BRF2 GTF3C2 BRF1 POLR3A BDP1 STAT2 STAT1 ZNF274 NR2C2 TRIM28 SETDB1 HDAC8 CEBPB MAFK FOS FOSL1 JUN JUND JUNB SIRT6 SMARCB1 SMARCA4 EP300 TAL1 GATA2 GATA1 NFE2 USF1 USF2 ATF3 BCL3 ZBTB33 RDBP TAF7 BCLAF1 ZNF263 CTCFL CTCF SMC3 RAD21 SPI1 SRF SIX5 REST NRF1 SP2 SP1 THAP1 MYC MXI1 GTF2F1 POLR2A CHD2 GABPA HDAC2 HMGN3 CCNT2 SIN3A ETS1 ZBTB7A EGR1 IRF1 E2F6 E2F4 MAX ELF1 YY1 TBP TAF1 BRF2 GTF3C2 BRF1 POLR3A BDP1 STAT2 STAT1 ZNF274 NR2C2 TRIM28 SETDB1 HDAC8 CEBPB MAFK FOS FOSL1 JUN JUND JUNB SIRT6 SMARCB1 SMARCA4 EP300 TAL1 GATA2 GATA1 NFE2 USF1 USF2 ATF3 BCL3 ZBTB33 RDBP TAF7 BCLAF1 ZNF263 CTCFL CTCF SMC3 RAD21 SPI1 SRF SIX5 REST NRF1 SP2 SP1 THAP1 MYC MXI1 GTF2F1 POLR2A CHD2 GABPA HDAC2 HMGN3 CCNT2 SIN3A ETS1 ZBTB7A EGR1 IRF1 E2F6 E2F4 MAX ELF1 YY1 TBP TAF1

TAF1 TAF1 YY1 YY1 TBP TBP E2F4 E2F4 E2F6 E2F6 ELF1 ELF1 MAX MAX POLR2A POLR2A HMGN3 HMGN3 ZBTB7A ZBTB7A CCNT2 CCNT2 EGR1 EGR1 ETS1 ETS1 SIN3A SIN3A Intergenic HDAC2 HDAC2

B GABPA GABPA MXI1 MXI1

MYC genome Whole MYC

CHD2 CHD2 IRF1 IRF1 GTF2F1 GTF2F1 THAP1 THAP1 SP2 SP2 REST REST NRF1 NRF1 USF1 USF1 FOS FOS SP1 SP1 SRF SRF SPI1 SPI1 SIX5 SIX5 CTCF CTCF RAD21 RAD21 SMC3 SMC3 CTCFL CTCFL

ZNF263 ZNF263 regions BCLAF1 BCLAF1 TAF7 TAF7 RDBP RDBP ZBTB33 ZBTB33 BCL3 BCL3 ATF3 ATF3 USF2 USF2 NFE2 NFE2 SETDB1 SETDB1 TRIM28 TRIM28 ZNF274 ZNF274 NR2C2 NR2C2 GATA1 GATA1

GATA2 GATA2 TAL1 TAL1

EP300 EP300 SMARCA4 SMARCA4 SMARCB1 SMARCB1 SIRT6 SIRT6

A JUNB JUNB JUND JUND JUN JUN FOSL1 FOSL1

MAFK MAFK CEBPB CEBPB HDAC8 HDAC8 STAT1 STAT1 STAT2 STAT2 BDP1 BDP1 POLR3A POLR3A BRF1 BRF1 GTF3C2 GTF3C2 BRF2 BRF2 TBP TAF1 BRF2 GTF3C2 BRF1 POLR3A BDP1 STAT2 STAT1 ZNF274 NR2C2 TRIM28 SETDB1 HDAC8 CEBPB MAFK FOS FOSL1 JUN JUND JUNB SIRT6 SMARCB1 SMARCA4 EP300 TAL1 GATA2 GATA1 NFE2 USF1 USF2 ATF3 BCL3 ZBTB33 RDBP TAF7 BCLAF1 ZNF263 CTCFL CTCF SMC3 RAD21 SPI1 SRF SIX5 REST NRF1 SP2 SP1 THAP1 MYC MXI1 GTF2F1 POLR2A CHD2 GABPA HDAC2 HMGN3 CCNT2 SIN3A ETS1 ZBTB7A EGR1 IRF1 E2F6 E2F4 MAX ELF1 YY1

