DOCSLIB.ORG

E:\Projekty\2001\Bulletin\2001\No07\Buletin 2001 7.Vp

Total Page：16

File Type：pdf, Size：1020Kb

Download full-text PDF Read full-text
E:\Projekty\2001\Bulletin\2001\No07\Buletin 2001 7.Vp Chemický průmysl ČR 2000 – Myslet globálně, jednat lokálně Chemický průmysl ČR během 11 let provozu svých výroben, navrhovatelé i zákonodárci v tlaku, který vyvíjí snaha o energetických a vodohospodářských provozů, logistických legislativní smršť, překročí rámec předlouhým jednáním pečlivě komplexů a navazující infrastruktury projevil v prostředí tržní vyvážených směrnic ES a v důsledku naivity, a snad ne záměrně, ekonomiky mimořádnou odolnost vůči nepříznivým vlivům – nastaví průmyslu laťku, kterou má Evropská komise v úmyslu ztrátě východních trhů a orientaci na daleko náročnější trh uzákonit až ve svém středně nebo dlouhodobém záměru. Tak převážně zemí EU, odloučení od partnerských slovenských vznikal chemický zákon č. 157/1999 Sb., nahrazující uvádění podniků a jejich technického zázemí, rozpadu velkých výrobních látek a přípravků na trh pojmem nakládání s nimi, s nadbytečným uskupení a ztrátě obchodní infrastruktury bývalých PZO. povolováním, ohlašováním, evidencí a autorizacemi, v zemích Zahraniční kapitál se zajímal o podniky chemického průmyslu EU neznámými instituty. Rovněž ustanovením o povinném spíše výjimečně (např. Linde Technoplyn, Pliva–Lachema, pojištění vůči škodám třetím osobám a o požadavcích na rozsáhlé Silon, CHZ Sokolov, MCHZ a DEZA částečně, Česká rafi- písemné dokumenty o protihavarijní připravenosti ze zákona č. nérská, Barum Continental). Podniky dostály svým závazkům 353/1999 Sb., o prevenci závažných havárií jsme asi o roky vůči státu i zaměstnancům na rozdíl od jiných podniků tradičních předstihli právní stav, který platí v regionu, kam směřujeme – průmyslových odvětví. Dokázaly se vyrovnat s důsledky I. debaty o tzv. environmental liability tam trvají více než 10 let a generace nových právních předpisů na ochranu životního nekončí. Na rozdíl od českých právních předpisů v zemích EU prostředí - bohužel především investicemi do koncových nelze klást překážky volnému pohybu zboží, např. zvýhodněním opatření, nikoli do žádoucí modernizace výrobních jednotek. některých obalových materiálů na úkor jiných, pokud nedojde k Časové lhůty schválené optimistickým Parlamentem v letech souhlasu všech zemí, který se ovšem vždy opírá o podrobné 1990–1992 i po dvouletém prodloužení do roku 1998 neposkytly technicko-ekonomické analýzy. Je proto zcela pochopitelné, že čas pro žádoucí rozvahy před nákladnými změnami výrobní chemický průmysl bedlivě sleduje přípravu nového zákona o základny. V době, kdy chemický průmysl bývalé NDR byl biocidních výrobcích (MZ - účinnost od ledna 2003), přípravu brutálně zastaven a během 10 let bylo převážně do nových nového chemického zákona (MŽP – účinnost od ledna 2003) a výroben redukovaného počtu podniků investováno těžko přípravu zákona o integrované prevenci a omezování znečištění představitelných 25 mld. DEM, za poklesu zaměstnanců ze 140 životního prostředí, tzv. IPPC (účinnost od ledna 2003), jejichž tisíc na současných 28 tisíc, se společnosti českého chemického vzory, tj. směrnice ES, regulují prioritně činnosti chemického průmyslu zabývaly až na výjimky ekologickými investicemi, průmyslu. Jakékoli překročení rámce směrnice zákonem na úkor jejichž podíl na celkových investicích ve 2. polovině 90. let výrobních nákladů a rozvoje chemického průmyslu ČR nezřídka překračoval 40 % – pochopitelně, že za škodolibého zvýhodňuje zahraniční konkurenci. Na tom nic nemění argu- údivu konkurence. Není vhodné čísly ze Statistické ročenky menty, odvolávající se na doporučení orgánů OECD, na úmysl dokumentovat vysoké trendy odepsanosti hmotného investičního vyrovnat se vzorům ochrany životního prostředí např. ve skandi- majetku podniků spadajících do hlavní skupiny chemického a návských zemích, na