<p>Nuclear genetic variation across the range of ponderosa pine (Pinus ponderosa): Phylogeographic, taxonomic and conservation implications</p><p>Tree Genetics & Genomes</p><p>Kevin M. Potter1 Valerie D. Hipkins, Mary F. Mahalovich, and Robert E. Means</p><p>1Department of Forestry and Environmental Resources, North Carolina State University, Research Triangle Park, North Carolina, 27709 USA; [email protected]</p><p>Online Resource 5: Measures of genetic diversity for each of 104 populations of ponderosa pine, based on 19 isozyme loci.</p><p>Pop A PP AR HO HE AE FIS HWE Mean DC Hdef . Location, state 1.9 0.5 0.2 1.1 1 Larabee Valley, CA 5 8 6 0.126 0.143 7 0.294 * 0.149 0.002 1.8 0.5 0.2 1.2 2 Applegate Valley West, OR 4 3 6 0.126 0.177 2 0.299 * 0.159 0.260 1.7 0.4 0.0 1.1 3 Eugene, OR 4 7 5 0.095 0.146 7 0.018 ns 0.139 0.234 1.8 0.4 0.1 1.1 4 Hoadley Peaks North, CA 4 7 1 0.121 0.155 8 0.264 * 0.140 0.078 1.6 0.4 0.0 1.1 5 Monarch Mountain, CA 3 2 5 0.095 0.115 3 0.191 * 0.124 0.098 1.5 0.3 0.1 1.1 6 Fort Lewis, WA 8 7 1 0.104 0.106 2 -0.046 * 0.138 0.002 1.8 0.4 0.1 1.1 7 Klamath River Canyon, OR 4 7 6 0.111 0.126 4 0.127 * 0.133 0.000 2.0 0.5 0.3 1.2 8 Pothole, OR 0 3 7 0.137 0.170 0 0.213 * 0.140 0.216 1.7 0.5 0.2 1.1 9 Lava Beds, CA 9 3 1 0.123 0.145 7 0.021 * 0.139 0.001 1.5 0.3 0.1 1.1 10 Henry W. Coe State Park, CA 3 7 1 0.108 0.126 4 0.179 * 0.133 0.014 1.9 0.5 0.3 1.1 11 Lassen, CA 5 8 2 0.099 0.136 6 0.198 * 0.140 0.161 1.9 0.5 0.2 1.2 12 Modoc, OR 0 3 6 0.144 0.170 0 0.166 ns 0.153 0.116 1.7 0.5 0.2 1.1 13 Adobe West, OR 9 3 1 0.107 0.141 6 0.259 * 0.143 0.012 1.5 0.4 0.0 1.1 14 Wenatchee, WA 8 7 5 0.100 0.115 3 0.144 * 0.144 0.213 1.6 0.4 0.1 1.1 15 Lost Forest, OR 8 7 1 0.104 0.128 5 0.204 * 0.145 0.125 1.7 0.4 0.1 1.1 16 Madeline Plains, CA 4 7 6 0.118 0.132 5 0.127 * 0.136 0.007 1.7 0.5 0.2 1.2 17 Babbitt Peak, CA 9 8 1 0.128 0.175 1 0.357 * 0.153 0.191 1.6 0.4 0.1 1.1 18 Mount Rose, NV 8 7 1 0.075 0.103 1 0.287 * 0.162 0.014 1.7 0.4 0.1 1.1 19 Yosemite, CA 4 7 1 0.112 0.149 8 0.260 * 0.134 0.248 1.8 0.5 0.1 1.1 20 Sheldon, NV 4 3 6 0.143 0.147 7 0.045 ns 0.141 0.216 1.6 0.4 0.2 1.0 21 Potato Flat, OR 8 7 1 0.077 0.086 9 0.118 * 0.194 0.082 1.7 0.4 0.0 1.1 22 Sequoia, CA 9 7 0 0.144 0.159 9 0.113 * 0.138 0.248 1.7 0.4 0.1 1.1 23 Red Wash Canyon, NV 9 7 6 0.078 