Table S7. Transposable Elements

Table S7. Transposable elements.

1 2 2 TE type 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 5 16 17 18 19 20 21 22 23 4 25 6 27 28 29 30 Total 1 1 Alu/SIN 6 1 4 2 E 411 0 166 44 68 1 22 62 36 9 6 34 9 26 179 20 121 165 32 1 6 18 2 90 1 39 25 1923 FLAM/SI 1 NE 4 4 13 1 7 1 3 4 2 1 7 3 3 1 2 0 5 5 1 77 FRAM/S INE 3 7 5 1 1 3 1 1 1 3 2 2 6 2 1 2 41 MIR/SIN 2 4 2 6 E 9 0 62 20 4 1 1 56 7 1 24 6 43 8 10 80 73 10 10 8 4 6 159 4 10 756 HAL/LIN 1 E 5 2 11 1 1 1 1 1 1 1 3 3 1 5 9 4 1 3 1 9 1 1 76 1 1 1 7 5 9 6 L1/LINE 168 7 190 40 12 1 11 143 30 52 24 190 8 30 254 115 539 481 128 6 1 1 13 5 388 7 50 69 3533 2 1 2 4 L2/LINE 8 1 61 19 2 32 4 1 12 9 22 7 6 63 82 8 1 2 13 4 125 9 19 600 1 L3/LINE 1 5 2 6 1 4 1 6 11 3 4 3 18 3 3 81 1 Tc1/TIR 10 3 35 7 2 19 6 1 4 9 28 25 6 7 5 33 2 1 213 Tc2/TIR 2 2 4 5 1 7 6 hAT/TIR 57 4 138 49 9 5 36 15 8 16 4 12 23 18 139 160 48 4 7 8 3 115 12 9 1089 ERVL/LT 1 1 R 5 2 3 1 1 14 13 1 3 2 65 ERV1/LT 3 2 1 R 30 7 28 40 3 12 21 56 49 17 8 1 2 26 10 8 378 HERV/L 6 1 4 2 TR 96 0 86 9 1 24 2 4 7 13 8 7 29 16 86 104 34 1 8 4 1 65 12 7 754 MaLR/L 1 1 TR 27 2 10 11 8 3 1 7 4 5 8 3 32 57 11 8 5 4 18 11 5 260 MuDR/ DNA 3 4 4 2 1 1 15 THE1/LT 2 1 R 16 1 1 3 1 2 46 30 38 1 5 53 6 6 239 Family Unknow 1 1 n 5 6 8 3 2 8 6 11 1 14 0 9 11 4 13 20 3 1 3 1 1 19 1 170 6 3 4 4 2 23 1 123 128 8 3 112 354,275 Tot 845 1 821 7 120 1 3 42 375 114 90 46 345 9 166 551 224 5 2 339 10 17 9 76 8 7 9 166 166 862

8 3, 4, , Reuses 6, 2,7 2 2,2 2,2 3,7 4,7 7 7 5,2 2,2 3,2 Average 5 5 5 4,5 3 4,75 5 5 5 5 5 8,5 7 2 5 2 2 2 2 2,5 2,5 2,5 2 2 2,5 5 5 5 3 5 109,5 3 2 4 3 9 5 5 14 2 8 2 Size in 404 5, 6, 0.7 2,6 42, 230 49, 100 44, 369, 3, 100 329 223 103 103 249 , , 3,5 105 97, Kb ,9 7 493 4 46,2 96 1 3 ,4 8 ,6 7 7 3 ,6 ,3 ,5 7,1 2,4 ,2 8,1 9,9 9 31,8 7 941 5 ,7 1 268,945 1 1 1. 0. . . 3 1. 9 2 7 ET/Kb 2.0 6 61 2.59 1,2 1,1 0.9 1.6 2.2 0.8 1.0 0.93 8 1.6 1.6 1.0 1.24 1.3 1.2 2 3 1.1 2,5 1.5 1.7 Density 86 2 1.665 8 7 56 49 93 27 89 94 29 3 6 5 73 02 1.19 1 6 34 1.717 5 2.389 3 97 35 7 09 1,647 ET complet e non Transpo sase 0 0 2 2 0 0 4 0 3 1 5 4 1 3 0 10 1 2 0 0 1 0 0 6 2 0 ET complet e Transpo sase 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 Tot 1 0 2 2 0 0 4 0 3 1 5 4 1 4 0 11 2 2 0 0 2 0 0 6 2 0