diskuse o závěrečných návrzích nových farmaceutického průmyslu – OKEČ/NACE 24, popisovat směrnic ES nebo na specifika ČR. Neměli bychom se strašit rozdíly v produktivitě pracovní síly nebo energetické náročnosti novou Bílou knihou Evropské komise o chemické politice; měli mezi podniky českého a západoevropského chemického bychom ji mít k dispozici, studovat ji a posuzovat její možné průmyslu a jejich růst. Naopak je třeba si uvědomit, že hlavní důsledky a podněty pro odpovědné podnikání. Ztráta konku- etapa modernizace výroben podniky českého chemického renceschopnosti v kterémkoli výrobním odvětví snižuje tempo průmyslu čeká a že investice do výrobních jednotek v rozsahu 50 růstu HDP a oddaluje vyrovnání našeho hendikepu za zeměmi až 150 mld. Kč vyžadují čas, finanční zdroje a zajištěný trh EU, mj. v oblasti sociální, vzdělávací a ochrany životního výrobků. prostředí. Praktiky mnohých předkladatelů návrhů nových Český chemický průmysl však na počátku dalšího století zákonů připomínají kritickou stať v knize Ferdinanda Peroutky (bude dost životaschopný v éře globalizace?) stojí před úkolem „Malý národ a povaha“ a jeho citaci sociologa dr. E. Chalupného realizovat v souvislosti s důsledky blížícího se členství ČR v EU „…česká povaha jest anticipační, stejně jako česká řeč, která opatření, která v podobě směrnic a nařízení Evropského klade přízvuk na první slabiku; Češi jsou velmi čilí; často společenství respektují členské země EU. Stanoví je v současné důmyslně anticipovali budoucnost; dejte Čechovi popud a on době připravovaná 2. generace environmentální a chemické rozžehl sirku v plamen; aby však plamen brzo neuhasl, nýbrž nesl legislativy ČR. Ponechme stranou smutnou skutečnost, že užitek, o to musí pečovati zase jiní; Čech nevytrvá; uchvátí znalost právních předpisů Evropského společenství převážně primát, ale pozbude ho brzo…u nás nic nevytrvá v delším končí na úrovni odborů ministerstev, že podniky českého klidném růstu…“ průmyslu se s nimi seznamují prostřednictvím argumentace Předstih ukazatelů odvětví chemického průmyslu před celým ministerstev při návrzích nových zákonů, že návrhy zákonů do zpracovatelským průmyslem ČR nemůže být důvodem ke konce minulého roku nebylo nutné projednávat se zástupci spokojenosti – závislost na dovozu ropy a zemního plynu je regulovaných subjektů – průmyslových svazů a že při absenci vážnou námitkou. Závislost na dovozu roste obecně. Podíl dove- správního soudnictví končí v ČR spory mezi fyzickou nebo zených výrobků celého odvětví chemického průmyslu na úhrnné právnickou osobou a správním úřadem rozhodnutím ministra – spotřebě v ČR postupně rostl z 59 % na 68 % v údobí 1996/2000. zástupce exekutivy. Ještě méně uspokojivý je souběžný vývoj obchodního salda Bohužel, přípravu nových právních předpisů provázejí obavy tržby-spotřeba-dovoz-vývoz hlavní části chemického průmyslu podniků chemického průmyslu a jejich zájmového svazu, že (OKEČ/NACE 24): výroba 96 mld. Kč/ /110 mld. Kč; vývoz 54 mld. Kč/79 mld. Kč; dovoz 89 mld. Kč/139 mld. Kč; spotřeba Hledat překážky odpovědného rozvoje chemického průmyslu 130 mld. Kč/170 mld. Kč; proti roku 1996 vzrostl podíl doveze- jen mimo něj by bylo jednoduché a chybné. Další vývoj ných výrobků na celkové spotřebě v roce 2000 o 14 %, tj. ze 68 % chemického průmyslu, jeho významu, školství, postojů na 82 %. Dokumentuje nejen rostoucí specializaci účastníků na veřejnosti k chemii a k jejím výrobkům mají čeští chemici ve stále globálnějším trhu chemických výrobků, ale též zaostávání svých rukách. Proto… jádra chemického průmyslu ČR. Ve stylu antické Kasandry jím Do vlastních řad náleží vybídnutí k překonání časté vzájemné dokládám oprávněnost obav z nepřiměřeně vstřícné regulace, odtažitosti zájmů a postojů technických štábů a řídících především právní, čtvrtého nejdůležitějšího průmyslového manažerů chemického průmyslu ČR a pracovníků tzv. odvětví, které