Inline-Supplementary-Material-10.Pdf

Supplementary material Gut

gene p_val avg_diff pct.1 pct.2 cluster ANG 1.77E-23 1.611213989 0.675 0.173 1 NUCB2 8.23E-23 1.560241508 0.754 0.295 1 PPIC 3.53E-19 1.500679845 0.659 0.206 1 AZGP1 2.56E-18 1.803118296 0.516 0.117 1 ANPEP 3.36E-16 1.817540521 0.492 0.114 1 PCSK1 4.92E-16 1.704990672 0.627 0.228 1 FGL1 7.88E-15 3.965378645 0.294 0.033 1 MEP1A 2.20E-14 2.240233344 0.27 0.019 1 PTGER2 2.23E-12 1.637079832 0.349 0.062 1 SLC36A4 2.39E-12 1.666622267 0.357 0.073 1 C2orf69 5.48E-11 1.675791555 0.278 0.043 1 SPATA6 1.49E-10 1.531305362 0.294 0.051 1 NFYB 1.22E-09 1.89849823 0.31 0.07 1 ATP5S 5.30E-08 1.618240776 0.317 0.087 1 TM4SF4 1.22E-07 1.793282346 0.294 0.079 1 TPSB2 1.14E-51 2.91708951 0.851 0.147 2 TPSAB1 3.04E-49 3.954178442 0.737 0.063 2 MZB1 8.85E-49 2.306552887 0.895 0.286 2 JCHAIN 6.44E-47 2.256474522 0.982 0.753 2 IGLL5 6.33E-44 2.330834591 0.939 0.601 2 LCN2 1.77E-32 1.608471747 1 0.808 2 CPA3 3.10E-30 2.745159486 0.596 0.073 2 DERL3 8.10E-30 1.829185005 0.781 0.215 2 DUOX2 3.41E-29 1.945055996 0.868 0.325 2 CD79A 3.94E-29 2.139221979 0.588 0.071 2 PIM2 6.98E-21 2.000868651 0.649 0.189 2 DMBT1 1.03E-19 2.050194033 0.605 0.184 2 OLFM4 8.58E-19 3.143234512 0.386 0.042 2 CCL20 1.33E-16 1.621672697 0.623 0.202 2 RAB30 4.95E-15 1.647933066 0.447 0.087 2 SPINK1 2.22E-14 1.635407096 0.719 0.375 2 DUOXA2 3.35E-14 2.110597776 0.404 0.073 2 RGS2 5.83E-14 1.668949661 0.719 0.346 2 CD27 5.84E-14 1.848354621 0.325 0.045 2 LINC01480 2.49E-13 3.101291987 0.316 0.047 2 ALOX5AP 3.30E-13 1.979043157 0.307 0.05 2 PI3 5.00E-13 2.2328048 0.465 0.118 2 TNFRSF17 1.80E-12 2.313834825 0.298 0.039 2 CLCA1 2.51E-12 4.482967837 0.263 0.029 2 FABP1 1.81E-11 2.298824713 0.368 0.079 2 RHOH 3.97E-11 1.8455681 0.307 0.047 2 CD69 9.06E-11 1.51129071 0.386 0.113 2 TAGAP 1.30E-10 1.721643948 0.289 0.047 2 BCL2A1 5.10E-10 2.122266555 0.316 0.066 2 C10orf99 1.38E-09 2.00432171 0.333 0.136 2 SAMSN1 2.86E-09 1.863623777 0.298 0.06 2 SLAMF7 1.09E-08 1.840022323 0.272 0.06 2

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

RAC2 7.90E-08 1.608233727 0.325 0.092 2 ZNF331 2.47E-07 1.736368262 0.36 0.134 2 CD38 3.06E-07 1.507380516 0.316 0.097 2 HOXB5 4.62E-07 1.887206952 0.333 0.181 2 LAMB1 3.60E-05 1.527380126 0.377 0.181 2 CTSH 6.85E-05 1.525732644 0.325 0.139 2 UTRN 0.000242318 1.545212508 0.307 0.163 2 IDO1 0.002483373 1.570956611 0.342 0.257 2 KRT17 2.67E-62 5.94414692 0.9 0.032 3 MUC6 1.72E-58 6.21625596 0.883 0.009 3 KRT6B 1.01E-52 4.230164229 0.9 0.051 3 PTPRO 2.25E-45 3.871330733 0.817 0.028 3 BMP4 4.73E-41 3.25285692 0.85 0.085 3 CEACAM6 4.84E-37 2.23425674 0.95 0.483 3 CD24 1.52E-36 2.217321953 0.933 0.492 3 DPEP1 1.18E-35 2.812514814 0.883 0.17 3 NOTUM 1.06E-30 4.306955368 0.517 0.002 3 LRP4 6.21E-30 3.730260891 0.65 0.034 3 ASCL2 8.75E-30 2.858591972 0.7 0.048 3 PRAP1 1.64E-28 2.53409503 0.7 0.067 3 BAMBI 8.66E-28 2.821631774 0.667 0.069 3 SPON2 4.06E-26 2.770768528 0.7 0.161 3 INHBB 2.24E-25 5.080786724 0.467 0.005 3 PADI1 2.36E-24 4.309458724 0.467 0.007 3 SYT8 9.51E-24 3.10492803 0.583 0.037 3 FIBCD1 2.61E-23 3.181118494 0.5 0.016 3 PLEKHA4 2.15E-22 2.499109562 0.633 0.062 3 BST2 8.83E-22 2.789499318 0.617 0.147 3 S100A4 9.39E-22 2.319435211 0.883 0.37 3 NKD1 1.34E-21 3.081472784 0.517 0.034 3 CTNNB1 5.07E-21 1.903124499 0.817 0.395 3 WNT11 1.06E-20 5.635330596 0.35 0 3 PTMS 2.79E-20 1.848512623 0.9 0.4 3 SPRR1A 5.84E-20 4.376255143 0.383 0.005 3 SFRP5 1.24E-19 5.693120832 0.333 0 3 LCK 1.59E-19 3.35733509 0.5 0.044 3 VSNL1 3.33E-19 1.803232141 0.75 0.241 3 EPSTI1 4.38E-19 2.18422394 0.7 0.136 3 SCD 6.36E-19 2.100364985 0.8 0.267 3 CCND2 6.52E-19 2.096020275 0.7 0.14 3 APOLD1 1.27E-18 2.700849276 0.567 0.074 3 SESN1 1.94E-18 1.746431963 0.8 0.223 3 CXCL8 2.31E-18 1.997309805 0.933 0.593 3 LGR6 2.36E-18 2.422710396 0.517 0.044 3 ANXA6 5.03E-18 3.246462598 0.467 0.039 3 PSTPIP2 6.92E-18 3.047429509 0.433 0.025 3 EDAR 7.49E-18 3.860430995 0.4 0.014 3 HOXB-AS3 1.06E-17 2.014425727 0.633 0.103 3

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

MYBPC1 1.61E-17 4.724876456 0.333 0.005 3 SNAR-E 2.17E-16 4.41068356 0.35 0.009 3 RNF128 2.21E-16 1.909973815 0.55 0.092 3 RFK 2.34E-16 1.833142239 0.7 0.17 3 HOXB9 3.56E-16 3.149995617 0.467 0.048 3 TNFAIP2 6.45E-16 2.610333756 0.6 0.133 3 LOC102723854 9.10E-16 4.644340197 0.367 0.021 3 SLC2A1 1.73E-15 1.945476504 0.717 0.274 3 GGH 3.39E-15 1.861401417 0.683 0.232 3 TNNI2 3.61E-15 2.001226409 0.317 0.011 3 KRT23 5.36E-15 5.978792487 0.267 0.002 3 MORC4 6.26E-15 1.541564769 0.517 0.074 3 GALNT9 7.06E-15 4.658099817 0.3 0.005 3 RUNX3 2.27E-14 2.650796708 0.5 0.08 3 ABHD12B 3.18E-14 4.426090702 0.283 0.007 3 RUNX1 5.07E-14 1.60973605 0.617 0.129 3 ZDHHC9 6.94E-14 1.712275499 0.683 0.276 3 LINC00458 1.06E-13 1.728180868 0.6 0.149 3 EMP1 1.14E-13 2.604456192 0.483 0.08 3 MLXIPL 1.68E-13 1.824643753 0.517 0.083 3 XAF1 1.82E-13 1.556999694 0.683 0.244 3 ETV1 3.84E-13 1.660259834 0.4 0.041 3 KLK6 4.78E-13 2.778971034 0.35 0.023 3 KLK7 5.40E-13 3.305525576 0.3 0.011 3 DCAF7 6.37E-13 1.585919725 0.783 0.393 3 UBE2E2 6.87E-13 1.990726171 0.283 0.011 3 CYP4X1 8.68E-13 1.997741584 0.333 0.021 3 CNN3 8.78E-13 1.538125184 0.65 0.191 3 HMGB3 1.11E-12 1.589614852 0.667 0.191 3 NOTCH1 1.14E-12 1.689697458 0.7 0.234 3 SLCO1B3 1.22E-12 1.628335619 0.483 0.076 3 HMGA1 1.53E-12 1.561366207 0.8 0.595 3 PROX1 1.73E-12 1.874468876 0.583 0.184 3 CLDN1 1.99E-12 1.925143794 0.55 0.122 3 PLA2G2A 3.27E-12 1.855142107 0.65 0.253 3 SUPT4H1 4.43E-12 1.586325999 0.667 0.202 3 MGAT5 5.65E-12 1.811142144 0.583 0.189 3 ZAK 8.42E-12 1.698770922 0.7 0.237 3 ADAMTS14 9.06E-12 3.856186893 0.283 0.011 3 ITPR2 9.38E-12 1.561184131 0.733 0.278 3 CAB39L 1.32E-11 3.417429354 0.3 0.028 3 NMU 1.35E-11 2.56638039 0.383 0.044 3 FGFR1 1.39E-11 3.290239483 0.333 0.03 3 KRT80 1.74E-11 2.030463926 0.467 0.078 3 RGL1 3.40E-11 3.790759138 0.283 0.018 3 FLNA 5.81E-11 1.82024454 0.517 0.129 3 TRIM29 7.11E-11 1.619613644 0.6 0.2 3 FAM58A 8.90E-11 2.124759102 0.483 0.092 3

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

TTPA 1.07E-10 2.164399897 0.333 0.03 3 TEAD1 1.21E-10 1.529485604 0.517 0.156 3 CRAT 1.39E-10 1.999348049 0.583 0.175 3 NTRK2 1.54E-10 2.986473987 0.283 0.023 3 PHLDB2 1.62E-10 3.479033881 0.267 0.016 3 TMEM154 1.87E-10 2.717658736 0.283 0.018 3 DHFR 2.45E-10 1.520734579 0.517 0.161 3 SNTB1 2.63E-10 3.072969439 0.333 0.037 3 MSX2 2.87E-10 2.565535634 0.35 0.044 3 FAM120C 3.33E-10 2.26810628 0.3 0.023 3 PLS3 3.33E-10 1.575244038 0.583 0.186 3 ARMC2 3.58E-10 2.521046253 0.317 0.034 3 GOLGA7B 4.16E-10 3.010909471 0.3 0.037 3 BCL2L1 4.62E-10 1.690365849 0.517 0.175 3 PKP1 5.89E-10 3.150201354 0.3 0.03 3 MGP 6.14E-10 3.89994565 0.283 0.021 3 ARL4C 7.00E-10 1.951020982 0.433 0.08 3 TM9SF1 8.09E-10 1.637106059 0.55 0.207 3 LOC105370792 1.14E-09 1.986356644 0.333 0.037 3 ATP2B4 1.31E-09 2.622877591 0.333 0.046 3 PAM 1.82E-09 1.721087812 0.483 0.131 3 SCML1 2.05E-09 1.760952054 0.533 0.147 3 TMPRSS3 2.61E-09 1.603078216 0.383 0.064 3 AJUBA 2.65E-09 3.095497821 0.283 0.025 3 NR6A1 2.88E-09 2.878982457 0.283 0.032 3 MCM4 2.88E-09 1.613962956 0.517 0.152 3 SLC6A14 2.89E-09 1.896270308 0.383 0.064 3 ALDH1B1 3.71E-09 1.748999843 0.483 0.145 3 OGFRL1 5.88E-09 1.596347467 0.383 0.124 3 GABRP 5.88E-09 2.091940178 0.283 0.025 3 BCL11B 5.88E-09 2.120822742 0.35 0.064 3 CXXC5 7.46E-09 1.502789235 0.65 0.264 3 QSER1 9.19E-09 2.041065735 0.283 0.028 3 TP53 9.32E-09 1.547882188 0.567 0.202 3 B4GALNT4 9.69E-09 1.685759583 0.333 0.046 3 CAV2 1.10E-08 2.565690876 0.333 0.069 3 MDFIC 1.15E-08 2.713395126 0.283 0.032 3 MVB12B 1.16E-08 2.869081271 0.283 0.03 3 UBE2E1 1.23E-08 1.668701325 0.45 0.101 3 TSR2 1.23E-08 1.689861747 0.533 0.166 3 FAM3C 1.34E-08 2.229899256 0.433 0.106 3 FAM129B 1.49E-08 1.502897021 0.65 0.274 3 DCAF12 1.65E-08 1.606855669 0.517 0.177 3 SLC4A11 2.04E-08 1.573322292 0.283 0.034 3 DPYSL2 2.41E-08 1.575375767 0.55 0.186 3 TGFBR3 2.79E-08 1.67845062 0.283 0.032 3 APCDD1 3.12E-08 3.692372855 0.267 0.032 3 IPO5 3.57E-08 1.594097683 0.5 0.244 3

