16 R17 Figure 5. Survival analysis displaying Kaplan-Meier curves on a diverse set of public human gene R18 ĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌĚĂƚĂƵƐŝŶŐƚŚĞZϭͲĚĞĮĐŝĞŶĐLJƐŝŐŶĂƚƵƌĞ͘ ZĞĚĐƵƌǀĞƐƌĞƉƌĞƐĞŶƚƉĂƟĞŶƚƐ ǁŝƚŚƉŽŽƌƉƌŽŐŶŽƐŝƐĂŶĚŐƌĞĞŶĐƵƌǀĞƐĂƌĞƉĂƟĞŶƚƐǁŝƚŚŐŽŽĚƉƌŽŐŶŽƐŝƐ͘KǀĞƌĂůůƐƵƌǀŝǀĂůǁĂƐƵƐĞĚĂƐ R19 )LJXUHĐůŝŶŝĐĂůĞŶĚƉŽŝŶƚ͕ƵŶůĞƐƐƐƉĞĐŝĮĞĚŽƚŚĞƌǁŝƐĞ͘ A, sĂŶĚĞsŝũǀĞƌĚĂƚĂƐĞƚŽĨϮϵϱƉĂƟĞŶƚƐ͘ B,tĂŶŐĐŽŚŽƌƚ R20 C, ǁŝƚŚϮϴϲƚƵŵŽƌƐƵƐŝŶŐŵĞƚĂƐƚĂƐŝƐĨƌĞĞƐƵƌǀŝǀĂůĂƐĐůŝŶŝĐĂůĞŶĚƉŽŝŶƚ͘ EĂĚĞƌŝĚĂƚĂƐĞƚǁŝƚŚϭϮϬĞĂƌůLJ R21 ƐƚĂŐĞƚƵŵŽƌƐ͘ D, :ƂŶƐƐŽŶĚĂƚĂƐĞƚĐŽŶƚĂŝŶŝŶŐϯϱϵƚƵŵŽƌƐ͕ǁŚŝĐŚŝŶĐůƵĚĞƐϭϴϲĨĂŵŝůŝĂůƚƵŵŽƌƐ͕ŽĨǁŚŝĐŚ ϱϰǁĞƌĞĐŽŶĮƌŵĞĚZϭͬϮĐĂƌƌŝĞƌƐ͘Ύ pǀĂůƵĞĨƌŽŵ<ĂƉůĂŶͲDĞŝĞƌƐƵƌǀŝǀĂůĂŶĂůLJƐŝƐ . ** pǀĂůƵĞĨƌŽŵ R22 ƉĞƌŵƵƚĂƟŽŶĂŶĂůLJƐŝƐ;ƚŚĞĨƌĂĐƟŽŶŽĨĂϭϬϬϬƌĂŶĚŽŵŐĞŶĞůŝƐƚƐŽĨƚŚĞƐĂŵĞůĞŶŐƚŚƉĞƌĨŽƌŵŝŶŐďĞƩĞƌ R23 ƚŚĂŶƚŚĞZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƐŝŐŶĂƚƵƌĞͿ . R24 R25 dŽƚŚŝƐĞŶĚ͕ǁĞĂŶĂůLJnjĞĚƉƌŽƚĞŝŶƉƌŽĮůĞƐŝŶZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚĂŶĚͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞŵĂŵŵĂƌLJ R26 ƚƵŵŽƌƐ ƵƐŝŶŐ Ă ŚŝŐŚ ƌĞƐŽůƵƟŽŶ ƚĂŶĚĞŵ ŵĂƐƐ ƐƉĞĐƚƌŽŵĞƚƌLJͲďĂƐĞĚ ƉƌŽƚĞŽŵŝĐƐ ĂƉƉƌŽĂĐŚ͘ R27 tĞ ŝĚĞŶƟĮĞĚ ϯϱϰϱ ƉƌŽƚĞŝŶƐ͕ ŽĨ ǁŚŝĐŚ ϴϬϭ ǁĞƌĞ ƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚůLJ ĚŝīĞƌĞŶƟĂůůLJ ƌĞŐƵůĂƚĞĚ͘  R28 ZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJϰϱͲƉƌŽƚĞŝŶƐŝŐŶĂƚƵƌĞǁĂƐĚĞĮŶĞĚƚŚƌŽƵŐŚƚŚĞƵƐĞŽĨƉĂƚŚǁĂLJĂŶĚƉƌŽƚĞŝŶ R29 ĐŽŵƉůĞdžĂŶĂůLJƐŝƐ͕ǁŝƚŚŐŽŽĚƉĞƌĨŽƌŵĂŶĐĞŝŶŚƵŵĂŶŐĞŶĞĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶĚĂƚĂƐĞƚƐĞŶƌŝĐŚĞĚĨŽƌ R30 ZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJ͘dŽŽƵƌŬŶŽǁůĞĚŐĞ͕ƚŚŝƐŝƐƚŚĞĮƌƐƚĐŽŵƉƌĞŚĞŶƐŝǀĞŝŶĚĞƉƚŚƉƌŽƚĞŽŵŝĐƐ R31 ĂŶĂůLJƐŝƐŝŶŐĞŶĞƟĐďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ͘ŶŽǀĞƌǀŝĞǁŽĨƚŚĞĚŝƐĐŽǀĞƌLJĂŶĚĚĂƚĂŵŝŶŝŶŐƐƚƌĂƚĞŐŝĞƐŝƐ R32 ŐŝǀĞŶŝŶ&ŝŐƵƌĞϲ͘ R33 R34 hƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚ ƉƌŽƚĞŝŶƐ ŝŶ ZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚ ŵŽƵƐĞ ŵĂŵŵĂƌLJ ƚƵŵŽƌƐ ĐŽŶƚĂŝŶ ďĂƐĂůͲůŝŬĞ R35 ŵĂƌŬĞƌƐ͕ŵƵůƟƉůĞĚƌƵŐƚĂƌŐĞƚƐĂŶĚEƌĞƉĂŝƌ;ͲĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚͿƉƌŽƚĞŝŶƐ R36 ƐĞdžƉĞĐƚĞĚ͕ǁĞĨŽƵŶĚƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚƵƉͲƌĞŐƵůĂƟŽŶŽĨďĂƐĂůͲůŝŬĞŵĂƌŬĞƌƐƚŚĂƚĂƌĞŬŶŽǁŶƚŽ R37 ŽĐĐƵƌŝŶďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌŽĨƚŚĞďĂƐĂůͲůŝŬĞƐƵďƚLJƉĞ͘dŚŝƐŝƐŝŶůŝŶĞǁŝƚŚƚŚĞĨĂĐƚƚŚĂƚŚƵŵĂŶ R38 BRCA1 ͲŵƵƚĂƚĞĚ ƚƵŵŽƌƐ ďĞůŽŶŐ ƉƌĞĚŽŵŝŶĂŶƚůLJ ƚŽ ƚŚĞ ďĂƐĂůͲůŝŬĞ ďƌĞĂƐƚ ĐĂŶĐĞƌ ƐƵďƚLJƉĞ͘ R39

ϱϭ Chapter 2

R1 Table 6. KǀĞƌǀŝĞǁŽĨ<ĂƉůĂŶͲDĞŝĞƌƐƵƌǀŝǀĂůĂŶĂůLJƐŝƐŝŶĨŽƵƌďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌŐĞŶĞĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶĚĂƚĂƐĞƚƐ R2 ƚŚĂƚŚĂǀĞĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚĐůŝŶŝĐĂůĞŶĚƉŽŝŶƚĚĂƚĂ R3 sĂŶĚĞsŝũǀĞƌĐŽŚŽƌƚ tĂŶŐĐŽŚŽƌƚ R4 ƉǀĂůƵĞ a ηŽĨŵĂƉƉĞĚŐĞŶĞƐ ůůŐĞŶĞƐ c EƌĞƉĂŝƌ ƉǀĂůƵĞ ηŽĨŵĂƉƉĞĚŐĞŶĞƐ R5 ŽƌƉƌŽƚĞŝŶƐ ď ďĂĐŬŐƌŽƵŶĚ c ŽƌƉƌŽƚĞŝŶƐ ď

R6 DŽƵƐĞZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƉƌŽƚĞŝŶƐ R7 ůůϰϭϳƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐ ϲ͕ϭϮͲϵ ϯϮϲͬϰϭϳ фϬ͕ϬϬϭ хϬ͕ϱ Ϭ͕ϬϬϬ ϯϬϵͬϰϭϳ R8 ZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƉƌŽƚĞŝŶƐ ϭ͕ϰϵͲϵ ϰϯͬϰϱ фϬ͕ϬϬϭ Ϭ͕ϮϬϳ Ϭ͕ϬϬϭ ϰϯͬϰϱ R9 'ĞŶĞĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶͲďĂƐĞĚƐŝŐŶĂƚƵƌĞƐ EĂĚĞƌŝƐŝŐŶĂƚƵƌĞ ϭ͕ϬϭͲϴ ϱϬͬϳϬ фϬ͕ϬϬϭ Ϭ͕ϯϱϱ ϲ͕ϯϬͲϰ ϰϴͬϳϬ R10 KŶĐŽƚLJƉĞy;ĐŽŵŵĞƌĐŝĂůƐŝŐŶĂƚƵƌĞͿ Ϯ͕ϮϮͲϭϬ ϭϲͬϭϲ фϬ͕ϬϬϭ Ϭ͕ϬϮϵ Ϯ͕ϬϳͲϱ ϭϰͬϭϲ R11 DĂŵŵĂWƌŝŶƚ;ĐŽŵŵĞƌĐŝĂůƐŝŐŶĂƚƵƌĞͿ ϭ͕ϲϬͲϭϰ ϲϬͬϲϭ фϬ͕ϬϬϭ фϬ͕ϬϬϭ Ϭ͕ϬϬϭ ϰϳͬϲϭ R12 a pǀĂůƵĞĨƌŽŵ<ĂƉůĂŶͲDĞŝĞƌƐƵƌǀŝǀĂůĂŶĂůLJƐŝƐ R13 ďŶƵŵďĞƌŽĨƉƌŽƚĞŝŶƐŽƌŐĞŶĞƐĨƌŽŵĂƐŝŐŶĂƚƵƌĞŽƌƉƌŽƚĞŝŶůŝƐƚƚŚĂƚĐŽƵůĚďĞŵĂƉƉĞĚƚŽŽŶĞŽƌŵƵůƟƉůĞƉƌŽďĞƐŽŶ R14 ƚŚĞŵŝĐƌŽĂƌƌĂLJ;ŵĂƉƉĞĚŐĞŶĞƐŽƌƉƌŽƚĞŝŶƐͬĂůůŐĞŶĞƐŽƌƉƌŽƚĞŝŶƐŝŶƚŚĞůŝƐƚͿ͘ R15 c pǀĂůƵĞŽĨƉĞƌŵƵƚĂƟŽŶĂŶĂůLJƐŝƐƵƐŝŶŐƌĂŶĚŽŵ;EƌĞƉĂŝƌͿŐĞŶĞůŝƐƚƐ;ƚŚĞĨƌĂĐƟŽŶŽĨϭϬϬϬƌĂŶĚŽŵŐĞŶĞůŝƐƚƐŽĨ ƚŚĞƐĂŵĞůĞŶŐƚŚƉĞƌĨŽƌŵŝŶŐďĞƩĞƌƚŚĂŶƚŚĞŐĞŶĞͬƉƌŽƚĞŝŶůŝƐƚƵƐĞĚŝŶƐƵƌǀŝǀĂůĂŶĂůLJƐŝƐͿ͘/ŶƚŚĞĐĂƐĞŽĨ͞ůůŐĞŶĞƐ͟ R16 ƐĂŵƉůŝŶŐǁĂƐĚŽŶĞĨƌŽŵĂůůŐĞŶĞƐƉƌĞƐĞŶƚŝŶƚŚĞŚƵŵĂŶŐĞŶŽŵĞƚŚĂƚŚĂĚĂŶŽĸĐŝĂůŐĞŶĞƐLJŵďŽů͘&ŽƌƚŚŝƐƌĞĂƐŽŶ͕ R17 ŐĞŶĞƐĨƌŽŵĂEƌĞƉĂŝƌďĂĐŬŐƌŽƵŶĚǁĞƌĞƐĂŵƉůĞĚĨƌŽŵĂůŝƐƚŐĞŶĞƌĂƚĞĚďLJ/W͘

R18 dŚŝƐƚĂďůĞĐŽŶƚĂŝŶƐĚĂƚĂŽŶƚŚĞsĂŶĚĞsŝũǀĞƌ͕tĂŶŐ͕EĂĚĞƌŝĂŶĚ:ƂŶƐƐŽŶĐŽŚŽƌƚƐ͘dŚĞƚŽƉƚǁŽƌŽǁƐƌĞƉƌĞƐĞŶƚƚŚĞ R19 ƉĞƌĨŽƌŵĂŶĐĞŽĨĂůůƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƉƌŽƚĞŝŶƐĂŶĚƚŚĞϰϱͲƉƌŽƚĞŝŶZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƐŝŐŶĂƚƵƌĞŵĂƉƉĞĚ R20 ƚŽŵĂƚĐŚŝŶŐŐĞŶĞƐLJŵďŽůƐ͘dŚĞďŽƩŽŵƚŚƌĞĞƌŽǁƐĐŽŶƚĂŝŶƚŚĞƉĞƌĨŽƌŵĂŶĐĞŽĨŐĞŶĞĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶͲĚĞƌŝǀĞĚƐŝŐŶĂƚƵƌĞƐ͕ ĂƐĂŵĞĂŶƐŽĨĐŽŵƉĂƌŝƐŽŶǁŝƚŚƚŚĞƉƌŽƚĞŝŶͲďĂƐĞĚƐŝŐŶĂƚƵƌĞ͘ R21 R22 R23 dŚĞƌĞĨŽƌĞƚŚĞƐĞĐŽŶĮƌŵĂƚŽƌLJĮŶĚŝŶŐƐƵŶĚĞƌƐĐŽƌĞƚŚĞŚƵŵĂŶƌĞůĞǀĂŶĐĞŽĨƚŚĞZϭͲ R24 ĚĞĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞƚƵŵŽƌŵŽĚĞůƐ͘ZϭŚĂƐƌĞĐĞŶƚůLJ͕ƚŚƌŽƵŐŚŝƚƐĨƵŶĐƟŽŶĂƐĂƚƌĂŶƐĐƌŝƉƟŽŶ R25 ĨĂĐƚŽƌ͕ďĞĞŶůŝŶŬĞĚƚŽƚŚĞďĂƐĂůƚƌĂŶƐĐƌŝƉƟŽŶŵĂĐŚŝŶĞƌLJ͕ǁŚĞƌĞďLJĨƵŶĐƟŽŶĂůZϭƌĞƉƌĞƐƐĞƐ R26 ƚƌĂŶƐĐƌŝƉƟŽŶ ŽĨ ďĂƐĂů ŬĞƌĂƟŶƐ ϰϳ ͘ /Ŷ ĂĚĚŝƟŽŶ͕ ǁĞ ŝĚĞŶƟĮĞĚ Ă ŶƵŵďĞƌ ŽĨ ƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚ R27 ƉƌŽůŝĨĞƌĂƟǀĞŵĂƌŬĞƌƐ͕ĂĨĞĂƚƵƌĞƚŚĂƚŝƐŵŽƌĞƉƌĞǀĂůĞŶƚŝŶŚƵŵĂŶďĂƐĂůͲůŝŬĞďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ͘ R28 WĂƚŚǁĂLJĂŶĚƉƌŽƚĞŝŶĐŽŵƉůĞdžĂŶĂůLJƐŝƐŝĚĞŶƟĮĞĚEƌĞƉĂŝƌĂŶĚĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚƉƌŽĐĞƐƐĞƐ R29 ĂƐ ƚŚĞ ŵŽƐƚ ŝŵƉŽƌƚĂŶƚ ďŝŽůŽŐŝĐĂů ĨƵŶĐƟŽŶ ĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚ ǁŝƚŚ ƚŚĞ ƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚ ƉƌŽƚĞŝŶƐ ŽĨ R30 ƚŚĞ ZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚ ƚƵŵŽƌƐ͘ dŚŝƐ ŝƐ ŝŶ ůŝŶĞ ǁŝƚŚ ƉƌĞǀŝŽƵƐ ƌĞƉŽƌƚƐ ƚŚĂƚ ůŽƐƐ ŽĨ ĨƵŶĐƟŽŶĂů R31 ŚŽŵŽůŽŐLJͲĚŝƌĞĐƚĞĚEƌĞƉĂŝƌƚŚƌŽƵŐŚŬŶŽĐŬͲŽƵƚŽĨZϭŵŝŐŚƚďĞƉĂƌƟĂůůLJĐŽŵƉĞŶƐĂƚĞĚ R32 ĨŽƌďLJŽƚŚĞƌEƌĞƉĂŝƌŵĞĐŚĂŶŝƐŵƐ ϰϮ͖ϰϴ ͘/ŵƉŽƌƚĂŶƚůLJ͕ǁĞĨŽƵŶĚĂŶƵŵďĞƌŽĨƚŚĞƌĂƉĞƵƟĐ R33 ƚĂƌŐĞƚƐƚŽďĞƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚŝŶƚŚĞZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚƚƵŵŽƌƐ͕ŝŶĐůƵĚŝŶŐWZWϭ͕dKWϭ͕dKWϮ R34 ĂŶĚdKWϮ͘ R35 WZWϭŚĂƐďĞĞŶƐŚŽǁŶƚŽďĞĂ ďŽŶĂĮĚĞ ĚƌƵŐƚĂƌŐĞƚĨŽƌŚƵŵĂŶ BRCA1 ͲŵƵƚĂƚĞĚƚƵŵŽƌƐ ϰϯ ͘ R36 hƉͲƌĞŐƵůĂƟŽŶŽĨƚŚĞWZWϭƉƌŽƚĞŝŶŵĂLJďĞĂŵĂƌŬĞƌĨŽƌƚŚĞůŽƐƐŽĨĨƵŶĐƟŽŶĂůŚŽŵŽůŽŐLJͲ R37 ĚŝƌĞĐƚĞĚEƌĞƉĂŝƌŝŶŐĞŶĞƌĂů͕ĂŶĚŵŝŐŚƚƚŚĞƌĞĨŽƌĞďĞĂƉƌĞĚŝĐƟǀĞŵĂƌŬĞƌĨŽƌƚŚĞĞĸĐĂĐLJ R38 ŽĨWZWϭŝŶŚŝďŝƟŽŶ͘ R39

ϱϮ WƌŽƚĞŽŵŝĐƐŽĨZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚĂŶĚͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐ

KǀĞƌǀŝĞǁŽĨ<ĂƉůĂŶͲDĞŝĞƌƐƵƌǀŝǀĂůĂŶĂůLJƐŝƐŝŶĨŽƵƌďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌŐĞŶĞĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶĚĂƚĂƐĞƚƐ R1 ƚŚĂƚŚĂǀĞĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚĐůŝŶŝĐĂůĞŶĚƉŽŝŶƚĚĂƚĂ R2 R3 sĂŶĚĞsŝũǀĞƌĐŽŚŽƌƚ tĂŶŐĐŽŚŽƌƚ tĂŶŐĐŽŚŽƌƚ EĂĚĞƌŝĐŽŚŽƌƚ :ƂŶƐƐŽŶĐŽŚŽƌƚ R4 ƉǀĂůƵĞ ηŽĨŵĂƉƉĞĚŐĞŶĞƐ ůůŐĞŶĞƐ EƌĞƉĂŝƌ ƉǀĂůƵĞ ηŽĨŵĂƉƉĞĚŐĞŶĞƐ ůů EƌĞƉĂŝƌ ƉǀĂůƵĞ a ηŽĨŵĂƉƉĞĚŐĞŶĞƐ ůů EƌĞƉĂŝƌ ƉǀĂůƵĞ a ηŽĨŵĂƉƉĞĚŐĞŶĞƐ ůů EƌĞƉĂŝƌ ŽƌƉƌŽƚĞŝŶƐ ď ďĂĐŬŐƌŽƵŶĚ ŽƌƉƌŽƚĞŝŶƐ ď ŐĞŶĞƐ c ďĂĐŬŐƌŽƵŶĚ c ŽƌƉƌŽƚĞŝŶƐ ď ŐĞŶĞƐ c ďĂĐŬŐƌŽƵŶĚ c ŽƌƉƌŽƚĞŝŶƐ ď ŐĞŶĞƐ c ďĂĐŬŐƌŽƵŶĚ c R5 DŽƵƐĞZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƉƌŽƚĞŝŶƐ 2 R6 ůůϰϭϳƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐ ϲ͕ϭϮͲϵ ϯϮϲͬϰϭϳ фϬ͕ϬϬϭ хϬ͕ϱ Ϭ͕ϬϬϬ ϯϬϵͬϰϭϳ Ϭ͕Ϯϰϳ хϬ͕ϱ Ϭ͕ϬϮϯ ϮϲϮͬϰϭϳ Ϭ͕ϭϯϯ Ϭ͕ϯϬϵ ϵ͕ϴϬͲϲ ϮϮϳͬϰϭϳ Ϭ͕Ϯϰϴ Ϭ͕Ϯϳϳ R7 ZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƉƌŽƚĞŝŶƐ ϭ͕ϰϵͲϵ ϰϯͬϰϱ фϬ͕ϬϬϭ Ϭ͕ϮϬϳ Ϭ͕ϬϬϭ ϰϯͬϰϱ Ϭ͕ϬϮϯ Ϭ͕ϰϰϬ Ϭ͕ϬϬϰ ϯϮͬϰϱ Ϭ͕ϬϬϰ Ϭ͕Ϭϰϰ Ϯ͕ϭϲͲϴ ϯϯͬϰϱ Ϭ͕ϬϭϬ Ϭ͕ϬϬϴ R8 'ĞŶĞĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶͲďĂƐĞĚƐŝŐŶĂƚƵƌĞƐ R9 EĂĚĞƌŝƐŝŐŶĂƚƵƌĞ ϭ͕ϬϭͲϴ ϱϬͬϳϬ фϬ͕ϬϬϭ Ϭ͕ϯϱϱ ϲ͕ϯϬͲϰ ϰϴͬϳϬ Ϭ͕ϬϬϴ хϬ͕ϱ Ϭ͕ϬϬϬ ϲϬͬϳϬ фϬ͕ϬϬϭ Ϭ͕ϬϬϱ ϭ͕ϰϰͲϲ ϯϯͬϳϬ Ϭ͕ϬϵϬ Ϭ͕Ϭϴϴ KŶĐŽƚLJƉĞy;ĐŽŵŵĞƌĐŝĂůƐŝŐŶĂƚƵƌĞͿ Ϯ͕ϮϮͲϭϬ ϭϲͬϭϲ фϬ͕ϬϬϭ Ϭ͕ϬϮϵ Ϯ͕ϬϳͲϱ ϭϰͬϭϲ фϬ͕ϬϬϭ Ϭ͕ϬϮϰ Ϭ͕ϬϬϬ ϭϯͬϭϱ фϬ͕ϬϬϭ Ϭ͕ϬϬϱ ϲ͕ϰϬͲϰ ϭϯͬϭϲ Ϭ͕ϰϯϱ Ϭ͕ϯϱϵ R10 DĂŵŵĂWƌŝŶƚ;ĐŽŵŵĞƌĐŝĂůƐŝŐŶĂƚƵƌĞͿ ϭ͕ϲϬͲϭϰ ϲϬͬϲϭ фϬ͕ϬϬϭ фϬ͕ϬϬϭ Ϭ͕ϬϬϭ ϰϳͬϲϭ Ϭ͕Ϭϭϯ хϬ͕ϱ Ϭ͕ϬϬϵ ϰϭͬϲϭ Ϭ͕ϬϬϰ Ϭ͕Ϭϱϲ ϭ͕ϭϲͲϱ ϯϱͬϲϭ Ϭ͕ϮϱϬ Ϭ͕Ϯϯϯ R11 R12 ǀĂůƵĞĨƌŽŵ<ĂƉůĂŶͲDĞŝĞƌƐƵƌǀŝǀĂůĂŶĂůLJƐŝƐ ďŶƵŵďĞƌŽĨƉƌŽƚĞŝŶƐŽƌŐĞŶĞƐĨƌŽŵĂƐŝŐŶĂƚƵƌĞŽƌƉƌŽƚĞŝŶůŝƐƚƚŚĂƚĐŽƵůĚďĞŵĂƉƉĞĚƚŽŽŶĞŽƌŵƵůƟƉůĞƉƌŽďĞƐŽŶ dĂďůĞϳ͘KǀĞƌǀŝĞǁĂŶĚƐƚĂƟƐƟĐĂůĂŶĂůLJƐŝƐŽĨĞŶƌŝĐŚŵĞŶƚĨŽƌƉϱϯŵƵƚĂƟŽŶƐŝŶƉŽŽƌƉƌŽŐŶŽƐŝƐƉĂƟĞŶƚƐ R13 ƚŚĞŵŝĐƌŽĂƌƌĂLJ;ŵĂƉƉĞĚŐĞŶĞƐŽƌƉƌŽƚĞŝŶƐͬĂůůŐĞŶĞƐŽƌƉƌŽƚĞŝŶƐŝŶƚŚĞůŝƐƚͿ͘ ǀĞƌƐƵƐŐŽŽĚƉƌŽŐŶŽƐŝƐƉĂƟĞŶƚƐƵƐŝŶŐ&ŝƐŚĞƌ͛ƐĞdžĂĐƚƚĞƐƚŝŶƚŚĞsĂŶĚĞsŝũǀĞƌ et al. data set R14 ǀĂůƵĞŽĨƉĞƌŵƵƚĂƟŽŶĂŶĂůLJƐŝƐƵƐŝŶŐƌĂŶĚŽŵ;EƌĞƉĂŝƌͿŐĞŶĞůŝƐƚƐ;ƚŚĞĨƌĂĐƟŽŶŽĨϭϬϬϬƌĂŶĚŽŵŐĞŶĞůŝƐƚƐŽĨ R15 ƚŚĞƐĂŵĞůĞŶŐƚŚƉĞƌĨŽƌŵŝŶŐďĞƩĞƌƚŚĂŶƚŚĞŐĞŶĞͬƉƌŽƚĞŝŶůŝƐƚƵƐĞĚŝŶƐƵƌǀŝǀĂůĂŶĂůLJƐŝƐͿ͘/ŶƚŚĞĐĂƐĞŽĨ͞ůůŐĞŶĞƐ͟ Poor 'ŽŽĚ ^Ƶŵ ƐĂŵƉůŝŶŐǁĂƐĚŽŶĞĨƌŽŵĂůůŐĞŶĞƐƉƌĞƐĞŶƚŝŶƚŚĞŚƵŵĂŶŐĞŶŽŵĞƚŚĂƚŚĂĚĂŶŽĸĐŝĂůŐĞŶĞƐLJŵďŽů͘&ŽƌƚŚŝƐƌĞĂƐŽŶ͕ ƉƌŽŐŶŽƐŝƐ ƉƌŽŐŶŽƐŝƐ R16 ŐĞŶĞƐĨƌŽŵĂEƌĞƉĂŝƌďĂĐŬŐƌŽƵŶĚǁĞƌĞƐĂŵƉůĞĚĨƌŽŵĂůŝƐƚŐĞŶĞƌĂƚĞĚďLJ/W͘ ůůϰϭϳƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐ͗ pǀĂůƵĞсϮ͕ϮϬͲϭϲ a R17 ƉϱϯŵƵƚĂƟŽŶ ϱϱ;ϳϵйͿ ϭϱ;ϮϭͿ ϳϬ R18 dŚŝƐƚĂďůĞĐŽŶƚĂŝŶƐĚĂƚĂŽŶƚŚĞsĂŶĚĞsŝũǀĞƌ͕tĂŶŐ͕EĂĚĞƌŝĂŶĚ:ƂŶƐƐŽŶĐŽŚŽƌƚƐ͘dŚĞƚŽƉƚǁŽƌŽǁƐƌĞƉƌĞƐĞŶƚƚŚĞ tŝůĚͲƚLJƉĞƉϱϯ Ϯϱ;ϭϵйͿ ϭϬϵ;ϴϭйͿ ϭϯϰ ƉĞƌĨŽƌŵĂŶĐĞŽĨĂůůƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƉƌŽƚĞŝŶƐĂŶĚƚŚĞϰϱͲƉƌŽƚĞŝŶZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƐŝŐŶĂƚƵƌĞŵĂƉƉĞĚ ^Ƶŵ ϴϬ ϭϮϰ ϮϬϰ R19 ƚŽŵĂƚĐŚŝŶŐŐĞŶĞƐLJŵďŽůƐ͘dŚĞďŽƩŽŵƚŚƌĞĞƌŽǁƐĐŽŶƚĂŝŶƚŚĞƉĞƌĨŽƌŵĂŶĐĞŽĨŐĞŶĞĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶͲĚĞƌŝǀĞĚƐŝŐŶĂƚƵƌĞƐ͕ a R20 ĂƐĂŵĞĂŶƐŽĨĐŽŵƉĂƌŝƐŽŶǁŝƚŚƚŚĞƉƌŽƚĞŝŶͲďĂƐĞĚƐŝŐŶĂƚƵƌĞ͘ ZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƐŝŐŶĂƚƵƌĞ;ϰϱƉƌŽƚĞŝŶƐͿ͗ pǀĂůƵĞсϮ͕ϱϱͲϭϮ ƉϱϯŵƵƚĂƟŽŶ ϰϵ;ϳϬйͿ Ϯϭ;ϯϬйͿ ϳϬ R21 tŝůĚͲƚLJƉĞƉϱϯ Ϯϲ;ϭϵйͿ ϭϬϴ;ϴϭйͿ ϭϯϰ R22 ^Ƶŵ ϳϱ ϭϮϵ ϮϬϰ dŚĞƌĞĨŽƌĞƚŚĞƐĞĐŽŶĮƌŵĂƚŽƌLJĮŶĚŝŶŐƐƵŶĚĞƌƐĐŽƌĞƚŚĞŚƵŵĂŶƌĞůĞǀĂŶĐĞŽĨƚŚĞZϭͲ R23 ĚĞĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞƚƵŵŽƌŵŽĚĞůƐ͘ZϭŚĂƐƌĞĐĞŶƚůLJ͕ƚŚƌŽƵŐŚŝƚƐĨƵŶĐƟŽŶĂƐĂƚƌĂŶƐĐƌŝƉƟŽŶ a pǀĂůƵĞĨƌŽŵ&ŝƐŚĞƌ͛ƐĞdžĂĐƚƚĞƐƚ R24 ĨĂĐƚŽƌ͕ďĞĞŶůŝŶŬĞĚƚŽƚŚĞďĂƐĂůƚƌĂŶƐĐƌŝƉƟŽŶŵĂĐŚŝŶĞƌLJ͕ǁŚĞƌĞďLJĨƵŶĐƟŽŶĂůZϭƌĞƉƌĞƐƐĞƐ R25 ƚƌĂŶƐĐƌŝƉƟŽŶ ŽĨ ďĂƐĂů ŬĞƌĂƟŶƐ ϰϳ ͘ /Ŷ ĂĚĚŝƟŽŶ͕ ǁĞ ŝĚĞŶƟĮĞĚ Ă ŶƵŵďĞƌ ŽĨ ƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚ /ŶůŝŶĞǁŝƚŚƚŚŝƐ͕ƚŚĞƚƵŵŽƌƐŽĨƚŚĞZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵŝĐĞƵƐĞĚŝŶƚŚŝƐƐƚƵĚLJƌĞƐƉŽŶĚĞĚ R26 ƉƌŽůŝĨĞƌĂƟǀĞŵĂƌŬĞƌƐ͕ĂĨĞĂƚƵƌĞƚŚĂƚŝƐŵŽƌĞƉƌĞǀĂůĞŶƚŝŶŚƵŵĂŶďĂƐĂůͲůŝŬĞďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ͘ ǁĞůůƚŽƚŚĞWZWŝŶŚŝďŝƚŽƌŽůĂƉĂƌŝď͕ǁŚĞƌĞĂƐƚŚĞZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞƚƵŵŽƌŵŽĚĞůƐ R27 WĂƚŚǁĂLJĂŶĚƉƌŽƚĞŝŶĐŽŵƉůĞdžĂŶĂůLJƐŝƐŝĚĞŶƟĮĞĚEƌĞƉĂŝƌĂŶĚĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚƉƌŽĐĞƐƐĞƐ ĚŝĚŶŽƚ ϰϵ ͘DŽƌĞŽǀĞƌ͕ǁĞĂůƐŽĨŽƵŶĚƵƉͲƌĞŐƵůĂƟŽŶŽĨƚŚĞƚŽƉŽŝƐŽŵĞƌĂƐĞƐdKWϭ͕dKWϮĂŶĚ R28 ĂƐ ƚŚĞ ŵŽƐƚ ŝŵƉŽƌƚĂŶƚ ďŝŽůŽŐŝĐĂů ĨƵŶĐƟŽŶ ĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚ ǁŝƚŚ ƚŚĞ ƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚ ƉƌŽƚĞŝŶƐ ŽĨ dKWϮ ĚƌƵŐ ƚĂƌŐĞƚƐ ĨŽƌ ƚŽƉŽƚĞĐĂŶ ;dKWϭ ŝŶŚŝďŝƚŽƌͿ ĂŶĚ ĚŽdžŽƌƵďŝĐŝŶ ;dKWϮ ĂŶĚ dKWϮ R29 ƚŚĞ ZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚ ƚƵŵŽƌƐ͘ dŚŝƐ ŝƐ ŝŶ ůŝŶĞ ǁŝƚŚ ƉƌĞǀŝŽƵƐ ƌĞƉŽƌƚƐ ƚŚĂƚ ůŽƐƐ ŽĨ ĨƵŶĐƟŽŶĂů ŝŶŚŝďŝƚŽƌͿ͘ dŚĞƐĞ ĚƌƵŐƐ ŝŶŚŝďŝƚ ƚŚĞ ƌĞůŝŐĂƟŽŶ ƐƚĞƉ ŽĨ ƚŽƉŽŝƐŽŵĞƌĂƐĞƐ ĂŶĚ ƚŚĞƌĞĨŽƌĞ ĂůƐŽ R30 ŚŽŵŽůŽŐLJͲĚŝƌĞĐƚĞĚEƌĞƉĂŝƌƚŚƌŽƵŐŚŬŶŽĐŬͲŽƵƚŽĨZϭŵŝŐŚƚďĞƉĂƌƟĂůůLJĐŽŵƉĞŶƐĂƚĞĚ ŝŶĚƵĐĞŝŶĚŝƌĞĐƚůLJEďƌĞĂŬƐ͘,ŝŐŚĞƌůĞǀĞůƐŽĨƚŚĞƐĞƉƌŽƚĞŝŶƐŵŝŐŚƚŚĂǀĞƉƌĞĚŝĐƟǀĞǀĂůƵĞ͕ R31 ĨŽƌďLJŽƚŚĞƌEƌĞƉĂŝƌŵĞĐŚĂŶŝƐŵƐ ϰϮ͖ϰϴ ͘/ŵƉŽƌƚĂŶƚůLJ͕ǁĞĨŽƵŶĚĂŶƵŵďĞƌŽĨƚŚĞƌĂƉĞƵƟĐ ƐŝŶĐĞ ƚŚĞ ZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚ ŵŽƵƐĞ ƚƵŵŽƌƐ ƵƐĞĚ ŝŶ ŽƵƌ ĞdžƉĞƌŝŵĞŶƚƐ ŚĂǀĞ ďĞĞŶ ƐŚŽǁŶ ƚŽ R32 ƚĂƌŐĞƚƐƚŽďĞƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚŝŶƚŚĞZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚƚƵŵŽƌƐ͕ŝŶĐůƵĚŝŶŐWZWϭ͕dKWϭ͕dKWϮ ďĞƐĞŶƐŝƟǀĞƚŽƚŽƉŽƚĞĐĂŶ ϱϬ ĂŶĚĚŽdžŽƌƵďŝĐŝŶ ϱϭ ͘tĞĚĞƚĞĐƚĞĚĂŶƵŵďĞƌŽĨŽƚŚĞƌƉŽƚĞŶƟĂů R33 ĂŶĚdKWϮ͘ ĚƌƵŐ ƚĂƌŐĞƚƐ͘ ,ϭ ĂŶĚ ,Ϯ͕ ƚǁŽ ƉƌŽƚĞŝŶƐ ŝŶǀŽůǀĞĚ ŝŶ ĐŚƌŽŵĂƟŶ ƌĞŵŽĚĞůŝŶŐ ďLJ R34 WZWϭŚĂƐďĞĞŶƐŚŽǁŶƚŽďĞĂ ďŽŶĂĮĚĞ ĚƌƵŐƚĂƌŐĞƚĨŽƌŚƵŵĂŶ ͲŵƵƚĂƚĞĚƚƵŵŽƌƐ ϰϯ ͘ ŚŝƐƚŽŶĞ ĂĐĞƚLJůĂƟŽŶ͕ ǁĞƌĞ ĂůƐŽ ƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚ͕ ĂůƚŚŽƵŐŚ ƚŚŝƐ ǁĂƐ ŶŽƚ ƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚ ; p с Ϭ͘Ϭϳ R35 hƉͲƌĞŐƵůĂƟŽŶŽĨƚŚĞWZWϭƉƌŽƚĞŝŶŵĂLJďĞĂŵĂƌŬĞƌĨŽƌƚŚĞůŽƐƐŽĨĨƵŶĐƟŽŶĂůŚŽŵŽůŽŐLJͲ ĂŶĚ p с Ϭ͘ϭϰ͕ ƌĞƐƉĞĐƟǀĞůLJͿ͘ ƚ ůĞĂƐƚ ϭϭ ŬŝŶĂƐĞƐ ǁĞƌĞ ƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚůLJ ƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚ ŽĨ ǁŚŝĐŚ R36 ĚŝƌĞĐƚĞĚEƌĞƉĂŝƌŝŶŐĞŶĞƌĂů͕ĂŶĚŵŝŐŚƚƚŚĞƌĞĨŽƌĞďĞĂƉƌĞĚŝĐƟǀĞŵĂƌŬĞƌĨŽƌƚŚĞĞĸĐĂĐLJ ĞƐƚĂďůŝƐŚĞĚĚƌƵŐƚĂƌŐĞƚƐŝŶĐůƵĚĞĚ

ϱϯ Chapter 2

R1 ƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚŝŶƚŚĞZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵŝĐĞƚƵŵŽƌƐĂĐƚƵƉƐƚƌĞĂŵŽĨZϭĨƵŶĐƟŽŶŝŶƚŚĞ R2 ŚŽŵŽůŽŐLJͲĚŝƌĞĐƚĞĚEƌĞƉĂŝƌƉĂƚŚǁĂLJ;dD͕ϭ͕ĂŶĚdWϱϯWϭͿ͕ǁŚŝĐŚŵĂLJŝŶĚŝĐĂƚĞ R3 ĂŶĂĐĐƵŵƵůĂƟŽŶŽĨƚŚĞƐĞƉƌŽƚĞŝŶƐŝŶƌĞƐƉŽŶƐĞƚŽZϭůŽƐƐ͘/ŶĂƉƌĞǀŝŽƵƐƐƚƵĚLJ͕>ŝƵ et R4 al. Ϯϰ ƵƐĞĚŐĞŶĞĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶĂŶĂůLJƐŝƐŝŶƚŚĞƐĂŵĞŵŽƵƐĞŵŽĚĞůƐĂƐƵƐĞĚŝŶƚŚŝƐƐƚƵĚLJ͘hƐŝŶŐ R5 ŐĞŶĞƐĞƚĞŶƌŝĐŚŵĞŶƚĂŶĂůLJƐŝƐ͕ƚŚĞLJƌĞƉŽƌƚĞĚĂŶƵŵďĞƌŽĨƉƌŽĐĞƐƐĞƐƚŚĂƚǁĞƌĞŝŶĚƵĐĞĚĂŌĞƌ R6 ZϭůŽƐƐ͕ŝŶĐůƵĚŝŶŐƌĞĐŽŵďŝŶĂƚŽƌŝĂůƌĞƉĂŝƌ͕ŵŝƚŽƟĐƌĞĐŽŵďŝŶĂƟŽŶ͕ƚĞůŽŵĞƌĞŵĂŝŶƚĞŶĂŶĐĞ R7 ĂŶĚƚƌĂŶƐĐƌŝƉƟŽŶĂůƌĞŐƵůĂƟŽŶ;Ğ͘Ő͘ĐŚƌŽŵĂƟŶƌĞŵŽĚĞůŝŶŐͿ͘ R8 R9 DŽƵƐĞZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƉƌŽƚĞŝŶƐŝŐŶĂƚƵƌĞǁŝƚŚĚŝĂŐŶŽƐƟĐĂŶĚƉƌŽŐŶŽƐƟĐǀĂůƵĞŝŶŚƵŵĂŶ R10 gene expression data sets R11 tĞƵƐĞĚĂŶ in silico ǀĂůŝĚĂƟŽŶĂƉƉƌŽĂĐŚƚŽƐŚŽǁƚŚĂƚŵŽƵƐĞƉƌŽƚĞŝŶƐƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚŝŶZϭͲ R12 ĚĞĮĐŝĞŶƚƚƵŵŽƌƐ͕ŝŶĐůƵĚŝŶŐĂZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƐŝŐŶĂƚƵƌĞ͕ĐŽƵůĚĐůĂƐƐŝĨLJŚƵŵĂŶZϭĂŶĚ R13 ZϮƚƵŵŽƌƐŝŶĐŽŚŽƌƚƐƚŚĂƚĐŽŶƚĂŝŶĞĚďŽƚŚƐƉŽƌĂĚŝĐĂŶĚŚĞƌĞĚŝƚĂƌLJďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌƐ͘hƐŝŶŐ R14 ƚŚĞZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƐŝŐŶĂƚƵƌĞ͕ŚŝŐŚƐĞŶƐŝƟǀŝƟĞƐǁĞƌĞĂĐŚŝĞǀĞĚĨŽƌĐůĂƐƐŝĨLJŝŶŐŚŽŵŽůŽŐLJͲ R15 ĚŝƌĞĐƚĞĚEƌĞƉĂŝƌͲĚĞĮĐŝĞŶƚƚƵŵŽƌƐŝŶĚĂƚĂƐĞƚƐŬŶŽǁŶƚŽďĞĞŶƌŝĐŚĞĚĨŽƌƚŚĞƐĞƉĂƟĞŶƚƐ ϭϰ ͘ R16 dŚĞ Zϭ ĚĞĮĐŝĞŶĐLJ ƐŝŐŶĂƚƵƌĞ ĂůƐŽ ĐůĂƐƐŝĮĞĚ Ă ĐŽŶƐŝĚĞƌĂďůĞ ŶƵŵďĞƌ ŽĨ ƐƉŽƌĂĚŝĐ ĂŶĚ R17 ĨĂŵŝůŝĂůƚƵŵŽƌƐĂƐZϭͬϮͲůŝŬĞ͘dŚŝƐƌĞƐƵůƚŵĂLJďĞĞdžƉůĂŝŶĞĚďLJƚŚĞƉŽƐƐŝďŝůŝƚLJƚŚĂƚĂŶƵŵďĞƌ R18 ŽĨ ƐƉŽƌĂĚŝĐ ĂŶĚ ĨĂŵŝůŝĂů ƚƵŵŽƌƐ ůĂĐŬŝŶŐ ŵƵƚĂƟŽŶƐ ŝŶ ƚŚĞ BRCA  ŐĞŶĞƐ ŵŝŐŚƚ ƐƟůů ŚĂƌďŽƌ R19 ƵŶĚĞƚĞĐƚĞĚĚĞĮĐŝĞŶĐŝĞƐŝŶŚŽŵŽůŽŐLJͲĚŝƌĞĐƚĞĚEƌĞƉĂŝƌĂŶĚŵŝŐŚƚƚŚĞƌĞĨŽƌĞďĞŶĞĮƚĨƌŽŵ R20 EͲĚĂŵĂŐŝŶŐĂŐĞŶƚƐ͘dŚĞƌĞŝƐŐƌŽǁŝŶŐĞǀŝĚĞŶĐĞƚŚĂƚƚŚĞŵĂũŽƌŝƚLJŽĨƐƉŽƌĂĚŝĐďĂƐĂůͲůŝŬĞ R21 ďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌŚĂǀĞZϭĚLJƐĨƵŶĐƟŽŶĂůŝƚLJŽƚŚĞƌƚŚĞŶĂŵƵƚĂƟŽŶŝŶZϭŝƚƐĞůĨ ϵ͖ϭϯ ͘ R22 ƉƉƌŽdžŝŵĂƚĞůLJϮϱйŽĨZϭƚƵŵŽƌƐǁĞƌĞŶŽƚƉŝĐŬĞĚƵƉďLJŽƵƌĐůĂƐƐŝĮĞƌ͘dŚŝƐŵŝŐŚƚ R23 ďĞĞdžƉůĂŝŶĞĚďLJƚŚĞĨĂĐƚƚŚĂƚŽƵƌŵŽƵƐĞZϭĐůĂƐƐŝĮĞƌŝƐŶŽƚĂďůĞƚŽĐĂƉƚƵƌĞƚŚĞĨƵůů R24 ŚĞƚĞƌŽŐĞŶĞŝƚLJŽĨĂůů BRCA1 ͲŵƵƚĂƚĞĚďƌĞĂƐƚĐĂƌĐŝŶŽŵĂƐ͘/ŶĂĚĚŝƟŽŶ͕ĂŶƵŵďĞƌŽĨ BRCA1 Ͳ R25 ŵƵƚĂƚĞĚďƌĞĂƐƚĐĂƌĐŝŶŽŵĂƐŵŝŐŚƚĞƐĐĂƉĞĚĞƚĞĐƟŽŶĚƵĞƚŽƌĞƐƚŽƌĂƟŽŶŽĨŚŽŵŽůŽŐLJͲĚŝƌĞĐƚĞĚ R26 ^ƌĞƉĂŝƌǀŝĂůŽƐƐŽĨdWϱϯWϭ ϱϮ͖ϱϯ ŽƌĞƋƵŝǀĂůĞŶƚĨĂĐƚŽƌƐ͘ R27 dŚĞ Zϭ ĚĞĮĐŝĞŶĐLJ E ƌĞƉĂŝƌ ƐŝŐŶĂƚƵƌĞ ƐŚŽǁĞĚ ƉƌŽŐŶŽƐƟĐ ƉŽǁĞƌ ĂĐƌŽƐƐ Ă ǁŝĚĞ R28 ǀĂƌŝĞƚLJŽĨďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌĚĂƚĂƐĞƚƐ͘DŽƌĞŽǀĞƌ͕ŽƵƌŵŽƵƐĞƉƌŽƚĞŝŶƐŝŐŶĂƚƵƌĞŽƵƚƉĞƌĨŽƌŵĞĚ R29 ƚǁŽĐŽŵŵĞƌĐŝĂůůLJĂǀĂŝůĂďůĞƉƌŽŐŶŽƐƟĐZEͲďĂƐĞĚƐŝŐŶĂƚƵƌĞƐ;DĂŵŵĂWƌŝŶƚΠĂŶĚKŶĐŽƚLJƉĞ R30 yΠͿŝŶĂĚĂƚĂƐĞƚĞŶƌŝĐŚĞĚĨŽƌŚŽŵŽůŽŐLJƌĞƉĂŝƌͲĚĞĮĐŝĞŶƚƚƵŵŽƌƐ͘&ŝŶĂůůLJ͕ŝŶďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ͕ R31 ƉƌŽƚĞŝŶƐ ǁŝƚŚ ƉƌŽŐŶŽƐƟĐ ƉŽǁĞƌ ŵĂLJ ŚĂǀĞ ƉƌĞĚŝĐƟǀĞ ǀĂůƵĞ ĂƐ ǁĞůů͘ džĂŵƉůĞƐ ĂƌĞ ƚŚĞ R32 ŚŽƌŵŽŶĞƌĞĐĞƉƚŽƌ^ZϭĂŶĚƚŚĞƌĞĐĞƉƚŽƌƚLJƌŽƐŝŶĞŬŝŶĂƐĞZϮ͕ƚŚĞĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶŽĨǁŚŝĐŚ R33 ƉƌĞĚŝĐƚƐƌĞƐƉŽŶƐĞƚŽƚĂƌŐĞƚĞĚƚŚĞƌĂƉLJĂƐǁĞůůĂƐƉƌŽŐŶŽƐŝƐ ϱϰ ͘ R34 &ƵƌƚŚĞƌŵŽƌĞ͕ƉĂƟĞŶƚƐǁŝƚŚƐƉŽƌĂĚŝĐďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌŝĚĞŶƟĮĞĚĂƐƉŽŽƌŽƵƚĐŽŵĞďLJŽƵƌ R35 ZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƐŝŐŶĂƚƵƌĞǁĞƌĞŚŝŐŚůLJĞŶƌŝĐŚĞĚĨŽƌƉϱϯŵƵƚĂƟŽŶƐ͘ůƚŚŽƵŐŚďŽƚŚŵŽƵƐĞ R36 ŵŽĚĞůƐ ƵƐĞĚ ƚŽ ĚĞǀĞůŽƉ ƚŚĞ Zϭ ĚĞĮĐŝĞŶĐLJ ƐŝŐŶĂƚƵƌĞ ǁĞƌĞ Ɖϱϯ ĚĞĮĐŝĞŶƚ͕ ƚŚŝƐ ƌĞƐƵůƚ R37 ŝƐ ĞdžƉůĂŝŶĞĚ ďLJ ƚŚĞ ĐůŝŶŝĐĂů ŽďƐĞƌǀĂƟŽŶ ƚŚĂƚ ZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚ ďƌĞĂƐƚ ĐĂŶĐĞƌƐ ĨƌĞƋƵĞŶƚůLJ R38 ĐŽŵƉƌŝƐĞ Ɖϱϯ ŵƵƚĂƟŽŶƐ͕ ĂŶĚ ďŽƚŚ Zϭ ĂŶĚ Ɖϱϯ ĂůƚĞƌĂƟŽŶƐ ĂƌĞ ĞŶƌŝĐŚĞĚ ŝŶ ƚƌŝƉůĞͲ R39