je všude považováno za charakteristické měřítko intelektuální oblasti např. pracovišť vysokých škol a ústavů vědecko-technické vyspělosti národní společnosti. Akademie věd. Nezájem o počty a výsledky studentů chemie a o Respektovat možnosti ekonomického potenciálu ČR a náplň práce a materiální zabezpečení výzkumných pracovišť, současně vyjednávat a krok za krokem uskutečňovat opatření na stejně jako opačný nezájem o prosperitu chemického průmyslu a ochranu zdraví lidí a životního prostředí není v protikladu. Jednat o jeho další odpovědný rozvoj mají společného jmenovatele, v souladu s globálními tendencemi a zanedbat reálný „lokální“ z kterého těží konkurence - nedostatečnou a málo vytrvalou výchozí stav a možnosti jeho změny je naivní a může být soudržnost skupin s doplňujícím se posláním, které zatím málo nebezpečné – odporuje známému „myslet globálně, jednat doceňují, jak jsou na sebe odkázané. Snad proto variantní scénáře lokálně“. To na adresu tvůrců 2. generace chemické a dalšího odpovědného rozvoje chemie v ČR zatím postrádáme. environmentální legislativy. Ivan Zíka Bibliografické citace dle ČSN ISO 690 1. Úvod dodržování citačních pravidel dle ČSN ISO vyplývá zcela Velmi důležitou zásadou při prezentaci výsledků vědecké, jednoznačně z celosvětových tendencí po zjednodušené, odborné či technické činnosti jakoukoliv formou je, že každá internacionalizované, zpřesněné a globalizované komunikaci prezentace by měla důsledně odkazovat na veškeré své části, (jednotky SI, nomenklaturní pravidla IUPAC, angličtina jako které jsou přebírány z prací jiných autorů. Je lhostejné, zda vědecké a odborné esperanto apod.). Dodržování normovaných přebírané části slouží jako východisko pro danou prezentaci, pro citačních pravidel povede i k snazšímu vyhledávání v podporu vlastních závěrů nebo pro vyvrácení závěrů jiných informačních zdrojích, zpřesnění v oblasti citací i bibliometrie a autorů. Smyslem citování je poskytnout uživateli tolik údajů, aby ke snížení rizika získávání irelevantních
Load more

Recommended publications
  • Practical Chemoinformatics Muthukumarasamy Karthikeyan • Renu Vyas
    Practical Chemoinformatics Muthukumarasamy Karthikeyan • Renu Vyas Practical Chemoinformatics 1 3 Muthukumarasamy Karthikeyan Renu Vyas Digital Information Resource Centre Scientist (DST) National Chemical Laboratory Division of Chemical Engineering and Pune Process Development India National Chemical Laboratory Pune India ISBN 978-81-322-1779-4 ISBN 978-81-322-1780-0 (eBook) DOI 10.1007/978-81-322-1780-0 Springer New Delhi Dordrecht Heidelberg London New York Library of Congress Control Number: 2014931501 © Springer India 2014 This work is subject to copyright. All rights are reserved by the Publisher, whether the whole or part of the material is concerned, specifically the rights of translation, reprinting, reuse of illustrations, recita- tion, broadcasting, reproduction on microfilms or in any other physical way, and transmission or infor- mation storage and retrieval, electronic adaptation, computer software, or by similar or dissimilar meth- odology now known or hereafter developed. Exempted from this legal reservation are brief excerpts in connection with reviews or scholarly analysis or material supplied specifically for the purpose of being entered and executed on a computer system, for exclusive use by the purchaser of the work. Duplica- tion of this publication or parts thereof is permitted only under the provisions of the Copyright Law of the Publisher’s location, in its current version, and permission for use must always be obtained from Springer. Permissions for use may be obtained through RightsLink at the Copyright Clearance Center. Violations are liable to prosecution under the respective Copyright Law. The use of general descriptive names, registered names, trademarks, service marks, etc. in this publica- tion does not imply, even in the absence of a specific statement, that such names are exempt from the relevant protective laws and regulations and therefore free for general use.