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

SLC7A5 4.86E-08 1.837435737 0.45 0.126 3 DOK7 5.59E-08 2.272672294 0.283 0.037 3 KLK10 6.16E-08 2.037441911 0.45 0.115 3 UBD 7.06E-08 2.46285241 0.383 0.113 3 ELK3 7.97E-08 1.842485225 0.35 0.085 3 PRPS2 9.72E-08 1.538944648 0.417 0.126 3 DCN 1.11E-07 1.797094478 0.467 0.136 3 SNX12 1.27E-07 1.74403636 0.317 0.062 3 LY6E 1.33E-07 1.542083101 0.533 0.198 3 CXorf38 1.34E-07 1.727541025 0.417 0.113 3 FGD1 1.60E-07 2.166586835 0.3 0.051 3 IGFBP2 2.60E-07 1.508228054 0.417 0.117 3 PEX5 3.26E-07 2.195598773 0.3 0.051 3 MMP7 4.59E-07 2.313090514 0.367 0.11 3 ASF1B 5.76E-07 1.654483183 0.35 0.074 3 LRP8 6.39E-07 2.021416757 0.3 0.051 3 ESRG 8.82E-07 2.489604301 0.283 0.046 3 SLC39A6 9.65E-07 1.547489067 0.433 0.122 3 FRAS1 9.74E-07 2.358437542 0.3 0.053 3 EMD 1.28E-06 1.548787735 0.383 0.094 3 OAS3 1.33E-06 1.635565964 0.383 0.094 3 SP5 1.37E-06 1.790361277 0.367 0.087 3 LDOC1L 1.56E-06 1.595989709 0.267 0.041 3 ZNF532 1.64E-06 1.772660115 0.3 0.055 3 KIAA0930 1.91E-06 1.580160339 0.4 0.14 3 IFIT3 2.10E-06 1.963800072 0.3 0.057 3 LIF 2.98E-06 1.567615581 0.417 0.133 3 NAA50 3.15E-06 1.551966495 0.533 0.251 3 LOC101929705 3.37E-06 1.546281093 0.35 0.097 3 MSANTD4 4.26E-06 1.843573384 0.3 0.06 3 LYRM1 5.09E-06 1.671224351 0.383 0.122 3 PI4K2A 5.74E-06 2.039165049 0.283 0.062 3 TOR4A 5.97E-06 1.642923066 0.35 0.097 3 TMEM203 7.09E-06 1.621591733 0.333 0.078 3 PRUNE1 7.62E-06 1.643562383 0.267 0.048 3 LOC105369340 8.15E-06 1.690533477 0.333 0.085 3 DNM1 8.99E-06 2.183186413 0.283 0.055 3 RARRES3 9.13E-06 1.515566278 0.367 0.145 3 CCSER2 1.01E-05 1.654107874 0.5 0.186 3 EMB 1.20E-05 2.01016108 0.3 0.103 3 SKAP1 1.24E-05 1.540973086 0.333 0.083 3 VANGL2 1.49E-05 1.889813854 0.267 0.053 3 OAS2 1.56E-05 1.607223191 0.283 0.076 3 NAA30 1.91E-05 2.14151735 0.317 0.083 3 TTC39C 2.99E-05 1.743109723 0.283 0.071 3 FAM219B 3.38E-05 2.205852585 0.3 0.08 3 SGPL1 3.86E-05 1.589172751 0.417 0.172 3 RFWD3 8.04E-05 1.87074179 0.317 0.101 3

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

SH3PXD2B 0.000107242 1.513320289 0.283 0.074 3 TIMP2 0.000108989 1.530957958 0.333 0.11 3 APOE 0.000159183 1.562824846 0.4 0.175 3 TRIM23 0.000174936 1.750475215 0.267 0.067 3 ELF4 0.000241169 1.984147042 0.283 0.101 3 LAMA3 0.00028384 1.624862409 0.35 0.133 3 COL6A1 0.000289721 1.691267504 0.35 0.177 3 SLC1A4 0.000325023 1.502701276 0.267 0.071 3 RPP25 0.00039221 1.507544178 0.3 0.09 3 RPS18P9 0.000552374 1.521017573 0.383 0.147 3 INTS2 0.000705588 1.739268674 0.283 0.106 3 PRR11 0.001353151 1.612781867 0.267 0.12 3 TMEM189 0.001545118 1.547907797 0.35 0.152 3 CCZ1B 0.002151303 1.539035716 0.333 0.138 3 NCAPD3 0.002679363 1.833597357 0.267 0.087 3 PDSS2 0.005472646 1.537216558 0.267 0.099 3 DEDD 0.005655811 1.545159143 0.3 0.126 3 PEX11B 0.007523893 1.525163783 0.267 0.099 3

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

gene p_val avg_diff pct.1 pct.2 cluster CHPT1 1.22E-19 1.62995444 0.06 0.422 1 UBN2 1.65E-10 1.76575239 0.112 0.36 1 EPAS1 2.21E-08 1.89356551 0.293 0.555 1 GRK3 1.18E-07 1.64804462 0.069 0.263 1 SRGN 3.90E-19 2.11034258 0.821 0.626 2 C11orf96 1.32E-12 1.54847868 0.375 0.281 2 IL1B 9.20E-11 2.88349057 0.455 0.395 2 BCL2A1 2.43E-10 3.24987268 0.268 0.215 2 COL4A2 9.65E-10 1.81457847 0.312 0.242 2 TPSB2 1.89E-09 1.74267097 0.562 0.322 2 COL4A1 1.08E-08 1.71693099 0.286 0.227 2 CSF2RB 1.39E-08 1.66710304 0.268 0.202 2 ANKRD20A9P 7.25E-08 1.80669018 0.304 0.245 2 CCL3 7.70E-08 2.0809009 0.286 0.356 2 BASP1 1.37E-07 2.00311905 0.277 0.122 2 AMY2B 4.16E-07 1.61625967 0.312 0.376 2 TNFAIP2 4.24E-07 1.8150722 0.455 0.369 2 TNF 6.86E-07 1.54325205 0.429 0.313 2 PTPRC 1.17E-06 1.73368988 0.384 0.29 2 TATDN2 3.13E-06 1.52794525 0.098 0.265 2 ATG2A 2.26E-05 2.13967405 0.259 0.333 2 G0S2 3.42E-05 1.71288054 0.277 0.336 2 MSN 0.00010752 1.66258482 0.259 0.19 2 CREM 0.00013565 1.72602127 0.42 0.481 2 DR1 0.00018267 1.7731104 0.161 0.304 2 NSUN4 0.00049673 1.56381276 0.196 0.274 2 TJAP1 0.00480808 1.73423755 0.223 0.275 2 REG3A 0.00691092 1.7962561 0.33 0.215 2 CASC8 2.02E-24 2.06393996 0.5 0.064 3 ACE2 1.28E-23 1.87681103 0.536 0.087 3 SLC2A8 1.15E-22 1.57626524 0.664 0.175 3 LY6G6D 1.13E-20 1.62306459 0.455 0.064 3 PLTP 4.20E-17 1.79664942 0.382 0.052 3 ATP6V1C2 1.01E-13 2.40387593 0.273 0.027 3 ANPEP 1.54E-12 1.83248482 0.464 0.135 3 LMBRD2 4.74E-12 1.6221921 0.255 0.029 3 CLCN2 5.00E-12 1.56064715 0.318 0.055 3 AXDND1 6.38E-12 1.65218647 0.345 0.068 3 MARCH9 1.21E-11 1.67823835 0.409 0.111 3 TPSAB1 6.04E-11 1.60317798 0.282 0.066 3 ZNF136 9.85E-11 1.69208661 0.264 0.043 3 RNASE6 2.34E-10 1.71274817 0.309 0.061 3 TOP2A 2.37E-09 1.57558644 0.427 0.164 3 FIGNL1 3.71E-08 1.67712312 0.273 0.061 3 IGF2BP2-AS1 4.10E-08 1.5960355 0.255 0.053 3 FANCD2 1.35E-07 1.59970075 0.255 0.061 3 PYY 1.07E-52 1.71560728 0.975 0.139 4

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

GCG 1.73E-51 1.83376137 0.925 0.105 4 B3GNT7 1.67E-40 1.76477931 0.962 0.403 4 LGALS2 1.69E-35 1.71889636 0.975 0.31 4 SPON1 1.28E-34 1.59716723 0.825 0.137 4 PCSK1N 3.02E-28 1.62482137 0.688 0.105 4 HLA-G 4.57E-26 1.59787294 0.725 0.156 4 TNNC1 1.02E-24 1.54156004 0.55 0.061 4 PSCA 9.64E-24 3.41914821 0.4 0.015 4 SNPH 3.09E-21 1.56670926 0.45 0.037 4 UGT2A3 3.38E-20 1.52805844 0.762 0.235 4 SLC26A3 1.65E-19 1.6747199 0.312 0.015 4 MT1M 3.87E-18 1.62904636 0.712 0.217 4 BEX4 3.27E-15 1.52194832 0.588 0.146 4 BCL2 6.31E-15 1.50886016 0.475 0.085 4 NOV 3.91E-13 2.33004068 0.362 0.047 4 LOC644919 1.87E-12 2.63177196 0.275 0.02 4 CLIC6 8.63E-12 2.1538982 0.288 0.027 4 HPDL 8.73E-12 1.60231278 0.45 0.098 4 INSM1 6.38E-09 1.66214377 0.325 0.064 4 HSD17B2 1.83E-07 1.53285265 0.275 0.064 4 ITM2A 2.98E-06 1.55066518 0.438 0.169 4 TOP3B 2.99E-06 1.55583281 0.338 0.105 4 CRYBA2 4.60E-06 1.52102459 0.262 0.064 4 CHGA 6.27E-25 3.42669189 0.667 0.108 5 REG4 1.52E-23 1.97009481 0.859 0.413 5 SLC18A1 4.15E-23 3.47538111 0.487 0.04 5 ART3 2.40E-21 1.68483721 0.449 0.049 5 REG1B 4.59E-20 1.56834495 0.679 0.152 5 AADAC 1.31E-14 2.7775649 0.282 0.015 5 GPAT3 3.81E-12 1.82640068 0.346 0.054 5 RAP1GAP 1.03E-11 1.51802325 0.846 0.445 5 DEFA6 1.05E-11 1.6500529 0.423 0.089 5 CPE 5.27E-11 2.0121017 0.436 0.11 5 BEST2 5.68E-11 1.70451068 0.5 0.155 5 L1TD1 5.71E-11 1.87255798 0.551 0.197 5 KRT12 7.82E-11 1.98570783 0.41 0.093 5 SEMA3G 1.18E-09 1.90269849 0.256 0.035 5 STXBP5-AS1 2.54E-09 1.53349114 0.295 0.059 5 GCAT 2.63E-09 1.53338786 0.462 0.155 5 FFAR4 3.99E-09 1.63943723 0.551 0.221 5 CCNF 2.14E-08 2.47569019 0.282 0.056 5 ALG9 2.56E-08 1.89671848 0.436 0.184 5 ECM1 2.94E-08 1.6670053 0.333 0.091 5 BTBD3 4.79E-08 1.90976207 0.474 0.226 5 KLK11 9.69E-08 1.81190703 0.359 0.098 5 KLK12 1.60E-07 1.62638177 0.269 0.047 5 CAPN9 2.35E-07 1.66341154 0.423 0.184 5 MEPCE 3.38E-07 1.67139251 0.731 0.503 5

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

TSHZ1 1.84E-06 1.55359311 0.346 0.147 5 CCNJL 2.29E-06 1.79981819 0.256 0.084 5 DDX31 1.64E-05 1.58937636 0.41 0.211 5 MARVELD1 1.65E-05 1.80754007 0.372 0.164 5 TOP3A 0.00011566 2.13120537 0.282 0.125 5 KCNK6 0.00021394 1.97793443 0.295 0.17 5 ALDH1L1 0.00028535 1.72488932 0.256 0.098 5 PIAS2 0.00111328 1.58148438 0.333 0.253 5 SNAP47 0.00248458 1.51318522 0.282 0.148 5 FRZB 4.89E-09 1.63343392 0.634 0.32 6 LOC101929549 9.17E-08 1.53938003 0.606 0.338 6 MUC5AC 4.75E-05 2.01137957 0.31 0.123 6 MMP3 6.37E-45 1.59512148 0.817 0.049 7 TESC 7.59E-43 2.68052488 0.95 0.214 7 PCP4 1.09E-41 3.86478393 0.767 0.033 7 TGFBI 5.83E-41 2.13891418 1 0.484 7 REG1A 1.39E-39 2.46211736 0.983 0.355 7 GREM1 4.43E-37 2.36843041 0.683 0.028 7 KRT17 2.42E-36 3.61830725 0.817 0.077 7 RBP1 2.91E-36 2.84476997 0.917 0.147 7 DPEP1 6.80E-36 2.04596619 0.95 0.291 7 REG3A 6.71E-34 1.53320558 0.933 0.165 7 WWTR1 1.97E-33 2.44901188 0.783 0.103 7 PMEPA1 2.83E-32 2.13174165 0.967 0.543 7 FOXQ1 3.26E-32 2.73505486 0.867 0.16 7 CRIP1 5.12E-32 1.67237399 0.983 0.791 7 MSLN 9.57E-31 2.48416448 0.7 0.082 7 BMP4 2.07E-29 2.14840222 0.867 0.205 7 PRAP1 5.98E-28 1.53538228 1 0.412 7 PARP4 4.38E-27 1.50249015 0.967 0.558 7 PROM1 1.90E-26 1.52605329 0.967 0.542 7 PLA2G16 5.03E-26 1.98411164 0.833 0.211 7 SULT2B1 1.04E-25 2.01282971 0.633 0.062 7 EEF1AKMT1 1.34E-25 1.87213406 0.783 0.131 7 ATP11A 1.87E-25 1.84415785 0.867 0.209 7 WFS1 1.97E-25 2.55293566 0.733 0.123 7 TM4SF1 1.15E-23 1.63576047 0.983 0.637 7 TACSTD2 1.57E-23 1.70407123 0.917 0.309 7 TNNI3 5.51E-23 2.37571988 0.467 0.025 7 FILIP1L 8.60E-23 1.53199745 0.9 0.273 7 NKD2 8.78E-23 2.16489618 0.533 0.041 7 TNFRSF11B 2.52E-22 2.51881685 0.767 0.167 7 AHNAK2 5.88E-22 2.95877512 0.5 0.031 7 SNCAIP 6.46E-22 3.55616705 0.467 0.023 7 POSTN 1.08E-21 1.59692578 0.667 0.1 7 TRIM54 4.23E-21 2.0514969 0.55 0.052 7 CALB1 5.75E-21 4.49747035 0.367 0.005 7 RAMP1 3.94E-20 1.69537352 0.733 0.205 7