ϱϰ WƌŽƚĞŽŵŝĐƐŽĨZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚĂŶĚͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐ

ŶĞŐĂƟǀĞďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ ϰϱ͖ϰϲ ͘dŚĞƵƉͲƌĞŐƵůĂƟŽŶŽĨĚƌƵŐƚĂƌŐĞƚƐŝŶǀŽůǀĞĚŝŶEƌĞƉĂŝƌ;WZWϭ͕ R1 dKWϭ͕dKWϮĂŶĚ,ϭͿ͕ŵĂLJŝŶĚŝĐĂƚĞƚŚĞƉƌĞĚŝĐƟǀĞƉŽƚĞŶƟĂůŽĨŽƵƌZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJ R2 EƌĞƉĂŝƌĐĂŶĚŝĚĂƚĞƐ͘tĞǁĞƌĞŶŽƚĂďůĞƚŽǀĞƌŝĨLJƚŚĞƉƌĞĚŝĐƟǀĞƉŽƚĞŶƟĂůŽĨŽƵƌZϭ R3 ĚĞĮĐŝĞŶĐLJƉƌŽƚĞŝŶƐŝŐŶĂƚƵƌĞŝŶůĂƌŐĞĐŽŚŽƌƚƐŽĨƚƌĞĂƚĞĚďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌƐ͕ƐŝŶĐĞƚŚĞƚŚĞƌĂƉĞƵƟĐ R4 ĂŐĞŶƚƐ;WZWϭĂŶĚdKWŝŶŚŝďŝƟŽŶ͕ĐŝƐƉůĂƟŶƚƌĞĂƚŵĞŶƚ͕,ŝŶŚŝďŝƟŽŶͿĂƌĞƐƟůůŝŶĐůŝŶŝĐĂů R5 ƚƌŝĂůƉŚĂƐĞ͕ƐŽŶŽůĂƌŐĞͲƐĐĂůĞƉƵďůŝĐůLJĂǀĂŝůĂďůĞŐĞŶĞͲĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶĚĂƚĂƐĞƚƐĞdžŝƐƚƚŽĚĂƚĞ͘ 2 R6 ^ĞǀĞƌĂůďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌƉƌŽƚĞŽŵŝĐƐƚƵĚŝĞƐŚĂǀĞďĞĞŶƌĞƉŽƌƚĞĚƚŽĚĂƚĞ͘ŝŽůŽŐŝĐĂůŵĂƚĞƌŝĂůƐ R7 ƵƐĞĚƌĂŶŐĞĚĨƌŽŵŵŽƵƐĞƟƐƐƵĞ Ϯϭ͖ϱϱ ͕ŚƵŵĂŶďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌĐĞůůůŝŶĞƐĂŶĚƟƐƐƵĞƐ ϭϴ͖ϮϬ͖Ϯϭ͖ϱϲͲϱϴ ͘ R8 ĨĞǁƐƚƵĚŝĞƐLJŝĞůĚĞĚĂŶƵŵďĞƌŽĨŵĂƌŬĞƌƐǁŝƚŚƉŽƚĞŶƟĂůĨŽƌƚƌĞĂƚŵĞŶƚƉƌĞĚŝĐƟŽŶ͘hŵĂƌ et R9 al ͘ϭϵ ŚĂǀĞƌĞĐĞŶƚůLJŝĚĞŶƟĮĞĚĂƉƌŽƚĞŝŶƉƌŽĮůĞŝŶŵŝĐƌŽĚŝƐƐĞĐƚĞĚďƌĞĂƐƚƚƵŵŽƌĐĞůůƐƉƵƚĂƟǀĞůLJ R10 ƉƌĞĚŝĐƟǀĞĨŽƌƚŚĞĞĸĐĂĐLJŽĨƚĂŵŽdžŝĨĞŶ͘DŽƌĞŽǀĞƌ͕ƚŚĞĚŝīĞƌĞŶƟĂůƵƉͲƌĞŐƵůĂƟŽŶĂŶĚĂĐƟǀŝƚLJ R11 ŽĨĂŶƵŵďĞƌŽĨŬŝŶĂƐĞƐĂĐƌŽƐƐĂƉĂŶĞůŽĨďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌĐĞůůůŝŶĞƐĐŽƌƌĞůĂƚĞĚǁŝƚŚĚŝīĞƌĞŶƟĂů R12 ƌĞƐƉŽŶƐŝǀĞŶĞƐƐƚŽƐŵĂůůŵŽůĞĐƵůĞŝŶŚŝďŝƚŽƌƐŝŶƚŚĞƐĞĐĂŶĐĞƌĐĞůůůŝŶĞƐ ϱϵ ͘ R13 R14 Concluding remarks R15 KƵƌ ƐƚƵĚLJ ĚĞŵŽŶƐƚƌĂƚĞƐ ƚŚĂƚ ŝŶͲĚĞƉƚŚ ŚŝŐŚ ƌĞƐŽůƵƟŽŶ ƉƌŽƚĞŽŵŝĐƐ ŽĨ ƚƵŵŽƌ ƟƐƐƵĞ ĨƌŽŵ R16 ĚŝīĞƌĞŶƚŵŽƵƐĞŵŽĚĞůƐŝƐĂƐƵĐĐĞƐƐĨƵůƐƚƌĂƚĞŐLJƚŽĚŝƐĐŽǀĞƌĐĂŶĚŝĚĂƚĞƉƌŽƚĞŝŶďŝŽŵĂƌŬĞƌƐ R17 ǁŝƚŚ ƐĐƌĞĞŶŝŶŐ͕ ƉƌŽŐŶŽƐƟĐ ĂŶĚ ƉŽƐƐŝďůLJ ĂůƐŽ ƉƌĞĚŝĐƟǀĞ ƉŽƚĞŶƟĂů ĨŽƌ ŚƵŵĂŶ Zϭ ĂŶĚ R18 ŚŽŵŽůŽŐLJͲĚŝƌĞĐƚĞĚ ĚŽƵďůĞͲƐƚƌĂŶĚ ďƌĞĂŬ ƌĞƉĂŝƌͲĚĞĮĐŝĞŶƚ ďƌĞĂƐƚ ƚƵŵŽƌƐ͘ dŚĞ ƉƌŽƚĞŝŶƐ ƵƉͲ R19 ƌĞŐƵůĂƚĞĚŝŶŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐĨƌŽŵŵŽƵƐĞŵŽĚĞůƐǁŝƚŚĂĚĞĮĐŝĞŶĐLJŝŶZϭĂƌĞĞŶƌŝĐŚĞĚ R20 ŝŶEƌĞƉĂŝƌ;ͲĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚͿƉƌŽƚĞŝŶƐ͕ǁŚŝĐŚƉŽŝŶƚƐƚŽǁĂƌĚƐĂƉŽƚĞŶƟĂůƌĞƐĐƵĞŵĞĐŚĂŶŝƐŵ R21 ĨŽƌƚŚĞůŽƐƐŽĨŚŽŵŽůŽŐLJͲĚŝƌĞĐƚĞĚEƌĞƉĂŝƌ͘/ŶĂĚĚŝƟŽŶ͕ĂƉĂƚŚǁĂLJŝŶĐŽŶũƵŶĐƟŽŶǁŝƚŚ R22 ƉƌŽƚĞŝŶĐŽŵƉůĞdžĂŶĂůLJƐŝƐŚĂƐƉƌŽǀĞŶƚŽďĞĂƉƌŽŵŝƐŝŶŐƐƚƌĂƚĞŐLJƚŽĐŽŶƐƚƌƵĐƚĂƐŝŐŶĂƚƵƌĞ R23 ƚŚĂƚ ŚĂƐ ĚŝĂŐŶŽƐƟĐ ĂŶĚ ƉƌŽŐŶŽƐƟĐ ƉŽƚĞŶƟĂů ĂĐƌŽƐƐ ŵƵůƟƉůĞ ŚƵŵĂŶ ďƌĞĂƐƚ ĐĂŶĐĞƌ ŐĞŶĞ R24 ĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶ ĚĂƚĂ ƐĞƚƐ͘ dŚŝƐ ƐŝŐŶĂƚƵƌĞ ƐŚŽǁƐ ƐƉĞĐŝĮĐŝƚLJ ĨŽƌ Zϭ ĂŶĚ ŚŽŵŽůŽŐLJͲĚŝƌĞĐƚĞĚ R25 EƌĞƉĂŝƌĚĞĮĐŝĞŶĐLJĂŶĚŚĂƐŚŝŐŚƉƌŽŐŶŽƐƟĐƉŽƚĞŶƟĂůŝŶďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌĚĂƚĂƐĞƚƐĞŶƌŝĐŚĞĚ R26 ǁŝƚŚŚŽŵŽůŽŐLJͲĚŝƌĞĐƚĞĚƌĞƉĂŝƌͲĚĞĮĐŝĞŶƚƚƵŵŽƌƐ͘^ĞǀĞƌĂůƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚEƌĞƉĂŝƌƉƌŽƚĞŝŶƐ R27 ǁŝƚŚŝŶƚŚŝƐƐŝŐŶĂƚƵƌĞŚĂǀĞďĞĞŶƐŚŽǁŶƚŽďĞĚƌƵŐƚĂƌŐĞƚƐŝŶŚŽŵŽůŽŐLJͲĚŝƌĞĐƚĞĚEƌĞƉĂŝƌͲ R28 ĚĞĮĐŝĞŶƚƚƵŵŽƌƐ͕ƐƵŐŐĞƐƟŶŐƚŚĂƚƚŚĞLJŵĂLJŚĂǀĞƉƌĞĚŝĐƟǀĞƉŽǁĞƌĨŽƌƚĂŝůŽƌĞĚƚŚĞƌĂƉŝĞƐ͘ R29 ĞĐĂƵƐĞ ŵƵůƟƉůĞ ĚƌƵŐ ƚĂƌŐĞƚƐ ĂƌĞ ƵƉͲƌĞŐƵůĂƚĞĚ͕ ƚŚĞƐĞ ƚƵŵŽƌƐ ŵŝŐŚƚ ĂůƐŽ ďĞŶĞĮƚ ĨƌŽŵ R30 ĐŽŵďŝŶĂƟŽŶƚŚĞƌĂƉLJ͘ R31 &ŝŶĂůůLJ͕ ǁĞ ƉŽŝŶƚ ŽƵƚ ƚŚĂƚ ƚŚĞ Zϭ ĚĞĮĐŝĞŶĐLJ ƚƌĂŶƐĐƌŝƉƚŽŵĞ ƐŝŐŶĂƚƵƌĞ ƚŚĂƚ ǁĞ R32 ŽďƚĂŝŶĞĚďLJŵĂƉƉŝŶŐŵŽƵƐĞZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJͲĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚďƌĞĂƐƚƚƵŵŽƌƉƌŽƚĞŝŶƐŝƐŶŽǀĞů R33 ĂŶĚĐŽƵůĚŶŽƚďĞŽďƚĂŝŶĞĚďLJƵƐŝŶŐƚŚĞƉƵďůŝƐŚĞĚŵŽƵƐĞƚƌĂŶƐĐƌŝƉƚŽŵĞĚĂƚĂ 24 ĂƐĂƐƚĂƌƟŶŐ R34 ƉŽŝŶƚ͘dŽĚĂƚĞ͕ƚŚĞƌĞŝƐŽŶůLJŽŶĞZŶĞƐƐŐĞŶĞĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶƐŝŐŶĂƚƵƌĞƌĞƉŽƌƚĞĚĨŽƌŽǀĂƌŝĂŶ R35 ĐĂŶĐĞƌ ϲϬ ͘,ŽǁĞǀĞƌ͕ƚŚŝƐƐŝŐŶĂƚƵƌĞǁĂƐĚĞǀĞůŽƉĞĚƵƐŝŶŐĂƉƵďůŝĐůLJĂǀĂŝůĂďůĞŽǀĂƌŝƵŵĐĂŶĐĞƌ R36 ƚƌĂŶƐĐƌŝƉƚŽŵŝĐƐĚĂƚĂƐĞƚĂŶĚǁŝƚŚĂƉŝůŽƚƐƚƵĚLJĨŽƌƉƌĞĚŝĐƟǀĞŶĞƐƐďĂƐĞĚŽŶŽŶůLJϭϬZ R37 ŵƵƚĂƚĞĚͬƌĞǀĞƌƚĞĚƐĂŵƉůĞƐŽƌŝŐŝŶĂƟŶŐĨƌŽŵϲƉĂƟĞŶƚƐĂŶĚƚŚŝƐƐŝŐŶĂƚƵƌĞǁĂƐŶŽƚĞdžƚĞƌŶĂůůLJ R38 R39

ϱϱ Chapter 2

R1 ĞǀĂůƵĂƚĞĚ ŝŶ ŵƵůƟƉůĞ ůĂƌŐĞ ;ZϭͬϮͲĚĞĮĐŝĞŶƚͿ ďƌĞĂƐƚ ĐĂŶĐĞƌ ĚĂƚĂ ƐĞƚƐ͘ dŽŐĞƚŚĞƌ͕ ƚŚĞƐĞ R2 ƌĞƐƵůƚƐƵŶĚĞƌƐĐŽƌĞƚŚĞŶŽǀĞůƚLJŽĨŽƵƌZŶĞƐƐƚƌĂŶƐĐƌŝƉƚŽŵĞƐŝŐŶĂƚƵƌĞƚŚĂƚǁĞŽďƚĂŝŶĞĚ R3 ďLJŵĂƉƉŝŶŐŵŽƵƐĞZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJͲĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚďƌĞĂƐƚƚƵŵŽƌƉƌŽƚĞŝŶƐ͘ R4 &ƵƚƵƌĞƐƚƵĚŝĞƐƐŚŽƵůĚĂĚĚƌĞƐƐƚŚĞǀĂůƵĞŽĨŽƵƌZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƐŝŐŶĂƚƵƌĞďŽƚŚĂƚƚŚĞ R5 ƚƌĂŶƐĐƌŝƉƚŽŵĞ ĂŶĚ ƉƌŽƚĞŽŵĞ ůĞǀĞů ĨŽƌ ƉĂƟĞŶƚ ƐĞůĞĐƟŽŶ ĨŽƌ ƚƌĞĂƚŵĞŶƚ ŝŶ ďƌĞĂƐƚ ĐĂŶĐĞƌ R6 ĂŶĚŽƚŚĞƌƚƵŵŽƌƐƚLJƉĞƐǁŝƚŚƉŽƚĞŶƟĂůŚŽŵŽůŽŐLJƌĞƉĂŝƌĚĞĮĐŝĞŶĐŝĞƐ͘tŝƚŚƚŚĞĂĚǀĞŶƚŽĨ R7 ƚĂƌŐĞƚĞĚŵĂƐƐƐƉĞĐƚƌŽŵĞƚƌLJŵĞƚŚŽĚƐůŝŬĞ^ZDͲD^͕ƚŚĞƐŝŐŶĂƚƵƌĞƉƌŽƚĞŝŶƐŵĂLJďĞĂŶĂůLJnjĞĚ R8 ŝŶƉƌĞƚƌĞĂƚŵĞŶƚďŝŽƉƐŝĞƐŝŶŽŶĞŵƵůƟƉůĞdžĂŶĂůLJƐŝƐ͕ǁŝƚŚŽƵƚƚŚĞŶĞĞĚĨŽƌĂŶƟďŽĚŝĞƐ͘dĂƌŐĞƚĞĚ R9 ŵƵůƟƉůĞdžĂŶĂůLJƐŝƐŝŶĂƐƉŝƌĂƚĞŇƵŝĚĂŶĚƉůĂƐŵĂŵĂLJŚŝŐŚůŝŐŚƚƚŚĞŝƌƉŽƚĞŶƟĂůƵƐĞĨŽƌŶŽŶͲ R10 ŝŶǀĂƐŝǀĞƚĞƐƟŶŐ͘ R11 R12 METHODS R13 R14 Materials R15 ůů ĐŚĞŵŝĐĂůƐ͕ ƵŶůĞƐƐ ŽƚŚĞƌǁŝƐĞ ƐƉĞĐŝĮĞĚ͕ ǁĞƌĞ ŽďƚĂŝŶĞĚ ĨƌŽŵ ^ŝŐŵĂ ;^ŝŐŵĂ ůĚƌŝĐŚ͕ R16 ǁŝũŶĚƌĞĐŚƚ͕dŚĞEĞƚŚĞƌůĂŶĚƐͿ͘,W>ƐŽůǀĞŶƚƐ͕>ͲD^ŐƌĂĚĞǁĂƚĞƌ͕ĂĐĞƚŽŶŝƚƌŝůĞĂŶĚĨŽƌŵŝĐ R17 ĂĐŝĚ͕ǁĞƌĞŽďƚĂŝŶĞĚĨƌŽŵŝŽƐŽůǀĞ;ŝŽƐŽůǀĞ͘s͕͘sĂůŬĞŶƐǁĂĂƌĚ͕dŚĞEĞƚŚĞƌůĂŶĚƐͿ͘WŽƌĐŝŶĞ R18 ƐĞƋƵĞŶĐĞͲŐƌĂĚĞ ŵŽĚŝĮĞĚ ƚƌLJƉƐŝŶ ǁĂƐ ŽďƚĂŝŶĞĚ ĨƌŽŵ WƌŽŵĞŐĂ ;WƌŽŵĞŐĂ ĞŶĞůƵdž ͘s͕͘ R19 >ĞŝĚĞŶ͕dŚĞEĞƚŚĞƌůĂŶĚƐͿ͘ R20 R21 Mouse strains and tumors R22 'ĞŶĞƌĂƟŽŶ ŽĨ ĐŽŶĚŝƟŽŶĂů ŵƵƚĂŶƚƐ ĂŶĚ <ϭϰ cre  ƚƌĂŶƐŐĞŶŝĐ ŵŝĐĞ ŚĂƐ ďĞĞŶ ĚĞƐĐƌŝďĞĚ R23 ƉƌĞǀŝŽƵƐůLJ Ϯϰ͖Ϯϱ ͘ůůĂŶŝŵĂůĞdžƉĞƌŝŵĞŶƚƐǁĞƌĞĂƉƉƌŽǀĞĚďLJƚŚĞŶŝŵĂůƚŚŝĐƐŽŵŵŝƩĞĞŽĨ R24 ƚŚĞEĞƚŚĞƌůĂŶĚƐĂŶĐĞƌ/ŶƐƟƚƵƚĞ;EϭdžƌĞĚƵĐŝŶŐ R30 ƐŽĚŝƵŵĚŽĚĞĐLJůƐƵůĨĂƚĞ;^^ͿƐĂŵƉůĞďƵīĞƌ;ĐŽŶƚĂŝŶŝŶŐϲϮ͘ϱŵDdƌŝƐͲ,ů͕Ϯйǁͬǀ^^͕ R31 ϭϬйǀͬǀŐůLJĐĞƌŽů͕ĂŶĚϬ͘ϬϬϮϱйďƌŽŵŽƉŚĞŶŽůďůƵĞ͕ϭϬϬŵDdd͕Ɖ,ϲ͘ϴͿƵƐŝŶŐĂWĞůůĞƚ R32 WĞƐƚůĞƐŵŝĐƌŽŐƌŝŶĚĞƌƐLJƐƚĞŵ;<ŽŶƚĞƐŐůĂƐƐǁĂƌĞ͕sŝŶĞůĂŶĚ͕E:Ϳ͘^ƵďƐĞƋƵĞŶƚůLJƚŚĞƉƌŽƚĞŝŶƐ R33 ǁĞƌĞ ĚĞŶĂƚƵƌĞĚ ďLJ ŚĞĂƟŶŐ Ăƚ ϭϬϬ Σ ĨŽƌ ϭϬ ŵŝŶ͘ ŶLJ ŝŶƐŽůƵďůĞ ĚĞďƌŝƐ ǁĂƐ ƌĞŵŽǀĞĚ ďLJ R34 ĐĞŶƚƌŝĨƵŐŝŶŐĨŽƌϭϱŵŝŶĂƚŵĂdžŝŵƵŵƐƉĞĞĚ;ϭϲ͘ϭƌĐĨͿŝŶĂďĞŶĐŚƚŽƉĐĞŶƚƌŝĨƵŐĞ͘ R35 dŚĞ ƉƌŽƚĞŝŶƐ ǁĞƌĞ ĨƌĂĐƟŽŶĂƚĞĚ ƵƐŝŶŐ ŽŶĞͲĚŝŵĞŶƐŝŽŶĂů ^^ͲƉŽůLJĂĐƌLJůĂŵŝĚĞ ŐĞů R36 ĞůĞĐƚƌŽƉŚŽƌĞƐŝƐ;^^ͲW'Ϳ͘Ϯϱђ>ŽĨĞĂĐŚŚŽŵŽŐĞŶŝnjĞĚƐĂŵƉůĞ;ĐŽŶƚĂŝŶŝŶŐĂďŽƵƚϱϬђŐ R37 ƉƌŽƚĞŝŶͿǁĂƐůŽĂĚĞĚŽŶĂǁĞůůŽĨĂƉƌĞͲĐĂƐƚEƵW'ϰʹϭϮйǁͬǀŝƐͲdƌŝƐϭ͘ϱͲŵŵŵŝŶŝŐĞů R38 ;/ŶǀŝƚƌŽŐĞŶͿ͘dŚĞƐƚĂĐŬŝŶŐŐĞůĐŽŶƚĂŝŶĞĚϰйǁͬǀĂĐƌLJůĂŵŝĚĞͬŝƐͲdƌŝƐ͘ůĞĐƚƌŽƉŚŽƌĞƐŝƐǁĂƐ R39

ϱϲ WƌŽƚĞŽŵŝĐƐŽĨZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚĂŶĚͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐ

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ϱϳ Chapter 2

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ϱϵ Chapter 2

R1 ŽĨĂůůƉƌŽƚĞŝŶƐǁŝƚŚŝŶĂƐĂŵƉůĞ͘dŚŝƐŶƵŵďĞƌǁĂƐŵƵůƟƉůŝĞĚǁŝƚŚĂĐŽŶƐƚĂŶƚĞƋƵĂůƚŽƚŚĞ R2 ĂǀĞƌĂŐĞŽĨƚŽƚĂůƐƉĞĐƚƌĂůĐŽƵŶƚƐŽĨĂůůƐĂŵƉůĞƐƚŽŽďƚĂŝŶĂŶŽƌŵĂůŝnjĞĚƐƉĞĐƚƌĂůĐŽƵŶƚǀĂůƵĞ R3 ŝŶ ƚŚĞ ƐĂŵĞ ƌĂŶŐĞ ĂƐ ƚŚĞ ŶŽŶͲŶŽƌŵĂůŝnjĞĚ ƐƉĞĐƚƌĂů ĐŽƵŶƚƐ͘ dŚĞ ďĞƚĂͲďŝŶŽŵŝĂů ƚĞƐƚ ϯϬ was R4 ĂƉƉůŝĞĚƚŽĮŶĚƉƌŽƚĞŝŶƐƚŚĂƚƐŚŽǁƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚĚŝīĞƌĞŶĐĞƐŝŶƐƉĞĐƚƌĂůĐŽƵŶƚŶƵŵďĞƌƐďĞƚǁĞĞŶ R5 ƚŚĞ ƚƵŵŽƌ ŐƌŽƵƉ ĂŶĚ ƚŚĞ ƌĞĨĞƌĞŶĐĞ ŐƌŽƵƉ͘ WƌŽƚĞŝŶƐ ǁŝƚŚ Ă p ǀĂůƵĞ ůĞƐƐ ƚŚĂŶ Ϭ͘Ϭϱ ǁĞƌĞ R6 ĚĞƐŝŐŶĂƚĞĚĂƐďĞŝŶŐƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚ͘,ŝĞƌĂƌĐŚŝĐĂůĐůƵƐƚĞƌŝŶŐǁĂƐĐĂƌƌŝĞĚŽƵƚƵƐŝŶŐZ͘&ŽƌĂŶĂůLJƐŝƐ R7 ŽĨƌĞƉƌŽĚƵĐŝďŝůŝƚLJ͕ǁĞĐĂůĐƵůĂƚĞĚƚŚĞĂǀĞƌĂŐĞĐŽĞĸĐŝĞŶƚŽĨǀĂƌŝĂƟŽŶ;sͿŽĨƚŚĞŶŽƌŵĂůŝnjĞĚ R8 ƐƉĞĐƚƌĂůĐŽƵŶƚƐĨƌŽŵŽǀĞƌůĂƉƉŝŶŐƉƌŽƚĞŝŶƐĨŽƌƚŚƌĞĞƚĞĐŚŶŝĐĂůƌĞƉůŝĐĂƚĞƐ͘ R9 ^ZDĚĂƚĂĂŶĂůLJƐŝƐ ʹdĞĐŚŶŝĐĂůƌĞƉůŝĐĂƚĞƐǁĞƌĞƌĞŵŽǀĞĚƵŶƟůsŽĨĂůůƚƌŝƉůŝĐĂƚĞĂŶĂůLJƐŝƐ R10 ǁĂƐфϮϬй͘^ƵďƐĞƋƵĞŶƚůLJ͕ŝŶĞĂĐŚƌĞŵĂŝŶŝŶŐĂŶĂůLJƐŝƐ͕ƚŚĞƌĂƟŽŽĨƚŚĞhŽĨdƌĂŶƐŝƟŽŶϭͬ R11 dƌĂŶƐŝƟŽŶϮ͕dƌĂŶƐŝƟŽŶϮͬdƌĂŶƐŝƟŽŶϯĂŶĚdƌĂŶƐŝƟŽŶϭͬdƌĂŶƐŝƟŽŶϯǁĂƐĐĂůĐƵůĂƚĞĚ͘dŚĞƚǁŽ R12 ƚƌĂŶƐŝƟŽŶƐƌĞƐƵůƟŶŐŝŶƚŚĞůŽǁĞƐƚsƉĞƌĐĞŶƚĂŐĞŽǀĞƌĂůůĂŶĂůLJƐĞƐǁĞƌĞƐĞůĞĐƚĞĚĨŽƌĨƵƌƚŚĞƌ R13 ĐĂůĐƵůĂƟŽŶƐ͖ƚŚĞƐƵŵŽĨƚŚĞhŽĨƚŚĞƐĞƚǁŽƚƌĂŶƐŝƟŽŶƐǁĂƐĚĞƚĞƌŵŝŶĞĚŝŶĞĂĐŚƐĂŵƉůĞ͕ R14 ĂŶĚĂĨŽůĚĐŚĂŶŐĞĨŽƌĞĂĐŚƉĞƉƟĚĞďĞƚǁĞĞŶƚŚĞŐƌŽƵƉƐǁĂƐĚĞƚĞƌŵŝŶĞĚďLJƚŚĞƌĂƟŽŽĨƚŚĞ R15 ƐƵŵŵĞĚhŝŶĞĂĐŚŐƌŽƵƉ͘dŚĞĂǀĞƌĂŐĞŽĨƚŚĞĨŽůĚĐŚĂŶŐĞƐŽĨƉĞƉƟĚĞƐďĞůŽŶŐŝŶŐƚŽŽŶĞ R16 ƉƌŽƚĞŝŶǁĂƐĚĞƚĞƌŵŝŶĞĚĨŽƌĞĂĐŚƉƌŽƚĞŝŶ͘tŚĞŶƚŚĞsƉĞƌĐĞŶƚĂŐĞŽĨƚŚĞĂǀĞƌĂŐĞŽĨƚŚĞĨŽůĚ R17 ĐŚĂŶŐĞƐŽĨƚŚĞƉĞƉƟĚĞƐŽĨŽŶĞƉƌŽƚĞŝŶǁĂƐхϭϬй͕ƚŚĞƚƌĂŶƐŝƟŽŶƐŽĨƚŚĞƐĞƉĞƉƟĚĞƐǁĞƌĞ R18 ǀŝƐƵĂůůLJŝŶƐƉĞĐƚĞĚĂŶĚĞdžĐůƵĚĞĚǁŚĞŶĐŽͲĞůƵƟŶŐĨĂůƐĞƉŽƐŝƟǀĞƌĞƐƉŽŶƐĞƐǁĞƌĞŽďƐĞƌǀĞĚ R19 ƚŚĂƚŚĂĚŶŽƚďĞĞŶĚĞƚĞĐƚĞĚďLJDƵůƟƋƵĂŶƚƐŵŽŽƚŚŝŶŐĂŶĚƉĞĂŬƐƉůŝƫŶŐĂůŐŽƌŝƚŚŵƐŽƌŝŶͲ R20 ŚŽƵƐĞĚĞǀĞůŽƉĞĚZͲƐĐƌŝƉƚƉƌŽĐĞƐƐŝŶŐ͘dŚĞĐĂůĐƵůĂƚĞĚůĞǀĞůƐĨŽƌĞĂĐŚĂƉƉƌŽǀĞĚƉĞƉƟĚĞǁĞƌĞ R21 ŶŽƌŵĂůŝƐĞĚŽŶƚŚĞůĞǀĞůŽĨdƵďĂϭďŝŶĞĂĐŚƐĂŵƉůĞ͘ R22 WĂƚŚǁĂLJ ĂŶĂůLJƐŝƐ ʹ dŚĞ ůŝƐƚ ŽĨ ŝĚĞŶƟĮĞĚ ƉƌŽƚĞŝŶƐ ǁĂƐ ƵƉůŽĂĚĞĚ ŝŶƚŽ ƚŚĞ /ŶŐĞŶƵŝƚLJ R23 WĂƚŚǁĂLJƐŶĂůLJƐŝƐ;/WͿƐŽŌǁĂƌĞ;/ŶŐĞŶƵŝƚLJ^LJƐƚĞŵƐ͕ZĞĚǁŽŽĚŝƚLJ͕ͿĂƐĂƚĂďͲĚĞůŝŵŝƚĞĚ R24 ƚĞdžƚ ĮůĞ ĐŽŶƚĂŝŶŝŶŐ /W/ ĂĐĐĞƐƐŝŽŶ ŶƵŵďĞƌƐ͕ p ǀĂůƵĞƐ͕ ĂŶĚ ĨŽůĚ ĐŚĂŶŐĞƐ ĐĂůĐƵůĂƚĞĚ ǁŝƚŚ Ă R25 ĐŽƌƌĞĐƟŽŶĨĂĐƚŽƌ;ĂĚĚŝŶŐϬ͘ϱƚŽƚŚĞƐƉĞĐƚƌĂůĐŽƵŶƚƐŽĨĂůůƉƌŽƚĞŝŶƐďĞĨŽƌĞŶŽƌŵĂůŝnjĂƟŽŶͿ͘dŚĞ R26 ƉƌŽƚĞŝŶƐǁĞƌĞƵƉůŽĂĚĞĚĂŶĚŵĂƉƉĞĚƚŽƚŚĞĐŽƌƌĞƐƉŽŶĚŝŶŐ͞ŐĞŶĞŽďũĞĐƚƐ͟ŝŶƚŚĞ/ŶŐĞŶƵŝƚLJ R27 WĂƚŚǁĂLJƐ ŬŶŽǁůĞĚŐĞ ďĂƐĞ͘ &ƵŶĐƟŽŶĂů ĂŶĂůLJƐŝƐ ǁĂƐ ƉĞƌĨŽƌŵĞĚ ƚŽ ŝĚĞŶƟĨLJ ƚŚĞ ŚŝŐŚ ůĞǀĞů R28 ďŝŽůŽŐŝĐĂůĨƵŶĐƟŽŶƐƚŚĂƚǁĞƌĞŵŽƐƚƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚůLJĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚƚŽƚŚĞĚŝīĞƌĞŶƟĂůůLJƌĞŐƵůĂƚĞĚ R29 ƉƌŽƚĞŝŶƐŝŶƚŚĞĚĂƚĂƐĞƚ͘^ŝŐŶŝĮĐĂŶƚůLJƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐǁŝƚŚŝŶƚŚĞŚŝŐŚůĞǀĞůĨƵŶĐƟŽŶƐĂƌĞ R30 ĚŝƐƉůĂLJĞĚŐƌĂƉŚŝĐĂůůLJĂƐŶŽĚĞƐ;ƉƌŽƚĞŝŶƐͬŐĞŶĞŽďũĞĐƚƐͿĂŶĚĞĚŐĞƐ;ƚŚĞďŝŽůŽŐŝĐĂůƌĞůĂƟŽŶƐŚŝƉƐ R31 ďĞƚǁĞĞŶƚŚĞŶŽĚĞƐͿ͘ůůĞĚŐĞƐĂƌĞƐƵƉƉŽƌƚĞĚďLJĂƚůĞĂƐƚŽŶĞƌĞĨĞƌĞŶĐĞĨƌŽŵƚŚĞůŝƚĞƌĂƚƵƌĞ͕ R32 ƚĞdžƚŬ Žƌ ĐĂŶŽŶŝĐĂů ŝŶĨŽƌŵĂƟŽŶ ƐƚŽƌĞĚ ŝŶ ƚŚĞ /ŶŐĞŶƵŝƚLJ ŬŶŽǁůĞĚŐĞ ďĂƐĞ͘ /ŶŐĞŶƵŝƚLJ R33 WĂƚŚǁĂLJƐŶĂůLJƐŝƐĐŽŵƉƵƚĞƐŽŶĞŽƌŵŽƌĞ p ǀĂůƵĞƐĨŽƌĞĂĐŚƐƉĞĐŝĮĐĨƵŶĐƟŽŶǁŝƚŚŝŶĂŚŝŐŚ R34 ůĞǀĞůĨƵŶĐƟŽŶĂĐĐŽƌĚŝŶŐƚŽƚŚĞĮƚŽĨƚŚĞƵƐĞƌ͛ƐƐĞƚŽĨƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚƉƌŽƚĞŝŶƐ͘dŚĞƐŝŐŶŝĮĐĂŶĐĞŽĨ R35 ĨƵŶĐƟŽŶĂůĞŶƌŝĐŚŵĞŶƚŝƐĐŽŵƉƵƚĞĚďLJĂ&ŝƐŚĞƌ͛ƐĞdžĂĐƚƚĞƐƚ͘&ŝŶĂůůLJ͕ƚŚĞWĂƚŚĞƐŝŐŶĞƌĨĞĂƚƵƌĞ R36 ǁĂƐƵƐĞĚƚŽĐƌĞĂƚĞŐƌĂƉŚŝĐĂůůLJƌŝĐŚŶĞƚǁŽƌŬŝŵĂŐĞƐ͘/ŶĂĚĚŝƟŽŶ͕ǁĞƵƐĞĚƚŚĞK&KƚŽŽů R37 ĨŽƌƚŚĞŵĂƉƉŝŶŐŽĨƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚůLJĚŝīĞƌĞŶƟĂůůLJƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐƚŽƉƌŽƚĞŝŶĐŽŵƉůĞdžĞƐ ϯϮ ͘dŚĞ R38 ŽďƚĂŝŶĞĚĐŽŵƉůĞdžĞƐǁĞƌĞĨƵƌƚŚĞƌǀŝƐƵĂůŝnjĞĚƵƐŝŶŐ^dZ/E' ϯϯ ĂŶĚLJƚŽƐĐĂƉĞ͕ƌĞƐƉĞĐƟǀĞůLJ͘ R39

ϲϬ WƌŽƚĞŽŵŝĐƐŽĨZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚĂŶĚͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐ

Human gene expression data sets R1 dŽĞdžƉůŽƌĞƚŚĞĚŝĂŐŶŽƐƟĐĂŶĚƉƌŽŐŶŽƐƟĐǀĂůƵĞŽĨƚŚĞƉƌŽƚĞŝŶĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶĚĂƚĂĨƌŽŵƚŚĞŵŽƵƐĞ R2 ŵŽĚĞůƐ͕ǁĞŵĂĚĞƵƐĞŽĨƉƵďůŝĐůLJĂǀĂŝůĂďůĞŚƵŵĂŶŐĞŶĞĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶĚĂƚĂƐĞƚƐ͘dŽŵĂƉƚŚĞƵƉͲ R3 ƌĞŐƵůĂƚĞĚŵŽƵƐĞZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJƉƌŽƚĞŝŶƐƚŽƉƵďůŝĐĚĂƚĂƐĞƚƐŽĨŚƵŵĂŶĂƌƌĂLJƐ͕ǁĞĮƌƐƚ R4 ŵĂƚĐŚĞĚŵŽƵƐĞŐĞŶĞƐLJŵďŽůƐƚŽŚƵŵĂŶŐĞŶĞƐLJŵďŽůƐƵƐŝŶŐƚŚĞŝŽDĂƌƚǁĞďƐŝƚĞ;ŚƩƉ͗ͬͬ R5 ǁǁǁ͘ďŝŽŵĂƌƚ͘ŽƌŐͿ͘tĞƵƐĞĚůĂLJŽƵƚĚŽĐƵŵĞŶƚĂƟŽŶĮůĞƐĨŽƌƚŚĞǀĂƌŝŽƵƐŵŝĐƌŽĂƌƌĂLJƉůĂƞŽƌŵƐ 2 R6 ĨƌŽŵ'ĞŶĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶKŵŶŝďƵƐ;ŚƩƉ͗ͬͬǁǁǁ͘ŶĐďŝ͘Ŷůŵ͘ŶŝŚ͘ŐŽǀͬŐĞŽͿ͕D/DdžƉƌĞƐƐ;ŚƩƉ͗ͬͬ R7 ǁǁǁ͘Ğďŝ͘ĂĐ͘ƵŬͬŵŝĂŵĞdžƉƌĞƐƐͬͿŽƌZŽƐĞƩĂ/ŶƉŚĂƌŵĂƟĐƐ;ŚƩƉ͗ͬͬǁǁǁ͘ƌŝŝ͘ĐŽŵͬƉƵďůŝĐĂƟŽŶƐͬ R8 ĚĞĨĂƵůƚ͘ŚƚŵůͬͿ ƚŽ ƌĞƚƌŝĞǀĞ ƚŚĞ ŵĂƚĐŚŝŶŐ ŐĞŶĞ ƐLJŵďŽůƐ ŽŶ ĞĂĐŚ ƉůĂƞŽƌŵ͘ dŚĞ ĨŽůůŽǁŝŶŐ R9 ŚƵŵĂŶďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌĚĂƚĂƐĞƚƐǁĞƌĞƵƐĞĚ͗;ŝͿsĂŶĚĞsŝũǀĞƌĚĂƚĂƐĞƚ ϭϮ ͘ǀĂůŝĚĂƟŽŶƐƚƵĚLJ R10 ŽĨ Ă ƉƌŽŐŶŽƐƟĐ ŐĞŶĞ ĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶ ƐŝŐŶĂƚƵƌĞ ;DĂŵŵĂWƌŝŶƚΠͿ͕ ǁŚŝĐŚ ŝŶĐůƵĚĞĚ Ϯϵϱ LJŽƵŶŐ R11 ƉĂƟĞŶƚƐǁŝƚŚĞĂƌůLJƐƚĂŐĞďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ͕ŽĨǁŚŝĐŚϭϱϭǁĞƌĞůLJŵƉŚŶŽĚĞŶĞŐĂƟǀĞ͕ϮϮϲǁĞƌĞ R12 ĞƐƚƌŽŐĞŶƌĞĐĞƉƚŽƌͲƉŽƐŝƟǀĞ͕ĂŶĚϭϭϬŚĂĚƌĞĐĞŝǀĞĚĂĚũƵǀĂŶƚĐŚĞŵŽƚŚĞƌĂƉLJ͘tĞǁĞƌĞĂůƐŽ R13 ĂďůĞƚŽƌĞƚƌŝĞǀĞƉϱϯŵƵƚĂƟŽŶĂůƐƚĂƚƵƐĨŽƌϮϬϰƚƵŵŽƌƐŝŶƚŚŝƐĚĂƚĂƐĞƚ;ĚĂƚĂŶŽƚƐŚŽǁŶͿ͘;ŝŝͿ R14 sĂŶ͛ƚsĞĞƌĚĂƚĂƐĞƚ 1͘/ŶƚŚŝƐĚŝƐĐŽǀĞƌLJƐƚƵĚLJĨŽƌĂƉƌŽŐŶŽƐƟĐƐŝŐŶĂƚƵƌĞ;DĂŵŵĂWƌŝŶƚΠͿ͕ƚŚĞ R15 ĂƵƚŚŽƌƐĂůƐŽĂŶĂůLJnjĞĚϭϴZϭĂŶĚϮZϮƐĂŵƉůĞƐŽŶƚŚĞƐĂŵĞƉůĂƞŽƌŵƵƐĞĚĨŽƌƚŚĞ R16 sĂŶĚĞsŝũǀĞƌĚĂƚĂƐĞƚ ϭϮ ͘;ŝŝŝͿͲhKEͲϭĚĂƚĂƐĞƚ ϭϬ ;ƐƵďƐĞƋƵĞŶƚůLJƌĞĨĞƌƌĞĚƚŽĂƐƚŚĞEĂĚĞƌŝ R17 ĚĂƚĂƐĞƚͿ͘dŚŝƐĚĂƚĂƐĞƚǁĂƐƵƐĞĚĨŽƌĚŝƐĐŽǀĞƌLJŽĨĂƉƌŽŐŶŽƐŝƐƉƌŽĮůĞŝŶĂƐĞƚŽĨǁŽŵĞŶǁŝƚŚ R18 ĞĂƌůLJƐƚĂŐĞďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌƌĞƉƌĞƐĞŶƚĂƟǀĞŽĨďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌĚĞŵŽŐƌĂƉŚŝĐƐ͘KĨƚŚĞϭϯϮďƌĞĂƐƚ R19 ĐĂŶĐĞƌƟƐƐƵĞƐ͕ǁĞƵƐĞĚĂƐƵďƐĞƚŽĨϭϮϬƉĂƟĞŶƚƐĨŽƌƐƵƌǀŝǀĂůĂŶĂůLJƐŝƐƚŚĂƚŚĂĚƚŚĞƐĂŵĞ R20 ŽƌŝĞŶƚĂƟŽŶŝŶĚLJĞůĂďĞůŝŶŐĐŽŶĐĞƌŶŝŶŐƚŚĞƌĞĨĞƌĞŶĐĞĂŶĚƚƵŵŽƌƐĂŵƉůĞƐĂŶĚƚŚĂƚĂůƐŽŚĂĚ R21 ĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚƐƵƌǀŝǀĂůĚĂƚĂ͘;ŝǀͿ'^ϮϬϯϰĚĂƚĂƐĞƚ ϯϰ ;ƐƵďƐĞƋƵĞŶƚůLJƌĞĨĞƌƌĞĚƚŽĂƐtĂŶŐĚĂƚĂƐĞƚͿ͘ R22 dŚŝƐǁĂƐĂĚŝƐĐŽǀĞƌLJĂŶĚǀĂůŝĚĂƟŽŶĂŶĂůLJƐŝƐŽĨĂŐĞŶĞƐŝŐŶĂƚƵƌĞĨŽƌƚŚĞƉƌĞĚŝĐƟŽŶŽĨďƌĞĂƐƚ R23 ĐĂŶĐĞƌƉĂƟĞŶƚŽƵƚĐŽŵĞƐ͘/ƚĐŽŶƐŝƐƚƐŽĨϮϴϲůLJŵƉŚŶŽĚĞͲŶĞŐĂƟǀĞďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌƉĂƟĞŶƚƐǁŚŽ R24 ŶĞǀĞƌƌĞĐĞŝǀĞĚĂĚũƵǀĂŶƚĐŚĞŵŽƚŚĞƌĂƉLJĂŶĚŽĨǁŚŝĐŚϮϬϵǁĞƌĞĞƐƚƌŽŐĞŶƌĞĐĞƉƚŽƌͲƉŽƐŝƟǀĞ͘ R25 tĞ ůŽŐŐĞĚ ƚŚĞ ŶŽƌŵĂůŝnjĞĚ ŝŶƚĞŶƐŝƚLJ ǀĂůƵĞƐ ĂŶĚ ƉĞƌĨŽƌŵĞĚ njĞƌŽ ŵĞĂŶ ĂŶĚ ƵŶŝƚ ǀĂƌŝĂŶĐĞ R26 ŶŽƌŵĂůŝnjĂƟŽŶ͘;ǀͿ'^ϮϮϭϯϯĚĂƚĂƐĞƚ ϴ;ƐƵďƐĞƋƵĞŶƚůLJƌĞĨĞƌƌĞĚƚŽĂƐƚŚĞ:ƂŶƐƐŽŶĚĂƚĂƐĞƚͿ͘ R27 dŚŝƐĚŝƐĐŽǀĞƌLJĚĂƚĂƐĞƚĐŽŶƐŝƐƚƐŽĨϯϱϵďƌĞĂƐƚƚƵŵŽƌƐŝŶĐůƵĚŝŶŐϭϴϲĨĂŵŝůŝĂů͕ŽĨǁŚŝĐŚϮϮ R28 ǁĞƌĞZϭͲŵƵƚĂƚĞĚĂŶĚϯϮǁĞƌĞZϮŵƵƚĂƚĞĚ͘;ǀŝͿ'^ϭϵϭϳϳĚĂƚĂƐĞƚ ϭϰ ;ƐƵďƐĞƋƵĞŶƚůLJ R29 ƌĞĨĞƌƌĞĚƚŽĂƐƚŚĞtĂĚĚĞůůĚĂƚĂƐĞƚͿ͘dŚŝƐĚĂƚĂƐĞƚĐŽŶƚĂŝŶƐĨĂŵŝůŝĂůƚƵŵŽƌƐŽŶůLJ͘EŝŶĞƚĞĞŶ R30 ŚĂĚĂZϭŵƵƚĂƟŽŶ͕ϯϬŚĂĚĂZϮŵƵƚĂƟŽŶ͕ǁŚĞƌĞĂƐϮϱĚŝĚŶŽƚŚĂǀĞĂŶŝĚĞŶƟĮĂďůĞ R31 ŵƵƚĂƟŽŶ͘ KŶĞ ƚƵŵŽƌ ǁĂƐ ĞdžĐůƵĚĞĚ ĨƌŽŵ ĂŶĂůLJƐŝƐ ďĞĐĂƵƐĞ ŝƚ ŚĂĚ ƵŶŬŶŽǁŶ ŵƵƚĂƟŽŶĂů R32 ƐƚĂƚƵƐ͘&ŽƌĂůůĚĂƚĂƐĞƚƐ͕ǁĞƵƐĞĚƚŚĞŶŽƌŵĂůŝnjĞĚůŽŐƌĂƟŽƐŝŶƚŚĞĂŶĂůLJƐĞƐ͕ƵŶůĞƐƐƐƉĞĐŝĮĞĚ R33 ŽƚŚĞƌǁŝƐĞĂďŽǀĞ͘ R34 R35 ĞŶƚƌŽŝĚĐůĂƐƐŝĮĐĂƟŽŶĂŶĚƐƵƌǀŝǀĂůĂŶĂůLJƐŝƐ R36 tĞ ƵƐĞĚ Ă ŶĞĂƌĞƐƚ ĐĞŶƚƌŽŝĚ ĐůĂƐƐŝĮĞƌ ƚŽ ƚĞƐƚ ƚŚĞ ĚŝĂŐŶŽƐƟĐ ĂŶĚ ƉƌŽŐŶŽƐƟĐ ƉŽǁĞƌ ŽĨ R37 ƚŚĞ ŵĂƉƉĞĚ ƉƌŽƚĞŝŶͬŐĞŶĞ ƐŝŐŶĂƚƵƌĞ ŽŶ ƚŚĞ ƉƵďůŝĐ ŚƵŵĂŶ ŐĞŶĞ ĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶ ĚĂƚĂ ƐĞƚƐ ŝŶ R38 R39