    [Show full text]
  • Designing Universal Chemical Markup (UCM) Through the Reusable Methodology Based on Analyzing Existing Related Formats
    Designing Universal Chemical Markup (UCM) through the reusable methodology based on analyzing existing related formats Background: In order to design concepts for a new general-purpose chemical format we analyzed the strengths and weaknesses of current formats for common chemical data. While the new format is discussed more in the next article, here we describe our software s t tools and two stage analysis procedure that supplied the necessary information for the n i r development. The chemical formats analyzed in both stages were: CDX, CDXML, CML, P CTfile and XDfile. In addition the following formats were included in the first stage only: e r P CIF, InChI, NCBI ASN.1, NCBI XML, PDB, PDBx/mmCIF, PDBML, SMILES, SLN and Mol2. Results: A two stage analysis process devised for both XML (Extensible Markup Language) and non-XML formats enabled us to verify if and how potential advantages of XML are utilized in the widely used general-purpose chemical formats. In the first stage we accumulated information about analyzed formats and selected the formats with the most general-purpose chemical functionality for the second stage. During the second stage our set of software quality requirements was used to assess the benefits and issues of selected formats. Additionally, the detailed analysis of XML formats structure in the second stage helped us to identify concepts in those formats. Using these concepts we came up with the concise structure for a new chemical format, which is designed to provide precise built-in validation capabilities and aims to avoid the potential issues of analyzed formats.
    [Show full text]
  • (CDK): an Open-Source Java Library for Chemo- and Bioinformatics
    J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2003, 43, 493-500 493 The Chemistry Development Kit (CDK): An Open-Source Java Library for Chemo- and Bioinformatics Christoph Steinbeck,*,† Yongquan Han,† Stefan Kuhn,† Oliver Horlacher,‡ Edgar Luttmann,§ and Egon Willighagen# Max-Planck-Institute of Chemical Ecology, Jena, Germany, TheraSTrat AG, Allschwil, Switzerland, Institute of Organic Chemistry, University of Paderborn, Germany, and Nijmegen, The Netherlands Received August 17, 2002 The Chemistry Development Kit (CDK) is a freely available open-source Java library for Structural Chemo- and Bioinformatics. Its architecture and capabilities as well as the development as an open-source project by a team of international collaborators from academic and industrial institutions is described. The CDK provides methods for many common tasks in molecular informatics, including 2D and 3D rendering of chemical structures, I/O routines, SMILES parsing and generation, ring searches, isomorphism checking, structure diagram generation, etc. Application scenarios as well as access information for interested users and potential contributors are given. 1. INTRODUCTION of software development, most widely recognized through the great success of the free Unix-like operating system Whoever pursues the endeavor of creating a larger GNU/Linux, a collaborative work of many individuals and software package in chemoinformatics or computational organizations, including the Free Software Foundation lead chemistry from scratch will soon be confronted with the by Richard Stallman and the Finish computer science student Syssiphus task of implementing the standard repertoire of Linus Torvalds who started the project. According to several chemoinformatical algorithms and components invented essays on this subject, open-source software, for which, by during the last 20 or 30 years.