0.106 2 0.280 * 0.149 0.010 1.6 0.4 0.1 1.1 24 Alamo Mountain, CA 8 7 6 0.082 0.125 4 0.362 * 0.141 0.125 1.9 0.6 0.2 1.1 25 Umatilla, OR 5 3 6 0.107 0.143 7 0.199 * 0.126 0.001 1.7 0.4 0.2 1.1 26 Wassuk Range, NV 4 2 1 0.095 0.132 5 0.214 * 0.155 0.003 1.8 0.5 0.1 1.1 27 Bishop Creek, CA 4 3 1 0.114 0.136 6 0.079 ns 0.159 0.313 1.8 0.5 0.2 1.1 28 Bobsled, OR 4 8 6 0.108 0.121 4 0.229 * 0.141 0.001 1.6 0.3 0.0 1.1 29 Charlton Flats, CA 3 7 5 0.061 0.108 2 0.075 * 0.133 0.024 1.7 0.5 0.2 1.1 30 Wallowa-Whitman, OR 9 3 6 0.118 0.134 5 0.306 * 0.140 0.125 1.6 0.4 0.0 1.1 31 Strawberry Peak, CA 3 2 0 0.062 0.098 1 0.186 * 0.125 0.004 1.7 0.4 0.1 1.1 32 Mineral Ridge, ID 4 2 1 0.109 0.141 6 0.245 * 0.143 0.230 1.7 0.4 0.1 1.1 33 Nez Perce, ID 9 7 1 0.114 0.134 5 0.168 * 0.132 0.064 1.9 0.5 0.3 1.1 34 Lee Canyon, NV 5 3 2 0.122 0.122 4 0.119 ns 0.132 0.078 2.0 0.5 0.4 1.1 35 Kyle Canyon, NV 0 3 2 0.098 0.110 2 0.139 * 0.131 0.011 1.6 0.3 0.0 1.1 36 Red Rock Canyon, NV 8 2 5 0.100 0.111 2 0.224 * 0.139 0.010 1.7 0.5 0.2 1.1 37 Grant Range, NV 4 3 1 0.079 0.093 0 0.191 * 0.132 0.014 1.9 0.4 0.2 1.1 38 Sheep Range High, NV 0 7 6 0.110 0.114 3 0.066 ns 0.151 0.191 1.6 0.4 0.2 1.1 39 Sheep Range Low, NV 3 2 1 0.118 0.124 4 0.056 * 0.131 0.014 1.6 0.3 0.1 1.1 40 Seaman Range, NV 8 7 1 0.120 0.133 5 0.115 * 0.142 0.188 1.7 0.3 0.2 1.1 41 North Pahroc Range, NV 9 7 6 0.094 0.107 2 0.138 ns 0.144 0.008 1.8 0.4 0.2 1.1 42 Glacier, MT 4 7 1 0.102 0.145 7 0.180 * 0.144 0.001 1.5 0.3 0.1 1.0 43 Snake Range, NV 3 7 6 0.078 0.080 9 0.039 ns 0.127 0.148 1.7 0.5 0.1 1.1 44 Bitterroot, MT 4 3 6 0.146 0.155 8 0.069 ns 0.125 0.007 1.6 0.4 0.1 1.1 45 Beaver Dam State Park, NV 8 2 6 0.087 0.130 5 0.280 * 0.146 0.027 1.7 0.3 0.1 1.1 46 Mormon Gulch, UT 4 7 6 0.104 0.120 4 0.153 * 0.137 0.039 1.5 0.3 0.1 1.1 47 Toms Creek, UT 8 2 1 0.082 0.097 1 0.265 * 0.172 0.005 1.6 0.3 0.1 1.1 48 Hualapai Mtns, AZ 3 2 1 0.075 0.100 1 0.188 * 0.128 0.019 2.0 0.5 0.2 1.1 49 Black Rock Mountains, AZ 5 8 6 0.139 0.144 7 0.268 * 0.143 0.034 2.1 0.5 0.2 1.1 50 Steamboat Mountain, UT 6 8 6 0.141 0.157 9 0.077 * 0.140 0.014 1.5 0.3 0.1 1.1 51 Big Hole National Battlefield, MT 8 7 6 0.111 0.122 4 0.155 * 0.126 0.020 1.8 0.5 0.3 1.1 52 Wah Wah Mountains, UT 4 3 7 0.104 0.118 3 0.209 * 0.138 0.000 1.6 0.4 0.1 1.1 53 Dunningan