ϲϭ Chapter 2

R1 ĐŽŵďŝŶĂƟŽŶǁŝƚŚůĞĂǀĞͲŽŶĞͲŽƵƚͲĐƌŽƐƐͲǀĂůŝĚĂƟŽŶ͘&ŝƌƐƚ͕ƚŚĞƐŝŐŶĂƚƵƌĞƉƌŽƚĞŝŶƐͬŐĞŶĞƐŝŶƚŚĞ R2 ǀĂůŝĚĂƟŽŶƐĞƚƐǁĞƌĞŝĚĞŶƟĮĞĚ͘tĞƵƐĞĚĂĐĞŶƚƌŽŝĚĐůĂƐƐŝĮĐĂƟŽŶƐĐŚĞŵĞƚŽĂƐƐĞƐƐZϭ R3 ĂŶĚŚŽŵŽůŽŐLJͲĚŝƌĞĐƚĞĚEƌĞƉĂŝƌĚĞĮĐŝĞŶĐLJ͕ǁŚĞƌĞďLJĐĞŶƚƌŽŝĚƐǁĞƌĞďƵŝůƚďLJƚĂŬŝŶŐƚŚĞ R4 ĂǀĞƌĂŐĞĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶǀĂůƵĞĨŽƌĞĂĐŚƐŝŐŶĂƚƵƌĞŐĞŶĞŝŶƚŚĞĚŝĂŐŶŽƐƟĐŐƌŽƵƉƐ͕ĞdžĐůƵĚŝŶŐƚŚĞ R5 ůĞĂǀĞͲŽƵƚ ƐĂŵƉůĞ͘ dŚĞ ůĞĂǀĞͲŽƵƚ ƐĂŵƉůĞƐ ǁĞƌĞ ƚŚĞŶ ĐůĂƐƐŝĮĞĚ ŝŶƚŽ ĚŝīĞƌĞŶƚ ĚŝĂŐŶŽƐƟĐ R6 ŐƌŽƵƉƐƵƐŝŶŐƚŚĞŶĞĂƌĞƐƚĐŽƌƌĞůĂƟŽŶĐƌŝƚĞƌŝŽŶ͘&ŽƌĐůĂƐƐŝĮĐĂƟŽŶǁŝƚŚĂĐĞŶƚƌŽŝĚŽŶĞdžƚĞƌŶĂů R7 ĚĂƚĂ ƐĞƚƐ͕ ŐĞŶĞƐ ǁĞƌĞ ĐŽůůĂƉƐĞĚ ďLJ ƚĂŬŝŶŐ ƚŚĞ ŵĞĚŝĂŶ ĂĐƌŽƐƐ Ăůů ƉƌŽďĞƐ͘ dŚŝƐ ĐĞŶƚƌŽŝĚ R8 ĐůĂƐƐŝĮĐĂƟŽŶƐĐŚĞŵĞǁĂƐĂůƐŽƵƐĞĚĨŽƌĐůĂƐƐŝĮĐĂƟŽŶƐŝŶƚŚĞ<ĂƉůĂŶͲDĞŝĞƌƐƵƌǀŝǀĂůĂŶĂůLJƐŝƐ͘ R9 /ŶĂůůĚĂƚĂƐĞƚƐ͕ƉĂƟĞŶƚƐǁŚŽƐƵƌǀŝǀĞĚϱLJĞĂƌƐŽƌŵŽƌĞĐŽŶƐƟƚƵƚĞĚƚŚĞŐŽŽĚƉƌŽŐŶŽƐŝƐŐƌŽƵƉ R10 ;ĐĞŶƚƌŽŝĚͿ͕ǁŚŝůĞƉĂƟĞŶƚƐǁŚŽƐƵƌǀŝǀĞĚůĞƐƐƚŚĞŶϱLJĞĂƌƐǁĞƌĞƵƐĞĚĨŽƌƚŚĞƉŽŽƌƉƌŽŐŶŽƐŝƐ R11 ŐƌŽƵƉ;ĐĞŶƚƌŽŝĚͿ ϭϬ͖ϭϮ͖ϯϰ ͘dŚĞĂǀĞƌĂŐĞĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶǀĂůƵĞĨŽƌĞĂĐŚƐŝŐŶĂƚƵƌĞŐĞŶĞŝŶƚŚĞŐŽŽĚĂŶĚ R12 ƉŽŽƌƉƌŽŐŶŽƐŝƐĐĞŶƚƌŽŝĚǁĂƐĐŽŵƉƵƚĞĚǁŝƚŚŽƵƚƚŚĞůĞĂǀĞͲŽƵƚƐĂŵƉůĞ͘dŚĞůĞĂǀĞͲŽƵƚƐĂŵƉůĞƐ R13 ǁĞƌĞ ƚŚĞŶ ĐůĂƐƐŝĮĞĚ ŝŶƚŽ ŐŽŽĚ Žƌ ƉŽŽƌ ƉƌŽŐŶŽƐƟĐ ŐƌŽƵƉƐ ƵƐŝŶŐ ƚŚĞ ŶĞĂƌĞƐƚ ĐŽƌƌĞůĂƟŽŶ R14 ĐƌŝƚĞƌŝŽŶ͘dŽƐĞĞŝĨĂŐĞŶĞůŝƐƚƉĞƌĨŽƌŵĞĚďĞƩĞƌƚŚĂŶƌĂŶĚŽŵ͕ďŽƚŚŝŶƚŚĞĚŝĂŐŶŽƐƟĐĂŶĚ R15 ŝŶƚŚĞƐƵƌǀŝǀĂůĂŶĂůLJƐŝƐ͕ǁĞĂůƐŽƌĂŶĂŶĂůLJƐŝƐǁŝƚŚϭϬϬϬƌĂŶĚŽŵŐĞŶĞůŝƐƚƐŽĨƚŚĞƐĂŵĞƐŝnjĞ R16 ƵƐŝŶŐƚŚĞƐĂŵĞƐĐŚĞŵĞ͘tĞŽŶůLJŝŶĐůƵĚĞĚƉƌŽďĞƐŽŶƚŚĞĂƌƌĂLJƐǁŚŝĐŚǁĞƌĞĂŶŶŽƚĂƚĞĚǁŝƚŚ R17 ĂŐĞŶĞƐLJŵďŽů͘dŚĞƐĂŵĞƐĐŚĞŵĞǁĂƐĂƉƉůŝĞĚĨŽƌƚŚĞƉƌŽŐŶŽƐƟĐƐŵZEďĂƐĞĚƐŝŐŶĂƚƵƌĞƐ R18 ƵƐĞĚĂƐĂĐŽŵƉĂƌŝƐŽŶ͘ R19 R20 ACKNOWLEDGMENTS R21 R22 tĞǁŽƵůĚůŝŬĞƚŽĂĐŬŶŽǁůĞĚŐĞŶŶĞͲ>ŝƐĞŽƌƌĞƐĞŶ͕ŶŝƚĂ>ĂŶŐĞƌŽĚĂŶĚ,ƵŐŽ,ŽƌůŝŶŐƐĨŽƌ R23 ŐĞŶĞƌĂƟŽŶ ĂŶĚ ĂĐĐĞƐƐ ƚŽ Ɖϱϯ ŵƵƚĂƟŽŶ ĚĂƚĂ ĨƌŽŵ ƚŚĞ sĂŶ ĚĞ sŝũǀĞƌ ĐŽŚŽƌƚ ĂŶĚ ĂǀŝĚĞ R24 ŚŝĂƐƐĞƌŝŶŝĨŽƌŐĞŶĞƌĂƟŶŐƚŚĞƉƌŽƚĞŝŶĐŽŵƉůĞdžŝŵĂŐĞƐƵƐŝŶŐLJƚŽƐĐĂƉĞ͘tĞĂůƐŽĂĐŬŶŽǁůĞĚŐĞ R25 WŝĞƚŽƌƐƚĨŽƌĐĂƌĞĨƵůƌĞĂĚŝŶŐĂŶĚĂĚũƵƐƟŶŐƚŚŝƐŵĂŶƵƐĐƌŝƉƚ͘dŚŝƐƌĞƐĞĂƌĐŚǁĂƐƐƵƉƉŽƌƚĞĚ R26 ďLJƚŚĞĞŶͬsĂŶ>ĂŶƐĐŚŽƚ;DtͿĂŶĚƚŚĞshŵĐͲĂŶĐĞƌĞŶƚĞƌŵƐƚĞƌĚĂŵ;Z:͕dsWĂŶĚ R27 ƉƌŽƚĞŽŵŝĐƐŝŶĨƌĂƐƚƌƵĐƚƵƌĞͿ͕ƚŚĞƵƚĐŚĂŶĐĞƌ^ŽĐŝĞƚLJ;ƉƌŽũĞĐƚŐƌĂŶƚƐƚŽ^ZĂŶĚ::ͿĂŶĚƚŚĞ R28 EĞƚŚĞƌůĂŶĚƐKƌŐĂŶŝnjĂƟŽŶĨŽƌ^ĐŝĞŶƟĮĐZĞƐĞĂƌĐŚ;EtKͲsŝĚŝŐƌĂŶƚƚŽ^ZĂŶĚEtKĂŶĐĞƌ R29 ^LJƐƚĞŵƐŝŽůŽŐLJĞŶƚĞƌ;^ͿŐƌĂŶƚƚŽ::Ϳ͘::ǁĂƐƐƵƉƉŽƌƚĞĚďLJĂdŽƉƚĂůĞŶƚĨĞůůŽǁƐŚŝƉĨƌŽŵ R30 ƚŚĞEĞƚŚĞƌůĂŶĚƐKƌŐĂŶŝnjĂƟŽŶĨŽƌ^ĐŝĞŶƟĮĐZĞƐĞĂƌĐŚ;EtKͿ͘ R31 R32 REFERENCES R33 R34 ϭ͘ sĂŶ͚ƚsĞĞƌ͕>͘:͕͘Ăŝ͕,͕͘ǀĂŶ͕Ě͕͘s͕,Ğ͕z͕͘͘,Ăƌƚ͕͕͘͘DĂŽ͕D͕͘WĞƚĞƌƐĞ͕,͘>͕͘ǀĂŶĚĞƌ͕<͘<͕͘ DĂƌƚŽŶ͕D͘:͕͘tŝƩĞǀĞĞŶ͕͘d͕͘^ĐŚƌĞŝďĞƌ͕'͘:͕͘<ĞƌŬŚŽǀĞŶ͕Z͘D͕͘ZŽďĞƌƚƐ͕͕͘>ŝŶƐůĞLJ͕W͘^͕͘ R35 ĞƌŶĂƌĚƐ͕Z͕͘ĂŶĚ&ƌŝĞŶĚ͕^͘,͘;ϮϬϬϮͿ'ĞŶĞĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶƉƌŽĮůŝŶŐƉƌĞĚŝĐƚƐĐůŝŶŝĐĂůŽƵƚĐŽŵĞŽĨ R36 ďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ͘ Nature ϰϭϱ͕ϱϯϬͲϱϯϲ͘ R37 Ϯ͘ dƵƌŶĞƌ͕E͕͘͘ZĞŝƐͲ&ŝůŚŽ͕:͘^͘;ϮϬϬϲͿĂƐĂůͲůŝŬĞďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌĂŶĚƚŚĞZϭƉŚĞŶŽƚLJƉĞ͘ KŶĐŽŐĞŶĞ Ϯϱ͕ϱϴϰϲͲϱϴϱϯ͘ R38 R39

ϲϮ WƌŽƚĞŽŵŝĐƐŽĨZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚĂŶĚͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐ

ϯ͘ :ĂƐƉĞƌƐ͕:͕͘͘ZŽƩĞŶďĞƌŐ͕^͕͘ĂŶĚ:ŽŶŬĞƌƐ͕:͘;ϮϬϬϵͿdŚĞƌĂƉĞƵƟĐŽƉƟŽŶƐĨŽƌƚƌŝƉůĞͲŶĞŐĂƟǀĞďƌĞĂƐƚ ĐĂŶĐĞƌƐǁŝƚŚĚĞĨĞĐƟǀĞŚŽŵŽůŽŐŽƵƐƌĞĐŽŵďŝŶĂƟŽŶ͘ Biochim. Biophys. Acta ϭϳϵϲ͕ϮϲϲͲϮϴϬ͘ R1 ϰ͘ 'ƵĚŵƵŶĚƐĚŽƫƌ͕<͕͘ƐŚǁŽƌƚŚ͕͘;ϮϬϬϲͿdŚĞƌŽůĞƐŽĨZϭĂŶĚZϮĂŶĚĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐ R2 ŝŶƚŚĞŵĂŝŶƚĞŶĂŶĐĞŽĨŐĞŶŽŵŝĐƐƚĂďŝůŝƚLJ͘ KŶĐŽŐĞŶĞ Ϯϱ͕ϱϴϲϰͲϱϴϳϰ͘ R3 ϱ͘ dƵƩ͕͘ZŽďƐŽŶD͕͘'ĂƌďĞƌ:͕͘͘ŽŵĐŚĞŬ^͘D͕͘ƵĚĞŚD͘t͕͘tĞŝƚnjĞů:͘E͕͘&ƌŝĞĚůĂŶĚĞƌD͕͘ƌƵŶ ͕͘>ŽŵĂŶE͕͘^ĐŚŵƵƚnjůĞƌZ͘<͕͘tĂƌĚůĞLJ͕͘DŝƚĐŚĞůů'͕͘Ăƌů,͕͘tŝĐŬĞŶƐD͕͘ĂƌŵŝĐŚĂĞů:͘;ϮϬϭϬͿ R4 KƌĂůƉŽůLJ;WͲƌŝďŽƐĞͿƉŽůLJŵĞƌĂƐĞŝŶŚŝďŝƚŽƌŽůĂƉĂƌŝďŝŶƉĂƟĞŶƚƐǁŝƚŚZϭŽƌZϮŵƵƚĂƟŽŶƐ R5 ĂŶĚĂĚǀĂŶĐĞĚďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ͗ĂƉƌŽŽĨͲŽĨͲĐŽŶĐĞƉƚƚƌŝĂů͘ Lancet ϯϳϲ͕ϮϯϱͲϮϰϰ͘ ϲ͘ ^ŽƌůŝĞ͕d͕͘WĞƌŽƵ͕͘D͕͘dŝďƐŚŝƌĂŶŝ͕Z͕͘ĂƐ͕d͕͘'ĞŝƐůĞƌ͕^͕͘:ŽŚŶƐĞŶ͕,͕͘,ĂƐƟĞ͕d͕͘ŝƐĞŶ͕D͕͘͘ǀĂŶ 2 R6 ĚĞ͕Z͘D͕͘:ĞīƌĞLJ͕^͘^͕͘dŚŽƌƐĞŶ͕d͕͘YƵŝƐƚ͕,͕͘DĂƚĞƐĞ͕:͕͘͘ƌŽǁŶ͕W͘K͕͘ŽƚƐƚĞŝŶ͕͕͘LJƐƚĞŝŶ͕>͘ R7 W͕͘ĂŶĚŽƌƌĞƐĞŶͲĂůĞ͕͘>͘;ϮϬϬϭͿ'ĞŶĞĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶƉĂƩĞƌŶƐŽĨďƌĞĂƐƚĐĂƌĐŝŶŽŵĂƐĚŝƐƟŶŐƵŝƐŚ R8 ƚƵŵŽƌƐƵďĐůĂƐƐĞƐǁŝƚŚĐůŝŶŝĐĂůŝŵƉůŝĐĂƟŽŶƐ͘ Proc. Natl. Acad. Sci. USA ϵϴ͕ϭϬϴϲϵͲϭϬϴϳϰ͘ ϳ͘ 'ůĂƐ͕͘D͕͘&ůŽŽƌĞ͕͕͘ĞůĂŚĂLJĞ͕>͘:͕͘tŝƩĞǀĞĞŶ͕͘d͕͘WŽǀĞƌ͕Z͕͘͘ĂŬdž͕E͕͘>ĂŚƟͲŽŵĞŶŝĐŝ͕ R9 :͘^͕͘ƌƵŝŶƐŵĂ͕d͘:͕͘tĂƌŵŽĞƐ͕D͘K͕͘ĞƌŶĂƌĚƐ͕Z͕͘tĞƐƐĞůƐ͕>͘&͕͘ĂŶĚsĂŶ͛ƚsĞĞƌ͕>͘:͘;ϮϬϬϲͿ R10 ŽŶǀĞƌƟŶŐĂďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌŵŝĐƌŽĂƌƌĂLJƐŝŐŶĂƚƵƌĞŝŶƚŽĂŚŝŐŚͲƚŚƌŽƵŐŚƉƵƚĚŝĂŐŶŽƐƟĐƚĞƐƚ͘ BMC Genomics ϳ͕Ϯϳϴ͘ R11 ϴ͘ :ŽŶƐƐŽŶ͕'͕͘^ƚĂĂĨ͕:͕͘sĂůůŽŶͲŚƌŝƐƚĞƌƐƐŽŶ͕:͕͘ZŝŶŐŶĞƌ͕D͕͘,Žůŵ͕<͕͘,ĞŐĂƌĚƚ͕͕͘'ƵŶŶĂƌƐƐŽŶ͕ R12 ,͕͘&ĂŐĞƌŚŽůŵ͕Z͕͘^ƚƌĂŶĚ͕͕͘ŐŶĂƌƐƐŽŶ͕͕͘͘<ŝůƉŝǀĂĂƌĂ͕K͕͘>ƵƚƐ͕>͕͘,ĞŝŬŬŝůĂ͕W͕͘ŝƩŽŵĂŬŝ͕<͕͘ R13 ůŽŵƋǀŝƐƚ͕͕͘>ŽŵĂŶ͕E͕͘DĂůŵƐƚƌŽŵ͕W͕͘KůƐƐŽŶ͕,͕͘:ŽŚĂŶŶƐƐŽŶ͕K͘d͕͘ƌĂƐŽŶ͕͕͘EĞǀĂŶůŝŶŶĂ͕ ,͕͘ĂƌŬĂƌĚŽƫƌ͕Z͕͘͘ĂŶĚŽƌŐ͕͘;ϮϬϭϬͿ'ĞŶŽŵŝĐƐƵďƚLJƉĞƐŽĨďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌŝĚĞŶƟĮĞĚďLJĂƌƌĂLJͲ R14 ĐŽŵƉĂƌĂƟǀĞŐĞŶŽŵŝĐŚLJďƌŝĚŝnjĂƟŽŶĚŝƐƉůĂLJĚŝƐƟŶĐƚŵŽůĞĐƵůĂƌĂŶĚĐůŝŶŝĐĂůĐŚĂƌĂĐƚĞƌŝƐƟĐƐ͘ Breast R15 Cancer Res. ϭϮ͕ZϰϮ͘ ϵ͘ :ŽŽƐƐĞ͕ ^͘ ͕͘ ƌĂŶĚǁŝũŬ͕ <͘ /͕͘ DƵůĚĞƌ͕ >͕͘ tĞƐƐĞůŝŶŐ͕ :͕͘ ,ĂŶŶĞŵĂŶŶ͕ :͕͘ ĂŶĚ EĞĚĞƌůŽĨ͕ W͘ D͘ R16 ;ϮϬϭϭͿ 'ĞŶŽŵŝĐ ƐŝŐŶĂƚƵƌĞ ŽĨ Zϭ ĚĞĮĐŝĞŶĐLJ ŝŶ ƐƉŽƌĂĚŝĐ ďĂƐĂůͲůŝŬĞ ďƌĞĂƐƚ ƚƵŵŽƌƐ͘ Genes R17 Chromosomes Cancer ϱϬ͕ϳϭͲϴϭ͘ R18 ϭϬ͘ EĂĚĞƌŝ͕͕͘dĞƐĐŚĞŶĚŽƌī͕͕͘͘ĂƌďŽƐĂͲDŽƌĂŝƐ͕E͘>͕͘WŝŶĚĞƌ͕^͕͘͘'ƌĞĞŶ͕͘Z͕͘WŽǁĞ͕͘'͕͘ ZŽďĞƌƚƐŽŶ͕:͘&͕͘ƉĂƌŝĐŝŽ͕^͕͘ůůŝƐ͕/͘K͕͘ƌĞŶƚŽŶ͕:͕͘͘ĂŶĚĂůĚĂƐ͕͘;ϮϬϬϳͿŐĞŶĞͲĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶ R19 ƐŝŐŶĂƚƵƌĞƚŽƉƌĞĚŝĐƚƐƵƌǀŝǀĂůŝŶďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌĂĐƌŽƐƐŝŶĚĞƉĞŶĚĞŶƚĚĂƚĂƐĞƚƐ͘ KŶĐŽŐĞŶĞ Ϯϲ͕ϭϱϬϳͲ R20 ϭϱϭϲ͘ ϭϭ͘ WĂŝŬ͕^͕͘^ŚĂŬ͕^͕͘dĂŶŐ͕'͕͘<ŝŵ͕͕͘ĂŬĞƌ͕:͕͘ƌŽŶŝŶ͕D͕͘ĂĞŚŶĞƌ͕&͘>͕͘tĂůŬĞƌ͕D͘'͕͘tĂƚƐŽŶ͕͕͘ R21 WĂƌŬ͕d͕͘,ŝůůĞƌ͕t͕͘&ŝƐŚĞƌ͕͘Z͕͘tŝĐŬĞƌŚĂŵ͕͘>͕͘ƌLJĂŶƚ͕:͕͘ĂŶĚtŽůŵĂƌŬ͕E͘;ϮϬϬϰͿŵƵůƟŐĞŶĞ R22 ĂƐƐĂLJƚŽƉƌĞĚŝĐƚƌĞĐƵƌƌĞŶĐĞŽĨƚĂŵŽdžŝĨĞŶͲƚƌĞĂƚĞĚ͕ŶŽĚĞͲŶĞŐĂƟǀĞďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ͘ E͘ŶŐů͘:͘DĞĚ͘ R23 ϯϱϭ͕ϮϴϭϳͲϮϴϮϲ͘ ϭϮ͘ ǀĂŶĚĞsŝũǀĞƌ͕D͕͘,Ğ͕z͕͘͘sĂŶ͚ƚsĞĞƌ͕>͘:͕͘Ăŝ͕,͕͘,Ăƌƚ͕͕͘͘sŽƐŬƵŝů͕͘t͕͘^ĐŚƌĞŝďĞƌ͕'͘:͕͘ R24 WĞƚĞƌƐĞ͕:͘>͕͘ZŽďĞƌƚƐ͕͕͘DĂƌƚŽŶ͕D͘:͕͘WĂƌƌŝƐŚ͕D͕͘ƚƐŵĂ͕͕͘tŝƩĞǀĞĞŶ͕͕͘'ůĂƐ͕͕͘ĞůĂŚĂLJĞ͕ R25 >͕͘ǀĂŶ͕Ě͕͘s͕ĂƌƚĞůŝŶŬ͕,͕͘ZŽĚĞŶŚƵŝƐ͕^͕͘ZƵƚŐĞƌƐ͕͘d͕͘&ƌŝĞŶĚ͕^͘,͕͘ĂŶĚĞƌŶĂƌĚƐ͕Z͘;ϮϬϬϮͿ ŐĞŶĞͲĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶƐŝŐŶĂƚƵƌĞĂƐĂƉƌĞĚŝĐƚŽƌŽĨƐƵƌǀŝǀĂůŝŶďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ͘ E͘ŶŐů͘:͘DĞĚ͘ ϯϰϳ͕ϭϵϵϵͲ R26 ϮϬϬϵ͘ R27 ϭϯ͘ sŽůůĞďĞƌŐŚ͕D͕͘͘>ŝƉƐ͕͘,͕͘EĞĚĞƌůŽĨ͕W͘D͕͘tĞƐƐĞůƐ͕>͘&͕͘^ĐŚŵŝĚƚ͕D͘<͕͘ǀĂŶĞĞƌƐ͕͘,͕͘ R28 ŽƌŶĞůŝƐƐĞŶ͕ ^͕͘ ,ŽůƚŬĂŵƉ͕ D͕͘ &ƌŽŬůĂŐĞ͕ &͘ ͕͘ ĚĞ sƌŝĞƐ͕ ͘ '͕͘ ^ĐŚƌĂŵĂ͕ :͘ '͕͘ tĞƐƐĞůŝŶŐ͕ :͕͘ ǀĂŶ͕Ě͕͘s͕ǀĂŶ͕d͘,͕͘ĚĞ͕͘D͕͘,ĂƵƉƚŵĂŶŶ͕D͕͘ZŽĚĞŶŚƵŝƐ͕^͕͘ĂŶĚ>ŝŶŶ͕^͘͘;ϮϬϭϬͿŶĂ', R29 ĐůĂƐƐŝĮĞƌĚĞƌŝǀĞĚĨƌŽŵZϭͲŵƵƚĂƚĞĚďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌĂŶĚďĞŶĞĮƚŽĨŚŝŐŚͲĚŽƐĞƉůĂƟŶƵŵͲďĂƐĞĚ R30 ĐŚĞŵŽƚŚĞƌĂƉLJŝŶ,ZϮͲŶĞŐĂƟǀĞďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌƉĂƟĞŶƚƐ͘ Ann. Oncol. ĚǀĂŶĐĞĐĐĞƐƐ͘ ϭϰ͘ tĂĚĚĞůů͕E͕͘ƌŶŽůĚ͕:͕͘ŽĐĐŝĂƌĚŝ͕^͕͘ĚĂ͕^͘>͕͘DĂƌƐŚ͕͕͘ZŝůĞLJ͕:͕͘:ŽŚŶƐƚŽŶĞ͕͘E͕͘KƌůŽī͕D͕͘ R31 ƐƐŝĞ͕'͕͘ŶŐ͕͕͘ZĞŝĚ͕>͕͘<ĞŝƚŚ͕W͕͘zĂŶ͕D͕͘&Ždž͕^͕͘ĞǀŝůĞĞ͕W͕͘'ŽĚǁŝŶ͕͘<͕͘,ŽŐĞƌǀŽƌƐƚ͕&͕͘͘ R32 ŽƵĐŚ͕&͕͘'ƌŝŵŵŽŶĚ͕^͕͘&ůĂŶĂŐĂŶ͕:͘D͕͘<ŚĂŶŶĂ͕<͕͘^ŝŵƉƐŽŶ͕W͘d͕͘>ĂŬŚĂŶŝ͕^͘Z͕͘ĂŶĚŚĞŶĞǀŝdžͲ R33 dƌĞŶĐŚ͕'͘;ϮϬϭϬͿ^ƵďƚLJƉĞƐŽĨĨĂŵŝůŝĂůďƌĞĂƐƚƚƵŵŽƵƌƐƌĞǀĞĂůĞĚďLJĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶĂŶĚĐŽƉLJŶƵŵďĞƌ ƉƌŽĮůŝŶŐ͘ Breast Cancer Res. Treat. ϭϮϯ͕ϲϲϭͲϲϳϳ͘ R34 ϭϱ͘ ^ƚƌĂǀĞƌ͕ D͘ ͕͘ 'ůĂƐ͕ ͘ D͕͘ ,ĂŶŶĞŵĂŶŶ͕ :͕͘ tĞƐƐĞůŝŶŐ͕ :͕͘ ǀĂŶ͕ Ě͕͘ s͕ ZƵƚŐĞƌƐ͕ ͘ :͕͘ sƌĂŶĐŬĞŶ R35 WĞĞƚĞƌƐ͕D͘:͕͘ǀĂŶ͕d͘,͕͘sĂŶ͛ƚsĞĞƌ͕>͘:͕͘ĂŶĚZŽĚĞŶŚƵŝƐ͕^͘;ϮϬϭϬͿdŚĞϳϬͲŐĞŶĞƐŝŐŶĂƚƵƌĞĂƐĂ ƌĞƐƉŽŶƐĞƉƌĞĚŝĐƚŽƌĨŽƌŶĞŽĂĚũƵǀĂŶƚĐŚĞŵŽƚŚĞƌĂƉLJŝŶďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ͘ Breast Cancer Res. Treat. R36 ϭϭϵ͕ϱϱϭͲϱϱϴ͘ R37 ϭϲ͘ ĂƌĚŽƐŽ͕&͕͘WŝĐĐĂƌƚͲ'ĞďŚĂƌƚ͕D͕͘sĂŶ͛ƚ͕s͘>͕͘ĂŶĚZƵƚŐĞƌƐ͕͘;ϮϬϬϳͿdŚĞD/EdƚƌŝĂů͗ƚŚĞĮƌƐƚ R38 ƉƌŽƐƉĞĐƟǀĞĐůŝŶŝĐĂůǀĂůŝĚĂƟŽŶŽĨĂŐĞŶŽŵŝĐƚŽŽů͘ Mol. Oncol. ϭ͕ϮϰϲͲϮϱϭ͘ R39

