Nuclear genetic variation across the range of ponderosa pine (Pinus ponderosa): Phylogeographic, taxonomic and conservation implications

Tree Genetics & Genomes

Kevin M. Potter1 Valerie D. Hipkins, Mary F. Mahalovich, and Robert E. Means

1Department of Forestry and Environmental Resources, North Carolina State University, Research Triangle Park, North Carolina, 27709 USA; [email protected]

Online Resource 5: Measures of genetic diversity for each of 104 populations of ponderosa pine, based on 19 isozyme loci.

Pop A PP AR HO HE AE FIS HWE Mean DC Hdef . Location, state 1.9 0.5 0.2 1.1 1 Larabee Valley, CA 5 8 6 0.126 0.143 7 0.294 * 0.149 0.002 1.8 0.5 0.2 1.2 2 Applegate Valley West, OR 4 3 6 0.126 0.177 2 0.299 * 0.159 0.260 1.7 0.4 0.0 1.1 3 Eugene, OR 4 7 5 0.095 0.146 7 0.018 ns 0.139 0.234 1.8 0.4 0.1 1.1 4 Hoadley Peaks North, CA 4 7 1 0.121 0.155 8 0.264 * 0.140 0.078 1.6 0.4 0.0 1.1 5 Monarch Mountain, CA 3 2 5 0.095 0.115 3 0.191 * 0.124 0.098 1.5 0.3 0.1 1.1 6 Fort Lewis, WA 8 7 1 0.104 0.106 2 -0.046 * 0.138 0.002 1.8 0.4 0.1 1.1 7 Klamath River Canyon, OR 4 7 6 0.111 0.126 4 0.127 * 0.133 0.000 2.0 0.5 0.3 1.2 8 Pothole, OR 0 3 7 0.137 0.170 0 0.213 * 0.140 0.216 1.7 0.5 0.2 1.1 9 Lava Beds, CA 9 3 1 0.123 0.145 7 0.021 * 0.139 0.001 1.5 0.3 0.1 1.1 10 Henry W. Coe State Park, CA 3 7 1 0.108 0.126 4 0.179 * 0.133 0.014 1.9 0.5 0.3 1.1 11 Lassen, CA 5 8 2 0.099 0.136 6 0.198 * 0.140 0.161 1.9 0.5 0.2 1.2 12 Modoc, OR 0 3 6 0.144 0.170 0 0.166 ns 0.153 0.116 1.7 0.5 0.2 1.1 13 Adobe West, OR 9 3 1 0.107 0.141 6 0.259 * 0.143 0.012 1.5 0.4 0.0 1.1 14 Wenatchee, WA 8 7 5 0.100 0.115 3 0.144 * 0.144 0.213 1.6 0.4 0.1 1.1 15 Lost Forest, OR 8 7 1 0.104 0.128 5 0.204 * 0.145 0.125 1.7 0.4 0.1 1.1 16 Madeline Plains, CA 4 7 6 0.118 0.132 5 0.127 * 0.136 0.007 1.7 0.5 0.2 1.2 17 Babbitt Peak, CA 9 8 1 0.128 0.175 1 0.357 * 0.153 0.191 1.6 0.4 0.1 1.1 18 Mount Rose, NV 8 7 1 0.075 0.103 1 0.287 * 0.162 0.014 1.7 0.4 0.1 1.1 19 Yosemite, CA 4 7 1 0.112 0.149 8 0.260 * 0.134 0.248 1.8 0.5 0.1 1.1 20 Sheldon, NV 4 3 6 0.143 0.147 7 0.045 ns 0.141 0.216 1.6 0.4 0.2 1.0 21 Potato Flat, OR 8 7 1 0.077 0.086 9 0.118 * 0.194 0.082 1.7 0.4 0.0 1.1 22 Sequoia, CA 9 7 0 0.144 0.159 9 0.113 * 0.138 0.248 1.7 0.4 0.1 1.1 23 Red Wash Canyon, NV 9 7 6 0.078 0.106 2 0.280 * 