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

MMP1 4.68E-20 2.62365267 0.583 0.067 7 KRT6B 5.09E-20 3.73739876 0.367 0.007 7 PLXNB3 9.55E-20 3.67032267 0.4 0.015 7 PROX1 2.48E-19 1.88850198 0.683 0.144 7 GTF3A 2.51E-19 1.59514175 0.917 0.43 7 BAMBI 2.53E-19 1.73732208 0.8 0.26 7 TBX18 6.06E-19 3.73465983 0.35 0.007 7 SNTB1 9.51E-19 1.50091971 0.75 0.18 7 SPON2 1.32E-18 2.50486413 0.617 0.11 7 SLCO4A1-AS1 1.57E-18 1.51640877 0.6 0.1 7 PRR36 3.55E-18 2.04882224 0.433 0.028 7 RASSF9 4.03E-18 3.35125479 0.383 0.016 7 BAG4 1.42E-17 1.5611066 0.683 0.149 7 LINC01296 1.44E-17 3.00760092 0.383 0.02 7 B4GALNT4 1.58E-17 2.94566279 0.383 0.016 7 SLC17A4 5.16E-17 1.59746131 0.417 0.031 7 PRKCDBP 5.53E-17 2.72245134 0.517 0.085 7 KLF7 9.03E-17 2.06419849 0.567 0.097 7 FSTL3 1.46E-16 2.95820698 0.417 0.034 7 CRAT 2.91E-16 1.7796985 0.65 0.142 7 S100A2 3.08E-16 2.65912488 0.433 0.043 7 SPTBN5 3.63E-16 1.55680376 0.4 0.029 7 UBD 4.89E-16 1.73989495 0.917 0.424 7 XPO4 1.17E-15 1.57403563 0.733 0.205 7 HOXB-AS3 1.87E-15 1.76914738 0.533 0.085 7 PROCR 2.66E-15 1.52516428 0.633 0.136 7 DSC3 3.36E-15 1.84688211 0.433 0.049 7 PKIA 3.37E-15 2.23871672 0.433 0.041 7 CLDN2 4.95E-15 1.61260619 0.7 0.208 7 SERPINE2 1.05E-14 1.96650476 0.55 0.095 7 CDA 1.35E-14 4.14649846 0.283 0.013 7 BOK 3.58E-14 2.15878454 0.483 0.075 7 HOXA11 3.88E-14 2.31115903 0.333 0.018 7 CACHD1 5.55E-14 2.95798208 0.333 0.018 7 SLC39A10 6.66E-14 1.80233119 0.6 0.142 7 RGL1 7.44E-14 1.97346235 0.4 0.039 7 AMIGO2 8.69E-14 1.52245891 0.567 0.128 7 MSX2 8.79E-14 2.79171715 0.267 0.007 7 CCL18 2.49E-13 2.77067452 0.3 0.013 7 FAM198B 6.23E-13 1.63869475 0.583 0.144 7 F10 1.01E-12 2.01992844 0.317 0.021 7 ADAM8 1.09E-12 1.54122892 0.45 0.065 7 AADACP1 1.14E-12 1.91761068 0.283 0.013 7 HSPA12A 1.41E-12 2.2198415 0.35 0.029 7 PACSIN3 1.97E-12 2.61235729 0.35 0.033 7 C3orf14 3.65E-12 2.36015332 0.367 0.044 7 TMPRSS3 9.85E-12 1.58556141 0.483 0.088 7 TNS4 1.07E-11 1.60647535 0.533 0.119 7

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

HOXB2 1.13E-11 1.52542613 0.367 0.043 7 C15orf52 2.73E-11 2.43277651 0.35 0.041 7 PHLDA3 3.26E-11 1.71199568 0.4 0.056 7 IL33 3.49E-11 1.66626744 0.483 0.101 7 SERPINB5 3.83E-11 2.0575136 0.467 0.092 7 THAP2 1.81E-10 1.70788556 0.35 0.046 7 LOC102723854 3.90E-10 2.41893186 0.267 0.018 7 LRP3 4.05E-10 1.56805222 0.383 0.065 7 PRKCG 4.79E-10 1.75633777 0.317 0.034 7 FOXC1 7.45E-10 1.77821492 0.367 0.054 7 KCNH2 7.67E-10 1.93909262 0.267 0.02 7 OTUB2 1.60E-09 2.33873797 0.3 0.033 7 ANXA9 1.84E-09 1.75216141 0.3 0.033 7 TPTE2P5 2.17E-09 1.52101365 0.283 0.029 7 SKA3 3.70E-09 2.2365349 0.333 0.052 7 TROAP 1.12E-08 1.70354727 0.45 0.11 7 SMIM2-AS1 1.37E-08 1.52902977 0.283 0.036 7 PSORS1C1 1.43E-08 2.20920268 0.333 0.051 7 NR0B2 1.62E-08 1.56438762 0.383 0.074 7 ST3GAL1 2.31E-08 1.64608067 0.4 0.083 7 WDR5 2.94E-08 1.77381218 0.667 0.291 7 TPX2 4.68E-08 1.73326326 0.5 0.151 7 HACD4 1.63E-07 1.70679002 0.367 0.082 7 ZNF618 1.69E-07 1.8840754 0.283 0.044 7 CLIC3 2.33E-07 1.68881723 0.367 0.082 7 ACOT8 2.48E-07 1.51002524 0.35 0.072 7 RAD51AP1 3.30E-07 1.53906858 0.333 0.069 7 ACBD5 6.79E-07 1.98643883 0.733 0.362 7 RASSF10 1.14E-06 1.68667462 0.283 0.049 7 CAV2 2.07E-06 1.97801886 0.317 0.074 7 PCDH8 2.70E-06 1.65126696 0.267 0.044 7 NNMT 3.53E-06 1.97243641 0.35 0.09 7 VNN1 1.07E-05 1.57459305 0.383 0.113 7 SNX30 1.57E-05 1.60084375 0.433 0.162 7 TLR4 2.80E-05 1.54466241 0.283 0.069 7 MMAB 6.60E-05 1.76901918 0.683 0.37 7 NUF2 0.00014976 1.59949854 0.283 0.075 7 GCSH 0.0071368 1.66845128 0.583 0.362 7 HBB 6.88E-21 6.78121239 0.545 0.043 8 PLCG2 5.67E-19 2.56024461 0.682 0.204 8 RNU6-2 9.61E-16 2.0584957 0.727 0.475 8 CD52 3.13E-14 2.86525029 0.591 0.25 8 SNORA51 9.29E-14 3.26928523 0.295 0.016 8 CXCR4 1.95E-13 1.7256248 0.705 0.386 8 IL17F 5.69E-13 4.23284123 0.341 0.046 8 ZNF585B 1.06E-12 2.5498437 0.523 0.252 8 CD3D 6.22E-12 2.57252391 0.409 0.115 8 CCR7 4.78E-11 3.72604608 0.295 0.054 8

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

DSG3 1.02E-10 2.44553684 0.568 0.41 8 CCDC88B 8.52E-10 1.52481453 0.75 0.566 8 TERC 1.58E-09 3.76810136 0.295 0.038 8 SNORA67 1.68E-09 2.62148781 0.295 0.054 8 HBA2 1.80E-09 4.70093454 0.455 0.222 8 SCARNA22 2.29E-09 1.79010003 0.318 0.158 8 SNORA12 4.36E-09 2.88138854 0.295 0.078 8 IL7R 6.11E-09 2.19679689 0.318 0.147 8 CD37 1.01E-08 3.11709903 0.318 0.085 8 LOC650226 1.68E-08 1.58802149 0.682 0.619 8 CD2 2.87E-08 1.95609749 0.295 0.105 8 LIMD2 3.06E-08 1.72803479 0.364 0.159 8 TMEM107 4.35E-08 1.59975437 0.5 0.282 8 RMRP 5.96E-08 2.29873103 0.386 0.155 8 RHOH 7.17E-08 1.64233825 0.364 0.203 8 LTB 1.01E-07 3.08804289 0.318 0.12 8 SPOCK2 2.09E-07 2.27686627 0.273 0.104 8 GIMAP7 4.21E-07 2.75854927 0.273 0.056 8 FYB 5.22E-07 1.77209553 0.364 0.161 8 ELOVL5 7.62E-07 1.86127941 0.386 0.271 8 LY9 2.81E-06 1.53229733 0.295 0.212 8 RAC2 3.21E-06 1.53378456 0.409 0.335 8 PLCD3 6.83E-06 1.55049619 0.114 0.263 8 HDAC10 1.27E-05 1.52949409 0.136 0.281 8 P2RY10 1.43E-05 1.95577434 0.273 0.152 8 GTF3C5 1.82E-05 1.65026817 0.182 0.357 8 FLNA 2.75E-05 1.60037993 0.295 0.486 8 RNF149 3.17E-05 1.50704587 0.614 0.681 8 TGDS 5.01E-05 1.76789734 0.182 0.282 8 MAPK8IP3 0.00025936 1.59321525 0.341 0.394 8 WWP2 0.00027898 1.60565531 0.182 0.351 8 KIAA1143 0.00070194 1.67506416 0.364 0.439 8 EYA3 0.00075935 1.7804099 0.114 0.263 8 LOC100288152 0.00342504 1.60461711 0.318 0.247 8 HLA-DPB1 0.00971977 2.06636921 0.455 0.512 8

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

gene p_val avg_diff pct.1 pct.2 cluster CA2 6.78E-52 1.85484035 1 0.629 1 PCK1 4.67E-48 1.68379674 1 0.467 1 UGT2A3 5.70E-47 2.1721426 0.87 0.107 1 CA1 2.00E-46 2.09702124 0.963 0.237 1 CD177 2.27E-34 2.43671017 0.676 0.065 1 AKR1B10 6.95E-34 1.56610052 0.88 0.261 1 SLC26A2 3.22E-33 1.65094142 0.935 0.351 1 FAM3B 3.91E-33 2.42644389 0.667 0.062 1 MT1H 1.06E-32 1.77605375 0.815 0.162 1 CHP2 4.86E-29 1.80108279 0.87 0.299 1 BEST2 1.74E-28 2.42275753 0.528 0.034 1 GUCA2A 1.78E-25 1.62396648 0.481 0.031 1 SLC4A4 6.02E-25 1.51793655 0.759 0.186 1 CCL8 1.59E-24 2.58904189 0.472 0.027 1 GALNT12 5.56E-24 1.53144665 0.806 0.241 1 PKIB 1.71E-23 1.52010357 0.769 0.216 1 GSTA1 3.72E-22 1.58832216 0.528 0.065 1 CA4 5.18E-22 2.51944935 0.481 0.041 1 SEMA4G 5.29E-20 1.57948165 0.657 0.158 1 LRRC19 1.62E-18 1.5750045 0.685 0.192 1 PDE3A 2.35E-18 4.60171162 0.324 0.014 1 POPDC3 3.10E-18 2.12639423 0.315 0.014 1 FMO2 4.15E-18 1.87410252 0.278 0.007 1 SLC25A20 8.39E-18 1.75515304 0.537 0.096 1 AKR1C2 1.32E-16 1.76714982 0.472 0.072 1 RNF157 1.56E-16 1.77241154 0.528 0.107 1 GBA3 2.73E-16 2.8346366 0.315 0.017 1 SEMA6D 3.42E-16 1.93969706 0.315 0.017 1 CCL13 3.73E-16 2.13248314 0.324 0.017 1 PLXDC2 1.32E-15 1.82166763 0.454 0.072 1 AQP8 2.49E-15 2.01314287 0.491 0.093 1 APOE 3.41E-15 1.99858844 0.5 0.1 1 TAOK2 1.41E-14 1.87763851 0.463 0.086 1 EYA2 3.75E-14 1.86801986 0.38 0.048 1 P2RY1 3.95E-14 1.60652922 0.481 0.1 1 FOXP2 9.51E-14 2.33438083 0.352 0.038 1 GEN1 1.07E-13 1.50691815 0.5 0.113 1 PRPF38A 1.49E-13 1.55747097 0.509 0.12 1 ITIH5 2.05E-13 2.02183768 0.306 0.024 1 SLC37A2 2.07E-13 2.46526879 0.296 0.021 1 ZFYVE16 6.87E-13 1.60191868 0.546 0.155 1 SLC16A9 1.25E-12 1.63095878 0.38 0.058 1 SLC22A18AS 1.47E-12 1.78643886 0.417 0.082 1 AK4 1.98E-12 1.62558651 0.435 0.089 1 CWH43 3.24E-12 1.55398001 0.389 0.069 1 MPP7 3.66E-12 1.53202526 0.435 0.096 1 SMAD1 3.97E-12 2.30005382 0.324 0.038 1

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

NR1H4 5.21E-12 2.18302868 0.259 0.017 1 NEU4 1.25E-11 1.85883689 0.333 0.045 1 UNC5B 1.41E-11 1.63344175 0.398 0.076 1 C9orf64 1.44E-11 1.85837512 0.278 0.024 1 KCNS3 1.62E-11 1.71201206 0.426 0.093 1 PPP1R14C 4.43E-11 1.57291413 0.472 0.134 1 GRAMD1C 5.48E-11 2.0369726 0.296 0.034 1 SLC2A13 9.38E-11 1.98151418 0.398 0.093 1 CCNJL 1.27E-10 1.74479217 0.315 0.045 1 CYB5R4 1.41E-10 1.66161771 0.537 0.179 1 ADAMTS1 1.73E-10 1.55462726 0.37 0.072 1 PITPNM3 2.02E-10 1.57659323 0.333 0.062 1 ZNF575 2.65E-10 2.65404459 0.269 0.034 1 CPNE8 3.75E-10 2.10309219 0.315 0.048 1 CCDC51 1.69E-09 1.68600257 0.361 0.079 1 PDXP 3.77E-09 2.09622463 0.306 0.052 1 SORBS1 5.39E-09 1.91199228 0.306 0.062 1 VASN 7.52E-09 1.59534831 0.296 0.052 1 BAIAP2-AS1 7.70E-09 1.82059226 0.333 0.069 1 HS6ST1 2.83E-08 1.70777104 0.343 0.086 1 C8orf82 1.23E-07 1.6434637 0.417 0.137 1 PLK4 1.32E-07 1.69631267 0.269 0.048 1 CROT 1.34E-07 1.52619921 0.398 0.127 1 PXYLP1 2.46E-07 1.72116342 0.287 0.062 1 PXMP4 3.25E-07 1.50172706 0.306 0.072 1 ALKBH8 5.38E-07 1.61901052 0.287 0.065 1 NEK2 6.17E-07 1.76170587 0.269 0.055 1 MT1L 1.91E-06 1.679421 0.259 0.058 1 BAG4 5.00E-06 1.50785893 0.315 0.093 1 ERCC6L2 7.33E-06 1.61440002 0.315 0.103 1 RBSN 1.34E-05 1.59515003 0.259 0.065 1 ASH2L 9.27E-05 1.61970459 0.287 0.107 1 XPR1 0.00028195 1.53085887 0.259 0.086 1 MMP12 5.95E-13 1.53371444 0.614 0.209 2 CXCL9 1.97E-07 1.83111952 0.364 0.1 2 CXCL8 2.75E-07 1.57074001 0.955 0.804 2 BCL2A1 6.61E-05 2.15285837 0.443 0.27 2 PTGS2 8.03E-05 1.7350648 0.443 0.267 2 TNFRSF1B 0.00206237 1.89315977 0.352 0.228 2 G0S2 0.00313391 1.55950135 0.375 0.286 2 FYB 0.00935276 1.87246625 0.261 0.183 2 FBXO28 3.19E-06 1.54844404 0.072 0.261 3 SERPINB5 1.52E-18 2.32683078 0.74 0.129 4 SLITRK6 3.02E-13 1.50108048 0.58 0.112 4 CLDN2 1.24E-12 1.51044469 0.56 0.086 4 NTRK2 3.22E-12 3.50206381 0.28 0.009 4 TM4SF1 3.07E-11 1.66166266 0.88 0.519 4 CYB5R2 1.34E-10 1.59645279 0.28 0.023 4

