Effect of an Engineer Species on the Diversity and Functioning of Benthic Communities: the Sabellaria Alveolata Reef Habitat
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Effect of an engineer species on the diversity and functioning of benthic communities : the Sabellaria Alveolata reef habitat Auriane Jones To cite this version: Auriane Jones. Effect of an engineer species on the diversity and functioning of benthic communities : the Sabellaria Alveolata reef habitat. Ecology, environment. Université de Bretagne occidentale - Brest, 2017. English. <NNT : 2017BRES0142>. <tel-01801202> HAL Id: tel-01801202 https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01801202 Submitted on 28 May 2018 HAL is a multi-disciplinary open access L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est archive for the deposit and dissemination of sci- destinée au dépôt et à la diffusion de documents entific research documents, whether they are pub- scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, lished or not. 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Thèse préparée à l'Université de Bretagne Occidentale pour obtenir le diplôme de DOCTEUR délivré de façon partagée par L'Université de Bretagne Occidentale et l'Université de Bretagne Loire présentée par Spécialité: Ecologie marine Auriane Jones École Doctorale Sciences de la Mer et du Littoral Thèse soutenue le 14 décembre 2017 Effect of an engineer devant le jury composé de: species on the diversity Erik BONSDORFF Professor of marine biology, Åbo Akademi University / Rapporteur and functioning of Sébastien LEFEBVRE Professeur des universités, Université de Lille 1 sciences et benthic communities: technologies / Rapporteur Ruth CALLAWAY the Sabellaria alveolata Senior lecturer, Swansea University / Examinatrice Fred JEAN reef habitat Professeur des universités, Université de Bretagne Occidentale / Examinateur Pierre-Guy SAURIAU Chercheur CNRS, CR1-HDR, UMR LIENSs, La Rochelle / Examinateur Stanislas DUBOIS Chercheur Ifremer, Cadre de recherche HDR, Centre Bretagne / Directeur de thèse Jérôme FOURNIER Chercheur CNRS, CR1-HDR, UMR BOREA, Staion de Biologie Marine de Concarneau / Directeur de thèse Nicolas DESROY Chercheur Ifremer, Cadre de recherche HDR, LERBN / Encadrant scientifique, membre invité Le travail de préparation de cette thèse de doctorat a été financé par l’Ifremer et la Région Bretagne et soutenu par le projet français LabexMer (ANR-10-LABX-19-01) et le programme du gouvernement français « Investissements d’Avenir ». Ce travail de thèse a également bénéficié d’une bourse EC2CO DRIL (CNRS). The work for the preparation of this PhD thesis was funded by Ifremer and the Region of Brittany along with the French project LabexMer (ANR-10-LABX-19-01) and by the French government under the program “Investissements d’Avenir”. This PhD work was also funded by an EC2CO DRIL (CNRS) grant. 2 Remerciements Et voilà, trois ans (et un gros mois) de recherches sur un petit ver marin dont peu de personnes ont entendu parlé s’achève et je dois dire que cette petite fin d’un monde rempli d’hermelles me rend sentimentale. Au départ, je viens d’un monde peuplé de requins et accessoirement d’un peu de blé, de maïs, de vaches et de cochons, mais mon cœur a toujours été dans la mer. Et voilà que je me retrouve dans ce monde qu’est l’estran, ni vraiment mer ni vraiment terre, vers lequel les gens partent en tracteurs !!! comme quoi le monde agricole n’est jamais bien loin ! En cette fin de l’an 2017 de l’hermelle (très important signe astrologique chinois, il faut le savoir), je pense pouvoir dire que cette thèse a été un catalyseur de relations humaines et de découverte des autres. Et je vais tenter, sans trop m’étendre (mais à ce niveau je ne peux vous apporter aucune garantie de brièveté, car certains diront que j’aime bien parler, voire que je suis pipelette…) de remercier de manière exhaustive, toutes et je dis bien toutes (enfin je vais essayer) les personnes qui ont, de près ou de loin, contribuer à l’accomplissement de ma thèse ! Tout d’abord, je tiens à remercier les membres du jury qui ont accepté d’évaluer ma thèse : - Pr Erik Bonsdorff, Abo Akademi - Pr Sébastien Lefebvre, Université de Lilles - Pr Fred Jean, Université de Bretagne Occidentale - Dr Ruth Callaway, Swansea University - Dr Pierre-Guy Sauriau, CNRS Ensuite, je tiens à vivement remercier mes trois encadrants de thèse. Mon co-directeur de thèse Jérôme Fournier, qui a toujours su trouver les mots justes avec moi, pour m’aider à continuer et à toujours aller plus loin et plus haut. Je n’avais jusque-là jamais rencontré une personne avec autant de culture scientifique et humaine à la fois. Il m’a donné envie de repousser sans arrêt les limites de ma connaissance, tout en remettant en question mes idées préconçues