Gulch, MT 8 7 6 0.099 0.126 4 0.100 * 0.149 0.116 1.7 0.4 0.1 1.1 54 Blackfoot River-Dupont, MT 9 7 6 0.114 0.146 7 0.080 * 0.132 0.014 1.6 0.3 0.0 1.1 55 Sinbad Spring, UT 8 7 5 0.111 0.126 4 0.138 ns 0.146 0.344 1.6 0.4 0.1 1.1 56 Brown's Gulch, MT 8 7 1 0.106 0.116 3 0.421 * 0.130 0.037 1.6 0.5 0.1 1.1 57 Big Hole River/Valley, MT 8 3 6 0.076 0.091 0 0.124 ns 0.147 0.191 1.7 0.4 0.1 1.1 58 Marcum Mountains, MT 4 7 6 0.117 0.135 6 0.151 * 0.158 0.064 1.9 0.4 0.1 1.1 59 Ranch Canyon, UT 0 2 6 0.114 0.126 4 0.108 * 0.137 0.004 1.9 0.5 0.1 1.1 60 Kaibab, AZ 0 8 6 0.084 0.123 4 0.158 * 0.139 0.010 1.6 0.4 0.1 1.1 61 Boulder Mountains, MT 8 2 1 0.120 0.145 7 0.181 * 0.121 0.007 1.6 0.4 0.1 1.1 62 Coconino, AZ 3 7 6 0.107 0.110 2 0.129 * 0.145 0.594 2.0 0.5 0.2 1.2 63 Big Belt Mountains, MT 0 8 1 0.122 0.166 0 0.165 * 0.148 0.016 1.6 0.4 0.1 1.1 64 Little Belt Mountains, MT 8 2 1 0.114 0.127 5 0.120 ns 0.125 0.125 1.7 0.5 0.2 1.1 65 Henry Mountains, UT 9 3 1 0.096 0.103 1 0.233 * 0.139 0.125 1.6 0.5 0.1 1.1 66 Saguaro National Park, AZ 3 3 6 0.123 0.145 7 0.193 * 0.150 0.246 2.3 0.5 0.4 1.1 67 White Rocks Canyon, UT 2 8 2 0.153 0.160 9 0.062 ns 0.140 0.001 1.8 0.4 0.1 1.1 68 Bridger Creek, MT 4 7 1 0.100 0.120 4 0.105 ns 0.135 0.125 1.4 0.3 0.0 1.0 69 Book Cliffs, UT 7 2 5 0.058 0.068 7 0.191 * 0.155 0.371 1.7 0.4 0.0 1.1 70 Judith Mountains, MT 9 7 5 0.096 0.116 3 0.315 * 0.134 0.001 1.6 0.4 0.1 1.1 71 Whitetail Trail, AZ 8 2 1 0.104 0.122 4 0.174 * 0.135 0.098 2.2 0.5 0.4 1.1 72 Apache-Sitgreaves, AZ 6 8 2 0.089 0.102 1 0.332 * 0.148 0.027 1.8 0.4 0.2 1.1 73 Douglas Mountain, CO 4 7 1 0.125 0.140 6 0.267 * 0.136 0.102 1.9 0.4 0.1 1.1 74 Little Rocky Mountains, MT 0 7 6 0.098 0.143 7 0.328 * 0.132 0.082 1.2 0.1 0.0 1.0 75 Grass Creek, WY 6 6 5 0.053 0.043 4 0.045 ns 0.128 0.014 1.7 0.5 0.1 1.1 76 Boggy Draw, CO 9 3 6 0.083 0.105 2 0.162 * 0.122 0.023 1.8 0.5 0.2 1.1 77 Sawmill Mesa, CO 4 3 6 0.097 0.113 3 0.155 * 0.133 0.016 1.7 0.4 0.1 1.1 78 Square S Gulch, CO 4 2 1 0.083 0.106 2 0.130 * 0.167 0.006 1.8 0.4 0.0 1.1 79 Shepard Recreation Site, MT 4 2 5 0.084 0.115 3 0.283 * 0.120 0.010 1.7 0.4 0.2 1.1 80 Big Horn Mountain, WY 9 7 1 0.087 0.095 0 0.130 * 0.131 0.007 1.9 0.5 0.2 1.1 81 San Juan-Pagosa, CO 0 3 1 0.071 0.112 3 0.382 * 0.138 0.012 1.8 0.5 0.3 1.1 82 Eight-Mile, CO 4 3 2 