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

MMP7 5.84E-10 1.5308906 0.56 0.172 4 GCG 9.46E-09 4.00121177 0.26 0.092 4 GJB5 1.99E-08 1.65118687 0.26 0.017 4 GEMIN6 2.14E-08 1.95386824 0.36 0.043 4 ZNF449 2.60E-08 1.61101523 0.26 0.017 4 GJB4 1.80E-07 1.92972685 0.3 0.034 4 KRT17 2.09E-07 2.27223791 0.38 0.138 4 ACAT2 2.77E-07 1.66380668 0.26 0.023 4 C9orf116 4.76E-07 1.52018873 0.28 0.034 4 IFT22 6.47E-07 2.14742917 0.32 0.069 4 DNAJC12 1.28E-06 1.63686021 0.36 0.083 4 HYKK 1.93E-06 1.52449905 0.28 0.034 4 DTD2 1.98E-06 1.57769883 0.4 0.092 4 RCHY1 2.40E-06 1.55978799 0.58 0.226 4 TP53RK 2.80E-06 1.50088179 0.4 0.097 4 ZNF232 3.09E-06 1.68373905 0.26 0.032 4 LYRM4 3.53E-06 1.52982689 0.52 0.178 4 NT5DC2 4.09E-06 1.66273882 0.26 0.032 4 GIMAP2 4.20E-06 1.55641018 0.3 0.049 4 ZNF200 4.72E-06 1.69396603 0.3 0.054 4 RTP4 6.09E-06 2.48414112 0.26 0.032 4 CTHRC1 2.10E-05 1.70504294 0.28 0.06 4 THAP6 2.36E-05 2.0127365 0.34 0.077 4 TNFRSF11B 4.99E-05 1.64894159 0.28 0.077 4 METTL21B 6.10E-05 1.69836004 0.26 0.043 4 KANSL1-AS1 7.38E-05 1.63439183 0.36 0.103 4 FTO 0.00020511 1.66898416 0.3 0.08 4 SCG5 0.00194866 2.14206366 0.26 0.074 4 TIMP3 6.97E-30 2.83681402 0.881 0.193 5 CXCL14 8.29E-27 2.16650687 0.976 0.678 5 COL6A3 8.29E-26 2.54479589 0.905 0.224 5 C1R 1.20E-25 2.53341164 0.929 0.345 5 TPSAB1 1.40E-23 2.54166038 0.833 0.171 5 GZMB 4.04E-23 3.49622572 0.69 0.056 5 PTGDS 2.82E-22 3.4466631 0.786 0.12 5 CXCR4 2.32E-21 2.09923707 0.929 0.434 5 CHI3L1 2.42E-21 3.80321281 0.548 0.011 5 IGFBP5 4.79E-20 2.43162163 0.738 0.106 5 TPSB2 4.21E-19 2.28200273 0.881 0.342 5 TAGAP 4.39E-19 2.05504657 0.833 0.244 5 CCL11 2.59E-18 1.96335414 0.857 0.353 5 NKG7 5.18E-18 4.24367744 0.619 0.078 5 COL3A1 5.66E-18 2.0255773 0.881 0.574 5 NRG1 2.14E-17 3.16214806 0.524 0.028 5 CD22 1.51E-16 5.59354193 0.405 0.017 5 CD52 1.72E-16 2.50715822 0.881 0.289 5 PDGFRA 2.02E-16 2.51517642 0.714 0.154 5 AGT 4.26E-16 3.12442365 0.524 0.034 5

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

MYBL1 7.31E-16 4.90839624 0.452 0.02 5 PLAT 8.78E-16 2.02582566 0.81 0.266 5 IFNG 2.12E-15 4.46091074 0.571 0.081 5 FAM65B 5.21E-15 2.8451309 0.524 0.036 5 PRG2 6.30E-15 5.49041565 0.333 0.006 5 CREM 7.23E-15 1.64532255 0.952 0.524 5 FASLG 7.69E-15 6.2446144 0.357 0.003 5 COL1A2 8.18E-15 1.59674061 0.905 0.563 5 CD6 8.45E-15 5.23472199 0.429 0.014 5 CXCL5 2.12E-14 3.19277341 0.429 0.014 5 CCL2 2.50E-14 1.79826785 0.857 0.398 5 CPA3 9.05E-14 2.17958243 0.643 0.143 5 CD2 1.02E-13 2.84031981 0.571 0.092 5 TRAT1 3.93E-13 5.5457709 0.357 0.017 5 C1S 1.90E-12 1.73679574 0.786 0.479 5 A2M 2.54E-12 2.58734235 0.595 0.19 5 COL6A2 3.07E-12 2.21020448 0.714 0.303 5 VCAM1 3.90E-12 4.31006581 0.333 0.014 5 SULF1 5.13E-12 2.44366813 0.571 0.129 5 CXCL10 7.67E-12 1.97882981 0.619 0.137 5 ADH1B 9.43E-12 2.63061777 0.5 0.073 5 CD3E 1.04E-11 2.94985731 0.5 0.059 5 FYN 1.06E-11 2.16757948 0.667 0.171 5 CTSK 1.94E-11 2.06147765 0.619 0.188 5 GBP5 2.71E-11 2.72315897 0.476 0.087 5 GATA2 7.13E-11 1.77878645 0.619 0.188 5 BICC1 1.70E-10 3.89575896 0.333 0.014 5 CD3D 2.15E-10 2.82352276 0.571 0.168 5 LAPTM5 2.62E-10 1.93150074 0.762 0.317 5 CALD1 2.83E-10 1.66974172 0.714 0.289 5 INPP4A 3.40E-10 2.54893861 0.548 0.165 5 ALDH1A3 4.69E-10 2.67960805 0.405 0.034 5 EFCC1 8.87E-10 2.89596185 0.405 0.048 5 GZMA 1.05E-09 3.23703105 0.429 0.095 5 TRPA1 1.32E-09 2.05538426 0.476 0.101 5 COL4A1 1.61E-09 1.72530884 0.619 0.202 5 ZNF331 1.67E-09 1.54074105 0.833 0.499 5 C3 2.10E-09 2.45899576 0.476 0.081 5 MICB 3.59E-09 2.665218 0.405 0.045 5 WARS 4.05E-09 1.64950404 0.738 0.398 5 GZMK 4.30E-09 2.83672695 0.333 0.022 5 IL7R 6.85E-09 2.05238515 0.69 0.297 5 STMN3 7.18E-09 2.15614173 0.357 0.034 5 NKD1 1.03E-08 2.65898471 0.405 0.053 5 LTBP2 1.23E-08 2.08377613 0.333 0.036 5 EMP3 1.74E-08 1.61507654 0.524 0.196 5 HDC 2.04E-08 2.55941276 0.405 0.07 5 SLC17A9 2.37E-08 1.79673837 0.595 0.249 5

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

TSPAN11 2.69E-08 3.3988708 0.286 0.025 5 KAT2B 3.79E-08 2.06625295 0.429 0.078 5 C2CD4B 4.22E-08 2.22858793 0.405 0.053 5 C2 4.81E-08 2.24037665 0.571 0.204 5 LY6E 5.32E-08 1.66939494 0.643 0.272 5 GJA1 5.62E-08 1.72272312 0.31 0.034 5 ARHGDIB 5.65E-08 1.52885967 0.833 0.482 5 EMB 6.07E-08 2.71142588 0.429 0.078 5 LDB2 6.12E-08 4.91706899 0.286 0.022 5 CD69 6.32E-08 1.77074915 0.905 0.661 5 MXRA5 6.35E-08 2.60826645 0.357 0.05 5 MAP4K1 7.84E-08 2.9743117 0.31 0.053 5 NAA16 8.02E-08 1.84060432 0.5 0.129 5 ITPKB 8.94E-08 1.78693347 0.381 0.09 5 COL12A1 9.22E-08 2.17415692 0.429 0.109 5 MFAP4 1.04E-07 1.86181662 0.548 0.202 5 6-Sep 1.12E-07 2.34742695 0.524 0.207 5 FN1 1.42E-07 1.60725599 0.667 0.272 5 CCL19 1.73E-07 3.16312844 0.31 0.048 5 MAF 1.73E-07 1.56158828 0.548 0.204 5 SPOCK2 1.75E-07 3.75988208 0.31 0.042 5 C5orf56 1.79E-07 2.0533058 0.595 0.272 5 FAM20C 1.89E-07 2.34902527 0.357 0.062 5 IPW 1.93E-07 2.31167209 0.333 0.064 5 TRIB2 2.11E-07 2.39506613 0.381 0.064 5 SERPINE2 2.45E-07 2.12432532 0.429 0.081 5 C16orf54 2.48E-07 1.68943078 0.5 0.16 5 MGC57346 3.49E-07 4.51919562 0.262 0.025 5 FAM92A1 3.52E-07 2.68011979 0.405 0.084 5 TMEM117 3.61E-07 2.28036075 0.31 0.034 5 FPGT 3.70E-07 2.41433578 0.429 0.109 5 LPXN 3.72E-07 2.19780767 0.595 0.252 5 ETS1 5.58E-07 1.69906967 0.548 0.21 5 P2RX5 5.80E-07 2.96438804 0.31 0.05 5 TCF21 6.60E-07 1.89664287 0.5 0.199 5 NSG1 8.18E-07 2.43305209 0.31 0.036 5 IL18R1 1.21E-06 2.12792368 0.381 0.076 5 IL10RA 1.59E-06 1.84908458 0.5 0.322 5 MIAT 1.71E-06 3.59442599 0.286 0.067 5 KLK8 1.86E-06 1.89086513 0.286 0.028 5 ZFP14 2.02E-06 2.25048495 0.333 0.053 5 RHOH 2.44E-06 1.65021217 0.595 0.319 5 ADAM19 2.45E-06 2.51805285 0.5 0.185 5 ZAP70 2.49E-06 1.99518382 0.31 0.042 5 LOXL2 2.58E-06 3.31764616 0.262 0.039 5 OSMR 2.60E-06 1.83168327 0.31 0.05 5 PUS1 2.83E-06 1.5229143 0.667 0.333 5 MED23 2.93E-06 2.35123822 0.5 0.199 5

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

SGTB 3.26E-06 2.74360109 0.286 0.034 5 HPGDS 4.52E-06 2.2837583 0.286 0.053 5 ZNF154 5.86E-06 2.06517564 0.262 0.028 5 PCOLCE 6.04E-06 2.25632864 0.381 0.106 5 GGT5 6.09E-06 1.95421007 0.381 0.118 5 IGIP 6.26E-06 2.01090185 0.333 0.067 5 FGFR1 6.71E-06 2.00572356 0.286 0.056 5 PRF1 6.98E-06 3.63954037 0.262 0.034 5 RASSF2 6.99E-06 1.83957669 0.405 0.101 5 ARHGAP9 8.96E-06 2.22894816 0.405 0.115 5 STK4 1.05E-05 1.75091339 0.619 0.286 5 ZDHHC8 1.12E-05 1.72123268 0.333 0.143 5 APOBEC3G 1.38E-05 2.06918524 0.381 0.118 5 AQP9 1.39E-05 3.21564681 0.262 0.056 5 ITK 1.71E-05 1.61076146 0.357 0.095 5 HCST 1.71E-05 2.899825 0.357 0.109 5 STX7 1.84E-05 1.60127478 0.5 0.246 5 BANK1 1.85E-05 2.20023281 0.31 0.048 5 SLC2A3 1.92E-05 1.59473221 0.429 0.373 5 LHX4-AS1 1.97E-05 1.63591597 0.31 0.048 5 C14orf79 2.05E-05 1.61707575 0.286 0.053 5 CLEC2D 2.35E-05 1.50922648 0.524 0.227 5 LAMA4 2.42E-05 1.65388865 0.429 0.216 5 TATDN2 2.51E-05 2.13263047 0.357 0.12 5 MYO1G 2.77E-05 2.80540996 0.262 0.042 5 ACAP1 3.21E-05 3.2947229 0.31 0.134 5 JAK3 3.50E-05 1.7619131 0.381 0.106 5 LEF1 3.81E-05 1.658326 0.286 0.042 5 CFH 4.19E-05 1.66708128 0.429 0.143 5 GPR137B 4.30E-05 2.10571076 0.31 0.073 5 TEX30 4.78E-05 1.72026724 0.405 0.115 5 IKZF3 5.96E-05 1.63873395 0.381 0.168 5 ZBP1 6.29E-05 1.92433125 0.333 0.12 5 RASSF5 6.53E-05 2.27885236 0.405 0.129 5 LCP1 6.54E-05 1.56909435 0.452 0.196 5 LIMD2 6.65E-05 1.90736911 0.429 0.165 5 CHST11 6.82E-05 1.94031411 0.31 0.132 5 ANXA6 6.95E-05 2.369003 0.381 0.146 5 LRRC8C 7.27E-05 1.85251546 0.333 0.081 5 S100A9 7.36E-05 1.9309808 0.381 0.098 5 ADA 7.59E-05 1.8613699 0.333 0.087 5 TIMELESS 8.15E-05 1.66042787 0.31 0.118 5 TRIM66 8.98E-05 1.84242574 0.286 0.056 5 AEBP1 0.00010284 2.67386939 0.286 0.148 5 TRIM22 0.00010305 1.58868477 0.476 0.249 5 MSN 0.00010311 1.60930014 0.405 0.176 5 NKRF 0.0001142 1.79425155 0.286 0.101 5 CFB 0.00011827 1.66261799 0.357 0.291 5

