UNIVERSIDAD COMPLUTENSE DE MADRID FACULTAD DE CIENCIAS BIOLÓGICAS DEPARTAMENTO DE BIOQUÍMICA Y BIOLOGÍA MOLECULAR CARACTERIZACIÓN GENÉTICA Y FUNCIONAL DE LA BACTERIA PROBIÓTICA PEDIOCOCCUS PARVULUS 2.6 GENETIC AND FUNCTIONAL CHARACTERIZATION OF THE PROBIOTIC BACTERIUM PEDIOCOCCUS PARVULUS 2.6 ADRIÁN PÉREZ RAMOS Directoras Dra. Paloma López García Dra. Mª Luz Mohedano Bonillo Tesis Doctoral Madrid 2019 La Dra. Paloma López García y la Dra. Mª Luz Mohedano Bonillo, del Centro de Investigaciones Biológicas (CIB) adscrito al Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), Certifican: Que la presente memoria titulada: “Caracterización genética y funcional de la bacteria probiótica Pediococcus parvulus 2.6” ha sido realizada por el doctorando D. Adrián Pérez Ramos, bajo su dirección en el laboratorio de Biología Molecular de Bacterias Gram-positivas del CIB, y autorizan su presentación para la defensa de tesis y obtar al grado de Doctor por la Universidad Complutense de Madrid. Y para que así conste a los efectos oportunos, firman la presente en Madrid en febrero de 2019. Fdo.: Dra. Paloma López García Fdo.: Dra. Mª Luz Mohedano Bonillo La realización de este trabajo ha sido posible gracias al disfrute de una ayuda para la realización de tesis doctorales en el marco del programa "Contratos predoctorales para la formación de doctores" del Ministerio de Economia y Competitividad de España, en la convocatoria de 2013 con la referencia de la ayuda: BES-2013-065157. También, gracias a la contratación como Titulado Superior de Actividades Técnicas y Profesionales con cargo al proyecto del Plan Nacional AGL2015-65010-C3-1-R, subvencionado por el CSIC. El presente trabajo de tesis doctoral ha sido realizado en el marco de los proyectos de investigación, financiados con fondos publicos, que se detallan a continuación: Proyecto AGL2012-40084-C03-01. Título del proyecto: “Identification of immunomodulating polysaccharides and probiotic bacteria for use in novel functional food”. Financiado por el Ministerio de Economía y Competitividad. IP: Dra. Paloma López. Centro de Investigaciones Biológicas (CSIC). 2012-2015. Proyecto AGL2015-65010-C3-1-R. Título del proyecto: “Development and evaluation of functional food based in bacterial homopolysaccharides”. Financiado por el Ministerio de Economía y Competitividad. IP: Dra. Paloma López. Centro de Investigaciones Biológicas (CSIC). 2016-Actualidad. Agradecimientos Agradecimientos Después de tantos años de trabajo y esfuerzo, me enfrento a estas líneas de agradecimientos, consecuencia inequívoca de que al fin lo he logrado y voy a convertirme en Doctor en Biología. Cómo iba a imaginar que alcanzaría el grado de maestro del “niquelao”. Sin duda, esta ardua hazaña se debe a todas las personas que he tenido el privilegio de conocer durante esta etapa vital. Y es que gracias a todos vosotros he aprendido a formarme como científico y también como persona. Por eso, antes de nada, quiero deciros que, de una forma u otra, todos vosotros sois responsables y partícipes de esta tesis doctoral. MUCHAS GRACIAS. Pero ahora vayamos a la chicha, la enjundia, el motivo por el que estáis aquí todos leyendo vamos. Y debo comenzar, sin duda, por mis directoras de tesis, Paloma y Mª Luz, vosotras me habéis guiado con vuestros conocimientos y vuestros consejos (aunque a menudo vaya por libre) a lo largo de esta etapa, me habéis enseñado a ser crítico, riguroso, a ser capaz de enfrentarme a los problemas y salir airoso sin fallecer en el intento. Mª Luz, a ti en especial, te tengo que agradecer que hubieras visto en mí, a un potencial científico capaz de enfrentarse a la dura tarea de llegar a serlo. Gracias por esa primera confianza tan necesaria y que me ha permitido realizar esta tesis doctoral. Y a ti Paloma que decirte. Eres una de las mejores personas que he tenido el privilegio de conocer. Tu gran corazón hace que te desvivas por la gente que te importa, hace que ayudes a toda la gente que tienes a tu alrededor, hace que llegues a considerar a tus estudiantes como tus niños y hace que esos niños lleguen a considerarte como una madre. Pero además, eres una persona inteligente, una trabajadora infatigable, pero sobre todo, eres la persona más resolutiva y creativa que he conocido, capaz de encontrar la solución a todo y de encauzar el trabajo por el camino correcto. Gracias por haberme enseñado tanto y tan bien. Y no puedo dejar de agradecerle a Steve, por su trabajo altruista y su paciencia con nuestro ‘Spanglish’, por su gran hospitalidad y por deleitarnos de vez en cuando con su humor británico. Quiero dar las gracias a todas las personas que han formado parte del laboratorio 306. A Mª Ángeles, Pilar y Sara N., que estuvisteis en el principio de esta andadura, hace tanto ya, pero que aún os recuerdo con cariño. Tú Pilar, incluso has seguido