0.149 0.010 1.6 0.4 0.1 1.1 24 Alamo Mountain, CA 8 7 6 0.082 0.125 4 0.362 * 0.141 0.125 1.9 0.6 0.2 1.1 25 Umatilla, OR 5 3 6 0.107 0.143 7 0.199 * 0.126 0.001 1.7 0.4 0.2 1.1 26 Wassuk Range, NV 4 2 1 0.095 0.132 5 0.214 * 0.155 0.003 1.8 0.5 0.1 1.1 27 Bishop Creek, CA 4 3 1 0.114 0.136 6 0.079 ns 0.159 0.313 1.8 0.5 0.2 1.1 28 Bobsled, OR 4 8 6 0.108 0.121 4 0.229 * 0.141 0.001 1.6 0.3 0.0 1.1 29 Charlton Flats, CA 3 7 5 0.061 0.108 2 0.075 * 0.133 0.024 1.7 0.5 0.2 1.1 30 Wallowa-Whitman, OR 9 3 6 0.118 0.134 5 0.306 * 0.140 0.125 1.6 0.4 0.0 1.1 31 Strawberry Peak, CA 3 2 0 0.062 0.098 1 0.186 * 0.125 0.004 1.7 0.4 0.1 1.1 32 Mineral Ridge, ID 4 2 1 0.109 0.141 6 0.245 * 0.143 0.230 1.7 0.4 0.1 1.1 33 Nez Perce, ID 9 7 1 0.114 0.134 5 0.168 * 0.132 0.064 1.9 0.5 0.3 1.1 34 Lee Canyon, NV 5 3 2 0.122 0.122 4 0.119 ns 0.132 0.078 2.0 0.5 0.4 1.1 35 Kyle Canyon, NV 0 3 2 0.098 0.110 2 0.139 * 0.131 0.011 1.6 0.3 0.0 1.1 36 Red Rock Canyon, NV 8 2 5 0.100 0.111 2 0.224 * 0.139 0.010 1.7 0.5 0.2 1.1 37 Grant Range, NV 4 3 1 0.079 0.093 0 0.191 * 0.132 0.014 1.9 0.4 0.2 1.1 38 Sheep Range High, NV 0 7 6 0.110 0.114 3 0.066 ns 0.151 0.191 1.6 0.4 0.2 1.1 39 Sheep Range Low, NV 3 2 1 0.118 0.124 4 0.056 * 0.131 0.014 1.6 0.3 0.1 1.1 40 Seaman Range, NV 8 7 1 0.120 0.133 5 0.115 * 0.142 0.188 1.7 0.3 0.2 1.1 41 North Pahroc Range, NV 9 7 6 0.094 0.107 2 0.138 ns 0.144 0.008 1.8 0.4 0.2 1.1 42 Glacier, MT 4 7 1 0.102 0.145 7 0.180 * 0.144 0.001 1.5 0.3 0.1 1.0 43 Snake Range, NV 3 7 6 0.078 0.080 9 0.039 ns 0.127 0.148 1.7 0.5 0.1 1.1 44 Bitterroot, MT 4 3 6 0.146 0.155 8 0.069 ns 0.125 0.007 1.6 0.4 0.1 1.1 45 Beaver Dam State Park, NV 8 2 6 0.087 0.130 5 0.280 * 0.146 0.027 1.7 0.3 0.1 1.1 46 Mormon Gulch, UT 4 7 6 0.104 0.120 4 0.153 * 0.137 0.039 1.5 0.3 0.1 1.1 47 Toms Creek, UT 8 2 1 0.082 0.097 1 0.265 * 0.172 0.005 1.6 0.3 0.1 1.1 48 Hualapai Mtns, AZ 3 2 1 0.075 0.100 1 0.188 * 0.128 0.019 2.0 0.5 0.2 1.1 49 Black Rock Mountains, AZ 5 8 6 0.139 0.144 7 0.268 * 0.143 0.034 2.1 0.5 0.2 1.1 50 Steamboat Mountain, UT 6 8 6 0.141 0.157 9 0.077 * 0.140 0.014 1.5 0.3 0.1 1.1 51 Big Hole National Battlefield, MT 8 7 6 0.111 0.122 4 0.155 * 0.126 0.020 1.8 0.5 0.3 1.1 52 Wah Wah Mountains, UT 4 3 7 0.104 0.118 3 0.209 * 0.138 0.000 1.6 0.4 0.1 1.1 53 Dunningan Gulch, MT 