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

VPREB3 0.00011946 2.23594112 0.262 0.056 5 NFATC2 0.00011998 1.80504623 0.381 0.106 5 VAV1 0.00012521 3.07374529 0.286 0.104 5 9-Sep 0.00012615 1.81539585 0.452 0.35 5 KIAA0922 0.00012721 1.79258059 0.31 0.084 5 SEC24A 0.00013555 1.78190092 0.452 0.286 5 A1BG 0.0001415 1.79387989 0.333 0.101 5 EDNRB 0.00015108 1.8505922 0.405 0.14 5 LAT 0.00015278 2.84240618 0.333 0.143 5 ARRDC2 0.00015895 1.85456175 0.524 0.252 5 CEMP1 0.00016446 2.20002414 0.31 0.092 5 DPH2 0.00016557 1.54333785 0.452 0.207 5 LTB 0.00017568 2.35767565 0.381 0.115 5 ANKRD13C 0.00017708 1.58494298 0.381 0.216 5 SH2D2A 0.00017752 2.89999338 0.286 0.098 5 COL5A2 0.0002152 1.58646315 0.405 0.154 5 EIF5A2 0.00022871 1.54509688 0.31 0.064 5 PQLC3 0.00023495 1.809468 0.405 0.148 5 CD37 0.00023532 2.4334653 0.262 0.059 5 NF1 0.00024486 1.52815573 0.429 0.207 5 PNOC 0.00025308 2.12483335 0.31 0.109 5 CERCAM 0.00025459 2.50431869 0.262 0.059 5 MKS1 0.00026327 1.59175213 0.357 0.109 5 HCLS1 0.00027148 2.19956186 0.476 0.308 5 SLFN11 0.00029307 1.61847253 0.31 0.193 5 LRCH1 0.00032944 1.70611653 0.429 0.185 5 ATM 0.00033361 1.83593915 0.452 0.289 5 ATXN1 0.00033986 1.55706432 0.452 0.221 5 B4GAT1 0.00040844 1.89454177 0.286 0.064 5 EVI2A 0.00043672 2.35905592 0.262 0.132 5 CYFIP2 0.00044391 1.5901291 0.476 0.207 5 RGMB 0.00044909 1.64994192 0.476 0.328 5 AKR7L 0.00051757 2.49980231 0.286 0.087 5 POLD1 0.00056267 1.89223345 0.262 0.146 5 BGN 0.00057209 1.60744275 0.262 0.059 5 SEMA3F 0.00057668 1.83472043 0.31 0.109 5 IKZF1 0.00061859 1.71519804 0.405 0.182 5 SACM1L 0.00062302 1.6470448 0.524 0.266 5 DOCK8 0.00066223 2.37104076 0.31 0.19 5 FCMR 0.00074571 1.90685065 0.31 0.092 5 AKR1B1 0.00074791 1.5114918 0.405 0.188 5 SACS 0.0007785 1.82364263 0.262 0.059 5 TMEM70 0.00082444 1.81247501 0.452 0.213 5 PANK2 0.0008551 1.83769338 0.357 0.137 5 RBM48 0.00087696 1.89738216 0.31 0.112 5 BUD13 0.00097592 1.51403948 0.262 0.118 5 TNFRSF4 0.00102684 2.3380039 0.262 0.162 5 PPM1M 0.00114878 2.25816501 0.286 0.073 5

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

POC1A 0.00121696 1.65198559 0.262 0.062 5 ADAT2 0.00131405 1.51993001 0.405 0.252 5 ARHGAP25 0.00135286 2.11453666 0.262 0.073 5 EMILIN1 0.00148087 1.5576581 0.262 0.087 5 APCDD1 0.00156203 1.92168926 0.262 0.137 5 PKN1 0.00169401 2.22547471 0.31 0.126 5 SHQ1 0.00200891 1.67199722 0.286 0.126 5 MRC2 0.002037 1.94930767 0.262 0.09 5 PRPF19 0.0020453 1.77335258 0.381 0.249 5 URB1 0.00210498 1.70744848 0.286 0.132 5 GNA13 0.00225535 2.34359569 0.476 0.289 5 ZBTB2 0.00235487 1.52309938 0.31 0.115 5 CRLF3 0.00241521 1.95101604 0.31 0.095 5 APOL2 0.00245228 1.94420051 0.333 0.165 5 CPQ 0.00327636 1.52828305 0.405 0.174 5 TFEB 0.00338894 1.94370309 0.31 0.12 5 CST7 0.00378324 1.94257965 0.262 0.101 5 PARP8 0.00462312 1.73069557 0.31 0.129 5 PIK3R1 0.0061314 1.70075776 0.381 0.303 5 TRAPPC13 0.00664641 1.50591195 0.286 0.199 5 FERMT3 0.00667662 1.96904519 0.262 0.143 5 QSOX2 0.00674309 1.70886425 0.381 0.171 5 DNASE2 0.00714325 1.58189187 0.333 0.171 5 DGKA 0.00787352 1.5574768 0.357 0.182 5 SIRPA 0.00799947 1.5818356 0.286 0.095 5 LATS1 0.00804679 1.62946652 0.357 0.221 5 ZNF286A 0.00842468 1.66828737 0.262 0.101 5 MBNL2 0.00870791 1.68291744 0.452 0.319 5 CMTR1 0.00910368 1.54396996 0.262 0.126 5 PPP1R2P9 1.89E-14 2.50432159 0.595 0.092 6 SLC28A2 1.91E-05 2.40150907 0.31 0.101 6 CHST5 2.56E-05 1.50447595 0.524 0.255 6 PDGFC 0.00025003 1.81553472 0.262 0.067 6 PI3 0.00030124 1.99609651 0.667 0.378 6 LINC01612 0.00042763 1.83238049 0.405 0.154 6 CLIC3 0.00057292 2.09954251 0.31 0.095 6 TMEM106B 0.00080418 2.33029855 0.262 0.384 6 SULT1C2 0.00307793 2.07882758 0.262 0.064 6 FAM83E 0.00310495 1.70631005 0.381 0.23 6 DIAPH2 0.0091063 1.52307224 0.357 0.23 6

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

gene p_val avg_diff pct.1 pct.2 cluster TLE3 0.00020404 1.62512701 0.297 0.15 1 CA2 7.43E-45 1.55014227 0.825 0.269 2 FABP1 7.43E-42 1.66325487 0.909 0.569 2 SLC26A3 2.78E-37 2.7470134 0.597 0.106 2 CEACAM7 8.89E-28 2.07401938 0.513 0.102 2 ANPEP 1.63E-15 2.18776246 0.318 0.064 2 MS4A12 1.80E-14 2.00133996 0.331 0.074 2 PP7080 6.98E-09 1.64584672 0.266 0.125 2 MALL 1.69E-07 1.7088285 0.266 0.094 2 KLF2 3.97E-07 1.53462482 0.273 0.213 2 PARP15 2.51E-22 1.67648139 0.824 0.58 3 LINC00506 3.40E-18 1.79131178 0.581 0.359 3 L2HGDH 5.84E-16 1.64317393 0.676 0.454 3 ANKRD20A9P 8.14E-15 1.95976649 0.5 0.22 3 SLC9A4 9.70E-15 1.71921103 0.551 0.301 3 LOC643406 1.68E-12 1.66997895 0.434 0.24 3 ZNF543 6.48E-11 2.17365753 0.36 0.173 3 LOC440300 5.66E-10 1.83052634 0.39 0.178 3 LOC101929567 1.30E-09 1.72070343 0.301 0.16 3 LEPR 2.15E-09 1.77377564 0.309 0.171 3 SKA1 3.06E-09 2.63116078 0.265 0.091 3 EPHA1-AS1 4.43E-09 1.67303685 0.316 0.162 3 LOC101926898 1.13E-08 1.64596102 0.257 0.207 3 PCDH11Y 3.43E-06 2.08276114 0.265 0.16 3 ATM 5.80E-05 1.51441827 0.331 0.215 3 REG3A 0.0001528 1.52416784 0.346 0.199 3 SDHAF3 4.05E-29 1.63267553 0.658 0.079 6 PRDX3 9.58E-29 1.5157906 0.895 0.246 6 ZFYVE21 3.96E-28 1.61774053 0.658 0.085 6 PGRMC1 6.73E-27 1.50079543 0.842 0.219 6 EMC4 7.23E-27 1.7116171 0.645 0.086 6 MGST3 8.11E-27 1.57640432 0.947 0.404 6 HACD3 2.12E-25 1.54803994 0.724 0.133 6 DERA 4.26E-25 1.72137073 0.711 0.132 6 MRPL45 4.59E-24 1.55110113 0.579 0.08 6 MRPL13 5.41E-23 1.51562941 0.776 0.206 6 FBXL5 8.38E-23 1.56072762 0.592 0.085 6 PEPD 1.45E-20 1.62486765 0.513 0.063 6 PGM1 2.68E-20 1.5452063 0.618 0.113 6 GOLT1B 3.77E-20 1.5001166 0.526 0.073 6 POC1B 9.06E-20 1.64834949 0.526 0.072 6 AKR1B10 1.13E-19 1.74792227 0.605 0.113 6 AKR1C3 7.56E-19 1.8070879 0.711 0.202 6 TXNDC9 1.97E-18 1.71632833 0.447 0.05 6 METTL7B 1.28E-17 1.52068312 0.382 0.035 6 TMEM171 1.05E-15 1.56793999 0.487 0.082 6 TUBG1 1.11E-15 1.548868 0.355 0.041 6

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

ADH1C 1.72E-15 1.51159385 0.763 0.345 6 CCNB1 1.23E-14 1.56743489 0.474 0.092 6 NAT2 2.58E-14 1.5337093 0.368 0.045 6 ARG2 3.32E-14 1.54145523 0.355 0.047 6 HNRNPLL 1.16E-13 1.77501634 0.395 0.056 6 LY75 1.29E-13 1.50608534 0.355 0.044 6 PEX3 5.44E-13 1.53758195 0.342 0.042 6 STK26 6.71E-13 1.61506803 0.329 0.038 6 ITGB5 1.80E-12 1.84062608 0.382 0.058 6 FBXO8 4.61E-12 1.83179861 0.303 0.032 6 PEX11B 4.89E-12 1.52289578 0.342 0.048 6 MZT1 6.34E-12 1.69651874 0.368 0.063 6 BIRC5 6.72E-12 1.84170775 0.368 0.058 6 FEN1 3.15E-11 1.82115003 0.289 0.031 6 C3orf38 3.85E-11 1.58322375 0.316 0.044 6 CDCA8 7.62E-11 2.05607145 0.276 0.031 6 MAD2L1 9.86E-11 1.62428959 0.316 0.045 6 STEAP1 1.12E-10 1.79227014 0.355 0.063 6 GPR89A 1.93E-10 1.75841426 0.329 0.05 6 HMMR 9.84E-10 1.74302914 0.289 0.042 6 UBE2C 1.28E-09 1.73648444 0.395 0.117 6 CCNB2 2.21E-09 1.69356252 0.303 0.05 6 ASF1B 2.69E-09 1.76072369 0.342 0.067 6 TMEM203 7.86E-08 1.6687337 0.263 0.044 6 CA1 9.89E-08 1.85771071 0.474 0.206 6 RPS4Y1 1.61E-07 1.64352282 0.263 0.045 6

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

gene p_val avg_diff pct.1 pct.2 cluster SIRT6 4.51E-23 1.63497889 0.442 0.385 1 SPARC 2.29E-22 1.56688954 0.399 0.268 1 EIF5AL1 3.63E-22 1.9551327 0.073 0.291 1 PLP2 6.74E-78 1.52871199 0.642 0.07 2 PRELID1 3.30E-48 1.65392928 0.437 0.043 2 DDT 3.91E-47 2.19105599 0.389 0.026 2 QPCT 1.45E-35 1.57208627 0.406 0.068 2 CDCA3 4.56E-22 2.00888081 0.266 0.037 2 POC1A 1.93E-21 1.85255949 0.266 0.039 2 NCAPH 5.68E-18 1.50312527 0.253 0.044 2 IL1B 1.38E-30 1.70804003 0.606 0.167 3 RETNLB 2.07E-29 2.17109387 0.428 0.069 3 EPHA2 4.14E-28 1.53450199 0.689 0.288 3 HLA-DPB1 1.03E-22 1.91299119 0.506 0.157 3 CCL3 1.13E-17 1.75318416 0.467 0.156 3 BCL2A1 4.88E-16 1.56215511 0.35 0.101 3 NR4A3 4.98E-16 1.5581956 0.539 0.216 3 HLA-DQA1 3.05E-14 1.7265459 0.256 0.055 3 CCL4 1.25E-13 1.58448145 0.35 0.113 3 ICAM1 1.48E-13 1.5614447 0.444 0.186 3 CEBPB 9.55E-13 1.52237076 0.528 0.252 3 IFI6 1.92E-11 1.56253655 0.539 0.297 3 FGFRL1 1.82E-10 1.54698763 0.422 0.204 3 LIF 1.54E-09 2.1587808 0.272 0.088 3 RELB 4.49E-08 1.53247649 0.361 0.182 3 PCP4 1.20E-07 1.58230796 0.256 0.09 3 LINC00116 3.62E-07 1.78357958 0.328 0.168 3 MIB2 2.07E-06 1.51302226 0.411 0.261 3 MANBA 0.0001636 1.74199798 0.278 0.154 3 CEACAM7 2.07E-96 3.23376425 0.952 0.311 5 CA4 4.10E-83 3.5465847 0.794 0.146 5 CEACAM1 5.43E-83 2.59538298 0.939 0.385 5 SLC26A3 2.30E-82 2.37514048 0.958 0.354 5 MS4A12 1.24E-78 2.69858418 0.879 0.231 5 CLCA4 1.28E-76 3.51406199 0.776 0.115 5 GUCA2A 3.37E-76 3.5886804 0.782 0.169 5 SLC26A2 3.97E-53 2.032707 0.933 0.607 5 MUC12 1.52E-51 1.78719508 0.897 0.531 5 AQP8 2.36E-48 3.90255977 0.558 0.108 5 MALL 1.59E-47 2.12145376 0.691 0.213 5 CD177 1.04E-46 1.67520695 0.818 0.325 5 CEACAM6 2.26E-43 1.65535455 0.903 0.605 5 ST6GALNAC6 2.37E-43 1.58158263 0.727 0.265 5 GCNT3 1.93E-42 2.18882354 0.697 0.228 5 TRPM6 8.10E-42 2.74164193 0.448 0.054 5 PLAC8 1.23E-41 1.7658766 0.861 0.499 5 CES2 1.20E-39 1.5252579 0.855 0.488 5