0.089 0.095 0 0.075 * 0.135 0.001 1.6 0.4 0.1 1.1 83 Seminoe Mountains, WY 8 2 1 0.094 0.106 2 0.132 ns 0.126 0.037 1.7 0.4 0.1 1.1 84 Sparks, CO 9 2 1 0.091 0.126 4 0.291 * 0.139 0.191 1.8 0.4 0.2 1.1 85 Billy Creek , WY 4 7 1 0.109 0.126 4 0.206 * 0.129 0.064 1.7 0.4 0.2 1.1 86 Lower Willow Creek, CO 4 7 1 0.099 0.113 3 0.137 * 0.128 0.102 1.9 0.5 0.3 1.1 87 Rawlins, WY 0 3 2 0.081 0.101 1 0.221 * 0.136 0.002 1.7 0.3 0.1 1.1 88 Stove Gulch, WY 4 7 1 0.070 0.092 0 0.386 * 0.119 0.037 1.7 0.4 0.2 1.1 89 Four Elk, CO 9 2 1 0.106 0.099 1 0.312 * 0.162 0.180 1.9 0.4 0.1 1.1 90 North Inlet, CO 5 7 6 0.107 0.115 3 0.090 * 0.125 0.001 1.7 0.3 0.1 1.1 91 Ojito, NM 9 7 1 0.066 0.093 0 0.301 * 0.125 0.008 1.7 0.4 0.2 1.1 92 Red Feather Lakes, CO 9 7 6 0.097 0.101 1 0.057 ns 0.134 0.005 2.1 0.5 0.4 1.1 93 Walker Canyon Bottom, NM 6 8 2 0.093 0.114 3 0.148 * 0.141 0.065 1.8 0.4 0.2 1.1 94 Wild Basin, CO 4 7 1 0.085 0.104 2 0.202 * 0.134 0.010 2.0 0.4 0.3 1.1 95 Mescalero Apache Reservation, NM 0 2 2 0.102 0.115 3 0.133 * 0.140 0.006 1.9 0.3 0.1 1.1 96 Deer Haven, CO 0 7 6 0.104 0.114 3 0.121 * 0.134 0.082 1.8 0.5 0.1 1.1 97 Casper, WY 4 3 6 0.100 0.114 3 0.134 * 0.133 0.042 1.9 0.4 0.2 1.1 98 Vedauwoo, WY 5 7 1 0.093 0.114 3 0.190 * 0.147 0.003 1.9 0.4 0.2 1.1 99 Stonewall, CO 0 2 6 0.119 0.126 4 0.258 * 0.127 0.014 1.7 0.4 0.2 1.0 100 Rampart Range, CO 4 7 1 0.089 0.084 9 -0.045 ns 0.132 0.001 1.7 0.5 0.1 1.1 101 Eddy, NM 9 3 6 0.127 0.139 6 0.381 * 0.146 0.326 1.7 0.4 0.1 1.0 102 Black Hills, SD 9 7 6 0.074 0.076 8 -0.055 ns 0.124 0.007 1.6 0.4 0.0 1.1 103 Black Mesa West, OK 3 7 5 0.095 0.090 0 0.123 * 0.156 0.034 1.9 0.4 0.2 1.1 104 Niobrara Valley Preserve, NE 5 2 1 0.081 0.095 0 0.163 * 0.129 0.006 1.7 0.4 0.1 0.10 0.12 1.1 0.08 Mean 9 7 8 2 1 4 0.177 -- 0.139 0</p><p>A, mean alleles per locus; PP, proportion polymorphic loci; AR, mean rare alleles (locally common alleles found in < 25% of populations); HO, observed heterozygosity; HE, expected heterozygosity; AE, effective number of alleles; FIS, inbreeding coefficient; HWE, Hardy–Weinberg exact test of heterozygote deficiency; Mean DC, mean pairwise chord distance</p><p>(Cavalli-Sforza and Edwards 1967) with all other populations; Hdef, p value for test of heterozygote deficiency * q < 0.05 using false discovery rate adjustment</p>