Communautés de nématodes phytoparasites associés à l’olivier : réponse aux forçages anthropiques et environnementaux Nadine Ali To cite this version: Nadine Ali. Communautés de nématodes phytoparasites associés à l’olivier : réponse aux forçages anthropiques et environnementaux. Sciences agricoles. Montpellier SupAgro, 2015. Français. NNT : 2015NSAM0015. tel-01398778 HAL Id: tel-01398778 https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01398778 Submitted on 17 Nov 2016 HAL is a multi-disciplinary open access L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est archive for the deposit and dissemination of sci- destinée au dépôt et à la diffusion de documents entific research documents, whether they are pub- scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, lished or not. The documents may come from émanant des établissements d’enseignement et de teaching and research institutions in France or recherche français ou étrangers, des laboratoires abroad, or from public or private research centers. publics ou privés. Délivré par Centre international d’études supérieures en sciences agronomiques de Montpellier (SUPAGRO) Préparée au sein de l’école doctorale Systèmes Intégrés en Biologie, Agronomie, Géosciences, Hydrosciences, Environnement (SIBAGHE) et de l’unité de recherche Centre de biologie pour la gestion des populations (CBGP) Spécialité : Écologie, Evolution, Ressources Génétique, Paléobiologie (EERGP) Direction de thèse : Thierry MATEILLE , DR IRD Co-encadrement : Elodie CHAPUIS , CR IRD Présentée par Nadine ALI Communautés de nématodes phytoparasites associées à l’olivier : réponses aux forçages anthropiques et environnementaux Soutenue le 08 octobre 2015 devant le jury composé de : Mr Philippe CASTAGNONE-SERENO Directeur de recherches Rapporteur INRA, Sophia Antipolis Mr Serge KREITER Professeur Examinateur, Montpellier SupAgro Président du jury Mr Thierry MATEILLE Directeur de recherches Directeur de thèse IRD, Montpellier Mr Manuel PLANTAGENEST Professeur Rapporteur Agrocampus-Ouest, Rennes Mr Thierry TATONI Professeur Examinateur Université Aix-Marseille Remerciements S'engager dans un projet aussi long et complexe qu’une thèse ne peut être une démarche solitaire. Cette gageure, apportée un élément scientifique contribuant à la connaissance et au développement du savoir, nécessite de la part du "thésard" une volonté inflexible mais aussi la confiance de la communauté des chercheurs dans ses capacités et ses compétences. Tout d’abord, j e remercie les financeurs de ma thèse : l’université de Tichrine à Lattaquié en Syrie ainsi que le projet PESTOLIVE (ARIMNET). Je tiens à remercier chaleureusement les Professeurs Serge Kreiter (Montpellier SUPAGRO), Thierry Tatoni (UAM, Marseille), Manuel Plantagenet (AgroCampus Ouest, Rennes) et le Docteur Philippe Castagnone-Sereno (INRA, Sophia-Antipolis) pour le temps et l’intérêt qu’ils ont consacré à l’évaluation de ce travail ainsi que pour leurs propositions pour l’amélioration de ce travail. A Philippe et à Manuel encore une fois, merci d’avoir accepté d’en être les rapporteurs. Mes sincères remerciements vont à Mon directeur de thèse Thierry Mateille et à mon encadrante Elodie Chapuis... Merci Thierry pour tout : merci d’être plus qu’un directeur de thèse, d’être l’ami quand il fallait, merci pour l’attention et le grand soutien que vous m’avez apporté au quotidien, merci pour tous les conseils, tout le temps et les efforts que vous avez dépensés pour moi et d'avoir su me remonter le moral, m’encourager jusqu’à la fin. Je pense aussi à votre épouse pour lui dire merci de tout cœur… A toi Elodie, je reconnais tout ce que tu as fait pour moi , tout ce que j’ai appris avec toi. Je t’exprime ma profonde gratitude d’avoir été à mes côtés tout au l ong de ce travail, pour ton encadrement scientifique et rédactionnel merci pour tout.. Johannes Tavoillot, la « main magique » qui m’a accompagnée tout au long des manips, merci pour ton soutien personnel et professionnel. Merci pour ton amitié, pour ton appui technique qui a rendu l'achèvement de mes travaux possible. Sans ton aide, je ne sais pas comment ma thèse aurait pu voir le jour… Un grand merci aux membres de mon comité de thèse : Marie-Laure Navas (Montpellier, SUPAGRO), Guillaume Besnard (CNRS-UPS, Toulouse), Eric Grenier (INRA, Rennes), Benoit Facon (INRA, Montpellier) et Michel Nicole (IRD, Montpellier). Merci également aux membres extérieurs qui ont participé à l’un ou l’autre des comités : Stéphane Béllafiore (IRD, Montpellier) et Raphaël Leblois (INRA, Montpellier) … Guillaume Besnard et Stéphane Béllafiore avec qui j’ai eu de précieuses collaborations. Merci beaucoup Guillaume pour tout ce que tu as fait dans ma thèse, pour toute aide, conseils et soutien sur tout ce qui concerne la génétique et tes connaissances sur la génétique de l’olivier . Merci Stéphane pour ton sens du partage de l’ expérience et pour ta bonne humeur. Tous mes remerciements vont aussi à Bouchaib Khadari (INRA, Montpellier) pour tout