ϲϯ Chapter 2

ϭϳ͘ WĂǀůŽƵ͕D͘W͕͘<ƵůĂƐŝŶŐĂŵ͕s͕͘^ĂƵƚĞƌ͕͘Z͕͘<ůŝĞƚŚĞƌŵĞƐ͕͕͘ĂŶĚŝĂŵĂŶĚŝƐ͕͘W͘;ϮϬϭϬͿEŝƉƉůĞ R1 ĂƐƉŝƌĂƚĞŇƵŝĚƉƌŽƚĞŽŵĞŽĨŚĞĂůƚŚLJĨĞŵĂůĞƐĂŶĚƉĂƟĞŶƚƐǁŝƚŚďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ͘ Clin. Chem. ϱϲ͕ϴϰϴͲ R2 ϴϱϱ͘ R3 ϭϴ͘ yƵ͕y͕͘YŝĂŽ͕D͕͘ŚĂŶŐ͕z͕͘:ŝĂŶŐ͕z͕͘tĞŝ͕W͕͘zĂŽ͕:͕͘'Ƶ͕͕͘tĂŶŐ͕z͕͘>Ƶ͕:͕͘tĂŶŐ͕͕͘dĂŶŐ͕͕͘^ƵŶ͕ z͕͘tƵ͕t͕͘ĂŶĚ^Śŝ͕Y͘;ϮϬϭϬͿYƵĂŶƟƚĂƟǀĞƉƌŽƚĞŽŵŝĐƐƐƚƵĚLJŽĨďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌĐĞůůůŝŶĞƐŝƐŽůĂƚĞĚ R4 ĨƌŽŵĂƐŝŶŐůĞƉĂƟĞŶƚ͗ĚŝƐĐŽǀĞƌLJŽĨd/DDϭϳĂƐĂŵĂƌŬĞƌĨŽƌďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ͘ Proteomics ϭϬ͕ϭϯϳϰͲ R5 ϭϯϵϬ͘ ϭϵ͘ hŵĂƌ͕͕͘<ĂŶŐ͕,͕͘dŝŵŵĞƌŵĂŶƐ͕͘D͕͘>ŽŽŬ͕D͘W͕͘DĞŝũĞƌͲǀĂŶ'ĞůĚĞƌ͕D͕͘͘ĚĞŶĂŬŬĞƌ͕D͕͘͘ R6 :ĂŝƚůLJ͕E͕͘DĂƌƚĞŶƐ͕:͘t͕͘>ƵŝĚĞƌ͕d͘D͕͘&ŽĞŬĞŶƐ͕:͕͘͘ĂŶĚWĂƐĂͲdŽůŝĐ͕>͘;ϮϬϬϵͿ/ĚĞŶƟĮĐĂƟŽŶŽĨĂ R7 ƉƵƚĂƟǀĞƉƌŽƚĞŝŶƉƌŽĮůĞĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚǁŝƚŚƚĂŵŽdžŝĨĞŶƚŚĞƌĂƉLJƌĞƐŝƐƚĂŶĐĞŝŶďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ͘ Mol. Cell R8 Proteomics ϴ͕ϭϮϳϴͲϭϮϵϰ͘ ϮϬ͘ >Ăŝ͕d͕͘͘ŚŽƵ͕,͕͘͘ŚĞŶ͕z͘t͕͘>ĞĞ͕d͘Z͕͘ŚĂŶ͕,͘d͕͘^ŚĞŶ͕,͘,͕͘>ĞĞ͕t͘d͕͘>ŝŶ͕^͘d͕͘>Ƶ͕z͕͘͘ R9 tƵ͕͘>͕͘ĂŶĚŚĂŶ͕,͘>͘;ϮϬϭϬͿ^ĞĐƌĞƚŽŵŝĐĂŶĚƉƌŽƚĞŽŵŝĐĂŶĂůLJƐŝƐŽĨƉŽƚĞŶƟĂůďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ R10 ŵĂƌŬĞƌƐďLJƚǁŽͲĚŝŵĞŶƐŝŽŶĂůĚŝīĞƌĞŶƟĂůŐĞůĞůĞĐƚƌŽƉŚŽƌĞƐŝƐ͘ :͘WƌŽƚĞŽŵĞZĞƐ͘ ϵ͕ϭϯϬϮͲϭϯϮϮ͘ Ϯϭ͘ ĞůŝƐ͕:͕͘͘'ƌŽŵŽǀ͕W͕͘ĂďĞnjŽŶ͕d͕͘DŽƌĞŝƌĂ͕:͘D͕͘ŵďĂƌƚƐƵŵŝĂŶ͕E͕͘^ĂŶĚĞůŝŶ͕<͕͘ZĂŶŬ͕&͕͘ĂŶĚ R11 'ƌŽŵŽǀĂ͕/͘;ϮϬϬϰͿWƌŽƚĞŽŵŝĐĐŚĂƌĂĐƚĞƌŝnjĂƟŽŶŽĨƚŚĞŝŶƚĞƌƐƟƟĂůŇƵŝĚƉĞƌĨƵƐŝŶŐƚŚĞďƌĞĂƐƚƚƵŵŽƌ R12 ŵŝĐƌŽĞŶǀŝƌŽŶŵĞŶƚ͗ĂŶŽǀĞůƌĞƐŽƵƌĐĞĨŽƌďŝŽŵĂƌŬĞƌĂŶĚƚŚĞƌĂƉĞƵƟĐƚĂƌŐĞƚĚŝƐĐŽǀĞƌLJ͘ Mol. Cell R13 Proteomics ϯ͕ϯϮϳͲϯϰϰ͘ ϮϮ͘ 'ĞŝŐĞƌ͕d͕͘Ždž͕:͕͘KƐƚĂƐŝĞǁŝĐnj͕W͕͘tŝƐŶŝĞǁƐŬŝ͕:͘Z͕͘ĂŶĚDĂŶŶ͕D͘;ϮϬϭϬͿ^ƵƉĞƌͲ^/>ŵŝdžĨŽƌ R14 ƋƵĂŶƟƚĂƟǀĞƉƌŽƚĞŽŵŝĐƐŽĨŚƵŵĂŶƚƵŵŽƌƟƐƐƵĞ͘ Nat. Methods ϳ͕ϯϴϯͲϯϴϱ͘ R15 Ϯϯ͘ ĞĐŬĞƌ͕^͕͘ĂnjĂƌĞƐ͕>͘,͕͘tĂƚƐŽŶ͕W͕͘>LJŶĐŚ͕,͕͘^ĞŵŵĞƐ͕K͘:͕͘ƌĂŬĞ͕Z͘Z͕͘ĂŶĚ>ĂƌŽŶŐĂ͕͘ ;ϮϬϬϰͿ^ƵƌĨĂĐĞĚͲĞŶŚĂŶĐĞĚůĂƐĞƌĚĞƐŽƌƉƟŽŶͬŝŽŶŝnjĂƟŽŶƟŵĞͲŽĨͲŇŝŐŚƚ;^>/ͲdK&ͿĚŝīĞƌĞŶƟĂƟŽŶ R16 ŽĨƐĞƌƵŵƉƌŽƚĞŝŶƉƌŽĮůĞƐŽĨZͲϭĂŶĚƐƉŽƌĂĚŝĐďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ͘ ŶŶ͘^ƵƌŐ͘KŶĐŽů͘ ϭϭ͕ϵϬϳͲϵϭϰ͘ R17 Ϯϰ͘ >ŝƵ͕y͕͘,ŽůƐƚĞŐĞ͕,͕͘ǀĂŶĚĞƌ͕'͘,͕͘dƌĞƵƌͲDƵůĚĞƌ͕D͕͘ĞǀĞŶŚŽǀĞŶ͕:͕͘sĞůĚƐ͕͕͘<ĞƌŬŚŽǀĞŶ͕Z͘ R18 D͕͘ǀĂŶsůŝĞƚ͕D͘,͕͘tĞƐƐĞůƐ͕>͘&͕͘WĞƚĞƌƐĞ͕:͘>͕͘ĞƌŶƐ͕͕͘ĂŶĚ:ŽŶŬĞƌƐ͕:͘;ϮϬϬϳͿ^ŽŵĂƟĐůŽƐƐ ŽĨZϭĂŶĚƉϱϯŝŶŵŝĐĞŝŶĚƵĐĞƐŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐǁŝƚŚĨĞĂƚƵƌĞƐŽĨŚƵŵĂŶZϭͲŵƵƚĂƚĞĚ R19 ďĂƐĂůͲůŝŬĞďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ͘ Proc. Natl. Acad. Sci. USA ϭϬϰ͕ϭϮϭϭϭͲϭϮϭϭϲ͘ R20 Ϯϱ͘ ĞƌŬƐĞŶ͕W͘t͕͘>ŝƵ͕y͕͘^ĂƌŝĚŝŶ͕&͕͘ǀĂŶĚĞƌ͕'͘,͕͘ĞǀĞŶŚŽǀĞŶ͕:͕͘ǀĞƌƐ͕͕͘ǀĂŶ͕͕͘:ƌ͕͘'ƌŝĸŽĞŶ͕͘ t͕͘sŝŶŬ͕:͕͘<ƌŝŵƉĞŶĨŽƌƚ͕W͕͘WĞƚĞƌƐĞ͕:͘>͕͘ĂƌĚŝī͕Z͕͘͘ĞƌŶƐ͕͕͘ĂŶĚ:ŽŶŬĞƌƐ͕:͘;ϮϬϬϲͿ^ŽŵĂƟĐ R21 ŝŶĂĐƟǀĂƟŽŶ ŽĨ ͲĐĂĚŚĞƌŝŶ ĂŶĚ Ɖϱϯ ŝŶ ŵŝĐĞ ůĞĂĚƐ ƚŽ ŵĞƚĂƐƚĂƟĐ ůŽďƵůĂƌ ŵĂŵŵĂƌLJ ĐĂƌĐŝŶŽŵĂ R22 ƚŚƌŽƵŐŚŝŶĚƵĐƟŽŶŽĨĂŶŽŝŬŝƐƌĞƐŝƐƚĂŶĐĞĂŶĚĂŶŐŝŽŐĞŶĞƐŝƐ͘ Cancer Cell ϭϬ͕ϰϯϳͲϰϰϵ͘ R23 Ϯϲ͘ ^ŚĞǀĐŚĞŶŬŽ͕͕͘tŝůŵ͕D͕͘sŽƌŵ͕K͕͘ĂŶĚDĂŶŶ͕D͘;ϭϵϵϲͿDĂƐƐƐƉĞĐƚƌŽŵĞƚƌŝĐƐĞƋƵĞŶĐŝŶŐŽĨ ƉƌŽƚĞŝŶƐƐŝůǀĞƌͲƐƚĂŝŶĞĚƉŽůLJĂĐƌLJůĂŵŝĚĞŐĞůƐ͘ Anal. Chem. ϲϴ͕ϴϱϬͲϴϱϴ͘ R24 Ϯϳ͘ WŝĞƌƐŵĂ͕^͘Z͕͘&ŝĞĚůĞƌ͕h͕͘^ƉĂŶ͕^͕͘>ŝŶŐŶĂƵ͕͕͘WŚĂŵ͕d͘s͕͘,ŽīŵĂŶŶ͕^͕͘<ƵďďƵƚĂƚ͕D͘,͕͘ĂŶĚ R25 :ŝŵĞŶĞnj͕͘Z͘;ϮϬϭϬͿtŽƌŬŇŽǁĐŽŵƉĂƌŝƐŽŶĨŽƌůĂďĞůͲĨƌĞĞ͕ƋƵĂŶƟƚĂƟǀĞƐĞĐƌĞƚŽŵĞƉƌŽƚĞŽŵŝĐƐ ĨŽƌ ĐĂŶĐĞƌ ďŝŽŵĂƌŬĞƌ ĚŝƐĐŽǀĞƌLJ͗ ŵĞƚŚŽĚ ĞǀĂůƵĂƟŽŶ͕ ĚŝīĞƌĞŶƟĂů ĂŶĂůLJƐŝƐ͕ ĂŶĚ ǀĞƌŝĮĐĂƟŽŶ ŝŶ R26 ƐĞƌƵŵ͘ :͘WƌŽƚĞŽŵĞZĞƐ͘ ϵ͕ϭϵϭϯͲϭϵϮϮ͘ R27 Ϯϴ͘ EĞƐǀŝnjŚƐŬŝŝ͕͘/͕͘<ĞůůĞƌ͕͕͘<ŽůŬĞƌ͕͕͘ĂŶĚĞďĞƌƐŽůĚ͕Z͘;ϮϬϬϯͿƐƚĂƟƐƟĐĂůŵŽĚĞůĨŽƌŝĚĞŶƟĨLJŝŶŐ R28 ƉƌŽƚĞŝŶƐďLJƚĂŶĚĞŵŵĂƐƐƐƉĞĐƚƌŽŵĞƚƌLJ͘ Anal. Chem. ϳϱ͕ϰϲϰϲͲϰϲϱϴ͘ Ϯϵ͘ <ĞůůĞƌ͕͕͘EĞƐǀŝnjŚƐŬŝŝ͕͘/͕͘<ŽůŬĞƌ͕͕͘ĂŶĚĞďĞƌƐŽůĚ͕Z͘;ϮϬϬϮͿŵƉŝƌŝĐĂůƐƚĂƟƐƟĐĂůŵŽĚĞůƚŽ R29 ĞƐƟŵĂƚĞƚŚĞĂĐĐƵƌĂĐLJŽĨƉĞƉƟĚĞŝĚĞŶƟĮĐĂƟŽŶƐŵĂĚĞďLJD^ͬD^ĂŶĚĚĂƚĂďĂƐĞƐĞĂƌĐŚ͘ Anal. R30 Chem. ϳϰ͕ϱϯϴϯͲϱϯϵϮ͘ ϯϬ͘ WŚĂŵ͕d͘s͕͘WŝĞƌƐŵĂ͕^͘Z͕͘tĂƌŵŽĞƐ͕D͕͘ĂŶĚ:ŝŵĞŶĞnj͕͘Z͘;ϮϬϭϬͿKŶƚŚĞďĞƚĂͲďŝŶŽŵŝĂůŵŽĚĞů R31 ĨŽƌĂŶĂůLJƐŝƐŽĨƐƉĞĐƚƌĂůĐŽƵŶƚĚĂƚĂŝŶůĂďĞůͲĨƌĞĞƚĂŶĚĞŵŵĂƐƐƐƉĞĐƚƌŽŵĞƚƌLJͲďĂƐĞĚƉƌŽƚĞŽŵŝĐƐ͘ R32 ŝŽŝŶĨŽƌŵĂƟĐƐ Ϯϲ͕ϯϲϯͲϯϲϵ͘ R33 ϯϭ͘ ůďƌĞƚŚƐĞŶ͕ :͕͘ <ŶŽů͕ :͘ ͕͘ WŝĞƌƐŵĂ͕ ^͘ Z͕͘ WŚĂŵ͕ d͘ s͕͘ ĚĞ͕ t͘ D͕͘ DŽŶŐĞƌĂ͕ ^͕͘ ĂƌǀĂůŚŽ͕ ͕͘ sĞƌŚĞƵů͕,͘D͕͘&ŝũŶĞŵĂŶ͕Z͘:͕͘DĞŝũĞƌ͕'͕͘͘ĂŶĚ:ŝŵĞŶĞnj͕͘Z͘;ϮϬϭϬͿ^ƵďŶƵĐůĞĂƌƉƌŽƚĞŽŵŝĐƐ R34 ŝŶ ĐŽůŽƌĞĐƚĂů ĐĂŶĐĞƌ͗ ŝĚĞŶƟĮĐĂƟŽŶ ŽĨ ƉƌŽƚĞŝŶƐ ĞŶƌŝĐŚĞĚ ŝŶ ƚŚĞ ŶƵĐůĞĂƌ ŵĂƚƌŝdž ĨƌĂĐƟŽŶ ĂŶĚ R35 ƌĞŐƵůĂƟŽŶŝŶĂĚĞŶŽŵĂƚŽĐĂƌĐŝŶŽŵĂƉƌŽŐƌĞƐƐŝŽŶ͘ Mol. Cell Proteomics ϵ͕ϵϴϴͲϭϬϬϱ͘ ϯϮ͘ ^ƵŶ͕ ͘ ,͕͘ <ŝŵ͕ D͘ ^͕͘ ,ĂŶ͕ z͕͘ ĂŶĚ zŝ͕ '͘ ^͘ ;ϮϬϬϵͿ K&K͗ ĐŽŵƉŽƐŝƚĞ ĨƵŶĐƟŽŶ ĂŶŶŽƚĂƟŽŶ R36 ĞŶƌŝĐŚĞĚďLJƉƌŽƚĞŝŶĐŽŵƉůĞdžĚĂƚĂ͘ Nucleic Acids Res. ϯϳ͕tϯϱϬͲtϯϱϱ͘ R37 ϯϯ͘ :ĞŶƐĞŶ͕>͘:͕͘<ƵŚŶ͕D͕͘^ƚĂƌŬ͕D͕͘ŚĂīƌŽŶ͕^͕͘ƌĞĞǀĞLJ͕͕͘DƵůůĞƌ͕:͕͘ŽĞƌŬƐ͕d͕͘:ƵůŝĞŶ͕W͕͘ZŽƚŚ͕ R38 ͕͘^ŝŵŽŶŽǀŝĐ͕D͕͘ŽƌŬ͕W͕͘ĂŶĚǀŽŶ͕D͘͘;ϮϬϬϵͿ^dZ/E'ϴͲͲĂŐůŽďĂůǀŝĞǁŽŶƉƌŽƚĞŝŶƐĂŶĚƚŚĞŝƌ ĨƵŶĐƟŽŶĂůŝŶƚĞƌĂĐƟŽŶƐŝŶϲϯϬŽƌŐĂŶŝƐŵƐ͘ Nucleic Acids Res. ϯϳ͕ϰϭϮͲϰϭϲ͘ R39

ϲϰ WƌŽƚĞŽŵŝĐƐŽĨZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚĂŶĚͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐ

ϯϰ͘ tĂŶŐ͕z͕͘<ůŝũŶ͕:͘'͕͘ŚĂŶŐ͕z͕͘^ŝĞƵǁĞƌƚƐ͕͘D͕͘>ŽŽŬ͕D͘W͕͘zĂŶŐ͕&͕͘dĂůĂŶƚŽǀ͕͕͘dŝŵŵĞƌŵĂŶƐ͕ D͕͘DĞŝũĞƌͲǀĂŶ'ĞůĚĞƌ͕D͕͘͘zƵ͕:͕͘:ĂƚŬŽĞ͕d͕͘ĞƌŶƐ͕͘D͕͘ƚŬŝŶƐ͕͕͘ĂŶĚ&ŽĞŬĞŶƐ͕:͘͘;ϮϬϬϱͿ R1 'ĞŶĞͲĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶƉƌŽĮůĞƐƚŽƉƌĞĚŝĐƚĚŝƐƚĂŶƚŵĞƚĂƐƚĂƐŝƐŽĨůLJŵƉŚͲŶŽĚĞͲŶĞŐĂƟǀĞƉƌŝŵĂƌLJďƌĞĂƐƚ R2 ĐĂŶĐĞƌ͘ Lancet ϯϲϱ͕ϲϳϭͲϲϳϵ͘ R3 ϯϱ͘ tƌŝŐŚƚ͕D͘,͕͘ĂůĐĂŐŶŽ͕͘D͕͘^ĂůĐŝĚŽ͕͕͘͘ĂƌůƐŽŶ͕D͕͘͘ŵďƵĚŬĂƌ͕^͘s͕͘ĂŶĚsĂƌƟĐŽǀƐŬŝ͕>͘ ;ϮϬϬϴͿƌĐĂϭďƌĞĂƐƚƚƵŵŽƌƐĐŽŶƚĂŝŶĚŝƐƟŶĐƚϰϰнͬ͘ Breast Cancer Res. ϭϬ͕ZϭϬ͘ R4 ϯϲ͘ ^ƚƵĂƌƚͲ,ĂƌƌŝƐ͕ Z͕͘ ĂůĚĂƐ͕ ͕͘ WŝŶĚĞƌ͕ ^͘ ͕͘ ĂŶĚ WŚĂƌŽĂŚ͕ W͘ ;ϮϬϬϴͿ WƌŽůŝĨĞƌĂƟŽŶ ŵĂƌŬĞƌƐ ĂŶĚ R5 ƐƵƌǀŝǀĂůŝŶĞĂƌůLJďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ͗ĂƐLJƐƚĞŵĂƟĐƌĞǀŝĞǁĂŶĚŵĞƚĂͲĂŶĂůLJƐŝƐŽĨϴϱƐƚƵĚŝĞƐŝŶϯϮ͕ϴϮϱ ƉĂƟĞŶƚƐ͘ Breast ϭϳ͕ϯϮϯͲϯϯϰ͘ 2 R6 ϯϳ͘ ŽƌĚĞƐ͕E͘;ϮϬϬϲͿ/ŶƚĞŐƌŝŶͲŵĞĚŝĂƚĞĚĐĞůůͲŵĂƚƌŝdžŝŶƚĞƌĂĐƟŽŶƐĨŽƌƉƌŽƐƵƌǀŝǀĂůĂŶĚĂŶƟĂƉŽƉƚŽƟĐ R7 ƐŝŐŶĂůŝŶŐĂŌĞƌŐĞŶŽƚŽdžŝĐŝŶũƵƌLJ͘ ĂŶĐĞƌ>ĞƩ͘ ϮϰϮ͕ϭϭͲϭϵ͘ R8 ϯϴ͘ tĂŶŐ͕z͕͘ŽƌƚĞnj͕͕͘zĂnjĚŝ͕W͕͘EĞī͕E͕͘ůůĞĚŐĞ͕^͘:͕͘ĂŶĚYŝŶ͕:͘;ϮϬϬϬͿ^͕ĂƐƵƉĞƌĐŽŵƉůĞdžŽĨ ZϭͲĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐŝŶǀŽůǀĞĚŝŶƚŚĞƌĞĐŽŐŶŝƟŽŶĂŶĚƌĞƉĂŝƌŽĨĂďĞƌƌĂŶƚEƐƚƌƵĐƚƵƌĞƐ͘ R9 Genes Dev. ϭϰ͕ϵϮϳͲϵϯϵ͘ R10 ϯϵ͘ ,ĞĂůĞ͕:͘d͕͘Ăůů͕͘Z͕͘:ƌ͕͘^ĐŚŵŝĞƐŝŶŐ͕:͕͘͘<ŝŵ͕:͘^͕͘<ŽŶŐ͕y͕͘ŚŽƵ͕^͕͘,ƵĚƐŽŶ͕͘&͕͘ĂƌŶƐŚĂǁ͕ t͘ ͕͘ ĂŶĚ zŽŬŽŵŽƌŝ͕ <͘ ;ϮϬϬϲͿ ŽŶĚĞŶƐŝŶ / ŝŶƚĞƌĂĐƚƐ ǁŝƚŚ ƚŚĞ WZWͲϭͲyZϭ ĐŽŵƉůĞdž ĂŶĚ R11 ĨƵŶĐƟŽŶƐŝŶEƐŝŶŐůĞͲƐƚƌĂŶĚďƌĞĂŬƌĞƉĂŝƌ͘ Mol. Cell Ϯϭ͕ϴϯϳͲϴϰϴ͘ R12 ϰϬ͘ >ĞĞ͕ ͘ '͕͘ ,ĂŐƵĞ͕ >͘ <͕͘ >ŝ͕ ,͕͘ ĂŶĚ ŽŶŶĞůůLJ͕ Z͘ ;ϮϬϬϰͿ /ĚĞŶƟĮĐĂƟŽŶ ŽĨ ƚŽƉŽƐŽŵĞ͕ Ă ŶŽǀĞů R13 ŵƵůƟƐƵďƵŶŝƚĐŽŵƉůĞdžĐŽŶƚĂŝŶŝŶŐƚŽƉŽŝƐŽŵĞƌĂƐĞ//ĂůƉŚĂ͘ Cell Cycle ϯ͕ϲϯϴͲϲϰϳ͘ ϰϭ͘ KƐůĞLJ͕D͕͘͘dƐƵŬƵĚĂ͕d͕͘ĂŶĚEŝĐŬŽůŽī͕:͘͘;ϮϬϬϳͿdWͲĚĞƉĞŶĚĞŶƚĐŚƌŽŵĂƟŶƌĞŵŽĚĞůŝŶŐĨĂĐƚŽƌƐ R14 ĂŶĚEĚĂŵĂŐĞƌĞƉĂŝƌ͘ Mutat. Res. ϲϭϴ͕ϲϱͲϴϬ͘ R15 ϰϮ͘ 'ƵĚŵƵŶĚƐĚŽƫƌ͕<͕͘ƐŚǁŽƌƚŚ͕͘;ϮϬϬϲͿdŚĞƌŽůĞƐŽĨZϭĂŶĚZϮĂŶĚĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐ ŝŶƚŚĞŵĂŝŶƚĞŶĂŶĐĞŽĨŐĞŶŽŵŝĐƐƚĂďŝůŝƚLJ͘ KŶĐŽŐĞŶĞ Ϯϱ͕ϱϴϲϰͲϱϴϳϰ͘ R16 ϰϯ͘ &ŽŶŐ͕W͕͘͘ŽƐƐ͕͘^͕͘zĂƉ͕d͕͘͘dƵƩ͕͕͘tƵ͕W͕͘DĞƌŐƵŝͲZŽĞůǀŝŶŬ͕D͕͘DŽƌƟŵĞƌ͕W͕͘^ǁĂŝƐůĂŶĚ͕ R17 ,͕͘>ĂƵ͕͕͘K͛ŽŶŶŽƌ͕D͘:͕͘ƐŚǁŽƌƚŚ͕͕͘ĂƌŵŝĐŚĂĞů͕:͕͘<ĂLJĞ͕^͕͘͘^ĐŚĞůůĞŶƐ͕:͘,͕͘ĂŶĚĚĞ R18 ŽŶŽ͕ :͘ ^͘ ;ϮϬϬϵͿ /ŶŚŝďŝƟŽŶ ŽĨ ƉŽůLJ;WͲƌŝďŽƐĞͿ ƉŽůLJŵĞƌĂƐĞ ŝŶ ƚƵŵŽƌƐ ĨƌŽŵ Z ŵƵƚĂƟŽŶ ĐĂƌƌŝĞƌƐ͘ E͘ŶŐů͘:͘DĞĚ͘ ϯϲϭ͕ϭϮϯͲϭϯϰ͘ R19 ϰϰ͘ dƵƌŶĞƌ͕E͕͘dƵƩ͕͕͘ĂŶĚƐŚǁŽƌƚŚ͕͘;ϮϬϬϰͿ,ĂůůŵĂƌŬƐŽĨ͚ZŶĞƐƐ͛ŝŶƐƉŽƌĂĚŝĐĐĂŶĐĞƌƐ͘ Nat. R20 Rev. Cancer ϰ͕ϴϭϰͲϴϭϵ͘ ϰϱ͘ DĂŶŝĞ͕͕͘sŝŶĐĞŶƚͲ^ĂůŽŵŽŶ͕͕͘>ĞŚŵĂŶŶͲŚĞ͕:͕͘WŝĞƌƌŽŶ͕'͕͘dƵƌƉŝŶ͕͕͘tĂƌĐŽŝŶ͕D͕͘'ƌƵĞů͕ R21 E͕͘>ĞďŝŐŽƚ͕/͕͘^ĂƐƚƌĞͲ'ĂƌĂƵ͕y͕͘>ŝĚĞƌĞĂƵ͕Z͕͘ZĞŵĞŶŝĞƌĂƐ͕͕͘&ĞƵŶƚĞƵŶ͕:͕͘ĞůĂƩƌĞ͕K͕͘ĚĞ͕d͘ R22 ,͕͘^ƚŽƉƉĂͲ>LJŽŶŶĞƚ͕͕͘ĂŶĚ^ƚĞƌŶ͕D͘,͘;ϮϬϬϵͿ,ŝŐŚĨƌĞƋƵĞŶĐLJŽĨdWϱϯŵƵƚĂƟŽŶŝŶZϭĂŶĚ R23 ƐƉŽƌĂĚŝĐďĂƐĂůͲůŝŬĞĐĂƌĐŝŶŽŵĂƐďƵƚŶŽƚŝŶZϭůƵŵŝŶĂůďƌĞĂƐƚƚƵŵŽƌƐ͘ Cancer Res. ϲϵ͕ϲϲϯͲϲϳϭ͘ ϰϲ͘ ,ŽůƐƚĞŐĞ͕,͕͘:ŽŽƐƐĞ͕^͕͘͘ǀĂŶKŽƐƚƌŽŵ͕͘d͕͘EĞĚĞƌůŽĨ͕W͘D͕͘ĚĞ͕s͕͘͘ĂŶĚ:ŽŶŬĞƌƐ͕:͘;ϮϬϬϵͿ R24 ,ŝŐŚŝŶĐŝĚĞŶĐĞŽĨƉƌŽƚĞŝŶͲƚƌƵŶĐĂƟŶŐdWϱϯŵƵƚĂƟŽŶƐŝŶZϭͲƌĞůĂƚĞĚďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ͘ Cancer R25 Res. ϲϵ͕ϯϲϮϱͲϯϲϯϯ͘ ϰϳ͘ 'ŽƌƐŬŝ͕:͘:͕͘:ĂŵĞƐ͕͘Z͕͘YƵŝŶŶ͕:͕͘͘^ƚĞǁĂƌƚ͕'͕͘͘^ƚĂƵŶƚŽŶ͕<͕͘͘ƵĐŬůĞLJ͕E͕͘͘DĐLJĞƌ͕&͘ R26 ͕͘<ĞŶŶĞĚLJ͕Z͕͘͘tŝůƐŽŶ͕Z͘,͕͘DƵůůĂŶ͕W͕͘͘ĂŶĚ,ĂƌŬŝŶ͕͘W͘;ϮϬϭϬͿZϭƚƌĂŶƐĐƌŝƉƟŽŶĂůůLJ R27 ƌĞŐƵůĂƚĞƐŐĞŶĞƐĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚǁŝƚŚƚŚĞďĂƐĂůͲůŝŬĞƉŚĞŶŽƚLJƉĞŝŶďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ͘ Breast Cancer Res. R28 Treat. ϭϮϮ͕ϳϮϭͲϳϯϭ͘ ϰϴ͘ ,ĞůůĞĚĂLJ͕ d͕͘ WĞƚĞƌŵĂŶŶ͕ ͕͘ >ƵŶĚŝŶ͕ ͕͘ ,ŽĚŐƐŽŶ͕ ͕͘ ĂŶĚ ^ŚĂƌŵĂ͕ Z͘ ͘ ;ϮϬϬϴͿ E ƌĞƉĂŝƌ R29 ƉĂƚŚǁĂLJƐĂƐƚĂƌŐĞƚƐĨŽƌĐĂŶĐĞƌƚŚĞƌĂƉLJ͘ Nat. Rev. Cancer ϴ͕ϭϵϯͲϮϬϰ͘ R30 ϰϵ͘ ZŽƩĞŶďĞƌŐ͕^͕͘:ĂƐƉĞƌƐ͕:͕͘͘<ĞƌƐďĞƌŐĞŶ͕͕͘ǀĂŶĚĞƌ͕͕͘͘ELJŐƌĞŶ͕͘K͕͘ĂŶĚĞƌ͕^͕͘͘ĞƌŬƐĞŶ͕ W͘t͕͘ĚĞ͕͘D͕͘ĞǀĞŶŚŽǀĞŶ͕:͕͘>ĂƵ͕͕͘ŽƵůƚĞƌ͕Z͕͘ƌĂŶƐƚŽŶ͕͕͘K͛ŽŶŶŽƌ͕D͘:͕͘DĂƌƟŶ͕E͘ R31 D͕͘ŽƌƐƚ͕W͕͘ĂŶĚ:ŽŶŬĞƌƐ͕:͘;ϮϬϬϴͿ,ŝŐŚƐĞŶƐŝƟǀŝƚLJŽĨZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐƚŽƚŚĞ R32 WZWŝŶŚŝďŝƚŽƌϮϮϴϭĂůŽŶĞĂŶĚŝŶĐŽŵďŝŶĂƟŽŶǁŝƚŚƉůĂƟŶƵŵĚƌƵŐƐ͘ Proc. Natl. Acad. Sci. R33 USA ϭϬϱ͕ϭϳϬϳϵͲϭϳϬϴϰ͘ ϱϬ͘ ĂŶĚĞƌ͕^͕͘͘<ĞƌƐďĞƌŐĞŶ͕͕͘ǀĂŶĚĞƌ͕͕͘͘ĚĞ͕t͘E͕͘ǀĂŶ͕d͘K͕͘'ƵŶŶĂƌƐĚŽƫƌ͕^͕͘:ĂƐƉĞƌƐ͕:͕͘͘ R34 WĂũŝĐ͕D͕͘ELJŐƌĞŶ͕͘K͕͘:ŽŶŬĞƌƐ͕:͕͘ŽƌƐƚ͕W͕͘ĂŶĚZŽƩĞŶďĞƌŐ͕^͘;ϮϬϭϬͿ^ĞŶƐŝƟǀŝƚLJĂŶĚĂĐƋƵŝƌĞĚ R35 ƌĞƐŝƐƚĂŶĐĞŽĨZϭ͖ƉϱϯͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐƚŽƚŚĞƚŽƉŽŝƐŽŵĞƌĂƐĞ/ŝŶŚŝďŝƚŽƌ ƚŽƉŽƚĞĐĂŶ͘ Cancer Res. ϳϬ͕ϭϳϬϬͲϭϳϭϬ͘ R36 ϱϭ͘ ZŽƩĞŶďĞƌŐ͕^͕͘ELJŐƌĞŶ͕͘K͕͘WĂũŝĐ͕D͕͘ǀĂŶ>ĞĞƵǁĞŶ͕&͘t͕͘ǀĂŶ͕Ě͘,͕͘/͕ǀĂŶĚĞ͕t͘<͕͘>ŝƵ͕y͕͘ R37 ĚĞsŝƐƐĞƌ͕<͕͘͘'ŝůŚƵŝũƐ͕<͘'͕͘ǀĂŶ͕d͘K͕͘^ĐŚŽƵƚĞŶ͕:͘W͕͘:ŽŶŬĞƌƐ͕:͕͘ĂŶĚŽƌƐƚ͕W͘;ϮϬϬϳͿ^ĞůĞĐƟǀĞ R38 ŝŶĚƵĐƟŽŶŽĨĐŚĞŵŽƚŚĞƌĂƉLJƌĞƐŝƐƚĂŶĐĞŽĨŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐŝŶĂĐŽŶĚŝƟŽŶĂůŵŽƵƐĞŵŽĚĞůĨŽƌ ŚĞƌĞĚŝƚĂƌLJďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ͘ Proc. Natl. Acad. Sci. USA ϭϬϰ͕ϭϮϭϭϳͲϭϮϭϮϮ͘ R39

ϲϱ Chapter 2

ϱϮ͘ ŽƵǁŵĂŶ͕W͕͘ůLJ͕͕͘ƐĐĂŶĚĞůů͕:͘D͕͘WŝĞƚĞƌƐĞ͕D͕͘ĂƌƚŬŽǀĂ͕:͕͘ǀĂŶĚĞƌ͕'͘,͕͘,ŝĚĚŝŶŐŚ͕^͕͘ R1 dŚĂŶĂƐŽƵůĂ͕D͕͘<ƵůŬĂƌŶŝ͕͕͘zĂŶŐ͕Y͕͘,ĂīƚLJ͕͘'͕͘dŽŵŵŝƐŬĂ͕:͕͘ůŽŵƋǀŝƐƚ͕͕͘ƌĂƉŬŝŶ͕Z͕͘ R2 ĚĂŵƐ͕͘:͕͘EĞǀĂŶůŝŶŶĂ͕,͕͘ĂƌƚĞŬ͕:͕͘dĂƌƐŽƵŶĂƐ͕D͕͘'ĂŶĞƐĂŶ͕^͕͘ĂŶĚ:ŽŶŬĞƌƐ͕:͘;ϮϬϭϬͿϱϯWϭ R3 ůŽƐƐƌĞƐĐƵĞƐZϭĚĞĮĐŝĞŶĐLJĂŶĚŝƐĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚǁŝƚŚƚƌŝƉůĞͲŶĞŐĂƟǀĞĂŶĚZͲŵƵƚĂƚĞĚďƌĞĂƐƚ ĐĂŶĐĞƌƐ͘ Nat. Struct. Mol. Biol. ϭϳ͕ϲϴϴͲϲϵϱ͘ R4 ϱϯ͘ ƵŶƟŶŐ͕^͘&͕͘ĂůůĞŶ͕͕͘tŽŶŐ͕E͕͘ŚĞŶ͕,͘d͕͘WŽůĂƚŽ͕&͕͘'ƵŶŶ͕͕͘ŽƚŚŵĞƌ͕͕͘&ĞůĚŚĂŚŶ͕E͕͘ R5 &ĞƌŶĂŶĚĞnjͲĂƉĞƟůůŽ͕K͕͘ĂŽ͕>͕͘yƵ͕y͕͘ĞŶŐ͕͘y͕͘&ŝŶŬĞů͕d͕͘EƵƐƐĞŶnjǁĞŝŐ͕D͕͘^ƚĂƌŬ͕:͘D͕͘ĂŶĚ EƵƐƐĞŶnjǁĞŝŐ͕͘;ϮϬϭϬͿϱϯWϭŝŶŚŝďŝƚƐŚŽŵŽůŽŐŽƵƐƌĞĐŽŵďŝŶĂƟŽŶŝŶƌĐĂϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚĐĞůůƐďLJ R6 ďůŽĐŬŝŶŐƌĞƐĞĐƟŽŶŽĨEďƌĞĂŬƐ͘ Cell ϭϰϭ͕ϮϰϯͲϮϱϰ͘ R7 ϱϰ͘ ŝĂŶĨƌŽĐĐĂ͕D͕͘'ŽůĚƐƚĞŝŶ͕>͘:͘;ϮϬϬϰͿWƌŽŐŶŽƐƟĐĂŶĚƉƌĞĚŝĐƟǀĞĨĂĐƚŽƌƐŝŶ ĞĂƌůLJͲƐƚĂŐĞďƌĞĂƐƚ R8 ĐĂŶĐĞƌ͘ KŶĐŽůŽŐŝƐƚ ϵ͕ϲϬϲͲϲϭϲ͘ ϱϱ͘ ^ƵŶ͕͕͘ŚĂŶŐ͕^͕͘ŚĂŶŐ͕͕͘>ŝ͕z͕͘ŚĂŽ͕y͕͘>ƵŽ͕z͕͘ĂŶĚ'ƵŽ͕z͘;ϮϬϬϴͿ/ĚĞŶƟĮĐĂƟŽŶŽĨŵĞƚĂƐƚĂƐŝƐͲ R9 ƌĞůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐĂŶĚƚŚĞŝƌĐůŝŶŝĐĂůƌĞůĞǀĂŶĐĞƚŽƚƌŝƉůĞͲŶĞŐĂƟǀĞŚƵŵĂŶďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌ͘ Clin. Cancer R10 Res. ϭϰ͕ϳϬϱϬͲϳϬϱϵ͘ ϱϲ͘ ŚĂ͕^͕͘/ŵŝĞůŝŶƐŬŝ͕D͕͘͘ZĞũƚĂƌ͕d͕͘ZŝĐŚĂƌĚƐŽŶ͕͕͘͘dŚĂŬƵƌ͕͕͘^ŐƌŽŝ͕͕͘͘ĂŶĚ<ĂƌŐĞƌ͕͘>͘ R11 ;ϮϬϭϬͿ/ŶƐŝƚƵƉƌŽƚĞŽŵŝĐĂŶĂůLJƐŝƐŽĨŚƵŵĂŶďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌĞƉŝƚŚĞůŝĂůĐĞůůƐƵƐŝŶŐůĂƐĞƌĐĂƉƚƵƌĞ R12 ŵŝĐƌŽĚŝƐƐĞĐƟŽŶ͗ĂŶŶŽƚĂƟŽŶďLJƉƌŽƚĞŝŶƐĞƚĞŶƌŝĐŚŵĞŶƚĂŶĂůLJƐŝƐĂŶĚŐĞŶĞŽŶƚŽůŽŐLJ͘ Mol. Cell R13 Proteomics ϵ͕ϮϱϮϵͲϮϱϰϰ͘ ϱϳ͘ DďĞƵŶŬƵŝ͕&͕͘DĞƚŐĞ͕͘:͕͘^ŚĞǀĚĞ͕>͕͘͘ĂŶĚWĂŶŶĞůů͕>͘<͘;ϮϬϬϳͿ/ĚĞŶƟĮĐĂƟŽŶŽĨĚŝīĞƌĞŶƟĂůůLJ R14 ƐĞĐƌĞƚĞĚďŝŽŵĂƌŬĞƌƐƵƐŝŶŐ>ͲD^ͬD^ŝŶŝƐŽŐĞŶŝĐĐĞůůůŝŶĞƐƌĞƉƌĞƐĞŶƟŶŐĂƉƌŽŐƌĞƐƐŝŽŶŽĨďƌĞĂƐƚ R15 ĐĂŶĐĞƌ͘ :͘WƌŽƚĞŽŵĞZĞƐ͘ ϲ͕ϮϵϵϯͲϯϬϬϮ͘ ϱϴ͘ KƵ͕<͕͘zƵ͕<͕͘<ĞƐƵŵĂ͕͕͘,ŽŽŝ͕D͕͘,ƵĂŶŐ͕E͕͘ŚĞŶ͕t͕͘>ĞĞ͕^͘z͕͘'ŽŚ͕y͘W͕͘dĂŶ͕>͘<͕͘>ŝƵ͕:͕͘ R16 ^ŽŽŶ͕^͘z͕͘ŝŶďĚƵů͕Z͘^͕͘WƵƫ͕d͕͘͘:ŝŬƵLJĂ͕,͕͘/ĐŚŝŬĂǁĂ͕d͕͘EŝƐŚŝŵƵƌĂ͕K͕͘^ĂůƚŽͲdĞůůĞnj͕D͕͘ R17 ĂŶĚdĂŶ͕W͘;ϮϬϬϴͿEŽǀĞůďƌĞĂƐƚĐĂŶĐĞƌďŝŽŵĂƌŬĞƌƐŝĚĞŶƟĮĞĚďLJŝŶƚĞŐƌĂƟǀĞƉƌŽƚĞŽŵŝĐĂŶĚŐĞŶĞ R18 ĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶŵĂƉƉŝŶŐ͘ :͘WƌŽƚĞŽŵĞZĞƐ͘ ϳ͕ϭϱϭϴͲϭϱϮϴ͘ ϱϵ͘ ,ŽĐŚŐƌĂĨĞ͕&͕͘ŚĂŶŐ͕>͕͘K͛dŽŽůĞ͕^͕͘͘ƌŽǁŶĞ͕͕͘͘WŝŶĞƐĞ͕D͕͘WŽƌƚĂ͕͕͘͘>ĞŚƌďĂĐŚ͕'͘D͕͘ R19 ƌŽƵĐŚĞƌ͕͘Z͕͘ZŝĐŬǁŽŽĚ͕͕͘ŽƵůŐŚŽƵƌũŝĂŶ͕͕͘^ŚĞĂƌĞƌ͕Z͕͘EĂŝƌ͕Z͕͘^ǁĂƌďƌŝĐŬ͕͕͘&ĂƌĂƟĂŶ͕͕͘ R20 DƵůůĞŶ͕W͕͘,ĂƌƌŝƐŽŶ͕͘:͕͘ŝĂŶŬŝŶ͕͘s͕͘^ƵƚŚĞƌůĂŶĚ͕Z͘>͕͘ZĂŌĞƌLJ͕D͘:͕͘ĂŶĚĂůLJ͕Z͘:͘;ϮϬϭϬͿ dLJƌŽƐŝŶĞƉŚŽƐƉŚŽƌLJůĂƟŽŶƉƌŽĮůŝŶŐƌĞǀĞĂůƐƚŚĞƐŝŐŶĂůŝŶŐŶĞƚǁŽƌŬĐŚĂƌĂĐƚĞƌŝƐƟĐƐŽĨĂƐĂůďƌĞĂƐƚ R21 ĐĂŶĐĞƌĐĞůůƐ͘ Cancer Res. ϳϬ͕ϵϯϵϭͲϵϰϬϭ͘ R22 ϲϬ͘ <ŽŶƐƚĂŶƟŶŽƉŽƵůŽƐ͕W͕͘͘^ƉĞŶƚnjŽƐ͕͕͘<ĂƌůĂŶ͕͘z͕͘dĂŶŝŐƵĐŚŝ͕d͕͘&ŽƵŶƚnjŝůĂƐ͕͕͘&ƌĂŶĐŽĞƵƌ͕E͕͘ R23 >ĞǀŝŶĞ͕͕͘͘ĂŶĚĂŶŶŝƐƚƌĂ͕^͘͘;ϮϬϭϬͿ'ĞŶĞĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶƉƌŽĮůĞŽĨZŶĞƐƐƚŚĂƚĐŽƌƌĞůĂƚĞƐ ǁŝƚŚ ƌĞƐƉŽŶƐŝǀĞŶĞƐƐ ƚŽ ĐŚĞŵŽƚŚĞƌĂƉLJ ĂŶĚ ǁŝƚŚ ŽƵƚĐŽŵĞ ŝŶ ƉĂƟĞŶƚƐ ǁŝƚŚ ĞƉŝƚŚĞůŝĂů ŽǀĂƌŝĂŶ R24 ĐĂŶĐĞƌ͘ :͘ůŝŶ͘KŶĐŽů͘ Ϯϴ͕ϯϱϱϱͲϯϱϲϭ͘ R25 R26 R27 R28 R29 R30 R31 R32 R33 R34 R35 R36 R37 R38 R39