et mes impressions. Je n’aurais pu espérer plus grand soutien tout au long de ma thèse. Malheureusement, les hermelles ne sont pas son seul sujet de prédilection et l’appel de l’Antarctique ne lui permettra pas d’être à ma soutenance, ce que je regrette énormément. En prévision de son absence, il a déjà pensé au pot d’après-thèse, ce qui nous permettra de trinquer à sa santé ! Je tiens à chaudement remercier THE Monsieur Hermelle et mon autre co-directeur de thèse, Stanislas Dubois, sans qui cette thèse n’aurait jamais vu le jour. Il a su me faire aimer dès le premier coup d’œil ce petit ver marin (même si j’ai bien cru mourir la première fois que je suis allée sur le récif de Sainte-Anne avec lui) et tout ce qu’il change autour de lui. Je pense que ce ver est un peu son bébé scientifique, et il a su me guider au début pour ensuite me laisser voler de mes propres ailes, et me forger ma propre opinion de chercheur. Je tiens également à le remercier énormément pour son soutien de A à Z dans la rédaction de ce manuscrit, et les corrections qu’il a faites 3 dessus à des heures impossibles ! Et voilà que j’arrive à Nicolas Desroy, mon encadrant scientifique. Je crois que Nico avait encore plus hâte que moi que cette thèse se termine pour pouvoir enfin m’appeler Docteur Jones en zozotant comme Demi-Lune ! Je me dois de souligner sa précieuse aide au cours de ma thèse notamment sur le terrain et au labo. Il faut savoir que la détermination de polychètes et moi, ça fait au moins 40 000, Thibault peut confirmer ma nullité absolue dans ce domaine. Nico a passé des heures (mêmes des semaines voire des mois) à déterminer des polychètes riquiquis et autres invertébrés étranges pour ma thèse. Sans lui et son bateau, la première campagne de ma thèse aurait été très compromise, et en plus il est venu sur le terrain en ayant la grippe !! Je tiens également à remercier toutes les autres personnes qui m’ont aidée durant ma thèse et sans lesquelles je n’aurais jamais réussi à arriver jusqu’à ce manuscrit. Je pense tout d’abord aux très très nombreuses personnes qui se sont faites embarquer sur le terrain de manière plus ou moins volontaire. Comme la veille pour le lendemain, quand je réalisais que la marée n’était que de 85 et que je n’allais jamais réussir à faire tous mes prélèvements, alors un grand merci à Cécile, Lilou et Seb de la station de Dinard. Et Ludo, le compagnon de mes sorties mensuelles sur le terrain sans qui rien de tout ça n’aurait été possible ! Je dois avouer que les sacs à dos ne devaient pas peser tout à fait le même poids…Un grand merci à Claire Rollet, la big boss de la station Ifremer de Dinard, qui a toujours été là pour moi, sur le terrain, lors de mon déménagement, pour me dire de rentrer chez moi, merci Claire pour ta gentillesse ! Merci aussi à Julien (pour la table basse aussi), Julia (« Sur la plage abandonnée, coquillages et crustacés », pendant des heures et des heures de tri de sédiment !), René, Aurélie, Aurore, François, Françoise, Daniel (une pensée toute particulière pour Daniel qui m’a mise en contact avec des pêcheurs à pied de la Baie du Mont), bien sûr Patrick pour son aide au labo, sur le terrain, sa bonne humeur et pour avoir partagé plein d’histoires avec moi ! Merci également à Priscilla, membre de mon comité de thèse et précieuse aide sur le terrain, et à ses fidèles compagnons nantais, Laurent et Pierre de la guilde du NDVI ! Merci aussi à Anthony de la réserve de Saint-Brieuc pour son aide sur les terrains de février et septembre, et son efficacité combinée avec Nico ! Merci aussi à Pompon pour les nombreux allers-retours à dos de tracteur en Baie du Mont ! Merci à la team carottes benthiques et flux biogéochimiques : Lionel Denis et Gwendoline Duhong pour leur bonne humeur sur le terrain et leur soutien psychologique post-terrain aussi ! Merci aussi beaucoup à Julien Cucherousset, l’autre membre de mon comité de thèse, d’avoir toujours été présent pour m’épauler, répondre à mes questions, et vérifier que tout allait bien, tout ça même en étant loin. Anik merci beaucoup pour tes corrections de dernière minute, ton soutien et ta gentillesse. Je remercie aussi chaudement toutes les personnes (uniquement au féminin) qui ont participé, par des stages ou des formations continues à la collecte et à l’analyse de données pour ma thèse ; les filles vont avez fait un boulot de malade: Ségolène Jambut, Flavie Delanzy (que j’ai encore embêté récemment au sujet de la production secondaire !), Louise Lanrivain, Anne Verdurmen (merci pour les moments supplémentaires passés à analyser les sucres !), Célia Bellengier (qui a peut-être ouvert un resto depuis la dernière fois), Angelica Navarro (pour toutes ses très nombreuses heures sup !), Sarah 4 Gouge et Nolwenn Lescop (merci pour les centaines de boulettes !).