effort dans le cadre de ma thèse et pour tout ce qui concerne les analyses de la diversité génétique de l’olivier.. A Dr. Pablo Castillo (Institute for Sustainable Agriculture, CSIC, Espagne), j'adresse mes sincères remerciements pour l’amabilité et votre collaboration. Merci d’avoir consacré du te mps à répondre à mes questions et à me donner des conseils. Je tiens également à remercier Dr. Juan Emilio Palomares-Rius et Carolina Cantalapiedra pour la collaboration que nous avons eue, couronnée par la d escription d’une nouvelle espèce de nématodes. J'adresse aussi ma reconnaissance à tous les collaborateurs du projet PESTOLIVE au Maroc qui nous ont beaucoup aidé pendant l’ échantillonnage et la suite du travail. Je pense en particulier au Pr. Abdelhamid El Mousadik et à Mohamed Aït Hamza (UIZ-FSA, Agadir), au Pr. Mohamed Ater (UAE-FST, Tétouan), à Pr. Cherkaoui EL Modafar (UCA-FSTG, Marrakech), aux Dr. Abdelmajid Moukhli et Dr. Aïcha El Oualkadi (INRA, Marrakech), à Dr. Ahmed El Bakkali (INRA, Meknès) et à Dr. Zahra Ferji (IAV, Agadir). Je tiens également à remercier Dr. Ewa Dmowska et Grażyna Winiszewska (MIZ-PAS, Lomianki, Pologne) pour leur collaboration et leur investis sement dans ce travail… Un merci tout particulier à Odile Fossati (IRD, Montpellier) pour ton amabilité et de m’avoir encadrée pendant une grande partie de mes analyses de données. Je n’oublierai jamais sa présence bien aimée au laboratoire, lui qui m’a initiée à l’identification des nématodes et à l’ensemble des techniques en Nématologie, celui qui a toujours eu le sens de l’amitié, Bernard Martiny (IRD, Montpellier). Merci à toi et à ton épouse. Je suis particulièrement reconnai ssante du bon accueil que j’ai reçu au Centre de la Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP) au sein duquel j’ai effectué mon stage de Master 2 puis ma thèse. Durant ces années au CBGP, je me sentais toujours que je suis au sein de ma famille a vec l’amitié et le soutien qu’on m’a apporté. Je tiens à remercier chaleureusement la direction : Flavie Vanlerberghe, Jean-Yves Rasplus et Jean-Pierre Rossi (INRA, Montpellier), Jean-Marc Duplantier et Laurent Granjon (IRD, Montpellier) qui n’ont jamais manqué d’efforts pour m’aider à résoudre tous mes problèmes administratifs.. Flavie et Laurent, de tout cœur, merci beaucoup pour tout.. Je tiens également à remercier toute l’équipe de gestion Samira Ouabbi -Saleh, Corine Seguy, Julien Moulin (INRA, Montpellier), Julie Martin, Sylvie Hart, Charlotte Moreau, et Sigrid Neveu (IRD, Montpellier). Un grand merci particulièrement adressé à Vincent Danneville (INRA, Montpellier) qui m’a beaucoup soutenu e et qui a, depuis son arrivée dans l’unité, m’a aidé e à débloquer de nombreuses situations difficiles.. A Astrid Cruaud, Simon Fellous, Julien Foucaud, Emmanuelle Jousselin, Carole Kerdelhué, Gaël Kergoat, Sylvain Piry, Jean-Pierre Rossi (INRA, Montpellier), Carine Brouat (IRD, Montpellier), Jean-François Martin et Marie- Stéphane Tixier (Montpellier, SUPAGRO), Guillaume Fried (ANSES, Montpellier), qui ont tous chaleureusement répondu à mes demandes de discussions et qui m’ont clarifié certains points. Merci à vous… Un grand merci à tous les ch ercheurs et les chercheuses, tous les techniciens et les techniciennes avec qui j’ai passé de bons moments au cours de ces dernières années. Merci à Alain M., Anne L., Anne X., Anne-Laure, Andrea, Antoine, Armelle, Arnaud, Berhnard, Bruno, Bruno M., Caroline, Christine S., Denis, Emma, Eric P., Fabrice, Franck, Hélène, Gauthier, Guillaume, Gwen, Jean-François, Jean L., Jean-Marie, Jean-Marc T., Laure S., Laure B., Laurent, Mathieu, Max, Maria, Maria N., Marie-Pierre, Martial, Nathalie CH., Nathalie G., Nathalie Vieira, Nicolas, Philippe Auger, Philippe G., Philippe A., Raphaelle, Réjane, Renaud, Sabine N., Stéphane, Yannick Sussmuth . Un Merci bien particulier à Alex pour l’amitié et pour tout encouragement et conseil… A celles qui m’ont toujours fait sentir que j’ai ma mère à mes côtés, qui m’ont beaucoup aidée pour résoudre mes problèmes, Florence Baussant (INRA, Montpellier) et Manuelle Rival (IRD, Montpellier), merci beaucoup.. Merci aux collègues avec qui j’ai cohabité dans le bureau B1.14, dont chacun m’a apporté une aide et un savoir -faire. Merci à Allan, Arnaud, Aurélien, Ashraf, Claudius, Elsa, Florian, Homa, Marion, Nicolas, Olivier, Valentin, J’adresse un grand merci également à Guillaume Laugier pour toute l’ aide que tu m’as apportée. A Ghais, à Allan, et à Sabine, je vous adresse toutes ma reconnaissance et mon amitié, Merci d’être toujours à mes côtés, de me soutenir, de m’encourager surtout à la dernière ligne droite. Un grand merci également à Karmadine, à Denise, à Victor, à Muckherjy d’être à mes côtés durant les dernières périodes les plus difficiles, merci pour les moments de détente que j’ai eus avec vous. Un grand merci aux thésards avec qui j’ai partagé « la souffrance de faire une thèse », je pense surtout à Julie, Joa, Martin, Christophe, Antoine,.. Un grand merci à Dr.