TAF1 YY1 TBP E2F4 E2F6

Promoter ELF1 MAX POLR2A HMGN3 ZBTB7A CCNT2 EGR1 ETS1

0 SIN3A HDAC2

B GABPA Degree of co-association (z-score) 10 MXI1 MYC

CHD2 IRF1 20 GTF2F1 THAP1 SP2 REST 30 NRF1

- USF1 FOS proximal regions SP1

40 SRF SPI1 SIX5 CTCF

50 RAD21 SMC3 CTCFL ZNF263

60 BCLAF1 TAF7 RDBP ZBTB33

70 BCL3 ATF3 USF2 NFE2

80 SETDB1 TRIM28 ZNF274 NR2C2

90 GATA1 GATA2 TAL1

t EP300

100 SMARCA4 SMARCB1 SIRT6

Low Medium High Confidence JUNB A JUND JUN FOSL1

MAFK CEBPB

HDAC8 STAT1 STAT2 BDP1 POLR3A BRF1 GTF3C2 BRF2 1

regions proximal Promoter regions Intergenic

-

FOSL1 JUN JUND JUNB FOSL1 JUN JUND JUNB A (K562)

JUNB JUNB

JUND JUND JUN JUN FOSL1 FOSL1 MYC MXI1 GTF2F1 POLR2A CHD2 GABPA HDAC2 MYC MXI1 GTF2F1 POLR2A CHD2 GABPA HDAC2 B (K562)

HDAC2 HDAC2 GABPA GABPA

MXI1 MXI1 MYC MYC CHD2 CHD2 SP1 EP300 NANOG HDAC2 SP1 EP300 NANOG HDAC2 C (H1 - hESC) EP300 EP300 SP1 SP1

HDAC2 HDAC2 2 NANOG NANOG JUN RXRA POU5F1 BCL11A SP1 EP300 NANOG HDAC2 SIX5 SRF ATF3 GABPA MAX USF2 USF1 EGR1 NRF1 SIN3A YY1 TBP TAF1 JUND TAF7 POLR2A TCF12 SUZ12 CTBP2 RFX5 REST RAD21 CTCF BCL3

TAF1 TBP H1 POLR2A TAF7 -

JUND hESC Promoter YY1 SIN3A EGR1 NRF1 USF1 USF2 MAX ATF3 SRF SIX5 -

GABPA proximal regions EP300 SP1 HDAC2 NANOG BCL11A POU5F1 RXRA CTBP2 SUZ12 TCF12 JUN

RFX5 BCL3 CTCF RAD21 REST 7

JUN RXRA POU5F1 BCL11A SP1 EP300 NANOG HDAC2 SIX5 SRF ATF3 GABPA MAX USF2 USF1 EGR1 NRF1 SIN3A YY1 TBP TAF1 JUND TAF7 POLR2A TCF12 SUZ12 CTBP2 RFX5 REST RAD21 CTCF BCL3

TAF1 TBP POLR2A TAF7 JUND H1 YY1 SIN3A -

EGR1 hESC NRF1 USF1 USF2 MAX Intergenic ATF3 SRF SIX5 GABPA EP300 SP1

HDAC2 regions NANOG BCL11A POU5F1 RXRA

CTBP2 SUZ12 TCF12 JUN RFX5 BCL3 CTCF RAD21 REST 8

BRF2 GTF3C2 BRF1 POLR3A BDP1 STAT2 STAT1 ZNF274 NR2C2 TRIM28 SETDB1 HDAC8 CEBPB MAFK FOS FOSL1 JUN JUND JUNB SIRT6 SMARCB1 SMARCA4 EP300 TAL1 GATA2 GATA1 NFE2 USF1 USF2 ATF3 BCL3 ZBTB33 RDBP TAF7 BCLAF1 ZNF263 CTCFL CTCF SMC3 RAD21 SPI1 SRF SIX5 REST NRF1 SP2 SP1 THAP1 MYC MXI1 GTF2F1 POLR2A CHD2 GABPA HDAC2 HMGN3 CCNT2 SIN3A ETS1 ZBTB7A EGR1 IRF1 E2F6 E2F4 MAX ELF1 YY1 TBP TAF1