ϲϲ WƌŽƚĞŽŵŝĐƐŽĨZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚĂŶĚͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐ

Supplementary Tables R1 dŚĞ^ƵƉƉůĞŵĞŶƚĂƌLJdĂďůĞƐ^ϭͲϯĐĂŶďĞƌĞƋƵĞƐƚĞĚǀŝĂŵĂƌĐǁĂƌŵŽĞƐΛŚŽƚŵĂŝů͘ĐŽŵ͘ R2 ^ƵƉƉůĞŵĞŶƚĂƌLJdĂďůĞ^ϭ͘>ŝƐƚŽĨƉƌŽƚĞŝŶƐĚĞƚĞĐƚĞĚŝŶZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚĂŶĚͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞ R3 ƚƵŵŽƌƟƐƐƵĞůLJƐĂƚĞƐĂŶĚĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚƐƉĞĐƚƌĂůĐŽƵŶƚƋƵĂŶƟĮĐĂƟŽŶĚĂƚĂ R4 ^ƵƉƉůĞŵĞŶƚĂƌLJdĂďůĞ^Ϯ͘>ŝƐƚŽĨƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚůLJĚŝīĞƌĞŶƟĂůƉƌŽƚĞŝŶƐďĞƚǁĞĞŶZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚ R5 ĂŶĚͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞƚƵŵŽƌƟƐƐƵĞůLJƐĂƚĞƐĂŶĚĂƐƐŽĐŝĂƚĞĚƐƉĞĐƚƌĂůĐŽƵŶƚƋƵĂŶƟĮĐĂƟŽŶĚĂƚĂ 2 R6 ^ƵƉƉůĞŵĞŶƚĂƌLJ dĂďůĞ ^ϯ͘ >ŝƐƚ ŽĨ ƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚůLJ ĞŶƌŝĐŚĞĚ ƉƌŽƚĞŝŶ ĐŽŵƉůĞdžĞƐ ŝŶ ƐŝŐŶŝĮĐĂŶƚůLJ R7 ƌĞŐƵůĂƚĞĚƉƌŽƚĞŝŶƐĨƌŽŵZϭĚĞĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞƚƵŵŽƌƟƐƐƵĞůLJƐĂƚĞƐ R8 R9 R10 $ % R11 %UHDVWO\VDWH UHSOLFDWH R12 R13 R14  R15 R16   R17  R18  R19   R20  R21 R22 R23 %UHDVWO\VDWH %UHDVWO\VDWH R24 UHSOLFDWH UHSOLFDWH R25 R26 7RWDOLGHQWLILHGSURWHLQV R27 R28 Supplementary Figure S1. Replicate analysis of pooled mammary tumor lysates. A, ŽŽŵĂƐƐŝĞƐƚĂŝŶĞĚ R29 ŐĞůĚŝƐƉůĂLJŝŶŐƉƌŽƚĞŝŶĨƌĂĐƟŽŶĂƟŽŶŽĨƚŚƌĞĞƐĂŵƉůĞƐĨƌŽŵĂƉŽŽůĞĚŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƟƐƐƵĞůLJƐĂƚĞ͘ R30 B,^ƵŵŵĂƌLJŽĨƉƌŽƚĞŝŶŝĚĞŶƟĮĐĂƟŽŶďLJŶĂŶŽͲ>ͲD^ͬD^͘dŚĞĂǀĞƌĂŐĞsŽĨƚŚĞŶŽƌŵĂůŝnjĞĚƐƉĞĐƚƌĂů ĐŽƵŶƚƐŝƐϮϰйĨŽƌƚŚĞϮϮϮϬƉƌŽƚĞŝŶƐƉƌĞƐĞŶƚŝŶĂůůƌĞƉůŝĐĂƚĞƐ;ϵϬйŽĨĂůůƉƌŽƚĞŝŶƐĂƌĞŽǀĞƌůĂƉƉŝŶŐͿ͘dŚĞ R31 ƚŽƚĂůĚĂƚĂƐĞƚĐŽŶƚĂŝŶĞĚϮϰϯϳƉƌŽƚĞŝŶƐ͘ R32 6XSSOHPHQWDO)LJXUH R33 R34 R35 R36 R37 R38 R39

ϲϳ Chapter 2

R1 $           R R R R R HI HI HI HI HI U U U U U R2 G G G G G S S S S S B B B B B U B B B B B $ $ $ $ $ H $ $ $ $ $ N R3 U 5& 5& 5& 5& 5& 5& 5& 5& 5& 5& R4 % % % % % 0D % % % % % R5  R6 

R7  R8 

R9  R10  R11  R12  R13  R14 % & R15 %5&$BGHI %5&$BSUR S  R16 %5&$BSUR R17   %5&$BGHI S &'+ R18 %5&$BGHI %5&$BSUR S  R19 R20 R21 R22 R23 R24

R25 %5&$BSUR %5&$BGHI %5&$BGHI R26 %5&$BSUR S  &'+  S  &'+  R27 Supplementary Figure S2. Analysis of biological reproducibility. A, WƌŽƚĞŝŶĨƌĂĐƟŽŶĂƟŽŶŽĨϭϬƐĂŵƉůĞƐ R28 ĨƌŽŵ ZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚ ĂŶĚ ͲĚĞĮĐŝĞŶƚ ƚƵŵŽƌ ƟƐƐƵĞ ůLJƐĂƚĞƐ͘ B, &ŝǀĞͲǁĂLJ sĞŶŶ ĚŝĂŐƌĂŵ ƐŚŽǁŝŶŐ ƚŚĞ ĚŝƐƚƌŝďƵƟŽŶŽĨƚŚĞƉƌŽƚĞŝŶŝĚĞŶƟĮĐĂƟŽŶƐǁŝƚŚŝŶƚŚĞĮǀĞZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚƐĂŵƉůĞƐ͘ C, &ŝǀĞͲǁĂLJsĞŶŶ 6XSSOHPHQWDO)LJXUH R29 ĚŝĂŐƌĂŵƐŚŽǁŝŶŐƚŚĞĚŝƐƚƌŝďƵƟŽŶŽĨĂůůϯϮϳϬƉƌŽƚĞŝŶŝĚĞŶƟĮĐĂƟŽŶƐǁŝƚŚŝŶƚŚĞĮǀĞZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚ R30 ƐĂŵƉůĞƐ͘ϭϴϱϲ;ϱϲйͿƉƌŽƚĞŝŶƐǁĞƌĞƉƌĞƐĞŶƚŝŶĂůůĮǀĞƐĂŵƉůĞƐĂŶĚŚĂĚĂŶĂǀĞƌĂŐĞsŽĨϯϲй͘ R31 R32 R33 R34 R35 R36 R37 R38 R39

ϲϴ WƌŽƚĞŽŵŝĐƐŽĨZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚĂŶĚͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐ

$ 6&GLVFRYHU\VDPSOHV ;,&GLVFRYHU\VDPSOHV R1 1FDSG 1FDSG R2 S IF  S IF    R3      R4   

6XPPHG;,& V  R5

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

ϲϵ Chapter 2

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

I I I I   I I  R16  R R H H I UR UR  GH GH HI SU SU H SUR SUR R BG BG BGHI B B BS BS BGH BGH BG BSUR BSUR BSUR        $ $ $ $  $ $ & & & & $ &$ &$ &$ &$ 5 5 5&$B 5&$B 5 5&$B 5 & 5 5 5& 5 5 &$BSU R17 % %5&$B % % 5&$ % % % % % % %5&$ %5&$BGHI %5& % % % 5 % %5 %5&$BG % R18 6DPSOHV 6DPSOHV R19 6LQD9/($,4. EE R20 S IF   R21   

R22 $8&   R23 

I   HI UR R24 GHI BGHI BG B  BGHI BS $ $ $  $ & & $ 5 5 & %5&$BGH%5& % % 5 %5&$BSUR%5&$BSUR%5&$BSUR%5& R25 % %5&$BSUR R26 6DPSOHV R27 R28 R29 R30 R31 R32 R33 R34 R35 6XSSOHPHQWDO)LJXUH% R36 R37 R38 R39

ϳϬ WƌŽƚĞŽŵŝĐƐŽĨZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚĂŶĚͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐ

& 6&GLVFRYHU\VDPSOHV ;,&GLVFRYHU\VDPSOHV R1

%D]E %D]E R2 S IF  S IF    R3      R4       R5 6XPPHG;,& V 

1RUPDOL]HG6&     2 R6 I I I    H UR UR GH GH SUR BGHI BGHI B BG B B BS BS $ $BGHI $ $BGHI $BGHI $BSUR $BSUR $BSUR   BGHI     BSUR & & & & & & $ $ $ 5 5 5 5 5 5 R7 &$ &$ %5& % %5& % % % % %5&$BSUR% %5&$BSUR 5 5& 5 5&$BSUR5& 5& % %5&$ %5&$BGHI% % % % %5&$ %5&$ % 6DPSOHV 6DPSOHV R8 R9 650YDOLGDWLRQVDPSOHV R10 %D]E''3(9''/9/47. \\ %D]E($:(((4(9$(//. \[\[ R11 S IF  S IF     R12        R13 $8& $8&        R14

          R R  HI HI HI  UR UR UR UR R G S SUR R15 BS BGHI B BSU B B  $BSU $BG $BG $ $ $ $BGHI & & & $BSUR &$ &$BGHI &$ &$ & 5& 5& & %5 %5&$BGHI%5 % %5&$BS % %5&$BS %5 %5&$BGHI%5 %5&$BGHI%5 5& %5 %5&$BSUR%5 %5 %5&$BGHI %5 % %5&$BSU R16 6DPSOHV 6DPSOHV R17 R18 %D]E,,6193$'6/,5 E\ %D]E/(76())(/76((. EE R19 S IF  S IF     R20        R21 $8&  $8&     R22  

  I I R        H H I UR  UR UR UR UR  G H S UR S R23 BGHI B G BSUR B S BGHI GHI BS BS BS  BG BGHI  B BSUR   BSU B  B $ $ &$ &$ &$ 5&$ 5&$ 5&$ 5&$ &$ 5&$B %5&$ % % %5&$ 5& %5& %5&$ % % %5&$BGHI%5&$BGHI%5&$BGHI%5&$ 5 %5 %5 %5 % 5&$BSUR % %5&$ % % R24 6DPSOHV 6DPSOHV R25 R26 R27 R28 R29 R30 R31 R32 R33 6XSSOHPHQWDO)LJXUH& R34 R35 R36 R37 R38 R39

ϳϭ Chapter 2

R1 ' 6&GLVFRYHU\VDPSOHV ;,&GLVFRYHU\VDPSOHV R2 3DUS 3DUS S IF  S IF  R3     R4    R5   6XPPHG;,& V 1RUPDOL]HG6&   R6  I   UR I I I I I     GHI GHI SUR H H UR UR UR BGH B BGHI B BSUR BS BSUR B GH GH GH SUR SUR      B B B BG BG B B BS BS BS $ $ $ $ R7        & & &$ & & $ $ $ $ $ $ $ 5 & & & & & %5&$BGHI%5 %5&$ %5 % %5&$ %5 %5&$BSUR%5 %5&$ 5 5 %5&$ %5&$ %5& % %5 %5&$ %5& % %5 %5 6DPSOHV R8 6DPSOHV R9 R10 650YDOLGDWLRQVDPSOHV R11 3DUS$41(/,:1,. \\ 3DUS$6/&>&$0@,67. \\ S IF  S IF  R12     R13    $8&

$8&   R14   R15   I I I I I   H H UR  HI UR GH GH SUR SUR R GHI B B BG BG B B BS BGHI        BG B  BGHI BS $ $ $ $ $ $ $  $ R16 &$ &$ & & $ 5& 5 &$BGHI 5& 5 &$BSU 5 5 & %5& % % %5&$ 5 %5&$BSUR%5& % % 5 %5&$BGH%5& % % 5 %5&$BSUR%5&$BSUR%5&$BSUR%5& % % % %5&$BSUR R17 6DPSOHV 6DPSOHV R18 R19 3DUS7/*')/$(<$. \\ 3DUS771)$*,/64*/5 \\ S IF  S IF    R20      R21  $8&

$8&    R22    

I  I    I I I   HI H HI H  R UR UR HI I UR UR R23 G G S S UR G GH S S SUR BG BG BSU BSUR S B B B B     $ $ &$B &$ 5 5&$BGH 5&$BGH 5&$ 5&$BSUR %5&$B %5& %5&$B %5&$ %5&$ %5&$B %5&$ % %5&$ %5 % % 5&$BGH %5&$B %5& % % R24 %5&$BGHI %5&$B % %5&$BSUR R25 6DPSOHV 6DPSOHV R26 R27 R28 R29 R30 R31 R32 R33 R34 R35 6XSSOHPHQWDO)LJXUH' R36 R37 R38 R39

ϳϮ WƌŽƚĞŽŵŝĐƐŽĨZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚĂŶĚͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐ

( 6&GLVFRYHU\VDPSOHV ;,&GLVFRYHU\VDPSOHV R1 7RSD 7RSD R2 S IF  S IF     R3     R4        R5 6XPPHG;,& V 1RUPDOL]HG6&     R6     2 I HI HI HI H UR UR UR UR  I I  G S HI HI UR UR R R BG BS G G GH GH S S SU SU SUR BG BG BS BS B B B $ $ $ $ B B B B B B & &$BGHI & & & &$BSUR R7 $ $ $ $ $ $ $ $ $ 5 5 5 & & & & & %5&$B %5 % %5&$ % %5&$ %5 %5&$B %5 % 5 5 %5&$BGHI%5& %5& % %5 %5& %5& % %5 %5 6DPSOHV R8 6DPSOHV R9 R10 650YDOLGDWLRQVDPSOHV

7RSD(/,/)616'1(5 \\ 7RSD,9*/4<. \\ R11 S IF  S IF  R12      R13   $8&  $8& R14     R15

         HI UR UR I I  R  GHI H H I UR UR BGHI G G S BG B  BGHI BS BGHI BGHI BSU BS R16 $ $ $ $BGHI  $ $ $ & & & $ &$ 5 5 5 & 5&$ %5& % % % 5 %5&$BSUR%5&$BSUR%5&$BS %5& %5&$B %5& %5&$B %5& %5 %5&$B % %5&$BSUR5&$BSUR % %5&$BSUR %5&$BGH % R17 6DPSOHV 6DPSOHV R18 R19

7RSD/$($(5 EE 7RSD9/)7&>&$0@). \\ R20 S IF  S IF  R21      R22   $8& $8&  R23     R24

      I      HI HI UR UR  HI H I UR UR UR R  G G HI S S SUR UR G H S S S R B G B S BG  B  BG R25  $  $B &$ &$B &$BGHI &$B &$B & &$B &$B &$B &$ 5&$BSUR &$B 5 %5 %5 %5 %5&$BGHI5 %5 %5 % %5 5 %5 %5&$BGHI%5&$BGHI%5&$ %5& %5 % %5&$BSU % % %5&$ %5&$BSU R26 6DPSOHV 6DPSOHV R27 R28 R29 R30 R31 R32 R33 R34 R35 6XSSOHPHQWDO)LJXUH( R36 R37 R38 R39

ϳϯ Chapter 2

R1 ) 6&GLVFRYHU\VDPSOHV ;,&GLVFRYHU\VDPSOHV R2 7RSE 7RSE S IF  S IF  R3      R4      R5  6XPPHG;,& V 1RUPDOL]HG6&   R6  I   UR I I I I I     GHI GHI SUR H H UR UR UR BGH B BGHI B BSUR BS BSUR B GH GH GH SUR SUR      B B B BG BG B B BS BS BS $ $ $ $ R7        & & &$ & & $ $ $ $ $ $ $ 5 & & & & & %5&$BGHI%5 %5&$ %5 % %5&$ %5 %5&$BSUR%5 %5&$ 5 5 %5&$ %5&$ %5& % %5 %5&$ %5& % %5 %5 R8 6DPSOHV 6DPSOHV R9 R10 650YDOLGDWLRQVDPSOHV R11 7RSE13:6''(6. EE 7RSE6(''6$. E\ R12 S IF  S IF    R13      R14  $8&

$8&    R15    

       R16 HI HI UR UR  HI R G G HI S S SUR UR SU B G B S BGHI  B  BG BSUR B BSUR  $ $ $ $ $ $ BSUR &$ &$B &$BGHI &$B &$B & & & & & $ &$ 5&$BSUR &$B 5&$BGHI 5& R17 %5 %5 %5 %5&$BGHI5 %5 %5 % %5 5 % %5 %5 %5&$BGHI %5 %5&$BSUR%5 % 5& % % %5&$BGHI % R18 6DPSOHV 6DPSOHV R19 7RSE<(794',/. EE R20 S IF    R21  

R22 $8&    R23 

R24 I R R $BGHI $BGHI BGH $BSU $BSU BSUR $ 5& 5& 5& % %5&$BGHI% %5&$BGHI %5&$BSUR% %5&$BSUR%5& R25 %5&$ %5& R26 6DPSOHV R27 ^ƵƉƉůĞŵĞŶƚĂƌLJ&ŝŐƵƌĞ^ϯ͘ĂƌŐƌĂƉŚƐƌĞƉƌĞƐĞŶƟŶŐƚŚĞŶŽƌŵĂůŝnjĞĚĂƌĞĂƵŶĚĞƌƚŚĞĐƵƌǀĞ;hͿĨƌŽŵ R28 SRM analysis on four proteins that showed discordant behaviour between protein expression and mRNA expression (NCAPD2, SIN3A, BAZ1B and TOP2B), one protein of which the mRNA level could R29 ŶŽƚďĞŵĞĂƐƵƌĞĚďĞĐĂƵƐĞƚŚĞƌĞǁĂƐŶŽƉƌŽďĞŽŶƚŚĞĂƌƌĂLJ;dKWϮͿ͕ĂŶĚŽŶĞƉŽƐŝƟǀĞĐŽŶƚƌŽůƚŚĂƚ R30 was up-regulated in both the proteomics and transcriptomics measurements (PARP1). ƌƌŽƌďĂƌƐ R31 ƌĞƉƌĞƐĞŶƚƚŚĞƐƚĂŶĚĂƌĚĚĞǀŝĂƟŽŶŽĨƚƌŝƉůŝĐĂƚĞĂŶĂůLJƐŝƐ͘ A, DĞĂƐƵƌĞŵĞŶƚƐĨŽƌEWϮ͖ B,ĨŽƌ^/Eϯ͖ C, ĨŽƌϭ͖ D, ĨŽƌWZWϭ͖ E, ĨŽƌdKWϮ͖ F, ĂŶĚĨŽƌdKWϮ͘ R32 R33 R34 R35 R36 6XSSOHPHQWDO)LJXUH) R37 R38 R39

ϳϰ WƌŽƚĞŽŵŝĐƐŽĨZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚĂŶĚͲĚĞĮĐŝĞŶƚŵŽƵƐĞŵĂŵŵĂƌLJƚƵŵŽƌƐ

R1 R2 R3 R4 R5 2 R6 R7 R8 R9 R10 R11 R12 R13 R14 R15 R16 R17 R18 R19 R20 R21 R22 R23 ^ƵƉƉůĞŵĞŶƚĂƌLJ&ŝŐƵƌĞ^ϰ͘,ĞĂƉŵĂƉĂŶĚĐůƵƐƚĞƌĂŶĂůLJƐŝƐƵƐŝŶŐƉĞƉƟĚĞŝŶƚĞŶƐŝƟĞƐŝŶĂŶŝŶĚĞƉĞŶĚĞŶƚ R24 ǀĂůŝĚĂƟŽŶƐĞƚŽĨƚĞŶƐĂŵƉůĞƐ;ĮǀĞZϭͲĚĞĮĐŝĞŶƚĂŶĚĮǀĞZϭͲƉƌŽĮĐŝĞŶƚĐĂƌĐŝŶŽŵĂƐͿ͘ WĞƉƟĚĞƐ ǁĞƌĞ ĚĞƌŝǀĞĚ ĨƌŽŵ ƉƌŽƚĞŝŶƐ ƚŚĂƚ ƐŚŽǁĞĚ ĚŝƐĐŽƌĚĂŶƚ ďĞŚĂǀŝŽƵƌ ďĞƚǁĞĞŶ ƚŚĞ ƉƌŽƚĞŝŶ ĂŶĚ ŵZE R25 ĞdžƉƌĞƐƐŝŽŶ͘dŚŝƐŵƵůƟƉůĞdžĞĚĂŶĂůLJƐŝƐĂŶĚǀŝƐƵĂůŝnjĂƟŽŶĐůĞĂƌůLJĚĞůŝŶĞĂƚĞƐƚǁŽŐƌŽƵƉƐďĂƐĞĚŽŶZϭ R26 ƐƚĂƚƵƐ͘ R27 R28 R29 R30 R31 R32 R33 R34 R35 6XSSOHPHQWDO)LJXUH R36 R37 R38 R39

ϳϱ