8 7 6 0.099 0.126 4 0.100 * 0.149 0.116 1.7 0.4 0.1 1.1 54 Blackfoot River-Dupont, MT 9 7 6 0.114 0.146 7 0.080 * 0.132 0.014 1.6 0.3 0.0 1.1 55 Sinbad Spring, UT 8 7 5 0.111 0.126 4 0.138 ns 0.146 0.344 1.6 0.4 0.1 1.1 56 Brown's Gulch, MT 8 7 1 0.106 0.116 3 0.421 * 0.130 0.037 1.6 0.5 0.1 1.1 57 Big Hole River/Valley, MT 8 3 6 0.076 0.091 0 0.124 ns 0.147 0.191 1.7 0.4 0.1 1.1 58 Marcum Mountains, MT 4 7 6 0.117 0.135 6 0.151 * 0.158 0.064 1.9 0.4 0.1 1.1 59 Ranch Canyon, UT 0 2 6 0.114 0.126 4 0.108 * 0.137 0.004 1.9 0.5 0.1 1.1 60 Kaibab, AZ 0 8 6 0.084 0.123 4 0.158 * 0.139 0.010 1.6 0.4 0.1 1.1 61 Boulder Mountains, MT 8 2 1 0.120 0.145 7 0.181 * 0.121 0.007 1.6 0.4 0.1 1.1 62 Coconino, AZ 3 7 6 0.107 0.110 2 0.129 * 0.145 0.594 2.0 0.5 0.2 1.2 63 Big Belt Mountains, MT 0 8 1 0.122 0.166 0 0.165 * 0.148 0.016 1.6 0.4 0.1 1.1 64 Little Belt Mountains, MT 8 2 1 0.114 0.127 5 0.120 ns 0.125 0.125 1.7 0.5 0.2 1.1 65 Henry Mountains, UT 9 3 1 0.096 0.103 1 0.233 * 0.139 0.125 1.6 0.5 0.1 1.1 66 Saguaro National Park, AZ 3 3 6 0.123 0.145 7 0.193 * 0.150 0.246 2.3 0.5 0.4 1.1 67 White Rocks Canyon, UT 2 8 2 0.153 0.160 9 0.062 ns 0.140 0.001 1.8 0.4 0.1 1.1 68 Bridger Creek, MT 4 7 1 0.100 0.120 4 0.105 ns 0.135 0.125 1.4 0.3 0.0 1.0 69 Book Cliffs, UT 7 2 5 0.058 0.068 7 0.191 * 0.155 0.371 1.7 0.4 0.0 1.1 70 Judith Mountains, MT 9 7 5 0.096 0.116 3 0.315 * 0.134 0.001 1.6 0.4 0.1 1.1 71 Whitetail Trail, AZ 8 2 1 0.104 0.122 4 0.174 * 0.135 0.098 2.2 0.5 0.4 1.1 72 Apache-Sitgreaves, AZ 6 8 2 0.089 0.102 1 0.332 * 0.148 0.027 1.8 0.4 0.2 1.1 73 Douglas Mountain, CO 4 7 1 0.125 0.140 6 0.267 * 0.136 0.102 1.9 0.4 0.1 1.1 74 Little Rocky Mountains, MT 0 7 6 0.098 0.143 7 0.328 * 0.132 0.082 1.2 0.1 0.0 1.0 75 Grass Creek, WY 6 6 5 0.053 0.043 4 0.045 ns 0.128 0.014 1.7 0.5 0.1 1.1 76 Boggy Draw, CO 9 3 6 0.083 0.105 2 0.162 * 0.122 0.023 1.8 0.5 0.2 1.1 77 Sawmill Mesa, CO 4 3 6 0.097 0.113 3 0.155 * 0.133 0.016 1.7 0.4 0.1 1.1 78 Square S Gulch, CO 4 2 1 0.083 0.106 2 0.130 * 0.167 0.006 1.8 0.4 0.0 1.1 79 Shepard Recreation Site, MT 4 2 5 0.084 0.115 3 0.283 * 0.120 0.010 1.7 0.4 0.2 1.1 80 Big Horn Mountain, WY 9 7 1 0.087 0.095 0 0.130 * 0.131 0.007 1.9 0.5 0.2 1.1 81 San Juan-Pagosa, CO 0 3 1 0.071 0.112 3 0.382 * 0.138 0.012 1.8 0.5 0.3 1.1 82 Eight-Mile, CO 4 3 