    [Show full text]
  • JUMBO Is an Opensource Toolkit Addressing the Semantic and Ontological Impedances That Are Major Barriers to Interoperability in Computational Chemistry and Physics
    a a c a b a a c d a b c d JUMBO is an OpenSource toolkit addressing the semantic and ontological impedances that are major barriers to interoperability in computational chemistry and physics. Users build XMLSchemas from generic XML components to support particular computational tasks, such as high-throughput chemistry. JUMBO components provide a complete semantic description of information to or from a code such as MOPAC or GAMESS. Codes are edited to use JUMBO libraries as adapters to program-independent XML objects, or output is transduced using a generic parser, JUMBOMarker. The JUMBO system is designed for flexible collaborative contributions. abstract and rely on dictionaries (v.i.) to add semantics and ontology. In practice many of the concepts in a program are not in the schema but Existing codes in quantum mechanics or provided by domain-specific dictionaries. crystal/molecular mechanics/dynamics rely on The ultimate goal is to provide simple and “FORTRAN-like” input and output with flexible tools to XMLise existing and future variable and misunderstandable semantics and computational codes so they can be used as ontology. Typical examples are the lack of “black-boxes” in eScience workflows. Some explicit scientific units or fuzziness over authors have adopted this approach and whether a molecule has a charge. It is difficult embedded calls to JUMBO libraries in their to chain the output of one program into the code for input and output. However in some input of the next so human “cut-and-paste” is cases native legacy methods must still be used frequent. JUMBO allows authors and users to (for example where we do not have access or wrap these codes in XML and convert them to permission to modify source).
    [Show full text]
  • Optimizing the Use of Open-Source Software Applications in Drug
    DDT • Volume 11, Number 3/4 • February 2006 REVIEWS TICS INFORMA Optimizing the use of open-source • software applications in drug discovery Reviews Werner J. Geldenhuys1, Kevin E. Gaasch2, Mark Watson2, David D. Allen1 and Cornelis J.Van der Schyf1,3 1Department of Pharmaceutical Sciences, School of Pharmacy,Texas Tech University Health Sciences Center, Amarillo,TX, USA 2West Texas A&M University, Canyon,TX, USA 3Pharmaceutical Chemistry, School of Pharmacy, North-West University, Potchefstroom, South Africa Drug discovery is a time consuming and costly process. Recently, a trend towards the use of in silico computational chemistry and molecular modeling for computer-aided drug design has gained significant momentum. This review investigates the application of free and/or open-source software in the drug discovery process. Among the reviewed software programs are applications programmed in JAVA, Perl and Python, as well as resources including software libraries. These programs might be useful for cheminformatics approaches to drug discovery, including QSAR studies, energy minimization and docking studies in drug design endeavors. Furthermore, this review explores options for integrating available computer modeling open-source software applications in drug discovery programs. To bring a new drug to the market is very costly, with the current of combinatorial approaches and HTS. The addition of computer- price tag approximating US$800 million, according to data reported aided drug design technologies to the R&D approaches of a com- in a recent study [1]. Therefore, it is not surprising that pharma- pany, could lead to a reduction in the cost of drug design and ceutical companies are seeking ways to optimize costs associated development by up to 50% [6,7].
