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Néolithique Ancien Et Moyen) : Premiers Apports De L’Approche Paléogénétique

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Néolithique Ancien Et Moyen) : Premiers Apports De L’Approche Paléogénétique Du fonctionnement des sites fun´erairesaux processus de n´eolithisation sur le territoire fran¸cais(n´eolithique ancien et moyen) : premiers apports de l'approche pal´eog´en´etique Maite Rivollat To cite this version: Maite Rivollat. Du fonctionnement des sites fun´erairesaux processus de n´eolithisation sur le ter- ritoire fran¸cais(n´eolithique ancien et moyen) : premiers apports de l'approche pal´eog´en´etique. Arch´eologieet Pr´ehistoire.Universit´ede Bordeaux, 2016. Fran¸cais. <NNT : 2016BORD0045>. <tel-01325328> HAL Id: tel-01325328 https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01325328 Submitted on 2 Jun 2016 HAL is a multi-disciplinary open access L'archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est archive for the deposit and dissemination of sci- destin´eeau d´ep^otet `ala diffusion de documents entific research documents, whether they are pub- scientifiques de niveau recherche, publi´esou non, lished or not. The documents may come from ´emanant des ´etablissements d'enseignement et de teaching and research institutions in France or recherche fran¸caisou ´etrangers,des laboratoires abroad, or from public or private research centers. publics ou priv´es. THÈSE PRÉSENTÉE POUR OBTENIR LE GRADE DE DOCTEUR DE L’UNIVERSITÉ DE BORDEAUX ÉCOLE DOCTORALE Sciences et Environnements SPÉCIALITÉ Anthropologie biologique par Maïté RIVOLLAT DU FONCTIONNEMENT DES SITES FUNÉRAIRES AUX PROCESSUS DE NÉOLITHISATION SUR LE TERRITOIRE FRANÇAIS (NÉOLITHIQUE ANCIEN ET MOYEN) : PREMIERS APPORTS DE L’APPROCHE PALÉOGÉNÉTIQUE Sous la direction de : Marie-France DEGUILLOUX et la co-direction de : Christine COUTURE-VESCHAMBRE Soutenue le 11 avril 2016 Membres du jury : Mme KEYSER Christine, Professeur, Université de Strasbourg Présidente M. BINDER Didier, Directeur de Recherche, CNRS, Nice Rapporteur M. HAAK Wolfgang, Docteur, Institut Max Planck, Jena, Allemagne Rapporteur Mme COUTURE-VESCHAMBRE Christine, Maître de conférences, Université de Bordeaux Directrice Mme DEGUILLOUX Marie-France, Maître de conférences, Université de Bordeaux Directrice Mme BESSE Marie, Professeur, Université de Genève, Suisse Examinatrice M. ROTTIER Stéphane, Maître de conférences, Université de Bordeaux Invité Eternité Kamal Zerdoumi Un peu de nos morts vit en nous un peu de leur or luit en nous Ce sont nos étoiles dans la nuit du corps ce sont nos voiles dans l’ennui des ports La ressemblance nous lie aux ancêtres étrange alliance du temps et de l’être Remerciements Je tiens avant toute chose à remercier M. Didier BINDER (CEPAM - UMR 7264, Nice) et M. Wolfgang HAAK (Max Planck Institute, Jena, Allemagne) pour me faire l'honneur d'être les rapporteurs de ce travail. Merci également aux Professeurs Marie BESSE (Université de Genève, Suisse) et Christine KEYSER (Université de Strasbourg) pour avoir accepté d'en être les examinatrices, ainsi qu'à M. Stéphane ROTTIER (PACEA - UMR 5199, Bordeaux) pour sa participation à ce jury. Ce travail a été rendu possible grâce à une allocation ministérielle de doctorat de l'Université de Bordeaux et au soutien financier de l'École doctorale Sciences et environnements. Une grande partie des analyses paléogénétiques menées ont été financées grâce au projet "Diversité biologique et culturelle de l'Homme de la fin de la Préhistoire à la Protohistoire" (DHP). Ce Projet dépendant du LaScArBx a bénéficié d’une aide de l’Etat gérée par l’Agence Nationale de la Recherche au titre du programme Investissements d’avenir portant la référence ANR-10-LABX-52 (direction : S. ROTTIER ; Université de Bordeaux, LaScArBx-ANR ; 2012-14). L'Institut national de recherches archéologiques préventives (Inrap) a également financé les analyses pour le site de Fleury-sur-Orne. J'adresse mes remerciements les plus chaleureux et les plus sincères à Marie-France DEGUILLOUX, ma co-directrice puis directrice de thèse. Tu as accepté le pari de travailler avec moi alors que je partais de quasiment rien, tu m'as accompagnée tout au long de ces trois années avec une foi sans faille et m'as apporté ton savoir et ta clairvoyance. Je te remercie de ton investissement et de ta confiance, de ta disponibilité et de tes encouragements. Tu as su me donner confiance en ce que je fais, et tu as toujours su me montrer le positif là où je ne voyais que des problèmes. Tu m'as aussi donné la liberté de m'investir dans des projets extérieurs à la thèse, notamment des chantiers de fouille qui m'ont permis de m'épanouir tant du point de vue professionnel que personnel. Ces derniers mois en particulier, denses pour le moins qu'on puisse dire, ont montré une synergie joliment efficace entre nous ! J'espère que l'avenir nous réserve une collaboration pérenne… Merci !! Un très grand merci également à Christine COUTURE-VESCHAMBRE, ma directrice puis co-directrice de thèse. Merci d'avoir assuré le bon déroulement administratif de ces années de thèse. Vous vous êtes montrée à l'écoute et disponible quand j'en avais besoin, toujours avec le sourire. Vous avez toujours su apporter un regard extérieur à mon travail qui a permis de révéler les faiblesses que l'on finit par ne plus voir. Cette prise de distance a été tout à fait bénéfique ! 