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

MEP1A 1.58E-34 2.11835597 0.545 0.174 5 LYPD8 3.27E-32 1.66754129 0.776 0.384 5 TMIGD1 1.83E-31 3.06928145 0.333 0.04 5 TMEM37 4.52E-28 1.82693988 0.594 0.215 5 ANPEP 8.42E-24 2.03012648 0.521 0.222 5 CLIC5 1.80E-23 1.54549429 0.533 0.204 5 EDN3 1.83E-23 2.05648631 0.376 0.083 5 C2orf88 5.57E-22 1.60396486 0.521 0.207 5 REG3A 1.08E-21 1.648071 0.661 0.293 5 SLC6A8 2.01E-20 1.64479186 0.564 0.241 5 BTNL3 3.01E-18 1.75092899 0.412 0.145 5 SLC17A4 4.19E-18 1.90181991 0.279 0.049 5 DHRS9 9.93E-18 1.65169596 0.388 0.131 5 SCNN1B 4.22E-17 1.83504177 0.388 0.131 5 HHLA2 2.02E-16 1.69487917 0.412 0.15 5 C2orf72 6.72E-16 1.59516803 0.424 0.154 5 MAPRE3 9.06E-16 1.62546281 0.285 0.055 5 SECTM1 1.42E-14 1.90443226 0.315 0.08 5 SLC51B 2.35E-14 1.99304727 0.267 0.057 5 SLC36A1 3.41E-14 1.55206356 0.418 0.152 5 LOC101927043 6.93E-14 1.65592831 0.297 0.119 5 GDA 7.14E-14 1.70638182 0.315 0.094 5 CASP5 1.57E-13 1.59475392 0.376 0.157 5 MYLK 1.83E-13 1.74394239 0.273 0.121 5 HOXB13 2.70E-13 1.60468958 0.303 0.08 5 PRSS12 6.23E-13 1.5595346 0.261 0.071 5 HSD17B2 8.80E-13 1.53127067 0.333 0.123 5 EMP1 7.58E-12 1.75961684 0.273 0.159 5 CDKN2B 4.82E-11 1.62626009 0.315 0.117 5 MOGAT3 6.00E-11 1.75578489 0.279 0.107 5 CCL11 1.25E-25 1.50121872 0.412 0.083 6 THY1 1.25E-17 1.53846347 0.379 0.089 6 PPP1R14A 2.71E-15 1.57566674 0.268 0.051 6 GPNMB 6.12E-15 2.51949844 0.359 0.089 6 IL7R 1.87E-14 1.51433515 0.359 0.091 6 ST3GAL1 1.02E-10 1.84241884 0.261 0.067 6 ARHGEF3 3.67E-07 1.91040401 0.255 0.086 6 MAB21L3 4.25E-37 2.90902516 1 0.816 7 LINC00504 1.01E-36 2.68286017 1 0.873 7 SHISA9 6.94E-36 2.72539496 1 0.828 7 UGDH-AS1 1.07E-34 2.80901639 1 0.919 7 PARP15 6.90E-34 2.70491928 1 0.671 7 ABCC9 1.74E-33 2.71366738 1 0.741 7 LOC100129434 2.36E-29 2.87191891 1 0.717 7 L2HGDH 4.15E-29 2.92131384 1 0.489 7 KCNQ1OT1 6.82E-29 2.43179568 1 0.881 7 OPHN1 2.44E-26 2.60850065 1 0.716 7 LPP 1.61E-25 2.285301 1 0.822 7

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

SLC9A4 2.89E-25 2.97444493 0.958 0.38 7 ORC4 3.12E-25 2.68143082 0.958 0.629 7 LOC643406 1.26E-23 3.24690761 0.917 0.299 7 LOC646214 3.88E-22 3.05154275 0.875 0.226 7 LOC102724699 6.68E-22 2.467095 0.958 0.714 7 LOC105372751 4.09E-20 3.37025141 0.625 0.068 7 TMEM212 9.52E-18 3.92745693 0.625 0.07 7 LINC00506 3.62E-17 2.48393533 0.792 0.441 7 PTPRJ 1.81E-15 2.37623181 0.708 0.289 7 LOC100132249 1.87E-15 5.18000857 0.5 0.029 7 XKR9 7.49E-15 3.40911912 0.625 0.092 7 FCN1 2.64E-14 2.89313143 0.708 0.202 7 SLC16A7 9.70E-14 2.63140046 0.833 0.253 7 METTL21A 1.05E-13 2.0782002 0.833 0.66 7 ANKRD20A9P 4.12E-13 2.83491885 0.708 0.255 7 LOC100131257 2.66E-12 2.45327461 0.708 0.258 7 SPC25 5.25E-12 2.62120316 0.75 0.321 7 HSD3BP4 5.46E-12 4.03384585 0.5 0.052 7 ZNF426 6.07E-12 1.86476108 0.792 0.665 7 LEPR 7.38E-12 2.70971499 0.583 0.25 7 LPAL2 1.01E-11 3.59299429 0.458 0.027 7 LINC00963 1.74E-11 3.47132107 0.625 0.153 7 PCDH15 3.20E-11 4.72723745 0.417 0.019 7 INMT 8.85E-11 2.03156446 0.792 0.564 7 LRRC28 9.74E-11 2.28836584 0.75 0.415 7 NXPE3 1.06E-10 2.902583 0.458 0.059 7 GAS6-AS2 1.62E-10 3.92275827 0.333 0.02 7 ZNF793 1.73E-10 1.99423063 0.417 0.136 7 LOC101927374 2.21E-10 3.23879979 0.542 0.132 7 LOC101926898 3.35E-10 2.32508275 0.542 0.225 7 TCTN1 4.38E-10 2.65302425 0.542 0.089 7 AAK1 4.55E-10 1.65335601 0.917 0.389 7 NAV3 4.75E-10 3.00242286 0.333 0.017 7 LOC400002 5.53E-10 5.47774682 0.292 0.014 7 FOXK1 1.41E-09 1.72613002 0.958 0.848 7 LINC00485 1.72E-09 2.48048327 0.542 0.141 7 PTGER4P2-CDK2AP2P2 2.56E-09 3.16037632 0.375 0.025 7 PIPSL 4.89E-09 2.80083051 0.333 0.058 7 ENPP7P13 4.95E-09 3.17764309 0.417 0.024 7 LOC101927357 6.24E-09 2.8125156 0.333 0.071 7 ADGRF2 7.35E-09 4.36955835 0.292 0.02 7 CD109 7.49E-09 4.8922883 0.292 0.03 7 LOC55338 8.30E-09 2.97646952 0.458 0.076 7 C11orf72 8.91E-09 2.48721238 0.458 0.208 7 FBXL20 1.46E-08 2.5679701 0.542 0.29 7 SFTPB 2.44E-08 3.48933605 0.333 0.099 7 LOC101926889 2.78E-08 2.76577619 0.417 0.066 7 LOC101928580 3.22E-08 4.08764271 0.375 0.142 7

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

ARHGEF26-AS1 4.50E-08 3.37886814 0.375 0.046 7 VGLL3 4.75E-08 4.56622446 0.333 0.021 7 LAMA5 6.57E-08 4.62892186 0.333 0.05 7 ZKSCAN3 6.78E-08 1.89977393 0.458 0.146 7 ZNF585B 9.26E-08 2.42707574 0.583 0.305 7 SRGAP2B 1.28E-07 2.33591112 0.458 0.117 7 TTI2 1.36E-07 1.97521271 0.375 0.2 7 MGC27345 1.38E-07 2.80863388 0.5 0.11 7 LOC100419170 2.62E-07 2.32612144 0.5 0.165 7 IKZF3 3.03E-07 2.47058927 0.5 0.159 7 GRK3 3.28E-07 1.87071219 0.458 0.302 7 PRICKLE2-AS3 4.18E-07 3.2974604 0.333 0.114 7 ZSCAN2 5.35E-07 3.33576598 0.333 0.104 7 ATM 5.67E-07 2.18345625 0.583 0.335 7 BRIP1 6.06E-07 2.11005708 0.458 0.239 7 TM4SF19-AS1 6.38E-07 2.26327172 0.417 0.148 7 LOC440300 7.11E-07 1.91313259 0.583 0.203 7 LOC729652 7.13E-07 2.35624121 0.375 0.176 7 IL17RD 8.65E-07 1.88563606 0.458 0.168 7 ZNF829 9.76E-07 3.69679476 0.333 0.106 7 LINC00470 9.81E-07 3.37934249 0.333 0.102 7 GABRB2 1.02E-06 3.23909575 0.292 0.031 7 ZNF454 1.05E-06 2.02186048 0.5 0.309 7 BCDIN3D 1.09E-06 2.40590796 0.417 0.207 7 TTN 1.11E-06 2.20972671 0.417 0.109 7 LOC440600 1.16E-06 3.74218985 0.333 0.029 7 ASTN2 1.42E-06 1.51625702 0.5 0.171 7 LOH12CR2 1.54E-06 2.17095605 0.375 0.163 7 FCAR 1.70E-06 3.16931677 0.375 0.152 7 EMX2OS 2.17E-06 2.96554879 0.292 0.117 7 LRP6 2.30E-06 2.58548006 0.292 0.18 7 OLFML2A 2.61E-06 2.88129158 0.292 0.033 7 PARD6G 2.63E-06 1.90420203 0.458 0.205 7 CUL3 2.80E-06 2.3176053 0.25 0.364 7 SLC16A1-AS1 4.13E-06 2.54679785 0.333 0.054 7 PRNCR1 5.18E-06 4.44290676 0.292 0.028 7 NYAP2 6.15E-06 1.77006109 0.417 0.165 7 C21orf62 6.31E-06 2.50178849 0.333 0.117 7 ADGRV1 6.36E-06 2.87318018 0.292 0.026 7 ZNF543 6.38E-06 3.04566217 0.417 0.191 7 BFSP2-AS1 6.92E-06 2.94259327 0.292 0.074 7 ZNF850 8.13E-06 1.72910123 0.458 0.216 7 PDP2 9.18E-06 2.58964116 0.417 0.195 7 ZNF493 1.06E-05 2.15810295 0.5 0.188 7 SLC13A1 1.11E-05 2.32237374 0.333 0.2 7 ORAI2 1.22E-05 2.71258023 0.542 0.227 7 NEB 1.31E-05 2.29114085 0.292 0.034 7 KCNN3 1.37E-05 3.12048473 0.333 0.086 7

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

PDE12 1.44E-05 2.41577622 0.417 0.234 7 QPCTL 1.54E-05 1.70259503 0.292 0.166 7 LOC101929567 1.87E-05 2.08725689 0.417 0.213 7 LOC441081 1.88E-05 2.11054406 0.5 0.223 7 SLC25A13 1.90E-05 1.78673648 0.167 0.297 7 ZNF2 1.94E-05 2.04167512 0.333 0.193 7 DCAF15 2.10E-05 1.89334951 0.292 0.092 7 PARP12 2.20E-05 1.53870545 0.667 0.399 7 POU5F1 2.22E-05 1.8553771 0.417 0.172 7 BCKDHB 2.65E-05 1.73196733 0.208 0.272 7 C17orf75 2.96E-05 1.64603473 0.625 0.382 7 HIPK3 3.05E-05 2.2312908 0.417 0.299 7 PTCHD4 3.37E-05 1.88305876 0.5 0.32 7 DSEL 3.70E-05 3.86100091 0.292 0.046 7 ZNF669 3.74E-05 2.20772322 0.292 0.079 7 KRT10 4.02E-05 1.5685571 0.042 0.319 7 POU2F2 4.27E-05 2.12239057 0.333 0.046 7 MIB1 4.59E-05 2.19202427 0.292 0.218 7 LOC100996251 4.74E-05 3.03564416 0.292 0.063 7 STRAP 4.78E-05 1.71742345 0.167 0.445 7 KIF3A 4.92E-05 2.46137162 0.333 0.157 7 DDX31 5.59E-05 1.94958819 0.375 0.134 7 WAPL 5.59E-05 2.24734417 0.167 0.273 7 COL1A1 5.96E-05 2.66936363 0.292 0.22 7 ATP1B2 6.40E-05 2.59720979 0.292 0.111 7 ZNF490 6.58E-05 2.01993122 0.417 0.129 7 LOC105372582 7.20E-05 2.39592615 0.333 0.049 7 PRKCI 8.30E-05 2.16926152 0.167 0.268 7 SBSPON 8.43E-05 2.65511827 0.333 0.105 7 KIAA1456 8.70E-05 1.60205492 0.375 0.151 7 TMEM165 9.00E-05 1.6233037 0.25 0.43 7 SEMA4F 9.21E-05 2.27242721 0.292 0.087 7 ZNF770 9.65E-05 1.61763756 0.125 0.251 7 PCNX1 0.00010402 2.87379013 0.292 0.138 7 SYT15 0.00010805 2.95594809 0.292 0.089 7 ACLY 0.00011071 1.59036514 0.5 0.369 7 STAT5B 0.00011718 1.99297185 0.292 0.198 7 LOC101929147 0.00012288 1.9964753 0.375 0.14 7 MANEAL 0.0001252 1.75941647 0.292 0.158 7 PLEKHG2 0.0001359 2.39201141 0.375 0.13 7 ZMAT1 0.00013653 2.39754 0.333 0.074 7 UBE2Q2 0.00015111 1.5191657 0.042 0.283 7 PPHLN1 0.00015324 2.35055952 0.25 0.366 7 PDE7A 0.00016018 2.64728126 0.417 0.162 7 ZNF718 0.0001706 2.24268477 0.333 0.223 7 ZNF420 0.00017162 1.67359142 0.333 0.153 7 RPL23AP53 0.00017599 1.83494959 0.333 0.153 7 PCDH11Y 0.00017751 2.04674163 0.333 0.21 7

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

MGAT4A 0.00021476 2.26649993 0.458 0.328 7 GMCL1 0.00021571 2.54756677 0.292 0.205 7 LYST 0.00022046 2.09000115 0.292 0.163 7 ATP6V1A 0.00025968 1.58743698 0.208 0.276 7 LLGL1 0.00027663 2.41534865 0.292 0.09 7 SLC30A6 0.00030872 2.3525464 0.333 0.155 7 CCDC122 0.00033951 2.60963459 0.5 0.29 7 RAB21 0.00035988 2.05221195 0.458 0.384 7 STXBP5 0.00038495 1.62718468 0.208 0.274 7 LIX1L 0.00038527 1.73553599 0.375 0.173 7 CXorf56 0.0004105 2.12330866 0.292 0.097 7 XPNPEP3 0.00042005 1.5557755 0.5 0.276 7 TSIX 0.00044144 2.28117663 0.292 0.102 7 UHRF1 0.00047036 2.74686085 0.292 0.082 7 BLOC1S2 0.00047935 1.79388741 0.375 0.183 7 ALDH6A1 0.00048975 1.50557746 0.542 0.388 7 ATRN 0.00051038 1.6594918 0.333 0.171 7 MEF2C 0.00055851 2.58141787 0.333 0.185 7 TEX101 0.00060489 1.60184253 0.417 0.238 7 GTF2H2B 0.00061516 2.62527656 0.292 0.121 7 HSPBP1 0.00067005 1.73062805 0.208 0.3 7 ECT2 0.00067475 1.61649589 0.417 0.212 7 RAD18 0.00068532 2.59663264 0.375 0.099 7 WDR31 0.00068915 1.86374927 0.292 0.176 7 CHST6 0.00075234 1.70337056 0.375 0.153 7 ERCC6L2 0.00076956 2.12116386 0.333 0.179 7 JAK3 0.00081438 2.37079142 0.333 0.141 7 CCNY 0.000852 1.66378437 0.167 0.272 7 LINC00907 0.00087934 2.29481896 0.292 0.124 7 RNF19A 0.00088572 1.52294745 0.083 0.343 7 STIL 0.00095583 2.87650189 0.292 0.107 7 PTPRD 0.00105256 1.65098302 0.417 0.231 7 THADA 0.00105621 2.00232896 0.375 0.163 7 TNIK 0.00106101 1.92714603 0.333 0.2 7 YES1 0.00110097 1.69257194 0.458 0.384 7 FAR2P2 0.00113093 2.00580369 0.292 0.084 7 CASP8 0.00113897 2.23806543 0.333 0.185 7 MYD88 0.00115402 1.62134933 0.458 0.312 7 KIAA0825 0.0013695 1.72536075 0.333 0.23 7 PPP4R2 0.00144913 1.56395519 0.167 0.398 7 COA1 0.00157348 2.15917806 0.208 0.312 7 NEO1 0.00160073 1.87272641 0.25 0.406 7 TVP23C 0.00160173 1.54107927 0.333 0.168 7 RBBP4 0.00182083 1.95254888 0.167 0.306 7 GLB1 0.0019263 2.28449066 0.208 0.406 7 PUM2 0.0019354 1.52543883 0.333 0.398 7 DDX60L 0.00195858 1.83883105 0.292 0.235 7 STAU2 0.00205684 2.02934195 0.167 0.357 7