    [Show full text]
  • The Chemistry Development Kit (CDK). 3
    Willighagen et al. RESEARCH The Chemistry Development Kit (CDK). 3. Atom typing, Rendering, Molecular Formula, and Substructure Searching Egon L Willighagen1*, John W May2, Jonathan Alvarsson3, Arvid Berg3, Nina Jeliazkova4, Tom´aˇsPluskal7, Miguel Rojas-Cherto??, Ola Spjuth3, Gilleain Torrance??, Rajarshi Guha5 and Christoph Steinbeck6 *Correspondence: [email protected] Abstract 1 Dept of Bioinformatics - BiGCaT, NUTRIM, Maastricht Background: Cheminformatics is a well-established field with many applications University, NL-6200 MD, in chemistry, biology, drug discovery, and others. The Chemistry Development Kit Maastricht, The Netherlands Full list of author information is (CDK) has become a widely used Open Source cheminformatics toolkit, available at the end of the article providing various models to represent chemical structures, of which the chemical graph is essential. However, in the first five years of the project increased so much in size that interdependencies between components grew unmanageable large, resulting in unpredictable instabilities. Results: We here report improvements to the CDK since the 1.2 release series made to accommodate both the increased complexity of the library, as well as significant improvements of and additions to the functionality of the library. Second, we outline how the CDK evolved with respect to quality control and the approach we have adopted to ensure stability, including a peer review mechanism. Additionally, a selection of the new APIs that have been introduced will be discussed: atom type perception, substructure searching, molecular fingerprints, rendering of molecules, and handling of molecular formulas. Conclusions: With this paper we have shown the continued effort to provide a free, Open Source cheminformatics library, and show that such collaborative projects can exist over a long period.
    [Show full text]
  • Open Source Molecular Modeling
    Accepted Manuscript Title: Open Source Molecular Modeling Author: Somayeh Pirhadi Jocelyn Sunseri David Ryan Koes PII: S1093-3263(16)30118-8 DOI: http://dx.doi.org/doi:10.1016/j.jmgm.2016.07.008 Reference: JMG 6730 To appear in: Journal of Molecular Graphics and Modelling Received date: 4-5-2016 Accepted date: 25-7-2016 Please cite this article as: Somayeh Pirhadi, Jocelyn Sunseri, David Ryan Koes, Open Source Molecular Modeling, <![CDATA[Journal of Molecular Graphics and Modelling]]> (2016), http://dx.doi.org/10.1016/j.jmgm.2016.07.008 This is a PDF file of an unedited manuscript that has been accepted for publication. As a service to our customers we are providing this early version of the manuscript. The manuscript will undergo copyediting, typesetting, and review of the resulting proof before it is published in its final form. Please note that during the production process errors may be discovered which could affect the content, and all legal disclaimers that apply to the journal pertain. Open Source Molecular Modeling Somayeh Pirhadia, Jocelyn Sunseria, David Ryan Koesa,∗ aDepartment of Computational and Systems Biology, University of Pittsburgh Abstract The success of molecular modeling and computational chemistry efforts are, by definition, de- pendent on quality software applications. Open source software development provides many advantages to users of modeling applications, not the least of which is that the software is free and completely extendable. In this review we categorize, enumerate, and describe available open source software packages for molecular modeling and computational chemistry. 1. Introduction What is Open Source? Free and open source software (FOSS) is software that is both considered \free software," as defined by the Free Software Foundation (http://fsf.org) and \open source," as defined by the Open Source Initiative (http://opensource.org).