1 Pour ce qui est du volet technique de ce travail, d'immenses remerciements vont à Marie-Hélène PEMONGE. C'est grâce à toi et à ton investissement que toutes ces analyses (et il y en a eu !!) ont pu être menées à bien. Je n'aurais rien pu faire toute seule ! Et tu m'as aussi apporté ton savoir : sans toi mes connaissances seraient restées bien médiocres. Les discussions en salle blanche pendant les longues heures de broyage et d'extraction de nos centaines d'échantillons resteront gravées dans ma mémoire ! Merci de m'avoir apporté ton soutien, ton rire et tous tes conseils. J'espère que l'avenir nous permettra de continuer à travailler ensemble. Un très grand merci également à Fanny MENDISCO pour ta participation cruciale à ce travail. Tu m'as aidée à constituer les bases de données, notamment celle des séquences mitochondriales modernes qui ont demandé plusieurs mois de travail… Tu m'as appris pas à pas à apprivoiser le design des multiplex SNPs, les analyses statistiques, ainsi qu'à faire face à de nombreux problèmes, tant pratiques que conceptuels, et à les résoudre. Ta présence a toujours été un soutien très utile tout au long de ces mois d'apprentissage et c'est un plaisir que notre relation se soit transformée en amitié ! Je remercie très chaleureusement Stéphane ROTTIER (PACEA) pour avoir été à l'origine de cette thèse. Le site de Gurgy "Les Noisats" a inspiré ce sujet en fournissant une série idéale pour répondre à de nombreuses questions sur le Néolithique. Elle représente la plus grande part de ce travail, qui n'aurait pu être possible sans l'anticipation des analyses paléogénétiques, les prélèvements propres et les études de faisabilité effectuées pendant plusieurs années par des masters 2 et CDD. Tout ceci a notamment été possible grâce au projet DHP que tu as dirigé entre 2012 et 2014. Merci Stéphane d'avoir su voir loin ! Nos échanges ont toujours été constructifs et ta disponibilité et ton investissement m'ont aidée non seulement pour l'étude de Gurgy, mais aussi pour l'ensemble de mon travail. Cette thèse n'aurait pas non plus été possible sans l'accès aux autres vestiges humains qui l'ont constitué. Mes remerciements sont d'autant plus importants que les analyses paléogénétiques sont destructrices : les échantillons fournis représentent ainsi des dons inestimables. Un grand merci à Clément FELIU (UMR 7044 - Inrap), Philippe LEFRANC (UMR 7044 - Inrap) et Hélène REVEILLAS (PACEA - Inrap puis Communauté Urbaine de Bordeaux) pour m'avoir non seulement donné accès aux vestiges d'Obernai, mais aussi pour avoir contribué à une discussion constructive et passionnante à leur sujet. Un merci particulier à Hélène pour l'écriture de l'article : notre binôme a été d'une efficacité redoutable et ça a été un plaisir de travailler avec toi ! J'espère que cette collaboration perdurera longtemps. Merci à Frédéric CORDIER (Inrap) et à Yves GLEIZE (PACEA - Inrap) pour l'accès aux échantillons de Loriol-sur-Drôme "Clos Chauvin". Un grand merci à Emmanuel GHESQUIERE (Inrap) et à Philippe CHAMBON (CNRS) pour m'avoir associée à l'équipe du site de Fleury-sur-Orne "Les Hauts de l'Orne" et pour 2 m'avoir donné accès à ces vestiges. J'espère que la suite des fouilles nous apportera de nombreuses nouvelles données à exploiter ! Merci enfin à Bruno BOULESTIN (PACEA) et à Valérie MORTREUIL (médiatrice du patrimoine de la communauté de communes de la Haute-Saintonge) pour m'avoir donné accès aux échantillons de Germignac "Le Bois du Bourg". Je remercie grandement le laboratoire PACEA, ainsi que les deux équipes directoriales successives pendant lesquelles j'ai réalisé ma thèse, celle de Bruno MAUREILLE, Catherine FERRIER et Dominique CASTEX pour l'équipe A3P, puis celle d'Anne DELAGNES et Christine COUTURE-VESCHAMBRE. Ainsi, dès mon master recherche, j'ai pu bénéficier des meilleures conditions de travail. Le laboratoire PACEA m'a ensuite permis, pendant la thèse, d'accéder à toutes infrastructures de la plateforme de paléogénétique et ainsi de mener à bien toutes les analyses nécessaires à mon sujet. Je remercie Christophe BOURRI, Adline DELCAMP et Erwan GUICHOUX de la Plateforme Génome Transcriptome de Bordeaux sur le site de Pierroton pour l'accès à la technologie Sequenom et la mise en place des analyses SNPs. La majeure partie de mon travail de thèse s'est déroulée à PACEA, mais je remercie l'IdEx de l'Université de Bordeaux de m'avoir offert l'opportunité de bénéficier d'une bourse mobilité internationale. Merci à Priscilla BAYLE (PACEA) pour le coup de pouce sans doute décisif dans la constitution du dossier.
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