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

ICA1L 0.00207327 2.40575445 0.292 0.099 7 RTCA 0.00244957 1.81058121 0.375 0.314 7 RB1 0.00247728 1.83252343 0.333 0.237 7 VPS13A 0.00251588 1.50378459 0.542 0.453 7 SYNE1 0.00255855 2.35410984 0.292 0.101 7 BCKDHA 0.00264924 1.62148854 0.25 0.342 7 ARL8B 0.0027314 1.69669459 0.167 0.283 7 SVOP 0.00288684 1.90246484 0.333 0.166 7 F2R 0.0029163 2.54203262 0.333 0.184 7 LINC01209 0.00315583 1.73022454 0.292 0.112 7 HPS1 0.00327648 1.72027025 0.208 0.345 7 ARL6IP6 0.0034669 1.75225272 0.375 0.224 7 NRXN3 0.00393868 1.60720857 0.333 0.114 7 ARL17A 0.00412302 1.64259311 0.292 0.176 7 ITCH 0.00416891 1.94827295 0.292 0.21 7 MCU 0.00449097 2.16301574 0.25 0.316 7 TYW5 0.00474038 1.8305383 0.333 0.152 7 TBC1D24 0.00475874 3.08960351 0.292 0.111 7 HYOU1 0.00480054 1.52237154 0.25 0.421 7 CCSER2 0.00489965 1.77761784 0.375 0.318 7 CDC26 0.0054741 1.93660425 0.125 0.301 7 TBCK 0.00548163 2.18550347 0.292 0.145 7 PLXDC2 0.00552369 2.48597839 0.292 0.163 7 HBS1L 0.00568014 1.67378955 0.292 0.188 7 TNFAIP8L1 0.00568117 2.20233729 0.458 0.243 7 DZIP3 0.00617702 1.86534018 0.333 0.174 7 REEP3 0.00630228 1.68193243 0.458 0.335 7 USP33 0.00685226 1.51081342 0.292 0.364 7 WRN 0.00708305 1.78181785 0.208 0.281 7 HOXA10 0.00714548 1.69638947 0.208 0.275 7 LYRM2 0.007231 1.59462401 0.167 0.335 7 ZNF544 0.00809776 2.39424846 0.292 0.186 7 TBC1D32 0.00906479 2.26096412 0.292 0.103 7 BAG5 0.00960403 1.7803077 0.208 0.291 7 KIF18B 0.00995054 1.64128173 0.292 0.139 7

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

gene p_val avg_diff pct.1 pct.2 cluster JCHAIN 1.87E-49 2.22983728 0.962 0.906 1 RGS1 5.08E-46 1.53696477 0.811 0.605 1 CLCA1 4.03E-45 2.72162498 0.727 0.474 1 CD69 1.17E-30 2.54392877 0.503 0.221 1 CYTIP 3.24E-25 2.81550523 0.35 0.11 1 CSH1 3.72E-20 2.05888985 0.315 0.125 1 SERPINA1 1.23E-18 1.67176522 0.479 0.372 1 REP15 1.14E-09 2.34813562 0.266 0.139 1 IFITM1 2.43E-82 1.85683856 1 0.845 2 CRABP2 1.10E-76 2.94443228 0.854 0.078 2 TM4SF4 3.04E-74 2.61670655 0.92 0.188 2 CKMT2 7.92E-64 2.61668837 0.752 0.06 2 NPTX2 4.84E-59 3.09843118 0.715 0.06 2 RAMP1 1.68E-58 2.74263449 0.766 0.099 2 DIO3OS 6.07E-43 3.20229883 0.569 0.052 2 ASPHD1 1.04E-42 2.43533812 0.657 0.089 2 TFF2 2.03E-42 3.06785593 0.606 0.067 2 TM4SF20 4.01E-41 2.17326645 0.62 0.074 2 UCA1 4.46E-40 1.90247116 0.832 0.295 2 DPEP1 7.05E-40 1.54791268 0.686 0.116 2 SLPI 1.87E-39 1.78630624 0.978 0.619 2 PLTP 2.87E-39 2.86066593 0.526 0.052 2 SLC6A20 8.49E-39 1.95073236 0.693 0.129 2 STMN3 1.24E-38 2.59589066 0.555 0.063 2 PRSS30P 2.37E-35 3.21950191 0.496 0.053 2 GPX3 9.67E-35 2.43571258 0.679 0.157 2 LOC101928766 9.09E-32 2.23425754 0.555 0.086 2 DPP4 4.48E-30 1.71532878 0.664 0.187 2 BMP4 5.06E-30 1.591937 0.759 0.246 2 SLC7A8 2.41E-29 1.58120943 0.759 0.281 2 RARRES1 3.77E-29 2.09672516 0.577 0.114 2 CLDN15 1.02E-28 1.73310046 0.642 0.19 2 MED10 8.99E-28 1.53925517 0.818 0.378 2 PDRG1 1.02E-27 1.58931237 0.606 0.146 2 CPNE7 2.07E-27 1.55166855 0.518 0.085 2 GNG4 1.18E-26 2.70432202 0.482 0.085 2 SLC7A4 3.34E-26 3.99424068 0.307 0.013 2 REEP6 9.61E-26 1.66422447 0.577 0.135 2 LOC102723854 1.15E-25 2.91360964 0.394 0.039 2 COL27A1 1.09E-24 2.70856023 0.321 0.017 2 AOAH 1.95E-24 2.19176151 0.46 0.074 2 FGF19 2.06E-24 2.98890201 0.336 0.022 2 TPD52L1 9.10E-24 1.50896216 0.686 0.227 2 BEGAIN 1.59E-23 3.05429652 0.263 0.006 2 LRRC32 2.11E-23 2.39572339 0.394 0.047 2 ANXA13 7.56E-23 1.52559223 0.577 0.146 2 BMP7 8.57E-23 2.33939171 0.482 0.099 2

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

PIWIL1 2.85E-22 2.23083595 0.285 0.014 2 CTTNBP2 4.72E-22 2.61119015 0.438 0.083 2 SSTR5-AS1 5.00E-22 3.36601199 0.277 0.013 2 UQCC1 2.07E-21 1.58119502 0.577 0.161 2 CYBRD1 5.20E-21 2.20675362 0.438 0.085 2 EVA1A 7.28E-21 3.38879505 0.27 0.017 2 MFSD4A 1.77E-20 1.57542724 0.642 0.218 2 SSUH2 2.37E-20 2.52248469 0.321 0.03 2 NR0B2 2.95E-20 3.13863215 0.321 0.033 2 PDK3 4.17E-20 1.51468515 0.657 0.254 2 LINC00458 4.51E-20 1.8764787 0.423 0.074 2 C16orf74 7.77E-20 1.91773234 0.401 0.064 2 NMU 1.22E-19 1.63536246 0.577 0.179 2 TNNI3 7.01E-19 2.62078239 0.292 0.033 2 SLC1A1 4.32E-18 1.73949055 0.445 0.099 2 PRKAG2-AS1 9.51E-18 2.17087517 0.307 0.036 2 TMEM243 1.96E-17 1.82003428 0.467 0.13 2 TOP1MT 5.31E-17 1.50431893 0.577 0.208 2 LY6G6C 5.79E-17 2.61946637 0.358 0.069 2 CCDC51 2.33E-16 1.60885155 0.504 0.161 2 CYP4F2 2.82E-16 2.13815814 0.35 0.06 2 DENND1C 2.21E-15 2.73397927 0.263 0.03 2 TRAF6 2.23E-15 1.54727836 0.482 0.141 2 PHGDH 3.64E-15 1.51901998 0.292 0.047 2 PROCR 3.69E-15 1.51693613 0.562 0.234 2 KCNH2 5.05E-15 2.51270781 0.27 0.033 2 TNNT1 2.43E-14 2.33901169 0.255 0.03 2 STOM 9.52E-13 1.98595527 0.511 0.193 2 UBE2E2 1.52E-12 2.18177726 0.277 0.063 2 PGF 1.53E-12 1.70741784 0.336 0.077 2 ZNF57 2.98E-12 1.55636397 0.409 0.121 2 TCTEX1D2 6.25E-12 1.6057552 0.307 0.064 2 IMMP2L 2.92E-11 1.6572552 0.387 0.144 2 WRB 3.11E-11 1.92451112 0.292 0.096 2 GULP1 6.74E-11 1.70668487 0.372 0.108 2 RPL39L 8.07E-11 1.68970234 0.387 0.141 2 WDYHV1 1.63E-10 1.56093777 0.394 0.138 2 TMEM52 1.96E-10 1.72348772 0.328 0.096 2 CHGA 2.69E-10 1.89111806 0.263 0.061 2 BTNL9 7.75E-10 1.57511588 0.314 0.083 2 ARL4D 1.04E-09 1.88101903 0.27 0.063 2 ACOT8 1.32E-08 1.51819382 0.285 0.08 2 CRKL 1.07E-06 1.57901436 0.54 0.306 2 TTC32 2.69E-06 1.58600625 0.263 0.1 2 EVADR 6.77E-61 1.7566089 0.956 0.238 3 MMP7 3.26E-59 2.16751925 0.971 0.277 3 ACTL8 2.19E-52 2.53335371 0.676 0.061 3 RARRES3 2.48E-52 1.8073759 0.956 0.283 3

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

BST2 9.23E-51 1.51709923 0.912 0.246 3 SPRR2D 2.01E-47 3.21003558 0.559 0.038 3 IL1RN 1.99E-42 1.64027257 0.662 0.095 3 KLK7 1.57E-40 1.91427934 0.625 0.088 3 KLK10 7.41E-38 1.6829571 0.875 0.286 3 C15orf52 3.02E-37 1.56670193 0.588 0.078 3 KRT6A 1.77E-36 3.16639762 0.404 0.013 3 UBD 2.39E-36 1.51662297 0.757 0.183 3 OAS3 7.79E-35 1.79139643 0.684 0.138 3 UHRF1 1.50E-34 1.71500109 0.537 0.063 3 KLK6 2.09E-34 2.24783129 0.529 0.063 3 ACSL4 2.68E-34 1.56170794 0.64 0.114 3 SPRR2A 1.33E-33 2.82039786 0.478 0.05 3 SLC43A3 1.96E-33 1.66476502 0.507 0.056 3 KRT17 9.06E-33 1.94262911 0.816 0.286 3 SPRR1A 4.48E-31 2.77865735 0.412 0.036 3 CDK1 5.97E-29 1.65295951 0.647 0.149 3 SPRR1B 1.63E-28 2.51971952 0.375 0.03 3 SPRR3 2.12E-28 2.62091802 0.375 0.027 3 CXCL10 3.65E-28 2.83806236 0.346 0.02 3 WDR72 3.96E-27 3.0957336 0.39 0.031 3 CEP55 1.20E-26 1.54788212 0.485 0.074 3 C9orf116 8.26E-25 1.54976176 0.404 0.047 3 GJB5 2.70E-24 1.82308221 0.338 0.025 3 GALNT10 3.19E-24 1.59214219 0.537 0.111 3 PRODH 7.75E-23 1.50966936 0.5 0.102 3 RRM2 1.09E-22 1.5602388 0.625 0.177 3 PPP1R8 2.36E-22 1.56261294 0.382 0.059 3 SLC6A14 2.36E-20 1.61503431 0.294 0.031 3 WISP3 3.11E-20 2.40932868 0.272 0.016 3 SKA3 4.38E-20 1.69012881 0.382 0.055 3 LINC00520 2.03E-19 1.98066372 0.294 0.03 3 HS3ST1 2.62E-18 1.67800362 0.353 0.053 3 MTMR1 1.92E-17 1.75824447 0.39 0.072 3 HMMR 2.69E-16 1.68095894 0.412 0.089 3 TTC9 2.93E-16 2.44983214 0.272 0.028 3 BUB1B 3.93E-16 1.81097224 0.338 0.055 3 KRT16 1.00E-15 1.67185243 0.324 0.055 3 CDCA2 1.22E-15 1.65022784 0.301 0.044 3 GALNT18 2.00E-15 1.76697728 0.265 0.03 3 TTK 2.54E-15 1.53915161 0.353 0.066 3 DSCC1 1.05E-14 1.62007073 0.257 0.028 3 FAM114A2 4.83E-13 1.63941087 0.338 0.074 3 DUSP7 4.89E-13 1.61970206 0.331 0.074 3 MSTO1 1.44E-11 1.56451892 0.272 0.055 3 SLC16A4 7.19E-10 1.81074182 0.309 0.083 3 CHAMP1 9.56E-10 1.50100091 0.272 0.066 3 CGREF1 1.12E-09 1.66964092 0.257 0.058 3