    [Show full text]
  • Enzyme Reaction Information System Franz Fenninger
    Bachelor Thesis ERIS - Enzyme Reaction Information System Franz Fenninger Janet Thornton Group EMBL European Bioinformatics Institute Wellcome Trust Genome Campus Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, United Kingdom Institute for Genomics and Bioinformatics Graz University of Technology Petersgasse 14 8010 Graz, Austria Supervisor EBI: Dr. Syed Asad Rahman Supervisor TU Graz: Univ.-Prof. Dipl.-Ing. Dr.techn. Zlatko Trajanoski Graz, June 21, 2009 Abstract English ERIS is a free Java software for chemists to examine molecules and enzy- matic reactions. Besides visualization and editing of chemical structures it also provides interaction with a database storing small molecules and enzy- matic reactions. Furthermore it uses a couple of chemoinformatics libraries enabling the user to conduct Similarity - as well as Sub- and Superstructure Searches for molecules. But also reaction searches based on the compounds structure or the bond changes can be performed. In order to understand how a reaction takes place it is possible to execute an Atom-Atom-Mapping algorithm which can be utilized to visualize the bond changes taken place and also the transition state of that reaction. Since the database not only stores the structure but also phyisco-chemical properties of molecules it becomes possible to search for physico-chemical properties yielding appropriate molecules. German ERIS ist eine frei verfgbare Java software fr Chemiker um Molekle und en- zymatische Reaktionen zu untersuchen. Neben der Visualisierung und Bear- beitung von chemischen Strukturen ist es auch mglich auf eine Databank welche Molekle und Enzymreaktionen speichert zuzugreifen. Es werden ver- schieden Chemoinformatik Bibliotheken verwendet, um Ahnlichkeits-, Sub- und Superstukturen Suchen fr Molekle zur Verfgung zu stellen.
    [Show full text]
  • Processing CML Conventions in Java Egon L
    Processing CML conventions in Java Egon L. Willighagen Sophiaweg 132 NL-6523 NJ Nijmegen The Netherlands Abstract This article describes the first opensource Java implementation of import filters for the Chemical Markup Language (CML). The filters support CML conventions and were tested with two opensource project: Jmol, a 3D molecular viewer, and JChemPaint, a chemical editor. Furthermore, the use of conventions in CML is explained and the reason for using conventions is pointed out. Finally, the implementation is compared with two recently developed techniques for handling CML data. XML and CML The eXtensible Markup Language (XML) is a relatively new international standard that is going to change things on the Internet. It was officially recommended by the World Wide Web Consortium (W3C) 1 in February 1998. Some of the important principles in designing XML was that it should support a wide variety of applications, XML documents should be easy process by written programs and XML design should be formal and concise. This design makes XML a convenient language to store information. Chemical Markup Language (CML) is an XML language and was developed by P. Murray-Rust and H.S. Rzepa to store chemical information 2 in files. In May 1999 they released the first specification of this versatile markup language. Since then two chemical programs started to support CML: Jmol 3 and JChemPaint 4. Jumbo was the first program that was able to handle CML documents. The first two versions 5a are written in Java, but have not been updated to the CML 1.0 DTD. Recently, a third version has been released that does handle this DTD, but is written in JavaScript and does only run on specific systems 5b.
    [Show full text]
  • Download the Source Code and Functionality by Adding Shell Commands
    BMC Bioinformatics BioMed Central Software Open Access Bioclipse: an open source workbench for chemo- and bioinformatics Ola Spjuth*1, Tobias Helmus2, Egon L Willighagen2, Stefan Kuhn2, Martin Eklund1, Johannes Wagener3, Peter Murray-Rust4, Christoph Steinbeck2 and Jarl ES Wikberg1 Address: 1Department of Pharmaceutical Biosciences, Uppsala University, Uppsala, Sweden, 2Cologne University Bioinformatics Center, Cologne University, Cologne, Germany, 3Johannes Wagener, Gabelsbergerstr. 58a, 80333 Munich, Germany and 4Department of Chemistry, Unilever Centre for Molecular Informatics, University of Cambridge, Cambridge, UK Email: Ola Spjuth* - [email protected]; Tobias Helmus - [email protected]; Egon L Willighagen - [email protected]; Stefan Kuhn - [email protected]; Martin Eklund - [email protected]; Johannes Wagener - [email protected] muenchen.de; Peter Murray-Rust - [email protected]; Christoph Steinbeck - [email protected]; Jarl ES Wikberg - [email protected] * Corresponding author Published: 22 February 2007 Received: 1 December 2006 Accepted: 22 February 2007 BMC Bioinformatics 2007, 8:59 doi:10.1186/1471-2105-8-59 This article is available from: http://www.biomedcentral.com/1471-2105/8/59 © 2007 Spjuth et al; licensee BioMed Central Ltd. This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (http://creativecommons.org/licenses/by/2.0), which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited. Abstract Background: There is a need for software applications that provide users with a complete and extensible toolkit for chemo- and bioinformatics accessible from a single workbench. Commercial packages are expensive and closed source, hence they do not allow end users to modify algorithms and add custom functionality.