TAF1 YY1 TBP E2F4 E2F6 ELF1 MAX POLR2A HMGN3 ZBTB7A CCNT2 EGR1 ETS1 SIN3A HDAC2 GABPA MXI1 MYC CHD2 IRF1 GTF2F1 THAP1 K562 Whole SP2 REST NRF1 USF1 FOS SP1 SRF SPI1 SIX5 CTCF RAD21 SMC3 CTCFL -

ZNF263 genome BCLAF1 TAF7 RDBP ZBTB33 BCL3 ATF3 USF2 NFE2

SETDB1 TRIM28 ZNF274 NR2C2 GATA1 GATA2 TAL1 EP300 SMARCA4 SMARCB1 SIRT6 JUNB JUND JUN FOSL1 MAFK CEBPB HDAC8 STAT1 STAT2 BDP1 POLR3A BRF1 GTF3C2 BRF2 18

BRF2 GTF3C2 BRF1 POLR3A BDP1 STAT2 STAT1 ZNF274 NR2C2 TRIM28 SETDB1 HDAC8 CEBPB MAFK FOS FOSL1 JUN JUND JUNB SIRT6 SMARCB1 SMARCA4 EP300 TAL1 GATA2 GATA1 NFE2 USF1 USF2 ATF3 BCL3 ZBTB33 RDBP TAF7 BCLAF1 ZNF263 CTCFL CTCF SMC3 RAD21 SPI1 SRF SIX5 REST NRF1 SP2 SP1 THAP1 MYC MXI1 GTF2F1 POLR2A CHD2 GABPA HDAC2 HMGN3 CCNT2 SIN3A ETS1 ZBTB7A EGR1 IRF1 E2F6 E2F4 MAX ELF1 YY1 TBP TAF1

TAF1 YY1 TBP E2F4 E2F6 ELF1 MAX POLR2A HMGN3 ZBTB7A CCNT2 EGR1 ETS1 SIN3A HDAC2 GABPA K562 Promoter MXI1 MYC CHD2 IRF1 GTF2F1 THAP1 SP2 REST NRF1 USF1 FOS SP1 SRF SPI1 SIX5 CTCF -

RAD21 proximal regions SMC3 CTCFL ZNF263 BCLAF1 TAF7 RDBP ZBTB33 BCL3 ATF3 USF2 NFE2 SETDB1 TRIM28 ZNF274 NR2C2 GATA1 GATA2

TAL1 EP300 SMARCA4 SMARCB1 SIRT6 JUNB JUND JUN FOSL1 MAFK CEBPB HDAC8 STAT1 STAT2 BDP1 POLR3A BRF1 GTF3C2 BRF2 19

BRF2 GTF3C2 BRF1 POLR3A BDP1 STAT2 STAT1 ZNF274 NR2C2 TRIM28 SETDB1 HDAC8 CEBPB MAFK FOS FOSL1 JUN JUND JUNB SIRT6 SMARCB1 SMARCA4 EP300 TAL1 GATA2 GATA1 NFE2 USF1 USF2 ATF3 BCL3 ZBTB33 RDBP TAF7 BCLAF1 ZNF263 CTCFL CTCF SMC3 RAD21 SPI1 SRF SIX5 REST NRF1 SP2 SP1 THAP1 MYC MXI1 GTF2F1 POLR2A CHD2 GABPA HDAC2 HMGN3 CCNT2 SIN3A ETS1 ZBTB7A EGR1 IRF1 E2F6 E2F4 MAX ELF1 YY1 TBP TAF1

TAF1 YY1 TBP E2F4 E2F6 ELF1 MAX POLR2A HMGN3 ZBTB7A CCNT2 EGR1 ETS1 SIN3A HDAC2 GABPA MXI1 MYC CHD2 IRF1 GTF2F1 K562 THAP1 SP2 REST NRF1 USF1

FOS Intergenic SP1 SRF SPI1 SIX5 CTCF RAD21 SMC3 CTCFL ZNF263 BCLAF1

TAF7 regions RDBP ZBTB33 BCL3 ATF3 USF2 NFE2 SETDB1

TRIM28 ZNF274 NR2C2 GATA1 GATA2 TAL1 EP300 SMARCA4 SMARCB1 SIRT6 JUNB JUND JUN FOSL1 MAFK CEBPB HDAC8 STAT1 STAT2 BDP1 POLR3A BRF1 GTF3C2 BRF2 20