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

IER5L 3.61E-16 1.89728421 0.538 0.28 4 TYMP 2.02E-14 1.71231353 0.529 0.265 4 AGRN 5.45E-12 1.53297456 0.471 0.295 4 SLC16A3 2.59E-09 1.72734235 0.433 0.27 4 RGS14 1.06E-08 1.53941574 0.423 0.288 4 UNC13D 8.89E-08 1.51627256 0.404 0.224 4 SPON2 1.77E-06 1.50437136 0.337 0.228 4 WFDC21P 4.32E-06 1.69442327 0.279 0.151 4 PLXNA1 4.90E-05 1.55532699 0.288 0.212 4 ANKRD20A9P 6.69E-05 1.57607605 0.308 0.361 4 TNS4 0.00101997 1.52591066 0.288 0.215 4 GCG 9.13E-88 4.10619972 0.976 0.033 5 PYY 1.93E-82 3.88641336 0.988 0.093 5 INSL5 2.34E-63 4.63187578 0.69 0.003 5 CA4 1.77E-57 3.07272192 0.774 0.032 5 PCSK1N 6.23E-52 2.07748751 0.69 0.022 5 MT1G 1.55E-48 1.63798347 0.988 0.554 5 RARRES2 4.41E-42 2.26625618 0.929 0.314 5 TAC1 2.54E-38 2.4563291 0.488 0.007 5 MT1F 1.19E-36 1.84226822 0.881 0.245 5 B3GNT7 4.31E-36 1.68281958 0.881 0.252 5 IL1R2 7.44E-34 1.92930063 0.798 0.156 5 MT1M 9.28E-34 1.69719125 0.833 0.204 5 CA1 2.03E-32 1.68477496 0.929 0.285 5 PDK4 9.05E-31 1.54529023 0.952 0.446 5 MT1H 1.71E-30 1.64353023 0.833 0.223 5 EDIL3 1.38E-29 2.49263104 0.595 0.067 5 CA7 2.07E-29 3.44739672 0.548 0.043 5 SPIB 2.37E-26 3.81763006 0.417 0.016 5 SI 4.62E-25 1.60307855 0.726 0.158 5 PDE3A 6.25E-25 1.78527647 0.595 0.082 5 GUCA2A 1.19E-20 1.51081672 0.738 0.204 5 TSPAN7 1.53E-20 1.72811187 0.571 0.1 5 DPP10-AS1 1.04E-19 2.19387715 0.321 0.013 5 BEST4 2.69E-18 4.25912971 0.333 0.02 5 KLF9 7.20E-18 1.56930299 0.619 0.153 5 OTOP2 7.94E-17 5.11655167 0.262 0.009 5 LOC100131257 1.31E-16 1.7488106 0.643 0.198 5 PLPP3 2.78E-16 1.66058962 0.512 0.103 5 AQP1 6.19E-16 1.66961492 0.548 0.132 5 LGALS2 1.18E-15 1.70653658 0.512 0.106 5 PPARGC1A 2.58E-15 1.79215688 0.44 0.074 5 GLIPR2 2.32E-14 1.84027731 0.476 0.1 5 SCNN1B 5.16E-14 1.75047805 0.417 0.074 5 NR5A2 4.46E-13 1.60913952 0.417 0.078 5 IPO5P1 6.55E-12 2.28224573 0.357 0.062 5 LOC646214 2.55E-11 1.66923122 0.56 0.185 5 SIX4 3.17E-11 1.95031124 0.452 0.116 5

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

GSTA1 8.14E-11 1.6263716 0.274 0.033 5 GPR3 1.38E-10 1.56566203 0.298 0.045 5 PCDHB9 1.80E-10 1.56601568 0.452 0.127 5 LINC01426 1.82E-10 1.93041359 0.298 0.051 5 SLC30A1 6.83E-10 1.72822374 0.393 0.094 5 PROM2 3.51E-09 1.75479596 0.262 0.042 5 BBS5 2.30E-08 1.6366589 0.417 0.132 5 ZNF681 3.88E-08 1.61322912 0.333 0.08 5 IL6R 9.87E-08 1.61873836 0.44 0.155 5 DPY19L1P1 1.74E-07 2.00510022 0.298 0.069 5 ZNF829 5.83E-07 2.03428936 0.262 0.058 5 BEST2 2.09E-06 1.54532559 0.321 0.093 5 ASTN2 3.22E-06 1.71797593 0.381 0.136 5 SEPT1 4.06E-06 1.7941698 0.286 0.078 5 FMOD 2.08E-05 1.53618487 0.31 0.101 5 CPT2 0.00039454 1.6642924 0.286 0.119 5 LINC00963 0.00624419 1.69328417 0.274 0.133 5 COL1A2 5.44E-27 2.59117075 1 0.411 6 ADAMTS2 9.33E-23 2.71158852 0.679 0.016 6 COL12A1 7.25E-19 2.5232197 0.821 0.102 6 OLFM4 9.56E-18 2.30240497 1 0.64 6 COL6A3 5.48E-17 2.72835552 0.857 0.146 6 COL3A1 8.13E-17 2.15971588 0.893 0.3 6 MMP12 8.92E-17 3.82135333 0.679 0.046 6 COL5A1 9.43E-17 2.29400615 0.821 0.103 6 COL1A1 1.52E-16 2.28376338 0.893 0.261 6 LUM 7.50E-15 1.94025046 0.857 0.234 6 SPARC 1.20E-13 1.72996833 0.857 0.26 6 CTLA4 1.33E-13 2.21328948 0.5 0.021 6 ARHGAP28 1.39E-13 4.00458908 0.357 0.003 6 IQCH 1.76E-13 4.59042284 0.536 0.028 6 TPSB2 7.85E-13 2.58864472 0.893 0.321 6 COL4A1 1.21E-12 1.65366345 0.893 0.242 6 CSF1 4.13E-12 2.09398367 0.75 0.12 6 TPSAB1 4.23E-12 2.3927329 0.821 0.205 6 TGFB3 4.78E-12 2.78464814 0.5 0.028 6 DCN 1.89E-11 1.88177063 0.821 0.187 6 CPXM1 2.39E-11 2.10621341 0.464 0.032 6 DKK3 4.43E-11 1.9794355 0.607 0.078 6 SIRPA 5.44E-11 2.55108141 0.5 0.035 6 SUCNR1 3.35E-10 2.82312484 0.357 0.011 6 KLHDC1 2.65E-09 1.83134792 0.464 0.041 6 CPA3 3.30E-09 2.85707759 0.679 0.155 6 SHISA2 3.68E-09 2.78951816 0.357 0.016 6 FENDRR 3.83E-09 2.29975141 0.429 0.035 6 CXCL9 4.45E-09 1.61270436 0.321 0.015 6 P2RY13 4.75E-08 3.27156895 0.286 0.008 6 ITGA11 6.24E-08 2.06687283 0.357 0.023 6

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

ANTXR1 6.89E-08 1.81616338 0.357 0.025 6 EDNRB 7.26E-08 3.16527124 0.393 0.04 6 NCKAP1L 1.07E-07 2.19915561 0.286 0.013 6 COL11A1 1.88E-07 1.78786501 0.321 0.021 6 HSPA7 2.32E-07 1.58582545 0.821 0.307 6 IGDCC4 3.04E-07 2.278273 0.321 0.019 6 EMILIN1 3.37E-07 1.63531348 0.393 0.04 6 C1QC 3.45E-07 2.4792342 0.607 0.134 6 HTRA1 3.61E-07 1.73383154 0.464 0.068 6 IGFL2 3.97E-07 2.00108231 0.321 0.021 6 ACTG2 4.49E-07 1.88116277 0.321 0.024 6 LOXL2 4.49E-07 1.81966252 0.393 0.043 6 MMP11 5.93E-07 1.53694021 0.393 0.046 6 HGF 6.42E-07 2.26611335 0.321 0.021 6 OLFML2A 7.41E-07 1.55798904 0.357 0.037 6 PCDH18 9.14E-07 1.91774504 0.321 0.029 6 SERPINF1 1.03E-06 2.19085539 0.464 0.07 6 ZNF334 1.09E-06 1.82202197 0.357 0.033 6 MS4A2 1.43E-06 2.25150793 0.357 0.033 6 CEP76 1.95E-06 1.74198335 0.5 0.102 6 C17orf96 3.25E-06 2.49533893 0.429 0.064 6 LINC01106 7.08E-06 1.81547411 0.536 0.123 6 LY6G6D 7.60E-06 2.02497854 0.5 0.107 6 ISLR 9.38E-06 3.70054885 0.286 0.021 6 ANP32B 1.42E-05 1.50803182 0.893 0.754 6 TNFSF13B 2.61E-05 1.59574147 0.357 0.051 6 CPS1 2.85E-05 3.66249123 0.286 0.031 6 RPLP0P2 3.47E-05 1.58691753 0.536 0.175 6 MRC2 3.79E-05 1.62286049 0.357 0.051 6 CTSZ 5.06E-05 2.15614352 0.536 0.147 6 CDC25B 5.10E-05 1.62789598 0.679 0.3 6 MS4A6A 5.60E-05 2.29692904 0.429 0.086 6 CTSK 6.62E-05 1.83666232 0.429 0.096 6 REPIN1 6.76E-05 1.54534256 0.821 0.467 6 RNF168 6.79E-05 2.068178 0.679 0.311 6 LIMD1 7.08E-05 2.384951 0.464 0.119 6 SYNGAP1 7.54E-05 2.15346044 0.286 0.041 6 LOX 7.63E-05 3.04984387 0.286 0.033 6 TNC 8.94E-05 1.55846089 0.286 0.036 6 AUTS2 0.0001068 1.84874825 0.714 0.32 6 NCF2 0.00010732 1.75261902 0.321 0.044 6 HSD17B4 0.00011558 2.04859485 0.786 0.511 6 HMOX1 0.00012968 2.02858234 0.464 0.115 6 VPS37A 0.00014811 1.70855679 0.536 0.166 6 FARP1 0.00019878 2.03517851 0.5 0.158 6 CNN3 0.00023103 1.74337609 0.821 0.447 6 FAM207A 0.00023263 3.07435063 0.393 0.178 6 SLC35D3 0.00032495 2.057243 0.357 0.07 6

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

AKNA 0.00032624 2.99303543 0.286 0.137 6 B4GALNT4 0.00035032 2.3680353 0.357 0.078 6 PPP1R14A 0.00035099 1.81949276 0.464 0.126 6 CCDC82 0.00039626 1.85389166 0.571 0.213 6 PTCH1 0.00040808 1.53917906 0.429 0.106 6 PIP4K2B 0.00041902 2.59656936 0.429 0.123 6 INPP5D 0.00043395 1.82848322 0.464 0.151 6 LOC101927027 0.0005269 2.40176503 0.286 0.041 6 PAFAH1B2 0.00052785 1.98588944 0.607 0.448 6 TMEM184B 0.00056652 2.07750225 0.464 0.373 6 NADK2 0.00061573 1.82164458 0.571 0.262 6 STARD13 0.00069107 2.27911637 0.357 0.078 6 DNAJC21 0.0006978 1.53645635 0.536 0.345 6 GTF3C3 0.00072919 1.99072621 0.107 0.252 6 NETO2 0.00076761 1.72777764 0.464 0.145 6 RGS2 0.00078335 1.8230417 0.893 0.602 6 UBE2E1 0.00080069 1.80751913 0.607 0.264 6 NES 0.00093377 2.32172382 0.393 0.1 6 RIN2 0.00097847 1.76167715 0.571 0.233 6 CHERP 0.00105021 2.27623806 0.429 0.191 6 APMAP 0.00111115 1.63163668 0.536 0.388 6 DHX33 0.00112698 2.98253545 0.286 0.142 6 SLC18A2 0.00125036 2.87293702 0.5 0.186 6 OSBPL3 0.00125099 1.52509277 0.571 0.246 6 ARHGEF11 0.00131565 1.83176531 0.357 0.084 6 ZBTB1 0.00141046 2.16652399 0.107 0.273 6 TMEM159 0.00145874 1.61355866 0.214 0.379 6 CFTR 0.00146692 1.50879874 0.786 0.525 6 MAP3K2 0.00160118 1.61860987 0.536 0.323 6 HLA-DMB 0.00185814 1.75306108 0.429 0.129 6 MRPL45 0.00188542 1.7019946 0.571 0.296 6 HEXB 0.00191514 2.13527221 0.536 0.388 6 SNAP23 0.00198184 1.98547968 0.321 0.4 6 PUS7 0.00202991 2.25602087 0.429 0.173 6 COQ8A 0.00209192 1.72650049 0.214 0.359 6 TBRG4 0.00209498 1.7310163 0.714 0.503 6 SCAMP1 0.00218315 1.70215575 0.464 0.355 6 PCMTD2 0.00223091 1.83138646 0.571 0.336 6 MSN 0.00229516 2.89965753 0.429 0.153 6 KIF11 0.00249214 2.78998756 0.321 0.135 6 PRPSAP2 0.002523 1.53611215 0.5 0.194 6 TSR2 0.00273445 1.55842482 0.393 0.315 6 RFC5 0.00278374 1.74933503 0.429 0.157 6 FANCI 0.00295108 1.62228087 0.286 0.154 6 CCNB1IP1 0.0030098 1.82616565 0.429 0.367 6 THOC5 0.00317297 1.99750474 0.393 0.158 6 DDX50 0.00318244 1.74607662 0.393 0.297 6 ZBTB18 0.0034314 1.67736888 0.321 0.27 6

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438 Supplementary material Gut

WDR5 0.00374564 2.31525329 0.464 0.224 6 RASA4 0.00388469 2.10167526 0.357 0.119 6 MLXIPL 0.00402276 1.98817032 0.5 0.232 6 WWC3 0.00470142 1.55126999 0.429 0.15 6 DDX54 0.00499154 1.66768574 0.429 0.332 6 IL1A 0.0052675 1.59861644 0.286 0.063 6 QSOX2 0.00556872 2.34959604 0.393 0.167 6 RHOBTB3 0.00562863 1.58304495 0.643 0.406 6 SHMT2 0.00609251 1.5275136 0.429 0.315 6 TNFRSF11A 0.00630855 1.51862419 0.5 0.203 6 FIP1L1 0.00635306 1.77781158 0.571 0.332 6 NFYB 0.00695146 1.55933702 0.5 0.278 6 ATP5L2 0.00696228 2.08563416 0.321 0.102 6 TDRD7 0.00756326 3.01514147 0.321 0.186 6 ZIC5 0.00758876 2.13124999 0.286 0.071 6 SLC17A5 0.00778883 1.8538804 0.536 0.319 6 APOLD1 0.00817076 1.87752028 0.5 0.213 6 ZMIZ1 0.00872187 1.7980386 0.536 0.278 6 TRIT1 0.00894888 2.39769979 0.286 0.147 6 B3GALNT2 0.00895118 1.54251774 0.5 0.269 6 PEX5 0.0093464 1.71803734 0.286 0.174 6 COG3 0.00938467 1.94222929 0.429 0.305 6 ORAI3 0.0097499 1.68960897 0.321 0.095 6

Li J, et al. Gut 2019;0:1–11. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319438