enseñándome a trabajar con las líneas celulares. A Montse, que recuerdo que te conocí en tu última estancia de unos meses… ¡Y lo que duró! Y gracias a eso hemos compartido tantas cosas dentro y fuera del laboratorio que me han permitido conocerte a ti y también a Salva. A Victor, Nuria, Sara H., Rhythm y Simona, vuestro paso fue más fugaz pero aun así guardo buenos recuerdos de vosotros. Y como no, a mis 3 compañeras predoctorales Kenza, Goretti y Annel, a las cuales les he hecho rabiar y sufrir tanto con mi humor, pero aun así han sabido apreciarme y quererme tanto como yo a ellas. Kenzita, la predoctoral más trabajadora e incansable que haya existido, y también la más preguntona, pero siempre con una sonrisa y claro, como no ayudarla. Contigo empecé mi talentosa habilidad imitadora, y te enseñe que en francés, con un “an petí petua” se puede ir a todos los sitios. Gracias por tu generosidad, amabilidad y tu amistad. Gorrrettita, mi querida “pija vasca”, sin duda de las 3 la que peor llevaba mis bromas, siempre picándose y claro, eso me daba pie a más bromas. Pero sin duda también, porque no decirlo, a la que más cariño he cogido. Nuestros caminos Agradecimientos predoctorales han ido en paralelo, hemos compartido un montón de vivencias en el laboratorio, en congresos y sobre todo fuera del trabajo que difícilmente podré olvidar. Muchas gracias por tu poca paciencia, tu poco rencor y tu gran corazón. Y hablando de corazón, Annelcita, la bondad personificada, tímida, educada e imposible hacerle enfadar salvo si le mentabas a una persona… Contigo alcance la cubre en las imitaciones, gracias por tu paciencia, tu saber estar y por enseñarme que la palabra “pendejo” no se debe usar tan a la ligera. Y por último, A Norhane, llegaste la última pero con unas ganas de aprender y trabajar enormes, lo que conllevaba también muchas preguntas, que tal vez por el momento en el que estaba no las atendí como te hubieras merecido. Sin embargo, me llevo un gran recuerdo tuyo, merci. Debo continuar por mi otro laboratorio, el 305, que aunque ellos se han empeñado en desvincularme llegando al punto de ponerme un contador de visitas, que yo hábilmente sorteaba con mis visitas curriculares, no han tenido más remedio que sucumbir a la realidad y aceptarme. En primer lugar a Gloria, sin duda una de las personas más trabajadoras y con más pasión por la ciencia que he conocido, siempre dispuesta a ayudar en lo que hiciera falta. Muchas gracias por tu disposición, humor y alegría. A Jose, la persona más correcta, educada y con mayor talante que haya conocido, y que yo en estos años me he empeñado en corromper, aunque con poco éxito. Muchas gracias por apreciar mi humor y saber que siempre es con cariño. Gracias también por ofrecerme siempre tu apoyo y consejo y enseñarme siempre la senda de lo correcto. Quiero agradecer también, a todas las personas que han formado parte de este laboratorio, Celeste, Lorena, Marta, Lydia, Jorge y Luismi, por hacer mis días en el laboratorio mucho más agradables. A Chencho, Javi y Diego, debo haceros una mención especial. Vosotros, cada uno en vuestro estilo, habéis sido para mí unos compañeros de laboratorio excepcionales, y unos buenos amigos con los que he compartido momentos inolvidables. Mucha culpa de que siempre anduviera por el 305 la tenéis vosotros. Quiero agradecerle también a Alicia, por todo lo que me ha ayudado y enseñado, por tener siempre unos minutos para mí y siempre con una sonrisa. Mucho más debería aprender de ti Ali, de tu manera de enfrentar las situaciones siempre con vitalidad y alegría. Gracias también por todos esos momentos inolvidables en los viajes que hemos hecho juntos. Terminando con mis compañeros del CIB, quiero agradecerles a Sofi y a Ana todos los buenos momentos que hemos pasado juntos, por las buenas conversaciones, los malos chistes y los ingeniosos juegos de palabras. Y por vuestro afán de hacer de mí una persona concisa y escueta. Siento deciros que no lo habéis conseguido. También, me quiero acordar de todas las personas con las que he compartido la hora de la comida, Paula, Cathy, Lorena, Vicky, Nadia, Yinwen, Concha y un largo etc. Gracias a todos por hacer la hora de la comida uno de los mejores momentos del día. A continuación, quiero agradecerles a mis amigos vascuences de Azti. A Miguel Ángel, por abrirme las puertas de su laboratorio y mostrarme el fantástico mundo del pez cebra. A Iñaki, mi compañero en el laboratorio que tanto me enseño y con el que compartí Agradecimientos muy buenos momentos, junto con Iker. A Javi y Ekaitz, por todas las risas que pasamos en la sala de ordenadores, en el amaiketako y la comida, que junto con Nerea, Nadia, Jone y Janire formamos el team “porongazti”. Gracias por hacerme sentir como en casa, y todos esos buenos momentos durante la estancia y los que vinieron después.