2 0.089 0.095 0 0.075 * 0.135 0.001 1.6 0.4 0.1 1.1 83 Seminoe Mountains, WY 8 2 1 0.094 0.106 2 0.132 ns 0.126 0.037 1.7 0.4 0.1 1.1 84 Sparks, CO 9 2 1 0.091 0.126 4 0.291 * 0.139 0.191 1.8 0.4 0.2 1.1 85 Billy Creek , WY 4 7 1 0.109 0.126 4 0.206 * 0.129 0.064 1.7 0.4 0.2 1.1 86 Lower Willow Creek, CO 4 7 1 0.099 0.113 3 0.137 * 0.128 0.102 1.9 0.5 0.3 1.1 87 Rawlins, WY 0 3 2 0.081 0.101 1 0.221 * 0.136 0.002 1.7 0.3 0.1 1.1 88 Stove Gulch, WY 4 7 1 0.070 0.092 0 0.386 * 0.119 0.037 1.7 0.4 0.2 1.1 89 Four Elk, CO 9 2 1 0.106 0.099 1 0.312 * 0.162 0.180 1.9 0.4 0.1 1.1 90 North Inlet, CO 5 7 6 0.107 0.115 3 0.090 * 0.125 0.001 1.7 0.3 0.1 1.1 91 Ojito, NM 9 7 1 0.066 0.093 0 0.301 * 0.125 0.008 1.7 0.4 0.2 1.1 92 Red Feather Lakes, CO 9 7 6 0.097 0.101 1 0.057 ns 0.134 0.005 2.1 0.5 0.4 1.1 93 Walker Canyon Bottom, NM 6 8 2 0.093 0.114 3 0.148 * 0.141 0.065 1.8 0.4 0.2 1.1 94 Wild Basin, CO 4 7 1 0.085 0.104 2 0.202 * 0.134 0.010 2.0 0.4 0.3 1.1 95 Mescalero Apache Reservation, NM 0 2 2 0.102 0.115 3 0.133 * 0.140 0.006 1.9 0.3 0.1 1.1 96 Deer Haven, CO 0 7 6 0.104 0.114 3 0.121 * 0.134 0.082 1.8 0.5 0.1 1.1 97 Casper, WY 4 3 6 0.100 0.114 3 0.134 * 0.133 0.042 1.9 0.4 0.2 1.1 98 Vedauwoo, WY 5 7 1 0.093 0.114 3 0.190 * 0.147 0.003 1.9 0.4 0.2 1.1 99 Stonewall, CO 0 2 6 0.119 0.126 4 0.258 * 0.127 0.014 1.7 0.4 0.2 1.0 100 Rampart Range, CO 4 7 1 0.089 0.084 9 -0.045 ns 0.132 0.001 1.7 0.5 0.1 1.1 101 Eddy, NM 9 3 6 0.127 0.139 6 0.381 * 0.146 0.326 1.7 0.4 0.1 1.0 102 Black Hills, SD 9 7 6 0.074 0.076 8 -0.055 ns 0.124 0.007 1.6 0.4 0.0 1.1 103 Black Mesa West, OK 3 7 5 0.095 0.090 0 0.123 * 0.156 0.034 1.9 0.4 0.2 1.1 104 Niobrara Valley Preserve, NE 5 2 1 0.081 0.095 0 0.163 * 0.129 0.006 1.7 0.4 0.1 0.10 0.12 1.1 0.08 Mean 9 7 8 2 1 4 0.177 -- 0.139 0

A, mean alleles per locus; PP, proportion polymorphic loci; AR, mean rare alleles (locally common alleles found in < 25% of populations); HO, observed heterozygosity; HE, expected heterozygosity; AE, effective number of alleles; FIS, inbreeding coefficient; HWE, Hardy–Weinberg exact test of heterozygote deficiency; Mean DC, mean pairwise chord distance

(Cavalli-Sforza and Edwards 1967) with all other populations; Hdef, p value for test of heterozygote deficiency * q < 0.05 using false discovery rate adjustment