    [Show full text]
  • Modularitet Och Objektorientering
    Uppsala universitet Institutionen för informatik och media Modularitet och objektorientering Byggandet av ett program som kan visa en molekyl Lars Tedenborg Examensarbete C Höstterminen 2010 2011-01-04 Abstract The development of IT systems is usually accomplished by some form of system development methodology. It can be performed as the waterfall method, where each phase is completed before the next begins. One of the reasons to follow a development methodology is that the process is more structured, faster and that the product will have higher quality. One risk of not using a system development approach is that the code can be unstructured and difficult to maintain. This paper describes an alternative method in which the development occurred without the use of any system development methodology. This has been possible because there was a clear goal of the program that should be developed. The goal was to read a molfile and from the information stored in the file plot the molecular structure. The appearance of the molecule has been fine-tuned as more features are added. A molfile is able to store all the information about the different characteristics a molecule can have. Not all molecules containing all the properties. Development has proceeded as follows: Each property has been classified as an object and then implemented. The whole way from reading the property in the file into the computer program and then interpret the information to plot the property as a part of the molecule. The most important programming principle has been to develop the program as a number of more or less independent modules for the system to have high modularity.
    [Show full text]
  • Materials Semanac
    Materials Seman-c Web An Open Community of people and machines sharing knowledge Peter Murray-Rust University of Cambridge Open Knowledge Foundaon Louisiana State University, US, 2013-06-07 Overview • Seman-cs will give us MUCH beIer, faster, more usable, scien-fic Knowledge • The revolu-on is comparable to railways, telephones. • We scien-sts must worK together to create the tools…and networK • PLANNING INVESTMENT Themes • WE can will change the world • Formalizaon of Knowledge is a community ac-vity • Let’s consider some communal problems in the next 2 hours • Open Science means beIer science • We want OUR sugges-ons HacKathons PMR Timeline for Seman-c Materials • 1994 1st WWW Conference, Chemical MIME • 1994 Chemical MarKup Language (HenryRzepa, PMR) • 2001 UK eScience programme, eMinerals • 2005 Materials Grid (Mar-n Dove group) • 2006 Blue ObelisK (Open Source chemistry) • 2006 Polymer Informacs (Unilever, Nico Adams) • 2009 Chem4Word, OREChem (Microsob Research) • 2011 PNNL mee-ngs and visit • 2012 Seman-c Physical Science (Cambridge) • 2013 CSIRO mee-ngs and visit • 2013 LSU LA-Sigma The Seman-c Web "The Seman-c Web is an extension of the current web in which informaon is given well- defined meaning, beIer enabling computers and people to worK in cooperaon." Tim Berners-Lee, James Hendler, Ora Lassila, The SemanAc Web, ScienAfic American, May 2001 Semanc web (2006) • I thinK maybe when you've got an overlay of scalable vector graphics [...] on Web 2.0 and access to a seman-c Web integrated across a huge space of data, you'll have access to an unbelievable data resource.
    [Show full text]